3WXIA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase (ligand-free form)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 168
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxiA01
3QDKA 4FWLA 3ID8A 5JLFA 4FWNA 3CQYA 5AQHA 4BRIA 3QMLA 4CZHA 5FPMA 1NGHA 4H5WA 3FZKA 4H0OA 5KQ8A 4CBWA 1BOTO 2W41A 4F9OA 3GE1A 2AP1A 2GWJA 2W40A 1RGIA 2CH5A 4H0YB 2P9LB 4K42A 4XH5A 4Y0WA 2ZGZA 4DHYA 2IIRA 3MK6A 4CZLA 4QS8A 5JLHA 1NGEA 3CI5A 2ITMA 2QW9A 4HWIA 3LDNA 2QWLA 3B8AX 4YDUA 5E26A 1ATRA 5JMVA 1KAZA 3O6WA 4BVPA 4BR0A 1U2VA 3CHWA 4EHTA 3DXKB 3VEVA 1X3MA 3GG4A 4WYBA 5FPEA 3ULEA 1Z05A 3CJAA 1V4SA 2YHYA 3D7EO 5AQIA 3AAPA 3O1WA 4RTFD 1GLCG 3M3ZA 4B1UB 4FOEA 2A40A 4CZGA 3AY9A 3QFPA 5KQDA 1LOTB 2GELA 3LDPA 3LM9A 1T6DA 3HSCA 1JCEA 1TUYA 2VWBA 3FZFA 3ZETB 1NGDA 2PAVA 3I8BA 2NRHA 2Q0UA 4EAHD 3G25A 2Q36A 4CBUA 2P9NB 3WXLA 2J4RA 3UE5A 5F1XA 4ISGA 5EX5A 3KHYA 4BRCA 2FSKA 4MLEA 3FZHA 3U9ZA 3ATVA 1HKCA 2D1KA 3EZWA 5AQVA 5KPZA 5LJWA 3AARA 5LJVA 1GLEG 5EY4A 1BUPA 1HUXA 4MO4A 3ZX3A 2QWPA 5FPNA 4ISFA 2CGJA 4FPAA 4QS7A 4BR5A 1QQOA 3QB0A 2IVPA 4FWMA 1NMDA 4H5RA 3VENA 4RCHA 2P9UB 4KBOA 4BC3A 5AQZA 2ASPA 3A8YA 3EL2A 4BRQA 3ENHA 3TU5A 3L6QA 4K41A 3WEEA 3UKRB 2YHWA 4JNEA 4FSVA 5AZIA 4B1ZA 3U9DA 5BPNA 2YJFA 3H3NO 3H1QA 4B1VA 1T44A 1NM1A 1DGKN 3D2FA 1DKGD 1C0FA 2YHXA 2PBDA 3HI0A 2V52B 2HMPA 3H1VX 4DQ8A 1IJJA 3A5OC 1GLBG 3FZMA 4H5TA 2V7YA 4MO5A 4PL8A 3C7NB 4CJ7A 1NGFA 3VGKA 2FLOA 1BU6O 4QS9A 4ISEA 4CZEA 2E1ZA 2QWNA 4JHDA 4K43A 1U2VB 3IDHA 4A2AA 1R59O 5AZIB 3ZX2A 3WQUA 3MMVA 2P9KB 4PKHA 2F9TA 2P9IB 3BP8A 2VYPA 3UKRA 3VGMA 3WEEB 2NZTA 5AQRA 3CJ7A 5TKYA 3DWLA 4LC9B 3GBTA 3JS6A 2HOEA 4AM6A 3I33A 3VGLA 1NGCA 3DXMB 2Q2RA 2FXUA 2E1YA 3C7NA 1BWFO 1T6CA 1SZ2A 2GUPA 1X3NA 4CZKA 2FSJA 2A41A 3LL3A 1XQSC 4BQLA 2ASOA 3A5NC 2BUPA 2A3ZA 4BRPA 4HTLA 4FPBA 4EFHA 4M7XA 1NGAA 3FGUA 3LDLA 3SK3A 5ADXA 1BA0A 1CZAN 3ULEB 3H3OB 4BG9A 3MDQA 1Y64A 1ZXOA 4M7YA 4IZ9A 5AQWA 1KAXA 4EIAA 