3R3LA

Structure of np protein from lassa av strain
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
554
structure length
513
Chain Sequence
b'KSFLWTQSLRRELSGYCSNIKLQVVKDAQALLHGLDFSEVSNVQRLMRKQRRDDSDLKRLRDLNQAVNNLVELKSTQQKSVLRVGTLSSDDLLTLAADLEKLKSKVTRTERPLSSGVYMGNLSSQQLDQRRALLNLIGMDGVVRVWDVKNAELLNNQFGTMPSLTLACLTKQGQVDLNDVVQALTDLGLIYTAKYPNTSDLDRLTQSHPILNMIDTKKSSLNISGYNFSLGAAVKAGACMLDGGNMLETIKVSPQSMDGILKSILKVKRALGMFVSDTPGERNPYENILYKICLSGDGWPYIASRTSIVGRAWENTVVDLGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEVALYQPISGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDIADLFAAQPGLTSAVIEALPRNMVITCQGSEDIKKLLESQGRKDIKLIDIALSKIDSRKFENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTLVLRAVLPRDMVFR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nucleoprotein
publication title Structure of NP protein of Lassa AV strain
rcsb
source organism Lassa virus
molecule tags Structural protein
total genus 165
structure length 513
sequence length 554
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00843 Arena_nucleocap Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain
A PF17290 Arena_ncap_C Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.410 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r3lA02
3MWTA 3MX2A 3MWPA 3MX5A 3Q7CA 3R3LA 4GV6A 4GV9A 4G9ZA 4GV3A 4GVEA 4FVUA 3Q7BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K59A 2DY4A 1MA9B 1UOCA 3QETA 1FKOA 4H5WA 2Q1NA 2IVPA 5T7BA 4GVEA 5HRPA 3MN6A 1K8KA 4E19A 3MEGA 3G0ZA 3L6QA 3F73A 2YCHA 4YHHK 4OLBA 1GLEG 3L4QA 3KLGA 3QERA 4NLBA 5A2QO 1UA1A 1GLCG 3SQ1A 4Y1DA 3BZKA 2P9KA 1BQMA 2YKNA 4JKBA 3VF2A 4B8AB 3AA4A 3THYA 1TKZA 4JKCA 3CCUN 3BDPA 3HZ6A 3HOTA 3QICA 4KBOA 4B9TA 5AZIA 3LPTA 4X65K 1HMVA 2ZM6K 4C8KA 5JS1A 3J7ZO 3D7EO 5BREA 3SV3A 3H3OB 4Z94A 1L3TA 4IOAL 5BR8K 1BIUA 3DXMA 3CG7A 4Y0WA 4CHPA 3BP8A 4FLYA 4U7BA 4E0DA 2O8FA 5FLXO 2E1ZA 2HMPA 3A5NC 1IG9A 5AQSA 1NK6A 1K6YA 2OTJN 4EZ6A 4B9QA 3CFPA 2E2NA 4BRPA 2E2QA 4N5SA 1ZBFA 5I9EB 