4YDUC

Crystal structure of e. coli ygjd-yeaz heterodimer in complex with adp
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
b'MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPGK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 74
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC02
1TYQA 3VEXA 4FOEA 1NLVA 4EHTA 3I8BA 3VGKA 3DXKB 3RSEB 2QW9A 3O5BA 1TUYA 2QXLA 4XH1A 3HZ6A 2E2NA 1C0GA 3A5OC 4FWMA 3WXKA 4B1VA 4EFHA 2QWRA 2YHYA 3AY9A 2V7ZA 4EHUA 3VGLA 4BC5A 3VOVA 3H1VX 4IO8A 1JCGA 3WXLA 2CGJA 2E1ZA 2IVNA 4BG8A 4K42A 4XH4A 4H0VB 2E2PA 3U9DA 1HLUA 5KPRA 3D2EA 3VENA 4PKGA 5BRFA 4WQ5A 4BRAA 2W40A 5AQKA 4RWTA 3UKUA 2CGLA 3D7EO 4PKHA 2ZF5O 1JCFA 3GDQA 1BUPA 1DGKN 3SLCA 4BRLA 3MN5A 3QBXA 1U6ZA 1T44A 2Q0UA 1ESVA 1HKGA 2A6AA 2E2QA 4JNEA 3H6EA 3HSCA 5F0XA 4FO0A 2Q31A 3AARA 4Y0WA 2V7YA 2P9NB 5JLFA 3O1WA 4H03B 4J8FA 5AZJA 3GG4A 2WUSA 3LDPA 2PAVA 2YHWA 5CE3A 2FSKA 3VETA 4JN4A 2P9UA 3O08A 2GWKA 3LM9A 4JD2A 2CH5A 5KQ8A 4H0PA 2CGKA 2F9TA 3DXMA 4HWIA 3ZX0A 2H3GX 3CJBA 4FWKA 5AQZA 5FPNA 2VYPA 3WEEB 2P9PB 3VEWA 4CZLA 3IDHA 3R8EA 3B8AX 1GLCG 2UYTA 2A42A 3L4IA 4QS9A 2P9IB 1BWFO 4BRGA 1JCEA 2P9LB 4BC2A 2BTFA 1GLLO 3M3ZA 4K43A 4CZFA 1BU6O 2E8AA 2P9KA 1GLEG 1G99A 1H1VA 1HPMA 2GUPA 4FWPA 4EIAA 1MWKA 5F2RA 4QS7A 4CZJA 5AFUH 3WUHA 3C7NA 4ISFA 3QFUA 3JS6A 1T6DA 1XUPO 4B9QA 4DQ8A 2FSNA 5AQNA 3H46O 2P9SA 4BR5A 1ZBSA 3WT0A 3CJ9A 1K8KA 4BR4A 5LJVA 2D1KA 2AP1A 2GTDA 1U2VB 5AQHA 3UKRB 3JXUA 4M7XA 1EQYA 3MMVA 3KZBA 3FZHA 4CZMA 1GLDG 3H3OB 4M7YA 1Z05A 1V4SA 3LDNA 3IMXA 5EY4A 3SJHA 3ZETA 4DB3A 1BA0A 3CIPA 4FWRA 2DPNA 4H0YB 2QWMA 4B1UB 1E4FT 3FR0A 3IFRA 4WQ5C 1QQOA 4DHYA 2A41A 3VEOA 3O1BA 3DWLA 3MN6A 4AM7A 4BC3A 4M63C 3S41A 1ATSA 5ADXH 4CBXA 1QZ5A 4CI6A 3WQTA 2Q1NA 3EKUA 4BRFA 5BPMA 3CHWA 1NWKA 5AR0A 3VEYA 4YDUA 3ZX2A 2VWBA 1GLAG 2YHXA 4BREA 2QWPA 3D2EB 5JLHA 3VESA 4F9OA 4H5RA 1GLJO 3U8XA 3UKUB 2FF3B 3O8MA 5AQQA 4BR9A 1QZ6A 3FZMA 1DKGD 2IIRA 3ID8A 2A3ZA 5AQGA 3ZEUB 3LDOA 