4BRFA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with a distorted orthomolybdate ion and amp
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
358
structure length
358
Chain Sequence
b'NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
total genus 120
structure length 358
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brfA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brfA02
3DXKB 5AZJB 4PL8A 4BR9A 2QWMA 4NO7A 4BREA 4GNIA 3WXIA 3H3OB 4EHTA 1JCGA 3AARA 1NGJA 4HWIA 2P9LB 1GLDG 3FZKA 4K25A 3SLCA 1E4FT 2IVPA 2Q1NA 3VPZA 4BVOA 2GTDA 1NWKA 1LOTB 3QMLA 2I7NA 1KAYA 1Z05A 3C0BA 4K41A 5ADXH 1NGCA 2Q31A 1SAZA 2E2PA 2W40A 4IJAA 2PBDA 5AR0A 4CZLA 2E2QA 4FOIA 3MMVA 5AQIA 4BC2A 4BRHA 3SK3A 3VETA 3H46O 4H5VA 5F0XA 2QXLA 3UKUB 3LM9A 2KHOA 1HKBA 2WUSA 2YHXA 4BRDA 4PKIA 1NGEA 4QS7A 3QBWA 4C23A 3I8BA 2ASMA 4BRQA 4F9OA 1NGIA 4JNEA 4K43A 1ZBSA 2ZGZA 2Q97A 3WXJA 2Q0UA 5AQGA 4B1ZA 1GLEG 3LDLA 4IXCA 4WQ5C 3U9DA 5BPMA 4BR5A 2QW9A 5ELZA 4IWVA 3R6MA 5AFUH 4DHYA 4FPAA 3DXKA 5KQDA 5AZJA 1WUAA 4BRIA 2F9WA 4B1UB 3F9MA 4H0TB 3A5OC 2HOEA 3O1BA 2HMPA 3M1FA 5KPTA 3SMSA 3ULEB 2QWLA 3RSEB 5BPNA 3R8EA 2P9LA 3U4LA 3VGLA 3FZLA 4J8FA 5BREA 1NLVA 2EWSA 3BP8A 1BDGA 3D7EO 4FWRA 3S41A 1J6ZA 3WEEB 4A2AA 4H5RA 3KHYA 2A3ZA 2E20A 1HLUA 2E1YA 4FWSA 5FPMA 4RTFD 2CGLA 3A5MC 3FZMA 3HM8A 3LDPA 4AM7A 4BROA 5ADXA 2Q36A 1CZAN 3CJ1A 2YHYA 2V7ZA 1NGBA 1QHAA 3DAWA 1NGFA 1QQNA 3LDQA 4Z94A 3EKUA 1GLAG 4O8KA 3UKUA 2IVNA 1DKGD 1QZ6A 3A5NC 1E4GT 2V7YA 5KPRA 3ENHA 1C0FA 1R59O 2P9PB 5AQPA 4PL7A 3QBXA 2FSKA 3SMPA 4RWTA 4FO0A 5JLHA 3UE5A 5AQRA 5BPLA 4FWQA 3VGKA 1RFQA 1HX1A 2NZTA 2YCHA 3HSCA 1TYQB 5BR9A 3VEYA 3BEXA 3WXLA 4B1VA 2P9IB 4BRGA 4MLHA 4EHUA 1MWMA 4GY2B 1HJOA 3G25A 2HF3A 3MN9A 1YXQA 5AFUA 5EVZA 5LJWA 2NLXA 5FPNA 4CZMA 4BC3A 4E1JA 4BC5A 2PAVA 2VCPA 3RSEA 3ULEA 5B8HA 1ATSA 2BUPA 1NGHA 1X3MA 1BU6O 1GLBG 4M63C 3VEWA 3ZX2A 1T6CA 1JCFA 4BC4A 3WEEA 3GDQA 1T6DA 4IO8A 4CJ7A 4KBOA 4FPBA 3KVGA 5BRHA 1RDWX 1S3XA 3H6EA 