3DAWA

Structure of the actin-depolymerizing factor homology domain in complex with actin
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structure of the actin-depolymerizing factor homology domain in complex with actin
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Structural protein/structural protein regulator
total genus 111
structure length 372
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3dawA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dawA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dawA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dawA04
3B8AX 4CZMA 1ZBSA 1BDGA 4FWLA 4EHUA 4BC2A 5AQVA 1Z05A 1HKBA 2P9LB 3ATUA 4A2AA 2NRHA 4PKHA 2FF3B 4CBUA 2P9SA 3JS6A 2BTFA 3O1BA 2D1KA 1EQYA 3ZEUB 3A5OC 2E1YA 3VF6A 4B1ZA 1JCGA 1NGDA 1BOTO 3ZETB 2QWOA 3ID8A 2E88A 3FZLA 2FSNA 4EHTA 2PAVA 2CGKA 2J4RA 4BRMA 3BF1A 4WQ4C 4H5RA 3VEYA 4BGBA 4JNEA 3WXKA 4MO4A 3O4WA 4BQZA 4H03B 4IO8A 5AQSA 3OHRA 1BO5O 5AQKA 2P9NA 3O8MA 4XEIA 5E26A 2QXLA 3DWLA 3M1FA 2Q97A 2YHXA 1LOTB 3LDPA 2QW9A 3H1QA 4FOEA 4MLHA 3WEEA 3A5LC 2YCHA 1T44A 3U8XA 3EN9A 2AA4A 5AQGA 5ADXH 1RFQA 3ENHA 4IJAA 2QWPA 4H5WA 4H0VB 4B9QA 2D0PA 1TYQB 2PBDA 4Y0WA 4EIAA 1NGAA 2F9WA 4IJNA 3VPZA 3CQXA 1C0FA 2P9KB 3UKRA 1GLCG 2ASPA 3FE1A 3TPQA 2V7ZA 2VYPA 3H45C 3JXUA 2YHYA 4CD1A 4DQ8A 3H6EA 5KPZA 5AQWA 4CZIA 5BRFA 1BUPA 4BVOA 3D2EA 3EKSA 3SLCA 4BRDA 2E8AA 1Y64A 3A5NC 1GLAG 1GLBG 2A40A 4B1VA 4BG9A 3MMVA 4WQ5A 4Z94A 3BP8A 3R9PA 3QBXA 1NM1A 5TKYA 2A6AA 4BRAA 1KAYA 3IMXA 2D4WA 1S3XA 1QQNA 2OANA 3KVGA 4MO5A 5AQNA 4F9OA 3GG4A 2FLOA 1LCUA 4H0TB 4JN4A 3A5MC 2NZTA 2V7YA 5AZJB 4I6MA 4XH1A 4BR2A 4FPBA 4CBWA 1KXPA 1NGGA 2GELA 3FR0A 3VEOA 1ATRA 3HBTA 3LDNA 5KPTA 5BPNA 4RCHA 5AQYA 2GTDA 3D2FB 1DGKN 1NGCA 4O5FA 4MLEA 3CQYA 4FSVA 3VETA 3WQTA 2UYTA 1QHAA 5LJWA 2DPNA 4XH5A 3P4IA 3I8BA 3W0LA 3CJ1A 4BREA 3QFPA 1SQKA 5AZIB 4BRKA 3O08A 4BC4A 3RSEA 5BPLA 2IVNA 2E2OA 3FLCO 3H1VX 5AQHA 4QS9A 5F0XA 3LM2A 1X9JA 2FXUA 3HI0A 3DJCA 2F9TA 4FOIA 4EFHA 4A61A 5BRHA 1E4GT 2ITMA 3BF3A 3TU5A 