4BRFA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with a distorted orthomolybdate ion and amp
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
358
structure length
358
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
total genus 120
structure length 358
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brfA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brfA02
3VEYA 2FSNA 3LM2A 4CZHA 1X3NA 4FWQA 5AQRA 3SJHA 3MN6A 2D1KA 4A62A 3O8MA 3L4IA 2NRHA 2Q0UA 4M63C 5JLHA 5AQOA 2Q2RA 3KVGA 5I9EB 2GUPA 3W3DA 2P9PB 3OHRA 4BGAA 4BG8A 5F0XA 5AFUH 1KXPA 1JCFA 3CETA 3FZMA 4XH1A 5AR0A 2HMPA 4BGBA 4EIAA 3BF1A 1TYQA 3WXIA 2CGKA 4H5RA 5ELZA 3EN9A 5BPLA 4A2BA 2I7PA 5JLFA 3WUHA 1XC3A 2E1YA 2F9TA 5AZJB 2Q36A 4YDUC 5AQIA 4WQ4A 2P9UA 5AQJA 3FZFA 4KBOA 4FWLA 3ULEA 3RSEB 2PBDA 1T6CA 5F1XA 3D2FA 4XEIA 2QM1A 4MO5A 4H0TB 2E2OA 3IUCA 1BOTO 4BR2A 3EL2A 5AQSA 3D2EA 4QS7A 4PL7A 4H5WA 4XH4A 5TKYA 2ZGYA 2QWLA 1ATRA 3UKUB 4BRPA 4JD2B 1HJOA 3L0QA 1GLFO 1SQKA 5KPZA 5AZIB 3BEXA 5LY3A 2IVPA 5LJWA 3BUZB 4I6MA 2IVOA 3TPQA 3VGLA 1ATNA 1YXQA 3M6GA 3C0BA 5AQGA 5ADXH 1NGEA 1K8KA 2ITMA 4CZFA 3GE1A 4H0XB 4K42A 4H5NA 3QFUA 1YUWA 5E26A 2QW9A 4EFHA 3FLCO 3WXLA 5BN8A 2ZWHA 4WYBA 5AQXA 3ZEUA 1KAZA 1LOTB 4FL9A 1P8ZA 3WQTA 3AY9A 2P9LA 3FR0A 4B9QA 1U2VA 3H46O 1MWKA 4A61A 2A5XA 1JCGA 1HKCA 5EY4A 2P9KA 3FZLA 5FPNA 2AA4A 1JCEA 2P9NA 3U4LA 5JMVA 4FOIA 2CGJA 2W41A 2A42A 5JICA 2YJEA 4CZKA 1QQMA 5BN9A 3UKRB 4IZ9A 4CBUA 2QWOA 4EAHD 4FPAA 5BPMA 2D0PA 4H5TA 4PKIA 3G25A 3CQXA 2FF6A 3D7EO 3VOVA 4H0YB 3VESA 1V4SA 1HLUA 1SAZA 1EQYA 3LDQA 3ZX0A 1ZXOA 2OANA 5LJVA 4K25A 4JHDB 3SK3A 4CD3A 4M7YA 2E88A 3UB5A 2QWMA 1E4GT 3HTVA 4CZLA 4J8FA 4BC5A 4IJNA 3MCPA 3DAWA 4QS8A 3ATUA 4BRFA 2E20A 4BRKA 3GG4A 1NGGA 3CHWA 5EVZA 3JS6A 3W0LA 3AARA 1QZ5A 4BR4A 1C0FA 2QWQA 2YJFA 3CIPA 4BR0A 4RWTA 4PKHA 1GLBG 4I6MB 3DXMA 3ZETA 3CQYA 4BROA 1BU6O 4K41A 1Z6RA 3LL3A 1DGKN 1IJJA 5BREA 4ISFA 5AQVA 3ZX3A 3EO3A 2Q31A 4H0VB 2P9IA 5EOYA 2QWRA 4WQ4C 