4CIFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cifA00
3KK2A 3QO9A 2DTUA 4CGDA 3CFOA 4E7HA 3DRPA 4E3SA 4F2SA 1SV5A 4KB0A 4CGGA 4FJ8A 1JLGA 3AVGA 4NYNA 1LWCA 4FLXA 1D9FA 2QK9A 3PUFA 2HVHA 3PX0A 1RNHA 3S3OA 3TANA 3NBPA 3SPYA 4RG8A 4CJUA 4AH9A 4E89A 4ID5A 3KD5E 4BDPA 4IDKA 4CEOA 3HVRA 1RBTA 5CYQA 4I2PA 3RR8A 1KVBA 4DTXA 1RT7A 4Z4IA 4H4OA 3MXIA 4OPKA 4EZ6A 1TKDA 4M3ZA 3LZIA 1EX4A 3M8PA 2F8SA 2GV9A 4BE0A 1UOCA 3L3VA 3P5JA 4MFBA 4FJLA 4C8MA 1HJRA 1ZYQA 3DRSA 3WNEA 4KI6A 3CFPA 1KVCA 1L3VA 2G8HA 4M42A 4ELVA 3EYZA 1JL2A 3SUNA 5CZ2A 3C95A 5FRMA 2IDOA 3TAGA 5I42A 1VSEA 1TK0A 3DOKA 3NE6A 4B9TA 3OYCA 4FXDA 2RKIA 3KKSA 1NJYA 1KCFA 3NHGA 4F8RA 4OGEA 1BQMA 3ZSXA 4FM2A 2Y1JA 1BGXT 3L2QA 4CIGA 5KTQA 4CJ3A 1RCHA 1BI4B 1S1WA 2HNZA 3S3NA 3AVAA 2HVIA 3BDPA 1HRHA 2G8UA 4PQUA 4FJHA 1C1AA 1JXEA 1DLOA 1LW0A 2HB5A 4M3TA 3KKRA 2OZSA 2X78A 3VQEA 4CEZA 1B9FA 1D9DA 2Z1GA 3CM5A 2G8IA 4OLAA 4N41A 4FW2A 3V1RA 1KTQA 2OYQA 4B3OA 3SV4A 4CJQA 3OYIA 1SUQA 3KLHA 5T7BA 4W5OA 1U47A 1HPZA 3U3GA 5J1EA 4ID1A 5I3UA 3MEDA 3AA3A 2PYLA 4N47A 3HO1A 2EHGA 4CFDA 1ASVA 4C8LA 4IKFA 3A2FA 1TK8A 2HHUA 1NK0A 5J2NA 2KQ2A 3KD1E 4IBNA 3ZT1A 5HROA 4IG0A 4JLHA 4HUGA 2QKBA 3VQ7A 1DTQA 3CYMA 3OS2A 4N76A 3AA5X 4CERA 1G15A 1SL0A 4OJRA 1VSFA 4KREA 3TARA 2NUBA 4W5TA 1W0HA 3O4NA 1RT3A 4CJFA 4CJWA 1RBRA 2VG5A 3UIQA 2E6MA 1F21A 3KLGA 4GMJB 1X9MA 4C8KA 3AVKA 3MXMA 3F9KA 4FCYA 1GOAA 4FJIA 4CF8A 3G10A 3LALA 3V1QA 5HP1A 4CEAA 4DTPA 3VQBA 1IKWA 4RW8A 2XY8A 1RT4A 3AO2A 4CHOA 4FLTA 3PX4A 1XI1A 1ASWA 3AVMA 1WSHA 4DFPA 1TKTA 3VQQA 4M3WA 3HPGA 1RDAA 3QESA 4EP5A 4HUFA 1U45A 4CIFA 4Q5VA 4DTMA 3OVNA 1WSGA 3QEPA 4KO0A 2A1RA 4B9UA 2FBVA 5D3GA 2ZE2A 4AHUA 1YTUA 4DFKA 4CECA 4E7LA 3AV9A 3S9HA 1RTHA 4DFMA 4KHYA 4AHCA 2DFFA 3LPTA 4CJPA 2AJQA 1S9EA 4ICLA 3SPZA 2RPIA 4KRFA 1RTIA 3D45A 3NDKA 3TAQA 4GW6A 2JGUA 1S1VA 2X6SA 4W5RA 4DFJA 4N5SA 3L2WA 1K6YA 4F3TA 4FLWA 4CHPA 1KLMA 1TVRA 5SWMA 1A5WA 1C1CA 3RTVA 5DMRA 4O44A 3V9SA 2JLEA 5FROA 4B8CA 3QETA 4E19A 1JLBA 3PX6A 4F3OA 3OS1A 4KV8A 1Z26A 4B9MA 3NF9A 2KTQA 5DK5A 