3VQ5A

Hiv-1 in core domain in complex with n-methyl-1-(4-methyl-2-phenyl-1,3-thiazol-5-yl)methanamine
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
151
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 48
structure length 133
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq5A00
4E7KA 4CGGA 4CJ3A 3AVAA 4RW6A 3WNHA 4KTZA 5SZTA 4Z4IA 3G0ZA 1CZ9A 1RT7A 1C0UA 3KKSA 2VWJA 4DSFA 1IH7A 2XY7A 1SKWA 3HJFA 4IDKA 3QERA 1XI1A 3AO5A 3VQBA 3TAGA 3MXMA 3OYNA 5J1EA 4DS5A 1ZBLA 4ELVA 3LANA 3O3HA 4CJVA 3KLEA 1XHZA 4HTUA 5HP1A 2GV9A 4CGFA 5FDLA 4DLEA 3KD5E 4F4KA 4CEAA 1ZYQA 1ASWA 3RWUA 4FJIA 4N5SA 1KVAA 1TKZA 1J5OA 3AA4A 3LP2A 3MEEA 2KQ2A 2RPIA 3T19A 2HHTA 1N5YA 1RBRA 3QO9A 3L2RA 4FVMA 4CJRA 4LY7A 4CEFA 2HW3A 3RR8A 2DFFA 3OYAA 4CE9A 3KLIA 3TR8A 3ZT1A 2VG5A 3L2WA 3TWHA 3VA0A 4DQQA 1NKBA 4CJPA 3VA3A 3RRHA 4KHNA 4IG3A 4E7HA 1HYVA 1F21A 2Z1HA 2IDOA 3VQAA 1TKXA 2HHVA 3DLRA 3NH2A 4CJSA 1HQEA 4E89A 4KHUA 2B5JA 4KREA 3CM5A 5CZ2A 3PO4A 1C0TA 2OPRA 1FK9A 4MQ3A 2IAJA 2HVIA 4AILC 4KTQA 1X9WA 4FK0A 1RT3A 4H8KA 1RT6A 3TAPA 4WE1A 3D0PA 2A1RA 4N56A 4H4OA 3OY9A 1LWEA 4FLYA 4LSNA 5KRSA 4FXDA 5KI6A 3ZSRA 4KV8A 3NGIA 3O4NA 4N41A 1C6VA 3P5JA 3KJVA 2OZSA 3OYLA 2WOMA 1EX4A 4FM0A 4FLUA 1S1VA 3NBPA 3ZT3A 3SZ2A 3AO1A 5J2PA 1NKCA 1CLQA 1VRTA 2HNYA 1X1PA 1TL1A 3HYFA 3RRGA 2R7YA 2IC3A 4LH4A 1KVCA 3SQ0A 1XHXA 3B6PA 3QLHA 3RMAA 2PYJA 4Z4GA 2RN2A 4FLZA 4FJGA 3S9HA 4DFPA 3KD1E 2HHSA 3RMBA 4RW7A 3QINA 3ZT0A 1FKOA 2FBTA 1HNIA 2E6MA 3AO4A 2YKNA 1A5XA 1NJXA 2ZD1A 3QNNA 4J2EA 3OJSA 4DTRA 4CF0A 1KLMA 1NK7A 3RR7A 3CFOA 5D3GA 3TAEA 4NCGA 4CEBA 5I3UA 3NFAA 1WAJA 1RBSA 2YNFA 4B8AB 1GOAA 2JLEA 4HUEA 4ZTJA 3S3MA 1C1AA 2FC0A 1B9DA 