4NYNA

Crystal structure of rnase h1 from halophilic archaeon halobacterium salinarum nrc-1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
GGRVHAYFDGASRGNPGPAAVGWVLVSGDGGIVAEGGDTIGRATNNQAEYDALIAALEAAADFGFDDIELRGDSQLVEKQLTGAWDTNDPDLRRKRVRARELLTGFDDWSITHVPRATNERADALANEALDDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1
rcsb
source organism Halobacterium
total genus 49
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2013-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4nynA00
3QETA 1KFSA 2P1JA 3AVMA 4OKJA 4BWMA 1WSEA 4DMNA 4BWJA 1RCHA 4PQUA 3ISNC 3EYZA 3WNEA 4FYDA 3V1RA 1X1PA 4FW1A 2ATQA 3KKRA 3CFRA 3OYMA 3CM5A 1TAQA 4OPKA 4FLUA 3NH0A 3L2QA 3RMAA 3KD1E 4CECA 2RPIA 1T03A 4Y1DA 3AVFA 3OYIA 3DLBA 3NGIA 4K8ZA 4E3SA 5EU7A 3DRRA 4FJMA 1BIZA 4CEZA 4M3YA 5SWMA 4M3XA 1X9MA 5I3UA 4DTMA 3SQ4A 1SL0A 3ZCMA 2P5GA 2G8IA 4C8OA 1WSJA 2YKMA 1EXQA 1C0UA 1HQEA 4CJ4A 3OYEA 5HRSA 3CQ8A 1F21A 1RT4A 1Y97A 2Z1JA 3LPTA 3TARA 2X74A 3RR8A 3KLHA 5DMRA 1DTQA 4F8RA 1TAUA 3ZSRA 1EP4A 4CJKA 1RBSA 2BANA 3VA0A 3AVNA 3QLHA 3DRPA 5HROA 1SUQA 1ZBIA 4CJUA 1GOCA 3WNHA 1O1WA 2DY4A 4OJRA 1JLCA 2HHXA 2XY8A 4LSLA 4DSLA 1TL3A 1WSHA 3RMBA 2VG6A 3O3HA 1YVUA 4I9QA 4G1QA 4CF8A 4CJ3A 4CF9A 4CIEA 5HRNA 1TKZA 3SV3A 2KQ2A 4KRFA 1JLQA 2IGIA 4R5PA 5DK5A 1KTQA 3P5JA 4KREA 3S3OA 4CCHA 2KFZA 1NJYA 1KVBA 4KHUA 1WAFA 5KTQA 1C6VA 1Z26A 3C6TA 3LP2A 1B9DA 4KKOA 4LH4A 3OYLA 2KW4A 1SKRA 2OZMA 2BGGA 3KLGA 1T8EA 3AA3A 2F96A 1IO2A 4E1MA 1XC9A 5FRNA 5CZ2A 1C0TA 1D5AA 4HTUA 3V9ZA 1Q9YA 3SQ0A 4DTNA 4OLBA 1WNSA 1RTJA 3L8BA 2XY7A 1NK6A 4RW6A 3DM2A 1RBUA 1TV6A 3F9KA 3ZSWA 5J1EA 1TKXA 1SL2A 3OYNA 3OJSA 4M45A 1U48A 4QCLA 4N56A 4DSKA 5FROA 3HO1A 2OPPA 1WLJA 4RW7A 4FJXA 2PYLA 1KCFA 