The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
31
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HNW K; 5IT9 O; 4B3S K; 2UU9 K; 4KHP K; 1FJG K; 3J80 O; 4JYA K; 5BR8 K; 2E5L K; 4JV5 K; 4B3R K; 4LF7 K; 3J7A P; 4JI0 K; 5A2Q O; 4DV5 K; 4JI2 K; 1IBM K; 4GKK K; 4JI8 K; 1J5E K; 4LFC K; 3J81 O; 5LL6 Z; 4CVN E; 4JI5 K; 2VQF K; 4LF4 K; 1I94 K; 2HHH K; 4V19 S; 4DR4 K; 4YY3 K; 4DV1 K; 4JI1 K; 3J7Y P; 2UUC K; 4DV3 K; 2UXD K; 4DV6 K; 4NXN K; 5AJ3 K; 1XNR K; 2UUA K; 4X66 K; 4DR1 K; 4DR5 K; 4LF5 K; 4DR2 K; 4DR3 K; 5FLX O; 2UUB K; 3OTO K; 4YHH K; 4B3T K; 4DR6 K; 2UXB K; 4X62 K; 4GKJ K; 4AQY K; 2ZM6 K; 4JI6 K; 1N33 K; 4JI7 K; 3T1H K; 4CW7 B; 4B3M K; 5LMN K; 4DV2 K; 4NXM K; 2VQE K; 1N34 K; 1HR0 K; 4OX9 K; 4K0K K; 4DR7 K; 2UXC K; 4X64 K; 4DUZ K; 3JAM O; 4JI4 K; 1N32 K; 1IBK K; 1XMO K; 1XNQ K; 4DV0 K; 3T1Y K; 4LFA K; 4LFB K; 4DV4 K; 4DV7 K; 4X65 K; 4DUY K; 1HNX K; 2F4V K; 4LF6 K; 1IBL K; 4JI3 K; 1N36 K; 1XMQ K; 1HNZ K; 5IWA K; 4LF9 K; 4LF8 K; 5LMU K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FLT A; 5J1E A; 1HNW K; 3AGR A; 4B3S K; 3MN7 A; 2HHW A; 1RDU A; 4JHD A; 3SBT A; 4KTQ A; 2HHQ A; 3VN5 A; 3SYZ A; 3FZL A; 4JKB A; 4NB4 A; 3OS0 A; 3B8A X; 3KD1 E; 1D8Y A; 1G15 A; 3V9S A; 4EP5 A; 2FC0 A; 2FBX A; 4O4G A; 2PFU A; 4MDB A; 4RTF D; 3ULE A; 4EZ9 A; 3VEX A; 4MO4 A; 3J81 O; 3F9K A; 3THX B; 2HF4 A; 3RSE A; 3PO4 A; 1KFS A; 1HKG A; 1HPZ A; 2HHS A; 3DM2 A; 3CD6 N; 1RDB A; 2P9K A; 4MDA A; 1NGC A; 3AO3 A; 2HMP A; 2PYL A; 3V1O A; 3M1F A; 3I8B A; 2BDP A; 1YXQ A; 4CFB A; 4EHU A; 5TKW A; 3C6A A; 5LJW A; 3R6M A; 3CCQ N; 3HO1 A; 4N5S A; 1KVC A; 3NH0 A; 4C8N A; 5AQP A; 3T1A A; 2ETJ A; 3VGM A; 2VG5 A; 5EU7 A; 3VQ5 A; 3NAE A; 1TK5 A; 5ELZ A; 1X9J A; 4RCH A; 5M1F A; 4IOA L; 5M1K A; 4EHT A; 1Q81 O; 2IVP A; 3NE6 A; 2VQE K; 1HR0 K; 3IAY A; 3DLE A; 1DEJ A; 4QS7 A; 4I9L A; 4PQU A; 1RBS A; 3QEX A; 1HQU A; 4ELV A; 3A0I X; 4FVU A; 