3WXIA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase (ligand-free form)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 168
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxiA01
4BQLA 3WUHA 2D0PA 3GOIA 3AY9A 3KVGA 3QDKA 3FZKA 3WXJA 5AZJB 3CIPA 1MDUB 2QM1A 3WXIA 3VF6A 3ENHA 5FPDA 2YHYA 4BQZA 5AQUA 2W40A 4BG9A 5AQJA 3CETA 2ZWHA 4BR7A 1X3MA 1DGKN 1X3NA 4O8KA 5KPTA 4FWPA 3BEXA 3DXKB 4JHDB 3FR0A 4I6MA 4IZ9A 3M6GA 4BRPA 1GLCG 2ASMA 2F9WA 4NB4A 4CBXA 4BR0A 4FWLA 4E1JA 5KPZA 3LDLA 2CH6A 3DXMB 4C23A 1ZXOA 3IUCA 1TYQA 5EVZA 4MO5A 1E4GT 5AQTA 3VGLA 3QBXA 5KPRA 1TUUA 2A6AA 1SZ2A 4BROA 3IDHA 2WUSA 2P9PA 3UB5A 5BREA 3QFPA 4FWRA 2YI1A 3MN7A 4K43A 2YCHA 3QMLA 2P9IB 2I7PA 3WQUA 3EKSA 2P9UB 3C7NA 4FOIA 3CJ9A 4B1XB 4BVOA 2CGJA 2YHXA 2QWQA 3C0BA 4XH4A 2FSKA 3MN6A 1KXPA 1Q18A 3J8AA 1LOTB 3L0QA 3W0LA 4CD1A 3BP8A 2I7NA 1KAZA 1P8ZA 1ZBSA 3BF3A 3CJ7A 3LL3A 3O08A 4H03B 3A8YA 3A5NC 3DAWA 5EX5A 4BRIA 1GLAG 4FPBA 5FPEA 3GBTA 3QBWA 3CQXA 2Q0RA 3ATVA 1K8KB 4BR4A 4AM7A 3SK3A 4CJ7A 1QZ6A 3AAQA 3O80A 4L3QA 4EAHD 2CH5A 3D2EA 1HX1A 2YHWA 4CBWA 1DKGD 2E2NA 4PL8A 3A0IX 3GDQA 3QICA 4CZIA 4GNIA 4QS9A 1GLLO 5BN9A 3EO3A 3VEXA 3MK6A 2QXLA 4H5NA 1MA9B 4MLHA 4H5WA 2HMPA 3WQTA 2W41A 3CJAA 4MO4A 5AFUA 3H3OB 4BC2A 1RFQA 5KQ8A 3B8AX 2P9NB 4JNEA 4B1YB 1QQMA 3CQYA 1X9JA 3A5MC 3IFRA 4DHYA 2QWPA 4BREA 4EHUA 5AQQA 3I8BA 5F0XA 1NGEA 3FZFA 1U2VA 2D0OA 4HTLA 3WXKA 2GTDA 3H1VX 3O6WA 4B1WB 4IJNA 5BPMA 3MDQA 2E1ZA 1XQSC 3MN9A 1SQKA 4BRFA 2AA4A 2FF6A 4BVPA 2FXUA 2V52B 3KHYA 1NGGA 3H45C 1XC3A 4WQ5A 4JD2A 1Z6RA 2H3GX 1RGIA 2E2QA 3GG4A 4PKGA 4CZHA 1LCUA 3F9MA 1NGFA 3VF2A 3D2FB 3U8XA 2HF4A 2FF3B 3UKUA 2QWRA 5F1XA 2BUPA 3EL2A 3ZX0A 3VGKA 3VEOA 3VOVA 5AQFA 3UKRB 1CZAN 1BO5O 1WUAA 4FL9A 4M7XA 1GLJO 2P9KB 4BRNA 1HLUA 3OHRA 2A42A 2AP1A 1BU6O 4AM6A 4A62A 4CBUA 3CERA 4BRMA 1MWMA 4ISFA 3BF1A 2P9UA 1EQYA 4BRAA 5AQWA 3A5OC 3LDQA 1SAZA 4CD3A 1ATSA 4RTFD 3ZX2A 5AQHA 1KAXA 5AFUH 5JMVA 