3LDNA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in apo form
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldnA04
3IMXA 4A2AA 2P9KA 3VERA 4EFHA 2VWBA 3A5LC 3O80A 5AQPA 3LDLA 2IVPA 5AFUA 1QQNA 2ZGYA 3CJCA 3KZBA 2BUPA 2W41A 4BR5A 5KPRA 3ENOA 1MDUB 2E8AA 3KHYA 3BUZB 4CD1A 4JD2A 2NLXA 1JCGA 4O5FA 1ATRA 1DGKN 5FPEA 2QWPA 3FZLA 3A8YA 3I8BA 3QBWA 3WEEA 2NZTA 1ESVA 2ITMA 3SMSA 3VF2A 3VEZA 2E2NA 1JCEA 1EQYA 1WUAA 2P9PA 3W3DA 5AQUA 2KHOA 5AQTA 1U2VB 5F0XA 1QQOA 1LOTB 2CGJA 5BREA 3D2FB 4PKHA 3F9MA 2ASOA 3A0IX 1SAZA 3VEOA 4DHYA 2PBDA 3D7EO 3MCPA 1SQKA 1Y64A 2FXUA 4CZGA 5AQGA 5JLHA 4YDUC 3A5MC 1BG3A 3ZEUA 3ATVA 1TUUA 1X9JA 3LDOA 1GLDG 5ELZA 1G99A 3EO3A 3WQUA 2YI1A 1GLBG 1HKBA 4K42A 4FWQA 5AQIA 5AZJA 4MLEA 3VEYA 3RSEA 4BC3A 3ZX3A 4NO7A 2NRHA 5E26A 3UKRB 3U4LA 1HX1A 3LDNA 5ADXA 3KVGA 3AARA 1NGEA 4BQLA 3LL3A 4RTFD 3SK3A 1NGJA 3DXKA 4A2BA 2I7NA 3EKSA 3MN5A 2QW9A 4JNEA 3QFUA 2GTDA 3CQXA 5AZJB 4A61A 3RSEB 4H0TB 2FF6A 4BRHA 5AZIB 2BTFA 2YHWA 1BU6O 3VGKA 2P9SA 5LJVA 3FGUA 2ASPA 3M1FA 4BG9A 1Z05A 3VESA 2V7ZA 2CGKA 1X3NA 1KAZA 5FPMA 1QZ5A 4K41A 4BRKA 1X3MA 3ZX2A 5AQFA 1T6CA 2D1KA 3U9ZA 2ASMA 1C0FA 1NWKA 3VEVA 3AAPA 4H03B 3S41A 3SJHA 3WXJA 4JN4A 1T6DA 1BA0A 3UKUA 4E1JA 4F9OA 2Q1NA 2V52B 4WQ4C 2GWJA 3LM2A 1GLLO 3HM8A 4BGAA 4BRQA 3BP8A 1NGCA 1RDWX 4B1UB 4FWPA 3M6GA 1JCFA 3L6QA 3DJCA 3DWLA 3L0QA 3VETA 2H3GX 1E4FT 1E4GT 4CI6A 4IXCA 1NGFA 3VGMA 4CZIA 3CQYA 3MN9A 5BRDA 4BR0A 5AQMA 5B8HA 4QS8A 4BVPA 3EN9A 4IWVA 3EL2A 4AM7A 4QS7A 1CZAN 4KBOA 5AQJA 3O5BA 4PL7A 3GBTA 3A5OC 5BRFA 1V4SA 3CETA 4FWKA 3ZETA 2P9NB 3H46O 4AM6A 2A3ZA 2QWRA 1HLUA 1U2VA 3H45C 4XEIA 4XH1A 1QHAA 2AA4A 2UYTA 5F1XA 3D2FA 3FR0A 4WYBA 5KPTA 3JXUA 1TYQB 4K25A 2HOEA 4BGBA 4EAHD 3CIPA 4M7YA 3LDQA 