3HZ6A

Crystal structure of xylulokinase from chromobacterium violaceum
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
500
structure length
497
Chain Sequence
SLAFYIATFDIGTTEVKAALADRDGGLHFQRSIALETYGDGNGPVEQDAGDWYDAVQRIASSWWQSGVDARRVSAIVLSGQMQNFLPLDQDHEPLHRAVLYSDKRPLKEAEEINARHGADNLWSALENPMTAASILPKLVFWRASFPQAFGRLRHVVLGAKDYVVLRLTGRHATDRTNASTTGLYRPKDDAWHVELLADYGFSLDLMPRLLEPGEQVGGVSALAARQTGFVSGTPVLCGLGDAGAATLGVGVLDDEDAYLHLGTTGWLARLTQTDPVGDMPVGTIFRLAGIIAGKTLQVAPVLNAGNILQWALTLVGHRPGEDCAEYFHMAAAEVQGVTVPDGLLFVPYLHAERCPVELPAPRGALLGVTGATTRAQILLAVLEGAALSLRWCAELLGMEKVGLLKVVGGGARSEAWLRMIADNLNVSLLVKPDAHLHPLRGLAALAAVELEWSHSIQDFLREADLRSNILHPQPCDEGRRRRKFERFKQCVETLGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of xylulokinase from Chromobacterium violaceum
rcsb
molecule keywords Xylulokinase
molecule tags Transferase
source organism Chromobacterium violaceum
total genus 162
structure length 497
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2009-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hz6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hz6A01
4HWIA 4H03B 4BGAA 1WOQA 5AQJA 1TYQA 2Q0RA 3SMSA 5AQIA 1LOTB 4CZKA 3H1VX 3DXKA 5AQYA 4BRPA 5KQDA 2V52B 1NBWA 1JCEA 3UE5A 4B1VA 1ESVA 2E2QA 2HMPA 1S3XA 3ULEA 1YVNA 2VWBA 5FPEA 1TUUA 1BDGA 4BRDA 3P4IA 3VF4A 1QHAA 3WXKA 2P9SA 5JICA 3HM8A 2IVNA 3BEXA 2A6AA 1YAGA 1X9JA 1T6DA 5EOYA 4MLHA 5JLHA 3SJHA 1GLDG 1R59O 3TPQA 1V4TA 5AZIB 4KBOA 2A5XA 4EHTA 1QZ6A 4A2AA 3MN7A 1GLAG 4IJNA 3VGKA 5LY3A 3VENA 2QM1A 3VF6A 2ASOA 1TYQB 4M7XA 1OKJA 5AQQA 5EXWA 4FOEA 3DXKB 3LM9A 5AQXA 3SK3A 3GE1A 4ISGA 1Z6RA 1CZAN 4FWLA 5KPTA 3AY9A 1IG8A 3WUHA 2BUPA 3L4IA 2A41A 2P9UB 2E2PA 3ULEB 3LDOA 2BTFA 4QS8A 4FPBA 3WXIA 4FWSA 2P9SB 4CI6A 4BQLA 1RFQA 3O1BA 3VEZA 1HUXA 2GTDA 4Z94A 2FF6A 4B1XB 5LJWA 5F1XA 2ZF5O 3H3NO 3LM2A 2P9LA 1GLBG 3VGLA 3L6QA 1KXPA 4BC3A 2V51B 1KAXA 2Q97A 2YHYA 2Q0UA 2P9PB 1GLCG 