2ITGA

Catalytic domain of hiv-1 integrase: ordered active site in the f185h construct
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The catalytic domain of human immunodeficiency virus integrase: ordered active site in the F185H mutant.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 INTEGRASE
total genus 37
structure length 160
sequence length 160
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2itgA00
1S5JA 1TK8A 4CK1A 4CEFA 4CGIA 4GVMA 2VG7A 2EHGA 3PO5A 3HVTA 3SPZA 1XI1A 3S9HA 4DS5A 4ELTA 4OLBA 2XY8A 4FM2A 4C8OA 3NHGA 1RBTA 2G8WA 4Z4GA 4BE1A 3VQCA 3BDPA 4HUGA 3AVHA 3AVFA 4OGEA 4CJTA 4DF8A 1RDAA 1HJRA 3SQ1A 1Q9YA 4CGFA 3PO4A 3AVCA 4CJ4A 3O3GA 3SI6A 4DU3A 1X9WA 1WSJA 2RKIA 2WOMA 3C6UA 2IOCA 5E41A 4CF0A 4NCAA 1IKWA 4M3TA 1BI4A 2IC3A 3OYIA 2ATQA 4Z4EA 4KTQA 3V9XA 4OLAA 1KLNA 3D0PA 4PWDA 3QEVA 4IFYA 4JS5A 1J9AA 3OJUA 1HNIA 1S1VA 4CFBA 3SQ2A 1HYZA 5K14A 1D8YA 3WNEA 1J5OA 4KKOA 1S9GA 3L2QA 3MECA 1Q9XA 1S6QA 3OYGA 3ZCMA 3HPOA 4B9TA 1LWEA 3OYCA 5J1EA 1S6PA 4W5QA 4J2AA 4CF8A 4B9VA 2AJQA 2QXFA 4H4OA 2OPSA 3NF7A 1NKEA 3DLKA 1X9SA 4KHUA 2G8IA 2HHXA 3VQEA 2OZSA 1BCOA 4LY7A 4J2DA 3AA5X 3QEXA 4CHZA 1X1PA 3PUFA 2Z1JA 1RDCA 1RTIA 1UOCA 2VWJA 2GV9A 3V6DA 4CJQA 1U45A 3CFPA 1HRHA 2BDPA 5KRSA 1D9FA 2Q3SA 3T19A 3V1OA 3ULDA 1ASVA 4F2SA 3ZSVA 3S3NA 3TAPA 4M45A 1ZBUA 4DFJA 4BACA 3QIOA 3I8DA 4DTOA 1XHXA 4CHQA 1RTDA 3KJVA 4EP4A 3M8PA 1BL3A 3VQDA 1QSSA 2OA8A 4ELVA 4IG0A 1YT3A 1B9DA 5HBMA 2G8HA 1RNHA 3VQQA 3HT3A 2F8TA 4DSEA 3PX4A 1JLBA 4DFPA 4FJ7A 1RILA 3CM6A 4B9MA 3TWHA 4DQIA 4QOZB 4M42A 3VQ7A 2XO7A 4CEDA 1WSEA 4KREA 4RW6A 1FKPA 4IG3A 3ZSZA 1U4BA 2KFNA 2IS3A 4W5NA 1HYVA 3DI6A 4FZYA 3IRXA 3TR8A 1C1BA 3O4NA 4CE9A 4E7JA 