3V1OA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1oA00
4Y1DA 1TL1A 1TK5A 4K8XA 3OS0A 2P5GA 4BWMA 2HHQA 2G8UA 4JRPA 4DFMA 4W5RA 3L2VA 3QNOA 3M8RA 3ISNC 3V1OA 2VG7A 3K2PA 3VA3A 4DSEA 2OYQA 1Q9XA 3QINA 1VSDA 1NJZA 1YVUA 5HP1A 1RTJA 1L5UA 1FK9A 4PWDA 1HQUA 4CEQA 4NCGA 2QKKA 4DU4A 1WSJA 3KLHA 3LAMA 1KRPA 2O4GA 3EY1A 4GMJB 1GOBA 3AA4A 2W42A 2Y1JA 1O1WA 3HVTA 1S5JA 1JL2A 4M45A 5SWMA 3ZSVA 4M3YA 5FRNA 1WSFA 3LP0A 2D0BA 3OY9A 1A5WA 2F96A 3SV3A 4OKKA 3CM5A 4CJTA 3CFPA 3DLKA 3ZSXA 4CERA 1VSFA 1U45A 4L8RB 3DLEA 3TAEA 3PO5A 1KFDA 2PZSA 2IDOA 1X9SA 3K5OA 3AO1A 3SZ2A 3VQ9A 4CJPA 4DG1A 4M3XA 1S1UA 3ASMA 4CFBA 4DTOA 2YNFA 3TAPA 4M3RA 3B6OA 3NH0A 4CGGA 3CFRA 4BACA 3U6FA 3KK2A 3M8SA 2IOCA 4DSFA 2G8FA 3RR7A 4JRQA 2KZMA 2E6LA 2GBZA 4FJ5A 3TABA 3ZSWA 4DFJA 3DYAA 4N5SA 1BI4B 2OPQA 4AHTA 1A5VA 3IS9A 4CCHA 4CF2A 3VQBA 3HYFA 1SV5A 4Q5VA 4FJ7A 4LH5A 1EKEA 1WN7A 2P1JA 3VA0A 2DFFA 2Z1IA 3NCIA 4DQPA 3VQ7A 2HHXA 3CYMA 3KK1A 3F73A 1NK9A 4KB0A 4OPKA 1IKVA 3VQDA 1N6QA 4FM2A 4RW4A 2FBXA 4CJFA 4ZHRA 4FLVA 4C8OA 1HPZA 1LWFA 4CGJA 4ELTA 2XO7A 2XHBA 2PY5A 4DSJA 4M42A 4IG0A 2B6AA 1CXUA 1S9GA 1JKHA 3OYMA 4RG8A 1RT3A 3E01A 3ZT0A 3WNGA 1L3TA 5FRMA 1ZBFA 1EXQA 3AVGA 2BE2A 3MEGA 4AHUA 3DMJA 4E1MA 4Z4HA 4O0JA 4BE0A 3U3YA 3SPYA 4OVLA 3OS2A 4F3OA 1QQCA 4CECA 1UWBA 4OKJA 4JLHA 3PV8A 2YHAA 4FW1A 4LY7A 1KVBA 1LW2A 4FJGA 3JYTA 2EX3A 3AO4A 3VQAA 4FJMA 3AO2A 4N41A 3NFAA 2XY7A 2E6MA 3OJUA 1KLMA 4DTNA 3QEWA 1ZYQA 1W0HA 2BGGA 5CZ1A 1DTQA 1U48A 4PA1A 3AVJA 1GOCA 3TAMA 3AV9A 3WNFA 4FJNA 4DSIA 3QETA 4B9NA 1BIZA 2ATQA 1SUQA 1X9WA 1Q8IA 1J54A 4CJUA 3PUFA 3CG7A 4HCCA 4O4GA 3VN5A 4CK3A 4FLUA 3C6TA 3DLGA 3L2UA 3LPTA 3SQ4A 1T03A 5D3GA 4E7KA 2HHUA 3RTVA 3TAFA 1B92A 3VQ5A 1TV6A 1LAWA 1S9EA 4FVMA 5DMRA 2YV0X 2G8HA 4CIFA 3AVMA 3PO4A 3IG1A 2RKIA 3AVFA 1RCHA 4OPJA 3ZSQA 2HHVA 1EX4A 4CFDA 4Z0UA 4WE1A 2JGUA 1ZBUA 5CY4A 3I0RA 1VSJA 1CXQA 1YTAA 4IKFA 3V9WA 1WSIA 4FXDA 4DF8A 2O4IA 4I9LA 2NUBA 1EETA 1NOZA 4AHSA 3AVAA 4EP4A 4EZ9A 4PQUA 4CHYA 4CFAA 1VSMA 4QOZB 1TKZA 3LP2A 3VQ4A 3NH1A 1HYSA 2R7YA 