1HJRA 2OPSA 4EP5A 4QCLA 1BHLA 1K6YA 3ISNC 1GOCA 1WNSA 2VG6A 4I2PA 2FBYA 3LDSA 4M3YA 1RDAA 2A1SA 3NF9A 1TAQA 5HRSA 2D0BA 3PX4A 4FJ7A 4CIFA 1ZBFA 4FJNA 1IKWA 5JS1A 2Y1JA 2F8SA 4BWMA 4E0DA 4FZYA 5KGXA 4DTNA 3AVGA 4DWIA 4FJJA 4OJRA 3ZSXA 2JGUA 1NJZA 2YNHA 1WAFA 4PY5A 3PY8A 4Y1CA 2D0CA 3QIOA 3OYMA 2XO7A 1QSLA 5CYQA 5C24A 3NHGA 3AVCA 4DQRA 1BL3A 2Y1IA 1NK8A 2O4GA 4OKKA 4CF1A 1BCMA 4KI6A 4J2BA 4OLAA 2XHBA 4JLHA 1IKVA 1HMVA 2P51A 3C94A 1DLOA 5CY4A 1BIZA 3K59A 1UOCA 3H08A 4Z4HA 4OGCA 4B9TA 3WNEA 3DLGA 4FLVA 4ZHRA 1CXUA 4DSEA 1XC9A 4JRPA 4ELTA 2G8IA 3NCIA 2E6LA 4E7JA 4J2AA 2WONA 3ZT4A 4CJKA 3AVBA 5DMRA 3M8RA 1D9DA 4Q0BA 3QNOA 2BDPA 3AO3A 2OPPA 1DTTA 3V9SA 3PV8A 3M8PA 1GOBA 1LAWA 4CJLA 3SPZA 3I0SA 4E7LA 1RT5A 3NF8A 5KTQA 3T3FA 2IS3A 3AA3A 1QQCA 2EHGA 4RG8A 4DG1A 4Z4CA 1A5VA 1SKSA 4DTSA 4CK3A 3RMDA 4KHSA 4FK4A 1SV5A 4CECA 1Q9XA 3OYBA 2YHBA 1IKYA 1QSYA 3SYZA 4M3TA 1T03A 1D5AA 3ZT2A 1KCFA 1ASVA 1ZBIA 4FK2A 4HUFA 3HO1A 2NUBA 3IG1A 2ITGA 1UWBA 3AVKA 4DFJA 1T8EA 3UIQA 2KFZA 5J2MA 4B9NA 3V81A 4GW6A 4FZXC 3L3UA 3NGYA 3M8QA 4JS5A 1HPZA 2KW4A 3TARA 5HBMA 1KSPA 1QTMA 3P83D 2RKIA 4KKOA 3F73A 3AVMA 3L3VA 3OYCA 1WSGA 3KTQA 2Z1JA 4DU1A 3EZ5A 4CJWA 3VQ8A 3BGRA 4CJTA 4DQIA 3QESA 4PUOA 4K8ZA 1NK6A 4BACA 4FM2A 4C8MA 1U45A 3L2VA 4FYDA 3LZJA 1X9SA 3VQ7A 3QIPA 4IFVA 5EU7A 1VSLA 4KAZA 3SUNA 4FM1A 1NOZA 4CERA 2QK9A 1J9AA 4OVLA 3OYDA 5HLFA 1KLNA 1EXQA 2QXFA 3ITHA 4AHCA 4FJKA 3VQQA 4KB0A 2D5RA 3VQEA 4DLGA 1SKRA 4DSJA 1RTIA 1HYSA 3A2FA 3KLFA 2RF2A 4C8NA 3V1RA 3VN5A 3V9ZA 1TKDA 4PQUA 3CYMA 4AHRA 3B6OA 1J54A 3L2UA 2BE2A 3LP0A 1TL3A 1BGXT 4LH5A 3HPHA 3WNGA 1NJYA 2P5OA 4EZ9A 3M8SA 1RTDA 4BDPA 4FJLA 3LPTA 1BI4A 3DOKA 1L3TA 4I9LA 