4CK3A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck3A00
3SCXA 3OS2A 3MEGA 5KRSA 4DTNA 4B9MA 4O4GA 3QEWA 4F3OA 2KZMA 4PWDA 4CGGA 2B5JA 4M45A 1FKPA 3K5MA 1U4BA 4KHWA 1D5AA 3LANA 1C1CA 1XHXA 4DSFA 4CEOA 4HUGA 4DTRA 1WN7A 1NOZA 5C24A 4I7FA 3BDPA 2KW4A 4C8OA 2HNYA 3L2WA 4CJLA 3S3MA 3RWUA 4L8RB 2KQ2A 1XWLA 4C8NA 4FJLA 1SL1A 3EZ5A 4H4OA 5JS2A 4PUOA 3AA2A 2YV0X 3PUFA 4TSXA 3NH0A 1IKVA 2PYLA 4FYDA 4JRPA 2F8TA 3DLGA 4I2QA 4BE2A 4GVMA 1UA1A 3RR8A 3ZSYA 3RTVA 1TK8A 1HYVA 4E7JA 1TV6A 2D0BA 3CG7A 4CE9A 2B4JA 3HVTA 1J54A 3IRXA 1LW0A 3IS9A 2PZSA 2RF2A 3DM2A 4CF8A 1BHLA 3SV4A 4B9LA 4CHZA 3HPHA 1WSEA 3NGIA 1QSYA 2G8UA 3HSTB 1KVBA 3AA4A 1JLBA 4E1NA 3D0PA 4GMJB 3KTQA 2Z1HA 3ZT4A 2XY5A 4CIEA 1RNHA 3E01A 5CZ2A 3OS0A 3LP2A 1ZBUA 4AHCA 4B9UA 3L3VA 4LSNA 2HHUA 4ZTJA 3NF6A 4CJ4A 4F2RA 4DF8A 4KPYA 3HYFA 1VSDA 1A5VA 2Y1IA 4FJ9A 4DTJA 4Q5VA 4FLXA 4QCLA 4OPJA 3O3GA 1JLAA 3HXMA 3OJSA 3KKRA 5CY4A 3NF9A 1KSPA 3OYCA 3HK2A 3LZIA 4KFBA 1T8EA 4FK4A 4J2BA 1MU2A 1Z26A 4LD0A 3MXIA 4M42A 2JLEA 3VQ4A 4CHPA 4M3TA 1ZBHA 3P5JA 4M3RA 1WSHA 1HPZA 3V9XA 4CHOA 3QESA 5KGWA 3PX6A 3MEDA 4CEQA 4DLGA 2HVIA 4CGIA 4FJNA 4DTPA 4CECA 4CJKA 5J2PA 3KKSA 4CF2A 4I9LA 4CESA 1ASVA 3ZSWA 3OYKA 3B6PA 3IAYA 4ZHRA 1XI1A 2YHBA 1VSKA 4DMNA 3SQ0A 1NK0A 4DG1A 2DTUA 3VQEA 3KLGA 4JS4A 3PX4A 1RCHA 1JXBA 1HYZA 2AJQA 4DS4A 3PO5A 3M8PA 3V1QA 4O0JA 2HW3A 1EXQA 1LW2A 3DLKA 4OKEA 4FK2A 4YNQA 4R5PA 1DTQA 4E1MA 1NK7A 4HCBA 1KCFA 3AVKA 3NF7A 1JLCA 1VSMA 1HQUA 3K57A 1LWFA 3DRSA 5HP1A 4W5RA 3AO1A 3S9HA 1X9WA 4DQSA 1L5UA 3HM9A 3VQ9A 4FLWA 3NH1A 2OPQA 3JSMA 3L8BA 4CGFA 2YKMA 3K5OA 4CJRA 3K58A 3PV8A 5SWMA 4N56A 3O3HA 4CHNA 3DLRA 3LP0A 2Z1GA 3U3GA 3JYTA 4FW1A 2DFFA 1UA0A 3OYDA 3AO3A 3ZSXA 4O44A 1KFSA 2HVHA 3KLEA 3SPZA 4DSIA 4I2PA 2RPIA 1IKYA 4LSLA 3NHGA 1LAWA 3SUOA 3SI6A 4CERA 2P5OA 3I0RA 2B6AA 1SL0A 