4JKHA

Open and closed forms of d1781e human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
ELFSNQIIWFVEDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 65
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkhA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkhA01
3E66A 4JKGA 4JKDA 4ILJA 4JKHA 4ILHA 3SBTA 4ILGB 4JK8A 4JKCA 4JKBA 3ENBA 4JK7A 4JK9A 3SBGA 4JKAA 4JKGB 3E9PA 4JKEA 4JKFA 3E9OA 3E9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YJWN 2DPNA 3DI6A 4Z4EA 5M1PA 1KVCA 3W3DA 3BZKA 2FXUA 1IG8A 3D7EO 3DRPA 3VA3A 1KTQA 4FOIA 1F21A 3MWPA 1A5XA 4FWSA 3V4IA 2DFHA 4MDAA 2P9PB 4OPKA 4F2SA 4I9QA 3ULEA 4B1XB 4KPYA 2RN2A 4M3YA 3EN9A 2F4VK 4B9MA 4B9TA 1NGHA 2UUCK 3CI5A 3RMDA 2VQEK 1BU6O 4H5WA 4CF2A 5SZTA 3S3MA 2UXBK 2CGKA 4KTQA 2DY4A 3QFPA 4BDYA 3AVKA 4CGHA 4EFHA 3AO1A 3NGZA 1X9JA 3AO2A 1VBGA 3ID6A 4CF8A 4JRPA 3MCPA 4E3SA 3CCUN 2XY5A 2OZMA 1XHZA 4J2BA 4FZZA 2E88A 1VK0A 3SMPA 2P9PA 1HBKA 2Q2RA 1HPMA 2PFUA 4O5BA 3VGKA 2XY6A 1K8KB 4B9UA 1LOTB 4ZTJA 5C15A 3DOLA 3MEEA 1ZC6A 4HWIA 4OLBA 4BGBA 4PL8A 1U2VB 2O8FB 4U67L 2A42A 4NYFA 4BREA 4DHYA 4FPBA 5BREA 5C12A 3G71N 3ZX2A 1UA0A 1GLLO 1KCFA 1YAGA 2QTDA 4Y1DA 4K41A 4BY9C 4HHTA 5JS1A 2I5JA 4FLYA 4CJPA 3M3ZA 3EEQA 4FWPA 4IDHA 2AJQA 2VCPA 3FGUA 5EOYA 4DU3A 5C2DA 4LF8K 4IKFA 2ATQA 1K8KA 4CZLA 1HQUA 2VGMA 4W5TA 3T7ZA 4KO0A 3CQ8A 1YVNA 1U2VA 2HF4A 1N33K 5FDLA 2Z1JA 2O8FA 3FZFA 4JI6K 2W6KA 3B8AX 1X1PA 1JCGA 1R59O 3K9JA 4DQQA 2HBJA 4LY7A 1Z26A 2VG5A 1JLAA 5CZ2A 3KKRA 4B08A 1BWFO 4NXNK 3ENBA 4H0TB 3V9WA 4FPAA 2E6LA 4CHOA 1I39A 4FLUA 3PX4A 4H8KA 4A57A 3AVNA 3E9OA 2E2NA 4NLBA 4CZGA 2LBBA 3T1AA 2CQUA 3SQ4A 4F3TA 1C1CA 2ZD1A 3UKRB 5F2RA 4CD1A 5GINA 2DFFA 3VEZA 1NLVA 2GWKA 2FJ9A 3CF5L 4WQ4C 2PYJA 4F7GA 4IG3A 5BPLA 2E1ZA 4Y0WA 4M3RA 3MEGA 3TAMA 5AFUH 4DSKA 5F1XA 3CJAA 3NE6A 1DKGD 4CK3A 1N5YA 4BVOA 2ASMA 4QS8A 1KSPA 3FLCO 5DK5A 2QI2A 2QWRA 2YI1A 3IKMA 4IXCA 1EQYA 4JNEA 3TTFA 3E9LA 3K9KA 2E4LA 4DSIA 4UY8O 5HRPA 4OKJA 3G0ZA 3VGMA 3TAFA 