3KK2 A; 4BRM A; 1TVR A; 1NGA A; 2NRH A; 4EZ6 A; 4KHQ A; 1VQ7 N; 4E7H A; 4X65 K; 3FFK B; 1WAJ A; 5FRM A; 1ASV A; 4K41 A; 5EX5 A; 4G1Q A; 4NCB A; 3V1R A; 5AQM A; 3VF4 A; 4RW4 A; 3LZI A; 2CGK A; 2ZGY A; 4FO0 A; 4DKW A; 1UA0 A; 5HOO A; 5IT9 O; 3CCM N; 3VQP A; 3KK3 A; 3BZC A; 4TSX A; 4A59 A; 1IV0 A; 4Z4H A; 3LDL A; 4JD2 A; 1QZ6 A; 4BC2 A; 2ZGZ A; 3C7N B; 1NKB A; 3FGU A; 1Q9X A; 4CBX A; 3MED A; 4FWL A; 4BWJ A; 1IH7 A; 2HBL A; 1MU2 A; 2GUP A; 2HND A; 4DWI A; 4JI0 K; 2NRW A; 3KLF A; 4JI2 K; 2YJE A; 3CCS N; 1NGJ A; 3WEE B; 2P9S B; 3CQX A; 3FZF A; 4Z94 A; 4CHZ A; 4YFU A; 4HHT A; 4FLW A; 3QIO A; 1XI1 A; 4CEA A; 4MLH A; 5B8H A; 4M7Y A; 3UKR B; 4YNQ A; 3DLL L; 2KZM A; 2F96 A; 1JCF A; 3U3G A; 3J7Y P; 4JLH A; 5FDL A; 1VSJ A; 4CJU A; 3LAM A; 1LCU A; 2QI2 A; 5FRO A; 1Q8I A; 3NGI A; 1VQ5 N; 3LDP A; 5AQS A; 4CHY A; 2O8D A; 4LY7 A; 2CGJ A; 3RR7 A; 2UUB K; 3DAW A; 4E7L A; 1NMD A; 2ITM A; 4G9Z A; 3OJU A; 3QNN A; 5K14 A; 3HRG A; 4F8R A; 4B1U B; 3NF7 A; 3QB0 A; 1WOQ A; 3T7Z A; 4GKJ K; 1C1A A; 4CF9 A; 1WSE A; 3ZSW A; 4KBO A; 1SZ2 A; 1CZB A; 3AAR A; 2XY5 A; 3TAN A; 5CYQ A; 5KQD A; 3PY8 A; 3AGK A; 4GMJ B; 5AQO A; 3CCR N; 3CC7 N; 1NLV A; 3WQU A; 3PSF A; 4JHD B; 4U67 L; 1Y64 A; 1OVY A; 2EX3 A; 1NGE A; 1T44 A; 4PL8 A; 3I8D A; 4CJF A; 4ILG B; 3OS1 A; 1VSM A; 1VSF A; 1EX4 A; 3LDO A; 3QBW A; 3ENB A; 3NDK A; 5JLF A; 3THY A; 1BOT O; 1HNX K; 4FZY A; 3ULE B; 2A6A A; 4DSK A; 1HX1 A; 5CHI A; 4AH9 A; 1EWR A; 1YJN N; 1KAZ A; 1RBV A; 3BEX A; 1HNZ K; 5C24 A; 3HYF A; 1BQN A; 1WSJ A; 2Z1J A; 4ICL A; 3W3D A; 1UAX A; 2UU9 K; 1LOT B; 3VEW A; 3KLE A; 4CGF A; 4CFD A; 4F4K A; 4CJQ A; 4MO5 A; 5J2M A; 5GAE P; 2IOC A; 1RTD A; 4AIL C; 5JS2 A; 4H5R A; 4CEQ A; 1X9S A; 3UE5 A; 4DLG A; 4HTL A; 3CMA N; 1NJI O; 1EP4 A; 3L6Q A; 2KKZ A; 3HT3 A; 4JI8 K; 3QML A; 3KWI A; 4BR9 A; 3EE9 A; 3LP0 A; 3MWT A; 4LF4 K; 1KFD A; 4F2R A; 3ULD A; 3ENO A; 5GAD P; 2E6L A; 3L2W A; 