3CJCA

Actin dimer cross-linked by v. cholerae martx toxin and complexed with dnase i and gelsolin-segment 1
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural protein/hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Connecting actin monomers by iso-peptide bond is a toxicity mechanism of the Vibrio cholerae MARTX toxin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 99
structure length 372
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3cjcA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjcA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjcA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3cjcA04
1ATNA 3MN9A 4J8FA 4CZGA 1X3NA 3LDPA 1QZ6A 2QWOA 1YXQA 5AFUA 4CZKA 3H3NO 4BQZA 5EOYA 1ATSA 3QB0A 1TYQA 3UKRB 3VEZA 1ZC6A 3SMPA 3QMLA 3DXKA 1KAZA 4RWTA 3MN5A 3ZEUB 2PBDA 3DWLA 3HZ6A 2P9KB 1T6DA 1EQYA 2QW9A 5AQLA 4CBUA 4RCHA 1NGFA 4PKIA 1J6ZA 2ZGYA 4FL9A 1SAZA 4O8KA 1GLLO 4WYBA 3G25A 5E26A 5AR0A 3FZMA 4FWPA 4H5WA 2ZF5O 5AQYA 3VERA 3LM2A 3VPZA 1NGGA 3CQXA 1SQKA 2F9TA 2E8AA 3R8EA 4WQ4C 5KQ8A 4B1WB 4CBXA 3VF6A 5BRHA 1NLVA 5AQNA 3BF1A 1D4XA 1E4GT 2D0PA 3ULEA 1BUPA 1BA1A 4BRDA 4CZEA 2P9UA 2QWMA 4EAHD 4FWKA 2E2QA 1ZXOA 4BRPA 4BR4A 1TUYA 3SK3A 3FLCO 3VEYA 2P9PB 2WUSA 3ATVA 3F9MA 2VYPA 2KHOA 3CIPA 4BR9A 3IMXA 3C0BA 1U2VA 4M63C 3P4IA 5AQUA 2Q97A 3BP8A 1MWMA 3FZKA 1BA0A 2FF3B 1GLCG 4JAXA 4YDUC 4AM7A 2Q0RA 3GOIA 4Y0WA 5F2RA 4DHYA 4NO7A 4IJAA 2HF4A 3D2EA 1S22A 1P8ZA 3KVGA 4QS7A 4FPAA 5BRDA 2E88A 4KBOA 3UKUA 2YCHA 1Z6RA 1KXPA 4IZ9A 5LJVA 4EIAA 4B1VA 2A42A 3L4IA 5BR9A 2A5XA 2GWJA 2GELA 1E4FT 3EKSA 4H0YB 3BUZB 3FR0A 4B1ZA 5JMVA 2ASMA 2P9SA 3O8MA 5JICA 3A5LC 4BRAA 4B1YB 3VF4A 3VGLA 5AZIA 4CBWA 2A3ZA 5AQIA 2P9LA 2I7PA 4GY2B 4QS8A 4PL8A 2ITMA 2E2OA 2BUPA 3M3ZA 4H5VA 1H1VA 2IVNA 3R9PA 3A5MC 3FFKB 4CZMA 3CHWA 2H3GX 3QBXA 4BR2A 1WOQA 3WUHA 4H0TB 4BQLA 2Q31A 2DPNA 2OANA 2QWNA 3LDLA 3SLCA 2ASOA 2P9IB 3CQYA 3LM9A 1NGAA 4K42A 3WXKA 4QS9A 1GLDG 1OKJA 3OHRA 1TYQB 3H45C 2A41A 3EO3A 3ATUA 5AQTA 3WEEB 3A5NC 3GG4A 3FZLA 2W40A 4IJNA 3ZX2A 