3HL8A 3LALA 3P1GA 1JLFA 3RMAA 4FK4A 3L3UA 3U3GA 3ZCMA 1RBSA 4CIGA 1ASWA 3DLHA 1RT5A 2G8VA 5J1EA 4CF0A 5C42A 5KGXA 2QXFA 4J2AA 3NF6A 3KLFA 2DTUA 1BL3A 4KHQA 3VQEA 4J2BA 4YFUA 1U47A 1RT2A 2Y1IA 3LAKA 3V9XA 1Z26A 4CESA 1MU2A 5KRTA 2IGIA 2YNHA 1L3VA 4NYFA 2ZQBA 4KHYA 1TAQA 4LD0A 1JXBA 1U4BA 3SUNA 1XWLA 4HTUA 2QKBA 1D9FA 2YKMA 4TSXA 3C6UA 1C0TA 1YT3A 1SL0A 4KRFA 1BIUA 4CGHA 4Z4CA 3PX0A 4EP5A 3S3NA 3NGZA 4KFBA 4CJSA 4DS5A 4C8NA 4W5OA 2A1RA 2PYLA 4CGIA 1TK0A 5J2PA 3QERA 4C8LA 4DQIA 1X1PA 3DLBA 4OGCA 4ZTJA 1VSHA 1BISA 3L2WA 1NKEA 1VSKA 3DRPA 4BE2A 4LSLA 3TR8A 4YNQA 3OYCA 1LV5A 1Y97A 3MXJA 3QESA 1Z25A 4DF4A 3WNHA 3V9SA 1F21A 2OPSA 2YHBA 4FJLA 3SNNA 3DI6A 2GV9A 3NAEA 4M3UA 4FLXA 4FJJA 3D45A 4CHNA 3RMBA 3O3FA 4QAGA 3OYBA 4M3WA 3QIPA 1NJXA 3NF8A 4KTZA 2XY5A 3AVIA 3O3HA 1C1BA 4Z4GA 4PY5A 4O5BA 2E4LA 4NCBA 4J2DA 2X78A 3B6PA 4FJIA 1IO2A 3BGRA 1DLOA 3OYKA 4HUGA 3QEXA 3KLEA 3T1AA 1BGXT 1HMVA 3FFIA 2X74A 2Z1JA 4KKOA 4DTPA 3NBPA 3SPZA 1U04A 1TKTA 4AILC 3TAQA 5JS1A 1BQNA 2LSNA 4CJLA 3L2QA 2OPRA 3ZSYA 5HROA 1SL1A 1NOYA 1QTMA 3OJSA 4DSKA 3DOLA 1SKSA 1ZBHA 3OYHA 4NCAA 3MEEA 3K57A 5HRPA 4JS5A 3DRRA 3SQ1A 1HJRA 1ASVA 2IS3A 5I3UA 1XC9A 1TK8A 4KI4A 1IH7A 4DFPA 2F8SA 2X6SA 3VQPA 1QHTA 3SI6A 3V81A 3G0ZA 4DTSA 4CJVA 2OA8A 4KB1A 4CFCA 1RT6A 4GVMA 1IKWA 1L3UA 4F3TA 2HNYA 4DFKA 5FDLA 4CEEA 2HW3A 4PUOA 1A5XA 1RDDA 3O4NA 1RTIA 4CEZA 3F9KA 3VQCA 4HUEA 4FJXA 4HHTA 3AO5A 1D9DA 4B9UA 3OYIA 2HHTA 1TL3A 4OGEA 2KW4A 1S1XA 1I39A 2YKNA 2EHGA 3KKSA 3V1QA 1RILA 3HM9A 1FXXA 1NJWA 1VSEA 4RW7A 4BDPA 4F2RA 4CJ3A 3MEDA 1T05A 4CJKA 4RW8A 1TKXA 1GOAA 1WSGA 5SZTA 1LAVA 3HSTB 4B08A 1JLGA 4LH4A 4CK1A 4O55A 4RW6A 2G8WA 1I3AA 1NJYA 3SV4A 4E7JA 1TKDA 1S1VA 1C0UA 4W5QA 3THVA 3K5NA 3IRXA 4FYDA 4IFYA 4N76A 5E41A 4FJKA 2D0AA 4OJRA 4B3OA 3IAYA 1C1AA 1KVCA 2DFEA 1QS4A 2A1SA 2Z1HA 2RF2A 4HVJA 3NH2A 3HPOA 4FLYA 4DS4A 4DQSA 1LWEA 4CEOA 1U49A 4CEFA 1T8EA 2B5JA 4DMNA 4I7FA 3TAGA 2D5RA 2HNZA 1HRHA 3LZIA 3C95A 4ELUA 1JXEA 4I2QA 5I42A 3LZJA 2RN2A 1JLQA 4CF9A 3VQ6A 1RDAA 3QEIA 3TI0A 1KTQA 1T7PA 1WSEA 