3W3DA

Crystal structure of smooth muscle g actin dnase i complex
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
374
structure length
373
Chain Sequence
EEETTALVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHSFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Refined structure and solvent network of chicken gizzard G-actin DNase 1 complex at 1.8A resolution
rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin, gamma-enteric smooth muscle
total genus 122
structure length 373
sequence length 374
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3w3dA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3w3dA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3w3dA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3w3dA04
5AQQA 4BRLA 3D2FA 3LDPA 2E1YA 4EFHA 5AQYA 2GWKA 4IJNA 4CZIA 5FPNA 3KZBA 3QICA 3O6WA 4JNEA 3BF3A 3LDNA 4BREA 4H0VB 4B1ZA 5BN9A 3SMPA 2E8AA 3ULEA 3CETA 3MMVA 4PL7A 4BRKA 4M7XA 1MWMA 3LL3A 5F2RA 5AQJA 4HWIA 2QWLA 3BP8A 2E2OA 4B1UB 4QS7A 1QZ6A 3EO3A 3FZFA 1QZ5A 3ZETB 4PL8A 3QBXA 1Q18A 4CBUA 2ASOA 3GE1A 1NGBA 5AQFA 4BR5A 3U4LA 1XUPO 2QM1A 4BGBA 2Q31A 3H46O 2CGKA 5AZJB 2P9KB 3DXKA 2NRHA 3FZLA 3QDKA 2I7PA 1XC3A 4BRAA 4AM7A 3SJHA 5AQPA 3FE1A 3AARA 3ZX2A 1SZ2A 5ADXA 2BUPA 4WYBA 1HKGA 4JHDA 5KQ8A 3IDHA 4FWOA 3H3OB 1T6CA 1DEJA 5AR0A 1HKBA 2PAVA 3VEZA 3CHWA 2CGJA 4CZLA 4CI6A 2A5XA 2Q1NA 1C0GA 1MWKA 4BR9A 4FWPA 5EVZA 3ENHA 1ZXOA 2Q97A 3A5OC 5AQKA 3U9ZA 3GL1A 1X9JA 3CI5A 1QQMA 4EAHD 2QWQA 2P9LA 3U8XA 3VEOA 4GNIA 5KPTA 2P9NA 4DCHA 1HPMA 3F9MA 3MN6A 4K41A 3WUHA 4Y0WA 3HSCA 4PKGA 3WEEB 4XEIA 4H5TA 3WXKA 3CIPA 2E2NA 2P9UA 5B8HA 3C7NA 2QWNA 4H5RA 5LJVA 4BQZA 5BPMA 4MO4A 3H3NO 2E20A 2D1KA 1IG8A 2BTFA 4FPAA 5AZIA 4O8KA 3CJBA 1BWFO 4CZKA 1HLUA 4FWQA 3H45C 3ZX0A 2FLOA 1ZBSA 1BG3A 4I6MA 4KBOA 3VEXA 2ZWHA 2YI1A 3HI0A 4LC9B 1OKJA 4O5FA 2D0OA 4JAXA 3FLCO 3WT0A 3ZEUA 3HM8A 3R6MA 3ATUA 2HF4A 1LCUA 1GLFO 3EL2A 4GY2B 3RSEB 4IXCA 3WXIA 2P9PA 3GDQA 2NLXA 1NWKA 3QBWA 3SK3A 2IIRA 2YCHA 2Q0RA 3FZMA 5FPMA 3FGUA 3VGKA 1X3NA 4YDUC 3FFKB 1YXQA 1YUWA 2ASPA 4PKHA 