3O6WA 1NM1A 5AZJA 3O1WA 3BEXA 2QM1A 3C7NB 3AAPA 1JCEA 3U8XA 4CZJA 3TPQA 2A40A 4O5FA 1HX1A 3S41A 3VGKA 1IJJA 3JS6A 2CGJA 1C0FA 2Q1NA 2P9NB 5LJWA 4M7YA 2Q36A 5KQDA 2ASPA 4JD2A 4BRLA 1K8KA 4L3QA 4CZHA 4EHUA 2D1KA 3HTVA 5FPDA 1S3XA 2UYTA 4MO4A 5AQFA 2AP1A 3LDQA 4ISGA 3EKUA 4BR5A 4M7XA 3AARA 5AQOA 1T44A 2YI1A 3QFPA 3ULEB 3VENA 1WUAA 2IVPA 1RDWX 4I6MB 3O80A 3H6EA 3MDQA 5BPMA 1BG3A 3VGMA 3CJ1A 5BN8A 1BU6O 1JCFA 1HUXA 4BRCA 3UKRA 4Z94A 1NGCA 3CJ9A 1Z05A 4BG9A 5E84A 4BRFA 4FOIA 3CI5A 5LY3A 1U2VB 4BVPA 4FWOA 2NZTA 4H0OA 3MCPA 1QHAA 1NGEA 5EXWA 5AQQA 2GTDA 5KPZA 5AQZA 3FE1A 4IWVA 1GLAG 4HTLA 4BRHA 4PL7A 2V7YA 1JCGA 4JHDA 2IVOA 5BPNA 3VEWA 1R59O 1V4SA 5AQJA 4A2BA 1CZAN 3UKUB 5KPRA 1DKGD 3VESA 4ISEA 1LCUA 4FWSA 4BVOA 4BC5A 3U9DA 4BC3A 3CJ7A 5AQXA 1XC3A 4DB3A 4BC4A 1HLUA 1RGIA 4AM6A 4CZFA 3ZETB 4LC9B 5AQGA 1NGJA 5AZIB 4CD3A 5B8HA 3U4LA 4B9QA 4H0XB 1YVNA 3MN7A 3GBTA 3GE1A 5KPTA 2CGLA 4FWMA 4A2AA 3AY9A 2D0OA 1KAYA 3QDKA 1NGHA 4MLEA 1T6CA 5AQKA 4BROA 2E1ZA 1KAXA 2HOEA 1DEJA 1NBWA 2AA4A 3IDHA 4H0VB 1HKCA 1HKGA 2V51B 2YHWA 3D2FA 1Y64A 2VCPA 3DXMA 2GUPA 4E1JA 2IIRA 1QZ5A 3W3DA 3ID8A 5F0XA 5EY4A 4PKHA 2Q2RA 3R6MA 4IXCA 4FSVA 4ISFA 5TKYA 3W0LA 4FWLA 4HWIA 4MLHA 3VEXA 3WXIA 3RSEA 4BC2A 3DXKB 4CZIA 3DAWA 1V4TA 4H5RA 3MMVA 2A6AA 2Q0UA 5FPMA 3IFRA 3AAQA 2QWQA 1QQOA 2FF6A 4JD2B 2NLXA 1K8KB 3CETA 3HI0A 3H1VX 1HJOA 3ZX0A 2QWRA 1BWFO 5FPEA 3BF3A 4BR0A 4H03B 2FXUA 2YHYA 3D7EO 3KHYA 1BOTO 1QQNA 4WQ5A 1G99A 2E1YA 5BRFA 1RFQA 3M6GA 2P9IA 5AQMA 4F9OA 2FSKA 3O1BA 3CJCA 4BR7A 4BG8A 5EX5A 3FZHA 2FSJA 1X3MA 2VWBA 3ENOA 5BREA 4CJ7A 4K41A 2W41A 3FZFA 5ADXH 5ELZA 3M1FA 4K25A 3ENHA 3LL3A 1ZBSA 1MDUB 5FPNA 1LOTB 3WEEA 4A61A 3GDQA 2QXLA 3WT0A 2P9UB 2E2PA 1YUWA 2GEMA 3WQTA 1YAGA 4IO8A 2V7ZA 1MWKA 3C7NA 5AFUH 3A5OC 3H1QA 3EL2A 1QQMA 4B1XB 3ZEUA 2P9KA 3CERA 3SMSA 4K43A 3H46O 4PKGA 2HF3A 4RTFD 2PAVA 1NGBA 4JHDB 3A8YA 3VETA 1U6ZA 3HSCA 4JN4A 2P9NA 4FO0A 3U9ZA 3O5BA 2E20A 5AQPA 3DJCA 4XH5A 3H3OB 2YHXA 2HMPA 1XUPO 2E2NA 1GLEG 4C23A 4BRGA 3B8AX 2CH6A 4FWRA 3D2EB 1Q18A 3LDNA 3QFUA 1BO5O 