4YDUC

Crystal structure of e. coli ygjd-yeaz heterodimer in complex with adp
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 74
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC02
3VGMA 4BRAA 1NGEA 1EQYA 5AQXA 3EKSA 4H5TA 5AQTA 2CGKA 3A5NC 4CZFA 5JICA 4FWNA 3CJAA 4CZJA 3M3ZA 1HKGA 4IWVA 1P8ZA 4YDUA 4PKGA 3LDPA 4CJ7A 1HKBA 1MDUB 2ZF5O 3CJ7A 3WQTA 3DXMB 3B8AX 3MK6A 3O1WA 4DCHA 1GLBG 3ATVA 1CZAN 2P9LB 2E20A 1KAYA 5E84A 4H0TB 5AQYA 4GY2B 3FR0A 5AQUA 3CI5A 1C0GA 2P9SB 5AQGA 4EIAA 2GTDA 3UE5A 1QZ6A 2CGLA 4B1YB 4K43A 2YCHA 3SMPA 1BA0A 2KHOA 3LDNA 3MN5A 3D7EO 5ADXA 1Z6RA 3IMXA 2P9UA 2D4WA 5AQIA 5F0XA 1NGJA 4QS9A 3A5LC 3SK3A 1G99A 2GELA 4FPBA 3C7NA 3QMLA 4M7YA 3LDOA 3O80A 2VWBA 3VENA 4A2AA 4BRIA 5FPDA 2QM1A 4NB4A 3WXIA 3H3NO 4XH4A 3VEOA 1T44A 2P9NA 1NGGA 3VGKA 4A62A 4ISEA 2Q2RA 4BRNA 3VF6A 3VEYA 3SLCA 1HJOA 1J6ZA 3O6WA 3KHYA 3CJ9A 2Q0RA 2A40A 4JHDA 1Y64A 5TKYA 1K8KA 4BRMA 3I33A 1ATSA 4BR2A 4XH5A 2P9UB 3W3DA 2YHWA 4BG9A 3D2FA 3ID8A 4MLEA 3AY9A 4IO8A 5AQNA 3C7NB 1T6CA 2E1ZA 3FE1A 4JN4A 1E4FT 3SJHA 3LDQA 3BUZB 5AZJA 3BEXA 3UKRA 2A3ZA 4B1XB 4WYBA 4DB3A 4BR5A 2W40A 5AQWA 1E4GT 5B8HA 2Q1NA 4BRFA 3CJ1A 5AQRA 3H1QA 4I6MA 4AM7A 1BOTO 2AP1A 3U9DA 1BU6O 3HZ6A 5FPMA 3WUHA 3MMVA 4JHDB 1K8KB 2QWPA 1S22A 4FWLA 1BDGA 1NWKA 3A5MC 4FWPA 2F9WA 4AM6A 4EAHD 5AFUA 3D2FB 4BRGA 3FZMA 3VERA 5BRFA 2FF3B 1KAXA 2E2NA 4IXCA 3VGLA 2FSNA 1NGAA 3EKUA 2NLXA 5AZJB 1X3MA 3P4IA 3C0BA 4BROA 3UKRB 2I7PA 3O8MA 3O4WA 4IZ9A 3JS6A 1X9JA 1NBWA 4I6MB 3TU5A 3WXLA 4B1ZA 2D0OA 3CQYA 1T6DA 2J4RA 3GDQA 3MN9A 4O8KA 3VETA 4PKHA 2DPNA 3DXKA 3U4LA 3S41A 1GLLO 4JNEA 3FZFA 4FOIA 2BTFA 3WEEA 2E8AA 3ZX0A 4FPAA 2E88A 1V4TA 5BRDA 3HI0A 3VEWA 4CBXA 3ENHA 1NLVA 2HOEA 4BRCA 4JD2A 3FZLA 5JMVA 2ITMA 1HLUA 3EL2A 3U9ZA 4BRQA 4FWQA 5KPZA 4B1VA 3AARA 4K41A 3DAWA 1BA1A 2YJFA 3FFKB 4PL8A 4QS8A 4KBOA 3FZKA 4BR9A 4CZMA 3AAPA 1IG8A 3G25A 4FSVA 2QWQA 1WUAA 3OHRA 3L6QA 3UB5A 4BGBA 3ZX2A 4JAXA 