4IOCL 1YXQA 1V4SA 3MDQA 3L0QA 3UKRA 3A5NC 3D2EB 1RILA 4CJFA 4CVNE 4YFUA 4DQPA 4DB3A 4GV3A 3K0SA 1MK7B 3IMXA 4FWNA 3J7ZO 1MA9B 2FF6A 3ZT2A 3CJ7A 1ILYA 2VG6A 4CZHA 3O08A 5MLCQ 4ZTFA 1CXUA 4AHVA 1BIUA 5CE3A 2ZWHA 3LDQA 5IWAK 4FK4A 3CC4N 5FPDA 4CJLA 1VQLN 1HPZA 2ETJA 1KBLA 3VQ4A 4YDUC 1T44A 1TAQA 1SAZA 1S6QA 5BPNA 1HB8A 4FJLA 2WFBA 3ASMA 3WXLA 3ULDA 4J2AA 2JLEA 4X65K 4BDZA 3VQAA 4GMJB 4CE9A 3U9ZA 3QICA 3LL3A 4PKGA 4IJNA 3HRGA 5AQZA 2KTQA 2GX9A 3WQTA 1LWEA 4DTJA 1JLGA 4E1JA 4FLXA 3CXCM 4DTRA 2UXDK 1GLJO 4CF1A 1R0AA 4PY5A 2CH5A 3EKSA 3BGRA 2ZGYA 3OHRA 4WQ5C 3BP8A 2J4RA 4FSVA 3VN5A 2CGLA 1VBHA 1RBVA 1BQMA 3F9KA 4NO7A 4BE1A 1DLOA 4JRQA 2OYQA 3HVRA 2ITGA 2XY7A 2F8SA 3L3UA 1VSFA 2YHYA 2NRHA 3KLIA 3EYZA 3OYCA 1P8ZA 3CC2N 5J2PA 3QIJA 2W6LA 3LZIA 4WFBL 3SAGA 4IOXA 4DR3K 5JLHA 4DCHA 5C10A 1C1BA 2NRZA 3VMFB 2D11A 4B1YB 2WUSA 4J2DA 3BUZB 4BRPA 2Y1JA 4IG0A 1NGEA 4JKDA 4QS7A 3EE8A 1NGBA 4KBOA 4EAHD 2WOMA 1X9MA 4FVUA 3FR0A 3U3GA 2G8KA 2FBXA 3VF6A 4CHZA 5M1QA 3K58A 1TUYA 2E2QA 5E26A 2E1YA 3R3LA 3WXJA 1J54A 2GUIA 1D4XA 3VEYA 3MK6A 3ZT0A 3CPEA 4ELTA 4DQRA 1D9DA 4DR7K 4JV5K 3A2FA 4QCLA 4NCAA 1VRUA 2GELA 2FSKA 3JS6A 1GLCG 1E5WA 1CZBA 3G9WA 3BY5A 4RW8A 5JVHL 4I2QA 1M90O 4WQ4A 4CHNA 2OANA 3AVIA 1QSLA 5SWMA 3VERA 4YOWA 2P9LB 2X6SA 2EWSA 1IBMK 2D0OA 1YITN 4DMNA 3MX5A 1BCOA 3D2FB 3F2KA 4BR5A 1REVA 3O9SA 4RWTA 3HBTA 1TKDA 3SQ0A 3CPWM 2O8DB 4DR4K 2D0AA 5KQDA 1N6QA 4DKWA 3FZLA 4FL9A 3FFKB 4NLCA 2KFNA 1IV0A 2AA4A 2NUBA 3WT0A 3P39A 1XUPO 1ZBFA 5KPRA 3H1QA 1LWFA 2P9LA 3PSFA 3DOKA 1VQNN 4MLHA 3PO4A 1RDAA 3VEVA 3QNOA 4Z4GA 2CGJA 3ATUA 1V4TA 3WXKA 3T3FA 1TV6A 1KD1O 4CJEA 4JI2K 1S5JA 3MXMA 3D2FA 4DFJA 3W0LA 3CCRN 4DF4A 2FBYA 3AU4A 3DXKB 5AFUA 3ZSVA 1NK7A 4YDUA 4JKEA 1NGAA 3ENOA 3S9HA 2O8DA 3I33A 1RBSA 4FJKA 2JWLA 1Z6RA 3BEXA 3C6HA 4LSLA 4JS5A 3IRXA 4DUYK 2OPRA 1H1VA 1LAVA 2YX6A 1Z25A 5HROA 2QWPA 1NGGA 1Q9XA 4OVLA 4KHUA 2HB5A 3HOTA 1C6VA 2GBZA 3CC7N 4C8LA 3J8AA 2E2OA 3KK1A 2QA4N 3AV9A 3OYJA 3LWMA 3K5NA 3DXKA 3S3OA 