3AVHA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avhA00
3RMCA 1BQMA 5KI6A 2B4JA 3OYMA 4NCBA 3HSTB 2KQ2A 5HRRA 2YNFA 4JS5A 3V9UA 4BDZA 4O0JA 3BGRA 4RW9A 3ISNC 1N6QA 4CJEA 1NKCA 4KB1A 4H4OA 1XI1A 4NYFA 3O4NA 4R5PA 3DLGA 2HHSA 2RF2A 2GUIA 2YHAA 3SQ0A 4E89A 1KVCA 5HRPA 4ID5A 2A1RA 2JGUA 1C6VA 1L3UA 1X9SA 3WNGA 2BE2A 2YKMA 2ZD1A 4RW8A 3ZSRA 1RTHA 3TAEA 2HNZA 3VN5A 2VWJA 4C8KA 3D45A 1IKYA 2QKBA 1NK0A 4DQSA 4CGGA 3AVBA 1LAWA 4J2DA 2P1JA 3AO3A 1RT5A 2LSNA 4FJHA 1RNHA 5J1EA 3P5JA 4OVLA 1KLMA 3SI6A 3CFRA 3ITHA 4AHRA 2YV0X 4BDPA 3IRXA 3OJUA 4Y1DA 3O3HA 2ZE2A 3QEVA 4OKKA 4CHYA 4LSLA 2HB5A 3VQ7A 1CZ9A 3MAQA 1HYZA 1A5VA 3C6UA 3TR8A 4FYDA 1C0TA 4F3TA 2IGIA 1L3VA 4Q0BA 3LZIA 1LWCA 3M8RA 3L2VA 1BIUA 4B3OA 1JL2A 1ITGA 2ITGA 3PY8A 1D5AA 2OPRA 1U04A 4CJQA 4DSKA 3HM9A 2FBTA 3ZSYA 1TKTA 3DOKA 4FLVA 1TK5A 3OVNA 1TK8A 4KO0A 1SV5A 3EYZA 4FK4A 4OJRA 2X74A 3DM2A 4CGHA 4OPJA 2XHBA 4KKOA 4DSJA 3SPZA 4CJPA 1JLAA 4B8AB 4FJLA 3VQBA 3RTVA 4RG8A 3U3GA 4CJWA 4HCCA 3CYMA 4KREA 3VQAA 4M3WA 1Z25A 4E3SA 4E0DA 5FROA 4CEBA 4HTUA 1HYVA 3NF7A 4EP5A 4EP4A 4AILC 4CEFA 4LY7A 4CIGA 3NGYA 4HUGA 1SL1A 1C0MA 1S6QA 1QTMA 4FLWA 1U45A 4FJIA 3OYIA 1U48A 4CHQA 3SQ4A 4FJ5A 4OLBA 4M3YA 4FW1A 4CK3A 4DFKA 3P83D 3ZT0A 2DTUA 2Z1GA 3VQ6A 1UA1A 1EP4A 2Y1JA 3G0ZA 4OGCA 5KRTA 3SZ2A 2E4LA 3AO5A 3AVKA 1KVAA 2FBVA 1IKVA 3LP1A 4F2RA 3HO1A 4FZZA 1S1XA 4DU4A 3I0RA 2XRIA 3LANA 3ZT2A 4K8XA 1NK5A 3SV3A 1RT4A 2XY7A 2BGGA 3SUOA 3AV9A 4K8ZA 2D0CA 2F8TA 4DFMA 3VQ4A 4Z4HA 2OA8A 5K14A 3CM6A 4XIUA 1JXBA 4DTUA 4OKEA 4FJ7A 3NF6A 2FBYA 3L2WA 2B6AA 4E1MA 3PO4A 4PQUA 3LP3A 1KCFA 4W5RA 1RT3A 4I9LA 1SKWA 3AA3A 1G15A 1D9FA 3PUFA 2XO7A 1ASVA 1NOZA 1I39A 1WSGA 3PV8A 3AVNA 4H8KA 1L5UA 3DLKA 1LAVA 3OYLA 4DQIA 4CJUA 3F9KA 3VQEA 3AO2A 4KFBA 3O3FA 5HROA 3AA4A 3LAKA 2HNDA 4Z4CA 5KGXA 2HHXA 3DRRA 3OYBA 4ELVA 3V1OA 3B6OA 1VSEA 3LDSA 3HP9A 1RBUA 5J2QA 3QEXA 5I3UA 4FK2A 1C1CA 4IBNA 4N5SA 5SWMA 3IAYA 4KHUA 1KFDA 1WLJA 3ZSVA 2OPPA 3CFPA 4J2BA 3WNHA 3UIQA 3ALYA 3O3GA 4KI4A 4PWDA 1VRTA 3OJSA 2FBXA 4DTXA 2A1SA 3VQ9A 1KTQA 