3HZ6A 4J8FA 3ZETB 4H0VB 2FSNA 3B8AX 4Z94A 4M63C 5JLFA 3M3ZA 4DQ8A 1K8KB 2IVNA 3BF1A 2A40A 3VEWA 3CJBA 3FLCO 2YJEA 5E84A 4XH5A 1YUWA 3UKRA 2D0OA 3ZX0A 1J6ZA 4BRNA 2CGLA 2P9IB 4FWRA 4BC5A 3WQTA 3SLCA 3H1VX 4BG8A 1OKJA 2WUSA 5AFUH 4H5VA 3JS6A 4GY2B 1V4TA 4B1XB 3D2EB 4H0OA 2HF4A 2ZWHA 5AQOA 5AZIA 3DXMB 1S22A 3BEXA 4WQ5C 4LC9B 2ZGZA 4BRLA 5JMVA 3H3NO 4IZ9A 3EZWA 3DAWA 1ZBSA 3O1WA 3UE5A 5EXWA 1BA1A 4H5NA 5LJWA 1BO5O 4BR4A 4BQZA 3IUCA 5EOYA 1KXPA 3UB5A 3VF4A 4O8KA 3SMPA 3U8XA 5EY4A 2YHYA 3MMVA 5KPZA 1XQSC 2PAVA 1NMDA 3HSCA 5FPNA 1BDGA 3VEXA 2QWQA 2YJFA 2E2OA 4EHUA 5BPLA 3CJ7A 4H0XB 2CH5A 4BR9A 4BREA 4CZHA 4BRGA 2CH6A 4FOIA 5AQZA 1ZXOA 1C0GA 4IJAA 2Q2RA 1HJOA 2A42A 3GDQA 4JHDA 1NBWA 3G25A 4CJ7A 5I9EB 4B1VA 5BPNA 4FL9A 4A62A 4BRCA 5KQDA 2F9WA 2YHXA 2EWSA 4B1YB 5AQNA 4BRFA 3QFPA 1XUPO 1MWKA 4H5RA 1ATNA 2QWLA 3O1BA 4CZLA 1QQMA 4YDUA 3C7NB 5ADXH 2V51B 3QMLA 1R59O 4JHDB 2FF3B 1GLAG 2ZF5O 1BWFO 5AQRA 3WXLA 3FE1A 2FLOA 2F9TA 1IG8A 4H5TA 2E2PA 3VPZA 4CZFA 3FFKB 3HTVA 4NB4A 1RGIA 3ID8A 4FWMA 2J4RA 4M7XA 4I6MB 1HKGA 2IVOA 4CZEA 2P9NA 3H3OB 5AR0A 3U9DA 1NGBA 4QS9A 4CZJA 4FWNA 4BC2A 1HUXA 1TYQA 4H0PA 3ULEB 3CERA 3EKUA 2YCHA 1XC3A 3LDPA 2P9LB 5BPMA 5EX5A 3HI0A 3BF3A 4RWTA 2P9UB 3QB0A 1Q18A 1K8KA 4CBWA 2QWOA 4CBUA 3FZMA 3GL1A 1ZC6A 2Q31A 1H1VA 1RFQA 2E1YA 4FO0A 1TUYA 3WXKA 4B1ZA 1GLEG 4CD3A 4K43A 4BRMA 4H5WA 2P9IA 1D4XA 3LM9A 3FZKA 4MO4A 4GNIA 4PKIA 2P9KB 3MN6A 3TPQA 3CJAA 3D2EA 4ISFA 4BR2A 4CBXA 3WUHA 4CZMA 1DKGD 5FPDA 4WQ4A 2I7PA 1YXQA 5BN9A 2A41A 3FZFA 4ISGA 1HKCA 2AP1A 1BUPA 3DXMA 3MK6A 4JAXA 5F2RA 4MO5A 3O8MA 2GUPA 3MN7A 3R6MA 3O4WA 4L3QA 3GE1A 3WT0A 4ISEA 4JD2B 3R8EA 5LY3A 2QWMA 5EVZA 4BRAA 5AQKA 2Q97A 3CI5A 2W40A 3H6EA 5AQWA 3WEEB 2Q0UA 3HBTA 4BRPA 2FSJA 2D0PA 