4BRFA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with a distorted orthomolybdate ion and amp
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
358
structure length
358
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 120
structure length 358
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brfA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brfA02
2D1KA 4IJAA 1NGHA 2Q0UA 5KPZA 3CHWA 3FZHA 1GLCG 3HM8A 4JAXA 1HJOA 4BRFA 4I6MB 2Q31A 1S3XA 5BR9A 1XC3A 1DEJA 1HKBA 3CJ1A 3ZETB 1GLLO 3GBTA 3U8XA 2WUSA 3ZEUB 3HI0A 3D2EA 3U9DA 2P9LA 4IZ9A 3AY9A 1NGCA 1QQMA 4M7XA 4H5VA 4XEIA 4BR0A 1TYQB 4BRPA 2P9NB 1JCFA 4NO7A 3LDLA 5AQGA 2IIRA 5AZIB 4DQ8A 5KPTA 1TUUA 2P9IB 3O6WA 3A5NC 1BA0A 1RGIA 4MO5A 2A41A 3CIPA 3KZBA 3MCPA 1HKGA 2NRHA 5JLHA 3WT0A 1EQYA 1KAXA 4CBXA 4BR7A 3MK6A 3GG4A 3WEEB 5I9EB 3GE1A 1DKGD 4CD1A 1GLFO 3EN9A 1BUPA 5CE3A 3BP8A 3CI5A 3VF6A 2F9WA 2FXUA 1BO5O 3DXKB 2V7ZA 3R6MA 2FSNA 2P9SB 4JN4A 4MLEA 1QZ6A 2QWPA 4H0OA 1X9JA 1QQNA 3C0BA 1ZBSA 4BVOA 5EXWA 5AQXA 5ADXA 1NGGA 1DGKN 3A5LC 3D7EO 1K8KB 1ZXOA 4H5TA 4BRHA 3QFUA 2P9UA 1NWKA 1YVNA 1XQSC 3MN6A 2E2PA 4FOEA 4NB4A 3VOVA 2KHOA 3DJCA 3ZX3A 4XH4A 3JXUA 2E2NA 2W41A 5F1XA 1HX1A 2YI1A 3IMXA 4FSVA 3TPQA 5AQHA 4JD2B 4CZKA 4BRDA 1D4XA 3SMPA 4FWRA 1WOQA 2HMPA 4BG9A 1MDUB 3DWLA 5AQZA 3VEXA 3CJBA 3FGUA 3ID8A 3B8AX 4BRIA 3VETA 5AQOA 3ATVA 2Q2RA 4B1VA 5AQNA 4FWMA 2V51B 3MMVA 1QZ5A 3UKUA 3TU5A 4BRNA 3MN7A 4FL9A 2CGKA 4RCHA 3EKSA 5AQVA 4BRQA 2A5XA 1QHAA 1YXQA 1NMDA 4FPBA 1SZ2A 3QICA 5LY3A 2QXLA 4E1JA 1NM1A 3GL1A 3D2EB 2P9LB 2GEMA 1KAZA 4BR9A 4FWNA 3WXLA 2E88A 1ATSA 3H1VX 2ASPA 4PKIA 3ZX2A 5BREA 1T44A 4WQ4C 4WQ4A 4BQLA 4Y0WA 2E8AA 3U9ZA 1Z6RA 4CZFA 1R59O 5BN8A 3O08A 4HTLA 2IVOA 2YJEA 2YHWA 3IFRA 3L4IA 1NLVA 1NGDA 5BPMA 3FZFA 4MLHA 1CZAN 2E1YA 4A62A 3FFKB 5KQDA 1E4FT 3J8AA 1BWFO 4AM7A 3VEOA 4BVPA 4H0TB 4JNEA 3VESA 3FLCO 4H0YB 1HKCA 4PL8A 3WQTA 3CJCA 3M1FA 3M3ZA 3SMSA 3KHYA 3WXIA 1V4TA 5AR0A 2GELA 2YHYA 3L0QA 4JHDA 4K42A 