3V1OA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule tags Hydrolase
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1oA00
3KK3A 3QEIA 3AVLA 3K57A 3CM5A 3ZSRA 2XY7A 1VSEA 4I7FA 4H4OA 2HNDA 4OKEA 4E7HA 3DI6A 3RMBA 4DTNA 1BHLA 4E1NA 1WAFA 4BACA 5T7BA 2OZSA 4W5NA 1RT7A 2IC3A 2ETJA 1IKVA 5KI6A 4CJLA 4IFVA 2A1SA 3EZ5A 3SQ4A 1U48A 1N6QA 2EX3A 3K5MA 1BCOA 1ZBUA 4FLUA 5K14A 4B9NA 1VRTA 3JSMA 3HJFA 2OA8A 1KVAA 3L2WA 2VG6A 1L3TA 3IAYA 1DTTA 1JLEA 1RTIA 3OYMA 4Z4IA 3HL8A 4KPYA 2IDOA 2PYJA 3L3VA 2X6SA 1BIUA 1Y97A 2JGUA 3L2UA 4DTMA 4PQUA 2B5JA 3KD1E 3VQ9A 1KSPA 4DF8A 4RW7A 5C42A 2R7YA 1U4BA 1RDDA 1SKRA 1TKZA 1C1CA 2XO7A 3ITHA 4C8KA 4M45A 1U49A 2G8KA 4FJMA 4DSLA 4KV8A 4CESA 3OJSA 3VQAA 2BDPA 1Q9XA 3CG7A 3LWMA 2YHBA 3NGYA 2DTUA 1B9DA 4K8XA 3KK1A 3KTQA 5HRNA 3TAQA 1RBSA 1Q8IA 2E6LA 3TAMA 4BE0A 1VSDA 4ZTFA 2OPRA 3HPOA 5J2NA 1N5YA 4KHSA 4KO0A 5I3UA 1TKTA 2XRIA 4FZYA 4FK4A 3BDPA 4Q0BA 1TV6A 4CJSA 4B9TA 2YHAA 3OYNA 3HK2A 4N76A 1IKWA 2HB5A 3LAMA 4KTQA 2QK9A 4F8RA 1LWCA 3OYAA 4OLBA 1J5OA 3K5OA 1XHZA 3QEVA 5HRSA 1C1AA 4N47A 3NHGA 1HPZA 4CK3A 3LP1A 1L5UA 2RPIA 3OJUA 1QHTA 2B4JA 3CFOA 4JRQA 3ZSYA 1WSFA 4OKKA 4CHZA 4DQSA 3IRXA 1S6QA 1IKYA 3RMDA 3THVA 3VQDA 4EZ6A 3AO4A 2BGGA 3HP9A 4KHQA 1GOAA 4J2EA 1RDBA 3QIPA 3V9SA 2WONA 3QNNA 3TABA 1JLAA 3A2FA 5C24A 4AHCA 5KGXA 4CECA 3I8DA 4B3OA 2IAJA 4CHNA 1HRHA 3SNNA 4B9SA 4DSIA 1S1VA 3V1QA 3NH1A 4CF2A 4RG8A 5HRPA 2FBYA 1DLOA 5J2QA 2Z1GA 4FLTA 3I0SA 2HMIA 2HHWA 3HT3A 4FM2A 2HNZA 4CIEA 4BE2A 4G1QA 3CFRA 4LH5A 1RILA 1KCFA 4W5RA 1LAVA 4CF8A 3HXMA 3S3NA 3LP2A 3AA5X 3HP6A 5CYQA 4F3TA 1F21A 4PUOA 1HQUA 4F3OA 2Z1HA 4DMNA 3VA3A 4CJ4A 4E3SA 3DMJA 4GMJB 3O4QA 4GVMA 1TL3A 5J2PA 2HHXA 3OS1A 4FJ5A 4FJ8A 1C0TA 2FC0A 4LSNA 3SQ1A 4XIUA 4CEBA 4HUGA 1U45A 1ZYQA 1BI4B 1SKSA 2RKIA 1CLQA 3AA2A 5KGWA 3AVFA 1SL2A 2F8TA 3NF9A 4CJEA 4AILC 4FXDA 4CEQA 4CIFA 3V9XA 1D9DA 3O3GA 3DOLA 4KHUA 3M8SA 1FKOA 2OPQA 3AVMA 3CM6A 4HVJA 3C6TA 3QESA 1KLNA 5KRTA 3FFIA 3DRRA 2Q3SA 2Z1IA 1DTQA 3MECA 3ZSOA 4C8NA 4CHYA 5KTQA 3SZ2A 4DFMA 3O3FA 2NUBA 5JS2A 3ZSVA 4AH9A 