1VSIA

Asv integrase core domain with ca(ii) cofactor
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Endonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 51
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsiA00
4M3YA 4CK3A 4B08A 1IKVA 3LP2A 4KHSA 4LSLA 1LWCA 3TAMA 3OVNA 4CERA 1RBUA 3KK2A 3LWLA 2GV9A 1RT7A 2F8TA 4RG8A 3NE6A 4FJ8A 1J5OA 2KW4A 4PWDA 4EZ9A 1TL3A 1JLGA 4CF9A 4KI4A 1NK6A 4N76A 2X6NA 1TAQA 4RW6A 1QSSA 4DTSA 4ID5A 1U45A 5J2NA 4H4OA 1U48A 1REVA 1O1WA 4KHQA 3TANA 1LAVA 5CYMA 4Z4IA 3C6TA 3AVAA 3HL8A 5EU7A 3CM6A 4AH9A 4J2EA 3LP3A 4CGJA 4F4KA 3AA2A 2HHSA 4PQUA 4OVLA 3OYKA 3I8DA 1SL0A 3OYCA 4MQ3A 1EKEA 1YT3A 4CEAA 4DQSA 4HTUA 2YNFA 1DTTA 4FLYA 3DLEA 3OS1A 3V6DA 3SV3A 1BQNA 2ITGA 3DMJA 4ELVA 2HHXA 1WSFA 3T1AA 1HRHA 4OKEA 1LW0A 3AVKA 3M8QA 1VSDA 3ISNC 1XWLA 4FM1A 2HVIA 3ZSXA 3OS2A 1FKPA 3I0RA 1U49A 2BANA 3VA3A 3AVIA 5J2MA 4RW8A 2HHWA 4FLUA 3QLHA 5DMRA 1UWBA 2HMIA 4FZYA 2ZE2A 4M3TA 1X1PA 1NJXA 4EP4A 2G8FA 2FC0A 4W5QA 3UIQA 3TWHA 3ZSRA 2VWKA 4BWJA 3O3FA 4OKJA 4IBNA 1QQCA 4DTPA 3DLKA 2AJQA 1S5JA 1Z25A 2IS3A 2X6SA 1RDBA 3F73A 4E7LA 2XY5A 3TAEA 4FCYA 3A2FA 3V9UA 1L3SA 3AO3A 4K8XA 3VQPA 4M3WA 2EX3A 3K5NA 4DS4A 4ZTFA 4FJIA 1SL1A 2VG5A 3AO5A 3OJUA 4CEBA 2DFEA 4BDZA 3HO1A 2KZMA 4CGIA 2FBVA 3AVHA 4DU3A 1T03A 4CK2A 3ZT1A 4DTRA 5T7BA 2E6LA 3ZSVA 1TKDA 3LAKA 3PX4A 4OGCA 4CJ3A 4Z4EA 4OJRA 4CEQA 2B6AA 3RR8A 1TK8A 4CHQA 4KB0A 4NYFA 4C8MA 2D0BA 3KKRA 3M8RA 4FYDA 3DM2A 3QEXA 3SUQA 3CG7A 3P83D 5KGXA 1BISA 4CK1A 4JRPA 4F2SA 4CGGA 4FLZA 4IFYA 2DFFA 1RT1A 1KCFA 3NGIA 4HUEA 3RMAA 1ZBLA 3VQAA 4M41A 4HCCA 2IC3A 2FBTA 1JLEA 5FROA 4CFAA 4DF8A 3RRGA 2BE2A 4J2BA 4CJLA 4JRQA 4FW2A 3K5LA 3OYDA 1JL2A 3NH2A 4DFKA 1SKSA 4M42A 2NUBA 4HCBA 4RW9A 1J9AA 4KI6A 1JLAA 2FBXA 2G8VA 3U3GA 3VQDA 4IKFA 1QHTA 4FK0A 1WSGA 3QEWA 4O4GA 3KTQA 4FJNA 3SZ2A 1KRPA 3KD5E 4FJ5A 3AO2A 1RDDA 4LY7A 4Q5VA 5C24A 3NH0A 4CJVA 4Z4GA 5D3GA 1UA1A 2Q3SA 4DSIA 4KRFA 2IAJA 1NK9A 2Z1HA 1A5WA 3NBPA 3RMBA 4CJFA 1NOZA 1B9DA 3DYAA 2ZD1A 4B9LA 3AV9A 1IG9A 4FXDA 1F21A 1K6YA 1TKZA 3SUPA 3OYMA 5DK5A 4AHRA 1S6QA 2XY7A 1UOCA 