4JAXA 1MWKA 4QS8A 2J4RA 3U8XA 1KXPA 1V4SA 2P9UB 4CZHA 1NBWA 3O4WA 1HUXA 1IG8A 2GUPA 2GWJA 3LM2A 3WUHA 3IFRA 4FOEA 1K8KB 3FZFA 4BRLA 5LY3A 1JCEA 3MN6A 2P9PA 1BG3A 2P9SB 2ASOA 2V51B 4AM6A 4CBXA 3MN5A 4LC9B 3FFKB 4H0XB 5JICA 4DB3A 3ATVA 5EX5A 5JLFA 5AQMA 1EQYA 3LDOA 3FZHA 1ZC6A 4ISEA 4FWKA 3MCPA 4MO4A 1TYQA 2W41A 2A41A 4H03B 1ATRA 2P9IA 5AQZA 1YAGA 3ZETB 1Q18A 2YJEA 2FF3B 2ZGYA 3O8MA 4BQLA 2Q2RA 2P9NB 3AY9A 2I7PA 4FWPA 4FSVA 3CJCA 2OANA 4I6MB 4CI6A 2YHWA 4XEIA 5KPZA 2ZF5O 1T44A 3FE1A 4WQ5A 5AQHA 4BRMA 1Y64A 1IJJA 1S22A 3GE1A 3AAQA 5CE3A 3EKSA 2FSJA 3EL2A 3KZBA 4JHDB 4XH5A 2QM1A 1BO5O 2F9TA 1QQMA 3VOVA 3WQUA 4BR0A 3VENA 4B1XB 2E1ZA 2QWQA 4FL9A 3ENOA 4BGBA 5AQVA 3HTVA 2P9UA 3WQTA 5F2RA 1V4TA 4QS9A 5AQXA 3GL1A 2ITMA 5BRDA 1X9JA 2ASPA 3A8YA 3AAPA 1K8KA 2CGKA 3CIPA 1NM1A 3TPQA 3EN9A 1GLFO 1SZ2A 3HZ6A 2P9SA 4BRNA 3O80A 5EY4A 4BRKA 3I33A 4NB4A 2HF4A 3R9PA 4JD2B 1YVNA 3ATUA 1U6ZA 4WQ4C 2VYPA 1RGIA 3WXKA 4DQ8A 4EFHA 5AQQA 5I9EB 5AQSA 1X3NA 4A62A 3QFUA 3IMXA 3CHWA 4BR7A 4ISFA 1BWFO 1BA0A 3ZETA 3VF4A 4DCHA 4H0PA 1U2VB 4MLEA 3JXUA 2P9NA 1BOTO 1QZ5A 3W0LA 2D0OA 4I6MA 3VEZA 3B8AX 5AQTA 4H5TA 2YI1A 1WOQA 3D2FB 5AQJA 2FXUA 3W3DA 5KQ8A 1OKJA 2IIRA 3CI5A 3VGMA 4Y0WA 3DWLA 2D1KA 2CH6A 2FF6A 3ZX0A 4JHDA 3FLCO 4CBUA 2DPNA 3BUZB 3D2EB 2ZWHA 3O5BA 4H0YB 4WYBA 4B9QA 2AA4A 3H1VX 1BA1A 2GWKA 2CGJA 5F1XA 5EXWA 4CZFA 1Z6RA 2D0PA 2UYTA 1KAXA 4CBWA 3VEVA 5BN8A 2FSNA 2QWRA 4EAHD 1D4XA 4BRFA 1XQSC 5TKYA 3H1QA 1GLLO 3A0IX 5AQYA 3UKRB 4BR2A 3CJ9A 2Q0RA 5E84A 5AQOA 2E8AA 5LJVA 2QWPA 3EO3A 4M7YA 4YDUC 3QB0A 2GELA 2A42A 4JD2A 2V52B 3DJCA 1TUYA 3CJ7A 3MK6A 5FPDA 2CH5A 3HI0A 3FGUA 4BRPA 3LDNA 3HBTA 4FWLA 1LCUA 4IJNA 1NGGA 4BR4A 4BVPA 2AP1A 4CZEA 1KAZA 1ESVA 3IDHA 5JMVA 2D4WA 2E2OA 1U2VA 3MN7A 1YUWA 3O6WA 1MA9B 1NMDA 3L6QA 4FWOA 2P9KB 4MO5A 3H45C 1HKCA 3C7NB 4H0OA 1DEJA 3ZEUB 5AZIB 1MDUB 1XUPO 3O1WA 4YDUA 4BG9A 5AQNA 3L4IA 3D2FA 3UB5A 1SQKA 4JN4A 1TUUA 4IZ9A 4H5NA 3DXMB 5E26A 3ZX3A 4CD1A 4CZKA 4XH4A 5AQLA 3TU5A 4O5FA 