3WXIA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase (ligand-free form)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
total genus 168
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxiA01
3ZX0A 4CZGA 2FF6A 3DWLA 1HKBA 1HUXA 3SK3A 3CJCA 4FSVA 1ZBSA 3FR0A 1CZAN 1MDUB 4XH1A 4BQZA 2FSJA 4EAHD 3WXIA 3CERA 1ESVA 1NGJA 4BC2A 1GLCG 3ATVA 2IVNA 4PL8A 4CZMA 3SJHA 2QWPA 3QBXA 4QS7A 1NGFA 5AZIA 3IFRA 1GLJO 3CETA 1WUAA 4B1UB 5AQNA 4BC4A 1G99A 2J4RA 3FZHA 3GE1A 5FPNA 3VF6A 5BREA 1QZ5A 3UKRB 3HI0A 3WXLA 5AZJB 5AQKA 1V4TA 2Q36A 5KPTA 1GLLO 3FE1A 4BRLA 4CZIA 4FWQA 3QBWA 4M7XA 3VEZA 4DHYA 3FZMA 3VPZA 3MN5A 5EOYA 4FWSA 4GNIA 3VERA 5BRDA 4FWPA 4JHDB 5FPMA 3FLCO 2KHOA 4WQ4C 3TPQA 3BUZB 3R6MA 1OKJA 4A61A 4BG8A 4H5NA 3MK6A 2A40A 3WQTA 1IJJA 3H1VX 4J8FA 3LDLA 4F9OA 4BR4A 1EQYA 2GUPA 2FSNA 5AQOA 2GTDA 2FF3B 4AM7A 3WXKA 2CGJA 5AQZA 5EVZA 1JCFA 4CD3A 1MA9B 4CZEA 4FWLA 2QM1A 4JAXA 4BRHA 2Q2RA 3UKRA 4BG9A 5AZJA 1QQOA 1BO5O 3D2FA 2AA4A 4FPAA 4A2AA 2V7ZA 3JXUA 1XQSC 1NGGA 2Q1NA 1T6DA 2E20A 5AQLA 3O80A 3O1BA 2P9LB 3L4IA 3OHRA 1GLEG 4B1XB 3HBTA 1NGHA 3LM2A 4BROA 3HTVA 3U9DA 5LJVA 1E4FT 3UB5A 2QWQA 1YXQA 3WQUA 2ASMA 3H45C 3CJ9A 4IWVA 5EX5A 5LY3A 4IO8A 1C0FA 3IDHA 1S22A 1HKCA 3MDQA 4IXCA 1J6ZA 4LC9B 1BU6O 1R59O 4WQ5A 4JD2A 2I7NA 1BDGA 4FL9A 4K42A 5E84A 5JMVA 2D0PA 3A8YA 3MN7A 2QWMA 1BUPA 1H1VA 3P4IA 1T6CA 3WEEB 3BF3A 4YDUA 3EN9A 2QXLA 4FPBA 5AQYA 1TYQA 5KPZA 1DEJA 2HOEA 1DGKN 2P9SB 4GY2B 4XH4A 4CBXA 2PBDA 4EIAA 2PAVA 2V51B 3M3ZA 1GLBG 2ZF5O 1IG8A 1KXPA 2E2NA 2P9NA 2YI1A 3KHYA 2P9KB 2FSKA 5AQRA 4BVOA 5BN9A 4FWNA 1Q18A 3BEXA 1XC3A 2BUPA 3LDOA 3RSEB 5LJWA 2DPNA 1JCGA 3EL2A 3MN9A 4I6MB 3EZWA 3VGKA 3HSCA 3EKUA 2A41A 4BR2A 1NLVA 2NLXA 4BGBA 2D1KA 1NM1A 5I9EB 3CHWA 2ITMA 4H5TA 4K43A 1HLUA 2W40A 4HWIA 3GG4A 4CZFA 4DB3A 1BA1A 2FXUA 2GEMA 2QW9A 4BREA 2P9IB 3S41A 3LDNA 3AY9A 3VEWA 2E2OA 1RGIA 3GBTA 3SMPA 3UE5A 4PKIA 4FOEA 2HMPA 3MN6A 4E1JA 3WEEA 4QS8A 