4BGAA 5BPLA 1GLDG 4J8FA 5AQSA 2P9UB 3LL3A 2CGLA 2EWSA 1BU6O 1NBWA 3QB0A 5AZJA 3H3OB 1T6CA 3ENOA 3HBTA 4A61A 1LCUA 1XUPO 5FPMA 2H3GX 4K43A 3U4LA 2ASMA 4H03B 3A0IX 4H0VB 3QDKA 3VGMA 2QWOA 5F0XA 1X3MA 3CERA 3QBXA 3C7NA 3VEWA 3QMLA 1Z05A 5KQ8A 2QWMA 4K41A 3UKUB 1NGEA 1YUWA 3VGKA 1BA1A 4QS7A 2ZGZA 3I8BA 2FSKA 3D2FA 3AARA 4BRMA 2QW9A 4IO8A 1IG8A 4KBOA 2F9TA 2V7YA 4A2AA 4B1WB 3FZMA 1KAYA 2OANA 4O5FA 3QFPA 3CQYA 4LC9B 4IXCA 4FWKA 4CI6A 2HF3A 2ZF5O 4HWIA 4B1ZA 2Q97A 2VCPA 5BRDA 4K25A 4MO4A 5E84A 1U2VA 3L6QA 3O1BA 3SLCA 1BG3A 4BRKA 4CBWA 4ISGA 2E1ZA 3DXMA 4DCHA 3WXKA 4XH5A 2GUPA 3CJAA 1SAZA 4BR5A 5LJWA 4CZLA 2GWKA 5TKYA 4QS9A 2FF6A 2CH5A 4BRLA 4ISFA 1IJJA 4B1YB 5AQTA 5JICA 3SJHA 5ELZA 2IVNA 2A40A 1BOTO 3CJ9A 4GY2B 5AQFA 3UB5A 2E2OA 1GLAG 3ZX0A 2GWJA 4FPAA 1MA9B 5EOYA 4PL7A 3VEVA 4BRAA 4CBUA 1C0GA 1JCGA 1RFQA 4JHDB 4BRGA 3IUCA 1HPMA 3H46O 2Q36A 4B9QA 4H0PA 4EIAA 4FO0A 2E20A 3P4IA 4O8KA 2DPNA 4H5WA 1NGAA 1V4SA 5AZJB 3EZWA 1MWMA 1TUYA 2VWBA 4EFHA 3H6EA 2CH6A 1ZC6A 3GDQA 5AQYA 4EHTA 2ITMA 3M6GA 1WUAA 2QM1A 3R9PA 3G25A 3VERA 1RDWX 3H3NO 3C7NB 2VYPA 3O4WA 3VENA 4CZHA 4Z94A 2NLXA 4PKGA 2QWLA 3EKUA 2CGJA 2FSJA 3MN9A 3CETA 2QWRA 3FZLA 5AQJA 3O1WA 3ENHA 3EO3A 2A3ZA 3ULEA 3UKRA 4CZGA 4QS8A 5AQIA 3D2FB 2BUPA 5BPNA 4WYBA 4IJNA 5LJVA 3LDQA 4BG8A 2GTDA 4RTFD 2P9KA 2FLOA 2ZWHA 2P9PA 4ISEA 4CZIA 3WXJA 4BC2A 5EY4A 2YJFA 2ZGYA 1U2VB 1J6ZA 4WQ5A 4WQ5C 4XH1A 3VEZA 2AA4A 4BROA 1Q18A 3DXMB 1S22A 4BC4A 4M63C 3BUZB 3R8EA 1YAGA 3AAPA 3IDHA 2ASOA 1NGBA 2I7PA 5AQUA 1H1VA 3HTVA 3VEYA 4A2BA 3BF1A 3H45C 5AQKA 3MN5A 1C0FA 3LM9A 4C23A 3RSEA 1MWKA 2A42A 5BN9A 4DHYA 5ADXH 4FWPA 4M7YA 4BC5A 5BRHA 5KPRA 3SK3A 1ESVA 2FF3B 4BR4A 3UE5A 1QQOA 1GLEG 2PAVA 5JMVA 1BDGA 3S41A 1KXPA 3QBWA 4GNIA 2D0PA 4I6MA 4BREA 4CZEA 4BC3A 1G99A 3A8YA 4YDUA 4YDUC 1NGFA 4RWTA 3A5MC 3CQXA 1X3NA 3FE1A 3ZETA 2W40A 1NGJA 2D0OA 3MDQA 4CZJA 1E4GT 5AQQA 5B8HA 3ZEUA 2AP1A 2YCHA 3OHRA 3FR0A 2D4WA 2HOEA 2J4RA 3F9MA 5AQRA 3LM2A 3LDOA 3DAWA 1TYQA 4B1UB 