3M8QA 3OYDA 1XC9A 4ELUA 4FM0A 1WSFA 5HLFA 1D8YA 1Z26A 1RTIA 3ULDA 4DTRA 4CHNA 3NDKA 1J54A 3K5OA 4DTSA 4CE9A 2KZMA 3NGZA 3HK2A 1RTJA 4FLXA 1TAQA 4KRFA 3VA0A 1EX4A 1FKPA 4MFBA 3AA5X 3EZ5A 3NAEA 3QEIA 4FJJA 3QEPA 1KSPA 4F2SA 4I9QA 1TVRA 2Z1HA 3OYCA 4JRQA 4DS4A 4B9MA 1BHLA 1BGXT 4E7IA 1NK6A 4B9LA 3HPGA 1NKBA 4DG1A 1F21A 1JLGA 4OGEA 4CCHA 4W5OA 3KTQA 1VSIA 1J53A 3AVLA 1D9DA 4IDKA 5CYQA 4CFCA 4DQQA 1KLNA 4CEAA 2HHUA 5C42A 3V1RA 1DTTA 1S6PA 1T7PA 2O4GA 3HPOA 1BIZA 3QLHA 2XY6A 3VQQA 2RKIA 4JLHA 3TABA 3I8DA 2BDPA 2YHBA 3LP2A 4M3UA 3DMJA 4KHQA 2AJQA 3MXMA 4KTQA 4C8OA 4C8LA 5FRMA 4DTJA 1NJYA 3OYNA 1RTDA 3FFIA 3VA3A 4CJFA 2OYQA 4PA1A 3CQ8A 1JLBA 3E01A 1VSFA 1TKXA 3HYFA 5J2MA 2OPSA 3V81A 4IG0A 5HRNA 4W5NA 3S3OA 4OPKA 4DMNA 3PO5A 1IKXA 1JLEA 2ZQBA 3AVIA 1HQEA 1YVUA 4N47A 3WNFA 4CEEA 4CFBA 4Q5VA 4ZTFA 4FJMA 4OLAA 3NH0A 4CK2A 1QSSA 1LW0A 3SUNA 4YFUA 1NK9A 3RRGA 4DQPA 4IFYA 3KLIA 3KLFA 3L2QA 5KRSA 2KW4A 2YNIA 3AVMA 4GMJB 1B9FA 5CYMA 4BE1A 4FCYA 2PZSA 1JXEA 1UOCA 3LPUA 4G1QA 3NH1A 5KGWA 3A2FA 4E7JA 5J2NA 4QCLA 4OKJA 2HVIA 4I7FA 1UWBA 4C8MA 4M42A 4CGIA 1K6YA 3T1AA 4N76A 1JL1A 2F96A 5D3GA 4M3XA 1TV6A 5C24A 4O5BA 3OYKA 4BE2A 4KHNA 4RW6A 1CLQA 3LALA 4I2QA 3L2UA 1RCHA 3QETA 1LWEA 1W9HA 3VQDA 1IKWA 3H08A 4W5QA 1WSHA 2DFHA 4F3OA 3KK3A 2XY5A 3RMAA 2RN2A 5HBMA 4RW7A 1J9AA 1JLQA 1UAXA 4E7KA 3KJVA 1VK0A 3B6PA 4AHSA 3AA2A 4B08A 3NFAA 3SUQA 1WSIA 3LPTA 4DTMA 4ZTJA 2HNYA 1SKSA 4IFVA 1KFSA 4CIEA 4FXDA 3OYJA 1L3TA 1C0UA 4LSNA 1S1VA 2E6LA 4CGJA 1SL0A 4ZHRA 4IG3A 3OS2A 3K59A 3SQ1A 3U6FA 3PX6A 3NGIA 1S5JA 3AVCA 4FVMA 2FC0A 3K5LA 3V6DA 3KD5E 3DOLA 2NUBA 4CF2A 4DTNA 4FZXC 1BISA 3VQ5A 1X9MA 3NF9A 4Z4FA 4DFJA 1YTAA 3NE6A 5CY4A 3ZSWA 1SKRA 4CEZA 4FJGA 3VQ8A 4DWIA 1ASWA 3ZT3A 2VWKA 1ZBLA 3TWHA 2G8IA 1VSKA 1NKEA 2KTQA 1R0AA 1VSDA 4CJVA 4YNQA 3IS9A 3MEGA 4J2AA 2ETJA 4CECA 4CK1A 1A5WA 4IKFA 3AO4A 4M3TA 1EETA 3RR7A 4KPYA 4FJ8A 3JYTA 2B5JA 2G8HA 2E6MA 3CM5A 3KK1A 3PX4A 5CZ1A 2HHVA 1FKOA 3MXIA 3HVRA 4MQ3A 3QIOA 1I3AA 2BANA 1IO2A 3V9SA 1RDDA 1BCOA 3I0SA 4DQRA 2Z1JA 4ID1A 