4CIFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cifA00
3HPGA 4GW6A 2KZZA 4CEEA 3OYLA 4OKEA 3SYZA 1JLGA 5HROA 3IG1A 3VQPA 4C8OA 1VSJA 3QEWA 1S9GA 3KLEA 4DTPA 4DG1A 3S9HA 1U45A 4CCHA 4FZYA 4E7JA 1HJRA 4JRPA 3CFOA 4I9LA 3QNNA 2FBVA 1S1VA 2YKMA 3HSTB 3ZSVA 4CJRA 4N76A 4FZZA 2ITGA 3NF8A 3NHGA 4AILC 3SQ0A 1DLOA 4CFAA 3SPYA 2QXFA 2IS3A 4CJFA 3H08A 4YFUA 4UQGA 4CEFA 4Z4IA 3OYAA 2E6LA 4CE9A 5FRNA 3S3OA 4CEDA 3U3GA 2OPPA 1C0MA 3VQDA 4FK0A 4Z4GA 3QLHA 4RW4A 4JRQA 3MEEA 4B9TA 4J2BA 3T19A 3CFPA 4CECA 4CJKA 2WOMA 3MEDA 1VSLA 3AVMA 3T3FA 3RMDA 3PX4A 1NK6A 1UOCA 3HO1A 1NK7A 3VQ6A 4J2DA 2HHSA 2HMIA 4E1NA 1ITGA 3AO5A 1QS4A 1TKDA 3ZSXA 4CEZA 3OYJA 4FLUA 3SQ2A 2P5GA 1CXQA 4DLGA 1S6PA 4QOZB 5KGXA 2DFEA 4DQIA 1K6YA 1WSEA 4O4GA 4BE0A 4DTOA 3ZSWA 5HBMA 2HHVA 4W5NA 1RDCA 4O5BA 1BIUA 3PO5A 4KPYA 1YTUA 4EP4A 4LH4A 1D8YA 1WSIA 2HB5A 3RTVA 4M3XA 2RPIA 1RTHA 3K5NA 1WAJA 4CHOA 4DSJA 3OYGA 3KIOA 3LP2A 4CGDA 3TAGA 3MXMA 4KB1A 1A5WA 3KLFA 5EU7A 5HLFA 1S5JA 1VK0A 4KB0A 4FJIA 3C6UA 4TSXA 5J2PA 3RR7A 1XHXA 2P5OA 1JLEA 1RT2A 4KTZA 4DU4A 2YNFA 2GUIA 1NJYA 1KVCA 3K5OA 1CXUA 4O0JA 1NJWA 4FW1A 1QSLA 4OLAA 4FLVA 4PQUA 4BDZA 4CFCA 4CJVA 3MEGA 1EETA 4E89A 4BE2A 3QEVA 4HCBA 2KTQA 1DTTA 3P5JA 1QQCA 3QIPA 1DTQA 3AVBA 3VQ4A 5JS1A 1HRHA 4Z0UA 4W5OA 3NF7A 3K58A 4CJUA 3DRSA 2KW4A 3VQ5A 2Q3SA 3CM5A 1X9SA 4DFJA 3M8QA 4MFBA 1NK0A 1KRPA 1C0UA 2GBZA 3AO4A 4XIUA 4H8KA 1D5AA 3SQ1A 4JLHA 3AA5X 4EZ9A 1RDBA 1FXXA 3B6PA 1XI1A 1TKTA 4ZHRA 4N5SA 1Q9XA 4AH9A 5DK5A 3D45A 5SZTA 4CJWA 1T03A 2GV9A 4E1MA 4ID1A 1HNVA 4FJKA 1VSIA 1ASWA 4KHYA 3TR8A 4AHRA 2DY4A 1HQUA 2JGUA 1L3SA 4CGGA 2AJQA 3V81A 3A2FA 3AA3A 3VQQA 4DSFA 3UIQA 3JYTA 2X74A 1RT4A 4BWMA 1RBRA 3QINA 4IKFA 3SCXA 4ZTFA 3HPOA 3L2RA 1BGXT 1VRUA 5CZ1A 2FBXA 1IG9A 2HHTA 3DRRA 3NH1A 5C24A 4BE1A 3TARA 4KI4A 1WSGA 3ZT0A 3AVNA 3PX6A 3VQEA 4CGJA 1Q8IA 1ASUA 3D0PA 4H4OA 3SI6A 3AA2A 2HNYA 3I8DA 1NK8A 1TGOA 2QKBA 3QO9A 5KI6A 4K8XA 1I3AA 5HRRA 1Z26A 3B6OA 1SL0A 4FJGA 3QEXA 3LP0A 4CF2A 1VSEA 2YNIA 3V9UA 2BE2A 4E0DA 2PYJA 4AHUA 1HQEA 4OGEA 2Z1JA 