3VQ5A

Hiv-1 in core domain in complex with n-methyl-1-(4-methyl-2-phenyl-1,3-thiazol-5-yl)methanamine
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
151
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 48
structure length 133
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq5A00
1LW0A 4CJ3A 3L3UA 1D9DA 3LPUA 4CJUA 3K59A 1W9HA 4CEOA 4CHQA 1D9FA 1RTHA 4KREA 4M3WA 3TAFA 3DLEA 4I7FA 3TI0A 1RBRA 4FJXA 1X9MA 3AVMA 1KFSA 1ZBUA 1GOCA 3RMDA 1RT7A 1K6YA 3AVCA 1TL3A 1B9FA 3VQDA 3LAMA 4CHOA 3HXMA 2BDPA 1WSIA 2AJQA 1S1VA 4FLWA 4C8MA 2FBTA 3KD5E 3OVNA 1TKTA 5I3UA 4Z4FA 4OGEA 3QNNA 3O3FA 4N56A 4GMJB 4KTWA 1X1PA 4C8NA 2HNYA 5SWMA 4AILC 4Q5VA 4LH4A 5KRTA 2XHBA 2A1SA 4BWMA 2FBYA 4I9QA 4CJEA 3VN5A 1X9SA 4M3YA 1WSGA 1KLMA 2QXFA 4CERA 1LWFA 1TKZA 3O4NA 3T1AA 3KKRA 1S6PA 1QSSA 1FK9A 1QTMA 3O3GA 1VSLA 4IG3A 4W5QA 4BE2A 4KHQA 1UAXA 2O4IA 4E19A 4W5TA 3M8RA 3VQ5A 3VQCA 1WSHA 4Y1DA 4M45A 4CIFA 3PX4A 4HHTA 4E7JA 1U47A 2E4LA 2EHGA 1XC9A 3HSTB 1NK7A 4E89A 1B9DA 3HO1A 3RR7A 4CF9A 3O3HA 5CZ1A 2EX3A 2OZMA 3LWMA 4DLEA 3EY1A 3I8DA 3P83D 1TV6A 2R7YA 3SQ2A 4CJSA 4DTRA 1NK8A 1IKWA 1NK9A 1I39A 3AV9A 2P5GA 3VQEA 1NK6A 4RW8A 4PUOA 4DTUA 1C6VA 1LW2A 4YFUA 4F2SA 4DTOA 1KVBA 2YNHA 3PV8A 3MXIA 3FFIA 3S3MA 5CYMA 1WSJA 2G8VA 3VQPA 1JXBA 3MAQA 2DTUA 2OPRA 3HP6A 3CQ8A 1ZBLA 1RT5A 3TAMA 3VA0A 4Y1CA 4DWIA 3QIOA 4K8ZA 4PWDA 4KV8A 4AHVA 5KTQA 3NHGA 3QETA 3PX6A 1SKSA 3NFAA 4FJ8A 3AVGA 4CGFA 4CJQA 5KGXA 3AVIA 3ZT2A 3OYJA 4F8RA 4KB1A 4DSJA 4FZZA 1BCMA 1S6QA 4AH9A 4J2EA 3M8SA 4J2DA 3C95A 1VSMA 1JLBA 3DMJA 3I0SA 3LP0A 4CJTA 5HRPA 3TWHA 4FM2A 4DQSA 3MEGA 1BI4B 4NCGA 4KO0A 3HT3A 3SUOA 4N76A 1CXQA 4CESA 4J2AA 4O0IA 4DSKA 1VSKA 3S3OA 2KFZA 3LDSA 5HP1A 1S5JA 1LWCA 3RMAA 1QS4A 4H4MA 5C25A 4LSNA 4DTSA 2E6MA 1LV5A 4CJVA 2X78A 1FKOA 3K5LA 2XO7A 4E1NA 1NK0A 2HW3A 4NYNA 1QSYA 3CM6A 1CZ9A 4OGCA 4DFJA 3WNGA 3HVTA 3OYLA 