4NO7A 1KAYA 2GEMA 2QM1A 3D2FB 1QQMA 3W0LA 5EX5A 2HMPA 1ZC6A 5AQJA 1SQKA 2V52B 3P4IA 2V51B 1Z6RA 4MO4A 5E84A 4B1WB 3DXKA 4RCHA 1NGFA 1OKJA 3GBTA 1MA9B 5BR9A 3UE5A 2A40A 2KHOA 4JD2B 1KAXA 4GNIA 4H5TA 4XH5A 4BVPA 4DCHA 2ASOA 3DXMB 3FE1A 5BPLA 5AQRA 4FOIA 3WXIA 4PL8A 1NM1A 4BRKA 3FLCO 4K41A 4EAHD 4A62A 1HKCA 3MK6A 4H0OA 4RTFD 3CQXA 4FWSA 1J6ZA 3TU5A 3CETA 4AM6A 5EVZA 3QICA 1WOQA 4IJNA 2ZWHA 1BO5O 1HKBA 3SK3A 1LOTB 2QWLA 3QMLA 2P9KB 4O8KA 1GLFO 3SMSA 5EXWA 4FWQA 5BN9A 2ZGYA 2Q2RA 2QWNA 1RGIA 3EKSA 1RDWX 4PL7A 4FWOA 3C0BA 3VGMA 3DJCA 4CZEA 3HBTA 3A5MC 2E2OA 2P9SB 4IXCA 3FGUA 2P9NA 1NGAA 4L3QA 1XQSC 2VCPA 5JICA 3M6GA 2ITMA 1XC3A 3VPZA 4PKIA 4NB4A 4BR2A 2E88A 3FFKB 4H5NA 2Q97A 3ENOA 3ULEB 4BRPA 2Q36A 4CJ7A 1Q18A 3ATVA 5BN8A 3ZETB 3LM2A 3H3NO 1NGEA 4B1YB 2P9PA 3UB5A 3BF1A 1S3XA 3A5NC 2D0OA 4FL9A 5AQWA 5AQMA 3GOIA 3J8AA 4XEIA 3VF6A 1ATNA 5KPTA 1CZAN 3MDQA 2Q0RA 3O6WA 3CI5A 3A8YA 2FF6A 1TYQB 3QDKA 3W3DA 5AQOA 3MN7A 4B1XB 1SAZA 1C0FA 4WYBA 2F9WA 2I7PA 4CBUA 1BG3A 4ISEA 5ELZA 3VF2A 4BRCA 5BRHA 1BA1A 4BQZA 4JHDA 5AQXA 4ISGA 3U4LA 4H5VA 2FLOA 4BGAA 1TUUA 2NZTA 2W41A 4WQ4A 3ZX3A 4BR7A 4E1JA 1NGCA 3LL3A 1KAZA 4H5WA 3HI0A 1QQNA 4FPBA 4IZ9A 3VF4A 5AQSA 3CJ1A 2ASMA 5FPDA 4IWVA 5LY3A 3AAQA 3BF3A 1RFQA 2I7NA 3U9ZA 4QS8A 4BRMA 4I6MA 5AZIA 5AQFA 4CZHA 3ENHA 1NGIA 5KPZA 3LDQA 3QB0A 4BRIA 3HTVA 3SMPA 3IUCA 1S22A 5AZJB 4IJAA 1IG8A 4BRHA 5I9EB 4BVOA 3EN9A 4MLEA 4CZKA 2QWQA 3RSEA 4A2BA 2P9UB 4GY2B 2YJFA 2OANA 3EL2A 3M1FA 1DEJA 4FSVA 2GELA 3WXJA 4O5FA 5AQYA 4BRDA 4B1ZA 5AQUA 3BP8A 5B8HA 3F9MA 1NMDA 3CJ7A 2D4WA 2ASPA 3TPQA 4CBWA 1NGJA 4Z94A 2D0PA 5AQIA 2PBDA 3L6QA 3ZEUA 3R6MA 5AFUA 5FPMA 1R59O 1P8ZA 3A5LC 3D2FA 4BQLA 4HTLA 3KHYA 1X3MA 1WUAA 3FZLA 4CD3A 2A5XA 3ATUA 3GL1A 4BRQA 3WQUA 5BREA 3O80A 2NRHA 1BDGA 1T6CA 3L0QA 1SZ2A 3C7NB 4LC9B 1IJJA 2ZGZA 3R9PA 3LDLA 5AQVA 4CZGA 2GWJA 3H1QA 4BGBA 4C23A 4K25A 1KXPA 1HUXA 1MWMA 1K8KB 3HM8A 5AQPA 2YI1A 2FSJA 3CQYA 1GLBG 1MDUB 5BRDA 2E20A 3O4WA 