4FJMA 4KO0A 1JLFA 4B8CA 1X9MA 3OYEA 1LWCA 4E3SA 4FLYA 3RR8A 2HNZA 1QSSA 1IKYA 3V6DA 1UA1A 4HTUA 3LZIA 4HCCA 1X1PA 4DF4A 1WAFA 2G8FA 2OYQA 2OPQA 3QESA 4Z4CA 1ZBIA 2JLEA 4PUOA 1A5XA 3DYAA 4CFDA 2FC0A 2YNGA 3V1RA 3KK1A 3RMBA 3S3NA 4Q0BA 3T1AA 4DQQA 4CESA 3WNFA 1YTAA 3LANA 4FJ8A 1XC9A 2XHBA 1HPZA 5FRMA 4CEAA 1HYSA 1L3VA 4DS4A 3CM6A 5T7BA 3RWUA 4CEQA 1WNSA 1LW0A 1U47A 3L2UA 1UWBA 3AVAA 4LSLA 3L2WA 1RBUA 2B5JA 1ZBHA 2IC3A 3HP6A 4M3TA 4NYFA 3AVCA 2WONA 1B9FA 4FJJA 4FK4A 1L3TA 1IKWA 1O1WA 5KRSA 3HK2A 3TI0A 2X78A 1LWFA 4CHQA 3OS1A 3VQ8A 4F3TA 3DMJA 4CF0A 4HUEA 3NF9A 1EX4A 1RTDA 3PUFA 1QE1A 1VRTA 4FJ7A 1KCFA 1RDDA 2ZQBA 3P1GA 2XO7A 4NCGA 3ALYA 1B9DA 3V9SA 1CLQA 3NGYA 4CJLA 4NCAA 2HVHA 3PO4A 1C1BA 1U48A 1CZ9A 4PY5A 2P51A 4KHQA 1A5VA 1HYZA 4CF8A 2YHBA 1TL1A 5SWMA 3NFAA 3TWHA 2KQ2A 4CK1A 3TANA 4Z4EA 2HHWA 2Z1HA 4C8MA 4F2SA 4OPJA 2EHGA 3MECA 3RRGA 4ICLA 1WSJA 2XY5A 1S1XA 3V1OA 1NJZA 3P83D 3SUQA 3ZT1A 1ZBFA 1WN7A 3K5MA 3NDKA 4FJLA 1IH7A 3AO1A 1NOZA 3AV9A 1D9FA 3AVJA 2KZMA 1RBTA 3VQBA 4LSNA 4HHTA 3QNOA 4CJPA 2R7YA 3NH2A 1LAVA 3ULDA 1JXBA 3LAKA 4O55A 3V9XA 3KK2A 2XY8A 1N5YA 1KVBA 3PV8A 4KHUA 3AO2A 4FM2A 1L5UA 1RTIA 4RW8A 5E41A 1RBSA 4DTNA 4DSIA 4KAZA 1RT5A 4W5TA 4L8RB 4CGFA 3G10A 3L2VA 4O0IA 5CYMA 1Q9YA 4G1QA 2YHAA 4RG8A 3ISNC 1BI4B 4IDKA 4M45A 3L2QA 2ETJA 4KKOA 1NK9A 3HPHA 1JLBA 3TAMA 5C25A 3AVGA 3HYFA 1SKWA 4B9LA 2EX3A 2I5JA 4IG0A 2BDPA 1C1CA 3QEIA 2G8VA 3LALA 5J2QA 4CHNA 4QAGA 1VSMA 5J2NA 3LWLA 1RT6A 1VSKA 4DMNA 4IFVA 3V9ZA 3NGZA 1L3UA 3K2PA 4Z4FA 1U49A 3DLRA 2ZE2A 1BL3A 4CFBA 1RBVA 4RW6A 3WNGA 1HMVA 3OS2A 1GOBA 1S1TA 1U04A 1BCOA 4I2QA 2ZD1A 4E19A 4DF8A 3DLGA 4FJNA 2O4GA 1QHTA 3O3FA 4I9QA 1C1AA 4C8NA 4DSKA 2YNHA 3EYZA 1KSPA 3OYFA 3L3UA 2LSNA 3AA4A 1IKXA 1TV6A 3BGRA 4CJTA 4FM1A 4KI6A 3HL8A 2OZMA 3KLGA 3MXJA 5KGWA 1FK9A 2D0BA 4CGIA 4F4KA 2D5RA 3O4NA 4OJRA 3OYIA 1TL3A 1JLAA 2YKNA 4FLWA 3C95A 1NK5A 2DTUA 1YT3A 3HJFA 2A1SA 3V4IA 3SPZA 1EP4A 3U3YA 3NF6A 4N56A 2NUBA 4HUGA 2A1RA 3M8RA 4B9NA 3DOKA 1RT3A 3RRHA 1WLJA 4CEOA 1T7PA 3DM2A 1TVRA 3QETA 