3U3YA

Mouse trex1 d200h mutant
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
229
structure length
215
Chain Sequence
b'LPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALEQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQRKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGHVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Defects in DNA degradation revealed in crystal structures of TREX1 exonuclease mutations linked to autoimmune disease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 68
structure length 215
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2011-10-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u3yA01
2VG6A 1QQCA 5J2PA 4IG0A 1WSIA 3E01A 4DTSA 1JXEA 4KI4A 4PA1A 4DTRA 2HHXA 3AO4A 3LAMA 5K14A 1K6YA 3P5JA 4KPYA 1TK5A 2WOMA 3HM9A 1T05A 1KTQA 1D5AA 1S1XA 4GVMA 4AH9A 4RW7A 4Q0BA 3HPGA 4ID5A 2KZMA 1LW0A 3T19A 3KLEA 1SL1A 1FXXA 1KVAA 4CEFA 1X9MA 3NCIA 3KKSA 2XY5A 2XRIA 4CK1A 1C1CA 1ASVA 2HW3A 4Y1DA 3VQ5A 1IKXA 1QTMA 3MEEA 4HCBA 3QEIA 3SUQA 3O4QA 3SQ4A 3HSTB 3QNNA 1BISA 1VSLA 4M3XA 4J2BA 1I39A 3DM2A 4AHTA 4CFBA 4E7LA 4IKFA 2BE2A 4ELUA 3AVBA 4ID1A 1VSHA 3TWHA 1RT5A 4FJKA 3TAQA 1TAQA 4PWDA 4B9VA 4CF1A 3D45A 4W5QA 4GW6A 3TABA 1J54A 3F73A 4DF8A 2Q3SA 4FJGA 2HHTA 1TKTA 4I7FA 4DQSA 3AVKA 1S5JA 3HP6A 2GBZA 4DTUA 1D9FA 1NJWA 2YNFA 4KHQA 4CGDA 2G8FA 2D0AA 1VSEA 3AVFA 4Z4EA 4DLGA 3LPTA 3L8BA 3DLBA 2HNYA 2BANA 1F21A 3I0SA 4LH4A 3PX4A 3AA5X 4CERA 1REVA 1N5YA 1RDAA 4DQQA 5EU7A 1VSKA 3AVJA 4CK2A 3OS1A 1CZ9A 1FKOA 2QXFA 3KK2A 3EZ5A 2PZSA 3V9XA 1RBUA 2P5OA 4KRFA 1DTTA 2HHVA 1TKXA 1QSYA 1LWCA 4E7KA 4FLWA 2VWJA 4CJKA 3SV3A 1JL1A 4EZ6A 2YHBA 1QHTA 5C42A 1ZBUA 4J2EA 4Z0UA 3RMBA 3B6PA 1NJYA 1NJZA 2XY6A 1FK9A 1SKSA 1BIZA 4HUFA 3RRGA 