4CHOA 1C0MA 3LANA 4BE1A 2KZZA 4DTRA 1JLBA 3DOKA 5KI6A 1IKYA 2VWJA 4B8CA 5JS2A 4DLEA 4AHRA 3LWLA 3NDKA 4M41A 3LWMA 4OLAA 1N5YA 4HUFA 3AVHA 4H4MA 1EP4A 3KK3A 3KD1E 2QK9A 4I2PA 4C8MA 4MQ3A 2FC0A 3OYNA 3SCXA 1B9FA 3ZT3A 3QNNA 4FJ8A 2FBTA 4W5TA 3OS1A 4AH9A 4BDZA 4DTUA 3NGYA 3RMCA 5C25A 4K8ZA 4ID5A 4KTQA 3TWHA 3I8DA 1NKBA 3DM2A 3MECA 4KHWA 1S1TA 4E1NA 1BHLA 4E7HA 4FJ9A 1IKXA 2XY6A 3KIOA 1TAUA 4R5PA 4DQRA 2VG6A 3G10A 4ELVA 5CZ2A 4CF1A 2FBVA 1WAJA 3UIQA 4KHNA 4E0DA 1ASUA 4CEAA 1UOCA 2KFZA 3HO1A 3V6DA 3QEPA 4OKEA 4H8KA 4B8AB 4NYNA 4CF8A 3QLHA 4DU3A 3SUQA 4KAZA 1W9HA 3SQ2A 5CYMA 3L2RA 2GUIA 4FCYA 1D5AA 1CZ9A 1REVA 4CJ4A 4DTXA 1RTDA 3AVCA 4B9SA 4C8KA 4IFVA 4G1QA 3OYEA 3KJVA 4KV8A 2VG5A 4B9LA 2ZD1A 4DWIA 3HP9A 3P83D 2IAJA 3OYGA 3V4IA 1WSHA 3LP1A 1XHXA 4CE9A 3CQ8A 2ZE2A 3KLGA 1J53A 2P51A 2HMIA 3OYFA 4BWJA 3L8BA 1NK0A 1BCMA 3OVNA 4B9TA 4CJRA 4CJEA 4E89A 4B9VA 4KTWA 1BCOA 4CK2A 4FZZA 2F8TA 3H08A 3M8QA 1HQEA 3EZ5A 1S6PA 2P5OA 4Z4IA 1C6VA 4AHVA 3DRSA 4CGFA 4CHQA 3AVNA 3T3FA 4CGDA 3RWUA 1KCFA 1RBTA 3NGIA 2B4JA 1K6YA 3O4QA 1KVAA 1KSPA 4FK0A 2AJQA 1SL2A 3NF7A 3QIOA 1ZBIA 5K14A 1CLQA 2HNDA 1XHZA 4CEDA 1LW0A 4I9QA 2JLEA 5EU7A 3LDSA 3VQQA 1BQMA 4FLWA 2PYJA 2RPIA 3S9HA 4E19A 3CFOA 3BDPA 4CIEA 3TANA 2BANA 1NK4A 1HYVA 1WNSA 3AA5X 5DK5A 1RDCA 3AVLA 2YNGA 4OLBA 3AVBA 1TVRA 2DY4A 4DU1A 3PY8A 3A2FA 1UA1A 1S6QA 1RT7A 1B9DA 4DLGA 3KKRA 1VRTA 1WAFA 3K5MA 1HNIA 4J2EA 4M3ZA 4IBNA 4O44A 2G8IA 3JSMA 3L3VA 1VRUA 2ITGA 1TGOA 3ZT1A 1NK5A 3WNEA 2VWKA 3HT3A 1VSLA 2ETJA 3LP3A 4BDYA 3HVRA 3PX4A 4F8RA 4DSLA 1FKOA 3S3OA 2HB5A 5KTQA 4DTMA 3OYJA 1SKRA 1KFSA 2HVHA 4FZXC 4DQQA 2Q3SA 3KTQA 3RRGA 2WONA 3AVKA 5HBMA 3EYZA 2HHWA 2D0CA 1L3SA 3RMDA 4ID1A 3ZT4A 3OYAA 2I5JA 4AHCA 1JLCA 1X9MA 4LSNA 5T7BA 1YTUA 2KFNA 4HCBA 4E7IA 2XY8A 3P5JA 4ICLA 1QSLA 2OZMA 3HJFA 3ALYA 1RTHA 1QSSA 4ZTFA 5HLFA 4FM0A 2BDPA 1UAXA 1XI1A 4KREA 1HYZA 1JLEA 3MXMA 3M8PA 4N47A 1Q9YA 4CJWA 3NE6A 4FLZA 2FBYA 3NHGA 2OPPA 3DLRA 1BI4A 2XRIA 2DFHA 5J2QA 4KI6A 1VK0A 3SYZA 4CJ5A 1NK8A 1RBUA 4E3SA 1JL1A 3RRHA 1NK6A 