3V1OA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule tags Hydrolase
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1oA00
4PWDA 1C1BA 1RT6A 4M3TA 3SUQA 3MXIA 1QSLA 4ZTFA 4KHNA 3TARA 4CJSA 2A1SA 1BQNA 3B6OA 4DLGA 1X9WA 1LAVA 2YKNA 4FJHA 2IDOA 1JLFA 1VRUA 1NK0A 1SL0A 1FXXA 1GOCA 3CM6A 4DTNA 4DWIA 1TAQA 3M8RA 1FK9A 3DM2A 3KKSA 1X1PA 2YKMA 4HHTA 5J1EA 4CJWA 3OYFA 5CZ1A 4C8KA 2X6NA 3UIQA 1GOBA 4FJLA 2RN2A 1JLGA 4J2AA 1JLCA 3AA3A 4DG1A 2RF2A 4EZ9A 4F2RA 4FCYA 3HVTA 3LP2A 2HNDA 1WSJA 3TAQA 4FZYA 3PO5A 1LWFA 4M3XA 4B9MA 4DFPA 4N47A 4B9UA 3SQ0A 5DK5A 2E6MA 3NGIA 3LZJA 5HP1A 3MXJA 2ZQBA 3RWUA 3O3GA 3I0SA 4IBNA 5HLFA 4FJ5A 2Z1JA 2HHXA 1CZBA 3RMAA 4DU1A 1ZBFA 2FBVA 4ID5A 4CK2A 4DTPA 3TWHA 3KK3A 3G0ZA 1RILA 1NJZA 1YTUA 4Q0BA 3OJUA 3V9XA 1RT5A 2X78A 3AVIA 3P5JA 4BACA 4CJQA 3CYMA 1Q9YA 1RBVA 3AA4A 4CGGA 4I2QA 1LV5A 1SL1A 4E1MA 4FJIA 4QAGA 4DQPA 1NJYA 3SQ1A 1DTQA 4Y1CA 3HP6A 2F8TA 1RT3A 3M8PA 1ZBIA 4DSKA 1UA1A 4CF9A 2OA8A 3D45A 3NF9A 3ZT2A 3RMBA 1JXBA 1WSEA 2HHQA 1WN7A 4B9VA 1BCOA 1RDBA 3WNGA 4E1NA 3OS2A 4E3SA 2G8HA 4J2EA 3SZ2A 1ZBHA 3KLEA 4EP4A 1LWEA 4OLBA 1BCMA 4CEFA 4N56A 4FK2A 1RCHA 1EXQA 4CHYA 1TL3A 3OS0A 2IAJA 4J2BA 5HRPA 4JS5A 2IS3A 3ZSWA 1VSKA 2OPQA 4CJPA 3KK2A 3AO4A 4LD0A 3THVA 1BI4A 1VSJA 2ITGA 4LH4A 3QEXA 4IFVA 5HRNA 3CQ8A 5J2PA 3M8SA 1ZBLA 1Z25A 4Q5VA 1U04A 4C8MA 3MEGA 3ZSZA 3TANA 1NOYA 4CE9A 4HCBA 3L2WA 2IOCA 1VRTA 1VSHA 4RW7A 3CFPA 1L3TA 1FKPA 4CFDA 1IH7A 2KZZA 3PX6A 4DSFA 4CEAA 2WONA 1VSDA 3OYKA 5JS2A 1WSGA 2Z1IA 3WNHA 3QNOA 1JKHA 1S1XA 4I2PA 4DTSA 2P5OA 3QEIA 4CF8A 3NGZA 1QTMA 2E6LA 5T7BA 1TAUA 3C6UA 3ZCMA 1A5WA 1BGXT 1RT2A 3HPOA 3NDKA 3OS1A 5FROA 1XC9A 1KVAA 4AHUA 3HM9A 3HPGA 2OYQA 2B6AA 2OPSA 4KV8A 4MQ3A 3WNFA 3HYFA 4OGCA 4W5QA 4E7KA 3BDPA 1RBTA 3KK1A 4KHWA 4FW2A 3TAEA 1VK0A 4O44A 4DSEA 2BDPA 3LPUA 4KPYA 4M3UA 4LH5A 1BQMA 3IS9A 3O4NA 4M3RA 4RW8A 3AVLA 4CECA 3EZ5A 3RRHA 4DQRA 4FJJA 3H08A 1R0AA 4FK4A 4M3ZA 4CJLA 3DOLA 2XY7A 3QNNA 3HK2A 3VQ5A 4OKJA 4BDPA 2XY5A 3NH1A 4DF8A 2PZSA 3NH0A 3MEEA 4FLZA 1TKXA 1C1CA 1TGOA 1WSFA 1C0TA 2IC3A 