3JS6A

Crystal structure of apo psk41 parm protein
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
342
structure length
321
Chain Sequence
SNVYVMALDFGNGFVKGKINDEKFVIPSRIGRKTNENNQLKGFVDNKLDVSEFIINGNNDEVLLFGNDLDKTTNTGKDTASTNDRYDIKSFKDLVECSIGLLAREVPEEVVNVVIATGMPSNEIGTDKQAKFEKLLNKSRLIEIDGIAKTINVKGVKIVAQPMGTLLDLNMENGKVFKAFTEGKYSVLDFGSGTTIIDTYQNMKRVEEESFVINKGTIDFYKRIASHVSTPRMIEKGLEFKDEFYKEQDSLIEEVMSNFEITVGNINSIDRIIVTGGGANIHFDSLSHYYSDVFEKADDSQFSNVRGYEKLGELLKNKVEQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Uncharacterized ParM protein
publication title Structure and filament dynamics of the pSK41 actin-like ParM protein: implications for plasmid DNA segregation.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus
molecule tags Unknown function
total genus 98
structure length 321
sequence length 342
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17989 ALP_N Actin like proteins N terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3js6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3js6A01
1HKCA 3KVGA 2GWKA 5JLFA 3ULEB 2FSNA 3O4WA 3WQTA 4BR4A 1SAZA 3ZX3A 3VETA 5JMVA 2E1YA 4JN4A 1QQOA 1IJJA 1WUAA 4BRAA 5BPLA 4DCHA 3HBTA 5FPNA 3VENA 3ZX0A 4BRQA 4BVOA 3LDNA 3D2FB 4FWRA 5BR9A 5KPRA 2BUPA 1MDUB 1NBWA 4JHDB 1DGKN 4BR2A 1ESVA 2D4WA 1BA1A 4FOIA 5AQRA 3D7EO 4ISFA 4BRKA 1BDGA 3VERA 4FWQA 4O8KA 1HX1A 1ZBSA 3W0LA 5EX5A 4ISGA 2IVOA 3VEXA 5ELZA 3VGKA 4A61A 2CH6A 2P9IA 5AQOA 3H6EA 4H0OA 4BR5A 1IG8A 2YHWA 2Q36A 1CZAN 3CERA 3GDQA 4B9QA 1GLJO 2P9KB 4EHTA 3ENOA 1BWFO 4PL7A 2V52B 4HWIA 4XH1A 2FXUA 3VGLA 4B1UB 3HM8A 1DKGD 3R6MA 2Q2RA 3HI0A 4FPAA 4PKHA 4O5FA 2HF3A 4NO7A 2GELA 3SMPA 3L4IA 5EVZA 5AQGA 4JNEA 4WQ5A 2P9KA 4K25A 3H3NO 2P9NA 4BROA 2I7PA 4M7YA 1S22A 1ATNA 3FLCO 4BQLA 4IO8A 4EFHA 2YCHA 2CH5A 3HTVA 4FOEA 4JD2B 3M3ZA 1NGHA 4H0YB 3VEYA 2QWMA 4BREA 3VGMA 2KHOA 5BPMA 3EL2A 1XUPO 3AARA 3SMSA 3U9DA 