4WQ4A 3GL1A 4BRLA 2ASPA 1BWFO 4H0OA 3H1QA 2IVPA 4BRQA 4NO7A 4FWSA 1C0FA 1DEJA 3EZWA 3VESA 5AQRA 4BR9A 1ESVA 3MN5A 1QQOA 3FE1A 3FFKB 4BR5A 2YJFA 3ZETA 3W3DA 3SLCA 3A5LC 3WEEA 2KHOA 2E2OA 4DCHA 3GE1A 3R6MA 5AZIA 4CZMA 2P9SB 5BN8A 1NMDA 4A2BA 3U4LA 2A40A 4IXCA 2F9TA 4I6MB 2ZGYA 3SMSA 4BRHA 4Z94A 3S41A 3DJCA 4QS8A 5BR9A 5AQVA 2YJEA 1JCEA 3JXUA 4JAXA 5AQLA 3U9DA 2J4RA 4A61A 1YAGA 4BC3A 1TYQB 5AQKA 4FWOA 4K41A 2QWOA 2GWKA 1BG3A 3L4IA 3ULEA 1ATRA 2E88A 1BUPA 2P9PB 3EN9A 1U6ZA 2A5XA 5JICA 3EKUA 3VENA 4CI6A 2E2PA 3P4IA 4Y0WA 2NLXA 5E26A 2QWNA 3O8MA 3RSEA 2GEMA 3C7NB 3ZEUA 3ATUA 1NM1A 2E20A 1R59O 2P9LA 2CGKA 1HKGA 2UYTA 4BRGA 2HOEA 3VEZA 3L6QA 4H0XB 5I9EB 4EIAA 1J6ZA 1NGBA 2GELA 2FLOA 1GLBG 1Z05A 3TU5A 5ELZA 1BOTO 4LC9B 2ZGZA 3HBTA 3H46O 3FLCO 4BRKA 2E8AA 2D1KA 3VEVA 4DQ8A 3IMXA 1NGCA 1NGJA 1HPMA 1BA0A 3LDPA 2NRHA 5AQMA 3DWLA 4YDUA 1S22A 1T6CA 3M3ZA 4CZKA 3D2FA 5JLHA 4PKHA 1HJOA 4FPAA 3UE5A 3TPQA 5AZJA 2GUPA 1NGAA 5AQIA 5BRFA 2Q36A 4ISGA 3I33A 5AQGA 2ASOA 3HTVA 2P9KA 3CJ1A 4XEIA 4CZLA 2FSNA 4JHDA 3DXKA 1NWKA 5F2RA 5BPNA 5B8HA 3VERA 1ZC6A 5BRDA 5EXWA 3VF4A 4HWIA 4H0VB 5FPMA 1E4FT 3DXMA 1Y64A 3H6EA 4PKIA 2QWLA 5AQSA 4GY2B 1QZ5A 1C0GA 4H0YB 4CZEA 4H0PA 3VGMA 2PAVA 2Q1NA 1U2VB 1BDGA 2Q2RA 3HSCA 4RCHA 3LM9A 4H5RA 1GLEG 2P9IA 4WQ5C 2GWJA 3CHWA 4IO8A 5AQYA 1IJJA 5FPNA 4A2AA 4FO0A 2E1YA 3O1WA 5AQPA 1YXQA 2V7YA 4K42A 2VYPA 4M63C 4MLEA 4B9QA 4JD2B 1T44A 2P9SA 3O1BA 3AARA 4KBOA 3U9ZA 4B1VA 5AR0A 3KZBA 5JLFA 3ZX3A 4CZFA 3O4WA 3FZMA 1G99A 3UKUB 4BGAA 3CJCA 2VCPA 3AAPA 3R9PA 4CZJA 3SJHA 3FZLA 4BG8A 4FSVA 1K8KA 4ISEA 4BC4A 3VETA 3WXLA 3CJBA 1S3XA 1KAYA 4IWVA 4J8FA 1YVNA 3LM2A 1TUYA 5AQXA 1ATNA 1IG8A 4WQ4C 1NGIA 3BUZB 5AQNA 3ENOA 4M7YA 1HKBA 2DPNA 4FOEA 1HKCA 2ZF5O 1XUPO 1OKJA 1WOQA 3M1FA 1GLDG 2QWMA 4B1ZA 5ADXH 4BRCA 4RWTA 2IVNA 2FSJA 3LDNA 2D4WA 2PBDA 3JS6A 5E84A 1NBWA 3D7EO 2P9NA 1BA1A 5LY3A 2V51B 5EY4A 4FWQA 4H0TB 3WT0A 3HI0A 3ID8A 4IJAA 3ZETB 