4XH1A 2BTFA 3VEOA 3QDKA 2QWOA 3D2EA 1ZXOA 4FWMA 4PKHA 3O08A 3P4IA 1HKGA 5BRFA 2A40A 4RCHA 1GLJO 3MDQA 2A5XA 3M3ZA 3BF1A 4H0VB 3VF2A 1XC3A 4CZJA 4BGAA 4A61A 3CETA 1NGDA 4CZGA 3CQXA 4K42A 3U9ZA 4CD3A 3J8AA 4A2BA 4BG8A 3GBTA 1NGAA 2GEMA 3UKRA 3JS6A 3VEXA 3VESA 5BN9A 3WT0A 3LL3A 2VWBA 1DGKN 4ISGA 1QQOA 3VF6A 1H1VA 4BQZA 5FPEA 3M6GA 3L0QA 4HTLA 3SJHA 4B1WB 4B1YB 5AQUA 4H5WA 5AQWA 3ID8A 3GG4A 1P8ZA 3CJAA 3EZWA 1BUPA 1HPMA 3OHRA 3CJBA 2IVOA 3QICA 3GOIA 5AQFA 2A6AA 4BRCA 4CZIA 2P9KA 3C7NA 3ZEUA 5AQKA 5AZIA 4FWNA 1G99A 4PKGA 3CQYA 2H3GX 3VERA 4BRAA 2NRHA 5EOYA 3FR0A 1ATNA 4WQ4A 4EIAA 1C0GA 3DXMA 3BF3A 3H3NO 1GLCG 3IUCA 2E88A 3CERA 4M7XA 3QFPA 2FLOA 3A5LC 2E2NA 2QWNA 4L3QA 2YJFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M8PA 5AZJB 1OVYA 3P39A 4NO7A 3FFIA 3ZSYA 4EHTA 2X6NA 3CFOA 3CFPA 3MXMA 3T69A 3U6FA 4OGCA 3F73A 4EP4A 1C0TA 3SLCA 3TSQA 3K57A 3RWUA 3R3LA 1YJNN 4BVOA 2YHAA 1LOTB 5FLXO 2I7NA 4QOZB 1MU2A 3DYAA 4DTSA 1ZBHA 3QNNA 1KQSM 4JRPA 4R79A 2E2QA 1NOZA 1HYVA 4BRHA 3NHGA 4NLBA 4H5VA 3THWA 4OPAA 4E0DA 3UKUB 3LM9A 2KHOA 1HKBA 2YHXA 3L8BA 4DR1K 2OYQA 3RR8A 4QS7A 1NK0A 1KD1O 1FK9A 3L3VA 4HUGA 1EXQA 3C6HA 3VQAA 2ASMA 3M5RA 1HNXK 3ALYA 4A57A 1EP4A 4DTNA 1RCHA 1GLEG 3V6DA 4JI3K 2BH1A 4LD0A 4NLCA 4WQ5C 4BR5A 2Z1GA 3R6MA 2O4IA 1WUAA 2P1JA 1YIJN 1SS6A 4DFMA 3TTCA 3A5OC 1S1TA 3LP0A 3C94A 4Q0BA 5KPTA 4CJEA 3L2WA 4LF4K 1DTQA 5HRSA 5FDLA 1L3TA 5CZ2A 3RSEB 4DV1K 3OVNA 3VGLA 3FZLA 3AA4A 5BREA 3OYIA 2EWSA 4FWRA 1U47A 3WEEB 3KHYA 4DF8A 3MCAB 3T1YK 1HR0K 3CC4N 3VTHA 3LDPA 1VSMA 4BROA 1W2BM 1VQKN 5ADXA 4KB0A 3VQBA 1OVQA 3CJ1A 3KLFA 4DU4A 2V7ZA 1NGBA 1RNHA 2YKNA 1ITGA 4DR4K 3EEQA 1S5JA 4CHOA 4E1MA 4B3SK 4KPYA 1LAVA 3DLEA 1QZ6A 3SPZA 5KPRA 2O8FB 3OS0A 2FSKA 4RWTA 1QSYA 1NK7A 4FO0A 4DMNA 3OYFA 4KHYA 5BPLA 1YITN 4K8XA 4CEFA 3MECA 4ELVA 2NZTA 3HSCA 5BR9A 3VEYA 3BEXA 3OBWA 3WXLA 3K5OA 2P9IB 4BRGA 3NFAA 4EHUA 1J5OA 1E3MA 2ZE2A 1U49A 1Z25A 5LJWA 2Z1HA 1OH8A 2O8BA 4CZMA 4Y1DA 2HB5A 3VQDA 2W6KA 4H4MA 4DFJA 