3DAWA

Structure of the actin-depolymerizing factor homology domain in complex with actin
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein/structural protein regulator
source organism Mus musculus
publication title Structure of the actin-depolymerizing factor homology domain in complex with actin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 111
structure length 372
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3dawA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dawA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dawA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dawA04
3SLCA 3LM2A 4CBXA 1OKJA 4B1XB 1DGKN 3LDLA 4XH5A 5KQDA 2Q2RA 2F9TA 3ZETA 1GLBG 1HPMA 4WQ5C 2GWJA 3WQTA 4BVPA 1NGIA 3AY9A 1XQSC 4GY2B 3ENOA 3M6GA 4FL9A 4ISEA 4A61A 3MK6A 1EQYA 4RTFD 3ZX0A 3FZKA 5AFUH 3A8YA 1C0FA 1YUWA 2A41A 1BWFO 3VERA 1NGAA 3VOVA 4PKGA 3CJ7A 3ULEA 1HKGA 3HZ6A 2AA4A 3A5MC 1DKGD 2A42A 5FPDA 1V4SA 3W3DA 2F9WA 1KXPA 3UKRA 2CH6A 4CBWA 1TUYA 4BC4A 3GL1A 4IZ9A 1HKCA 4FWPA 3BF1A 3VESA 3CERA 4FWMA 4BRFA 1KAZA 1V4TA 2W41A 4XH1A 4H0PA 3I33A 1MDUB 2EWSA 2E2OA 1J6ZA 4BR9A 1NWKA 2QWOA 2A3ZA 2KHOA 3DAWA 4XH4A 3IUCA 4PKIA 1NGGA 4PL8A 3LM9A 3W0LA 4AM6A 2IVNA 5JLHA 4BRQA 2FLOA 3WUHA 1XC3A 3LDQA 5FPNA 4K42A 2P9KB 4CZLA 1QQNA 4BC3A 3BUZB 4H0YB 4M63C 5BR9A 3VGKA 3C7NB 5ELZA 5LJWA 3WEEB 2QWQA 2Q31A 3A5NC 1Q18A 3QICA 2GTDA 1Z05A 3DXKB 4H0TB 5JMVA 5AQTA 4IJNA 4JNEA 4JD2B 1GLJO 5AQRA 2Q0RA 5AQSA 3BP8A 3GDQA 4H5WA 5EXWA 3SMPA 3ZX3A 5AZIA 2QWRA 1XUPO 2E8AA 4H03B 3ZETB 1G99A 1NGCA 4E1JA 5F2RA 2V52B 2QWPA 4RCHA 4EFHA 4BRNA 2OANA 3QBXA 3JS6A 3U8XA 2I7PA 4H5VA 3D7EO 2QM1A 4FWKA 3TU5A 3VEXA 2YI1A 3CETA 3MN7A 1U2VA 1WOQA 3WXKA 4EHUA 5BPLA 1U6ZA 4BC2A 3EKSA 3HBTA 2QWMA 4A2BA 3ULEB 2D1KA 4K43A 3U9DA 2HOEA 3VEYA 3BF3A 5AQZA 3UKRB 1BG3A 2ASMA 4AM7A 3CIPA 2YCHA 3O08A 2ASOA 2ZWHA 4FWQA 5AQLA 2FSKA 1TUUA 5EOYA 2PAVA 5AFUA 4BVOA 3UB5A 1QQMA 4CBUA 2FF3B 1HX1A 1BOTO 1D4XA 2GEMA 4JAXA 2ASPA 3VF6A 3FZFA 3U9ZA 3VGLA 4BC5A 4MLEA 2QXLA 1MWMA 3D2EB 3I8BA 