4KHSA 3THVA 4PQUA 4OPKA 4E7KA 4CJ5A 4E89A 4CHNA 3VQBA 1A5WA 1VSIA 4NCGA 3AVLA 3ZT1A 4CJRA 3L8BA 3LP0A 3WNGA 4KHNA 3NAEA 2P51A 1IO2A 4YNQA 4FYDA 4LSNA 1NKBA 4TSXA 3NDKA 3M8QA 1VSHA 2F96A 5KGWA 5HRPA 5J2QA 3T1AA 2YKNA 1BCMA 1BIUA 2I5JA 4DSIA 1NK0A 4Z0UA 4G1QA 4F3TA 1CLQA 3CFOA 4CERA 4FJGA 3OJSA 2P1JA 3SPYA 1QQCA 3H08A 2DFFA 3LPUA 2NUBA 3RRGA 5FROA 5I42A 1C1CA 2DFHA 5DMRA 1NK7A 4LH4A 1GOBA 4CEQA 3ISNC 2X6SA 3L3VA 3QLHA 4M3ZA 4JRPA 3VQ4A 1KFDA 2OPQA 4DQQA 4AHVA 3V1QA 2HHSA 4FJXA 4E1NA 5HRNA 1ZYQA 3E01A 3SJJA 3DLRA 5J2MA 4CK2A 1LW0A 4JLHA 3VQ6A 1TKDA 2P5OA 4FJLA 4CIFA 4J2EA 4OGCA 2HVHA 1CZBA 1VSEA 4DFKA 1QS4A 2JLEA 3AVIA 3TARA 3SNNA 2F8SA 1LWFA 1O1WA 1UAXA 1B9FA 5CYQA 4B8CA 5HLFA 2FBYA 2Z1GA 1JL2A 1G15A 3P1GA 4KTZA 3RMAA 4CJFA 1TK5A 1TGOA 1S1XA 4I2QA 4J2BA 4L8RB 1W9HA 4CEAA 3KKSA 3P5JA 3SV4A 1EX4A 3CM5A 3TABA 2Z1IA 2HNZA 4FJIA 1UA0A 1ASUA 1WNSA 3ZSWA 3LAMA 2G8UA 4DU1A 2IGIA 2YHBA 3ZT4A 4KRFA 1HMVA 2E4LA 3V9UA 2D0CA 4CJKA 2G8VA 1MU2A 2ITGA 4DQPA 3AO4A 4DSLA 3VA0A 4E0DA 1LV5A 3F9KA 3HP9A 4FW2A 4DWIA 3ZSYA 2RN2A 3SQ4A 5J2NA 1IKVA 2FBXA 2OPPA 4Z4IA 4N5SA 4BDYA 1BQNA 1TKTA 1VSFA 3HPHA 5I3UA 1N5YA 2B5JA 2RF2A 1A5VA 4KHQA 1WN7A 1L3UA 3RMDA 4HUEA 1W0HA 3K5LA 4FLUA 1C0UA 2VG5A 4DTNA 5KRTA 1XC9A 1SKWA 5JS2A 3C94A 3NBPA 3HXMA 1JLCA 1TV6A 4FJ8A 1TAQA 3HPGA 3MAQA 3IS9A 1RDBA 4M3YA 1SKSA 1RT4A 1JLQA 3IAYA 1L3VA 2KTQA 4RW7A 4CJ3A 2YNFA 4FLVA 4M3RA 4DG1A 1RT5A 4KHYA 5HP1A 1C6VA 3OS1A 3T3FA 1WAFA 3VQPA 4CGHA 2DTUA 1RBSA 4E7IA 1U48A 3B6OA 3SCXA 4FW1A 4H4MA 1FKOA 4I7FA 5T7BA 4O0IA 4CFCA 2IDOA 1ITGA 3OYDA 4I9LA 1VRTA 4FLYA 3K59A 1Z25A 5KTQA 3AO2A 3G10A 3TAMA 3O3HA 4CHPA 5JS1A 4B08A 4DTMA 3PY8A 3DOLA 3HM9A 1Y97A 3M8RA 1QTMA 3KK3A 2HMIA 1DTQA 