3NF7A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf7A00
4BDZA 4DU1A 2AJQA 3AVGA 4FJHA 4MQ3A 4Y1DA 2LSNA 3AA2A 1Q8IA 1HYSA 2VG5A 4F2SA 1HNIA 4DWIA 3U6FA 1BHLA 3HP6A 3V1OA 3MEDA 3K5OA 4KPYA 3LPTA 1TAQA 3ZT3A 4DSKA 2DY4A 3L2QA 4FJ7A 1SL0A 3L8BA 2EX3A 4LSLA 3FFIA 3H08A 3MXMA 2DTUA 1VSMA 1RBRA 4CEOA 3TAEA 4CERA 1Z26A 3L3UA 1KLNA 3TAFA 3OYFA 3V9ZA 2Z1HA 3AVCA 1DTTA 2HNDA 2D0AA 3AVLA 3DI6A 3OVNA 1RBVA 2YNIA 4KV8A 3SV4A 1WLJA 3AA4A 3SYZA 4OLBA 4M3XA 4KI6A 5J1EA 4M3TA 1VRUA 2YNGA 3THVA 2G8WA 3AO5A 3M8QA 4KHNA 1BCOA 2HNYA 3VQDA 1Q9YA 4KFBA 5SZTA 3HM9A 4K8ZA 2ZD1A 2JLEA 4E89A 1MU2A 3OYHA 1RDBA 3SZ2A 3NCIA 4KB1A 2B4JA 2VWKA 3K58A 4FM2A 4HCBA 1A5VA 1J9AA 4CJLA 2VG7A 2QK9A 3ZSXA 2KFNA 1SKRA 1SKWA 1A5XA 3TR8A 4BE2A 3E01A 3K59A 4AHUA 4H4MA 2X78A 4C8KA 5KGXA 2E4LA 1ITGA 1S1XA 1S5JA 4FLVA 4PA1A 3KK2A 3BDPA 4M42A 3CFRA 4M3UA 1KRPA 4QOZB 5DMRA 3OYLA 4O4GA 1XHXA 3AVFA 4B9MA 4KO0A 4CGJA 1XC9A 4FJ8A 2YKMA 4FK2A 1UWBA 2XY7A 3EYZA 4GVMA 3KD5E 3KTQA 2D0CA 2GV9A 3SPYA 1ZYQA 4NCBA 4WE1A 1RTDA 4J2EA 3RMBA 4FLTA 3OS0A 4DQSA 4FLZA 4FLYA 3QESA 3NH2A 3CQ8A 1D8YA 1T7PA 2BDPA 2IC3A 3SV3A 3DOLA 1RT2A 4FJNA 4LH4A 4BDPA 2BGGA 4FYDA 2P51A 4DQRA 2ATQA 1RBUA 4C8MA 2EHGA 3C6UA 5HP1A 1NK6A 1NK5A 1D9FA 3VQ9A 1TL3A 4I7FA 2PY5A 4F4KA 1BI4B 4ID5A 3NH0A 2HW3A 3V6DA 4OJRA 3OY9A 1U04A 4M3RA 3IG1A 4FJXA 4G1QA 4CIEA 3TAQA 1ZBIA 4HTUA 3BGRA 1G15A 4C8OA 1VSIA 4CFDA 2R7YA 4OLAA 1C0UA 1VSHA 3B6OA 3T3FA 1QHTA 3QIOA 3UIQA 4GW6A 3CG7A 3TAPA 2IOCA 3LAKA 3ZSZA 3NF9A 3OYCA 4OKJA 2IDOA 2JGUA 4DFKA 1IH7A 3OYEA 1LW0A 2KW4A 3ZSRA 5C25A 3VA0A 3F9KA 3NGIA 1TVRA 5CZ1A 2QKKA 3G0ZA 3AO2A 1KTQA 4IG0A 2OA8A 3ZT1A 1VRTA 3S3MA 4HUEA 2D5RA 3HVRA 4KHWA 1K6YA 3AVNA 4JRQA 4CEDA 5JS2A 3HO1A 3M8PA 4AHTA 4Q5VA 4FZXC 1D5AA 5CYQA 4F8RA 1B9FA 2GBZA 1J54A 3DMJA 3VQ5A 4AHSA 5C42A 4IFYA 4R5PA 3C94A 3AV9A 3RMDA 1C6VA 3ZCMA 2HVHA 1A5WA 2X74A 4CF8A 5FRNA 4W5NA 3VQ7A 3OJSA 1RDCA 4KHSA 1WAJA 1TKXA 3NF7A 3VQAA 2KTQA 3QEWA 3EY1A 3OYMA 4W5RA 2XHBA 3RWUA 1CLQA 3MAQA 4XIUA 1WSIA 4DLEA 1XWLA 4O44A 4JRPA 4CGIA 3LP0A 