4BRNA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form iii (closed) in complex with mg amp
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
356
structure length
356
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
total genus 118
structure length 356
sequence length 356
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brnA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brnA02
2I7PA 4FSVA 3LM9A 1DGKN 3A5OC 3FLCO 3ZETB 4B1YB 1YUWA 5AQIA 3SK3A 5KPTA 1HPMA 2OANA 5FPMA 3WEEA 2FSNA 3UKUB 4K42A 1TUUA 2AA4A 3ENHA 3DWLA 3VEWA 4YDUA 2P9KA 1EQYA 1KAZA 3F9MA 2P9NB 2A6AA 2P9UB 4BC2A 2FSKA 1SZ2A 4BRMA 5JMVA 2ASPA 3GE1A 1NM1A 5ADXH 3GBTA 4DHYA 4BRPA 1YAGA 3LDQA 2P9PA 3CJ1A 5AQSA 2VYPA 2WUSA 4CZLA 4RTFD 4H5WA 2E2NA 1C0GA 5AQPA 5AQTA 4NO7A 4CZJA 4BVOA 1TYQB 4E1JA 3QFUA 2D0OA 2PBDA 2Q2RA 3QMLA 4L3QA 3QDKA 3UE5A 4B1ZA 3H46O 2D0PA 3FZLA 5LJVA 4NB4A 2IVNA 3EL2A 4FWSA 2A5XA 3DXMA 4FWPA 3UKRB 2FF3B 2HF3A 3RSEA 3BF3A 1E4GT 3FR0A 3MN5A 3QFPA 2DPNA 1BA0A 2A3ZA 5AQNA 3MN9A 4BROA 4IZ9A 1RDWX 4PKHA 3R8EA 2CGLA 2FLOA 4MO4A 4EAHD 5EY4A 4GY2B 4AM6A 3SMSA 3CQXA 4BC4A 3GOIA 4KBOA 1U2VB 3CI5A 2QXLA 3HBTA 4GNIA 5AQMA 1T6CA 5EVZA 2J4RA 2YI1A 4QS7A 4LC9B 3FE1A 3A0IX 3H45C 3SLCA 2QWMA 3QBWA 2E20A 3DXKB 3O80A 4BRDA 2E2OA 1YXQA 4FOEA 2IVPA 1LOTB 3QICA 5F0XA 4WQ5C 3M3ZA 3WXLA 3D7EO 1NWKA 3I8BA 3DAWA 2Q1NA 3CJAA 4RWTA 3WT0A 2F9WA 4JD2B 4FL9A 5BPMA 2P9LA 3L4IA 4CBUA 5AQLA 4BG8A 3FZMA 3VGLA 3L0QA 5FPDA 3FZFA 3VETA 5AQKA 3HM8A 3VOVA 5E26A 1SQKA 2CH6A 2FSJA 3U9DA 3O8MA 4Y0WA 1RFQA 3VEOA 3WXKA 3B8AX 2BUPA 2P9SA 4CZGA 5AQHA 3MN6A 4BR0A 4H5TA 4BQZA 2D4WA 2GWJA 3H1QA 3CQYA 1GLCG 4O8KA 3LM2A 4XH1A 2V7ZA 2NLXA 3VEZA 2IIRA 4CZKA 4H5RA 2E8AA 3D2FA 5BPNA 2W40A 3EO3A 4ISGA 4I6MB 4BRAA 4BVPA 3ULEA 2ASOA 3A5LC 4BGAA 3MN7A 3D2EA 4F9OA 4JNEA 1NGFA 1Z05A 3HI0A 3HSCA 3KZBA 4K43A 4BRKA 1DKGD 1DEJA 2VCPA 4JAXA 4JHDA 4BRCA 2P9IA 4B1VA 1HKGA 4CZHA 3ID8A 4DQ8A 3O6WA 4WYBA 1BA1A 3HTVA 4BRLA 3M1FA 3J8AA 2E2QA 3VENA 