1VSIA

Asv integrase core domain with ca(ii) cofactor
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Endonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 51
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsiA00
4OPKA 4BE0A 2BDPA 3ZT4A 2ZE2A 3AO4A 1WLJA 4FLWA 4M41A 3VQ7A 3H08A 3O4QA 1VSLA 1NKEA 1FXXA 1KVCA 4I2QA 2Y1IA 4IBNA 3SUOA 1L3VA 2GV9A 3KLHA 1C0TA 4K8ZA 3DOLA 4CHZA 1SL0A 4IDKA 1HRHA 1JL1A 4GMJB 2XY8A 3CFRA 1JLFA 3QEIA 3HO1A 2VG5A 4RW8A 4CJ4A 2G8IA 3HP9A 1C0UA 3TAMA 3RMAA 3I0SA 2Z1IA 4H4MA 1NK5A 4Z4IA 3O3HA 1U49A 2HB5A 3FFIA 3QIPA 5CZ1A 4I2PA 3VQPA 5I3UA 3M8PA 3MXIA 1RT5A 4G1QA 1L3UA 3LP2A 3LDSA 4CJSA 1IKYA 1BIUA 1EKEA 3T3FA 5J2MA 3S3NA 4FK2A 4E1MA 1KTQA 4O0IA 4ELVA 3O3GA 1BCOA 2ATQA 3HK2A 1S5JA 1Y97A 1QSSA 3AA5X 4Q0BA 1JLCA 2QXFA 3MEGA 3AVJA 1WSJA 4FLUA 1RT4A 2OA8A 1TAQA 3DRRA 4ICLA 5KRSA 3WNGA 4CIGA 1DTTA 2OYQA 3DLGA 3VQ8A 4HCBA 1S1UA 1JLBA 1GOBA 2O4GA 2KZZA 1VSFA 2X78A 1DLOA 4HTUA 2G8FA 2G8KA 1REVA 1S1TA 4LH4A 4AH9A 1KLNA 2X6SA 2FBYA 1TK5A 1VK0A 3NGZA 1SUQA 4O4GA 3AVAA 4CJ5A 1WSEA 1WSGA 4CHYA 3KLGA 3CG7A 4NYFA 1KSPA 5FDLA 1C1AA 3V1RA 4CEFA 1NK8A 3OYEA 4J2BA 2QKBA 1A5VA 3AA3A 1DTQA 4HVJA 1NJYA 3G10A 4CFAA 3LP1A 2WONA 2RKIA 2D0CA 4CEBA 4LSNA 1RDDA 1BI4A 4PY5A 3PO5A 4E7HA 1YTAA 3AVBA 3NAEA 3L3UA 2OPQA 3OYLA 3KK1A 3CQ8A 1S1VA 1X1PA 4FJIA 4FJKA 1U04A 1RTIA 4FM2A 4R5PA 4AILC 3UIQA 3OYDA 1VRTA 1N5YA 4DTJA 4E7KA 3V9XA 3VA3A 1RDAA 3TARA 1BHLA 1HYZA 4RW9A 3HXMA 4FJ5A 1VSHA 5DK5A 3RTVA 2P5GA 2VG6A 3PO4A 1J54A 1TK8A 3NF6A 1CXQA 4DU3A 2FBVA 4RW6A 4E1NA 3QO9A 3OS0A 1EP4A 2B4JA 3HP6A 1YT3A 4AHUA 3HSTB 1C0MA 2YKMA 1TVRA 4CJ3A 3JSMA 3U3GA 3K59A 1ASVA 2XY6A 3QEPA 4DTPA 3V6DA 4J2AA 4NCGA 3NGIA 1JXBA 4F2SA 5J2NA 1K6YA 3LAMA 4CEQA 3D45A 3HPGA 1X9SA 3DLHA 2P1JA 1VSIA 3V9WA 3ZSYA 4B9TA 3OY9A 2PYJA 4AHSA 4E7JA 4FYDA 3VQ9A 2XY5A 3K2PA 5HRSA 1JLAA 4J2EA 4HCCA 1NK7A 3KTQA 2RN2A 3KLEA 1WAJA 4C8KA 4B9LA 4FZXC 4CGIA 4FXDA 3KJVA 4H4OA 4CFBA 2JLEA 1QQCA 1EX4A 1RDBA 3TABA 4KO0A 3T19A 3RRGA 4KREA 1Q9YA 4CCHA 1YTUA 4E3SA 3U6FA 1XHZA 1LV5A 2XHBA 3MAQA 3M8SA 3OVNA 3OYKA 3NH1A 