1GLJO 2P9NA 4BQZA 2HF4A 3O80A 4L3QA 5E26A 3JS6A 4H5NA 4BGBA 4FWQA 5AZIA 2QWNA 4EAHD 1Y64A 2P9IA 4DB3A 1SQKA 5AFUH 2Q0RA 3CJ7A 5AQMA 3WQUA 4CZMA 1JCEA 2A6AA 3ULEB 3EL2A 3UKRB 2IVPA 3VF4A 4FWOA 2BTFA 2UYTA 4BR2A 5EVZA 3WEEA 4BRCA 2E2QA 3VPZA 4AM6A 2P9KB 3BEXA 3H1QA 3I33A 3W0LA 4CD3A 2P9PB 4CJ7A 1HLUA 2YHXA 3KVGA 3FZKA 1ATRA 1HUXA 3O5BA 4FOIA 3A5OC 1P8ZA 2QWQA 3DXKA 3HSCA 2P9SA 5AQPA 2V52B 4H0XB 3O8MA 4B1XB 3ATUA 3LDNA 1K8KA 4FWLA 5BRFA 5AQLA 5AFUA 4F9OA 5AQWA 2I7NA 5EX5A 2Q1NA 4H5RA 3GOIA 1U6ZA 1OKJA 3BF3A 4EHUA 3LDPA 5FPDA 3W3DA 3AAQA 1GLBG 3HZ6A 2NZTA 3VF2A 5JLFA 1T6DA 3VGLA 3WUHA 5FPNA 2PBDA 4JD2A 1ATNA 3RSEB 4FWSA 5F2RA 5FPEA 4IWVA 1NGIA 1LOTB 4PKHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OZMA 4RG8A 3NF8A 2B6AA 4JI4K 3OW2M 1GLCG 5C25A 2G8UA 1HJOA 1NKCA 2KTQA 5BR9A 3PY8A 1DEJA 4B9UA 3U8XA 3I8DA 3LAKA 3R1XA 4PHTX 1BGXT 4HHTA 3THWB 4E0DA 5IT9O 3CYMA 3U9DA 4IZ9A 3OS1A 4DR1K 4B3RK 2YNHA 1QQMA 1HQEA 4C8NA 4GV6A 4XEIA 1LWFA 3L8BA 4NO7A 3LDLA 3VQAA 3D6RA 3D0PA 2WOMA 4KHUA 4H8KA 1N33K 3A5NC 1VHXA 4MO5A 4NYFA 3CIPA 3KZBA 2IDOA 4Z4FA 1KRPA 4OPKA 1Q9YA 3LPUA 4CJWA 3WEEB 5I9EB 3GE1A 4CD1A 3QINA 2VG6A 3CI5A 3VF6A 2UXBK 4DF8A 4EZ9A 4O5BA 2O8FA 1BO5O 3DXKB 3OYEA 1QZ6A 4CCHA 4GMJB 3C0BA 3I0SA 3A5LC 4CFAA 3D7EO 1K8KB 1LWCA 4H5TA 4BRHA 4B08A 2P9UA 3V9UA 4NCGA 1NWKA 3MN6A 2PYJA 4FOEA 1UA0A 2HHWA 3DJCA 3ZX3A 3RTVA 3OBWA 3M8RA 3IRXA 4JI3K 4A5BA 1HX1A 5F1XA 3IMXA 4FJ5A 5AQHA 4DLGA 4BRDA 1OH8A 4KTZA 4OKEA 2D5RA 1WOQA 1KVBA 2HMPA 2QKKA 5AQZA 2F8TA 3VETA 2Q2RA 3ZT2A 4DMNA 4B1VA 4FWMA 2HVIA 3ZSXA 4BRNA 1C1AA 4IFYA 4FL9A 4RCHA 4CJFA 4A5AA 3UIQA 5AQVA 1NJWA 5GAGP 4BRQA 3OYLA 1FW6A 4FZXC 1EO1A 4KFBA 1B9DA 2W6KA 3F5TA 1VK0A 4B9SA 3QICA 2P1JA 2QXLA 2GBZA 4NXMK 3PSFA 3TAEA 1SL2A 3AVHA 4ID5A 3CM5A 3PO5A 2GEMA 1KAZA 4ILHA 5SWMA 3C6TA 1G15A 4PKIA 3G0ZA 3AVCA 1OVYA 4Y0WA 3U9ZA 1W9HA 4IEIA 1NK5A 4ELTA 4RW4A 1SL0A 4CZFA 1BCMA 4DQRA 4DSFA 1VSMA 5JS2A 1R59O 3PIPL 5HRSA 1XMOK 1ILYA 3L4IA 5BPMA 