2P9NB 4O5FA 5AQKA 5BREA 5FPMA 3FFKB 3ATUA 3C0BA 3WQUA 2P9PB 3AARA 4J8FA 3FZHA 4K25A 2E20A 3GG4A 2WUSA 4BR5A 1QHAA 3MN9A 4CJ7A 5KPZA 3L0QA 4M7YA 1T44A 3MN5A 2A5XA 3P4IA 5KPRA 1BO5O 4I6MA 2P9LA 4MLHA 5AQMA 1HUXA 4FSVA 3CJAA 4EIAA 3DJCA 3VPZA 2VWBA 5AQIA 2FF6A 1R59O 3QFPA 5AZIB 4XEIA 4BR2A 3QBWA 5FPEA 3QFUA 4H0OA 3SK3A 3WXLA 1K8KA 3LL3A 1RFQA 5TKYA 4CZIA 1SZ2A 2VCPA 4H0XB 3A5LC 3EN9A 4IO8A 1MWKA 4B1UB 2CH5A 1U2VB 4FWLA 1MA9B 3VETA 1Z6RA 1JCGA 2IIRA 4CZHA 3R6MA 4EHTA 5E84A 1BU6O 3H45C 5B8HA 3FLCO 4FWOA 3VF2A 5CE3A 2YJFA 5ADXA 5F1XA 2AP1A 3ATVA 4BRPA 2HF3A 3G25A 5BPMA 1T6CA 3VF4A 5AQOA 4BRMA 1HLUA 1JCFA 1NMDA 3VEOA 3D2FA 4WQ4A 3FZLA 2E1YA 1BUPA 3GBTA 3R9PA 3FZMA 2P9SA 1Y64A 2FSNA 4BG9A 2D0OA 3CJ1A 5BPNA 3O5BA 2V7ZA 5I9EB 1ZXOA 5BN8A 2Q1NA 2NLXA 4DCHA 5AZJA 2Q97A 5AQJA 5BN9A 3ENHA 2GWKA 3O80A 4BRHA 3H46O 4FWNA 3H3OB 1BDGA 2QWNA 4I6MB 1NGFA 2P9LB 4BROA 5ADXH 3KZBA 1P8ZA 5LJVA 4WYBA 1IG8A 4PKHA 4PL7A 5BRFA 5AQQA 1TYQA 1JCEA 1H1VA 2P9UA 3IFRA 1CZAN 1K8KB 3H1QA 4BQZA 4QS9A 3SMSA 4FOIA 1NGBA 5E26A 2P9IA 4DHYA 4HWIA 3FE1A 4BRIA 4CI6A 1T6DA 2H3GX 3CQXA 4LC9B 5EVZA 4EAHD 1YVNA 4BR0A 3F9MA 1QQOA 4JHDA 3CJCA 3O4WA 4B1WB 3DXMA 3MDQA 2YHXA 3O6WA 4B9QA 2HF4A 4O8KA 4ISFA 4IJAA 4BRCA 4KBOA 4WQ4C 1NGDA 3FGUA 1GLEG 2E2NA 3FR0A 4BRGA 4HTLA 3WXJA 1S22A 2IVPA 2GELA 5JICA 1NGEA 2UYTA 3O8MA 1ATSA 1YXQA 4NO7A 1LCUA 5F0XA 5AQVA 3D2FB 4YDUA 1E4FT 5AR0A 3R8EA 2P9SB 5KQ8A 3RSEA 1GLAG 3DXKA 3M3ZA 1RDWX 2DPNA 1GLDG 5BRHA 1SAZA 1ZC6A 1BA0A 3ZEUA 4QS7A 3UKUA 3O1BA 5AZJB 2YJEA 1ATRA 4IWVA 3DWLA 5EX5A 5AQWA 3VEZA 4BR7A 1X3NA 3CJBA 1KAYA 3A5OC 4Y0WA 5AQFA 4FO0A 3EO3A 1X9JA 1NBWA 1DEJA 2YHWA 3KVGA 1TYQB 2P9UB 4FWRA 3AAQA 3S41A 3VGMA 1GLFO 3GOIA 3WXIA 1NM1A 3ZX2A 4JN4A 3L6QA 1C0GA 2V51B 2P9IB 2PBDA 4IXCA 1SQKA 4CZJA 4ISGA 3J8AA 4BGBA 4JHDB 3EKUA 3IMXA 3H6EA 2FXUA 1X3MA 3DXMB 3MMVA 3UE5A 4A2AA 4NB4A 3VEWA 5AQNA 5AQHA 4BREA 4A62A 2D0PA 3HTVA 4YDUC 4FOEA 4FWSA 3AAPA 4RWTA 3U4LA 4CZGA 2A40A 4H5NA 3EZWA 2IVOA 1YAGA 3D2EA 4FPBA 2P9NA 2Q36A 3O1WA 3ID8A 2ZGYA 4H5RA 4GNIA 3HSCA 