3AVHA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avhA00
3OYKA 4CIFA 3MXMA 3OS2A 3HL8A 2XY6A 1ASWA 4CECA 3JSMA 4M3YA 3P83D 3PO4A 1U4BA 2HHVA 2HVHA 1GOBA 4FW2A 4CHPA 3MECA 1S9EA 1RT7A 3K5OA 1IKWA 1S5JA 3F9KA 3HPGA 4NCAA 4M3ZA 4E7KA 3K5NA 2BANA 2YKNA 3KJVA 3P1GA 2RKIA 2B6AA 4DFMA 1S1WA 2D0CA 3DLGA 4O5BA 2JGUA 1L3SA 4ID5A 2OPPA 4CK1A 3M8QA 1ZBHA 4FZXC 1IKYA 1HYVA 3PO5A 2VG6A 3TAPA 1RT6A 4LSLA 2D0BA 2VG7A 4DQRA 3TARA 3DRRA 4M3RA 1NK6A 3PY8A 3SPZA 3SQ4A 1ITGA 1LW2A 3LPTA 2G8VA 3LAMA 3VQ5A 1LW0A 4DSFA 2HVIA 1JLEA 3K57A 3V6DA 3NFAA 1BIZA 2PY5A 2BE2A 3L3VA 1KCFA 1C0MA 4H4OA 4FJ9A 4CJWA 1UWBA 4GMJB 1NJXA 1YT3A 1RT5A 3C94A 1ZBUA 3ISNC 3LP2A 4CIEA 1LWEA 2I5JA 5KRTA 1JLGA 3L3UA 3NGYA 1X1PA 3KD5E 1RT3A 4DQIA 1VSDA 3PUFA 4DSJA 4FJGA 3QNNA 3RMDA 1RTIA 1BCOA 1IH7A 1T03A 1T7PA 2R7YA 4YNQA 2ATQA 4J2DA 4ELVA 3DMJA 4AHRA 3QEWA 3T19A 5FRNA 4O4GA 4DTSA 4I2PA 1D8YA 3CYMA 3V1QA 1VK0A 3KLHA 1KVCA 4MQ3A 1JXBA 1QHTA 4Q0BA 1RT2A 4ZHRA 1HNVA 3HVRA 2QKBA 1JLCA 1RBVA 4N76A 1TL1A 1L3VA 2HW3A 4JLHA 4BE2A 3ZT2A 1KVBA 3DLRA 3DM2A 1N6QA 2VG5A 3AO1A 5CYMA 3OYBA 2RF2A 3AA4A 2HNDA 4ICLA 4B3OA 5HRNA 3ZSVA 4FJLA 1RDCA 4DTPA 4KKOA 4OJRA 4OGEA 4DU4A 4EZ9A 1C0UA 4CHNA 5J2NA 4KHWA 2RN2A 4OKJA 4CHYA 3I0RA 5JS2A 4KTQA 3PX0A 2IDOA 3NCIA 2G8IA 5E41A 3OYIA 1KTQA 1JLAA 3PV8A 1U47A 4FJIA 3NAEA 2IAJA 4KB0A 1YTUA 1EETA 1IKXA 1C1AA 2BDPA 1RDBA 4ID1A 4B8CA 3L2VA 3O4NA 3QETA 2G8WA 3OYEA 3TR8A 1WSJA 1JXEA 4DSEA 1MU2A 4J2BA 1SV5A 4CEBA 4HUGA 3SUQA 3K58A 3L2WA 3CQ8A 3BGRA 3NF8A 3VN5A 3EZ5A 1NJZA 1NJWA 3SUNA 4CGDA 2KZZA 3HM9A 3WNHA 1HMVA 1QSSA 2HMIA 5KI6A 1LAWA 4CJTA 4IG0A 2F8SA 2YKMA 4KB1A 3CFPA 3ZCMA 4CGGA 1TVRA 4PY5A 4B9TA 5HRSA 1I39A 1RT1A 2P5OA 1S1UA 2YNFA 3K59A 2PZSA 5HRRA 1BQNA 1EP4A 4JRPA 4CJ3A 4FLUA 4DTUA 1X9MA 1B9DA 4C8MA 4CGFA 3ZT3A 5J2PA 3RR8A 2VWKA 1QSYA 3ZSYA 5FDLA 1ZBIA 3RTVA 3EYZA 4WE1A 4DS4A 4HUFA 2JLEA 4PA1A 4CJLA 5I3UA 1VSJA 3VQDA 3RRHA 4DWIA 3ALYA 4KHNA 1S9GA 1WSEA 3I0SA 1SKSA 5HBMA 3WNEA 2BGGA 3DLHA 1TGOA 4E89A 1KLMA 1L3UA 1ASUA 4CJVA 2A1SA 4K8XA 1RBRA 4FK0A 