3LDNA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in apo form
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldnA04
3O4WA 3TPQA 3ZETB 3VGKA 3GBTA 1XUPO 5F1XA 1JCFA 4CZEA 3LDLA 4A2AA 2QXLA 5AQVA 5AR0A 4WQ4C 3AARA 3LL3A 3H1VX 3O80A 4BC2A 3QBXA 2FF3B 4RCHA 3FZFA 4BRFA 3A5LC 5BPLA 2QWQA 2P9UB 2ASPA 4IO8A 2AP1A 2E2NA 2OANA 3S41A 3LDOA 2ZGZA 4AM7A 4MO5A 2E2OA 5B8HA 5TKYA 1NGJA 3P4IA 3SK3A 4B1YB 5AQXA 1P8ZA 2IVPA 5AQOA 2P9NA 2H3GX 3BUZB 3C7NA 3HBTA 3ULEA 4NO7A 4CZFA 1GLAG 3QBWA 2QWNA 3LDQA 1RFQA 2Q0RA 3VGLA 1D4XA 2EWSA 2IVOA 5BPMA 1GLDG 3CJAA 3ID8A 5BREA 3WEEA 4BRNA 3FZHA 3ZEUA 4FO0A 4BGBA 2P9PA 1XC3A 3U9DA 2BTFA 3SJHA 4QS9A 3WQTA 4DB3A 2CH5A 2QM1A 5KQDA 5AQWA 3CI5A 5EX5A 1GLFO 4CZHA 3L4IA 4E1JA 3FZMA 1HJOA 4MLEA 3U9ZA 4BREA 3A5NC 2W41A 5AQUA 3RSEA 3CJ1A 3A0IX 3AAPA 2A3ZA 2FSNA 2QW9A 1NGEA 4EIAA 4K42A 5AQRA 2PAVA 4PKGA 3SMSA 2VWBA 3ZETA 1IG8A 3UKRB 4BR4A 3VF4A 3QFUA 4YDUA 5EY4A 3CJCA 4K43A 3VPZA 3CHWA 3SMPA 5BN9A 2Q97A 4H5VA 2P9UA 2CGJA 3VENA 2YHXA 3WXLA 2P9NB 5EOYA 5AQQA 4BR7A 4WQ4A 3C7NB 2NRHA 5KPZA 4BRAA 4XH1A 4FPAA 5LJVA 1YVNA 4EHTA 4H0VB 1GLBG 2V7ZA 2P9IB 3VEVA 3H3OB 3WEEB 1GLCG 1WUAA 2GWKA 1BA0A 3BEXA 3JXUA 4H0OA 1NGCA 3WQUA 4A2BA 2I7PA 5BRFA 4BVPA 4BG8A 3H45C 4FWPA 3FR0A 4LC9B 4I6MB 1BO5O 3HTVA 2Q36A 1ESVA 5LY3A 2F9TA 4EFHA 4PL8A 2P9SA 4DCHA 3GOIA 2QWMA 3MMVA 1MWMA 3LDNA 4BRMA 1R59O 1BWFO 3RSEB 2GUPA 3WXJA 4BR0A 4FWSA 2BUPA 4WQ5C 2E88A 5AQTA 2GWJA 3H3NO 1HPMA 2QWLA 3QFPA 2ITMA 4H5WA 2PBDA 3ATUA 4QS7A 3ZX0A 2HF3A 4CD1A 3UKRA 4XH5A 3MN5A 1SQKA 5BN8A 4M7YA 3VF6A 4JD2B 1TUYA 5FPMA 3CQYA 2E2PA 3WT0A 3CJBA 5AQSA 4BRKA 3OHRA 2VCPA 3M6GA 3AAQA 3M1FA 4PKHA 1TUUA 3VERA 2P9KB 3QICA 1ZC6A 3C0BA 5AQZA 4H0XB 2QWRA 1DEJA 4BR2A 2CH6A 1U6ZA 2GTDA 