4N56A 4LD0A 3V9UA 1CXQA 3OYJA 2B6AA 3EZ5A 1S9GA 1YT3A 1FKOA 4DU4A 4CEDA 3QNOA 3OY9A 1IG9A 3HT3A 3AO5A 3NGIA 3ZSWA 4CJKA 3MXJA 4CFAA 4K8ZA 4CIEA 1T7PA 2G8KA 4BDZA 3QIPA 3NGZA 4RW6A 1XC9A 1S1XA 4DTOA 3VQ8A 1RTJA 3TAPA 2O4IA 3VQAA 4I9LA 3WNHA 3F73A 1QSSA 2FBTA 3HJFA 3P83D 5SZTA 4CFBA 2XO7A 3LANA 1FKPA 3M8QA 4HCBA 1QE1A 3VN5A 2YNHA 3QINA 3VQCA 4DF8A 4DU3A 3ZSQA 1UWBA 4CF2A 3LP3A 4FJGA 3L8BA 4CHZA 1D5AA 4I7FA 1NK9A 3DLBA 4E1NA 2O4GA 2D0BA 2OPRA 1L5UA 3B6OA 4KKOA 4M41A 4CESA 3T3FA 4OVLA 4FJNA 4O4GA 1UA0A 3O4QA 3U3YA 3ASMA 4AHTA 3OYKA 1CZBA 2ZQBA 4K8XA 4B9VA 2X74A 2OA8A 4WE1A 4DTJA 1BCMA 4Z4CA 3RMBA 3OYEA 4CK2A 2DFHA 3AVHA 5KGXA 1LWEA 1U4BA 1TAQA 1CZ9A 4KFBA 3OYDA 3IRXA 4CJLA 1NKBA 3TI0A 4OKKA 1ZBIA 1HYZA 1VRTA 2YKMA 4JRQA 3SCXA 1WSIA 4E7KA 4E0DA 4FJXA 1RBUA 2P51A 1ZBHA 1SL2A 2ATQA 4DWIA 2IOCA 5KRSA 1L3UA 3KTQA 5K14A 3QEVA 1T03A 3S3MA 5EU7A 4Y1CA 4FZZA 4FJ5A 3MEEA 1QSYA 2VWKA 3HP6A 1A5XA 3NF8A 4B9SA 3K5MA 1WN7A 3TWHA 1RTDA 4M3YA 4CHQA 3NH0A 3B6PA 3L3UA 4O55A 3ISNC 5J2QA 3VQ9A 3AO4A 1KFDA 5HRPA 1X9SA 2P5OA 3SI6A 2KZZA 2A1SA 3WNGA 1NK5A 3O3GA 4H4MA 2YKNA 3NF7A 2PYJA 3CQ8A 2HHWA 5FRNA 4FLVA 4B9LA 2OZMA 4J2AA 1J54A 1C6VA 1ZBUA 4ZTFA 1WAFA 2GBZA 1EETA 3AVIA 4E7JA 4O0JA 2FBXA 1BL3A 2QXFA 3DRRA 3L2RA 3SV3A 1KRPA 2ZD1A 1C1BA 4DS4A 3NFAA 3RMAA 2PZSA 2R7YA 2X6NA 4J2DA 2YNFA 1QQCA 3TABA 4E7IA 3TAEA 4KHNA 1JLFA 3RR7A 3K5OA 1NOZA 1KVAA 3LPUA 2WOMA 1BCOA 1U48A 4LSLA 2WONA 2GUIA 3VA0A 3DLHA 4J2BA 4O0IA 1ITGA 3EY1A 3HL8A 2FC0A 1QTMA 1JL1A 3KLIA 4I2QA 3C6UA 3SNNA 3SQ1A 1W9HA 5CZ1A 3THVA 4RW4A 4CEBA 1ZBFA 1UA1A 3KJVA 2F96A 2HHVA 3MEGA 1TL1A 1JLEA 1SKRA 3E01A 5HBMA 3DLGA 3V1OA 4CE9A 1RBVA 1RILA 1RT5A 2DFEA 4LSNA 5J2MA 1X9WA 3ITHA 1LWFA 2IAJA 4ZTJA 2HHSA 2F8TA 3K58A 1BISA 2XHBA 4BACA 3QLHA 1KSPA 4OGCA 4DSEA 3KK3A 4FVMA 1S1UA 1VSJA 3BGRA 1NOYA 1CXUA 2E6LA 4QCLA 4F2RA 3NH2A 4AILC 4JS4A 2E4LA 2HNDA 2IGIA 1XWLA 1NK7A 1C0UA 2KW4A 2HNYA 4EZ9A 1RDBA 4CHNA 4LY7A 4CGFA 1NJXA 2KFZA 1RBSA 4Z4HA 3LWLA 4M3UA 1LV5A 2OPSA 4DSKA 4PA1A 1TL3A 3RWUA 3ALYA 1IH7A 3L2VA 