3NF7A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf7A00
1WSHA 4CF0A 2YKNA 2ZD1A 4CEFA 4CEQA 4C8KA 3QERA 2DFEA 4CF9A 4JS4A 4E7HA 1TKZA 4CJFA 4CGDA 3OYEA 4JRQA 3AVGA 4KHUA 4HHTA 3NE6A 3AA5X 3QEPA 1KVAA 1A5WA 4CJ3A 4AHUA 1T8EA 3OYAA 1HNVA 3AO2A 5KGWA 1REVA 1BIZA 3E01A 3RRHA 1SL0A 2PZSA 3HYFA 3K57A 3C95A 4IBNA 4CF1A 3V9SA 1LAWA 4Z4FA 2HHXA 4E89A 1NK8A 3QEWA 1KTQA 5CY4A 1D5AA 1YTUA 3VN5A 4CEDA 3NBPA 4CEEA 1B9DA 4KAZA 4DG1A 4FJLA 4HUEA 3LAKA 3KTQA 1NK9A 2XRIA 2FBTA 3VQEA 1NJWA 1RTIA 1WSFA 3LPTA 3QO9A 1Z25A 4RW4A 4CECA 3CQ8A 2X78A 3HXMA 1W0HA 3P83D 1WAFA 4XIUA 4KREA 3K5MA 4DLGA 4GW6A 3U3GA 4FJXA 1KVCA 1S1VA 1MU2A 3NF8A 4M3ZA 1BCMA 1T03A 1CZ9A 3LZJA 3KJVA 3NGIA 1SV5A 1TKTA 1TVRA 2Z1JA 3HPGA 4E7KA 3V4IA 4BDPA 3G10A 2Y1IA 1G15A 3TWHA 4CHQA 4I7FA 4FLUA 5J2MA 3F9KA 1NK0A 5HBMA 3DLBA 4Z4GA 2HHUA 4CF8A 3ZT0A 2PYLA 3I0SA 1RBVA 3ISNC 4I2QA 4DQRA 3NGZA 3AA2A 4DFJA 1Q9XA 1L5UA 4I9QA 3ULDA 5DK5A 4ELUA 4OKEA 4HUFA 3RR8A 1QHTA 3OYJA 3M8QA 3QNOA 3TARA 1RDDA 4DF8A 4CFDA 4DQPA 3G0ZA 4KHSA 1RTHA 3AO1A 4CJEA 4HUGA 4KHQA 1FK9A 1RCHA 1J53A 2RN2A 2LSNA 2YKMA 3DRSA 3HSTB 1KLMA 3L3UA 4DTUA 4F2SA 4KHNA 4LSLA 2ZQBA 4DTPA 4DTNA 3NH1A 4L8RB 2P51A 1BI4B 3KKRA 4TSXA 3VQPA 3PY8A 1D9FA 4OKJA 4C8MA 4CF2A 3OJSA 3AO4A 4DQQA 4DTMA 5KTQA 2HVHA 4DS4A 3THVA 3ZSWA 1ZBIA 4DFKA 3KIOA 1ZBFA 2XY6A 1KSPA 3PO4A 4M45A 3NDKA 1TKXA 1RBUA 3V9XA 4CEZA 2HHTA 3U6FA 3BDPA 2FBYA 4W5RA 3O3FA 4NYNA 3AA3A 4O55A 2A1SA 1CZBA 3SUQA 4M3UA 3WNHA 4DU4A 3CFRA 4I2PA 3K59A 2R7YA 4B9VA 1T05A 4DSKA 3O3GA 1XHXA 3L8BA 3V9ZA 3L2QA 1Q9YA 3DLEA 4E1NA 2OA8A 2QKBA 4CJSA 2KZMA 1O1WA 4M41A 3T3FA 5I42A 4C8LA 1ITGA 1C0MA 1GOBA 4O4GA 4PY5A 4N5SA 4OPJA 3DLHA 4K8XA 1WSGA 3M8SA 3S9HA 1BHLA 4FZYA 5JS2A 3CFPA 3SQ0A 2BE2A 4N47A 4CK1A 3RRGA 1JLQA 2OPRA 4O0JA 4NCGA 3M8PA 1WNSA 4BWMA 2P5OA 3LANA 1T7PA 1X9MA 3AVFA 4CGHA 2NUBA 1K6YA 3SV4A 1KFDA 2IS3A 4HCCA 1JLCA 1U47A 1HYVA 3RTVA 4KHWA 2Q3SA 3QINA 1J9AA 2HB5A 3V1QA 3AVIA 2VG6A 3RMBA 1SL2A 4ZHRA 2OZMA 4Z4EA 1VK0A 3LAMA 4B3OA 3SQ2A 3K5LA 3LP2A 1JL2A 4LSNA 4KFBA 3OYCA 