3UKUB 1V4TA 4RWTA 3ATVA 5AR0A 1T6CA 2IIRA 2KHOA 3M3ZA 3BEXA 1XQSC 3AAPA 5FPEA 3CJ7A 3J8AA 3CHWA 3KZBA 4NB4A 5FPNA 3HM8A 4ISFA 4L3QA 1HJOA 4FWKA 4K25A 4ISGA 3A8YA 3QBWA 1WUAA 4CZEA 3DAWA 1GLFO 5EY4A 3C7NA 1K8KB 4JD2B 4FL9A 4B1XB 2FSJA 1Q18A 3SMSA 4CZKA 5F1XA 1NGJA 2W41A 4CZFA 3CERA 3DXMB 4FWSA 1GLJO 4FO0A 3CI5A 4H0OA 2ASOA 4JHDB 4XH4A 5FPMA 4FPAA 2ASMA 3MN5A 3FGUA 4HWIA 3VEVA 5JLHA 2P9IB 3IDHA 3WQUA 2VCPA 5AQZA 2QWNA 3MN6A 3VF4A 1YVNA 4BGAA 4BRFA 5AQXA 2Q0RA 1HUXA 4PKGA 2P9PA 3ENOA 1NGEA 2H3GX 3FFKB 4BR4A 4FWMA 1U2VB 1D4XA 2CH5A 5AQUA 3LM9A 2A5XA 4WYBA 3VENA 2I7NA 3MN7A 5EX5A 1BU6O 1NBWA 4KBOA 3HTVA 1RDWX 4M7XA 3H46O 3SJHA 4EAHD 4H5NA 5FPDA 1KAZA 1G99A 4CZLA 2P9LA 5BRDA 1DKGD 2Q1NA 3WXIA 3ZX0A 5E84A 2P9SB 4GNIA 4K43A 1MDUB 5BN8A 4BG8A 4A62A 4WQ5C 3ZEUA 4BC5A 1Z6RA 3EKUA 3VGKA 3AAQA 3FZFA 3WT0A 2QWLA 5AQJA 1OKJA 4BR9A 2I7PA 4RTFD 4BR5A 2Q31A 3ZETA 3MCPA 2FSKA 4BRLA 3VERA 4H5TA 2BUPA 3G25A 3R8EA 2QWRA 2QM1A 3QMLA 1WOQA 3H3OB 1NWKA 1ESVA 5CE3A 2P9NB 4H0PA 1IG8A 2ZGYA 2W40A 5AQTA 3CETA 2CGLA 3BUZB 1GLDG 4BR7A 5I9EB 3EO3A 4B1WB 4PKIA 3GDQA 2HF3A 3IFRA 3WEEB 4CI6A 3SK3A 1SAZA 5B8HA 3VEWA 3H3NO 1NGBA 4LC9B 3LDLA 5AQQA 2NLXA 4AM6A 2EWSA 4J8FA 3LDOA 2GUPA 4BQLA 3R6MA 4E1JA 3C0BA 3VESA 4FWPA 2YJFA 3DXKA 1RGIA 1E4FT 1TYQA 4YDUA 4K41A 1TUYA 1SZ2A 3I33A 4H5VA 1KAXA 1C0GA 4K42A 3LL3A 2IVOA 4CZHA 3UKRB 1S22A 2GWJA 3O6WA 2ZGZA 3VGLA 4JAXA 1MWMA 2ZWHA 1NGFA 1GLLO 2Q0UA 1QZ5A 1P8ZA 3ULEA 2D0OA 1NMDA 3O1WA 3QICA 4FWNA 4ISEA 2HF4A 3D2EB 4BRCA 2AP1A 1QQOA 1DEJA 4IWVA 5BN9A 3VEZA 4CZJA 2E2PA 4AM7A 4H0XB 1U6ZA 3KHYA 1X3NA 3QFUA 4BROA 3VEXA 5LJVA 5BR9A 3EZWA 4BR0A 4BVPA 1TUUA 2A41A 1XUPO 3CJAA 3CIPA 4BC3A 3L4IA 4I6MB 3W3DA 4WQ4A 4QS8A 5AZJA 1NLVA 1YXQA 5AQLA 3VF2A 3CJCA 3WXJA 1CZAN 3GBTA 2P9UA 3MDQA 2E1ZA 5AQFA 5KQ8A 4HTLA 1YUWA 1HLUA 3A0IX 1ZXOA 2CGJA 3D2FA 3WUHA 5ELZA 5JICA 4FWQA 1J6ZA 5AQRA 3SMPA 4CD3A 3QDKA 4BRNA 2QWQA 2VWBA 4BRHA 2ZF5O 5KPRA 2HMPA 4A2BA 3QB0A 3F9MA 1HX1A 4B1UB 2E20A 3RSEB 5AZIA 4BRIA 5KQDA 1MWKA 1QQMA 2CH6A 4CBXA 3DXKB 2E2QA 