4BRNA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form iii (closed) in complex with mg amp
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
356
structure length
356
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 118
structure length 356
sequence length 356
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brnA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brnA02
5AQHA 2QWLA 3D7EO 5AQYA 4DQ8A 4IWVA 2Q97A 3EKSA 1ZC6A 3JS6A 3ENHA 1LOTB 5BRFA 4CBUA 5EVZA 2CGLA 4BRFA 5FPMA 2BTFA 3ID8A 4H0PA 4ISEA 4DCHA 1YAGA 4K25A 1P8ZA 3HBTA 3SK3A 1H1VA 4FWLA 4FWQA 2P9SA 4BGAA 5ADXA 1RFQA 4BC2A 2P9IB 5E26A 2FF6A 2GWJA 3CI5A 1V4SA 5AQNA 3C0BA 4PKIA 3DAWA 1BA1A 3FZFA 5EX5A 4F9OA 5BN9A 5KQ8A 1EQYA 4BR0A 5TKYA 2Q2RA 3MDQA 5KPZA 1WOQA 4XEIA 3ULEB 3D2FB 3CHWA 3VEOA 4BRLA 4H5NA 4FWRA 3O08A 2ASMA 1NGDA 3AAPA 1X3NA 3WEEA 3VPZA 1NGBA 3SJHA 2PAVA 5B8HA 3D2EB 2D4WA 4BG9A 2GELA 1NGHA 1U2VA 3ATUA 3LM9A 3EZWA 2UYTA 3O80A 4B1ZA 3B8AX 4BRDA 1MA9B 3H3NO 1C0FA 3VEXA 3FE1A 1HKBA 3WUHA 3LM2A 1MDUB 3L4IA 4O8KA 5KPRA 3HI0A 1C0GA 4FWNA 3VETA 4NB4A 4DB3A 4BR4A 1K8KA 5E84A 1KAYA 1QQOA 3CJ9A 3L6QA 5ADXH 3VF2A 3WT0A 4H5TA 1ZBSA 5KPTA 3M3ZA 1HKGA 4JNEA 5EXWA 5F2RA 1CZAN 3ZETB 4MO4A 4RWTA 4BQLA 2FSJA 4BRQA 3A0IX 3VF4A 4HWIA 2CH6A 4FWMA 4CJ7A 5BPNA 4BRAA 1TUUA 2CGJA 4BRHA 4MO5A 3CJBA 2YHYA 1GLDG 2E1YA 4KBOA 3DXMA 5AQLA 1OKJA 2HF4A 2P9UA 3VGMA 2F9WA 1NGEA 3BF1A 3UKRA 2P9PA 5EOYA 2W40A 1G99A 4BC4A 1D4XA 3QMLA 2A6AA 3QBXA 5BR9A 1WUAA 5AQGA 1QQMA 3CETA 2GWKA 3DJCA 1TUYA 3MN5A 5AQMA 4H0YB 3FZKA 1BU6O 1IJJA 5AQJA 3ULEA 3HSCA 3O1WA 3MN7A 3ENOA 3VESA 2ZWHA 2A40A 1GLJO 4H03B 3U9DA 2HF3A 2BUPA 4CD3A 2NLXA 3W0LA 1RDWX 4CI6A 1NBWA 2P9LB 3VOVA 1IG8A 2FSNA 4JD2A 1DGKN 5AQZA 2AA4A 3CJ1A 3R6MA 3J8AA 3R9PA 4BG8A 3UE5A 3QFUA 3A5LC 3ZEUA 5AQOA 2E20A 5JLFA 2CGKA 1LCUA 1Q18A 4EHUA 4DHYA 2NZTA 4CBXA 2QWRA 4B1XB 5F1XA 3A5NC 3UKUA 4BR2A 2CH5A 4BRCA 3BF3A 3FZMA 2WUSA 2E88A 2A5XA 1S22A 2IVPA 3SMSA 3KHYA 4M7XA 3C7NA 1BOTO 