4NYNA

Crystal structure of rnase h1 from halophilic archaeon halobacterium salinarum nrc-1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
GGRVHAYFDGASRGNPGPAAVGWVLVSGDGGIVAEGGDTIGRATNNQAEYDALIAALEAAADFGFDDIELRGDSQLVEKQLTGAWDTNDPDLRRKRVRARELLTGFDDWSITHVPRATNERADALANEALDDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1
rcsb
source organism Halobacterium
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2013-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4nynA00
5KGXA 3OYHA 5DMRA 3NGZA 4GMJB 3K5NA 4M3ZA 3NF8A 2JGUA 2A1RA 2E6LA 3PV8A 1WAJA 4FZYA 3L2WA 2RN2A 3B6PA 4ID5A 1BL3A 3ZT1A 4N41A 1IO2A 4I2PA 3WNGA 4KB0A 3KK2A 4LD0A 4FLZA 3NH1A 3KD5E 1WSIA 4DTJA 2G8UA 2IS3A 4KTZA 1TL3A 4O0IA 4CHZA 3TAGA 3M8RA 3WNHA 1SL1A 4F3TA 2HHVA 2GV9A 3VQ8A 3OVNA 3AO3A 1L5UA 4CJKA 1Z26A 3OYGA 1RTDA 1RT5A 3S3OA 4Z0UA 1NOYA 3LWLA 4FM1A 4ZTFA 4E0DA 3LALA 2HNDA 4OKJA 2D5RA 4E3SA 1NK0A 4E7JA 4EP4A 2QK9A 2YHAA 1Q8IA 2P5GA 1TVRA 4OPKA 1KSPA 3IRXA 2DFHA 4O5BA 2KW4A 2Z1IA 2DFEA 4RG8A 1TK8A 1RT7A 3SPZA 1D8YA 2HHQA 4DF8A 1DLOA 1A5WA 1HNVA 4CK1A 3V9SA 1RBRA 2OPRA 4E7LA 3PO5A 3ZT0A 4OKEA 1VSKA 4CEZA 3VQAA 4DU3A 2OPPA 1JKHA 1RILA 5JS1A 3QEVA 2HNYA 4M3RA 4F2SA 1C1BA 3HK2A 3OYDA 1VSHA 3I0RA 4KB1A 2KQ2A 2E6MA 3OYJA 1W9HA 3TAFA 2BANA 3NBPA 3L8BA 4PA1A 4FW2A 1BGXT 5KTQA 1YT3A 4AHTA 5HP1A 1C0MA 3K5OA 3JYTA 4H4OA 5J2PA 3VN5A 1C0TA 1J54A 3LWMA 1KFSA 1XHXA 4CJ3A 2X78A 4J2AA 3M8PA 2HNZA 4CHNA 4KO0A 3MXJA 4CFCA 2KFNA 4LSLA 2QKKA 4FJ7A 3PX6A 3RMCA 5J1EA 2FBYA 5I42A 1IKWA 3L2QA 1DTQA 3SV3A 3SNNA 1U49A 1ZBFA 1K6YA 1UA1A 3P1GA 4E1NA 3NHGA 2HHSA 4IDKA 3U3YA 3CG7A 4Z4CA 4HVJA 3CQ8A 1SV5A 5CZ2A 1VRUA 2X74A 5SZTA 4CF9A 3LP0A 2VG6A 4AHCA 3I8DA 3JSMA 3RMAA 3QIOA 