The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
31
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HNW K; 1N33 K; 4DR7 K; 4DV0 K; 2UXB K; 4K0K K; 4LF4 K; 4DV3 K; 4JI1 K; 4LF8 K; 4LF9 K; 2F4V K; 1XNR K; 4DUZ K; 4DV4 K; 4OX9 K; 4B3M K; 4LFA K; 2ZM6 K; 4DV5 K; 4DR2 K; 2UUC K; 4LF6 K; 2UUA K; 4JYA K; 4V19 S; 4DV6 K; 1I94 K; 4X65 K; 5BR8 K; 4B3R K; 1XMQ K; 1IBK K; 3T1H K; 4JI4 K; 4JI3 K; 1HR0 K; 4NXN K; 5AJ3 K; 4YHH K; 4GKK K; 4DV1 K; 2UXC K; 1IBM K; 3JAM O; 3T1Y K; 1XNQ K; 4LFB K; 2VQF K; 1J5E K; 4DR6 K; 2HHH K; 4DR5 K; 5LL6 Z; 4X66 K; 4CVN E; 4DR3 K; 4JI0 K; 4B3S K; 4YY3 K; 1FJG K; 4AQY K; 1IBL K; 3OTO K; 4LF5 K; 1XMO K; 3J7Y P; 4JI2 K; 3J81 O; 4DV2 K; 5LMN K; 4CW7 B; 5IWA K; 5IT9 O; 4DUY K; 5LMU K; 5A2Q O; 3J80 O; 1HNZ K; 2UUB K; 2VQE K; 1HNX K; 4JI8 K; 4LF7 K; 4KHP K; 4DV7 K; 4NXM K; 1N34 K; 1N36 K; 3J7A P; 4JV5 K; 4DR4 K; 4JI7 K; 4JI5 K; 4DR1 K; 2UXD K; 4B3T K; 4LFC K; 2E5L K; 4X64 K; 2UU9 K; 4GKJ K; 1N32 K; 4JI6 K; 5FLX O; 4X62 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4L8R B; 4LY7 A; 4HUF A; 3D2E A; 1YIT N; 4K0K K; 1IJJ A; 3HM8 A; 2D0C A; 4IOX A; 1ASV A; 4BVP A; 1WSJ A; 3WNH A; 3AA5 X; 4FJG A; 2QWN A; 3A5L C; 1X3M A; 3BF1 A; 4PUO A; 2HHQ A; 4FVU A; 3DLH A; 3U9Z A; 3SQ0 A; 2ZM6 K; 5TKW A; 4DSK A; 5I3U A; 2UUC K; 4BR2 A; 1TL3 A; 4FWM A; 3H3N O; 4Z0U A; 4FLW A; 4E89 A; 1NGF A; 3D2E B; 4BRC A; 5ELZ A; 1KVB A; 3AAR A; 1ILY A; 4ELU A; 3E9P A; 2CH5 A; 2Q3S A; 3LWM A; 4H0X B; 4WE1 A; 3EO3 A; 3BZC A; 4DV1 K; 1ZBI A; 1A5V A; 1HKC A; 2ZWH A; 1JJ2 M; 1A5W A; 1VRU A; 2WFB A; 3HJF A; 3AVG A; 1GLC G; 3UE5 A; 2B6A A; 3AVJ A; 3VPZ A; 4JI0 K; 4AHC A; 3THW A; 1NOY A; 5HOO A; 2QKK A; 3L8B A; 4HCB A; 3CXC M; 4ID5 A; 4KH6 A; 1IO2 A; 1JCE A; 3CC2 N; 4JKF A; 3VEY A; 3RTV A; 3U4L A; 5FPE A; 3VA3 A; 1J5O A; 2OCE A; 2G8K A; 2HW3 A; 3I0R A; 1HQU A; 2RF2 A; 5M1N A; 1TL1 A; 2F7T A; 1TV6 A; 1YF5 L; 2V52 B; 2OA8 A; 3THW B; 4YOW A; 3ZCM A; 4BGB A; 3ZET A; 4CJS A; 1VSH A; 5EOY A; 4A57 A; 1NMN A; 3ZT4 A; 1KCF A; 5JLH A; 4JLH A; 3ENB A; 1Z6R A; 4WQ5 C; 4KHY A; 2CGL A; 1T6D