4E89 A; 3HJF A; 4CJ7 A; 3S9H A; 2WTU A; 2Q3S A; 2FBY A; 1EET A; 2ITG A; 5CYM A; 4CZE A; 1W2B M; 3V6D A; 4CBU A; 1WB9 A; 4DTP A; 4NXN K; 1H1V A; 5KPR A; 3TSQ A; 4BRG A; 4GV9 A; 4FPA A; 4Y0W A; 4H8K A; 4FLV A; 4LF5 K; 5JS1 A; 3WNG A; 3OY9 A; 5I3U A; 1J9A A; 1YVU A; 1YAG A; 4ZHR A; 3TU5 A; 5AFU A; 1VRT A; 1Z25 A; 1HLU A; 3MWP A; 2O8E A; 1S1V A; 4CZL A; 3NF9 A; 4IOC L; 4JI7 K; 4E1J A; 3T1H K; 4NLB A; 3VQ9 A; 4CEE A; 1VSH A; 4CJT A; 4B8A B; 5LMN K; 4MLE A; 4B8C A; 4CJ5 A; 3T3F A; 2GWK A; 2HHT A; 3R3L A; 2HBK A; 3QBX A; 1L3V A; 4OO1 J; 5AQU A; 3WXL A; 1NJW A; 1BDG A; 1VQL N; 4JD2 B; 4DUZ K; 1B92 A; 1IBK K; 3CCE N; 2KLA A; 4B9T A; 3C6U A; 1F21 A; 3IRX A; 4YDU A; 3P31 A; 3T19 A; 4DB3 A; 4BR2 A; 3CXC M; 4JKC A; 4BRO A; 2DTU A; 4PKH A; 3MN9 A; 1VQO N; 3LP1 A; 3C95 A; 1HQE A; 5SZT A; 1UWB A; 5LJV A; 4I9Q A; 4KHY A; 5I9E B; 3OBY A; 4RG8 A; 3ZT4 A; 4ILJ A; 2Q0U A; 1XMQ K; 1ZXO A; 4HVJ A; 1L3U A; 3THW A; 4BR0 A; 4ELT A; 2NRR A; 2OAN A; 3E9O A; 4JKG A; 3TAG A; 5AQQ A; 3J80 O; 4CFC A; 4CBW A; 4DFK A; 2IAJ A; 3O1W A; 2E2O A; 1WSI A; 5DMR A; 4CEF A; 4CIF A; 3L0Q A; 2NZT A; 2ZJQ L; 2HST A; 2KQ2 A; 5GIP A; 3CCL N; 1HKB A; 3O9R A; 1KTQ A; 2E8A A; 4IJN A; 5JMV A; 1IBM K; 1VQ8 N; 3LPT A; 4DTX A; 4FW2 A; 3FZK A; 4I6M A; 3G4S N; 2OYQ A; 3DXK A; 4N56 A; 1DLO A; 5KRT A; 4OLA A; 1YVN A; 4FM0 A; 3K9K A; 1VSK A; 3O1B A; 1S6P A; 1TKX A; 3OYM A; 1QS4 A; 2GTD A; 3WT0 A; 4H5W A; 3SQ4 A; 4C8O A; 2F8T A; 2D0P A; 4AM6 A; 1ATN A; 2YJF A; 1BIU A; 3ZLJ A; 4DR5 K; 3OA9 A; 2BAN A; 3WXI A; 1K6Y A; 4J2B A; 3OYB A; 1QE1 A; 3OTO K; 5AFU H; 1LWF A; 3SNN A; 1IKW A; 3K5O A; 3O8M A; 4E19 A; 3THY B; 1CLQ A; 5DM7 L; 1ASU A; 2HMI A; 4JKE A; 1IKV A; 4WQ5 C; 3V9Z A; 4K8X A; 4DSE A; 4J8F A; 4DV2 K; 4BDP A; 4IBN A; 2OPR A; 5FPN A; 3MXM A; 4C23 A; 3H1Q A; 2OTJ N; 4DR7 K; 2VGN A; 3M3Z A; 1XMO K; 3HBT A; 3CM6 A; 4L8R B; 1Q9Y A; 4I2Q A; 4LFB K; 1TKT A; 4B1V A; 