4CEQA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceqA00
4LY7A 4M45A 3ZCMA 4BDYA 4KTWA 3OYIA 4Z4CA 4FLWA 3SZ2A 4E7HA 4DS5A 1KVCA 1IKYA 1WAJA 5JS2A 3HT3A 4DFKA 4CJQA 4CHNA 1JLGA 2Z1IA 5DK5A 4BWMA 4FZYA 2ITGA 2I5JA 1RDCA 3QESA 3KKRA 4RW6A 3A2FA 3ZT1A 4DU4A 2DTUA 1HYVA 1XWLA 4B9SA 3G10A 2Y1JA 3HPHA 3S3OA 1YTUA 1S6QA 3NHGA 3K5MA 2PZSA 4FJIA 4CIFA 2QK9A 4FJ5A 3LWLA 3K5LA 4FLZA 1QSLA 1D9DA 4CF2A 1CXQA 4DWIA 4LH4A 4JS5A 4FJNA 4B9UA 4N76A 4Z4HA 2DFEA 4FW1A 4B8CA 4E0DA 4Z4FA 3V9WA 2Y1IA 1R0AA 4PA1A 2KW4A 1EETA 5EU7A 3QLHA 3RWUA 3V9XA 4M42A 2HHWA 4FCYA 4KAZA 2KFNA 2KFZA 3OS2A 5HBMA 1SKRA 2EX3A 1TK5A 4DSKA 2YV0X 3AVMA 4TSXA 3KJVA 3NF9A 2F8SA 4W5NA 4E7LA 2PYJA 3VA3A 1D9FA 1NK4A 1B92A 1WAFA 3U3YA 3MXIA 2YKMA 1SKSA 4CEOA 3T3FA 2P5GA 3NDKA 4NCAA 4N41A 5T7BA 2YNFA 2G8KA 3V6DA 4DSLA 3IG1A 4CECA 4FW2A 4CF9A 4CEFA 2X6SA 4CJUA 4DMNA 4CEAA 4DU3A 3RMCA 1L5UA 2YNGA 1RTIA 2ZQBA 4FVMA 5SWMA 3ZSQA 3C95A 3CM5A 4BE2A 3QEPA 3S9HA 2YKNA 1JL1A 3DLHA 3ALYA 4CFCA 4KHNA 4J2BA 4KFBA 1J54A 3NH1A 4FLYA 1I3AA 2G8WA 4KHUA 1NKCA 1U4BA 1GOBA 4DTOA 1ZBFA 4H4MA 3VQEA 1N5YA 1HYSA 2HVHA 3O3HA 1B9FA 3LWMA 4FM1A 4LSLA 1TK0A 2BE2A 5FRNA 1VSMA 1SL2A 1S6PA 4W5TA 1WSIA 4AHUA 2ZE2A 4DS4A 3QETA 2IC3A 3B6OA 4FLVA 4DQPA 3T1AA 2XHBA 3HPGA 3DLKA 3KIOA 4DTXA 3KK3A 3ZSZA 3ZSYA 4CHOA 3V9UA 1BIUA 1L3TA 5KRSA 1XI1A 4I2QA 2FBYA 3AO1A 4C8MA 3K57A 4BE1A 4DTUA 3K5NA 5FDLA 4KHSA 2HHSA 3OS1A 3AVKA 2BDPA 1FKPA 1U49A 2ATQA 1WN7A 1C1BA 4KO0A 3L3VA 2LSNA 3HP6A 4LSNA 4B9VA 1LWFA 4FJGA 1I39A 4PQUA 1BQMA 4KB1A 3LALA 3NCIA 1HJRA 1UWBA 1L3VA 3M8SA 4R5PA 2X78A 5E41A 3V1QA 4DQSA 1RT2A 1W0HA 3D0PA 1RBUA 2OPRA 1RBVA 4AHVA 4F3TA 1C0TA 1FK9A 1T8EA 1SKWA 3SQ1A 4J2DA 1LV5A 4M3RA 4CGHA 1LAVA 1C0MA 4CGFA 4CGIA 3TAEA 2KZZA 4DSIA 4KB0A 3AO2A 3KD5E 1EP4A 1ZBUA 3VQ8A 3DLRA 1KTQA 4IFVA 1ITGA 3QIOA 3F73A 1HYZA 4CERA 2R7YA 4HCCA 4KHYA 4HUEA 2HHUA 4RW9A 1G15A 4CJVA 4CCHA 1U04A 1ASUA 3KK1A 3L2QA 4HHTA 4FJJA 1O1WA 1EX4A 3ASMA 2W42A 4DFJA 3M8PA 3P1GA 1NK6A 4OKJA 1ASWA 1RDDA 1WSEA 2YNIA 3RR8A 4FLUA 2D0BA 2D0CA 2NUBA 