4FJ8A 5J2MA 5FRMA 4IDKA 4AHTA 2HHQA 3ZT1A 4CJ4A 1N5YA 3QIOA 3QERA 1BGXT 4PUOA 2HHUA 1HQEA 3AVLA 4HHTA 4DLEA 3SQ0A 3LANA 1U04A 4FLZA 2E4LA 3NF6A 3OJUA 3DOKA 4CEOA 1JLBA 4F3OA 4H8KA 4NCBA 1TK5A 3IS9A 1SKWA 1TKZA 3AVIA 4JRQA 3DOLA 1TKTA 4CJSA 4R5PA 3LDSA 4CJRA 3HO1A 1RBTA 4FLYA 4BE1A 3V1OA 1UOCA 4DTRA 2EHGA 1D9FA 2G8UA 3ZSZA 4CF9A 1NJYA 3VQ6A 4DF4A 1Z25A 1XHZA 4Z4CA 3AO2A 3FFIA 4W5TA 3LWMA 1Q9YA 4CEEA 3KTQA 3RWUA 4KHYA 3SI6A 1WAFA 3QEIA 3SPYA 4KHQA 3LP1A 1GOCA 4AILC 4B9NA 4CEAA 4I2QA 4DMNA 3LWLA 1C0TA 3DLBA 3AA5X 2HB5A 4O0JA 5CYQA 1BQMA 3AVAA 4FM2A 4HVJA 2KQ2A 4F2SA 3C95A 1UAXA 1WNSA 4E7IA 1NOYA 4FJXA 1G15A 1C1BA 3LP0A 3SQ2A 3IRXA 3MEEA 2NUBA 2ZQBA 4K8ZA 4CJEA 4G1QA 4CK2A 2LSNA 2PYJA 2D0AA 4N47A 4Z4HA 2GBZA 1HRHA 4B08A 2DFEA 3AVCA 3UIQA 4QCLA 1QE1A 4JS5A 1NKEA 1U49A 1WSIA 3ZSOA 3K5LA 5HP1A 3MXJA 3OVNA 4CEQA 4DTJA 1HNIA 2OPSA 3IAYA 3OJSA 3AVJA 3U3YA 2KW4A 4W5NA 3CFRA 1NOZA 3CFOA 4KTZA 3NF7A 4DTMA 3DLKA 1J54A 2Z1HA 2G8HA 1NK0A 1LAVA 2QK9A 4M3XA 3D45A 2FBVA 1NKBA 4B9SA 1W0HA 4DS5A 2KZMA 2X6NA 4B8AB 1S6QA 1BI4A 4KRFA 4DQQA 2IS3A 3OYDA 1HJRA 3AVGA 4RW7A 4CFAA 1CXUA 5DK5A 1BISA 3VQCA 2GV9A 1Y97A 4CE9A 3C6UA 3OYMA 3TABA 4E0DA 4CF1A 3KKSA 2B4JA 4OGCA 1YTAA 3VQ9A 1KSPA 4FM0A 4CJUA 3TAFA 4LSNA 3ZT0A 1BI4B 3LAKA 1CZBA 3MEDA 3K5MA 3HP9A 4LY7A 4ZTFA 1HPZA 3MXIA 4M45A 4CEZA 2IOCA 1NKCA 1WSFA 3KLFA 4BACA 1CLQA 1RTHA 2YNIA 3SV4A 3A2FA 2QKKA 1TKDA 3U6FA 3NGIA 2P51A 4W5OA 3VQAA 2ZD1A 2X74A 4KREA 3L2UA 2OZSA 4DFKA 1ZBLA 3T1AA 1X9SA 4C8OA 1LV5A 2HHSA 3SQ1A 3V9UA 3MEGA 3PX6A 2E6MA 3RMBA 2HHWA 3NF9A 4PQUA 1VRTA 4IKFA 1KVAA 4GVMA 4O44A 4Z4EA 1U45A 4CF0A 1S1XA 1L5UA 2X78A 5J2QA 4CJKA 1VSLA 4RW9A 2A1RA 4E19A 5HROA 5I42A 3THVA 1SUQA 4DFPA 5C24A 3AO5A 1KFDA 3NBPA 3G10A 3JYTA 1L3TA 1S1TA 3AA3A 2YHAA 3B6PA 3LPUA 2P1JA 3QEPA 1B9FA 4KFBA 4QOZB 4B9LA 1C6VA 5J1EA 1NK4A 4AHUA 3O3FA 1D9DA 4AHCA 5SWMA 3MAQA 4BWJA 4HCBA 3VQBA 1VSIA 1XC9A 4BDZA 4Z0UA 3AV9A 5K14A 3OY9A 3TANA 4CFDA 2IGIA 3ZT4A 3SNNA 2OYQA 4KTWA 3VQ8A 3ZSQA 4C8KA 1EKEA 4FLXA 4M3WA 4FZYA 3QNOA 3NH0A 