3VA3A 3U6FA 4B3OA 4HVJA 4E3SA 5HROA 3MXIA 2G8KA 3PX0A 1KVAA 3K5MA 3KD1E 4M3UA 3O3FA 3KIOA 1T03A 1RT2A 4Y1DA 4I2PA 3RTVA 4FZZA 2X78A 2W42A 3ALYA 5HRRA 4AHUA 3MXJA 3C95A 4N47A 3QNNA 1RBRA 3AA3A 3CFRA 4KI4A 2HVIA 3ZSXA 1X9MA 3LP3A 4EP5A 1RCHA 4DF4A 4KV8A 3LWMA 4IKFA 4CFDA 1SV5A 5KI6A 2G8FA 3RR7A 1BISA 2O4GA 4FLTA 2YNIA 3OY9A 4DTXA 1SL1A 2D0BA 1LWCA 4RG8A 4E1MA 4CCHA 5D3GA 2XY7A 3K5OA 4GW6A 1HNVA 3TI0A 1EETA 3ZT2A 2R7YA 3L2UA 3SUNA 2HHUA 3HJFA 3OS0A 4DSKA 4Q0BA 2KZMA 1EKEA 3AA4A 4XIUA 1U47A 3LWLA 1VK0A 1SUQA 3LZIA 3IG1A 3K2PA 3KLHA 1KRPA 2PYJA 3CYMA 5CYMA 1Z26A 4AHTA 2XHBA 4OVLA 3KKRA 1L5UA 2B4JA 3OYBA 3CG7A 1CXQA 3JYTA 1WLJA 3I0RA 4ICLA 2KW4A 1T7PA 4JS4A 4DTUA 4HCCA 1EXQA 4BE2A 2DY4A 4Z4FA 1TKXA 3KLIA 3V9SA 3PV8A 1NJYA 1BHLA 3DM2A 1J53A 4Q5VA 1GOCA 4E19A 3S3MA 2BE2A 3UIQA 3AVNA 1NK9A 3A2FA 4FLWA 4DS4A 4KB1A 1ZBFA 3V9ZA 4ZTFA 1VSKA 4AHSA 4BWMA 1LW2A 3LZJA 1SL2A 4FJ5A 2Y1JA 1T8EA 1SL0A 1NK5A 3M8SA 1Q8IA 3MXMA 2QK9A 4N56A 4FCYA 4NYFA 1LAVA 3G0ZA 4CK3A 3TAGA 1BQMA 1A5XA 3I0SA 3RMCA 3DRRA 4DTRA 2D0AA 4IBNA 1SKRA 4AHRA 4BDPA 1ZBHA 4C8LA 1XWLA 4LD0A 3F73A 4K8XA 4DU4A 3S3OA 4FK4A 2KZZA 2E6LA 3AVBA 3DYAA 3HSTB 3HL8A 3ZT3A 3OYAA 4E7HA 1T05A 1QE1A 1VSJA 4OKJA 1U49A 4FJ9A 4BE0A 1NOZA 1I39A 4FZXC 3KLFA 3DLHA 3BGRA 3DRSA 4DQSA 4DTSA 5FDLA 5C24A 3KK1A 4CFAA 1KTQA 3MEDA 3TAFA 1GOAA 3V1RA 4CF1A 3L2VA 4KI6A 1KVCA 1D5AA 2FBVA 4LH5A 4CJWA 1YTAA 2RPIA 4Z4CA 3TAEA 1JKHA 2ETJA 1BI4B 3LP1A 1RBUA 5CY4A 4CGJA 3AO5A 3ZSQA 1TL1A 2X6NA 3U3YA 2VG6A 4KB0A 3AVMA 2BGGA 3P83D 4O4GA 1BIZA 3QESA 3ZSRA 4NYNA 2KQ2A 4AH9A 4CECA 1D9DA 1HQEA 3AO1A 4OJRA 2PZSA 4FJJA 4BDZA 2HNDA 5SZTA 1RDDA 1NK4A 4OPJA 3KTQA 2Z1HA 3WNHA 1VRUA 4YFUA 3AA2A 5C42A 1FK9A 5C25A 