1GLLO 1NM1A 2A42A 2AA4A 1DGKN 3IDHA 1G99A 2P9IA 5AQMA 4CZLA 2Q0UA 1KAYA 3U8XA 1Z6RA 4H0PA 3L0QA 3D2EB 4CZMA 1BOTO 3I8BA 2WUSA 4FWQA 2P9SB 4MO4A 4B1UB 3WXIA 1CZAN 2A41A 4I6MA 2HOEA 3O6WA 2ASMA 3MN7A 4FOEA 4K41A 3DXMB 1ATSA 1LOTB 4EAHD 3WUHA 1YXQA 5BR9A 3EO3A 4QS8A 3U4LA 3B8AX 1BU6O 4K25A 4XH4A 3R8EA 1QHAA 4FWKA 4RTFD 4BG9A 1NGDA 1NBWA 4BROA 1YAGA 2J4RA 3KVGA 3O1WA 4DHYA 4CBWA 2V7YA 4H5TA 3HSCA 4MLHA 5FPDA 3J8AA 2D0PA 4BRQA 3M3ZA 2ZGYA 2F9WA 4EHUA 2YHYA 4L3QA 3ENOA 3IMXA 3KZBA 1Q18A 3BF3A 3H1QA 1T44A 2Q1NA 1RDWX 5BRHA 2YI1A 4WQ5A 3VESA 3MDQA 5AQJA 4B1ZA 4O5FA 4IXCA 3LDPA 3HI0A 4JD2A 2FSKA 3D7EO 2FSJA 5AQLA 2P9LA 5KPTA 1NWKA 4IJAA 4BRGA 3FZKA 4B1WB 3EL2A 2A5XA 4ISFA 4B1VA 4IJNA 2FF6A 2CGKA 2P9KA 1GLEG 4CJ7A 3GE1A 2DPNA 4B9QA 3QMLA 3ENHA 4ISEA 5AQFA 4FWLA 4FWOA 3BP8A 1Z05A 2UYTA 1T6DA 2D0OA 3FLCO 3VOVA 4BC5A 3D2EA 2Q2RA 1HX1A 1NMDA 3CJ7A 1QZ6A 3HM8A 3JS6A 1MDUB 1ATRA 2QWPA 3DXMA 1X9JA 3FFKB 3VF2A 4BR5A 4BGAA 4H5NA 3ATVA 2A40A 3VEWA 5AQPA 1ATNA 3DWLA 5AZJA 3TU5A 5AQNA 3W0LA 5AQYA 5EXWA 3A5MC 3GG4A 1BDGA 5ELZA 1QQOA 1MWKA 3G25A 3KHYA 4CBXA 4IZ9A 4CD3A 2V52B 4CZJA 4BRCA 3LM9A 1SAZA 1V4TA 3ZX2A 4BC3A 3DAWA 5I9EB 2P9LB 1OKJA 2HF4A 3CJ9A 5AZIA 4IWVA 1NGBA 4GNIA 5FPNA 2FLOA 5LJWA 3FGUA 4FWNA 1KXPA 2ZWHA 1MA9B 4BRHA 4CZIA 4PL7A 2FXUA 1YUWA 4HWIA 5E84A 3CETA 3D2FB 3CQXA 1ZXOA 3EKSA 2HMPA 1U2VA 5F2RA 4JHDB 2A6AA 4M7XA 1T6CA 3IFRA 4CBUA 4BQLA 3BF1A 2ZF5O 1BA1A 4H0YB 2QWOA 5FPEA 1QZ5A 1TYQB 5JMVA 1KAZA 4JN4A 5AZJB 3VEOA 2NZTA 1NGAA 4FL9A 1EQYA 2NLXA 4WYBA 5ADXA 4BRIA 3ZX3A 1QQNA 2YCHA 3MCPA 4H03B 3WXKA 4DQ8A 4Y0WA 3DXKA 3LM2A 2IIRA 5JLFA 1HKGA 2ASOA 5ADXH 3A5OC 4FWMA 1XQSC 4CI6A 1NGIA 4XEIA 2CGLA 4CZKA 2IVNA 1HKBA 2YHWA 3A8YA 5F0XA 3DJCA 4Z94A 5JICA 2GEMA 1ZBSA 