4B9UA 4FJIA 2HHTA 4MFBA 1RDAA 3OS0A 2XHBA 4B3OA 3AVGA 2ZD1A 1JLFA 4FLYA 1S1UA 4BDPA 4DQIA 1TGOA 4DSIA 3EYZA 2HMIA 3ZSOA 3UIQA 4PUOA 4ELUA 1CXUA 4CGIA 3TAQA 4XIUA 4CJUA 3VQ4A 3NH0A 4FLTA 4CEOA 3MXMA 4UQGA 3ZT2A 4CJ5A 1EETA 2B6AA 4B8CA 3SZ2A 1RTHA 2A1SA 2YV0X 4CJRA 3DRPA 3HM9A 2WONA 3V1OA 4B08A 4HUFA 2YNIA 4BDYA 3KLFA 1FK9A 1IKVA 4B9VA 3QEXA 3K2PA 4DLGA 3LPUA 1Q9YA 4M3YA 5EU7A 4CEAA 3PY8A 4EZ9A 1IH7A 4FVMA 4N47A 4FJMA 3ISNC 1VSLA 3KK1A 3G10A 2RKIA 3EY1A 1LWCA 4OPJA 4HCBA 3VQ9A 3QINA 1EKEA 1QTMA 3VQCA 2HVIA 1RT4A 1NJXA 3AVJA 3TARA 1CLQA 3DYAA 2O4IA 1VSJA 3LAMA 1IKXA 1VSMA 3AA4A 3HPHA 4DQQA 3SV4A 1VK0A 4G1QA 3MECA 2HHXA 1EXQA 1D9DA 3LP2A 4E7KA 2IC3A 4FLUA 3HVRA 3O3FA 1YVUA 4Z4GA 3PUFA 4O55A 2G8FA 4HUGA 4Z4EA 4MQ3A 1C0UA 4Y1CA 4OLBA 4AHVA 2DTUA 2YKNA 1JL1A 2G8IA 3OJUA 2HW3A 3LPTA 4JS5A 2EX3A 3VA3A 1JLGA 3HPGA 1SUQA 3SQ2A 1NKEA 1J5OA 1LV5A 4CCHA 3V6DA 1QE1A 3ZSQA 4FJNA 3CFOA 3QNNA 3KD1E 2VG7A 4DU4A 1YTUA 2FBTA 3SQ1A 4BDZA 1LAVA 3QERA 2R7YA 1SL0A 2KZMA 3D45A 4W5NA 1JXEA 1JXBA 2W42A 1LW0A 4M3XA 4HTUA 4ELTA 1VSFA 3CFRA 1WAFA 1TL1A 4TSXA 4DQRA 4KHWA 1X9MA 1ZBUA 1LWFA 1JLEA 3C6UA 4ID1A 4YFUA 1L3SA 4KHYA 4M42A 1DTTA 4OJRA 3DM2A 4M41A 1TK5A 2KFZA 2G8VA 4RW7A 3SUNA 1RDDA 1IG9A 4HCCA 2HVHA 3L2UA 4CHQA 4DTNA 1XI1A 1BCMA 4FJ5A 4KHUA 3HT3A 4CJLA 4C8MA 3IS9A 3ZSWA 3QIPA 3ZSXA 5J2MA 3HP9A 4CGDA 1W0HA 1RBUA 2IOCA 3H08A 3D0PA 3L2VA 1U04A 3KLHA 2OZMA 3AO2A 4CHOA 1KLNA 4FJLA 4L8RB 3DLRA 3K58A 3MXIA 1U48A 1U47A 1LAWA 1X1PA 5HRPA 4FCYA 1NK4A 4C8OA 4FJHA 4DTMA 3U6FA 4OGCA 3CFPA 1JLCA 2ETJA 2OZSA 4CEDA 1BIUA 4DFPA 5FDLA 2XRIA 3OYAA 4BE0A 4OGEA 1WSJA 1QSYA 1TKXA 4Q0BA 3E01A 4CFAA 3AVCA 1XC9A 1RBSA 4C8LA 4PWDA 3DLGA 3K5LA 2XY8A 4J2BA 3VQ6A 3VQPA 2RF2A 1J9AA 