3OYKA 3NE6A 3QNOA 1L3SA 4KTWA 1WSIA 4CF9A 2YNHA 3DLGA 3L2RA 4FXDA 4CEEA 5HRSA 1RTJA 1S1WA 1F21A 4B9SA 3NF9A 3NGIA 5EU7A 4R5PA 5KGXA 2QKKA 4LSLA 4QCLA 1RBVA 3NFAA 3L3UA 1KVBA 3SUOA 2E6MA 1S1TA 1VSLA 2YNGA 3D45A 4CGDA 2EX3A 4QAGA 1EP4A 3U3GA 4CJSA 3C6TA 2HB5A 2XRIA 2HHQA 3SZ2A 3V81A 3DRPA 4EZ9A 2JGUA 1CXUA 1REVA 4FK2A 3TANA 4M3WA 4FJNA 4W5RA 3KLEA 1NKCA 1NJXA 1ZBLA 4CIGA 5FRMA 4IFVA 3SQ0A 4E7LA 3FFIA 1TAUA 1UWBA 3K5NA 3OYJA 4ID5A 4W5OA 1JLGA 5J2PA 3LPTA 3JSMA 2HW3A 1U04A 3ZT0A 3LANA 1DLOA 3VQ8A 1N6QA 2ZD1A 3MEGA 1LAWA 1TL3A 4CEBA 4FM1A 2Y1IA 2D5RA 1TVRA 2GUIA 4UQGA 3OYMA 3OYLA 3SV3A 4F3OA 4ZHRA 3K57A 3QEWA 1C0TA 4FLZA 1B92A 1VSMA 1KFSA 2YV0X 1KSPA 3B6PA 3RRHA 4ID1A 3QO9A 4O0JA 4RW9A 1ASWA 1RT1A 4KO0A 4Z4HA 3RMBA 5DK5A 1XHZA 1NJZA 3HVRA 4DLEA 1NJWA 1YTUA 3HK2A 1QSYA 3AVKA 3NGYA 4FK0A 3QERA 2OPRA 3NGZA 3V9WA 4DSFA 1NK8A 1KLMA 3V4IA 4FVMA 4CESA 2X74A 1JLAA 2ZE2A 5SWMA 1TKZA 1L3TA 3SUQA 4CEOA 1WSFA 3DMJA 3NH1A 4KAZA 3AVGA 4M41A 3KD5E 3DOKA 4O55A 4KFBA 4HUFA 3LDSA 4FJHA 4K8ZA 4WE1A 1IG9A 2FC0A 3NCIA 4KPYA 4NCBA 2XY5A 1NK6A 2OYQA 2B6AA 4CJUA 3QINA 1RT7A 1DTTA 1S1UA 3VQ9A 4FJKA 1IKYA 4C8MA 4CJEA 4FLXA 4CJPA 4FM0A 3MEEA 4W5TA 4DFMA 3RWUA 1K6YA 4HTUA 4CIEA 4I9QA 1FXXA 4PUOA 3AV9A 4JRQA 1RT6A 2LSNA 2HHVA 3OS2A 2IAJA 4DMNA 1BGXT 3AVJA 4MQ3A 3EZ5A 2PYLA 4HHTA 4B9LA 1C0MA 2WONA 1J54A 4FJMA 3NF8A 5FRNA 3QETA 4O44A 1VSDA 3AO3A 4IDKA 4O5BA 3CQ8A 4B9NA 4C8KA 4ELUA 4B8AB 1JXBA 2A1RA 3OYHA 3QIPA 3KLGA 3KK2A 2PY5A 4N76A 3NH2A 4DQRA 3OYFA 4DTPA 5CZ1A 4AHCA 1IKXA 1C1AA 4RW4A 3SUPA 4F4KA 3TAQA 1S9EA 3DLEA 4CJVA 1UA1A 3HO1A 4RW8A 1RT3A 3OYEA 2XY6A 3RR8A 1CZ9A 1WAJA 3QEPA 4EZ6A 4CEZA 3OVNA 1I3AA 1IH7A 4KHWA 3PX6A 1KCFA 4CHYA 3OYNA 1YVUA 