3VQAA

Hiv-1 in core domain in complex with 1-benzothiophen-6-amine 1,1-dioxide
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
152
structure length
141
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 141
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqaA00
3ZSQA 5KTQA 5FRMA 4CEQA 4NCAA 2HW3A 4O0IA 4OGCA 5FDLA 4MFBA 1T8EA 4N56A 1TK5A 4F3OA 2KTQA 1RT7A 4MQ3A 1C0UA 1TKTA 2HHXA 1LW2A 4O5BA 1FXXA 1RDBA 1BL3A 1RTHA 2X6NA 1XI1A 3NFAA 3WNEA 3C95A 1X9WA 1S6PA 3EY1A 1BGXT 1RT6A 4ID5A 3ZT4A 3F9KA 4CK3A 3OYLA 3WNHA 4Z4EA 4IFYA 2YNIA 3NAEA 4J2DA 3IRXA 4CGDA 3VQQA 1RTJA 1VSDA 4IKFA 5DK5A 5HRPA 3PO4A 1G15A 1JLEA 4CK1A 2HHVA 1S1UA 3TWHA 2JLEA 3RTVA 4DU1A 3KLFA 3QEXA 4ID1A 3RMAA 4DTXA 4DSLA 3AA5X 3ZSXA 1VSFA 3PX4A 3ZSRA 4DF4A 2FBVA 1ZBIA 5JS1A 1XWLA 2XY6A 3KJVA 4C8OA 1BCOA 4FLZA 1RNHA 1RCHA 2BGGA 3QINA 2R7YA 1NOYA 4CEOA 4B9TA 3TI0A 1RTDA 4CJ3A 3DMJA 4YFUA 1WNSA 4LH4A 2KFNA 5DMRA 2Z1JA 4FVMA 4ELVA 4FJNA 1R0AA 4H4OA 2X74A 2Z1GA 4W5TA 3SCXA 4FJMA 1WSEA 2IAJA 3SV4A 3QEPA 3LZIA 1KLMA 3L3VA 4CJPA 4DQSA 4DU3A 1VSEA 4F4KA 1HMVA 3DRPA 4DFPA 1W9HA 3K5MA 1W0HA 1GOBA 1D5AA 4HUGA 5KRTA 3MXMA 1ASWA 2VWKA 2OPRA 2YV0X 4KTZA 1NK5A 3HXMA 3C6TA 3SV3A 4DWIA 2G8KA 4KB0A 1JXEA 3P1GA 1RT1A 1RT5A 4JRQA 3K2PA 4CEAA 4CJ5A 3K57A 3RMCA 1L3SA 3HPHA 4BACA 4EP4A 4KI6A 3RR8A 5CY4A 4FJXA 3WNGA 1L5UA 1TV6A 3V9XA 4FW1A 1QQCA 3VA0A 4KHQA 3NF7A 1C6VA 4W5RA 4E7LA 3RRHA 4AHVA 2VWJA 3L2WA 2YNHA 1NK7A 3AVKA 3HPGA 1Q8IA 1BQNA 1Q9XA 1UWBA 3V9WA 2HNYA 2OPPA 3ZSYA 3NDKA 3LP3A 4EP5A 1S1WA 3P83D 2A1RA 1NJWA 3VQBA 3OYFA 2QK9A 3TAGA 1SL0A 3KD1E 4DQPA 3V81A 3L2UA 3S3OA 1KFSA 4B8CA 1KVBA 1EP4A 2VG7A 1EX4A 4CESA 4DSIA 1IKWA 4E7HA 1L3UA 3KD5E 4IG3A 1KVAA 4PA1A 5J2MA 2G8VA 2DY4A 1RT3A 4FJHA 3AVFA 4FJ7A 2DFHA 1RBRA 4C8NA 3LWLA 4DTSA 4ICLA 4KFBA 1U4BA 1D9FA 3OVNA 1UAXA 4FM1A 1DLOA 1SKSA 3MXJA 3OYMA 3AVJA 4DFJA 4Z0UA 3S3MA 1B9DA 1NKBA 1I39A 3SUPA 1NK6A 1JL1A 1NOZA 4JLHA 3RR7A 2YNFA 1HYSA 1CLQA 2WONA 3ALYA 1TKXA 3VQ9A 3VQ4A 2G8UA 4B9VA 2OZSA 1S1VA 3V1RA 3L2QA 4J2EA 1K6YA 2D0AA 3HO1A 1LWFA 1YVUA 2YKMA 3DRSA 3HPOA 3O4NA 4CEDA 3NHGA 