3TARA 4JK9A 2OA8A 3U9DA 1U6ZA 3CJ9A 4FL9A 2PY5A 3VENA 1RBRA 3FZMA 3OYAA 1Q8IA 4GMJB 1I39A 3WUHA 4DTPA 4JS5A 4AM6A 5BR9A 3QFPA 2XY7A 4NXNK 1NK9A 3H6EA 1QQNA 1JLEA 3ZSXA 2VWBA 3IFRA 3T1YK 3M6GA 1WSGA 2KFNA 2P9IA 5HOOA 1YT3A 3O1BA 4FSVA 4TSXA 1VSMA 1DTTA 3N4PA 1RTHA 3SJJA 5HROA 4YOTA 1SUQA 4F8RA 4DV4K 2E6LA 1VQLN 2ZJQL 1K8KB 2UXCK 4B8CA 3J7AP 4BWJA 1A5XA 1VSHA 1QZ6A 4YOXA 4E1MA 3RWUA 1S22A 1EWQA 3E9OA 1S1XA 2ZGZA 1S9GA 3HVTA 4B1UB 1HPZA 2P9UA 3KKRA 1YI2N 2A40A 4LSLA 4WCEL 1JLQA 1N5YA 2OCEA 4BRCA 3WXLA 5IWAK 5JICA 4CF1A 4C1NK 4K43A 4L8RB 2GUPA 1NKBA 3BY5A 3C0BA 3QEXA 2WONA 1RDCA 3ZSZA 2PAVA 3HPGA 3OBYA 1BUPA 2YHAA 2HHVA 4FWMA 3KTQA 4A57A 3TU5A 4RW9A 4FW2A 3K5NA 4RW8A 4ZTFA 3BEXA 3V9XA 3EZWA 4UQGA 4X62K 4DS5A 4ZHRA 3VEYA 4DKWA 3VGLA 4AH9A 4FLVA 4JI1K 3S9HA 2O8CB 4LH5A 1BGXT 4DFJA 4CZJA 3GE1A 4BRMA 3SAHA 2HMIA 4FJLA 3PO4A 2HNYA 4JKHA 3C7NB 1YF5L 4OPKA 4ZTJA 4RG8A 4BROA 3VQCA 5J2NA 4CFAA 1NK8A 3ULEA 5SWMA 1TGOA 4LD0A 2KZMA 2W42A 1EWRA 1ZYQA 3NCIA 3AO1A 1GLLO 4E89A 1S6QA 4FOIA 2D0PA 4LY7A 3GL1A 3RVCA 2P5OA 2F8TA 1HPMA 1UAXA 4N47A 3K57A 2RE2A 2D0AA 5AQVA 1DGKN 4H5VA 4JKEA 3T7ZA 4PA1A 3MEDA 1S1VA 1CLQA 2HHTA 1HR0K 1W97L 4RWTA 4C8NA 1R0AA 3F9KA 2PYJA 4FJXA 4IDHA 1WNSA 4KHPK 5AR0A 3AO2A 4AHUA 4DUZK 3L3UA 1WSFA 2E88A 5DMRA 3KZBA 2E6MA 3TSUA 2YJFA 5ADXH 1KQSM 3LDPA 3IRXA 4B3OA 2YNIA 3EE8A 3L2QA 1ATSA 4NB4A 1HKGA 5HRRA 3I56N 3HPHA 4EAHD 1WOQA 5TKWA 4E7LA 3DWLA 3ZYYX 3DLLL 1MWKA 5HL7L 3JXUA 2G8FA 3VMFB 2RKIA 4FJHA 1S5JA 2GTDA 4F2SA 4PQUA 1J5OA 1RT4A 1G15A 3R9PA 1FW6A 1KVCA 1WSIA 4M7XA 4CJ5A 1GLAG 4FLZA 2VGNA 2P9PA 2W41A 3THVA 3A0IX 4CJVA 5AQIA 3FFKB 2B4JA 4CJTA 1NNEA 1OVQA 3ENHA 1XUPO 2W6KA 3ZSRA 5KPRA 4JI6K 1TYQB 1QQOA 3CCLN 3VQQA 3THWB 4FPBA 5KQDA 3WNGA 3IDHA 2KFZA 3PY8A 3WNFA 3QESA 4LFAK 4G1QA 1SQKA 2ZJPL 4I2PA 1BG3A 2KKZA 3O08A 3U8XA 1U04A 3NE6A 5AQFA 4CI6A 4BY9C 4CD1A 1OH6A 1YVNA 1WB9A 1ASWA 2OANA 2QKBA 3ZT1A 3WXIA 4QS8A 3IS9A 3TTFA 3NAEA 5GADP 3FZLA 4DCHA 3VQAA 3ATVA 3KVGA 3KWGA 3CCMN 4WQ4C 4QAGA 4CJ7A 4Z4HA 1EKEA 