4DHYA 3P4IA 4IZ9A 3O1BA 2P9SA 4BC4A 4BRHA 4EIAA 3O1WA 3R9PA 1E4FT 2CGLA 1K8KA 3TU5A 1QQOA 5JLFA 2V51B 2V7YA 3H1VX 3IFRA 2E2QA 4FO0A 3CERA 3A5MC 1NLVA 4BGAA 2NZTA 2Q36A 3DXMB 3VEYA 3U9DA 1HJOA 1T44A 1TUYA 3CQYA 1GLCG 1TYQA 5AFUH 4BRGA 4BR0A 4A2BA 4BR2A 1RGIA 3VETA 1IJJA 3ZX3A 3LM9A 2QW9A 4RCHA 4WQ5C 4BRIA 1ATRA 1WUAA 2CH5A 3EKSA 4BC2A 1NGDA 5AQUA 4IWVA 4XH5A 3MDQA 4CBXA 4BC5A 3L4IA 2FF6A 2YJFA 4EHTA 5BR9A 5FPDA 4FWSA 5E26A 3IMXA 3S41A 1SQKA 4H5NA 1CZAN 1GLEG 1Z05A 4H0YB 1KAXA 3EZWA 1T6DA 1NGIA 3BEXA 4CZFA 4CZJA 3LDQA 4FWRA 4B1WB 2CH6A 3VF4A 1V4TA 2E1ZA 4FOIA 4L3QA 5BRDA 1NGAA 3C7NB 1E4GT 4A62A 3FZHA 1BUPA 4H0OA 3IUCA 1RDWX 2F9TA 1JCEA 5EOYA 4A2AA 5AZIB 2DPNA 4H5VA 2AA4A 4BRFA 1NGFA 1U2VB 2FXUA 3W0LA 1HX1A 1GLDG 3KVGA 3MCPA 5AQIA 4BRCA 3C0BA 3WXJA 3A0IX 4FOEA 5AQOA 5AQLA 1KXPA 4K25A 1NGCA 1GLBG 2P9KA 5AQXA 3UKRB 3QB0A 4IJAA 5F0XA 2ZF5O 3HZ6A 4QS8A 1G99A 3SLCA 4CBWA 3DWLA 3MK6A 4RTFD 5AQGA 2P9IA 4JD2A 1R59O 4WQ4C 3GBTA 2V52B 1S22A 5AQSA 3LDLA 1YVNA 3WQUA 3D2EA 1HUXA 1NGHA 1U6ZA 4DB3A 5FPEA 2FSKA 1SAZA 2YHWA 5ADXH 3VGMA 4F9OA 4FSVA 2EWSA 2F9WA 3DAWA 1WOQA 3MN7A 3I8BA 5BRHA 3EN9A 2H3GX 4PKIA 1MDUB 1GLLO 2E88A 5EXWA 1RFQA 3AAPA 3D2FB 3O08A 5ELZA 3WEEA 2QWMA 1HKCA 5BPNA 5AQWA 4Z94A 1NM1A 4JN4A 5AQTA 3VERA 2AP1A 4YDUA 1Z6RA 3WXLA 4RWTA 3CJ1A 4H0TB 3ULEB 1TUUA 5CE3A 3FR0A 1NMDA 5I9EB 3CJ9A 4IO8A 3B8AX 1KAYA 4BVPA 4CD1A 1NGGA 5BREA 5EX5A 2FSNA 4H0XB 5LY3A 4M63C 4NB4A 4B1YB 3ATVA 2GUPA 2GTDA 5LJWA 1ESVA 5JLHA 1NBWA 4FL9A 1ATNA 3RSEA 2VYPA 3VGLA 4FWLA 3VEWA 5E84A 4B1VA 1Y64A 2QWPA 1X3MA 1KAZA 3O80A 1BU6O 2ITMA 1JCFA 3DXKB 2IVOA 3GOIA 3UKUA 2GEMA 1JCGA 5JMVA 4XH1A 3DJCA 2E2PA 4BC3A 1XQSC 5KPRA 3BF1A 2OANA 2ASMA 4K43A 1D4XA 4JHDB 4WQ5A 3LDOA 5AQZA 2A41A 1BA0A 4QS9A 4H0PA 4NO7A 5AQVA 3VPZA 1EQYA 3WQTA 2IVPA 5BN8A 3I33A 2QXLA 1BOTO 3FZKA 3CQXA 1DKGD 3ENOA 1MA9B 2ZGYA 3M3ZA 3A8YA 3DXMA 4M7YA 3HTVA 2VCPA 2J4RA 3JS6A 2P9LB 4BG9A 4BR7A 2P9NB 3QMLA 3VENA 1C0FA 1NGJA 4ISFA 2HMPA 1V4SA 2P9UB 3EKUA 1H1VA 1BA1A 4H5WA 2W41A 5BRFA 3VEVA 3O5BA 4A61A 3ZETA 3CJ7A 3GG4A 5AQHA 4CZEA 4E1JA 4H03B 