3KD1E 3T19A 4EP5A 2P5GA 1KLMA 2KFZA 3AVLA 2O4IA 2IOCA 4CK1A 4C8KA 3AVNA 3HP9A 1IO2A 2XY8A 4FW2A 1SV5A 3SUPA 4M3ZA 2HHXA 3VQAA 3ZT3A 3QEVA 3F9KA 1NJZA 2OPPA 1FK9A 2VWJA 1GOAA 4OKJA 4CGDA 4FLUA 1ZYQA 4E7LA 5EU7A 3OYAA 2KZZA 1EP4A 1TL3A 1I3AA 4CHYA 1N6QA 1VRTA 4DQPA 1TVRA 4B9SA 4DF4A 2G8WA 4E3SA 2X78A 3DLBA 3OYIA 1RDDA 3TAQA 1C0UA 3ZSQA 3I8DA 1YTUA 2YNGA 1JXEA 1SKWA 1JL2A 3SYZA 1BIUA 3TANA 5FRNA 2OA8A 3VQDA 3L2QA 4EP4A 3QERA 3AV9A 4Z4HA 4W5NA 1NK5A 1LWCA 2W42A 4GW6A 1EKEA 1LAVA 2HHVA 2RN2A 3LP3A 4MQ3A 1IH7A 4BDYA 3ITHA 4DFJA 2G8IA 4M41A 4IKFA 3NF8A 3CYMA 3VQ8A 4HTUA 2ITGA 4M3UA 4KRFA 3OYBA 1RT4A 4DS5A 5DK5A 4IDKA 1LV5A 2XO7A 3P83D 4IG3A 1D9FA 1RTIA 3TAGA 3CM6A 2OPRA 1X1PA 3AVMA 3DMJA 1NOYA 3M8SA 2RKIA 4FM0A 1VSLA 3V9WA 4B3OA 4IFVA 3AVBA 3RMCA 4FK0A 4HUEA 3RR7A 4JRQA 4DU4A 3PY8A 3VQCA 1NJXA 3HO1A 2ZE2A 3OYNA 1YVUA 3VQBA 1SUQA 3SNNA 2XY6A 3RRHA 1ZBLA 3H08A 4CJQA 4CK3A 4FJHA 1RT3A 3OYFA 1B92A 3HP6A 3V6DA 4KI6A 1KVCA 4DTUA 1SKSA 4KI4A 4EZ6A 4DFKA 1ASUA 4AHUA 5HRPA 1HRHA 3WNEA 2Y1JA 1FKOA 1FXXA 1XC9A 3D45A 4FM2A 4N41A 4Z4FA 1CLQA 1RBUA 3K59A 4FJIA 4CF1A 3TR8A 3ZSZA 1I39A 4QAGA 3TAMA 4PQUA 4N5SA 2HHTA 3QLHA 5KI6A 4FLYA 4FJMA 1U04A 2P1JA 1L3TA 1D9DA 2XHBA 3WNGA 1B9FA 1WLJA 4ICLA 4AHVA 1TK5A 4FJ7A 3MEEA 1S1VA 1YT3A 4OVLA 4CFAA 3TWHA 3TAEA 1NKBA 4AHSA 2OPSA 2OYQA 4Z0UA 4N47A 5DMRA 3WNHA 5HRSA 4XIUA 3KLIA 3AA5X 2PYJA 4KB1A 3QETA 5JS1A 1RTJA 3RMAA 2HHSA 3ASMA 3OYJA 2FBYA 1G15A 3TAPA 1U49A 1NK4A 4CFBA 3OY9A 4Q0BA 3C6TA 4CIFA 2A1RA 1KLNA 2G8VA 1RBSA 4IG0A 1NKEA 3KLHA 3M8QA 4FVMA 2LSNA 3ALYA 4E0DA 4CEDA 3OS1A 1CZBA 3HT3A 3UIQA 4N76A 1S9GA 1Q8IA 1N5YA 4FJ8A 2DFHA 4Z4GA 2EHGA 3LAMA 1S5JA 3KK1A 1S6QA 3G10A 1T7PA 2KTQA 3TARA 3RRGA 3OYLA 2HMIA 4KHQA 5HROA 4M3WA 2BANA 3QNOA 4DSJA 2ETJA 2Z1JA 1D8YA 3FFIA 4OLAA 2G8KA 1CZ9A 4BDZA 4RW8A 1TAUA 3MECA 