3WXIA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase (ligand-free form)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 168
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxiA01
3O8MA 3FGUA 4BQLA 4BRGA 4WQ5C 1K8KB 1X9JA 5AQYA 2QWMA 4JHDA 4BR2A 1QZ6A 3LDLA 3QBWA 4H5TA 5AQSA 3VENA 1JCEA 4A61A 3RSEA 3CJBA 3MCPA 3ZX3A 3MDQA 2YHXA 2ZGZA 2CH5A 3EO3A 3CQYA 3H46O 4IXCA 4JD2A 2P9NA 1JCFA 1SAZA 2GWKA 1NGCA 4BR0A 1S22A 2P9SB 4MO5A 3R8EA 1G99A 2P9IB 4BG9A 3A5MC 2E20A 3QFPA 3VGMA 2V7YA 3FZFA 4ISGA 1RDWX 1NGHA 3O4WA 3U9DA 1BUPA 4BG8A 1Q18A 4CBXA 5AQVA 2BTFA 1P8ZA 2PAVA 4XH1A 5LY3A 4B1XB 1QHAA 3HZ6A 4CZFA 4CZEA 1BO5O 1T6DA 5AQWA 5FPNA 3DXMB 5AZIA 1J6ZA 4IO8A 3QFUA 4A2AA 4H0TB 4BR5A 1K8KA 2E8AA 2OANA 1KXPA 1MWKA 5CE3A 3A5LC 1ZXOA 5FPEA 5EY4A 3IDHA 1U6ZA 2W41A 3WT0A 1TUUA 2Q31A 2AP1A 3BUZB 5JLFA 4YDUA 5ADXH 5F2RA 3FZKA 3JS6A 4FPBA 4ISEA 5AR0A 3WQTA 2E2OA 4MLEA 1HX1A 2P9SA 4H5VA 3H1QA 1D4XA 2P9IA 3FFKB 3GBTA 4FWKA 3VPZA 1S3XA 4NO7A 2J4RA 1GLJO 4BRHA 3EKUA 1NGIA 2PBDA 2A40A 2YHYA 4BC2A 4JNEA 4EHTA 2IVPA 2V52B 3UKRB 3U4LA 2H3GX 4HTLA 5AQZA 3VEVA 5BN8A 3H1VX 5ELZA 2EWSA 3QB0A 3VEXA 1GLFO 4K25A 3DXMA 3VEOA 1EQYA 4CBUA 3ENOA 1QQNA 4H0VB 1GLBG 2YCHA 4KBOA 5I9EB 1XUPO 2QWRA 3ID8A 4IJAA 3I8BA 5EOYA 5BR9A 3GDQA 4CI6A 5AQOA 1BA1A 4QS8A 3J8AA 3AAQA 4WQ4A 2IVOA 2Q0UA 4H03B 4PKGA 1OKJA 2V51B 5JICA 5LJWA 4BVOA 4WQ5A 3CJAA 3M6GA 3VF6A 4A62A 2VYPA 4FWRA 5BRHA 4H0XB 5KQ8A 2CGKA 2D0OA 3MK6A 1BOTO 3L6QA 3SMSA 1HLUA 3F9MA 4C23A 5BPLA 3A8YA 1MWMA 4M7XA 3SLCA 5B8HA 2D0PA 4PL7A 2Q2RA 3VOVA 2A5XA 4BRQA 4B1YB 3UE5A 5AZIB 4BRDA 5E84A 3D2EA 3UKRA 1WUAA 3DXKB 3UKUA 4BRIA 4FWOA 1QQOA 3G25A 4DHYA 4K42A 1HKGA 4BROA 3H3NO 1ATSA 3HTVA 2FSJA 2QWPA 4BRKA 4JAXA 3SMPA 1NLVA 1NGAA 3WUHA 1NWKA 5FPDA 4H0PA 2NZTA 3VGKA 1GLDG 1QQMA 2FF6A 2VWBA 2Q0RA 3WEEB 4K41A 1BA0A 3VEZA 2I7NA 5BN9A 2IVNA 3SK3A 3O80A 3H45C 5KPTA 4FWNA 2FF3B 3GE1A 3BP8A 4E1JA 3O1BA 3QMLA 3GL1A 3R6MA 