3EKUA 2P9PA 4A61A 3WXJA 3VESA 3CQXA 3CI5A 2HF4A 3VEXA 3CJCA 1K8KA 1MWMA 4O8KA 2QWOA 1SAZA 1U2VA 2CGKA 5KPRA 5JMVA 4RTFD 3OHRA 2W41A 4AM7A 3BF3A 4BRIA 3MCPA 3ZX0A 4PKIA 3A0IX 4L3QA 3MN9A 3GL1A 2ZGZA 3ID8A 5AQGA 2E8AA 1KAZA 1J6ZA 2P9NB 5E26A 3ZEUA 4B9QA 1ATSA 5AQTA 5AQWA 2P9LB 5BRDA 1P8ZA 1JCFA 3W0LA 4DCHA 2WUSA 2ASPA 4H5RA 4Y0WA 1BU6O 3VOVA 1NMDA 4CZHA 2IVOA 3UB5A 2YI1A 5AQNA 4MO4A 3DXMA 4BREA 4BRGA 3A5OC 3FLCO 3LDNA 2CH6A 3VGMA 3UKRA 4B1UB 3DWLA 5TKYA 5FPDA 4BR9A 1T44A 1K8KB 2E1YA 1YXQA 5BPMA 4WQ4C 1U2VB 1Y64A 3MK6A 4A2BA 5BREA 1GLEG 3SLCA 3FZMA 1XC3A 3QFUA 4CD3A 3ZX3A 2GELA 3EN9A 2P9IA 2P9UA 2YJFA 3BUZB 4M7YA 2QWRA 3GOIA 2A3ZA 2CH5A 3SMPA 3M1FA 4YDUA 3H46O 4M63C 4H5NA 4BR5A 2QWQA 3U9DA 3ZEUB 4AM6A 3O8MA 4RWTA 2E1ZA 1HLUA 4BG9A 2ASMA 1ZXOA 4IJAA 5AQPA 4BG8A 1G99A 3ENOA 5AQKA 5AQFA 1ATNA 5EY4A 4HTLA 4CZEA 4BR7A 1RGIA 3R8EA 3WEEA 2YCHA 3MN5A 3DXMB 3UKUA 3ATVA 4BRCA 2CGJA 1C0FA 3H45C 3UKRB 3CJ9A 2A42A 4WQ5C 3O08A 4NB4A 2P9KA 4ISEA 3C7NA 4FWRA 4GNIA 3LDLA 1BA1A 1U6ZA 3O5BA 3O6WA 2P9IB 4ISFA 2Q36A 3A5LC 3LDPA 4FWKA 2VCPA 1ATRA 3DJCA 3HBTA 2QWPA 3MN6A 4RCHA 4JHDA 2ZGYA 5AQSA 4EAHD 3GDQA 4H5WA 1HKBA 3QMLA 3KVGA 5B8HA 3IMXA 2P9NA 5JLFA 1GLLO 1NM1A 4JNEA 4WYBA 5I9EB 3VEOA 3RSEA 4A62A 4K42A 1SQKA 2PBDA 4C23A 3WEEB 3J8AA 3QDKA 2KHOA 3FZKA 3CETA 4H0XB 5ADXH 4CZLA 2I7PA 3FFKB 3UKUB 5ELZA 3VPZA 3VEYA 4K43A 3KHYA 3AAQA 3EZWA 1HJOA 4H0VB 1D4XA 2V7ZA 4CBUA 2P9KB 4LC9B 4FL9A 4FWOA 3C7NB 5BR9A 4IWVA 3I8BA 3FZLA 3IDHA 3M3ZA 3D7EO 4DB3A 3R6MA 5AQOA 4JN4A 3U4LA 4BRLA 4GY2B 3HTVA 2QW9A 1BG3A 4JHDB 3H3OB 4FO0A 3ZETA 3R9PA 4BRHA 1JCGA 2UYTA 1QQNA 4FWMA 4BVOA 1TUYA 1WUAA 4BRKA 4PKGA 3ENHA 3F9MA 4NO7A 1DKGD 1YUWA 4CZJA 1NGEA 3FE1A 1XQSC 3RSEB 4H5VA 2CGLA 3QBWA 4BRFA 1BUPA 2YHWA 2QXLA 4K41A 3EL2A 3O80A 3FGUA 4BR0A 4IZ9A 1H1VA 4J8FA 3DAWA 2QWLA 3JS6A 4FWQA 3CERA 4PL7A 3VEWA 3M6GA 5F2RA 4E1JA 3D2FA 1GLFO 3ATUA 4CZMA 2VYPA 1HKCA 2I7NA 4DQ8A 