2HB5A 3SJJA 4Z4EA 3QEXA 2D0AA 3SUQA 4OKKA 3AO5A 2BDPA 1WSGA 1YTAA 3QIPA 3IG1A 1VSJA 3KJVA 2DFEA 1TKZA 3QIOA 3VQQA 2HHQA 5J2MA 3LDSA 1UWBA 2IS3A 3LP1A 1X9MA 1T05A 3DI6A 1VSFA 4Y1DA 3QO9A 1C1BA 4B9TA 5CYMA 1K6YA 1Z25A 4CJWA 4E19A 2XY7A 3KIOA 4KV8A 3RMDA 3SQ1A 3QINA 4KO0A 4OJRA 1NK6A 5J2NA 5J1EA 1IKXA 3AO2A 4FCYA 4FJXA 3SV3A 2G8FA 1BL3A 4HCCA 1W0HA 1RT6A 3DLEA 2X74A 1BCMA 4NCGA 3VQ5A 3P1GA 4CF9A 1B9DA 1JLEA 3LZJA 1S1UA 5C25A 4CFCA 4E7HA 3HJFA 2ZD1A 1L3UA 1IG9A 1HNVA 1WSFA 2YHAA 3G0ZA 2WOMA 1REVA 3HPGA 3NGZA 2IDOA 3NE6A 3CFPA 3AVFA 4JS5A 1CXQA 4CJEA 4W5QA 3SQ2A 1J53A 2YNHA 4FJ5A 3MAQA 4J2DA 3DRRA 2E4LA 3KD5E 4HHTA 2FC0A 5CYQA 4CJ3A 4CJSA 1RBRA 1TKTA 2HNDA 2FBXA 5CZ1A 1JKHA 4RG8A 4RW6A 3ZSOA 4AILC 2KFNA 4DU1A 4NCAA 1HMVA 3U3YA 2IAJA 4KREA 3RMBA 3ZSRA 4ELVA 5D3GA 1JLGA 3KLFA 1WNSA 3LAKA 4DSLA 4KTZA 3AO4A 2BE2A 3OYGA 1O1WA 4F8RA 2VWKA 4FZZA 3NH2A 4KAZA 3AVGA 3QEIA 3THVA 4KHYA 4CEBA 1RDBA 3C95A 1WSIA 3QEPA 4KTWA 2ZQBA 3AVHA 3VA3A 1JLFA 2E6LA 3A2FA 4C8MA 3SQ4A 1HYSA 3MXJA 3AVJA 1SL2A 4F3TA 1QE1A 2GBZA 4DQRA 2VG5A 3B6OA 3VQ6A 4CEEA 3V4IA 4F2SA 4DLEA 2XRIA 4RW4A 3CQ8A 4CJVA 4B9NA 1BQNA 3K5LA 4C8LA 1KTQA 3TABA 2EX3A 1L3VA 4PA1A 2X6NA 4HVJA 3O3FA 2D0CA 4CHQA 1TK0A 1EETA 3C6UA 4B08A 1BCOA 4CJFA 4OGCA 5HRNA 3ZSVA 2A1SA 4E89A 4J2AA 4NCBA 1JLQA 4LH4A 4BACA 3DLHA 1A5XA 3O4QA 2VG6A 3NGYA 5HBMA 1RTHA 4W5OA 4ID1A 4DFPA 3S3NA 1NJWA 2E6MA 4K8ZA 4FZXC 4ZTFA 5I3UA 2DY4A 1DLOA 4ID5A 1SKRA 1UAXA 2O4GA 4E7IA 3SZ2A 5K14A 4J2EA 1QQCA 4DQIA 1QTMA 1TL1A 4B9VA 4DTMA 1QSLA 4CGJA 2YNFA 3V1OA 3VQ7A 1RT7A 3CFRA 3PX0A 2GUIA 3CM5A 3LPUA 1Q9YA 4FJKA 1WSJA 4QOZB 4HUFA 5HLFA 1VK0A 4BE0A 2OZSA 4MFBA 4JLHA 2YKNA 4CIGA 2GV9A 5FDLA 1QSSA 1RDCA 3NFAA 1QHTA 1XHZA 4Y1CA 4B8CA 3VN5A 1RT1A 3OYEA 4RW9A 4AH9A 3HPOA 3LWLA 1U47A 3AVAA 1KFDA 2R7YA 4CJTA 3NAEA 3ZCMA 3QNNA 3SPYA 