3AO5A 2D0BA 1ASWA 4CGDA 4E19A 4LY7A 4K8XA 3OYDA 3OYIA 2YNIA 4CJUA 3WNEA 3KLGA 4DQQA 1N5YA 4QOZB 3VQPA 2F96A 3SNNA 4F3TA 2RKIA 3HSTB 2P51A 3E01A 3U3YA 2GUIA 1S1WA 3NF8A 2R7YA 4Z4EA 1LW2A 3NHGA 4WE1A 3KKRA 2HNYA 1A5XA 5J2MA 3D0PA 4GW6A 3DLKA 2YNFA 3NBPA 3V1OA 3K5MA 2QXFA 3ZSVA 4CFCA 4OPJA 1JLBA 1TV6A 1I3AA 1WSIA 1L5UA 4M3YA 1L3VA 4KHSA 4CEQA 4O5BA 4ZTJA 2XHBA 4E0DA 1NKEA 3QEVA 4G1QA 4HTUA 2XY6A 5K14A 3S3NA 1W9HA 3RTVA 1NJWA 4FZZA 3VQDA 2KZMA 4CGIA 1TKZA 4M41A 4Z4HA 2ETJA 3O3FA 5CYMA 5D3GA 2Y1IA 2DFEA 3CG7A 1RDAA 1IKXA 3DLBA 1SL2A 2B4JA 5FRNA 4FJ8A 3IRXA 3LAMA 3OJSA 2HW3A 2VWKA 4DFKA 5KI6A 4KREA 2YHAA 3OYMA 4BWMA 1HQUA 1U48A 2I5JA 4FLYA 1D9FA 3O4QA 3RR7A 3PY8A 4KB1A 4FJ7A 1TK0A 1I39A 3LANA 1CXUA 5SZTA 2HMIA 4M42A 1RTIA 1IO2A 4CJTA 4FM2A 1UOCA 1IG9A 3F9KA 4CEDA 3QETA 4FJ9A 1DTTA 3HT3A 3AVKA 3CFRA 1VSLA 1B92A 4DU4A 3MAQA 3LAKA 3VQ6A 4KKOA 4DFJA 4CCHA 3PUFA 4E89A 2G8KA 4CF2A 1RTHA 1EKEA 1JLEA 3L3VA 4CHPA 2JLEA 5HRRA 4KAZA 4KHYA 1S1UA 4OPKA 1HMVA 4CF1A 4CJ3A 1VSEA 4CJFA 3BGRA 1WNSA 2NUBA 4MFBA 4B8CA 3KD1E 4XIUA 2E4LA 3TAPA 2WOMA 1D9DA 1WAJA 2IGIA 4CHZA 1HQEA 3EY1A 4B3OA 1HYSA 1J54A 4CGFA 3DI6A 3KLHA 3NFAA 3LWMA 1NKBA 2G8UA 1WAFA 1KSPA 3KD5E 3V9ZA 3PX0A 5EU7A 2X6SA 4PY5A 4QCLA 4E7LA 1QQCA 3DRRA 1EX4A 3AVMA 3VQ8A 4AHSA 3OYLA 3NE6A 4BDZA 3NF6A 4FLWA 3ZSOA 4O0JA 4FXDA 3SQ4A 5CZ2A 4IG0A 3LP0A 3ZSRA 1SUQA 4W5RA 4B9LA 4L8RB 3P83D 3ZSYA 4Z4CA 2FBYA 3DOKA 1ZYQA 4CEEA 4HUGA 3KTQA 1B9FA 1IKYA 3RRGA 2VWJA 3CFOA 4JRQA 4J2DA 3AO2A 3OYJA 1C6VA 3JSMA 4Z4GA 4FZXC 2QKKA 4O4GA 1N6QA 1Y97A 3TR8A 1CZ9A 4CHQA 4E7JA 3OYGA 3A2FA 1RT4A 3V9WA 2YHBA 4ZHRA 5HROA 2O4GA 4YNQA 1CLQA 2DFFA 1W0HA 4O55A 1XHZA 1NK9A 1HYVA 4JLHA 5HRSA 3AVBA 2G8VA 3NGYA 3K59A 4IG3A 4F8RA 4DTOA 1BHLA 3DMJA 4CJEA 5C24A 3HP9A 3LZIA 4O0IA 4CIFA 3DLHA 3I0RA 1EETA 4CEZA 5KGWA 4CJRA 5FRMA 2VG5A 4KB0A 4N76A 3L8BA 1LAWA 1K6YA 3V1RA 3OYAA 4CK3A 1KRPA 2XRIA 1QHTA 4ICLA 3ZSQA 4FJXA 1D5AA 2BE2A 3AVGA 3LALA 3ZT4A 4C8LA 3VQEA 2PY5A 4BE1A 4E7IA 3C6TA 4I9QA 1U49A 3HPHA 4H4OA 3VQ4A 4CHOA 3MXMA 3U6FA 3QINA 1J9AA 3RMDA 1T8EA 