1KFDA 1HNXK 3O8MA 4WQ5A 1J5EK 3ISNC 1BG3A 3LAKA 1KXPA 4BACA 2AL6A 4CJ5A 4FLVA 4DXAB 1CLQA 5A2QO 4GKJK 3QEWA 4EZ9A 2YNFA 4CECA 4B1ZA 1KRPA 1JXBA 4LSNA 2HBMA 3A0IX 2J0MA 3ENHA 3PO5A 2IIRA 3LP3A 1RT4A 4CZKA 4HUGA 2VWBA 3OYNA 1QVGM 3NHGA 3VESA 3EZWA 3OW2M 4JK8A 5AQLA 3CCVN 3M6GA 4RW6A 5B8HA 2BGGA 4M7YA 3M8RA 3A5OC 3SPYA 3CERA 3H1VX 4KTZA 3V1QA 4CIGA 5H1SQ 1W0HA 2F9TA 4Z4IA 3GOIA 3FZHA 2J0KA 5AQKA 3OS1A 1KVBA 4LD0A 3HP9A 4DG1A 1D5AA 4XH4A 3AARA 3DJCA 3H46O 3IS9A 1ZBHA 1WAJA 2B4JA 4OKKA 3V9XA 3PUFA 4IJAA 4CEDA 1FK9A 3HO1A 4X66K 4KHNA 3LDPA 1TKZA 4FW1A 3TSQA 4ID1A 3OJSA 1HNIA 1NBWA 1NKCA 4KB0A 4H4OA 3WQUA 4H5RA 2AEHA 4EZ6A 4F8RA 2I7NA 5AJ3K 3KLGA 4WFAL 3PX0A 3KK7A 3NH1A 3LPUA 5ELZA 4JKCA 3QB0A 3AO4A 4FJMA 3OYIA 4HDQA 4N56A 1NVLA 4CJ3A 3KLHA 3NVMA 1KC7A 2HE7A 1TVRA 3VENA 4N47A 3T1YK 2WTUA 5JVGL 4Z4FA 1EP4A 3SCXA 2QWMA 4O55A 1SZ2A 3ZSYA 3KJVA 4OKEA 1IBKK 4M45A 4BC2A 2Q1NA 1T6DA 5JVLA 3WXIA 3QEXA 3L8BA 1IO2A 5M1NA 4OGCA 1NGCA 1BISA 3CCLN 4FYDA 4FZYA 4KI6A 4C8MA 5BRHA 4H0YB 3WEEB 4EP4A 3Q7BA 2HHHK 5FPMA 3O4NA 1JLQA 3JSMA 3AA5X 4GVEA 1NKBA 3QLHA 1XI1A 5TKYA 4CGIA 3QDKA 4AHSA 5AQFA 4JI7K 3A8YA 3O4WA 1HQEA 4CD3A 2VG7A 3U4LA 3I0SA 5I9EB 4GXBA 1GGOA 1S1UA 3CM5A 3G6EN 5KPZA 2P1JA 3O9UA 5FLXO 1NGIA 1S22A 4JI5K 2UUBK 4ZRIA 1T7PA 1EKEA 5LY3A 3ZSQA 3MN6A 4X64K 3QFUA 4FJXA 1JLCA 3WEEA 3V81A 1HRHA 1NMNA 1BHLA 4BRFA 1GC7A 4LH5A 3HL8A 1O1WA 3VQ7A 1M1KO 5AQYA 3ZSXA 4EIAA 3EY1A 1GC6A 3SK3A 1NOZA 4W5RA 4E0DA 4PL7A 4PQUA 1NK0A 1J19A 2EX3A 3OYDA 3BF3A 1SKWA 1TGOA 2ZJRL 1RFQA 3L2VA 3NGIA 4PUOA 5AQWA 4MDBA 4BRDA 4CZJA 1FXXA 4JK7A 1S1XA 4ZHRA 3M5RA 3U3YA 4YOXA 3CMAN 2KFZA 3EL2A 3PX6A 3HPHA 4FWKA 3J7YP 3OS2A 4LFCK 1L3VA 4MFBA 2KW4A 4DSFA 1ITGA 4HUEA 2QWLA 1W2BM 1SV5A 1BA1A 2ITMA 3EKUA 3VQ6A 4CK1A 3OYFA 3TPQA 2OZSA 3FZKA 4BROA 4K8ZA 3ALYA 4M7XA 3C65A 3OVNA 4M3TA 2QM1A 4TSXA 1TL3A 2J0JA 1RDWX 5CY4A 3VEOA 4DTMA 3VEXA 3MXIA 3VOVA 3RVCA 5GAGP 4YOVA 2E2PA 2CB8A 3SAHA 4FWOA 1XC9A 2QK9A 4A5BA 3MECA 1NJZA 4FXDA 4E7IA 