4PUOA 3OYJA 2V7ZA 4CBWA 3L8BA 1IKXA 3WNHA 4IZ9A 2PYLA 4FK4A 1RTJA 3OYKA 3KLIA 3JAMO 3VQ4A 4C8LA 4EHTA 3LWLA 4CW7B 5GAGP 1GLJO 3L0QA 4JK8A 4WQ4A 4H03B 1ZXOA 3FLCO 4KH4A 4QOZB 4DR1K 3H1VX 4DSFA 4FZXC 1ITGA 2D0OA 3CPWM 4DMNA 1T3VA 3ZEUA 4CZMA 3KLFA 1FJGK 3TAPA 1J53A 4IFVA 1VK0A 5DM6L 4B9LA 4DB3A 3SUQA 4AM7A 2AP1A 2G8HA 2P9LB 3O4QA 5JLHA 1HYSA 3MDQA 5FPEA 3AY9A 3DLHA 1RDBA 3QINA 2QXLA 5KPTA 2WFBA 4FJKA 3EKUA 4ELUA 1NGDA 4E7JA 1OH5A 3ZSQA 4BR4A 4O4GA 4JS4A 3N4QA 4WQ5A 3QEPA 4CJEA 4K25A 1L3UA 4ELVA 1NGEA 3SNNA 2J4RA 1VSIA 1M90O 3D2FA 1O13A 1KFSA 1KAXA 1QSSA 4BREA 4M42A 1SKWA 2YNHA 4DHYA 3MK6A 2YHWA 3OS1A 3KLHA 2HHXA 3LL3A 3VEVA 3MN7A 4I6MB 3CCRN 3TSQA 5JLFA 3VEOA 4CVNE 3LAKA 3G6EN 2P9SA 3TSPA 3AVJA 3MEEA 5KQ8A 4DQPA 1WSEA 5MLCQ 4KV8A 2QEXN 4EZ9A 1BU6O 1BIZA 4JAXA 4BE2A 4JEPA 4YFUA 3LZJA 4IWVA 3EN9A 4C23A 5I3UA 2I7PA 4BRAA 2DFEA 1KVBA 3O5BA 5AJ3K 5DM7L 4K41A 4MDBA 1JCGA 3OHRA 4IBNA 4M41A 3S41A 4WF9L 1I94K 3W3DA 3VQ7A 5EXWA 3HM9A 3DMJA 3O4NA 4J2DA 1H1VA 4YOVA 2HBMA 4FK0A 3QNNA 4FO0A 3ISNC 3O1WA 3AVAA 1RCHA 4HVJA 1SAZA 2O8BA 1BOTO 2JWKA 3PSIA 1ASUA 1HQEA 1BI4B 4JRQA 3NFAA 4GKKK 5CZ1A 4EHUA 3QIOA 2YJEA 3LZIA 1VQKN 2CH6A 4W5NA 4GVMA 5D3GA 2ITMA 3HM8A 2QWMA 5H1SQ 3HBTA 3OYDA 4B9NA 4H0TB 3HK2A 3V9WA 3ITHA 1RBTA 4BRIA 3CCEN 2NZTA 1DTQA 1CZBA 4CECA 4Z4EA 3LDSA 4O5FA 1RNHA 3DOKA 4CF9A 1NOZA 3B8AX 4B9VA 4BG8A 5C12A 4LFBK 3HP6A 4DV1K 3Q7BA 4AF1A 2HF3A 2Q0UA 1U4BA 4CBXA 3G10A 4CF8A 2YHBA 3VQ5A 3OYHA 4J8FA 4DUYK 4FWLA 5CR4A 3VA0A 1VRUA 3CC7N 1BO5O 4KI6A 1S72N 3TAQA 1ASVA 1TKTA 2GELA 3UKRB 2F7TA 3D2EA 5C10A 5B8HA 1Q7YO 1GOAA 4A62A 1T05A 1KSPA 4CFDA 1HJRA 4A2BA 3PIOL 1JL2A 4DSJA 5J2MA 3G25A 4HCBA 1BA0A 3VGKA 3AVFA 4CBUA 4PHTX 4JI5K 1YXQA 4FVMA 3NF8A 4LF6K 1E3MA 3BF3A 4FYDA 3U3GA 4IFEA 2NUBA 4V19S 5E41A 3UIQA 2QM1A 3CQ8A 4AILC 4IKFA 1RGIA 3TTCA 1TUUA 1IKVA 4DTXA 1XMOK 1ATNA 4I9LA 2I5JA 2E2PA 4NO7A 3V81A 4AHVA 5BPNA 5AQHA 3OYNA 4OO1J 4DLEA 4I9QA 3VQ9A 3WT0A 1HLUA 3TPQA 4B9MA 4OVLA 3DRPA 2DFFA 3O9QA 4CHOA 4DLGA 2O8BB 4JD2A 