4CIFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cifA00
2OPSA 1GOAA 1HQUA 3AVBA 4DSEA 3SPZA 4H4OA 3VQDA 4CGFA 1KVBA 1NOZA 3T1AA 3AVLA 3OY9A 2OPRA 4E7HA 3ZSXA 4BDPA 4Z4IA 4AILC 2AJQA 4B08A 3DRSA 2Q3SA 4E1MA 1LWFA 1HYVA 1JLEA 1VSDA 3CM6A 5I42A 1NJZA 1RDAA 2G8UA 3IG1A 3IRXA 4FJGA 4Z4FA 4R5PA 4CHQA 1HNVA 3VQCA 4EP4A 1K6YA 1DTQA 2F8TA 2D0CA 4CF1A 3KKSA 4DTXA 1BI4B 1A5WA 3E01A 1EX4A 2Z1JA 4BACA 2XHBA 3S3MA 2ITGA 3I8DA 3AO3A 4AHTA 4EZ9A 1JXEA 1KVAA 1JLAA 4B9SA 2WOMA 5KGXA 1VSIA 1L3VA 1IH7A 3ZSRA 3SJJA 3KLIA 2YKMA 4B8AB 5KRTA 1QSYA 1Z26A 1D9FA 4F8RA 2PYJA 4CFAA 4EZ6A 1BQNA 1VSEA 4PY5A 4YNQA 2O4IA 1YVUA 3HXMA 4OLBA 1WAJA 2DFEA 3TWHA 3HVRA 1ZBFA 3IS9A 4AHRA 2YNFA 1EXQA 3LWMA 1D9DA 4FJMA 4NCGA 3VQ9A 1KLNA 1C1AA 4RW7A 3ITHA 2FBTA 1A5VA 4FVMA 4CF9A 4HUFA 4E7LA 1NJWA 4M3XA 3CFPA 2YHAA 1Z25A 4KO0A 3U3GA 1NJXA 2BE2A 1HJRA 4CJWA 3V9SA 1T7PA 2HMIA 3L2WA 1BGXT 3BDPA 1EETA 4CEZA 4DQIA 4KPYA 1J54A 1NKBA 3O3FA 4FLYA 4NYNA 2HHTA 1J9AA 3HPHA 3D45A 4CJRA 4KI6A 3TABA 1WN7A 2E6LA 4E7JA 3LPTA 4ZTFA 2GV9A 3KK2A 2VWJA 4FLUA 3WNHA 4IFVA 4CJTA 3KK1A 1YTUA 4M3YA 1ZBUA 1RBSA 1NKCA 5HLFA 1TKXA 3M8QA 4B9VA 4GMJB 3MXIA 2BANA 2IGIA 4HVJA 4AHSA 1VSJA 4N5SA 3NF6A 4DQQA 4RG8A 1JLGA 3DM2A 2HB5A 4Y1CA 3VQ7A 2RKIA 1XC9A 4M42A 3AVCA 1L5UA 4DFPA 4KV8A 1UAXA 1BISA 2E6MA 1R0AA 4DF4A 3HM9A 1WSFA 4KB0A 4O4GA 4KRFA 1JKHA 2EX3A 2YV0X 3L2RA 4ID5A 4CEQA 4DSJA 5KTQA 1X9WA 3SI6A 5CY4A 3AA4A 3NF9A 3AV9A 4FCYA 1LV5A 3OYNA 4CGGA 3OS2A 4AHCA 4CJUA 2PY5A 4C8OA 3TI0A 4QCLA 4DFMA 3P5JA 5SWMA 4F3TA 3CYMA 3OYFA 2XY7A 4M45A 1I3AA 4O5BA 1Q8IA 4CJLA 3KLFA 4C8MA 2P1JA 3V81A 3RR7A 3P83D 3HSTB 3DMJA 1BI4A 4Q5VA 2DFFA 3UIQA 4M3TA 3LWLA 1XHZA 3HP9A 5K14A 1IKYA 1UA1A 1C1CA 1BIZA 2FBXA 4OKEA 4E0DA 1RT5A 4CF2A 4KI4A 4CJVA 4FJ5A 3QEVA 5C42A 4W5NA 1N5YA 4OVLA 3QERA 1JL2A 1WSHA 4FLTA 4YFUA 4ELTA 2PYLA 3BGRA 2XY6A 2KZZA 1L3UA 2ETJA 3SCXA 3AVJA 3OYJA 2HHQA 3QESA 3KLGA 5D3GA 4KTWA 5EU7A 5HBMA 1VK0A 1VSLA 2XY5A 4I9LA 3TARA 1RBTA 1N6QA 1VSMA 4CGJA 1G15A 4W5QA 4OGEA 3SUNA 4FM0A 3PO5A 2FC0A 1IKWA 3VQPA 