3DXKB 2FSJA 2ASOA 4BREA 5AQQA 2PAVA 3HBTA 5BR9A 5BPMA 3O08A 4BRLA 3J8AA 3WEEB 4CBWA 5F1XA 3VEXA 3FGUA 5KPRA 4JD2B 4F9OA 3EZWA 1V4SA 4H0XB 3BF1A 2A5XA 2ZGZA 5FPEA 1MWKA 4BC2A 1ZC6A 4CZLA 3HSCA 5AR0A 1GLEG 3R6MA 2VCPA 2UYTA 1LCUA 1SQKA 5AQFA 4BQZA 4HWIA 3ZETA 3TPQA 4FL9A 2QWRA 1S3XA 1JCGA 3LM2A 3A5OC 2OANA 4QS7A 2V7ZA 1RDWX 1XUPO 1BWFO 1QQMA 2P9PA 3UKUA 1NGCA 5BN8A 1JCFA 5LY3A 4O5FA 3LM9A 4BG8A 5F2RA 3LDLA 4BGAA 4BC5A 3VESA 4H0YB 2V7YA 3FZHA 3VOVA 2IVNA 3ZX3A 3CIPA 2GEMA 2P9NB 2CH5A 3ENOA 2Q0UA 3VEZA 3ZETB 1ATNA 1XC3A 4K25A 3AAQA 2CGJA 4FWRA 4Z94A 3IUCA 4CZKA 4IJAA 2GWJA 3UKUB 1NGFA 1YXQA 2P9PB 2D0PA 4EHTA 5EY4A 1OKJA 4B1WB 4CZIA 4FWMA 4LC9B 2FSKA 5ELZA 1RFQA 5AZIA 2E2OA 5AQHA 5BREA 5I9EB 4BC3A 2QWLA 3CJCA 4H5NA 1GLJO 5E26A 4M7XA 3O5BA 4XH1A 2FF6A 1TUYA 5AQLA 1Z05A 2QWNA 1NM1A 4RTFD 3WXKA 1GLDG 3QFPA 1QQOA 3MCPA 2EWSA 2NZTA 3JXUA 5AQSA 2H3GX 3H6EA 2D1KA 3QDKA 3O1BA 1D4XA 5AQVA 2A42A 1JCEA 4A2BA 3CHWA 1H1VA 4BC4A 1KXPA 1NGDA 2QWMA 3FLCO 4H0OA 5AQMA 1DGKN 3MN7A 5ADXH 4H5RA 3EN9A 4H5VA 5BPNA 1QHAA 5AZIB 3RSEA 1ESVA 1ZBSA 2W41A 2A6AA 3SMSA 1SAZA 4XEIA 4BRKA 4YDUC 2GUPA 3QBXA 2YI1A 5AQJA 1TYQA 2WUSA 2IVPA 2P9SA 2QW9A 3R8EA 3KVGA 1MA9B 3U8XA 2I7NA 2YHXA 4BRHA 4NO7A 4WQ5C 5AQOA 4HTLA 1BO5O 3R9PA 5AQKA 3CQXA 1X3NA 2V51B 1RGIA 3QICA 4MO5A 1ZXOA 4MLHA 3LL3A 2YJEA 5JLFA 4DHYA 3A0IX 3RSEB 2CH6A 2FXUA 2IVOA 2HF3A 4IJNA 3QFUA 4WQ5A 1DKGD 2PBDA 1HKCA 2Q31A 3GG4A 4PKIA 3H46O 5EX5A 1QQNA 3WXJA 4BR4A 3IFRA 5LJVA 3MN6A 3VEVA 4GNIA 1TYQB 5EOYA 1NGBA 1GLCG 4BVOA 3EO3A 3GE1A 4CI6A 1ATRA 1LOTB 3GBTA 1YUWA 1YVNA 2E2QA 4H03B 4A61A 2V52B 4FWOA 1HUXA 4Y0WA 3H3OB 2QWOA 4WQ4C 4B9QA 3BF3A 2GWKA 5AFUH 3I8BA 4MO4A 2ZWHA 2QXLA 5AQPA 4CZGA 4L3QA 4BRPA 4CZHA 3ZEUA 2VYPA 2E2PA 4M63C 3VF4A 3F9MA 4BR0A 4FWSA 3HTVA 2AA4A 4H0PA 3L0QA 4BR7A 4BVPA 4BRDA 1Q18A 4RCHA 3H45C 2NRHA 4CD1A 1C0FA 1XQSC 4WQ4A 5AQZA 3M6GA 2P9IA 4EFHA 2Q97A 2F9TA 4H0VB 2ZGYA 4FWKA 4CBUA 3VF2A 