4CIFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cifA00
1A5VA 1YT3A 1NOYA 1TAQA 2OPSA 4RW4A 3NCIA 3QNNA 3TAEA 1KVAA 4CEZA 3P5JA 1Q9YA 3IS9A 4HTUA 4DTMA 3PY8A 5T7BA 3DOKA 1RILA 4NYFA 4O5BA 1YTUA 2VWKA 3SYZA 1RTIA 3DYAA 2YV0X 5HLFA 1XHZA 3LANA 2KFZA 4RW7A 3L2WA 3M8SA 3EY1A 3NDKA 1NK6A 4LSLA 4E89A 2Z1HA 2D0AA 2BDPA 1S5JA 4M42A 3L2VA 4O44A 4FZYA 1JLEA 4GMJB 3LZIA 1D8YA 4CJEA 4M3YA 3M8PA 3SCXA 1S9EA 1XHXA 2AJQA 3LP3A 3CQ8A 3WNGA 1C1CA 1BIZA 1ITGA 2FBVA 2P51A 4KHUA 4XIUA 4NYNA 2Z1GA 2O4GA 4Q5VA 1C6VA 1WLJA 4PA1A 3QIOA 1SKSA 3V9WA 1J5OA 4N47A 4CIFA 4DTUA 2DY4A 4OKJA 1QHTA 2X6SA 1HRHA 4W5OA 3PX4A 1RTHA 1NKCA 3DLHA 3HO1A 3ZCMA 2X6NA 1W0HA 1RBRA 3QLHA 3T19A 4J2DA 3D45A 3SZ2A 4OGEA 4B9NA 4DLEA 3IAYA 2OZMA 3DLGA 4IFVA 2YNIA 2P1JA 3V9SA 1ZBUA 3QERA 2Y1JA 4M3UA 1J53A 2XHBA 4QAGA 2HVIA 1TK8A 4HUGA 3SPYA 3NH2A 1VSHA 4DQRA 1FKOA 3HPOA 4FJ7A 4DFMA 2ZD1A 2GV9A 3NBPA 3NH1A 4OLBA 4E7LA 4QCLA 3OYBA 4CF1A 1BHLA 4PWDA 3LP2A 4CJPA 3K5NA 3LAKA 3NF6A 4CEOA 4KPYA 3M8QA 4AHCA 4ELTA 1KLMA 4F2SA 1XI1A 4FM0A 1ZYQA 1LW2A 3NH0A 4E0DA 1QS4A 4KO0A 5FDLA 4GW6A 4ID1A 3O4QA 2G8HA 3SUNA 4ELVA 4DTJA 4DSEA 1LAWA 2YKMA 1WSJA 1BI4A 4CJQA 4W5QA 4DSLA 2E6MA 2XO7A 1WNSA 4CHQA 3TAQA 1L3UA 1W9HA 4HUEA 3MXIA 1RNHA 1RT6A 2D5RA 1S6QA 4KV8A 4W5RA 3NAEA 4KHYA 3NFAA 4FLXA 1B9DA 4JRPA 1HYVA 3ZT3A 3OJSA 3OYJA 4BWJA 1U45A 4C8OA 2YNHA 4DSKA 2HHWA 5KTQA 2HNYA 4IKFA 1BCMA 2O4IA 4ZHRA 3OY9A 5CYQA 2HVHA 4DTNA 3V1QA 1YTAA 4CFCA 5J2QA 4CJWA 1RBUA 1RDAA 5SWMA 3F9KA 3ZSWA 4I9QA 3HSTB 1TKZA 4BDZA 3ZT2A 2A1SA 4B8CA 3BGRA 1S1WA 1RBTA 3HYFA 3PX6A 4I7FA 1QSYA 4AILC 1C1AA 2HHQA 1EX4A 1L3VA 5HP1A 4CESA 1BISA 3T3FA 1GOCA 1NJXA 1LAVA 4DS4A 1HQUA 4ELUA 2HB5A 3K5LA 3VQPA 1FXXA 3U6FA 1KFSA 3TAMA 1NJYA 3PO4A 1EP4A 4W5NA 4B08A 3HP9A 4CJUA 4DF4A 3QEIA 3MXMA 1CXUA 2G8UA 3HK2A 3U3YA 4J2EA 4CGGA 3MEGA 4IDKA 4TSXA 3OYIA 3RMBA 2B4JA 4HVJA 4L8RB 4LSNA 1ZBLA 1D9FA 3B6OA 1WSEA 2HNDA 5KGWA 3KLFA 4HHTA 1VSKA 2HMIA 4O55A 1IKYA 2KQ2A 2YNFA 4OGCA 2HHXA 3LWLA 1RDDA 3ZSZA 3RTVA 1WN7A 1VSDA 4BACA 4YNQA 4OPJA 5CZ1A 