3V1OA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1oA00
3SCXA 4CCHA 4W5NA 2O4IA 4KI6A 3QNOA 2HHQA 1ZBIA 2AJQA 3ZSXA 4DTPA 1DLOA 3PX0A 4DQIA 2XHBA 2BGGA 1IKYA 3DOKA 3LP2A 4DG1A 4B9UA 3VQQA 4C8LA 1G15A 4ID5A 2B5JA 4CK1A 4FM2A 2A1SA 5T7BA 1S1TA 4O5BA 1W0HA 3O4NA 1RTJA 3AVBA 3PX6A 1GOCA 1FKPA 4CHOA 2YNGA 3LAMA 3VQ4A 1RTDA 4I9QA 4FYDA 2KFNA 4FJJA 4DU3A 4DS4A 3G10A 4FLXA 4IFVA 2Z1JA 3HO1A 4W5TA 4DQSA 4FJLA 4J2EA 3AA5X 2HVHA 4W5QA 5FRMA 3KK3A 3LAKA 4C8NA 3UIQA 3SZ2A 1WSJA 2KZZA 3VQ9A 5HP1A 1UA0A 4UQGA 4CGGA 3LWMA 1C6VA 2HNZA 4FJNA 3KTQA 4B08A 3QESA 1WAFA 1J53A 1UAXA 2KW4A 5HRRA 2E4LA 3KKRA 4H4MA 1QSLA 1NK6A 3KK2A 1J54A 4NCGA 1L5UA 3PV8A 2XY5A 1T7PA 3KKSA 3LZIA 1RDAA 3DLBA 1KVAA 4DF8A 3OYHA 2VWJA 1L3VA 4G1QA 5EU7A 1BIZA 1VSFA 4F2RA 4KHYA 1IKVA 4HHTA 4IG3A 1LWEA 2IAJA 3U3YA 3HP6A 4B9LA 2A1RA 1KTQA 1U04A 1U48A 3DI6A 4K8XA 3ALYA 3I0SA 2D5RA 4DFMA 4Z4HA 4FCYA 3RMBA 1S1XA 3ASMA 1LW0A 4IG0A 4F3OA 3IS9A 4DTRA 1A5VA 4CF1A 3DRRA 4IFYA 1WSEA 3NF9A 4HTUA 2W42A 5J2NA 4AILC 1VRTA 3M8QA 2HNYA 4HUFA 1XWLA 4K8ZA 2QXFA 3OYNA 3OYAA 3VQBA 3WNHA 3O3FA 3AA4A 4AHCA 3ITHA 3PX4A 3IAYA 4KHUA 1NK5A 3HVTA 2OYQA 1EKEA 2YNHA 2GBZA 2X6NA 3KLEA 4DU1A 4DSLA 3L2UA 2XY7A 3SV3A 5HROA 5SWMA 1JKHA 4LY7A 3LWLA 4C8MA 1CZBA 3NE6A 4KB1A 4J2BA 4DF4A 1B92A 3ZT2A 4CF2A 4DS5A 1BL3A 3PO4A 3VQAA 2PY5A 3QEIA 3HPGA 2VG7A 3TAEA 3PY8A 4FXDA 2NUBA 2OZSA 2G8IA 3H08A 2KQ2A 3LANA 4CIEA 2YNIA 4CJTA 3QETA 3KD5E 4DQRA 3M8SA 3RMDA 1ASWA 4OLBA 5K14A 1WAJA 4N47A 4CJVA 3QERA 4KO0A 4DSEA 3QLHA 3A2FA 4J2AA 3CFPA 3KLIA 1R0AA 4KHWA 4FJGA 2HHVA 4LSNA 1TL1A 2IDOA 4PY5A 2HVIA 4CHNA 5I42A 4CJ5A 1A5WA 3DMJA 4H4OA 1RDDA 4GMJB 4RW9A 4CEAA 2R7YA 3SUQA 4ZTJA 1B9DA 2G8KA 3KD1E 1RT3A 1LW2A 4FJHA 4E7JA 3DLRA 3E01A 1JXEA 1KFDA 1S5JA 2EHGA 1JL1A 3L2WA 4M3TA 4Z4EA 5KRTA 2YKNA 3THVA 1VSIA 1NK7A 3HPHA 1B9FA 4JLHA 3VQ7A 1VSEA 3DLGA 