3LDNA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in apo form
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
b'DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldnA04
2CH6A 3GBTA 2FSKA 2ASPA 4MLEA 4PKGA 2PBDA 3VEOA 3GDQA 2P9SB 3G25A 1GLCG 1QHAA 2P9PA 5AQMA 4RCHA 3DXKA 5AQWA 5AQHA 3SMSA 1RDWX 3O5BA 1XUPO 4BRDA 3H1VX 4A2BA 1X3NA 3WXKA 3U4LA 5AZIB 4IJAA 2A40A 3F9MA 2V7YA 3M1FA 4BR7A 4BR0A 2ASMA 4B1XB 3GE1A 4M7YA 2FF3B 4BRNA 2P9LB 3O1BA 5AQGA 4K25A 4I6MA 4YDUA 4MLHA 2P9KA 4PKHA 4PL8A 1BU6O 4CBUA 4BRFA 4BG9A 3KHYA 5EVZA 3IUCA 4WQ4C 3IFRA 4FPAA 3VESA 1V4TA 2GWKA 3LDPA 3A5OC 2P9UB 1DKGD 1ZXOA 5KPTA 2GUPA 3WXIA 3TPQA 4BGAA 5JLFA 3VF4A 3B8AX 1MWKA 3QICA 4FWNA 4A61A 3FLCO 2HF3A 2FSJA 1U2VA 4FWPA 1GLAG 1QQOA 3H1QA 2WUSA 4EAHD 1NGJA 3CJ7A 3BP8A 4L3QA 5KQ8A 3QFPA 3WUHA 3UKRB 4FOEA 5BRDA 1NGCA 4ISEA 2UYTA 3JXUA 2NLXA 4CZGA 3ULEA 4E1JA 3CETA 1NGGA 3VEWA 3GL1A 3VOVA 3VGMA 5BR9A 5AQKA 5ADXA 1QQMA 2YJFA 1HJOA 3A8YA 1DGKN 1C0GA 4BROA 2E2QA 4H5VA 2E1YA 1BUPA 2IVNA 4CD1A 3H46O 4O8KA 3IMXA 4JHDB 3ZETA 4CZEA 1NWKA 3S41A 3LL3A 3FZKA 3FR0A 4BRIA 1E4GT 4EHUA 4BRLA 1V4SA 4PL7A 1E4FT 2P9NB 4BRMA 3O80A 3ZEUB 1BG3A 2V7ZA 3MN7A 4CBXA 3FE1A 1NLVA 4BRAA 3BUZB 1NBWA 4FO0A 1NGDA 3L0QA 5F0XA 4F9OA 3GG4A 4PKIA 2Q2RA 2ZGYA 4A2AA 5AQQA 5BPMA 1BA1A 1C0FA 3QBXA 5B8HA 4CBWA 2W40A 2A42A 2D1KA 2Q97A 1DEJA 3C7NA 5E26A 2GWJA 5JLHA 1G99A 3VENA 2F9WA 3C0BA 2QWRA 1Z6RA 4ISFA 4H5RA 2Q1NA 1NGFA 2E2NA 4BVOA 3LDLA 4Z94A 1NMDA 5KQDA 3GOIA 3SLCA 3ENHA 1BWFO 4WQ5A 4BR9A 2Q36A 2OANA 3HBTA 5KPRA 4FWLA 2P9UA 4B1UB 1BOTO 3ZX0A 3H3NO 1GLJO 5F2RA 1X9JA 3A5LC 3WQUA 5BRHA 1KAYA 3CJ9A 1K8KB 4IXCA 3MDQA 4JD2A 4FL9A 3BF1A 3VGLA 2E2PA 2VYPA 4FWKA 5AQTA 3FZLA 4B1YB 1HLUA 3FFKB 4YDUC 3MN6A 3VETA 5EY4A 3FZHA 1BO5O 3D2FB 2E1ZA 3W3DA 2FLOA 4QS8A 2QWLA 1TYQB 3L6QA 4FSVA 2ZF5O 4BRGA 3A0IX 3SMPA 5FPDA 3BEXA 4M63C 3CERA 3ZX3A 1GLDG 3DJCA 4K41A 3EKSA 1YUWA 3AARA 4B1WB 5BN8A 4RTFD 2IVOA 4HWIA 2P9IA 2CGKA 1S22A 1GLLO 3O4WA 4B1ZA 