3LDNA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in apo form
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldnA04
1U2VA 2GUPA 1U6ZA 2F9TA 5EXWA 4IZ9A 5AR0A 3BEXA 3EZWA 3WEEA 4JN4A 4AM6A 3CJBA 3IDHA 3VEXA 2YI1A 2A6AA 3ZETA 3J8AA 3ATVA 1NGIA 5B8HA 3MN9A 3S41A 4XH1A 1TUYA 3D2FA 3FFKB 3A5LC 3MN5A 2FXUA 3CJCA 1P8ZA 2E1YA 4IJAA 2CGJA 3ZETB 1NWKA 3MDQA 4IJNA 3WT0A 4H5VA 4JHDA 3FZLA 5ADXA 3O08A 4FL9A 4B1XB 4GNIA 3H46O 4H5WA 4BVPA 2HMPA 4FWQA 2Q0UA 5BRHA 2Q36A 1BG3A 2FF6A 2QWOA 4M7XA 5JLHA 1RFQA 1E4GT 4H03B 3W3DA 3QB0A 2F9WA 1QHAA 3WEEB 3DWLA 3UKRA 3AAQA 1YUWA 1D4XA 3LDOA 4CD1A 4BROA 4CI6A 3C0BA 3WXLA 2CH6A 2FSJA 2E1ZA 2A3ZA 3CJAA 3QFPA 3H6EA 4FWPA 3O1WA 1MWKA 2QWNA 3TPQA 5AFUH 3IMXA 3WXIA 4B1YB 5E26A 3FZMA 1V4TA 3KHYA 1QQOA 4H0TB 2I7PA 2Q2RA 3M6GA 1MA9B 4JHDB 3CI5A 4BRCA 3M3ZA 3A5MC 4XH5A 2ASPA 3MMVA 3ULEA 3AARA 1NBWA 5AZJB 4FOEA 4RWTA 1DKGD 1SAZA 2E2OA 5FPNA 3B8AX 1T6DA 1R59O 3GBTA 2KHOA 3UKUA 3FLCO 3ENHA 3VEOA 2QWRA 1KAXA 1GLBG 4WQ4A 3ATUA 3IUCA 5EX5A 1C0FA 2FF3B 4BR2A 4BC5A 1GLAG 2YCHA 4QS7A 1WUAA 2CH5A 4EIAA 1GLLO 5AQLA 3D2EA 4BREA 4H0XB 4FWKA 1NGFA 5TKYA 2Q1NA 4BRHA 4DQ8A 4LC9B 5EOYA 1XUPO 3EKSA 5BPLA 3ULEB 2YHXA 3HTVA 4B1VA 5EVZA 4BG9A 3R6MA 2QM1A 3WQUA 1BOTO 3FZKA 5AQSA 4A61A 3VEVA 2WUSA 3VETA 5LJWA 3EO3A 3ZX0A 3CQXA 3QBWA 5F2RA 2GWKA 2QWMA 4H5RA 3P4IA 1G99A 2ZF5O 4K41A 2BUPA 2VCPA 1S22A 4BQLA 1NGCA 4EHTA 1KAZA 3SMSA 3LM9A 1S3XA 4FPAA 3DXKA 3VGMA 4O5FA 2ASOA 2D1KA 3H3OB 3WUHA 5AQYA 4CZKA 3I8BA 3O5BA 1JCFA 3CHWA 1MDUB 4E1JA 2QWQA 4FOIA 4JAXA 5AZJA 5E84A 3QFUA 4B9QA 3SMPA 3MK6A 3FGUA 5AQIA 4BC3A 3CJ1A 2E88A 4CBXA 3QMLA 1NGGA 2V7YA 5F1XA 1BU6O 4FPBA 1QQNA 4PKGA 4PKIA 3RSEB 1MWMA 2BTFA 1NLVA 2ASMA 1HKBA 5AQVA 3VF2A 1X3NA 2DPNA 2CGKA 5AQPA 4B1ZA 