3AAQA 5FRMA 4BR0A 2YHWA 1K6YA 4K43A 4A5AA 4BRCA 4BR2A 1VQ7N 4LF9K 5AQXA 3CJ1A 4HCBA 1N32K 1Q86O 2QKKA 3QBXA 4KHQA 4CEQA 1ST7A 1GG3A 3WNGA 3UB5A 4M63C 3SI6A 1X3MA 3DYAA 3IVFA 4XIUA 4YOYA 4CJVA 1KAZA 4BGAA 4XH5A 2ZE2A 4BWMA 3C6TA 2HHTA 1RDBA 2YJFA 1RBRA 1QVFM 3KKSA 2HHSA 2D10A 4OPJA 4KHPK 3HSTB 2W41A 3VQ8A 2FLOA 2F9WA 2FBTA 3AVHA 1RNHA 2UXCK 2WONA 4O0JA 1HB6A 2GWJA 3MN7A 4JLHA 1I3AA 3SUPA 1VQ4N 3QETA 2QEXN 5J2QA 5E84A 3Q7CA 4RW4A 1SQKA 5HOOA 5HRSA 3AA3A 1RCHA 5J1EA 4OPAA 5D3GA 3VETA 2WC9A 1XWLA 2BH1A 3AY9A 5DM6L 4PKIA 1VSJA 2A3ZA 2VWKA 1HKBA 1CZ9A 1NK8A 1ACAA 2D1KA 3M8SA 3CCJN 3EE9A 3ATVA 4FJGA 3H3OB 3HSCA 4NB4A 3PZDA 4XEIA 3CJBA 3D6RA 4JI4K 1BO5O 1ZXOA 4Z4CA 1WBBA 1Q81O 1QQNA 2COPA 4AHCA 4B1VA 4DV4K 1JKHA 1YJ9N 1HYZA 1XC3A 3NH2A 1HKCA 4DV2K 4J8FA 3SMSA 1HMVA 3DLLL 4DV3K 4FJHA 1Z05A 4FJ9A 1GLEG 3BZCA 4FWQA 4E7HA 3TANA 4HCCA 4FZXC 4CIEA 5T7BA 2OPQA 3UKUB 4GVMA 5C25A 4LH4A 2HHUA 2YNGA 3GE1A 3AVJA 4DTUA 4DU1A 2ZJPL 3L2RA 1MIXA 1RBTA 3IFRA 4CHQA 3OYLA 3NDKA 3U9DA 3UE5A 4WYBA 5M1OA 1WSGA 2PBDA 4O0IA 2F7TA 3L3VA 1NTIA 3KK2A 4FOEA 1KC8O 3C6UA 5IT9O 3R1XA 4KHSA 1T3VA 4RG8A 1VSMA 2ASOA 5GAEP 1QTMA 1EWQA 3LDLA 2PYLA 3QEIA 1DTQA 2RE2A 2RF2A 4R5PA 1XNRK 3MMVA 3UKUA 3DLHA 4AQYK 2FBVA 2A41A 2NNWA 3AVAA 3ZT1A 4W5OA 2RKIA 1N36K 3X23A 3U6FA 2W40A 4B3SK 1FKPA 4DFKA 4HTLA 3EO3A 1ESVA 3OBWA 2HHQA 4IO8A 3ID8A 5CHIA 4E89A 3K5LA 1GOBA 1S72N 5KTQA 2E5LK 4XH1A 1RDCA 4BRQA 3IDHA 3QO9A 1VQ9N 2X0SA 1RT7A 3PSIA 4GY2B 3KLFA 2R82A 1SKSA 4CFAA 4B3MK 1VQ8N 1YF5L 2AP1A 5LJWA 4DTNA 1W97L 3NMUA 3L2QA 4AM7A 3LDSA 4ELUA 1YT3A 4ID5A 2EMTA 3RWUA 4N5SA 3SZ2A 4AILC 1S9GA 3DMJA 3DLGA 1BUPA 1OH5A 1J9AA 1ZBSA 3AVGA 3RR8A 3NBPA 4DQ8A 1B9DA 4C8OA 4DTSA 4RW9A 4F3OA 2D5RA 1HUXA 2RQ1A 1BA0A 1L3SA 3CCEN 2HMIA 4F2RA 2E8AA 2HF3A 1BOTO 1S6PA 2P5OA 3VEWA 1QHTA 3N4QA 4GV9A 5AZIB 3I55N 1C0TA 5KPTA 1VQON 3AU5A 2HOEA 3DRSA 4BR7A 5C42A 4C8NA 3LP0A 1Y64A 3K2PA 4HTUA 1TKXA 4FCYA 3R6MA 4A62A 2UU9K 4PHTX 3OYAA 4JKFA 1S1TA 3FLVA 3LP2A 1XQSC 