3DAWA

Structure of the actin-depolymerizing factor homology domain in complex with actin
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein/structural protein regulator
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structure of the actin-depolymerizing factor homology domain in complex with actin
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 111
structure length 372
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3dawA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dawA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dawA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dawA04
1TUUA 1RFQA 4LC9B 3SLCA 2ASPA 1JCFA 5AQNA 2Q97A 3VPZA 2IVOA 2P9UB 5ELZA 1DGKN 4O5FA 3RSEA 1JCGA 2Q36A 3EKUA 1KAZA 2HOEA 2QWRA 4B1VA 5AQZA 4BR0A 2W40A 4B1UB 2NZTA 3UB5A 1QZ6A 4PKHA 4CBXA 4FOIA 5AQRA 5F1XA 1GLEG 1S3XA 3WXLA 5AZJA 2QXLA 4IJAA 4RTFD 4A61A 4CZHA 1TYQA 4F9OA 1NMDA 3VGLA 3SMSA 1SZ2A 3ENOA 4CZMA 4FOEA 4CD3A 4CZJA 5BRHA 5AQLA 2E1ZA 1KAYA 4JD2B 3CJ7A 2E1YA 2W41A 1ESVA 3LDNA 3DJCA 4GY2B 3WXKA 2CGLA 4BRLA 3A0IX 4O8KA 4PL7A 4BRIA 3LDPA 5KPTA 3WEEB 3GE1A 3CJAA 2AP1A 3I8BA 4BRHA 3GG4A 2ZGZA 4IJNA 5BN8A 4JHDB 4BGBA 4QS9A 3QICA 2VCPA 2I7NA 1GLCG 4BRAA 3VF6A 3SK3A 4WQ5A 1IJJA 4DQ8A 3VESA 2Q1NA 3CHWA 3VF4A 5AQWA 1YXQA 5LJVA 3ATUA 4RCHA 4BC4A 2E2PA 4K41A 5AQJA 3F9MA 3IDHA 4EFHA 1JCEA 4FL9A 4CJ7A 5AQHA 4BRPA 4XH1A 4K25A 3LDLA 2FLOA 3H45C 3LL3A 4NB4A 3O6WA 1V4SA 1C0FA 4PKIA 1X3MA 3VEXA 2BTFA 2A42A 3O8MA 4EHTA 5BRDA 1XC3A 1V4TA 2KHOA 3U9ZA 5BPLA 1NGIA 1ATRA 1GLAG 2QWPA 5AFUH 2P9IA 4Y0WA 3HTVA 5AQPA 3CETA 5BPMA 4PL8A 1RGIA 3WUHA 2HF4A 4CZEA 2A41A 3A8YA 3CI5A 4MLHA 2GWJA 1ZXOA 2CGJA 3UKUB 2ASMA 1WOQA 4M63C 3A5LC 2DPNA 3DXKB 1Z6RA 1LOTB 3VEOA 2YI1A 4BRCA 1NBWA 1D4XA 1NGEA 2P9KB 4CZKA 3S41A 1NGHA 2P9PA 1Q18A 5AFUA 5AQGA 1IG8A 4BRDA 5BR9A 2P9UA 4FWRA 2ITMA 3GBTA 2GELA 3QFUA 1NGBA 1DKGD 2Q0UA 3BF1A 3L4IA 3TU5A 1BO5O 2CGKA 2D1KA 3VGKA 5I9EB 3QDKA 5AQYA 4H0XB 4CBUA 3MCPA 4QS7A 3JS6A 4FWOA 1CZAN 4K43A 2YJFA 3FZLA 1BG3A 3L0QA 2NRHA 