4B8AB 1L5UA 1GOCA 2DY4A 1BGXT 2ETJA 4NYNA 4CJTA 4B9NA 4CHPA 1B92A 4CK1A 4DQIA 5SWMA 1Z26A 4Z4CA 4EP5A 3DM2A 4CGDA 3OYNA 1U47A 5C42A 1VSJA 4CECA 2DFFA 3L2UA 1W9HA 4KTWA 4YFUA 4I9QA 3KD5E 2B5JA 4CJKA 5FROA 4DSLA 1RT6A 1XI1A 3HVTA 5D3GA 1Q9XA 2P51A 4ZTJA 1BQMA 2YNIA 4ELUA 1ITGA 1LAVA 3JYTA 4HUEA 4HUFA 1IKWA 3B6PA 4F3OA 3L3VA 4CJUA 2X74A 5K14A 5KGWA 4XIUA 3TAEA 2GBZA 2F8SA 4NCAA 1ASWA 4PA1A 5KI6A 5HRNA 2VWJA 3PX4A 3MXMA 1VSMA 1LW2A 3V9ZA 4DFJA 4KHUA 3NF9A 4IFVA 3VQBA 3LZJA 4CE9A 2X6NA 2G8HA 1NKBA 4QCLA 3THVA 1NK0A 1FK9A 3V1QA 4C8LA 4C8MA 3KK2A 4IKFA 1T8EA 3NCIA 4Z4EA 3IG1A 2EHGA 3V4IA 4OKJA 2BANA 4AHVA 3IRXA 4FK0A 3ITHA 4F2RA 1XWLA 5HLFA 3SZ2A 4CGJA 1KFDA 5DMRA 3WNHA 2OZMA 3QETA 4M3TA 3K5LA 4CERA 1ASUA 1J9AA 3VQ4A 4N56A 1QS4A 4ELTA 4Q5VA 1HYVA 2D0AA 4JLHA 3MXJA 2HHQA 4RW4A 3K57A 4CF1A 1TAUA 4DLGA 3VQEA 4MFBA 4AHCA 3K58A 4E0DA 4DTNA 4CGGA 4FLTA 2I5JA 3K5MA 2YV0X 3SUQA 1RBSA 2IDOA 2D5RA 4B9VA 3CFOA 1T05A 1RTJA 5JS1A 1EETA 2IGIA 1RT1A 3DLEA 3QINA 5J2QA 1T03A 3E01A 3SPYA 4ID1A 4DFMA 4JS5A 4KB0A 4M3WA 2JGUA 4FJHA 3TAGA 4LD0A 3OJSA 3IAYA 3AVGA 3AO1A 1RBVA 4C8NA 1UAXA 1TV6A 4FCYA 3ZSRA 3ZT1A 4FZYA 2F8TA 1NK6A 2E6LA 3QEVA 2PY5A 1S1XA 1LWFA 2YNFA 1U45A 4DTSA 1J53A 1WSHA 1NK9A 4CIEA 3S9HA 5FRNA 4CJQA 4KI6A 4KHNA 1ZBFA 2F96A 5CZ2A 1KCFA 3QEXA 3RMDA 1JLQA 4OKKA 4FLVA 4J2DA 1NKCA 3OYGA 1MU2A 2A1SA 4O0JA 3HM9A 1TGOA 4LH5A 5CYMA 4N47A 3NDKA 4H8KA 4WE1A 3OYHA 2HHWA 2YHBA 4B8CA 3O3FA 4CK3A 3OYAA 3U3YA 3B6OA 4W5TA 3SV4A 3S3MA 4M3UA 3ZCMA 4BE2A 1S1WA 2HW3A 4DU1A 3VA0A 4CJVA 1WAFA 3TAFA 1JL2A 4QAGA 3K5NA 1TK0A 3EYZA 4DTRA 1NK4A 3DOKA 4GVMA 3OYBA 2XO7A 4JRQA 1D9DA 4FJ8A 1NJXA 4NCBA 4Z4FA 3HJFA 1L3SA 1NJWA 1C1CA 3AVHA 1RCHA 1BIZA 1GOAA 3IS9A 4AHRA 4CJEA 3ZSQA 1RNHA 1RILA 4KHWA 2W42A 1TL3A 5CY4A 1HPZA 3HYFA 4K8XA 1I3AA 1D9FA 1UWBA 1QE1A 4KTQA 1HJRA 4E19A 3TAPA 1RT7A 1XC9A 4N41A 1JXEA 4M3ZA 1CZBA 1KLMA 2D0BA 4O5BA 5HBMA 4JRPA 4CF0A 4CHQA 4CFDA 4B9UA 3OYJA 3NFAA 4FZZA 4Z4GA 4CESA 4ID5A 2YNHA 1IKVA 3C6UA 3DLBA 3G0ZA 4BE1A 1RTDA 3P5JA 2YHAA 1RTHA 2DFEA 4CK2A 1WNSA 3I0RA 4CF9A 5KGXA 4CEDA 4KPYA 1S6PA 