3HZ6A

Crystal structure of xylulokinase from chromobacterium violaceum
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
500
structure length
497
Chain Sequence
SLAFYIATFDIGTTEVKAALADRDGGLHFQRSIALETYGDGNGPVEQDAGDWYDAVQRIASSWWQSGVDARRVSAIVLSGQMQNFLPLDQDHEPLHRAVLYSDKRPLKEAEEINARHGADNLWSALENPMTAASILPKLVFWRASFPQAFGRLRHVVLGAKDYVVLRLTGRHATDRTNASTTGLYRPKDDAWHVELLADYGFSLDLMPRLLEPGEQVGGVSALAARQTGFVSGTPVLCGLGDAGAATLGVGVLDDEDAYLHLGTTGWLARLTQTDPVGDMPVGTIFRLAGIIAGKTLQVAPVLNAGNILQWALTLVGHRPGEDCAEYFHMAAAEVQGVTVPDGLLFVPYLHAERCPVELPAPRGALLGVTGATTRAQILLAVLEGAALSLRWCAELLGMEKVGLLKVVGGGARSEAWLRMIADNLNVSLLVKPDAHLHPLRGLAALAAVELEWSHSIQDFLREADLRSNILHPQPCDEGRRRRKFERFKQCVETLGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Xylulokinase
publication title Crystal structure of xylulokinase from Chromobacterium violaceum
rcsb
source organism Chromobacterium violaceum
total genus 162
structure length 497
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2009-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hz6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hz6A01
4BRGA 1Z05A 4FWNA 4B1ZA 2A41A 2YJEA 3DXMA 3M3ZA 4BREA 4BRMA 2QWMA 4EFHA 2D0PA 3O1BA 2ZGYA 1QHAA 4B1WB 5JICA 1JCGA 4FWLA 1HKGA 3VF2A 4BVPA 1TYQB 3EN9A 2YHXA 2FF6A 2Q36A 1ZBSA 2CH6A 4CD3A 3P4IA 2AP1A 3HSCA 1NGJA 4H5TA 1H1VA 1ATNA 4BGAA 4CBUA 3S41A 5F1XA 4GY2B 2ZWHA 4PKIA 2F9WA 4JNEA 3ULEA 3ZETB 1DKGD 1TUYA 2P9IA 3CIPA 3BEXA 4JD2B 1QQOA 3MN6A 4H0VB 2W41A 4EHUA 1NMDA 5AQJA 3WXJA 3F9MA 1J6ZA 3UB5A 4CD1A 4BRHA 5AQHA 4BR5A 4NB4A 5EOYA 2FF3B 1X3MA 1GLAG 1NGAA 1TUUA 4EIAA 2E2NA 4E1JA 4BRDA 5KQ8A 2VCPA 5AQZA 3CHWA 2NLXA 4KBOA 3WUHA 1CZAN 4JAXA 4BG9A 3FFKB 2A40A 1ATSA 3UE5A 1E4FT 3MMVA 5AQWA 4K42A 3VGLA 3H1QA 2IVPA 4EAHD 1IJJA 1NGDA 1RDWX 3FZLA 1U2VB 3GG4A 3ID8A 3CJCA 3QICA 3VF4A 2OANA 3MN5A 3KHYA 4CZKA 3A5LC 5BRDA 2AA4A 4BGBA 5B8HA 1BUPA 2CGLA 3LM2A 3LL3A 4XH5A 1T6CA 4WQ4C 5AQVA 4BR2A 4C23A 2QWLA 3VGKA 4WQ4A 3DXKA 4BR7A 1MDUB 1SQKA 1R59O 2IIRA 1GLLO 4XEIA 3AARA 5EX5A 3ZETA 3VEYA 3U8XA 4GNIA 4DQ8A 4JD2A 3VF6A 4O5FA 2E2OA 4MO5A 4H5NA 3H3NO 3QMLA 4ISFA 3SJHA 3C0BA 3H45C 2QWQA 1G99A 1HJOA 4RWTA 1GLJO 