3AVJA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avjA00
1WAFA 3SPYA 3A2FA 4O4GA 3DOKA 3VQ7A 3OS1A 2P5GA 4WE1A 1RDBA 3AA2A 3KK2A 4DS5A 2DFFA 3V1QA 4NYNA 3JYTA 4NCBA 4W5RA 3LWLA 4FZYA 1N5YA 3V9WA 3NF6A 4CESA 3K59A 1F21A 2FBTA 3OYMA 3HPHA 4CJRA 2QKBA 1HMVA 4CJ4A 3M8RA 4FM1A 3G0ZA 1QSYA 1IO2A 3I8DA 4FJGA 4ICLA 3CG7A 4R5PA 1KTQA 3LZIA 1J54A 2EX3A 3DOLA 2Y1IA 2E4LA 1WSFA 3U6FA 1KSPA 4CHYA 4RW6A 4M3RA 1RTJA 4KKOA 4CEQA 5KRSA 1HJRA 3CFOA 4F8RA 2KZMA 4CF1A 4F2RA 1KLNA 1ZYQA 3MXMA 1UAXA 3K2PA 4FYDA 5CYQA 4M3YA 3ITHA 4E1MA 4HHTA 3KD5E 1TL1A 4Z4GA 1S6QA 1WSIA 1TKDA 1SL2A 3ZCMA 4E0DA 4OLAA 1L3SA 4Y1CA 1XC9A 3KKSA 1QHTA 1SV5A 5T7BA 1QS4A 3DYAA 3P5JA 3HP6A 1D9FA 3VQ4A 4AHCA 3LALA 3K57A 2P5OA 2P1JA 4C8KA 4FJ8A 1G15A 4CEEA 3HL8A 1LW2A 3OYGA 5HRPA 4DTXA 1TGOA 2O4GA 1TV6A 3TR8A 2I5JA 1T7PA 3AV9A 4E7HA 2DTUA 4CF2A 4BDYA 3BDPA 4CIEA 3MEGA 2E6LA 4OPKA 3SNNA 4ELVA 4Q0BA 2F96A 2Z1IA 2ITGA 4OJRA 1QE1A 3HT3A 3NE6A 1VSLA 2FC0A 3HK2A 3CQ8A 2G8FA 3T1AA 2GUIA 1NJXA 1A5XA 4CJUA 1LWCA 4FJJA 4DG1A 3ZSVA 2ATQA 4JRQA 1VSDA 2XY6A 4MQ3A 3L3UA 2A1SA 4H8KA 1HRHA 4NYFA 4FJIA 3AO5A 4HUFA 1T03A 1TK0A 1JXBA 2XY8A 5CZ1A 5CY4A 3LPUA 4DTNA 2D0CA 1D8YA 4C8OA 2HNZA 4MFBA 3QNOA 3I0SA 4O0JA 5JS2A 1ZBLA 3RR8A 3KTQA 1BIUA 3NH0A 4FZXC 1CZBA 1QSLA 2QK9A 4F2SA 1Q8IA 4KHSA 5C25A 4FM2A 3V6DA 4DSKA 2Q3SA 1ZBFA 1ASWA 1VRUA 3PO5A 1NOZA 4B9SA 1A5VA 1VSFA 4CGGA 2EHGA 4CEFA 4CIGA 3F73A 2X6NA 1Z25A 2Z1JA 1VSIA 2X78A 3ASMA 1ITGA 3KIOA 4Y1DA 4ZTFA 1RNHA 4BDZA 1K6YA 1S1TA 3HSTB 5E41A 3KKRA 3QIPA 1JLGA 4IFVA 3ZSOA 3KLFA 3L2WA 3AVBA 3EY1A 1NK5A 1KLMA 1X1PA 1LW0A 2RPIA 1CZ9A 3HPOA 4IBNA 1HQUA 1MU2A 1TVRA 2ETJA 3SUPA 4IKFA 2HVHA 3UIQA 1ASUA 1RT7A 4FJLA 1U49A 2VG7A 1FK9A 1GOCA 1SUQA 3HJFA 4I9QA 1RTIA 1X9WA 2VWKA 1U04A 3DRPA 4Z0UA 2ZE2A 2IS3A 4CEDA 3L8BA 2HHTA 1DTQA 4AHSA 3NBPA 3AO2A 4DSEA 4OKKA 4CF0A 4CK3A 1KFSA 4M3UA 4H4OA 2X74A 1HNIA 2HHVA 3K5MA 2BE2A 1LWFA 3LP1A 1TAQA 3ZSWA 3OYJA 5HLFA 4RW4A 1C6VA 3V9XA 1T05A 2KZZA 2OPPA 4EZ6A 4CEOA 1BIZA 2ZQBA 3SUNA 1J5OA 4KHNA 3PUFA 3VQQA 3AVHA 3VQ5A 