4IJNA 5AQQA 3GBTA 2V7YA 1TYQA 3VGLA 3A5OC 1JCFA 1SAZA 4XH5A 4K42A 3ZX2A 4A62A 3SMPA 1GLFO 3O1BA 1QZ6A 3U9ZA 5LY3A 2E8AA 3MK6A 3H6EA 3WQTA 4PKHA 3FR0A 1YVNA 1MWKA 4B1VA 4BVOA 2VYPA 3GL1A 4EAHD 3M6GA 1XUPO 1J6ZA 2A3ZA 2YJEA 3AY9A 3LDQA 3VGKA 4C23A 4BC5A 4FWOA 3H1VX 1X9JA 1GLBG 4WQ4A 4YDUC 4H5RA 4BREA 3WXJA 2Q0RA 2I7PA 2OANA 4FSVA 1QZ5A 2AP1A 5EY4A 3UB5A 1NWKA 3AAQA 4CZMA 2FSKA 3VEWA 1U6ZA 2VCPA 2ZGYA 4BRMA 2QWQA 2GEMA 2EWSA 4WYBA 3FZHA 3W3DA 3QBWA 1GLCG 3MN9A 2A42A 3JXUA 3AARA 4CZIA 2P9LA 2F9TA 2E1ZA 2YHWA 3QB0A 1NMDA 4AM7A 3DXKA 2ASPA 1XC3A 3I33A 2Q36A 5JLHA 2HOEA 4FPBA 4BC3A 2V7ZA 1NGGA 4XH1A 4I6MA 4EIAA 5AZIB 4B1UB 5F0XA 2DPNA 2QWOA 3CJ7A 2QW9A 3O4WA 4RCHA 4M7YA 3CJCA 3RSEB 2ITMA 3L0QA 2QWMA 5AQWA 4A2BA 5FPEA 4CZHA 5AQSA 3BEXA 1HKCA 2IVOA 4J8FA 3O5BA 1KAZA 4CZEA 1S3XA 1T6CA 3BUZB 2P9IA 4BRPA 3HM8A 2H3GX 2P9SB 3U4LA 4LC9B 1V4TA 2W41A 4WQ4C 5AQRA 4K41A 3D2FA 3IUCA 3CERA 4IXCA 3O8MA 4FWSA 1HX1A 2P9NB 5AZJB 4WQ5A 2FXUA 3HTVA 1Z6RA 3D2EA 3VENA 1JCGA 4MLHA 1ZXOA 1HLUA 3WEEB 2HMPA 4IZ9A 1NGJA 1GLLO 4B9QA 1DKGD 4Z94A 2V51B 1U2VB 2YCHA 3IMXA 3FFKB 1ESVA 4JHDB 2QWNA 5AQFA 4MLEA 1Y64A 1NM1A 3VEVA 4M63C 5AQUA 4BROA 4H5VA 1KXPA 5BPLA 1SZ2A 1KAXA 1YXQA 1GLEG 3GDQA 4FWKA 2D0OA 3ZETA 4B1YB 5AFUA 3IDHA 3BP8A 3LDOA 1ATSA 3QFPA 4GNIA 3MMVA 5JICA 5ELZA 2YJFA 1SQKA 3QICA 2VWBA 3RSEA 5LJWA 4BRGA 5CE3A 1JCEA 5I9EB 2J4RA 3GE1A 1BDGA 3DXMB 3GG4A 4H0OA 4FL9A 4QS7A 1GLAG 2P9UB 1ATNA 4PL7A 4CZFA 3LDPA 4EFHA 3SLCA 3UKRB 2P9PB 1BG3A 3CIPA 1R59O 3ZX0A 4H0VB 4PKGA 4ISFA 1NGFA 2KHOA 4JAXA 4NO7A 5BRDA 3KZBA 3LL3A 4ISGA 5KQDA 3FGUA 4FOIA 5LJVA 4K43A 5AQVA 1BUPA 4CZLA 1QHAA 3EKUA 2P9NA 1NGIA 4BRKA 1E4FT 4QS9A 3H1QA 4WQ5C 5AZJA 1BA0A 4L3QA 3WXKA 3QDKA 5AFUH 1YUWA 3VEYA 2ZF5O 3ZX3A 5AQXA 5AQKA 3VERA 4B1WB 1NLVA 4JN4A 2FLOA 2FF3B 3EL2A 3H46O 4JD2B 2IVNA 1X3MA 2V52B 4BRNA 2GTDA 2GUPA 4JHDA 3R8EA 4CBWA 4XH4A 4IJAA 4BR9A 3ZEUB 4RTFD 5BPMA 3H3OB 3EN9A 2IIRA 5AR0A 4CZJA 4BRIA 4QS8A 5AQPA 3UKUB 2P9KB 1E4GT 3MCPA 