2QK9A 2YNGA 4LSNA 1IKWA 3LP3A 1UA0A 4AHVA 4F3OA 2Y1JA 3QIOA 1UWBA 3PX4A 3ITHA 3TI0A 2GBZA 2PYLA 4IKFA 4KFBA 1ZBUA 1T7PA 4BE2A 1SV5A 1Q8IA 4CIGA 3TAFA 4BDYA 2OPRA 1RTDA 1RBSA 4FJKA 1MU2A 4Z4IA 4AHRA 4FJGA 3QIPA 3PO4A 4FW1A 1C0UA 3ZSXA 3KLFA 3OVNA 3C94A 4KHQA 4FVMA 3QESA 3CM5A 4DF4A 3TAGA 3DRPA 3AA5X 3FFIA 3V9SA 4PUOA 3K5OA 4HVJA 2B5JA 4KHUA 1T03A 4KRFA 5E41A 1XHXA 3OYCA 3G10A 2HVHA 4DTJA 2Z1HA 4E7HA 3K2PA 2G8FA 3SV3A 4KTZA 1JLAA 4KTWA 4RW9A 5FDLA 1RBRA 3KJVA 1RNHA 5DMRA 3V4IA 2KFZA 4EP5A 4GVMA 1VSMA 3HL8A 4I7FA 1C1AA 1KCFA 3VQCA 4NCBA 3HO1A 2Z1GA 3ALYA 1LWCA 4AHTA 4BE0A 2FBXA 4FLXA 3SJJA 4LSLA 2D0CA 2VG6A 3K57A 4B9TA 4FLTA 3TAMA 1TKTA 3T1AA 3VA3A 1A5VA 1SKRA 2P5GA 5C25A 4KO0A 4CF0A 2HHVA 4F2SA 1JXEA 1EP4A 1WLJA 3SUNA 1LW0A 4B08A 2XY8A 1YVUA 4FLVA 4F4KA 5JS1A 4NYFA 3JYTA 1G15A 4EZ6A 4C8NA 2EHGA 5J2QA 1TKDA 2DFHA 3P1GA 2FBTA 3B6PA 4KI4A 5KTQA 3NF7A 3IG1A 3V81A 1KFDA 3AVAA 4I9LA 4IDKA 4Y1DA 1NK7A 3OYNA 4Z0UA 4CGHA 4HUFA 1YTAA 1VSFA 4FK0A 3K5LA 3DLGA 4UQGA 3DLEA 3VN5A 4DMNA 5HBMA 4CIEA 3RR8A 3OY9A 3PV8A 1RTJA 1TL1A 3SV4A 1TVRA 4ELUA 2JGUA 4CFBA 3AVJA 4NYNA 3K58A 4CGJA 1NK8A 3HXMA 1J53A 4HUEA 1BIZA 2P1JA 3KLIA 2A1RA 4NCAA 3SUPA 2DY4A 2HHTA 2Q3SA 4CFAA 3K5NA 3DRSA 4R5PA 3QEWA 4DSLA 4N41A 4FJNA 1NK4A 4OKKA 3QO9A 4JRPA 1S1VA 3AO1A 3ZT1A 2EX3A 4DU3A 3AV9A 2D0AA 1S6PA 1HJRA 1ITGA 3SI6A 3QLHA 1BI4B 2G8IA 4AILC 3SQ2A 2QKBA 1DLOA 1RT1A 4JS4A 4M3WA 1B9DA 4N5SA 3VQQA 4DFMA 4DSJA 2OPPA 3AVHA 4KTQA 4FYDA 2BANA 4OJRA 3V6DA 2YNHA 3O3HA 3ASMA 3VQBA 3SPZA 3U3GA 1NK5A 1HRHA 2OZMA 3LDSA 3TABA 4ID1A 1X9SA 2KTQA 2VG7A 4NCGA 4OKEA 3SPYA 1T05A 2KFNA 4DTRA 2KQ2A 4CJ5A 3MEDA 4CESA 3S3MA 3V1QA 1X9MA 3HJFA 1HYZA 1RDCA 3S9HA 3F73A 4DTXA 4B8AB 3AVFA 1WSHA 3C95A 3DLRA 4CJKA 5KRTA 4C8OA 1RT7A 2F8SA 4CEBA 3L2RA 1JL1A 1QS4A 4OVLA 3V9UA 4DTMA 1YT3A 1QSYA 2HHWA 1JLQA 3AVNA 1XWLA 2KW4A 4FLUA 1S9EA 3EYZA 4CJ4A 4DLEA 1O1WA 1BISA 1TK5A 4AHCA 1S6QA 2PYJA 2LSNA 3IAYA 4YFUA 1U45A 4HCCA 3I8DA 1SKWA 2BGGA 2ZD1A 2ZE2A 5SWMA 3NAEA 3M8QA 1ASUA 2GV9A 5KGXA 1XI1A 2HHUA 2W42A 1KFSA 1HNIA 1S5JA 