1WSEA 2D5RA 2Z1HA 3EY1A 1CLQA 3KJVA 3O4NA 3ZCMA 4BE1A 4B8CA 4E7IA 3U3YA 1TK5A 1J5OA 1C1BA 3DLEA 3NGZA 3ULDA 2IAJA 4CCHA 4HCBA 4FW1A 4PQUA 3TAPA 1TAUA 4DTPA 1U4BA 1RT2A 4DTMA 3DOLA 3DRPA 3OYBA 3AVFA 3ZSZA 5HRNA 1U47A 3JYTA 2OPPA 4W5OA 1SL1A 2YNIA 1TK8A 1QSLA 2G8KA 2HHVA 1TL3A 2BDPA 3KKRA 5C24A 4F2SA 2R7YA 4KHNA 4DF8A 1QHTA 2X78A 3TANA 3AO4A 4CGIA 2W42A 1S1UA 3AVNA 4H4MA 4BE2A 4BDYA 4LSNA 4DTRA 4CHZA 4CEEA 4OKJA 4CJ4A 4N47A 4F4KA 3AO2A 1CXQA 4C8LA 3CQ8A 1TKZA 1C0UA 2GBZA 4J2DA 3SV3A 1A5XA 2JLEA 4IDKA 1KLMA 3MEEA 1RBRA 3L2QA 3ZSWA 1WNSA 4O44A 4B9TA 1UA0A 3HVTA 3NF8A 3QEXA 3HJFA 1TKDA 4PUOA 4FJ7A 4CESA 3CFOA 4IG3A 1ZBHA 3QNNA 4DLEA 2Y1IA 1D5AA 4H8KA 4CJKA 3K5LA 2G8WA 4I7FA 4CIEA 1TAQA 1X9MA 3OYIA 4J2BA 3QEIA 4FJKA 4E89A 3OYMA 2KZMA 3LZIA 3OS1A 4BE0A 1ZYQA 4B9LA 4QAGA 3S3NA 2Z1GA 4B9UA 4FLZA 4I9QA 4DQRA 1QTMA 3EYZA 3OYHA 1JXBA 3NGIA 1LWCA 2HHWA 1HYZA 4B9MA 3KK3A 4CHOA 2I5JA 3QIOA 4Z0UA 4CEBA 2XY8A 1X1PA 4RW6A 1NK4A 3ALYA 4KHWA 3V1QA 5FRMA 1BQMA 3L3UA 3KIOA 3V1RA 4FJHA 4L8RB 4FK0A 3C95A 3VQ4A 4FJJA 4M3UA 4DMNA 4DU4A 1CZ9A 3L2UA 5J2QA 1HYSA 1Y97A 3V9ZA 1WLJA 2VG7A 4BWJA 4HUGA 2VG6A 1S6PA 3LP0A 5KI6A 1SL2A 3HO1A 5J2PA 3KTQA 3NAEA 3PX6A 4CEDA 1RT6A 4C8KA 3M8RA 2VWKA 4DSFA 1RTHA 3NFAA 1VRTA 3V9UA 3HYFA 5FROA 3THVA 3OVNA 3G10A 1B9DA 4OKKA 1VSKA 2FBYA 4CF0A 2D0AA 2G8FA 4C8NA 4O55A 3ZT1A 4DS5A 1SKRA 3NH1A 4FM1A 1HQEA 4NCAA 3MAQA 3SQ2A 2HHSA 4DSKA 4FZZA 3A2FA 4DFJA 4W5RA 3HT3A 4FZYA 2QKBA 2G8HA 4FYDA 3O4QA 5T7BA 3RMCA 5CYMA 5HRRA 3B6OA 2A1SA 1U48A 4M41A 3S3OA 4F2RA 3LPUA 4PA1A 4Z4EA 2EHGA 3AVAA 1F21A 1ZBIA 1Q9YA 3VA0A 2RPIA 4FJ8A 1VSHA 5J1EA 1RT4A 3ZSOA 3SUPA 4BWMA 4DSIA 1RT3A 1S1VA 1WSIA 5HRPA 2XO7A 2YNGA 3G0ZA 2G8VA 3K58A 4CHPA 1W0HA 3NCIA 2B6AA 3ZT2A 3NHGA 2KFZA 1ASVA 1B9FA 4J2AA 3M8PA 1UOCA 1HMVA 3QO9A 1NK7A 4F3OA 4MFBA 3WNGA 3OYKA 3HL8A 1IG9A 3C6UA 4DTJA 4NCBA 3V4IA 4FJLA 4AH9A 4CF8A 3LP3A 4FK4A 4CFCA 1LWEA 2X6NA 3TAQA 4HCCA 1KTQA 3OYEA 3OYDA 4CJPA 4DS4A 1IKXA 4Z4CA 2NUBA 3SPYA 2PZSA 1RT1A 1HRHA 2VG5A 3VQEA 2KW4A 3DI6A 2QXFA 3SUQA 2HVHA 