4YDUC

Crystal structure of e. coli ygjd-yeaz heterodimer in complex with adp
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 74
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC02
4BRMA 3CJCA 2UYTA 2Q1NA 3O6WA 3SK3A 3C7NA 5E84A 2IVOA 1K8KB 2ZGYA 4EFHA 2GTDA 5AQYA 1ATRA 2E2NA 4CBWA 4CI6A 3VEXA 5EVZA 1QQOA 4PKHA 4ISEA 1HJOA 1NGAA 2D4WA 3GDQA 3VEYA 4J8FA 3VERA 3WXLA 4KBOA 4A62A 4BQZA 4B9QA 3DJCA 4XH4A 1RGIA 4K25A 4BR0A 1G99A 3AAQA 3MN5A 3CJ1A 3BP8A 3QDKA 4PL7A 3OHRA 3CI5A 3ZEUA 3LM2A 3EKSA 4PKIA 5AZJB 2FLOA 4BRKA 4GNIA 4EIAA 3FZHA 4IJNA 3H6EA 3UE5A 2AP1A 1BA0A 4H0PA 5BRDA 2PBDA 2V7YA 2P9LB 3MK6A 3LDOA 1WUAA 3L0QA 2W41A 4FWSA 4BG8A 3DWLA 3MDQA 4H0VB 3D2EB 2P9KB 3ZETB 2QW9A 3UKUA 2D0PA 5BPLA 3FFKB 4FWPA 4BRLA 2J4RA 3LM9A 2QXLA 3UB5A 3R9PA 3GE1A 3IFRA 3QMLA 4A61A 4K43A 2E2OA 1MWKA 3HBTA 4FPAA 3MN9A 1TUUA 4FWRA 2A6AA 5AQWA 3WUHA 2IVNA 4CBXA 2BUPA 2VCPA 1NGDA 1DKGD 2Q97A 3BF3A 4FWMA 4BRIA 4BR5A 3HZ6A 2P9UB 1ATNA 4WYBA 5AFUA 3R6MA 4FOIA 1SQKA 4FWKA 4EAHD 5BPNA 3VEVA 3EL2A 4B1UB 1QQNA 2F9TA 3EO3A 3VESA 1HKGA 3WEEA 3D2FB 4BRAA 3DXMA 4WQ4C 3FGUA 4BROA 4BG9A 3AAPA 5KPTA 2CGJA 2YJEA 4BC3A 3U9DA 3U9ZA 3UKRA 5BN9A 5EX5A 1EQYA 3FZKA 3C0BA 3A0IX 4Z94A 3CJ9A 5F2RA 3O8MA 5AQKA 3H3NO 4CZGA 1TYQA 5AQRA 5EY4A 3GL1A 3MN7A 4H5WA 3ENOA 4CZMA 4DB3A 1KAZA 1GLDG 4JHDA 5FPNA 3TPQA 2CGLA 4PKGA 5AQJA 3H1QA 4H0YB 2P9IA 4I6MB 4K41A 4LC9B 4XH1A 1QZ6A 1NGGA 5TKYA 5F1XA 1S3XA 4B1ZA 5ELZA 3MCPA 1HUXA 3VEWA 3RSEA 1RDWX 3CIPA 3FE1A 5AZIA 4AM7A 4M7XA 2Q2RA 4XH5A 4PL8A 4M7YA 2D0OA 3SJHA 1HKBA 3VEZA 2FSNA 1GLFO 4BGAA 4ISGA 3WXJA 3VGMA 1NBWA 1XC3A 2A42A 2QWQA 1NWKA 3QFPA 2P9NB 3L4IA 2FSKA 3M3ZA 2HMPA 4BR4A 2YHYA 3CJ7A 3VF4A 1QZ5A 4RCHA 4K42A 1TYQB 2A40A 1X3MA 1NGJA 5AQMA 3HM8A 2I7NA 1CZAN 1GLEG 1NMDA 1DEJA 3VENA 2F9WA 2PAVA 1Q18A 3A5NC 3JXUA 5ADXH 2E2QA 4H0OA 4RWTA 3EN9A 3S41A 4BR9A 5AR0A 2KHOA 1E4FT 3FZFA 1BOTO 3O1BA 4H0XB 2P9SA 1BDGA 3B8AX 3RSEB 2HOEA 