5AQUA 1E4FT 5AQLA 1U2VA 1X3NA 1BU6O 3ZX2A 3AY9A 1V4SA 5AQXA 4QS7A 2P9LA 3DXKA 3WXJA 4B1WB 2HOEA 1NGJA 3QDKA 1RGIA 3MN6A 5AQPA 4FOIA 4M63C 2QXLA 3DJCA 1H1VA 4CD1A 4PKHA 4CZHA 4O8KA 1MA9B 3VESA 1NGFA 5TKYA 4DB3A 4H5RA 1HKCA 2ZWHA 1DEJA 5AQNA 3ZX0A 3O08A 4M7YA 3TU5A 2V7ZA 3DWLA 4DQ8A 4QS9A 1HUXA 1TYQB 3U9ZA 3WQUA 5BRFA 3ZETA 4CZKA 4EFHA 5KPRA 3LDPA 1ESVA 3BEXA 3WXKA 4L3QA 5AQRA 4BC5A 5AQMA 3WEEA 4B1VA 4BQZA 2YHWA 4H0OA 2A3ZA 2ZGYA 1ATRA 5F1XA 4MLHA 4FWQA 2QWOA 2E2QA 4BRNA 3VEWA 4K43A 3OHRA 3D2EB 3W3DA 1NGGA 3FR0A 3HI0A 1MDUB 2YI1A 4XEIA 5AQHA 3LM9A 3UKUB 2D4WA 5ADXA 5EVZA 2HMPA 3B8AX 1T44A 3ATVA 3JXUA 5F0XA 3S41A 3A5NC 4CJ7A 2E1ZA 1CZAN 1WOQA 2P9PA 4CZJA 3MMVA 3O6WA 2E1YA 2UYTA 4YDUC 3CJ7A 2FSKA 4BVPA 4B1UB 1JCGA 4IWVA 4H0YB 3SJHA 1XC3A 1Y64A 3CJ1A 1DKGD 1TYQA 2A6AA 2BUPA 3M1FA 5AQFA 1E4GT 3WXIA 5AZJA 3VERA 4LC9B 2WUSA 3IMXA 5JMVA 4EAHD 1TUYA 3I33A 2HF4A 3CJCA 4FWMA 1HKBA 1IG8A 2A41A 3O5BA 1GLEG 3ATUA 2QWQA 4BRAA 1YVNA 1KAXA 1U2VB 3MN5A 3W0LA 4Z94A 4FO0A 4IZ9A 2QM1A 3H3OB 4BRCA 4CZGA 3IUCA 1GLCG 1HPMA 1GLLO 3R9PA 3P4IA 4H5WA 2P9LB 2GUPA 3D2FB 3BF1A 5LJVA 2ASMA 5AQJA 1C0GA 3HSCA 2HF3A 1YXQA 2P9UA 5AFUH 2FXUA 2ITMA 3C7NA 3VF2A 3CIPA 3VF4A 5BRDA 1QZ5A 2A42A 3ZETB 3CHWA 4WQ4C 1Z05A 1R59O 4BRPA 4ISFA 4H5NA 1YAGA 1V4TA 4BR9A 2GEMA 3GG4A 1XQSC 4BGAA 2CH6A 4EIAA 4A2BA 4BC3A 3EKSA 5FPMA 3UB5A 4BR7A 5KQDA 4FWLA 1DGKN 3LDOA 3HBTA 1NGBA 3EZWA 4AM7A 3MN9A 5AFUA 3FZLA 5EXWA 3U8XA 3FLCO 1BDGA 4DCHA 2QWLA 1NGEA 4I6MA 3VEYA 2W40A 3CI5A 1X3MA 1IJJA 3KVGA 5AQQA 3D2FA 3MN7A 4XH5A 3ULEB 4BRLA 1YUWA 2P9KB 2ASPA 4RWTA 5AQKA 3IFRA 2AA4A 5AQTA 1ZC6A 2P9PB 3FE1A 5AQGA 2I7PA 3KHYA 3L4IA 2CGLA 5BREA 4CZMA 4O5FA 3LDNA 4BRFA 2F9WA 4CZLA 1KAYA 3ZEUA 5AZJB 4B9QA 3CERA 1NMDA 3O1WA 2YJFA 2VCPA 4PKIA 4GY2B 4IJNA 3GOIA 2QW9A 4AM6A 1LOTB 4HWIA 2YJEA 3CETA 3LDQA 4NB4A 2NLXA 3CQXA 3QBXA 4RTFD 4CZIA 1ATNA 3DAWA 3A0IX 3EN9A 4WYBA 4FWSA 2NRHA 5EX5A 3KZBA 4FOEA 2GTDA 