4CBWA 1ZXOA 4GY2B 1NGEA 4H0VB 3VEWA 2QWLA 2QWPA 3A5NC 2HF3A 4CJ7A 2ZWHA 3GG4A 5AQFA 1X3MA 2E2NA 4M7YA 3CQYA 2NRHA 3GDQA 3SK3A 1Z05A 1H1VA 1XQSC 1K8KA 3LL3A 4FSVA 1BWFO 1NGAA 3WXJA 3WXKA 3M1FA 3H45C 3ZX3A 3O80A 4B1UB 2VWBA 1YVNA 5FPMA 3VEYA 3EN9A 4IO8A 3A5OC 3VOVA 1XC3A 5AQRA 3DXMA 4RTFD 4CD3A 3HI0A 2V7ZA 1HLUA 1X9JA 2EWSA 3L0QA 5AZIB 4JD2A 3ZEUB 2E8AA 3MCPA 4PKHA 5AQMA 2V52B 1NM1A 3BF1A 3BF3A 3GOIA 4BR4A 4A2AA 4JNEA 1GLEG 4CZGA 4BR0A 4JD2B 3ZEUA 4EFHA 3F9MA 2NLXA 2QXLA 3VF4A 4BR9A 3VESA 4HTLA 3EKUA 2YJFA 3WQTA 4BC2A 3LDNA 3U9ZA 2P9KA 4H5TA 4WQ5A 2P9IB 1HUXA 3VF6A 4Z94A 4BRMA 3LDLA 4CBUA 3HBTA 3KZBA 1ZBSA 3A0IX 4ISGA 4HWIA 2UYTA 1U2VB 3VEZA 3U4LA 2V51B 3OHRA 3R9PA 2P9LA 2W40A 4ISEA 4BRPA 1LOTB 4A62A 3FZHA 4CZHA 5BR9A 4BR5A 4FWSA 5JICA 4FO0A 4I6MB 1YXQA 4Y0WA 2IVPA 3IFRA 3MN7A 1K8KB 1YAGA 3UKRB 2ZGZA 4BVOA 5KPTA 3KVGA 4H5NA 1ATNA 1BA0A 1GLDG 3FR0A 2P9IA 3A8YA 4CZEA 3ID8A 2P9PA 1NMDA 2PAVA 5LJVA 3DXMB 3GL1A 2FLOA 1NGJA 3LDPA 2P9SA 1OKJA 4H0OA 1RGIA 5FPDA 2E2PA 2Q0RA 3O4WA 2P9NA 4K42A 5KQDA 3BUZB 1KAYA 2IVNA 3C7NB 1ATRA 3TU5A 5BN9A 1DGKN 3SJHA 3D2FB 2E20A 1Z6RA 4WQ5C 5AQHA 2FSKA 5BN8A 3O6WA 3QICA 4PL8A 2ITMA 2P9NB 1ESVA 2P9UB 2YHWA 2QW9A 3JS6A 2PBDA 1HPMA 1GLCG 2IVOA 1BA1A 5JMVA 4BRLA 4K25A 4QS9A 2YHYA 3I33A 4BQZA 4EHUA 3D7EO 4BC4A 1QZ6A 3W0LA 2A40A 1SZ2A 2NZTA 4IWVA 4MLHA 1QZ5A 3O8MA 1T44A 1EQYA 1ZC6A 3U9DA 1C0GA 5BREA 3L6QA 3DJCA 3UB5A 3ZX2A 4K43A 2W41A 2A41A 2GEMA 1KXPA 4QS8A 4BRAA 2YJEA 4RCHA 3L4IA 4BRFA 3CERA 4XH4A 3UKUB 3JXUA 4BGBA 4PL7A 5BPNA 4KBOA 4FWMA 5I9EB 2P9KB 3DXKB 5ELZA 4C23A 3HSCA 3CIPA 4B1WB 1CZAN 1ATSA 4WYBA 2D0OA 1HKCA 4J8FA 5AQWA 3CJ9A 3DAWA 3FZFA 4F9OA 5FPEA 4CZLA 3MN6A 2IIRA 5AQQA 3U8XA 5KQ8A 2HF4A 2AP1A 3RSEA 1IJJA 1GLFO 3SLCA 3ENOA 