4H0TB 1NLVA 3GL1A 2YJEA 3UKUA 4CZGA 3AY9A 5AQIA 1LCUA 5AZIB 1H1VA 2VYPA 2W40A 3VEYA 4FPBA 3CERA 4B1XB 3GDQA 4BRPA 1C0GA 3R9PA 3R6MA 2Q31A 1K8KA 4FSVA 1Y64A 3O08A 1HLUA 1KAXA 3MN9A 3EKUA 2GELA 3SLCA 4O8KA 1V4SA 3H6EA 4ISGA 4C23A 1JCEA 5BRDA 4RWTA 1U2VB 3MN6A 1IJJA 1X3MA 5AFUA 3D2FA 1X3NA 1NGHA 3H46O 1J6ZA 1S22A 4HTLA 2E1ZA 3O1BA 2E20A 2V51B 4BRDA 1C0FA 1E4GT 1SZ2A 4JHDA 4BR9A 2D4WA 4A61A 1RGIA 3F9MA 5AFUH 3UE5A 5JLHA 3O5BA 2I7NA 3ULEB 4F9OA 3FE1A 3EN9A 4BQZA 2E1YA 4BRLA 3O8MA 4GY2B 1BUPA 4AM6A 1NGGA 4J8FA 5BPNA 3QB0A 3VGMA 1TYQA 3QDKA 3FZLA 4JAXA 4H5RA 3ZEUB 5E26A 5AQHA 5AQGA 3EZWA 1E4FT 1HUXA 2P9PB 3UB5A 3L6QA 1HKCA 3DXKB 1GLJO 3VEXA 2D1KA 3IUCA 4M63C 1JCGA 3VETA 1QQMA 1S3XA 4FOIA 2YJFA 4NB4A 4PKIA 1DKGD 4BVOA 4JNEA 5KQ8A 3W3DA 4FWRA 2KHOA 3HZ6A 3UKUB 1WOQA 1NGFA 1BG3A 5CE3A 4YDUC 4A62A 4KBOA 2E2QA 3I33A 1K8KB 3CIPA 5EVZA 2E8AA 3VEZA 5AQKA 4BC4A 5KPRA 3MK6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O4WA 2YNFA 3BK3C 3J7YP 3MWTA 4JK8A 5F1XA 4B9UA 1Q82O 5C0YA 2SN3A 3Q7CA 4M45A 3AARA 3H1VX 2FF3B 1J53A 5TKWA 4BRFA 2G8HA 1ZYVA 1NJXA 4ID5A 2O8DA 2AP1A 4OKKA 3CM6A 2OANA 4CF2A 1TAQA 1JLBA 1IBMK 1SL0A 4B1YB 2IVPA 4FJ8A 1CZBA 2KLAA 3ID6A 3C7NA 4W5NA 1YJ9N 1REVA 3LDQA 3OS1A 2EWSA 2IVOA 3F73A 2LJ7A 5M1OA 1T8EA 4UAFE 3ZSRA 4BGBA 5KTQA 3EYZA 3HXMA 2BTFA 4KAZA 2OTLN 1YHQN 4DB3A 1BRZA 5HRPA 3L3VA 4CZHA 3V1QA 1HJOA 4O0IA 3TAQA 4DG1A 4DSLA 4ILJA 3TSPA 3A0IX 1UAXA 1NK6A 5CZ1A 4DV3K 4DQQA 2FSNA 4Z4CA 1NGEA 4V19S 1NMNA 3SMSA 4DV2K 3H08A 1I2UA 1IG8A 4FJ5A 3VQ4A 5GINA 4RW9A 3VF4A 3CCLN 3HJFA 3KWIA 1NK5A 3OTOK 4FM0A 3PX4A 3VPZA 2LY6A 5BN9A 3CCMN 1WSGA 2ETJA 1BIZA 1A5WA 2P9NB 5JS1A 4BR7A 4CHOA 4WQ4A 1T7AA 4H4OA 3V9SA 3B6PA 3HK2A 5KPZA 4IFVA 5HRSA 3KWGA 1YVNA 