3MN6A 1BDGA 2YJEA 3LDOA 1ATRA 3CJAA 4BRIA 4I6MA 1HKBA 3IUCA 3JXUA 2D4WA 3QICA 1HPMA 1C0GA 1NGDA 4BGAA 1ESVA 1GLJO 3O4WA 1NGIA 1TUUA 2F9WA 2NRHA 3VEVA 4XH4A 2P9SB 4FOEA 4CI6A 3VF2A 3O08A 2I7NA 3UB5A 4H5TA 4EHTA 3WQUA 1DGKN 2V52B 5AQHA 2BTFA 5JLFA 4WQ4A 3WXJA 4BGBA 2P9LB 3GL1A 4CZLA 3ZX3A 3D2FB 3QBWA 3VOVA 2P9PA 3DXMB 4MO5A 3WXLA 5BN9A 4XH1A 2GWKA 4BRKA 2J4RA 5F1XA 3A0IX 3HBTA 1X9JA 3L0QA 2QWLA 3SJHA 5BPLA 4BRNA 4B1UB 3I8BA 3EN9A 2CGKA 4JNEA 1IG8A 3RSEB 3KZBA 2ZGZA 2YJFA 4BRMA 3HM8A 1NMDA 3ZETA 4XEIA 5AQRA 4WQ5C 4EFHA 3VEOA 5AZJB 3CJBA 4BREA 4CD1A 3J8AA 3FGUA 5EVZA 3I33A 4YDUA 4DQ8A 4A62A 1GLBG 5CE3A 1NWKA 3MK6A 4DCHA 2EWSA 5AQWA 1XQSC 4NB4A 4FWQA 4GNIA 4FPBA 2FLOA 5AQSA 1GLFO 4BRQA 3L6QA 3EZWA 1MA9B 4H5NA 2QWPA 5ADXA 3TU5A 5JLHA 4FWNA 1SZ2A 2CH5A 2ZWHA 2FSNA 4H0PA 5I9EB 5AQVA 3UE5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ATNA 4CZGA 3DLRA 3LDPA 1U48A 3LDSA 2WFBA 4WCEL 2HNZA 1TYQA 3QB0A 4LFBK 4X66K 4YOWA 3DXKA 3ZSWA 1KAZA 1QVGM 3VQDA 1EQYA 3VA3A 3V9UA 2QXFA 1RDBA 4RCHA 3SJJA 1NK8A 1J6ZA 2ZGYA 4A5BA 1SAZA 1E3MA 3SAHA 1JXEA 5J2MA 5JS1A 4JS5A 3NBPA 3VTHA 1RT6A 3S3MA 5AR0A 4CJUA 4JK7A 2JGUA 3LM2A 3O4QA 3VPZA 4JKHA 1VQ9N 3MEGA 1BQNA 4CBXA 1ZBFA 4IOAL 1JXBA 3TAEA 1NK6A 2O8FA 3BF1A 4RW6A 2D0PA 2OTJN 3ULEA 4FLYA 3CYGA 1BA1A 3IKMA 4CVNE 3N4QA 4BRDA 4LF4K 4J2AA 3OW2M 1ZXOA 3HM9A 4X64K 4X65K 1P90A 4Z4GA 3FLCO 3F9MA 1REVA 2KHOA 3ASMA 4CJ3A 3CIPA 4QAGA 3IMXA 1RBTA 3CG7A 2IDOA 3L2QA 2KLAA 1BA0A 3AVJA 3TTCA 5C24A 4X62K 3G6EN 4AM7A 3QEPA 1NG9A 2Q0RA 3VQ5A 1WSIA 5GAEP 4LF5K 4I2PA 1QVFM 2JWLA 2HF4A 4Z4HA 1S22A 2FBXA 2KQ2A 3AO3A 3VQEA 4FPAA 5BRDA 2E88A 5CY4A 1EX4A 4CEQA 1K73O 3L3UA 5LJVA 2A42A 1NK7A 5HLFA 4Z4FA 3EKSA 4H0YB 3BUZB 4HCCA 3O8MA 5H1SQ 3CC7N 2PZSA 3TARA 3C6TA 4CFDA 4B1YB 1IO2A 3VGLA 5AZIA 4JI7K 1C0UA 3MWTA 5AQIA 1O1WA 1M90O 1VSJA 4GY2B 3PLAA 3ZLJA 2BUPA 1S6PA 1H1VA 3FFKB 4LFCK 2YX6A 4LF7K 2H3GX 1UA1A 4KTWA 1HYVA 1XI1A 2XRIA 4M45A 4BDYA 2HNYA 4Z4CA 4B9NA 2ASOA 3EE8A 3CQYA 4FW2A 3RRHA 5CYQA 3WXKA 1GLDG 3TTFA 1DTQA 5AQTA 3WEEB 1LAVA 