1S1WA 4B9NA 4M45A 4DF4A 1KTQA 3WNEA 3KJVA 1MU2A 3DOKA 2Y1JA 3MEGA 1C1AA 4KRFA 1BI4B 3V81A 1VSIA 3SQ4A 5E41A 1HYZA 4KREA 2D0AA 4GW6A 1FKPA 4DMNA 4NYNA 4B8AB 4JRPA 4DSEA 3M8SA 2VWKA 1S5JA 3F73A 1D9FA 3C6TA 3QLHA 4DSFA 3MEDA 4CF0A 2G8WA 3ULDA 4OLAA 2P1JA 2I5JA 3KLIA 3SUQA 5I3UA 3RTVA 1I3AA 4FJKA 2IAJA 5K14A 1YTAA 4CJTA 3T3FA 1NK7A 4IBNA 3NF6A 3HP6A 1ZYQA 1KRPA 4NCAA 1VRTA 4OKKA 4FM2A 3CYMA 4E89A 4W5OA 1T8EA 4O0JA 4KAZA 3QO9A 5HROA 4M3TA 1HNIA 3I0SA 1Z25A 4CJSA 1NKCA 4F4KA 1L3VA 3TI0A 4I9QA 3IG1A 4DS4A 3ZSRA 4F3OA 4CJWA 4PQUA 1TAQA 3ITHA 5C24A 4E7HA 3TABA 3DLEA 4FW1A 4AILC 3NF7A 5HRRA 3AVHA 3RR7A 3KLGA 3AVAA 3AV9A 2QKBA 1NK9A 3KTQA 5KGWA 1VSDA 4IKFA 3L2RA 4DQSA 5KRTA 1LWEA 3A2FA 3OYNA 3O4NA 3TAEA 3ZSYA 4CGHA 5J2NA 3QEWA 4FJGA 4B9MA 1JL2A 5HBMA 1KVCA 2OPQA 3SJJA 3LP3A 4KI4A 4I9LA 4Y1DA 4HHTA 3RWUA 4CERA 1L3UA 4FJ8A 4DFJA 1ASUA 5SWMA 3DRSA 4BWMA 1A5VA 3OYKA 3AVLA 1CXQA 3FFIA 3V9ZA 4ZTJA 4W5TA 1QQCA 3AVNA 4JS4A 3OS2A 4FJJA 3ASMA 3ZT4A 3G0ZA 4LH4A 4O4GA 3QNOA 3SI6A 4FZXC 4QAGA 1JLBA 3VQEA 3AO4A 2WOMA 1RT2A 4NCGA 4ZHRA 5J2QA 2FBXA 3NAEA 4BACA 1B9DA 1XWLA 4RW9A 4R5PA 1WSGA 4RW6A 3PX0A 5FRMA 1RBTA 1B9FA 1BQMA 4DTSA 4KPYA 3THVA 4Z4FA 4CIEA 1BHLA 3SYZA 1TK0A 1NJYA 3LANA 3OYBA 4DWIA 1VSEA 4HUEA 3OJSA 3LZJA 4DTRA 1BCOA 4BE2A 3SCXA 2XY6A 3F9KA 1KLMA 2IGIA 2X6NA 4OVLA 1CZ9A 1S6QA 4E19A 3NFAA 3PO4A 3HVTA 1B92A 4AHRA 3P5JA 1U4BA 2GBZA 3O3GA 1NJWA 1NK8A 1TKZA 3NF9A 4N76A 4NCBA 3SUOA 2AJQA 2BE2A 3OYLA 2JLEA 4W5QA 3V4IA 4NYFA 4CK3A 1HMVA 1RT1A 2Q3SA 3QEIA 4C8KA 4M3UA 4CJEA 1A5XA 3VQ5A 1RTIA 1RCHA 4J2DA 4O44A 4N56A 4DTPA 4WE1A 2BGGA 4DSLA 4CF8A 4FK0A 4Q5VA 3HYFA 4CIFA 1BQNA 4M3WA 3HXMA 2HB5A 2KTQA 3AA2A 3RRHA 4DQPA 4KHNA 1HPZA 4IFYA 3NDKA 3K57A 