3AVJA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avjA00
3DLKA 1NJZA 2AJQA 3P83D 4CHPA 1X9MA 4OLBA 2XY7A 4KAZA 1XWLA 1UA1A 1KSPA 1A5WA 4KO0A 3SPYA 3SYZA 3DLHA 1RBRA 3ZSXA 1XI1A 1NKEA 4ELVA 5FRMA 3I0RA 4GVMA 4QCLA 5HBMA 4Q0BA 3AO4A 1B9DA 1C0TA 1RT4A 4CF8A 3KLEA 4HCCA 3QESA 4L8RB 3HT3A 3BGRA 1CZBA 3VQPA 4E7JA 2QXFA 3AV9A 5D3GA 4LSLA 4DSLA 3C95A 2FC0A 1JLEA 3AVAA 3VQDA 4K8ZA 3NDKA 4B9TA 4RW4A 1IKVA 1UWBA 4KTZA 4ELUA 1HRHA 4FJ7A 1ZBIA 2FBXA 4CHOA 2WOMA 1L3TA 1LAWA 4CHNA 1RT5A 2Z1HA 1U49A 1SL2A 3TAQA 2YNGA 4DG1A 5HROA 4CFCA 2HVHA 3ZSYA 1VSDA 3AVGA 1D9DA 4CIFA 4NCBA 4CEOA 4FK0A 2OZMA 4B9MA 4M3TA 1BISA 4DSJA 1BIZA 2JGUA 1FKPA 4FLVA 1X9SA 3HXMA 1SKRA 1BQNA 4M3RA 2NUBA 3S9HA 3V9SA 3CQ8A 3OVNA 3S3NA 4WE1A 1U47A 3HVTA 1SUQA 4J2AA 3ZT3A 4DTRA 4Z4CA 1IKWA 4O4GA 4JS4A 2YKNA 3V4IA 3DLBA 2IAJA 4Z4GA 3IG1A 3JYTA 4DLGA 2RPIA 1SV5A 3HP9A 4BE1A 1BCMA 3AVIA 4JRPA 1HYVA 3SUQA 4CF0A 3RMCA 3NF7A 4DSIA 1RBSA 2P51A 3K5NA 4TSXA 4B8AB 4FLXA 1TAUA 3V1RA 3RRGA 4KV8A 1L3VA 3S3OA 2X6NA 1WN7A 2DTUA 1RBUA 3RMAA 1KVAA 1LAVA 4O0IA 3L2WA 4DLEA 4MQ3A 4CJKA 1F21A 4CFAA 2P5GA 3RR7A 3QERA 4FJLA 4J2DA 4KHQA 1LWFA 4FM0A 4IBNA 2D5RA 2ZD1A 5CY4A 5DMRA 4B9LA 3PUFA 2ZE2A 4NCGA 3H08A 4O0JA 1LWCA 1JLGA 4RW6A 3VQQA 4CF9A 4CJQA 4BWJA 1T7PA 1VRTA 3I8DA 4FM2A 4DU3A 4GMJB 1QSLA 3DOKA 4CJVA 2QK9A 2HHTA 3EYZA 3ZT1A 3D45A 4Z4IA 2ZQBA 4PWDA 4CECA 4DQPA 1CLQA 2I5JA 1Y97A 4DQIA 3OYHA 2X74A 1GOAA 1DTTA 4N47A 4AHSA 4FK4A 1ZBHA 1N6QA 2BDPA 2GBZA 2VG7A 3BDPA 3CM5A 3DM2A 4E0DA 1Z26A 3VQ4A 1IO2A 5I3UA 4FM1A 1TKXA 2HHXA 2OPRA 1TK5A 3QO9A 3VQBA 2PZSA 3TARA 3SQ2A 4PY5A 3OYMA 3WNGA 1YTUA 4E89A 3LWMA 2QKBA 1BIUA 4B8CA 1C1BA 4B3OA 1SKSA 1HQEA 1XC9A 2BGGA 4HUFA 4C8MA 3K59A 5J1EA 3OYKA 3LDSA 3TAEA 3F73A 4BE2A 4FJXA 3WNFA 4W5TA 3OYJA 3QEWA 5JS1A 1L3UA 4CHYA 3HPOA 3U3YA 4FYDA 3TAFA 5I42A 1T03A 1QSYA 3K57A 4KB1A 4KHSA 4M3YA 4E7IA 4JLHA 1VK0A 3G10A 1IG9A 3AO5A 3QNNA 4ZHRA 4RW9A 4O55A 4AHUA 3DMJA 3OJSA 3V9XA 4F3TA 3KLFA 4FZZA 1T05A 4KHWA 4ZTJA 3K5OA 1WSIA 4IKFA 2Z1JA 2KZZA 5HRSA 5J2MA 3RMBA 3NE6A 