4DU1A 2YKMA 1EXQA 3I0SA 3NF9A 3SI6A 2XY8A 2HHVA 1A5VA 3JSMA 1CXQA 4F3TA 1BHLA 4B8CA 3M8PA 2ETJA 4BE1A 2OZMA 3LANA 3T19A 1FXXA 3CFRA 1BI4A 2E6MA 2KTQA 4CF1A 4CHOA 3RMDA 1ZBUA 3VQQA 3QNNA 3QIPA 1DLOA 4KFBA 1WAFA 3HPHA 3THVA 3VQ8A 1RT3A 3U6FA 3TAQA 3OYIA 3HXMA 3V1OA 4HUFA 3ASMA 3SCXA 5KRTA 1S1WA 4CGHA 3TABA 3QIOA 3E01A 4KTWA 4CGFA 4W5OA 1VSMA 1WSJA 4Y1CA 1SUQA 2O4IA 3OYHA 3TAGA 3NF7A 1HJRA 3O4QA 3VQ4A 2Z1GA 3D0PA 4CGDA 1R0AA 1KTQA 4CJUA 3PUFA 4DTNA 3C95A 4CEFA 4FVMA 5J2PA 1IKWA 2R7YA 4CHZA 4FM0A 4DF4A 3OYEA 1RCHA 2XO7A 1T7PA 4KHWA 4FLTA 3ZT4A 4IDKA 2BDPA 2F8SA 2OYQA 2A1SA 3DLRA 3HP6A 3D45A 1VRUA 1IH7A 3DLHA 4DSEA 4DSFA 3PO4A 5CZ2A 1CXUA 2QK9A 4CHYA 4HHTA 1CLQA 4G1QA 3EYZA 2X74A 4E7HA 4KREA 1C6VA 1BCOA 3G0ZA 4CIEA 1GOBA 3K57A 3ULDA 4FJXA 2ZQBA 4ZHRA 4DQQA 3OYLA 3HVTA 1VK0A 3LALA 3LP1A 4CJTA 1IKXA 2B4JA 3NF8A 3OYFA 3S9HA 1KSPA 3IRXA 5HLFA 3DRRA 3AVCA 1BI4B 1JLQA 1B92A 1RTHA 3ZT3A 3OYJA 3K58A 1KLNA 1TK0A 3M8SA 4DMNA 4NCAA 1NK8A 4ELUA 4H4MA 4O0IA 3CFPA 1N6QA 4BDPA 2ATQA 3CFOA 5SZTA 3TARA 2HHUA 3LPTA 4MFBA 3VQ6A 1CZ9A 2OPSA 4N47A 3SQ1A 3PX6A 3KIOA 3TI0A 1JKHA 3NGZA 3HYFA 5HP1A 3BGRA 1RTJA 1L5UA 4CEDA 4E19A 3IAYA 2DFHA 2I5JA 4F2RA 3HT3A 4N41A 1Q8IA 4I2PA 4DLEA 3WNGA 2JLEA 4I7FA 1HQEA 5I42A 1Q9XA 4M3UA 4E1MA 2XRIA 5HRPA 1WAJA 4DTXA 2HHTA 2QXFA 4BDYA 2PYLA 3V9WA 1XI1A 4B9MA 3LAMA 1WSHA 5JS2A 1U04A 1GOCA 4R5PA 5HRRA 3VQEA 1NOYA 4F3OA 4FJGA 3P1GA 3NF6A 4EZ6A 4FLWA 4PY5A 3NCIA 1ZBIA 2IDOA 3SUOA 1TKTA 3L2UA 3SJJA 1VSHA 1HNIA 4DSJA 3L2QA 4CEZA 4FJMA 3VQ5A 1TL1A 1KFSA 4CESA 4CJEA 4FLVA 2YNGA 1WLJA 1TVRA 2OPRA 3ITHA 2GBZA 4KKOA 1Q9YA 1RBTA 3WNHA 4GMJB 4AHVA 2QKBA 2HB5A 3OY9A 3KK3A 3B6OA 3WNEA 3JYTA 3V9ZA 1D9DA 4FJKA 3VQCA 4AHTA 3L8BA 1BQMA 3V81A 2F96A 4DQIA 1S1VA 4HVJA 1ASWA 4JS5A 2D5RA 2WOMA 3AA3A 1I3AA 1RT5A 4Y1DA 3DOLA 4E3SA 2G8IA 1NJZA 4QAGA 3QEPA 1TKXA 3HPGA 1FKOA 3O3GA 1EP4A 4M3RA 1NKCA 3OJSA 1JLBA 4XIUA 3OYAA 2X78A 1SKRA 1BCMA 4FW1A 1ITGA 1ZYQA 1EETA 1C0TA 1VSLA 5E41A 1RTIA 2EHGA 4DFPA 4FK2A 3FFIA 5HRNA 1SKWA 4H8KA 2YHAA 3BDPA 1WN7A 2G8UA 4B3OA 3KLFA 1D9FA 2W42A 3LZIA 3HM9A 4QCLA 