5HLFA 4CEBA 2P1JA 1HPZA 2FBTA 3EY1A 3SUNA 4KV8A 4L8RB 2HHWA 3JYTA 3SUOA 3OYIA 1EXQA 3SJJA 3KKRA 4K8ZA 4DFJA 2FBVA 4DU4A 3ITHA 4B9NA 4DSKA 3HVTA 3HT3A 2QKBA 3V9WA 5J1EA 3ASMA 1SL0A 4W5RA 4G1QA 1SL2A 3F9KA 4IFYA 3C6UA 5CY4A 5J2QA 1B9FA 1L3VA 5CZ1A 2KQ2A 4KTWA 1IG9A 4Z4FA 3KIOA 2HB5A 3MXJA 2D0BA 1ZYQA 1TL3A 1U4BA 4O44A 3PO4A 3L2UA 4DMNA 3SQ2A 3AVNA 3CG7A 3HPOA 4I2PA 3LP3A 3PX0A 3LPUA 3O3FA 4N41A 3DOKA 4FCYA 3AVIA 2Y1IA 1VSDA 4FJ9A 2PYLA 3HO1A 2KZZA 4O5BA 4CHYA 3L2QA 4DTXA 4E19A 1U04A 1T7PA 1RT6A 4DS4A 3V1QA 3HVRA 3S3MA 2G8WA 2VG7A 2YNIA 4CJ3A 1TK0A 1WSFA 4ICLA 3KJVA 4BE1A 5J2NA 4O0JA 3IRXA 2XY7A 4C8KA 3K2PA 2P5GA 1A5VA 3U3GA 1GOBA 1IKWA 1HYVA 3WNGA 3DLKA 3OYKA 3SQ1A 4CFAA 3NH2A 1NK5A 1ITGA 1WLJA 1YTUA 1I3AA 3OVNA 3C6TA 4IFVA 2KW4A 3HL8A 3VQ9A 1SV5A 2ETJA 2OPQA 2E4LA 3HP9A 4FW1A 4QOZB 4FJHA 4I9QA 3AA3A 3DLRA 3HPHA 3ZSOA 4CEQA 3OYHA 1BIUA 3LDSA 4KHWA 5KI6A 1J9AA 4CJFA 4EZ9A 3RWUA 3I8DA 4FJJA 3PX6A 1S1TA 4CJUA 4F3TA 4DQPA 1RILA 1JLBA 1QE1A 2X74A 3OYEA 4XIUA 1JLCA 4EP5A 4PY5A 1BQMA 5C25A 2B6AA 3QETA 3V6DA 4DFPA 3OYJA 2X6SA 3LALA 5HRSA 2DTUA 1RTDA 1JLAA 3QIOA 4AHCA 2E6LA 1TV6A 3AVHA 1XC9A 4F2SA 1NOZA 1HMVA 3DLHA 1LWFA 2Z1IA 4OJRA 3WNHA 3K5NA 1S1UA 3VA3A 3QEXA 4CIEA 3RMDA 3QEVA 1WSGA 3OJUA 2RN2A 5HRPA 2ITGA 3DRSA 4CGJA 3DOLA 3OS0A 4BACA 3V81A 2B4JA 3PUFA 4OVLA 1QSSA 2D5RA 1T03A 3QINA 1TGOA 4E1MA 1O1WA 4C8MA 4W5TA 3OYDA 1C0TA 4FLXA 3CFPA 3AA2A 4DTJA 3SCXA 1VRUA 4ZTFA 1L3UA 4LD0A 3CFOA 5JS1A 3T1AA 3TARA 1L5UA 4RW6A 1B9DA 3C95A 2PYJA 2EX3A 4KHNA 3VQBA 1CZBA 4I2QA 4N47A 3ZT3A 2OPSA 1WNSA 3CM6A 3NH0A 3DMJA 1VSIA 2RF2A 3NDKA 3SUPA 5I3UA 4M3YA 2AJQA 2F8SA 4FK0A 2RPIA 4CHNA 2YHAA 4J2AA 1A5XA 1GOAA 4OKEA 1NKCA 4GMJB 1C0UA 3NAEA 5FRMA 1UAXA 3BGRA 1VK0A 5KTQA 3OYFA 4DSEA 3KLFA 