3CFPA 4B9MA 4HCCA 4CHYA 2G8UA 1BIUA 4FLUA 1KVCA 3ZSZA 4FJJA 2QKKA 2IDOA 4CEAA 3HVRA 3H08A 1JLEA 1S9EA 4CF2A 3LZIA 4B9LA 3QO9A 3DLKA 3K5MA 1ZBFA 5HRRA 4OJRA 2Z1GA 2OPSA 3HL8A 4H4OA 3K57A 4FZXC 2JGUA 4DG1A 3VQ8A 4ID5A 4CGGA 4E7LA 3VA3A 1TVRA 3S9HA 3IAYA 4KTQA 1JXEA 3SYZA 3L2UA 2ATQA 1WLJA 3ZCMA 4OKJA 3V9WA 1TKXA 4JRPA 3SQ0A 1BQMA 3RTVA 1IO2A 1VSDA 4UQGA 4DSFA 4B3OA 1IKXA 1JLFA 4IFYA 4DQRA 3ULDA 1WNSA 4DTXA 3NF7A 4CFDA 2RPIA 1TL1A 4B8CA 3F73A 4NCBA 4B9UA 1HYVA 3DRRA 1QHTA 3ISNC 3CFRA 3DLBA 2Z1IA 2ETJA 4E0DA 4H8KA 4Z0UA 4FJ5A 4EP4A 1Q9XA 2JLEA 3V1RA 1BCOA 3QEWA 4DU3A 3OJUA 5J2MA 1WN7A 3B6PA 3ZSYA 3OYEA 1KSPA 3MECA 4ELTA 3NGZA 4KHUA 4Z4EA 2A1RA 4MQ3A 4DF4A 3KK1A 1U04A 4CFBA 2D0CA 1SL0A 1KFDA 2BE2A 1NJWA 4W5NA 3S3NA 4IBNA 5I42A 5CYQA 3QERA 2HHUA 3OYBA 1RBSA 1XHZA 3LP2A 3PX0A 2GV9A 3TR8A 1A5XA 4W5RA 1G15A 2RN2A 4FYDA 2FBVA 3SQ1A 3M8PA 4C8KA 5E41A 1VSEA 2B4JA 3RMBA 1TAUA 5JS1A 4E7KA 3NBPA 3L2VA 4CJPA 1RT6A 3NCIA 4E7HA 3T19A 4FLXA 3V81A 4C8OA 2OZSA 4CF0A 1DTQA 4KPYA 2X6SA 4L8RB 1C1CA 4AHRA 3O4QA 4FJ9A 2D5RA 3QEPA 3ZSQA 5DK5A 2ZE2A 1EXQA 4DFMA 2XY6A 2P51A 1CLQA 3SNNA 3ASMA 4G1QA 3UIQA 3T3FA 4PY5A 4M42A 3D0PA 1HMVA 1JLCA 2G8FA 3KTQA 1J5OA 3MXMA 4B9SA 1C0MA 3G10A 3ZT0A 3NAEA 1ZYQA 1RBTA 3KK2A 3L3VA 2HHSA 1LAWA 3HPGA 4RW9A 3AVNA 3LPTA 4B08A 3TAGA 4FLTA 2X74A 3KLFA 5J2QA 1HYZA 1WAFA 3AVAA 3C6TA 3NF9A 4CF1A 3ZT3A 4K8XA 1TAQA 2LSNA 3AO1A 1HJRA 3AA3A 1XWLA 3ZSXA 3JSMA 4GW6A 5J2NA 4R5PA 3HK2A 1HQUA 4OLBA 2YKMA 1RBVA 1N6QA 3HP9A 4TSXA 1EP4A 2BANA 4GVMA 2P5OA 4FK4A 1CXUA 1TK0A 4HCBA 4DTNA 3C6UA 3G0ZA 3NF8A 3K5OA 4BACA 2XY8A 1ZBIA 1NOYA 3OYKA 3EYZA 1YT3A 3M8QA 4AHUA 3NF6A 2Q3SA 3I0RA 5FRMA 1UA1A 2W42A 3OS0A 1A5WA 3LP3A 3QNOA 3NH2A 3JYTA 3AVFA 1S1TA 4FW1A 1J54A 1LWEA 3QIPA 3DI6A 3CFOA 1DLOA 1NKEA 2IOCA 5CY4A 1IH7A 5C42A 4DTJA 3BGRA 3OS1A 4Z4IA 1T03A 3LAKA 2G8KA 4KAZA 3KLGA 2HB5A 5HRSA 