3TAPA 3CM5A 2WOMA 3DM2A 4ZTJA 3CYMA 4E0DA 2HB5A 2X78A 3KK3A 2P51A 3NF8A 3HM9A 1TK8A 1JL2A 3PY8A 3ZCMA 1F21A 3QIOA 4BE1A 3EZ5A 4FZXC 2ZD1A 3U3YA 4EZ6A 2E4LA 3LZJA 4NCGA 3IS9A 3T3FA 4W5NA 4CJUA 3ZSOA 2P5OA 1EKEA 4E1MA 2DFEA 2GV9A 1U47A 4CECA 5C25A 3V6DA 3THVA 2JGUA 2F96A 2OA8A 2HNDA 3JSMA 4AHUA 4I2QA 2P1JA 4CIFA 1NK8A 3OS0A 1WAFA 4DTUA 1C0MA 4CF1A 3KLHA 3SYZA 3V9SA 1REVA 3LP2A 4XIUA 1BIUA 4M3RA 3VQPA 4CIEA 1L3TA 3AO3A 4CHOA 3VQ5A 1KSPA 4F2RA 3OYNA 3FFIA 4C8LA 3IAYA 3K58A 1QTMA 4AHTA 3VQ8A 1RBVA 2KQ2A 1KCFA 1JLGA 3KKRA 4CJLA 2ATQA 4CHPA 1TKDA 2B5JA 5J1EA 1LAWA 3L2VA 4DLGA 4G1QA 2HVIA 2E6LA 2GUIA 1N6QA 3WNFA 1HNIA 3QLHA 1CXQA 4CHYA 3AVLA 3ZT2A 4M42A 3VQAA 3DLGA 4O55A 1YT3A 1ITGA 5D3GA 4KHWA 3V1QA 4AH9A 1EXQA 3JYTA 1J9AA 3NGIA 4O4GA 1B9FA 1GOAA 3K5NA 4FLYA 4CIGA 5I42A 4FM2A 4NYNA 4CJTA 3KLGA 4Q5VA 2DTUA 3SZ2A 5HP1A 3HP9A 4N5SA 3B6PA 2KFZA 1VK0A 1SKWA 2VG6A 1MU2A 4ELUA 3VQCA 4ZHRA 4OKKA 3VQDA 4UQGA 4LY7A 1J53A 1SV5A 3LPTA 5K14A 4AHCA 1C0TA 4CEBA 4DS5A 4F8RA 3OYJA 2FBTA 4CF9A 2PY5A 4IDKA 4K8ZA 3HVTA 3HK2A 1CZBA 3HT3A 1ZBFA 1NK4A 5KI6A 4J2AA 1FKPA 4GW6A 2Q3SA 3T19A 1RBTA 4I7FA 4PY5A 1J54A 1A5WA 1RDDA 4DTJA 1SL2A 4CJ4A 3PV8A 2Z1HA 3TAQA 2W42A 4RW9A 4ZTFA 1BISA 4CFBA 1T05A 5EU7A 4AHRA 3NE6A 4FLVA 1S1XA 1KLNA 4NCBA 3AVNA 3LAMA 2XO7A 3CQ8A 1LAVA 4KHNA 4FJ5A 3OJUA 1IKVA 4BDZA 3RMDA 1U04A 3ITHA 1KVCA 4B8AB 4FK4A 1VSKA 4PWDA 3DLKA 3LP0A 1JLCA 5J2PA 3OYDA 2B6AA 4CF0A 4FCYA 4W5OA 2QXFA 2Z1IA 4CGGA 5JS2A 3C6UA 3HL8A 1S6QA 2Y1IA 1DTTA 4CJRA 4DLEA 3VN5A 1ZBLA 1XC9A 1D8YA 4H8KA 2G8WA 4CJVA 4FLUA 3CFRA 1X1PA 4OKJA 3RWUA 2GBZA 3CFOA 3AV9A 3E01A 1HQEA 3A2FA 1VSJA 2FBXA 1WSFA 2YNGA 5J2NA 2HMIA 2D0BA 1A5VA 1RDCA 4DMNA 1LWCA 4HTUA 4N41A 2HHUA 3KLIA 2HHTA 3VQ6A 3SUOA 3NF6A 4LD0A 2YKNA 4CGHA 3DLHA 4B9UA 3O4QA 3ULDA 2YHAA 4DSKA 4CJQA 3PUFA 3AO4A 4FLXA 4N76A 2RF2A 4I9LA 3OYGA 3AVAA 4O44A 4CHNA 4OKEA 3I8DA 4FXDA 4DQQA 3D45A 2IGIA 4M3WA 3O3GA 4DSEA 4JS5A 1RDAA 4FW2A 5FRNA 2QKBA 3DOKA 3TAEA 2D5RA 3SQ0A 1S1TA 1BHLA 3QEIA 1Q9YA 4DFKA 4DFMA 3UIQA 3SNNA 4JS4A 3IG1A 3QNNA 4B9LA 3S3NA 3I0RA 3KK1A 1WAJA 3SQ2A 3LDSA 4FJ9A 