4R5PA 1N36K 2P9IB 3VEVA 3H3OB 3WEEB 4OKEA 4CIEA 5BRFA 4FWPA 3RR8A 4I6MB 3LPTA 2Q36A 3MEDA 4CJUA 3THXB 4PL8A 4JRQA 5KRTA 1IG9A 3U6FA 4CJVA 4DS5A 1R0AA 1EXQA 3AVJA 1Q7YO 3I56N 5C42A 4LSLA 1BWFO 3DLRA 2B6AA 2GUPA 3PX0A 4HUFA 1NJIO 3O9SA 2F4VK 1WWNA 1C0UA 4CEOA 2X6SA 3GKUA 3F2KA 4CK1A 1L4VA 4FLZA 4GW6A 4M3XA 3RVCA 1I39A 4LF6K 4H5WA 2PBDA 5DK5A 4DF8A 1B92A 4DR5K 4HHFA 3TSQA 1WN7A 5BN8A 3TAGA 2ITGA 1TUYA 1KQSM 2KBJA 4JS4A 1HMVA 4NYNA 1CXQA 3JYTA 2JWKA 1LWCA 3PSMA 4KFBA 4BY9C 3ITHA 4L8RB 3QLHA 2P9KB 4FVMA 3VQ8A 2I61A 3C0BA 3HP6A 1U47A 4E7HA 5HROA 2B5JA 2CH6A 2GTDA 3DRRA 4C8KA 4CFBA 1LV5A 4E3SA 3CCRN 3OJSA 2YX6A 1SNBA 4DFJA 4FZXC 2P9IA 2P1JA 3VQBA 3DLGA 1KAYA 1Z6RA 3A2FA 2QKKA 4G9ZA 4AHCA 2O8FB 4B1UB 1ILYA 2A41A 4I6MA 2ASMA 3MN7A 4FOEA 4K41A 3THXA 3DXMB 2BRZA 1YVUA 3OYIA 3TARA 4H4MA 5BR9A 4QS8A 2KGQA 1GOCA 4QCLA 1QHAA 3I0RA 1JZAA 2A7TA 2YEOA 1YAGA 4HE7A 4IEEA 2Z1JA 4XJXA 2WFBA 2NNWA 3OJUA 1DQ7A 2V7YA 3ISNC 3HSCA 2D0PA 1DLOA 4B9SA 3U3GA 4LH5A 3OYEA 5E41A 3ENOA 1KFSA 1Q18A 1NK0A 1UWBA 1T44A 3BZKA 1L3VA 2F7TA 5C25A 4WQ5A 3CW4A 1Q8IA 3PSIA 3ZT3A 4IXCA 3KHWA 1RT7A 4FJLA 4QAGA 2FSKA 2LY5A 2F96A 2P9LA 5KPTA 2VQFK 2LI7A 3J7AP 3EEQA 1RTIA 4B1WB 2A5XA 2XY8A 1A5VA 3C65A 1IBLK 2CGKA 4EZ9A 2P9KA 1X9WA 4FLXA 1GOBA 1GLEG 1S1VA 1VSFA 4HHTA 1I6GA 4M3YA 3QMLA 2E4LA 2VG6A 4CHNA 1NRBA 4FWOA 4DQRA 3BP8A 2BDPA 2MBKA 1VQ8N 3FLCO 4DTOA 2Q2RA 1HX1A 5C24A 1JLAA 4C1NI 1NMDA 3SV3A 1QZ6A 2O8FA 3KJVA 4B3MK 1JKHA 3DXMA 3N4QA 3FFKB 5T7BA 1RDDA 1VQ9N 1K9MO 1N8RO 5JENA 4AHRA 4JI4K 3ZSXA 1BQNA 1BCOA 4DU4A 3GG4A 2IDOA 1EETA 4I2QA 1MWKA 3CPWM 3KHYA 2I5JA 3CCJN 1B9DA 3CCVN 3PIOL 4KPYA 4DV6K 3TAMA 5I9EB 4IG0A 1FH3A 4N47A 5KK4A 3MX2A 5M1QA 1S1TA 3NH1A 4IWVA 3DRPA 5FPNA 2FLOA 3V6DA 1HYZA 5JVGL 