1OH6A 4BG8A 1L5UA 4H0OA 3WUHA 3HM9A 3NF7A 5HBMA 1HYVA 4IDKA 4BWJA 3I56N 1EETA 4A2AA 1T05A 1H4RA 1KVAA 4DV1K 4CFBA 1VSKA 3TI0A 5AZIA 2HNYA 3MX2A 5C24A 1DEJA 1TK0A 4BE2A 2G8HA 2V7YA 2NZTA 4BRMA 2DTUA 3M8QA 3HPGA 2BDPA 4KAZA 4LF6K 5BN9A 3RMCA 3BDPA 5AQPA 1MIZB 4AHRA 1L3TA 4CZEA 3THXB 3CM6A 4OLAA 4DSEA 2V51B 4CHYA 1WSJA 3OJUA 4O44A 1ATRA 4LF4K 3DXMB 5GADP 1WNSA 4MO4A 4EHUA 2F8TA 2HNDA 1HKGA 1J5OA 3WNHA 4BVPA 3K59A 2P9SB 4FK0A 1QSSA 3LZJA 3S3NA 4NCBA 2D2QA 2Q36A 3V1RA 4B1WB 3GBTA 4TKNA 5HRNA 1NJIO 1E4GT 4FLWA 3VPZA 2P5GA 4DLGA 1RGIA 1SGHA 3FFIA 3I0RA 4CJ7A 1IBLK 1LCUA 2QW9A 5GIPA 4M3UA 2HW3A 2EHGA 3LDNA 4CHPA 3THXA 4EHTA 4E7LA 2B5JA 4CFCA 5BRDA 2X78A 1TYQB 3V6DA 3SUQA 4ICLA 5GIOA 1RT3A 4C23A 2IAJA 3DXMA 4CESA 2FF3B 4NCGA 4YHHK 2VQFK 2IGIA 1BDGA 4O8UA 4AM6A 1RTDA 1WB9A 3FE1A 2P9SA 4CF9A 1Y97A 4JYAK 3E66A 1NMDA 3O9QA 4GW6A 3ZSZA 3S41A 4FWLA 3PVLA 2NRVA 1JLFA 3KHYA 5HRRA 5KRTA 3ZEUB 2GTDA 3OYMA 4CZFA 3F9MA 1TYQA 4C1NK 3V9SA 2HVIA 3OY9A 1RT2A 3M8PA 4QAGA 1NGJA 3HOSA 3T1HK 3SUOA 1NK9A 3OYBA 2YJEA 1YTUA 2NRRA 4CJTA 3R8EA 4G1QA 1GLBG 4FW2A 3C7NB 3A5MC 5AR0A 1DT9A 4CGGA 5CYQA 1YJNN 3CMEN 5M1FA 4H4MA 3CJCA 4CJ4A 2Q0RA 4JD2B 5IJMA 2H3GX 4EKUA 3ZEUA 2O4GA 1K9MO 1XHXA 4WFNL 1MU2A 3N4PA 1NU0A 1IKXA 3ZCMA 1JCFA 4BRAA 2Q31A 3SJJA 4DWIA 1EWRA 3D0PA 4P7IA 1RT6A 3RRGA 3VGLA 4E19A 4Z94A 3SLCA 4JI8K 2D0PA 4FJ5A 3L2UA 4DR6K 4BR9A 1FKOA 2JGUA 3VF2A 3AVBA 3C7NA 4R79A 3BINA 4B9NA 5BN8A 3AGKA 1ZBIA 1EXQA 2P9UB 1EX4A 4YOUA 3L4QA 2BANA 4W5QA 4E1NA 5JMVA 3MCAB 4JD2A 2XHBA 3CJ9A 3P38A 1D8YA 3RSEA 1S1WA 2A1SA 3HVTA 4YY3K 3B6OA 2IS3A 3NF9A 3H08A 2GUPA 1VSEA 3T19A 5KI6A 1WAFA 3TSPA 3G4SN 1U47A 2PZSA 2X6NA 3ZX3A 1NGDA 1KLMA 3UIQA 1HNVA 5E41A 4KREA 5BPMA 2D0BA 1FW6A 4HUFA 2KQ2A 1VSIA 2ZPYA 2IC3A 3JXUA 4WE1A 2ABDA 3SBTA 4L8RB 1ASWA 4KTWA 2P9UA 1Q8IA 4CI6A 3DLRA 1WOQA 4DFPA 1NGFA 4O4GA 3L4IA 3KWIA 4BRNA 4NY0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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