3LDNA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in apo form
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldnA04
1KAYA 2CH6A 3MN5A 5ADXA 4BRIA 3BF3A 1TYQA 3FZKA 1X3NA 5AQTA 2Q0RA 3LDPA 2D1KA 3UKRA 5ELZA 5AQKA 4FWPA 4H0VB 4JHDB 5AR0A 1XUPO 3CJ1A 4BGAA 4CJ7A 2AP1A 4FWOA 4BGBA 4YDUA 4KBOA 5EXWA 1RFQA 3L4IA 2J4RA 3KZBA 3M6GA 4J8FA 3WEEB 3I8BA 4BR4A 1CZAN 4BRFA 1YAGA 1BO5O 2E2PA 4A2BA 2ZGZA 5KPTA 1GLEG 1YUWA 4PKHA 4CI6A 2GTDA 4BRHA 3QFUA 5AQSA 3GOIA 1JCFA 4O5FA 4FWRA 4MLEA 4C23A 1H1VA 4ISFA 3VESA 1NGEA 4AM7A 1NGJA 1Y64A 4BRNA 5KQDA 3H46O 5AQRA 5ADXH 4BR9A 3WXKA 3EZWA 3IDHA 5FPEA 4WYBA 2FLOA 3L0QA 4BRKA 3D2EA 3FZLA 3LDOA 4XH5A 1HKGA 2QM1A 4JD2B 2BUPA 2QWLA 2E8AA 2CH5A 4CD1A 1TYQB 1G99A 5B8HA 4QS8A 2H3GX 3ZETB 3MMVA 1HPMA 4WQ4A 4DHYA 5JICA 4LC9B 3WT0A 4H5TA 3BEXA 3VEYA 3ZX3A 3BP8A 1IG8A 4BC4A 1U6ZA 1SZ2A 3ENHA 2P9NA 3DXKA 3FZMA 1S22A 1JCEA 3UKUB 3IMXA 3C0BA 2ZGYA 3U9ZA 4CZGA 1ATSA 3H1QA 3UE5A 3VGLA 2EWSA 4WQ5C 4BRDA 2UYTA 3GG4A 3TPQA 4B1VA 2GWJA 4JAXA 4PL8A 2IVOA 4BC3A 2ASPA 2KHOA 1X9JA 2ASMA 3MN7A 4AM6A 1D4XA 1DKGD 4PKGA 1NLVA 4A62A 5EVZA 5LY3A 5AFUH 5AQPA 4CZHA 4MLHA 1GLFO 3CJCA 3WEEA 1RGIA 2VWBA 2QWMA 3DWLA 4MO5A 1Z6RA 2Q97A 4JNEA 4M7YA 3VGKA 4BR2A 5BR9A 1OKJA 4IZ9A 3A5LC 1T6DA 2V7ZA 2CGLA 2ASOA 1QHAA 3VPZA 4CZKA 1Q18A 2GELA 2W41A 1KAZA 3VOVA 4E1JA 4I6MB 3ZETA 2V52B 2Q31A 3KHYA 4WQ4C 3W3DA 4CZIA 3A0IX 3O8MA 2D0OA 4FOIA 5KPZA 1EQYA 2E88A 2YHYA 3EO3A 4QS9A 4A2AA 4BVPA 2NZTA 4FPBA 3GE1A 4B1ZA 2HOEA 4XEIA 4BG9A 2BTFA 4I6MA 1MWKA 3CJBA 3P4IA 1GLAG 3GDQA 1V4SA 4DB3A 4ISGA 3I33A 2E2NA 5BPLA 1ATRA 4H5NA 3ULEB 4IWVA 4IJAA 2V7YA 3ZX0A 2FSKA 4BQZA 5CE3A 5AQFA 1U2VA 4BRMA 1QZ5A 4B1UB 4BG8A 5BRDA 4M63C 5AZIB 3LM2A 4B1WB 1GLDG 4FWQA 3C7NA 5AQUA 