3TTCA 3ZCMA 3OYDA 3K9KA 1PE4A 1TL1A 5SWMA 3DM2A 4HUEA 1YUWA 1HYVA 4HWIA 3NVMA 3CFPA 4O55A 3NF7A 5KRSA 4FJXA 2HMPA 4AHTA 3D45A 2GL1A 3K57A 3KKRA 4JK7A 2A6AA 1YTUA 1T6CA 1RDCA 3IFRA 1NK7A 4BQLA 2ZF5O 3OVNA 1BA1A 4X64K 4BE1A 3SJJA 5KI6A 2X74A 5FPEA 5J2PA 5JMVA 4JN4A 5AZJB 4F3TA 2XY6A 4B9VA 3QERA 1EQYA 4GVMA 4BRIA 3T19A 3KLGA 1J54A 1VHXA 1VQLN 1QQNA 2YCHA 3RRGA 1YI2N 4FVUA 3CYMA 3K5OA 4DQ8A 4CJKA 2FBYA 5HBMA 4CZKA 2IVNA 1HKBA 2YHWA 5F0XA 2OCEA 4KHSA 3GL1A 4U67L 3E66A 1LCUA 3NH0A 1CXUA 4B1XB 1C0GA 3G71N 2LR3A 1K8KA 4FSVA 1QS4A 1ASVA 4DSFA 1HLUA 5LMUK 4ZTFA 4FM2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3O4W A;  2YNF A;  3BK3 C;  3J7Y P;  3MWT A;  4JK8 A;  5F1X A;  4B9U A;  1Q82 O;  5C0Y A;  2SN3 A;  3Q7C A;  4M45 A;  3AAR A;  3H1V X;  2FF3 B;  1J53 A;  5TKW A;  4BRF A;  2G8H A;  1ZYV A;  1NJX A;  4ID5 A;  2O8D A;  2AP1 A;  4OKK A;  3CM6 A;  2OAN A;  4CF2 A;  1TAQ A;  1JLB A;  1IBM K;  1SL0 A;  4B1Y B;  2IVP A;  4FJ8 A;  1CZB A;  2KLA A;  3ID6 A;  3C7N A;  4W5N A;  1YJ9 N;  1REV A;  3LDQ A;  3OS1 A;  2EWS A;  2IVO A;  3F73 A;  2LJ7 A;  5M1O A;  1T8E A;  4UAF E;  3ZSR A;  4BGB A;  5KTQ A;  3EYZ A;  3HXM A;  2BTF A;  4KAZ A;  2OTL N;  1YHQ N;  4DB3 A;  1BRZ A;  5HRP A;  3L3V A;  4CZH A;  3V1Q A;  1HJO A;  4O0I A;  3TAQ A;  4DG1 A;  4DSL A;  4ILJ A;  3TSP A;  3A0I X;  1UAX A;  1NK6 A;  5CZ1 A;  4DV3 K;  4DQQ A;  2FSN A;  4Z4C A;  1NGE A;  4V19 S;  1NMN A;  3SMS A;  4DV2 K;  3H08 A;  1I2U A;  1IG8 A;  4FJ5 A;  3VQ4 A;  5GIN A;  4RW9 A;  3VF4 A;  3CCL N;  3HJF A;  3KWI A;  1NK5 A;  3OTO K;  4FM0 A;  3PX4 A;  3VPZ A;  2LY6 A;  5BN9 A;  3CCM N;  1WSG A;  2ETJ A;  1BIZ A;  1A5W A;  2P9N B;  5JS1 A; 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