3D0PA 3VQBA 3SCXA 1QSLA 4YFUA 1TAQA 1X9SA 2KFZA 5KGXA 4YNQA 1RT7A 4CJ5A 4CE9A 5FDLA 2P1JA 2A1RA 4FJMA 3OS2A 2OPQA 2JGUA 2OZSA 1R0AA 1SKSA 1X9WA 4CJUA 3TAPA 1KVBA 4PWDA 1VSEA 4Y1CA 2RF2A 2QK9A 2YV0X 4KRFA 3TAFA 4AILC 3IRXA 3DI6A 4KB0A 1IO2A 3TABA 3QLHA 4FLTA 2B5JA 1A5VA 1BIUA 1J5OA 2HMIA 1HPZA 2YNGA 1UA0A 4FLVA 1TL1A 1LW0A 1NK5A 4DFMA 2D0AA 4CEAA 4CHYA 1X1PA 3LP0A 4CHZA 5SWMA 3VQCA 1LWFA 1QSSA 4M3YA 4CHOA 4HTUA 1L3UA 3SJJA 4F3OA 4CFCA 4FK2A 4CCHA 2O4IA 1LW2A 3SUNA 4B9NA 2W42A 3DM2A 4H4OA 2DTUA 2YNHA 3QEXA 1WN7A 1I39A 3LPUA 3HP9A 2G8FA 3U3YA 1YVUA 2X6SA 4PQUA 3QETA 2O4GA 3OY9A 4N41A 2IDOA 1UAXA 4F3TA 2G8HA 1W9HA 4RG8A 3JSMA 4G1QA 3HO1A 4W5TA 1DLOA 3QEIA 3IG1A 3DMJA 1RBRA 1ZBHA 4AH9A 4HVJA 5HRSA 1ASVA 1S6QA 1S5JA 1A5XA 2IOCA 4FVMA 4AHTA 4DSIA 4FJIA 4CJKA 1LWCA 1EETA 1F21A 3SYZA 3DOLA 4Z4HA 3SI6A 4FJ5A 3SUOA 3AVKA 2Y1JA 1C0UA 4W5OA 3OYKA 2F8TA 4GMJB 4BDZA 3BGRA 3AV9A 1RBSA 2GUIA 3KK1A 4AHCA 3M8RA 3HJFA 1HQEA 1IKXA 1NJYA 4FLYA 3AA4A 3O4NA 1VSMA 4OLBA 3KLGA 3ASMA 4FLZA 3MEDA 2XHBA 4EP4A 4FCYA 2G8KA 1BISA 4H8KA 3HVRA 1JLEA 3DOKA 4JLHA 4OVLA 4FM2A 4NYFA 4DTXA 4KO0A 4KPYA 4LY7A 4O44A 4CJRA 1BGXT 4OPKA 3L2UA 4IKFA 1JLFA 2X74A 3VQ8A 1UWBA 4O0IA 4PA1A 1U4BA 4Z4IA 4FYDA 3TANA 1IH7A 4IDKA 2RKIA 3B6PA 4I9LA 3AVHA 2VWKA 4JRPA 2I5JA 1IKVA 4FLXA 2G8IA 2D0CA 2QXFA 1NOZA 4O5BA 4DU3A 1D8YA 1JLBA 3V6DA 2HVIA 5HRRA 1GOCA 1HJRA 2G8WA 2B4JA 3P5JA 3OJUA 4AHSA 1DTQA 1J54A 1ZYQA 1RDAA 5FRMA 1TK5A 5J2PA 1CXQA 3ZSOA 3KLEA 1WSJA 2WONA 1Z26A 3PX4A 3ZCMA 3EY1A 2BDPA 4E0DA 4FJGA 1RTJA 3LWMA 2BANA 3OVNA 3AO3A 1RDBA 5E41A 4BE0A 2X6NA 1N6QA 3PO5A 3ZSRA 2IAJA 5I3UA 5FROA 3OYMA 3AVCA 1I3AA 5K14A 1VSLA 3NF9A 5DMRA 1VSJA 4PUOA 1C1AA 1VRTA 3FFIA 3ZSVA 4UQGA 3S3MA 1VSDA 3VA0A 4FJJA 4DQSA 5C24A 3ZT3A 2XY5A 2JLEA 5J1EA 1L3TA 4FLWA 3RMDA 3O3HA 1VSFA 3K5NA 4BWJA 3WNEA 4EZ6A 3V1RA 3DLRA 2F96A 4ICLA 1TL3A 1SUQA 4RW7A 4CIGA 5C42A 4CK3A 4NCAA 3OYIA 4B9UA 2BGGA 4DTOA 1Q8IA 4KKOA 1NK7A 1HYZA 5KRSA 1VSKA 1S1UA 1C0TA 3S3NA 4FJHA 3HT3A 3SV3A 3VQAA 3KK3A 3OYFA 3QESA 2OPPA 4AHVA 1U04A 