5HRSA 2XRIA 1SKRA 1C0TA 1QTMA 1KTQA 4DFKA 4ELVA 1WSHA 1UA0A 3HVTA 4DQSA 3ZSRA 3VA0A 3DI6A 4KTWA 1SL2A 4RW9A 2DFFA 5I3UA 1TK0A 1TK8A 4FZXC 4J2AA 4ELUA 3TABA 4DQPA 4FJ5A 2F8SA 4B3OA 4FVMA 4KFBA 2D0AA 4CJSA 1RILA 2PZSA 1JLQA 4FLTA 4FXDA 3K59A 3LP3A 2HVIA 3PY8A 3TAFA 4LH5A 3DLBA 2HNDA 3TAQA 2IGIA 1EKEA 2X6SA 3DLEA 3M8SA 4DTSA 1Z25A 3ZSYA 2BANA 2XY7A 3HT3A 4DSLA 1Y97A 3ZT3A 1NKBA 3BDPA 1X9WA 4B9MA 2DFHA 1J54A 4ELTA 2XY6A 4QCLA 4HUFA 3LDSA 4N41A 4EP5A 4IBNA 1W9HA 3AVFA 1TAQA 2G8IA 4DU1A 3VQAA 3ZT2A 2B6AA 4BDPA 2VG5A 2X6NA 4MQ3A 3S3MA 4FJXA 1S1WA 3SZ2A 3SNNA 1BI4A 4C8LA 2Z1GA 4KHWA 1KVAA 4RW7A 4W5QA 4Y1CA 1RDAA 4KHSA 4CIGA 5J2MA 1U4BA 3V1QA 1T05A 2G8WA 1RT1A 1W0HA 3O3HA 4Z4HA 2RKIA 3QEPA 3LPUA 4C8KA 3SQ4A 1RCHA 3MAQA 3AO3A 2D0CA 1C6VA 3NGIA 3CQ8A 4CF9A 3EZ5A 4IG3A 1S9EA 4CIEA 5DMRA 1ZBUA 3AVIA 4CF1A 4M41A 5HRNA 1S6QA 4BACA 1R0AA 4EZ6A 4YNQA 1RT7A 2F96A 3JSMA 2PYLA 3OYMA 3THVA 2RN2A 4J2EA 2IOCA 2E6MA 4BDYA 1VSHA 3I0RA 1SV5A 3DRPA 3SUOA 4B9UA 1F21A 1J5OA 3E01A 3U6FA 1TKXA 2FBTA 3OYBA 2BGGA 2OPRA 4M3WA 1KLMA 4NYNA 1BQNA 3G0ZA 4CJ4A 4DFPA 2HHXA 4W5RA 2IAJA 3HM9A 1BQMA 3O3GA 1VSDA 4AHTA 5D3GA 3V9WA 4I7FA 4E7IA 4E7KA 3VA3A 4NCBA 4F2RA 3LAMA 2FBYA 5CYQA 1REVA 1JKHA 4WE1A 1YVUA 3OYKA 5FROA 3CG7A 2E4LA 3DLKA 4JS5A 4JS4A 3ASMA 3KLHA 1UAXA 1HYVA 1JL2A 1LAWA 1IO2A 3I0SA 4HVJA 3OYDA 4N47A 3F9KA 4DQRA 1NJXA 3KK3A 3KLIA 3AVKA 2OA8A 2G8HA 3O4QA 4CIFA 3LWMA 4F3OA 4KHNA 2HHQA 2RF2A 4OKKA 3K5LA 4DTJA 3QIOA 3SV4A 3L3VA 4CJQA 3HXMA 1JLCA 4CJEA 3OS0A 4CHPA 1NK4A 3HP9A 3AVLA 3CYMA 3NAEA 3IS9A 3RMCA 2F8TA 2KFZA 1IKVA 3ZCMA 2Z1IA 1JXEA 3VQCA 3OVNA 3OYHA 1LV5A 1NOYA 3FFIA 1BISA 4FW2A 4H4MA 5FDLA 4CHYA 4OPKA 3KJVA 1QSYA 3ZSQA 3NBPA 3VQ9A 2VG6A 3KKRA 5HP1A 1ASVA 4B9VA 4KRFA 4I2PA 1G15A 1VSFA 4R5PA 4PA1A 4ZTJA 2G8UA 4PWDA 4FLZA 5CZ2A 1SKSA 4FLXA 2IDOA 1J9AA 1S1UA 4K8ZA 4M3YA 1I39A 1GOAA 3MXIA 1MU2A 5C42A 5K14A 3WNHA 3OYCA 1N6QA 1RNHA 4LY7A 4OVLA 3SUNA 2B4JA 3KD5E 5KTQA 1ZYQA 4ID5A 1XWLA 2OPSA 4FCYA 3SV3A 1XHZA 3ZSZA 2G8KA 2O4IA 1GOCA 1WSFA 3WNEA 3KTQA 3K57A 1TK5A 