2OPRA 3K5OA 3L3VA 3NH1A 1YVUA 3NHGA 1NKEA 1KCFA 4NCGA 4Y1CA 3IAYA 4C8NA 4ZTJA 1BGXT 4FJ5A 1IKYA 1KFSA 5CYQA 3OYGA 4BE2A 1DLOA 3AVLA 5SZTA 1HYZA 3QEWA 4B9LA 2DFFA 4KKOA 2IOCA 4H8KA 4CFCA 5J2MA 1S9EA 1S6PA 1Q8IA 1YT3A 3MECA 1RBSA 2O4GA 4BWMA 3VQAA 4DU1A 2R7YA 2KFNA 3P1GA 1TAUA 4IDKA 4CEAA 2OA8A 1HJRA 1B92A 3OYBA 1RNHA 3THVA 3ZSXA 1KFDA 4CJQA 3SI6A 1NK8A 2BDPA 3RR8A 4M3ZA 4DTNA 5JS2A 4M45A 4E7IA 3TANA 2G8VA 1S1VA 4ELTA 3NF9A 1FKPA 4JRPA 1EX4A 4FLZA 1C0MA 1RBVA 4KO0A 1L3TA 4FLVA 4NCBA 2A1RA 4W5NA 4M3UA 2WONA 1C1AA 1UWBA 1A5WA 4DFMA 1JXBA 4LH5A 1RDDA 3HK2A 4DSLA 3MEGA 5HROA 4O0IA 3RR7A 3NBPA 4KTZA 1RBRA 4EP4A 4FLUA 4OGCA 4OKJA 3ZSZA 3VQ6A 1JLFA 1G15A 5CYMA 3ALYA 3NGIA 3TAEA 4CGIA 3QNOA 3NF7A 3V4IA 2X6NA 1X9WA 1U48A 2KTQA 1HQUA 1S6QA 3VQ4A 2DFEA 3RTVA 2P51A 1WAJA 4OLAA 4CF9A 4CJ4A 2XY8A 4CF2A 1UOCA 1TKDA 4W5OA 1J53A 4DQRA 3L2WA 1BL3A 4CJTA 4B9UA 2ZD1A 3FFIA 2FC0A 3CM5A 3KLIA 3MXMA 3RRHA 4FZYA 2BGGA 3AVMA 4C8OA 4FJXA 2VG5A 4QAGA 3K57A 3VQ7A 3LANA 4O4GA 2OYQA 1TVRA 5FROA 1QS4A 1NK4A 5DK5A 4JRQA 4FJLA 2G8IA 4ZHRA 4CIFA 3IS9A 4F4KA 3LWLA 1RT3A 1JLEA 2HNZA 3DRRA 1BHLA 2F96A 3QIPA 3ZT4A 2ATQA 1HQEA 1UA0A 4FYDA 3MXIA 4DS5A 3QESA 3S3OA 4CJ5A 4KHYA 4FJNA 1XHXA 2PY5A 3NF8A 3AVGA 5HRNA 4FJMA 3QEPA 3OJSA 2YKNA 1W9HA 1NK9A 3MEDA 3O4NA 4YNQA 4DU3A 1VSFA 2LSNA 2YNHA 4AHVA 4FK2A 3K58A 4MFBA 1VSMA 3CFRA 4Z4IA 2HVIA 1ZBIA 4DFKA 3LZIA 1JKHA 1RDCA 5CZ2A 4CE9A 4CJLA 4K8XA 1Z26A 2EHGA 3WNEA 4FJIA 4RW8A 2Z1JA 3DLEA 3NE6A 3VQQA 2Z1GA 1X9SA 2IDOA 3VQEA 3QO9A 1CLQA 4B08A 2DFHA 5DMRA 4M3WA 4CEOA 3S9HA 4B9MA 4E89A 2YV0X 1HNVA 3OY9A 4CECA 1YTAA 3LP2A 1ZBFA 3AO1A 3M8QA 3ZSYA 3ZSVA 4CGHA 3ZT1A 4E7JA 3M8PA 4DQIA 5HRRA 3OYAA 4CHQA 1N6QA 1D8YA 1BCMA 4CCHA 2FBYA 3RMAA 4KFBA 4M42A 1BI4A 1EKEA 1LWEA 2X78A 