5LJWA 4RWTA 4ISFA 4DQ8A 1U6ZA 2E1YA 5KQDA 2P9KA 1TUUA 1QZ5A 1SZ2A 2HMPA 4BQLA 1KAZA 3CERA 3QBWA 4K42A 4E1JA 3ZEUB 4FOEA 3ULEA 3MDQA 3D2EA 1R59O 1U2VA 2YHYA 1GLFO 2A41A 3CJBA 1WOQA 3KZBA 2IIRA 5KPTA 1NGHA 1GLAG 3BP8A 2P9IB 5CE3A 4J8FA 5KQ8A 3HM8A 3M1FA 2FLOA 1YAGA 4C23A 2BUPA 5JLHA 3VPZA 3IDHA 2P9KB 5EXWA 1MWMA 5EVZA 1NMDA 4CZEA 1BG3A 3A8YA 3H1VX 4EHUA 3L4IA 3DXMA 1BUPA 1HX1A 3ULEB 2ASPA 3D2EB 3DWLA 1HPMA 3QB0A 5BPLA 4FO0A 1U2VB 3DJCA 2Q36A 4B1UB 5FPNA 3W0LA 4CD3A 2P9LA 3WT0A 2HF4A 5BN9A 1IJJA 5BRHA 1DEJA 3GL1A 4H5WA 4ISGA 1NGIA 4PL7A 3ATUA 3GOIA 3WQUA 3CETA 2ASMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IGIA 2X74A 3MCAB 1JLAA 4CFDA 4ELTA 5AQXA 3NVMA 4KI4A 3EZ5A 4FWNA 5HROA 4CZJA 3M3ZA 1P8ZA 4CJ7A 1M90O 4FJIA 4H4MA 3CQ8A 3DXMB 3KJVA 5HL7L 1WBDA 1GLBG 1CZAN 2P9LB 1NMNA 3KWIA 4H0TB 2GBZA 2P51A 4DF8A 1WLJA 4M3YA 5AQGA 1NJIO 3DOKA 4B1YB 4YY3K 4DFPA 3MN5A 4C1NK 4DTUA 1U45A 1Z6RA 3CFOA 3SAHA 5JS1A 2P9UA 3O3HA 3HT3A 4FM0A 4FJNA 5F0XA 4DTNA 1VQ5N 1L3UA 1E3MA 2YX6A 3SAFA 4QS9A 5KRTA 3A5LC 2QTDA 1G99A 3DRRA 3SJJA 3C7NA 2OCEA 4FJ9A 3HPOA 4B9SA 1N34K 4F2RA 1NGGA 3VGKA 4ISEA 4BRNA 1EETA 3VEYA 1WSGA 5J1EA 1RT4A 3O6WA 3CJ9A 1RTDA 1CLQA 3MXIA 2Q0RA 1Y64A 4CJWA 3I33A 2Z1HA 2QK9A 4E1MA 4CHOA 1OH6A 3D2FA 3OBYA 3LPTA 3VQ9A 1VQON 5T7BA 3PUFA 2Z1IA 5M1KA 1ASUA 5DMRA 3C65A 4BWMA 1D9FA 2W40A 4J2DA 1TAQA 4FW2A 3CM6A 5AQRA 3H1QA 2UUCK 4DQIA 1BU6O 3HZ6A 3MEGA 3SNNA 5EU7A 3S9HA 3HJFA 1K8KB 1W2BM 4FLZA 1VSFA 2QWPA 2ZM6K 1BDGA 4IKFA 2F9WA 4EAHD 4X64K 4CF8A 5BRFA 2FF3B 3H08A 2E2NA 1L3VA 4LF6K 5C2DA 3G4SN 1NK6A 4XIUA 5CY4A 3MEEA 4IZ9A 1U4BA 4Z4EA 3K0SA 4I9LA 4NYNA 4OPKA 1VSEA 4O8KA 4PKHA 3F73A 3CCJN 1YJNN 3KK7A 5GIPA 1GLLO 4CHNA 2NRWA 1Q81O 1XHXA 2BTFA 3CPEA 3WEEA 2JLEA 4MFBA 4UY8O 4FPAA 1V4TA 1VK0A 3VEWA 2HOEA 3P83D 2X6SA 3ZLJA 1HMVA 1TL1A 1ZBHA 3EL2A 1QQCA 2YKNA 1NOZA 3U9ZA 4BRQA 4DSJA 2O4GA 1IKYA 4NLBA 2HVHA 3PO4A 3G0ZA 4QS8A 1KQSM 3V9UA 3HVRA 