3TARA 2BANA 1U47A 4FJIA 3CM5A 1ZBFA 4CGIA 3VQ8A 5HBMA 4CJ5A 3VQ5A 4CEAA 4BE1A 2WOMA 2DFEA 1MU2A 2FBYA 3G0ZA 5CY4A 4DTSA 3I0RA 1UWBA 3DRSA 3ZSVA 2HW3A 1U49A 3I0SA 3AVCA 1KVBA 1RT7A 5KGXA 2DFFA 1T05A 2QKBA 4F3TA 2RN2A 3LPTA 4KREA 3P1GA 3NE6A 2G8IA 4ZTJA 3ASMA 3DRPA 1SUQA 1TK5A 4DU1A 2HNZA 1BQMA 3L8BA 4CFBA 3OYEA 2QXFA 1NK4A 1NK5A 1TV6A 4AHTA 4Q0BA 4Y1CA 2GUIA 1S1XA 4DS5A 2JLEA 2G8VA 4Z4IA 2IAJA 2IS3A 4DLGA 4JS5A 2Z1IA 4OJRA 4Z0UA 4E7KA 1D9DA 3KK3A 4ICLA 3TANA 5SZTA 3V6DA 1NK0A 2FBTA 1IG9A 1REVA 5C42A 4BDPA 5HROA 1LWCA 1JLCA 1C1BA 3OYAA 1CZ9A 4DU3A 3ULDA 4B9UA 4EZ9A 4RG8A 1HQEA 2OPPA 3L2QA 1TL3A 3VQBA 3B6PA 4DQSA 4DFPA 1S9GA 1ASUA 3AA4A 4LH5A 4I9LA 5FROA 3S3NA 4AHVA 1JLBA 4MQ3A 2W42A 4MFBA 1IKXA 4AH9A 2XY7A 3NGIA 3AA2A 4FJ5A 1GOAA 1LWFA 2G8WA 3DMJA 2F96A 4E19A 3LP0A 3ZT0A 4CEFA 5K14A 1KRPA 4DTOA 3AVFA 3TAGA 2VG7A 1C0TA 2GBZA 2YHAA 3HL8A 3KKSA 4FM1A 1D5AA 1JXEA 1EETA 1RT5A 3JYTA 3LWMA 4CEEA 3QEXA 4M41A 1Q8IA 4NCBA 4N76A 4JLHA 2HHTA 4LY7A 1VRUA 1T7PA 3NF9A 3I8DA 1Z25A 4C8LA 4DSJA 1S1TA 1ASVA 3E01A 3IRXA 4J2AA 4IFYA 3OYNA 1SL2A 1RBVA 4CEDA 4CF0A 3HT3A 1L3SA 3TR8A 1DTTA 1S1VA 3DM2A 4R5PA 3ZSRA 2YKNA 3OYHA 4H4MA 4HUFA 2F8TA 4F2RA 3SV4A 4B9SA 4KB1A 3VA0A 2Y1IA 4PUOA 1VRTA 3UIQA 4CF8A 1DLOA 1EKEA 4YFUA 1VSFA 2VWJA 3AVMA 4KKOA 4F4KA 3KLHA 3ZSYA 4N5SA 2BE2A 5CZ2A 2XY5A 4FW2A 1BQNA 4CGDA 1UOCA 2E6LA 1F21A 5J1EA 3BDPA 3OVNA 4Z4FA 4WE1A 4KAZA 3AVKA 2EX3A 3O3FA 2X74A 3RWUA 4NCGA 2RPIA 4KHWA 4Z4GA 4JRQA 1BL3A 4FJJA 4DMNA 3AVNA 1S1UA 4CE9A 3K59A 2IGIA 1VK0A 4OKEA 5FRNA 3KJVA 2ATQA 1CXQA 1JL1A 4KI4A 4LD0A 1U48A 1K6YA 1RT3A 4KTWA 4FJGA 1A5WA 1XWLA 1FK9A 3CM6A 2PZSA 2OA8A 3A2FA 1JLFA 3CFOA 2ZE2A 3DI6A 2I5JA 3EYZA 1L3TA 1HMVA 3RRHA 4KB0A 3H08A 4FM2A 5FRMA 2RF2A 3SNNA 3EZ5A 3CFPA 1J54A 4F8RA 1WAJA 3L2RA 4CJKA 1KLNA 1VSEA 3HJFA 4F3OA 1TAUA 1LWEA 1NJZA 3L3UA 3NF7A 4BE0A 3JSMA 1N6QA 4B9MA 1S6PA 1VSJA 3QO9A 4N56A 3RMCA 3HPHA 2D0CA 4E1NA 3WNHA 4Z4HA 3L2UA 4FLWA 3QETA 4E1MA 3SQ2A 3MXJA 4K8ZA 2OYQA 4C8NA 1L5UA 3AA3A 1HPZA 3DLRA 1SKWA 4H8KA 4CJRA 3MECA 