1BWFO 3WXLA 2GWKA 3HSCA 2Q36A 4H0YB 4M63C 3UKUA 3VOVA 5AQOA 2A3ZA 1HKCA 3L0QA 4FWOA 4DB3A 2E2NA 2IVPA 3AY9A 3S41A 2YHWA 3ULEB 4IZ9A 3VGMA 2Q2RA 3GOIA 3ZX3A 2FF6A 1JCFA 5AFUH 3MK6A 1NGIA 3IUCA 4IXCA 4BRPA 3FZKA 4PL8A 4BRQA 2A42A 3O80A 4FWRA 5AQIA 5BREA 3U9DA 3UB5A 3C7NB 5LY3A 1ZC6A 3FZHA 5JMVA 1K8KA 5F2RA 4JD2A 4CZGA 4DCHA 4DHYA 3GL1A 1JCEA 4CJ7A 1ATNA 1V4SA 3AARA 3L6QA 1T6DA 2V52B 1HKGA 3M6GA 4PL7A 5EOYA 3LDQA 3DXMA 4O8KA 5ADXA 1X3MA 3EL2A 4JHDA 5JLFA 1IJJA 3CJ9A 1QZ6A 4NO7A 4QS7A 2YJEA 5AQMA 1R59O 2P9IA 1BA0A 2HOEA 4BRGA 3CJBA 1BG3A 1H1VA 2V51B 3D7EO 4M7YA 2P9UB 1BA1A 3U4LA 4C23A 5EXWA 3UE5A 1YAGA 1MA9B 3FZMA 1ATSA 3GE1A 3MN9A 3HZ6A 2P9PB 2QWMA 1XC3A 4YDUC 1GLEG 5AFUA 2GEMA 1HPMA 1U2VA 3ZX2A 4B1YB 3U9ZA 5BPMA 2P9KA 3O5BA 5EVZA 5AQPA 2WUSA 2YI1A 4GY2B 1NGHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O4GA 4FVUA 1KCFA 3DLGA 1IBLK 4CJLA 4FJHA 3N4QA 4CHPA 4M3XA 1HKBA 4CECA 3VQ8A 4E7KA 1OH7A 4IEEA 3JAMO 2BTFA 3O1BA 4OPHA 3HP9A 3I0RA 3CCVN 3VF6A 3KWIA 1D9FA 1JCGA 4B3RK 2IS3A 5HRRA 3ID8A 2NRVA 4U67L 5HROA 1HNVA 3O3HA 3MEDA 3SAGA 3OHRA 4Z4IA 3T1YK 5AQKA 1U47A 4XEIA 3U6FA 2HMIA 3QO9A 3DWLA 3L3UA 1LOTB 4YOTA 3A5LC 2YCHA 2ZJQL 3OYFA 3QESA 1TK5A 3TSQA 3ENHA 4CE9A 1D8YA 3DLLL 4B9QA 4CGGA 4Y0WA 4KREA 3CG7A 2G8VA 3VPZA 4IEIA 3CQXA 1C0FA 1LW0A 1GLCG 4CEEA 3CMAN 4KHWA 2YHYA 3DLEA 4CD1A 4DQ8A 1TKXA 4CZIA 4JKGB 1X9SA 1BUPA 4CJSA 4DTMA 3V9SA 3D2EA 4K8XA 2KTQA 2DY4A 3K9JA 4IFVA 2E8AA 5GAGP 5KRSA 4IG0A 4IOAL 3MMVA 4X64K 4Z94A 4U7BA 3LZJA 5JS1A 3QBXA 1KVBA 2D0CA 3CFPA 4BRAA 5TKYA 4KRFA 1VRUA 2VGNA 1S3XA 2OANA 3TANA 1DLOA 1C0MA 1LCUA 4JN4A 5AZJB 3RMAA 3QNNA 4XH1A 4B9TA 3JSMA 2B6AA 1VQON 4CBWA 4CFBA 2P51A 1KXPA 1JL1A 1NGGA 2GELA 3FR0A 4AHTA 4CF0A 2IDOA 5BR8K 4KKOA 1ZBLA 3RRHA 1VQ4N 4W5TA 4DUZK 3NAEA 2GTDA 1DGKN 1NGCA 3M8PA 3VN5A 4LFBK 1KSPA 2DPNA 1VSEA 3P4IA 4XH5A 1EP4A 4DV2K 4FLTA 3KK7A 3OYDA 3VQ6A 3FFIA 2D0AA 4BREA 3BY5A 1N33K 1SQKA 4Y1DA 4BC4A 1I39A 4W5NA 3RSEA 4AHUA 5BPLA 2IVNA 2E2OA 5AQHA 3O3GA 1WSFA 2RHKA 4DR7K 3HI0A 3THXB 1QVFM 