3WXIA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase (ligand-free form)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 168
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxiA01
3WXLA 3H1QA 3CQYA 3FZHA 3FZMA 5JICA 1GLLO 2E2PA 4FOIA 2UYTA 2DPNA 4CD1A 3EN9A 3GE1A 2YI1A 3QICA 4CZLA 2V51B 2FSJA 1KAYA 1NWKA 2QWOA 3D2EA 4BG9A 4FWQA 4PKIA 1QHAA 2W41A 5KPRA 2CH5A 4JD2B 4BR0A 4MO4A 2IIRA 4PL7A 2YJEA 4A2BA 2A41A 3KHYA 1XC3A 2AA4A 3CQXA 3WEEB 1IJJA 2QWLA 1NGHA 1LCUA 4O5FA 3IUCA 3ZETA 1GLCG 3MN5A 2P9SB 3EZWA 1JCGA 3BEXA 4CJ7A 5KQ8A 4BVOA 3B8AX 2A42A 4JN4A 4IXCA 2IVOA 3QBXA 2GWJA 5AQQA 3BF1A 1JCFA 4FWKA 1NGAA 4H0VB 4EHTA 2P9PB 2P9LB 2F9WA 1GLAG 5E84A 2P9SA 3AY9A 3MDQA 3VF6A 3O1WA 2D4WA 1HKCA 1WUAA 5EXWA 2ZWHA 5AFUH 4CD3A 5AQJA 1ESVA 4BRKA 1BOTO 1SQKA 4FL9A 3ATVA 1TUYA 3H3OB 4H0OA 5EOYA 4L3QA 3GL1A 3VGLA 4J8FA 3QBWA 3ATUA 3A8YA 3D2EB 1HLUA 3P4IA 3UKUA 2ASMA 1J6ZA 5FPNA 2PAVA 4WYBA 3DXMA 3GDQA 1TUUA 1QQOA 2FF3B 4MO5A 3ZEUB 4BRDA 3M3ZA 4BRQA 1GLFO 5EY4A 1MWMA 1NGFA 2YHYA 5JMVA 4FSVA 5AQWA 4BQZA 5BRFA 2V7ZA 4CZEA 3A5OC 2HOEA 5BPLA 3IMXA 2Q1NA 1BUPA 3D2FA 4BRGA 1NMDA 3VEYA 4QS9A 1K8KB 3QDKA 4FWMA 4RTFD 4XH1A 4ISEA 1GLDG 1NGDA 2FSNA 3U8XA 4Z94A 3C7NB 1S3XA 5KQDA 5JLHA 5AFUA 3IDHA 5AQXA 3CIPA 3BUZB 3WQTA 4XH5A 4FWRA 4JD2A 3CJ9A 4CZMA 1C0FA 3ZETB 3VERA 4B1XB 4BQLA 2QM1A 3VEZA 3O6WA 4H5WA 4NO7A 4IZ9A 5AQMA 3G25A 3SK3A 4A62A 3QMLA 5BN9A 4H0PA 3H3NO 3SLCA 1WOQA 3C7NA 4BC4A 5LY3A 2YHWA 3JXUA 5KPTA 1MA9B 1X3MA 4O8KA 1NGIA 3HI0A 3HZ6A 3LM2A 5AQPA 1ZC6A 3FZLA 2J4RA 1HX1A 1TYQB 1KAZA 4WQ4C 4CBUA 3QFPA 2P9PA 2VWBA 3GBTA 3TU5A 4MLEA 3M1FA 4GNIA 3GG4A 3W3DA 1HKGA 3RSEB 2P9UB 3F9MA 1DGKN 1GLEG 4BR9A 2FSKA 4NB4A 2NLXA 4JNEA 2QXLA 4H0XB 2E2QA 1QQNA 4FWOA 4BR2A 1NGCA 1RDWX 4Y0WA 4M63C 1NGJA 4DB3A 1T6CA 1BG3A 4XH4A 4BG8A 2AP1A 1NGEA 2D0OA 3VF4A 4BRLA 3DJCA 3A0IX 4FPBA 5AQVA 4JHDA 1V4TA 1R59O 4A61A 3UB5A 4A2AA 2KHOA 4BC2A 2CGJA 3QFUA 1T44A 