4YDUC 1QQMA 4I6MA 5AQUA 2FSNA 1HKGA 3AAPA 1J6ZA 4FWOA 4CZJA 5KPZA 2D4WA 5AQOA 4YDUA 3QDKA 3G25A 1BUPA 1E4FT 4H0YB 5AQXA 3GE1A 4CZMA 3LM2A 4DHYA 2Q31A 3CETA 1TUUA 4NO7A 1RDWX 5AQZA 1T6CA 3QBXA 4A2BA 1IG8A 3VERA 5AQNA 1WOQA 5ADXH 5AQJA 3VENA 2GWJA 4L3QA 4MLEA 5KPRA 2D0PA 4BG8A 2I7NA 2A5XA 3VPZA 1Q18A 3LDQA 5F0XA 2OANA 4CZIA 1NGBA 2VYPA 4BRKA 4CZFA 2P9PB 4FWLA 5AQTA 2P9UA 3H1QA 4DB3A 4DCHA 4O8KA 2P9SB 5BPMA 5BRDA 5BRFA 3D2EB 5EY4A 4BR7A 1V4SA 3VGKA 1TYQB 4FWNA 1BDGA 3BP8A 4NB4A 5AFUA 1JCGA 5LY3A 4BRQA 2E2QA 3HM8A 2H3GX 1HX1A 5JLFA 5AZIA 1Y64A 1BO5O 2HOEA 4H0PA 4EAHD 4XEIA 1JCEA 3EL2A 3AY9A 1LCUA 5AQGA 1SQKA 4MO4A 2GTDA 4BRIA 4BRNA 2AA4A 3HZ6A 1HJOA 4BGAA 3FE1A 2J4RA 3H1VX 1GLJO 3H3NO 2Q97A 4WQ4C 3VGLA 4BRDA 3UE5A 4IXCA 1DEJA 2CGLA 4MO5A 5AQKA 3R8EA 1NGDA 3C7NA 2P9LB 3O1BA 1NGHA 3CJ7A 4AM7A 4ISFA 4BRGA 2ZGYA 4M63C 1TYQA 2A42A 2GELA 5CE3A 4FWRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LY7A 4GV6A 3THXA 2GUPA 2X78A 1K8BA 2P51A 1DJTA 5AR0A 4MFBA 3C95A 4JI5K 2OPRA 4OKEA 5I42A 1CHZA 4A57A 2X6NA 4OO1J 3HPOA 3LZJA 3KLGA 2HHVA 5IWAK 1VNBA 3J8AA 1NGIA 3TR8A 1REVA 3AO5A 1BISA 4HVJA 1IO2A 4G1QA 2XY7A 3A5LC 4N41A 4CJEA 1K9MO 2G8UA 3MN5A 4FJ7A 4IJNA 4DTPA 4ILJA 3K0SA 2IAJA 4B1XB 2KGQA 4GNIA 3SNNA 2Q0UA 4CE9A 2FF6A 1HYZA 5JLHA 4JI7K 4NYFA 4H03B 4BEBA 3QB0A 3DWLA 2KBJA 3UKRA 3I56N 3AAQA 1YUWA 3LDOA 4BROA 4CI6A 1CXQA 1F21A 4JI1K 4JRPA 2FSJA 4E3SA 4B3MK 1BCMA 3CJAA 1VQMN 3MXMA 3H6EA 1FH3A 4FM2A 4DV7K 3TPQA 4B1YB 4FLVA 4FK2A 4FW1A 3PIOL 3N4PA 2E6LA 2Q2RA 3M6GA 4JHDB 4C8KA 3CI5A 4LFAK 3M3ZA 4C1NK 1NU0A 2BGGA 4RWTA 4FOEA 5FPNA 3DM2A 1WSIA 2F7TA 3GBTA 1P00A 1RILA 3FLCO 3ENHA 4CGDA 3SAFA 2QWRA 2HNYA 3KWGA 2KSKA 3ATUA 5EX5A 2FC0A 5JS1A 2I61A 4BR2A 1GLAG 1LW2A 1WSFA 2CH5A 