1S3XA 3HSCA 4PKIA 1QZ6A 4EHUA 3VEVA 4FWMA 4ISEA 1E4FT 3HI0A 2F9TA 3U4LA 1QQNA 4GY2B 4PL7A 2IVPA 3QBXA 2V51B 2FXUA 1QQMA 2QWPA 2CGJA 5E26A 1SAZA 3J8AA 3MK6A 3FGUA 2P9UB 3FFKB 2D4WA 3HBTA 4BC5A 2QWRA 3O5BA 4H0OA 2VCPA 3MCPA 1SQKA 4H03B 2E2QA 1NGBA 3QFPA 2PBDA 2YJEA 5F2RA 2A40A 3ZEUB 5AQLA 2Q36A 5BPNA 3ENOA 5AZJB 3VEZA 3WUHA 5AQYA 4BRGA 1K8KB 1WOQA 2CGKA 3DXMA 4HWIA 3EN9A 5F1XA 2QWQA 4K43A 5AQOA 5JLFA 4WQ5A 3G25A 1NMDA 3O80A 3C7NB 4CZEA 4EIAA 3AY9A 2P9NB 2YI1A 3A5NC 3A5OC 4F9OA 5I9EB 4IXCA 5AQWA 1NWKA 3AAPA 1U2VB 5AQXA 2FF6A 2GEMA 3S41A 4H5VA 5AQNA 4BQLA 4FWNA 1HX1A 4JN4A 1ZC6A 4FO0A 1K8KA 4H0XB 3BF1A 2P9IA 2YCHA 4H0YB 2ZWHA 3QICA 4H0PA 5KQ8A 1NGDA 5EOYA 4H5WA 3TU5A 2YHXA 4CD3A 4O8KA 1DGKN 2P9UA 3GL1A 2FSNA 4CBUA 3M3ZA 3DXMB 4B1YB 1BOTO 4H0TB 4HTLA 3CETA 1YXQA 3VF4A 2P9PA 3H3OB 3O1WA 3A8YA 5AQIA 4BRAA 2A42A 3SK3A 4BR0A 3VENA 5AQQA 3QMLA 4FL9A 3O1BA 5BREA 1NM1A 4RTFD 4RWTA 3EKUA 3ZEUA 2A6AA 3VF6A 1NGCA 3AARA 2F9WA 2P9LA 2GWKA 1BU6O 2Q0UA 3M1FA 3FR0A 2W40A 3KVGA 1HKBA 1QQOA 2IVNA 2I7PA 2FSJA 1BA1A 5FPNA 3BUZB 4B9QA 2A3ZA 4CBWA 5LJWA 1NGFA 5AZJA 3CJAA 1NGAA 5E84A 3H6EA 1R59O 2GUPA 2P9IB 5F0XA 4XH4A 1X3MA 3CJ9A 3SMSA 2QWNA 5EY4A 2ITMA 3RSEB 1NGGA 4BRCA 3FE1A 4FPAA 4QS7A 5BRHA 1LCUA 3H45C 5JLHA 4BR7A 2QW9A 3CHWA 3W0LA 1BUPA 4EHTA 3OHRA 3FZFA 3LDNA 4EAHD 2E2OA 1MA9B 3LL3A 3D2FA 5AQVA 4B1XB 3CERA 1ZBSA 3D7EO 3A5MC 1NBWA 3CIPA 5AFUA 4FSVA 4CBXA 3MN6A 1YVNA 3EL2A 3LDLA 1J6ZA 3O4WA 4NO7A 2QWOA 5AQGA 2Q1NA 3CQYA 1KAXA 2A41A 2E1ZA 3LM9A 4Y0WA 4A61A 1GLJO 1HUXA 3F9MA 4FWLA 3ULEA 2I7NA 1NGIA 1RDWX 4NB4A 3EKSA 4BR5A 4CZMA 3QDKA 3IFRA 4IJNA 3VEWA 3HZ6A 5AZIA 3U9DA 1GLCG 3ATVA 2P9PB 4CZLA 2YJFA 1DEJA 2IIRA 5AQHA 1BDGA 2DPNA 3MDQA 3CI5A 2FF3B 3O6WA 3FLCO 2P9SA 1C0FA 