3CQYA 2P9PA 4BRKA 4CZKA 1LOTB 5JLFA 3M1FA 3H1VX 3L4IA 2D4WA 2ZF5O 2FSJA 3LDPA 2CGKA 3HM8A 3RSEB 4DQ8A 1BA1A 2V7YA 2W40A 5AQXA 4BRLA 4CZMA 4F9OA 2GUPA 3A0IX 4H0VB 1ATNA 1QZ5A 2E2PA 4BGAA 3TPQA 3MCPA 3ZEUB 3UKUB 1ESVA 5KPTA 2E88A 4Z94A 2ZGZA 3KHYA 3CI5A 2I7NA 2J4RA 2E1ZA 4BRAA 3VENA 4CD3A 3VEVA 3LDOA 4WQ5A 3CJ9A 5AQGA 1S3XA 2A6AA 4BR4A 3QDKA 4M7XA 5LY3A 2ITMA 1IJJA 2CGJA 5EY4A 5AQYA 4DB3A 1E4GT 1HKBA 3BEXA 3QMLA 4L3QA 5AQPA 4FPAA 1NGHA 4MO5A 2NRHA 3LDNA 3HI0A 4BG8A 1KAXA 1HJOA 3JXUA 1GLLO 4K41A 3GE1A 2QW9A 2VYPA 3MN6A 2Q0UA 5AQUA 3B8AX 1ZBSA 4B1ZA 3QB0A 3H3NO 5BRDA 4CD1A 2E2QA 2QWLA 2BTFA 4CZEA 4B1VA 2P9KA 4QS8A 4CZFA 1NGJA 1GLCG 3C7NA 4MO4A 2HMPA 2CGLA 2NZTA 3OHRA 1RGIA 1WUAA 3WEEA 3WT0A 1NLVA 4C23A 4B1YB 2BUPA 3SJHA 4H5TA 1QZ6A 4JD2A 3IDHA 3CHWA 4BRDA 3EL2A 4BQLA 2YHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RN2A 3LDLA 4XH5A 5KQDA 4F8RA 1GLBG 2NRZA 4FW2A 2VG7A 3L2RA 4JS5A 3K2PA 2OA8A 1NGIA 1Q82O 3NF8A 4ILHA 1LWFA 4GY2B 4A61A 4ISEA 3CCEN 5AFUH 1ILYA 5GIOA 3CYMA 3VERA 3T69A 3VOVA 3SPZA 4B9NA 3O3FA 4DTNA 3JSMA 1RTHA 4MQ3A 1V4SA 2F9WA 4DFJA 4J2DA 5M1PA 1TKXA 1N5YA 1HKCA 3BF1A 3CERA 3O3HA 4FWMA 4BRFA 1V4TA 4BE1A 4XH1A 4H0PA 4DU1A 1RT7A 3VTIA 3KJVA 3HVRA 4OVLA 1NWKA 3AV9A 3MX2A 2KHOA 3QETA 4FJKA 4PL8A 3LM9A 4AM6A 2KTQA 4RW6A 2FLOA 3WUHA 2HHHK 3QEXA 4OPHA 3LDQA 3PV8A 4EZ9A 2P9KB 4CJTA 4B8AB 3BUZB 3V81A 3HOTA 3KLIA 4CF9A 1VQPN 4DQPA 4RW8A 2QWQA 4DV6K 3A5NC 4DFMA 4RW7A 5AQTA 1FXXA 4IJNA 4JNEA 1TKZA 3MXMA 1SL0A 5AQRA 2Q0RA 3OYDA 3RR7A 2GV9A 4PUOA 1NK7A 4CGGA 3RRHA 3ZETB 2UXDK 4E1JA 4EFHA 2QWPA 3LALA 4RCHA 4CHYA 1U49A 3VQBA 1QVGM 2YX6A 4BRNA 1BI4B 2OANA 2OCEA 3U8XA 2P5GA 1C0UA 3KK3A 1S1XA 2HW3A 1JLFA 2HBMA 4CJQA 2QM1A 4FWKA 3C65A 2O4GA 3AA4A 2YI1A 3O3GA 3MN7A 3MX5A 2ZJPL 1S72N 1U6ZA 3T19A 4JS4A 3ULEB 3E9PA 4FJNA 4KH5A 1WB9A 1EXQA 2ASMA 2KFZA 3O08A 1CXUA 2ASOA 4AILC 1S1TA 3C94A 5AQLA 2F96A 4KHUA 1EWRA 3I0SA 5EOYA 4LFAK 2PAVA 3TAPA 4FYDA 3M8SA 1YF5L 4IDHA 4KH6A 1C6VA 4AHUA 1RCHA 1RDCA 1C0MA 3IG1A 1IKVA 4BC5A 1D5AA 3I8BA 4CJVA 3FFKB 