3U3YA

Mouse trex1 d200h mutant
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
229
structure length
215
Chain Sequence
LPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALEQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQRKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGHVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
publication title Defects in DNA degradation revealed in crystal structures of TREX1 exonuclease mutations linked to autoimmune disease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
total genus 68
structure length 215
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2011-10-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u3yA01
5T7BA 3SJJA 2BANA 4LY7A 3CG7A 2IC3A 3DRRA 3KIOA 3LPUA 4DFJA 3TAFA 4KPYA 1S9EA 3HP9A 3K5OA 1KSPA 3ZCMA 4FLTA 3TARA 3SNNA 2BGGA 4H4OA 4LSLA 4CEFA 1KCFA 2GUIA 2PYJA 3AA5X 3ZT2A 4KI4A 1UAXA 2VG6A 3PO5A 4BWJA 4EZ6A 3KK3A 5C25A 4CHZA 4LD0A 1NKCA 4DSIA 3HP6A 3L2VA 3DRPA 5FROA 4BE1A 3M8QA 1Q9YA 3L2RA 1HJRA 4PWDA 3QINA 1G15A 4CJPA 4DU4A 1T03A 1T7PA 4FK4A 1D9FA 1WNSA 1S5JA 3AVIA 5C24A 1TK8A 3L8BA 5I3UA 3PO4A 4KB1A 2HNDA 4FLUA 4PY5A 1CXQA 4W5QA 4DQIA 3BDPA 4B9SA 1YTAA 2FC0A 1JL1A 4K8XA 1KVAA 4CJSA 3HM9A 3KTQA 1C0UA 2HB5A 3NHGA 3VQ4A 2F96A 1GOCA 4N56A 4CJTA 3CQ8A 4CF1A 1LV5A 1TVRA 1BISA 3ALYA 1N5YA 1S6QA 3F73A 4FK2A 3VQPA 3DLGA 3SQ4A 3T3FA 3B6OA 3AO5A 3QETA 3BGRA 3KKSA 3VQDA 3ULDA 1B9FA 4W5OA 2JLEA 1BIUA 3I0RA 3ZSZA 4C8MA 4EP5A 3LWMA 4CJUA 4F2SA 4J2EA 1U04A 3SZ2A 1UA1A 3TWHA 2I5JA 3AVMA 3TAQA 1LW0A 1VSKA 4RW8A 3E01A 4AHTA 3SUPA 2DTUA 4KV8A 1C6VA 1SV5A 1TL3A 1NJXA 3DM2A 4E1NA 2XO7A 4O0JA 1Q8IA 3VQEA 4FM0A 3QESA 3VQ7A 3V9WA 3OYMA 3MEEA 1J9AA 1RT6A 4YFUA 1L3SA 1D9DA 4KHQA 1EX4A 2X6NA 2QXFA 5E41A 