4E7LA 2NUBA 4I7FA 1JXEA 1T8EA 4KHUA 3QO9A 3QEPA 4OPJA 2PYJA 3HVRA 3BGRA 5SWMA 2IGIA 4JS4A 3SUOA 1Q9YA 4DSIA 4BACA 4W5NA 1TK5A 3JSMA 1ASVA 3L2VA 3O3FA 3SCXA 4I2PA 3K5NA 5FRMA 4HUEA 4E3SA 1RDCA 3RRGA 3AVCA 3V9UA 4KHQA 4Z4IA 1U47A 4CEBA 3DLHA 1VSMA 3NGZA 3K5LA 1IKWA 4IG0A 2HHXA 4BE2A 1NJWA 4FK0A 4KTZA 1TK8A 4DFKA 5J1EA 4M42A 1B9DA 3PX0A 5KTQA 3B6PA 3ZT0A 1X9SA 3KK1A 5I3UA 1XWLA 3MXIA 1RBTA 3SJJA 4DTSA 4DTPA 3QETA 1QSSA 5HRNA 4KV8A 3NH1A 1WLJA 4W5TA 1KRPA 3AA4A 3OY9A 1XHXA 4AHRA 3TWHA 2WONA 4C8NA 4TSXA 4QAGA 4CJTA 3CFRA 4E7IA 1R0AA 4KTQA 2PZSA 2DY4A 1RT1A 3LP0A 4AILC 1C0UA 4DF8A 3C6UA 3EZ5A 2YHBA 1BI4B 1J53A 3L3VA 3LWMA 4AHUA 3U3GA 4UQGA 3DMJA 3O4NA 4J2AA 1RT4A 1W0HA 3SZ2A 1JLQA 1RT2A 4FW1A 2KTQA 5J2PA 2YNHA 3NGYA 5KGWA 4E1NA 1S1WA 4GVMA 4KHYA 1EP4A 3NF9A 4IFYA 3DLGA 3V1OA 3ZT4A 5I42A 4C8LA 4YNQA 5C42A 5CZ2A 1HQEA 2R7YA 1RT5A 1U45A 1RILA 4BDPA 3O4QA 3B6OA 4B9LA 1IKYA 4OLBA 1LAVA 4CHPA 4CHOA 3LDSA 4K8XA 1S1VA 2B4JA 4IG3A 1XHZA 3WNHA 4DTMA 2IC3A 3TARA 2HHWA 3PY8A 4I9LA 3H08A 1BCOA 3CM5A 4B9NA 1WSGA 3PX4A 4ELTA 2YNGA 2QXFA 4CJQA 1YVUA 4CF9A 3NFAA 3SUQA 3TAGA 4B9MA 3C94A 2YHAA 1RBSA 4Z4CA 3OYAA 3S3NA 1B9FA 1U48A 5FDLA 4KI6A 1ZBIA 3KLGA 4E19A 3L2QA 4CJPA 4AHTA 4DWIA 3AVKA 1EX4A 3WNEA 4KB0A 4DU4A 2F8TA 1C1BA 3QEWA 4B9VA 1S9EA 3ZT2A 1HPZA 4CCHA 2F8SA 4OGEA 1BGXT 4DSFA 2D5RA 3TANA 1IKVA 4NCAA 4B9UA 3VQ8A 3MAQA 3QEXA 2PY5A 4CFCA 3AVJA 3OYKA 4DQSA 1I3AA 1Q9XA 5J2NA 1JLFA 4M41A 2O4IA 5KI6A 1WNSA 3NF7A 1NK0A 1RBUA 1BL3A 4CEZA 4GMJB 2BDPA 2FBYA 3QIOA 4OKEA 4FJ9A 4M3XA 1NKEA 2XO7A 3HM9A 1B92A 4QOZB 2KW4A 1LAWA 3KLHA 4OGCA 3MEDA 4DTRA 5C24A 4KB1A 3VQEA 4CFBA 2YNFA 1WAJA 1LV5A 4FJNA 4FJXA 3RWUA 3OYFA 1IG9A 3I0RA 1ZBHA 3VQPA 3EYZA 1HYSA 1TAUA 3S9HA 3AO1A 4LD0A 2GBZA 1S1UA 1RDAA 2Y1JA 4DQPA 1BQMA 3O3HA 4YFUA 4EP4A 1YTAA 4ID1A 2OYQA 3VQAA 4DMNA 1KCFA 4OKJA 3TAFA 4FJHA 4HCBA 3M8PA 3SQ0A 2RKIA 4LY7A 3V81A 3SYZA 2HNDA 4RW8A 4KHWA 1UWBA 4DF4A 4CHQA 2OPRA 3SV3A 4FLUA 1D5AA 4B3OA 4FK2A 2B5JA 4CFDA 3THVA 1SKWA 4FLYA 2YV0X 5HBMA 1I39A 2G8IA 3C95A 4DQIA 