5C42A 2OA8A 5J2NA 1UA0A 3AVHA 5SWMA 4EP4A 1L3VA 1YTUA 4AHTA 4CJQA 4CGIA 1T05A 2D0AA 4FLTA 3SCXA 2HHQA 3SJJA 3ZCMA 4CFDA 4LSLA 2AJQA 1TV6A 1JLAA 2E4LA 3VQ9A 4O0IA 1SL1A 4CJ5A 1RTHA 3OYIA 3SV4A 1WSJA 4AH9A 4M42A 3KLHA 3SPYA 1TK5A 1BCOA 1TVRA 4AHUA 1SL0A 3F9KA 4CCHA 4CFAA 4DSLA 1YT3A 4FJHA 3HT3A 1JLGA 4O44A 4AHSA 4CEQA 4O0JA 4NYFA 4BDZA 5FRMA 1S6PA 2KTQA 3G10A 1IO2A 1RBVA 4CK2A 3PX6A 3HP9A 4IKFA 4BE1A 4F3OA 4HCBA 1Q8IA 2BANA 3SUQA 3QEIA 3DRRA 4OPJA 2P5GA 3U3YA 4UQGA 4RW4A 4MFBA 3L8BA 4KTWA 3ULDA 4KHYA 5KGWA 4DQSA 1RDBA 3TI0A 3V6DA 1U49A 3SI6A 4RW9A 4N47A 3OYHA 4C8LA 2KZZA 2YKMA 3AV9A 3DLBA 1BQNA 3OYKA 3JSMA 3ZSWA 1RBUA 3DLEA 3C6TA 4CHZA 3SUPA 4NCAA 3C6UA 4N76A 5I42A 4LD0A 2G8HA 2YNGA 1FXXA 1U04A 1VRUA 3O3GA 2KZMA 3PX0A 4KB1A 3AVIA 4CIGA 4FJ8A 4CGHA 3O4QA 4M3XA 3NF7A 3KLGA 4DU3A 1KTQA 4FW1A 5HRPA 2W42A 3QEWA 2HMIA 5HRNA 1O1WA 3OYFA 3THVA 1BISA 1JLCA 1RT1A 4I2QA 4CF2A 4IBNA 2IOCA 1RDDA 2Z1IA 5C25A 1QE1A 4CEOA 5HROA 4I9QA 4KO0A 1NK5A 3SUOA 4F2RA 1S9GA 2QKKA 4IG0A 1RT4A 4ID1A 2HB5A 2G8KA 1SL2A 1NJWA 3T1AA 3S3NA 5JS2A 4HHTA 3KIOA 4DF8A 5DK5A 3LP1A 4CK1A 4CHNA 4DTXA 3QEVA 3HK2A 3SQ1A 3TABA 4OLBA 4W5QA 1DTQA 4DFMA 2XY8A 4CHQA 2VG7A 3HPGA 3K58A 3NH1A 1JLFA 3FFIA 2DFEA 2Q3SA 5CZ1A 4K8XA 1WSHA 1RT2A 1S1XA 4M45A 3LZIA 4OGEA 1RCHA 5K14A 3C95A 4FCYA 2P1JA 1RILA 1LW0A 3MXJA 4ELUA 1U4BA 3ASMA 4B08A 4BWJA 4CJUA 3OS0A 4HUGA 4O55A 3DRPA 1UA1A 4KHQA 3NH0A 4DTMA 2HNZA 1J53A 2FBXA 1U48A 1JLEA 4Z0UA 3QEXA 1Y97A 4H4MA 1SUQA 3IRXA 3I0RA 3RTVA 3SQ2A 1REVA 3LPUA 2G8FA 2G8WA 3OJUA 3K2PA 4PWDA 1NOYA 2KFNA 1D9FA 3NDKA 3DM2A 2DTUA 1KFSA 1B9FA 2HHWA 1U47A 1VSHA 2XRIA 3OYJA 3MAQA 3OYEA 1Z25A 4DF4A 1EKEA 4CHYA 3AVNA 3CFRA 1N6QA 