3LDNA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in apo form
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldnA04
1KAZA 4CBUA 4AM6A 1NM1A 2P9PB 4L3QA 1HKCA 3R8EA 1P8ZA 2V51B 3C7NA 1XUPO 4O8KA 4BR7A 5AQXA 3VEVA 4H5TA 4FWMA 2YHWA 5AQYA 3ENHA 2A5XA 2FXUA 2HF4A 5AQJA 3DXMA 4JD2A 3FFKB 4K25A 3ZETA 2IVPA 3C7NB 4YDUC 5AQZA 3JS6A 3U4LA 4B1YB 5FPEA 3KHYA 3CIPA 1G99A 3SLCA 5BR9A 2CH5A 2BUPA 1BU6O 3LDLA 4A62A 3DXMB 3R6MA 4JD2B 3LDNA 3QFUA 3O8MA 3ZX0A 2ASMA 1BG3A 2CGJA 3ZETB 2QWMA 2GELA 4EHTA 5FPNA 2AP1A 4NO7A 4FPAA 2IVOA 2IIRA 2E2NA 3SMPA 3FZMA 3VF6A 5LJWA 4C23A 4B1UB 2D4WA 1BOTO 4FWRA 2GEMA 2HMPA 3VEXA 3MN6A 3KZBA 3UKUA 3W3DA 3OHRA 4XH1A 1RDWX 3DXKA 4FOIA 2FF3B 2Q2RA 4QS9A 3RSEA 2ZWHA 3VEWA 4BRGA 4FPBA 3GL1A 1BA0A 1QQMA 1Q18A 2Q1NA 3FZKA 3VGKA 4WQ4A 5BPMA 5BPLA 4PL8A 3VEZA 4H03B 3HZ6A 5AQMA 5JLHA 1YUWA 2D0PA 3QB0A 5TKYA 3UKUB 3DWLA 4H0OA 3D7EO 3VGLA 3DXKB 3MN9A 3RSEB 4J8FA 4BRFA 3CJ1A 4RTFD 1MDUB 4YDUA 3FZLA 4WQ5C 5AQGA 4BG9A 1XC3A 4RWTA 1Z05A 1X9JA 2VYPA 2VWBA 3F9MA 3M1FA 4CZJA 4A2BA 3EN9A 4M63C 1QHAA 4BR9A 4BC5A 3H6EA 1NWKA 4MLEA 3VESA 4BRAA 2GWKA 2YHXA 1QZ6A 3A5NC 1JCEA 3QFPA 4IO8A 3ZX3A 4DCHA 1MA9B 2P9LA 3CQXA 4CZHA 1NBWA 3ULEA 5E84A 1NGGA 2A6AA 2FF6A 3O1BA 2D1KA 2ZGYA 3QDKA 2DPNA 3BF1A 4CZFA 2QXLA 5I9EB 3QMLA 3U9ZA 4CI6A 3CJCA 3FE1A 1NGIA 4IZ9A 5EOYA 3ATVA 2P9LB 5LJVA 2QW9A 3ULEB 1OKJA 3M6GA 5AQIA 4LC9B 3C0BA 1GLDG 2YJEA 3MK6A 1J6ZA 4BROA 5JICA 1V4SA 4WQ5A 1GLJO 3HSCA 1U6ZA 2E1ZA 3MN5A 4WQ4C 3SJHA 2NLXA 4AM7A 1TUYA 1HKGA 3R9PA 4BC2A 1V4TA 5AQKA 4CZMA 5F2RA 2UYTA 4BREA 2ZF5O 3MDQA 3ZX2A 4DHYA 4MO5A 3CI5A 2P9KA 3FGUA 3CHWA 2E2OA 2QWOA 1GLBG 2V7YA 1T44A 4QS7A 5AZJA 4RCHA 2CH6A 5EY4A 4FOEA 4BRQA 1QQOA 2I7NA 3CJ7A 1ATRA 3QBWA 3MN7A 1KAYA 4IXCA 3P4IA 