1D5AA 4FK4A 4OGEA 4NCGA 3QEIA 1G15A 1RT6A 4BWMA 2OPPA 4KTZA 3KLIA 4GW6A 3NAEA 3SPYA 1UAXA 3LWMA 3SQ0A 2P5OA 1RTDA 1WNSA 4F8RA 1FK9A 3AA4A 4CE9A 3KK1A 3V9XA 2G8KA 2P1JA 2O4GA 3MEDA 3L2WA 1A5XA 3K59A 4DWIA 3HPOA 1YTUA 4GVMA 4O0JA 1XC9A 4ID1A 3WNFA 2FBYA 4LH4A 3KLHA 2YKNA 4Q0BA 2YNIA 3EZ5A 4CFCA 4AHUA 1HYZA 2KFZA 5K14A 3ZSQA 1LW2A 1BIUA 3KLEA 1YVUA 4B9SA 2VG7A 2GUIA 4CEOA 4FZXC 4DTOA 1VSIA 2PY5A 4J2DA 3DI6A 3PO5A 4CIFA 4BE0A 1L3VA 3MECA 4JLHA 5CY4A 4CFBA 4FJ7A 2PZSA 1ZBHA 1N5YA 3ZSWA 3S3NA 1NKEA 1RDAA 1RILA 3SNNA 1HYSA 3VQ7A 4LH5A 4CJQA 2QKKA 4OPJA 4FM2A 3L2RA 4DTUA 2HVHA 1D8YA 4DQPA 3CQ8A 4WE1A 1EX4A 4UQGA 3OYGA 2HNDA 3T3FA 4E1NA 3KLGA 4C8KA 4W5TA 1RT4A 3QINA 1IKYA 1ASUA 4Z4HA 3AO4A 4B9TA 1L3TA 4M3XA 3KJVA 3SV4A 2PYJA 1KVBA 2LSNA 4O44A 4LD0A 2Y1JA 2VG6A 1QSYA 1I39A 4O55A 4YNQA 3ZSYA 2JGUA 5FDLA 2XHBA 4M3ZA 4B8AB 4RW7A 4DLGA 4RW4A 1SV5A 3U3YA 1C0UA 1GOAA 2RKIA 4AHCA 2Z1IA 1T8EA 1VSEA 4CJSA 4E89A 3NDKA 3O4NA 4B9VA 2OPQA 3TAFA 4QOZB 1NJWA 3K2PA 1TAUA 5J1EA 3B6PA 5C25A 4KV8A 4KHNA 3AVBA 4CF2A 4FJ9A 2IOCA 1LAWA 1VSFA 3ALYA 3ZCMA 3PV8A 5I3UA 1C1CA 4FJJA 4I9QA 4W5NA 3RTVA 2RN2A 3QNOA 1DTQA 4CIGA 3VQBA 3CYMA 4CECA 2G8WA 1JXBA 1WSIA 4DG1A 4KHUA 4N56A 4PUOA 3SQ2A 1MU2A 1XHZA 1TK5A 1HYVA 1LV5A 1NJYA 4CJRA 3MXJA 1TV6A 3P5JA 4Z4CA 3V1RA 3SYZA 2YV0X 3S3OA 1QS4A 4TSXA 3VQ9A 3G10A 3SUNA 3IG1A 4CJ5A 1RBVA 2B5JA 4CHPA 3TR8A 4CHNA 3QERA 3DLBA 2HHQA 3MXMA 1QSLA 1U4BA 1WSEA 3LDSA 4HUGA 1RBRA 3V1QA 4E7IA 3DLGA 4B9NA 1RBSA 1S9GA 4CJ4A 1X9WA 3AVGA 1W9HA 1QE1A 2RPIA 4LSNA 5CZ1A 1S9EA 3C94A 1J54A 1VRTA 4IFVA 3LZJA 1X9MA 3AVFA 3F9KA 4FJHA 5FRMA 1UA0A 1ASVA 5JS1A 4KHYA 2Z1JA 2BGGA 3AVJA 4IG3A 3ZSOA 4DSKA 3DRSA 4YFUA 1X9SA 3RRHA 4K8ZA 4FZZA 3KKSA 4Z4FA 4JS4A 4ELTA 4DQRA 1HNVA 4C8OA 4PA1A 4L8RB 4I2QA 1IO2A 1BGXT 2D0AA 1BL3A 2IGIA 3AVMA 4FJLA 3S3MA 3QESA 4OKKA 1RNHA 1LWFA 1S1TA 4BACA 4EP5A 4AILC 5J2QA 1JLFA 3C6UA 4OLBA 3H08A 1JLCA 3OS0A 2G8HA 5KGWA 4CF0A 1L3UA 4CEEA 5C42A 3HJFA 1CZBA 1JL1A 1RT2A 4NCBA 3NH1A 1VSJA 1S1XA 1YTAA 1HPZA 2E4LA 3HVRA 5HROA 1NK5A 4IG0A 1C1AA 5SWMA 4DFMA 5KTQA 1KFDA 3ZT2A 