4DTOA 3U3GA 1TVRA 1T03A 4FM0A 4I9QA 1CZ9A 3O3FA 3RRGA 4FK2A 4FZYA 4KRFA 1Y97A 3NGYA 2LSNA 4Y1CA 2I5JA 3B6OA 2BANA 1ZBUA 4YNQA 1RT2A 2O4GA 3DLEA 1TGOA 3KIOA 2G8FA 2HHQA 3AVIA 4I2PA 4O0JA 3D0PA 2BDPA 1TAQA 4B3OA 1Z26A 2KZMA 3S9HA 2FC0A 3NF9A 3OYEA 3AA4A 3ASMA 1LWEA 3QEVA 3RMBA 3DOLA 4J2BA 4CFDA 1BI4B 3TAFA 4KTWA 1QSLA 2XY7A 4FYDA 4OGEA 1XHXA 4OPJA 3AO2A 4DSFA 1SUQA 1YTAA 3DI6A 4CHZA 3NCIA 3LP1A 4LSLA 1X9SA 1JLFA 5HLFA 4EZ9A 3QNOA 4OLAA 4BE0A 3EYZA 4E7KA 3OYIA 3OYKA 3SJJA 4CK2A 5HRSA 1X9MA 4CF8A 4TSXA 1U49A 4RW6A 3DRRA 2XY5A 2F8SA 3M8PA 1S9EA 2E6MA 2F8TA 3NGZA 2B4JA 3AO1A 3O3HA 3SI6A 1VSIA 4DF8A 4KHUA 1WSJA 4RW8A 2KW4A 3QESA 2ETJA 4DS4A 5KGWA 1WN7A 3BDPA 1ASUA 3M8SA 4CE9A 3PX6A 3ZT0A 3SPZA 3PX0A 2PYJA 3LALA 3LANA 1IG9A 1S9GA 3SPYA 4JRPA 4DTPA 3ISNC 4CJFA 4Z4IA 2G8IA 3SUNA 3F73A 3MEGA 2OPQA 1YTUA 2XHBA 5C24A 5CZ2A 3AVMA 1FK9A 3OYHA 4M3XA 5CZ1A 4DU4A 4E19A 4B9NA 1TAUA 1IKYA 4OVLA 5KRSA 3QERA 1ZYQA 2OZMA 3OS2A 4KHSA 3HP6A 1KRPA 2HHWA 2EX3A 4M3TA 4AHSA 2AJQA 3P5JA 1U48A 4CFAA 4Z4GA 1D9DA 4B9SA 4C8MA 4M45A 1CXUA 3K5OA 2P5GA 3MXIA 3G10A 2Y1JA 3VQEA 3T1AA 4KB1A 3V4IA 3BGRA 1JKHA 4N47A 4CHQA 4FZZA 3VQ7A 3TAMA 2X6SA 4HHTA 1RBUA 1RBSA 4F2SA 3QETA 4DSJA 1BQMA 3HVRA 4Z4FA 1BI4A 4IBNA 2EHGA 4E89A 2FBYA 3V9UA 3SUQA 4KHYA 3OYBA 2RKIA 3AVGA 2VG5A 5HRNA 1NK0A 2YHBA 3PO5A 1JLQA 1KTQA 3L8BA 3TARA 4M3YA 4Q0BA 3V9ZA 1IO2A 3QO9A 3NH1A 3OYCA 2HVHA 1HRHA 3TABA 1LV5A 2NUBA 4CEFA 4E7JA 4R5PA 4QOZB 1HYZA 1ASVA 4HUFA 1NJXA 1UA1A 2PZSA 4B9MA 3LPUA 2ZE2A 1NKCA 1I3AA 2HNZA 3AVCA 4DTMA 4CEZA 5CYQA 1XHZA 2IC3A 3ZSZA 1IH7A 4W5QA 1C1BA 4CERA 1JLAA 5SZTA 4FJ8A 4CEEA 1HPZA 5FROA 3DLBA 4KAZA 4DG1A 2QKKA 5T7BA 4AILC 3I0SA 2OPSA 3QIPA 2HHSA 3OJSA 4FK0A 2KZZA 4M3ZA 3ZSWA 2XY8A 3AO5A 1SKRA 5E41A 4DTNA 3AVBA 3OYAA 2A1SA 4KKOA 4BE2A 3CFPA 5SWMA 4CGFA 1WSGA 4E1NA 1WLJA 3NBPA 4KPYA 2D0CA 4FJGA 4FJJA 1VSMA 5KGXA 1BIZA 1LW0A 3V1OA 1HNVA 4Y1DA 2IS3A 1SL1A 1QS4A 4ELTA 4CJWA 1S5JA 3VA3A 3C94A 1NJYA 4OLBA 3DLRA 4QCLA 1VRTA 2DFFA 3TR8A 4E3SA 4DTRA 4GMJB 4F3TA 1C1CA 1O1WA 4KO0A 1NJZA 1QE1A 1NK9A 5C42A 1TL3A 3NH0A 3HSTB 3DYAA 4B08A 