3HM9A 5SWMA 1JKZA 4FJGA 1ZYVA 2IOCA 5J1EA 4H0XB 4FWKA 3RMBA 5TKYA 4BRHA 3NH0A 1JL1A 4MDBA 4CJUA 5EOYA 2W42A 3VQBA 2KFNA 1KLNA 2X6SA 1Q81O 1ASUA 4CJLA 4B1VA 1TL1A 3WQUA 1BOTO 5AQSA 5TKWA 4DTMA 2HHQA 2WUSA 4CHYA 2DFHA 3ZX0A 5E41A 3CQXA 2GWKA 3KLFA 3ZSZA 1G99A 2ZF5O 1S22A 3VTIA 4ELTA 4UAEF 4JI3K 1KAZA 4OVLA 1NK9A 1QVFM 4LF7K 4KH5A 5A2QO 1NJYA 4Q5VA 3DXKA 3ZSQA 3OYKA 4Z0UA 2D1KA 4AH9A 1EP4A 1XI1A 2KZMA 1S72N 4E1JA 2JDQD 1I6GA 3THXB 1LWCA 3QFUA 4B9QA 2FBTA 3MK6A 1RDBA 4MQ3A 3RMAA 4BC3A 3CJ1A 4CBXA 3QMLA 1NGGA 2QA4N 1WAFA 1NK7A 3ZT4A 3T1AA 4FJKA 1VRTA 2NUBA 3VF2A 4FK4A 2DPNA 4CF2A 4GKKK 4GY2B 1NGEA 2D0BA 4H0VB 2QWPA 4CJ7A 2HF3A 1S1VA 1T7EA 4DTRA 3WNFA 3OYIA 4DF4A 2E2NA 1EX4A 3HL8A 2QXFA 4DTSA 4IBNA 3WXJA 2A1SA 4FJ9A 3CW4A 1YVNA 3G10A 4CEFA 3PX0A 3CMAN 1KTQA 2YBRC 3KLHA 1OVQA 4U7BA 4RTFD 3D0PA 3DRPA 4Z4GA 1X9JA 2EWSA 4FM0A 4JD2A 2G8VA 3OJUA 3RVCA 3MCPA 1NM1A 2VG5A 3KJVA 3K5MA 3CMEN 4CFAA 1GLEG 3PO4A 2NLXA 2JWKA 3L2UA 2M8BB 4WF9L 5CR4A 3V1OA 1IG9A 3OS0A 2YJFA 3LDNA 2YHBA 3P38A 4U67L 4H5TA 4PWDA 1WAJA 4F3TA 3KC6A 3ULDA 1KC8O 3LDLA 4O4GA 4CBUA 2QKBA 3ZT1A 3PLAA 4ISGA 1L3TA 1Q86O 1T1TA 4HWIA 1NPIA 3TARA 1WSGA 4CK2A 1X9WA 3U4LA 1LQIA 3CCJN 1RDCA 2GX9A 2P9LA 4YHHK 4A62A 1JLCA 4CFDA 2F4VK 4FO0A 3AVHA 4Y0WA 2IVPA 3SUOA 1WNSA 1SV5A 3DLEA 2VGNA 3MN7A 3LAKA 5C12A 5M1NA 1VQ7N 3KVGA 1KV0A 2XY6A 1Q8IA 3FR0A 1W9HA 4WE1A 2P9IA 2N2QA 1FW6A 3ID8A 4LH5A 3TAQA 1HNZK 3LDPA 1T0ZA 3SBTA 4FJLA 4DU4A 1LV5A 1B9FA 4YY3K 1QTMA 3LZIA 1KAYA 3C7NB 1OH5A 4M3UA 2DY4A 3SJHA 3MX5A 1NRAA 1JZBA 4BDPA 4CQKA 5BN8A 4KYPA 4UJ0A 1XWLA 1ESVA 3ITHA 2P9UB 4KHUA 2G8KA 3T7ZA 2IVOA 3AVIA 4BRLA 4FLWA 4QS9A 1D9FA 5J2PA 3I33A 3DRSA 4BQZA 4OX9K 3D7EO 3K9KA 1QZ6A 1RDDA 4DFPA 5KK4A 2EX3A 3HO1A 5C0YA 5JENA 1CZBA 3NH1A 