5AQOA 2P9UA 1HKBA 1Q18A 3MN6A 3BF3A 4XH1A 3VEZA 3WXKA 2H3GX 2Q0RA 3O80A 3IUCA 1P8ZA 5FPDA 2ZF5O 3WXJA 3GDQA 3SLCA 3VESA 3FFKB 1NWKA 2P9SB 1WUAA 4BC5A 3ENOA 5AQNA 4FO0A 3U4LA 4I6MA 2UYTA 2WUSA 3EKSA 4FL9A 3VEXA 4B1WB 4RWTA 3QICA 1GLDG 4MLHA 3O4WA 3F9MA 2ZWHA 2FF6A 4CD1A 1QHAA 5AZJB 3CERA 1ATSA 4NO7A 2I7PA 3LDQA 2V51B 4B9QA 4H5VA 1GLJO 5ELZA 1Z6RA 1WOQA 3BUZB 5AQPA 4BRNA 1NGGA 2P9SA 3EKUA 4K25A 1S3XA 2HF4A 1BO5O 3KVGA 2DPNA 2QXLA 4BR4A 5AQYA 2I7NA 5AZJA 2GEMA 1YUWA 2IVOA 2FF3B 4BR7A 3DXMA 4DB3A 1YVNA 3LDOA 4FWKA 3BEXA 4BVOA 4FWPA 5AFUH 3ZEUB 5KPTA 3ZX0A 1QZ6A 3O08A 2YCHA 2QWRA 2EWSA 3CIPA 2CH6A 5AQQA 2VCPA 1H1VA 4H0XB 4A62A 1K8KA 4FWSA 4C23A 1HKGA 2NLXA 3CJ1A 1GLFO 2ASMA 4JHDB 3A5MC 3W3DA 1OKJA 5LY3A 1KXPA 2YJEA 3CQXA 3VF4A 3CJBA 3ZEUA 3M1FA 2Q1NA 2P9PA 3MCPA 4L3QA 4IWVA 4JN4A 1EQYA 2QM1A 1MDUB 3AAQA 3QFUA 5CE3A 4CZFA 2ZGYA 4BRLA 2E2NA 1ZBSA 2HF3A 1K8KB 1NGBA 2CGKA 2A6AA 1QQNA 5EXWA 5F2RA 3EO3A 4NB4A 4IJAA 4A61A 4BC2A 3FR0A 1QZ5A 4BGBA 2Q31A 5AFUA 5BRHA 3DAWA 5F0XA 5JICA 3GOIA 3H45C 1NLVA 1YXQA 3HM8A 5AQMA 1ATNA 1X9JA 2D4WA 1V4TA 4JD2A 3R8EA 5AQUA 1J6ZA 3S41A 1DEJA 5AQKA 5AQGA 3P4IA 2E88A 3FE1A 3O5BA 4WQ4C 3L4IA 4B1XB 4CZMA 3FLCO 3J8AA 3VETA 4GNIA 4CBXA 3VEWA 5BREA 2E2PA 2P9NA 3VF6A 3FZLA 4AM7A 3QBXA 3DJCA 2A42A 2GWKA 3MN9A 1QQMA 3VPZA 2P9PB 3HTVA 4WQ5A 1D4XA 1KAYA 2P9KA 3H6EA 1BDGA 4BREA 1NBWA 4H5NA 3SJHA 4BROA 3WXIA 4H03B 2QWMA 3MN7A 3D2FB 4O8KA 4BRGA 5AQXA 2BTFA 2AA4A 3WUHA 2QWQA 5EOYA 2D0OA 3QBWA 3CJ9A 1GLLO 5BPMA 4YDUC 4BRAA 4H0PA 2IVNA 5I9EB 4WQ4A 4O5FA 5AQSA 3CETA 4XH4A 1TYQB 3A5LC 3VEYA 5ADXH 4IXCA 1ESVA 2E8AA 5B8HA 3TPQA 3DXKA 2KHOA 3OHRA 1TUUA 3VOVA 3L0QA 4BR9A 3ZETA 3JXUA 5E84A 1NGIA 2QWOA 1JCFA 5AQTA 3RSEB 1RFQA 1U6ZA 4BR2A 4WQ5C 3O1BA 2Q97A 5BRFA 4FWOA 1GLAG 1NGJA 1S22A 4H0VB 1RDWX 5AR0A 3VERA 4BQZA 5BR9A 5BN9A 2A5XA 5BPLA 4PL7A 4BGAA 5AQFA 4CZJA 3LM2A 5BRDA 3MN5A 4BC4A 1BA1A 1MWKA 1E4FT 4EHUA 4BRDA 2YI1A 5EVZA 