2Z1GA 3KD5E 4YNQA 2KFZA 2IAJA 4CK3A 4DTPA 4KHUA 4CHOA 4FJKA 4OVLA 4IG3A 3V9UA 1VK0A 4F4KA 3U6FA 1SUQA 2B4JA 4M3RA 3TAGA 3K58A 3RRGA 5FRMA 2HHWA 3VQ5A 1SKWA 1RDCA 4CEAA 1UWBA 4OLAA 1S1UA 2QKBA 5KRSA 3NAEA 1TL1A 3ZSRA 1FKOA 1YVUA 1KLMA 4AHSA 3SV3A 1R0AA 4FLVA 1S1TA 4F8RA 4B3OA 3K5LA 3OJSA 1QSLA 4CFCA 1S1XA 1XHXA 5KTQA 4CECA 3AVHA 1X1PA 4JRPA 4DTNA 4FVMA 4BE2A 4CJRA 1L3UA 1QE1A 3VQ9A 1I3AA 2G8FA 2X6SA 3A2FA 4CIEA 2XY7A 3OYNA 1QSYA 2HVHA 5KRTA 3HPOA 1DLOA 3KK2A 2VWKA 3V9ZA 4OPJA 3OYKA 1U47A 3T1AA 4J2AA 1A5XA 3S9HA 2KZZA 4KAZA 3ITHA 4CHQA 3SV4A 3RWUA 4Z4HA 3HJFA 1VRTA 3LZIA 3PX0A 1RT5A 4OGEA 4E89A 1W0HA 3DYAA 3OYLA 1UA0A 4DSJA 3SQ0A 4KHNA 3WNEA 4KTZA 5J2QA 1WSGA 3LAMA 3LANA 3QIOA 3CM6A 1HNVA 1RDDA 1WAJA 3ZSOA 3VA3A 3H08A 5J1EA 1LWFA 4DQQA 4FLYA 4NCGA 1RTHA 3F9KA 3V1QA 2A1RA 4Z4GA 4H8KA 3U3GA 5HRNA 4RW6A 1BCOA 3PY8A 4CIFA 1BI4A 4FM1A 2G8WA 4B9VA 4KTQA 3SUQA 4DF8A 2BDPA 3IG1A 3NH2A 3CFRA 2F8SA 4F3OA 3RR7A 3QNNA 1SKSA 4FZYA 3KLFA 4CJ3A 2ITGA 1WSFA 3QEIA 3T19A 4DQRA 1RBVA 4E7JA 1T05A 4L8RB 3OYGA 2E6LA 4UQGA 1RTDA 3P5JA 3QO9A 4RG8A 1NK8A 1VSFA 4CFBA 4IG0A 3CFOA 4DLEA 5J2PA 4M42A 1J54A 3ZSXA 3ZT4A 1EP4A 1C1BA 4CGFA 3L2WA 2Y1JA 3AVBA 2HW3A 2EX3A 3NH0A 3MEDA 2XY8A 1LAWA 2YNIA 1KVCA 3NBPA 1U48A 2YNHA 1TKDA 1BCMA 3WNFA 3TI0A 4CJLA 5SZTA 4FCYA 4ZHRA 3L2UA 1O1WA 2W42A 4Y1CA 5KI6A 3V81A 3ZSYA 1J53A 2VG5A 4FJ9A 4ID5A 1HRHA 2OA8A 4M3WA 4NYFA 1ZBFA 4Z0UA 2JGUA 3SYZA 3RMCA 1KFDA 1RT1A 1JLEA 4DFKA 4FJXA 3OYDA 2P51A 4M3ZA 1T8EA 1VSJA 3HYFA 3NDKA 5CZ1A 3AVKA 1XWLA 3ISNC 4OKKA 1WN7A 4HVJA 3QEPA 3KJVA 1SL0A 1VSIA 3DOKA 1S1WA 2DFHA 2HHUA 3HXMA 4I7FA 3OS1A 5CZ2A 3AVCA 3G0ZA 4M3YA 3NF6A 4CERA 2AJQA 1QS4A 1RILA 3QNOA 3MXIA 2YHBA 2VWJA 3IAYA 3SPYA 1VSLA 4O0IA 3NGZA 4FJ7A 4DSFA 1TK5A 4N41A 4M3UA 1D5AA 