3AVJA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avjA00
1X1PA 3DM2A 3ZSOA 3KJVA 1CZ9A 2HHXA 2G8HA 3CM6A 1RT3A 4GVMA 1RCHA 2Q3SA 2BANA 4CEFA 3NH0A 4RW6A 2OPRA 4H4MA 4NYFA 1J54A 3HPGA 1A5WA 4OVLA 1D8YA 1D9FA 4DTOA 3DOKA 5FRMA 4AHRA 4M45A 4M3UA 1EP4A 4W5TA 4DQQA 4Z4GA 2VG6A 3I8DA 2XY5A 2IAJA 3PV8A 4HTUA 3DLRA 3IRXA 4DSFA 1C6VA 4PWDA 1HRHA 4LSNA 3TABA 1Q8IA 2DTUA 3O4NA 4DS5A 5KTQA 3NE6A 1EETA 4CEQA 3RMDA 3ZSYA 3VQDA 4DQPA 4FK0A 1ITGA 4CE9A 4E3SA 3QEIA 1T03A 3QO9A 3AVHA 1HMVA 3O3FA 1BIZA 4ELTA 2XY7A 3K5LA 3DMJA 3EZ5A 5HROA 4DLGA 1LWCA 4F8RA 4OLAA 3O3GA 3SJJA 1SUQA 2E4LA 3LWMA 2DFEA 5DMRA 3QEWA 4QOZB 5FDLA 3I0SA 1SL1A 4CJFA 3U3GA 3HM9A 3V9XA 4DU1A 3MXMA 3ASMA 2QXFA 4DTNA 3PX4A 1S1UA 1C0MA 4BWJA 3AVMA 3RTVA 1Q9YA 4Z4EA 1VSKA 2HVHA 3VQCA 4F3TA 3L2QA 1ZBFA 3AVFA 1KVBA 3SUQA 4KTQA 2E6LA 2VG5A 3ITHA 4EZ9A 4FJIA 1MU2A 3TAGA 1IH7A 1JXBA 3HSTB 3NCIA 1KRPA 1DTTA 1SV5A 4FJ5A 3LZJA 3QERA 1S1WA 2NUBA 3SYZA 3K57A 1SKSA 4CERA 1JLQA 4DTJA 2QKBA 5KRSA 3K5MA 2G8IA 2I5JA 4OGCA 1LW0A 3AO1A 1KFSA 2OPPA 4CJSA 3OYAA 2Z1JA 4B8CA 3V81A 1NK4A 2Y1IA 3NF8A 4BDYA 4FLWA 1BI4B 1RNHA 3THVA 3QESA 3QEVA 1EXQA 4CK3A 3A2FA 4DF4A 4AHTA 3NH2A 3KK1A 1C1BA 2P5GA 4W5OA 4DSIA 5HRRA 4W5QA 4B9LA 1I39A 3RMCA 2ZE2A 4N47A 2G8FA 4YFUA 3EYZA 1BQNA 1RT6A 2FBTA 1RTIA 2XRIA 3K5OA 3LP2A 4RW7A 4CHZA 3NAEA 3S3MA 1QSLA 2QKKA 3MECA 3P83D 3SQ4A 1BIUA 3ZSZA 2Y1JA 1S9EA 3O3HA 3PO5A 3D45A 4Z4HA 1WN7A 3KIOA 3SQ2A 2PYJA 1VSDA 4FK4A 4FLYA 4KPYA 1RT7A 4DTPA 4EP5A 1LWFA 5JS1A 3AVNA 4IBNA 1HYZA 4OJRA 4ZHRA 1RDAA 3SUNA 2PZSA 4TSXA 2HVIA 1TL1A 1GOBA 4ZTFA 1HJRA 1GOCA 1WLJA 2OPSA 1KCFA 2B4JA 4IFYA 3VQ7A 4BDZA 3CM5A 4KFBA 3RR7A 1W9HA 3DLEA 4BACA 2F8TA 4CEZA 4B9TA 1O1WA 3DLBA 2HHQA 3SNNA 3OYGA 1ZBUA 4FJ8A 1YTAA 4Y1CA 4CJLA 1U45A 4QAGA 4DU4A 4CIEA 4Z4CA 3WNEA 4KAZA 4O44A 3VQAA 3OS2A 4JLHA 3CFOA 3TWHA 3TAPA 2ZD1A 3AVKA 4DTMA 1NK9A 2OA8A 3NGYA 4NYNA 3M8SA 3DRSA 3SV4A 1BI4A 4FJMA 5CY4A 4M3RA 1DLOA 1VRUA 3OYIA 4CK1A 4B9VA 4B3OA 1HQEA 1I3AA 4EP4A 3O4QA 1HQUA 1NK5A 1Q9XA 2KZZA 3CG7A 1FK9A 1BQMA 3HPOA 