3K59A 3NGZA 1LAWA 3ZT2A 3SYZA 4CJPA 1SKWA 4DTOA 1VSJA 1S1WA 3MAQA 1NK6A 3B6OA 3ZCMA 4F2RA 4CEEA 4LY7A 2JLEA 4BDZA 3LP0A 3U3YA 3ZSRA 1Q9YA 4B8CA 1ZBLA 3H08A 4O55A 4WE1A 3AV9A 3L2VA 2DY4A 3ISNC 5T7BA 3IG1A 2W42A 4CF8A 3OS2A 3SPZA 1Q9XA 3TI0A 1U49A 3V1RA 3AO3A 4BE0A 5KRSA 4B9SA 2IS3A 1KSPA 3OYLA 3S3NA 3KTQA 4CJVA 4DSFA 4KHUA 1XHZA 4HCCA 1RDBA 1JL2A 3A2FA 4TSXA 2VWKA 4FM2A 4RW4A 4FZXC 3AO2A 5KRTA 4CGFA 1NJXA 4IBNA 2G8UA 1WSHA 1TKZA 3VQ8A 4FLYA 3KD1E 4AHSA 1KVBA 3LAKA 2G8KA 4DF4A 4DSJA 4H4OA 4KB0A 4CGGA 3PY8A 4OPKA 4DSIA 4N76A 3DI6A 2D0CA 1L3SA 1BCOA 4UQGA 2FBXA 1WAFA 3TAMA 4HVJA 3TAFA 3HXMA 1HYSA 4DTPA 1JLQA 4F3OA 4CJSA 3U6FA 4RW9A 3SNNA 3KD5E 1UA1A 4OLBA 5FRNA 4BWJA 3V9SA 5KGXA 4F8RA 3UIQA 5I42A 4CHOA 4AHRA 1NK0A 2I5JA 1KVCA 3QERA 3SZ2A 3OYMA 1U45A 1MU2A 3KK1A 3OYCA 3SPYA 2IAJA 4I9LA 1NKBA 4FZZA 4R5PA 4OKKA 2ZQBA 3M8SA 4FXDA 4CEZA 1HRHA 1J5OA 3AA4A 3V9UA 4B3OA 1Z25A 1HNIA 4OGEA 4FM0A 3HJFA 1BQNA 2HHQA 1W0HA 5HBMA 3EYZA 1JLGA 1KLNA 4IG3A 4RG8A 3BDPA 4YFUA 1CXQA 3TR8A 2QK9A 1XWLA 3QLHA 3DLGA 4DLEA 5FDLA 4M3RA 2Y1JA 4BDPA 2QKKA 1RT2A 1SUQA 4CEDA 3OYNA 3P83D 2OPPA 2HNDA 1ASWA 1D9DA 3DRPA 2KFZA 1DTQA 4HUEA 4HTUA 3ZT0A 1BI4B 2IC3A 1ZBHA 1WN7A 3KLHA 1RTIA 3NFAA 5E41A 2YNGA 1CXUA 3NF6A 1IH7A 3KK3A 2XHBA 3LZJA 3VQDA 1RT4A 4FW2A 3SQ0A 4NYNA 3TAPA 3V1OA 4N5SA 2HMIA 3C94A 1ASUA 2GV9A 3VA0A 3T3FA 2JGUA 1KLMA 1T8EA 1LV5A 1NOYA 2G8HA 4HHTA 1XI1A 4PUOA 3VQCA 3VN5A 1TL1A 4FVMA 4QCLA 2A1SA 4BDYA 3G0ZA 2XO7A 5HP1A 4J2DA 3D0PA 4E3SA 1IKVA 4CHZA 4LSLA 1WSEA 4ELVA 2HVHA 3AVAA 1TK8A 4B9TA 4KHSA 2HHUA 1C6VA 3O3HA 4LSNA 1GOCA 1EP4A 2E6MA 4KTQA 1S9GA 2F8TA 4DTMA 3WNFA 3L2RA 3JSMA 1VRTA 5C24A 4PQUA 4AHUA 3L3UA 4M41A 4CF0A 3SV4A 2GUIA 1R0AA 4KB1A 4CJWA 4KREA 2YKMA 3VQPA 3K5MA 3NGYA 3V9ZA 