4YDUC

Crystal structure of e. coli ygjd-yeaz heterodimer in complex with adp
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 74
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC02
3FE1A 4JD2A 3WXLA 4CZMA 1BOTO 4RTFD 3ULEB 2QWOA 5BR9A 3KZBA 2P9IB 4B1XB 2F9WA 2GELA 3D2EA 1V4TA 1X3NA 1TUUA 4BRIA 2PBDA 1NWKA 2GWJA 4QS8A 2Q0UA 1HJOA 1OKJA 3CHWA 3WQUA 4BG9A 3M3ZA 5EX5A 5AQKA 3WQTA 5AQJA 2QWLA 3R9PA 2E2OA 4BQZA 4DCHA 4IXCA 1ZC6A 4EIAA 2P9NB 5BPMA 2Q97A 5LY3A 4WQ5A 4K41A 1RDWX 5ELZA 1JCEA 2H3GX 3O6WA 3GDQA 5AQRA 2HOEA 4B1YB 4MO4A 3H45C 3H1QA 3A5NC 2ASOA 3GBTA 4BG8A 4MLEA 3HM8A 5AQYA 3WUHA 1XUPO 4K42A 4FWSA 3U4LA 3ZEUA 5BRFA 1J6ZA 4BGAA 1HKBA 3LL3A 3O4WA 3WXKA 3VENA 5B8HA 4Y0WA 5AQNA 5AFUA 5AZIB 4FWPA 1JCFA 5AR0A 2J4RA 4CBWA 3LM2A 4JN4A 2VCPA 2IVOA 1LOTB 2HF3A 3VOVA 4YDUC 5AFUH 3MMVA 3DXMA 2P9PA 3DWLA 4PKGA 1E4GT 1NGGA 4JHDB 1NBWA 5AQQA 4A2AA 3VERA 4CZKA 3FZMA 1YXQA 3D2EB 1BWFO 3LDLA 4XH4A 3ULEA 3IUCA 2GWKA 2V7ZA 3ZETA 1K8KB 2FXUA 1XQSC 1YAGA 3CI5A 4H5WA 3L4IA 2FLOA 3BF3A 4CZLA 4M7XA 3LDQA 3ENHA 4PKIA 2I7NA 3VPZA 3C7NB 3SK3A 4CZGA 3CERA 1QZ5A 5FPEA 4A62A 3AAQA 5EXWA 4F9OA 1DGKN 1NGDA 1R59O 2A6AA 3QMLA 4IJAA 4MO5A 4BC5A 5E26A 4B9QA 4IO8A 1BU6O 2P9LB 3AAPA 2QW9A 1BG3A 3VETA 1MDUB 2HMPA 3LDOA 5EY4A 3BP8A 4H0OA 5AQWA 4A61A 2BUPA 3HBTA 4FOEA 1QQMA 3CQXA 3FR0A 4Z94A 3GOIA 3UKUA 4IWVA 3GL1A 2FSJA 4DHYA 1GLEG 4BC4A 2WUSA 2IVPA 4L3QA 1T6DA 2E8AA 3QFPA 2Q31A 4QS7A 3IFRA 3GG4A 4XEIA 4YDUA 2CGJA 3RSEA 1KAZA 3FZLA 3DXKA 4BRHA 2Q36A 3A5OC 5BPLA 2NLXA 3SMSA 4BC3A 3VEVA 3O1WA 4BR2A 4CBXA 5AQPA 3VF6A 2D4WA 3MN6A 2NRHA 4RWTA 2Q1NA 2A5XA 1BO5O 5BREA 2QWPA 4I6MA 4CZFA 5FPDA 5AQHA 4BRKA 5JICA 2QWNA 2ZF5O 4E1JA 3ZX3A 2YI1A 3DXKB 1IG8A 1Y64A 4CBUA 2D1KA 3IDHA 3U9DA 5ADXA 5KQDA 3MN7A 5BN8A 4BGBA 4CD1A 3LDPA 4O5FA 4BRFA 1HUXA 3CJBA 1NGFA 1YVNA 3CJCA 3FZKA 3I33A 4FL9A 3MN9A 3IMXA 5AQOA 3ID8A 1NGBA 1X9JA 3EL2A 5TKYA 4K43A 4BRGA 2D0OA 2ASMA 3M6GA 