2Q31A 1D4XA 4O5FA 2D4WA 3ENOA 2EWSA 3M6GA 3D7EO 4XH5A 4Z94A 3MMVA 1DKGD 3I33A 2E2PA 1MWKA 5TKYA 3O8MA 5AQXA 2WUSA 2FLOA 1RFQA 3D2EB 4B1YB 3VEOA 5AR0A 1QHAA 5AQFA 2QWLA 1X3NA 4FWMA 3I8BA 1Z05A 3KZBA 2OANA 5AQMA 1ZXOA 1BA0A 2GWJA 5AQTA 2A3ZA 2VYPA 3UKUB 3A5MC 1X3MA 2IVPA 5BRFA 3FZFA 3O1WA 1X9JA 4IJNA 5AQVA 4A62A 1NWKA 5BPNA 5AQUA 4DCHA 1LOTB 3FZLA 2IIRA 2Q97A 4MLHA 4BRFA 4EFHA 1GLAG 4B1ZA 4JNEA 3L6QA 4H0OA 3EO3A 3C7NB 4RTFD 5E26A 1SZ2A 3WT0A 4B1VA 3ZX3A 2F9WA 2E1YA 4ISGA 3VESA 4CZLA 2YHYA 3DXKB 1KAZA 5AQIA 4FWKA 5BPMA 2YHWA 3VF4A 3IUCA 5AQGA 3D2EA 3ULEB 1GLFO 2AP1A 4JHDA 3R9PA 3TU5A 3LDPA 4BRGA 3F9MA 3DAWA 1KAXA 5JLHA 2ZGZA 3SMSA 1TUUA 4A2BA 4CZJA 3VETA 4RCHA 2ASOA 4PL7A 5KQDA 3JS6A 3O08A 2W41A 3U8XA 3W0LA 4H5VA 1U2VB 4BGAA 1ATSA 2V52B 3U4LA 1NGBA 3AAQA 4FWOA 5FPDA 5BN8A 4H5WA 1QZ6A 1BOTO 4BRPA 3CJAA 5EXWA 3VGLA 1NGDA 4BR9A 1TUYA 1QQMA 3A5OC 2Q0RA 5AQQA 4CZKA 4BC5A 3DJCA 3LDQA 3H1QA 1JCEA 2HF3A 3VENA 3SLCA 1NGCA 2P9PB 5ELZA 4CBUA 2P9LA 1ATRA 3DXKA 4WQ4A 4CBWA 1SAZA 3A5LC 1ATNA 4K25A 4H0YB 4DQ8A 3CJBA 4WYBA 4H0TB 4MLEA 5B8HA 2D0OA 4H0PA 3ZX2A 3A0IX 2CGKA 2YJFA 3ZETB 5BRHA 1HJOA 3FFKB 3VOVA 3CJ7A 3W3DA 3ZEUB 3O6WA 2VCPA 3QB0A 2CGLA 2YHXA 2E8AA 1YVNA 2ASPA 2UYTA 1U2VA 3MCPA 4FO0A 4BVPA 4AM6A 2CH5A 4BRMA 3H3NO 1WOQA 3O4WA 4CZHA 2Q0UA 3J8AA 1U6ZA 4EHTA 3L0QA 2V7YA 1BWFO 4H5RA 4O8KA 4B9QA 4WQ5C 3CIPA 1P8ZA 2P9SA 2E1ZA 4HTLA 3BF1A 3QMLA 4M7YA 3QDKA 5AQSA 1NMDA 2F9TA 1HPMA 3QFUA 1BG3A 2P9KA 4BR7A 2P9PA 5ADXA 3GDQA 3H3OB 3ENHA 3LM9A 1MWMA 4YDUC 5CE3A 1C0GA 3RSEA 1HX1A 4KBOA 4EHUA 4MO4A 3GL1A 3D2FB 4RWTA 4I6MA 4BRCA 2YCHA 4K41A 3WUHA 5JICA 5KQ8A 4PKHA 3QFPA 5BR9A 5F1XA 3FGUA 4JN4A 4CJ7A 4NO7A 4BRDA 3H46O 3ZETA 3GOIA 4M63C 2I7PA 5AQHA 3ZEUA 3QICA 2CH6A 2H3GX 1Z6RA 4ISFA 2P9IA 4H0XB 4BRQA 2QWRA 5KPRA 2QWOA 4BRAA 3VEYA 4CD1A 3ATUA 5AFUA 1HKGA 3VEVA 3CQYA 4JD2B 3AAPA 2P9UB 3BP8A 1LCUA 5JLFA 4BQLA 3ID8A 2VWBA 4IZ9A 1SQKA 4Y0WA 4B1WB 1RDWX 5ADXH 