1IG8A 4CBXA 2PAVA 4H5VA 1NMDA 2P9KB 5AQHA 5AQNA 3WEEA 2FLOA 5FPMA 4B1VA 4K41A 3UE5A 4Y0WA 3IDHA 2NZTA 1GLEG 5BN9A 2Q36A 3CJBA 5AZJB 4BG8A 1YVNA 1ZBSA 3DJCA 4PKHA 2QWQA 1D4XA 4CBWA 3AAQA 3WQUA 1NGFA 4K42A 4M7YA 4BRKA 3WEEB 4BQZA 2E88A 4Z94A 3CQYA 2P9IA 4F9OA 3BF3A 2HF3A 4BQLA 3SMSA 4GNIA 4EIAA 1T6DA 5KQDA 3KVGA 5BPNA 2BTFA 2QM1A 2KHOA 4JNEA 3H45C 1HX1A 3CERA 3O6WA 2P9IB 5CE3A 3EKUA 2OANA 2QWNA 4BR5A 3VENA 4A61A 3L6QA 1Z6RA 3UB5A 3QICA 3EL2A 3WXJA 4H5WA 1HUXA 3ZEUA 5BRFA 2ITMA 2E2QA 4CZGA 4HWIA 1ATNA 2FSJA 4BGAA 4IJAA 4BRPA 4MLHA 2A3ZA 2D0OA 3VGMA 2A40A 3AARA 1HLUA 4BRLA 4BVPA 2Q97A 5AQSA 3LDQA 4XEIA 4EHUA 3MMVA 2ZGZA 3ZEUB 2YHYA 2A41A 4H5NA 2E8AA 3LM9A 1MWKA 3S41A 3L0QA 5F1XA 4XH5A 3WXKA 1LCUA 2F9WA 5AQWA 3WXLA 4H0TB 2Q0UA 3O4WA 3VEOA 4ISGA 3GE1A 3UKRA 3L4IA 4ISFA 2CGKA 3VF4A 5AQVA 3HTVA 2E1YA 1HJOA 2GTDA 5AQPA 4A2AA 3O1WA 1HPMA 3GOIA 3IFRA 3HM8A 4IWVA 2GWJA 1K8KA 1TYQA 3BUZB 1RGIA 3VEYA 1YXQA 4M7XA 3ENOA 4GY2B 3UKRB 3TU5A 4E1JA 4BRHA 4CZEA 4I6MA 5ADXA 4EAHD 1JCGA 5AQUA 1U2VA 1NGEA 3EO3A 4FWOA 1RFQA 1QZ5A 3WUHA 4BC4A 4DQ8A 5BRDA 4B1ZA 1JCFA 1XQSC 3ID8A 1KXPA 3GDQA 3EKSA 3FZFA 1K8KB 1TYQB 3A5LC 3HI0A 3IMXA 3O80A 4QS8A 2V7ZA 3A8YA 4JHDA 2EWSA 3MCPA 4BRIA 5AQOA 4B9QA 2P9SA 4FWKA 4I6MB 4BR2A 1U2VB 5KQ8A 4PKGA 1E4GT 4B1XB 1QQNA 5KPRA 2W40A 4FWSA 3O5BA 4BRNA 1KAXA 2ASOA 4FSVA 5BREA 1ZC6A 3W0LA 2PBDA 4JHDB 2J4RA 4PKIA 5ADXH 1ZXOA 3VF2A 2YI1A 4FWPA 4B1WB 1SQKA 2P9SB 2YCHA 3M3ZA 1NGBA 3GG4A 4H5RA 1LOTB 1T6CA 3AAPA 4CZIA 3FLCO 4FWLA 1GLLO 3EZWA 2FSNA 1TUUA 2GUPA 3WXIA 4BGBA 3LDOA 5BRHA 5AQRA 4EFHA 5KPZA 1DEJA 1BA1A 3ATUA 5AQQA 3FZHA 3VERA 4CZLA 1R59O 3J8AA 4FL9A 2F9TA 3A5OC 4JAXA 5EXWA 3U8XA 5KPTA 5LY3A 1WOQA 3LDPA 3D2EA 1C0GA 1S22A 2QWLA 1NGDA 2P9UA 1YAGA 1ATSA 