4YDUC

Crystal structure of e. coli ygjd-yeaz heterodimer in complex with adp
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 74
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC02
1RDWX 2HF3A 3VF2A 3ZX0A 3D2EA 4H0XB 1K8KA 4BQLA 3B8AX 5LJVA 3FZLA 4XEIA 4BRIA 3LDNA 1NGJA 3O1WA 1MDUB 4CD1A 3O6WA 1MA9B 2GELA 5AQUA 3ZX3A 4EHTA 3BF3A 3LDQA 4FWNA 3VOVA 2ZF5O 1GLAG 3G25A 2VWBA 3BP8A 1NGCA 3VGMA 4B9QA 4WQ4C 4BR4A 3O4WA 4O8KA 4BR0A 3M3ZA 5LJWA 2ZWHA 4BRGA 4AM6A 3EL2A 3ZX2A 4ISEA 1CZAN 4FL9A 3EKSA 2A42A 1NGEA 1JCFA 4JD2B 3CQYA 3KZBA 2IVNA 5EX5A 1J6ZA 4FOIA 5CE3A 4YDUC 1X9JA 2P9NA 2P9KA 5TKYA 1XC3A 1XUPO 2P9NB 1S3XA 3A5NC 4NO7A 1NMDA 3QB0A 1YXQA 2P9PA 4PKGA 3UKUB 2YHWA 1LCUA 4FWPA 3AAQA 4JNEA 2A6AA 3U8XA 2FF6A 5BR9A 2D0PA 4BGBA 2CGLA 5AQVA 4K43A 3GBTA 1OKJA 2Q36A 4BC2A 4K42A 2Q31A 5JLFA 1NBWA 3DXKA 3HBTA 3AARA 4RWTA 4C23A 1V4TA 5AQSA 3WEEA 3WXLA 4K41A 2ASPA 2D0OA 2FXUA 3MN9A 3VEWA 3VENA 3WXJA 2ITMA 4QS9A 3R9PA 1TUUA 4KBOA 3D2FA 2IIRA 3ZEUA 3VERA 1WUAA 2J4RA 2P9SA 1DKGD 3L0QA 4BQZA 3TU5A 1K8KB 5AQNA 2E2OA 3FZKA 3L6QA 1ESVA 4L3QA 4FWLA 1BUPA 1HKGA 4H03B 5F0XA 4BREA 5B8HA 4PL7A 1BOTO 3FFKB 2QWLA 3CJAA 3HM8A 4IJNA 3VESA 2QWRA 4XH4A 3QICA 4EAHD 3ULEA 5AQTA 1ZC6A 3TPQA 3C0BA 2QWNA 3IMXA 2GWJA 4K25A 4WQ4A 3JXUA 3P4IA 3H6EA 4I6MB 3WUHA 1KXPA 3HZ6A 2P9KB 1GLCG 1SZ2A 4IZ9A 4F9OA 1R59O 4CZLA 1BWFO 3R6MA 2Q0RA 3C7NB 3LDOA 3OHRA 2E2NA 4DHYA 1T6DA 3LL3A 4FWMA 4BC3A 3VPZA 4IO8A 5ADXA 2E8AA 4PL8A 3A5OC 2A5XA 4H0VB 3BUZB 1ZBSA 3GE1A 4CZMA 5FPNA 3BEXA 4B1VA 3VF4A 3RSEB 4BRPA 1BO5O 2GTDA 2W40A 2Q1NA 2FLOA 4JHDB 4H5RA 2ASMA 2CGJA 2YI1A 2P9LA 3MMVA 5AQXA 4JHDA 3H45C 3A5LC 3DXMA 4BR7A 1Z6RA 1GLBG 2D4WA 4HWIA 1GLEG 2KHOA 3ID8A 3EO3A 1SAZA 5KPTA 5KQ8A 1T6CA 3FLCO 2NLXA 4FPBA 2D1KA 2QWMA 3UKRA 2QWQA 1YAGA 1ATRA 4B1WB 5AQOA 3M6GA 2P9SB 1HLUA 4FWOA 4WQ5A 5AZIB 4BG9A 1ZXOA 1EQYA 2HOEA 1HJOA 4CZIA 2V7YA 1XQSC 1BA1A 2P9IA 3BF1A 5AQQA 3CQXA 5ADXH 3O08A 