1N5YA 1S6PA 4J2EA 1HNIA 1JKHA 4CFCA 3RMCA 1VSDA 4NCAA 3K59A 3HK2A 3RMDA 3HYFA 4R5PA 3TR8A 1X1PA 2QKKA 2VG7A 4DSIA 3HVTA 3HP9A 3ZT2A 2Q3SA 3SUQA 3V4IA 3VQ6A 4CK3A 3ZSYA 4DQQA 4Y1DA 3K5LA 2DY4A 1WSFA 4C8NA 5KRTA 3SZ2A 4Z0UA 1J9AA 2P5GA 1VSIA 3DM2A 4Q0BA 3OYHA 1NK6A 4KTZA 4JRPA 4FLUA 3AA4A 1C0MA 2HMIA 1QS4A 4OLBA 1Q9YA 3SYZA 3DLEA 1QSLA 1YTAA 4FZYA 3SQ4A 4OKEA 3OYGA 4CEFA 3PY8A 3AVLA 1HYVA 2IC3A 3I0SA 4GVMA 4FZXC 1HNVA 1RT2A 4CF1A 4CGJA 4BWJA 3CFRA 3M8SA 3VQPA 4DTRA 3IAYA 4OKJA 3DMJA 1GOBA 1WAJA 3M8RA 3L2UA 4DQIA 4BDYA 4DTNA 5J2PA 1J53A 3LP2A 1HQUA 4L8RB 1L3TA 4G1QA 1N6QA 4DTUA 3LZJA 4LH4A 3KLFA 3LWMA 3V9XA 2EX3A 3O3FA 4DLGA 1WSEA 4EP4A 5C25A 1NKEA 1BI4A 1RT1A 4HVJA 1MU2A 2XY7A 5FDLA 3SUOA 3D0PA 4HHTA 1NK8A 1T05A 4DSJA 1TV6A 3AVCA 1SL1A 1R0AA 5E41A 1EKEA 4ZHRA 4HCCA 4DSFA 4CJRA 1VK0A 3LP0A 1I3AA 3K57A 4FJ9A 3HM9A 2KZMA 3ZSVA 2VG6A 1HMVA 2G8VA 1FXXA 3CG7A 3NGYA 4DG1A 1BHLA 3FFIA 4LH5A 3VQDA 4FM0A 3P1GA 1RDCA 1S5JA 2RN2A 2Z1JA 3VA3A 4PUOA 4KI4A 3TAMA 1EXQA 3VQ5A 2HHXA 4CJSA 4DLEA 3QIOA 3VQ4A 1NK4A 4DQPA 1KFSA 3SQ2A 4I9QA 1KLNA 2BE2A 1VSKA 3LDSA 2BGGA 4HTUA 4W5QA 1U04A 3AO1A 4CGHA 4QOZB 4CEEA 2KFNA 1REVA 2G8WA 3C94A 3AVNA 5JS1A 4CJ4A 1IKYA 2XRIA 3QERA 2XY6A 5CYMA 1VSMA 1XHXA 4DQSA 4FJMA 4KPYA 4C8OA 4F4KA 2P1JA 3C6TA 5CY4A 4BE1A 1Y97A 4PY5A 3OJUA 1DTTA 2PY5A 1C0TA 5C42A 3KLEA 4E1MA 2Z1HA 3RRHA 3PO4A 3WNFA 1VRUA 4AHVA 4IFVA 5HLFA 4BWMA 3K5NA 1A5VA 4CJ5A 3NF6A 4KHQA 5C24A 1LAWA 4ELUA 4MQ3A 3ZT0A 3MAQA 2XY5A 1IKXA 1TK5A 1HQEA 1YVUA 2BDPA 3K2PA 3V9ZA 3V81A 4DMNA 1GOCA 2VWJA 3ZSZA 1JLQA 4IG3A 3OYLA 3SUPA 4PWDA 3DLRA 3AVBA 4FM1A 5HRSA 4UQGA 4NCBA 2BANA 1WSJA 2YNGA 4TSXA 4HUEA 2YHAA 3AVJA 2G8FA 1Q8IA 2OPPA 4KAZA 4FJJA 5KI6A 4FK2A 2HHTA 5HRNA 1UAXA 3I0RA 3HSTB 4YNQA 4RW7A 3JYTA 3DYAA 1EP4A 1VSLA 4AHRA 1XHZA 1IKVA 1RT6A 2D0AA 4AHSA 3HPOA 3T1AA 3ZT3A 4Z4FA 3G0ZA 1NJZA 4KB1A 3HPHA 3OYAA 3NCIA 4FW1A 1JXBA 2YV0X 2B5JA 3AVFA 3CM6A 3MECA 1BIZA 4NCGA 4O5BA 1U49A 1LW2A 3OJSA 1HYSA 4DU1A 5HRRA 4YFUA 1B92A 4DS5A 3DOLA 4CEQA 4OPJA 3RRGA 3H08A 2ETJA 1IO2A 