1IG9A 4B9TA 3KD5E 4CGIA 2HHWA 4MFBA 4CFBA 1C1BA 3L2RA 4E7LA 5FRNA 1TV6A 2FC0A 4DMNA 2WOMA 3AVMA 4KHYA 4KV8A 4DTRA 2FBXA 4OKKA 3TR8A 1UOCA 1NK4A 3DRPA 3VQ5A 1RTDA 3KLHA 4CEOA 2HW3A 3VQ9A 1KFSA 1RT3A 5JS1A 1JXEA 1EX4A 5HRNA 4DTSA 1VRUA 4IG3A 4CFAA 4B9SA 1JXBA 5HROA 4DSJA 3LZIA 4C8NA 1NJZA 2D0BA 5HP1A 4B9LA 4EZ9A 2AJQA 3OYDA 3PX0A 3T19A 3K2PA 3OYBA 4B8CA 1ZBLA 4DSEA 1NJXA 5HRPA 4ZTFA 4E19A 4ID1A 3OYHA 4GVMA 4OGEA 3NFAA 4FM0A 3HK2A 2Z1HA 5SZTA 4FK0A 4CHPA 3ALYA 1N5YA 3NH0A 3K5OA 3VQ4A 3RMAA 1BL3A 3MECA 2KTQA 3SUPA 2IGIA 2YNFA 2E6LA 4FW1A 1IKYA 3TAGA 4RW8A 1ASUA 1RT5A 2HHSA 4BACA 1QE1A 4LH4A 1YT3A 4CJLA 3EZ5A 3NHGA 2PYJA 4R5PA 1FKPA 2ITGA 4IFVA 4EP5A 1RT2A 2HHQA 3VQ7A 3V1OA 4DU1A 1VSHA 4IG0A 1BCOA 2GBZA 3ZSQA 4B08A 3RWUA 3OYGA 3A2FA 1YTAA 3NH2A 1NOYA 3C6TA 1HNIA 2QKKA 4E7JA 1U49A 1L3SA 1TKDA 4W5NA 3NAEA 4FW2A 4E3SA 3SNNA 3ZSYA 5D3GA 4LH5A 1QTMA 2KW4A 3TAQA 4KTWA 4CERA 3EYZA 3V81A 2OYQA 2F8SA 4F2RA 1NKEA 1LWEA 4CJVA 1KLNA 3HP6A 4KI4A 1XI1A 1Y97A 1KRPA 3RR7A 2Z1GA 3NGYA 2RPIA 4IFYA 5T7BA 1EKEA 3V9UA 2VG5A 2E4LA 1QS4A 2G8VA 4CEBA 4LD0A 3DRRA 3OS0A 1NKBA 1HMVA 3SQ1A 4CGGA 3ITHA 1RT6A 3KK2A 5HLFA 1RDCA 3DYAA 1UA1A 5CZ2A 4ZTJA 2OPSA 3C6UA 3P1GA 4DQIA 1XHZA 3AVBA 2B6AA 2EHGA 4CJWA 1BI4A 2HNZA 3CFOA 1KCFA 4FJ7A 5EU7A 4DFPA 2PY5A 1JL1A 4FJNA 1WAJA 1SL1A 4OGCA 4CJQA 1RILA 3B6OA 3VQQA 3HL8A 3NCIA 3VA3A 4FZZA 1DTTA 4DTJA 1LAVA 3S3OA 3H08A 4BDYA 1S1XA 1EP4A 1JLAA 4CGFA 2YHBA 3JYTA 1JLGA 1HYSA 1RT4A 3ZSZA 3NF6A 4CJTA 3KD1E 1WLJA 1EXQA 4CK2A 1SKWA 3SZ2A 3AVLA 3ZT4A 1D9DA 4Z0UA 4QAGA 4Q5VA 2XY8A 3CM6A 1FXXA 3OS1A 3V9WA 3IS9A 5J2QA 4DSLA 3L2WA 4CHNA 3PV8A 1NK6A 4M42A 3D45A 3HM9A 3L3VA 4FXDA 4QCLA 3WNFA 3AVAA 2E6MA 4JS5A 4J2BA 4BE2A 3OYNA 4AHRA 1XC9A 2KFNA 3MEGA 4DSFA 2YNIA 1RBTA 3PUFA 1B92A 3AVJA 3WNGA 1TAUA 5CZ1A 3PX6A 4H4MA 4B8AB 4Z4CA 4CJ4A 3SQ4A 4J2DA 2G8UA 4FJ8A 4W5QA 4KB1A 3I0RA 3QEVA 4ELVA 3DLGA 4KI6A 2P5GA 4C8OA 4WE1A 4CIEA 3LP1A 1ZBUA 1JKHA 4E7IA 4K8ZA 3LALA 4NCBA 4CJPA 2FBVA 4MQ3A 5C25A 2KZZA 1TK8A 4OJRA 1RT1A 3L2VA 2YHAA 3LDSA 1QSYA 