4DTXA 1NK5A 1HPZA 3EYZA 3ZX2A 5A2QO 1TK8A 4OKEA 4NCGA 1T6DA 2HHUA 4DR3K 4F4KA 3SCXA 1RDWX 3H6EA 3RVCA 3R1XA 5GAHP 2YV0X 4FJXA 2PYLA 1XHXA 3U8XA 3HPGA 1V4SA 4O44A 4CZHA 1EETA 4CJFA 2XO7A 3LM2A 2VG5A 2BANA 3WUHA 2KKZA 3TAFA 3QINA 4DQIA 3CYMA 2A1RA 3HM9A 3TARA 1XC9A 3MN6A 3RR7A 3V4IA 3AA3A 3LDOA 4E7LA 4JKCA 3FZHA 4JI4K 3ASMA 1VQPN 3MCPA 4BY9C 4MO4A 1VQMN 3BDPA 1TYQA 3DRSA 1ATRA 1YI2N 1HNIA 3EY1A 1QVGM 1NOYA 4YORA 1T05A 4JI1K 2YJEA 4OX9K 4M3TA 3V81A 2Q2RA 1W9HA 1VQ5N 5I42A 1RTHA 3V9ZA 3L3UA 1HNVA 3NMUA 4W5QA 1CXQA 4LSNA 1EX4A 3AVKA 1W97L 3CCEN 4GKJK 1RT4A 3CQ8A 3AAQA 1D5AA 2I5JA 2F9TA 1WSHA 1W7AA 2QWQA 3ENOA 4BGBA 5M1OA 1SKSA 5JVHL 3PY8A 3HTVA 2P9UA 1RTJA 1JJ2M 1A5VA 2NRVA 4QS9A 5AQXA 3AAPA 4HCCA 2CGKA 3L2QA 4DS5A 2NRXA 3SNNA 1J9AA 4CF0A 2P9SA 4BRKA 4DQSA 3ID6A 3ATUA 4Z4GA 4C8KA 4EFHA 5AQQA 4CEDA 1FJGK 4ISFA 2O8EA 3ZETA 3F2KA 2OTLN 4CJUA 3V9SA 4CJRA 3NAEA 1IKXA 3CCSN 1BOTO 3T1HK 3THVA 2HNZA 2PZSA 1VQ9N 1VQ7N 3O3HA 1HYZA 4KHSA 3D2FB 2XHBA 4CIGA 1Q81O 1RTDA 3VGMA 4Y0WA 1Q7YO 5C10A 1QSSA 2CH6A 4JHDA 4YHHK 3O9QA 1IKYA 1XWLA 4JV5K 3OYMA 1BA1A 1WSFA 4DR5K 2R7YA 1QVFM 5F1XA 2E6MA 1Z6RA 2D0PA 2UYTA 1BI4B 4CBWA 1I94K 3AGKA 2YKMA 3LPTA 1XNQK 3IKMA 2UXBK 1LWCA 1GLLO 3A0IX 3G10A 1WSEA 3VA0A 1SKRA 3OBYA 4M45A 5J2MA 1NU0A 1VSLA 3D6RA 5GAGP 3VQ7A 3S3NA 3QB0A 2A42A 4JD2A 1KVAA 1TUYA 3MK6A 1JL2A 5FPDA 2CH5A 4BRPA 3DRRA 4FZZA 3HBTA 4BR4A 3UIQA 2HMIA 1O1WA 4HUFA 5JMVA 3QETA 2HVHA 3P31A 1U2VA 3O6WA 1MA9B 4FWOA 2F8TA 4JEPA 4ELTA 1KTQA 4KHWA 1K8AO 1BCMA 1DEJA 4UQGA 1XUPO 3KKRA 4CHNA 3OYKA 4FK0A 1KFSA 2FBVA 3UB5A 1JLEA 4JN4A 1TUUA 4IZ9A 1HYSA 3KLIA 1NKEA 4CD1A 3K2PA 3HXMA 2DFHA 1VQON 4FJGA 4O5FA 4BE1A 4XH1A 3LWLA 3VEOA 2ZM6K 1IBLK 4PA1A 2QWOA 4CEQA 3O08A 1N36K 1HKGA 4NXNK 3CM5A 3K5NA 2W42A 4CJ4A 4E7IA 3AO2A 4H0VB 1N32K 1ASVA 4CZJA 3MAQA 3T3FA 1OH7A 3VQ6A 4O5BA 4CZGA 3CQXA 1RDBA 3U9ZA 4BG8A 2ZD1A 2GEMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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