2AP1A 4PL8A 3FFKB 2YI1A 3WT0A 3CJBA 3VEVA 3I8BA 2ASOA 3LDPA 2VCPA 4PKGA 3WEEB 4C23A 1HX1A 4CJ7A 4L3QA 3CERA 4BRDA 1KAXA 3CJ1A 1IG8A 1NGJA 1QQOA 1WUAA 2GWJA 2Q0RA 2GEMA 4FWSA 4BRAA 2ZGZA 2V7YA 1SZ2A 1HKBA 2KHOA 2P9SA 3LDLA 3SLCA 3TU5A 5AFUA 2ASPA 3A5NC 2NLXA 3SMPA 5FPEA 1C0GA 1CZAN 3DXKB 5EX5A 3HM8A 1T6DA 2A41A 2CH6A 5AQLA 3SMSA 3BP8A 4DHYA 3FZHA 2DPNA 2YCHA 3WQUA 4YDUA 1H1VA 1RFQA 3QMLA 2ZF5O 3QDKA 3FGUA 2E2QA 3GDQA 4FWRA 2F9WA 4H03B 4RTFD 3O4WA 1ZBSA 1QQNA 1NM1A 4JAXA 4O5FA 2D0OA 1NGCA 2E8AA 3B8AX 4B1UB 4ISGA 1X3MA 5AQYA 3P4IA 3ATVA 2HF4A 1T44A 1GLDG 4MO4A 2GWKA 4MLEA 2P9PA 3VEZA 2IVNA 1YAGA 4IJAA 4CI6A 4CD1A 3MDQA 4CZJA 4BRGA 4M7XA 1YVNA 4DQ8A 3DXMB 2Q97A 3H3OB 5BRFA 3DJCA 4BC2A 4BR9A 5EXWA 4IO8A 3H3NO 4H0OA 2FSJA 3H45C 4HTLA 2GTDA 1XUPO 4BRQA 4FOEA 4RCHA 4BR5A 4BVOA 5ADXA 3CJAA 4BQZA 1J6ZA 3UE5A 1TYQB 3MMVA 4CZGA 5AZJA 1BA0A 2P9IB 4WQ5A 3U9DA 1BWFO 5B8HA 5FPDA 2J4RA 3M1FA 3HZ6A 5BRHA 3H1VX 2EWSA 3R8EA 1RGIA 3LDOA 2ASMA 2A3ZA 3RSEA 2FXUA 1GLEG 3GBTA 5FPMA 1NGAA 2CGLA 2QWNA 4LC9B 1GLJO 2P9UB 2H3GX 3I33A 1WOQA 4BRNA 2Q1NA 3EKUA 1V4TA 3U8XA 1D4XA 5BPNA 3ULEB 3A5OC 5KPTA 1HPMA 3D2FB 1MA9B 5AQMA 3UKUA 2BUPA 4JD2A 4BRLA 5CE3A 3O08A 4K43A 5AZIA 4F9OA 2YHYA 4B1VA 1MDUB 3D2EB 4FSVA 2YHXA 1S22A 3WXJA 4DCHA 3A5MC 1BDGA 3GOIA 2WUSA 1LCUA 1QZ6A 4BR7A 3BF3A 3ENOA 3QB0A 4FWNA 1R59O 3EKSA 1HKGA 1BA1A 1NBWA 2D4WA 3ID8A 3VF6A 5AQPA 4B1ZA 1BG3A 3R9PA 1K8KB 2E2NA 5AQFA 5BRDA 4QS9A 5AQTA 4E1JA 4FO0A 1Z05A 3ZEUB 5AQQA 1E4FT 2P9LB 2V7ZA 5KPRA 1U2VB 3O80A 4FWMA 3QBXA 4IXCA 2E2PA 2FSKA 4FPBA 4ISEA 1GLAG 2P9KB 1GLCG 4NO7A 4O8KA 3VETA 3VGKA 2GELA 2P9NB 3UKRA 3GL1A 3S41A 3O1WA 3CJ9A 4JNEA 4BRHA 4BC3A 3FZKA 1ESVA 3VPZA 1NGFA 2A40A 3CI5A 3MN7A 3VF4A 3CJCA 3C7NA 1ATSA 4BG9A 1NGIA 4H0PA 4CBWA 3H1QA 2IIRA 4JHDA 1NLVA 4EHTA 1Q18A 1HUXA 3O6WA 3O1BA 4BRMA 1OKJA 3R6MA 3QBWA 4H5VA 3M3ZA 1MWMA 2CH5A 2I7NA 1ZC6A 2UYTA 5F2RA 3L6QA 2BTFA 4IWVA 1NMDA 1U6ZA 3CJ7A 3MK6A 1BUPA 5E84A 4BRIA 4BQLA 5KQ8A 1DKGD 3QFPA 3KZBA 