2F9WA 3FZLA 1NWKA 5KPZA 4CBUA 2E2QA 4CI6A 4B1XB 3DJCA 4F9OA 2QWQA 4XH5A 5E26A 1U6ZA 3EKSA 2A41A 5AFUH 2A5XA 3WXIA 2VCPA 2W40A 1KAYA 1RGIA 3HSCA 2QW9A 4CZMA 4XH4A 4BRDA 3BEXA 2VYPA 4JD2A 3R9PA 3MCPA 3AAPA 4WQ4A 2YHYA 3D2EB 4XEIA 5CE3A 3AY9A 3QFUA 1BUPA 4H5VA 4B1WB 5EOYA 4FWSA 4BG8A 4WQ5C 2E88A 1SZ2A 4M63C 3GBTA 3LDPA 3R8EA 3KHYA 2ZF5O 3MN7A 3LDLA 1NGEA 5AQVA 3A5NC 3QMLA 1KAZA 3CQYA 2QWLA 3IMXA 4CZJA 4K42A 3VEVA 3LM2A 1BOTO 5BRHA 2A40A 4K41A 2CGKA 4CD3A 4Z94A 4B1YB 4BRFA 3D2EA 3IUCA 4H5NA 4RTFD 4EIAA 3VF4A 4MO4A 5AQQA 1TUUA 1RDWX 4MO5A 3EKUA 3VOVA 4LC9B 3MK6A 2QWPA 2W41A 5AQUA 2OANA 3P4IA 2VWBA 3EZWA 4FPBA 5FPDA 1QZ6A 1V4TA 5AR0A 3UB5A 3J8AA 3CJ9A 1C0GA 3C7NB 3CJ1A 3CJAA 4WQ4C 2V7ZA 1SQKA 1QQNA 4C23A 2FSJA 5AQPA 2P9NB 4BRIA 1Y64A 2E20A 3DXKB 1Z05A 1BO5O 2QWOA 3FZKA 5AQHA 4GY2B 4YDUA 1R59O 5TKYA 5AQIA 2DPNA 4FWNA 5EY4A 3FZMA 1GLAG 2A6AA 3MN5A 3G25A 4CD1A 4FWKA 4CZHA 3BUZB 1QQMA 3OHRA 3MN6A 4HTLA 2A42A 2P9UB 1V4SA 3SK3A 2QXLA 3C7NA 5FPMA 5F1XA 2ASMA 3GG4A 1U2VB 1NM1A 4BG9A 5AQWA 3MN9A 3VPZA 3EO3A 1DEJA 5I9EB 1Z6RA 2ASPA 3H45C 4BRPA 2P9LB 1NLVA 3ATVA 2Q97A 4BC3A 1KAXA 3I8BA 3VESA 3C0BA 3CJCA 3DXKA 1HUXA 3CJ7A 4CZGA 4L3QA 4BQZA 3S41A 3CQXA 2Q0UA 3BP8A 3W3DA 1TYQB 3F9MA 2QWNA 2GTDA 3QDKA 4CBWA 2BTFA 1GLDG 3O08A 1JCFA 2D0PA 2YJEA 3H1VX 5KQ8A 2ITMA 2P9UA 4FSVA 2ASOA 1JCGA 3WUHA 1U2VA 3BF3A 2AA4A 4FWOA 2GEMA 2AP1A 4PL8A 2YHXA 3H46O 3VEWA 3QBXA 5AQTA 3DAWA 4YDUC 2P9LA 2V7YA 1TUYA 5AZIA 4M7XA 1NGCA 1NGBA 3CJBA 5LJVA 2GUPA 3LDQA 4B1VA 3FE1A 3GE1A 4E1JA 4PKIA 5BRDA 5KPTA 1GLBG 5FPEA 1TYQA 2YI1A 3EN9A 2D0OA 1ATRA 5AQSA 4H5WA 2E2PA 4A2BA 2ZGYA 1H1VA 4EHUA 4BRMA 1HPMA 2NZTA 3H3OB 3LM9A 3DXMA 3WXLA 1YXQA 4FL9A 3QFPA 3GL1A 1YVNA 1NGIA 5AZJA 2PBDA 1QZ5A 4B1ZA 3ZX2A 3O1WA 3ZEUA 1NMDA 2FLOA 3FFKB 4A2AA 3MDQA 4MLHA 4BRNA 4CZIA 4H0XB 1X9JA 4KBOA 3U9ZA 5AQKA 2PAVA 4ISEA 5BPNA 3VF6A 2ZGZA 3A8YA 3A5MC 2E2NA 2Q0RA 3DWLA 3AAQA 2D1KA 