3LAKA 3KLHA 3RMAA 1NK4A 5HBMA 1T8EA 3KIOA 4IKFA 4CERA 5SWMA 1JLGA 4DTPA 5HROA 1VSHA 3K59A 1CZ9A 4JRPA 3F9KA 4DFPA 1ZBIA 3TAPA 4CIGA 2QKBA 3KLIA 1UWBA 2X6NA 3ASMA 4QCLA 1JLQA 1GOCA 1RT5A 1TL1A 2YNHA 1LAWA 3EY1A 4Q5VA 1O1WA 1T03A 1HQEA 1KFSA 1REVA 4DTOA 3PX6A 4FJNA 5FDLA 4PWDA 4M3WA 3HM9A 3AVJA 4CJPA 1C0MA 1QQCA 3LP3A 1RBTA 3HVRA 3RWUA 1WNSA 4CGFA 4E7LA 3QEXA 4F2SA 4BDPA 3S3OA 4AHVA 1WLJA 2G8IA 3B6PA 2OPSA 1SL1A 3AA3A 3DLHA 4I2PA 3RMCA 1NJYA 4CJRA 4IG0A 4CK1A 3WNEA 3TANA 3LP0A 4KRFA 3VQBA 1SUQA 4AHRA 4CJUA 3SPYA 1A5XA 3V9ZA 4CGHA 3AO2A 2O4IA 3JYTA 4DFJA 4YNQA 4UQGA 2HHTA 1NK8A 3ZT2A 3TR8A 4EP5A 1T7PA 3AVIA 1IKXA 3PV8A 1WSEA 3DLEA 4B9UA 2OZMA 3L2RA 4ELUA 4FM1A 4DF4A 4DQPA 1G15A 1HNVA 4N56A 1BQMA 3NE6A 3RR7A 3OY9A 1TK8A 4DSJA 3VQCA 3ZT3A 4Y1DA 1J53A 4AHUA 1TGOA 3OYBA 2PYLA 3PO4A 4OPJA 2FBXA 2HW3A 3CQ8A 4M3ZA 1EX4A 3DYAA 4FVMA 3AVHA 3EYZA 3QINA 3S3MA 1J9AA 4M3RA 4CFCA 4HCCA 3V6DA 3NDKA 1NOYA 1EP4A 4CFBA 2G8FA 1UA0A 2OPPA 3AVKA 1UA1A 4DU3A 4B8AB 3MAQA 3OYJA 5HP1A 2KW4A 1HYZA 1I3AA 4HTUA 2ZQBA 4CHQA 3V9WA 1RNHA 2RF2A 5EU7A 3U6FA 1L3SA 3PX0A 2P51A 4DTJA 4C8OA 4YFUA 4DLEA 4PA1A 4OPKA 2HHSA 3NH0A 1J54A 1T05A 1NK5A 4Z4GA 3VQ7A 4CJKA 1S9EA 3G0ZA 4FLVA 4RW4A 4E0DA 3AVGA 3DLBA 2KZMA 1S6PA 3L8BA 5J1EA 4DU1A 2YNGA 1LW2A 4IBNA 4KHNA 1KVCA 1S1XA 4HUEA 4M3YA 3KLEA 4IG3A 2G8UA 1RCHA 3K2PA 1JLFA 1WSHA 4DSEA 2HNYA 3QO9A 4R5PA 4DS4A 2QXFA 1B9FA 1QE1A 1K6YA 1RDCA 1C6VA 4FJJA 4HCBA 4BWMA 4FJXA 1A5WA 4MQ3A 3QEPA 4KKOA 4CK2A 1LWFA 2LSNA 1NKBA 1LV5A 1JLCA 1ASVA 3F73A 1NK6A 2KTQA 3RR8A 4KAZA 1ZBLA 3AO3A 4N41A 5C25A 1Z25A 3NFAA 2ZE2A 4F2RA 4J2AA 1EXQA 4M3UA 1YTAA 4H8KA 1C0UA 1WSGA 3TWHA 4KTWA 4FCYA 3VQQA 4C8MA 3AVBA 1UAXA 1XWLA 4O5BA 3T1AA 4DSFA 4KHYA 5CZ2A 3G10A 4LSLA 1X9SA 4J2BA 4CJWA 1NK7A 4NCAA 4KTZA 3VQ8A 4FLWA 1X9WA 3SUNA 3D0PA 2GUIA 4JLHA 1YVUA 4CF1A 4FK0A 1BISA 3OYKA 5JS1A 3H08A 3ZT0A 4FJHA 4B08A 1HYSA 2GV9A 3AVNA 1RT1A 1VK0A 4NYFA 4CGDA 4E19A 1SV5A 1U47A 4LD0A 3HSTB 1QSYA 4FJ7A 3NCIA 3WNFA 3V1RA 3K5NA 4M3TA 1CZBA 3I0RA 3PX4A 4CJQA 4O44A 1WAJA 2ATQA 3ALYA 3MXMA 