4MO4A 2I7PA 4CZGA 3AAPA 3ZEUA 1WOQA 1LCUA 1YVNA 4FWOA 2NRHA 3VESA 3CERA 2VYPA 3FZHA 2E1YA 1BA0A 1DGKN 2A5XA 3CQYA 2DPNA 2Q0UA 3I33A 3I8BA 5AFUA 1BG3A 3O1WA 1Z6RA 4BRKA 5BPLA 3O6WA 4H0TB 3KVGA 2YI1A 4PKGA 2Q31A 1NM1A 1XUPO 2HOEA 1GLCG 5F0XA 4Z94A 4WQ5C 5AQOA 3LDPA 2P9KA 3CJBA 2YCHA 2ASPA 4WQ5A 3A0IX 1KAYA 2FXUA 4HTLA 1HUXA 3ZX3A 5BR9A 1ZXOA 2HMPA 4CZIA 4Y0WA 4CZFA 1GLFO 3A8YA 3BP8A 1V4TA 3CETA 1SAZA 2IVNA 2E20A 3WQTA 3U9ZA 3VENA 5FPEA 3DXKB 4BRNA 1D4XA 5AZIA 4FWSA 4XH4A 4AM6A 3BUZB 2IVOA 3HBTA 3R8EA 4IJNA 4EHTA 3WEEA 3FZKA 1NGHA 3VETA 4CBWA 2QWOA 2D4WA 3VPZA 1BA1A 3VEXA 4BRCA 1Y64A 3O5BA 3EKSA 2D1KA 5ELZA 3O80A 1NGEA 1X3NA 3RSEA 3H3OB 2CGKA 3MCPA 2FSNA 4CZMA 2PAVA 1BWFO 1OKJA 5BRHA 1NGBA 3ZEUB 5KPRA 2D0OA 4JHDA 2Q2RA 5EXWA 4B1UB 2QWNA 1GLDG 1BDGA 5KPZA 3R6MA 4BRIA 3D2FB 5BN8A 3FLCO 4FPAA 3BF1A 3O8MA 3SMSA 4CZEA 4F9OA 4RTFD 2P9LB 1C0FA 5AQKA 2I7NA 3W0LA 1X9JA 4BG8A 3JS6A 3CJAA 2H3GX 1NGGA 3ATVA 3CI5A 2Q0RA 2P9SB 3HTVA 4K41A 1KXPA 5E84A 2GELA 5AQIA 1IG8A 5JMVA 2ASOA 3VOVA 1K8KB 4XH1A 1U6ZA 2EWSA 2KHOA 3LDQA 3BF3A 4ISGA 4FL9A 4H0PA 2P9KB 3MDQA 4BC4A 2ZGZA 4FSVA 3QBWA 1NGCA 4JN4A 5AQFA 5BN9A 3VGMA 3ZX0A 3SMPA 1YUWA 5JLFA 4A2AA 4BRPA 3QFPA 4BVOA 5AZIB 3UKRA 3FR0A 4M7YA 3WEEB 4CJ7A 2CH5A 3FZMA 1MA9B 3LDLA 3B8AX 3LM9A 1MWKA 3HZ6A 2HF3A 3D2FA 1S22A 2E2QA 2GWJA 2E1ZA 1GLBG 5AQYA 4CI6A 2BUPA 3RSEB 4L3QA 2P9NA 2NZTA 2ASMA 5AQLA 2FLOA 5AQGA 2P9LA 4H5VA 3U9DA 5BREA 3QFUA 3VEOA 3M1FA 2P9SA 4JHDB 3FGUA 1T6DA 4H5WA 1DEJA 1YAGA 3HM8A 4BRFA 1K8KA 5FPNA 5BPNA 4FPBA 5TKYA 4B1XB 1ZC6A 4IO8A 1EQYA 4IJAA 3CJ7A 4LC9B 5AZJA 5AQXA 1WUAA 5BRFA 1S3XA 2WUSA 1NBWA 3SLCA 2VWBA 5AQNA 2QWPA 4QS7A 4A2BA 4PL8A 3GOIA 4PL7A 2A42A 3GDQA 1KAXA 4BR4A 1NGFA 3ATUA 5ADXH 3MN7A 4AM7A 3IMXA 3LDNA 3VEWA 4FWRA 1ESVA 1GLEG 2F9TA 3IDHA 5AQRA 3VEZA 3QDKA 2UYTA 2ZF5O 3CJ9A 5LY3A 2E2PA 1SZ2A 5CE3A 3MN9A 1NGIA 3CQXA 3GL1A 3QBXA 2V51B 3H6EA 5AQUA 3AAQA 2YJFA 4BQZA 4I6MA 5FPDA 3D2EA 4BRAA 4DHYA 3QB0A 4H0XB 4CZLA 5E26A 5KQDA 2FSJA 4FOEA 5F2RA 5AQPA 4YDUC 3C7NA 4YDUA 1HPMA 4O8KA 3JXUA 4WYBA 3J8AA 3UKRB 4HWIA 4QS9A 1YXQA 4MLEA 2E8AA 3D7EO 3EZWA 3DJCA 1RFQA 3O4WA 1ATRA 3DAWA 2P9UB 5AQQA 3WQUA 2FSKA 