3ZSVA 4FJKA 2XRIA 2RN2A 4GVMA 4FJIA 1N5YA 4PUOA 1ZBHA 4L8RB 3HYFA 4RW7A 4C8KA 3OY9A 1EETA 1RILA 2RPIA 1FKOA 5CYMA 1QSSA 3AA3A 1DTQA 1JLBA 1HQUA 4LH5A 3LWMA 2G8HA 3QEWA 1T7PA 4FJLA 1HJRA 1C1AA 4E7IA 1BCMA 5I3UA 4CGJA 3K5LA 4CGIA 4PQUA 2BE2A 4CJEA 4CJSA 3L2RA 5J2QA 4RG8A 1L3VA 2PYLA 4HUEA 1UA0A 3HJFA 3G0ZA 3MEEA 4IFVA 4CFCA 1RTIA 1KFDA 3SQ4A 2ITGA 3KLEA 1A5XA 4DQRA 3AA2A 2O4IA 1GOCA 1HYVA 1JXBA 4IG0A 4FLWA 1TK0A 3NH2A 4KV8A 1WSHA 3MECA 4BDYA 4KREA 4OJRA 3MEDA 1IKXA 3L3UA 4KTQA 3AVHA 4CJKA 1U45A 3KK2A 3M8RA 4CCHA 4HCBA 1TL1A 3K59A 1UOCA 4M41A 1NKEA 1QHTA 1WSIA 4H4MA 2IDOA 4HVJA 4DQIA 4OPKA 4FLTA 2IOCA 3OS1A 4RW4A 4QAGA 4K8XA 1J5OA 3ZT1A 3U6FA 3TANA 3M8QA 3KTQA 1Z25A 4HCCA 1RT4A 5HROA 4M3UA 4KI4A 3H08A 4Z4HA 2ZQBA 1B92A 3KKSA 4NYFA 4BWJA 3SQ1A 4BDPA 1QSYA 1VSLA 1TKZA 5HRRA 5HBMA 3CG7A 4WE1A 3CM6A 1VRUA 1VSHA 4LSNA 4Z4CA 2OYQA 3MAQA 3ZT3A 4BWMA 3LAKA 4CF2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQOA 1YITN 3L4QA 3CCLN 1HLUA 1VQ8N 4KH6A 1XI1A 2HOEA 3WNEA 3C95A 4CZKA 3UKRB 1RT6A 3F9KA 4CK3A 3OYLA 3E9LA 4CZJA 4FPAA 3NAEA 1QVFM 3VQQA 4IKFA 2E2QA 3UKUA 1G15A 4CK1A 5HRPA 2HHVA 4IWVA 2FBVA 1XWLA 1ZBSA 4FLZA 3H3OB 1RCHA 2GWJA 4X66K 4DV7K 3TI0A 4YFUA 5IWAK 2D1KA 1WNSA 3T1YK 5DMRA 2Z1JA 4FJNA 2AP1A 4ELVA 2UYTA 2A41A 4MLHA 4C23A 3SCXA 1WSEA 2IAJA 3VTHA 3D2EB 3LZIA 1KLMA 4F4KA 1HMVA 3CQXA 4QS7A 1S72N 4KTZA 2YV0X 1NK5A 3HXMA 4DWIA 5I9EB 4KB0A 5EOYA 3G71N 3HPHA 4BACA 4ISFA 1QZ6A 3BUZB 3TTDA 3THYB 4KI6A 2QTDA 4KHQA 3V9XA 3NF7A 3ZETB 4E7LA 1KAZA 4AHVA 2VWJA 3AVKA 3QBXA 5AQGA 2HNYA 2OPPA 2VGNA 3ZSYA 2HMPA 1X9JA 3P83D 1W2BM 3I56N 3L2UA 4H5VA 2A40A 2Q97A 2VG7A 4JYAK 5C12A 4PA1A 2G8VA 4ILGB 5AQLA 1RT3A 2DFHA 1RBRA 4C8NA 4DTSA 1U4BA 4ICLA 4KFBA 1SAZA 1D4XA 1GLDG 2QA4N 1DLOA 2Q31A 3MXJA 4DV0K 4DKWA 1HX1A 2NRRA 1NKBA 3SUPA 1NOZA 1HYSA 1CLQA 2WONA 2V52B 2OZSA 5KQ8A 3V1RA 1LWFA 1YVUA 3NHGA 1NGEA 3TAPA 2HB5A 2X78A 2P51A 3F2KA 3HM9A 3THXA 3CJCA 3T3FA 4CJUA 1OH6A 5AQHA 1K8AO 3EEQA 1QHAA 4BRLA 5C25A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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