1ASUA 2WOMA 3NF7A 1C0TA 4Q5VA 4FJ9A 1ZBIA 2D5RA 4C8KA 3I0RA 3LPUA 3DLHA 3HP6A 3KD1E 3M8RA 4C8LA 3OYLA 2KFZA 2IDOA 4O4GA 1G15A 4KKOA 4CJ5A 3AA4A 3AA3A 5C42A 4CHNA 1YT3A 1NKBA 4I2PA 2A1RA 1TVRA 1WSGA 4F2RA 4QCLA 3ZT4A 3LAKA 3G10A 4HCBA 4CJRA 1XHXA 4LSLA 3FFIA 3T1AA 3VN5A 4CEOA 4CF9A 2HB5A 1FKPA 1NOZA 1RDCA 3QINA 4N41A 1UA0A 2XO7A 4H8KA 4PUOA 3OS1A 4DU3A 1IO2A 1B92A 4DMNA 4DQSA 4E7IA 1Z25A 3AV9A 2ITGA 4DFJA 3QETA 4ELUA 2YHBA 5HLFA 3M8QA 1BL3A 2E6MA 2P1JA 3HYFA 3CQ8A 1NJXA 1NK7A 4E7LA 3DRRA 2W42A 4GW6A 3D0PA 3F73A 2RPIA 2YHAA 1LAWA 1TV6A 1D9DA 4KV8A 4Z0UA 1S1VA 1LAVA 4JRPA 1CXQA 4O5BA 1QSYA 4CJVA 1BHLA 3OYHA 1L3UA 4O55A 4KHQA 3H08A 4IFVA 4KI4A 3KLGA 3OVNA 2F96A 3QIOA 1TK0A 1A5VA 5HP1A 4MQ3A 4CHYA 5K14A 3OYCA 4FJLA 4CHQA 1UWBA 3VQ8A 4N56A 4E7HA 2G8KA 4CK2A 1CZBA 3SV3A 3ZCMA 1S1TA 1VSJA 4E7JA 3HJFA 4FW2A 4DFKA 5C25A 1HNVA 4CGHA 1S5JA 2FBVA 3C6UA 4M41A 4ID5A 3NDKA 4HUFA 1QE1A 1TKTA 4FLVA 3TAEA 4OGEA 4CHPA 4FJXA 1ASVA 1TGOA 3HVRA 3VQ6A 4FM0A 4B08A 3IAYA 4CIFA 3TAMA 1NK6A 3ISNC 3SUOA 3DRPA 2IS3A 4N5SA 5CYMA 3RRGA 2JLEA 5D3GA 5KRTA 3AVBA 2KW4A 5SWMA 2YNGA 3OJUA 4ICLA 1RBSA 3OYJA 4LH5A 5C24A 3P1GA 3QEXA 1BGXT 1HYVA 3CFPA 4FJ7A 1KLMA 3LANA 1UAXA 3KKRA 3KK3A 3LP3A 1X9MA 4I9QA 4JS4A 3EY1A 5KI6A 5KGXA 3CFRA 3V9UA 2EHGA 3TANA 4HVJA 4KHWA 3KD5E 1U04A 2HNYA 4CJTA 3K59A 3QLHA 5J1EA 4KB1A 2KTQA 5FRNA 2P5OA 4KTZA 1GOAA 1C1CA 2O4GA 3MXIA 4FW1A 1ASWA 4WE1A 1JLEA 3OYDA 4CJQA 2HNZA 3JYTA 3T3FA 4KHUA 3S9HA 4I7FA 3JSMA 3NF9A 4F3OA 1VRTA 1FKOA 4CFDA 4F4KA 4FJKA 4Z4IA 1IKXA 2BGGA 3U6FA 4CFBA 2OZMA 4FLUA 2A1SA 2Z1HA 1WNSA 4F2SA 4PQUA 1RT5A 4CESA 1QHTA 4CEDA 4FJHA 2X74A 4KI6A 3V1QA 1B9FA 5DK5A 4GMJB 4OPJA 1HNIA 4AHCA 2YNFA 3AO5A 3IG1A 3P5JA 4OKJA 4E19A 4EZ6A 2VWKA 2FBYA 2HHTA 4AHUA 1NJWA 1U48A 3U3YA 3SUPA 4FZZA 1RILA 4HCCA 2OPQA 3VQEA 3L2WA 2X78A 1KSPA 3ZSRA 1T7PA 4RG8A 4CJKA 3OYKA 4E7KA 1SL0A 3WNHA 1XI1A 4CJWA 3L3VA 3RR8A 3TAFA 1TAUA 1A5XA 2OYQA 1N5YA 4E1NA 1NK0A 2HW3A 1UOCA 2HHSA 1EKEA 4FCYA 3RRHA 4CJ4A 3M8PA 3ZSQA 4DQIA 4OKKA 4M3XA 3VA3A 3ZSXA 1SKWA 