4FWMA 4ISFA 2E20A 1NGAA 5KPTA 2IVNA 2FSKA 3UB5A 5F1XA 1HX1A 4BR0A 2QXLA 2W40A 2A42A 5AQFA 4B1ZA 5JMVA 1GLCG 1GLAG 4FOIA 3S41A 2FF6A 4C23A 5EVZA 3DJCA 4BRNA 2YCHA 2GEMA 3HTVA 3FZHA 3QBWA 4BRLA 4FWOA 4H5RA 3TPQA 3LM9A 3D7EO 1U2VB 4H5VA 5AQXA 1SQKA 4GNIA 4FPAA 3A8YA 3ZETB 3R8EA 2P9KB 4BRPA 3F9MA 4WQ4C 2YHYA 4H0TB 5KPZA 2E1ZA 2P9UB 3H3NO 1ZBSA 4EAHD 4H0VB 4M7YA 3MCPA 4JHDA 5AQIA 2ASPA 2P9PB 1T6CA 2VYPA 4JNEA 3EKSA 3SJHA 2D0PA 3H46O 1QHAA 4BRCA 1S3XA 1GLBG 1NLVA 1Z6RA 3MN5A 3VGLA 1GLJO 1TYQB 1HPMA 4NB4A 1D4XA 1NGJA 3I8BA 3BUZB 2ZGZA 5ADXH 2E1YA 4QS9A 3QB0A 4AM6A 3ATUA 3FLCO 5KPRA 5AQZA 1KAYA 3VGMA 1QQOA 1V4SA 5AQMA 3W3DA 5EOYA 4BR4A 4EFHA 3ZX0A 4FWLA 4HWIA 5AZIA 1BDGA 5F2RA 3CJ9A 3VEOA 1E4FT 3O80A 2V7YA 1Q18A 2HF4A 3ZEUB 4CD3A 4BRQA 1ATNA 4GY2B 4B1VA 3OHRA 2E2QA 3VEZA 3VEWA 3BEXA 2AP1A 4K25A 4ISGA 1HKGA 1ZXOA 5AQGA 4PKHA 2P9NA 4CZEA 5F0XA 3FFKB 4FWQA 4IZ9A 3VEXA 2P9IA 3SMPA 4CJ7A 3KVGA 2UYTA 1QQNA 4ISEA 2F9TA 4H0PA 1GLDG 4PL7A 3HSCA 4FWKA 3WT0A 4LC9B 2ITMA 2CGLA 4WQ5C 2V51B 1C0FA 5AQTA 3UE5A 3CIPA 2BTFA 3ZX2A 4BR7A 3VEYA 3LDNA 4A2BA 1DKGD 2NZTA 2E88A 1TYQA 3EO3A 3QICA 2QWRA 3FGUA 5E84A 1WOQA 1CZAN 1IJJA 4JD2B 2P9KA 2YJFA 3D2FB 1H1VA 5JLFA 2FSNA 3DAWA 4O8KA 4BREA 2QM1A 1XC3A 4XH5A 2PAVA 3WXIA 3H1VX 4FWNA 3WEEB 1NMDA 3TU5A 1G99A 3UKRB 4IJNA 1HKCA 3M1FA 2QWMA 4H03B 2P9UA 1WUAA 3L6QA 3O5BA 4BVPA 5FPNA 4PL8A 3ATVA 5BN9A 3WXJA 3A5LC 3KHYA 1MWKA 4KBOA 1U2VA 1GLFO 2E2NA 3VF4A 2I7PA 3MDQA 1NGCA 3H6EA 5AQSA 2P9SA 3JS6A 5LJWA 4B1UB 3B8AX 3P4IA 4RCHA 5KQ8A 1QZ6A 3GE1A 5BRHA 1YUWA 3VGKA 5AQUA 2A40A 4BR5A 3VF2A 5CE3A 5AZJA 3CQYA 3QDKA 4FO0A 1ATRA 3R6MA 3HI0A 4M63C 3CJAA 4WQ4A 1RGIA 4BRMA 2Q2RA 4DB3A 4BQLA 3U8XA 1KXPA 4B1WB 3VESA 3QBXA 1SZ2A 1X3MA 1ESVA 3O8MA 4HTLA 4I6MB 3U9ZA 4BR9A 4BRDA 1NGIA 5BPNA 1T44A 3MK6A 2CGKA 2V52B 2Q0RA 3AY9A 3H3OB 1TUYA 3CJ1A 3A5MC 2A3ZA 2FF3B 5AQLA 1LCUA 2YHWA 1NGEA 1KAXA 4BVOA 1JCGA 1S22A 1SAZA 2E2PA 3RSEB 5LJVA 