2HW3A 3AO1A 3RR7A 3NFAA 4Z0UA 3L2VA 1LWEA 2P5GA 4NYNA 4I9LA 1KLMA 1NKBA 5CYQA 3PX0A 4CJPA 2XY6A 1XHXA 3L3UA 4E0DA 3MEEA 4C8NA 4E7JA 1C0MA 3EY1A 3DOKA 1JXEA 5FRNA 1B9FA 5KRSA 4OLAA 5HRSA 4DS5A 4CF8A 2A1RA 2RF2A 3PY8A 2KZZA 2KQ2A 5KI6A 1T05A 4M45A 3ZT0A 4KTQA 3LPUA 2DY4A 1KVAA 2D0CA 3OYNA 1QTMA 1BIZA 3K5MA 4DFJA 3HSTB 3NGYA 3IS9A 5HBMA 4DTJA 1C1BA 4KPYA 4OPKA 1NK7A 1Z26A 3ZSZA 1HQUA 4BE2A 4C8LA 4ZTJA 3CM5A 4FLXA 1J53A 3VN5A 2Y1IA 4CCHA 3RWUA 4J2AA 1KVCA 4KO0A 1W0HA 4DU4A 2VWJA 1RDCA 2DTUA 1TGOA 3K5OA 3L3VA 3MXIA 3VA0A 4N5SA 1VSKA 2HNZA 3MEGA 3QETA 3RMCA 3TAPA 3V9SA 1NK4A 3MAQA 2YHBA 1Y97A 1ZBFA 1NK0A 3AVNA 3LP0A 2WONA 1HMVA 4DTMA 4B9UA 2OZSA 3HP9A 3QEVA 3NHGA 4DSLA 2YNHA 2KFNA 3QO9A 4ICLA 3SPZA 2P51A 1S6PA 1SL2A 3AVLA 3V4IA 3SQ4A 4W5RA 4CJKA 2OA8A 4AHSA 1U47A 3KD1E 3O3HA 4E7KA 4CFDA 3DRPA 3AA5X 3OYBA 3HK2A 4O5BA 1S1UA 4CJWA 2HNYA 4KB1A 4KAZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IWAK 3TAMA 4CERA 4JKEA 3BZKA 4PWDA 4EZ9A 1VQ8N 4N76A 1TAQA 3LDNA 4ID5A 4H4OA 1U48A 4G9ZA 3TANA 5CYMA 3AVAA 1NGIA 1OVQA 4OVLA 3VEXA 3OYKA 1OH7A 4MDBA 4CEAA 4DQSA 4HTUA 1DTTA 1TYQA 4FLYA 3SV3A 1U2VA 2ITGA 3T1AA 3UE5A 2FF6A 4BRCA 4FM1A 5E26A 2GUPA 5F0XA 5C0YA 1RDUA 3VEZA 5DMRA 1UWBA 1VAZA 2ZE2A 4M3TA 1X1PA 3VGLA 4EP4A 2G8FA 2FC0A 4RTFD 3ZSRA 4OPHA 5AQNA 4XEIA 3ZLJA 4IBNA 1QQCA 4JKBA 1L3SA 3V9UA 3VQPA 3VOVA 1YXQA 1HLUA 2VG5A 4BY9C 2FBVA 4DU3A 2CH6A 1IBLK 4OX9K 1C0GA 4U67L 3PX4A 3OW2M 2B6AA 5M1NA 1TK8A 4CHQA 5AFUH 4C8MA 3J80O 3QEXA 4JKDA 2E20A 2Q31A 1EWQA 4IFYA 3RMAA 1RT1A 2O8CA 2IC3A 3DXKA 2CGKA 2BE2A 4CJLA 2P9LB 2Q2RA 3SBGA 3BUZB 4IOXA 2NUBA 3VF6A 2WUSA 4HCBA 1J9AA 4KI6A 1JLAA 1QHTA 4FK0A 1WSGA 3E9OA 4O5FA 1KRPA 3SLCA 4FJ5A 4LY7A 1HUXA 4CJVA 4DSIA 3UKRA 1NK9A 1A5WA 1NBWA 1WB9A 3W3DA 1KAXA 3D6RA 4BC2A 4GVEA 1F21A 1KXPA 3OYMA 3THXB 3W0LA 2UXDK 1A5VA 3IMXA 1Q18A 3DAWA 2O8EA 3T19A 1FXXA 2NRVA 1BI4A 3VGMA 4CF1A 4CHOA 1DLOA 1WAFA 2NRHA 3U6FA 3HXMA 3V1OA 4HUFA 3ASMA 2P9UA 1K73O 4CGHA 1Z6RA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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