4XH1A 3QB0A 3HI0A 2BUPA 4CI6A 4EIAA 3D7EO 3CQXA 3MN9A 5AQUA 2VWBA 5JICA 5BREA 4CZKA 5EXWA 2QWOA 1BDGA 4BRCA 4BC4A 4CZIA 1NGEA 3MMVA 2FXUA 1HUXA 2D0PA 2AP1A 4BRHA 5BRFA 3DAWA 1MDUB 2BTFA 3UKUB 3CHWA 2E20A 5AQVA 4XH4A 2HF4A 1TUUA 3TU5A 2FF6A 2A6AA 2Q0UA 2YHWA 4NO7A 4AM7A 4BRPA 3D2EA 3LDQA 3A5NC 4H0TB 4K42A 1HKCA 2W41A 4BG8A 1HKBA 5AQZA 3LDOA 1NGIA 3U9DA 1SQKA 2ITMA 4IWVA 1KAXA 3LDNA 2P9PB 4A62A 1X3MA 2YHYA 3SK3A 3DXKB 1YXQA 4LC9B 1GLEG 5CE3A 2GTDA 4FWQA 2P9SA 2D4WA 4FWRA 1D4XA 1ATSA 2YCHA 4MO5A 5AFUH 5AQPA 2Q0RA 4DCHA 3EKUA 4QS9A 2FSNA 2GEMA 2IIRA 4Y0WA 4CZHA 5AQSA 4B1VA 3VEVA 1RFQA 1HKGA 3WQTA 5AZIA 3D2FA 4I6MB 3CIPA 1P8ZA 2P9KB 4RWTA 2J4RA 1TYQA 1ATNA 2P9LA 3VF2A 3EO3A 4CZLA 3P4IA 1TUYA 5AQIA 4BREA 3RSEB 1H1VA 3DWLA 4FWSA 1JCGA 5AQXA 3O08A 3EZWA 5LJWA 2HOEA 1NGHA 3H6EA 3O6WA 4J8FA 1KAZA 2ZGZA 2QWNA 2NRHA 5TKYA 3VEYA 3WEEB 2AA4A 2D0OA 3FGUA 4GNIA 1U2VB 3I8BA 4NB4A 4WYBA 3R8EA 2PAVA 1QZ5A 3H45C 1JCFA 4DB3A 3MCPA 3VEZA 1MWMA 4C23A 1QZ6A 1Q18A 3ZX2A 4BGBA 5AQYA 3LM9A 4B9QA 3HZ6A 2E2OA 1T44A 4CZJA 1KXPA 3UKUA 2QWPA 1ZBSA 3UKRA 2I7NA 3QBWA 3SJHA 4CD3A 3WT0A 1EQYA 2V51B 4EFHA 2A5XA 5AR0A 3ID8A 3AY9A 3J8AA 4BQZA 3ZETB 2QWQA 1J6ZA 2E88A 2QW9A 5BN9A 1NGBA 5KPZA 3QDKA 4M7XA 1ATRA 2NZTA 4JHDA 2QWMA 3KVGA 2CGLA 3MK6A 5I9EB 2ZWHA 5EOYA 2P9NA 4BC2A 1YVNA 4GY2B 4IO8A 3EN9A 3ZEUA 4CJ7A 1S3XA 2F9TA 5FPNA 1SAZA 3R6MA 4ISGA 5ADXH 3DXMB 1HPMA 3O8MA 3CJCA 1QQNA 3CQYA 4DQ8A 3C7NB 1ESVA 4H5WA 1NM1A 5LJVA 1XQSC 2CGJA 3FZFA 4EHTA 2KHOA 3RSEA 1ZC6A 5AZJB 4KBOA 4K43A 3QFUA 3CI5A 1Z05A 4BC3A 3AAPA 3UE5A 2E8AA 3CJAA 2EWSA 1XC3A 3VGKA 3WEEA 4BR2A 3I33A 3O1WA 3VF6A 3QMLA 3L4IA 5AQRA 4WQ4A 4DHYA 4JAXA 4QS7A 2H3GX 4JD2B 2YHXA 5E84A 3U8XA 2CH5A 4H0OA 3IDHA 3FZMA 1GLBG 3ENOA 1K8KA 2DPNA 4H5TA 2YI1A 4XH5A 5FPEA 4BVPA 4CZFA 4BRQA 1JCEA 5AQJA 3BF3A 4FWOA 1IJJA 3VEXA 2GELA 1SZ2A 4JN4A 2QXLA 1IG8A 3OHRA 5EX5A 1U6ZA 3AAQA 3KZBA 1OKJA 3VPZA 3U9ZA 4BR5A 3WXJA 3CJBA 3ATVA 3M3ZA 5AQFA 1WUAA 5AQOA 4MO4A 4WQ5C 1HX1A 1CZAN 