2FBYA 1QQCA 3ITHA 4RW4A 4CFBA 3OYNA 2YNHA 5JS1A 3CM6A 3QESA 2FC0A 3O4QA 1REVA 2E6LA 1JL1A 1Q8IA 4I9LA 3TAMA 4M41A 4DF8A 3S3MA 1FKOA 1TK0A 3KD1E 3SUPA 4EP4A 1HYZA 1RBUA 1TL3A 3P5JA 1IG9A 3OYCA 1SL0A 4C8LA 4DQPA 3AA2A 3HP6A 4CF2A 4CJFA 1WN7A 2KFZA 4M3TA 3ULDA 4FXDA 3ZSXA 1JLFA 4FW1A 1BIUA 4OLAA 1NK7A 4XIUA 1BL3A 1RNHA 2AJQA 4ELUA 4JS4A 2G8FA 5KGWA 4KI6A 4FK2A 3NH2A 4AH9A 4CERA 4CGIA 1LWFA 2VWJA 1A5XA 3LALA 1VSEA 3L2RA 2DFHA 1RTJA 2GUIA 3NH1A 3RMCA 2XY5A 4E1MA 4Y1CA 4J2AA 1O1WA 4F8RA 3WNFA 1VSKA 3K2PA 3S9HA 3V9SA 1HYSA 2Z1IA 3HXMA 4FJJA 5KGXA 1WAJA 1GOAA 4N5SA 2P5GA 5KRSA 4H4MA 4E7HA 3VQ7A 4OLBA 1DLOA 1IO2A 2EX3A 3VQ4A 4FM1A 4W5RA 3VA0A 3U3GA 4KHUA 5FROA 1ZYQA 2FBTA 4HCCA 1NK5A 4UQGA 4OPJA 3OS1A 4FJMA 4CJPA 2DFFA 3TAQA 4B9UA 4FJ5A 4Z4IA 3AO3A 1CZ9A 4IBNA 3TWHA 2Q3SA 3NGZA 4CHOA 5D3GA 1W9HA 5T7BA 3QLHA 2D5RA 3SUOA 2ZE2A 5HLFA 1RBSA 4L8RB 4M42A 1TV6A 1SL2A 4FVMA 1FKPA 1YVUA 2WOMA 3G0ZA 1B92A 1D5AA 1J9AA 4CF8A 4CHQA 4CJ5A 3NE6A 4DTOA 4PWDA 4DSKA 3L2QA 1QTMA 4BDYA 1RDDA 4KV8A 3CM5A 3AO4A 3S3NA 2HNZA 4Q5VA 3V9WA 3QIPA 4BWMA 1J5OA 4KHSA 4J2EA 1WSGA 3C6TA 3KLIA 3HVTA 1KRPA 4DFJA 2YV0X 3QEVA 3SV3A 1X9WA 1FK9A 1F21A 2RPIA 3EY1A 4Z4FA 4F4KA 4RW8A 2F96A 4LH4A 3HPOA 2WONA 4FLTA 4O0IA 2Y1JA 1TK8A 1WLJA 1KLNA 2ITGA 3V81A 1KFSA 4IFVA 4DQSA 4DU3A 2XY7A 3ASMA 3DRSA 3M8SA 3OYHA 3QO9A 1RTDA 3M8RA 3M8PA 2O4GA 4LD0A 1C1CA 3BDPA 3QINA 3OYAA 4B9VA 3HK2A 4Z4GA 2ETJA 3TAEA 5CZ2A 4FJNA 3AVFA 1S6PA 3E01A 1JL2A 4B9MA 2FBXA 1VSMA 1VSFA 2XRIA 3AVKA 3IG1A 3V1RA 5C42A 4DU1A 3ZSWA 3V4IA 1SL1A 4FJKA 1NK8A 4E3SA 4DSIA 2KTQA 1R0AA 1WSHA 3VA3A 3V9XA 4N41A 4FK4A 4DTXA 2HHXA 1TAUA 4I7FA 2G8KA 3LZJA 5CY4A 4YFUA 4OPKA 5C25A 3RRGA 4HTUA 2Y1IA 4FJ7A 1UA1A 3AVHA 1ZBFA 5DMRA 3SCXA 2XO7A 4GW6A 3S3OA 1FXXA 4DG1A 2OPRA 3VQPA 4IFYA 3HT3A 2YNGA 4F2RA 1EX4A 3AVBA 1J53A 4CJQA 2XHBA 3OYJA 3LZIA 2OZMA 3HJFA 5KTQA 1K6YA 4KPYA 4MFBA 3DI6A 3RR7A 5CZ1A 2HHTA 4E7JA 3KLGA 1VRUA 3OYLA 3O3HA 5EU7A 3KK2A 3VQEA 4CESA 4Y1DA 1RCHA 4W5QA 3F73A 1I3AA 2X6SA 1TAQA 4LH5A 2DY4A 1BHLA 1BCMA 4AHSA 4BE0A 