4KHYA 1LWFA 1RBRA 3ZSVA 3QINA 1RDAA 1KRPA 2YNHA 2IOCA 5KI6A 3KLIA 2JGUA 3D45A 3T1AA 4CEAA 4CEOA 3K5OA 4E7IA 3QEPA 2G8FA 3PY8A 4Y1CA 3ZSXA 1NOYA 4NCAA 1ZBHA 2E6MA 4H4OA 4B8AB 1WSFA 4CE9A 3C6UA 1TK5A 3NFAA 5SZTA 1QHTA 5CY4A 3HVTA 3DMJA 4W5OA 3SUQA 2JLEA 1S5JA 3G10A 1JL2A 3CFOA 3HT3A 2G8WA 2FBYA 3S9HA 3OYJA 1C0MA 3LPUA 1S9EA 4IFYA 4AHUA 1RDBA 4UQGA 3VQ6A 3NH2A 2KZZA 4CHYA 2D0BA 4FW2A 3L2RA 4E89A 3ULDA 3U3YA 2G8HA 3SI6A 2FBTA 1QS4A 1CLQA 3OVNA 5HBMA 4BE0A 4Z0UA 3V1QA 4DSEA 3HJFA 1S1WA 3DLHA 5KRTA 4B9MA 1UOCA 3QIPA 5K14A 2GBZA 4W5QA 1VSHA 3JSMA 3AA4A 2RN2A 1ZBFA 3P1GA 3NH1A 5J2PA 1R0AA 1D8YA 1WAJA 5JS2A 3AVAA 4KV8A 4B9NA 3NF7A 4GMJB 3TAPA 4EP4A 1NK8A 3PX0A 4JS4A 2XHBA 4E7KA 4FVMA 4KB0A 2B6AA 1LW0A 4FLYA 3K5LA 1RT7A 1TK0A 1WN7A 1HNIA 4DTJA 3ZSOA 1S1UA 1S9GA 4DTXA 4M3WA 4DFJA 4C8LA 3T3FA 4CJVA 1VRUA 3TAEA 1U47A 3ZSZA 4DU1A 2ZQBA 3T19A 4OKEA 4H8KA 3WNGA 3TAMA 1B9FA 1BQNA 1KVAA 4Q0BA 2OPQA 4DFPA 2HHVA 4M3ZA 4FK2A 3ZT1A 3P83D 1T7PA 4Z4HA 4M3UA 4FLXA 4AILC 1U04A 4QOZB 3V81A 4O0JA 3PX4A 1D9DA 2FC0A 4MFBA 1Q8IA 1IKXA 3AO2A 4GW6A 3LANA 3V1OA 2OPSA 4NCBA 3M8PA 3IS9A 2GV9A 4HUFA 1VSLA 4CEQA 4FM2A 3K2PA 4KFBA 1SV5A 2VG5A 1JLAA 3DLRA 4ID1A 3WNFA 4DQQA 4CF0A 1KFDA 2E6LA 3DYAA 4KI4A 1RDCA 2DTUA 3VQBA 3AO1A 4LD0A 4N47A 3QERA 4F2RA 4KAZA 4PWDA 4DTSA 3HP6A 3LWLA 3IAYA 3PV8A 1C1BA 3QO9A 2Y1IA 3CFPA 3TWHA 4ELTA 2DFHA 1JLFA 4I2QA 4CGFA 4CIFA 2A1SA 3HVRA 1JLBA 2HNYA 4FZZA 1JXBA 1KSPA 1BHLA 2IS3A 5HRRA 4FM0A 1RT3A 1IKYA 2YNIA 3OY9A 4BDZA 4E7JA 4N5SA 1NOZA 4DTRA 3V9UA 4B8CA 1NJXA 3PO4A 1U49A 3HP9A 4CHQA 3DLGA 4O55A 1D9FA 2HHQA 2D0AA 2DFEA 5HLFA 1XHXA 3VQ5A 2G8KA 1W9HA 1YT3A 1RT5A 1SL1A 4I7FA 1RT1A 4M3RA 3K5MA 4ELUA 1EETA 1HNVA 2YHAA 4F3OA 1GOAA 1WSGA 3ITHA 