4BR2A 1QQNA 4WYBA 3WEEB 2QW9A 5AZIB 2CGLA 4H5VA 2V7ZA 4K25A 2Q0UA 2EWSA 4XH1A 3MCPA 1QHAA 2IIRA 2OANA 4BC5A 3CI5A 1H1VA 1HUXA 2VWBA 1D4XA 4O5FA 3HZ6A 1T6DA 4FWMA 3H3NO 3LDOA 3VEWA 1MWKA 3FZHA 4BRDA 4DB3A 4PL7A 5CE3A 4H5TA 1JCFA 1V4TA 3VPZA 4JN4A 3ULEB 1JCGA 5LJVA 4FWKA 4B1UB 3QFUA 3D2EB 3G25A 2Q97A 2A3ZA 3MMVA 4QS7A 1YUWA 3RSEB 3ZEUB 5BRHA 3FGUA 2P9LB 2NZTA 5TKYA 5LJWA 3HM8A 3UKRA 5BPLA 4BGBA 2ITMA 4CZGA 1GLFO 3SMPA 4EHTA 4FWNA 1NGHA 2IVOA 3VEYA 2BTFA 5AQOA 4EFHA 5ADXA 3QB0A 5KQDA 4F9OA 1RDWX 4XH5A 2Q31A 4YDUC 1NLVA 1V4SA 2A41A 3R8EA 5AQZA 5EOYA 2HF3A 1NGDA 3O5BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QIPA 1VQ5N 3WUHA 3VQAA 4W5OA 1RT2A 1OH6A 1HPZA 3FZKA 1TGOA 3CIPA 3TSUA 3NH1A 5GAGP 2YHYA 3VQBA 5AQUA 4BG9A 2P51A 5HRPA 1NU0A 1R0AA 3OYBA 1X3NA 4O8KA 3ZSRA 5KPTA 3I8DA 3SUPA 3BEXA 3DXKB 2IC3A 4I6MA 1EP4A 3THYB 4BRPA 4M41A 2ASMA 4CBXA 4JI1K 1EETA 2CH6A 2JGUA 3CCMN 4CHYA 3V81A 2A1RA 2DFFA 3M8QA 4B3TK 1E4GT 2ETJA 1U48A 5AQTA 3K5LA 5KPRA 3PX0A 3ENBA 1SZ2A 3D45A 2YHBA 2YI1A 3MN7A 3NCIA 3EKSA 4CIGA 4E0DA 4FZYA 3VQDA 2YHXA 2QWQA 3C0BA 2X78A 3G0ZA 4M3ZA 1RT1A 1KXPA 1Q18A 5HRSA 3DLGA 3J8AA 4NCBA 1NMNA 4C1NK 2RPIA 4JKEA 4YOUA 2I7NA 4CFBA 3T1HK 3O08A 4H03B 3OYCA 3CJ7A 3T1YK 3BZKA 4OVLA 1BHLA 4X62K 3TWHA 1GLAG 4FPBA 5FPEA 3VQ5A 2G8IA 1UAXA 4AM7A 3SK3A 3LPTA 2XHBA 1KRPA 1QZ6A 1BCOA 1D9DA 3O80A 4LF8K 1QTMA 4A59A 4DSIA 2HHXA 3K2PA 3K5MA 4DTNA 2VQEK 3AV9A 3A0IX 3O3FA 3QICA 5HRNA 3CCJN 4B9TA 5GINA 3EO3A 4DU4A 4H5NA 4H5WA 1RT6A 3CPWM 5C0YA 2XRIA 4FLWA 5KQ8A 1N8RO 1IBMK 3PSFA 4WCEL 2EX3A 3A5MC 3IFRA 4DHYA 2OPRA 1IBKK 4IOAL 1N32K 4CEOA 4DF8A 4FW1A 3KKRA 4DFPA 1HYSA 2VWKA 1OH7A 5BPMA 4KRFA 2E1ZA 4KTWA 3SV3A 1XQSC 2NRVA 3WNEA 2IOCA 1TL1A 4Y1DA 1JLCA 1L3UA 4QCLA 1WSHA 2ITGA 4I7FA 2VGNA 3L4QA 4E7LA 3QEWA 5HL7L 3HM9A 4CESA 1RBSA 5C2DA 3F9MA 3AVGA 3LAMA 3VF2A 3D2FB 3U8XA 2HF4A 5KGXA 2QWRA 3LP1A 4JK8A 2BUPA 5M1OA 1HJRA 3SJJA 4IOXA 3QEPA 3VEOA 