2P9SA 3L6QA 2QWRA 3IDHA 4BRGA 5AQMA 1HKBA 4FWPA 3QICA 3U8XA 1HKGA 4BRCA 2GWJA 5AQLA 1MWMA 2Q1NA 3I33A 3O8MA 3FZFA 3CETA 3ENHA 5EXWA 4RCHA 4H0PA 2CGJA 1T6DA 4FWLA 4CJ7A 3JS6A 1GLLO 4NB4A 1K8KB 5LY3A 2QM1A 4EAHD 1X3MA 2HMPA 5BRFA 3ID8A 3MMVA 4A62A 3LDOA 4BC5A 4QS9A 2J4RA 1GLEG 3BF1A 2IIRA 4CZEA 1QHAA 5BN8A 4FWMA 3A5OC 5BN9A 2IVPA 1Q18A 1BA0A 3O6WA 1E4FT 4JAXA 2F9TA 4IJNA 4RWTA 4IXCA 3ULEA 1YAGA 4H5TA 1GLCG 2I7NA 2A3ZA 3WEEB 3SLCA 4DHYA 3M6GA 1C0FA 1NGJA 1JCEA 1ZXOA 4WYBA 2UYTA 4FO0A 3WQUA 4PKGA 3IFRA 3QBWA 4CBXA 4Y0WA 4H5RA 1NGDA 2IVNA 4QS7A 4DB3A 3UKRB 1P8ZA 1K8KA 2EWSA 3D2FA 3LL3A 5F0XA 4JHDA 4BC2A 3WT0A 3UKUB 2YJFA 1LOTB 5AZIB 2NRHA 2NLXA 5KQDA 1NGFA 2P9PB 3RSEB 1XQSC 4CZLA 1OKJA 3WXJA 5B8HA 4H0VB 4AM7A 1T44A 3U4LA 4AM6A 5AQNA 1EQYA 3TU5A 4GNIA 3L0QA 5AQFA 2V51B 2WUSA 1BU6O 3WEEA 4I6MB 4BR7A 3O1BA 3FR0A 4BR9A 3DXMB 3TPQA 4H0TB 1LCUA 2Q31A 3UKRA 3VEOA 5LJWA 1X3NA 1D4XA 5ADXH 2ZWHA 5AQXA 3VEZA 5AZJB 3A0IX 4BRLA 3UKUA 3ZEUB 1T6CA 3SJHA 4BRHA 5AQZA 2CGLA 5AQJA 2P9PA 1KXPA 3RSEA 2HF4A 1G99A 4BVPA 4CZFA 3JXUA 1WOQA 2FSKA 4IWVA 3ZETB 3FZHA 3CHWA 1RFQA 1ZC6A 4QS8A 2P9SB 4BGAA 2FF3B 4I6MA 1E4GT 3ATUA 2FF6A 1HLUA 3O5BA 1XC3A 3M1FA 3HZ6A 5JLHA 1J6ZA 2HOEA 1NGGA 3QB0A 5JICA 3WXKA 5ADXA 3GOIA 4H03B 4J8FA 3H1QA 1GLFO 4MLEA 1BG3A 1MWKA 2H3GX 1MA9B 3B8AX 4BC4A 5AQYA 1HJOA 1S3XA 5E84A 1NGAA 4DQ8A 4IJAA 5F2RA 3FGUA 3A5LC 2E1ZA 3UE5A 3ZETA 3KZBA 4IZ9A 5BREA 4K43A 4CZKA 1YUWA 3CI5A 3VF2A 4BGBA 4BR0A 2E2OA 5AFUA 3CIPA 1ATSA 2P9IB 2E8AA 3O80A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B3TK 2YNHA 2P5GA 3O4WA 4KREA 3O9TA 4MDAA 3QNOA 4CFBA 3IAYA 4KHQA 4CGHA 3HT3A 4BRAA 4PHTX 2G8VA 2HHTA 3C6HA 1GOCA 4W5OA 3VENA 3ZX0A 4BRQA 4CJUA 4I2QA 3LP0A 4B3MK 2F4VK 1T7PA 3TAPA 4JHDB 4DU3A 1VQ4N 5AQRA 4HHTA 4ISFA 3CD6N 1ZBSA 4L8RB 2XO7A 4ISGA 1QSYA 3HRGA 3ENBA 3VEXA 3SAGA 4FM0A 1VSLA 3RMAA 4H0OA 5M1NA 4ILJA 3PO5A 4AHRA 1VSHA 5A2QO 