1V4TA 4XH5A 2GBZA 3OW2M 1TK5A 4CJLA 3NHGA 4O0IA 1HNZK 1YTAA 5BN8A 3ENBA 3E9LA 2VQFK 1K9MO 2O8DB 3SAFA 1TKXA 4JHDB 1JCEA 3FFIA 3QMLA 2HNZA 5E84A 1J6ZA 1JLCA 2LSNA 3MXJA 4CEZA 3K5MA 2F9TA 1S6PA 1V4SA 4RW4A 4DTRA 5HBMA 3DLGA 2Q36A 1WSJA 3B6OA 3THXB 3BGRA 4OPHA 2W6LA 5EOYA 3VA3A 4JRPA 3O3HA 1JLFA 3SAGA 3E01A 2BGGA 2VQEK 2FF6A 3O80A 3J80O 2OYQA 1U48A 1JJ2M 4H4MA 3EYZA 2IVOA 2G8WA 5LL6Z 3WXMB 4YOUA 4IFYA 1HNXK 3L2WA 1XHXA 1UWBA 4CHQA 1RBSA 1S9EA 1FK9A 4BR7A 1QHAA 4FW1A 2ASOA 4NCBA 3ZX0A 2OPPA 1QSYA 3AA3A 1OH7A 3V1QA 2RHKA 3VQPA 4Z4IA 2QWNA 5C24A 1X9SA 2ZQBA 5KI6A 4MQ3A 4CZIA 4M7YA 3ZX3A 1SS6A 5AQRA 2WTUA 1KCFA 4B1ZA 5AQNA 3T1HK 1W9HA 5AZJB 2WC9A 5J2PA 4DV2K 4LH4A 4O8KA 2F9WA 2A1SA 4Z4FA 3D45A 3PSFA 1NJYA 3K5LA 3DAWA 4PY5A 4DF8A 3EO3A 3SMPA 4DSLA 2VG7A 3VEXA 4ICLA 3CM5A 2CGKA 2FBTA 5CY4A 4M3RA 3ZSYA 4EFHA 2Q31A 4WYBA 4NLCA 4Y1CA 4A59A 3H1QA 2P9KB 2OTLN 4CJKA 3J81O 3O8MA 3THYB 1QQMA 3QLHA 4CJFA 2CGJA 3EKSA 2ZE2A 3CJAA 4H5RA 5AZIB 4X66K 3Q7CA 1K8AO 5DK5A 5AQOA 4BWMA 3FZHA 2YNGA 4H0XB 3T3FA 2WBNA 3DXMB 1IJJA 2OPSA 3SQ4A 2O8FB 3QBXA 3C94A 1RTDA 4CJ3A 1C0TA 3OS2A 5TKYA 4OLAA 4KHSA 3AA2A 2O8EA 1JL1A 2YKMA 3L4IA 4AHTA 2Q0RA 3AVMA 3LPUA 4DR7K 5ADXA 1LW2A 1Y64A 5M1NA 4BC4A 1TAUA 1HNVA 2PFUA 4M3UA 3OYFA 3HPOA 3LDQA 3NH0A 3LP0A 4NXMK 3VQ6A 4DFKA 3JSMA 1DLOA 1W7AA 4IOCL 1YHQN 2P9NA 3CI5A 5LY3A 4F9OA 3ZETA 2GWJA 3CFRA 4DU4A 2Q3SA 4ID5A 5BRFA 3T69A 3RMBA 1D8YA 4J2EA 1LWCA 3I55N 2CH5A 4KH6A 3CQXA 1ZBHA 1NJZA 3P39A 3CF5L 5EX5A 4K8ZA 4YY3K 1HYVA 3IG1A 3K2PA 2PBDA 1QQCA 4CESA 5JVGL 2P9IB 3AVKA 3CCVN 4I7FA 1Z25A 4U67L 3PV8A 1TKDA 1Q9YA 2WUSA 4LF7K 2V51B 4FXDA 2X78A 3ZT2A 2VYPA 3CD6N 1X3NA 3SI6A 5JMVA 3TTDA 4E7KA 2JLEA 1JLAA 1P90A 2D5RA 4WFNL 1IKYA 4CGIA 2HHSA 4IXCA 3HXMA 2HF4A 4HCCA 3MX2A 4BQLA 1HUXA 3AVCA 3FZKA 1Q86O 1I3AA 5KRSA 4O44A 2VWKA 3T1AA 5GINA 1BDGA 2P9UB 1KVAA 4MDAA 1TK8A 4CGHA 4K8XA 4JKGA 1YITN 4AHRA 4AHCA 4JI0K 4IG3A 4MFBA 3OYBA 4KKOA 2YNFA 1NK4A 4B3MK 2Z1GA 4DS4A 2XY6A 1N6QA 4JI8K 1VQ6N 4JI2K 3OJSA 3FE1A 5SZTA 