3CYMA 3TR8A 4CF2A 4BACA 4B08A 4FM1A 3ZT3A 4DQQA 4W5NA 1KVBA 1IKXA 4I7FA 1NOYA 3F73A 2VG7A 2HNYA 3QLHA 3SQ0A 1G15A 2KZMA 4DG1A 3OYMA 4CEOA 4DFKA 4DF8A 4DMNA 4QOZB 3AVNA 4B3OA 3KLIA 4F8RA 1HNVA 3LZIA 4FJ7A 1KFSA 4KHSA 3L2VA 3TAQA 2KW4A 2QKKA 2ITGA 3AVIA 3ZSWA 3EY1A 3SJJA 2E6MA 1LWCA 1WSFA 4KFBA 3NHGA 3RR8A 3AVCA 1HMVA 1LAWA 4OVLA 5HP1A 3HPHA 2PZSA 3SNNA 3C95A 4PUOA 3AA2A 3SI6A 1I39A 2OPPA 1X9WA 3AO5A 3AVKA 3PX0A 3V1OA 5KTQA 4EZ9A 2NUBA 4KAZA 4Y1DA 1D5AA 2HHVA 4EZ6A 2BE2A 3SYZA 3SUPA 1A5XA 5EU7A 3C6TA 3LWMA 1LWEA 5I42A 1KRPA 3ASMA 4M3XA 4OJRA 5KRTA 3VQ6A 3PUFA 3ULDA 4DTMA 2E4LA 3TI0A 3OS1A 4FLZA 1S9EA 4KV8A 4CJFA 4KHYA 3CM6A 1Z25A 3LALA 4W5OA 4O44A 1ZBLA 3ISNC 1YVUA 3S3OA 3P83D 1TL1A 4YNQA 2DFHA 2EX3A 3P1GA 1J5OA 3WNFA 3ZSZA 4E7LA 3D0PA 4E7IA 1SV5A 1BCMA 1UA1A 3CM5A 4LY7A 2IOCA 4AHTA 3PV8A 1Q8IA 4DSIA 1TKTA 4N76A 4CJPA 2FC0A 1B9DA 4CHOA 4FLXA 3SQ4A 1TKDA 1IH7A 1UOCA 3HPOA 2HMIA 2FBXA 4Y1CA 1UA0A 4FJGA 4O55A 2ZQBA 1BQNA 3DLKA 4RW7A 3V81A 2PYLA 2XRIA 2G8UA 4M3RA 3VN5A 4BDPA 4DSKA 2O4IA 4HHTA 1SKSA 5JS2A 3QNOA 2YNGA 3VQAA 3SQ2A 1IG9A 3DLRA 4RG8A 1RT3A 1TKXA 1QTMA 3L8BA 5CYQA 4Z0UA 4CEZA 4DFPA 1RBRA 1W0HA 3LP3A 3MEDA 2QK9A 1B9FA 3ZT2A 4UQGA 1HQUA 3OS2A 4FLYA 3BDPA 3M8QA 3NH0A 3NF7A 1S6QA 3VQ5A 3OYIA 1U48A 3K5OA 2Z1JA 4M42A 4PQUA 2VWKA 3AVFA 4JS4A 4FVMA 1N6QA 4OLBA 3SV3A 3DRSA 1D8YA 2HVHA 3VQQA 2P5OA 3RWUA 2DTUA 3HL8A 3NF8A 3AVMA 4CHNA 3DRPA 4LSLA 4DSFA 4OGCA 1ZBUA 4CF8A 4HUGA 1WN7A 3NBPA 3QEWA 4CEAA 3SUNA 3V9UA 3V9SA 4FJLA 5HRPA 4DQSA 3KD1E 3NH2A 2B6AA 3F9KA 2AJQA 1RBTA 3RMCA 3SCXA 4DF4A 3VQDA 4KHQA 3ZT0A 1XHXA 1HNIA 3MEEA 4DLEA 3KIOA 1ZYQA 4OPJA 2G8VA 1QSLA 4CIFA 2WOMA 3OYCA 1JKHA 3MECA 5T7BA 4BDZA 3OYFA 1JLGA 4OGEA 4W5RA 2HNZA 3WNEA 4KB1A 1T7PA 2HNDA 1F21A 3O4NA 4EP4A 1FKOA 1QHTA 3LANA 3ZSXA 5SZTA 1VSDA 1WSIA 4Z4HA 4FW1A 5C24A 1SKWA 4DS4A 2R7YA 1SL1A 4BWMA 4W5QA 1TKZA 3SPZA 1R0AA 3OJUA 1SL2A 2HHTA 1BI4B 4FJNA 3PY8A 4DTUA 2G8WA 4DQRA 5FRMA 4CJLA 2IS3A 3DYAA 4BDYA 2XY7A 3ZSOA 4PWDA 4KRFA 2Z1GA 3VQCA 2Z1HA 4CJRA 4FM0A 5J2PA 3TANA 3KK3A 2KFZA 1A5WA 2A1RA 3HVRA 2IAJA 1CXUA 