3SYZA 1XWLA 4KI4A 1Z26A 4CK3A 1A5WA 4O55A 2OA8A 3KIOA 2OPQA 3KKRA 2IC3A 3HPHA 2DTUA 3HYFA 4BDPA 3SZ2A 1JLQA 1DTTA 4CIGA 3OYFA 4CHZA 1TKXA 3LP3A 1NK9A 2HNYA 1JKHA 1A5VA 4CFCA 3O3GA 3DRPA 3KLEA 3AVMA 5HRPA 1IKVA 4KAZA 1ASVA 3NDKA 1XI1A 4EP5A 4FCYA 4AHVA 2KFNA 4EZ6A 1RT4A 3AVNA 3L8BA 4M3UA 4FZZA 4NYFA 1HQUA 4CEDA 2B5JA 4IG3A 4E7LA 1VSHA 2YHBA 3OS0A 4HUEA 3TAGA 3RMAA 4F3TA 3KK1A 4FLWA 4DLGA 3PX4A 2F8TA 4OKEA 3NHGA 3DLEA 2Z1JA 2W42A 2XY8A 3D0PA 1EXQA 1DTQA 4E1NA 3KK3A 1UA0A 1S1VA 4N56A 3TI0A 1SKRA 4FLVA 3T3FA 3CG7A 3WNGA 4QAGA 4KO0A 4C8NA 4OKKA 1T05A 4DSLA 3HSTB 4CGHA 4CEFA 4TSXA 4FYDA 2PYLA 4NCGA 1U48A 3OYGA 4RW6A 4ZTJA 4NYNA 3ZSRA 2O4IA 1CXQA 3QEXA 4I9QA 4RG8A 1QSLA 4ELTA 5SZTA 4OVLA 2QXFA 3SJJA 1Q9XA 4CGJA 3B6OA 4CCHA 4FJHA 3I8DA 3DYAA 2Z1GA 1XHXA 1LWCA 1QS4A 4DTNA 1RDAA 1RILA 3VQQA 1T8EA 3H08A 3V9ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VGMA 3MXMA 1ASWA 3VGMA 4I6MB 3PO4A 2HHVA 2HVHA 1GOBA 4E1JA 3UKUA 5JLHA 1S9EA 2P9SA 4E7KA 2BANA 3MK6A 4M7YA 3VOVA 2RKIA 4DFMA 1S1WA 3DLGA 2QWQA 5KPZA 3VGKA 2UXBK 3R1XA 2VG6A 4AM7A 4DQRA 2E8AA 2GUPA 3TARA 4M3RA 3PY8A 3C6AA 5EX5A 1ITGA 4JK9A 3WEEB 4DB3A 2HVIA 4BRQA 3S41A 3L0QA 1W97L 4FWSA 2BE2A 3L3VA 1KCFA 1C0MA 4H4OA 4BRDA 1NJXA 2NRZA 1RT5A 5KRTA 4WYBA 1LWEA 2I5JA 4MO5A 3NGYA 1BCOA 4YNQA 2ATQA 4NXNK 4KH4A 3V1QA 3G6EN 1KVCA 3CJ7A 4BREA 1JXBA 1QHTA 4A57A 1L3VA 2HW3A 4BE2A 1KVBA 3DM2A 3MN6A 2RF2A 2HNDA 2OTJN 3ZSVA 4LF4K 4EZ9A 4DU4A 4KHWA 2RN2A 3TTCA 3T7ZA 1HKCA 3I0RA 4BQLA 1H1VA 2IDOA 3NCIA 1KTQA 1U47A 2IAJA 3UB5A 1R59O 2VGNA 3J7ZO 2A40A 3MX5A 1JXEA 4J2BA 4CEBA 4HUGA 3K58A 4CZLA 4H0TB 1YIJN 3VN5A 4H0OA 1NJZA 4CJ7A 1NJWA 4CGDA 2KZZA 5BPMA 1HMVA 4KH6A 4DCHA 2HMIA 4IDHA 1LAWA 4IG0A 2YKMA 1TVRA 2I7NA 2Q97A 5HRSA 1I39A 1KAYA 1RT1A 2QWRA 4JK7A 3K59A 4FVUA 5AQZA 5HRRA 4LF9K 4FLUA 4DTUA 4CGFA 3O1WA 4WFAL 3ZT3A 2VWKA 4B3RK 3ENHA 1ZBIA 1VSJA 4GVEA 4MLHA 1WSEA 3VETA 5HBMA 3WNEA 3SAHA 4WCEL 3DLHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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