1JL2A 5DK5A 4E7LA 3DLEA 4RW4A 3LWLA 4CJWA 1HMVA 2ATQA 1NOZA 4CEDA 1C1CA 4KB0A 4AH9A 4DTOA 4CFDA 1IKYA 5HRPA 1N6QA 2YKMA 1CZ9A 3OY9A 4DG1A 3RR8A 3VA0A 4C8OA 4QCLA 1Z25A 2HNZA 4C8NA 1IKWA 2X78A 1X9MA 4FJIA 4CHPA 1VSHA 4C8LA 3ZT0A 4OPKA 4CFAA 3RMBA 4OGCA 1RT2A 3D45A 3QLHA 4CEOA 3QEXA 3JYTA 2LSNA 3C6UA 1HQEA 3AO2A 3LP1A 2OZMA 3KLIA 5SWMA 2G8KA 2HHSA 2FBTA 2KFNA 2O4IA 4NYNA 2E6MA 3DOLA 3O3HA 4N47A 3DI6A 3HK2A 3HT3A 5HLFA 3AA4A 3QIPA 1ZYQA 1YTUA 3HL8A 1U49A 1TKZA 4K8ZA 1QQCA 1TKTA 4CGGA 3NF9A 1JLBA 4KHSA 4MQ3A 1RTJA 4CEEA 2XRIA 4R5PA 3OYAA 5J2NA 4DSKA 3LZJA 2YV0X 1NJZA 2ZD1A 4DTUA 4BACA 1S9GA 4AHVA 3LAKA 2B5JA 5HRRA 4TSXA 3CFPA 3OYIA 1MU2A 3PX6A 3SUNA 1XC9A 3OS2A 1Q9XA 1CXUA 4IFYA 1CLQA 4M3XA 3OVNA 4N76A 1RBTA 3M8SA 3NF7A 4DSLA 4Z4IA 1VRUA 4ICLA 2OPRA 5C42A 4B8AB 3OYBA 4Q0BA 4KTWA 5K14A 4BE0A 2E4LA 1JLQA 3OYCA 1SL1A 1FKPA 2D0CA 1QTMA 2HHXA 1JKHA 1S6PA 2ZE2A 3K57A 4GVMA 4E3SA 1NK0A 1EXQA 2Z1HA 4BWMA 3MXJA 4IFVA 4FZXC 2VG7A 3LP3A 1L3TA 5KGXA 3EYZA 3SQ1A 4KRFA 1BQNA 3M8PA 5HBMA 4FLXA 3KD1E 1BI4B 1RCHA 3I0SA 4H4MA 3IRXA 3V1OA 4CGJA 3NE6A 1TKXA 3VQ6A 5KGWA 1TGOA 2NUBA 4J2BA 2O4GA 1WSIA 3KLGA 1ZBUA 4CK2A 4CF2A 1RT3A 3K5MA 3PX4A 2QK9A 3O3GA 3V9XA 4W5RA 1QSSA 1RT7A 4BDPA 1QHTA 1B9DA 4F2RA 1IO2A 4CJKA 3SCXA 2P5GA 3IS9A 3KLHA 3EZ5A 4PUOA 3AVAA 3KLEA 2RN2A 4AHUA 3AVFA 1KFSA 3DRSA 4FJNA 4DQSA 1TAUA 1L5UA 2QKKA 1TV6A 3QEVA 4AILC 4FYDA 2ETJA 4ELUA 4CEQA 1X9SA 3TANA 3ASMA 4FLWA 1FK9A 4FJGA 2KQ2A 3P83D 4O55A 4O44A 4W5TA 1SKRA 2IS3A 3LP0A 1JLCA 4CHNA 4B9UA 4LH4A 3OYFA 4Z4FA 4DTMA 1DTTA 1HYZA 2KTQA 3FFIA 3G10A 3ZT1A 4CCHA 1A5WA 4FW2A 4DF4A 4NCAA 4FK0A 1KRPA 3RTVA 4DTRA 3AO4A 1JLAA 4PA1A 2RPIA 4IBNA 1DTQA 3TAPA 5J2MA 4DU1A 3OYEA 1U45A 3D0PA 3SUOA 3O4QA 4CHYA 5CY4A 2YNGA 3VN5A 1Y97A 2R7YA 