3OHRA 2KHOA 1J6ZA 2UYTA 1NGEA 2P9IB 4JD2B 2FSJA 3M1FA 2PBDA 2V7ZA 4FWNA 3L6QA 5AQMA 3W3DA 4MLEA 4I6MB 5AZJA 3D2EB 3CJAA 4BROA 2I7NA 3HBTA 4BRPA 3ZEUB 2Q0UA 3AAQA 1ZC6A 4MO5A 1S3XA 3VF2A 2YHYA 3UB5A 2P9PB 2QWOA 1QHAA 5KPZA 2A42A 3BUZB 2WUSA 3CJCA 4CZMA 5F1XA 3VESA 3A5LC 3G25A 4MLHA 1ATSA 2P9SB 2W40A 4WQ4A 4FWKA 4C23A 4B9QA 4ISGA 1YAGA 1K8KB 4B1XB 4BVOA 3QFUA 3D7EO 4CJ7A 1BDGA 3MN9A 4K42A 1U2VA 5AQRA 5AFUA 5AQNA 2GWJA 3L0QA 2HOEA 4BRMA 3M6GA 2GELA 4FPBA 3KHYA 4CZHA 1QQNA 3UKRA 3H1QA 3J8AA 1BO5O 3TPQA 5BPLA 1DGKN 1TYQB 2Q2RA 5KQDA 2HF3A 5TKYA 3H6EA 3QFPA 4BRNA 3UE5A 2ZGZA 2A6AA 1LOTB 4CD3A 3VF6A 3MN5A 4BG8A 4DQ8A 3A5NC 2IVNA 3UKUB 4CZGA 4EHUA 3O4WA 4AM6A 4HTLA 2YJEA 2D4WA 1P8ZA 3R8EA 3ID8A 3JXUA 1GLJO 4J8FA 5EY4A 2FF3B 3VOVA 3O8MA 4FWMA 2VWBA 4BRQA 4BR4A 4ISEA 5JICA 1GLAG 4BQLA 2D0PA 2QWRA 3LM2A 4XH4A 3SMSA 2A3ZA 4BRDA 2YHXA 3AY9A 2A40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A5XA 5K14A 3TSPA 3KD5E 3D2FA 3LDPA 3PUFA 3SQ2A 2WOMA 4NCAA 2GWKA 4IJNA 4JNEA 3O6WA 4IDKA 4B9SA 3BF3A 5BN9A 4KI4A 2E8AA 3CETA 3SAFA 3MMVA 4O8UA 4FZXC 3SCXA 4HWIA 2Z1JA 5HROA 3FZFA 1QZ5A 3ZETB 3PLAA 4PL8A 1U45A 1NK4A 4QAGA 3GE1A 1RT2A 1S1UA 1YTUA 3IS9A 4N41A 1HYVA 2XRIA 3K57A 4OGCA 5IT9O 4JKHA 1VQ6N 3M5RA 1QVGM 4H8KA 1RDDA 3QDKA 3KD1E 4C1NK 4FLWA 4BRAA 4GV9A 2F96A 4AM7A 2I5JA 2Y1JA 4DTMA 2OPSA 1NK6A 3AARA 3TARA 4Z4GA 1FXXA 1L3SA 1SZ2A 5ADXA 4WYBA 4JHDA 2JGUA 5KQ8A 2ZD1A 3H3OB 4OPKA 1DEJA 4C1NI 1NKCA 4ILGB 5DK5A 1MU2A 3VEZA 4CZLA 4CIGA 2X74A 2Q1NA 1KLMA 1JL1A 3HSTB 1OH5A 4JI2K 2UUAK 1RT1A 1EX4A 2ETJA 4CECA 4W5QA 3V1OA 1XC9A 4GNIA 2A1SA 2P9NA 3Q7BA 3VQ5A 2E6LA 5CZ1A 4Y0WA 1BQNA 4PKGA 4XEIA 3NE6A 1VRTA 2JWKA 2NRWA 4NCBA 4CK1A 4CJQA 5BPMA 4MO4A 3CXCM 2E20A 3THVA 1RDAA 3RR7A 4EZ6A 1QSLA 1ASWA 4FVUA 5CYQA 3B6PA 2YNIA 2UXDK 2G8WA 1J5OA 1IKWA 1BG3A 4I6MA 4IOXA 4OVLA 4YOTA 3VEXA 2ZWHA 4O5FA 4LC9B 2WTUA 3FLCO 3WT0A 3HM8A 5I3UA 3ATUA 1NK8A 2HF4A 3VQAA 3AA5X 4OPHA 3RSEB 3VMFB 2NLXA 1NWKA 3WXMB 3RRGA 2Q0RA 3FGUA 3VGKA 4GMJB 4O4GA 5DM7L 4YDUC 1YXQA 1OVQA 1QTMA 3E9LA 1K9MO 4JLHA 3P4IA 3VQ7A 3V9WA 