3TANA 2HMIA 1UA0A 2G8FA 4BDPA 1YT3A 3LP0A 4CESA 5J2NA 1S1UA 4C8OA 3AVBA 4B8AB 1HNIA 1VSKA 3F9KA 2G8UA 2HHQA 5K14A 3SI6A 3SUPA 3TI0A 1KVAA 1X9MA 4IDKA 3SQ0A 3RR7A 2KQ2A 4DF8A 2XRIA 4PWDA 4KHWA 4CJKA 3MEEA 1DTQA 1JLQA 2JGUA 3V1RA 1KFSA 1J9AA 1XC9A 1BHLA 3OJSA 4CHPA 1ZBLA 4FZZA 4OGEA 4OVLA 3K5OA 4CK1A 3V81A 1QSSA 1GOCA 4E1NA 4JS4A 3CFOA 3HPOA 5I42A 1JXBA 3LP2A 4B3OA 5CZ1A 1XHXA 3NGYA 1Q9YA 1VSFA 3HP9A 3HO1A 4CJPA 1S1WA 1A5XA 1BCMA 1KFDA 4IFYA 4I9LA 3OY9A 3JSMA 4HUFA 1J5OA 2QKKA 3AO4A 4OPJA 5HP1A 3AVAA 3CYMA 4ELUA 3SUQA 3EYZA 3PV8A 4B08A 3RMAA 4PY5A 1IH7A 4G1QA 3VQBA 5CYQA 3SQ2A 3PX4A 3RMDA 1RBTA 3LPTA 1S9GA 4AHCA 4E19A 5KTQA 3ZSRA 1NJYA 4CE9A 1LAWA 4EP4A 4CGGA 3HYFA 1EXQA 3PX0A 2DY4A 1RT6A 3OYBA 2VG6A 2OPPA 4CJRA 3JYTA 1RILA 1TV6A 3K58A 4CJLA 2D0AA 3MEGA 3WNHA 4CF0A 4CIGA 4CK3A 4PUOA 1J53A 3HVRA 1BISA 3THVA 1KVBA 4Z0UA 5HRNA 3KLIA 3HXMA 4N5SA 1NK5A 4FJLA 4C8NA 3CFPA 4Z4IA 1U48A 1HPZA 1T03A 1JLCA 1RTJA 1RCHA 4IG0A 3TAGA 1RTDA 1QHTA 4L8RB 3QEXA 3QEWA 4JRPA 2HHVA 1NJXA 1NJWA 2O4IA 1VSJA 2IDOA 3K59A 4DTSA 1LWCA 4RW8A 3HJFA 1UAXA 2B6AA 4CJWA 5FROA 1TKTA 3WNFA 1EKEA 4FK4A 4RW4A 1IKVA 4FZXC 2HW3A 1D5AA 3P83D 4W5OA 4DFPA 4DFMA 1BL3A 1QS4A 4E7JA 4KREA 3PY8A 1TKXA 2WONA 3TAFA 3ULDA 3AA5X 3HM9A 4CEZA 1BQNA 4FK2A 3OYMA 2HNYA 3VQ5A 3OYCA 4I9QA 1WSGA 4I7FA 4W5QA 3KKSA 2YHAA 1BI4B 3H08A 4CEBA 4GW6A 3T19A 2F8TA 1VSEA 3OJUA 1S9EA 1TAUA 4UQGA 1HQUA 1T7PA 4M3YA 5KGWA 4CJ5A 4DSFA 4GVMA 4ZTFA 3SPYA 4CFDA 2OA8A 3ZSOA 2PY5A 4RW7A 5SZTA 3QO9A 3IRXA 2QKBA 2RPIA 1RDAA 4DG1A 1RT7A 1VRTA 3VQ9A 4O5BA 3L2WA 3FFIA 3TR8A 4KTQA 2E4LA 3DOLA 5HRSA 3V9SA 4B9TA 3QINA 3DLEA 4CJSA 4CJ4A 1QQCA 4AH9A 3OYNA 2B4JA 4CGJA 3NAEA 2P51A 2O4GA 4CEEA 2XY6A 3LZIA 4NCGA 2A1RA 4M3XA 1TL1A 2HNDA 5J1EA 4YFUA 2EHGA 4KTZA 3P5JA 1JKHA 1HRHA 3C6UA 2OZSA 4Y1DA 2AJQA 1CLQA 3KTQA 1C0UA 2PYLA 4DTPA 5J2MA 4KHQA 3TAMA 1U45A 3QNNA 1NJZA 4FJKA 1RT1A 3AV9A 3OYFA 4B9NA 2FC0A 1RDBA 4BDZA 2XO7A 2HNZA 2IGIA 4DF4A 1U47A 1VSIA 1MU2A 3DLBA 1LWEA 1HNVA 2GBZA 4DQQA 3NFAA 3RMBA 1S1XA 4O0JA 1REVA 3O4QA 