3R8EA 3IMXA 4FOIA 4FWRA 5EY4A 4BR5A 3DXMB 5FPEA 1GLDG 1E4GT 3FZKA 1TYQB 1QQNA 1K8KB 2BTFA 5BPLA 5AQJA 2IVOA 3VGMA 2E2QA 3C0BA 1YUWA 4MO5A 2YJEA 3HM8A 4H03B 2P9NB 3KVGA 1NGEA 3LL3A 3AARA 3UKUA 4ISEA 4BC3A 3A5NC 1V4SA 3U9ZA 2E88A 4BRNA 3CJ1A 4L3QA 3CQXA 4C23A 3G25A 1NGIA 1NGAA 2GWKA 2ZGYA 1YAGA 3CI5A 5F2RA 5AZIB 1NBWA 3O5BA 3C7NA 4BRKA 4PKGA 3EKSA 4H0VB 4BRIA 4NB4A 2HF4A 2P9UA 3WXJA 3H6EA 4BR0A 4QS9A 2NZTA 4XEIA 3M1FA 1ZC6A 2ZWHA 5AQPA 1XUPO 4CI6A 3VF2A 4IJAA 2QWNA 3DXMA 3HZ6A 1S3XA 3ULEA 2NRHA 3VEXA 2GELA 1KAYA 1K8KA 2A6AA 5AQWA 1T44A 2A42A 2A5XA 5F0XA 5AFUH 3B8AX 1Y64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYGA 4YOUA 3DWLA 4DU4A 4MDAA 1NG9A 4BWJA 2PZSA 1KVCA 3KWIA 4EZ6A 4CK3A 4BDPA 1HNIA 3CERA 2HNZA 3ATVA 2DTUA 1Y97A 5AZIA 3S9HA 4JYAK 3NH1A 4DSJA 3T1AA 4BC4A 1G99A 4DKWA 5HL7L 1YIJN 4Y1CA 3CCSN 4OX9K 3HI0A 4DUZK 4V19S 3QEXA 5AQKA 3SV4A 3LP2A 2HMIA 5KPTA 3M5RA 3IRXA 4GVMA 3S3MA 3QEIA 4CZIA 5EOYA 3VERA 3G6EN 4JHDB 3IS9A 3VQEA 1TKZA 2KFNA 3R6MA 3KKRA 3N4PA 5J2QA 4BG8A 3QNNA 3HPHA 2A40A 3IG1A 4FJLA 2AJQA 3LDLA 4F9OA 3TAGA 3L4QA 1XNRK 4CJ4A 2GUPA 1XMQK 2FSNA 3OS1A 1IKWA 1D9DA 3ID6A 1VSEA 4FJGA 5AQZA 1NK6A 1JCFA 1LWCA 1RBTA 4CD3A 1B92A 4FWLA 4IOAL 1D9FA 4X66K 4JAXA 1ZYQA 3OYDA 1EP4A 1VQ7N 3UKRA 1BO5O 4FM2A 2AA4A 1NGGA 1T6DA 4WFNL 3P39A 4B8AB 1KTQA 4JKEA 3LM2A 4HUEA 4BROA 1RT2A 2Z1HA 3HTVA 3JYTA 3UB5A 1BI4B 1VK0A 2BH1A 3V1QA 1WSEA 3RMBA 3ZSQA 2ASMA 4J2AA 1W9HA 1BQMA 1W2BM 4DTNA 3CJ9A 4IWVA 5EX5A 3T1YK 3FFIA 3MECA 3S3NA 4JI8K 3AA2A 1SV5A 4G9ZA 4FL9A 4CJVA 4CCHA 5JMVA 1HQUA 3A8YA 4JI2K 1VSFA 1D5AA 3I55N 3ASMA 1CLQA 2O8CB 1I94K 2HVIA 1O13A 4YORA 4DTRA 1GLBG 3AGKA 2P9NA 4Y1DA 3O9TA 4JS4A 2G8HA 2P9KB 2FSKA 3SQ1A 3NVMA 5BN9A 3VN5A 4FWNA 4BVOA 4IG3A 3LDOA 3O9UA 4KREA 1JCGA 3EL2A 3MN9A 4FLXA 3BY5A 2A41A 3SJJA 1NLVA 3E66A 1NM1A 3CCJN 1BHLA 4H5TA 4RW7A 3I8DA 1JL2A 1HLUA 4HWIA 3OYFA 2GEMA 1VSJA 2QW9A 2P9IB 3GBTA 3SMPA 4OO1J 3SPYA 