3A5MC 4FWMA 2P9IB 3MN5A 4AM6A 3EL2A 1T6DA 3HTVA 4JNEA 5F1XA 4H0PA 4BR4A 4BRKA 2V52B 2YJEA 2IVPA 4H03B 1Y64A 5AQNA 4H0XB 2A41A 2QM1A 1BA0A 3CJ1A 4FPBA 1LOTB 5BPLA 2HMPA 3HM8A 5LY3A 4IJNA 4HTLA 3DXMA 1NGAA 4XEIA 4H5NA 2I7PA 4BC5A 3LM2A 4IZ9A 4FOIA 5FPMA 5BPNA 3UB5A 4H0YB 1YAGA 2A3ZA 3H3OB 1RGIA 2Q31A 3ULEB 3D2EB 1GLFO 5AFUA 3M6GA 5AZJA 4O5FA 1MA9B 4H0VB 4CZMA 1WOQA 1R59O 2ASOA 5JMVA 1T6CA 3ATUA 2VCPA 4BQLA 3VERA 1LCUA 5AQLA 3W0LA 5ELZA 3HSCA 3WXLA 3JS6A 3R9PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EKEA 2FBTA 3OYEA 4AHSA 2ASPA 4E7JA 1RT4A 4NYFA 3RVCA 4RW6A 1GLCG 2P9PA 2JLEA 3QEIA 1T7EA 5AQWA 3O5BA 4DV2K 4DU3A 4DFMA 2NRWA 3SBGA 1SN4A 3LZIA 2OYQA 3AO5A 3TI0A 2A40A 2V7YA 3M1FA 4BR0A 4GVEA 1TI5A 1N6QA 2DFEA 4I6MA 4MLHA 2X6SA 1POIA 2KZZA 3CMEN 3C65A 4JS4A 3IUCA 2W6LA 3IFRA 4FPAA 1WMTA 1KRPA 2GWKA 1DKGD 1ZXOA 2ZQBA 2GUPA 4JEPA 5KPTA 3PLAA 3TPQA 5CY4A 1J9AA 4KPYA 3B8AX 4GV6A 1ZYQA 1U2VA 2ZM6K 3LPTA 2WUSA 4EAHD 3CJ7A 1AYJA 5KQ8A 1L4VA 2OTLN 3SUOA 2WC9A 3CCLN 3QEPA 1VQON 3OS1A 3CETA 4DTSA 1Q9XA 3HPOA 3VOVA 4KYPA 4IBNA 5BR9A 5AQKA 3CM5A 4YOXA 1JJ2M 2A1SA 3A8YA 3TR8A 2E1YA 3V9WA 1RBVA 3OVNA 3CMAN 2N69A 5J2QA 4JI6K 3SQ0A 1S1TA 4DTUA 3IMXA 1NWKA 3NH1A 3FZKA 3FR0A 4BRIA 1S1UA 1CXUA 2P9NB 4E19A 4MFBA 3OS0A 3OJSA 1ILYA 1BG3A 3OYHA 1NBWA 3OYGA 5F0XA 2O8DB 3AGKA 4DTXA 3THYB 4PKIA 2ZGYA 1KVAA 4A59A 4CERA 4FJKA 1D9DA 5JLHA 1N32K 3RRHA 1G99A 4JV5K 1L3UA 2QWRA 1Z6RA 3EZ5A 1TV6A 2F8SA 2E2NA 2QKBA 1O1WA 3LDLA 3BY5A 4Z94A 1NMDA 1TAQA 5KQDA 3O3FA 4CJVA 3HSTB 1BWFO 1U45A 2Q36A 3SYZA 5KPRA 1LQQA 1BOTO 1VHXA 1S72N 2O8CA 2UXDK 3V9SA 1HYVA 3HPHA 3CG7A 5HRPA 4DQIA 1KAYA 1K8KB 4IXCA 4KHQA 3MDQA 4JD2A 1VQ8N 1VQLN 3KLHA 3DLEA 4KI6A 5AQTA 4B1YB 3CCJN 4I2QA 2HVIA 4YDUC 4C1NI 5EY4A 1U48A 3DMJA 1VQPN 3J7ZO 5HLFA 2QKKA 5GAHP 4FLTA 3OYAA 1TYQB 3L6QA 3PIOL 3ZT2A 2DTUA 5FPDA 4CW7B 3V1OA 2WBNA 4K41A 1L5UA 4CHPA 4W5RA 2IVOA 1GPSA 1QHTA 4B1ZA 4KTWA 2HNDA 3QB0A 3D7EO 3LP0A 3Q7CA 2GL1A 3TAFA 3CPWM 5J2MA 3OS2A 