1T44A 5BN9A 1V4TA 4M7XA 4CZJA 3UB5A 4BRQA 3U8XA 4CZFA 2PAVA 3L6QA 1HLUA 4YDUC 1MDUB 4BVOA 1ZXOA 3UKUA 4BREA 4BROA 3AAQA 4FWSA 1IJJA 1HKCA 5AQMA 2P9KA 3FZHA 3H3NO 5FPMA 2YHWA 5AQJA 3DJCA 3MN9A 2E1YA 3R8EA 5AQZA 3D2FB 2HMPA 3UKRB 1BA0A 1JCGA 5TKYA 3RSEA 4K42A 2A5XA 1XQSC 3WQTA 3WXIA 2WUSA 2P9KB 4BRPA 3H1VX 1BWFO 3ATUA 2P9SB 2AA4A 2VYPA 3LDQA 3VETA 2HF4A 4L3QA 5JMVA 1KXPA 3JS6A 3R6MA 4DQ8A 1P8ZA 1NGHA 3WXJA 5FPDA 4GNIA 3WXLA 4BRLA 2QXLA 3SJHA 5KPRA 1HJOA 4EFHA 2NLXA 4K25A 3VERA 4H5RA 2HF3A 4XH1A 4MO4A 5BN8A 5BPMA 3DAWA 4RCHA 3VGMA 3ID8A 3D2EB 4JHDA 4FOEA 3R9PA 1MWMA 1GLLO 1XC3A 1TUUA 1ESVA 3ZX2A 1T6CA 1Z05A 2Q2RA 3HM8A 3IUCA 1BG3A 1GLBG 3CQXA 2OANA 3QBWA 3JXUA 1TUYA 4BC2A 4IO8A 5BRFA 4DCHA 2P9LB 3VF2A 3GBTA 2D0PA 1LOTB 5LJVA 5EX5A 3VEXA 1E4GT 2NRHA 3O08A 3SMPA 4JD2A 2E20A 3DXKB 3WQUA 4Z94A 3B8AX 3QB0A 4FWKA 3SLCA 3HTVA 3VEOA 1WUAA 2ZF5O 1C0GA 3CJ7A 4K41A 1ATNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LD0A 5M1KA 5ADXA 4AB0A 3VA3A 5M1NA 4JI7K 4WF9L 2B3CA 5ELZA 4CIFA 4OKJA 1K6YA 4IDKA 4QCLA 2KJAA 4CJ7A 1ZBLA 2HHXA 2QTDA 4FWOA 4CJQA 4FJIA 3L4IA 4CF8A 3TANA 5C2DA 3SJJA 3HSTB 4BRFA 1WSIA 3CCSN 2E2PA 5C10A 2KW4A 3HXMA 4NXNK 3QFUA 1O13A 1NRAA 3IRXA 5AQSA 4C1NK 1K8BA 4OKKA 1WSGA 1JCFA 3VESA 4E7LA 3M8RA 4W5NA 2N2RA 5IT9O 1U49A 2W00A 3WXKA 3EZWA 3L0QA 3LAKA 1U47A 3FZLA 4CEQA 3AA3A 4EZ9A 3O9UA 4UAEF 4JD2B 1ZBIA 2O4GA 2BUPA 4X64K 1Q86O 5GIOA 2HVIA 2DFEA 4CD1A 4B8AB 1TYQB 3TR8A 4N5SA 3SF4D 3MMVA 4KH4A 4J2AA 3B6PA 2YHBA 3P39A 3WT0A 3BEXA 3ZX3A 3VEYA 1ASUA 3HRGA 1IG8A 1OVQA 4BC4A 3E7UX 1QSYA 3FZMA 1JCEA 2ETJA 3QNNA 5HLFA 2ZGYA 1ATSA 2YX6A 4C1NI 1TKTA 3MEGA 4WQ5C 2W6KA 1SV5A 4O55A 3GG4A 1N34K 2VQEK 5C0YA 5A2QO 4B9NA 2GWJA 3PLAA 4PL8A 4B9UA 3I8DA 2ASPA 