5F0XA 1E4GT 2A41A 3ENHA 3FR0A 2CH5A 2ASMA 1U2VA 2WUSA 2V52B 3ULEA 4A2AA 3U4LA 3M1FA 4JD2B 1BO5O 5KQDA 5FPDA 5AQSA 1JCFA 2GWKA 2YHXA 4BREA 5BR9A 5B8HA 2HF4A 2D1KA 5AQOA 5I9EB 4YDUA 5AQHA 2ITMA 4B1VA 4XEIA 4DQ8A 3C7NB 3AARA 3O1WA 2VYPA 3KHYA 5AQVA 4NO7A 1ZC6A 3WQTA 4JNEA 3FZMA 1ZXOA 4C23A 4CZEA 3IDHA 4Y0WA 3WXKA 2P9PA 4CZFA 4BGBA 3VF2A 4B1YB 4IXCA 4HWIA 3BUZB 1KAXA 5CE3A 1JCGA 5JLHA 1RFQA 1QQMA 3VETA 4BRFA 4HTLA 2CH6A 3VGLA 4FL9A 3HI0A 5E26A 2QWMA 5AQLA 2YCHA 4IJAA 4BR2A 1NGHA 1TUYA 3QFUA 3H46O 3ZEUB 2W40A 5JLFA 4NB4A 3DXKA 2QWNA 2NRHA 1GLCG 3VEOA 3W0LA 1GLLO 3CQYA 3EZWA 5AQUA 3CQXA 1J6ZA 3QB0A 4H0TB 3LL3A 2AA4A 2QM1A 3UKUB 2E1YA 4H03B 4H5RA 5BPMA 4CZKA 5ADXA 1NGIA 4FO0A 2GELA 5LJVA 3H45C 3SLCA 1OKJA 1GLAG 4BR7A 4FPBA 3IUCA 3I33A 3R8EA 3A5LC 3D7EO 3QICA 1T6CA 3CERA 2V51B 1ESVA 1LCUA 2A5XA 4EHUA 1YUWA 4B1WB 5JMVA 3LDNA 4FSVA 4B1XB 4BRGA 1K8KA 2E8AA 3L6QA 3WEEB 5AQTA 1U6ZA 4YDUC 3A8YA 1BG3A 3DXMB 4BRDA 3F9MA 1NGEA 4O5FA 4CD1A 4FWNA 3UKRB 5JICA 1MA9B 3DAWA 4IWVA 1HX1A 3A5OC 5AQIA 1IJJA 5KQ8A 1C0FA 1V4TA 3WQUA 1GLBG 4EHTA 4JAXA 3P4IA 1JCEA 3G25A 3I8BA 1P8ZA 1KAYA 1NGFA 5AQFA 1C0GA 4WQ5A 4MO5A 2E20A 3KVGA 5AZJA 3BEXA 3GOIA 2FXUA 4QS8A 3A5MC 1MDUB 4JHDB 1X3NA 2DPNA 2P9LA 4F9OA 4E1JA 3SMPA 2P9IB 1QHAA 3VPZA 4FOEA 3HTVA 2OANA 4FWOA 1NGBA 1BUPA 3D2EA 2P9KA 3ZETA 3IMXA 1XQSC 1BA1A 4WQ4A 1ZBSA 5AZIB 3ATVA 2VWBA 5KPRA 3MN6A 2GUPA 3M6GA 4M63C 3ZX3A 3VF6A 4BRCA 1HLUA 1T6DA 3QBWA 3ATUA 4CZLA 5BN8A 1XUPO 2Q36A 2H3GX 3KZBA 4H5VA 3J8AA 5LY3A 2P9UA 4AM6A 3WXIA 1WOQA 5BRFA 2A3ZA 1ATSA 3FLCO 1S22A 3D2FA 5LJWA 4MO4A 5AQXA 1Y64A 3HSCA 3BF1A 1GLJO 1HPMA 3JS6A 4BC4A 4BRQA 4BRHA 2ZGZA 2HF3A 5FPEA 1NLVA 2E2PA 4H5TA 4O8KA 4CD3A 3U8XA 3LDLA 3O08A 5AQZA 1H1VA 1SAZA 1T44A 2P9SB 4L3QA 4IZ9A 2YHWA 2IVPA 3GBTA 1R59O 5AQPA 2E1ZA 1D4XA 1U2VB 1IG8A 2QWLA 1LOTB 3LDPA 3ULEB 4WQ5C 4I6MA 2ZF5O 3W3DA 4BRPA 1YVNA 3FZLA 4IO8A 1NGCA 4QS7A 4BC2A 5AQGA 1BU6O 2CGKA 2IIRA 