2HMPA 4E1JA 2G8VA 4QS8A 3ZT0A 3E9LA 2Q31A 1D4XA 4RW6A 2D4WA 1O1WA 4CIEA 3M6GA 3D7EO 3VQ9A 1A5XA 4Z94A 2RF2A 3MMVA 3KLHA 3AVKA 5AQXA 3AA5X 3NVKA 4C1NI 4JKGB 1WSHA 3AV9A 3PLAA 1QHAA 1QTMA 2QXFA 2QWLA 4FWMA 4GV6A 1LWEA 1BA0A 5SWMA 4E7JA 2Q3SA 3UKUB 4B3RK 2ZD1A 2PYJA 4B3MK 1VAZA 1ZBUA 1TKDA 4X62K 1X9JA 3NF7A 2YHBA 4JKFA 2DFHA 3K9JA 4ELUA 4CJ5A 4MLHA 4JRQA 1XC9A 2F7TA 1EO1A 4N76A 4JNEA 3EO3A 4RTFD 4KTQA 1SZ2A 3ZX3A 3EE9A 2XY8A 3M8PA 1ITGA 3OYEA 2YHYA 4NCAA 1QE1A 2VG5A 2IS3A 4E19A 4NXNK 1WBBA 5BPMA 4QOZB 3IUCA 3D2EA 2AP1A 4JHDA 4DQIA 1ZBIA 3OYHA 3R1XA 3OYAA 5C0YA 4IBNA 4OPAA 4DFJA 1TUUA 4CW7B 1RT3A 2Z1IA 3VETA 5KQDA 5FRMA 2P1JA 3ZSYA 5HP1A 1U2VB 2G8IA 3U4LA 4FWOA 4CF1A 3OYCA 3RRGA 5BN8A 1BOTO 4DV0K 5CY4A 1N8RO 2UXCK 2NRZA 4BR9A 4AHVA 1TUYA 4CEBA 2ZQBA 3PX4A 1FKPA 2IC3A 5AQQA 4YY3K 5GINA 1CXQA 4LD0A 4Z0UA 3SI6A 5LMUK 4O44A 3THYB 4OLAA 4ZTFA 1EXQA 3WNGA 3NDKA 3DXKA 2OTJN 3QNOA 3A5LC 1ATNA 4ID5A 1XHXA 3O3FA 1BI4A 1S1WA 4WYBA 3AA4A 1U04A 1BQNA 2D0OA 4LH4A 3A0IX 1RBSA 3ZETB 5JS2A 1HNVA 2CGLA 4B3TK 5HLFA 3MCAB 1IH7A 2ASPA 4O55A 3OYMA 3RR8A 4BVPA 3V6DA 4AM6A 1QSSA 4CF0A 4DV1K 4FJ9A 3K5LA 2FBXA 3O4WA 3J7YP 4FJIA 4DR7K 1J54A 5C25A 3CCMN 1KLMA 3RMDA 2YNIA 2G8KA 1HPZA 4KRFA 4H5RA 4JKAA 4GKKK 4KHWA 4WQ5C 3CIPA 2XHBA 1XHZA 3WNFA 3BF1A 4M7YA 4Z4HA 2VQEK 3QDKA 2WBNA 1FKOA 1HPMA 2HBJA 2P9KA 4BR7A 2P9PA 5C15A 5GADP 1LWFA 1C0GA 4DQSA 3B6OA 5CHIA 4A5AA 2XY6A 2IOCA 4JI5K 1ASVA 4FVUA 3I56N 4K41A 3WUHA 5KQ8A 4PKHA 4NLCA 3AVCA 4CIGA 5F1XA 4FW2A 4CJ7A 3F73A 2BDPA 3GOIA 4M63C 3G71N 4JK9A 1S72N 2H3GX 4ISFA 2P9IA 4KB1A 3SAHA 2X6NA 3U6FA 4BRAA 3THWB 1Q9XA 4DTXA 4KPYA 3CQYA 3ITHA 4PWDA 4K8ZA 1LCUA 3MXJA 5JLFA 3ID8A 1HYZA 2QK9A 3DI6A 3U3YA 4Y0WA 2KFZA 1SL0A 1RT4A 4YOTA 4IOXA 3DXMB 3OYBA 2Z1GA 1VQPN 1TYQB 1QQNA 3PO5A 3DLEA 2OYQA 2D0CA 3D45A 1TL1A 1JLEA 4BE0A 2KQ2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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