1J6ZA 4FWRA 4RCHA 3VERA 1V4TA 5AQQA 3ZEUB 3C7NB 5AQWA 3RSEB 4B1UB 4H0PA 1NMDA 4XEIA 5AQJA 1BOTO 2GELA 4A2AA 4MLHA 4H0VB 2NZTA 3CJBA 2AP1A 5AZIB 3O08A 4BR7A 3MK6A 1XUPO 1X3NA 2Q0RA 1X9JA 4BRGA 5AQVA 1BU6O 2V7YA 2QW9A 5AQFA 3ATUA 1K8KA 1BDGA 1KXPA 3AARA 2ZF5O 4BR9A 1QZ6A 4DCHA 5TKYA 3H3OB 2QWNA 4BGBA 2YHYA 3WQUA 4FPBA 3BF1A 3IDHA 4M63C 3VF2A 3FZKA 2E88A 1WOQA 2P9LB 5EOYA 4PL7A 2QWOA 3U9ZA 1E4FT 1IG8A 1NGCA 5CE3A 2D1KA 3MDQA 3M6GA 1P8ZA 5EX5A 5AZJB 4DB3A 3ZETA 2Q97A 2GWKA 5BREA 5ELZA 3UKUA 1KAXA 3EN9A 3EZWA 1R59O 4XH5A 3A8YA 1ZXOA 3FFKB 4BRQA 1SAZA 1MWKA 1XQSC 2H3GX 2P9NA 2P9UA 3GG4A 3HZ6A 3A5NC 1NGBA 1GLDG 4AM7A 1QQMA 1U6ZA 4J8FA 3U8XA 1GLLO 4BQLA 5KPZA 3A5MC 1NLVA 4CBXA 4CZFA 4B1XB 1NGAA 1XC3A 3D2FB 3P4IA 5AQXA 1NGDA 2BTFA 3ULEB 4CZMA 2PAVA 4B9QA 4IJNA 4BRIA 4H0YB 4BRNA 4C23A 4CD1A 4EIAA 4XH4A 4CJ7A 1D4XA 3LDOA 2ZGZA 4BR5A 2QM1A 4MLEA 4FWNA 1TYQA 3MCPA 2Q0UA 4FWQA 4H0OA 5BN9A 4FWOA 2A40A 1HKCA 2V51B 4CZEA 5E84A 3WEEB 1GLFO 4BG9A 3CERA 3UKRA 3L6QA 3ZX0A 5AQUA 2UYTA 5EXWA 4CD3A 2YHXA 2P9KB 3CJ9A 4PL8A 5BRDA 2I7NA 4BR4A 3EKUA 1S22A 5AR0A 4CBWA 1HUXA 1U2VA 4CI6A 4QS8A 3EKSA 1QZ5A 2P9PB 3LL3A 2Q36A 1BWFO 5AQGA 3DXKA 1V4SA 3VGKA 3FZHA 4FO0A 5FPEA 5JICA 4A2BA 1NGHA 4IWVA 2IVOA 1S3XA 3VPZA 3ZX2A 3CJCA 5KPRA 2FXUA 4JD2A 5FPNA 1Z6RA 1GLEG 4FPAA 4BC3A 3LDPA 1HX1A 1TUYA 5LJWA 1ATSA 2YJEA 2HOEA 1NBWA 3DXMB 3R6MA 4FWMA 3BUZB 3LDLA 4IJAA 2A42A 4EHUA 4BRFA 1BUPA 3BP8A 1BO5O 3MMVA 2GUPA 3W0LA 1MWMA 1Q18A 1GLBG 2CH5A 3O1BA 3ATVA 5AFUA 3VESA 4IO8A 3AAQA 3CETA 3I33A 4M7XA 2NRHA 4WQ5A 4IXCA 4WQ4C 4QS9A 2HF4A 4I6MA 4HTLA 1G99A 2QWLA 3O5BA 3CIPA 3KVGA 3JXUA 3TPQA 1JCFA 3VEYA 1T44A 3AAPA 1ATNA 3VEVA 4PKIA 4EHTA 1GLJO 2GEMA 1ZBSA 2Q31A 1LCUA 4Z94A 2F9TA 3CHWA 3VF6A 4BC5A 2ITMA 1ZC6A 1KAYA 4O5FA 5AQRA 3IUCA 1ATRA 4BREA 1HJOA 1QQOA 4JN4A 3U4LA 2A41A 1HKBA 3O1WA 4M7YA 4PKGA 1C0FA 2P9SB 2E1YA 5BN8A 3ZEUA 1MDUB 3C7NA 4ISFA 4K41A 5I9EB 1GLAG 4FOIA 4BRHA 3WXIA 1JCGA 1HLUA 1MA9B 2QWPA 4YDUC 2ASMA 4MO5A 3WXJA 