1R0AA 4LH4A 3V6DA 4DFJA 2OZSA 3OS1A 5SWMA 4GW6A 1WSJA 1FKOA 5KI6A 4KFBA 2LSNA 3NAEA 1RDBA 4DQSA 1QSSA 1NK9A 3OYIA 3SPZA 4NYNA 1NK7A 2G8FA 1TGOA 3M8QA 3HK2A 3OYFA 1C0MA 4CEBA 4ICLA 1RTDA 4CJEA 4CEEA 4DSKA 3LPUA 1CXQA 3DLGA 4Z4EA 3O4QA 1L3SA 3AO2A 3JSMA 1Q9XA 2R7YA 1XHXA 1MU2A 1TAQA 2B5JA 4ELTA 3LANA 2WONA 3VQ8A 1KFSA 4CIEA 3KTQA 2XHBA 2B6AA 1RDCA 3DI6A 2HHWA 2IGIA 1LWEA 3HPHA 3LZIA 4AHVA 3O3FA 4EP4A 4HTUA 4NCAA 4IFVA 5J2QA 1UA0A 4CJFA 1BCOA 1TK0A 3LWLA 1B9FA 2E6MA 1JXEA 1QTMA 1WSFA 4KI4A 3AVLA 5E41A 3NBPA 1JL2A 3VQ5A 3I0SA 4G1QA 4W5NA 3B6OA 4F4KA 1D8YA 1RCHA 4H8KA 2VWKA 4CHQA 3CYMA 3K58A 4W5RA 5C42A 1KFDA 4DF4A 1NK4A 4DWIA 3VQ9A 4HUGA 2HMIA 1EKEA 4DQQA 4ID1A 4Y1CA 4XIUA 3KLGA 3LP2A 3NCIA 4DU4A 3QEVA 3SCXA 1NK6A 5J2NA 4IG0A 1TVRA 4FLWA 4FLTA 1D5AA 4CJ3A 4OGEA 4Z0UA 3M8RA 2YHBA 2Q3SA 3MEDA 3O4NA 2Y1IA 4PUOA 4CK2A 1U4BA 4OPJA 3AVJA 1K6YA 4FW2A 1VSLA 4IDKA 1ZYQA 3ZCMA 2YNIA 4CF1A 4M3ZA 5C25A 1O1WA 3SUNA 1SL0A 2A1RA 4FZXC 3NF9A 4K8XA 1QQCA 3E01A 3ASMA 1QS4A 4E19A 4FJGA 4FJHA 2XY8A 2HHSA 3OYEA 1KTQA 2FBTA 3B6PA 3DLEA 3MEGA 4FVMA 5C24A 1C1AA 3IAYA 2B4JA 4N56A 1DLOA 2D0AA 1IKXA 2YKMA 3S3MA 4BWMA 4CEQA 3EZ5A 1VSIA 4KRFA 3A2FA 2IS3A 3QLHA 4BACA 3SV4A 4E7KA 4DFMA 3VA0A 1NKBA 1RT1A 2F96A 4CJRA 1W9HA 1BL3A 3RWUA 4FJNA 2HVIA 1D9FA 1LW0A 3HL8A 1RILA 4OKKA 4FJ5A 1YTAA 2KW4A 2PYJA 1VSKA 3L2QA 1J9AA 5HRPA 2BANA 4CFDA 1ZBUA 3PX0A 4B9VA 4B08A 3T19A 4YNQA 3AO1A 1SKWA 1YT3A 4CJTA 4EP5A 2P5OA 2YNHA 3ZSQA 1TL3A 1JLFA 3CG7A 3L2RA 3NGIA 3AVCA 3K5MA 2YNFA 4CGHA 4J2BA 2BE2A 3LP3A 1RTHA 5CYMA 3LAMA 1EX4A 4AH9A 3IRXA 1RT7A 2DFFA 3MXMA 3L2UA 2G8KA 4I9LA 2OPPA 3F9KA 1WAJA 2KFNA 5SZTA 2E4LA 1JLQA 1RDDA 3AO3A 2KTQA 4Q5VA 4LH5A 3C6UA 3L3UA 4HCBA 1NOYA 4FJJA 2VG6A 1QE1A 2X6SA 3KK1A 4JS5A 4R5PA 1NJYA 2RKIA 2F8SA 4E7LA 3ZSRA 1ASVA 4CJSA 3TI0A 1HQUA 1WLJA 3TANA 3QEPA 4I2PA 5FDLA 4CE9A 4DTXA 4H4OA 3AVFA 3NFAA 3OYBA 3SNNA 5FRNA 1NOZA 3VQ6A 3NGZA 5J2PA 2EHGA 4F2RA 4M41A 4Y1DA 3OJUA 1JKHA 3KJVA 3VA3A 3CM6A 3SZ2A 3SJJA 1NK5A 2OA8A 1YVUA 3CFRA 4FK2A 1A5XA 2IDOA 4W5OA 