3MDQA 5TKYA 3H1QA 3GOIA 3QDKA 4BRDA 1NGHA 2P9PB 3GG4A 4BVOA 1WOQA 2OANA 3CJ1A 1MWMA 5AQQA 1YAGA 2E88A 3CJ9A 3VOVA 1IJJA 2Q36A 4B1WB 4BC4A 5AQXA 3R9PA 3AY9A 4HWIA 2QWNA 1T44A 4B9QA 4FOEA 3O08A 1NGAA 4EIAA 2GWKA 1NGDA 3WXIA 4EHTA 2QXLA 4FWOA 4RCHA 3ZEUB 1GLCG 2V7YA 2GEMA 3TU5A 3VF6A 2A6AA 4DCHA 1P8ZA 2HMPA 2IIRA 1GLJO 1NLVA 1DEJA 3CHWA 2FSKA 1QZ6A 5AQVA 3AAQA 4CZKA 4FPAA 1BOTO 3C7NA 5CE3A 3OHRA 1KAYA 3J8AA 4FPBA 2E20A 5KQ8A 1MA9B 5AQHA 1LCUA 1U6ZA 2E1ZA 1NGIA 1S3XA 4BR7A 5JICA 5AQYA 1YVNA 3DXKB 3QICA 5BN8A 3IFRA 1SZ2A 4FWLA 1HPMA 4XH4A 4MLHA 4PL8A 3ATUA 3C0BA 4H0YB 3P4IA 4I6MA 3W0LA 2D4WA 2A5XA 2P9SB 1Z6RA 3FZHA 1KAXA 4C23A 1NGGA 2DPNA 2VCPA 2HF3A 3L4IA 3O6WA 2VYPA 1GLFO 3ULEA 4Y0WA 2GELA 4WQ5A 2E2QA 3I33A 4FSVA 4HTLA 2P9LA 1NM1A 2Q0RA 2P9UA 5BR9A 3IDHA 2QM1A 3VGLA 4FWSA 3UKUB 3ENHA 3QBXA 4BROA 5BRHA 4DB3A 4PKGA 4BRIA 3A5NC 4IO8A 5AQLA 3VENA 5AQSA 1ATSA 4IJNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QA4N 2P9KA 4EFHA 3O9SA 2VWBA 4DTJA 5AFUA 3MX5A 4DV6K 3MEDA 2BUPA 5KPRA 4CERA 1MDUB 1W9HA 4FXDA 1F21A 3ZT3A 4RW6A 2ITGA 1U04A 3RMCA 2UUAK 4IBNA 4JD2A 4LFCK 2NLXA 1I2UA 1JCGA 4WFAL 4QAGA 3I8BA 3QBWA 3TTCA 1ESVA 4FK0A 1WMTA 1WSGA 3VEZA 2E2NA 3ULDA 1TK5A 4EP4A 1JCEA 1EQYA 1VQMN 1DJTA 4C8MA 3W3DA 4IFYA 4G9ZA 2KHOA 5AQTA 1LOTB 1QQOA 4CF9A 3NH1A 3F9MA 5M1QA 2ASOA 3DLRA 4IFVA 2LJMA 4CEAA 3D7EO 4JI4K 4LFBK 3MWPA 2O4GA 2FXUA 3LP2A 4OPHA 5AQGA 4YDUC 2HVHA 4JV5K 1BQMA 3ATVA 1S1VA 1X9JA 1GLDG 2QKBA 3EO3A 1IBKK 4M3ZA 1S9GA 4LD0A 4K42A 3CG7A 4MLEA 3ZX3A 2NRHA 2QTDA 1TAUA 2X6NA 5ADXA 3KVGA 1UWBA 3QEIA 3HSTB 4I2PA 2I7NA 2QW9A 4A61A 3CQXA 3F9KA 3RSEB 4CF2A 2OTJN 3PLAA 4W5OA 4NLCA 5AZIB 1CZ9A 4Z4HA 1VSEA 1RDUA 2ASPA 3M1FA 1X3NA 2IOCA 3VQ4A 4BRKA 1YITN 2ASMA 