5AFUA 3QBXA 3WQTA 2P9NA 4PL7A 4BR4A 5AZIA 5AQFA 3VETA 4HTLA 3TPQA 5FPDA 3DAWA 3BEXA 2E2PA 1E4FT 2AA4A 3BP8A 4FO0A 4IJNA 2Q0RA 1BUPA 2E20A 3B8AX 3D2EB 2P9UB 4O5FA 2I7PA 2IVNA 5ELZA 4H0PA 2FSKA 4JN4A 3U9DA 2P9NB 1DKGD 5EX5A 3HBTA 5AZIB 2NRHA 2Q31A 4KBOA 4NB4A 3D2FA 2VCPA 3AY9A 3SK3A 2V52B 1X3NA 3H46O 4CZKA 5AFUH 2YJFA 1SAZA 1MWMA 4CD1A 3LL3A 5BN8A 4BRMA 4BR0A 1Y64A 2HOEA 1NLVA 1EQYA 5AQTA 1DGKN 1BO5O 5F0XA 3D2FB 2W41A 1NGHA 3JXUA 2QWRA 5AR0A 5JMVA 3FR0A 3CETA 4H0YB 1NGJA 5E26A 5AQLA 1SZ2A 2WUSA 4K43A 4WYBA 4CD3A 4CJ7A 1BWFO 4BRDA 1ESVA 2ASPA 3CJAA 4BRCA 1C0FA 2H3GX 3CJ9A 1GLFO 3A5MC 1HKBA 4ISEA 1BDGA 1WUAA 4BVOA 3I33A 5B8HA 4H0XB 1GLCG 4XH4A 4DB3A 1IJJA 4H0VB 4MO4A 3G25A 3WT0A 3LM2A 2QWPA 3I8BA 1GLAG 3H1QA 2CGLA 2P9PA 4BC3A 1NGAA 3A0IX 3O08A 3H3OB 3H1VX 4FWNA 3IUCA 4FWQA 3GBTA 3VOVA 3H3NO 5JLFA 2A42A 1X3MA 1S3XA 5EVZA 3VPZA 1NGCA 1CZAN 1H1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C0MA 1HNIA 4CGDA 4I9LA 1JLCA 2YILA 2RN2A 1NM1A 1SS6A 4RW9A 1S1TA 3OYCA 2P9PB 1SN1A 4CJTA 3KWIA 2V51B 4DWIA 4M45A 4FWMA 4FVMA 4RG8A 2A5XA 2GUIA 2OZSA 4C8NA 1ZBHA 5AQJA 4AHSA 2HHIA 1XHZA 4CGGA 3RTVA 4K25A 3M8SA 1T8EA 1JL2A 4YDUC 3AVMA 4CGFA 3U4LA 4GVEA 3F2KA 3J80O 3KHYA 1G99A 5BR9A 1T7BA 4PUOA 4A62A 2P5GA 1T7EA 4W5RA 3GKUA 2CGJA 3LP3A 4HUFA 4OPKA 1DLOA 3DI6A 4W5TA 1DT9A 4V1DC 2IVOA 3DM2A 2D0CA 1KQSM 3DLRA 2FBTA 2LJMA 1K6YA 3VF6A 4Y1CA 4IG3A 4CIEA 2G8UA 4FWRA 2F8SA 1BQNA 3KZBA 4CVNE 4H4MA 4XH1A 1RDWX 3DXKA 1IKWA 1CXUA 2FF3B 4JKBA 4QS9A 4HHFA 1JLFA 3OYHA 1C1CA 4A57A 1Q18A 3MEGA 1W97L 3VGKA 4KB1A 3NGIA 3TR8A 1Q81O 3HZ6A 3I56N 3TABA 3LP0A 3TTCA 2D0PA 3CQ8A 3UKUB 4E7JA 4J8FA 2WC9A 4Z4GA 2O8FB 3AA5X 1J54A 2OPQA 3P31A 4HE7A 3IS9A 5AQGA 4BG9A 2LT8A 1OH7A 3OBWA 1Z05A 2YX6A 1QHAA 