4MLEA 4BVPA 5BREA 4DCHA 1BWFO 2QWOA 3MMVA 2NZTA 3ZX2A 1Z05A 2QWRA 5FPMA 5EOYA 2Q0UA 4BQLA 1Z6RA 1HKCA 2FSJA 3EKUA 4BC5A 3CJAA 3VOVA 3O80A 3QBXA 2EWSA 2P9PB 4DHYA 2P9NA 1YAGA 4FWQA 4RTFD 4BRNA 2Q0RA 1KXPA 4CJ7A 5KPZA 4BVOA 2FF6A 3TU5A 3LDQA 3SMSA 3CJBA 5BRHA 2NLXA 4CZIA 3CETA 1SZ2A 2ASPA 3O4WA 2BTFA 3ZX0A 4CZHA 3DXKB 3AY9A 1NM1A 4ISFA 2E88A 2YJFA 5AQQA 4CBUA 4FWLA 4CZJA 2V7ZA 1DGKN 4JN4A 3VGKA 4GY2B 4A2BA 2FF3B 5EXWA 3O5BA 5AFUH 2ZWHA 3CHWA 4MLHA 4QS9A 5AQNA 3GG4A 2YI1A 1YXQA 4JD2A 1V4SA 3WT0A 2QWPA 1X9JA 3ID8A 1MWMA 2I7PA 2GEMA 3H3OB 2ASOA 2Q31A 4H5NA 2GWJA 3H1VX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QXFA 4DSLA 1NKCA 4BRMA 4X65K 5J2QA 2Q1NA 3I0RA 3C7NA 5E84A 4OKJA 3CMEN 2UXBK 1K8KB 2GTDA 1RCHA 5AQYA 4OLBA 2KZZA 3RMCA 4I9LA 3LALA 3Q7CA 3VEYA 4J8FA 4LFAK 4K0KK 4WE1A 3WXLA 3SUOA 4XH4A 1RGIA 4K25A 1G99A 1RBVA 3E9LA 3C6UA 1JXEA 3D6RA 2ITGA 2YX6A 2NNWA 4BE0A 2FLOA 4GNIA 1FK9A 4IJNA 4Y1DA 3H6EA 3UE5A 2AP1A 4NYFA 2F4VK 3MX5A 4FJ7A 3LDOA 2UUAK 1N32K 5E41A 1JLQA 3HL8A 3CFRA 3UKUA 2QI2A 2E6MA 4DR3K 3I0SA 1B9FA 5J2NA 2J4RA 4AHTA 3QESA 2HHVA 3UB5A 3VN5A 4MDAA 2XRIA 4KH4A 4DR2K 4K43A 2E2OA 1MWKA 3HBTA 4B3SK 3DLLL 2BUPA 1T7PA 1DKGD 2Q97A 3KLIA 5CZ2A 2DFHA 4FWMA 4BRIA 1VQ6N 1ATNA 3AVIA 4WYBA 5AFUA 1BL3A 3R6MA 4FOIA 1OH8A 1SQKA 4FWKA 5AJ3K 3EL2A 4H8KA 1WBBA 2F9TA 3NGZA 4R79A 4DTUA 4WQ4C 4FLTA 1RDAA 5KRSA 1QSSA 4JKEA 3L2RA 4CEOA 4C8LA 2UXDK 2EX3A 2P1JA 2WOMA 3C0BA 2B4JA 1L3SA 5GINA 4DU3A 4DTNA 1VQ5N 1Y97A 3O8MA 5AQKA 3AA2A 1DLOA 3I55N 5EY4A 1IG9A 4LD0A 3QEXA 3ENOA 1QHTA 3NBPA 4CJ4A 4NCBA 4DB3A 5FROA 4AHUA 1CZ9A 1WSHA 1XWLA 4DV1K 3OW2M 2XHBA 4EP4A 1Q86O 3EYZA 3AV9A 5AQJA 3J80O 4LC9B 4HVJA 1NGGA 5TKYA 4CGDA 4FJ8A 4FJNA 3VQ8A 1KTQA 1HUXA 1RDWX 3SUQA 2PYLA 4AM7A 3ZSVA 4Q0BA 3WNEA 3CCRN 4M7YA 3WXMB 4KO0A 3ITHA 1JL2A 3NDKA 4BGAA 2HBLA 4IOCL 1Q82O 1XC3A 3QFPA 5DM7L 3NF8A 2XY5A 2P5OA 5JVHL 1X9SA 1JLBA 3PLAA 3P31A 3KKRA 1NGJA 4JK8A 5AQMA 