3TU5A 4BGBA 5FPDA 3U8XA 1HPMA 2I7NA 3C7NB 1DEJA 4CD1A 3OHRA 2E2PA 1TYQB 3LDLA 4Y0WA 1NGCA 2QWPA 2NRHA 4O5FA 4BR7A 3WQUA 3EO3A 2E2NA 3F9MA 4H0TB 1RGIA 2Q31A 1Z05A 3CQYA 3IFRA 4IO8A 2A41A 1HJOA 3ATVA 3CQXA 3DWLA 2ZGZA 5AQIA 1ATRA 3VF6A 4AM6A 4BQZA 4H5WA 2D1KA 3TPQA 3VEZA 2ASOA 3MN6A 5AQTA 2QXLA 4GY2B 3FLCO 4YDUA 5JMVA 3KVGA 2YHXA 4H0XB 5FPNA 3H45C 4FPAA 2E2OA 3O6WA 2YI1A 1MWMA 2PBDA 2Q0UA 5BREA 1QQNA 3LDNA 4PL8A 3A5MC 3WXLA 4CZGA 1NGAA 2E2QA 4FO0A 3S41A 4A61A 3A8YA 3HZ6A 1XQSC 4A2AA 1T6DA 3FZLA 2QM1A 3CJAA 2Q1NA 3P4IA 4E1JA 4HTLA 4BR5A 5BRHA 1K8KB 3M1FA 3G25A 3DXKB 1BWFO 4FWPA 2D0PA 4EHTA 4BVPA 3GOIA 4CZKA 5AZIA 3WXIA 4FOEA 5BN8A 1BO5O 1HUXA 3I8BA 1T44A 2P9KA 4I6MB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQHA 4CEDA 1FKPA 3D7EO 4DQ8A 4IWVA 3VN5A 3AVMA 3K57A 3AA2A 3EKSA 1HNXK 1RTDA 3JS6A 3ENHA 3THXB 3AVBA 2ATQA 3SPZA 2QA4N 4BRFA 4CF2A 4CFAA 4YOUA 4FLZA 4FWLA 1NK9A 1RT6A 4CHNA 2PY5A 4GKKK 4JKEA 4PKIA 3T3FA 4FVUA 3A2FA 1S9EA 4FZZA 5BN9A 4FK2A 1W9HA 5TKYA 4G9ZA 4KV8A 1BIUA 3K9JA 3D2FB 3CHWA 4LF5K 2XO7A 2ASMA 5HBMA 4JRQA 3VPZA 2PAVA 2D4WA 4BG9A 4CECA 3KLIA 3DMJA 3NH2A 1NGHA 1WSGA 2UYTA 2IDOA 4B1ZA 2NRWA 4BRDA 4NCGA 3VQ7A 3AVCA 1MA9B 3J7AP 3HJFA 1HKBA 1D5AA 4JK7A 3THWB 4NB4A 4WE1A 4NXMK 3LP3A 1NJIO 4BR4A 1K8KA 1C1CA 5E84A 3VQCA 2OYQA 3SV3A 4UY8O 4CE9A 3I0SA 3VF2A 5M1FA 4O0JA 4E19A 1NU0A 4F3OA 3J7YP 1EO1A 4BY9C 3C6TA 3LPTA 3CJBA 2YHYA 1GLDG 4KBOA 3DXMA 1OKJA 2HF4A 3THXA 1I3AA 2QI2A 4LSLA 1NGEA 4KREA 3BF1A 1BL3A 2P9PA 1SL1A 5EOYA 1NKCA 3NGIA 3BGRA 3QMLA 4O55A 1O1WA 4LH5A 2RE2A 4A57A 1S1XA 2WONA 1QQMA 2IS3A 2GWKA 1TUYA 4DTJA 3C6UA 5AQJA 1RNHA 1JLAA 1LWEA 4CJPA 4BE0A 3V9XA 1JXEA 3HSCA 3MN7A 3VQ9A 4OLBA 3ENOA 3WXMB 4DV4K 4KFBA 1HNVA 2HVHA 4DTNA 3O9RA 2HF3A 4CI6A 4DQIA 3TSPA 3ZT3A 4JD2A 4CHOA 1DGKN 5AQZA 4FZXC 3J8AA 3EE8A 3HM9A 4YFUA 5JLFA 1BGXT 2A1SA 1Q18A 3THWA 2JWLA 1ZBLA 4QCLA 4DHYA 1QE1A 4OX9K 5F1XA 3A5NC 3UKUA 1TGOA 1FKOA 1RT7A 3BF3A 2E88A 2VQFK 3C65A 1SKRA 5GIPA 4EZ6A 4M7XA 