1C0FA 2EHGA 1NWKA 3ZSYA 4JKEA 3OY9A 3VA3A 2QI2A 3AO2A 4KAZA 4JN4A 1FH3A 4RW8A 1BA0A 1QS4A 4YOXA 1SS6A 4F9OA 4GV3A 2Q1NA 2G8UA 1JLGA 1NRBA 2W42A 2QXFA 3NF8A 4FJIA 5GAEP 1RBRA 1GLLO 4I2QA 3HM8A 1WSEA 1RBVA 3PUFA 1RDWX 1YI2N 2LT8A 4DFMA 1JCFA 4U67L 4RW7A 1SKWA 1NRAA 2UXCK 1C55A 4Y1CA 3CC2N 3OS0A 3FFIA 4YOVA 3VGMA 4CZIA 4AEIA 5BRDA 2NUBA 3QIPA 3IG1A 4V19S 4NXMK 5T7BA 4W5RA 4QS8A 1AHOA 1WSFA 4E7LA 5CZ2A 4KHQA 3O5BA 4KHSA 4PL7A 1B9FA 3ZSWA 5BRFA 2W00A 3DLGA 1VSHA 5KGWA 1XRSB 4CIGA 3H46O 1SUQA 5KI6A 1U2VA 4DQRA 2AA4A 4UADE 5F1XA 4LF4K 5GIPA 1N33K 3EY1A 3VQEA 3JXUA 3CIPA 3HVTA 4DWIA 4I9QA 4CJLA 4DSLA 4FLVA 1DTQA 4J8FA 4AHRA 2C1IA 2XY7A 1QSLA 2FSNA 4JI2K 1ZBIA 4WFBL 5JLFA 2HBLA 1ZBFA 3C6AA 3CPEA 3BF1A 4FJNA 4MQ3A 1VQLN 1HR0K 3OS2A 3ZT0A 3DRPA 2B3CA 3UKRA 3ZX0A 3V9WA 4BC5A 4FWRA 2N69A 3WQTA 4CJ4A 3R3LA 1HQUA 5J2PA 4J2DA 5AFUH 2YHAA 3JS6A 1EKEA 1V4TA 2LSNA 4B1XB 4FLYA 4FCYA 2HF4A 3MWTA 1I94K 1YT3A 3L2WA 1GPTA 3DXMB 2MBKA 3R1XA 1ASUA 4WQ5C 3TSUA 4BRLA 4PWDA 1KRPA 2B6AA 3AGRA 3DAWA 3HP6A 3PX0A 1BA1A 4H5NA 3MCAB 2I5JA 4BQZA 3HXMA 1DTTA 4J2EA 1KXPA 1D9DA 4DU4A 3NF9A 3MMVA 3Q7BA 1CZBA 1FJGK 2PAVA 1NMDA 4C8NA 3KK3A 3P31A 4E7HA 4JI1K 2OZSA 3F2KA 1Y97A 3CJ7A 4YY3K 1B3CA 2CH5A 3KWIA 2VWKA 1JKZA 3ZSXA 1P00A 3OTOK 1HYSA 1I3AA 2E5LK 1C0GA 4LF7K 5HRNA 4CK3A 2HHTA 3GDQA 3T7ZA 4BEBA 3CCLN 3VQ8A 4DLGA 2HMIA 3MEEA 5KQDA 2F9WA 1QSSA 3THWB 4BRFA 3TAPA 4W5NA 1XUPO 4GMJB 5DK5A 2QWLA 2LY6A 3AA5X 4CJQA 5ADXH 1R59O 4E7KA 2P5GA 4BE0A 2UXDK 1Z25A 3NBPA 1Q7YO 1ZYQA 3SQ2A 1XHXA 1IG8A 2E2PA 4CZFA 1L3VA 3NCIA 1IO2A 3KOZA 4NB4A 3C94A 3KIOA 1TL3A 4I6MB 1BRZA 1U48A 3LPUA 3THXB 4N41A 2P9NA 4OX9K 4X65K 4N47A 1Q9XA 3SUOA 4FWNA 4BC2A 4H0PA 3AA2A 3SYZA 4CJWA 1P90A 3EKUA 3QIOA 1YJWN 2RF2A 3MEGA 