A; 3M8Q A; 1LV5 A; 2A1S A; 2P1J A; 3MCA B; 4M7Y A; 4KRE A; 4KRF A; 3LWL A; 4H0T B; 3FZK A; 2JLE A; 4M41 A; 2E2Q A; 3C6H A; 1EO1 A; 1U49 A; 4JS5 A; 3O4W A; 3ZET B; 3QIN A; 3NGI A; 4CHO A; 2ZGZ A; 3MWT A; 1XI1 A; 3U8X A; 1KD1 O; 3VTH A; 1SUQ A; 2IAJ A; 3V9W A; 4YOX A; 3S41 A; 4K8X A; 2D0O A; 4IFV A; 3SAG A; 2QXL A; 3NE6 A; 1NOZ A; 1QSL A; 2I7P A; 1OH6 A; 5E84 A; 4BRM A; 4BRP A; 1QS4 A; 2HHU A; 1I94 K; 3OYK A; 1JCG A; 2B4J A; 3NGZ A; 5GIO A; 3AY9 A; 1BQN A; 3CIP A; 5M1O A; 2E2O A; 2E4L A; 4Z4G A; 1LOT B; 4OPA A; 1UA1 A; 4MDB A; 4B1W B; 1JLB A; 5JMV A; 4CZH A; 4J2A A; 1TAQ A; 1VQN N; 2UXC K; 4CF8 A; 1EQY A; 4KBO A; 4IG0 A; 1J5E K; 1IG9 A; 4DR6 K; 1HYS A; 3ZSQ A; 3SLC A; 4DSJ A; 4CK1 A; 2A40 A; 4H5N A; 4CZL A; 3LDP A; 1NGA A; 4U67 L; 1MWM A; 4WF9 L; 1L5U A; 1TK0 A; 2ASM A; 1BIU A; 5F2R A; 5AQH A; 2LSN A; 5AQO A; 2JGU A; 5CHI A; 5DM6 L; 3SAF A; 3SJJ A; 1U2V A; 2BDP A; 1KSP A; 1SQK A; 3NF9 A; 1IG8 A; 2PY5 A; 3AVL A; 3K59 A; 3VQ7 A; 1NJX A; 1DKG D; 3HO1 A; 3NCI A; 1Q9Y A; 4BRN A; 4CJ4 A; 2KW4 A; 4YOR A; 5AQI A; 3MMV A; 3SBG A; 1SKS A; 1HKB A; 3VES A; 1XC9 A; 4BGA A; 4FLT A; 1RTD A; 3QFP A; 4H0Y B; 3CG7 A; 1U2V B; 4LD0 A; 3WXI A; 4CER A; 2E2P A; 4A59 A; 2YKM A; 3OYG A; 3C6U A; 1NGI A; 1JL1 A; 3QO9 A; 3PV8 A; 1VSE A; 4FZX C; 1CXQ A; 2ZE2 A; 4N5S A; 3TAR A; 5ADX A; 3SQ4 A; 4B8C A; 4ILH A; 1S1W A; 4C1N I; 1VQ5 N; 4EZ9 A; 3VN5 A; 2G8H A; 2OZM A; 5BRF A; 4M3W A; 1RT5 A; 4CGF A; 2CGJ A; 3C6A A; 1RFQ A; 2YJF A; 4DV5 K; 3K9J A; 1NMD A; 3OYJ A; 5FDL A; 1DLO A; 1SAZ A; 3DYA A; 4FK0 A; 3U9D A; 3VF4 A; 2NRV A; 3IUC A; 4B9Q A; 5C0Y A; 5JIC A; 5AQY A; 3B8A X; 4Z4I A; 2HVI A; 1ESV A; 1R59 O; 5HRO A; 1TKT A; 1SKW A; 4KI4 A; 3F2K A; 1J9A A; 3CJ9 A; 3ASM A; 5AQM A; 1RT3 A; 4KHS A; 4RW4 A; 3K0S A; 3PIP L; 4B3S K; 3AVK A; 4JHD A; 3C95 A; 1MU2 A; 2D0P A; 4MO4 A; 3CI5 A; 3OYM A; 3DMJ A; 3MN9 A; 4FJX A; 5HL7 L; 1BG3 A; 1EP4 A; 4F2S A; 3DRP A; 3HP9 A; 1REV A; 3J7Y P; 2HBJ A; 4F2R A; 1OVQ A; 4FCY A; 3DLK A; 3BY5 A; 5F0X A; 3TSP A; 1S6P A; 1VSL A; 4CED A; 4I6M A; 2X6S A; 3F9K A; 4Z4F A; 3CCU N; 