4QOZB 4B9NA 1CZAN 1NMDA 4IOXA 1X1PA 1DEJA 4Q5VA 3VENA 2F9WA 3A5NC 3PUFA 2PY5A 1S1UA 5FLXO 3S41A 4Z4GA 3U6FA 1BOTO 4YOVA 1E4GT 5C2DA 2A41A 1LV5A 3ENHA 4JK7A 4GMJB 4JD2B 4CJRA 3NVKA 3C95A 3VQAA 5BR9A 5B8HA 4CF0A 4IG3A 1OVQA 2ITMA 4N76A 4O0IA 4XEIA 3C7NB 3KHYA 5AQVA 4FM2A 3SCXA 4JNEA 3ZSQA 3QIPA 1L3VA 3MECA 3IDHA 3WXKA 3ISNC 4IXCA 2O8CA 1IKWA 1IV0A 3VETA 3K5OA 1SL2A 4HTLA 1CLQA 2QWMA 3DLKA 4IJAA 4FJJA 4KFBA 3P39A 1YHQN 3VQ6A 4B9LA 3HXMA 5H1SQ 2QWNA 2NRHA 3VEOA 3CC4N 3CM6A 4IO9L 1GLLO 3CQYA 3L4QA 3C6HA 4ILHA 3MWPA 1J6ZA 3QB0A 5HBMA 5C15A 4OPHA 4CGGA 2AA4A 3UKUB 4Z4IA 4H5RA 3KK2A 1Q8IA 3V9WA 4ZTFA 3R3LA 1NGIA 3MXJA 3H45C 3SLCA 4M3XA 3ZT3A 3IUCA 4AHRA 1GOCA 1L3UA 1B92A 1T6CA 3CERA 4CGIA 3MXIA 2RN2A 3E9PA 4B1WB 4BRGA 4DFKA 4PA1A 3L6QA 1U6ZA 4A5BA 3RR8A 3F9MA 3LANA 3WNHA 1KSPA 4M42A 1QVFM 1ZBUA 3DM2A 4CD1A 2OPPA 3A5OC 1U4BA 5KQ8A 1T3VA 3WQUA 1I39A 4CESA 1NK7A 1C0GA 4QS8A 3A5MC 4KRFA 2WBNA 1X3NA 1LW0A 4M3ZA 2HHQA 2HBMA 3CF5L 1BQMA 3VPZA 2JLEA 1S1TA 4E7IA 3ZETA 1NK5A 3C6TA 4AQYK 1XQSC 3VQ9A 3PIPL 4AHSA 4FJ9A 1RDBA 5JVGL 3ZX3A 3VF6A 1U48A 4BRCA 2BDPA 4JRPA 1HLUA 1T6DA 1RBTA 5BN8A 1VQ8N 3OYMA 3CYMA 2UXCK 1FKOA 2P9UA 4WFNL 2KQ2A 4LF9K 2VWJA 1WOQA 3DRPA 5BRFA 4FJKA 1NK4A 4GVMA 3FLCO 1S22A 3AGRA 3ZYYX 1VAZA 2QA4N 3BF1A 4N56A 4CFCA 1GLJO 4BRQA 5FPEA 2ZGZA 4FZZA 3V81A 1NMNA 4O8KA 4CD3A 5AQZA 4F4KA 3LP2A 4RW6A 1S9EA 3TTFA 3S3NA 3DLHA 4DFMA 1C1CA 1RT6A 1R59O 1VQLN 1D4XA 2NRRA 3NCIA 1LOTB 2KTQA 3HT3A 3VTIA 4I6MA 3W3DA 2RKIA 4FLVA 5SZTA 4ELUA 3NH1A 3THXA 4M45A 3LWMA 1FW6A 1TKXA 3AA4A 1BU6O 4MLEA 1BWFO 1EX4A 4JI4K 1RTHA 2NZTA 3V1QA 2DY4A 2HBKA 3ID6A 1Z6RA 3KLFA 2FSJA 3TABA 1W97L 3AA3A 5HP1A 3ASMA 2O8CB 2G8WA 2BANA 2F96A 4CGFA 5KPZA 1G15A 3TU5A 2FBYA 3LDQA 3CJBA 2ZE2A 3HK2A 2Z1IA 3RMAA 2O4IA 2VQEK 2ASPA 3LAKA 4NCGA 4KTWA 1E3MA 3HYFA 1NM1A 4ISFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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