1HYVA 4B9LA 5CYMA 1IKXA 3AO1A 3NGIA 2G8UA 3PUFA 3ZT3A 3AA2A 4NCBA 4AHRA 3V6DA 2F8TA 1EETA 2P1JA 5FDLA 3RMAA 3AV9A 3HPHA 5DMRA 3OYJA 1NK4A 1HYSA 4HUGA 2FBXA 2Z1JA 3VQQA 4CE9A 4DU3A 3S3MA 4FJ5A 2WOMA 4FJMA 2GBZA 4KI6A 2IGIA 4DFMA 1REVA 1VSMA 1ASUA 2HMIA 1ZBIA 4WE1A 4O4GA 3QEWA 4B9NA 2GV9A 1B92A 1BIZA 4KFBA 1LAVA 1J5OA 4DSEA 2B6AA 3TABA 4ELVA 1C0TA 4FJHA 2D0BA 4B9TA 2XY6A 2OPPA 3M8RA 3RMDA 4Z4EA 1BHLA 2HHVA 1CZBA 3DLRA 1BGXT 1VSDA 1A5VA 2IDOA 4CGDA 1KTQA 4IKFA 1BL3A 2YHAA 1NOYA 5HRSA 3L2QA 3THVA 4GW6A 4KHYA 4HUEA 3HPGA 4N5SA 4O5BA 4DTSA 4DTXA 2OZSA 3KK1A 4CF8A 4OKJA 4CK1A 1LWEA 1GOAA 4ELTA 3NCIA 3MEGA 2WONA 1S1VA 1HPZA 4EP4A 5JS1A 4BDZA 4CGIA 3AVJA 3RRHA 1C0MA 4CEBA 4Q5VA 1IH7A 2HNYA 4B9MA 3HVTA 1NK9A 3V1RA 4KO0A 2EHGA 1RTIA 4DQPA 4I9LA 1LW2A 4ZTFA 4FLZA 3O4NA 5FRNA 4JS4A 3NF8A 3ZSQA 3AVLA 1JLFA 3HO1A 4FM2A 3NGYA 1L3VA 4CJQA 1X9WA 4HUFA 1NKEA 3DMJA 4DMNA 1LWCA 1TAQA 3L3VA 3MXMA 3S3OA 4RW7A 4W5NA 2Z1IA 4E0DA 1XI1A 1NK6A 4IDKA 4ID1A 1UOCA 3PV8A 1JXBA 2KW4A 4Y1DA 1NKBA 4DWIA 4JLHA 3NH1A 3QERA 2X74A 5CYQA 4Z4CA 1RBUA 4FXDA 2A1SA 1GOBA 3C6TA 3U3YA 1C1AA 3K2PA 4DS5A 3DLKA 3UIQA 2HHTA 2KZMA 2XHBA 4G1QA 2HVIA 1KVBA 1NJWA 1RDAA 1JLGA 2ZQBA 1WLJA 3LALA 4MFBA 1ITGA 2OPSA 1JXEA 4JRQA 4QAGA 3OS0A 3ZSVA 3JSMA 3SPZA 3DLBA 4C8KA 3VQBA 1NK7A 1KLNA 1XHZA 2HHQA 3S3NA 1IKVA 3VQCA 1HNIA 3L3UA 4DS4A 4CJ5A 4M3TA 3I8DA 3VQAA 4LSNA 3ZSWA 4CJ4A 4HTUA 1U4BA 2IOCA 4I9QA 1NJYA 4CF9A 4B08A 4XIUA 1HQUA 4I2QA 2Q3SA 3OYHA 3CM5A 3C95A 4OJRA 4KHWA 2OPQA 2D0AA 4HCCA 3CYMA 4DTJA 3TR8A 3KKRA 3LP2A 4B8CA 1BQMA 4PQUA 1I39A 3MECA 2D5RA 2RKIA 4CJFA 4EZ9A 2YNFA 2OYQA 1ASWA 4E1MA 3LDSA 1RBSA 1VSEA 4OLBA 1W9HA 4M45A 3P1GA 2RF2A 1TK0A 2G8VA 4FJJA 4FJ8A 1FXXA 4AHCA 1WSJA 4DFPA 1RDBA 3B6PA 4I2PA 4CEZA 3LPTA 1ZBHA 1RBRA 