2ATQA 4Y1DA 3VQ6A 4DF4A 1L3VA 4ELTA 3LP3A 3CM5A 3IAYA 3AO5A 1CXUA 4N76A 3HPOA 4B9MA 3ZSXA 3AVNA 4CIFA 1IKWA 4N56A 1LV5A 4FK4A 1HQUA 1S1TA 4Q0BA 1S6PA 4E1MA 1ASWA 4M3RA 3I8DA 3TAMA 4J2EA 1NKCA 2HHVA 3SPZA 3HPHA 2HNYA 3KLIA 4M3TA 3QIOA 1CLQA 3SPYA 2KQ2A 5CYMA 1B9FA 1WSIA 4CGJA 3KLFA 1TK0A 3DLKA 2EX3A 2XO7A 4QOZB 3CG7A 3TI0A 2DFHA 3VQDA 4OLAA 2VG7A 3RMCA 3MXMA 4J2AA 3F73A 2GV9A 3UIQA 2ETJA 5CYQA 3TAEA 3MXJA 1FKOA 4DS5A 4M3XA 3C94A 4BE1A 4M3WA 2Z1IA 1U45A 2DY4A 1VSIA 5KRTA 1SKRA 1S1WA 1BQMA 3NF7A 1BQNA 4CESA 3LWLA 1U48A 2ZE2A 3ZT1A 3OYLA 4FJKA 3QIPA 3ZT2A 1WSEA 2HNDA 2IC3A 4DLEA 5J2NA 1C6VA 3HVTA 3MXIA 1S9GA 3QNNA 1RNHA 3MAQA 4F8RA 2DFFA 1TGOA 2XY7A 4KTQA 1XWLA 5KI6A 4DWIA 1QQCA 3T1AA 1HRHA 4FM1A 1S9EA 4F4KA 4FJ9A 3K58A 4RW9A 4KTZA 4HCBA 3MEEA 3CYMA 3O4QA 4ID5A 4FZXC 2D5RA 3KKSA 4RW6A 2VWJA 1GOAA 1C1CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CF0A 2YKNA 1VQPN 1TKZA 4KHUA 3NE6A 1KVAA 1A5WA 2P9NA 1T8EA 1HNVA 5KGWA 1REVA 1BIZA 3E01A 3K57A 3DAWA 2O8DA 3VN5A 4CEDA 3NBPA 4CEEA 4DG1A 4HUEA 4CBWA 1KAYA 2FBTA 4JD2A 3H3OB 3VERA 1NJWA 4CECA 5AZJB 1W0HA 1NGDA 3F2KA 3TSUA 1CZ9A 1DEJA 1IJJA 3NGIA 4R79A 2Z1JA 5AQZA 4E7KA 4JK7A 3HTVA 4CHQA 4B3RK 5J2MA 5GAEP 1NK0A 3DLBA 5M1KA 2HHUA 5AQNA 2PYLA 4I2QA 3AA2A 2I7PA 4ELUA 1BO5O 4H0VB 3RR8A 3PIPL 1SZ2A 3AO1A 4CJEA 4BRIA 1RCHA 3L3UA 2RN2A 1KLMA 5AQJA 2P51A 5GAGP 4TSXA 2QI2A 4DS4A 1KAZA 4L3QA 1OH7A 4DFKA 1KSPA 2XY6A 1N36K 2CGLA 3QFPA 3DWLA 2HHTA 3U6FA 3GDQA 3O3FA 4O55A 3SUQA 2V7ZA 4I2PA 1ZBSA 3O6WA 1QZ6A 1TUUA 2V52B 3QBWA 1ITGA 1C0MA 1N34K 4O4GA 1NGCA 3S9HA 3SQ0A 1K8KA 3M8PA 3CERA 1YJ9N 1GLLO 1T7PA 2OCEA 3MCAB 1K6YA 3OA9A 3SV4A 2Q3SA 1BOTO 2HB5A 5LMUK 3AVIA 4B3OA 1VK0A 3SQ2A 3D0PA 1DT9A 3VQBA 4YFUA 3O4WA 1XMQK 4B1UB 3M5RA 4YNQA 4CJ5A 3FE1A 4CE9A 2A1RA 3ZX2A 3CCLN 1N32K 3QMLA 3E1YA 4Y1CA 2RF2A 2QK9A 2VGMA 4KB0A 2UYTA 3O9SA 4A61A 4JI5K 4CZHA 1BIUA 4NO7A 1J5OA 2Q0UA 4JI0K 2HMIA 1HPZA 4FLVA 2H3GX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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