1JL2A 2KZMA 2OZSA 1VSLA 4CGJA 3C6UA 1RCHA 3AO3A 3AVLA 3QINA 5JS2A 4CJFA 3AVIA 1WSIA 3TWHA 2NUBA 5EU7A 3LDSA 3VQ4A 4DFJA 1N5YA 2FC0A 3PUFA 3IG1A 4Z4EA 1QTMA 3KLGA 3OYGA 5J2MA 3VQQA 4FLUA 4CHZA 1KSPA 3VQ7A 3AV9A 3K58A 4B9TA 4Y1DA 4M3ZA 3VQ9A 3ZT4A 4PY5A 5KRSA 3AVGA 3HVRA 3ISNC 1QQCA 4DG1A 4CERA 5HRSA 2YHBA 3SUQA 1FKPA 4IBNA 3ZSOA 3KK1A 5I42A 2G8KA 1ASWA 4ID5A 4UQGA 4DU4A 1JLQA 1HJRA 4E7IA 4BWMA 1UA0A 2HHSA 5HRRA 4BE2A 3LZJA 4RW6A 4CIGA 3OYMA 3PO5A 2QKKA 4CHNA 4RW9A 3KK2A 4B9VA 4KHSA 4FYDA 2IOCA 3AVHA 2YNGA 4DSFA 5I3UA 4GVMA 3L3VA 3M8RA 4HCBA 4CFDA 4FZXC 3OS0A 3SUOA 1C0MA 3P83D 3HP6A 1TVRA 4O4GA 3NGZA 1Q9XA 1IKVA 3PX0A 5E41A 4ZTFA 4M3RA 2P5GA 4QOZB 4EP4A 1LW0A 5C24A 4E7JA 3F73A 2P5OA 2RKIA 4C8MA 3VQAA 2D0BA 3KLEA 1KCFA 4CGFA 5C25A 4CFAA 1NKBA 4G1QA 5KI6A 5KRTA 3DLKA 3HPGA 4DTRA 2LSNA 3KKRA 1X1PA 3T1AA 3VQDA 4CEBA 3QESA 1LV5A 4IG0A 3S3OA 3KTQA 1TGOA 2VG6A 3DLBA 4KI6A 5HRPA 4KTZA 4AHUA 1TKXA 3TAFA 3V9ZA 3LP1A 3V1OA 4BDYA 1B9FA 4FCYA 4DQQA 4H4OA 3RR7A 3O3HA 4DTXA 3K5MA 4E7HA 1Z26A 3VA3A 1TL1A 3WNFA 1SL1A 2WONA 4FLTA 3SQ1A 1QE1A 3D0PA 3SJJA 1NOZA 4KHNA 1SKRA 1X9WA 2F8SA 1O1WA 3AO4A 4CCHA 4DFKA 5D3GA 1CZBA 3QEVA 3OS1A 3V4IA 4RW8A 1NKEA 1UAXA 4Z4CA 4M3TA 4FJLA 1TK0A 3V81A 1HNVA 3HVTA 2JGUA 4FJ8A 4PQUA 3K2PA 4B9LA 4FK4A 5DK5A 3DLEA 4CF2A 1R0AA 1ZBIA 2IC3A 3LALA 3OYKA 4JS4A 4W5TA 3AA5X 1EXQA 3TI0A 2DTUA 4OKKA 3HXMA 1UA1A 4IG3A 3LAMA 4DWIA 3K57A 1IKWA 4FVMA 4HCCA 1A5XA 2KTQA 1HNIA 4C8KA 1RDBA 4B8AB 2PY5A 3CFRA 1WSFA 4DQPA 1IH7A 1GOBA 2X78A 1SV5A 1C0UA 5J2NA 3SPZA 3ZSQA 1RDCA 5J2PA 1T8EA 3VQEA 3AO2A 2G8FA 3VQCA 2ZQBA 1BI4B 3OYLA 3SQ0A 3KIOA 1BIUA 3VQ6A 3SUPA 5JS1A 3ALYA 3DRRA 1G15A 3V1RA 3AVBA 4CGHA 3THVA 4FXDA 3ZT1A 1WAFA 3C95A 1NJWA 4FJHA 4KHQA 3ITHA 3NHGA 1RTDA 3KD5E 2IDOA 3U3GA 4CK3A 5CYMA 3SI6A 2ITGA 3DOLA 5HRNA 4O0IA 3NF8A 1JLAA 4CHOA 4CEQA 2HHUA 3TAPA 1Y97A 3V9UA 2VG5A 1T03A 3KLIA 1RT1A 4FK2A 4FJ9A 1QSLA 2B5JA 1BGXT 4I2QA 3RMAA 4FJNA 4FJXA 4M3XA 4CK2A 3KD1E 3O4NA 2R7YA 1RTJA 3S3MA 1JLGA 2ETJA 2XY8A 3ZSXA 2BGGA 3V9XA 4DTPA 1HYZA 4FK0A 