3ZT3A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt3A00
4AHSA 3ZT3A 4CHNA 2X78A 3VQPA 3VQ7A 1KFSA 4CF0A 3AO3A 4IG3A 3THVA 4IDKA 3DOLA 1TK8A 3OYLA 4FK2A 1BCOA 4F8RA 4N76A 1LAVA 3NAEA 1XC9A 3SQ1A 2PYJA 3RMBA 4CIFA 2PY5A 4DQRA 4CGHA 4CFBA 2ZQBA 1L3TA 2WOMA 1EKEA 2D0BA 4BDPA 1ASUA 3NFAA 5HRSA 4BDYA 3KJVA 4O44A 1KFDA 3WNHA 4E89A 3P5JA 1VSIA 4BE1A 4K8ZA 3ZT0A 4CJUA 4QOZB 1NK5A 3VQQA 3M8SA 1N6QA 3G10A 3KLEA 1RBRA 1TKZA 4BACA 3S3NA 4M42A 4DF8A 1KCFA 1LWFA 3K5MA 3DLEA 1UA1A 1FKOA 1RTHA 4B9UA 4M3UA 1VSFA 3AA3A 4HUEA 1X9SA 1WAJA 3TAFA 2KQ2A 3U6FA 2JGUA 4IBNA 4CEQA 1SL0A 2LSNA 4WE1A 2P1JA 2ZD1A 1UOCA 1JLQA 2HNYA 1IKXA 4F2RA 4E7LA 3TAGA 4LSNA 1KLMA 2IDOA 3V9ZA 3I8DA 2PYLA 4KTQA 4W5OA 4FJ8A 4CCHA 1S9GA 2D0CA 3OY9A 1IH7A 4FJ9A 1VSEA 2XY6A 4Z4EA 2OPQA 4HHTA 4CEZA 4CERA 4RW7A 1U48A 4EZ6A 2G8IA 4FYDA 2GV9A 2X6SA 5C24A 1TK5A 1ASWA 4DTNA 3SPYA 3HYFA 4DG1A 2BDPA 2XRIA 4LY7A 1RT3A 4CGFA 4ZTJA 4K8XA 4BE2A 4FJHA 1HYSA 4CEEA 3AVGA 1RNHA 2E6MA 3ZSYA 2IC3A 1WSGA 2KZZA 3AVHA 3AVCA 4N47A 4AH9A 3V9UA 3TABA 4NCBA 3AA4A 3F9KA 1Q8IA 3V9SA 3RMDA 4PA1A 2DTUA 5J2PA 4DQSA 5CYMA 2RKIA 3V1RA 4CFAA 1DTTA 4CIEA 3QINA 1L3VA 4E0DA 2OA8A 1JLEA 3DRRA 3SYZA 1F21A 4CK3A 2EX3A 2WONA 1HNIA 1RTJA 3ULDA 4DQQA 1BI4B 4I2PA 4JRPA 3MXMA 4CGDA 5FRNA 3I0RA 2O4GA 4GVMA 4DTSA 1KRPA 1S5JA 1WN7A 2R7YA 4M3XA 2XY7A 3O4NA 4OPKA 4KO0A 4ELUA 4FZZA 4JS4A 2KW4A 4KHWA 3HT3A 3QEXA 2IGIA 2HB5A 4J2BA 3SI6A 3MEDA 4O5BA 4B3OA 3OYHA 3ZSWA 4B9SA 4KV8A 1C1BA 5J1EA 1S1VA 2Z1JA 2BE2A 1WSFA 3DLGA 3PO4A 3HPHA 3RR7A 4KPYA 3AO5A 3VQBA 1C0MA 3TR8A 3ZSZA 4OKJA 4CJFA 1HYVA 4FZXC 3D45A 4KHYA 4I9QA 3AA2A 1ZBHA 4KI6A 1JLGA 4DTMA 3QIPA 2FBXA 3RMCA 2F96A 4DSKA 3LZIA 4OKKA 1L3SA 4C8KA 1A5WA 1N5YA 3DOKA 4OLBA 1CZ9A 2IOCA 5FROA 4W5NA 4CJRA 2QK9A 3V9XA 4DSIA 1X9WA 5CZ1A 1QSLA 3WNFA 1S6QA 4DTPA 2X6NA 3C94A 4FW2A 3LWMA 4PQUA 1Z26A 4E19A 1S6PA 4GMJB 4QAGA 5KI6A 4DF4A 4DSJA 4KTWA 4O0JA 3WNEA 5KTQA 3PV8A 2G8HA 3EY1A 1RBVA 1S1TA 4JRQA 4KB1A 3ZSQA 3B6OA 1YT3A 3HVRA 1CXUA 3CM6A 1B9DA 4DSLA 4CFDA 4B9LA 4FM2A 3LPUA 2KFZA 