3QIOA 1NJZA 3PO5A 3M8PA 1ASUA 1C0UA 2OA8A 3RWUA 1WLJA 3AVJA 4WE1A 4JRPA 1YT3A 3T3FA 3ZSVA 1Q9XA 1S6QA 5FRNA 4FK4A 4M3WA 3DLHA 3BGRA 5CZ1A 2VG6A 3ZSOA 4I2PA 1HMVA 1RT5A 3QINA 3U3GA 3WNFA 4DLGA 3K57A 4N41A 4E7IA 1FKOA 4KB0A 4CFDA 3WNGA 2X78A 4Q5VA 3JYTA 4FM0A 1XHXA 1XI1A 2KZMA 1C1CA 1WNSA 4OPKA 1L3TA 3L3VA 1IG9A 1TK0A 1JLGA 2HHWA 3SUNA 1HNIA 1RTIA 2QKKA 3NF7A 1TK8A 4CHZA 4KHNA 2P51A 3NAEA 1VSMA 1GOBA 4FJKA 2G8HA 3TABA 1TL3A 2JLEA 3VQCA 4I2QA 3TAQA 4FLTA 2XY8A 3LPUA 3L2QA 4CESA 4M3UA 1TKXA 4EZ9A 4Y1DA 5HRPA 3K58A 2ITGA 4FLUA 1TAUA 1DTTA 3HYFA 3P5JA 2OPPA 2YKMA 3NCIA 4BDYA 1QS4A 5DK5A 5HBMA 1TVRA 4CFCA 1LV5A 1VSKA 2GUIA 4BWMA 3NH1A 5D3GA 5CZ2A 4JS4A 5HRSA 4IKFA 3EY1A 1XC9A 4O4GA 4Z4CA 1XHZA 3NHGA 2FBVA 2IGIA 2X74A 4FW1A 4N56A 2Y1IA 3MXIA 3AO1A 3LP3A 1TKZA 3OYCA 4DTMA 4FJ9A 3NGZA 3OS1A 3SV4A 1J9AA 4CF8A 4CHQA 4W5OA 3EZ5A 3PUFA 4M3ZA 3C95A 5I3UA 4O0IA 3SJJA 3NF6A 1TAQA 3IRXA 2DFHA 1RT2A 2XY6A 2FC0A 5E41A 3LDSA 2Z1IA 3AO3A 1T05A 4CJKA 3HM9A 1RCHA 1TV6A 3OYBA 1YTUA 4OGEA 3ZSRA 2DFEA 3V9WA 3C6UA 4R5PA 4ZHRA 4QOZB 4KPYA 1KLMA 1UWBA 1NKCA 1IKXA 1L3UA 1FXXA 1LAVA 4I7FA 4CECA 3MEGA 1TGOA 2OPRA 3V1OA 3C94A 4M45A 1N6QA 2G8WA 4DFPA 4N5SA 3KLHA 4RG8A 2PYJA 4CGIA 4CF9A 4CJUA 3TI0A 1DTQA 4YFUA 2DTUA 1K6YA 1Y97A 2HMIA 1TKDA 3OYKA 4CEZA 1U45A 3RMCA 2ZQBA 1QSYA 3TR8A 3S3NA 2KFZA 2DFFA 1NOZA 4DFJA 4OPJA 1NK8A 1QQCA 1VSDA 1RBSA 1NKEA 3ULDA 1RBRA 4CE9A 1X9SA 3OYEA 1RBTA 2QK9A 2P5GA 1BIUA 2BDPA 1ITGA 4DTUA 4Y1CA 4DTOA 2YHAA 3DM2A 4CJWA 4XIUA 4DTSA 1UA1A 4AHSA 4QAGA 5SZTA 1WSIA 4B9NA 5HRNA 1L3SA 1KRPA 3K5LA 1ZBLA 1X9WA 3AA3A 4DSIA 4KKOA 2F8TA 3FFIA 4B9MA 4RW4A 3D0PA 4CJ3A 3F73A 1JLQA 1RT6A 2HNDA 1RDBA 4Z0UA 3OY9A 4AHUA 4E7HA 3HXMA 2YV0X 3SPZA 3P83D 4KREA 1VK0A 1KVCA 4GVMA 4CJQA 3AVKA 3LALA 3S3OA 4KFBA 3VQ8A 3T19A 2WONA 2D0CA 2VG5A 4QCLA 1VSJA 3OJSA 3CM6A 4BACA 4DLEA 3RTVA 