2KHOA 3KP1A 1NK7A 2XY6A 4H8KA 4ICLA 1D4XA 1DKGD 5AQPA 1J53A 4MLHA 4FZZA 1T7BA 5I3UA 2X74A 1DT9A 4AHRA 4RW4A 4JNEA 3VQEA 4BR2A 1RBRA 1OKJA 4FLYA 1YJNN 3LZIA 2V7ZA 4V19S 5KRSA 5C42A 1S1UA 3VOVA 4E1JA 3ENBA 3TTCA 1HYZA 4CF1A 3W3DA 4CFBA 3MCAB 3MXIA 4FOIA 4OVLA 2YHYA 3N4QA 2B4JA 4KREA 4MDAA 2NZTA 1BCMA 4XEIA 4UQGA 3T1HK 4YOXA 4Z4GA 4JS5A 4ISGA 3I33A 3T19A 3I0SA 4KV8A 2HHQA 3DLRA 4HUFA 3CCEN 4W5QA 3G10A 3U3YA 1JXEA 4IJAA 1MU2A 1LW2A 1U2VA 4F4KA 2O8FA 4K8ZA 1QZ5A 1WLJA 4DU1A 1TK8A 1GLDG 4DV4K 3C7NA 5CZ2A 3SI6A 1EETA 3HSCA 4B9TA 4DTMA 4PWDA 2W6LA 2MZ0A 4FWMA 5GAEP 4J2EA 1N6QA 3CPEA 4KTWA 3KD5E 5HBMA 1HQUA 4B3SK 2WONA 3K9JA 4IKFA 3VQPA 1NJYA 1FKPA 4C8MA 2D4WA 1P00A 4BC5A 2QWRA 4H0OA 3A2FA 4CJ3A 1SQKA 4H03B 4RW8A 4IO9L 3CW4A 5F2RA 2QXFA 3ENOA 2NY9X 3IG1A 3VEZA 2VWJA 2OTLN 1XI1A 1JXBA 1WOQA 3DXMA 2QWQA 5AQOA 5C24A 3RMCA 4DG1A 1MYNA 3P5JA 2P9NB 4CESA 3RMBA 3NAEA 3A5NC 4DFJA 4F9OA 4FLUA 3CCMN 5AQWA 4CCHA 3VQ7A 3KOZA 4H5VA 3QO9A 1CLQA 4CHPA 2JDQD 3VQBA 2Y1JA 4MDBA 1K8KA 4FJHA 1E3MA 4FVUA 1EKEA 5HRPA 1C0UA 3TSUA 4CJUA 3TU5A 3LZJA 4CD3A 2HBJA 4BECA 4O8UA 2FSNA 3HPGA 1RT5A 1TKZA 3L56A 2Z1HA 4HTLA 2LN8A 3H3OB 3O1WA 1LQQA 4CEDA 3OW2M 3A8YA 5AQIA 2YKMA 1GPTA 4JI1K 4CHNA 3KLIA 1QS4A 2Z1JA 3VENA 4AHCA 3SPYA 1S5JA 4FL9A 4DF4A 3CMEN 4DSJA 4RTFD 4FJGA 4B3OA 2F9WA 3K5MA 4DSIA 5LMUK 2LKBA 1IG9A 3FR0A 2W40A 4NXMK 4GV6A 1S9EA 3K9KA 4NCBA 4JKAA 2IVNA 4KFBA 4ID5A 3SZ2A 2FSJA 4GVMA 5FPNA 3J81O 1YJWN 3HK2A 1N33K 4B9QA 3C6TA 1Z26A 5KTQA 3CJAA 1NGAA 2GUPA 2UXBK 3E1YA 1J9AA 5F0XA 1UAXA 4YFUA 4LY7A 3SMSA 3ZSZA 2QWNA 3PX6A 3KC6A 1NGGA 5KGWA 4Z4EA 2ATQA 4LF6K 1LCUA 4IDHA 3OYEA 3C95A 4KH5A 1BUPA 3PX4A 4W5RA 1MA9B 3AO1A 2F4VK 3NGYA 5AQVA 4B1XB 3E9OA 1ZBSA 5SZTA 3A5MC 1N8RO 5AFUA 4E0DA 