1FKPA 3ZSRA 5I3UA 3L2RA 1ZBUA 1D9DA 2JLEA 1RDCA 3SV3A 5J2MA 4KI4A 1RBSA 3NH1A 4J2EA 3NCIA 1X9MA 1RT2A 3VQEA 5KGWA 4OLAA 1BIUA 4M3TA 4CJTA 4Z4CA 4B9MA 4OGEA 3AO2A 3LZJA 1WSEA 3M8QA 2VWKA 3DYAA 2PZSA 1TL3A 4DTRA 4GW6A 1LV5A 3ZT4A 3KK2A 1CZBA 1S1UA 1T7PA 1TKTA 3KLFA 3NDKA 2Z1IA 4G1QA 4KTZA 1EXQA 2YNHA 4B08A 4DU4A 4DU3A 3QNOA 3RMAA 3C95A 3T3FA 3PO5A 1S1WA 3NE6A 1CLQA 3OYIA 1LW2A 4AHCA 1SKSA 3SPZA 2YHBA 4CEFA 1DTQA 4B9NA 3KD5E 4J2DA 5J2NA 2KFNA 3MXJA 3SUQA 3K5OA 1RBUA 3AO4A 1FXXA 4EP5A 3O3HA 1NJXA 1IKWA 3L2WA 4KRFA 2VG7A 3LP0A 5CZ2A 4FXDA 3I0SA 1SV5A 2HVIA 4FJJA 5E41A 1Z25A 4W5RA 1TAUA 4DQPA 1TV6A 3CM5A 1LAWA 3M8PA 3K58A 4E7HA 4FW1A 3OJUA 2IAJA 3PX4A 4Z4FA 3NF8A 4Q5VA 3KK3A 3BGRA 2Q3SA 3IS9A 1D5AA 1T8EA 3CFRA 4FJLA 4DWIA 1TVRA 4HTUA 2HHXA 1KVBA 4CJ5A 4AILC 3AO1A 1JLFA 3K5NA 3OYCA 1TK0A 2YNGA 4F3TA 3DLKA 1VSDA 4AHTA 3M8RA 3HVTA 2YNIA 3QIOA 3OYDA 4E7KA 1RTDA 4RG8A 4M3WA 4OJRA 4ZHRA 4FLWA 5HP1A 3AVKA 1QHTA 5DMRA 3RRHA 3LALA 3OYKA 1VSHA 4E1MA 1NK4A 1VRTA 3JYTA 2G8WA 3KKSA 4PY5A 1RDAA 2G8FA 3CG7A 3AVNA 1HYZA 3EYZA 1RT1A 4OVLA 4DTJA 1ASVA 4XIUA 3SNNA 2O4IA 4M41A 3OS1A 1NOYA 3K57A 1BQNA 1WNSA 2I5JA 3NF6A 1WSJA 3PUFA 3QO9A 1A5VA 3VQ6A 3CQ8A 4DFMA 1IKYA 2E6LA 3FFIA 4NYFA 5HLFA 1IO2A 1GOCA 3ISNC 4BDZA 4CJ3A 2F8SA 1W9HA 5FRMA 1RT4A 2OPRA 1WAFA 2F8TA 3T1AA 4DS4A 3NF9A 1HRHA 1UWBA 3LP3A 3HJFA 3QEVA 4CFCA 1C0TA 4E3SA 3ZSOA 3TAQA 4OGCA 3QETA 3T19A 4YFUA 1C6VA 3O3GA 3O3FA 5KRTA 1Y97A 3NH0A 2XO7A 3TAMA 3OYFA 2FBYA 1TL1A 4C8NA 1SL1A 4PWDA 4AHRA 1NKEA 5HBMA 1C1AA 1R0AA 2HHSA 4DTXA 3OYAA 3L3UA 1VK0A 2Y1IA 4O55A 4MFBA 4HCCA 4IKFA 1CXQA 1MU2A 3L8BA 1B92A 5SZTA 3AVAA 2QXFA 3HL8A 4FVMA 4I9LA 5J2QA 2HNZA 3ZT2A 1D9FA 3VN5A 1IKVA 4CE9A 1KTQA 4B9TA 3A2FA 2D5RA 4LD0A 3V9WA 3G0ZA 4FJXA 3UIQA 3VQ4A 4FJNA 2X74A 1VRUA 1HMVA 3HXMA 1EETA 1EP4A 3SZ2A 1XHZA 4Z4HA 4OPJA 1L5UA 1S1XA 4HUGA 2NUBA 5HROA 1NJZA 1D8YA 3QEPA 3IAYA 3SQ0A 1U4BA 4PUOA 4AHVA 3HPGA 3DMJA 4Y1DA 3NGZA 1YTUA 1GOAA 3DI6A 2DFHA 3AVFA 4DMNA 1TKXA 1BIZA 1RT6A 4KB0A 1KVCA 3S3MA 1BCMA 1K6YA 4IFVA 2HVHA 