3K2PA 4BE0A 3QEVA 2XRIA 3KJVA 1TGOA 1X9WA 3IS9A 4JLHA 4DFPA 1RCHA 2DFFA 2OPPA 5HBMA 2XY7A 3LALA 4DMNA 1GOBA 3SUNA 1W0HA 2GBZA 3OYHA 4NYFA 3NGYA 1TKDA 2QKBA 3KKSA 1L3SA 2G8WA 2HVHA 2DY4A 4DF8A 1JL2A 2ZD1A 1FXXA 1Q9YA 3TAQA 2KZMA 4I2PA 2Y1IA 1FKPA 4CJFA 3DRPA 1BGXT 3SCXA 2B5JA 3OJSA 3RR8A 3AVBA 1S1WA 3NE6A 3OYIA 1SL2A 4PA1A 4FJKA 3OY9A 3NH1A 3LWLA 2HHXA 2F96A 3AO4A 1UA0A 1ITGA 3AA4A 3V9XA 4CHZA 2YNIA 3VQ7A 3DYAA 3ZSRA 5K14A 4AHCA 3THVA 5CZ2A 4DQPA 4ELUA 5JS2A 5J1EA 2PY5A 1RT3A 1WSFA 1YTAA 4LY7A 4LD0A 4M3RA 4DU4A 1HNIA 4JS5A 1L3UA 1WAJA 2Z1HA 1NK4A 3RMCA 4IG0A 1Q8IA 4M3ZA 1RILA 4I2QA 4KB0A 3RRHA 4F3TA 1HYSA 4OKEA 1Z25A 4KI6A 4CK1A 3VQ4A 4O0JA 3VQ9A 3QEXA 3TABA 4HUGA 3L2WA 1NJXA 4OLAA 1JLGA 3ALYA 4CEZA 3OYNA 3SPZA 4LH5A 2ITGA 3OS2A 3SI6A 4BDYA 1DTTA 5KI6A 4EZ9A 3V1OA 4JS4A 2IAJA 3AA2A 3KD1E 3BDPA 4CGDA 5KGWA 4DLGA 4DSIA 4DTPA 4CGIA 1UOCA 1RDBA 4CE9A 3SUQA 1BQNA 5DMRA 2DFHA 1Y97A 4FJNA 4E7IA 3AO5A 3KIOA 2HNDA 1KTQA 2KTQA 1RTJA 3V9UA 4CEFA 1SKWA 3PO4A 4DSLA 4FJGA 3LZJA 2QK9A 3CM5A 4DFKA 1RTDA 3U3GA 1NJYA 2Y1JA 4F2RA 1YVUA 4O5BA 4CEBA 2IC3A 5C24A 3P1GA 4CJLA 1C0UA 3HM9A 4KFBA 1EX4A 3VQQA 1VSHA 2OA8A 4IFVA 2G8IA 1VK0A 1ZBHA 2ZQBA 4YNQA 3WNFA 3SUPA 3ZT4A 4KTZA 3TANA 4FZYA 2BGGA 3KLEA 2HHVA 1QE1A 3DOKA 3RWUA 1RT4A 4HUFA 1LAVA 2I5JA 5SZTA 5EU7A 1ASUA 1RDDA 3CG7A 4FLYA 2YV0X 1BI4A 1VSFA 2NUBA 1RTIA 3TARA 2HHTA 4O55A 4E3SA 3TAPA 3K58A 4E1MA 4DS5A 4FJ7A 4OVLA 3ZSVA 4W5OA 1UWBA 2D0AA 5FDLA 3V1QA 3RRGA 4KHWA 3SQ4A 4ELVA 1HQEA 1RDAA 4B8AB 1ASWA 4CIGA 3DOLA 4CCHA 4FM1A 1S9GA 2VWKA 3AO2A 4CJRA 4Z4GA 2HVIA 3KK3A 4FCYA 1T8EA 4PQUA 4M3TA 4FM0A 4N5SA 4F3OA 1C1BA 4RG8A 2WONA 4ID1A 4RW6A 2FC0A 1TK8A 2VG6A 4OPJA 4DTMA 4HVJA 3L2RA 1KVAA 4JRQA 1IKVA 4CFCA 1R0AA 3A2FA 2PYLA 4QOZB 1MU2A 4ZTJA 2HNZA 1BHLA 1N5YA 1S1UA 1QSLA 4M3XA 2OYQA 3HPOA 3CYMA 1VSJA 4CIEA 1D5AA 1HPZA 4ICLA 4AHTA 3SV4A 1NKBA 3AVHA 