1U49A 4N76A 1VRUA 2YNHA 3CFRA 4UQGA 4KAZA 3SZ2A 3ZSYA 1S5JA 1S1WA 3DLBA 1HNIA 3LZJA 4CGDA 5FDLA 4Y1DA 5J2MA 4ELUA 3FFIA 4LH5A 4CK2A 2HNYA 1FK9A 3T19A 3D0PA 3TAFA 3K2PA 1EKEA 1ASWA 1RTJA 4JS4A 2XRIA 3TAMA 2O4GA 2DTUA 4K8ZA 2ZD1A 4LSLA 4RW8A 4CFBA 3T3FA 4ELVA 1QE1A 4M3ZA 4OPKA 3M8SA 4KHUA 2OYQA 1YT3A 4BDZA 3AA5X 2F96A 1TVRA 1Q9XA 3RMBA 1JL1A 1GOBA 2YHBA 4IBNA 1MU2A 5DMRA 2DY4A 1FKOA 4KB1A 4FXDA 4FK2A 1S9GA 1B92A 4I2PA 1LAVA 1NK0A 2F8SA 3O3HA 4OJRA 1X9SA 2WONA 3VQAA 2IC3A 4E3SA 2YKNA 1XHXA 4DU1A 3MXMA 3L3VA 4CERA 1L3TA 4RW4A 3TR8A 4I2QA 1QQCA 3KD5E 4CJQA 4WE1A 2RN2A 1RILA 4ID1A 2Y1JA 5HROA 1U45A 4PWDA 3NDKA 1S9EA 3AVGA 2HVIA 4FJIA 1REVA 3NF7A 4J2EA 2OA8A 1WAFA 3AVKA 4K8XA 2HW3A 4NYFA 4IFYA 3VN5A 4DTUA 1ASUA 1YTAA 3QEPA 1JLFA 1TV6A 3DRRA 3SV4A 2HHXA 4E7KA 3KLEA 3PX4A 1NOYA 4AHUA 1S1TA 2Z1IA 1SKSA 5KGWA 3VQQA 3ZSQA 4ZTJA 3AA3A 3B6PA 4FJXA 5KRSA 1DTTA 1HPZA 4M3WA 4O0JA 2ZE2A 3P1GA 4CEFA 3I0RA 2OZSA 2KQ2A 1CXUA 4KFBA 4TSXA 3AVMA 1KRPA 4FLVA 3AO1A 3C94A 3SNNA 1CZBA 1J53A 1BHLA 4B9NA 1QS4A 3RR8A 2B4JA 2JGUA 4FM2A 1NK5A 3L2VA 4N41A 1RBVA 2HHUA 1BL3A 4CEAA 4N56A 1DLOA 1RT7A 2X6SA 4JLHA 4E19A 4CIFA 2KFNA 1BCOA 3K5OA 4DG1A 2E4LA 2HNZA 2OPQA 3MEDA 4M3RA 4CIGA 3KLHA 1T8EA 4KHYA 4DQSA 5E41A 3SQ1A 3L8BA 3RRGA 3OYCA 1LW2A 3K5MA 1W9HA 3ZSVA 3S9HA 1KFSA 4KKOA 3SYZA 3OYAA 1KSPA 4CJFA 1TKTA 3LDSA 3F9KA 3TAEA 3WNEA 4FLWA 1SKWA 3ASMA 1XWLA 1KCFA 3VQBA 4CJEA 4OLAA 4MQ3A 4G1QA 3ZT0A 1RDCA 3LAKA 1ITGA 2DFHA 4W5TA 3HPGA 3VQ6A 4DTOA 4DTSA 3DLRA 4Q0BA 2IDOA 3VQ8A 1C6VA 4CK3A 3RRHA 4FZXC 1JLBA 5CZ2A 1LAWA 3AO5A 4AHVA 4CECA 3RTVA 3PO4A 5C25A 2BGGA 3MXJA 1NKEA 1SV5A 1I39A 3V9XA 2P5GA 1RDBA 3QNOA 3OYGA 1SL0A 2A1RA 2P51A 1NK9A 2GUIA 4CJ5A 3TAGA 1RBUA 1GOCA 2X74A 4O0IA 1S6QA 3MECA 3K5NA 5JS2A 4E1NA 3QETA 3CG7A 3U6FA 1VSFA 4KREA 1LW0A 2FBVA 3AVIA 3LP1A 2ZQBA 1WSJA 5CZ1A 1JLCA 5DK5A 1RTDA 3QLHA 5I3UA 3RWUA 3MEGA 3NBPA 2KTQA 3H08A 3OJUA 1FKPA 4Z4HA 1C0MA 3C6TA 4CJSA 1T05A 1TL1A 3QIPA 4IG0A 4DFKA 3QEWA 2OZMA 4JRQA 1FXXA 1UWBA 4KTZA 4QOZB 4LH4A 3DLKA 4FJ9A 4CE9A 