3CERA 3GDQA 1F21A 1YHQN 1NK0A 2PYJA 3RR8A 3ENOA 3MCAB 1N36K 1FW6A 2WONA 4DU4A 4BWJA 5H1SQ 3U3YA 2NRTA 3NDKA 1WNSA 3HM8A 3AA3A 1C1CA 3ALYA 3O4QA 1ILYA 1RBTA 3VQEA 1BCOA 4NO7A 4HCBA 3O3GA 5EVZA 4JNEA 4WQ5A 2NNWA 2P9KA 3T1YK 4FJ5A 2P9NA 1A5WA 3DOLA 4IO9L 3G6EN 2NRXA 4DR2K 3SV3A 3P39A 4PQUA 1JLEA 1ATNA 4CF9A 3QLHA 2YCHA 1RBUA 2CH5A 3OYNA 2VG7A 3VEYA 1ZBUA 4BREA 3VQQA 4HUGA 4CE9A 2OZSA 5EU7A 4FK0A 1Y97A 4Y1DA 3AARA 3OYAA 1NWKA 3TANA 4OKJA 1Q9YA 4KAZA 3QO9A 1S1VA 2UXDK 1YIJN 5AFUH 2A5XA 3WXIA 2NRZA 4JLHA 3MX5A 4V19S 2FBYA 4CZMA 4XH4A 5HRPA 3BEXA 3DRPA 2VYPA 4JD2A 2UUCK 2HBLA 2QEXN 4GV3A 2QKBA 4W5RA 4M3RA 2Z1JA 1RBVA 3CG7A 3QFUA 4H5VA 4CEEA 4KKOA 1YVUA 5EOYA 3VQDA 1YITN 4Z4HA 2E88A 1ITGA 1TL1A 3GBTA 4KPYA 4CJ4A 4CGDA 4DV3K 3R8EA 4DFKA 3DOKA 3MN7A 3SPZA 3EY1A 4LSLA 3LDLA 5AQVA 4CEAA 4BY9C 3KLEA 3CQYA 5CY4A 4K8ZA 4FJMA 4E7HA 4DV2K 3TAGA 4BRFA 3D2EA 4CF2A 4H5NA 4ZTJA 1NK5A 4M41A 4OGCA 3VF4A 4MO4A 1VQMN 5AQQA 1TUUA 4IKFA 5FDLA 1SL1A 5CZ1A 5JS2A 1VQ7N 4FXDA 2DTUA 2QWPA 4RW8A 1VSEA 4CF8A 3LPUA 2KLAA 3EZWA 4DTXA 3KTQA 1QZ6A 4IEEA 3CJ9A 1IBLK 4M3XA 1C0GA 1KLNA 3CJ1A 4HCCA 4IFVA 3OJSA 2IGIA 1SQKA 3IS9A 4DUZK 3HOTA 5AQPA 2QK9A 3I0RA 4H4OA 2O8CA 1D5AA 4DSJA 1Z05A 3QEVA 5AQHA 1HNVA 1GOAA 1L3UA 5TKYA 4NYFA 5AQIA 1BCMA 3QEIA 4JK7A 3NHGA 4LF7K 5CHIA 3MN6A 1NK4A 2A42A 3ZSYA 2QTDA 5HL7L 1U2VB 3WXMB 5AQWA 4IEIA 3TI0A 4KTWA 1DEJA 4X66K 3VESA 4C8LA 3C65A 3CJ7A 4W5NA 5J2QA 4BQZA 2B5JA 4CJFA 3M8QA 5C10A 1RT4A 4DLGA 4JI5K 4BACA 1TYQB 3F9MA 4FZYA 1IBKK 2QWNA 2GTDA 3CCVN 2BTFA 3J80O 3O08A 1L5UA 3SNNA 2D0PA 2YJEA 3H1VX 2P9UA 4FSVA 5LMNK 1N33K 3AVMA 2AJQA 2QA4N 3O4NA 2GEMA 2YHXA 4KO0A 3QESA 3DAWA 4YDUC 1VQ6N 1CLQA 3SBTA 3OVNA 4IFEA 1NGBA 4N56A 4B1VA 3FE1A 4E1JA 1JLGA 5BRDA 1GLBG 3M5RA 3EN9A 3CF5L 1ATRA 3KK1A 5AQSA 4G9ZA 4H5WA 1WSHA 2ZGYA 4KH6A 3C95A 2GUIA 4EHUA 1HYVA 1YXQA 4DLEA 3N4PA 1NGIA 1QZ5A 3R1XA 1XI1A 3I8DA 3OYFA 1RT7A 3V1OA 1WB9A 