4BRMA 2YHXA 2FXUA 2GWKA 3ZX2A 2Q36A 3QB0A 1XQSC 2Q97A 3CJCA 1BA0A 2ZF5O 2CH6A 4WQ5C 4H0YB 2F9TA 2P9NA 5ADXA 4FO0A 4HTLA 5EVZA 2HF3A 5BR9A 3VEXA 2ZGYA 2Q0RA 3VEOA 2BTFA 3EKSA 4DHYA 1QZ6A 2IVPA 3AAQA 3LDNA 3VEVA 5LJVA 2A5XA 4EFHA 5AQNA 1HJOA 1Z05A 4K43A 3IFRA 2P9NB 4H5NA 3L4IA 3LDPA 4KBOA 5LJWA 1S22A 1NLVA 3HBTA 4B1ZA 4BVPA 3FGUA 3SJHA 4YDUA 4XEIA 4FWPA 5AQOA 4M7YA 4I6MB 4CZFA 2I7PA 2A6AA 3HTVA 1YUWA 4B1UB 5AQHA 4CZHA 4BR4A 1JCEA 2QWQA 3WQUA 3U9ZA 2GUPA 5TKYA 1QQMA 2P9IB 5BRHA 4WQ5A 3I8BA 3VETA 4EAHD 3UKUB 2A40A 1U6ZA 5F2RA 2YJFA 3O1BA 3L6QA 2QWMA 4CZGA 4BR5A 3HSCA 1ATSA 3ULEB 4BC5A 3EKUA 1MDUB 4AM7A 1RFQA 2BUPA 3SMPA 2GELA 3U4LA 3A5MC 1ZXOA 4RWTA 1K8KA 1X9JA 2W40A 2P9KB 3VENA 3FLCO 2E8AA 4QS8A 3KVGA 1P8ZA 3CERA 3VOVA 1DKGD 3UKRB 3DXKA 4CZJA 4F9OA 1HPMA 2I7NA 1NGGA 2HF4A 3WT0A 3R9PA 4IJAA 5FPEA 4H0TB 3H1VX 5AZIA 3MK6A 3CHWA 3WUHA 4BRFA 5AQKA 1SZ2A 4BROA 4FWSA 1T6DA 5BPMA 1QZ5A 3WEEA 4JHDB 3WXKA 4CBWA 2Q31A 1NGBA 5B8HA 3MN6A 5ADXH 2GEMA 3KZBA 4FWLA 5AQFA 5CE3A 1DEJA 3HM8A 3JS6A 5AQGA 4BRCA 1Q18A 5EX5A 4M7XA 3DXKB 3LL3A 3MMVA 5AZIB 4FOEA 5AQLA 3OHRA 4H03B 4GY2B 1Y64A 2P9LA 5JLFA 1SAZA 4BR7A 2OANA 3M6GA 1HKBA 3WXJA 2E2OA 4YDUC 3ZX0A 5BPNA 1GLJO 3FZFA 2H3GX 3SMSA 2ZGZA 3ENHA 2ITMA 5AZJB 4BGBA 3FFKB 4FWNA 3VF2A 2E88A 1RGIA 3O80A 1ATNA 1C0GA 4PL8A 4FPAA 3D2FB 4C23A 2V7YA 3ID8A 1IG8A 4BREA 2PBDA 5KPZA 3UKRA 1E4GT 1LOTB 1TYQA 1MWKA 3D7EO 5AQUA 4BRPA 4CI6A 2FLOA 5AQTA 3O8MA 5AZJA 2FF6A 3CETA 3O5BA 2A3ZA 2D0PA 3DXMB 2VYPA 4EIAA 3ZEUA 3LDOA 5F1XA 2CGLA 2E2NA 2P9KA 1KXPA 2V52B 3C0BA 4JAXA 4BRAA 4H5TA 1D4XA 4BRHA 1Z6RA 5ELZA 3AARA 2E20A 5BREA 2ASOA 5FPMA 2NRHA 3H46O 3UE5A 1YXQA 4K41A 3AAPA 1E4FT 4BGAA 3VPZA 1BO5O 2Q0UA 3BF3A 5BN8A 1U2VA 3R8EA 5AQRA 1KAXA 3EL2A 4K25A 3CJ1A 2CGKA 1YAGA 1XUPO 3H6EA 4IJNA 1ATRA 4IWVA 3VESA 5BRDA 3GOIA 3O08A 4E1JA 4LC9B 3MCPA 3H45C 4B1WB 5E26A 2P9UA 2HMPA 4ISGA 3ENOA 4H5VA 4PKHA 4QS7A 4DQ8A 5AQZA 3LDLA 3EO3A 2QW9A 