4O5BA 1RNHA 2F96A 4FW2A 2YV0X 4Y1DA 1KVBA 3OVNA 3K5NA 1VK0A 3DYAA 2ETJA 1X9MA 4DS4A 4YFUA 1S1UA 4BE2A 4ZTFA 1IG9A 3TAMA 4CHOA 2B6AA 2DFHA 4OKEA 3IAYA 4F3TA 4ID5A 4FJ5A 1LW2A 4M3RA 1Z26A 4CJEA 1NK9A 4QAGA 3ZSYA 4RW8A 1T7PA 3TAFA 1B92A 1HQUA 3K57A 3AO2A 3KK1A 1W0HA 1W9HA 1TGOA 3VQ6A 1CZBA 2Z1GA 3HVRA 1VSEA 3S3OA 2O4IA 2HNDA 1JKHA 2GBZA 3VQDA 4KHWA 2HHUA 4BE0A 3U6FA 4C8KA 4J2DA 2DY4A 1S9EA 2X6SA 1LWCA 4HVJA 3WNFA 3KK3A 2OYQA 4NCBA 4C8OA 1RTJA 4O4GA 2PYLA 3AVFA 4OPKA 4PA1A 1JLQA 3SNNA 1QS4A 2PZSA 1S6QA 4CJ4A 5FROA 3O3FA 1VSFA 1S1WA 4B3OA 3LAMA 5E41A 1QSSA 4CHPA 1ITGA 2OPQA 4E7IA 3D45A 2QKBA 3RMCA 3HP6A 2BGGA 3MECA 4DTJA 3AA5X 4W5NA 1VSKA 1D8YA 3P1GA 4M41A 4FJXA 4FZZA 1HNVA 2HVHA 4FJMA 4DTOA 3MXIA 2PY5A 4FJ9A 1BQMA 1JL1A 3HSTB 2X74A 3LWLA 1S1TA 4EZ6A 4CESA 4CIEA 3JYTA 1LV5A 4DQPA 1ZBHA 3NGZA 4CF9A 4W5OA 1TK8A 4DU4A 3CFPA 1I3AA 4BDYA 3PO5A 1C1CA 3VQ5A 3VQPA 2XY6A 4B9SA 2LSNA 2YHAA 3HPOA 2ZQBA 3DOLA 3HL8A 1TAUA 1FKPA 3ALYA 2OZMA 3DRSA 3HXMA 5FRNA 3KK2A 3TANA 2IGIA 4KFBA 4B8CA 4M3ZA 1NKEA 3V1QA 3OYGA 4CGDA 1RDCA 2X78A 2YNIA 4R5PA 3HVTA 3E01A 2FBVA 1C1BA 4F8RA 1A5WA 3LALA 4E3SA 1WSEA 3MEGA 4KPYA 3QETA 1BI4B 4DSKA 1EP4A 3DLHA 1WN7A 3ZSOA 4CEZA 1CXQA 2I5JA 3CM6A 4GVMA 1VSDA 1WSIA 3AVLA 3VQ4A 5T7BA 3K5MA 4M3UA 4KRFA 2VWKA 4E1NA 1WSFA 4NYNA 3DI6A 4M3WA 2ZE2A 1IKXA 1KFDA 1JL2A 1VSIA 3HM9A 3TAQA 3IS9A 2GUIA 4CEDA 4DTUA 3NE6A 2X6NA 3BDPA 4FLWA 3OS1A 4B9LA 1VSJA 4KI4A 3DMJA 3SQ4A 3V1OA 1HRHA 2F8TA 1L3UA 3ZSVA 1L5UA 3SV3A 4JRQA 3VQCA 4F2SA 3V9XA 1LWFA 1UAXA 3AVJA 3LP3A 3OS2A 4B9MA 4DFKA 3AA2A 3V9UA 3L2QA 1ZBUA 5CYMA 4W5RA 4JS4A 1I39A 1KRPA 4DTPA 3KKRA 1QHTA 4I7FA 3DLKA 4CFBA 1HYZA 4CF8A 4CEEA 4TSXA 4W5TA 