4FLWA 4PWDA 3DLBA 2W42A 4FJ5A 4HVJA 2IOCA 2OZMA 3LP2A 4Z4EA 3DI6A 1JKHA 1TKXA 3D0PA 4B8CA 4FZZA 4KPYA 3MECA 1JLCA 2YKNA 1GOBA 3OYBA 4HTUA 4BE1A 3U3YA 2AJQA 1NOYA 4K8ZA 1CXQA 5SZTA 4CJ3A 4NCGA 3SV4A 2HNYA 4LH4A 4BWMA 2P51A 1GOAA 4E7JA 2VG6A 1RDDA 4CE9A 4DFMA 4KFBA 2PYLA 4O55A 3KK3A 3T19A 2G8WA 5KRTA 4W5OA 3VA0A 3OYDA 4DS4A 1XI1A 4N56A 3LP3A 1S5JA 2HB5A 3ZSQA 3MEEA 4ZHRA 3RTVA 4E89A 3TAEA 3AVAA 2XY7A 1NKBA 3IAYA 3ALYA 4I2QA 2B6AA 3OJSA 1NK6A 3OS2A 4FM0A 1JL2A 4CGJA 3L2RA 2LSNA 3T3FA 4DSLA 3OYCA 4CJVA 3VN5A 3KD1E 4FXDA 5DMRA 4M3TA 3SPZA 1VRTA 1Z26A 4B08A 1SL1A 1FKOA 4OVLA 3OYNA 5HP1A 3OYIA 4Q5VA 4CHZA 3NH2A 4CHNA 4HCCA 4F3TA 4DU1A 1QQCA 4L8RB 4J2EA 4H4MA 4CJEA 1L3VA 4DSJA 4DTOA 1CXUA 4PY5A 4CJLA 4ZTJA 3CM6A 4DFJA 1RCHA 4M45A 3MXJA 3LPTA 1L3TA 4DLGA 3HO1A 1O1WA 1S1XA 3TI0A 2HMIA 3AVGA 1WSJA 4CJSA 4N5SA 3QNNA 1SKRA 3E01A 4KAZA 4BWJA 2XHBA 4AHVA 3RMBA 4RW7A 1ZBUA 1A5WA 4PA1A 3O3GA 3SQ4A 5FROA 1NK9A 4LSLA 1DTTA 2VG5A 1LWEA 1VSJA 3P1GA 3OYLA 3V9ZA 4CJKA 2YKMA 4CJWA 4KTWA 3QLHA 4FCYA 4FK4A 1CLQA 3C6TA 4JLHA 1JLBA 2YNIA 1N6QA 3ZT3A 3TAPA 3NAEA 1RBVA 3QEIA 1WSEA 1WN7A 2JGUA 4RW9A 3RMCA 2IAJA 3AO4A 2RF2A 1VSKA 1C0TA 3S3MA 4KREA 3WNFA 3OS0A 2G8VA 4JS5A 3RMAA 2JLEA 4O44A 5EU7A 4EP5A 4F3OA 2BGGA 1YT3A 3AVMA 3ZSXA 5KGXA 4ELUA 3QEVA 1RT6A 3SI6A 3QERA 2KQ2A 4FLZA 3OYHA 2OPQA 5HRSA 1JLEA 3AVLA 3FFIA 4RG8A 3V1RA 3HP9A 4CFAA 4FLVA 1SL0A 3DLEA 3CYMA 3L2UA 1QTMA 1EETA 4B9TA 3KLEA 4J2BA 1DLOA 3CFPA 3IG1A 2OPSA 4CIFA 3HXMA 3KLIA 2OZSA 3ZT1A 4CK1A 4J2DA 1RTDA 1KVAA 4PQUA 3AVFA 3LANA 4N47A 1J9AA 4CF8A 1UA1A 2KFZA 4DU3A 4EZ9A 4C8MA 3G10A 3SQ2A 2RN2A 5HRRA 2VWJA 1RBRA 2G8HA 4QCLA 2Z1GA 3S3OA 3K58A 3RMDA 3NF8A 1NK4A 3DM2A 4CJ5A 4M3ZA 5FRNA 1BQNA 1HYVA 3VQDA 3HVTA 4CGIA 1BISA 3OJUA 3KJVA 4DTJA 4LSNA 1NKCA 1NJZA 3HYFA 3ZSRA 3ZSYA 4CGDA 4FLXA 1KFDA 2HHUA 1RT3A 4CECA 4FLTA 3TAQA 3SQ1A 4GW6A 1TL3A 1KVCA 3VQ9A 3ULDA 1U4BA 4O0IA 1YTUA 2DFEA 4CGFA 3DLKA 3AVIA 2XRIA 5D3GA 4FJKA 1W9HA 3PX6A 4KI4A 5K14A 3PV8A 1EXQA 1BHLA 3M8QA 4FW2A 4JRPA 2A1RA 4PUOA 3AVNA 3RRHA 3D45A 