1S9EA 2DY4A 4DLEA 2G8HA 4DSKA 3WNFA 3LZIA 2OYQA 4FYDA 3HPOA 4DFMA 3BGRA 1TKDA 1S1XA 3T1AA 5JS2A 4LSNA 3AA3A 3TR8A 1XHZA 1IKYA 4CFBA 3KKSA 4EP5A 3S3NA 1TV6A 4DU1A 3DLKA 4B9TA 4FJ9A 2NUBA 3O4QA 1QHTA 2YHBA 3U3GA 3V1QA 5KRSA 4JRQA 5CYMA 5C42A 5HRNA 4FM0A 4H8KA 2XY7A 3PX4A 1CZBA 3KKRA 3DLHA 3ALYA 4PY5A 1NJZA 4AH9A 3OYCA 1WNSA 1S1TA 1WSFA 1X9SA 3AO5A 3AVIA 1EP4A 2ZE2A 3LAKA 3NCIA 2PYJA 4DG1A 1RDCA 2F8SA 4CGFA 4YNQA 1UA0A 3HJFA 3RMBA 5DK5A 4DTUA 4LH5A 3VQ7A 3AVBA 3CM6A 5C25A 1GOBA 4EZ6A 4F8RA 4IG0A 1GOAA 3OYFA 2PY5A 3TAPA 2OPSA 4J2EA 2P51A 4FJXA 2YNFA 1NK5A 3MEEA 4KHSA 4KFBA 2VG5A 1SL2A 2F8TA 4K8XA 4CGGA 3HSTB 4F2RA 1RT6A 4B9SA 2B5JA 1T7PA 4ICLA 1L3TA 2OA8A 1SKWA 2ZQBA 5HLFA 1NK6A 1HYVA 3AVKA 3OY9A 3KK3A 3HO1A 1ASVA 4CHPA 3M8QA 3BDPA 4CJ4A 4KV8A 1Y97A 5CZ1A 3VQQA 4DS5A 1ZBLA 2YKMA 2PYLA 2YNHA 4ELVA 3DMJA 4Z4IA 3NGYA 1N5YA 1TAUA 3KLEA 3QESA 1JLAA 4DFKA 4KTWA 3C94A 2LSNA 3LDSA 4CF2A 4CEBA 1GOCA 4LY7A 1ZBHA 3DOLA 3S9HA 2KZZA 1T05A 5T7BA 1HRHA 3AA5X 4IFVA 5HRSA 4DTXA 3ZT3A 2DFFA 1HQUA 2E4LA 3S3MA 2Z1GA 4DTOA 4JLHA 1S9GA 3IAYA 3DRRA 1KVAA 4CECA 2FC0A 4KHQA 2D0BA 1T03A 3SUPA 4DSJA 1R0AA 3P83D 3MAQA 3ZCMA 1LW2A 2EHGA 4RW4A 3V1RA 2O4GA 3HL8A 3LP1A 3V9UA 4AHUA 1EX4A 1RDBA 1UAXA 4CJVA 3V9WA 3VA0A 4I7FA 1C1CA 1Q9XA 1NOZA 3VQBA 1O1WA 4H4MA 1G15A 4AHSA 3L3VA 1X9WA 1KCFA 2XY5A 4CEEA 4CESA 4FXDA 2HHWA 3RRGA 3OYMA 1WN7A 4Z4HA 2Y1IA 4I2QA 1N6QA 4B9LA 1QSSA 1WSHA 4C8NA 4CEFA 1U45A 2P5OA 3K5MA 4KTQA 4FK4A 4CF1A 1ZBIA 5CYQA 4W5RA 1JLQA 4CJFA 4N5SA 3TANA 1HYSA 3OS1A 3RMDA 4CFDA 2HHUA 2GUIA 3SPYA 3KIOA 1F21A 4FK2A 1HQEA 1SKRA 1UOCA 1RT3A 2ATQA 3C95A 4E7IA 1I39A 3QETA 4K8ZA 2B4JA 4CHYA 4CEQA 1NKBA 1ASWA 2ITGA 4CJPA 5KI6A 2FBVA 1BISA 1REVA 1RNHA 3AVFA 