1BUPA 4H5TA 2EWSA 2VWBA 2OANA 4CI6A 2YJEA 4J8FA 2A41A 3SLCA 5AZJB 3AARA 4DQ8A 4MLHA 1NM1A 3O1BA 2GTDA 1NGHA 4BRAA 3J8AA 1C0GA 2YHXA 4FWRA 5FPMA 2CH6A 4H0XB 2IIRA 1BA1A 3FZFA 3HZ6A 1HLUA 3C0BA 1GLLO 2ZWHA 2P9LA 4XH1A 3EZWA 1RFQA 5AQVA 3EN9A 5BRDA 5JLHA 4NO7A 4BROA 1MWMA 1EQYA 3C7NA 3UKUB 3WEEA 2P9SB 4H5NA 1BA0A 3O08A 2KHOA 4EHTA 4CZIA 2DPNA 1Z05A 1K8KA 1MA9B 2AA4A 4CZHA 1ATSA 3EKUA 3QFUA 3G25A 4FSVA 4JAXA 3JXUA 3A0IX 4WYBA 3BF1A 2W41A 2QWQA 3CJ7A 3W0LA 1DEJA 4EHUA 4CZJA 3UKRA 1U6ZA 4AM7A 5I9EB 3ENOA 4BC2A 2CH5A 1P8ZA 3DXMB 4H0YB 2ZGYA 4FPBA 3CETA 3L0QA 3D2FA 2GUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M8QA 5TKWA 3ULEB 4FK4A 2P9IB 3D2EA 1YI2N 4BRIA 3LALA 1NG9A 3N4PA 3TAQA 4E7HA 2GWJA 1HJOA 3CHWA 3WQUA 2OPQA 1SL2A 1FK9A 4JKCA 4CGGA 4KHPK 3NMUA 1OH5A 3DLEA 2XY8A 4DCHA 2YHBA 1B9FA 3DMJA 4IXCA 1ZC6A 4EIAA 2P9NB 4C8LA 2HBKA 1SUQA 2AJQA 1RDWX 2RPIA 3L3VA 2QKBA 3D0PA 3GDQA 4YHHK 5AQRA 3KK2A 2GBZA 4LD0A 4DR7K 1B92A 3M5RA 1WAFA 4F4KA 1OVQA 4FVMA 1SKWA 4IFEA 3VQ4A 4BGAA 5C42A 3LL3A 3O4WA 3OYIA 1VQ9N 4HVJA 5M1NA 3DI6A 1VQ6N 4DSEA 3LP1A 3CM5A 1KVBA 1EXQA 3PIPL 4AH9A 2IVOA 1LOTB 3MXJA 1ZBLA 1J53A 3MMVA 3SBTA 4JI2K 2P9PA 3DWLA 5AQQA 5JS2A 3VERA 1YXQA 2RHKA 2FBTA 3ULEA 1GOBA 1RDCA 3QEPA 3TSUA 4IFVA 4DSJA 4E7KA 1CXUA 4DQQA 3OW2M 3PO5A 4KPYA 2QTDA 4A59A 2HNYA 4DV7K 1L3SA 1ASWA 1BQNA 2I7NA 1VRTA 3VPZA 3SK3A 3LPTA 2FBVA 4FJLA 4A62A 3VQEA 5EXWA 2A6AA 4O5BA 5I3UA 3TI0A 1TK5A 1WSJA 2HMPA 1VQ8N 3BP8A 1QSYA 4NYFA 5AQWA 4A61A 5HL7L 3U6FA 3OYLA 3FR0A 3KLHA 4CIFA 3J81O 4DHYA 1TL3A 4BC4A 4BACA 4DV4K 3KLGA 2Q31A 2VWKA 1YIJN 4FYDA 1JL1A 4XEIA 4YDUA 3VA3A 2GUIA 3AGKA 4BRHA 4DSFA 2Q36A 1WB9A 1SKRA 3ITHA 2GV9A 2G8UA 3KK1A 4LF6K 5LMUK 3OYHA 1JXBA 3O9QA 3G0ZA 1UA0A 2QWNA 2ZF5O 1IKWA 4E1JA 3HPGA 5C12A 1D5AA 1CZBA 4CEAA 4CBUA 4R5PA 3TANA 4PY5A 3U9DA 1VQNN 3G6EN 1WSIA 3RMDA 1NJYA 4DF8A 3CJBA 4B9SA 4DSKA 1RT6A 2XY6A 3FZKA 2ZM6K 3IMXA 5AQOA 4KB1A 3ID8A 