4OPKA 4JLHA 3T19A 3C6TA 3NF6A 4PUOA 2Y1JA 4CF1A 2RPIA 4N5SA 3LP1A 4CJ3A 1U47A 1I39A 2D0BA 4K8XA 4B9SA 1FKPA 4N41A 1WAFA 5J2NA 3ZSYA 5FROA 1VSDA 1NJYA 3NBPA 1QS4A 4N47A 2B5JA 4DTOA 2OPSA 4B08A 1RTJA 4CHQA 4E3SA 4KREA 1I3AA 4Q0BA 3MXIA 4CHNA 4CEEA 1S1UA 4W5OA 4DS4A 4DFMA 2P1JA 3VQ8A 4NYFA 4F3TA 2P5OA 1RT6A 1CXUA 3LALA 2XY5A 3SUPA 3DLEA 3QNOA 4FJ9A 4KHUA 4IFVA 3AO3A 3CFPA 4B9UA 4CE9A 4FJLA 3DM2A 4Z4FA 1RT4A 1UOCA 4KAZA 1BIUA 4OGEA 2G8FA 1EP4A 3I0RA 1VSLA 2HHWA 3I8DA 1XHZA 4L8RB 4UQGA 4YFUA 4FK0A 2G8VA 1C1AA 3LP3A 3DRRA 3M8SA 2HVIA 4BWJA 3V4IA 1T8EA 2XY6A 4CCHA 4KI4A 3K5LA 3S3OA 1QE1A 4OVLA 4CGFA 4FLUA 4IBNA 5KTQA 4DQQA 4EZ6A 5SWMA 4Z0UA 3V9WA 4GMJB 1UAXA 1YVUA 4I9LA 3WNHA 2O4GA 2Q3SA 2YV0X 2W42A 4OPJA 4DTXA 2YHBA 1JLGA 4H8KA 2WOMA 2VG6A 3QLHA 1CZ9A 1L3VA 2HHUA 1X1PA 4ICLA 3OJUA 4FJKA 3O4NA 4CFAA 4QAGA 3JSMA 3EZ5A 1GOAA 3IS9A 4KKOA 3NGZA 2XRIA 3HPGA 4LSNA 1KFDA 3V1RA 4AH9A 4CJFA 3I0SA 3HPHA 3PX6A 4DTJA 1ZBHA 5CYMA 4B8AB 3L2UA 2IS3A 3L2WA 1ZBLA 2OYQA 3P1GA 3HJFA 4PY5A 4CJSA 5JS1A 3QERA 3SUNA 4NCGA 2BANA 1BI4A 1U45A 4ZTFA 4B9NA 2XO7A 4CK3A 1QSYA 4CF2A 3IAYA 1J53A 4E7HA 3ZT2A 4E7LA 3KK3A 1X9SA 2FC0A 3T1AA 1T03A 1RT3A 3SQ1A 4FVMA 2FBXA 3L2VA 5DK5A 2WONA 4DLGA 2KZZA 2DFEA 4DU4A 1LAWA 1NK8A 4CGGA 3NF8A 3CM5A 3TI0A 2HHQA 3LANA 4CEAA 1QQCA 3LPUA 4IG3A 2YKNA 4LH5A 1VK0A 4IKFA 1LAVA 3VQPA 4CJKA 3DLKA 2RN2A 3PY8A 3AA3A 4CF9A 4RW6A 1JLBA 3AA5X 2HHSA 1HQUA 4HUFA 4B9LA 4H4OA 4DF8A 5CY4A 3ASMA 3V9SA 3MXJA 3O3FA 1IKWA 1LW2A 3DRPA 1ASUA 3AVKA 3KKSA 3DYAA 3VQQA 4C8NA 3ZSOA 4CGDA 2Z1GA 4W5QA 4DFPA 3S9HA 1BQMA 2GUIA 1WSGA 3ITHA 3WNGA 3HPOA 1SV5A 3TAMA 4AILC 2OZSA 1ZBUA 3DOKA 2X6SA 1JLEA 4HUGA 3DLGA 1S9EA 4AHRA 4E7JA 3D45A 3K5NA 2YNHA 1C1CA 4JS5A 3QEIA 3KLEA 5CZ2A 1N6QA 1RTHA 2HHXA 4CF0A 2HNZA 4O55A 5HRNA 4KB0A 1S1TA 4DSFA 1NJWA 3K57A 1BCMA 1KVBA 4CK2A 2G8UA 1B9DA 4BE0A 1IKXA 1S6PA 4CFBA 1NOZA 4CIGA 1U48A 4J2AA 4E7IA 4FJGA 2KFZA 1SL1A 3OYJA 3KLIA 4O0JA 1U49A 3K2PA 3SI6A 3PO4A 1IKVA 3NAEA 4E1MA 4E1NA 1TK0A 1Y97A 2RF2A 3OYIA 5EU7A 1JXEA 3O4QA 1LWFA 