1G99A 2A6AA 4NB4A 1NGBA 2QXLA 4CBXA 3VGMA 1KAYA 2NZTA 3AAQA 3MN9A 3O5BA 4Z94A 3HBTA 3MN5A 4MLHA 2E1ZA 1X9JA 2W40A 3ZETB 1TUUA 4BVPA 4B1YB 1BO5O 5AQUA 4BC4A 4EHUA 1NWKA 3VF2A 4CZIA 5AQKA 4WQ5C 3LDNA 3VERA 3KHYA 3IFRA 3A8YA 3VEWA 2PAVA 3HSCA 3QICA 4DB3A 1RDWX 2V51B 3WEEA 1GLLO 3H6EA 2VYPA 4HWIA 2HF3A 3LM9A 4CZEA 3J8AA 5AQWA 1Y64A 3A0IX 3VEXA 4FWOA 4Y0WA 2HOEA 3ZX2A 4JN4A 1NGHA 5AQHA 3DWLA 2V52B 4FWPA 3AAPA 1DEJA 3VENA 4CZMA 1NGDA 3IDHA 5AQNA 3DXKA 3FE1A 5KQDA 2VWBA 3IMXA 2FF3B 2P9SB 3JXUA 5AQZA 3U9ZA 1TUYA 4BREA 2QWPA 3F9MA 1XQSC 3C7NB 4XH5A 4A2AA 3WXKA 4GNIA 4B1XB 2FLOA 1S3XA 4BRCA 3ENHA 2YHWA 4GY2B 3EZWA 3VEOA 4AM7A 3A5LC 4AM6A 1QHAA 5BR9A 3HI0A 4B1WB 4FWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CK3A 3THXA 2I5JA 4CZHA 1IKYA 1I94K 3SJHA 2XY5A 1T3VA 4I9LA 3MN6A 3SUQA 4NXNK 5GAGP 3C95A 2Q0UA 1C0TA 4M63C 2ZJPL 4FVMA 5AQOA 4Z4EA 3KVGA 2GUPA 5JS1A 4DSFA 5A2QO 1R0AA 1YTUA 4BGAA 3CPEA 3LAMA 3CC2N 5F0XA 3OVNA 4XH1A 4RW4A 3SV3A 4X62K 4JS5A 4EZ9A 4PUOA 3DOLA 1TYQA 4AQYK 4H5RA 5ELZA 2HSTA 3WXMB 3SQ0A 4CJLA 4BDPA 1XC3A 1BI4B 5MLCQ 2Q36A 4JKGB 3THWB 3RR7A 4KHYA 4CHYA 2PBDA 4DF4A 3H08A 4IFYA 4FM2A 1EWQA 3KIOA 1RTIA 4FK0A 1YJ9N 1VRUA 3AVCA 4JI0K 1BHLA 4QS7A 4H5WA 4JI1K 3ZSWA 2QWLA 1ATRA 3UKUB 3KLFA 3EE8A 2JLEA 3RRHA 2QTDA 3VA3A 3TTDA 2HNDA 3OYCA 3QESA 5LY3A 3SI6A 4DR7K 4CFCA 3BUZB 1VK0A 3LWMA 2IVOA 1EKEA 4DUZK 3ALYA 3VGLA 1YXQA 2QKBA 1IBMK 3M6GA 5AQGA 4NYFA 1U48A 4BE2A 3QFUA 2WONA 4FLZA 5HL7L 2YNHA 1S1UA 2ZWHA 1KAZA 4BDZA 2WFBA 3AY9A 1P90A 1U2VA 4HCBA 3H46O 1EX4A 1MWKA 3AVKA 3LP1A 4CE9A 4DS4A 1O13A 3FZLA 5FPNA 3SUOA 1ZBFA 1NJIO 2A1SA 2AA4A 3VQPA 3VQDA 4KHNA 4FOIA 4CFDA 1Z26A 1WSJA 2CGJA 1RDBA 1QQMA 3VQBA 4E7LA 3FFIA 4JK7A 3CFOA 3I56N 2G8WA 1HNVA 1YTAA 2D0PA 3ZSQA 2GX9A 4H5TA 1U4BA 3V1OA 3G25A 3CQXA 1SL0A 4DR6K 4JK9A 1D5AA 1V4SA 1HNWK 5D3GA 3LDQA 4JRPA 1OVQA 4CIGA 4K25A 4CD3A 2UXDK 1QSSA 1KVBA 3UB5A 2GUIA 4FJHA 1E4GT 1JLEA 1WSIA 4DV5K 4FW1A 4CZLA 3SNNA 3IG1A 1GOCA 4IJNA 1HR0K 