3HPHA 4FM1A 4FJHA 3I0SA 4Z4FA 3QEVA 4RW9A 2G8KA 4QCLA 4N56A 4GW6A 2YNIA 4MFBA 3VQ8A 3K58A 3TARA 1RT4A 3AO3A 3ITHA 3ZT2A 4XIUA 4B9MA 3QO9A 4Z4EA 3MXIA 4Q0BA 2X6NA 1LWCA 4CHPA 5HRSA 3SUOA 4O0IA 4KO0A 3HXMA 1RDBA 1QSYA 4E7LA 1D8YA 1WLJA 3C94A 5C24A 4F4KA 4IG3A 4CJQA 4M3TA 5J2MA 3AA2A 5KRSA 4FK2A 3AA3A 4CHZA 3RR8A 3SUPA 5HRNA 1VSIA 5CYQA 1DTTA 3HK2A 5J2NA 1UA0A 4H4OA 4FW2A 4EZ6A 2HHSA 1IG9A 2IC3A 2Z1GA 3SQ0A 3S3MA 3NF9A 4Y1CA 4DTJA 2KQ2A 1SKWA 1ITGA 4F2SA 1RBVA 1C1CA 4JS4A 1G15A 4UQGA 1FKPA 5KGWA 1J5OA 5HRRA 3K59A 1S1WA 1NK7A 3ZSOA 4KHUA 3D0PA 1JLAA 3KLIA 4KHSA 4KPYA 5FROA 3V9ZA 3SJJA 1HNVA 1J9AA 3V1RA 1ZBLA 1CZBA 3HPGA 1RBRA 3ZSRA 1RNHA 3HP6A 2WOMA 1KLNA 3LPUA 3V9UA 2OZSA 4W5NA 3T19A 3PX6A 4FLTA 3OYDA 1R0AA 1NKCA 2KTQA 3O3GA 3OYLA 1QE1A 3ULDA 3K5LA 2HVIA 4FZYA 4CEBA 1RT1A 4IDKA 3KD5E 3MAQA 3ZSZA 3CM6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TK5A 2P5GA 4BWMA 2E1YA 4MDBA 4DR3K 4NXNK 4W5RA 3L2VA 4LC9B 4JD2A 2BUPA 4DSEA 1NJZA 5AQSA 4PWDA 1FK9A 2IVNA 3BZKA 1HQUA 3S41A 4CEQA 1WSJA 1KC8O 3THYA 4I6MB 3DAWA 1S5JA 1HKGA 5SWMA 1QQNA 3WEEA 1WSFA 3OY9A 3CFPA 3CM5A 4H03B 1VSFA 1HNZK 3ID6A 3FGUA 2P9KB 3K5OA 4CBUA 4R79A 3AO1A 3WXKA 4CFBA 1MWKA 3TAPA 3CFRA 5CE3A 3M8SA 3U9ZA 4DSFA 2G8FA 4JRQA 1BOTO 2KZMA 3M3ZA 3O80A 3BF3A 4LF9K 3DYAA 5AZIB 4CF2A 4A5BA 5GAEP 4DUYK 2HF4A 2P1JA 3VA0A 2DFFA 2HHXA 3VQDA 4WQ4A 1VQON 3FR0A 4CGJA 1LWFA 4M42A 3EL2A 5JVHL 3CJ7A 4NO7A 1RT3A 5FRMA 3E9PA 4NB4A 4QS9A 3UKRB 4BC2A 1SS6A 4OVLA 4DV7K 4F3OA 1UWBA 4K42A 4JKHA 4LY7A 1KVBA 4GY2B 3JYTA 4H5TA 3AO4A 4FJMA 2O8EB 2PFUA 4H0OA 1J6ZA 2BGGA 3OHRA 3AVJA 5AQVA 3WNFA 4GKKK 3QETA 1NGDA 3CJ1A 4DV2K 1J54A 4CJUA 3C6AA 3L0QA 4FLUA 3C6TA 3J7AP 4H0VB 4IEEA 2HHUA 4E7KA 5DMRA 2YV0X 4NXMK 4CIFA 3AVMA 3IG1A 2RKIA 1S3XA 3ZSQA 1E3MA 4FXDA 4EZ9A 5M1OA 4EP4A 4CFAA 3EKUA 3ULEA 3VQ4A 3THYB 1HYSA 2E8AA 3MN9A 3RSEA 4FK4A 4CF0A 3NF6A 4CZJA 3KLFA 2ZM6K 2DTUA 3VQEA 3CJAA 4YFUA 1RT2A 3V9XA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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