1SQKA 1YAGA 3ATUA 5BN8A 4I6MB 2V7ZA 2P9IA 3BF1A 4BG8A 4BRHA 1JCGA 3IMXA 4GY2B 4BRKA 1G99A 4Z94A 2GTDA 3GL1A 1HPMA 4J8FA 5AQLA 4FOIA 1MA9B 3RSEA 3A0IX 4CD3A 4BRMA 3H46O 1SAZA 2E2OA 3R9PA 3UB5A 3SMSA 4CI6A 1XUPO 5AQJA 5KPRA 4A2BA 3D2EB 3M6GA 3IFRA 2CGLA 2F9WA 4B1YB 1TYQA 4JD2B 1HX1A 3SMPA 1IG8A 2E2QA 1XC3A 1MWMA 4M63C 3EN9A 3C0BA 4FWRA 2D0PA 4IJNA 4IO8A 3W0LA 1ZC6A 1E4GT 3KZBA 3VEOA 2E20A 3CJCA 2P9LA 3UKUB 4JAXA 3D2EA 2FSNA 4FWQA 3HZ6A 1BG3A 1HJOA 3WQTA 4BRFA 4E1JA 4PKIA 3VF2A 4DCHA 3HBTA 4PKGA 3WT0A 4CZIA 2OANA 4H0TB 3UKUA 1LCUA 3R6MA 4XEIA 3U8XA 3O8MA 1HLUA 1C0GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QDKA 4FWLA 3ID8A 1YJWN 3CQYA 3CCJN 4CZHA 5DM7L 2OZSA 1NGHA 3SQ0A 3FZKA 1QQCA 2AP1A 2FBXA 3HPGA 2GWJA 4KHSA 2VQFK 4CK3A 4Y0WA 2P9LB 4K42A 3KK2A 3ZT1A 3WNEA 1ZBHA 3HPOA 2WOMA 4FW2A 4CZLA 3SPYA 3B6OA 3VQQA 2QW9A 4HWIA 3DLKA 1VQLN 3LDNA 4NLCA 3L4QA 1KRPA 3PV8A 1VSFA 3CHWA 2W42A 3TWHA 3DXKB 4KHQA 4CHPA 1VQ6N 3AAPA 1YTAA 3O1WA 1T05A 4B1UB 4FOEA 4KHPK 1E3MA 2B6AA 3OYMA 1SV5A 4KO0A 2HMIA 1XI1A 4CZGA 4CF9A 3VQDA 3ZLJA 2ZM6K 3LM9A 3HSCA 1JCEA 3RVCA 5IWAK 3ZETB 3TTCA 2PAVA 1XNQK 2P5OA 2Q0UA 2Q36A 3AA5X 4IOCL 4ISGA 1IKWA 1IKXA 5CZ2A 3MXMA 5AQVA 3VQEA 3K5NA 4C8OA 1A5XA 3KD5E 4JKBA 5EY4A 2QA4N 1BUPA 4LF4K 4MO4A 3MX5A 4BE0A 1QQOA 5J2MA 2ZJPL 1I39A 4RG8A 2ZQBA 3J80O 5MLCQ 4HUEA 4IG0A 3PX6A 1W2BM 4GVEA 5AQZA 4BACA 3ZT3A 4YOUA 4I2PA 1L3TA 3CC7N 3WEEA 2F4VK 3RMCA 4JNEA 2YKMA 4FSVA 2O8FB 3P1GA 4B1ZA 2Y1IA 3RMBA 1RDDA 4FK4A 4DSLA 3H1QA 1YI2N 1T44A 1NM1A 1YT3A 3LWMA 1NK7A 1Q82O 2V52B 2E5LK 4NLBA 2QTDA 1IJJA 1GLBG 4OKKA 1HQEA 3SAHA 1BU6O 4CZEA 2E1ZA 2RF2A 4CE9A 2Z1HA 4E1MA 4EZ6A 1FKOA 4A2AA 1R59O 2P9KB 3HJFA 3OYDA 3BP8A 4CF2A 4L8RB 3CJ7A 3T7ZA 2ETJA 4B8AB 1TK8A 3F2KA 3DLHA 4DTJA 4AM6A 3QEPA 3MAQA 5GINA 1W9HA 1JLCA 1SZ2A 3AO4A 3VQ7A 1LAWA 4M3ZA 3KWGA 5LMUK 4I9QA 4AHSA 4KHYA 1XQSC 1K8AO 3EE9A 2HHSA 1JLEA 3NE6A 1I3AA 2G8HA 1NGAA 5J2NA 3Q7BA 