2HHVA 1KTQA 1JXBA 1KVCA 3MEDA 3AVAA 3LPUA 1JKHA 2PYJA 4AHSA 3OJUA 1RBSA 1X9SA 4FZZA 3VN5A 3MAQA 4CJ3A 3QEPA 4I2PA 3C6TA 1NK8A 1I39A 4FLVA 2QK9A 3FFIA 1DTQA 3NGYA 4K8XA 1NK7A 3OYDA 1RT2A 4FJKA 2B6AA 1CLQA 4EP5A 4CK1A 4CF9A 4CJVA 4CIEA 4DF8A 3WNEA 4CJ4A 3SQ4A 1ZBHA 4LH4A 4E3SA 2XY6A 3HM9A 4O0JA 4KFBA 4OVLA 3QNOA 3RMDA 4KRFA 1J9AA 1KFDA 4M3WA 3CYMA 3O3GA 2FBXA 3SV3A 4FLZA 1U4BA 4KTQA 1VSMA 3K5OA 1U04A 3OYFA 3RRGA 2PYLA 3RR8A 4FJMA 1SL0A 3AVJA 1NK9A 1WSHA 3G10A 4AHRA 2OPRA 4DSIA 4EZ6A 1WSGA 3OYCA 1TKDA 4CHPA 2KFNA 3C94A 3OS2A 2DFHA 4J2BA 5DMRA 1VSIA 2Q3SA 4CHYA 2KW4A 3PV8A 4DQIA 3TABA 4CECA 4OLAA 1BCOA 4CJSA 2KZZA 1RT4A 2OPQA 3AO1A 1I3AA 2XRIA 3QEWA 3AO5A 2A1RA 1HYSA 3CG7A 4N41A 4M45A 4FW1A 4FLYA 1XC9A 3MEEA 1YVUA 4NCAA 4CJTA 3S9HA 1B92A 4B3OA 1IO2A 1QSSA 2EHGA 2Z1JA 4CJLA 2E4LA 1X9MA 4OPKA 1TKTA 3QIPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YT3A 1TAQA 4FPAA 3FLCO 1KVAA 3IS9A 4DTMA 3DOKA 1RILA 4O5BA 5M1FA 1WOQA 4V19S 3LANA 1VQ4N 5LMUK 2UYTA 4K42A 3EY1A 4LSLA 4E89A 1S5JA 2ZF5O 3L2VA 1VQNN 3MMVA 3E9LA 1XHXA 3ZETA 3LP3A 3CQ8A 3CCQN 3G25A 4BVPA 1BIZA 1ITGA 2FBVA 3P31A 4XIUA 1GLCG 4LF6K 1BA0A 4X64K 3V9WA 1J5OA 1GLEG 4OKJA 2NRZA 2X6SA 3I33A 4B9NA 4OGEA 3VMFB 3IAYA 2QEXN 3DLGA 1NGBA 2Y1JA 2P1JA 3QMLA 1ZBUA 4M3UA 2GX9A 4HUGA 5JICA 1FKOA 2FF3B 4DFMA 2F4VK 2GV9A 4E7LA 3CJBA 3OYBA 4CZMA 4MDAA 4CJPA 3LAKA 4CZKA 4Y0WA 1XI1A 4FM0A 5FDLA 3UKRA 4ID1A 4EHUA 2G8HA 2YX6A 3HRGA 3CCLN 1WNSA 3TAQA 3MXIA 2Q31A 4KV8A 3NFAA 3EEQA 1HYVA 3ZT3A 3FE1A 4BRKA 4BR7A 4C8OA 3VERA 1RFQA 3ENBA 3D2EB 2A5XA 1YJ9N 1YTAA 4CFCA 4A62A 1OH7A 1RBUA 3F9KA 1NNEA 4BDZA 4O5FA 3BGRA 3HYFA 3PX6A 3LDLA 3T3FA 1BISA 1NJXA 1ZBSA 5C10A 4DS4A 4GKKK 3K5LA 3TAMA 4B1VA 3PO4A 3MN7A 3J80O 3MXMA 3HK2A 1CXUA 4IO8A 4ILJA 3MEGA 3RVCA 4B3SK 3R9PA 1D9FA 3B6OA 1WSEA 2HMIA 3AY9A 1RDDA 4B1YB 5CZ1A 2BANA 4BRLA 4YOYA 2OTLN 1ATNA 4U67L 2WOMA 2DFEA 5CY4A 4DTSA 3S41A 1UWBA 3THYB 5TKWA 2RN2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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