3CM5A 4O5BA 4M3WA 5AQQA 4DTRA 3ZSQA 3K5OA 3ZX2A 4A62A 3THYB 1GLFO 3T7ZA 5LY3A 2E8AA 1TKDA 3H6EA 3TSQA 3FR0A 1YVNA 4FM2A 2G8KA 2OZSA 1MWKA 4BVOA 3QINA 1JL1A 1N34K 4CJTA 5DMRA 1XUPO 3LAMA 1J53A 3AY9A 3LDQA 3MX2A 4FWOA 2AJQA 3HSTB 1GLBG 3C95A 2Q0RA 1VQ6N 5EY4A 1HR0K 1EXQA 4MQ3A 5KGWA 4DFJA 3QIPA 3O4NA 4DUZK 1WBDA 4BDZA 4JEPA 3DOLA 3OW2M 4WYBA 4FJGA 4TSXA 2A42A 1OVQA 3VTIA 3AARA 2R7YA 5J2PA 3O9QA 1BQNA 1NMDA 4JI3K 3TR8A 3V9SA 2ASPA 4CJQA 2WOMA 3ZT1A 3I33A 1S72N 2Q36A 3OYLA 5JLHA 4FJ8A 3V9ZA 3AVNA 4FPBA 4BC3A 4LF4K 3J81O 3OYCA 4CIGA 5F0XA 3ZT2A 4CEFA 4CJ5A 4H4MA 4FJ5A 4RCHA 3O4WA 1W7AA 2ITMA 3VQDA 4ELTA 5FPEA 3HT3A 4IDHA 4FYDA 1HKCA 3AVLA 3I0RA 3OA9A 4J8FA 3PY8A 4JKBA 3HPOA 3THVA 2H3GX 3MEDA 3U4LA 4AHRA 1WSEA 2OZMA 3MWTA 4FW1A 5AQRA 2XY5A 3IUCA 1RBTA 2QTDA 1HX1A 1X9MA 2OA8A 2HVIA 1ZYQA 4JKFA 2FXUA 1Z6RA 4DF8A 4JYAK 1Q7YO 1ZXOA 3WEEB 2HMPA 1NGJA 1GLLO 4B9QA 3EE9A 4B9NA 1XNQK 1NK7A 3RMBA 1U2VB 2YCHA 4ILJA 2BE2A 1EWRA 4MLEA 2Q3SA 4WCEL 3AVAA 2O8FA 3NGYA 2G8FA 5JS1A 3F9KA 5AQUA 4DR6K 1JLEA 3DLBA 1NK0A 1IO2A 1YXQA 4FWKA 3ZETA 2D0OA 4B1YB 4DLEA 1HNZK 2HB5A 3LDOA 1T8EA 3QFPA 2NRZA 5HRRA 4W5NA 4I9QA 1LAVA 1BIZA 3VQEA 3QICA 3T69A 4DU3A 5HROA 1S1UA 2J4RA 5E41A 3KD5E 4H0OA 4FL9A 4QS7A 1HQEA 1GLAG 2P9UB 3NDKA 2YV0X 4GV6A 4EZ9A 2O8DA 4PL7A 4Z4CA 4GV3A 4EFHA 5C25A 1JL2A 4WFBL 3EEQA 1R59O 4H0VB 2KHOA 4A5AA 3O9TA 4JAXA 2W6LA 5BRDA 4M3ZA 3LL3A 3FGUA 4B3MK 4FOIA 4A5BA 4AQYK 1QHAA 2QXFA 1HYVA 4QS9A 3H1QA 4NCBA 4L3QA 1Q86O 4NXNK 3VEYA 2ZF5O 4YNQA 1I39A 3QO9A 4Q5VA 5AQKA 1NLVA 2FLOA 2YHBA 5DK5A 4E7LA 3LP2A 4BRNA 2GTDA 1C6VA 3R8EA 1VQ5N 3ZT0A 4BR9A 2OTJN 1MU2A 1VQMN 3H3OB 4LF7K 3NF7A 2IIRA 3P83D 4IFYA 1IKYA 1C0MA 5AQPA 2HHVA 3AVFA 3C6AA 3MCPA 3TU5A 4I2PA 2PYJA 4C8OA 2VQEK 5DM7L 3G4SN 3U8XA 3CF5L 4CD1A 1CZBA 3OHRA 1RBRA 3LDLA 4BR7A 3OS2A 3B6PA 2RHKA 3NHGA 4DSJA 3WQUA 3MXIA 3CC2N 4C1NK 3E9LA 1BCMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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