3DAWA 2LSNA 4BRFA 4BRKA 4KFBA 3RMBA 3CM6A 4YNQA 3AARA 5FDLA 3NH1A 1VQ5N 2QWQA 4BR0A 4RWTA 1KLMA 4FJMA 2FC0A 4BROA 3DRRA 4I2PA 3OS1A 4KHUA 3RVCA 4ID1A 3EO3A 4H0VB 4CHNA 2WTUA 1HRHA 1SV5A 3LDPA 2B4JA 2VCPA 4QOZB 1RBVA 2XY6A 3V1QA 5HLFA 3CERA 1YJWN 3K58A 2EX3A 2G8VA 4FZXC 1VQ4N 4KI6A 2ZGZA 3QIOA 1XI1A 3L3UA 3SLCA 3SCXA 2IAJA 4LH4A 4KHPK 3AVHA 3SMPA 5I42A 5J2MA 3DXKB 5EX5A 4OGEA 2A41A 4DHYA 1NK5A 3CF5L 2YCHA 3SV4A 4YDUA 3KJVA 4DQSA 3S3OA 2ZF5O 4JKFA 1SS6A 3M8RA 3GDQA 2VWJA 4B3TK 1OH6A 2F9WA 4RTFD 3K9JA 4LF7K 3S9HA 3OTOK 4CGIA 4O5FA 1L3UA 4DTPA 3BY5A 4ILGB 1KVAA 5AQYA 4M3RA 2HF4A 1T44A 1OH7A 4PQUA 3NH0A 4E7IA 3VQ9A 3VEZA 4JI6K 4IJAA 4CZJA 1TAUA 4AHVA 2PYJA 3KWIA 1YVNA 4DQ8A 1QTMA 1YVUA 2Q97A 4YOVA 5FRMA 4IO8A 2HBKA 4IOXA 2KZMA 3SQ1A 2DFEA 3ZT4A 4BRQA 4FOEA 4AF1A 1J6ZA 1YI2N 3UE5A 3EYZA 3QNOA 5B8HA 3CM5A 5FPDA 3NF7A 2J4RA 5C42A 3HZ6A 3R8EA 1RGIA 2ASMA 2A3ZA 5FPMA 2CGLA 1NOYA 1GLJO 2NRRA 1WOQA 3J7YP 5BPNA 3TTCA 4I7FA 3JAMO 1ASUA 1N32K 1YF5L 5E41A 1RDAA 4GW6A 4JD2A 4BRLA 5BR8K 3NE6A 4FJ8A 4NCBA 4E0DA 2BE2A 4FK4A 1Q8IA 4FSVA 3MWTA 3KD1E 3WXJA 4DCHA 1BDGA 4FJ5A 1TKZA 2YX6A 2NRTA 3DLEA 4CERA 1KC8O 2B5JA 3EKSA 3V9ZA 2OA8A 3J7ZO 2G8UA 3ID8A 2BGGA 2FBXA 1CZ9A 3R9PA 3DMJA 1K8KB 2E2NA 1KVCA 1U47A 2W42A 5AQFA 4PY5A 1XHXA 5BRDA 4CJQA 4CJVA 4E1JA 4FO0A 1HPZA 2O8CB 1E4FT 3KD5E 4CGFA 2QXFA 3C65A 1NK8A 1CZBA 1LW2A 3CXCM 3PX4A 4IXCA 1CLQA 4ISEA 2P9KB 4CEOA 1GLCG 5KGXA 4A5BA 2GELA 4CK2A 3UKRA 1J53A 3L2UA 2KW4A 2IS3A 3CJ9A 5KRSA 3TAFA 1U49A 3QEIA 3VPZA 4HUEA 1X9SA 4CW7B 3C7NA 1VQ9N 1BGXT 4BG9A 2B6AA 3O9SA 1JLGA 1VSEA 4IFVA 4AHSA 4EHTA 1W0HA 3O6WA 3R6MA 1Y97A 3DRPA 2CH5A 2I7NA 1NMDA 3B6OA 1BUPA 5E84A 2HVHA 3RWUA 3NGZA 5KQ8A 2NRVA 2RPIA 2A6AA 4H8KA 3T1AA 1TK8A 3OYIA 3VGMA 5CY4A 2NZTA 1T05A 4DR4K 3HBTA 3MN5A 1K73O 2D0BA 4BVPA 3VQAA 1U45A 3TR8A 1WAFA 1RBUA 4JKEA 4EHUA 3OYKA 4CF9A 3T7ZA 1OVYA 5DMRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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