2E1YA 2IVPA 2HF3A 3A0IX 4MLHA 1NGGA 3CJCA 1NGDA 3CERA 4JAXA 4BC4A 4YDUC 5EOYA 3MCPA 1E4GT 3OHRA 3WEEA 1HX1A 5BPNA 4WQ4C 5ADXA 1YUWA 5AQLA 3EZWA 5TKYA 2NLXA 1NGHA 2YCHA 1HJOA 2IVOA 2HOEA 2P9IA 1NGBA 3BUZB 3H45C 4CZIA 2P9LA 4CD1A 3KVGA 2QWOA 4H0TB 1LCUA 3VEZA 2FXUA 3VEVA 3FZKA 1D4XA 1QHAA 1X9JA 5KQDA 2HF4A 2BUPA 2CH6A 1YVNA 4BRNA 4JHDB 5E26A 4BG9A 5F1XA 1YAGA 3VERA 2YJEA 4KBOA 3EO3A 5JMVA 3CJAA 3GE1A 4FWNA 3DAWA 1BOTO 3ULEA 3G25A 3BEXA 4MO5A 3AAPA 1X3NA 3I33A 4FWLA 1U2VA 3MN9A 3UKRA 5AQTA 4A2AA 1ATRA 5LJWA 4BR0A 5FPEA 1V4TA 3QFPA 4BROA 1YXQA 2EWSA 4I6MB 5AZIB 4H0XB 3QBWA 2J4RA 1Y64A 4FPAA 1NBWA 4A61A 2AA4A 3FZFA 1ZXOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TYQA 2X74A 3BDPA 4EZ9A 1C1AA 3PSFA 1NLVA 2W6LA 1CZBA 1JLCA 4DTUA 2I5JA 1J53A 3HZ6A 2E2NA 4AH9A 1REVA 3KIOA 4AHSA 4EFHA 3AY9A 4JI0K 2V7ZA 1LWEA 3QIOA 4BC5A 4DV3K 3H1VX 4IO8A 3S3NA 5GAEP 1JCGA 2CGJA 3MX5A 3OYMA 5CR4A 4GKKK 3ENBA 2E1ZA 2IVNA 3DOLA 4CHPA 3D2EA 4JLHA 3O9QA 4H8KA 1YJ9N 1J54A 5AQKA 3MEDA 3LWMA 3SJJA 3EE8A 2HBKA 3TABA 2ZF5O 1JCFA 4JV5K 4FLVA 5C25A 1BUPA 1JLBA 3SLCA 3ISNC 3CF5L 2YNHA 2E2QA 3PIOL 4DSFA 4LF4K 4Y0WA 4WFBL 4KH6A 5AZJA 3E66A 3M8QA 3KJVA 4R79A 1VQ8N 2G8IA 3ZSWA 3O08A 1S1XA 4JD2A 1YIJN 2KQ2A 5KQ8A 1Q86O 2Z1IA 4H0PA 1TKTA 2CGKA 4HWIA 3J7AP 4CCHA 5AQZA 5FPNA 3CC7N 4GVMA 3VEWA 3IKMA 4CZLA 3R8EA 2UYTA 3B8AX 3TTCA 2HMIA 3L4IA 4B08A 1JCEA 3PLAA 1NOZA 3ZSXA 1RCHA 2D0BA 4KB0A 4H4OA 4K43A 1W0HA 4CZFA 4EIAA 4FWPA 1MWKA 2HBJA 2OTLN 4F4KA 3C7NA 3WNHA 4JKEA 4RW6A 5JVHL 4BR5A 1NK6A 4J2DA 3B6OA 3T1AA 4B9TA 3L2QA 5C12A 3VN5A 4M7XA 1EQYA 3MMVA 4DQSA 3FZHA 1TK0A 1GLDG 3H3OB 1Z05A 3O9TA 3V1RA 3IMXA 4CJPA 3SJHA 3T69A 3RTVA 1BA0A 4C8MA 4H0YB 5JVGL 1S72N 3QEVA 1U47A 1E4FT 3K58A 5GADP 3KD1E 1WAJA 4DV6K 3MXMA 4DHYA 4FJGA 2A41A 3O1BA 3EZ5A 3NF9A 3IRXA 5HBMA 3MAQA 4F3TA 3S41A 4CEFA 3J81O 4IDKA 2Q1NA 2XO7A 3KLIA 4B3TK 4Z4CA 4B3OA 3L2RA 3M8SA 1NWKA 3VEYA 4X65K 1JXBA 3ZX2A 1GLAG 5KI6A 3EYZA 2OZSA 1E3MA 