4KHNA 2HMIA 1VRUA 1VRTA 3SZ2A 4CEDA 3KLHA 4FW2A 1RT1A 4CK3A 1XI1A 4FJIA 3QINA 3AO3A 2IGIA 4M41A 4FJLA 1J53A 5FRNA 3DLRA 3PUFA 1SUQA 4CECA 1NK5A 4B9TA 4KKOA 3WNHA 4IKFA 4AHSA 4FLZA 1U4BA 1BIZA 3WNEA 1L3VA 1BL3A 2PZSA 3AVKA 3HPHA 3IG1A 2VWJA 1S1XA 4BDPA 4DSEA 3ZSOA 3DM2A 1XHXA 1WSEA 3P5JA 2OPQA 4FVMA 4MFBA 3VQAA 4CF8A 3OYGA 3K5NA 4DQIA 4FK0A 3KLIA 3QLHA 1I3AA 2Z1JA 5T7BA 3L2QA 1VSIA 1JL1A 4RW7A 4CJWA 4FJHA 2YKNA 1A5VA 3E01A 1NJZA 4KHYA 1JLAA 1EKEA 4CGJA 3SV3A 3OYFA 4FK2A 3HJFA 3D45A 1B92A 4QAGA 2KQ2A 2RKIA 2RF2A 4O44A 1SL1A 1T05A 1YTUA 2HHWA 4Q0BA 4M3UA 4Z4HA 2YHAA 1RBUA 3HYFA 1ASVA 2P1JA 5KRSA 1KCFA 1KLNA 3OYDA 1IG9A 2VG5A 1D8YA 3NDKA 1CZBA 3B6OA 1SV5A 3V9ZA 3V4IA 5D3GA 2E6LA 4B9VA 1HNVA 2B6AA 3DLGA 4BE1A 3AVJA 3LANA 1U49A 4CEQA 4DQQA 1TK5A 4J2BA 4EP5A 4CGHA 1RDCA 4BDZA 1NKCA 4Z4CA 4ZTFA 1L3TA 1JKHA 5FROA 4KHSA 4FLVA 3EZ5A 1U48A 4FJMA 1NOZA 3ZT1A 1L5UA 3PY8A 1RNHA 4IDKA 3OYCA 4HUEA 3ZSWA 2PYJA 2X6NA 3SPYA 4FXDA 4OKKA 3VQBA 3IRXA 4HTUA 3DLHA 2HHQA 3PO5A 4N47A 2IS3A 4CJ4A 4CHNA 1C1AA 1EETA 1HRHA 4RW4A 3U6FA 4KRFA 4EZ6A 3OYAA 5HROA 1C0TA 4CJ5A 3QESA 4N41A 1IKYA 1J9AA 5HRNA 1KRPA 4OPKA 2DFEA 2VG7A 3V9SA 3QEIA 1REVA 4O4GA 4KI4A 4LSLA 4CK2A 2FBXA 3DRSA 3U3YA 3V6DA 4WE1A 4ZHRA 2KZZA 1Z26A 3MEEA 2YHBA 1O1WA 4QCLA 2O4GA 3LP1A 4I9LA 1T7PA 4DU1A 4F4KA 3MEDA 2F8SA 3ITHA 4DS4A 3NGIA 4B9NA 1BISA 3L8BA 2GUIA 3VQ6A 4NCAA 3SJJA 3AVLA 4CHPA 4BWJA 3TAEA 2KFNA 1QQCA 2G8HA 3NH0A 5J2PA 3AA5X 2F8TA 2XY5A 3OYMA 3C94A 4XIUA 2D0BA 4CJKA 1RT2A 1JLQA 2KW4A 3F9KA 1F21A 1GOAA 2YNFA 5HLFA 1U45A 4CEEA 2WOMA 4CFAA 1SKRA 3MXJA 2YNGA 4C8LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UKUB 3L3UA 1W9HA 4CEOA 1RTHA 1GLDG 3NVKA 3TI0A 1EWRA 1X9MA 4NLCA 1RT7A 4WQ5C 1JCEA 4WF9L 3VQDA 3HXMA 3M1FA 2BDPA 3FZFA 4C8MA 1M90O 2ITMA 1T6DA 4YOUA 4CZLA 3QNNA 2A3ZA 4GMJB 4KTWA 5SWMA 4LH4A 1E4GT 4M3YA 1K8AO 3ID6A 