3OBYA 4IG0A 4AHVA 4BRNA 3CC2N 2Z1GA 4H0XB 1X9JA 4KBOA 2B6AA 2FBXA 4E19A 2PAVA 1VSDA 1NG9A 4BE1A 2ZGZA 1HNWK 2O8BB 4PWDA 1VK0A 1EWRA 3VQAA 4YOTA 1B92A 3JYTA 3KWGA 1HKBA 3CCSN 1HKGA 2GWJA 4B3OA 2Q1NA 1EETA 3CETA 3E01A 3ENHA 1S1UA 4RCHA 4H0PA 2CGJA 1VSJA 3V81A 3PX0A 3C6UA 5LY3A 3PUFA 1S1TA 3QNNA 3ID8A 1RTDA 1X1PA 3MMVA 4DTNA 4Z4FA 3RR7A 4QS9A 4ILHA 4B3SK 3THWB 3TAMA 3A5OC 1CZ9A 4RW6A 3R3LA 3CPEA 4N5SA 1E4FT 4JAXA 4IJNA 3SUNA 2YNFA 4H5TA 1NMNA 2A3ZA 2I7NA 4AHTA 1NGJA 1NK6A 5JVHL 4CHQA 1EP4A 1SUQA 5IT9O 2F8TA 4PKGA 3IFRA 3QBWA 3OYLA 5GIOA 4H5RA 3CMAN 2JGUA 4QS7A 5GAGP 4JK8A 4JEPA 4DB3A 4LF5K 3O9RA 2O8EA 2EWSA 3DLEA 3OYBA 4W5QA 4JHDA 5DM6L 5AZIB 4N76A 2NLXA 5GINA 3VTIA 1DTQA 3RSEB 1XQSC 5C2DA 5IWAK 4AM6A 5AQNA 1EQYA 2OYQA 4GNIA 3LWLA 5AQFA 4FJJA 3VQPA 3WEEA 4ZHRA 4KHUA 3HJFA 4I6MB 1KFSA 3SQ0A 3UIQA 4AHUA 3DXMB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4BR7 A;  3O1B A;  5C15 A;  1ASW A;  1N6Q A;  2BDP A;  1VSI A;  4Z4G A;  3OS0 A;  3I55 N;  1YJ9 N;  3TPQ A;  1SKR A;  3UKR A;  3VEO A;  2BGG A;  1X3N A;  1UOC A;  2ZWH A;  3VEZ A;  1MU2 A;  4BRL A;  2XHB A;  4K0K K;  1T6C A;  4BRH A;  4O44 A;  2E6M A;  5GAD P;  2P9P A;  5J2N A;  1FXX A;  1SV5 A;  5DM7 L;  1G99 A;  1TVR A;  1T05 A;  1KVA A;  4DKW A;  1WOQ A;  2HHS A;  3ZET B;  4CHO A;  1XNR K;  1SL0 A;  1RFQ A;  1SL2 A;  1KVC A;  4JRP A;  1IKY A;  1E4G T;  1J6Z A;  4KH4 A;  5JIC A;  3KKR A;  1HQU A;  2YNI A;  4K8X A;  3WXK A;  1YJW N;  4J8F A;  2B4J A;  3BZK A;  3H1Q A;  1LW2 A;  4IDK A;  1GLF O;  1VSK A;  4F3T A;  4DF8 A;  1HJO A;  1X9S A;  1J9A A;  4M3W A;  5F2R A;  1S1X A;  2X74 A;  3A5L C;  1WLJ A;  3UE5 A;  3KK2 A;  1OH6 A;  4IZ9 A;  2HW3 A;  4DQI A;  3CI5 A;  4CJV A;  1U49 A;  1QE1 A;  4E1M A;  1M1K O;  1JLQ A;  5AFU A;  3K59 A;  3DYA A;  2X78 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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