4JS5A 4KREA 1YT3A 3OJUA 2YKNA 1Z26A 3AO3A 1K6YA 3WNHA 4CGHA 4E19A 4M41A 3HVRA 4E7HA 1RT4A 3SQ2A 2PYLA 3DLHA 4J2DA 3AVNA 4CESA 1RNHA 2BE2A 3AA3A 4GMJB 4CJEA 4ZTJA 1D8YA 4E7IA 3K5NA 3V9SA 5HP1A 4KKOA 3EY1A 2DFEA 3C94A 4CJVA 3HSTB 4E7KA 1ZBLA 2PZSA 4FJLA 4BDYA 5D3GA 3O3FA 1WAFA 1EKEA 4RW9A 4FW1A 1NK5A 3TAMA 4CIGA 4FZZA 5EU7A 3SI6A 4QOZB 4DLGA 1SL2A 2FBYA 3V4IA 4HHTA 4CF0A 5HROA 3K59A 5I42A 2PY5A 1WSEA 2G8IA 3VQ8A 2DY4A 3WNGA 5JS2A 1ASVA 4F3TA 4OKEA 2XY5A 2P5OA 2G8HA 3AVGA 2FBVA 4HCBA 1IG9A 1F21A 3NFAA 4LH5A 2Y1IA 1WSHA 3TAEA 3MAQA 2DFFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5T7BA 3SJJA 3ID8A 4DFJA 3CG7A 3TAFA 1YIJN 4KPYA 4C23A 1OH7A 1KSPA 3ZCMA 2HMPA 2WUSA 4LSLA 4CEFA 2QWPA 5ADXA 4F9OA 1ZC6A 4FPBA 4FWNA 5B8HA 5GAEP 4LD0A 2YCHA 5AQSA 5FROA 4B1YB 1T3VA 3QINA 1G15A 4BR7A 1T03A 1TK8A 1S5JA 3AVIA 3PO4A 3L8BA 2UYTA 1NGAA 1CXQA 2W41A 3C7NB 5E26A 5AQWA 1YTAA 3BDPA 4CJSA 3SMPA 2NLXA 4N56A 2F96A 5GIOA 1LV5A 1TVRA 1S6QA 3T3FA 3T69A 4K42A 3QETA 4LFCK 2QWMA 3VQDA 5M1OA 3VENA 1BIUA 3LWMA 4F2SA 1HUXA 1DGKN 4JKGA 3K9KA 4QS9A 1KAZA 1GLBG 2XO7A 3CJBA 1R59O 3MEEA 1VQMN 1IG8A 1L3SA 4JKAA 2HHHK 4YNQA 4H0VB 5AQGA 2IAJA 2NRTA 4IG3A 1VK0A 1SUQA 4M3RA 4JKEA 3VQ5A 3EKUA 1NGIA 1MDUB 5EOYA 4OLAA 4IO8A 3DXKA 1TL1A 4JI2K 1FKOA 1YVUA 3CJ7A 1R0AA 3K5LA 4CFCA 1XHXA 4CECA 3GE1A 3DLLL 4BE2A 2A5XA 4M7XA 1I3AA 4CIEA 5KRTA 5AJ3K 2O8BB 2UXCK 4OPJA 2OTLN 1E4FT 3TSPA 4O5FA 2Q0UA 4IDHA 4CHQA 4CZHA 3SV4A 1VRTA 3PX0A 2A3ZA 1W0HA 3DYAA 5HL7L 1OH5A 3WNEA 4KTZA 3FZKA 3LAMA 3LANA 3CM6A 1WAJA 3CCUN 1LWFA 4NB4A 3V1QA 1RTHA 3F9KA 2A1RA 3QFPA 4H8KA 3U3GA 3CQXA 5HRNA 3PY8A 1BI4A 4FM1A 2G8WA 3I56N 4B9VA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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