1IV0 A; 5AZJ A; 1JL2 A; 4JNE A; 3CCQ N; 4FM1 A; 1NK4 A; 3J7A P; 2YV0 X; 3A2F A; 2FC0 A; 3OYH A; 4FZZ A; 2RN2 A; 4FOE A; 3NF8 A; 2O8F A; 4LSN A; 2EHG A; 3A5M C; 3TAF A; 1EET A; 1RTH A; 1Q82 O; 3HXM A; 1LWC A; 1N32 K; 3J7Z O; 1UA0 A; 4I6M B; 1BHL A; 4WYB A; 5AZJ B; 3MWP A; 1U48 A; 2UXB K; 4MLE A; 1TUY A; 3QNN A; 3TTC A; 1YJN N; 4I2P A; 3P1G A; 1QZ5 A; 4N47 A; 2ATQ A; 3CER A; 2O8F B; 4CES A; 5GAE P; 1ASU A; 2ZJQ L; 3ULE A; 2P5G A; 3GG4 A; 3VGL A; 3UIQ A; 4FJ8 A; 4IEE A; 3OYE A; 3V9S A; 4B3M K; 2GTD A; 4BRA A; 1T7P A; 4DWI A; 1U47 A; 4E0D A; 3KLF A; 3A5N C; 4GY2 B; 3TAE A; 5BRH A; 1E4F T; 2CGK A; 3QIP A; 4JD2 A; 3BUZ B; 5BR8 K; 5CY4 A; 3CQX A; 2OPR A; 5HP1 A; 3WXL A; 4E7K A; 1B92 A; 3ULE B; 4PKI A; 4H4M A; 4IDK A; 3AO3 A; 2PAV A; 1O1W A; 2GV9 A; 4QS9 A; 1NJZ A; 2QKB A; 4OPH A; 2YNF A; 3CYM A; 4EHT A; 3G10 A; 3QEP A; 1N5Y A; 4KTZ A; 3M6G A; 4JD2 B; 5GAD P; 4E1J A; 5C2D A; 4CJK A; 4AHR A; 4DTU A; 4AIL C; 1KAY A; 4M42 A; 1SL2 A; 5GIN A; 1ZC6 A; 4RTF D; 3GBT A; 4DKW A; 1W2B M; 1CZ9 A; 1S1U A; 4AF1 A; 2B5J A; 1S9G A; 5IT9 O; 2PYJ A; 1K8A O; 3TU5 A; 4DSL A; 4CEQ A; 4B3O A; 3AGR A; 5J2N A; 5KQ8 A; 3EEQ A; 1U04 A; 3LZI A; 2Y1J A; 3QIO A; 4PKH A; 3OYD A; 2O8E A; 2VGN A; 5CR4 A; 4JV5 K; 1CZA N; 5BRE A; 3EKU A; 3LP2 A; 1QQO A; 1XHZ A; 3EY1 A; 1BUP A; 4QOZ B; 4C8M A; 3AGK A; 4DS5 A; 2G8W A; 3IFR A; 5E26 A; 1GOC A; 4UQG A; 5AQT A; 1YHQ N; 5F1X A; 4FLZ A; 5FPM A; 2XY7 A; 4CJU A; 3OBY A; 4H5T A; 5KRS A; 3N4Q A; 3DLB A; 3VA0 A; 2O8E B; 4B9U A; 4QS8 A; 3UKR A; 4E7J A; 1VQ7 N; 1YT3 A; 3O8M A; 4GNI A; 2F96 A; 3A0I X; 4CIF A; 1HX1 A; 4BVO A; 4CK3 A; 4Z4C A; 4BR7 A; 3SUQ A; 1W9H A; 3SPZ A; 3ZT3 A; 4RG8 A; 1BU6 O; 4C1N K; 4FPA A; 4ILJ A; 4KO0 A; 3WNG A; 3S3M A; 2YKN A; 4FWR A; 1MA9 B; 3UKR B; 3T3F A; 1S72 N; 5KPT A; 4KPY A; 2Z1H A; 3AVA A; 3FFK B; 4YOT A; 3HST B; 4KTQ A; 2HMP A; 3CCE N; 1VAZ A; 3E01 A; 5JLF A; 5FRO A; 3T1Y K; 5AFU A; 3LP0 A; 1GLA G; 2OPP A; 1T8E A; 3ISN C; 3RR8 A; 2P9P A; 2E1Z A; 3GDQ A; 4PY5 A; 3T1A A; 4KV8 A; 4CZK A; 3ID8 A; 3AO2 A; 3MXJ A; 3OW2 M; 2IVP A; 2OAN A; 3CCM