3UKU B; 3VQQ A; 5AQY A; 4O5B A; 3KHY A; 1X3N A; 1RNH A; 4BRP A; 3L2Q A; 1N36 K; 2F7T A; 4F2S A; 1U04 A; 2WFB A; 1LWE A; 4LF9 K; 4CD3 A; 3D45 A; 3GDQ A; 5BRF A; 3A5N C; 2G8W A; 2ZQB A; 2CGL A; 2HBJ A; 2P5O A; 3CF5 L; 1CZ9 A; 4FJX A; 1WLJ A; 3CJ1 A; 3P39 A; 4RW7 A; 1SL0 A; 1NK6 A; 2KHO A; 1OKJ A; 4JK9 A; 3E01 A; 4H0T B; 5C42 A; 1GOC A; 5AQX A; 2Q97 A; 4ISE A; 5D3G A; 4GNI A; 3DOL A; 3F9M A; 4CZG A; 3RMA A; 1YUW A; 1GLD G; 1BQM A; 2JWK A; 3DXM A; 3OYI A; 5EY4 A; 2Q31 A; 1VHX A; 2Q36 A; 1HMV A; 1WN7 A; 4BR5 A; 4CZK A; 3BF1 A; 3AVC A; 2UYT A; 3KK1 A; 4DTM A; 1T6D A; 4CEZ A; 3AVG A; 4DQS A; 3U8X A; 3SQ1 A; 4YOV A; 3S3N A; 3SJJ A; 4XH1 A; 5CY4 A; 2OZM A; 3R9P A; 5KPT A; 2O8C A; 2B4J A; 1O1W A; 5JVG L; 1ZYQ A; 3QEI A; 3CFR A; 4IFE A; 2UXB K; 1WSH A; 3HSC A; 4JI6 K; 1WBB A; 3DMJ A; 4I7F A; 5AQF A; 4BG9 A; 2HNZ A; 4OVL A; 4BRA A; 1ZC6 A; 4AHT A; 1EXQ A; 3THW B; 5AQJ A; 5E41 A; 2WC9 A; 1ATS A; 5AQZ A; 4JKG B; 3EYZ A; 1RBT A; 1D9D A; 1J6Z A; 4N41 A; 3D6R A; 4N76 A; 4C1N I; 5DM6 L; 1DTT A; 2V52 B; 3KVG A; 2I7P A; 1B9F A; 3LPU A; 3W0L A; 3CHW A; 3QO9 A; 2E6M A; 4A57 A; 2BH1 A; 3AO1 A; 4K8Z A; 2W40 A; 4I6M B; 5HRR A; 3S3M A; 4BDY A; 1JCE A; 3EN9 A; 3IDH A; 4FJL A; 1RDC A; 2AA4 A; 2QW9 A; 4CJL A; 4CJV A; 5JLH A; 3I0R A; 4KHP K; 1GOA A; 4CGJ A; 5J2P A; 4JYA K; 1BCM A; 1QHA A; 3TR8 A; 4O55 A; 4CK3 A; 3SQ0 A; 2YHX A; 4FW1 A; 3FLC O; 4CJ3 A; 3TAR A; 3J7A P; 2QWL A; 4DU3 A; 2HHX A; 2OPP A; 4BR4 A; 1I39 A; 3CJB A; 3DLK A; 3LP3 A; 3RMC A; 2Z1I A; 3L3U A; 5LL6 Z; 3QET A; 1BCO A; 1RBR A; 1QQO A; 2W6L A; 1NKC A; 3OYE A; 3K2P A; 1NNE A; 4CJW A; 1JXE A; 4AHC A; 3KWG A; 3CJ9 A; 5BN9 A; 4JI1 K; 1S1W A; 4H5N A; 2HOE A; 4KH5 A; 3H6E A; 1RGI A; 3U4L A; 3K9J A; 3E9L A; 4BRK A; 1T05 A; 1J53 A; 4KTW A; 5E26 A; 4NO7 A; 5CZ1 A; 4L3Q A; 2ZE2 A; 2HVI A; 2A40 A; 1EO1 A; 3CER A; 4DR1 K; 4Z4F A; 3I55 N; 3EY1 A; 3AV9 A; 3HP6 A; 3VF2 A; 1J54 A; 