4M42A 2YHBA 3V9SA 3V1QA 1KVBA 2DY4A 3AVNA 3OYDA 1I3AA 1LWCA 1QHTA 5C24A 4E1NA 1RBVA 1WSHA 4B9VA 1CXQA 1BHLA 3MEDA 4CEEA 3KLFA 1HNVA 1RT7A 1ZBFA 3AA2A 4B8AB 3V81A 4DWIA 3AVCA 4CHYA 1RBUA 4CGDA 1TK5A 4C8KA 3K5OA 4HUEA 1C1BA 4LH5A 3S3MA 1RTHA 4TSXA 1SV5A 4MFBA 4CK3A 1X9MA 3LZJA 2D0AA 4CEDA 1NK0A 1NK9A 1GOAA 2G8VA 4Q0BA 3O4QA 3AV9A 2OPQA 3SI6A 2ZE2A 1ZYQA 4Z4GA 3MEEA 3L2RA 2BANA 3LP1A 4FVMA 4ZTFA 4CHPA 4OKEA 2Z1HA 4EZ6A 1RNHA 4JRQA 4OGCA 2OZMA 3V9ZA 3CYMA 1RT1A 1KCFA 4CEOA 4ID1A 3OYFA 1SKRA 4FJMA 1BQMA 1JL2A 1LAWA 1VRUA 3L3UA 3OVNA 4EP5A 1KLNA 4FJ5A 2FBXA 1CLQA 1LWFA 1HYSA 3VQ6A 4PA1A 4RW6A 4RW7A 3NGYA 2O4GA 4NCAA 2B4JA 3AVGA 3HK2A 1SL1A 3SUPA 1D8YA 4MQ3A 3OYLA 4F3TA 4CEFA 4HVJA 1KFSA 4FZXC 2G8FA 3V6DA 5KI6A 4E7LA 1BCMA 4Z4FA 4CIGA 4J2DA 1BQNA 2WOMA 3K59A 3HP9A 1I39A 3MXJA 3QO9A 5JS2A 2F8SA 4DQPA 4FZYA 4M3RA 4CGJA 1JLAA 1HQUA 1WSGA 2ATQA 3AVFA 4LH4A 5CY4A 4AH9A 4BE2A 3VA0A 3K2PA 1HJRA 4GW6A 2I5JA 3LP0A 4KV8A 5KGWA 5C25A 3KK1A 2E6LA 4JS5A 1QTMA 3NH2A 3ISNC 3JSMA 3OJUA 2QKBA 1CZ9A 3P1GA 1YTAA 4CGFA 1SKSA 1SL0A 3RMAA 1BI4B 3ZT4A 3VQEA 4CF0A 3DYAA 4CJ4A 3S9HA 3TARA 4CJFA 4KI4A 1NK4A 4W5RA 2ZD1A 1IO2A 1S1WA 1YVUA 2E6MA 4NYNA 4CERA 4AHVA 3NBPA 1S9EA 3HT3A 2FBTA 3CFRA 4B9SA 1ZBUA 3ZSWA 4KRFA 1IKWA 3C6TA 4B9TA 2HHXA 1WN7A 1C1AA 4I9LA 3QEXA 3TANA 1SKWA 1ZBHA 1RILA 2OPSA 3ZSYA 4FJ8A 1JLFA 3CM5A 2YNFA 5CYMA 4Z4IA 5DMRA 3ZSZA 3AO5A 4N76A 2F96A 1Z26A 3OYGA 3NF8A 1U47A 2PZSA 3G0ZA 1EXQA 1RDCA 4HCCA 4CK2A 3AO4A 3OS0A 1NJXA 4KAZA 3SQ2A 4FZZA 1SUQA 2HHTA 4CGHA 5JS1A 4BDPA 3V9XA 4CJLA 3K5MA 3HVRA 4IBNA 4E7KA 4CIFA 1HRHA 4PWDA 3SNNA 1Q8IA 4ELTA 4FLVA 3RRHA 3B6OA 3KJVA 1HQEA 2KTQA 4B8CA 4DSFA 4E0DA 2RPIA 4KTQA 2GV9A 4M41A 4BE1A 3HL8A 3CFOA 4E1MA 5C42A 4CJEA 4F2SA 2Z1GA 2D0BA 1T8EA 5KTQA 4OLAA 3QIPA 1BGXT 5J2PA 3V4IA 2PYLA 1EX4A 3HSTB 2XRIA 3AO2A 4DSKA 4PQUA 1N5YA 4O55A 4CFBA 