3QNNA 1L3UA 3KP0A 2P9UB 5C24A 4DSFA 4CHYA 4B08A 2QWOA 3EYZA 3FZMA 2QK9A 2Q31A 4FJ7A 1J5EK 2E3FA 3O9UA 3E7RL 4CD3A 1IKXA 2P9IA 1SL1A 3DMJA 1C6VA 4MO4A 4PKIA 2LN8A 1RDCA 4CBXA 3KLIA 4JLHA 1NNEA 3HM9A 4WQ4A 4CVNE 4JKGB 2X74A 2A41A 3FZFA 2UUBK 3CF5L 2KYQA 2AP1A 3MK6A 4M42A 3T1YK 4MO5A 3R6MA 3O4WA 4GW6A 3WT0A 5C12A 5C2DA 5HROA 3R8EA 1BL3A 5LY3A 2QWMA 2OA8A 3NVKA 4GV6A 2KPYA 3M8SA 2Q97A 3CI5A 3RMBA 3O3FA 1OH5A 3WEEB 1VQ4N 2Q0UA 3HBTA 2FBXA 2FSJA 3LAKA 3MDQA 3OYEA 2O8FA 3KKSA 5KTQA 1JLEA 5TKYA 3H1QA 3GOIA 4H8KA 1T7PA 2PYLA 4KHPK 3AO3A 5SZTA 1WOQA 2UU9K 1YAGA 2E88A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QA4 N;  2P9K A;  4EFH A;  3O9S A;  2VWB A;  4DTJ A;  5AFU A;  3MX5 A;  4DV6 K;  3MED A;  2BUP A;  5KPR A;  4CER A;  1MDU B;  1W9H A;  4FXD A;  1F21 A;  3ZT3 A;  4RW6 A;  2ITG A;  1U04 A;  3RMC A;  2UUA K;  4IBN A;  4JD2 A;  4LFC K;  2NLX A;  1I2U A;  1JCG A;  4WFA L;  4QAG A;  3I8B A;  3QBW A;  3TTC A;  1ESV A;  4FK0 A;  1WMT A;  1WSG A;  3VEZ A;  2E2N A;  3ULD A;  1TK5 A;  4EP4 A;  1JCE A;  1EQY A;  1VQM N;  1DJT A;  4C8M A;  3W3D A;  4IFY A;  4G9Z A;  2KHO A;  5AQT A;  1LOT B;  1QQO A;  4CF9 A;  3NH1 A;  3F9M A;  5M1Q A;  2ASO A;  3DLR A;  4IFV A;  2LJM A;  4CEA A;  3D7E O;  4JI4 K;  4LFB K;  3MWP A;  2O4G A;  2FXU A;  3LP2 A;  4OPH A;  5AQG A;  4YDU C;  2HVH A;  4JV5 K;  1BQM A;  3ATV A;  1S1V A;  1X9J A;  1GLD G;  2QKB A;  3EO3 A;  1IBK K;  4M3Z A;  1S9G A;  4LD0 A;  4K42 A;  3CG7 A;  4MLE A;  3ZX3 A;  2NRH A;  2QTD A;  1TAU A;  2X6N A;  5ADX A;  3KVG A;  1UWB A;  3QEI A;  3HST B;  4I2P A;  2I7N A;  2QW9 A;  4A61 A;  3CQX A;  3F9K A;  3RSE B;  4CF2 A;  2OTJ N;  3PLA A;  4W5O A;  4NLC A; 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