4RG8A 2IAJA 2ITGA 1TKDA 2QXFA 3VN5A 1ZBFA 4ID1A 2Y1IA 3AVMA 3LAMA 1BIZA 2P5GA 4F2RA 1S1VA 4CJPA 3LDSA 3L3VA 2XY8A 3QEVA 5I3UA 4KRFA 3JYTA 2RKIA 3SUOA 2YNFA 1KVCA 1ASWA 1BL3A 3ZSWA 2OPPA 1NK0A 4O0IA 4M45A 5E41A 3OYDA 5KRTA 5KGWA 3U3YA 5C24A 3C95A 3ALYA 4B9VA 1RTIA 3QNNA 3RR8A 4QCLA 1EETA 4NCAA 1F21A 3MECA 3TANA 2DFHA 3LZIA 1CZBA 1T05A 4OGCA 1TL1A 4CJEA 3PV8A 3KJVA 1NKEA 4I2PA 4CJUA 2FBVA 3CYMA 2PZSA 1RDDA 2ZQBA 4CEZA 3SUQA 1NK4A 4CHYA 1VSFA 1RT1A 5K14A 1LV5A 3TARA 4LY7A 4DQPA 1L5UA 1GOCA 4RW8A 3OYGA 1U4BA 4CK1A 3RTVA 2F8SA 4FJJA 4Z4HA 1RNHA 1RCHA 1B92A 4MFBA 3KK1A 3S3NA 1IKYA 1LWCA 1TGOA 4CJTA 3OYAA 3KLGA 3SQ4A 1DTQA 2KZMA 3HYFA 1RT7A 4FXDA 3KLHA 5KI6A 4CEFA 1L3TA 3ZSVA 3O3HA 4DTMA 1ASVA 3AO1A 3ZT0A 2I5JA 3RMAA 2DFFA 3QETA 1L3UA 2E6LA 2ZE2A 4DMNA 4J2DA 1RBTA 4EP4A 4HCCA 4CGHA 4AHVA 1VSKA 1TAUA 1HPZA 4FJ5A 3U3GA 3VQBA 1D9DA 1DLOA 2HMIA 1JKHA 1RDAA 1YTAA 4Y1CA 3LP2A 3K5MA 3SCXA 2OPQA 4BACA 4CECA 3KLFA 4BDYA 4FZZA 4DFJA 1BISA 4DTUA 1WN7A 4HHTA 1EX4A 1JLFA 5FDLA 4O5BA 4CEBA 4CIFA 4CESA 3OYKA 4CJQA 1WSHA 1HJRA 3ULDA 4E19A 4DG1A 4ELTA 1Z25A 3VA3A 3SQ0A 1W9HA 2G8KA 4TSXA 4FW1A 1X9WA 2F96A 3KKRA 3AVAA 3V1QA 5HROA 3LZJA 3AO4A 1BQNA 5HRPA 3HXMA 1L3SA 4I9QA 4KHQA 1TK8A 1KVAA 1NK7A 5HRRA 3HP9A 4OKEA 3ZT4A 4BWMA 4C8LA 1FK9A 4FK4A 3G10A 2IGIA 4PQUA 1NOYA 4RW7A 3AVHA 3OYNA 1NJZA 4ELVA 1W0HA 4FM1A 1HNVA 1TV6A 2Z1IA 3TAGA 3NE6A 4CJWA 4B3OA 1EKEA 1HYVA 4M41A 3V81A 3P5JA 3OS2A 3NH1A 1X9MA 1JLQA 1KLMA 4CJ5A 1TKTA 1SL2A 2NUBA 4F3OA 5J2MA 1O1WA 3P83D 3PX4A 4NYNA 2PYJA 3OYBA 2G8IA 4KTZA 3CM6A 3A2FA 3V9XA 3PO5A 4CHOA 3SJJA 3RMCA 4CFCA 3SQ2A 3DLBA 3CFOA 4ELUA 1C0TA 4FM0A 4I2QA 5HRSA 3RR7A 1JL2A 2X6NA 4E0DA 1HQEA 2OZMA 3HK2A 2G8HA 1RBSA 3PUFA 4DSEA 4PWDA 4B8CA 4DSJA 1BGXT 3V9UA 3HVTA 3WNFA 3B6PA 3SPZA 4FJIA 1KFSA 1YTUA 1Q9XA 4Z4CA 2YHAA 3TWHA 4DS5A 4RW4A 4DTRA 4DTNA 4FW2A 1UA1A 1IG9A 1NJXA 1GOBA 4M3YA 3HSTB 4ZTJA 3QIPA 4J2BA 3LWLA 4DF4A 5I42A 3MEGA 3VQ4A 3NDKA 1QTMA 3KD1E 4Z4EA 2A1SA 1SUQA 4CJ4A 3IRXA 3QO9A 4CJRA 4CEQA 3KIOA 3PX0A 1SKSA 1KCFA 1RILA 1RT5A 