3JS6A

Crystal structure of apo psk41 parm protein
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
342
structure length
321
Chain Sequence
b'SNVYVMALDFGNGFVKGKINDEKFVIPSRIGRKTNENNQLKGFVDNKLDVSEFIINGNNDEVLLFGNDLDKTTNTGKDTASTNDRYDIKSFKDLVECSIGLLAREVPEEVVNVVIATGMPSNEIGTDKQAKFEKLLNKSRLIEIDGIAKTINVKGVKIVAQPMGTLLDLNMENGKVFKAFTEGKYSVLDFGSGTTIIDTYQNMKRVEEESFVINKGTIDFYKRIASHVSTPRMIEKGLEFKDEFYKEQDSLIEEVMSNFEITVGNINSIDRIIVTGGGANIHFDSLSHYYSDVFEKADDSQFSNVRGYEKLGELLKNKVEQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Uncharacterized ParM protein
molecule tags Unknown function
source organism Staphylococcus aureus
publication title Structure and filament dynamics of the pSK41 actin-like ParM protein: implications for plasmid DNA segregation.
pubmed doi rcsb
total genus 98
structure length 321
sequence length 342
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17989 ALP_N Actin like proteins N terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3js6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3js6A01
1Z6RA 1U2VB 1NGEA 1BUPA 5JMVA 1Y64A 4BR2A 3VERA 2Q2RA 5FPNA 3D7EO 3FZHA 5FPDA 4LC9B 3UE5A 4BQZA 5F2RA 1QHAA 2FSKA 4AM6A 1NGIA 1P8ZA 2HMPA 3M6GA 4CJ7A 3A5LC 1QQOA 1V4TA 2GWKA 2YHXA 1ATNA 2QXLA 4MO5A 3EKUA 3GE1A 3CIPA 4H0XB 1WUAA 3VGMA 5AFUH 3HBTA 3DXMA 3JXUA 5AQOA 1ATRA 1EQYA 1DGKN 1NGGA 2VCPA 5AQTA 2E2QA 5F1XA 4MO4A 5LY3A 5E26A 1NMDA 4EIAA 2AP1A 3OHRA 1BO5O 4XH5A 1K8KB 1TUYA 3UB5A 5EOYA 3CERA 2CGJA 3JS6A 3VF6A 1HPMA 3ENOA 3FZMA 2QW9A 4FO0A 4QS7A 1MWKA 1KAZA 1C0GA 2FLOA 3VEVA 4CBUA 1S22A 3B8AX 4EHTA 2P9IB 2QM1A 5EY4A 4BC3A 1HKBA 4YDUC 4DB3A 2V7YA 4B1XB 4FWLA 4K25A 4WQ4C 2Q97A 3RSEA 3U9DA 3WT0A 2CH5A 3CETA 3QDKA 5FPMA 3ZX0A 3ZETA 2YHYA 2DPNA 5EVZA 1GLCG 5JLHA 4JAXA 3VENA 1ESVA 4B1YB 5BREA 3I33A 4FOIA 3WXJA 5BPMA 1KXPA 5AR0A 5AQRA 4DHYA 3HI0A 4I6MA 1X9JA 1NM1A 4BGBA 4BRKA 5KPZA 4I6MB 3MCPA 1ATSA 2FXUA 3EN9A 3O08A 4RTFD 3H6EA 4FPAA 5AQVA 5BPLA 3HM8A 2W40A 3QBWA 4BRPA 2IIRA 5AZJB 3AAPA 3D2EB 3J8AA 3L0QA 4FWMA 1J6ZA 3A0IX 3LDNA 4IWVA 3W0LA 3MN5A 4IJAA 2KHOA 4RCHA 2A42A 2D0PA 1IG8A 4CZGA 4XH4A 1DKGD 3SK3A 4FWNA 4EAHD 1GLAG 3U9ZA 