3FZHA 5BPNA 1GLJO 4FWNA 5F0XA 4MO5A 1NGCA 2FSJA 1QZ5A 3O4WA 5BN9A 4CZGA 2Q1NA 3A5NC 5KPZA 3MMVA 1NGAA 1NGGA 5BPLA 3A8YA 4XEIA 1NGBA 1X3NA 2EWSA 5AQMA 2AA4A 3HI0A 5AR0A 3LDQA 4CBXA 3BF1A 3FR0A 4O5FA 4BROA 2D0PA 3ZETB 5BRFA 2J4RA 1NWKA 2GWKA 3KZBA 1DEJA 3QB0A 1LCUA 1MDUB 2QWNA 2AP1A 4JD2A 5BRHA 4H5TA 4IO8A 4DHYA 5EVZA 5AZJA 3QBXA 3VEVA 5AFUH 2Q31A 3HSCA 1X3MA 3B8AX 4CBWA 3WT0A 3CJ1A 1BOTO 2H3GX 4WQ5A 1EQYA 4BQZA 3VF2A 4BRAA 3H6EA 3CIPA 2NRHA 3D2FB 3CJAA 3VETA 4MLEA 4FOIA 4YDUC 5AQRA 1MWKA 4F9OA 3O1WA 5AQZA 4CZIA 4XH5A 2FSNA 2D0OA 2W40A 1S22A 2QWMA 1E4FT 5CE3A 4BC5A 5ADXA 2A40A 4B1ZA 4I6MA 3U9ZA 2DPNA 1NGJA 1QQMA 5FPNA 3IUCA 2IVPA 1V4SA 4BC2A 1NGFA 4EIAA 4QS7A 4PL8A 4JD2B 4XH1A 4BVPA 4H0TB 1BWFO 2YJEA 5AZJB 1HKGA 3L0QA 5E84A 2E20A 2E2OA 3G25A 4H0YB 3U8XA 3W3DA 4EFHA 2FXUA 3ZX2A 2E88A 4EHUA 3GG4A 3MDQA 2E2NA 2HF3A 4FPAA 4QS9A 3WQUA 2V7YA 4BR2A 2YHXA 4H0OA 4JAXA 2NLXA 1NGIA 5AQHA 5AQLA 3WXLA 3C0BA 4BRQA 4CZFA 2PAVA 1C0GA 2ITMA 4BRMA 4BC4A 2FLOA 3D2EA 1T6CA 1ZC6A 3CJ7A 3AAPA 2GEMA 5KQ8A 1SZ2A 2D1KA 1HPMA 1Q18A 1E4GT 5LJVA 2F9WA 2ZWHA 4I6MB 3FZFA 1ZBSA 4H0PA 3WQTA 2D4WA 2FSKA 3HZ6A 2Q2RA 4CD1A 1NGDA 3I33A 4IXCA 3CQYA 5EX5A 3EKSA 4B1WB 3H1QA 5BN8A 1BO5O 3GBTA 4FSVA 3IFRA 1XUPO 2OANA 3QICA 1NLVA 4K25A 1KAYA 1IJJA 2GUPA 3VERA 3CJBA 2NZTA 3BP8A 1RDWX 4PKHA 1MA9B 4WQ4A 3TU5A 2F9TA 4B1YB 3LL3A 5AFUA 2FF3B 3A5MC 4FWPA 3S41A 4BRNA 3D2EB 5AQUA 3CHWA 4BGBA 2GWJA 3QFPA 5AQVA 1HX1A 3JXUA 4XH4A 4BR4A 1Z05A 4CJ7A 1NGHA 5FPMA 1BA0A 2HOEA 2IIRA 3EO3A 5AZIA 1QQOA 1DGKN 3AARA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGJA 3F5TA 3TI0A 5AQJA 4DSKA 5AQYA 4CHYA 2G8KA 4BRPA 1FJGK 5KQDA 5C15A 4KTWA 3AVKA 4JK7A 1ZBHA 2RHKA 5M1QA 1S3XA 3BY5A 1YVNA 1VQMN 5FPEA 3P4IA 4X65K 1BISA 3VQ7A 2P9SA 3THWA 1DT9A 4OLAA 5JICA 3CCLN 3HM8A 4GKJK 2KZZA 2DFHA 4V19S 1C0UA 2Z1IA 1KVBA 4U7BA 3OJSA 1GOAA 4IDHA 4KBOA 2A5XA 2ZE2A 4CK2A 1O1WA 1KVCA 2QM1A 2NRWA 