2OPSA 4E3SA 1CZAN 2E1YA 4AM7A 3TTDA 1SV5A 4BVPA 1IH7A 1RDDA 3LPTA 4FJXA 4OX9K 3VESA 3PUFA 4H0YB 3MWTA 3S3NA 1VQ8N 3CJCA 1BHLA 1RTJA 3HPOA 3ZSZA 3E9LA 3O3GA 2O8FB 1KVCA 4JHDA 3LALA 4DLEA 1NJZA 3VTHA 1HMVA 3P83D 3V1QA 1BL3A 1EWQA 2P9UB 4KH5A 3DRSA 1LW2A 4O8UA 3SBGA 1NBWA 3HXMA 3CPWM 4LSNA 3NE6A 5AZJA 4KI4A 2IC3A 5A2QO 1NK7A 1JLBA 5FPMA 3NH1A 4QOZB 4H0VB 1SKWA 4PA1A 4CF8A 4FJJA 3CERA 1U48A 1QSYA 3QBXA 2BE2A 3VEWA 4CERA 2KQ2A 4KKOA 3OYNA 5GIOA 4JKHA 3AGRA 1HQUA 3CD6N 3M5RA 1BA1A 1C1CA 1Q9XA 2FSKA 3KK3A 4O55A 2QW9A 1IG8A 5HRNA 4KBOA 1OH6A 2F9TA 2D0AA 4FLTA 4O5FA 1L3SA 3CQYA 4FK4A 2ZF5O 1EXQA 4DQPA 3VMFB 4K25A 4MO4A 2DY4A 4Q5VA 5E84A 1U2VA 3O1BA 2QEXN 1BG3A 1SUQA 3TSQA 4KHSA 3DXMA 1JLCA 2GUPA 5C12A 4AF1A 4KHNA 3CMEN 1XC9A 5LJWA 1WN7A 2NRXA 5J2PA 2GWKA 3CFPA 3CG7A 1YJ9N 2UU9K 3CCRN 3B6PA 1KLNA 5CY4A 4JKEA 4WE1A 5M1NA 4FZYA 2IVNA 1QVGM 2A40A 1BOTO 1BIZA 4GY2B 1FKOA 5AQFA 3SQ1A 1IKYA 4X64K 5KRSA 2GWJA 3THXA 3F2KA 2BDPA 3VEVA 4BRAA 4CBUA 2GV9A 1RFQA 4JHDB 1XWLA 2Q36A 4H0PA 4EIAA 5JVGL 3ITHA 3SAGA 3S3OA 4FVMA 1YF5L 1KC8O 1D9DA 1X9WA 2BH1A 1XHXA 1V4SA 4JV5K 2UUAK 2WTUA 5AZJB 5HRPA 3EZWA 3WNEA 4DTMA 3P31A 4B8CA 2G8KA 1S9GA 4E7KA 4KH6A 5J1EA 5AQYA 4KH4A 3OJSA 5DM7L 4W5NA 3KJVA 3VQ7A 1YT3A 3O4NA 1RTHA 3C6HA 1QQCA 4OGEA 1WSHA 1S6PA 3VENA 3H3NO 2R7YA 3S3MA 1VRUA 3CQ8A 5T7BA 3AVIA 2FSJA 3MN9A 3CETA 3FZLA 4EP4A 3EO3A 3AGKA 3EZ5A 3MWPA 4JI7K 3UKRA 4QS8A 1Q8IA 5BPNA 3MCAB 4BG8A 2GTDA 1TL1A 2ZJPL 3AVAA 4BDYA 1KTQA 4RTFD 3CF5L 2X6SA 2ZWHA 4EP5A 1KFDA 5IWAK 4HCBA 1U2VB 3ZSQA 2ZD1A 1NOYA 4FW2A 4XH1A 4BROA 1X1PA 3DXMB 3V1RA 1NK9A 2WONA 3PX6A 2ASOA 1NGBA 2X74A 2W6LA 3HTVA 3VEYA 4ZTJA 4QAGA 3J80O 3LAMA 3OYIA 1QSLA 4CJEA 1C0FA 2VWJA 1MWKA 2A1RA 2XO7A 4K8XA 1NJIO 5KPRA 2G8FA 3UE5A 4ZHRA 4CHNA 1J9AA 3THXB 5K14A 3S41A 4BE2A 3QBWA 5CHIA 3ZSYA 1MU2A 2JLEA 3V9ZA 4KTQA 4RW7A 1NGFA 1NGJA 4CIGA 2D0OA 4CGGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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