5BREA 1G99A 4QS7A 1NGHA 5JMVA 1Y64A 4CBXA 2ASOA 3HI0A 3KVGA 1ATSA 2P9UB 2CH6A 3A5MC 4BRNA 1H1VA 4H0OA 4MO4A 1TUYA 2P9UA 2NZTA 3QMLA 5AQZA 4RCHA 1QQOA 2A40A 3WXKA 2AA4A 3GG4A 3R8EA 2E2PA 3U9ZA 5BRDA 3O1BA 1LOTB 3QDKA 1MWKA 5BPMA 5AQGA 4BRLA 4CI6A 2GUPA 3ENOA 4JD2A 3DJCA 3MDQA 3FZMA 4NB4A 4BRCA 2F9TA 1X3MA 2PAVA 1U2VA 3VEYA 4JAXA 4JN4A 4EIAA 3ATVA 3SLCA 4CBUA 5F2RA 3O8MA 1ATNA 3EN9A 1P8ZA 3J8AA 1YUWA 3O5BA 5KPRA 2FSNA 4BRQA 5AFUH 3CJCA 4BRMA 4M7XA 3LDLA 3VF6A 3VGLA 3KHYA 4H0PA 4H5TA 4PKHA 3LM2A 5AQMA 2EWSA 3U9DA 4BRHA 4FWQA 3QBXA 1IJJA 1E4GT 5BRHA 2ZGZA 3FR0A 4WYBA 5AQYA 2V51B 4CD3A 4FSVA 4H5WA 3UKUA 4BC4A 1HKCA 1BG3A 1E4FT 2W41A 2GEMA 2Q2RA 4FWSA 1C0GA 5AZJA 5BN8A 3IUCA 3ZETA 3AY9A 1TYQB 2V52B 2YHYA 4CZHA 4MLHA 3H1QA 5LY3A 1TYQA 3FE1A 5JLHA 4ISGA 1HPMA 3GL1A 2Q97A 3ATUA 1HKBA 3LDPA 4IXCA 4BVOA 3ULEB 2GWKA 3SMPA 4H0TB 1KAZA 1V4SA 4HTLA 4XH1A 3U4LA 4B1XB 4M7YA 3WT0A 4CZGA 4Y0WA 2FSJA 3A8YA 4M63C 4B1UB 2E1YA 1U2VB 1QQNA 4IJAA 5AQHA 4GNIA 2I7NA 2QM1A 1DGKN 2FSKA 3DAWA 5E84A 4BR2A 1NLVA 2E88A 4E1JA 5KQDA 3VEZA 3RSEA 4DQ8A 3MN7A 1QZ5A 5FPEA 2BTFA 4CZKA 4A61A 5FPMA 4FO0A 3D7EO 5ELZA 4A2BA 4BROA 4XH5A 2QWPA 1GLFO 5AQFA 1S22A 2NRHA 2VCPA 3I8BA 5BPLA 2YHXA 4EFHA 3S41A 3UB5A 3VETA 1QQMA 3VGKA 1KAYA 3C7NA 2QXLA 4DB3A 4B1ZA 4H0YB 3M1FA 1SQKA 1U6ZA 2IVOA 3UKRB 5AQIA 3WEEB 4A62A 3CJ1A 1RGIA 1NGDA 2H3GX 3F9MA 5KPZA 3CI5A 3EKUA 2YJFA 2E1ZA 3CJ9A 3I33A 4LC9B 5BN9A 1D4XA 3ZEUB 3GDQA 4RTFD 4BRAA 5EOYA 3ZETB 3VEOA 2A41A 4BGAA 4PKIA 1C0FA 5BRFA 4BG8A 2P9LB 2OANA 1HX1A 1BA0A 1WOQA 4EHUA 3WXIA 5JICA 1JCGA 1MWMA 3IDHA 4H5VA 3W0LA 3O80A 2BUPA 1NGIA 3CJ7A 1BU6O 2Q0UA 3CJBA 2DPNA 3L4IA 3FGUA 4CBWA 5BPNA 1GLLO 4BC5A 1X3NA 2CH5A 3D2FB 5AZIA 5F1XA 3A0IX 4Z94A 2IVPA 2E2QA 3VEVA 2I7PA 4I6MA 1NGGA 4ISFA 1DEJA 3QFPA 1BDGA 3FZHA 4J8FA 5EVZA 3MN6A 5AQPA 2F9WA 2YJEA 3H3OB 3H1VX 2E20A 3ENHA 2WUSA 4FOEA 1NM1A 3CHWA 2ZGYA 3EZWA 4BR9A 4BRKA 1NGAA 3HTVA 4H5NA 5AQKA 