2B3CA 4BC5A 1VNBA 1XI1A 4B8CA 4OJRA 3E66A 4YOUA 1BCMA 3QFPA 4CK2A 4E19A 1MA9B 1UA1A 4N47A 1N6QA 1BIUA 5CY4A 5E84A 4AEIA 2QKBA 2A6AA 1I94K 2PZSA 3O1BA 3KLEA 2ZGYA 5J2QA 3THVA 3BF1A 4CZFA 3AVFA 3QMLA 4CI6A 2DTUA 3OYBA 5J2NA 1RT6A 4DSIA 4FYDA 4CJRA 5IT9O 3HP9A 5C42A 4OPJA 3Q7CA 3ULEB 5HRPA 3SPZA 3ZLJA 2OYQA 4F8RA 2LR3A 1VQ9N 1J6ZA 2VGMA 1RILA 3AVHA 4O0JA 1JZAA 1IH7A 2UYTA 1U49A 1CXQA 4EZ6A 3CI5A 3CM6A 3RR8A 2VGNA 3TWHA 1YTUA 3FGUA 3CHWA 2QA4N 3CPEA 2ZM6K 1GLBG 4F2RA 1T44A 1HNZK 3ZYYX 5EY4A 2O4IA 1ATRA 2XY8A 3P4IA 4FLTA 2OTJN 1SNBA 3PIOL 4CBXA 1NRAA 2PAVA 1NMDA 2P9KB 2HHTA 4K41A 5IWAK 1T7AA 2NZTA 1S6QA 4BG8A 3ISNC 5AZJB 2GL1A 4JI6K 4JI0K 4OPHA 2G8IA 3NVKA 1DTQA 2UU9K 3CG7A 3WEEB 3V1RA 4UQGA 3CQYA 3BK3C 3PO5A 4GV6A 1XC9A 1Q7YO 3KLGA 1NG9A 4LF8K 1VQNN 1QS4A 3CFOA 1OH5A 1VQMN 3TAEA 3SMSA 4HCCA 1SEGA 4GV9A 1L5UA 4DFJA 4JKEA 1TKXA 1WBBA 3I0SA 1OH8A 4DF8A 3CERA 3O6WA 2P9IB 3NAEA 3EKUA 4IBNA 4WFNL 4DS4A 3VENA 4TSXA 4I2PA 3EL2A 4KHWA 1KV0A 5C12A 2P5OA 2ETJA 1K8AO 4JYAK 2ZJPL 1EP4A 1S1WA 2A3ZA 3DLLL 1S5JA 3TTFA 4BVPA 3E1YA 3SUPA 3A2FA 1LWFA 3MMVA 2A41A 3CXCM 3IAYA 3KP1A 5C10A 4CEZA 2VWKA 5F1XA 1KLMA 4XH5A 3WXKA 1RDUA 4DR3K 3EE9A 3THYB 1J9AA 1LCUA 5SWMA 2Q0UA 3O4WA 3GE1A 3BZKA 3AVNA 3Q7BA 3L4QA 5AQPA 2HBKA 4DFMA 4QAGA 1TYQA 3SBTA 4OLAA 1IKXA 1RGIA 1YXQA 3QETA 2ZJQL 4GY2B 3UKRB 1O13A 1YJWN 1RT3A 4M3UA 5AQUA 1U2VA 2HNDA 3EO3A 3P39A 3NH0A 3SZ2A 4ELVA 3PX6A 4B1ZA 1JCFA 2N2QA 3T69A 4FLXA 3KD1E 3EKSA 1B92A 1K8KB 4ZHRA 1BISA 4JHDA 2EWSA 1ZYVA 3AVLA 4X64K 3T1HK 3I0RA 3U3YA 3MCAB 5KPRA 4N56A 1PTXA 2KGQA 3BGRA 3ZT1A 3CC7N 5BREA 4NCAA 2XRIA 2HHSA 4FLYA 4BE7B 2Y1JA 2P9SB 1Q8IA 3GG4A 3L3VA 2HHUA 5CR4A 3ZCMA 4E1NA 1QVGM 4CESA 3G4SN 4CZIA 1X9WA 4B9SA 4Z0UA 3EZWA 1RCHA 5LMUK 2XY7A 3P1GA 