1LWFA 1QTMA 4PHTX 3O3GA 4IG3A 4KHQA 1UAXA 3D2EB 4E19A 4DB3A 3VQ5A 3M8RA 3VQCA 5GIOA 2DPNA 2O8FA 3RVCA 1XC9A 3RR7A 4CF9A 3O3HA 5AQGA 5CZ1A 2EX3A 3MWPA 3CF5L 4DLEA 2R7YA 3I8DA 1TV6A 3ZEUA 2QXLA 1NK9A 1VQMN 1I39A 1WB9A 3CC2N 2P5GA 1U2VB 3O9SA 4FPAA 3VQEA 4YFUA 2NNWA 1WSJA 3VQPA 1JXBA 1SS6A 3MAQA 2OPRA 2P9SA 3KVGA 4DWIA 1RT5A 3NHGA 3AVGA 2BTFA 4CGFA 1E4FT 4KB1A 5GINA 1S6QA 4ISGA 4AH9A 2VQFK 4J2DA 4FM2A 3TWHA 3MEGA 4BC3A 4NCGA 3HT3A 4IJAA 1CXQA 4JNEA 4BROA 5BRHA 4O0IA 3THYB 3L0QA 3LDSA 5HP1A 3GG4A 1MDUB 4H4MA 1T6CA 3HSCA 4WYBA 1FKOA 3K5LA 4E1NA 3GBTA 2P9KB 1YVNA 3WNGA 3HVTA 4LFBK 4CHYA 2G8UA 2IVOA 4FJJA 4CZHA 1W2BM 5HL7L 2E2OA 4DV3K 4H0TB 4CF2A 3LZIA 3DLKA 4C1NK 4OJRA 4H4OA 1OVQA 1TYQB 4E7LA 4BRNA 1JXEA 3MX2A 4E1JA 4QS8A 5F0XA 4JRPA 1T44A 1VSDA 4UQGA 1JLFA 3VEYA 4EHUA 1NLVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5AFU H;  1WOQ A;  4BGB A;  2RKI A;  4HTL A;  4JHD A;  2BH1 A;  4OO1 J;  1YTU A;  1BA0 A;  2YHA A;  4BRP A;  5KRS A;  1KCF A;  3CJB A;  3VEZ A;  3NDK A;  1CZB A;  3T69 A;  2E6L A;  4B9V A;  2B6A A;  2YX6 A;  3AVJ A;  1HX1 A;  3GDQ A;  4MDB A;  4J2B A;  4BDZ A;  3C7N A;  4BRQ A;  2F7T A;  5E26 A;  4IOC L;  4LF9 K;  4FLV A;  4X66 K;  1L5U A;  3ZSW A;  4H5N A;  2CGJ A;  3SPY A;  1QQO A;  4HTU A;  3ENO A;  4CD3 A;  2I7P A;  4K42 A;  3U6F A;  4ILJ A;  4EHT A;  5HRO A;  1C0T A;  4DV0 K;  1KRP A;  4H03 B;  2DFE A;  2VG7 A;  2WTU A;  4M63 C;  3HZ6 A;  2KZZ A;  3EE9 A;  1YJW N;  1G99 A;  1T7P A;  3MED A;  2F8S A;  1HLU A;  2FXU A;  3ITH A;  4DS4 A;  3VQ6 A;  3AVL A;  4CHP A;  1JJ2 M;  4BWJ A;  4JKA A;  4B3T K;  3NH0 A;  5J2P A;  3AA5 X;  5JLF A;  5AQT A;  2XY5 A;  2YJE A;  1JLQ A;  2YNF A;  1U45 A;  2QWP A;  2WOM A;  1SKR A;  4AF1 A;  2ZGZ A;  3CIP A;  2YNG A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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