4CEO A; 4E1N A; 1IJJ A; 2HNY A; 1R0A A; 4Y1C A; 2BTF A; 3EKU A; 4KRE A; 1L3S A; 4CJP A; 3O3H A; 4FWS A; 4CF8 A; 2BGG A; 3D2F B; 2DY4 A; 1BHL A; 2QXL A; 5ADX A; 3OYK A; 2PYJ A; 3AA4 A; 4M42 A; 5MLC Q; 4AHR A; 1KVB A; 3VGL A; 2WOM A; 3K5L A; 3MK6 A; 2P5G A; 4X64 K; 2YHW A; 3HM8 A; 3THV A; 4E7J A; 1KAX A; 3TSU A; 2HB5 A; 1JL1 A; 3CC2 N; 1S1U A; 1YF5 L; 3OYG A; 4H5V A; 2CH5 A; 1KLN A; 4OPH A; 3NF6 A; 1EKE A; 4KHN A; 1N6Q A; 4H5T A; 3DXM B; 4JKA A; 1YHQ N; 2P9L B; 1BA0 A; 5DK5 A; 5H1S Q; 4E1M A; 4GV6 A; 1DT9 A; 1KCF A; 5HRP A; 3QLH A; 1NGG A; 1ZBS A; 2PBD A; 5I42 A; 1OH6 A; 3DLB A; 4EFH A; 3AA5 X; 2E88 A; 4GV3 A; 2GUI A; 2NNW A; 1NGD A; 4PUO A; 3O9T A; 1ITG A; 4DG1 A; 5GIO A; 2OCE A; 4AHV A; 4CZI A; 3CQ8 A; 4Z0U A; 4KAZ A; 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4B3R K; 1VRU A; 2DPN A; 2NUB A; 3P4I A; 4BY9 C; 1RCH A; 4O0I A; 4W5T A; 3VEZ A; 4DTN A; 4DQP A; 4K25 A; 1TK0 A; 2YX6 A; 2P9I A; 2OPS A; 3SBG A; 1K9M O; 4KH6 A; 1FXX A; 4H0O A; 4RW6 A; 4FXD A; 5AZJ B; 4CZJ A; 2F8S A; 1YTA A; 4O0J A; 1C1C A; 4CGG A; 1SKW A; 1I94 K; 4PA1 A; 4CF2 A; 3LM2 A; 1YIJ N; 5AQN A; 4UQG A; 2A41 A; 1HYV A; 2RE2 A; 1BG3 A; 3N4Q A; 2G8I A; 4CGH A; 2I7N A; 3T69 A; 4LH5 A; 1MWM A; 4M3X A; 4ID1 A; 5EXW A; 1RT5 A; 3C65 A; 3D7E O; 3PX0 A; 3UKU A; 4KO0 A; 2PZS A; 4IG3 A; 3AVB A; 4DQR A; 3S41 A; 3GG4 A; 1WBD A; 5BPN A; 4Z4I A; 3SPZ A; 2RHK A; 4FVM A; 3LAN A; 2YNG A; 5AQR A; 4CEC A; 4J2D A; 5KGW A; 1U49 A; 1GLA G; 3SAH A; 3PV8 A; 4KHS A; 4FWK A; 3NFA A; 4BC5 A; 2P9N B; 2VWK A; 3JAM O; 2YNH A; 4WE1 A; 1XNQ K; 1RFQ A; 4LFA K; 3AA3 A; 4AF1 A; 4CIE A; 3CJC A; 4J2E A; 2HF3 A; 3HXM A; 4BRN A; 4LF6 K; 4E7I A; 1NOZ A; 1Z26 A; 2G8U A; 4CCH A; 4EIA A; 1D4X A; 1WAF A; 1GLC G; 4IJA A; 4B1Y B; 4F3O A; 3DLH A; 4FJ5 A; 4RW8 A; 3J7Z O; 4BRQ A; 3HL8 A; 3AVI A; 3MEE A; 1OH8 A; 1VQN N; 1BIS A; 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