1CZAN 4BRNA 4YOWA 4DS4A 2A42A 4AM6A 4A62A 3JYTA 3VQEA 4B3MK 1MWMA 2RKIA 4KFBA 3OJUA 3A5OC 3THVA 1EWQA 1SAZA 1HNXK 3LPUA 3J7YP 4CD3A 4RTFD 3CCQN 4KHUA 4E7HA 4HCCA 2PFUA 1NJIO 1JLGA 4H0OA 1TVRA 1T03A 4FWSA 2X6SA 3EZWA 3MN5A 4CFAA 1QQOA 3ZETA 2B6AA 2HHSA 3SLCA 3E9PA 3WEEA 4DCHA 3R6MA 5AZIA 5CYQA 4CZMA 4A2BA 4N56A 4IXCA 1Q86O 4Z4CA 1OVQA 2VG5A 3S41A 3DJCA 4BE2A 1OH5A 4FJMA 4QS8A 4B3SK 2YJEA 3RRHA 1KVCA 4OO1J 5HOOA 2QA4N 1IKWA 3LALA 1ZBLA 4DLGA 1TYQB 2GV9A 1SKRA 4K41A 2QWOA 1BG3A 1ITGA 1W7AA 3ULEA 4J2AA 2YV0X 4C8LA 1U6ZA 1B9FA 3OTOK 4CI6A 3VTHA 4J2EA 2QWNA 3O8MA 2GEMA 4CJRA 3HT3A 3P31A 4YOYA 2UYTA 1UA0A 2Q3SA 5I9EB 1J6ZA 1NGBA 2HHQA 1C6VA 4GV3A 3EYZA 4KH4A 3TU5A 1K73O 4M42A 4CF9A 3HO1A 1FXXA 2YNGA 4B9SA 4DKWA 4Z4GA 5ELZA 4GKKK 1TAQA 3FLCO 4BRKA 4HUEA 1S72N 1XNRK 3OS1A 1S1TA 4RW6A 1BA0A 2IS3A 2D0CA 3LDPA 1UA1A 3DWLA 4YDUA 3OYIA 1NG9A 1CXQA 1ZBFA 3M3ZA 3NH2A 1VQ4N 1VQLN 5AZJA 3RMCA 4NXMK 2YX6A 5BRFA 4OPHA 3P39A 4CEAA 2FBVA 3OYJA 1NJWA 5AQGA 5JVGL 3A2FA 3ZT4A 3S3MA 3AVLA 1S9GA 2FSNA 3R1XA 4JHDA 3ITHA 5B8HA 4Q0BA 3NMUA 5FPMA 1YITN 3DXMA 1ZBUA 4DF4A 4BWMA 4GW6A 4PKIA 2PYLA 2NRWA 4GY2B 1S1XA 2IAJA 3AVMA 4N5SA 4CZEA 4H0PA 2PAVA 4N41A 3MX5A 3CCSN 1BDGA 1NJYA 4RCHA 4FJ9A 4WQ5C 3CHWA 3TAEA 4LF5K 3NF6A 3ZSXA 1XHZA 4DTUA 3AVNA 2QKKA 4JKDA 1WSEA 3O9RA 3O1WA 2KZMA 4FJ7A 2HVIA 4DV4K 1WN7A 1YXQA 4DTSA 4YOTA 2Y1JA 2VYPA 3CCEN 2P9SA 3QEXA 3DLHA 1VQPN 2QTDA 3U9ZA 1I3AA 4OLBA 2YKNA 5GAEP 3CJCA 2VCPA 3AAPA 4KTZA 3R9PA 4YOXA 3MXJA 2O8CB 4BG8A 4N76A 4ISEA 2QI2A 3FFIA 2NNWA 3TAQA 5K14A 4AHVA 1TUYA 4KHSA 3CF5L 4WQ4C 3ENOA 1Z25A 2FBXA 3CG7A 3ZSQA 1HKBA 1HKCA 3TTCA 4IBNA 1VHXA 4C1NI 5M1KA 3TI0A 2HNZA 1U49A 3UIQA 2ATQA 4UY8O 4B1ZA 4DQQA 2PBDA 3JS6A 4JI2K 3OS2A 4YNQA 1BA1A 3QO9A 4JKBA 4H0TB 4IJAA 2UUCK 4RW4A 1QSYA 2EHGA 3ALYA 3CMAN 2RN2A 1U47A 3OVNA 1VSIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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