1Q9XA 3ULDA 2OPQA 3LP1A 4M45A 2ITGA 4CJEA 1S1TA 1Z25A 3ZSRA 2W42A 3LAMA 1L3SA 4CGIA 1D8YA 3PO5A 2D0CA 2IS3A 3TAFA 3O3HA 4Z4EA 4QAGA 4H8KA 4CJVA 3V9WA 2I5JA 4CF0A 1O1WA 4B9NA 2Y1IA 3QEIA 1BIUA 1SKWA 5JS2A 2RF2A 4CJTA 1TKZA 3OYMA 4DTSA 1J5OA 4DF4A 3T19A 4FLZA 4DQRA 1WLJA 3DI6A 3IS9A 4KHSA 4CF9A 1NJWA 1QHTA 1LAVA 1JLAA 4B8AB 2YNIA 4FLYA 1ZBLA 3OYNA 4KHUA 3PV8A 4BE2A 3QEXA 1B9DA 4RW9A 3DLKA 3I8DA 4FJ7A 2FBYA 1WNSA 3U6FA 3AO3A 5KGWA 3KK1A 3JSMA 4JS5A 1NKCA 4KHWA 1TAUA 2Z1IA 3QNNA 3SJJA 1SKSA 1BQNA 4W5NA 4NYFA 2D5RA 3ZT4A 3V6DA 4KTQA 1RDDA 1FK9A 4FJKA 3KIOA 3AA2A 4CK1A 4KTWA 3NAEA 4M3XA 3QEWA 2LSNA 4FK4A 2HW3A 1T8EA 4DSLA 3LAKA 4ELTA 3ZSOA 4Z4GA 1I39A 2YHBA 4XIUA 1JLCA 3NH1A 3OS0A 1VSHA 4M3RA 4CCHA 2B4JA 1TKXA 4IFYA 4CHYA 4FK0A 1CLQA 4B08A 3OYFA 4FYDA 1S6QA 3ZCMA 3OYBA 3SQ0A 1ASUA 3IG1A 3HXMA 2HHQA 1TGOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QO9A 4CGDA 4E3SA 4YOTA 3ID8A 1DKGD 1BOTO 2Q0RA 3GG4A 4BREA 4CJUA 4BDPA 1RBTA 1KVBA 4Z4IA 4H4OA 4YOYA 3MXIA 4M3ZA 1RDUA 2GV9A 3HTVA 2VQFK 3L3VA 5ADXH 4KH6A 2V52B 4C8MA 1HKCA 4L3QA 1HJRA 1ZYQA 3DRSA 2G8HA 4M42A 4ELVA 3SUNA 2UXBK 4LF6K 1VSEA 4U67L 4JI2K 4FXDA 2HSTA 2RKIA 4WFNL 3HOTA 5AQQA 3FR0A 4CJ3A 1S1WA 1BI4B 2GEMA 3AGKA 3FE1A 1HNXK 1HRHA 2G8UA 1ZBSA 1C1AA 1JXEA 4CZIA 1BWFO 2X78A 4DV6K 4B9QA 3V1RA 5F2RA 1JCEA 1HPZA 5J1EA 3MEDA 4IKFA 2O8CA 1TK8A 1NK0A 5J2NA 2KQ2A 5AZJB 2E2QA 3CYMA 1K8KA 3QFPA 3AA5X 4CERA 1N33K 4KREA 1YUWA 1GLAG 4W5TA 1W0HA 4BROA 4DUYK 1Y64A 4LF4K 1RBRA 1S72N 3UIQA 4IEEA 1F21A 3KLGA 4AF1A 4C8KA 3AVKA 5AQZA 1GOAA 4CF8A 3THYB 5IT9O 2QWQA 4DTPA 5JMVA 2YJEA 1E3MA 3G25A 2P9NA 2NRTA 4EP5A 4HUFA 4FWSA 4KO0A 3CJ1A 3H1QA 3VGMA 4B9UA 4RCHA 5D3GA 3E1YA 4K43A 3AV9A 1GLDG 1KAYA 4JKFA 5M1QA 4AHCA 2DFFA 4CJPA 2ZGYA 2AJQA 2RPIA 5KQ8A 2HF3A 1WBBA 4J8FA 3L2WA 3ZEUB 5SWMA 3SMSA 5JICA 4O44A 4B8CA 5FROA 3G4SN 4E19A 4CD1A 4NLCA 4KV8A 1Z26A 5AQFA 3NF9A 3L0QA 3MN7A 1VQ7N 3KZBA 2ASPA 1CXQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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