4JKHA 4BREA 3D2EB 3VESA 4JI8K 4F9OA 5FROA 5KRSA 4OPHA 4H5RA 3TI0A 1NK8A 1GLJO 4E7LA 1RDDA 1HMVA 4IFEA 2FF3B 3O8MA 3VQ9A 1QZ6A 2IIRA 3AA5X 3MEEA 3QIPA 4IOCL 2GEMA 3CCJN 2YNGA 1U04A 3AVGA 2HMPA 2UUAK 3RMBA 2P5OA 4IOXA 1ASWA 1HYSA 4CESA 5E84A 1Z6RA 3OBWA 4LD0A 3R3LA 3DXKA 5HROA 1KCFA 2KHOA 4JD2B 3QERA 1ASUA 4XH5A 2YHAA 3FE1A 1CZ9A 3WXIA 1IV0A 4FM1A 1HYZA 4H0OA 4KB1A 1S9GA 2HBLA 3CQXA 3VQPA 3J80O 1NK0A 1X9WA 3QICA 4E7IA 1RT1A 2ZWHA 1BO5O 1SV5A 3HOTA 1BCMA 4U67L 3MWTA 2B6AA 4YOXA 2DFHA 3SMSA 3OYIA 5EXWA 4HUGA 1LWFA 2KZMA 3AGRA 2ZGYA 3EKSA 4PL7A 3SAGA 3C0BA 2BDPA 3DJCA 3TSPA 5HRNA 4E1MA 2E2OA 3ZCMA 1TAUA 3THVA 1XQSC 4M3UA 5JICA 3F2KA 1XC3A 3NBPA 4H5NA 3TSUA 4DFPA 2Q97A 1N5YA 4GW6A 3LM2A 4BWJA 4KHSA 4ELVA 2BE2A 3WNFA 3AVMA 2GX9A 1S3XA 3BF1A 1KQSM 3RRHA 4DFKA 3KK3A 3AGKA 2FBXA 3CM5A 5C2DA 1ATNA 4DS5A 3LZJA 1YJNN 3A8YA 3ZSVA 3QDKA 4TSXA 2JGUA 3AVHA 5CZ2A 3W3DA 3O3GA 2XY5A 1TL1A 3CCUN 4CF8A 4FJKA 3TAQA 3C6AA 3MXJA 4E3SA 4LH4A 3CG7A 4OLBA 1WBBA 1SAZA 2KFNA 4WYBA 3T19A 4WCEL 1N8RO 1X9MA 2UUBK 4OKEA 5ELZA 2JWLA 3OYHA 2FLOA 2PZSA 1GOCA 1N36K 3KTQA 3OYFA 2O8CA 1QQNA 4F8RA 4BE0A 2BANA 3LP0A 1TGOA 1XHXA 1CLQA 1DTTA 4FK0A 1WSIA 3AVBA 4CF1A 2ASMA 4IWVA 2A1SA 2I7NA 5DMRA 4QS8A 2NRVA 4BRMA 3KLGA 1HNZK 4I6MA 1NGIA 3AVKA 5T7BA 1QHTA 1ZBIA 4CJEA 3L3VA 1IKYA 5IWAK 4BVOA 2ITGA 4B9VA 4MLEA 2NRZA 2YJFA 4YOWA 1QTMA 1P90A 2X6SA 1JLAA 1MU2A 3KD5E 3E1YA 1DEJA 4V19S 1YVUA 4MFBA 5AQYA 3TAFA 4BRDA 2Z1JA 4B1ZA 1YTUA 1LW2A 4CJ4A 4E0DA 2ASPA 3TPQA 3QLHA 4CBWA 1VQMN 4Z94A 1KFSA 4DV7K 5HOOA 1N34K 2PBDA 4KREA 4C8NA 4DQPA 1NJIO 1R59O 1Z26A 3D2FA 4BQLA 4HTLA 2VG7A 2HBMA 3FZLA 2A5XA 4DG1A 1NK7A 3WQUA 1VSJA 3L2UA 3U6FA 3O80A 2D0AA 3ZSYA 3R9PA 1D5AA 3S3OA 3QEIA 2HW3A 2F96A 3LDLA 5AQVA 2GWJA 4HCCA 3PX6A 4C23A 1I3AA 4C1NI 4B9SA 1D8YA 1MWMA 4NYNA 2ATQA 4YHHK 4PHTX 4W5RA 1VAZA 3SQ4A 3CQYA 1GLBG 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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