1CZAN 2YCHA 5AZIA 5BPLA 4H5NA 3LDNA 5F1XA 4A62A 4CZIA 2EWSA 4B1WB 3UB5A 3W3DA 4BR2A 3D2EB 2V52B 5AQYA 1NGIA 2KHOA 4H03B 5AFUH 5BRHA 3S41A 3H6EA 3IFRA 1Y64A 1RGIA 1ESVA 3QBXA 3KHYA 3GL1A 5BR9A 5B8HA 3FGUA 4JHDB 4EFHA 3H3NO 4H0XB 3SMPA 2QWQA 2P9IB 1H1VA 5F2RA 1OKJA 5KQ8A 2CGJA 3WQTA 1IJJA 3WUHA 5BRFA 3ENOA 4A61A 3JS6A 3R9PA 5AQOA 3C0BA 3VEXA 1NGGA 3DJCA 3G25A 2YJFA 3O4WA 3VGMA 3CJ7A 4HWIA 3TU5A 5AZJA 3VF4A 4H5VA 5ADXA 2YHWA 5KQDA 5JLFA 5JLHA 1BG3A 3SJHA 4H0TB 1JCEA 2W41A 2ZWHA 3ZX3A 1YVNA 3OHRA 1T6DA 2QWRA 2E2PA 4WQ4A 3AY9A 2FF6A 2GTDA 2HMPA 1QHAA 1X3MA 3QB0A 3BEXA 1QQNA 2ZGYA 1K8KB 4ISEA 5LY3A 2CGKA 5AQZA 4K25A 3GDQA 1NGEA 1WUAA 4FWLA 2VWBA 2E1ZA 3IMXA 4FWKA 3H1VX 1NGJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I7PA 1ZBHA 4X66K 5AQIA 2BANA 3SK3A 3DLBA 3SAGA 3F5TA 1TGOA 4K42A 1TUUA 4CW7B 3CCRN 4O4GA 4EP4A 3ITHA 3BDPA 3VEWA 2P9KA 3LZJA 1EQYA 4YOYA 3F9MA 2HBLA 4FJGA 2P9UB 2A6AA 2FSKA 5JMVA 1U04A 3GE1A 4CFBA 4NLBA 2OYQA 2ATQA 3GBTA 4NXNK 4BRPA 1O1WA 3LDQA 2P9PA 1EWRA 2IOCA 3P5JA 5H1SQ 4BDZA 3NH0A 2XY6A 4FLXA 2E5LK 4RTFD 4KV8A 3HRGA 1L3VA 1VSJA 2E2NA 3MEDA 5CYMA 2IGIA 3ZT2A 4W5RA 4AH9A 5AQTA 4NO7A 3EEQA 1ITGA 3UE5A 3H46O 1QS4A 1JXBA 3U3GA 1WSEA 2IVNA 4KB1A 3S3MA 4FM0A 3BF3A 1E4GT 4A59A 3LP2A 3FR0A 2GUIA 2UXBK 2DPNA 1BA0A 3OS0A 2Y1JA 2CGLA 2FLOA 1YJ9N 4DQRA 4BC4A 1VQ9N 3GOIA 2KKZA 3KLFA 3CI5A 2QXLA 3HBTA 3KLIA 1GOCA 1Z25A 2J4RA 2UUAK 3FE1A 3H45C 2QWMA 3VQ5A 1NJZA 2BGGA 2E20A 4F2SA 2E2OA 1HPZA 1YXQA 2IVPA 4DV3K 5F0XA 4WQ5C 1ZBFA 1K6YA 3SV4A 3WXLA 4LF8K 3AO1A 1W97L 3I8BA 2NRRA 3RR8A 2ZM6K 2HHQA 3T1HK 1IKXA 3MEEA 2P9LA 5M1QA 5AQLA 4BG8A 3F9KA 3FZMA 4JI3K 3NHGA 1TAUA 1LW2A 5AQKA 1BQNA 5E26A 3ZT1A 3SYZA 4CGDA 2HHUA 3K57A 1RFQA 3ZSZA 2IS3A 3VEOA 3WNEA 2P9SA 4ID1A 4CZGA 3O9TA 3HT3A 4BR0A 4BQZA 2D4WA 2GWJA 3DLLL 3SUNA 2KZZA 1GLCG 4IFYA 4O8KA 4CVNE 4Y1CA 2YHBA 2B5JA 4Z4CA 3VEZA 4CZKA 4FLVA 4H5RA 4CJ5A 1BQMA 4M45A 3EO3A 4ISGA 3C95A 4I6MB 4BVPA 1ASWA 2ASOA 5C10A 1NOYA 4F3OA 3WXMB 4BRKA 