4DTSA 1N5YA 3NGYA 3NFAA 2PYLA 3MEEA 5HLFA 3AVBA 4ZHRA 3D0PA 3QEXA 4LD0A 3LWMA 1NKCA 1EXQA 4IDKA 2FBTA 2HB5A 4YNQA 1WSEA 1XI1A 4KHYA 2FBYA 1WSFA 3VQEA 4KTWA 4CHPA 5J2QA 4N56A 4CJVA 3L2RA 5KRSA 2F8TA 1QSSA 1CXQA 3ISNC 3SNNA 5HBMA 4JS4A 2OPRA 1HMVA 1S1WA 2ETJA 2Z1JA 4OKKA 4E7KA 2HHVA 1IO2A 1VSEA 3DRSA 4RW9A 3OS1A 3M8RA 5J2PA 5D3GA 3QINA 1WSJA 1C0MA 3HL8A 2QKBA 2HHTA 4DU3A 2A1RA 1UA0A 1KSPA 3RRHA 2VWJA 3VQ6A 4Z4GA 1WNSA 2O4IA 4AHCA 4FJMA 1JXBA 1S9GA 3DLRA 4DTPA 1HYZA 4W5TA 4BE1A 1JLAA 3WNEA 1S6QA 4DSIA 3O3GA 3ZSQA 4DSLA 3NHGA 1TK5A 4N76A 3VQCA 5FRMA 4Z4IA 1TKZA 3AVJA 1VSJA 1FKOA 1HRHA 3AVIA 1NK9A 4KTQA 1YT3A 5T7BA 4FCYA 4B9TA 4M3ZA 1REVA 3DLHA 1FXXA 1J5OA 4FZYA 1LWEA 1JLCA 3F73A 1C1BA 4DQIA 2B6AA 1JL1A 2KQ2A 4FLWA 4FLXA 2BE2A 4CHZA 4HVJA 2E6MA 1R0AA 1QSLA 1NKBA 4M3WA 4EZ9A 4EP5A 3HT3A 3RRGA 3TABA 3QEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GKKK 2AJQA 1IBLK 2P9UB 2WUSA 3WEEB 4DWIA 1BHLA 1ESVA 5AQZA 1SAZA 3THYA 5FPDA 1TAQA 1XMOK 4JKDA 4BGBA 1SL0A 5KPZA 2EX3A 4LSLA 3H08A 2DTUA 3SMPA 1Z26A 4YDUA 3OYFA 4CJ7A 1DTTA 3OVNA 1NGEA 2F4VK 3GDQA 2IVPA 3AA4A 5J1EA 4M3TA 1XUPO 2G8WA 3AO5A 4KHNA 3HOSA 2HNYA 3AY9A 5SZTA 3HM9A 1NGCA 2ZD1A 1MU2A 3MCPA 3K58A 1R59O 4NXNK 3ZSXA 3TR8A 2HBKA 4PL7A 1N8RO 3K59A 3D7EO 4AHUA 2X78A 4C8KA 2UXBK 5KGXA 3OHRA 1S1XA 4NLBA 3KK2A 3BDPA 1KRPA 4CGJA 4FJ8A 2FLOA 2WFBA 1BUPA 4GVMA 3A5OC 1ZYQA 4H5VA 4WE1A 4FLYA 1VQNN 3NH2A 2BDPA 2IC3A 1RBUA 3C6UA 1TYQA 3FZMA 1NGFA 2QW9A 4ID5A 4OJRA 3OY9A 4M3RA 2E1ZA 3IG1A 2P9SB 4FWLA 3UE5A 1LOTB 3BGRA 4CFDA 2R7YA 4KBOA 1YHQN 3QIOA 1DKGD 3DXMA 4GW6A 5AQGA 2IOCA 4BC4A 4X62K 2JGUA 1IH7A 1QHAA 5LL6Z 4CZFA 5C25A 3F9KA 4IG0A 3AO2A 1KTQA 2OA8A 4KHWA 2D5RA 4JRQA 4H5NA 4JN4A 3GL1A 4Q5VA 4FZXC 1D5AA 3VF4A 4OPHA 1ATRA 1J54A 5C42A 1Y64A 3RMDA 3AV9A 3TSUA 3ZETB 4XH4A 3ZCMA 3RSEA 3OJSA 2F7TA 5AQMA 3ZX0A 3VQAA 5GINA 2KTQA 3EY1A 1CLQA 4XIUA 1WSIA 2WBNA 4DLEA 1XWLA 2GTDA 3EZWA 3LDPA 4FSVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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