3RMDA 2X6NA 4B9TA 3ZSOA 3AVJA 3NHGA 3NCIA 3SUPA 1NJZA 1TKDA 4CGFA 2P5OA 4CF9A 2HHTA 1VRUA 3ZSZA 3SQ2A 5SZTA 4PUOA 2KFNA 1TL3A 3TAQA 3QEWA 3K2PA 4CHOA 4FJNA 3ZT4A 3P1GA 3CG7A 2VG5A 2I5JA 5JS1A 4UQGA 2D0AA 4O44A 1RBRA 1S9GA 1Q9YA 1YTUA 3NH2A 1XWLA 5FDLA 4B9SA 3THVA 3KD1E 3AVHA 4CERA 3L8BA 3K57A 2RPIA 4JS4A 4ELTA 1WSEA 4FJ9A 2XY8A 1ZBIA 4O0IA 2Z1IA 1RDAA 3SJJA 4CJSA 4FJXA 5JS2A 1GOBA 2DFEA 3DLHA 4FLZA 1Y97A 3MXJA 3VQCA 3RWUA 3HL8A 3S3NA 5HRSA 3TANA 1BI4A 2VG7A 2O4IA 4DSIA 3OYGA 2PYLA 4FK0A 1MU2A 4DLGA 3T3FA 3HT3A 2Y1IA 3LWLA 5C25A 1L3SA 3LZJA 3AO1A 3DLRA 2P51A 1RDCA 3RMBA 3TI0A 4FW2A 3VQPA 4AHVA 3C94A 3SPYA 2HMIA 2YNGA 4EZ9A 1Q9XA 1X9WA 3KKSA 3O4QA 1W0HA 3RR8A 2D0BA 3V9ZA 3HVTA 5EU7A 2G8UA 2KFZA 1HMVA 4CHZA 2HW3A 1N5YA 2HHWA 4QAGA 4CEDA 1GOCA 1TK0A 4KV8A 4CJKA 1VSMA 4AHCA 1NK4A 3AVAA 1O1WA 4N56A 3LAMA 1TKZA 1U47A 1T03A 1C1BA 4CESA 1BL3A 1HNVA 3V9XA 3MEDA 4M3RA 3V1QA 4HUFA 3SV4A 4CHPA 1ZBHA 4AHUA 4DF4A 4DTPA 4LD0A 1QSYA 1U49A 2R7YA 4HHTA 3F73A 4HUEA 4DSEA 4F4KA 3RRHA 4Z4IA 4DU1A 1RT6A 4AH9A 4N41A 1IH7A 2GBZA 3C6TA 1NJXA 4M45A 4DS5A 3QNOA 4Z4GA 1SL2A 4CF1A 1JLCA 2GV9A 4FLUA 3OY9A 1RBTA 3M8PA 4CJRA 3SNNA 1NK7A 4CJLA 3S9HA 2Q3SA 3V9WA 4CFAA 1BI4B 1BCMA 2IDOA 1TAUA 3IG1A 1RT2A 3KLGA 4ICLA 4CIFA 3G10A 1IG9A 3HPHA 2G8KA 1DTQA 3BDPA 3ZSXA 3OYAA 4FM2A 2G8VA 1BQNA 1RT7A 2IOCA 2EX3A 3KLHA 4B9NA 2WOMA 3DRSA 4CEOA 3OYHA 4Z0UA 4KAZA 5J2PA 4DFPA 1NOYA 3ZSQA 4E7LA 2HVHA 4BACA 4FM1A 4E7HA 1TGOA 1VSLA 1RDBA 3TAMA 4HVJA 3TARA 3TAGA 3KIOA 1X1PA 2QKKA 3AVGA 3KK2A 3V4IA 2QK9A 3QERA 3MECA 4M3ZA 1LWFA 5KTQA 3QESA 2JLEA 1RBVA 1WAJA 3AVFA 3SYZA 4O4GA 1QHTA 4CF8A 1ZYQA 3OS1A 4TSXA 4CFDA 4LH4A 3PX0A 3TAFA 1DLOA 4QOZB 4L8RB 3K58A 1WNSA 1HPZA 1WAFA 4O55A 4DU3A 2PYJA 4B9VA 4CJTA 3KLEA 4DLEA 1YT3A 2WONA 4RW4A 1CXUA 3T19A 4KHSA 4DTOA 4J2EA 3DYAA 1VSJA 4BE0A 1HQUA 1ZBFA 1UA0A 3HXMA 4F8RA 1REVA 1J5OA 5FRNA 1B92A 2VG6A 4I2PA 2W42A 2PY5A 3U3YA 4LH5A 1CXQA 5T7BA 4CJ3A 1TL1A 1HRHA 4KTZA 5DK5A 2YNHA 2X78A 4GW6A 4Y1CA 1QQCA 1WSJA 1JLFA 1KVBA 3DLEA 4W5TA 5CZ2A 2G8WA 4Z4EA 