3ALYA 4DWIA 4C8LA 1DEJA 1HMVA 3NGYA 4JAXA 3KD1E 3SNNA 4BRCA 1B92A 4N56A 1LWCA 3ID8A 1FJGK 4DQ8A 4E7KA 1HNIA 3M1FA 2E2QA 3VENA 3VERA 1NJWA 3NF7A 3KIOA 3NF9A 5AQWA 3RSEB 3OYGA 1NMDA 4FW2A 3SAFA 4XEIA 4DQPA 1BOTO 3SQ4A 5J2QA 4A2AA 4MLHA 3O9QA 4H0VB 2QXFA 3VQBA 3CJBA 4DUZK 5M1OA 1M90O 1XUPO 3FFIA 4JKAA 3L2VA 4CK2A 2XY5A 4AQYK 3CMAN 3CC7N 2HB5A 5AQFA 4AILC 1KXPA 4PY5A 1HYSA 1EETA 4DCHA 4CHYA 5TKYA 1Q7YO 4PUOA 1KLNA 4BGBA 4IG3A 2VGMA 3V9XA 3VTHA 3M8SA 3BF1A 2Z1HA 3LP0A 2G8HA 4N5SA 4JKDA 3HPOA 4YOXA 3VQEA 2D1KA 5GAEP 1P8ZA 1XC9A 4IFVA 3NE6A 2GWKA 3QESA 1KTQA 5BREA 3ZT0A 5ELZA 3MXJA 4KHUA 1HRHA 1RBTA 3EN9A 3MAQA 4U7BA 3L2WA 4XH5A 3FFKB 4BRQA 2H3GX 3V6DA 2O8BB 3GG4A 4CF8A 1WNSA 1GLDG 5KRTA 1QQMA 4WCEL 3CYMA 4CBXA 1ASVA 4CZFA 3P4IA 3BGRA 2ZJRL 3SV3A 4I2PA 3ULEB 1WSIA 4CZMA 2OPRA 2PAVA 4LFBK 4IJNA 4BRIA 1D9FA 4CD1A 4CF1A 3CC4N 4EIAA 3RWUA 3L2UA 3DRPA 4BE2A 4BR5A 3KK2A 4CEDA 3HM9A 2FBYA 3MCPA 1BI4B 3SQ0A 4H0OA 5BN9A 4DS4A 4FWOA 1NG9A 3D6RA 1VQON 4DQQA 2BE2A 3UKRA 4CD3A 1EX4A 3I0RA 4CGFA 4PL8A 5BRDA 3TABA 3QLHA 1TV6A 1JXEA 4UY8O 2HVIA 2HHSA 1RT1A 1KRPA 1VSFA 1TL3A 4OPAA 4NCAA 1HQEA 5JVHL 2JLEA 4WFAL 1KFDA 2DFEA 3OYLA 3HVRA 1NNEA 4DR4K 2NUBA 2IVOA 1S3XA 3VPZA 4OLBA 1UA0A 3LANA 3ZSVA 5KPRA 2E6MA 4JD2A 5FPNA 4LF6K 1ILYA 4NYFA 1TKDA 1GLEG 3OY9A 2QKBA 3LDPA 4CGJA 2YJEA 2NRZA 1NBWA 3CG7A 3MXIA 1TKXA 1HQUA 3VMFB 1T7PA 1BUPA 3W0LA 1MWMA 4FM2A 2CH5A 4FYDA 3QETA 3TTCA 3AO5A 1W7AA 1S9GA 4GMJB 4JRQA 3CETA 4JRPA 2HHTA 1ZYQA 3HYFA 1JLQA 2HNZA 3E9PA 4CEOA 2HF4A 1KVAA 1YI2N 4DR7K 2UU9K 3RRHA 2O8CB 3RVCA 3CFPA 3DM2A 4OX9K 1T44A 3AAPA 1ATNA 3VEVA 1GLJO 2GEMA 4DTRA 4DFKA 1ZBSA 4KTZA 3VQ6A 4J2DA 2OPSA 5K14A 3CHWA 4BC5A 3J7YP 5AQRA 1SKSA 2F8TA 1JLGA 3IUCA 3CCQN 2HVHA 1TK0A 4N76A 4E3SA 1IKYA 4M7YA 1BIZA 4EZ9A 4DG1A 4YOWA 5BN8A 1MDUB 2XY8A 4A5AA 3I55N 5I9EB 1GLAG 4FOIA 3S9HA 5D3GA 1HJRA 3TSUA 4CECA 4BE1A 4ICLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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