1VSHA 4E0DA 1L3VA 2LSNA 1NKEA 4O0IA 3AVIA 3DLKA 4AHSA 4CGGA 2BE2A 3LWLA 3HK2A 3KLIA 3RWUA 4LH4A 3HVTA 3ZT0A 3KLEA 3ULDA 2VG7A 4B8AB 4M3ZA 3UIQA 3SPYA 4N76A 1YTUA 1JLGA 1LW2A 4J2AA 1D5AA 1QS4A 1DTQA 4YNQA 2PYLA 4XIUA 4KHNA 4M3TA 2KFNA 5CZ2A 2IC3A 5E41A 4HHTA 4PY5A 4DS4A 4FJJA 4C8OA 1K6YA 2GBZA 1W0HA 3NGZA 2XHBA 1FXXA 3NHGA 3MEEA 4KO0A 4NCBA 2XY6A 3LZIA 4LY7A 4W5RA 4BWMA 1RBUA 3RMAA 4C8MA 5CZ1A 3KKSA 3MEGA 1XC9A 1NK8A 2P51A 5HRSA 2Z1GA 4FVMA 3DYAA 3SCXA 3B6PA 1RTDA 4CIGA 4JS5A 1QSSA 4M3YA 4FM2A 3DLGA 5T7BA 2YNHA 5J2PA 5EU7A 3PX0A 1T8EA 4JRQA 4NCAA 4OLBA 3ZSWA 3SQ1A 3ZT1A 1KFDA 1KVAA 3V9ZA 1IG9A 4CF1A 1U4BA 1JKHA 1RBVA 1L5UA 3C94A 1J53A 2IGIA 1TKXA 1RDBA 1WSHA 2EX3A 3ZSVA 5J2MA 1R0AA 3SQ0A 2G8VA 2HMIA 4FXDA 1BISA 1TKZA 2YKMA 2G8UA 4CEBA 3V1OA 4AH9A 4RW4A 3HP9A 3SI6A 4H4OA 4IG0A 1S6QA 3PX6A 4ZTJA 4CGFA 3KTQA 3L2UA 3AVCA 1X9SA 4KHYA 1BCOA 3HL8A 3LALA 3PO4A 3VQQA 3AVLA 4R5PA 1JXEA 4DTUA 4Y1DA 4FLTA 4DTSA 3V6DA 3VQPA 4CFAA 4LD0A 1F21A 1WSJA 3RMBA 4KTWA 1HYSA 3V4IA 4I2QA 2B6AA 4NCGA 3C6TA 4L8RB 2F8SA 4DG1A 4DTXA 2X6NA 1LWEA 1X9WA 1RBTA 1T05A 2AJQA 1WSFA 3C95A 1Y97A 4CJEA 3OYBA 4B9MA 4Z4FA 4E89A 5KGWA 2D0CA 4OPKA 2D0BA 1JL1A 3QNOA 1SKRA 4CECA 2HHUA 2RN2A 4FJGA 3LP1A 2DFHA 4FZYA 4CGIA 2YKNA 3OYFA 4UQGA 4J2BA 4DSJA 1XWLA 2RF2A 2ZQBA 3BGRA 4CJUA 3SZ2A 4CEEA 3S3OA 3S3NA 1JLBA 3KLFA 2WONA 2HHVA 3K2PA 1S1XA 3WNFA 1VSEA 3DOLA 5I3UA 3OYEA 2D0AA 4IG3A 4HUGA 1WSIA 2GV9A 1XHZA 4FM1A 4BE2A 1CLQA 3B6OA 3QIPA 1CXUA 4MFBA 5HRPA 4FJNA 3HO1A 5I42A 4AHVA 4Q0BA 1C1AA 4IKFA 3L2VA 3VQBA 3NF6A 1RTJA 4FLXA 5SZTA 4RW8A 4HUEA 2VWJA 3KLHA 4DWIA 4FZXC 4J2DA 2HHWA 1RT4A 3DI6A 4CHOA 4CJ3A 4M3WA 4CF0A 3IS9A 1RT2A 1TK8A 1NJYA 4FLZA 3CYMA 3VQ9A 3V9WA 4DF8A 3VQ4A 4BE0A 4KREA 1WSEA 3BDPA 3F9KA 1RDDA 4CGDA 3OYNA 1S9GA 2YV0X 1BCMA 4DFMA 1NJZA 4J2EA 3TARA 3AVGA 3L8BA 4O0JA 3OS0A 1UA1A 3ZT2A 3VQ5A 2FC0A 2ETJA 3TR8A 3LP0A 1L3TA 5J2NA 4W5NA 3AVJA 1J5OA 3ALYA 1L3SA 4B9SA 1HPZA 3KK2A 1C0UA 3OJSA 2B5JA 4C8NA 1VK0A 1WAJA 2JGUA 1RTHA 2R7YA 3MXJA 3TAQA 3AVAA 1S6PA 2KZMA 1ZBHA 2Z1IA 