4FJ8A 4CIGA 1RT1A 2IGIA 3O3GA 5SWMA 1LW2A 2OZSA 2NUBA 4CJEA 1RCHA 4OPJA 3LP1A 3AO5A 2RKIA 3CQ8A 3ZSWA 4H4MA 1RBTA 3ULDA 1RTJA 4M3TA 1Y97A 3RMCA 1NK7A 4NCAA 1X1PA 2Z1HA 3CYMA 4DWIA 4Z4CA 3TAGA 3ZSQA 1C1BA 4CESA 4NYFA 3KLGA 4CFDA 4Z4GA 3G10A 4E7HA 2O4IA 3PO5A 1U47A 4MQ3A 4DG1A 4Q5VA 3PV8A 5D3GA 4CHPA 4E1NA 4E0DA 1IO2A 1EETA 4JS4A 4Z4HA 4FM1A 4C8LA 3K5LA 1LAVA 2ZE2A 4KAZA 2OZMA 4JS5A 1SKRA 3AVCA 4N56A 4HUGA 5KGWA 4CJRA 1RTHA 3I0RA 4CK3A 3M8RA 4FLTA 4KI6A 4FK4A 2B5JA 3DYAA 1QSLA 3LWMA 1RT7A 4AILC 4JLHA 1KRPA 3HYFA 4B8AB 2HHSA 1WSJA 4FJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IOXA 5J2PA 3VENA 2NRRA 4H0YB 3MWTA 4DTSA 3VGMA 4PA1A 4I6MA 4NB4A 4KPYA 5C2DA 3FZKA 2JWLA 4ID5A 3KLEA 1M90O 1YIJN 2XRIA 1SS6A 3VQ5A 1QTMA 3MEEA 3KK7A 3QEIA 3O4QA 1BISA 1BO5O 1HX1A 1ZC6A 4M3XA 1P90A 4J2BA 3R3LA 2CH5A 3DM2A 4CFBA 1VSHA 4CF1A 3D45A 2P9UA 4DF8A 3F73A 2Q3SA 4DQSA 4DTUA 4KHQA 3FGUA 3SMSA 1E4FT 1OVQA 4WFAL 1VSEA 1BUPA 4BR9A 4AQYK 2GWKA 1IBMK 2P9KB 4BQLA 1F21A 4WYBA 4KH6A 3PIOL 2I7NA 2P9LB 4LFAK 4RCHA 2IVPA 3ATUA 4NXMK 2QXFA 2HHVA 4JK8A 1DTTA 1QSYA 4E7KA 2VWJA 1NM1A 3WXJA 1QHTA 4JI2K 4A62A 1GLJO 3ZEUA 5CE3A 1NJZA 1FK9A 1SKSA 4DKWA 1NGEA 2P1JA 4IDHA 3BZCA 4KV8A 4FL9A 3J81O 2HHWA 3SUOA 4DFJA 2FBVA 4DU4A 3ITHA 3FFKB 3EL2A 4H0XB 3HT3A 3IUCA 3UKUB 3VEXA 3C6UA 4JKFA 5CZ1A 5AQKA 4I6MB 4YORA 3MXJA 3PO4A 5C0YA 3LP3A 3LPUA 3MK6A 1VSDA 4FJ9A 2PYLA 3HO1A 4O5BA 4YDUC 3NVKA 4DS4A 3J7AP 1NGIA 4CJ3A 3KJVA 3R8EA 5BN9A 3PIPL 1A5VA 4JKGA 3GDQA 1YJNN 4H5RA 3DLKA 2P9UB 4DB3A 3OYKA 5JVGL 4CFAA 3NH2A 1NK5A 2HHHK 2YJEA 1YTUA 1I3AA 3HOTA 1N8RO 2ZWHA 3IDHA 2E4LA 3G4SN 3DLRA 3HI0A 1XNQK 3RWUA 4K42A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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