3MMVA 2E2OA 2IVPA 1HX1A 1GLDG 2FF3B 3ENHA 1SQKA 3D2FB 1MDUB 1ZXOA 2HOEA 1C0FA 4JNEA 5AQKA 5B8HA 2NRHA 4A2AA 2PBDA 4PKGA 3AAQA 3A8YA 1NGCA 3I8BA 4JHDB 4A2BA 3DXMB 4O5FA 3SJHA 1JCGA 1WOQA 4HTLA 3ZEUB 1NGFA 3FFKB 5AZIA 5EXWA 2VYPA 2P9LB 1BWFO 2HF3A 4CBWA 1BG3A 1HKGA 2H3GX 4A61A 1D4XA 3FR0A 4B9QA 3BEXA 3DAWA 5BR9A 5I9EB 3EL2A 5CE3A 1RFQA 5KQDA 2I7PA 5ADXH 1XQSC 3LL3A 3ZX2A 4BRCA 1HLUA 3MK6A 4FWQA 3WXLA 2A41A 3BF3A 5BRHA 3C0BA 4BRDA 5AQLA 4GY2B 4C23A 3CJ7A 1YUWA 3BF1A 3GBTA 4NO7A 4H0YB 1MWMA 2QWLA 4EHUA 3LDLA 3QFPA 1E4GT 2Q0UA 2Q36A 2A3ZA 1BU6O 4BRNA 2ZWHA 2GUPA 3DJCA 2BUPA 5AQQA 2QWOA 3MDQA 4XEIA 1R59O 2Q31A 5ADXA 1QZ5A 3QFUA 4B1UB 3SLCA 4FL9A 4M7XA 4FWKA 3GOIA 3SMPA 3IFRA 3P4IA 3CQXA 2Q0RA 3KHYA 2GWJA 1GLLO 4Z94A 4IJNA 3ULEA 3A5MC 3CJ9A 5AQNA 4EFHA 3UKRA 2V7ZA 3EKSA 4H0OA 1YXQA 4FOEA 4H5NA 4H5VA 4ISFA 4A62A 4JD2B 4BRHA 4CZIA 5E84A 4BRAA 3CJBA 4PL7A 3FLCO 4BGAA 4FWOA 4CZLA 1KAXA 3TU5A 3VESA 4K42A 2QWNA 4BC5A 3H46O 1NGAA 5AZJA 4BG9A 3WQTA 1QQMA 3MN7A 3W3DA 1NGBA 5BPNA 2ASPA 1NGJA 3HTVA 4GNIA 4J8FA 2P9KB 4WQ5A 3FE1A 2GEMA 3CJCA 4CZEA 3EZWA 1T44A 2E1ZA 4JHDA 3AY9A 1LCUA 5AQZA 3ATVA 2GTDA 4FWRA 3CHWA 4BRGA 2ZGZA 4BR0A 4BRQA 3ZETB 3UKUB 4H5WA 4CD3A 2Q1NA 3ZEUA 3U4LA 2A5XA 2P9UB 5JLFA 3GG4A 4CZMA 5KPTA 2YJEA 3VEWA 3S41A 4YDUA 3R9PA 2P9UA 2F9TA 4MLHA 2E8AA 2P9NB 5BN8A 2D1KA 4FWPA 4JD2A 2QWQA 4BRFA 5BRDA 2E88A 4MLEA 2D0OA 3VGKA 1X3MA 3CI5A 3KZBA 1YVNA 1DEJA 4BRLA 4M63C 4CI6A 1K8KA 5LJWA 4CZFA 2E2NA 4BR9A 3D2EA 3FZLA 1HUXA 1MA9B 1U6ZA 3BUZB 1SZ2A 3DWLA 5AQWA 4H5TA 1G99A 1SAZA 4KBOA 3FZKA 4H5RA 3AARA 4BC4A 1GLEG 1NBWA 3WXIA 5AQGA 1T6DA 4H0VB 2QWRA 5AQXA 4B1VA 3R6MA 4BVPA 4CZHA 3HSCA 2YHWA 3WXKA 2E2PA 1RGIA 3EO3A 3ZX3A 1BOTO 1GLFO 3VPZA 2UYTA 2NZTA 5BN9A 1BDGA 2IVOA 4CBXA 2FF6A 5KQ8A 4ISEA 5AQIA 3VEOA 5ELZA 2A6AA 5AFUA 2HF4A 2CGLA 1S3XA 2VWBA 5AQJA 4HWIA 2I7NA 3M3ZA 3ULEB 3R8EA 1LOTB 3FGUA 1OKJA 2BTFA 2WUSA 2YJFA 5AQSA 4WQ4A 3UKRB 4FSVA 2CGKA 1BA1A 2A40A 3M1FA 2NLXA 3WEEA 3QB0A 4L3QA 4B1ZA 4ISGA 4IO8A 2EWSA 3CJAA 3IDHA 4JN4A 3H45C 4Y0WA 2V52B 3GDQA 3GL1A 4FPBA 1H1VA 1XC3A 4NB4A 3QMLA 1XUPO 5AQYA 3IUCA 1T6CA 3O5BA 3U8XA 1BA0A 4BREA 3HZ6A 1TUUA 