5AQQA 2YV0X 1RDUA 5AQXA 4HVJA 5CR4A 4ISGA 1CZBA 5FDLA 1CZAN 3E1YA 1ASWA 2HNZA 2BUPA 3DYAA 2A41A 2G8HA 3SCXA 4H8KA 4UY8O 4NYFA 4QS8A 3CCSN 4FLVA 4BE0A 4IBNA 4OPJA 2P9SB 3THWB 1N5YA 1VSMA 1WSIA 3K9JA 4JKCA 1HMVA 1HUXA 4Z94A 4JI8K 2FF6A 4B1XB 4AF1A 3CMEN 5F1XA 3ASMA 4CE9A 2X74A 1GLBG 2DTUA 1RBSA 3N4QA 4JS4A 5CZ1A 5GADP 1HPZA 1GLCG 4CVNE 4GVMA 2P9PA 4CJKA 2WFBA 4JKFA 3WXJA 4OLBA 1QSLA 3LWMA 3VQ9A 3CJCA 1K8KA 4BY9C 1FKOA 4O8KA 4B9NA 1U2VA 1OH5A 1JXBA 4RTFD 4F2RA 4Z4EA 2W41A 3VQQA 3BF3A 2VWKA 1BCOA 2YNHA 3S3NA 2QEXN 4PKIA 4NLBA 4HCCA 3DI6A 1KVAA 3GL1A 3LP0A 4CK1A 1KAZA 3G4SN 3K9KA 3O3FA 3CFRA 3OYEA 2YX6A 1C0TA 3QIOA 1P8ZA 1LV5A 1YT3A 1Y97A 3LAMA 4GV9A 4CGHA 1HNWK 4LH4A 2IVOA 2YI1A 1BIZA 2UUCK 3DXMA 1WSEA 2F4VK 3NCIA 3UKRA 4B1UB 5TKYA 1JLCA 1JL2A 3CPEA 2E6MA 1K8KB 4UQGA 4Z4IA 1U2VB 4DTOA 3TR8A 3TARA 2HHUA 4YOUA 4CD3A 1TAQA 4NXMK 2YJFA 3VMFB 1HYSA 2RPIA 3DLKA 4FJMA 2BANA 1KLNA 3NVMA 3QERA 3GOIA 1RBVA 3NGYA 3SMPA 3S3MA 4W5QA 2ATQA 4XIUA 3H46O 4IFVA 4BR5A 3U9DA 2XY5A 3U3GA 1IKXA 4BG9A 3J7ZO 4BG8A 2JLEA 2HBLA 4WCEL 3CM5A 3SQ4A 3BZKA 3RWUA 5AQFA 1ATNA 2P1JA 4CZEA 4BR7A 3WEEA 1ZBIA 1C1AA 2XY8A 3DXMB 4CF0A 3UKUA 2UUBK 1K9MO 3UKRB 3HVTA 3P38A 1VHXA 4ISEA 4FWRA 4A5BA 2FBVA 3L4QA 3CCVN 3O5BA 4FJGA 3LP1A 4ISFA 3RTVA 2Q36A 3A5LC 3WXMB 4FWKA 4CJFA 3RMBA 2VCPA 3HBTA 2QWPA 2RF2A 4RCHA 4JHDA 3NF8A 4FM2A 4LD0A 1NK7A 1D9DA 2HHQA 2EHGA 3OYKA 5JLFA 3KLIA 4MDBA 5B8HA 1IV0A 4R5PA 4CEOA 1XI1A 4JNEA 3EE9A 1K6YA 3NH0A 2ZJPL 3F9KA 3VEOA 1TL1A 3RSEA 5BR8K 4KTQA 5EU7A 4C23A 4CEAA 1CLQA 3WEEB 4DR4K 3QDKA 2KHOA 3FZKA 3CETA 4H0XB 5ADXH 4M3TA 4ELTA 3UKUB 4QCLA 5ELZA 3TAGA 3AAQA 2W42A 3DRPA 4W5RA 2X6NA 3Q7CA 3JSMA 4OJRA 1D4XA 3AO4A 1ZBFA 4LF7K 4LC9B 3DOLA 5BR9A 3I8BA 4O55A 3SUNA 4FCYA 3CD6N 3FZLA 3L2QA 2NRZA 3M3ZA 3D7EO 3R6MA 4LF4K 1VQON 1WAFA 5CYQA 1ZYQA 5DMRA 4L8RB 4GVEA 4JHDB 4DV3K 3R9PA 1C1CA 1TUYA 1WUAA 2HBMA 3ENHA 2VG6A 4NO7A 1DKGD 3RMAA 4KHNA 