3CC4N 1NGBA 3E9LA 5JVGL 2O8DA 5TKYA 4DLGA 1T7PA 3M6GA 2KZMA 4CJVA 1NGAA 2YNHA 3UB5A 2FSKA 1FXXA 2QXLA 3AGRA 5AQFA 4CCHA 5JMVA 3CMEN 2FF6A 4C23A 5EVZA 3P39A 1I3AA 3FZHA 4J2BA 4BRLA 3TPQA 2O8EA 3D7EO 1VQ5N 3NCIA 4FLYA 3KD1E 1LW2A 2P9KB 4CF0A 2HHXA 3WNEA 4FM2A 1HQUA 3F9MA 4LF8K 2YHYA 3SQ2A 3QEVA 2E1ZA 4DTOA 1S9GA 3RRGA 4DTJA 3SUPA 3EE9A 4EAHD 4CIEA 4LFBK 2ASPA 2P9PB 1O1WA 2VYPA 3NGZA 4DR5K 1XC9A 1EETA 3EKSA 1KLNA 4LF4K 3NH1A 3SJHA 3H46O 4BRCA 4JV5K 1GLBG 5CYQA 3MN5A 4AHCA 1WSEA 3MX5A 3NVMA 5ADXH 2X74A 4PHTX 1VSJA 4QS9A 5LL6Z 4IKFA 5AQZA 2WONA 3VGMA 3RR8A 4IDHA 3DYAA 4DV3K 1LW0A 3ZCMA 1KD1O 3C6AA 4AF1A 4E19A 4FWLA 4HWIA 3JAMO 2OTLN 4R79A 2ZJPL 4BWJA 2YNGA 4DTXA 1Q18A 4CD3A 1HQEA 3TWHA 5J2QA 2G8HA 4GV9A 1YTUA 1DT9A 3R1XA 1U47A 2D0AA 3BEXA 3VEWA 4IBNA 2UUBK 1RT3A 1ZBUA 3K0SA 1HKGA 5AQGA 1IH7A 4Q5VA 3KWIA 2EX3A 4CZEA 4ILHA 3SMPA 1NOZA 3KVGA 4UQGA 4FJIA 3L2VA 1GLDG 4PL7A 3AV9A 1ZBFA 5HOOA 2OYQA 3HSCA 3OYJA 5C10A 3SV4A 1RTHA 4LC9B 4JKDA 4WQ5C 1TL1A 5AQTA 3AA4A 3O9SA 3CIPA 3UE5A 2BTFA 3ZX2A 3VEYA 4GMJB 2NZTA 2E88A 4FLTA 4DQRA 2QWRA 4OLBA 1G15A 5J2MA 1N5YA 4DKWA 1CZAN 1M90O 4TSXA 2YJFA 1H1VA 5JLFA 3C94A 1CZ9A 1T3VA 4BREA 2QM1A 1XC3A 1QSLA 1K6YA 3P38A 3QEIA 4KTQA 5HRRA 4KRFA 4CHYA 3L6QA 4OX9K 4DQIA 4B9VA 1IO2A 3T69A 3ATVA 5BN9A 3WXJA 1RNHA 1MWKA 1U2VA 1GLFO 3VF4A 3QEXA 2I7PA 2HHWA 1NGCA 1JJ2M 1BGXT 3P4IA 4RCHA 1YUWA 3NFAA 4OKJA 3OVNA 2B6AA 2A40A 3VF2A 4DV5K 3QDKA 1ATRA 3HI0A 4HUFA 4FJNA 4CJ4A 4WQ4A 3P5JA 1A5VA 4DB3A 4LSLA 3N4QA 1IBKK 4BQLA 4CEDA 1KXPA 1NJZA 2UXCK 1SZ2A 4HTLA 1ESVA 4L8RB 3ISNC 1NK8A 3CXCM 3MK6A 2CGKA 1HR0K 3AY9A 3OYGA 3NH2A 4PUOA 4KHWA 5FDLA 2A3ZA 2FF3B 5AQLA 1JLFA 4KFBA 4BVOA 3TAFA 2E2PA 4MFBA 5LJVA 5HBMA 2E6LA 4CGIA 4O8UA 1TAUA 2HHHK 2P1JA 1IG9A 2O4IA 1RDUA 5K14A 3CCUN 2X78A 3CPWM 2DFFA 4DQ8A 3R3LA 3LDSA 3J8AA 4FWRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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