4ICLA 3PX0A 3O3GA 1SUQA 5CYQA 1NK8A 4KHSA 2IS3A 3NH0A 2QK9A 4DLGA 5HRSA 3QINA 3K57A 5HP1A 1D8YA 1RDDA 3PV8A 4DQPA 2B5JA 2ATQA 2LSNA 3OS0A 4HUEA 1QSSA 2HNDA 3I0SA 3AVHA 1BIUA 5J2NA 1TK0A 4KTQA 3NGYA 4LD0A 3SQ0A 3JSMA 3DLHA 2P5OA 4IKFA 3VQ5A 4ZHRA 3LANA 3HPOA 2QKKA 1C0TA 1EP4A 3CM5A 1RTIA 4FW2A 4RW9A 3RMAA 4LY7A 3V6DA 3NE6A 2RF2A 1L3SA 1BCMA 3RMDA 4GVMA 4KHQA 4OPJA 3ISNC 3K59A 3V9WA 3HP6A 4DWIA 5JS1A 4JS5A 3IAYA 3LALA 4HTUA 1RNHA 1NK6A 3OJSA 4JRPA 1NJYA 2D0BA 1O1WA 3DOKA 4OGCA 2IOCA 5FRNA 1KVCA 3ZT3A 3PUFA 3PY8A 3F73A 3SQ4A 4CEOA 3EZ5A 1WSGA 3SUOA 1T03A 4FJNA 4CHYA 3DLGA 4GW6A 4XIUA 3LP2A 3NH2A 3AA2A 4Z4GA 4CK1A 3V1OA 1IO2A 4CHNA 3VA3A 1ZBLA 3OYLA 1XI1A 4DSLA 4EP5A 3KD1E 3ZT4A 4HHTA 3HK2A 1S1XA 2G8IA 1IKVA 4FLXA 3WNFA 4CJ3A 4CFDA 3DYAA 5SZTA 4B3OA 1TGOA 4DTNA 3LAMA 1U04A 4CGHA 1RCHA 4DU3A 1KFDA 1JLQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BN9A 3SPZA 3VQDA 1KVBA 4E7HA 4H0VB 2AJQA 3WQTA 3DRSA 2Q3SA 1LWFA 5I42A 3J81O 3CMEN 3IG1A 3IRXA 1HNVA 1DTQA 4BRNA 3E9OA 4CF1A 3KKSA 4DTXA 2O8EA 1ZBSA 2P9IA 4BRPA 3E01A 2Z1JA 2IVPA 4AHTA 2WOMA 1L3VA 4JYAK 4B8AB 5KRTA 5MLCQ 2FLOA 1D9FA 2E8AA 4F8RA 4CFAA 1BQNA 4JKGB 3CJCA 4WQ5A 3QICA 3HVRA 4IO8A 2CH5A 1ATNA 3LWMA 3MN6A 4NCGA 3VQ9A 1KLNA 1C1AA 4RW7A 1BUPA 4FVMA 4JKDA 1NJWA 1MWKA 3U3GA 1QQNA 1NJXA 3BDPA 1BGXT 4CEZA 4KPYA 4DV6K 1NKBA 4NYNA 2HHTA 3R6MA 4DHYA 4KI6A 3TABA 3TPQA 1WN7A 5BRDA 1NMDA 3AARA 3LPTA 4J8FA 4ZTFA 2HMPA 2GV9A 4CVNE 4CJTA 5TKYA 4M3YA 1NKCA 5BPMA 3M8QA 4B9VA 4AHSA 4JKBA 1T3VA 4DQQA 1XC9A 3AVCA 1L5UA 2E6MA 4Y0WA 3HM9A 4O4GA 3ULEB 1JKHA 2YV0X 3L2RA 1YVNA 4ID5A 4X66K 3SI6A 3AA4A 3KZBA 3K0SA 4YDUA 4CGGA 1YITN 4CJUA 4BRKA 4QCLA 4K43A 3P5JA 3CYMA 2VYPA 4FO0A 1I3AA 3RR7A 1QVFM 2V7ZA 3HTVA 1WBBA 3G6EN 2DFFA 1K73O 3UIQA 2PFUA 3LWLA 1IKYA 3L0QA 1C1CA 2FBXA 4JNEA 4E0DA 4ELTA 2XY6A 3AVJA 3OYJA 3VERA 4JKGA 3KLGA 2ZJPL 3THYA 5EU7A 1OKJA 1VK0A 2PAVA 4I9LA 3CQXA 4W5QA 1VHXA 3ZEUB 4FM0A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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