3RSEB 4H5VA 2CGLA 3QBWA 2YHWA 5AJ3K 3O80A 4BR0A 3M8QA 4FWQA 1JJ2M 3M6GA 1BQMA 5F2RA 3D2FA 1HKCA 1GLJO 3HRGA 4FWNA 4AH9A 5F0XA 1QZ5A 2Q1NA 3UIQA 3OA9A 5KPZA 2AJQA 3K0SA 4BDPA 2QTDA 1NGGA 2DFFA 3WNHA 4I9QA 3HYFA 4GW6A 1X3NA 5SZTA 3CCRN 3DM2A 4E1NA 1Q82O 1IKVA 5BRFA 2J4RA 4DR5K 4DV4K 3V6DA 3O9QA 4FVUA 1RTIA 3F73A 4DHYA 3QBXA 3SUPA 4PHTX 3SAGA 3P1GA 3B8AX 1YJ9N 3CJ1A 1YITN 2PZSA 3G10A 1LAVA 4AILC 3VF2A 4BRAA 4FLTA 3AO1A 3CIPA 2F96A 1HQEA 3D2FB 4IDKA 3HSTB 3CJAA 3AA4A 4MLEA 1NJXA 4FOIA 3LP2A 3MCAB 1VQ7N 1F21A 4CCHA 3O1WA 3C6AA 4ZTJA 3KD1E 2W40A 3AO3A 4NLCA 4YHHK 2RN2A 4WF9L 3K59A 2DPNA 4CJEA 1FKPA 1NGJA 2IC3A 5C2FA 1YHQN 3IUCA 2IVPA 2Z1GA 4DUYK 4W5NA 4FK2A 4QS7A 3TABA 4JEPA 1C1BA 4F4KA 2O4IA 3DRRA 3PO5A 3DOKA 4DSIA 4DQRA 2E2OA 4CHZA 3B6PA 3W3DA 2WOMA 3SV3A 4CHNA 3MDQA 3MXJA 2HF3A 4ZTFA 3AVAA 2V7YA 2HMIA 1N32K 4BRQA 4Z0UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2KKZ A;  1QHT A;  2YHX A;  4H0O A;  1NGI A;  3VQB A;  3AVG A;  3WXL A;  3C0B A;  4DQQ A;  2PAV A;  3THY B;  1KSP A;  1VSD A;  3D2E A;  4CJ4 A;  3AVI A;  4DFP A;  5I42 A;  2ZJQ L;  1Q18 A;  2EX3 A;  3VQP A;  4I6M B;  3OTO K;  3ZSY A;  5J2M A;  2HHT A;  3TAN A;  4IOX A;  3CF5 L;  3C95 A;  4CFD A;  3HZ6 A;  4CD1 A;  1NGD A;  1S72 N;  2W6K A;  3H08 A;  4F8R A;  1D9F A;  2YNF A;  3CQY A;  2FBX A;  3T3F A;  5EX5 A;  3SV4 A;  4B1W B;  2OYQ A;  3GBT A;  1EX4 A;  5J1E A;  3K2P A;  1LWF A;  4KHW A;  1IJJ A;  3CJB A;  2NZT A;  2BDP A;  4HCB A;  4PKH A;  3OYL A;  1HNV A;  1Q9X A;  2F9T A;  2IDO A;  5AFU A;  2BE2 A;  2FF3 B;  3A5M C;  4FWP A;  4JKH A;  4BRN A;  3D2E B;  3ZSV A;  3ZLJ A;  4IKF A;  4BGB A;  2GWJ A;  4AHU A;  4DTU A;  5H1S Q;  3AVH A;  5CY4 A;  1TL3 A;  3HJF A;  2UXB K;  1NGH A;  5FPM A;  1RDC A;  1BA0 A;  3EO3 A;  1EWQ A;  4F3O A;  4I2P A;  3OYD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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