3VQPA 4FZXC 1W0HA 3PUFA 3K5LA 3KD5E 2FBVA 2DY4A 3SQ2A 2P5GA 1QS4A 4HHTA 3SCXA 3AO5A 3U3GA 2E6MA 1RDAA 1VRUA 2DFHA 5CY4A 4OVLA 4CGIA 3OS2A 3BGRA 3SYZA 3SJJA 4LY7A 4FYDA 4DQIA 1JKHA 2XY6A 3DLKA 4C8LA 3AO1A 2KQ2A 1Z26A 3O4NA 3NBPA 1RBVA 4ELVA 4CGJA 4CFDA 1NKCA 1L3UA 4B9VA 3OYIA 4KREA 4W5OA 3ZCMA 4FW1A 1BIZA 4CJTA 1YT3A 1TAQA 3C95A 4DSKA 2G8VA 4Z4CA 1NJWA 2VWKA 4KFBA 4OKJA 2HHQA 2P5OA 4OGCA 1KRPA 2VG7A 3L2VA 1TKXA 3OYEA 4O55A 1KVBA 3OYCA 1CXQA 4JS4A 1WSJA 1NK9A 1BI4A 3ZSWA 3KLFA 3KKSA 5KRSA 4B9MA 3AV9A 3HVTA 2PY5A 2OYQA 3MXIA 4FLYA 1VSJA 3RTVA 4FLZA 3V9UA 1JL2A 3HPHA 3QEWA 4FK2A 1QTMA 4QAGA 3SV3A 4Z4FA 4I9LA 4FLXA 4NCGA 5FRMA 3LANA 4W5TA 3PY8A 4FJGA 4Z4EA 4RW8A 4DQQA 1RT3A 3ZSXA 4E7IA 3S9HA 3SV4A 3NF8A 2BANA 3E01A 4OJRA 3M8RA 4F4KA 1Q9YA 3WNHA 4DFKA 1QSLA 4GW6A 1HNIA 1ASUA 4B8CA 1EETA 4MFBA 4W5QA 1RT4A 3ULDA 3V81A 4M42A 1LWEA 3MEGA 1IO2A 3P1GA 3OS0A 3M8QA 3KK2A 4FJLA 4OGEA 1C1BA 2XY8A 4PY5A 1I39A 4CFAA 1IG9A 3VQ6A 2D5RA 3SUOA 4ZHRA 3LDSA 2F96A 2HHUA 5FROA 3TAEA 4CCHA 4B9LA 3KKRA 1S1UA 1W9HA 2IGIA 4CHPA 3L2QA 3LZIA 4CJFA 1FKPA 1X9MA 4CEFA 1GOBA 2KFNA 1MU2A 3HPGA 1TAUA 3L3UA 2EHGA 1JLBA 4M3XA 4FW2A 2HVHA 3VQ4A 2D0BA 2YNFA 1VSIA 1QSSA 1S1TA 3CYMA 1SKWA 1S5JA 1U04A 1NOZA 2YKMA 4N5SA 3VA0A 1BCMA 1RTDA 5J2MA 4LH4A 1JL1A 1X1PA 4E89A 4O0IA 3NAEA 1ASWA 1D8YA 2JLEA 3ISNC 2FBTA 4FJKA 3HO1A 5DK5A 3QETA 3D45A 3KJVA 2HHVA 3P5JA 4ICLA 3RRHA 1WSIA 3T19A 3SI6A 4CJ5A 4DG1A 4AHTA 2O4GA 4BDYA 4FJ9A 1VSKA 4J2DA 3LWLA 2F8SA 4DWIA 3B6OA 5CZ1A 4CF9A 3NH2A 3OYDA 4FM0A 1WN7A 2A1RA 2KZZA 2D0CA 2DFEA 4DLGA 4M41A 4EP4A 3SUQA 4L8RB 3T3FA 1XHXA 4KI4A 1JXEA 2W42A 4I9QA 3SUPA 1KLMA 2D0AA 3LALA 1RT6A 3MXJA 4DTSA 3TAFA 5HRRA 3OYLA 3AVAA 3DOKA 4CEEA 4IFYA 5E41A 3P83D 1RBRA 1VSMA 4CJ3A 4DTRA 2GBZA 2RN2A 1VSFA 2WOMA 3QERA 3U3YA 1RBUA 4BDZA 4AHSA 4IDKA 3KLGA 3LPUA 2ITGA 4E1MA 1S9GA 4NCBA 1ZBFA 3DLRA 2IS3A 1XI1A 4OLAA 3C6UA 4BE1A 4H4MA 4I2QA 3ZT1A 4DQRA 4ZTJA 3DRSA 3V1OA 5HLFA 1HMVA 2IOCA 4RW9A 2PZSA 2ZD1A 1BQNA 2Z1JA 2VWJA 4ELTA 1JXBA 4WE1A 4KB0A 3DRPA 1HJRA 3VQEA 3NGIA 3TARA 1UOCA 4NYNA 