4BROA 3QFPA 4BG8A 1NGCA 5KQ8A 2V7ZA 3AAPA 2Q0RA 5JICA 1RDWX 3ENHA 3W0LA 1HJOA 3UKRB 1BUPA 4I6MB 1MA9B 3LM9A 4FWQA 3VOVA 3ZX0A 3MK6A 2P9SB 5AQSA 1GLFO 3U9DA 3CJ1A 1T44A 3VERA 1U2VB 1U6ZA 2E2QA 3SJHA 4BRQA 1K8KB 3FFKB 4BRKA 1NWKA 1NGGA 4XEIA 3C7NB 4IZ9A 4BVPA 5KPRA 3MN7A 1TUYA 2FXUA 4FWSA 4BR5A 3MDQA 3KZBA 2GTDA 1P8ZA 2PAVA 4MLEA 1NGJA 3H6EA 1BOTO 3VENA 1G99A 2V52B 4B9QA 1NGFA 4H5VA 1BA1A 3ATVA 5AQVA 1HKBA 4BRNA 2HF3A 3ZX3A 4FPAA 4H0OA 5F2RA 4DCHA 4WYBA 3ZEUB 2F9TA 1GLJO 3LDOA 3B8AX 3D2FB 3ZETA 2E8AA 2HMPA 3JXUA 2YJEA 2V51B 3CQXA 2FSKA 1BDGA 4YDUA 4H0YB 4C23A 5LJWA 5AZJB 4GNIA 1TYQB 3MN5A 1KAXA 1GLLO 5EY4A 3VEZA 4BC5A 3HI0A 4WQ4C 4J8FA 4BRGA 4Z94A 4M7YA 5AQFA 3IFRA 3QB0A 1HKCA 2I7PA 3D2EA 3O08A 2OANA 4MO5A 4CBWA 5FPMA 5AZIA 3GOIA 2CH5A 1SAZA 2AA4A 1NGAA 2ZWHA 3VGMA 3FZMA 5AQOA 5FPEA 2E20A 4B1WB 2ZGYA 2FF3B 3L6QA 1H1VA 1ZBSA 2H3GX 3DXMB 3DXKA 3QMLA 3ULEB 1YVNA 1KXPA 5FPNA 2E2OA 1Y64A 3BP8A 4H03B 3HBTA 2P9KA 3OHRA 4BVOA 2ZF5O 4H0PA 3HSCA 1LCUA 3O5BA 1X3NA 5ADXH 4FWNA 5BPNA 5JMVA 3WXJA 4EAHD 1NGDA 2IVPA 2FF6A 1QHAA 5BN9A 1OKJA 3AY9A 5KPZA 2GEMA 4H5RA 3FE1A 5JLHA 4ISGA 2FSJA 2BUPA 2ASOA 3H1VX 3R6MA 4H5TA 3H1QA 1NLVA 3LM2A 2IVNA 3MMVA 2P9NB 2P9IB 5ADXA 4IO8A 4M7XA 3UKRA 3BF3A 3GL1A 2VYPA 4FWKA 4I6MA 2QWOA 3CJ9A 4WQ4A 4L3QA 5AQXA 3FZKA 3I33A 1ZC6A 2P9SA 3HM8A 1EQYA 3FR0A 5AQIA 2P9LB 4IWVA 2GWKA 3C7NA 4B1ZA 2IIRA 3M3ZA 1T6CA 4JD2A 2NLXA 5LY3A 3U4LA 2P9PB 1QQOA 3C0BA 3FGUA 3EO3A 3GDQA 3UE5A 3VETA 3WQUA 3WEEA 1MDUB 2QW9A 3VEWA 1XQSC 2WUSA 3DAWA 4H0VB 5AR0A 1HPMA 3ZEUA 2GUPA 3M1FA 3D2FA 4FSVA 4CI6A 1HLUA 4FWMA 4JNEA 4ISFA 5JLFA 4JHDA 3AAQA 4CZLA 3HZ6A 2PBDA 3U8XA 2QWQA 5CE3A 4H0TB 2D4WA 1E4FT 1HUXA 1GLDG 3RSEB 4AM7A 2YCHA 2YHWA 1S22A 3QBWA 4BRFA 3LDQA 3O80A 1E4GT 4BRMA 5AQTA 3WT0A 3H3NO 3J8AA 3VEVA 1BWFO 3VEYA 3ZX2A 3O1WA 4BR4A 5FPDA 4DHYA 1J6ZA 4ISEA 4XH5A 3ID8A 4IXCA 4DB3A 4KBOA 1YAGA 4FPBA 1HKGA 4JN4A 5EOYA 3IUCA 5TKYA 3BUZB 1Z05A 1DEJA 3DXMA 3ULEA 3TPQA 3WQTA 3EZWA 4BQLA 4RWTA 1SQKA 5AQUA 4HWIA 3R9PA 1C0GA 3KHYA 1BA0A 3O4WA 3UKUA 3ZETB 