1TKDA 4C8KA 4W5QA 2HW3A 4DTNA 3DRSA 4DS4A 3U3GA 5EU7A 1SL1A 1VSFA 4N5SA 4AHRA 3C94A 4M42A 3OYGA 1LV5A 1RT3A 3L8BA 4DF8A 4CESA 3T1AA 4CIGA 3DLRA 3SUPA 2HB5A 4CJ5A 4BE0A 4N41A 2HNYA 3DRPA 4CGFA 1NK0A 2D0BA 2ATQA 2OPSA 5JS2A 1CXUA 4I7FA 5CYQA 1RTIA 1S9EA 1BQMA 4FW1A 4M3UA 2FBVA 1FXXA 3L2VA 4FLUA 3PX6A 4OPKA 1VSHA 5CZ2A 4DU1A 4DS5A 1I3AA 3LP1A 4IG3A 3UIQA 4F2SA 3KKSA 3THVA 3ITHA 1NJWA 1HMVA 3SQ4A 4B9NA 5HLFA 1S1UA 3K2PA 1RBVA 4CHZA 1JXBA 1EETA 4OKEA 1W0HA 1HNIA 3NHGA 1HYZA 2A1SA 5KRTA 1U48A 4KHNA 3WNHA 4DMNA 3K5LA 1JLCA 4MFBA 3NH2A 4CGGA 3HP6A 3V1OA 3KK3A 4CJPA 3HM9A 3SQ1A 1BGXT 2PYLA 2KZMA 3QEXA 3KD5E 1GOCA 1EP4A 4FZYA 2EX3A 3RR8A 2HNDA 3TAPA 3RRHA 1ZBLA 2OPQA 2RN2A 1KVBA 1LW2A 2D0CA 1A5VA 3MEEA 4KHYA 3MAQA 2HNZA 2GV9A 5K14A 3OYDA 2Y1JA 3NF8A 1X9WA 1DTQA 4HHTA 1GOBA 5CZ1A 4CJWA 4IFYA 4PQUA 3TAGA 4NYFA 1X1PA 1IKYA 1REVA 3U6FA 3OYCA 1TV6A 2XRIA 4KPYA 4CGJA 4RW8A 3NF6A 5KRSA 2G8WA 4O44A 3AA3A 4DSEA 2XO7A 4FCYA 4FLYA 4DTJA 2PY5A 5HRRA 1ASUA 3O3HA 4FLZA 1Q9YA 2X78A 2QKKA 3OYAA 3ZSWA 4QAGA 1RNHA 4CGIA 3VQ7A 3AA5X 4LD0A 1TL1A 5T7BA 1BI4B 3D0PA 1CZ9A 1WSGA 4E1NA 4E3SA 4LY7A 2IC3A 4B9SA 3AVMA 1RDAA 3ALYA 1HNVA 4DTSA 1EXQA 4CK1A 4DFPA 4EZ9A 4DTPA 4O5BA 4BDZA 3NH1A 2FBYA 5DK5A 4M3XA 4BDPA 1B92A 1I39A 3HPGA 2G8UA 3IS9A 3PY8A 3L3VA 3LP0A 4J2EA 5HRNA 3TAMA 4YFUA 1S6QA 3OYNA 4B9UA 1U04A 4UQGA 4CEDA 4FJ9A 4I9QA 1WNSA 2Z1GA 1G15A 3VN5A 3G0ZA 4C8LA 2E6LA 4M45A 1FK9A 4C8NA 1TKTA 4DSFA 3O3GA 4CCHA 4CJUA 4KREA 3QINA 4CJLA 1RT6A 4N76A 3HSTB 1VSJA 3HYFA 1JLBA 1KCFA 4CEAA 3P5JA 1TK8A 3HJFA 4EZ6A 3ZSVA 2ITGA 3T3FA 4CK3A 3ISNC 4FJ8A 3KLHA 2HHVA 2G8VA 1KRPA 4RG8A 3QIOA 4KTWA 4FJKA 2G8IA 1NK8A 1S1TA 3EY1A 1Z25A 4DTMA 3KLIA 4OJRA 3ZT0A 5HP1A 4FJMA 2O4IA 1J54A 1WSEA 1JL1A 3C6TA 4KHUA 3ZSZA 2XY6A 1WAFA 2XY5A 4OGCA 3PV8A 5KGXA 3FFIA 4F8RA 4OLAA 1JLAA 3QEIA 4E7HA 4KTQA 1L5UA 1NKCA 4AILC 1S1WA 3DRRA 4F3OA 1QHTA 4ID5A 2VWJA 1HJRA 3V9ZA 4C8OA 3NGYA 4Z4FA 1UAXA 2W42A 1ZBFA 4KB0A 1BI4A 1RBTA 3VQAA 1IH7A 1NJXA 4DTUA 3SQ0A 1BHLA 3MXIA 3QNOA 3RTVA 2RF2A 5KTQA 3AVNA 1VRUA 