4EHUA 4I6MA 1NBWA 2VCPA 3MN9A 5I9EB 4ISFA 4B9QA 1EQYA 3J8AA 1G99A 4WQ4A 3DAWA 4CZIA 3CI5A 3CJAA 3VGKA 4B1VA 3S41A 3A5NC 4IO8A 4PKGA 2GTDA 3MN7A 5AR0A 5F0XA 1HUXA 3R6MA 1BDGA 1X3NA 4K42A 1V4SA 2QWPA 1H1VA 4H5RA 3FR0A 3A5LC 2Q2RA 3I33A 3FE1A 4MLHA 3L0QA 3O4WA 1OKJA 3VGMA 2E1YA 2QWNA 4BC3A 4BRNA 4CZKA 2NZTA 1BA1A 3VEWA 5AQSA 2IVNA 3TPQA 2WUSA 5AQYA 1BU6O 4BRIA 1GLBG 3CJ7A 1CZAN 3ZX3A 3LM9A 2EWSA 4AM6A 3ULEA 3WXIA 4RCHA 3U9DA 4HWIA 2ASPA 1NM1A 1ZBSA 4DCHA 2D1KA 2E1ZA 1YVNA 1U2VB 2YCHA 3BP8A 3FZKA 3W0LA 3CJBA 1BWFO 4CBXA 5AQIA 4B1YB 3RSEA 3DWLA 2P9IA 3LDQA 5FPDA 2QWRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXLA 3TTDA 4HCBA 3FZHA 2YNFA 2Z1GA 1GLLO 2E2PA 4B9VA 2UYTA 1QE1A 2ZJRL 4CGJA 4AHRA 3GE1A 4DQPA 1NWKA 3D2EA 2W41A 3K5NA 2ATQA 4PHTX 4LSNA 4RG8A 4BWMA 4O4GA 4FJKA 3L4QA 4CJ5A 3WEEB 4E7KA 1IJJA 1BL3A 1RBVA 1VRUA 4KREA 1G15A 1JCGA 3BEXA 4GV9A 1RDCA 1IKYA 4DF4A 4JN4A 4JKBA 1C6VA 3SUNA 5C25A 1TKXA 4CHZA 3TWHA 1BI4A 5M1KA 2YNGA 1HYSA 4FWKA 4HUFA 1XMQK 4H0VB 3U3GA 3PV8A 3KD1E 1RNHA 3C6HA 2F9WA 1D5AA 3SQ1A 4OKKA 3V9SA 3VQ5A 3LZJA 2P9SA 1VQ6N 3ZT0A 1YJNN 4AHUA 1HKCA 1WUAA 5EXWA 5LMNK 1S1TA 2ZWHA 3TANA 4CD3A 2QA4N 4BRKA 3HOTA 4FK4A 3NCIA 1C1CA 4YNQA 4JI8K 3VGLA 3SBGA 4DR2K 4DF8A 1QVGM 3TAPA 1EKEA 1D9DA 5FPNA 3GDQA 5J2NA 4BRDA 5IT9O 4BRQA 1A5XA 1NG9A 1MWMA 1NGFA 5JMVA 3QIPA 4FSVA 4JKHA 2P51A 3B6OA 1U47A 2HVIA 4KO0A 3TAMA 4CEQA 3A5OC 1BUPA 1RT3A 3VEYA 4QS9A 5HRRA 4LF4K 4FWMA 3JSMA 2KLAA 1IKXA 1NGDA 2FSNA 4U67L 1X9SA 1T3VA 1Z26A 5JLHA 5AFUA 3CIPA 4EZ6A 3RR7A 4KHYA 2D0BA 5K14A 2GBZA 3CJ9A 1NK8A 2BDPA 2PFUA 4DG1A 4CZMA 1C0FA 3ZETB 4B1XB 3SUQA 1C0TA 2ETJA 4X62K 3QNOA 1WSIA 4IZ9A 1L3SA 3HJFA 1U48A 4DQRA 3C7NA 4BC4A 3KK7A 1NJIO 4KB0A 2YHWA 1J5EK 3EEQA 4O8KA 2R7YA 1HNZK 4NYNA 5AJ3K 3CCSN 2XY5A 2D5RA 2J4RA 4CBUA 1KAZA 2I5JA 3ENBA 3LAKA 2O4IA 3EYZA 1NKBA 3E9PA 3GG4A 2O8FB 3W3DA 3F9MA 3QIOA 3I8DA 1DGKN 3OYIA 3I55N 2QXLA 4H0XB 4A5AA 2G8UA 