3D0PA 2W40A 1L3VA 4NCBA 4IJNA 4KHNA 4FYDA 3C6AA 1NU0A 3C7NB 3AAPA 1K8AO 3BZKA 4KH6A 3TPQA 1HR0K 5HRSA 2O4IA 4LD0A 2D0BA 5M1NA 3QNNA 1HQEA 2CGJA 3AVGA 1C0FA 2Q1NA 2ZJPL 4M7YA 3PIPL 1K8KA 4CZHA 5FPDA 1WSHA 1S1VA 3LDQA 2BGGA 3ZCMA 1KQSM 3T3FA 4ZHRA 4CHNA 5IWAK 3LWMA 4M3UA 3QFPA 1QS4A 5GIOA 4I6MB 1RDWX 3HK2A 1ZBIA 1HUXA 2C1GA 4BRCA 4Z94A 2QA4N 4N56A 3TABA 3CJ9A 4CIEA 4BG9A 2GX9A 1RDDA 4KB1A 1T7PA 1EWQA 4JLHA 4FWOA 1LV5A 3NAEA 2UUBK 1S1XA 3OYJA 2YKMA 4OGCA 2GTDA 5I3UA 2G8UA 3S3OA 3KD5E 4IWVA 1O13A 4CIFA 4LSNA 2V7YA 1JCGA 2IVOA 1BL3A 3VEWA 5AQJA 3VQ7A 5SZTA 4GVMA 4OKEA 3UKUB 1RILA 4V19S 1RBUA 2B5JA 3HVTA 4ISEA 4DV6K 1LCUA 3Q7CA 4BVOA 3U9DA 3CJ7A 4CJQA 1VRUA 4ICLA 1HLUA 1LW0A 4BWMA 5HBMA 2NRZA 3ZETB 3M5RA 5TKWA 4GV6A 1VQ6N 2YNIA 1IKYA 2PFUA 3ZSRA 3JSMA 4H0XB 1YVNA 2YHAA 4FWMA 3U3GA 3AY9A 2D0OA 1R0AA 2HHTA 3RR8A 1NGHA 4MLEA 1RTIA 1T6CA 5AQKA 2UXCK 2YKNA 4A59A 3J80O 3KLFA 4CEDA 5CYMA 2GV9A 2OA8A 1HKGA 3QEVA 3V9WA 1W2BM 2KFZA 3DXMA 4E1JA 1QZ5A 3W3DA 4CJLA 3ID8A 5F0XA 5EY4A 4ELVA 4H4OA 4B8CA 2RPIA 4LFAK 4EP5A 4DSEA 4CESA 4JKDA 3V1RA 2KW4A 5TKYA 3AVBA 1BCOA 1S1WA 2HBLA 4FWLA 3THWA 4MLHA 4FK2A 1S9EA 3WXIA 1X9SA 1HJRA 3OBWA 3TAGA 1OVYA 4FJIA 1Q86O 4W5NA 3T69A 2A6AA 4IFYA 1NJWA 4K0KK 1J53A 3MCAB 2OPPA 4JD2B 1IKVA 3KK1A 3CETA 2QWRA 3BF3A 4BR0A 4E7KA 2FXUA 4W5TA 1FKOA 1YHQN 3ZT0A 5FRMA 3SCXA 4F9OA 3CM5A 3DLLL 3TWHA 3FZHA 4CJ7A 3AVAA 5ADXH 5ELZA 3M1FA 4K25A 3L2WA 3LL3A 1L5UA 1ZBSA 1MDUB 3TR8A 1LOTB 3WEEA 4DTPA 2QXLA 4ILGB 3P39A 3WQTA 3HSTB 1YAGA 4KHQA 3C7NA 1SL1A 3K59A 3DLEA 1NK0A 4E1NA 2ZD1A 2P9KA 1YJ9N 3WNHA 1QSYA 1NGBA 4JHDB 1T3VA 4DR6K 3VETA 3C6HA 2E20A 3N4PA 1C1CA 4M3TA 4TSXA 3DLBA 2YHXA 1J5EK 2HMPA 1XUPO 4OJRA 2CH6A 4DTUA 1Q18A 1IBMK 4O4GA 2YNHA 3OBYA 3LAKA 1Q7YO 1OH8A 3CJAA 4BRIA 4I6MA 3NGZA 1HKBA 3IUCA 1C0GA 2BH1A 3EYZA 4XH4A 4NXMK 4PWDA 4DKWA 3VA0A 3O08A 4LF8K 3PO4A 1WSGA 2G8WA 3AO4A 3LANA 1KSPA 2BTFA 1WN7A 4WQ4A 3OJSA 3L8BA 2P9LB 4M3ZA 3ZX3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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