1NK8A 1JXBA 1ZBFA 3KK1A 2GBZA 1HPZA 1NK7A 3OVNA 4B8AB 4CEBA 3NBPA 3KTQA 3VQAA 4KHQA 1QSYA 3HP6A 5EU7A 1NK6A 2OPPA 1NKBA 3K5LA 3V6DA 2OZSA 1U45A 4Z4GA 2DFFA 1LW0A 4FJKA 4M3YA 1QTMA 1RTIA 2A1RA 2RN2A 4N5SA 4ID5A 3CFPA 2HHUA 3PX0A 1W0HA 4NCGA 3V1QA 5KRSA 2BANA 3LAKA 3VQ9A 4RW6A 1BI4A 2Z1HA 1NJYA 2B5JA 1S9EA 3P1GA 1REVA 3V1OA 3MAQA 4DTOA 3KD1E 4RW8A 3VQCA 1B9FA 2P5GA 1BISA 2ZE2A 4Z4IA 4BWMA 4FM1A 4CJVA 1T03A 3KLIA 2Z1GA 2G8UA 4FZYA 3AVMA 3ZCMA 1WLJA 4RW4A 1VSJA 4CJQA 4N56A 3TARA 4AHUA 3LANA 3RWUA 3QEWA 1NKCA 1RT7A 4CGIA 4FLUA 3SV4A 3SQ4A 4FLTA 3WNGA 3KLGA 1SKRA 1SKWA 4ICLA 4CECA 4ELTA 4CHZA 1WSHA 3L3VA 4FJ5A 2RPIA 1NJWA 4DSFA 3TWHA 3SUNA 3SUPA 2G8VA 4EZ9A 4CJSA 1YTAA 3HP9A 4TSXA 4LH4A 1RBTA 2KZMA 4FCYA 1YVUA 3DM2A 1UA0A 3MEGA 2HHVA 4CJEA 4JS5A 2P51A 3MECA 4EP4A 3HM9A 3TAPA 2QKKA 4OKEA 4Z0UA 4E7IA 1A5XA 3L2VA 4Q0BA 3OYEA 3QLHA 3DLRA 1JL2A 4W5QA 3SCXA 4CEDA 4DFPA 1L3UA 3IG1A 2E4LA 4CJPA 3MXIA 2HHQA 1VSMA 1VSKA 3D0PA 1ZYQA 1QSSA 1ZBIA 2KTQA 2EHGA 3RRGA 4H4OA 1JXEA 4DS5A 4QCLA 1IG9A 4C8OA 3ALYA 2YV0X 4KKOA 4RW9A 3L2UA 3TAEA 1T05A 4CJLA 4CK1A 4DQIA 4CIGA 3LP2A 3S9HA 2G8KA 3NH2A 3OYGA 1NOZA 4Y1CA 1C1CA 4NYNA 1NK0A 1U04A 1VSLA 4NCAA 3AVIA 1RT5A 3LAMA 4BWJA 1ZBLA 1U49A 3V81A 2OZMA 2HW3A 4F3OA 4BE0A 2B4JA 4CJ4A 1RILA 1XWLA 3RTVA 3AVBA 3PY8A 3BDPA 4KFBA 1U47A 1JLCA 4B9VA 4M3ZA 1J5OA 3E01A 5K14A 4FK4A 4KHNA 2AJQA 3AA5X 2FBTA 3NGIA 3HO1A 2DY4A 2OYQA 4CHQA 3HK2A 5JS1A 5T7BA 1BL3A 1O1WA 2HMIA 1HJRA 3CYMA 4B8CA 3MEEA 4O0IA 3LP1A 4FM0A 5I42A 3RR8A 4CGGA 4ELVA 3NGYA 1KSPA 4FLYA 1Q9XA 1ITGA 1XHXA 4F4KA 3DRPA 1JL1A 3KKRA 4CEAA 4CK2A 2XY8A 3NHGA 4CGJA 2Y1JA 4DU1A 1C0UA 3U3GA 3JSMA 3SUOA 1LWEA 4C8MA 4UQGA 3F73A 2HHTA 4H4MA 3AVJA 3KLHA 4CJWA 4CF9A 4ZTFA 1I3AA 4CF1A 1RCHA 5C42A 5HRPA 4R5PA 3S3OA 3HPOA 1TAQA 3U3YA 3DRSA 4HUFA 4FJIA 4H8KA 4IG0A 1J54A 3LPTA 5D3GA 4CEOA 3OYJA 3HSTB 2OPSA 4MQ3A 4CESA 1J9AA 3K2PA 2YHAA 1SL2A 3IRXA 3C6UA 1SUQA 5DK5A 4CJKA 5HRNA 1HNVA 5KGXA 1RDBA 1LWCA 2D0AA 4LSLA 4CF8A 2VG6A 4E7JA 2HHWA 1BGXT 1EX4A 1UAXA 4IFYA 3CFOA 3VA3A 4N41A 