3VEVA 1HKCA 4BC2A 4DCHA 1NWKA 3UKUB 1RGIA 5EY4A 2P9NB 3ENHA 4ISEA 5AQMA 1BOTO 4BC3A 2P9PA 1HLUA 3O08A 4IZ9A 3A5NC 1T44A 3WXLA 2V7YA 3EKUA 4BC5A 5I9EB 3EO3A 3HI0A 1JCFA 2GEMA 2Q97A 4IXCA 3GBTA 5BPMA 5LJWA 2BTFA 3IFRA 1BO5O 3A5MC 3WT0A 4QS8A 3G25A 3W3DA 4B1VA 5AQSA 5AZJB 3H46O 2Q1NA 1LOTB 3L6QA 1QQNA 3WXIA 2QW9A 4FOIA 2YHWA 2A6AA 3GE1A 4H0YB 4NO7A 1XC3A 4CZJA 5EVZA 4BRQA 4DB3A 5FPMA 2W40A 1TYQA 3FE1A 4H5RA 5KPTA 4A61A 3CJ1A 4BROA 3OHRA 1QZ5A 3DWLA 3FZFA 3LDOA 4H0OA 4BR9A 4CZHA 4IWVA 3DXMB 4BR0A 4BQLA 3ENOA 1HX1A 4H03B 5AR0A 3L0QA 1QZ6A 1MWMA 3KZBA 3H1VX 1KAZA 3U4LA 1C0GA 3TU5A 2P9UA 1E4GT 2GWKA 4PKHA 1BU6O 4I6MB 3D2EB 3VERA 2YHYA 3UKUA 4CBXA 1P8ZA 2V7ZA 3EL2A 5LJVA 3M6GA 1Q18A 4FWQA 3C7NB 4MLHA 4M63C 1NLVA 4FO0A 1JCEA 4BRLA 3ULEB 4M7XA 4A62A 2J4RA 2E88A 4FWKA 3ZX2A 2P9IB 4K25A 4B1YB 3SK3A 3AY9A 2GUPA 1XQSC 2ITMA 3L4IA 4FWPA 3WXKA 3R9PA 1V4SA 4RCHA 1QQMA 4B9QA 2V52B 5ADXA 2GTDA 1U2VA 2P9PB 2PBDA 2QXLA 3TPQA 2CGJA 2A3ZA 1HKBA 4FWMA 3A5OC 2QWRA 4K43A 5AFUH 3MK6A 4J8FA 3IUCA 5JLHA 5AQTA 2QM1A 2HF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJXA 4BRGA 1X9SA 4M3YA 4FWNA 1JLBA 2E4LA 4B1ZA 1SV5A 3C6TA 3NGYA 3AVNA 4BRMA 3ITHA 2D0PA 3O1BA 2ZGYA 4JI5K 1QHAA 4IDHA 4B1WB 4DV2K 4F3OA 2PYLA 4BDYA 4J2DA 3VF2A 3EN9A 2FF6A 2CH6A 4RG8A 4FJJA 3V4IA 2UUBK 1VSEA 4FM0A 3C6AA 4GY2B 2F9WA 4DQQA 1JJ2M 3ZSXA 2IOCA 1TL3A 5C2DA 4JK8A 2UXDK 1RDDA 1DKGD 1TUYA 2P9IA 3OYDA 1VRTA 1QQOA 3MN6A 3A2FA 4EHUA 1XI1A 4CD1A 4BR5A 5AQHA 4DF4A 1YTAA 5HP1A 1GLAG 4EIAA 1TUUA 4E1JA 3O4QA 3PX6A 5C10A 3WUHA 1CZAN 1ZBHA 4JAXA 4BG9A 4CGHA 1WSHA 3FFKB 2DFHA 2A40A 3VQDA 1T3VA 1RBUA 1E4FT 4CEBA 1FKOA 3VGLA 2OTLN 3ZCMA 4OPJA 2UUCK 4G9ZA 3FZLA 4W5OA 2WONA 4C1NK 4B9SA 1U45A 3QICA 3ALYA 5D3GA 3THXB 4CERA 1RBSA 4CHOA 5SWMA 1QTMA 3MN5A 4CZKA 5BRDA 4BGBA 3OYLA 3LWLA 1BUPA 3LM2A 3QIOA 4BR2A 4B9LA 4WQ4C 4BR7A 3F73A 4ELUA 3AVCA 5DMRA 4XEIA 3F5TA 5EX5A 1EWQA 3AVGA 4DU3A 1Z25A 3B6PA 3AA2A 4JI3K 3V9UA 3K9KA 3VF6A 4O5FA 1N32K 4H5NA 2QI2A 4NYNA 4OJRA 3SJHA 3QLHA 3V9SA 4FJ7A 5CYQA 1G99A 1HJOA 1GLJO 3MX5A 3RTVA 4CZGA 3K57A 2ZJRL 4ELVA 1YVNA 3JYTA 3C6UA 4FWOA 2NRHA 2AJQA 3VESA 3FZHA 3KLGA 2E1YA 4FLUA 1BQMA 