1NOYA 1TAQA 5FROA 3AA5X 3L3UA 3MAQA 1IKVA 4CGJA 3HPHA 3OYMA 1KTQA 4OKEA 1VSMA 4BE1A 1ZYQA 3MEDA 1B9DA 1TK5A 1TKDA 3AA2A 2HNDA 2FBXA 4CF8A 1RBRA 2OZSA 2GUIA 3AO3A 4DFPA 4M42A 4KHSA 3LDSA 1REVA 1JLFA 3HXMA 2RKIA 4DSKA 5J2QA 4AILC 1JLAA 4CEAA 4E1MA 5HRNA 3NH1A 1LV5A 3WNGA 1N6QA 1WAFA 4B9NA 3AO4A 3E01A 3LPTA 4DTRA 1QTMA 1IKYA 3NGIA 4CJPA 3LAMA 1JL2A 1KLNA 4DSLA 3ZT3A 3K5NA 3T19A 4ID1A 5CYQA 3K58A 4KB0A 3V1RA 3QEPA 1TL3A 4DLEA 1NKCA 1RT1A 3TI0A 2O4IA 1VSFA 1J9AA 4DQRA 1U49A 4G1QA 1VSIA 3L2RA 2G8WA 4B9UA 3SPZA 2IOCA 4CFCA 4BDPA 4K8ZA 4IDKA 1SL2A 4FYDA 3OY9A 4DSEA 1JLCA 5JS2A 3G0ZA 2DFFA 2ATQA 3NFAA 3PUFA 1IKWA 2X6SA 2YNIA 2DY4A 3QNNA 4CF2A 4KRFA 3HT3A 2XY8A 4ELVA 1QQCA 1YVUA 2BDPA 3PY8A 2KQ2A 1U47A 4K8XA 3NBPA 3VA0A 2QK9A 1KVCA 1ZBLA 1VSLA 4I9LA 2PY5A 4FK2A 4CCHA 1EX4A 4RW9A 5HBMA 4PA1A 1Z26A 3AO2A 3V9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NB4A 1CZ9A 2QI2A 1SAZA 2OTJN 2YHWA 1EP4A 3DJCA 5AQHA 3I8DA 2XY5A 2IAJA 1HRHA 2DTUA 5KTQA 3NE6A 3ATUA 1IG8A 3RMDA 3VQDA 1HX1A 1ITGA 4CE9A 4E3SA 1BIZA 2BH1A 3K5LA 2HF3A 1VQ9N 5HROA 4DLGA 1LWCA 4EAHD 5AZJB 3OW2M 1SUQA 5DMRA 1SL1A 2D4WA 4CJFA 3ASMA 2QXFA 1Q86O 5GAGP 1S1UA 2HBKA 4BWJA 4Z4EA 2P9LB 4KTQA 1E4FT 2E6LA 5ELZA 4EZ9A 1V4TA 1MU2A 1IH7A 5EX5A 3HI0A 1DTTA 4FJ5A 2VCPA 4BR9A 3QERA 1S1WA 1SKSA 1GLEG 4GV3A 4DTJA 2QKBA 1X3NA 3TSPA 1BUPA 4JI1K 2Q2RA 1IBKK 1LW0A 2CGLA 3BY5A 2Y1IA 5AQTA 4IXCA 5AQFA 4DF4A 3W0LA 3UKRA 4FVUA 5HRRA 4W5QA 3RMCA 4IJNA 3MMVA 4KHPK 1T6DA 3LP2A 4RW7A 4CHZA 5AQGA 1NNEA 1BIUA 3ZSZA 4KH6A 3SQ2A 4DTPA 1LWFA 3AVNA 2QM1A 4ZHRA 4TSXA 3O9QA 1HJRA 4K0KK 2J4RA 1U6ZA 1ATRA 1SS6A 2HBMA 4KFBA 3N4PA 4BACA 4B9TA 1U45A 4I6MB 3VQAA 1TUUA 3DRSA 2ASMA 4CZKA 4FJMA 4M3RA 3THYB 1DLOA 3B8AX 3EKSA 4A2BA 5M1FA 1HQUA 1NK5A 1Q9XA 4JI5K 2WFBA 2H3GX 4IOAL 3TTDA 3CQYA 4JKGA 4C8KA 3ZLJA 4E1JA 3HP6A 3KD1E 2IDOA 3ZETB 4O4GA 3L0QA 4XH4A 4KKOA 4CJ5A 5C42A 4CHNA 1NKBA 2A1RA 2D1KA 1JCGA 2DPNA 4JEPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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