4I7FA 4FOIA 4DTSA 4LF8K 3PX0A 4FJLA 2ITMA 2OPPA 3BF3A 4RWTA 1V4TA 1VSDA 1GOAA 3ZT4A 5AJ3K 1B92A 2YNFA 3TABA 1XQSC 3CHWA 3KZBA 1RTHA 4N76A 1S6PA 4ISFA 2WC9A 2PYJA 1UWBA 4ISGA 3QBWA 3NGIA 1WUAA 2B5JA 3OA9A 1LAWA 1Q86O 4JD2B 1ILYA 1EX4A 2VG6A 4B8CA 4FWSA 4FO0A 3ULDA 4XH4A 2NRXA 3F2KA 1RTDA 3AA4A 3MN5A 2JLEA 5C0YA 3O4NA 1TK8A 3MN6A 1YVNA 4CJKA 4BGAA 2GUIA 4OVLA 5JVGL 3S5TA 5AQXA 4CJ4A 3SAFA 3KD1E 3PV8A 4PKGA 2H3GX 1SUQA 2CH5A 4I9LA 1ASUA 2NRRA 1XC9A 2I7NA 4PHTX 3AVIA 3KD5E 1WNSA 3HTVA 2OPQA 3B6OA 4M7XA 5FPDA 4H5NA 4KH4A 4RW4A 2OPRA 2P9LA 2BE2A 1WSGA 4EP4A 1DKGD 4J2BA 3ZX0A 2RE2A 2O8DA 1YTUA 1BQNA 1L3TA 4BG8A 2VQFK 3OBYA 4WQ5C 3ZEUA 4A62A 4CGDA 5T7BA 3EKUA 3VGKA 2BANA 3AGRA 4DR5K 4M3ZA 4LSNA 3PO4A 1OKJA 1I3AA 4GVEA 2Q31A 3LANA 1RBRA 1NMNA 5IT9O 4ILJA 5GAEP 3L2UA 2UUAK 1D5AA 4BRLA 1MU2A 4W5OA 3KLEA 1RT5A 3VQAA 1RT4A 2QM1A 3QMLA 3VQ9A 1C6VA 3ZLJA 1NWKA 2JWKA 4FJNA 3O9QA 5CE3A 1C0TA 2ZGYA 1RBVA 4AHVA 2CGLA 5I9EB 4B1WB 3GDQA 3ISNC 2HF3A 3K9KA 3IFRA 4ILHA 3H3NO 5AQQA 3LDLA 4NCAA 2EWSA 4OJRA 2QKKA 4FJ9A 2X78A 4I2QA 3C0BA 4E7LA 1TV6A 3CCMN 4AH9A 1RGIA 1E4FT 5LMNK 4FZZA 4FM1A 1TUYA 4PQUA 5M1PA 1SZ2A 4FW2A 2ZJRL 1BL3A 1S22A 4JAXA 1UAXA 3CCSN 2Q0UA 1QZ5A 1QS4A 1NMDA 2D0OA 1BIUA 3J7ZO 2NNWA 3D2EB 3TAQA 3NH2A 4IBNA 5BN9A 3U3YA 1U6ZA 2D5RA 3QFUA 1KD1O 1E3MA 1CZBA 4BR0A 4CEQA 5GIPA 4NLBA 3DLRA 2A41A 3K2PA 1XUPO 4JI2K 3LWMA 3CIPA 3ZT3A 5M1NA 3NVKA 3SBGA 3SV3A 5TKWA 4WQ4A 3MECA 4JKHA 3WXJA 1CZAN 2P9UA 3MDQA 4KTZA 4DV7K 3LP3A 2IGIA 3S3NA 1RILA 1HLUA 1ZXOA 3D2FA 3ZSOA 3SMPA 4CJWA 1JLEA 3QINA 3IKMA 4A5BA 3DYAA 4BRHA 4C8MA 3LZIA 4B1UB 1J9AA 3RSEB 5KQDA 3C94A 4BY9C 3QEXA 3VQBA 4JI1K 2CH6A 4YOYA 2UUCK 2E2QA 3SI6A 1QVGM 2AJQA 3CXCM 2W6LA 1K73O 1NK9A 3HSCA 4Q5VA 3KLFA 1HYSA 1VQ5N 1U04A 4M63C 1SS6A 5I3UA 1J54A 4DB3A 1LV5A 4YNQA 2HHHK 3VGMA 2XRIA 4DU3A 2Q2RA 1JLFA 1VSHA 2HBJA 4BRPA 2OZMA 1S9EA 2UXBK 1K9MO 1NKBA 1A5VA 5LY3A 4DQRA 4CF9A 3RR7A 3EEQA 4OGCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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