1C0UA 4CJVA 4FLXA 2HNDA 3VA3A 3BZCA 2W41A 2A41A 3ZSOA 4QS8A 3O3FA 3BY5A 1XHXA 3JXUA 2PFUA 4KBOA 2P9KB 4A5BA 3DXKB 4CJFA 1VSDA 4C23A 2Z1JA 4DV2K 1LQHA 1RTJA 4DFKA 3RR8A 1QHTA 5AQWA 2N2RA 2YNGA 4HUEA 1S5JA 3TTCA 3EE8A 3G71N 4DQSA 1VQKN 3HPHA 5GIPA 1NK6A 1VSLA 3AV9A 3E9LA 5KQ8A 5M1FA 2AP1A 1IJJA 2ATQA 3GKUA 4XJXA 1HKGA 3AAPA 5KPZA 5FROA 4CJ4A 1IKVA 4DSIA 2PYJA 5FRMA 5AQOA 1BUPA 1HNWK 1W97L 1EETA 1KD1O 3RWUA 1WBBA 1YTAA 2FBXA 3MECA 1SL0A 3VQ4A 3O3HA 3SQ4A 1HNXK 2PZSA 4DMNA 4E1NA 3TAPA 4A2BA 1J5EK 4OKKA 3J7YP 3VENA 4MLEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LY7 A;  4GV6 A;  3THX A;  2GUP A;  2X78 A;  1K8B A;  2P51 A;  1DJT A;  5AR0 A;  4MFB A;  3C95 A;  4JI5 K;  2OPR A;  4OKE A;  5I42 A;  1CHZ A;  4A57 A;  2X6N A;  4OO1 J;  3HPO A;  3LZJ A;  3KLG A;  2HHV A;  5IWA K;  1VNB A;  3J8A A;  1NGI A;  3TR8 A;  1REV A;  3AO5 A;  1BIS A;  4HVJ A;  1IO2 A;  4G1Q A;  2XY7 A;  3A5L C;  4N41 A;  4CJE A;  1K9M O;  2G8U A;  3MN5 A;  4FJ7 A;  4IJN A;  4DTP A;  4ILJ A;  3K0S A;  2IAJ A;  4B1X B;  2KGQ A;  4GNI A;  3SNN A;  2Q0U A;  4CE9 A;  2FF6 A;  1HYZ A;  5JLH A;  4JI7 K;  4NYF A;  4H03 B;  4BEB A;  3QB0 A;  3DWL A;  2KBJ A;  3UKR A;  3I56 N;  3AAQ A;  1YUW A;  3LDO A;  4BRO A;  4CI6 A;  1CXQ A;  1F21 A;  4JI1 K;  4JRP A;  2FSJ A;  4E3S A;  4B3M K;  1BCM A;  3CJA A;  1VQM N;  3MXM A;  3H6E A;  1FH3 A;  4FM2 A;  4DV7 K;  3TPQ A;  4B1Y B;  4FLV A;  4FK2 A;  4FW1 A;  3PIO L;  3N4P A;  2E6L A;  2Q2R A;  3M6G A;  4JHD B;  4C8K A;  3CI5 A;  4LFA K;  3M3Z A;  4C1N K;  1NU0 A;  2BGG A;  4RWT A;  4FOE A;  5FPN A;  3DM2 A;  1WSI A;  2F7T A;  3GBT A;  1P00 A;  1RIL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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