3TABA 1RBVA 4DSKA 3NVMA 5LMUK 1HQEA 2HNYA 3I8BA 3L3VA 4L8RB 4KO0A 4YOUA 5JVHL 1VQLN 1XUPO 2HOEA 1WSFA 1GLCG 5F0XA 4OPKA 4DR4K 5AQOA 2P9KA 3ZSRA 3T1AA 3ID6A 2ASPA 3SI6A 4EZ9A 3A0IX 1KAYA 4HTLA 3ZX3A 1S1VA 3VMFB 3BP8A 2OPSA 3K5OA 1TKDA 1LV5A 2HHSA 1SAZA 4O0JA 4F8RA 3CCJN 5FPEA 3CCLN 1NMNA 5AZIA 4BY9C 1L3SA 3HPOA 1M90O 5FDLA 3WEEA 3FZKA 4CBWA 2R7YA 1EWRA 2HHTA 2D4WA 3VEXA 3DI6A 4BRCA 3CD6N 3QEVA 3TARA 3EKSA 3TTFA 1NGEA 1X3NA 2KKZA 4DV0K 2PAVA 4J2EA 1OKJA 5BRHA 4Z4GA 1NGBA 3Q7BA 2D0OA 3ISNC 2QWNA 2X6NA 4ILHA 3KK3A 3D2FB 3KKSA 1NOYA 3Q7CA 4FPAA 3HM9A 3VQ6A 4CF1A 3N4PA 1VSKA 1C0FA 2O8EB 3KK1A 3W0LA 2A1RA 4NCAA 4KHSA 3ZSQA 1L3TA 5JMVA 3RMCA 1LW2A 4DFMA 4XH1A 1FW6A 3OBWA 2KHOA 3O3GA 4GMJB 4O8UA 4MFBA 2HBKA 4RW7A 3I8DA 3MDQA 4FSVA 3QBWA 1NGCA 3KD1E 5AQFA 2ZD1A 3G10A 1G15A 2O8DB 3ZX0A 1WAFA 1S9GA 3SMPA 4YOTA 5M1KA 3ZLJA 1UA1A 1DT9A 1ASWA 4KH6A 3LALA 1J54A 5C0YA 3L2VA 1BQNA 4RW4A 5GIPA 5EU7A 2YHBA 3UKRA 4CECA 4CHQA 1HNZK 4YOWA 4GKJK 4CJ7A 3FZMA 1NK6A 1MA9B 4FM2A 1EKEA 1W9HA 3OYEA 1RNHA 2E2QA 2GWJA 3NHGA 5AQYA 2IDOA 4B9UA 2P9LA 3NAEA 3HO1A 3RR8A 4IOXA 1NJWA 3V9WA 4CJSA 4YOVA 1T6DA 1C0TA 4H5WA 4CK2A 3CCMN 4DFPA 3K5MA 5TKYA 1ZBIA 4IO8A 1HNXK 1EQYA 1OH8A 2W6KA 1XWLA 4LC9B 3SBGA 5AZJA 5AQXA 1ZBFA 1LWFA 5AQNA 1VSHA 5AJ3K 4U7BA 3OYFA 3T69A 4DR3K 3SUQA 4KB1A 4GW6A 2YNIA 4PL7A 3GDQA 3VTHA 2QEXN 5ADXH 1HMVA 5TKWA 1Q82O 3O3HA 4FWRA 3WXMB 4OVLA 2F9TA 4AF1A 4FLVA 3G4SN 5AQRA 5J2PA 1SS6A 4LH4A 3K9JA 3HOTA 1SZ2A 4NLCA 1WNSA 1NGIA 3CQXA 3V9XA 3H6EA 4LSLA 1Q9XA 4KHQA 1IH7A 1UWBA 1KLMA 4BQZA 4M3XA 4BRAA 2FSJA 3DOLA 5AQPA 1DTTA 3C7NA 4YDUA 1J53A 4FJ8A 4WYBA 3J7AP 1TL1A 4MLEA 4AH9A 4O44A 3DJCA 5KI6A 4YY3K 4BACA 1ATRA 3DAWA 1UA0A 4LFCK 3CQ8A 2QKBA 2FSKA 4PUOA 3DMJA 1NWKA 5EY4A 4C1NI 2P9NB 5AQMA 4DLGA 3PX4A 2OCEA 1NK0A 1T44A 3QIPA 2V7YA 3EKUA 5K14A 4AHCA 4CW7B 1JL1A 3SQ4A 1JCFA 4DKWA 4GV3A 3SBTA 2Q97A 3OYJA 1HNWK 3IFRA 3W3DA 4B1VA 3MEGA 4DS5A 4NCGA 2UUAK 2QW9A 4FM1A 3ZSYA 1W2BM 4KTZA 5KPTA 2HB5A 1VQ6N 1RTIA 1J5EK 2YNHA 5C12A 4FJGA 3QETA 4H0OA 4BR9A 4YORA 3HOSA 1RT6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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