4DTRA 3L8BA 4DR6K 4C8NA 4IEIA 4J8FA 2HBLA 4K25A 5IWAK 2VG5A 3IS9A 4CHNA 3TTDA 1J54A 1KTQA 4OKKA 4BR5A 3J81O 1QHAA 5KPZA 3L0QA 4M7YA 3P4IA 2A5XA 5KPRA 4B9VA 4LH5A 1Q86O 1ASVA 3CJAA 3QNNA 2WBNA 5AQIA 2IGIA 3L2UA 3SQ2A 3LP0A 5M1QA 3V4IA 3IRXA 3SAHA 3QFUA 5LMNK 4PHTX 2B5JA 3SK3A 3WXLA 4BE0A 4I7FA 4KO0A 2NRRA 5M1OA 5J1EA 1IO2A 3A5LC 1WBBA 2O8DA 4DR5K 1BIUA 3AGKA 3DLHA 3FFIA 5CZ1A 4IEEA 4KHYA 2CH5A 1U2VB 1Z6RA 2W42A 3VQ5A 4B3MK 4YY3K 3N4QA 3HXMA 3MWPA 3HL8A 5ADXA 1VQON 2AP1A 2OPSA 4PA1A 4BRMA 3VEOA 3D2FA 3FZLA 4FLXA 1BUPA 4JEPA 4YNQA 3LP1A 4YOUA 1QE1A 2FSNA 5BPNA 1VSLA 1QHTA 3CFRA 1L5UA 1OH7A 2Q97A 4BY9C 2B4JA 4BRHA 2WOMA 3H46O 4Z4CA 3H3OB 4WF9L 4FJHA 4YOVA 4BROA 2C1IA 1LAWA 4BECA 3V9XA 2D5RA 1S1WA 1CXQA 2X6SA 1JCEA 1H1VA 2P9UA 3K5NA 3SNNA 3ZSWA 3THYA 4MDBA 1NGBA 4OPAA 2XHBA 5E26A 4HWIA 3AVBA 1RDDA 2KFNA 4CK3A 4E7KA 3KLEA 4DV7K 3R1XA 4CF2A 4JHDA 2PYLA 1WSHA 3DXMA 4N56A 3OYIA 4CHPA 4Z0UA 4KBOA 2QK9A 3CM6A 4WQ4C 5FDLA 3M5RA 4DLEA 1K9MO 3THXA 2HBKA 3OW2M 4FLVA 2HHWA 3PSFA 5JICA 1NGEA 4KTZA 3OS0A 1SL2A 1RNHA 3O8MA 2YHBA 4J2AA 1NK0A 1TAQA 4GVMA 1YTAA 3QLHA 5C2DA 3R8EA 4KREA 3AO2A 2BH1A 5HBMA 3DXKA 3M3ZA 3V9UA 2W6KA 5A2QO 4M3YA 1ZC6A 5J2MA 1BA0A 3ZEUA 1YTUA 3UKUA 3ZSVA 2NRWA 3DWLA 4CEBA 1RDUA 4KI4A 2F7TA 3VEZA 4BR7A 4DR7K 1J9AA 4RW9A 3THWA 4J2BA 4DQRA 1X9JA 2YHWA 4BDPA 4B9MA 4FWRA 3AAQA 3S41A 1EP4A 4DTSA 3GOIA 4E72A 1NM1A 2KW4A 3L6QA 3LWMA 3QEVA 2PBDA 3TSPA 2ETJA 4DR1K 1I39A 4ZTJA 5J2NA 4LD0A 3EKUA 4FM0A 4FJ8A 4H4MA 4KB0A 1VSJA 1RT3A 1LWCA 3UE5A 3ZT2A 5AQNA 3TANA 4A62A 1A5WA 3HTVA 4KKOA 4RWTA 3CPWM 4LF8K 2Z1JA 2O8EA 1YAGA 4MDAA 3R3LA 4AHRA 4CHOA 1A5VA 1Q9YA 2VWKA 3CQYA 4CZKA 1BQMA 3HSTB 5JLFA 3KLGA 2FSJA 3K9KA 2E5LK 4CZMA 1NJIO 3A0IX 3L3VA 2QKKA 2IOCA 3TPQA 3KD5E 2E88A 1N36K 3BGRA 3TABA 4Z4EA 1HQUA 2ZGZA 4JI6K 4YHHK 1SL1A 1W97L 4BRAA 4OO1J 3J7ZO 3VENA 2OTLN 2G8IA 1IH7A 3P1GA 3EE9A 1Z25A 1S3XA 4V19S 4DQQA 1IG9A 2ITMA 4FZXC 1IJJA 2CGJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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