4BRFA 3IFRA 3LM9A 5AQWA 2YCHA 4DCHA 4CZFA 5E26A 3AAPA 3FZFA 1GLJO 4FWRA 5AQRA 4AM7A 3SMSA 2VYPA 1QHAA 4BVPA 5AFUA 1Q18A 4CZJA 5EXWA 4CJ7A 2A3ZA 3WQTA 4FPAA 4WQ5C 3QFUA 4YDUA 4MO5A 1YVNA 2CGKA 2HMPA 3MCPA 4QS8A 3GOIA 3JS6A 5FPDA 1RFQA 1NGFA 3DWLA 5AR0A 3UE5A 3MK6A 4A2AA 2V7ZA 2P9PB 4FWKA 5AQJA 1NGBA 4BR5A 3WQUA 5AZJB 4CZEA 3W3DA 2QWOA 1T44A 3DXMB 1QZ6A 4B1YB 1NWKA 4GY2B 2UYTA 3HSCA 5EY4A 1Z05A 4MLEA 5AQLA 2AP1A 3SJHA 2QW9A 1GLDG 3VEXA 2PBDA 3CERA 3MN5A 3DXKB 4IWVA 3CETA 3CIPA 2HF4A 3SK3A 1IG8A 4BRDA 3H3NO 1JCEA 3QBWA 1HUXA 3H46O 4O5FA 5I9EB 3D2EB 1KAXA 2FF3B 2P9IB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HF3A 2KTQA 3VQBA 3D2EA 4LY7A 4CJWA 4FJMA 1K8KA 4BQLA 1U45A 1W2BM 4FJLA 3ENBA 3LP0A 4N56A 4CK1A 3O3FA 4AHTA 3ZX3A 1S5JA 2DFEA 4KHWA 1TVRA 4FWNA 1C1CA 1GLAG 3BP8A 4U7BA 3K59A 1SKSA 4B9QA 4K8ZA 3O4WA 3PV8A 3PSFA 3EL2A 3ZX2A 5HL7L 1ASVA 3EKSA 4LSLA 3KZBA 1NK5A 1NKBA 4CJ5A 1SKWA 1QE1A 1VSEA 1DTQA 1XUPO 4BDZA 4B3TK 4F3OA 1WSHA 2P9PA 4PKGA 5FRNA 1TGOA 3UKUB 2YHWA 1TK0A 2YX6A 4OPKA 4B9VA 3C6TA 4FJ8A 5KGXA 1S1XA 3QO9A 4YOUA 1WBDA 2HHSA 4BC2A 1OH6A 2Q31A 4CFBA 1NBWA 3DXKA 3HBTA 3SCXA 4GKJK 3AARA 4DU1A 4FM0A 3DLBA 2ASPA 3WXJA 3VEWA 3MXJA 1RBTA 3MXIA 2ITMA 3R9PA 2Y1JA 1ZBIA 1TUUA 4KBOA 3D2FA 2IIRA 3P39A 3SV3A 4G9ZA 1LV5A 3CMEN 2J4RA 4ZTFA 4Z4IA 1J54A 5KI6A 1HMVA 4LSNA 4BQZA 4RW6A 3M8SA 5M1KA 4OGEA 4PUOA 1N33K 3OYJA 4ILGB 3T3FA 1M90O 1BUPA 1JLEA 3K57A 2W42A 4BREA 3SNNA 3FFKB 5GAEP 4DQQA 3VQ4A 4IJNA 2QWRA 3VTIA 5C25A 4EAHD 3ULEA 5AQTA 4IOXA 1LW0A 1ZC6A 3IMXA 4K25A 1L3UA 1TL1A 3H6EA 4I6MB 1RT1A 3WUHA 3SQ1A 3CC4N 4IZ9A 1QVGM 2IS3A 4CZLA 4L8RB 2ZJQL 4CFDA 3C7NB 3LDOA 2E2NA 4FWMA 4FCYA 3VPZA 3OA9A 4IO8A 4F4KA 2E8AA 1WSGA 4H0VB 4WFAL 3DOKA 1ZBSA 4GV6A 3GE1A 4CZMA 5FPNA 5KRSA 3BEXA 3LALA 2F8SA 3RSEB 1YJ9N 1VSMA 2GTDA 3SUQA 2Q1NA 2FLOA 3S3MA 3N4QA 2OZMA 3J7ZO 2ASMA 2UUAK 2YI1A 3CPWM 5AQXA 3H45C 1G15A 4CEQA 2FBYA 4AHCA 4WFNL 3EO3A 2XO7A 