3AV9A 3ZT1A 4DFJA 3QEIA 4C8LA 5CYQA 3NF7A 2P5OA 3LWLA 4KHSA 3K59A 4FJMA 3AVLA 4CHPA 1NK9A 3SQ2A 3EZ5A 1KLNA 4CHOA 4FLXA 1QE1A 5FDLA 1BQMA 4M45A 5SWMA 1RDDA 3ITHA 4DLGA 4FJGA 2HNDA 1KVAA 4DSEA 2B6AA 2ATQA 2FBVA 3TI0A 1QQCA 2ETJA 2VG5A 1GOBA 3VQDA 4O4GA 3ZSVA 5C25A 3PX6A 4HCBA 3O4QA 1FK9A 3TANA 4W5TA 1X1PA 4DTUA 2YKMA 3C6TA 3OYBA 3OJSA 4F2SA 2XHBA 4JLHA 1JLBA 4FLZA 3P83D 1TGOA 3V4IA 2YNFA 1HQEA 3OYNA 3QESA 2XY5A 3OYMA 1JKHA 4E1NA 1J53A 1QS4A 4FK0A 1JLAA 2RF2A 4KHUA 3QNNA 2IS3A 4LH5A 3KIOA 2YKNA 4I7FA 2ITGA 3VQ5A 2VWJA 2BGGA 4HVJA 1XI1A 5CY4A 3QERA 3DLHA 1TKDA 1WSIA 5HRRA 3VQ8A 4KAZA 1BHLA 2W42A 1Q9YA 4L8RB 4ID1A 3OS0A 3L2QA 4CHYA 1I39A 2DFEA 3ZSXA 4YNQA 3LDSA 1G15A 4I2QA 4M3RA 3OS2A 2QKBA 3B6PA 3VA0A 1HQUA 4KREA 4FJ7A 4DLEA 2FC0A 4J2AA 3SJJA 2GUIA 2A1SA 1DLOA 3ASMA 4CF2A 4FLVA 3DLBA 3H08A 4DFKA 5JS2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SAHA 4A5BA 4ISEA 2FF6A 4FK2A 3DOLA 1BCOA 3SMSA 1XC9A 3U4LA 5AFUA 1OVQA 2ZQBA 2WOMA 1EKEA 1ASUA 4BDYA 2Q2RA 3WNHA 1QVGM 4BE1A 4H0TB 4JHDB 3UE5A 1N6QA 1TKZA 2QA4N 3K5MA 1UA1A 4B9UA 2JGUA 4BREA 5C15A 5AZIA 4DUZK 4OO1J 2QWLA 2W6LA 4F2RA 4E7LA 4W5OA 4BRNA 1S9GA 3OY9A 4JI6K 1ESVA 1Z6RA 3CCMN 2P9KB 4CERA 1U48A 4BR7A 2X6SA 1HLUA 2ZM6K 1JCFA 2XRIA 4LY7A 4K8XA 4DV1K 2PAVA 1WSGA 3AVHA 3UKRA 5LJVA 1K8KA 4PA1A 3DAWA 2ZJQL 4KBOA 4DQSA 4Z94A 2RKIA 4E0DA 1XUPO 3WXIA 1YI2N 4AF1A 1VQ7N 1HNIA 1RTJA 4DQQA 1NGBA 2FXUA 5FRNA 3I0RA 3WT0A 4DTSA 2R7YA 1WN7A 1KRPA 3O4NA 5DM6L 4KHWA 3C7NB 3BEXA 2HB5A 3MEDA 3E9PA 2CGJA 3SAFA 4KV8A 3WXJA 2Z1JA 2BE2A 1WSFA 3DLGA 3FZMA 4IXCA 4ILHA 4KPYA 4GKJK 3VQBA 3TR8A 3UB5A 4X66K 5C0YA 3A5LC 3AA2A 3HZ6A 4DTMA 2JWKA 1VQ6N 2FBXA 2F96A 4DSKA 3LZIA 1YJ9N 1N5YA 3DOKA 2ASOA 1CZ9A 5FROA 2YCHA 5CZ1A 5AFUH 1S6QA 2X6NA 4FW2A 4PQUA 4E19A 2WTUA 2HHHK 1NBWA 4CZJA 1QVFM 3G71N 4DF4A 4DSJA 2HF4A 4JI2K 1IBMK 4BC3A 1YJNN 4KB1A 3B6OA 1U2VA 1CXUA 3CM6A 3R6MA 1ZXOA 1MWMA 3ZX0A 3LPUA 4FM2A 3TPQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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