4AH9A 3VA0A 1L3UA 1HNVA 1KVBA 1NOZA 1NK6A 2YV0X 3KIOA 3SUOA 1U47A 2OZSA 1RBUA 3SCXA 5C42A 4RG8A 1VSIA 1TK8A 4KI6A 4FJMA 1D8YA 4PQUA 3T19A 1Z26A 3NCIA 4CK1A 4H8KA 4IFYA 3MECA 4TSXA 4CERA 5I42A 1KVCA 3ISNC 4RW6A 3NH2A 3T3FA 3S3OA 4PA1A 1U4BA 2HVIA 4K8ZA 1RDDA 2FC0A 3AVCA 4W5OA 4FM1A 3SYZA 4GMJB 4DS5A 3AA2A 1BL3A 1J5OA 4DSIA 3LWLA 2XO7A 4W5TA 3QERA 1S9GA 5CYQA 1S1TA 4CEOA 3LP1A 5I3UA 1CXQA 1ASVA 1GOAA 4RW4A 3ZT0A 5J2NA 4OGEA 2D5RA 3QEPA 1UAXA 3L2VA 4DS4A 3VQ9A 4DTUA 3L2UA 4CJVA 1QSSA 2HNZA 2ATQA 1QE1A 1NJXA 1KLNA 3OYBA 3OYEA 4DQIA 2O4IA 2G8WA 1BIUA 1IKVA 3L3UA 1C0MA 4ELTA 4OLAA 1F21A 3OYHA 4B9NA 4B9SA 1L3SA 4ELVA 4Z4FA 2X74A 1HPZA 5CY4A 4DQSA 3RMCA 1JL2A 3ULDA 4W5NA 4BWJA 1REVA 4H4MA 4FM0A 1SKSA 2RPIA 4CHNA 2AJQA 3VQ7A 1Q9XA 3AO3A 3VQAA 3ZT3A 2DTUA 3LPTA 1FKOA 2HHSA 4M45A 3HVRA 5KRSA 3DYAA 3L2QA 1NKCA 2HB5A 1KTQA 1KLMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZEUA 1Q86O 5M1NA 4KHNA 4AM6A 1VQ7N 2A1SA 5FPMA 4DLGA 1X9WA 4FJHA 1SL0A 3VF6A 3HOSA 5AQLA 3ATVA 1X1PA 2YKMA 5J1EA 3C0BA 4NO7A 1RGIA 2QWMA 2ASOA 4FCYA 3FZFA 3CXCM 2HNDA 4HTLA 4FZYA 3CCUN 4FSVA 3O1BA 3SQ0A 2E6MA 3NGIA 3LZJA 2NNWA 3O3GA 5HLFA 3L0QA 1CZBA 2FBVA 4DTPA 3TWHA 3G0ZA 2UUAK 1NJZA 4LF4K 4Q0BA 3TSPA 4H0PA 1W7AA 4E1MA 1SS6A 1VHXA 4QAGA 2HHVA 2V51B 3SQ1A 1NJYA 3HP6A 2F8TA 1RT3A 4K41A 4DSKA 1WN7A 4B9VA 4O8UA 5AQPA 1BCMA 4N56A 5DM7L 3A5LC 1TL3A 3OS0A 2PFUA 3ZSWA 2OPQA 4CJPA 3THVA 1WUAA 3ZLJA 5HRNA 3BZCA 4YHHK 3CQ8A 5J2PA 5GAHP 1ZBLA 2YHWA 4Q5VA 1U04A 4C8MA 3MEGA 2KHOA 1VRTA 1VSHA 2HBLA 4YOTA 3O08A 4RW7A 3CCEN 4BR2A 5AZIA 4DSFA 4CEAA 2QWOA 1J5EK 2P9LB 3OYKA 5JS2A 2Z1IA 1NJIO 1JKHA 4DTSA 3QEIA 2FF6A 1QTMA 3DLLL 3ATUA 1TAUA 1A5WA 1XQSC 3NDKA 3OS1A 1IBLK 4CZMA 3HPGA 5AFUA 2B6AA 4MQ3A 3WNFA 3BDPA 1RBTA 3CJAA 4O44A 4DSEA 4KPYA 4M3UA 3IS9A 1R0AA 3CI5A 3DOLA 2NLXA 3HK2A 4NXNK 5BRDA 4BDPA 2XY5A 3NH0A 4KHSA 3U9DA 1TKXA 2BUPA 2P9LA 3CCSN 1TYQB 2YNIA 4CJUA 3WNEA 3KLGA 3P38A 4DQQA 3VQPA 4F3TA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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