4YOWA 4NYNA 4DF4A 1RBUA 4GNIA 2PZSA 1KXPA 1VSDA 5GAHP 4ILJA 4O0JA 5C42A 5AQUA 1W0HA 4ILHA 5AQYA 1NU0A 2E1YA 3F2KA 3VGMA 3R1XA 1MWMA 3VETA 1XC3A 4FWSA 1RT5A 3S3OA 2VCPA 3CJCA 5C2DA 5C0YA 5AQXA 3ZSWA 4CEFA 5J2QA 1VQ9N 2G8IA 4HWIA 3HVRA 4CCHA 2HVHA 4DQIA 3RMDA 1NGHA 2A42A 5KRTA 1IBLK 5I42A 1LWFA 4BR0A 4FLXA 4QS9A 3ULEB 3AGRA 5BN9A 1Q81O 2QA4N 4W5TA 3EY1A 4YORA 2QWOA 4CZHA 3C6AA 2IGIA 4LF8K 2ITGA 3P83D 4H0PA 1RDWX 3QDKA 5M1QA 1M1KO 3MXMA 2HBJA 4CF0A 3DRRA 3HP9A 1R59O 1RILA 3EEQA 3HRGA 1KAYA 4BC2A 4B1WB 3WEEA 4FOEA 1T03A 2UUAK 1IBKK 3RMCA 4B1VA 3K58A 3PIPL 4B3TK 4CEBA 3RR8A 3AO3A 5AQMA 3CCJN 2QWLA 3C6UA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MWT A;  3MX2 A;  3MWP A;  3MX5 A;  3Q7C A;  3R3L A;  4GV6 A;  4GV9 A;  4G9Z A;  4GV3 A;  4GVE A;  4FVU A;  3Q7B A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3K59 A;  2DY4 A;  1MA9 B;  1UOC A;  3QET A;  1FKO A;  4H5W A;  2Q1N A;  2IVP A;  5T7B A;  4GVE A;  5HRP A;  3MN6 A;  1K8K A;  4E19 A;  3MEG A;  3G0Z A;  3L6Q A;  3F73 A;  2YCH A;  4YHH K;  4OLB A;  1GLE G;  3L4Q A;  3KLG A;  3QER A;  4NLB A;  5A2Q O;  1UA1 A;  1GLC G;  3SQ1 A;  4Y1D A;  3BZK A;  2P9K A;  1BQM A;  2YKN A;  4JKB A;  3VF2 A;  4B8A B;  3AA4 A;  3THY A;  1TKZ A;  4JKC A;  3CCU N;  3BDP A;  3HZ6 A;  3HOT A;  3QIC A;  4KBO A;  4B9T A;  5AZI A;  3LPT A;  4X65 K;  1HMV A;  2ZM6 K;  4C8K A;  5JS1 A;  3J7Z O;  3D7E O;  5BRE A;  3SV3 A;  3H3O B;  4Z94 A;  1L3T A;  4IOA L;  5BR8 K;  1BIU A;  3DXM A;  3CG7 A;  4Y0W A;  4CHP A;  3BP8 A;  4FLY A;  4U7B A;  4E0D A;  2O8F A;  5FLX O;  2E1Z A;  2HMP A;  3A5N C;  1IG9 A;  5AQS A;  1NK6 A;  1K6Y A;  2OTJ N;  4EZ6 A;  4B9Q A;  3CFP A;  2E2N A;  4BRP A;  2E2Q A;  4N5S A;  1ZBF A;  5I9E B;  3TAR A;  4JK9 A;  2OA8 A;  3U9D A;  1U6Z A;  3CJ9 A;  4FL9 A;  2PY5 A;  3VEN A;  1RBR A;  3FZM A;  3OYA A;  1Q8I A;  4GMJ B;  1I39 A;  3WUH A;  4DTP A;  4JS5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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