3LAKA 3PO4A 4DQRA 3AA2A 3MECA 3CFOA 4CEZA 3NH0A 3HO1A 1ASWA 1U45A 3SI6A 3OS0A 2VG5A 2ETJA 5FROA 4CJ4A 4Z4HA 3OS2A 3V9WA 3KIOA 2YV0X 4HUEA 2IOCA 3AVKA 1KLNA 1J53A 1TKZA 2GUIA 3KK2A 1HPZA 3AVHA 3WNEA 2YHAA 2P1JA 3DOLA 1WSHA 3LZJA 4DTOA 4AHTA 3M8SA 3QETA 1J5OA 3ULDA 2HHQA 3PX4A 3TR8A 1Q8IA 4FJIA 4CGDA 2O4GA 3ZSOA 2OYQA 4ZTFA 3P1GA 3OYLA 2G8HA 1S6PA 4JRQA 4M3WA 1S1XA 2KQ2A 3OY9A 1N5YA 2DFHA 3TABA 1ITGA 4FXDA 1XHZA 2HHUA 3V9UA 4PA1A 1S5JA 1VSEA 1T8EA 4OVLA 1KVCA 2JLEA 2Z1IA 4CFBA 3TWHA 4BDYA 3MXJA 5KGWA 4KKOA 3RMDA 3VQEA 1S9GA 1C6VA 4E1MA 3SUOA 3ZT2A 4RW7A 3QIPA 4AHCA 2KFZA 1KLMA 4DFKA 3AA4A 3LALA 3KKRA 1C1CA 3AVBA 3M8PA 3ZT4A 1RT2A 4LSNA 3V1QA 3VQCA 4HVJA 1UOCA 3HVRA 4QOZB 3SV3A 3V81A 1VSMA 1RTJA 4OKJA 3KD1E 4H4MA 4KI6A 1C0UA 4CERA 1HYSA 4CF2A 2DY4A 1S1VA 3DYAA 3CFPA 3PO5A 4I2QA 2F8TA 3LPTA 4CEFA 2DFEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NJZA 2VQFK 2O8EB 2AJQA 4CHPA 4OLBA 2XY7A 1TUUA 2E2NA 3SPYA 4MDAA 4KHPK 1C0TA 3L6QA 4L8RB 4BVPA 3QESA 3HT3A 4NLCA 3BGRA 3AV9A 3C95A 2KKZA 3VQDA 4K8ZA 3NDKA 1GLCG 1UWBA 3THWA 4CHOA 1GLDG 2WOMA 3P38A 1RT5A 3O9RA 1U49A 3TAQA 5HROA 4CFCA 2WFBA 2QI2A 4IEIA 4FL9A 1VSDA 4WYBA 3QICA 4NCBA 3BP8A 1QZ5A 4B9MA 1FKPA 1SKRA 3V9SA 3CQ8A 3G25A 3S3NA 3CCMN 2W6KA 4DTRA 4O4GA 3DLBA 2IAJA 1SV5A 3HP9A 3FZFA 3R6MA 1TUYA 4IJNA 4FLXA 4B8AB 1NMDA 5M1OA 4FOIA 1X3NA 3H1VX 4MO4A 4CJKA 4H0TB 1F21A 2P5GA 3RR7A 3G4SN 4YDUC 5DMRA 1IBLK 4NCGA 4DR4K 4RW6A 3VQQA 4DU3A 3DOKA 2IVPA 2ZQBA 4PWDA 5AJ3K 2O8CB 1ZBHA 2BDPA 2GBZA 2VG7A 4BRPA 3QBWA 3QO9A 3VQBA 2PZSA 5GAEP 3TARA 3SQ2A 1S72N 3WNGA 4E89A 2QKBA 4BRKA 1C1BA 3QB0A 4B3OA 1SKSA 5AZIA 3MDQA 4HUFA 3TAEA 4FJXA 3F73A 4BE2A 3WNFA 4E1JA 1L3UA 3HPOA 3U3YA 4FYDA 3TAFA 3H46O 4KHSA 4Z94A 3K57A 4M3YA 4HTLA 4JLHA 3G10A 3QNNA 4DV3K 3V9XA 3DMJA 3VEYA 4IO9L 3MN9A 4IEEA 3IMXA 1NJIO 4LF9K 1TYQA 3D2EB 5J2MA 4RCHA 1Y64A 2FXUA 3OHRA 4IFEA 3V6DA 1NLVA 2OZSA 3OS1A 1VQ8N 5KI6A 1FKOA 3SPZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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