1RNHA 1HJRA 3VQPA 1HYZA 3LZJA 4DQRA 4E7HA 4FJIA 3VQ4A 1LAVA 2PYJA 4E0DA 4DSJA 1WSIA 1EKEA 3QESA 1U45A 3PX6A 4NYNA 3OYGA 1VSKA 4DFMA 3HPOA 3VA3A 4CFBA 3FFIA 3HPGA 2EX3A 4YNQA 3OYHA 3NDKA 4DF8A 4LSNA 4WE1A 3SQ1A 4I2PA 5CZ1A 1FKPA 4B9VA 2ETJA 4ZTJA 3EY1A 4KHWA 3ASMA 3TAFA 3LP0A 3U6FA 4NCGA 4FJ5A 4CJPA 3AA2A 1IKVA 4J2AA 2KFNA 3HK2A 4Z4IA 5T7BA 4CGHA 4RW8A 1VSIA 4DTUA 4CGGA 4FJKA 4BACA 3O3FA 4EZ9A 5C42A 4FZXC 3LZIA 4FJGA 4DF4A 2YNGA 1SKWA 4FJ8A 1ZBUA 2RKIA 1KLMA 1NK4A 4ID5A 4DG1A 3TAGA 3VQ7A 2HHUA 1LV5A 3AVKA 1QTMA 1YTUA 3KK2A 2HHSA 3L3VA 4JRPA 4HCBA 1U4BA 4DWIA 4CGJA 3VQEA 4DQPA 4E1NA 4DQIA 4K8XA 2P51A 3L2WA 4CEBA 2Q3SA 2X6SA 4AH9A 4F4KA 1CXQA 3C95A 5C24A 2O4GA 4Z4CA 3NCIA 2G8UA 3AO5A 3OS2A 3CG7A 3LAKA 3SQ2A 4CJFA 1FKOA 3DOLA 4KO0A 4B08A 1L3UA 4FJJA 3QEWA 2QKKA 4CEEA 4CJ5A 1NJWA 2VWJA 2X78A 1J5OA 4Z4GA 4OPJA 2W42A 1IH7A 1UA0A 3MXIA 5C25A 2HVHA 4CJSA 5I42A 3SYZA 1RTDA 3HL8A 3NF6A 4KTWA 4CJLA 3TI0A 3ZSQA 3THVA 4FXDA 3VQDA 1HYSA 4CK2A 3IG1A 4BE1A 3HSTB 4NYFA 2AJQA 3V9XA 3LP3A 3NE6A 3DLKA 5J2NA 2O4IA 1A5XA 2HNDA 3K5NA 4J2DA 4KHNA 3IRXA 5J2MA 3DRSA 4LH5A 4CK1A 4H4MA 3SNNA 1FXXA 1BIUA 3AO4A 3NGYA 1W0HA 4CESA 1RTHA 2E4LA 4JRQA 3L2UA 3QEVA 4B9TA 2QXFA 2Y1JA 4KI6A 3AVJA 2HB5A 2OA8A 2VWKA 1K6YA 3AVHA 3L2VA 1QSYA 5E41A 4RG8A 4AHVA 1HYVA 4CFAA 4ELVA 4W5NA 5J2QA 4CFCA 1UA1A 4I9LA 1QSSA 4CJRA 3S3MA 3LALA 1BISA 3SCXA 3SZ2A 1RTIA 3OJUA 4FJ7A 4CHOA 1YTAA 1S1XA 4O0IA 4BDPA 4DS5A 1TGOA 3D0PA 4DSIA 5FDLA 3OYAA 1A5WA 4FJHA 2HHTA 3BDPA 4AHCA 1S1TA 4DTPA 5HP1A 1HMVA 4F2SA 3VQ8A 4HCCA 3SUNA 4JLHA 4AHRA 4DTOA 2HW3A 3PO5A 3CM6A 2QKBA 1L3TA 3KK3A 4CF1A 1TKTA 4Z4FA 4FLVA 2P5OA 1EX4A 3AVGA 4RW9A 4XIUA 3KK1A 1VSMA 1X9WA 4FJLA 4GVMA 1RT6A 1VSEA 3SJJA 2ZE2A 3M8RA 