5FRNA 4CEZA 1YTUA 2P1JA 2YV0X 3MEEA 2AJQA 3IS9A 3MEDA 3ZSZA 3TI0A 2G8HA 3C94A 4RW6A 4DTXA 3UIQA 4E7KA 4ID5A 5CYMA 2Y1JA 4FZZA 4TSXA 4DTUA 3AA4A 1FK9A 4DS5A 3HYFA 3NF6A 1NK0A 3LZJA 2BE2A 1RTHA 4CEOA 4Z0UA 1BL3A 1BGXT 3K58A 4CHOA 1S1WA 4K8ZA 2X78A 3LPTA 1XC9A 4KI6A 1TK0A 1KFDA 4FJIA 1FXXA 1RT2A 2DFFA 3VN5A 3IG1A 1TK5A 3PO5A 3SQ0A 1R0AA 5D3GA 3O3HA 3OYGA 2YNIA 4CEAA 4HUFA 2B6AA 2XY5A 1NKEA 2HVIA 4ID1A 4Y1CA 3QLHA 1A5VA 1LW0A 5DMRA 2KFZA 2I5JA 1HYVA 2XHBA 4DU4A 3ZT4A 4CJVA 3OYHA 4KHWA 4CF0A 4O4GA 4CEDA 1ZBHA 4BWJA 3DLGA 2VG5A 5I42A 4E7JA 1ITGA 1VSLA 1D5AA 3VQ5A 3WNGA 3QNOA 1KTQA 4O0JA 3V4IA 1NJXA 3NF7A 2YKNA 3NGZA 3DM2A 3AVCA 4KB1A 2X74A 2G8WA 3TAGA 4QOZB 1EKEA 4JS5A 4Z4HA 3OYFA 1SL0A 1L3VA 1CXUA 3SPZA 1RTJA 4CGGA 1IH7A 1TVRA 3M8PA 1D9FA 1NJZA 3OVNA 2E4LA 3ZSQA 4CE9A 3CFPA 3RRGA 2QKKA 1TKDA 2Y1IA 4EZ9A 3QIOA 5SZTA 1B92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CMAN 3THYB 3ZSRA 2XY7A 1NM1A 1VSEA 4I7FA 2HNDA 2VGMA 3RMBA 4DV1K 1RT7A 3SQ4A 3P38A 4JAXA 5CR4A 1NNEA 1QQMA 3JSMA 2OA8A 1KVAA 2VG6A 1L3TA 1JLEA 3OYMA 3RSEA 4KPYA 4CJ7A 1BIUA 4PQUA 5M1NA 4JD2B 1KSPA 1BO5O 4DF8A 1BOTO 4JKEA 5C42A 1U4BA 1RDDA 2G8KA 2P9PA 4DSLA 4CESA 1Q82O 3OJSA 3VQAA 3I8BA 1Q9XA 2DTUA 1B9DA 1HX1A 3O9QA 3CCLN 3ZYYX 4FPAA 4BGAA 2Q2RA 1TKTA 4FZYA 1I94K 5BRDA 3HK2A 1IKWA 1GLJO 3CCMN 1LWCA 3FGUA 2QTDA 4OLBA 1J5OA 3K5OA 3G71N 5HRSA 1C1AA 4N47A 3NHGA 4CK3A 1L5UA 4BG8A 4JRQA 2IVNA 1NU0A 4RTFD 4DQSA 2BGGA 3RMDA 4LFAK 1SAZA 2UUAK 4EZ6A 4PHTX 3HP9A 4J2EA 3QNNA 3THWA 1OH8A 1JLAA 3WT0A 3AARA 3A5LC 2P9KA 3J7ZO 2A5XA 2QEXN 3V1QA 5HRPA 2ZWHA 2FBYA 4MO5A 3HT3A 4FM2A 2YX6A 4BE2A 1RILA 4CF8A 2D0OA 3QDKA 3MN9A 4E3SA 3H6EA 4FJ8A 4LSNA 3BY5A 4YOTA 1U45A 1DEJA 4AF1A 2BH1A 4CIFA 3V9XA 3QESA 3AVMA 4B1ZA 3UKRA 5KRTA 2Q3SA 2Z1IA 1DTQA 4CD1A 4DV6K 3ZSOA 4C8NA 4DFMA 3U9ZA 1V4SA 5JS2A 4F3TA 5AFUA 3KIOA 2YJFA 4CERA 3MCAB 2PAVA 4JRPA 4DFPA 4WQ4A 3P31A 3FZKA 2QKBA 1VQNN 4FOEA 1JLQA 1GOCA 2FSNA 3EY1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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