5KQDA 3A5OC 4FWPA 4CZIA 4B1YB 5EVZA 3CIPA 1QQNA 2UYTA 3H3OB 2VWBA 2FSNA 5EXWA 1HX1A 3IMXA 2YHYA 5B8HA 4QS8A 5AQKA 4FO0A 2V7YA 3EN9A 2CH6A 1MWMA 1X9JA 3CJBA 1GLBG 5F0XA 1YUWA 4BR2A 4FWLA 4CZGA 3M6GA 3W3DA 1XUPO 1MWKA 3G25A 4A2AA 4BREA 4CD1A 2A5XA 2EWSA 4H5NA 4BG9A 4BC3A 1ATSA 4A62A 2D0OA 3O1BA 3DWLA 4NO7A 2P9NA 2YHXA 3SMPA 2Q2RA 3D2EB 3BEXA 5AQMA 3EL2A 3CERA 4BC2A 5BRFA 4BR7A 5AZIB 4BGAA 1QZ5A 2A40A 4K42A 3FLCO 4E1JA 2QM1A 4H5WA 2QWLA 3CQYA 5BREA 5E26A 4AM6A 4EHUA 2P9LA 5AQQA 3D7EO 3EKSA 3A5NC 4A2BA 1T6DA 2J4RA 3KVGA 4CZFA 3FZFA 1ATNA 3CJCA 3R8EA 3QBXA 3H46O 1QQMA 1WUAA 4HTLA 3VF2A 4MO4A 4YDUC 2E88A 4PKGA 4WQ5C 4EIAA 2Q31A 1U2VA 2F9WA 3MN9A 2E2NA 2QWMA 1K8KA 4JAXA 2A6AA 4B1XB 3AARA 5E84A 1BU6O 4BQZA 1NM1A 3A5MC 1R59O 3FZHA 3P4IA 4XH4A 3WXIA 4BR9A 3MN6A 2D0PA 2QWNA 5EX5A 2A3ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FZZA 4LC9B 2ASPA 1TKDA 1TVRA 2IVOA 2P9UB 5ELZA 4X64K 1DGKN 4O5FA 3RMBA 5BR8K 2Q36A 1L5UA 2GBZA 3EKUA 1KLMA 4DU4A 4B1VA 2QWRA 4IG3A 3S3NA 2W40A 1WSFA 3SI6A 1QZ6A 4PKHA 4CBXA 4J2BA 3MXJA 4C1NK 4A61A 1KLNA 4GKJK 3OYIA 4FLVA 1S1TA 4LY7A 4M3RA 4CJTA 4CZJA 4H8KA 2Y1IA 3TSUA 2E1YA 2W41A 1EO1A 4BWMA 4RW7A 1Z25A 3AVFA 3HP9A 2B6AA 4PL7A 2KTQA 3LDPA 4CHZA 1WBBA 5SZTA 3RR8A 4CIEA 3I8BA 2AP1A 2KLAA 2OPPA 1VSDA 2X6NA 5KRSA 1XMQK 1YJNN 2VCPA 3OS0A 1GLCG 4DV0K 1OVQA 5AQWA 4GV6A 4RCHA 4CK3A 3L3UA 5AQJA 4HHTA 4JK9A 3L2QA 4DTRA 4CJ7A 4FLTA 3CPEA 3WNHA 5DMRA 5H1SQ 1HQEA 1C0FA 4Q0BA 3TTCA 3VEXA 3DRSA 2A42A 3TANA 1IKYA 4JI0K 3M8PA 3HYFA 4EZ6A 4X62K 4CF1A 1ATRA 1VQMN 5AFUH 1BQNA 4PL8A 4DV2K 1RGIA 1SKRA 3RTVA 3OJSA 2A41A 3A8YA 4DTJA 2XRIA 1ZXOA 3UKUB 4FJ5A 4W5RA 4AHTA 5C25A 3QEIA 3CFOA 3T69A 2YKMA 4EZ9A 3A5LC 4DSIA 1OH5A 3LP3A 4GMJB 3S3OA 3OYBA 1JLEA 3ZT1A 1JLCA 4BRCA 4E19A 2P9KB 1UA1A 2WTUA 3CC7N 2P9PA 1RNHA 2O8BA 5AFUA 3HM9A 5IT9O 1IG8A 1JLAA 2VWJA 5LMNK 2X6SA 3WXMB 3SPZA 1BL3A 3QEVA 2DY4A 1DKGD 4CF2A 3TTDA 3VGKA 1YI2N 1E3MA 4H0XB 5C42A 1QS4A 3MCPA 3QNNA 3JS6A 1CZAN 2HHQA 4QAGA 3C65A 3G10A 2NRHA 3ZT4A 3LP1A 3SJJA 2HHHK 5M1PA 3LP0A 