4FK2A 1LWEA 4DTUA 3DOLA 4IFYA 4Y1DA 1KLNA 3OJUA 4DSEA 3EY1A 1D9DA 1TAUA 4B8AB 3LP1A 1ZBLA 2Y1IA 3LPTA 4CHZA 2VWJA 1HNIA 4E7HA 1T8EA 4E7LA 4FYDA 4CERA 3IAYA 4FJHA 3TAEA 4GMJB 3OJSA 3SJJA 1BCMA 3NE6A 4FM0A 1FKOA 3PX0A 2VG7A 5HRPA 2P1JA 3HVRA 2W42A 3F73A 2QK9A 3M8PA 1RTJA 5JS2A 4CK2A 4CEBA 1SL1A 1KFDA 1SUQA 4B08A 4DLEA 4M3UA 3KKSA 3CFRA 1EXQA 4KV8A 4M3RA 4DTXA 2Y1JA 4DWIA 3ZSOA 4BWJA 3C6TA 5I42A 4AHSA 4OGCA 3OYNA 3KD1E 3ZT4A 4DFMA 4B9SA 3DLHA 1KFSA 3QERA 2QKKA 1BHLA 2PY5A 2OZSA 4LD0A 4KREA 3OY9A 2HHUA 4OKJA 4AHCA 3ITHA 3AVHA 2VWKA 3IRXA 4DS5A 1FKPA 4DU3A 3SUPA 4F8RA 4KTQA 4OLBA 3L8BA 1NKEA 3NCIA 1BIZA 1CZBA 3NH0A 4CJ5A 1TKZA 3VQ7A 4AHVA 3LZJA 5J1EA 3TAPA 4DTMA 3RMAA 1NKCA 4DTRA 2HW3A 1J53A 2YV0X 1JL1A 4CJ3A 1B92A 5KRTA 4Q5VA 4FJ9A 2KFNA 4M42A 4CK3A 4GVMA 5CY4A 4M3ZA 3VN5A 2ATQA 1LW2A 3C94A 4O44A 4CGHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOXA 4FWQA 1JLGA 2QEXN 3IG1A 4DV6K 1QQNA 3S9HA 5AQVA 4CBWA 4E7JA 3HRGA 2FBVA 2HOEA 3Q7BA 3NHGA 4AILC 2E88A 3SPYA 2QXFA 2IS3A 1EWQA 3M6GA 3VGMA 5JMVA 3S3OA 3VQDA 5KPTA 4JK7A 3QLHA 3MEEA 4JI5K 4CECA 5KQDA 2V7ZA 3MEDA 1NK7A 4J2DA 4JYAK 1QS4A 2QM1A 4FLUA 1SAZA 3A8YA 4DQIA 1K6YA 5GAHP 4GV9A 3CCMN 4O5BA 3ULEB 1HPMA 2A5XA 5E26A 5CE3A 4LH4A 2QWOA 3RTVA 4M3XA 1RTHA 4WF9L 3TAGA 4KB1A 3SMSA 3LDLA 5ADXA 3D2EB 1A5WA 2A6AA 5AQSA 1VK0A 4FJIA 3UKRA 1XHXA 1JLEA 1RT2A 3LM2A 1NGAA 4HWIA 2YNFA 1CXUA 2EWSA 4FW1A 1QSLA 4CFCA 5JVHL 3IMXA 4HCBA 2VYPA 3NMUA 2YJEA 2KTQA 1DTQA 4W5OA 3NF7A 1HKCA 3OBYA 3MX5A 4CJUA 2P9SB 4K25A 3C65A 2FSJA 1Z05A 2NZTA 3M3ZA 4YY3K 1XUPO 4YHHK 1GLFO 1FXXA 1XI1A 1NMDA 4ZHRA 4N5SA 4AH9A 5SZTA 4CJWA 4E1MA 4FJKA 2DY4A 1VSIA 1ASWA 2GWJA 4EHUA 1W7AA 1L3SA 2AJQA 4BRQA 5LJWA 4JI8K 3A2FA 3AA3A 3VQQA 1RT4A 3OBWA 4FPAA 3SCXA 3HPOA 3DRRA 4JK9A 4BE1A 3VEVA 3TARA 1KD1O 2YHWA 1VQ4N 4H0OA 3D0PA 1ZC6A 2H3GX 2QKBA 4FJGA 3LP0A 4CF2A 1VSEA 2YNIA 2BE2A 4E0DA 4OGEA 4A5AA 3J80O 2A40A 5AQPA 2HBLA 4B8CA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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