3KLIA 4FVMA 3G25A 3NF6A 4DR3K 5KRSA 4FSVA 3THWB 3HL8A 3UB5A 4CVNE 1BGXT 4BREA 3K5LA 4O44A 3HOSA 5BR9A 4F3OA 2HHHK 5HOOA 1NK9A 3VEXA 1W9HA 2RF2A 1VSDA 1Y97A 4H0XB 3BF1A 1RNHA 2XY5A 3ZSXA 3CCUN 4KHWA 3V4IA 3WNEA 1TKZA 4CZLA 3HSCA 2HHQA 5AR0A 2DFHA 2VCPA 4KI6A 3CCQN 1RBVA 4FW1A 1K8AO 1BCMA 2HW3A 1T8EA 4GKJK 1D8YA 4CF1A 4YOUA 2OANA 4QS7A 3LZJA 4BDYA 2Y1IA 3D0PA 1XUPO 1BWFO 4N5SA 1RDAA 4E0DA 2VG7A 2O8FA 4B3OA 3VQCA 1LAWA 4FZXC 4YHHK 4H0YB 1S1UA 4CE9A 3LALA 1RTJA 4DV4K 2XHBA 3HYFA 2P9NB 2CH5A 2Q0UA 3I55N 3OS1A 2IOCA 1XC3A 4K25A 4OKEA 1YTUA 3AAQA 3WNGA 2HBKA 2CGJA 4FWRA 4YOTA 4IJAA 4AHUA 2P9PB 1QE1A 4EHTA 1HR0K 4IOXA 4FJ5A 1CZBA 3RR8A 3P31A 4JS5A 3TTDA 2YNIA 5ELZA 1GOAA 3NGYA 4CEZA 2B5JA 1LAVA 2FBYA 1REVA 4IDKA 5TKWA 3TAQA 1RT5A 4YOVA 4XH1A 3TTFA 3O4QA 3VMFB 2BH1A 3SZ2A 4FJKA 1WNSA 4AHTA 4FJMA 4QAGA 3QFPA 2VG5A 1QQOA 5C10A 3MCPA 4FLXA 3PX4A 5C12A 2NZTA 3JXUA 3N4QA 4A2BA 3PY8A 1F21A 3CHWA 2HVIA 4OPHA 4CJSA 4CEBA 3SYZA 2E6LA 3ZSOA 1NGDA 3M8RA 1DGKN 2HNYA 3KLGA 4H5RA 5BPNA 5AZIB 2HB5A 3T1YK 3NGZA 3P5JA 4ZHRA 4KRFA 4BRKA 2GUPA 4B3RK 1NKCA 2F8TA 2DY4A 2WUSA 2IVPA 5HRNA 2QW9A 4ID1A 1MA9B 2I7NA 3V9SA 2OPRA 4NO7A 3C6AA 4LH5A 1BO5O 4PWDA 3CQXA 1RGIA 5IT9O 5KI6A 4WFBL 3O3GA 4MO5A 1VQPN 5CZ1A 3A0IX 3RSEB 2OPQA 3P39A 2IVOA 2HF3A 3ULDA 3E9LA 3QFUA 2PBDA 2Q31A 3DLGA 3GG4A 3VQ8A 4PKIA 4BR4A 4CI6A 3VA3A 3C94A 1A5XA 1O1WA 2GX9A 1YVNA 3JAMO 5M1QA 1VHXA 1N6QA 4H03B 3K5MA 4DV6K 4GV6A 4GKKK 1HJRA 2DFEA 5AFUH 4CK3A 2QXLA 4CZHA 1VRTA 3I56N 3J80O 3ZEUA 4DLEA 1KVAA 3VF4A 1EX4A 3LZIA 2JWLA 4YNQA 3AA4A 4H0PA 2B6AA 3L0QA 2RN2A 5SWMA 3SQ1A 1Q18A 2KKZA 2NRHA 3R3LA 1A5WA 3EE9A 3MAQA 4H0VB 5CR4A 1N8RO 1VSKA 2ZGYA 4W5OA 1D5AA 5LJWA 3AVLA 4JKHA 2QKBA 1L3SA 2O4IA 3NBPA 5KQDA 1SZ2A 4BQLA 4DTRA 1NU0A 3PX0A 3NF8A 4E1JA 4FOEA 1IO2A 3MDQA 4DUZK 4WCEL 1R59O 4DSEA 1U2VA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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