3CYMA 4DSFA 1NKCA 3UIQA 3DLEA 4DFKA 3QNNA 2ITGA 2PZSA 4BDYA 2HMIA 2YV0X 2I5JA 3ZT4A 3K57A 1UWBA 2IDOA 4CJTA 3OS0A 3PUFA 1TK8A 1L5UA 4CJWA 1KVCA 3I8DA 3NBPA 3MAQA 4KTZA 1GOBA 4FLZA 2HHWA 4TSXA 4J2BA 1S6QA 3NF9A 1BGXT 2KZMA 3K58A 2FBXA 3A2FA 3K59A 2XRIA 3VQ9A 4DLGA 2NUBA 3RR7A 4CGDA 1ITGA 2F8SA 1TVRA 4CIGA 1C1AA 3E01A 1JXEA 4CHZA 4CHPA 4DU4A 1C1CA 1JLEA 1LWEA 1RBTA 1VSDA 4IG3A 4CERA 4N41A 3HXMA 1QSLA 3NGZA 3OYBA 3V4IA 3TAQA 1KLNA 4CK3A 1BCMA 1S6PA 3AVCA 3MEDA 4O44A 1Z25A 1QQCA 1A5VA 3AV9A 2BE2A 3BGRA 4CJEA 4KB1A 1BQMA 3ZT2A 4KHSA 5KGXA 3OYCA 3ZT3A 3RWUA 4HVJA 2A1RA 1TL1A 3OYDA 3QIOA 1BI4A 1NK0A 3AVLA 2F8TA 2HVIA 1J53A 4AHSA 3ZT0A 4IG0A 4OGEA 5KRSA 2WOMA 1QE1A 4PUOA 4CF2A 2EHGA 3V9SA 2QK9A 3SPZA 2BDPA 4L8RB 3AVBA 2B5JA 3AVIA 1L3SA 3MXJA 2RF2A 1BCOA 3AA5X 1J54A 1JKHA 3SPYA 1NK7A 3NAEA 1ASUA 4PY5A 1UAXA 1HPZA 2D0CA 2R7YA 1RILA 3DI6A 4W5TA 2YNFA 4FK4A 1N5YA 3RTVA 3ALYA 4O4GA 3RRGA 4KPYA 1RBVA 4C8MA 2XY6A 5KGWA 1CXUA 4KTQA 3VQCA 4FJ9A 3TANA 1ZBLA 3VN5A 3LWMA 4C8KA 1ASWA 1BI4B 1LAWA 2X6NA 3KIOA 3KJVA 1SKSA 4N76A 4M42A 3M8SA 2VG7A 1XI1A 4B9UA 4DU3A 1JL1A 4YFUA 3OYFA 3TABA 3ZSYA 4Q5VA 2LSNA 2PY5A 1VRTA 3I0SA 1RDDA 3LAMA 3LDSA 3RMCA 4W5RA 2Z1IA 2HNZA 4CEFA 3O3GA 3QEIA 2B4JA 3V6DA 1G15A 4IFVA 4M3TA 2OYQA 3KKSA 3SUOA 2IC3A 4OGCA 1TKDA 2G8VA 2YKNA 1VK0A 3NHGA 1RT2A 4KHQA 4QAGA 3LP1A 4E19A 4F3TA 1XWLA 2YHBA 3F73A 3HM9A 4FJNA 1LWCA 3KD5E 1DLOA 4CFDA 3QNOA 4DLEA 1ZYQA 4B3OA 1VSJA 1X9SA 4B9SA 4Z4EA 4O5BA 1B92A 5CYMA 3MEEA 1T05A 5JS1A 3B6OA 2ZD1A 4DS4A 1S1VA 4RW4A 4ZHRA 3MECA 4PA1A 4HUEA 2WONA 1N6QA 4OVLA 3HPHA 1NKEA 4ICLA 4E7LA 3KTQA 4IDKA 3L3UA 3JYTA 4IKFA 2D5RA 3DOKA 4FK0A 4OKKA 3OYKA 1NJZA 3V9WA 3M8QA 3RRHA 1NK9A 3HYFA 4CHNA 1J9AA 1MU2A 3VQQA 