1JLBA 2HVIA 3CM6A 3VQDA 4FLXA 3SQ4A 1IO2A 3L8BA 4CK2A 4CHYA 1ASVA 4F3OA 4AHSA 4F2SA 3TABA 1WSJA 2KTQA 1TAQA 3NH0A 1KLNA 4EZ9A 1LW0A 3AVFA 3DYAA 3OYJA 2GV9A 2X6NA 3AVCA 1SUQA 1VK0A 2FBVA 5KI6A 4DLGA 4ZTJA 4EP5A 4NCBA 5FRMA 1ZBIA 3LANA 3AVHA 4DSJA 3C6TA 4QAGA 4E1MA 1HQEA 3UIQA 3VQPA 1K6YA 5C24A 3OYHA 3M8RA 1JLFA 4DQIA 1CZ9A 2VG5A 3OYGA 4M3WA 3SJJA 4FJ9A 4Y1CA 3L2VA 3TARA 4ID5A 4OJRA 4M3TA 3DMJA 4FYDA 3V9ZA 3AO3A 1LW2A 1XHZA 1TKDA 3K2PA 4HCBA 3IAYA 3V4IA 1Y97A 3HVTA 4M41A 4FJHA 3G0ZA 3SV3A 1X9WA 1ZYQA 4K8ZA 4GMJB 2OPSA 1KRPA 5CZ2A 3ZSXA 1KLMA 2DFFA 1NK7A 3KD1E 4E7IA 3SNNA 3D45A 3I0RA 4DTJA 1QE1A 5C42A 3L3UA 3HSTB 3S3NA 4HUGA 3NGZA 4CF1A 3SUOA 3AA2A 3CQ8A 2HHTA 3VA0A 1IKXA 4E89A 4AHRA 3ZT4A 3DRPA 4Z4EA 3TAPA 5I3UA 4CEDA 4NYFA 4FJMA 2YHBA 3NE6A 2HB5A 4DTMA 4EZ6A 4O4GA 2X74A 3DI6A 3ITHA 1VSLA 4CF8A 3VQQA 4HVJA 2VG7A 2OYQA 2BGGA 1RT3A 3OYKA 1Z25A 4LH5A 3NF8A 4N47A 2E6MA 2XY8A 4JLHA 2A1SA 5J2PA 3AVLA 4FJ8A 5D3GA 3ISNC 4OKKA 4CJEA 2B5JA 4CIEA 4CHQA 3OYLA 3QIPA 4N56A 1BCOA 3NBPA 2OPQA 3OYDA 4Q0BA 1RBRA 2Z1GA 3AVIA 1C1CA 3O3GA 3MAQA 5DMRA 3AVGA 4DLEA 3SCXA 3VQ4A 1DLOA 4CJ3A 1RTHA 3KLEA 1YTAA 1TVRA 1TGOA 1WSFA 3VQ7A 3ZT0A 1HMVA 1A5WA 4OGCA 3LP3A 2IOCA 4KKOA 4CFBA 3OYAA 2G8IA 4C8KA 3VQAA 4XIUA 2VWKA 1FXXA 3MEDA 1B9DA 3BGRA 4KV8A 2Z1HA 1T05A 3VN5A 3WNEA 3AVNA 4FLTA 1KSPA 4ELTA 4DQRA 2G8HA 3MXMA 3O4NA 2IS3A 3E01A 1JLAA 1QTMA 2ETJA 4CGDA 4ELVA 4CEQA 1TK8A 4RG8A 2QXFA 3U3GA 1RNHA 4AHTA 4CJFA 3DRRA 3KLFA 4IKFA 4Z4GA 4LD0A 3KLHA 3RRHA 4YNQA 1IKWA 2XY5A 1NKEA 2RF2A 3AO5A 4QOZB 3O3FA 3B6PA 3C94A 4IBNA 1D8YA 3AVJA 4K8XA 4O44A 3PO5A 3NF6A 3HK2A 1F21A 1WNSA 1DTTA 3EZ5A 4H4OA 4KRFA 4OKEA 1A5VA 1X1PA 1KCFA 2IAJA 4DU1A 4OLBA 3NH2A 3LZJA 3VQ6A 1JL2A 5C25A 4F4KA 4O55A 3OYEA 5HRPA 1WLJA 1TL3A 3MECA 2GUIA 3QNOA 1IG9A 4FJ7A 3LP1A 2RKIA 1CZBA 1Q8IA 3CFRA 3LPUA 4KPYA 3NGIA 3M8QA 1S1TA 1S5JA 3ZSVA 4ZHRA 2P5OA 4FXDA 5HROA 4BWJA 1NK0A 1VSDA 1L3SA 4C8LA 3IS9A 4I2PA 4M3UA 4CJTA 4B9LA 5HRRA 1VRUA 4WE1A 3RRGA 4KI4A 2KZMA 3WNGA 3AA4A 2E6LA 3DRSA 3DM2A 4FM2A 5JS1A 3I0SA 