1R0AA 3NF6A 1NK0A 3ZSQA 1JXBA 1VSMA 3V9WA 2EX3A 4B9VA 4DMNA 1C0MA 3U3GA 4Z4FA 1TKTA 1YVUA 2G8UA 4OKJA 2XY5A 4HCCA 3LAKA 5HRRA 3I8DA 4E19A 3EY1A 3K5LA 4CGJA 3K5OA 4QOZB 4YNQA 1WLJA 4IFYA 1ASUA 1XWLA 2B4JA 3ZSZA 4CJFA 3EYZA 4XIUA 1LAVA 2ATQA 4L8RB 2HHXA 1YTAA 3LWMA 4Z4EA 1MU2A 3V4IA 1TK0A 2G8VA 3QEPA 1EETA 1BIUA 3CG7A 4GMJB 1RBTA 4ICLA 3NAEA 4CFCA 4G1QA 5KRTA 1S5JA 1JXEA 3PUFA 3CQ8A 4E1MA 4AHVA 4B9UA 3MEDA 5J2QA 1NK4A 4FLXA 1L3SA 1Q9YA 4Q5VA 1G15A 4DSIA 1JLBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGGA 1TYQA 3G0ZA 3W0LA 1XNRK 3CJBA 3HRGA 2XY7A 4H5WA 4IDKA 2Q97A 3QERA 1XI1A 1ZBLA 3O6WA 1HUXA 3QFPA 3CQXA 2O8EB 4FOIA 4F4KA 4CEAA 3RWUA 2V7ZA 4N5SA 1KVAA 2GTDA 3D2FB 1ATSA 3MEEA 2HBJA 3BF3A 2KQ2A 2RPIA 2HHTA 1N5YA 4CJRA 2DFFA 3OBWA 3KLIA 3SMPA 1NKBA 5JMVA 3CMEN 4KHNA 3O9TA 5AQZA 1N36K 4CJSA 4A57A 4CJ7A 1YHQN 4KHUA 2OPRA 1KAXA 4DR6K 1FK9A 4FPBA 4MQ3A 3SBTA 4AILC 4WFAL 3VTHA 3D0PA 4H4OA 1HNWK 4MDBA 3NGIA 3TSUA 2WFBA 2OZSA 1J5EK 5C0YA 1VQKN 4FLUA 1N33K 2O8CA 1NKCA 3FZKA 1TL1A 3HYFA 1KAZA 3B6PA 1OVYA 3N4PA 3QLHA 2PYJA 4FJGA 4JI6K 3KD1E 2HHSA 5HOOA 3LDNA 3AO4A 2YKNA 3FZFA 1A5XA 2ZD1A 4WFBL 4J2EA 3OJSA 1ZXOA 3I8BA 4DTRA 1NK7A 4BGBA 3NFAA 3U9DA 1WAJA 1HR0K 1RBSA 4KI6A 4ZTJA 4M7XA 1HJRA 2VG6A 4FPAA 2FBYA 4BRKA 1RDAA 4JAXA 1N8RO 4CIFA 1ZBFA 2F8SA 3T7ZA 4E0DA 5BREA 4CD3A 3AVGA 5GAGP 3TPQA 4FJJA 3ZSXA 5JICA 1WAFA 4GY2B 4NXNK 2D0CA 2PBDA 4NO7A 5CYQA 1NGGA 1NK8A 2O4GA 4CF1A 5C2DA 1IBMK 1NGCA 4GV3A 5CY4A 4BRLA 4G9ZA 2DPNA 3AAQA 1CXUA 5BR9A 2VWBA 2G8IA 1VQLN 3ZT4A 4CJKA 3M8RA 2BDPA 4FWLA 2FF6A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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