5JICA 2Q0RA 3B6PA 5E41A 1BUPA 4FWQA 2QK9A 3ZX0A 4HUFA 5AQSA 3LANA 3KK7A 5GINA 3CJ1A 1XWLA 3HP6A 4JKCA 3FFKB 1NWKA 1NGGA 3C7NB 3MN7A 4CHYA 3OYCA 1KC8O 3NAEA 3CCSN 4DFPA 1NGJA 4KPYA 1HNIA 3VENA 1YITN 4H5VA 1U04A 5AQVA 4FPAA 5F2RA 1K6YA 1I39A 2YJEA 2V51B 1RTDA 4CK1A 4I9QA 2KQ2A 3T19A 4EP4A 5LJWA 5AZJB 4DSFA 1NKBA 1WSIA 3AVAA 4DF8A 1RT7A 3VEZA 4WQ4C 1Q9XA 4J8FA 5CHIA 4BRGA 2ZM6K 3KIOA 3QERA 3SAFA 3QB0A 1HKCA 3O3FA 2D0AA 2I7PA 4M3ZA 3M8SA 1W97L 1J9AA 2OANA 1UWBA 3RVCA 3CYMA 2IS3A 1T05A 3FZMA 1C0UA 1QHTA 2E20A 3ASMA 2KFNA 1ZBSA 3DXMB 2E2OA 1YJWN 1JLFA 1CXQA 1NOZA 3HBTA 4JV5K 2ZF5O 3EYZA 3HSCA 3O5BA 4W5QA 4FWNA 1EXQA 5BPNA 5JMVA 3VQCA 1NK0A 1S9EA 1D5AA 3NVMA 3S5TA 1TGOA 3TABA 3MX5A 3MXMA 5GAEP 3V6DA 3O9QA 4Z0UA 2GEMA 1N36K 3OYAA 2BUPA 3H1VX 1KVCA 3R6MA 1NLVA 3KLIA 3PIOL 2ZJPL 3V1OA 2P9IB 1KFSA 4FLXA 4IO8A 3UKRA 5KTQA 3H08A 4G9ZA 2KZMA 3NHGA 1JLGA 3BGRA 4GW6A 4IWVA 1JL1A 3DLRA 4E7JA 1QQOA 4JKFA 4R79A 3EO3A 1WB9A 3VQ9A 3WQUA 3T1AA 3S9HA 1XHXA 3VEWA 4QCLA 3M1FA 3D2FA 1VSIA 4JNEA 5JLFA 4JHDA 3AAQA 1WBDA 4ELUA 2PBDA 2YHAA 1JJ2M 3HO1A 4JKGA 4FVMA 3V1QA 2D4WA 3KK2A 1REVA 2YKNA 1J54A 1TAUA 1GLDG 3K9KA 2Z1JA 3RSEB 3ZLJA 4DR4K 4IOAL 1RT3A 1TKZA 4BRMA 5AQTA 3WT0A 3NH1A 4OPKA 3VEVA 3VEYA 4E72A 2ETJA 3O1WA 3RR7A 4DHYA 2NRXA 5M1FA 2OTLN 2UUAK 2OPSA 3OA9A 1YAGA 4WFAL 2FBTA 1HKGA 4JN4A 3VA3A 4M3YA 4KH6A 3AVCA 1DEJA 3TPQA 3ULEA 3IKMA 4RWTA 1SQKA 4DTXA 3DLBA 3R9PA 5FRNA 3THXA 3OYLA 4UQGA 4FK0A 2NRZA 1S9GA 1TAQA 5HRNA 3NF8A 4CZIA 2OZSA 4A5BA 3LAMA 5EVZA 2NRWA 1S5JA 3H3OB 2FSNA 3TTFA 2O8EA 3IMXA 3AVIA 2YHYA 4KHWA 4KH5A 4FJLA 3EN9A 5AJ3K 1MWMA 3CJBA 3CC2N 3OY9A 1XUPO 4CD1A 1NJIO 4FXDA 1SS6A 4BG9A 4AF1A 3O1BA 4FJHA 3MXIA 5GAGP 4FLUA 4CHPA 2P9NA 5KGWA 3PX4A 3MWTA 3EL2A 4BR7A 5AZIB 4CGFA 1QZ5A 3OS1A 1G15A 3SAHA 2QWLA 4KHQA 3CQYA 3RRGA 3V9SA 1HYVA 1T6DA 1BISA 5HL7L 4M42A 4JK7A 1UA0A 1ATNA 1N6QA 4CEEA 4W5TA 4CERA 3VF2A 1B9FA 4MO4A 4YDUC 3U6FA 4FZXC 3CCUN 1BQMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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