1FK9A 4LSLA 1Z25A 4CEBA 3F9KA 4KTWA 2IC3A 5KRSA 3VA3A 2Y1JA 3AVLA 4BE0A 4F8RA 4HCBA 2RKIA 5FROA 2HHSA 4CEQA 1T03A 2VWKA 1REVA 2HW3A 1U4BA 3K5NA 4DQQA 5J2QA 1U49A 4E89A 2HB5A 4NCBA 2ETJA 3QNNA 4F4KA 1S6PA 3TAMA 3TWHA 2Q3SA 4O44A 2G8UA 2RF2A 2P5OA 4FK2A 3LPTA 3DLEA 4DMNA 3EYZA 5HLFA 4OVLA 4AHTA 3SQ0A 4FJIA 1JXBA 1RT4A 4BDZA 3I0RA 3ZT1A 3V9UA 3IG1A 4DFKA 3CG7A 4FJXA 3ZT0A 3AVMA 2XO7A 2BE2A 3DLKA 3SYZA 3DRSA 2X6SA 3VQ5A 1BCOA 5J1EA 1NKBA 1IH7A 1F21A 1UOCA 1C0MA 4CFAA 3CQ8A 1J5OA 4RW8A 4OJRA 4FK0A 2LSNA 4E3SA 3V1RA 4DU4A 1SL2A 4PUOA 3BDPA 3VN5A 3KIOA 4L8RB 4BWJA 4DSJA 3DRPA 3ZT3A 3RR7A 4E19A 3OYIA 4FJ7A 4CJRA 1NOYA 4C8OA 3O3GA 2IS3A 4OKJA 4B3OA 4HUGA 3NGIA 1D9DA 3RR8A 3AVIA 4KHQA 1WSFA 1KSPA 1EP4A 1C0TA 1X1PA 3HPOA 1D9FA 3RRGA 1VSLA 1W9HA 1NJYA 3ZCMA 3M8RA 1QE1A 3MXMA 3SPYA 1S9GA 4EP4A 1JLCA 3OYMA 4FLWA 3MECA 2JGUA 4H8KA 4M3YA 1EETA 2B6AA 3KLGA 3D45A 3SQ4A 3TAPA 1TKTA 4IDKA 4DTXA 1NJWA 1QSSA 1HYVA 3T1AA 3QEVA 2IOCA 3NDKA 3ZSQA 3AVHA 3AVAA 4DTJA 4ELVA 1Q9YA 3DOLA 1CXUA 3VQDA 3VQPA 4AHRA 3QEPA 4O0JA 5FDLA 3SQ1A 3HJFA 1S1VA 3MAQA 4FLYA 1JLEA 1HYZA 4KHSA 1VSHA 3OS2A 1D5AA 3I8DA 3OYJA 2FBYA 2P1JA 3WNEA 2HHUA 5KGXA 4CJSA 4LD0A 5CYQA 4FLZA 5J2MA 4CJPA 4FM1A 3L8BA 3TAFA 1MU2A 3L2VA 4KTZA 3TAGA 4ELUA 2EX3A 1O1WA 3U6FA 4NYFA 3NH0A 1JLBA 4OKKA 3B6PA 1A5XA 2RN2A 4YNQA 4M3XA 1BISA 3NFAA 4FW2A 4ICLA 3QEWA 1S1UA 1ASVA 3O3HA 3SUOA 1HPZA 1BI4A 4DTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SCXA 4CCHA 3VF4A 1ZBIA 3LM9A 5FPDA 4DQIA 1NGDA 4BRAA 4A2BA 1BOTO 1NU0A 4DG1A 3VQQA 4B1VA 2O8FB 4ILHA 4O5BA 3O4NA 4LFAK 1FKPA 3G71N 2YNGA 4FWRA 4FJJA 4IFVA 5JVGL 4CD3A 4J2EA 4IZ9A 2JWLA 5FRMA 3LAKA 1SAZA 3BF1A 1IV0A 4DV4K 2BUPA 5MLCQ 2BH1A 1C6VA 2HNZA 1SS6A 4K0KK 4B08A 3T69A 5HRRA 3KKRA 1OVQA 4H4MA 1YJWN 1HNZK 3PV8A 2XY5A 3DLBA 1KVAA 1L3VA 3OYHA 1BIZA 2AA4A 4DV6K 2J4RA 4IG3A 