3NH1A 4DQSA 1O1WA 4F8RA 4DQIA 4DB3A 4XH4A 1SKWA 1S6QA 2AP1A 4NCAA 2HHXA 4DR1K 4FJNA 4O0IA 1QSYA 1VSHA 4E7HA 4UY8O 2YHAA 2G8FA 4A61A 3TSQA 1VK0A 3K9KA 3L2WA 3TTFA 1S9EA 1XQSC 3QLHA 1KVCA 3M8RA 4H0YB 1T8EA 3SZ2A 1IBLK 2F8TA 4PQUA 4FO0A 1S9GA 3NFAA 3VQPA 3OYJA 5DM7L 5BR9A 5C24A 4GVEA 5FDLA 3VEXA 3KKSA 4DTUA 4GKJK 3LDNA 1FK9A 1JKHA 4EFHA 1HJOA 4K43A 4AHSA 3IFRA 2DTUA 2P9NB 3M8QA 1C1AA 4KBOA 4Q0BA 4NLCA 1NJWA 3PX6A 1IKWA 4BVPA 3SJHA 4YDUA 4XEIA 4FWPA 4M7YA 1NMNA 1YUWA 2RPIA 4CZHA 1JCEA 3V9WA 4W5NA 2KW4A 1IKVA 2F8SA 2RE2A 4EAHD 3L3UA 3UKUB 2X78A 1VQMN 1U6ZA 2YJFA 1BCMA 4FM1A 1W0HA 3HO1A 4B8AB 2F96A 3O4NA 5CY4A 1A5WA 1NJZA 3EKUA 4AHTA 1MDUB 2BUPA 3LWMA 3KLFA 4DTRA 4OLBA 2HBKA 1LW2A 4LD0A 4DS5A 3VQ7A 3KVGA 1BISA 1DKGD 4CZJA 2YNHA 1N33K 2HHQA 1JLFA 3TABA 4CHQA 3WT0A 4OJRA 5FPEA 3O4QA 3H1VX 1N8RO 5AZIA 4LF5K 3CMEN 2YV0X 3QETA 2XY6A 1SZ2A 4C8OA 5BPMA 2HHUA 3BZKA 2GEMA 4TSXA 4BY9C 3TAGA 1REVA 5I42A 3VQQA 4BRCA 1U45A 4LH4A 1XNQK 2KFNA 1W2BM 1EX4A 4E89A 5AQLA 2QKBA 3S3NA 1WNSA 2P9LA 4OPKA 1NKCA 2E6MA 3WXJA 4CJWA 4CJRA 4YDUC 3ZX0A 3EY1A 2YX6A 3K57A 2ZGZA 3CCEN 2NRXA 4BGBA 4Z4CA 1TK0A 1RGIA 3ZT4A 4KH6A 3ITHA 5GIPA 3K58A 1VQ9N 3O3HA 1X9MA 3D7EO 4BRPA 3EZ5A 1Q7YO 3CETA 3O5BA 3DXMB 4BWJA 3L3VA 4EIAA 2XY8A 4FW1A 3RR8A 4IFEA 2LSNA 1KVAA 3P38A 4WFNL 3CCJN 2ASOA 4QAGA 5FPMA 4YOWA 3H46O 3AAPA 4HTUA 1E4FT 3KWGA 1EP4A 1ASWA 3QO9A 3R8EA 5AQRA 4DQQA 3ULDA 1XMOK 3EL2A 4A5BA 4DV2K 3OYLA 1XUPO 3H6EA 3THYA 5C10A 4IWVA 3VESA 5BRDA 1JL1A 3GOIA 2KQ2A 3MCPA 5E26A 4H5VA 2UUBK 4DQ8A 5AQZA 3LDLA 4JI6K 2D0CA 5J2MA 4AHVA 1NBWA 3MN9A 4M3YA 1WN7A 3AO2A 3VN5A 4CFCA 4IG0A 3RVCA 1EQYA 5HRSA 3DAWA 2QTDA 3AVFA 1D9FA 4C1NK 1GOBA 2X6NA 3CF5L 4IO8A 4PKGA 2GTDA 1S1UA 4LFCK 3ASMA 3J7ZO 1HUXA 3AO4A 3QEXA 3V4IA 2QWPA 4YOXA 4B08A 2ZQBA 4I2PA 5CZ2A 1SKRA 3KWIA 1YTAA 4X66K 3VQDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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