3ULEB 3NGYA 4M7YA 3QNNA 5AQOA 1N6QA 3RMAA 3MN6A 1CLQA 1X9MA 4XH1A 3WXKA 2Q0RA 5FPDA 1OH6A 4HTUA 3NH0A 1WUAA 4BC5A 1VSEA 3ENOA 1JL2A 4FO0A 2OTJN 4I6MA 2BDPA 5J1EA 1TKXA 3EKSA 3DI6A 4FL9A 4B1WB 3L2QA 1GLDG 4MLHA 3O4WA 3F9MA 3MCAB 5AZJB 2NNWA 3CCSN 3CERA 1C1AA 4NCAA 1T7PA 2V51B 4CEDA 1RTJA 4B9QA 3T19A 5ELZA 3MEDA 1TV6A 4DS5A 1BI4A 3MEEA 3VQ4A 3SQ1A 4O55A 1NGGA 3AVJA 3EKUA 4K25A 2QK9A 5HOOA 2JGUA 1JL1A 4K8XA 3KVGA 4CFDA 1D9FA 2QXLA 4BR4A 2I7NA 5AZJA 3ZT4A 1YUWA 4BR7A 3DXMA 3LDOA 2JWKA 4BVOA 4QOZB 3ZX0A 2O8DA 3O08A 3V6DA 1N32K 4ELTA 2UXCK 5HLFA 3M8PA 1KLNA 3HP9A 4KTZA 3LANA 3CJ1A 2OPPA 1X9SA 3DLGA 1FXXA 3ZEUA 4WE1A 4IWVA 2QM1A 3AAQA 3QFUA 3CQ8A 4DFJA 2ZGYA 2E2NA 5SZTA 1K8KB 2CGKA 4HHTA 1IBKK 5EXWA 4AF1A 1ZBLA 4CHQA 3EO3A 3PSIA 4NB4A 1WSJA 5C2FA 5J2PA 3K9JA 4M3UA 3ASMA 2Q31A 5BRHA 3OBWA 1WLJA 1C0UA 2NRXA 1GOCA 5AQMA 1VQ7N 2D4WA 1VSIA 5GIOA 5AQUA 1RBTA 4AQYK 3S41A 5SWMA 3U3GA 2G8IA 3RWUA 1ILYA 2E88A 4CJPA 4CGFA 4J2AA 3L4IA 4LF7K 3FLCO 4GNIA 2WONA 4CBXA 1BCMA 4M3XA 4YOTA 2E2PA 3JYTA 1S1VA 3MWPA 2IOCA 1ZBIA 3V1OA 1Y97A 4DR5K 4BE1A 3MN9A 1VRTA 1WBDA 1KAYA 2P9KA 3H6EA 1BDGA 3SJHA 1C0TA 4CGHA 3SZ2A 2QWMA 1B92A 1KVAA 4O8KA 5HP1A 4B08A 3SYZA 2OCEA 3EE8A 5EOYA 2KFNA 3QBWA 1XWLA 3OS2A 1XHZA 2G8FA 1WSHA 3VA0A 4OPJA 4O5FA 3ULDA 3SV4A 4DUZK 3LZIA 2JWLA 3CETA 4XH4A 2KW4A 4YFUA 1BQNA 4IXCA 1QVFM 5B8HA 3TARA 3TPQA 2HHUA 4DQIA 1NKEA 3DXKA 2KHOA 3OHRA 1TUUA 1WNSA 3L0QA 4BR9A 4DTOA 1BL3A 1NGIA 3RSEB 4B8CA 1NJZA 4BR2A 4GV9A 4LF6K 3O1BA 4X65K 1CZ9A 3LAMA 1HNIA 1S22A 1U04A 1RDWX 5AR0A 2B5JA 4FJMA 4B3MK 3SPZA 3O9UA 5BN9A 4F4KA 3S3MA 1XC9A 2DFEA 3P38A 4CJSA 3MN5A 3NBPA 1MWKA 4RW9A 2YI1A 2HW3A 1K73O 1QSYA 2P9IA 2V7ZA 3IMXA 4B3TK 4Z94A 3K57A 2GTDA 4J2EA 4J8FA 1RT1A 1MA9B 2D0BA 4UY8O 1YHQN 2Q3SA 4CJTA 2PYJA 3U6FA 5HROA 4CD3A 2EX3A 2Z1IA 4CI6A 3LDSA 1LWEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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