3MN6A 2E3GA 3QETA 4KTZA 1T7EA 3LDLA 1SS6A 4NO7A 2PFUA 3CQYA 3VQAA 4CK3A 3CC4N 3ZSYA 3DRSA 3HOTA 1NKCA 4DTOA 2AJQA 1VSJA 1VRTA 2I7NA 1RDWX 4CZMA 4CERA 4Z4FA 2DTUA 5AZIA 3AVFA 3MAQA 1GLCG 1VAZA 3ATVA 2P9PB 2YJFA 3MEDA 3DLLL 1RTJA 3V1QA 5I42A 2P9SA 1PE4A 1NKBA 1T44A 1VSIA 1ITGA 3VTIA 5BN9A 1JL2A 3BZKA 2HHVA 2LR3A 2DFFA 3NH0A 4CQKA 4BY9C 3PSFA 3TI0A 3L2QA 1Q9XA 1RBUA 4JKFA 4CFDA 1X9WA 1KFSA 2M8BB 4CZFA 1HLUA 1VQNN 1MDUB 4GV3A 4XIUA 4DTUA 1ZXOA 4WE1A 4XJXA 3SYZA 2KLAA 4FWSA 2HB5A 4OJRA 2A1RA 1VNAA 1OMYA 1VHXA 3ALYA 4JK7A 4HHFA 4Z0UA 4CE9A 3T3FA 2WC9A 4DS5A 5KGXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LD0 A;  5M1K A;  5ADX A;  4AB0 A;  3VA3 A;  5M1N A;  4JI7 K;  4WF9 L;  2B3C A;  5ELZ A;  4CIF A;  4OKJ A;  1K6Y A;  4IDK A;  4QCL A;  2KJA A;  4CJ7 A;  1ZBL A;  2HHX A;  2QTD A;  4FWO A;  4CJQ A;  4FJI A;  3L4I A;  4CF8 A;  3TAN A;  5C2D A;  3SJJ A;  3HST B;  4BRF A;  1WSI A;  3CCS N;  2E2P A;  5C10 A;  2KW4 A;  3HXM A;  4NXN K;  3QFU A;  1O13 A;  1NRA A;  3IRX A;  5AQS A;  4C1N K;  1K8B A;  4OKK A;  1WSG A;  1JCF A;  3VES A;  4E7L A;  3M8R A;  4W5N A;  2N2R A;  5IT9 O;  1U49 A;  2W00 A;  3WXK A;  3EZW A;  3L0Q A;  3LAK A;  1U47 A;  3FZL A;  4CEQ A;  3AA3 A;  4EZ9 A;  3O9U A;  4UAE F;  4JD2 B;  1ZBI A;  2O4G A;  2BUP A;  4X64 K;  1Q86 O;  5GIO A;  2HVI A;  2DFE A;  4CD1 A;  4B8A B;  1TYQ B;  3TR8 A;  4N5S A;  3SF4 D;  3MMV A;  4KH4 A;  4J2A A;  3B6P A;  2YHB A;  3P39 A;  3WT0 A;  3BEX A;  3ZX3 A;  3VEY A;  1ASU A;  3HRG A;  1IG8 A;  1OVQ A;  4BC4 A;  3E7U X;  1QSY A;  3FZM A;  1JCE A;  2ETJ A;  3QNN A;  5HLF A;  2ZGY A;  1ATS A;  2YX6 A;  4C1N I;  1TKT A;  3MEG A;  4WQ5 C;  2W6K A;  1SV5 A; 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