2FF6A 5GAEP 4U7BA 3CXCM 3DI6A 3ALYA 3I0SA 3HTVA 4Z4HA 4FCYA 4H5RA 3IS9A 4DTRA 4GV3A 5BPLA 1A5VA 3QB0A 4IFYA 2HBJA 3NF9A 2W42A 4AILC 1VRTA 4HUFA 1XWLA 4CZHA 2QXFA 3OYNA 3ENOA 3OYAA 3WNHA 1VHXA 2OYQA 4H0PA 2GBZA 4DU1A 1TUUA 1JKHA 3NE6A 1NGJA 1CZBA 4KB1A 1W2BM 3WXJA 3CMAN 2YI1A 2VG7A 3HPGA 2NRXA 2OZSA 3LANA 3CD6N 4CIEA 4DQRA 4B1ZA 3E1YA 4DSEA 2VWBA 4BR9A 5LY3A 2HHVA 2QXLA 5EY4A 5JLHA 1RFQA 2V7ZA 3LDOA 4CHNA 5I42A 2UU9K 3SUQA 4H4OA 4RW9A 3CC4N 2KLAA 4FOIA 4CZJA 1B9DA 1RT3A 3CCLN 1HKBA 4E7JA 3THXA 3O6WA 3L2WA 4V19S 5KRTA 2I7NA 5F1XA 3JAMO 3VQ7A 3PIPL 1VSEA 1QQOA 5KPRA 1IBLK 5M1QA 4WFAL 2OA8A 3AVJA 3ZSVA 1OH5A 4BREA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SCX A;  4CCH A;  3VF4 A;  1ZBI A;  3LM9 A;  5FPD A;  4DQI A;  1NGD A;  4BRA A;  4A2B A;  1BOT O;  1NU0 A;  4DG1 A;  3VQQ A;  4B1V A;  2O8F B;  4ILH A;  4O5B A;  3O4N A;  4LFA K;  1FKP A;  3G71 N;  2YNG A;  4FWR A;  4FJJ A;  4IFV A;  5JVG L;  4CD3 A;  4J2E A;  4IZ9 A;  2JWL A;  5FRM A;  3LAK A;  1SAZ A;  3BF1 A;  1IV0 A;  4DV4 K;  2BUP A;  5MLC Q;  2BH1 A;  1C6V A;  2HNZ A;  1SS6 A;  4K0K K;  4B08 A;  3T69 A;  5HRR A;  3KKR A;  1OVQ A;  4H4M A;  1YJW N;  1HNZ K;  3PV8 A;  2XY5 A;  3DLB A;  1KVA A;  1L3V A;  3OYH A;  1BIZ A;  2AA4 A;  4DV6 K;  2J4R A;  4IG3 A;  2FF6 A;  5GAE P;  4U7B A;  3CXC M;  3DI6 A;  3ALY A;  3I0S A;  3HTV A;  4Z4H A;  4FCY A;  4H5R A;  3IS9 A;  4DTR A;  4GV3 A;  5BPL A;  1A5V A;  3QB0 A;  4IFY A;  2HBJ A;  3NF9 A;  2W42 A;  4AIL C;  1VRT A;  4HUF A;  1XWL A;  4CZH A;  2QXF A;  3OYN A;  3ENO A;  3OYA A;  3WNH A;  1VHX A;  2OYQ A;  4H0P A;  2GBZ A;  4DU1 A;  1TUU A;  1JKH A;  3NE6 A;  1NGJ A;  1CZB A;  4KB1 A;  1W2B M;  3WXJ A;  3CMA N;  2YI1 A;  2VG7 A;  3HPG A;  2NRX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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