4CW7B 3LDOA 4DU4A 3SAHA 5JENA 1Q86O 1XNQK 3FZHA 3VERA 1J53A 1FXXA 1R59O 3J8AA 4H8KA 4AB0A 3CCRN 1Q9XA 5EXWA 4J2AA 1AYJA 1WN7A 1RDAA 2QWLA 3V81A 1YAGA 1ATSA 4B9NA 4A5BA 4Z4EA 2O8EB 2QEXN 4PL7A 4BR4A 5AZIA 4FJ7A 2GBZA 3VETA 4CJFA 2E2PA 2KW4A 3THWA 3VQEA 5I42A 4FO0A 5AJ3K 4IJNA 2Q0RA 3O4NA 2P9UB 2KPYA 4FJXA 5ELZA 2A7TA 3ZSXA 1VSLA 3SYZA 3OJSA 4JN4A 5H1SQ 1ZBUA 2P9NB 4KHNA 4B9VA 1DKGD 1NOZA 2E5LK 4KBOA 4QCLA 3CCVN 4JLHA 3LALA 3RVCA 4CZKA 4AQYK 1HR0K 4YOXA 1SAZA 1MWMA 1QSYA 1U47A 3LL3A 3JYTA 3DLHA 4FM0A 4BWJA 2HOEA 1NLVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C0M A;  1HNI A;  4CGD A;  4I9L A;  1JLC A;  2YIL A;  2RN2 A;  1NM1 A;  1SS6 A;  4RW9 A;  1S1T A;  3OYC A;  2P9P B;  1SN1 A;  4CJT A;  3KWI A;  2V51 B;  4DWI A;  4M45 A;  4FWM A;  4FVM A;  4RG8 A;  2A5X A;  2GUI A;  2OZS A;  4C8N A;  1ZBH A;  5AQJ A;  4AHS A;  2HHI A;  1XHZ A;  4CGG A;  3RTV A;  4K25 A;  3M8S A;  1T8E A;  1JL2 A;  4YDU C;  3AVM A;  4CGF A;  3U4L A;  4GVE A;  3F2K A;  3J80 O;  3KHY A;  1G99 A;  5BR9 A;  1T7B A;  4PUO A;  4A62 A;  2P5G A;  1T7E A;  4W5R A;  3GKU A;  2CGJ A;  3LP3 A;  4HUF A;  4OPK A;  1DLO A;  3DI6 A;  4W5T A;  1DT9 A;  4V1D C;  2IVO A;  3DM2 A;  2D0C A;  1KQS M;  3DLR A;  2FBT A;  2LJM A;  1K6Y A;  3VF6 A;  4Y1C A;  4IG3 A;  4CIE A;  2G8U A;  4FWR A;  2F8S A;  1BQN A;  3KZB A;  4CVN E;  4H4M A;  4XH1 A;  1RDW X;  3DXK A;  1IKW A;  1CXU A;  2FF3 B;  4JKB A;  4QS9 A;  4HHF A;  1JLF A;  3OYH A;  1C1C A;  4A57 A;  1Q18 A;  3MEG A;  1W97 L;  3VGK A;  4KB1 A;  3NGI A;  3TR8 A;  1Q81 O;  3HZ6 A;  3I56 N;  3TAB A;  3LP0 A;  3TTC A;  2D0P A;  3CQ8 A;  3UKU B;  4E7J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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