2HHSA 3LAKA 4FJMA 4Z4HA 4ID5A 3P83D 3M8SA 1EKEA 1JLAA 4KRFA 2HW3A 1VSEA 2FBVA 1C1CA 3TABA 1Y97A 3NDKA 5DK5A 4N76A 3LAMA 5JS1A 4KO0A 1UA0A 3VA3A 2IDOA 4CERA 3QINA 1SKSA 1KVBA 1TKZA 3IS9A 4Z4FA 5J2QA 1HYZA 1FKPA 4G1QA 4F4KA 4CGHA 3ZSZA 4DQQA 3NGIA 1C0MA 1L3UA 3K5OA 2OA8A 2D0BA 2BANA 4XIUA 2E6MA 3AA3A 2WOMA 3LZJA 4IDKA 4DFPA 1IKXA 1RTHA 4FJ7A 3PO4A 1REVA 4CJFA 1UOCA 2KFNA 3IRXA 3WNGA 3F9KA 2FBXA 4DLEA 3V4IA 3VQBA 1IH7A 3HPGA 1X9MA 4DQRA 4BE0A 3DLRA 5J2MA 3QESA 2QKKA 1TKTA 1JL1A 4N41A 4M3WA 4LH5A 1HNVA 3OYEA 1NJYA 1BI4A 3TAMA 1WSHA 1NK7A 3VQ6A 4CEAA 4HUGA 1D9DA 3AA5X 2HHQA 4AH9A 1FXXA 2Z1HA 3ISNC 3NCIA 1L5UA 3VQCA 2HVIA 3DRRA 2XY5A 3OVNA 2D0AA 5CYMA 4DTUA 4FVMA 5HROA 1BCMA 1VSHA 3AO3A 4O5BA 2DFHA 4E7KA 1S9GA 2GV9A 2X6SA 1VK0A 2G8KA 3RR7A 4CK2A 3V9SA 1NK8A 1S6PA 3NHGA 3DRSA 2ZD1A 1C1AA 4B8AB 2G8UA 4W5QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DR7K 1WAFA 3A2FA 2P5GA 3OS1A 5C2FA 4DV4K 1R59O 4NCBA 4W5RA 1NGEA 4H0PA 3OYMA 4CJRA 1HMVA 4FM1A 1K73O 3I8DA 2HF4A 4ICLA 4YOUA 4JKDA 3LZIA 2F9TA 1J54A 3MX2A 2EX3A 2CH5A 3U6FA 3VPZA 4RW6A 4M3RA 4KKOA 4F8RA 3FLCO 1KLNA 5ADXH 1TUUA 4JD2A 3CCLN 5LJWA 1TYQB 2GX9A 4E1MA 4Z4GA 1TL1A 4BG8A 1WSIA 4OLAA 1XC9A 1QS4A 3K57A 4CEEA 1LW2A 4DTXA 1TGOA 3VF4A 1MA9B 1TV6A 2I5JA 3T7ZA 4CF2A 1NGIA 2ZWHA 4C23A 4CIEA 4WCEL 3MEGA 4OPKA 3SNNA 4ELVA 3GDQA 1YVNA 2GUIA 3VEYA 2O8FA 1NJXA 1V4SA 2ATQA 5A2QO 1NGCA 1VQKN 2QWNA 1RDUA 3BF3A 3M3ZA 3L3UA 4CW7B 4NYFA 3MCAB 4NLBA 3H1QA 1JXBA 5CZ1A 4IEIA 5CY4A 3OBWA 2CH6A 2OANA 3CJ1A 4JI6K 3JAMO 2VGMA 5JS2A 4FZXC 2PFUA 3V6DA 3CC7N 4DUZK 2Q3SA 4DSKA 1ZBFA 2ASOA 5C10A 1RDWX 4CGGA 3VF6A 3ASMA 2DY4A 4LF5K 4MDAA 5E41A 3AVBA 4IBNA 1MU2A 1ASUA 4FJLA 1M90O 3HJFA 3PIOL 1X9WA 1U04A 3N4QA 2ZE2A 3L8BA 4ISGA 3K5MA 1RGIA 1XMQK 3LP1A 3OYJA 3MN7A 1DGKN 2VCPA 1ATNA 1J5OA 4KHNA 2HMPA 3AVHA 3SMSA 4IJAA 3TSUA 4CZMA 1MWKA 4KHUA 3CMEN 5JLFA 5F2RA 3UKUB 3BGRA 3HVRA 1Q9YA 4BRNA 3RVCA 2UU9K 3JSMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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