4OJRA 4FPBA 3HT3A 2QWMA 2PY5A 3M6GA 1B9DA 2P9SB 3KK3A 3RR7A 5AZIB 4BG9A 1ZXOA 2HOEA 4J2EA 1C0TA 4LF7K 1LW2A 1S6PA 4EP5A 1XQSC 1BA1A 4F3TA 3K5NA 3WNGA 2PYLA 4EP4A 5ADXH 3NBPA 4QS7A 4JV5K 4E1NA 2QEXN 3FFIA 3BGRA 4KHSA 5M1FA 3KVGA 4YOVA 3KK1A 2CH6A 2O4IA 4C8MA 5HRSA 4FZXC 4JS4A 1H1VA 4I9LA 1KSPA 1NK6A 2NZTA 3QMLA 3LP2A 2Z1JA 4RCHA 1WN7A 4CHNA 2XHBA 2QI2A 3L8BA 2WOMA 5GIPA 3VQ5A 1DTTA 2Z1IA 1RBRA 4CI6A 4JD2A 3HPOA 3FZMA 2HBLA 3HO1A 1U2VA 4QAGA 2R7YA 3QIOA 1IO2A 5J1EA 4EIAA 3QERA 1J5OA 1W97L 5C24A 1LWCA 5KPRA 5HOOA 3U3GA 3F5TA 1I94K 3LDLA 3CCLN 3OS0A 1RNHA 1FKPA 4BRHA 4FWQA 1IJJA 2GBZA 4CD3A 3THYB 1YTAA 3TTCA 1HKCA 5LMNK 1CXUA 1HPZA 1BG3A 3THYA 2GEMA 4FWSA 3P5JA 3QESA 4DSIA 5AZJA 3IUCA 3AY9A 3SPZA 1YJWN 4FXDA 4DTMA 1L3SA 4MLHA 5LY3A 1HNVA 4KHUA 3V9ZA 2X6SA 4BVOA 3CCMN 3V6DA 2GWKA 1BQMA 4H0TB 4CJRA 2YNIA 4A59A 3PIOL 2OPSA 5SZTA 4FM2A 4Y0WA 4KTQA 2FSJA 4MDBA 3AA5X 5GAGP 4O55A 4DTXA 4C8OA 5AQHA 3VQCA 4DR1K 1NOZA 2I7NA 3E9OA 4CGJA 1WSJA 4YOTA 4O0IA 2YNFA 3OYAA 2FSKA 3DAWA 3AA4A 4BR2A 1NLVA 3KWGA 3SBGA 2AJQA 3DRSA 1Z26A 4DQ8A 1JXEA 1QZ5A 2HHHK 3K9KA 4AH9A 3O9QA 3LP1A 2RE2A 2RF2A 2X74A 1GLFO 2FBVA 4XH5A 3KD5E 4CGFA 4OGCA 1U49A 4KB1A 3S41A 2Y1IA 3QNNA 1KAYA 2QXLA 4DB3A 4JKGA 1SQKA 2F96A 2IVOA 3UKRB 3OYBA 4DQRA 2G8WA 3CCEN 4UY8O 1EX4A 4FJGA 1W0HA 3EKUA 4JKGB 2DFHA 4FW2A 1C0MA 3EEQA 5EOYA 4W5OA 1KQSM 3AVMA 4B8AB 1QVFM 5HRRA 1HNIA 4J2AA 4B9SA 2ZE2A 4W5QA 1MWMA 3W0LA 2JGUA 1BU6O 1YI2N 4ELUA 4OKKA 2Q0UA 2QTDA 3HL8A 3LAMA 1SV5A 3UIQA 3NH2A 2HHVA 3KLFA 4JKDA 1GLLO 4BC5A 1EKEA 3Q7CA 3D2FB 4JI1K 4Z94A 2IVPA 2YKNA 3VEVA 2HHTA 2Z1GA 3VQAA 3SAFA 2I7PA 4YY3K 1JL1A 1BQNA 1NGGA 4ZTJA 3DRRA 1BDGA 2IGIA 3MX2A 4KI6A 2KQ2A 4KPYA 3I56N 4NXMK 3L2WA 2ZGYA 3EZWA 4RW7A 2VG7A 4JRPA 1S72N 2VGMA 4BRFA 3I8DA 1EO1A 4Z4GA 1QSLA 3MAQA 3AAPA 4FWRA 3RTVA 3ZSVA 2G8FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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