1KAYA 3LM9A 2ITMA 2ZF5O 3H3OB 1U2VA 2P9KA 3O1WA 4PKHA 3VF2A 3H1QA 2ASOA 5AQMA 2ASMA 5AQUA 3LDQA 4F9OA 1GLBG 3UKUA 4CZJA 4O8KA 2W41A 3O1BA 4K41A 4BROA 3RSEB 4CD1A 3H1VX 3D2FA 3WUHA 4BRMA 4BVOA 3CQYA 1ZC6A 5AZIB 2P9LA 4WYBA 5AQFA 5JICA 4M7YA 3MN9A 1X3NA 2FSJA 5TKYA 1HJOA 2OANA 3A5OC 5BRFA 1NGHA 4H0PA 4H0TB 3H3NO 1NGDA 3O6WA 2V51B 2YI1A 4H03B 3C7NB 4WQ5C 4AM7A 3DXKA 2J4RA 1ZBSA 1HKCA 2ZGYA 3CJ1A 4FWSA 3A5NC 2QWMA 4B1WB 4RWTA 4PKIA 1E4FT 2P9IA 3DXKB 5FPEA 1QZ6A 4QS9A 3SMSA 3BP8A 2D4WA 1V4SA 4BR7A 2FSNA 3G25A 5AQPA 3VOVA 2P9SB 3VF4A 2AA4A 4BRIA 2YCHA 4BR4A 3MN6A 5EX5A 1RDWX 2E20A 3F9MA 1JCEA 5AQHA 3QICA 4QS8A 4DQ8A 3VGLA 4CZKA 3ID8A 3TPQA 1GLJO 2E1YA 1Q18A 4BR5A 3L4IA 4K43A 1NLVA 3IMXA 4PL8A 5KPRA 3O80A 2F9WA 3L6QA 2IVNA 3LM2A 4IZ9A 3VETA 2CH6A 3WQUA 4BG8A 2GELA 3O4WA 1IJJA 1TYQA 3VEXA 2P9PA 4DCHA 3LDPA 4BQLA 1JCFA 3WEEB 3KVGA 3FZFA 4BC2A 1TYQB 2QWPA 1QQNA 2P9PB 3ATUA 1Z05A 3VEYA 1NWKA 3LDOA 5LJVA 1YAGA 2P9NA 4XH1A 3O8MA 2PAVA 1CZAN 3QBXA 4IXCA 3C7NA 2P9SA 5F0XA 3VEZA 4E1JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NH2A 1Z6RA 1U2VB 1NGEA 1BUPA 4PY5A 4JEPA 1A5XA 2KZMA 3KK3A 2KZZA 3P39A 4BY9C 1KQSM 4K8XA 5M1KA 2P51A 2RN2A 5CZ1A 5FROA 4BQZA 4L8RB 3RRHA 2BH1A 4AM6A 1NGIA 1P8ZA 3THWB 4FZZA 4Z4EA 1V4TA 3J7ZO 2F96A 1TVRA 2QXLA 1JLFA 1NKEA 4MO5A 3GE1A 4KH4A 4H0XB 1WUAA 2FBXA 3AO3A 5AQOA 3AO2A 1EQYA 1NGGA 2VCPA 4J2EA 4KREA 5F1XA 1N34K 1NMDA 2O8DB 1TUYA 3UB5A 2QA4N 1HPMA 3FZMA 4O0JA 2O8BB 4FO0A 4E89A 3CC7N 3V9WA 1IKXA 2ZE2A 3QNOA 4MDAA 1S22A 2FBTA 4EHTA 2QM1A 5EY4A 4F4KA 4M3ZA 4FW2A 2DFFA 2HHWA 4B1XB 3RSEA 4OGEA 4GV3A 3ZX0A 4IO9L 3C94A 3TTCA 4WF9L 1ESVA 4CJEA 2HNDA 2OTJN 4DQPA 3L2RA 5AR0A 4DHYA 4AH9A 5CZ2A 1NM1A 3TWHA 5DM7L 4BRKA 5JS2A 4I6MB 1MU2A 3QNNA 1ATSA 2FXUA 1VQNN 5AQVA 1YHQN 2VWKA 1BCMA 1HR0K 4DFMA 3J7YP 2HBJA 4LFCK 1S1TA 4N41A 4FLTA 4FJKA 5AZJB 3AAPA 2P5GA 3T7ZA 4FWMA 4H8KA 2HHSA 3W0LA 3O9UA 1HMVA 2KHOA 3NMUA 3L2WA 4RCHA 4JKAA 3SAHA 4E7JA 2KQ2A 5KRTA 4BDYA 2Y1IA 3U9ZA 3MEEA 4DQRA 4NCAA 1B9DA 1B9FA 4ILGB 1WSGA 1OH5A 1RTHA 3NF8A 3D2FB 4V19S 5AQKA 5CR4A 4AHTA 1M90O 4JK7A 3DXMB 4O5FA 2WFBA 1WOQA 3KK7A 2WC9A 4PA1A 1SS6A 3KKSA 