4M3XA 2DFEA 1ZBIA 2QKBA 3ITHA 3K58A 2VWKA 3DLBA 3HP6A 3EYZA 4OKEA 2O4IA 4OKKA 3HYFA 1NOYA 1WSHA 4CGGA 2YHAA 2A1SA 4MFBA 4CHOA 1QSLA 1JLFA 2OZMA 1RTHA 2P5GA 4N41A 4BWJA 4HCBA 1JL1A 3EY1A 4DLGA 4B9UA 2YKMA 3L2WA 3LP2A 4Y1CA 3WNFA 4F2RA 3NH0A 4DSJA 4PY5A 1QHTA 3VN5A 2ZQBA 1JLEA 1WSGA 3O4QA 3VQ5A 1R0AA 3QEIA 2HHWA 2GBZA 4GMJB 4AILC 3ASMA 4PA1A 4F8RA 1TK0A 1HQUA 2HNYA 4H8KA 1JXEA 3NF6A 2BANA 4CF2A 3SYZA 3VQAA 4ZTJA 2FBTA 5CZ2A 4CJLA 3AVAA 1HPZA 3ZSOA 3LAKA 1HYSA 4C8NA 4DTJA 3LALA 2KFZA 2HHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S5JA 4CEFA 3J7YP 3QBXA 2EHGA 3FE1A 4FWLA 3HVTA 1XI1A 4OLBA 3S9HA 4DS5A 2D0OA 5ELZA 1NGBA 3NHGA 5AQIA 4BE1A 3VQCA 1HNXK 4PKHA 4HUGA 4CJTA 4H0PA 3VERA 1NGGA 4K0KK 3M3ZA 3BF3A 2BTFA 1WSJA 5FPDA 1X9WA 2P9NB 4UY8O 4OLAA 1KLNA 3QEVA 1J9AA 2ZJRL 1HNIA 5K14A 3WNEA 2ZF5O 1S9GA 1WB9A 4GKJK 3OYGA 2P9KA 3ZCMA 3OYCA 1LOTB 1S6PA 2HSTA 4W5QA 1YJNN 4CF8A 4B9VA 2AJQA 2QXFA 3FZMA 4H4OA 1NKEA 1X9SA 2OZSA 2P9UA 3AA5X 3PUFA 1RTIA 1UOCA 2VWJA 2GV9A 5M1FA 1HRHA 2Q3SA 4A2AA 1ZBUA 2WC9A 4BACA 4FOEA 3I8DA 4FWKA 2P9NA 2E2NA 1XHXA 3KJVA 4R79A 4EAHD 2OA8A 3VETA 4ELVA 5BR8K 3QBWA 1YT3A 5HBMA 4DB3A 2G8HA 4PKIA 2E8AA 4QOZB 1O13A 3QICA 1XNQK 1GLLO 2QWOA 3BEXA 3JAMO 4IG3A 4FZYA 4FPBA 1U2VB 4YOTA 5LJVA 4E7KA 4E89A 1KD1O 3VQBA 4AM7A 1VSIA 1IV0A 4NCGA 3SJHA 3L8BA 3LP0A 4KHNA 4A61A 3NAEA 4OO1J 1NKBA 3NDKA 4B1XB 5HOOA 5KGWA 4JD2B 1BCMA 2QI2A 3QB0A 1CLQA 1NK0A 4Z0UA 3ENBA 4FJGA 2P1JA 3TSPA 2Q2RA 5DMRA 2E1YA 1OVQA 1XNRK 1KAZA 2OPQA 4J8FA 4E1NA 4XH5A 3SJJA 3ID6A 4JLHA 3VQ6A 2BH1A 4DFKA 2JLEA 2F8SA 1U2VA 4DV0K 1UAXA 4FWNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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