4KHNA 3V81A 1S6PA 2D5RA 4LH5A 4DTOA 3T3FA 4OPKA 2Z1IA 3V9UA 4NYFA 5T7BA 3OJUA 4E7KA 2BGGA 1BGXT 1TKXA 1ASWA 4FZYA 1GOBA 2NUBA 3HVRA 5J2QA 1BQMA 3KK3A 2JGUA 3V9SA 1S1XA 4M3YA 3NBPA 1Y97A 1BIZA 1S1WA 1TKDA 2YNIA 4DU3A 3ISNC 1VSHA 4DTSA 2G8HA 4IBNA 1KVAA 4UQGA 4DSKA 2VG7A 2F8SA 4BWMA 2QXFA 1UOCA 1NK8A 3NCIA 1C0MA 4NYNA 3T1AA 1JL1A 4CFDA 4KTQA 4CF0A 3OYMA 4IFYA 3TI0A 3LPTA 2I5JA 3ZT1A 4W5TA 3KK2A 4CCHA 1HNIA 2FBVA 2OZMA 5HRRA 4CJ5A 1S9EA 1W9HA 4H4MA 4BE1A 3AVIA 3BGRA 3K5NA 4OGEA 3I0SA 4AHRA 4CEAA 3U6FA 4CEFA 3S3OA 2HNZA 3NDKA 1BI4B 1DTTA 1F21A 3EY1A 3DYAA 1BI4A 1C0TA 1ZBFA 3ZT2A 4AHTA 4FLZA 4FLTA 4KHSA 1QS4A 3HL8A 1RDAA 3DOLA 4LY7A 4FLVA 1RBVA 1RBTA 2Q3SA 4B8AB 2P51A 3F73A 3VA0A 3TAFA 1U48A 3MXMA 4OLBA 4FJJA 1ZBIA 2FBTA 1J9AA 1NJYA 1R0AA 1U45A 3LALA 1NKCA 1RTDA 5KGXA 4O55A 2WONA 4YFUA 4DTXA 2QKKA 3AA3A 1L3SA 1WAFA 1VSIA 2X6SA 3CFOA 1J5OA 2QK9A 5I42A 4I9QA 1IKWA 4DWIA 4CK2A 1HQEA 1VSEA 4Z4CA 5C42A 1X9SA 3L2UA 1LWEA 1T03A 2PY5A 1EX4A 3L2RA 3SUNA 3DRPA 1BISA 1GOCA 3OYHA 4KKOA 1WAJA 3L3UA 3V9ZA 4DQQA 1HJRA 4ELUA 2F96A 4FM1A 4O5BA 2HHWA 1VRUA 5SZTA 1S1TA 1Q9XA 4FJGA 3VQPA 4KHUA 1RILA 3WNFA 3M8RA 3V1RA 4BDPA 4DSEA 1RT2A 1C6VA 4DFMA 4Z4IA 3AVCA 2QKBA 4ELTA 1RT5A 1NK9A 3ULDA 4G1QA 4CJUA 4M3XA 5KRTA 4FXDA 2ATQA 5FRMA 4CGHA 3ZT0A 2IGIA 3C94A 3L2VA 4CEZA 5FROA 4BWJA 3LWMA 1C1AA 1CXUA 4EZ9A 1A5WA 3K2PA 4K8XA 1ITGA 3DOKA 4WE1A 3EYZA 1TAQA 4KB0A 4PY5A 4CJPA 4RW7A 4H8KA 5E41A 5KTQA 3O4NA 2IC3A 4F4KA 1TGOA 3OVNA 1KRPA 3PO4A 4O0IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SCXA 4B9MA 3MEGA 5KRSA 4DTNA 3T7ZA 4DR2K 4GV3A 1FKPA 3EE9A 2BTFA 4DSFA 4CEOA 4HUGA 4DTRA 5CHIA 2HNYA 5CR4A 4YORA 3L2WA 4CJLA 3S3MA 4L8RB 2KQ2A 1SQKA 4BGBA 4AQYK 4A59A 2W41A 1LCUA 4BRFA 3PUFA 4FYDA 1YIJN 4A61A 3DLGA 4CZEA 1UA1A 3RTVA 3CCJN 2D0BA 4CE9A 4JI2K 2PZSA 