1E3MA 1RT1A 4CZKA 4W5TA 3QEWA 4N47A 2Y1IA 4BE2A 4BRCA 3CQ8A 4BC4A 3SJJA 4FLYA 1NGEA 3DI6A 1GOCA 1YT3A 2D0PA 2AP1A 5BRFA 1D9FA 2BGGA 5GIPA 4R79A 1MDUB 1RNHA 4LF8K 5AJ3K 5AQVA 2HHXA 4XH4A 2B3CA 2Q0UA 4NO7A 4BRPA 3A5NC 3NF6A 2YC1C 4H0TB 2W41A 3MAQA 3QEXA 2PZSA 4CHYA 5AQZA 3OTOK 1NRAA 3NCIA 1IO2A 4OKJA 4IWVA 1NJIO 2E5LK 4AAZA 1BCGA 3K5OA 1S9GA 4OPAA 1CHZA 4GW6A 1RDUA 2P9PB 3HVTA 2YHYA 1YXQA 3O9QA 1VSEA 3PSIA 1I2UA 3DLRA 4FWQA 4IEIA 2RE2A 2YCHA 1KCFA 1I39A 4QS9A 3AGRA 2GEMA 1U49A 4B08A 5FRNA 2G8HA 5C12A 3WQTA 5EU7A 4I6MB 1P8ZA 3OA9A 4HCBA 4RWTA 4DMNA 2HW3A 3ZT4A 2P9LA 1TKTA 2X74A 4KH4A 5AQIA 1ZU3A 4CGIA 4U7BA 1ASWA 3RSEB 1TK5A 3VQCA 4LY7A 2LY6A 4I7FA 4GMJB 3N4QA 4FWSA 3SCXA 1VQ9N 5AQXA 1NKEA 1K9MO 1NK0A 3RR7A 1NGHA 2ZGZA 3AVIA 3I55N 3VEYA 2D0OA 1LAWA 3FFIA 2E0HA 3I8BA 1U2VB 3O4QA 2WTUA 4I9QA 1QZ5A 3H45C 4FZXC 2RPIA 5GAGP 3TAMA 2SN3A 3ZX2A 3CCEN 4BE0A 3HZ6A 3KKSA 1WB9A 4DQSA 1KXPA 4ILGB 3MX5A 1ZBSA 3ZSZA 3UKRA 4IDHA 3HOTA 3QBWA 1YJNN 3TARA 3SUPA 1J53A 2E3FA 5DM7L 1U47A 2JWLA 3QIOA 5JS1A 4CJTA 1RDAA 2A5XA 3OYFA 5AR0A 3ID8A 3ZSRA 3AY9A 2G8VA 2VG5A 1VRUA 1TK8A 1JL1A 2E88A 4GVMA 4YORA 1NGBA 3K5LA 1BI4A 3M5RA 3OYJA 4OKEA 4BECA 1KFDA 4JHDA 3KVGA 4ZTJA 1NJWA 1IKXA 3RMAA 1HMVA 3CCUN 3VQPA 3KKRA 4CHOA 2OPQA 4IO8A 3EN9A 3DRRA 4A5AA 2F96A 2ETJA 1NH5A 4E7KA 3CJCA 1QQNA 3CQYA 4DQ8A 2KLAA 1NM1A 3E9OA 5LJVA 1XQSC 5C2FA 4FW2A 4EHTA 1QVGM 1RBSA 5AZJB 4JK7A 4LFCK 4K43A 4PQUA 3QFUA 1BCOA 1AHOA 4BC3A 5KGXA 2E8AA 1CXQA 1YVUA 4AILC 2O8CB 4BR2A 3KOWA 4FLZA 1TL1A 4B3TK 3L4IA 1IBLK 4WQ4A 4JAXA 4JD2B 1GOBA 3U8XA 3PUFA 1QSYA 5KGWA 2DPNA 4N5SA 5FPEA 4BRQA 1TGOA 3SAFA 5AQJA 3MWTA 2KFZA 4JN4A 4FJXA 2QXLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3IDH A;  3FZM A;  1GLB G;  3ENO A;  1K8K A;  2DPN A;  4H5T A;  2YI1 A;  4XH5 A;  5FPE A;  4BVP A;  4CZF A;  4BRQ A;  1JCE A;  5AQJ A;  3BF3 A;  4FWO A;  1IJJ A;  3VEX A;  2GEL A;  1SZ2 A;  4JN4 A;  2QXL A;  1IG8 A;  3OHR A;  5EX5 A;  1U6Z A;  3AAQ A;  3KZB