1NGFA 5EXWA 2HF3A 4C8OA 3DMJA 4CBWA 4B9QA 4CHOA 1RFQA 3MWTA 5J1EA 4FJ8A 1BGXT 2I7PA 3V1RA 5ADXH 4CFAA 3AGRA 3ZX2A 1WLJA 4BRCA 3WXLA 4CEFA 5BRHA 2UXCK 4YOVA 4AILC 5I3UA 5J2QA 5CYMA 4LF8K 2OZMA 1BIZA 1JKHA 3V4IA 4IG0A 3MXJA 4C23A 4CJSA 1YUWA 3BF1A 3NFAA 3NH1A 1K73O 4H0YB 2O4GA 3LDLA 3QFPA 4X62K 3T3FA 2O8CB 3L3UA 4OPJA 4B8CA 3ASMA 4XEIA 2Q31A 4R79A 2RE2A 1ZBIA 4FK2A 4FL9A 3VQ9A 4CGHA 4CCHA 1U48A 4FM2A 2G8KA 2GWJA 1C1AA 4Z94A 4B3OA 3EZ5A 3CJ9A 4EFHA 4Y1DA 4CHNA 3K2PA 1TL1A 2V7ZA 3EKSA 4DV3K 4FOEA 3ZT0A 5J2PA 4DV2K 3RWUA 4KTZA 1TKXA 4DSJA 3SV4A 3OYAA 3WNFA 4JD2B 4BRHA 2F8SA 4BRAA 4LSLA 3NGIA 3Q7CA 3HSTB 2O8EA 5DM6L 3TU5A 3VESA 5LMNK 1JXEA 4IFVA 1ZBFA 4X65K 2HBLA 5GAGP 2O4IA 3PV8A 2GBZA 3CJCA 4OLAA 4CZEA 1NU0A 3C95A 1T03A 3K0SA 2ZGZA 4W5QA 3ZETB 4CD3A 2EHGA 1C1CA 4BE2A 3THXB 2QKBA 2Q1NA 2OTLN 4DKWA 3F9KA 3HVTA 4YDUA 3P5JA 4DR6K 2QTDA 3VQEA 1N32K 2E8AA 2P9NB 3S9HA 5FRNA 2D1KA 3VN5A 4BRFA 4CK1A 4QOZB 4DSEA 4MLEA 3LZJA 3VGKA 4DS4A 2YX6A 1VSJA 3E66A 1KVAA 3KZBA 4QAGA 4CF9A 3VQ4A 4KTWA 4CI6A 2IS3A 4IFYA 4CZFA 4BR9A 3T1HK 1HUXA 4CJRA 3SUQA 4FLUA 4KI4A 1E3MA 4H5TA 3EY1A 3E9OA 1G99A 2RHKA 3OBYA 3P83D 4KBOA 3U3YA 4PQUA 3WXIA 4ZTFA 3CCEN 1JXBA 3PUFA 3CMEN 4CEEA 4FLWA 2VGNA 3ZX3A 2UYTA 4CHQA 5BN9A 1BDGA 4WFAL 1ZBLA 5KQ8A 4GV9A 3LANA 2O8FA 1HNWK 3TI0A 3VEOA 4H4OA 5AFUA 4DR1K 2X6SA 1RBSA 1C6VA 4KO0A 3SUOA 3UKRB 2A40A 1VK0A 4RW4A 1WAJA 3WXMB 4JKEA 1WB9A 4ELUA 4ISGA 1UOCA 4JN4A 4FJIA 1C0MA 4KV8A 1WSHA 1L3VA 1H1VA 3O5BA 5GINA 3U8XA 1RTDA 3LM9A 3R3LA 3HOSA 5GAEP 1EO1A 1U2VA 2F7TA 4PKHA 3WNHA 1QQCA 3NGZA 4ILJA 3U3GA 5AQMA 1RT1A 3LPUA 1WNSA 3P1GA 5AQUA 4AHCA 4RW7A 4FK0A 5SWMA 4O5BA 4JI2K 1XNQK 2W41A 4C8MA 3LAKA 1RTJA 3SZ2A 1IBMK 3MEGA 3D2FA 3D0PA 2D0AA 4YHHK 4WYBA 1UAXA 3HYFA 3O3HA 3A5OC 1NGHA 3CPEA 4H0PA 4FCYA 3H3NO 4H4MA 1NGDA 4KFBA 1LAVA 4H03B 3BGRA 2J4RA 1OVQA 2OZSA 2OPQA 4E7LA 4DUYK 1Y97A 4W5TA 4TSXA 2P9IA 4NXNK 2UUCK 3BP8A 2D4WA 1V4SA 4FJ7A 3OYGA 3OYCA 2O8BA 2E4LA 2ATQA 3VF4A 4B9UA 4GW6A 3ZSVA 1VQON 1Z25A 3NVMA 1RDWX 4W5OA 3KTQA 3TSPA 1ILYA 3RRGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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