2RF2A 3HPHA 1VHXA 3RSEB 2ZGZA 1WSEA 2G8UA 3D0PA 5JLFA 4ZTJA 4QS7A 1VSDA 1A5VA 4FJ9A 3TU5A 4FLXA 3TTCA 3HXMA 4JKDA 3HK2A 2ASPA 4KFBA 4DV5K 3SMPA 1ZBHA 1HPZA 3V9XA 4B3TK 3MEDA 1OVQA 4JKBA 4CEQA 4IO8A 4DTPA 2O8CB 5J2PA 2O8CA 2P9IB 4CF2A 2P9IA 4ZHRA 4FWSA 2E1YA 4DG1A 5HOOA 2YX6A 2Q0RA 3GL1A 3NMUA 3DLKA 4OKEA 4BQLA 1DTQA 4E1MA 1NK7A 3AVKA 3ENOA 4DV6K 1LWFA 3DRSA 3CMAN 2ZM6K 3S9HA 1U6ZA 3JSMA 4CGFA 3K58A 4IEEA 4K41A 2OANA 1QQMA 4FW1A 3SUOA 2HBMA 4LSLA 3SI6A 4ELUA 3I0RA 2B6AA 2V7YA 3T19A 2P5GA 1KLMA 2A5XA 2KFZA 4PHTX 1VQ9N 5C12A 2O4IA 4C8KA 3HP9A 2Q36A 2OCEA 3QEVA 3VENA 4FLUA 4BR0A 5EU7A 2GWKA 4B9SA 4L3QA 2X78A 4E3SA 5LJWA 1C0UA 3ZSQA 3I8DA 1YTUA 2YNGA 1JXEA 5AQYA 4X64K 1EQYA 3GG4A 2O8FB 3EKSA 5GIPA 2ZWHA 4EP4A 1NK5A 3LP3A 1HKBA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 1ILY A;  1K9M O;  3CCR N;  1BIZ A;  4JI7 K;  1VSH A;  3E66 A;  1HPM A;  3CJ9 A;  4ISG A;  1UOC A;  1C0M A;  4KTQ A;  3OYM A;  1BU6 O;  1C0F A;  2I5J A;  4CCH A;  2FBV A;  5HRR A;  3U6F A;  3K5N A;  4CEA A;  2CGK A;  4CEF A;  2HNZ A;  3MCP A;  1F21 A;  4BGA A;  4CZJ A;  2WC9 A;  4LF8 K;  3HL8 A;  3TAF A;  3KK7 A;  3MXM A;  3RVC A;  1NKC A;  1JCG A;  4GKK K;  3N4P A;  4EFH A;  4O55 A;  1QVF M;  3CFO A;  1IBK K;  4I9Q A;  4QS9 A;  2D0P A;  5C42 A;  1LWE A;  4H5V A;  2HOE A;  2QW9 A;  5BPN A;  3O9S A;  3H3O B;  3LDL A;  5SZT A;  4CBW A;  3VQP A;  1RIL A;  3O4W A;  3V1R A;  5JIC A;  4DSE A;  1RT2 A;  1C6V A;  2VYP A;  2QKB A;  1RT5 A;  5E26 A;  4G1Q A;  4ILG B;  3WQU A;  4FXD A;  1RDU A;  3L2V A;  4CEZ A;  2WFB A;  1C1A A;  1CXU A;  5M1N A;  4EZ9 A;  3U9D A;  1TAQ A;  4RW7 A;  5KTQ A;  4F4K A;  1TGO A;  3OHR A;  3OVN A;  3P38 A;  3MN6 A;  1T3V A;  2UXC K; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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