1LV5A 2DY4A 1C1AA 3C95A 2DFFA 4BWMA 1RILA 2HHQA 5E41A 4FLTA 1NJWA 1EKEA 2ATQA 4E19A 3L3UA 1RT1A 3OS0A 3HJFA 1KRPA 3HP6A 4CF0A 1FK9A 1RBSA 2P5GA 2OPQA 4PY5A 5I42A 1S1UA 3NF8A 1T8EA 2IAJA 4B9UA 3MEEA 3OYEA 1S9EA 4KHWA 2EHGA 4KTWA 3QO9A 1A5XA 3ZCMA 1QS4A 4FZYA 2YKNA 4CJ5A 3EY1A 3KKRA 1B9DA 1FXXA 1VSHA 2X6SA 3LP0A 1CZBA 1HJRA 1SUQA 3QIPA 3L2RA 1XHZA 1U4BA 5HP1A 4BDYA 1NK8A 4KI6A 1XHXA 2OZSA 4FJKA 2OZMA 4BWJA 3K5MA 3DLBA 4KHYA 2D5RA 4GVMA 1S1WA 1QE1A 4AHTA 4C8NA 4NCGA 2QXFA 3LWMA 2F8SA 4JRPA 1QSLA 3TAPA 3SCXA 2IS3A 3S3MA 1GOAA 4FLYA 1T05A 1JKHA 4CGDA 4DF8A 4NCAA 1ZBUA 4M41A 3DRPA 3ZT1A 3DI6A 4B8CA 3WNEA 3M8SA 3JSMA 3K5NA 1HNIA 4E1NA 1WN7A 1EXQA 1S1TA 3OYFA 4CJ4A 4H4MA 4EZ6A 3QNNA 2G8FA 3ASMA 4HCBA 4DSFA 3NBPA 2IC3A 4DSLA 4KB0A 1ASUA 3QINA 3D0PA 5DMRA 4CEQA 4NYNA 1HYSA 2KZZA 1LW2A 3L3VA 4WE1A 3CFOA 1Q8IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V51B 4BVOA 4DV2K 3K0SA 4O0JA 1N6QA 3ISNC 4H4OA 5AQLA 1XI1A 1YIJN 4FWQA 3QMLA 5JICA 1IG8A 3SQ0A 1XUPO 4ID5A 1YHQN 4RW8A 3C6HA 1RTHA 3TAEA 3VN5A 3D45A 2RE2A 4LF7K 1NK0A 5AZJA 3AO3A 4FJHA 3P5JA 4OVLA 4JHDA 2HBJA 2Q36A 2F4VK 4HWIA 4DV6K 5AFUH 4WFNL 4GY2B 3VQ7A 3C6UA 4FYDA 1C0TA 5CE3A 3LZIA 4LF5K 4BG8A 3M8RA 4B3OA 3D7EO 2UUBK 2W6KA 1D5AA 3PY8A 2UU9K 3MX2A 2A5XA 2FBTA 3ZSYA 3DOKA 1NJIO 1TK5A 5KPRA 3CERA 3MCPA 1VQ4N 3EYZA 4FK4A 2X74A 4OPJA 4FWRA 5AZIA 4CJPA 3IUCA 2D1KA 3EZWA 3R8EA 3OTOK 4JI5K 1YITN 3D2FB 3TU5A 1Q7YO 4HTUA 4CEFA 1HJOA 4HUGA 1SL1A 5BPNA 1MA9B 4FLWA 1XC3A 3VENA 1U48A 4OLBA 3KWGA 1GLCG 2FF3B 1EP4A 2O8BB 3SMSA 4OGCA 3VF4A 4DB3A 5KRTA 3J7YP 3HO1A 2O8CA 1IKVA 1DGKN 2YHXA 4ILGB 3LANA 3SV3A 2F7TA 4PKIA 3VQ4A 4Z4HA 1NGGA 3NF6A 1NGAA 2B6AA 1GLBG 4YDUA 1P8ZA 2QW9A 3DLKA 1LAVA 5TKYA 1VQMN 4Z4CA 3VEOA 4B3MK 3C0BA 3M1FA 5BPLA 2P9NB 4BRMA 3HP9A 1HKBA 4FWNA 4N5SA 3IAYA 1KFDA 3ZSVA 4J2BA 3WNHA 4B1YB 4C1NI 3O3GA 1WB9A 1VRTA 3OJSA 4DR6K 3LDNA 3VQ9A 4ELUA 4DUZK 4FM0A 1D8YA 1OVQA 1RTIA 3K5OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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