2D1KA 4BRMA 2P9UB 4PL8A 1C0FA 4FWPA 3BF3A 4MO4A 5AQIA 2ASOA 3C7NB 1BWFO 3ULEA 3WXLA 2P9KA 4B1ZA 2E2NA 4FPAA 5BPNA 1GLAG 1ZBSA 3ENHA 3HM8A 1SZ2A 4BC4A 2Q97A 4RCHA 1BG3A 3FZMA 3AAPA 4CD3A 4FSVA 4J8FA 2DPNA 3AARA 4XH4A 1Z6RA 4JHDB 2ZF5O 2Q1NA 1T6CA 2E88A 2QWNA 3RSEB 1NGDA 1HJOA 4EHUA 3LM2A 3EL2A 4BREA 4FL9A 3L0QA 4JD2B 2P9NB 4I6MB 3D7EO 5E26A 3VGLA 2CGJA 2IIRA 2E2PA 2KHOA 4F9OA 4JN4A 2FLOA 3TPQA 3M3ZA 3H6EA 4Y0WA 5JLHA 3LL3A 3FZHA 1NBWA 4BR4A 5KPZA 2GWJA 2FSNA 4CBWA 2Q36A 5BPMA 1SQKA 1KAZA 3QICA 3CJ9A 1NM1A 2GELA 2F9TA 1RFQA 3ZEUB 3VETA 4BGBA 4GNIA 3C0BA 1LCUA 3A5OC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O8MA 1TGOA 4BQLA 1KTQA 1X9JA 1KVCA 2QWMA 4JKGA 3OYDA 4CEFA 2PY5A 1HNZK 1RILA 4CJVA 4BR2A 5AQSA 5HROA 1TK5A 1JCEA 3ISNC 3LAKA 3L2QA 1N34K 4CJ5A 3MCAB 2CH5A 3H46O 2P9NA 1JCFA 1NGCA 3SBTA 4MO5A 1G99A 4J2AA 3P83D 3DMJA 2E20A 3QFPA 3K58A 4LH4A 3MXMA 4GMJB 2OTJN 1IBKK 3MX2A 2UUBK 2PAVA 5LY3A 3HM9A 3ZSWA 1T6DA 2B6AA 2O8BA 5AQWA 1J6ZA 4IO8A 3CFRA 4FJKA 3QLHA 2E8AA 2OANA 1WSEA 3A5LC 3PIPL 5FPEA 3IDHA 4DG1A 1TUUA 1JL2A 2Q31A 1HYVA 2EHGA 4I7FA 2AP1A 3BUZB 3IAYA 4R79A 2YV0X 4YDUA 1JLBA 4FPBA 1HYSA 5AR0A 3NF9A 3WQTA 1B9FA 4YNQA 4HCCA 3F73A 4H5VA 4WFNL 1NU0A 3H1QA 4DV7K 3QNOA 4ILGB 3GBTA 3M8SA 1RT4A 3RRGA 3R3LA 1TVRA 4NO7A 3AVIA 4Z4CA 4M3XA 3CQ8A 1VSHA 3VEVA 4DV4K 3VEOA 3OYBA 2BDPA 1QQNA 1YF5L 5TKWA 4IOCL 3RR7A 4KBOA 2HVHA 1T3VA 3CYMA 3NF8A 2WC9A 4HUEA 2HHTA 4BWJA 4JK8A 1BA1A 3NH0A 1C0TA 3CCUN 1ASWA 4RW6A 2LSNA 4PKGA 1OKJA 2D0AA 1X1PA 3SQ4A 5I3UA 4C8KA 3E1YA 3M6GA 3CMEN 4H0XB 2YKMA 3MK6A 1BOTO 3LP3A 3SMSA 5BPLA 4CHZA 5SWMA 2QI2A 3DRPA 3SLCA 5B8HA 3SAHA 3VOVA 4KKOA 4B1YB 3UE5A 5AZIB 4DU4A 4BRIA 1KFDA 4FWOA 1QQOA 4DHYA 4B9UA 1NKEA 4LFCK 3H3NO 1ATSA 2FSJA 3OYJA 3PSFA 4JRPA 1NLVA 1OVQA 4M3ZA 2GV9A 3IKMA 1G15A 1WAFA 4DSEA 3AO3A 3OYNA 4LFAK 3VGKA 3MEEA 4CHOA 4R5PA 1J54A 4K41A 3HXMA 1S72N 4JI4K 3VQ8A 2I7NA 5BN9A 2UXCK 1J5OA 1RTIA 3H45C 