3AVLA 3QIOA 4CEEA 4ZTFA 1VSKA 3AV9A 3T1AA 3LPUA 1IO2A 1VRUA 2YKNA 3HT3A 4KI4A 2KTQA 1BISA 1C1BA 3L2RA 1L3TA 4C8OA 4I9LA 2HHSA 2KFNA 3AO2A 3C94A 4DSJA 2FBTA 4E89A 2HVIA 1LW0A 2RPIA 4DS5A 5C25A 3TWHA 3RR7A 3CFPA 2OPRA 2IC3A 3LPTA 4ZHRA 3EZ5A 4FK4A 5HRRA 3SQ1A 4OLAA 3QESA 3NE6A 4CJWA 1O1WA 3A2FA 3RMBA 2HHUA 3LP0A 4KKOA 4IFYA 2RF2A 4CFCA 1BL3A 3ALYA 4TSXA 1NJZA 4B9SA 2OZSA 4CGFA 3QNNA 1RT2A 4CGHA 1FKPA 1X9MA 3AO3A 2Q3SA 4DWIA 3KLFA 3KKSA 3QERA 1ZBHA 4GW6A 2GUIA 1KVAA 4FW2A 3I8DA 4DSEA 4DTXA 4L8RB 4M3YA 4BWJA 4F3TA 2HHXA 1RBUA 1JLEA 4F4KA 2LSNA 4FJ9A 4FJJA 1CZ9A 1VSEA 5E41A 3KKRA 4OKEA 3L2WA 3PX6A 4DTOA 4MQ3A 1EXQA 1NOZA 1HYSA 3BGRA 4DU4A 5HROA 2Y1JA 1C6VA 2ZD1A 1CLQA 1HQEA 2KQ2A 4N5SA 1RDCA 3NGYA 3DMJA 3LWLA 1ZBIA 1S9GA 3LAKA 1QSYA 4M45A 5J1EA 3AA4A 4B9MA 4DQPA 4IG3A 4KTZA 3ZSVA 4FJMA 2BGGA 3RRHA 4FJXA 2OPSA 1SKRA 3M8RA 3DI6A 4IG0A 3L2QA 1U4BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OPKA 5AJ3K 4BE0A 1VQKN 4JKFA 3AO4A 4L3QA 4FLWA 4M41A 1RDUA 1FXXA 3WXJA 4BQLA 1BO5O 5AFUH 1L3VA 2P9KA 5AQPA 5BRDA 3QEIA 2XY8A 3CFRA 1JLFA 4YOVA 2VG5A 4DR2K 2G8IA 1VQ7N 2Z1IA 3VTIA 1NK5A 4KBOA 2GWKA 4I2PA 4WQ5A 4M63C 1L3UA 3LDSA 3MMVA 1EKEA 4FK2A 5J2MA 4E1MA 1BCOA 4GV9A 3A5LC 1KAXA 4JI3K 4Q0BA 2HBLA 2D0PA 3DRRA 5KRSA 3WNGA 3K9KA 4CIGA 1DTTA 2QA4N 1N8RO 4WFAL 1VQNN 3VQ8A 2QM1A 2O4GA 4YDUC 3QICA 3J7YP 4QS8A 3MCPA 4YOWA 1S1TA 4LH4A 3WXKA 4BC3A 3HOSA 1SUQA 4O4GA 3LDOA 2UU9K 2FXUA 2NRRA 1ATRA 3THXB 5FDLA 4CEFA 2Q1NA 1BOTO 3VGLA 1JJ2M 1NJYA 5AQUA 2D0CA 4NXNK 4PY5A 1BI4A 3PO5A 3R6MA 4JKHA 5ADXA 3CQXA 5M1FA 1E3MA 3DAWA 3NAEA 3ZLJA 1X1PA 3CCEN 2GWJA 3OYDA 3O08A 3VA3A 1RDAA 1BHLA 3LDQA 1NM1A 4FJ5A 1VSHA 1ATSA 2VG6A 1J54A 4CD3A 4DU3A 5AQOA 2FBVA 4E1NA 4JI6K 1C0MA 1VQ6N 4CJ3A 5ADXH 1ASVA 2XY6A 3M3ZA 4JNEA 3D45A 5AR0A 1GLFO 3JS6A 3H45C 4E7JA 2PYJA 5HRSA 3O9SA 4EFHA 4C8KA 4FZXC 4B9LA 4FXDA 3KJVA 1NGDA 3FLCO 3TTCA 4DR1K 5H1SQ 4H0YB 2VWBA 3A5MC 2XHBA 5FPDA 3MAQA 1BGXT 5GAHP 4B9NA 4DR4K 4DQIA 3D7EO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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