A;  1OKJ A;  3VPZ A;  3U9Z A;  4BR5 A;  3WXJ A;  3CJB A;  3ATV A;  3M3Z A;  5AQF A;  1WUA A;  5AQO A;  4MO4 A;  4WQ5 C;  1HX1 A;  1CZA N;  3A5M C;  4FWM A;  2P9I B;  3MN5 A;  4AM6 A;  3EL2 A;  1T6D A;  3HTV A;  4JNE A;  5F1X A;  4H0P A;  4BR4 A;  4BRK A;  2V52 B;  2YJE A;  2IVP A;  4H03 B;  1Y64 A;  5AQN A;  4H0X B;  2A41 A;  2QM1 A;  1BA0 A;  3CJ1 A;  4FPB A;  1LOT B;  5BPL A;  2HMP A;  3HM8 A;  5LY3 A;  4IJN A;  4HTL A;  3DXM A;  1NGA A;  4XEI A;  4H5N A;  2I7P A;  4BC5 A;  3LM2 A;  4IZ9 A;  4FOI A;  5FPM A;  5BPN A;  3UB5 A;  4H0Y B;  1YAG A;  2A3Z A;  3H3O B;  1RGI A;  2Q31 A;  3ULE B;  3D2E B;  1GLF O;  5AFU A;  3M6G A;  5AZJ A;  4O5F A;  1MA9 B;  4H0V B;  4CZM A;  1WOQ A;  1R59 O;  2ASO A;  5JMV A;  1T6C A;  3ATU A;  2VCP A;  4BQL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EKE A;  2FBT A;  3OYE A;  4AHS A;  2ASP A;  4E7J A;  1RT4 A;  4NYF A;  3RVC A;  4RW6 A;  1GLC G;  2P9P A;  2JLE A;  3QEI A;  1T7E A;  5AQW A;  3O5B A;  4DV2 K;  4DU3 A;  4DFM A;  2NRW A;  3SBG A;  1SN4 A;  3LZI A;  2OYQ A;  3AO5 A;  3TI0 A;  2A40 A;  2V7Y A;  3M1F A;  4BR0 A;  4GVE A;  1TI5 A;  1N6Q A;  2DFE A;  4I6M A;  4MLH A;  2X6S A;  1POI A;  2KZZ A;  3CME N;  3C65 A;  4JS4 A;  3IUC A;  2W6L A;  3IFR A;  4FPA A;  1WMT A;  1KRP A;  2GWK A;  1DKG D;  1ZXO A;  2ZQB A;  2GUP A;  4JEP A;  5KPT A;  3PLA A;  3TPQ A;  5CY4 A;  1J9A A;  4KPY A;  3B8A X;  4GV6 A;  1ZYQ A;  1U2V A;  2ZM6 K;  3LPT A;  2WUS A;  4EAH D;  3CJ7 A;  1AYJ A;  5KQ8 A;  1L4V A;  2OTL N;  3SUO A;  2WC9 A;  3CCL N;  3QEP A;  1VQO N;  3OS1 A;  3CET A;  4DTS A;  1Q9X A;  3HPO A;  3VOV A;  4KYP A;  4IBN A;  5BR9 A;  5AQK A;  3CM5 A;  4YOX A;  1JJ2 M;  2A1S A;  3A8Y A;  3TR8 A;  2E1Y A;  3V9W A;  1RBV A;  3OVN A;  3CMA N;  2N69 A;  5J2Q A;  4JI6 K;  3SQ0 A;  1S1T A;  4DTU A;  3IMX A;  1NWK A;  3NH1 A;  3FZK A;  3FR0 A;  4BRI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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