4LY7A 3S3NA 2OZSA 5CYQA 2GUIA 1I3AA 1LW2A 3G0ZA 3O4NA 4AHTA 1IG9A 4C8NA 1L3VA 3H08A 4IBNA 3O4QA 4B9LA 4DQSA 4HUGA 3OS1A 4CJQA 5HRPA 1IKWA 4MQ3A 2Z1GA 2Z1HA 3TR8A 3KLEA 5FRMA 1NKBA 1REVA 3NF8A 3RMDA 3B6PA 3MXMA 1Q9XA 2XO7A 1FK9A 1I39A 1VSFA 4FLWA 2IAJA 4FM1A 3SUPA 4CGIA 1JLGA 5D3GA 1DTTA 4ZTFA 4HHTA 2OPRA 3QEXA 4OLAA 1HRHA 4FZYA 1HQUA 2KTQA 3I0RA 3KLFA 1BL3A 1XHZA 1CZ9A 2FBVA 3VQAA 4EP5A 4BE2A 4EZ6A 1NK5A 3MEGA 2XY5A 4JS5A 1ASVA 3AO3A 4FLTA 4M41A 3U3GA 3C94A 4J2EA 2DFFA 4FCYA 3SV4A 3EZ5A 1CZBA 4CEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9PB 4H5VA 1KFSA 2P1JA 4OKJA 3VMFB 2ZGZA 1WSEA 3ISNC 5GAHP 1X1PA 4FW1A 3OYMA 3L2QA 3RMAA 4Y1DA 3UE5A 4JHDB 3CJ1A 5EU7A 4CEZA 4M3YA 4JD2B 2NRHA 2G8IA 2YKMA 3THXB 3U9ZA 3ZYYX 5DMRA 3KLHA 4CJKA 1RBSA 3QLHA 1R59O 4CZLA 1ZBIA 4OJRA 2AP1A 2HHXA 1K73O 1GLJO 3MCPA 4DV6K 2ZGYA 3C7NB 1KQSM 4I9QA 3VPZA 4G1QA 3KWGA 1VQKN 4R5PA 5DK5A 3LDQA 2PFUA 3P5JA 1NJYA 1KVBA 2P9SA 4LF4K 3WQTA 5KTQA 1C6VA 2OZMA 4KKOA 1HKCA 4CW7B 1NGDA 4JKFA 1T8EA 5AZIB 5FRNA 5CZ2A 4OLBA 4BR7A 3S41A 3DM2A 1T44A 5AQUA 1Q86O 5AQIA 4WQ5A 4QCLA 4M45A 4N56A 3N4PA 3O80A 2OPPA 1WLJA 4RW7A 4H5NA 1LWFA 2P9KB 1RBRA 1VQ6N 2IOCA 5KI6A 4CEAA 4E7IA 2E6MA 3Q7CA 5AFUH 3I33A 1ATNA 3NFAA 5CR4A 5CY4A 2O8EB 4W5OA 3E66A 4K25A 1X9JA 5AQRA 1KAXA 1IV0A 2P9LB 4EIAA 4YOVA 4IFYA 3NH2A 4YY3K 3WXKA 4EAHD 4CHYA 4FW2A 2D0OA 3ULDA 3U3YA 2G8HA 3CMAN 3OVNA 4BE0A 3H1VX 4XH5A 3AARA 1S1WA 5K14A 3AA4A 2RN2A 3P1GA 3NH1A 1WAJA 3AVAA 4OX9K 2E2PA 4FWQA 3NF7A 4GMJB 4DR2K 3TAPA 3FFKB 5BN8A 5AQXA 3BP8A 3ATUA 5JVGL 1NK8A 1Q82O 3SAFA 4E7KA 1HX1A 4ISEA 3KHYA 1S9GA 4M3WA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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