1RTJA 4CIGA 1S1VA 2F96A 3OYEA 1C6VA 3ZSVA 4BE1A 1WSEA 4GVMA 3NGIA 4KI6A 4CJQA 1WLJA 1J53A 1ITGA 1TKTA 3OYIA 4IG3A 4FLXA 3T19A 3AVMA 2D0CA 5FROA 1SKSA 1QS4A 1BIZA 3VQDA 2G8KA 2BDPA 1BI4A 1RBVA 2VWJA 1D5AA 1FKOA 4QOZB 4RW8A 3NH2A 1KVBA 3AO1A 3L3UA 2IDOA 3RR8A 1KFDA 1FXXA 4FLWA 3DLBA 3ZSZA 1S6PA 2Z1HA 5FRNA 5D3GA 3QEPA 2RPIA 3K59A 3SQ0A 3CM5A 3NE6A 4KKOA 5CY4A 3O3HA 3EZ5A 2X6SA 3TAMA 3TWHA 1HJRA 3DI6A 4FLVA 4QCLA 2PZSA 2QXFA 2Z1JA 3B6OA 4FZZA 2YNGA 1UWBA 4CK2A 4E1MA 3V9XA 1QSLA 4CGJA 2XO7A 4CE9A 4BWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ATRA 4GY2B 5DMRA 3NGZA 4GMJB 4M3ZA 2V7YA 1NGDA 2JGUA 5BREA 4JI0K 3G6EN 1WAJA 5AQKA 5AZIB 2RN2A 2P9LA 4ID5A 1BL3A 1Q81O 1IO2A 4I2PA 4LD0A 4BGAA 3J80O 4FLZA 1TL3A 3WNHA 1SL1A 2HHVA 3DAWA 3VQ8A 3WUHA 2EWSA 4DR5K 3BF3A 3OYGA 1SAZA 4FM1A 2V52B 3ZETA 2GX9A 1NK0A 2HF3A 3L6QA 1Q8IA 1TVRA 4GV6A 3WEEB 5ADXH 2DFHA 2Z1IA 4BVOA 2E1ZA 2NRXA 4DF8A 1A5WA 1HNVA 3VEXA 4E7LA 4OKEA 1YAGA 1VSKA 4CEZA 3FZMA 4DU3A 2OPPA 5AQQA 5AQGA 3QEVA 3CI5A 4M3RA 3HK2A 4JKCA 3OYDA 3OYJA 3TAFA 3L8BA 1YT3A 4AHTA 1X3MA 1C0MA 3K5OA 1DT9A 4H4OA 1J54A 1GLFO 1XHXA 3THYA 1O13A 4J2AA 3OTOK 2QKKA 4FJ7A 1BA1A 3RMCA 4BRQA 5J1EA 1ZBFA 4E1NA 4Y0WA 4IDKA 2ZJPL 3I8DA 4FJIA 3LP0A 2VG6A 4IFEA 4MFBA 2WFBA 3A5NC 4BRFA 2HHHK 2F4VK 4BDPA 4DQIA 3BZCA 2HMIA 3UIQA 4CZHA 4PUOA 4ELUA 1NGIA 4XIUA 5AQXA 2F7TA 3NH0A 4LFCK 3ZT2A 1EETA 3SZ2A 4JK9A 4CJRA 3DRPA 1LOTB 2YNIA 1IBKK 5AZJA 1HX1A 4L3QA 1Q9YA 4FJMA 1U6ZA 3VEYA 3KWGA 1JJ2M 4KHPK 3EY1A 2I7PA 3AAPA 3H3NO 2QWNA 4BRGA 3HPHA 3SV4A 3Q7BA 3W3DA 2ZWHA 4A59A 1YJ9N 1H1VA 3CCRN 2G8FA 4V19S 4HUGA 4Y1CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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