3O1BA 4E7IA 4BRHA 4EIAA 3ID6A 4IDHA 3O1WA 2JWLA 4OKEA 3AO5A 1LAWA 4WF9L 4NXMK 3KLFA 3CERA 1RT6A 2NZTA 1IKYA 3PX6A 3VEYA 1IKVA 1TUYA 1D5AA 4FJKA 4DSFA 4CHNA 5C24A 1WB9A 4B3MK 2AJQA 4BR2A 2RPIA 5HLFA 4WQ5C 3LZIA 1ATRA 3EKSA 1U49A 1QSYA 3OYHA 3I56N 3ZSQA 4FVMA 4CJKA 3L4IA 2FBYA 1BGXT 2P5GA 2YJFA 1KC8O 4EHTA 4LF8K 5E26A 3O4QA 4N56A 4CF1A 1CZBA 3U6FA 5C0YA 1KAXA 3HYFA 4F4KA 3O9UA 2FC0A 1BCOA 3A2FA 4CZJA 5M1PA 5JVHL 1KSPA 2CH6A 4FZZA 1LW0A 4B8CA 2O8EA 1NJIO 3O3GA 1R0AA 5BRDA 1NGAA 1RDWX 3TAEA 4CEOA 4JKGA 1ZBIA 4A2AA 2DPNA 1J53A 2WC9A 3RRHA 4ELTA 3T69A 2Z1HA 2PYJA 4BRCA 3C0BA 4CJRA 3WXJA 1IO2A 4I9LA 1ZBLA 5AQOA 5AQLA 4DWIA 1S6PA 4HUEA 3L2WA 5SWMA 5F0XA 3THWA 4FJNA 3HZ6A 1RTHA 4JI0K 1YHQN 2OPQA 2WBNA 1SUQA 4HVJA 3ENBA 1ILYA 3MK6A 4CFAA 4W5NA 3V81A 1JXBA 1KFDA 1R59O 2PYLA 1F21A 3GBTA 2F4VK 1S22A 3LDLA 4E1NA 1VK0A 4JI5K 2FSKA 1SAZA 1VQNN 4KO0A 4IKFA 1WOQA 5BRHA 2QK9A 3EN9A 3PX4A 3K5NA 5EXWA 2X6SA 4LY7A 5EU7A 4B3RK 4DQSA 5AQTA 1M90O 4OPAA 1Z6RA 2ZM6K 4H0TB 5CE3A 4DR4K 3P5JA 3R3LA 3CJ9A 3U3GA 5LL6Z 1ZYQA 4LF5K 5BREA 3S3OA 5LY3A 2YV0X 4IBNA 4M63C 3HPGA 3ATVA 2GTDA 1YI2N 1ITGA 2OPRA 1ESVA 5LJWA 4FW1A 4E7KA 3NGIA 3M8QA 1ATNA 5E84A 1Y64A 4DTSA 3QEVA 2HHSA 1G15A 1XMQK 2ITMA 3GOIA 4CJUA 4DF8A 1JCGA 1ZBHA 2HHQA 4JKAA 4BC3A 1JLBA 3DJCA 3ALYA 1RDUA 2OYQA 4CHQA 5AQZA 2A41A 3K9JA 4JKEA 5AQVA 3WQTA 3ISNC 2O8EB 3NH1A 1BOTO 3ZSXA 2BE2A 3O9TA 4M45A 2O8CA 1MA9B 3OYJA 4F2RA 3DXMA 1NJYA 3RMCA 3TANA 2VCPA 1RTDA 5M1OA 5TKWA 4BR7A 3CCVN 4CCHA 4HCBA 3VENA 1UAXA 1NGJA 2HVIA 1N5YA 2HMPA 1WSHA 3THWB 1BA1A 4B9VA 4IFVA 5GAEP 1XMOK 3T3FA 4FJ8A 2FSJA 1YJ9N 2PBDA 4C8OA 4ICLA 1SS6A 3OJUA 3ULDA 3W3DA 4MLEA 5AZJA 1K73O 4BROA 2I7NA 2Q0UA 1ZC6A 3V4IA 3MEDA 3IAYA 4X64K 3ZSZA 3VQEA 1HNIA 3BUZB 4NCGA 3PO5A 3CJCA 3DOKA 3AA2A 3WNFA 5HRNA 4M3TA 4E7JA 2VG7A 2KZMA 3OYFA 3G25A 4MLHA 1L3VA 1ATSA 1IG9A 4C23A 4KI6A 4B9QA 3K58A 5C42A 1YAGA 1K8KB 4ZHRA 3QFUA 3D7EO 4CJ7A 3K5OA 3MN9A 1TKXA 5AQRA 2YNGA 1TKZA 1WAJA 4X66K 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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