3LAMA 1L3UA 4FJXA 1VSHA 3ZSWA 3CG7A 3ZT3A 4NYNA 2ZD1A 1GOAA 3SYZA 4E3SA 1SV5A 4DTNA 2Z1JA 1C6VA 3OVNA 1FKOA 2Q3SA 1NOZA 1BGXT 3RTVA 3U6FA 2G8VA 1JLEA 1W9HA 3QEIA 1RBSA 1YVUA 2WOMA 4E7KA 4O0IA 3ZT2A 4H8KA 4QCLA 3L2UA 5J2QA 2F96A 1N6QA 3BDPA 4FM0A 3TAQA 3SPZA 1NKBA 4J2EA 4OLAA 2JLEA 1RT4A 1X9SA 1TKZA 4BACA 1SL0A 1WSHA 3QEVA 4B9MA 5KRTA 3SUNA 1JXEA 1BIZA 4MFBA 3VQCA 1ZBHA 4Q5VA 4MQ3A 1QSYA 2P1JA 3EY1A 3LDSA 4JRQA 4M3ZA 4OPKA 2D5RA 2FBTA 2XY7A 1UOCA 3DOKA 4AILC 3S3MA 3DLGA 2FBXA 4W5RA 3KK2A 3OS0A 3L2RA 4F8RA 1UA1A 2DFHA 3SV4A 2VWJA 3QERA 4J2AA 1NK8A 1Q9XA 1BI4A 1C1AA 4DTRA 2HHXA 4KI6A 3PO4A 2YNHA 1CXUA 4DSEA 2BANA 4ICLA 5KGXA 3NF7A 4BE0A 4IG3A 1RT5A 5CY4A 4CHZA 1Z26A 4HTUA 5HLFA 3HL8A 4F2RA 4CFAA 1SL1A 3KLGA 4ID1A 3V1OA 1S1VA 1NK9A 3LAKA 4FK0A 3PX6A 3I8DA 2RN2A 5CYMA 3AA3A 3MXJA 1NOYA 3TWHA 3PUFA 2OZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LY7A 4M45A 4KTWA 1VAZA 4Z4CA 5EVZA 4DFKA 1JLGA 4C23A 4IEIA 3QESA 3KKRA 1HYVA 5FPEA 4B9SA 1VQKN 3VESA 4K41A 4CIFA 3VETA 3LWLA 3K5LA 4FLZA 5AQOA 4JS5A 4DV0K 5AZJA 4M7YA 4E0DA 3V9WA 5BRFA 3AY9A 5AFUH 1NMNA 4BQLA 4KAZA 5HBMA 3THYB 3MCAB 1TK5A 4DSKA 4TSXA 3KJVA 3VF2A 3BP8A 4A61A 4CEOA 1I94K 4ILHA 4N41A 2G8KA 4CECA 4DU3A 3OHRA 2YNGA 1RTIA 2ZQBA 3EKSA 2O8DA 3AGKA 3H1QA 4IOCL 3D2FA 2P9IA 4KHNA 4CFCA 3MX2A 1J54A 4FLYA 4KHUA 1GOBA 4H4MA 4DV2K 1N5YA 3O3HA 3LWMA 3Q7CA 5FRNA 5M1PA 1S6PA 4AHUA 2ZE2A 4DS4A 1IG8A 3B6OA 4DQPA 3V9UA 3ZSYA 3WQTA 1BIUA 1K73O 4I2QA 5AQGA 4BE1A 2HHSA 4YHHK 3K5NA 1BO5O 5JICA 2BDPA 3P39A 3WXKA 2ATQA 1NGCA 4BRDA 4KH4A 3EN9A 1VQ4N 1LWFA 3QICA 1I39A 1BQMA 1EWRA 3RVCA 3NCIA 5KQDA 1L3VA 1YJNN 5BPLA 2X78A 4AHVA 1LV5A 4M3RA 4CGHA 4CGIA 3CMAN 4KB0A 3AARA 1GLCG 4NB4A 4BR0A 1ZBUA 1EO1A 1KTQA 4IFVA 4HCCA 4CVNE 3J7YP 2HHUA 4CCHA 1U04A 5DM6L 1GLAG 3KK1A 5M1NA 4DFJA 3ASMA 3HOTA 3M8PA 1W97L 2V52B 3O5BA 5JLHA 4CZKA 2HBKA 2YI1A 3ATUA 4MDAA 3HOSA 4H0PA 5LL6Z 2D0CA 3TANA 2HMIA 4BDPA 2QWPA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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