5KPTA 2ZQBA 4HCBA 3THYB 3C6UA 3BP8A 4E1JA 2HVIA 3O1BA 3AVBA 1VRTA 3KD1E 3GL1A 3AVFA 5HLFA 4EZ6A 1U2VA 1UWBA 1NOYA 1Q7YO 1NJYA 2P9LA 3WXJA 2ZD1A 1NJZA 2HOEA 3P5JA 3V4IA 3QDKA 5AQPA 2OPRA 1BI4B 1XI1A 4O8KA 4LY7A 3TAPA 1NGFA 4H5RA 1S1TA 1WSJA 1HKCA 2Z1JA 2ZM6K 4DSLA 3DLHA 4M7YA 5CR4A 3G4SN 3QESA 4QS9A 1HUXA 1TYQB 1QSYA 3BEXA 1XC9A 5AQRA 3TSPA 4GKJK 3DM2A 2YHWA 4MLHA 4LSNA 3ULDA 4KHPK 4FWQA 1YI2N 4I9LA 3U6FA 1RT7A 1HJRA 1TAQA 2JLEA 1MDUB 5I42A 4TSXA 3H08A 2Z1GA 3WNFA 5ADXA 3HVTA 3SBGA 3JXUA 4FZXC 3AO1A 4NCGA 4KHYA 3S41A 3N4QA 1U47A 5M1KA 3V6DA 1QQCA 1LWFA 3CCLN 1N8RO 1CXQA 1BI4A 3Q7BA 4W5NA 2IDOA 1CZAN 1OVYA 2P5OA 1TK0A 3AVAA 2FBVA 3ZSQA 1VK0A 3TR8A 2FSKA 3AVGA 4H0YB 3CJ1A 1TYQA 2A6AA 4DMNA 5AZJA 3CJCA 1D9DA 3V9XA 2A41A 1ASVA 3O5BA 4CGIA 4FJJA 4JK7A 3J80O 4OLBA 5KRTA 2ETJA 1UAXA 1SL1A 2RF2A 3SQ0A 3IUCA 1GLLO 3P4IA 4AILC 2GUPA 3D2FB 3O4NA 4YHHK 3BF1A 3TI0A 1A5WA 1FW6A 4CJWA 5AQJA 1C0GA 4J2EA 2ZJPL 3CG7A 3G6EN 1LV5A 2FXUA 3CIPA 3KWGA 2A42A 1LWCA 4WQ4C 3S9HA 3CC7N 1Z05A 4X62K 2W6LA 4ISFA 2VG5A 3OBYA 4DQPA 4Q0BA 2YHAA 4DLEA 4H5NA 1RT1A 4ICLA 4FJHA 4EIAA 3EKSA 2D5RA 3HBTA 3EZWA 3MN9A 4E0DA 4CJ3A 2HHHK 4FLXA 1IJJA 4FJ9A 4KFBA 4JI8K 3KVGA 4CEQA 3D2FA 3MN7A 4XH5A 4CIEA 4DV6K 2QKKA 4LF6K 4OLAA 2AA4A 3THVA 5AQTA 1D9FA 1BQNA 4BY9C 2F8SA 1VSEA 3SV4A 5AQGA 3KHYA 3L4IA 2CGLA 1TKTA 5M1NA 4BRFA 3ENBA 3D45A 1KAYA 1NK5A 3ZEUA 3J7AP 4LF5K 4PQUA 2EX3A 4G9ZA 2YNGA 1YTAA 4CEBA 3ZSYA 4O44A 3LDQA 2WTUA 3QBXA 3TABA 3CC2N 3KLEA 1U48A 1ATNA 2E4LA 3DAWA 1RT3A 2P1JA 3EN9A 1DLOA 4WYBA 5EX5A 3KIOA 4EP5A 2GTDA 3K9KA 3NH1A 2P9UB 3L3UA 2W42A 3I0RA 4PL8A 3E01A 3S3NA 1BWFO 3WXLA 4B1ZA 5BPNA 4RW8A 1IH7A 1VSKA 3NHGA 3HM8A 4BC4A 3HRGA 5KRSA 3FZMA 3ID6A 4CD3A 4FSVA 2JWKA 3PIOL 1REVA 2ZF5O 3NE6A 4JKDA 4FJ7A 2NRZA 3QEIA 3PSIA 4NYFA 4CERA 4FLUA 3PLAA 1SL2A 4CFAA 4BDZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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