N; 5KRT A; 2HHT A; 1TGO A; 3TSU A; 3AO1 A; 3MDQ A; 5AQW A; 2GWK A; 4J8F A; 3KLI A; 2P9P B; 3CPE A; 1IKX A; 2KFZ A; 1GLL O; 1NK0 A; 1QTM A; 2XY6 A; 4FK2 A; 4DV7 K; 4BRH A; 5AQN A; 2YHY A; 3BEX A; 1GOA A; 4FO0 A; 3VQD A; 4LFC K; 4KHN A; 2I7N A; 4BDP A; 5CYQ A; 3OYI A; 3AVF A; 4DQR A; 2ZD1 A; 2BGG A; 4CK2 A; 4CEB A; 4BDY A; 4DV0 K; 4FZY A; 1NK7 A; 4GV6 A; 3LPU A; 4ELT A; 3C0B A; 4LF4 K; 4CJV A; 2OZS A; 3O80 A; 1DEJ A; 4YDU A; 3HBT A; 4HTU A; 1LWE A; 4KHQ A; 4MLH A; 4DFP A; 4HUG A; 4OKJ A; 4W5Q A; 4KKO A; 2X78 A; 4WFB L; 2XRI A; 2HB5 A; 4C8N A; 1BCO A; 4M3U A; 3FGU A; 4DU1 A; 4IEI A; 3WNE A; 3LL3 A; 2QWR A; 4A2B A; 4O5F A; 3EE9 A; 4LC9 B; 1QSS A; 3VQB A; 1TAU A; 1TKX A; 1BDG A; 4KAZ A; 3SNN A; 1ZYQ A; 3NDK A; 4F4K A; 4DMN A; 2AJQ A; 4N41 A; 5AJ3 K; 1D5A A; 4B9M A; 5BPM A; 4GKK K; 3M3Z A; 4H0V B; 1L3S A; 4HWI A; 1VSM A; 3VQ8 A; 4CHZ A; 1UAX A; 3TAN A; 1NK6 A; 1M90 O; 4CVN E; 3LAN A; 3NMU A; 3KKS A; 3QB0 A; 4DS4 A; 1IBL K; 4BRD A; 3G4S N; 2VCP A; 3ZSW A; 1DTQ A; 3ENO A; 3U3Y A; 5KGX A; 3M8P A; 2XY8 A; 1T03 A; 2VWB A; 2GEL A; 3VQ6 A; 4W5O A; 4ID1 A; 2V7Y A; 3QEX A; 3NFA A; 3VTI A; 4FJ9 A; 3MK6 A; 2DFE A; 1CXU A; 3QLH A; 5C24 A; 3F73 A; 3B6O A; 5TKY A; 2HHX A; 3NAE A; 1XHX A; 4A61 A; 1JLC A; 3SMP A; 4KHP K; 5JS2 A; 3ZX2 A; 4XH4 A; 4CBW A; 4FW2 A; 3L2Q A; 1BL3 A; 2W40 A; 1SL1 A; 5LJW A; 2DFF A; 4BWM A; 2HBL A; 2YNI A; 3VEO A; 3T69 A; 4M3Z A; 1WSF A; 3HPG A; 4BC5 A; 2ZJP L; 4O4G A; 1TK5 A; 3PY8 A; 2QWM A; 3WXM B; 3O9T A; 1S9E A; 5BR9 A; 1KVA A; 3B6P A; 4B1U B; 3ENH A; 4JKD A; 1Z26 A; 1LW2 A; 3R6M A; 3V1R A; 4J2D A; 2YJE A; 3TAM A; 3TR8 A; 1R0A A; 4CEE A; 1WUA A; 1RT7 A; 4RW8 A; 1QQM A; 4CBX A; 3O9R A; 4CF0 A; 3THY A; 1KLM A; 3E1Y A; 4E7L A; 4H5W A; 2G8I A; 2IS3 A; 3E9O A; 3L4Q A; 2UUA K; 2YHW A; 4CZM A; 3QES A; 3ZT1 A; 4JRP A; 3ZSO A; 4FLU A; 2KZM A; 3NHG A; 4FWQ A; 4BC2 A; 4OPJ A; 1JLA A; 2Q31 A; 3O4N A; 1NK9 A; 5CE3 A; 3SUN A; 2P9U A; 4JI3 K; 1RBR A; 4IG3 A; 4FWN A; 3QIC A; 3GE1 A; 3THY B; 1GLJ O; 4Z4H A; 3VET A; 3PIO L; 3JAM O; 4WQ4 C; 1JXE A; 4IWV A; 3HP6 A; 1I3A A; 2VQF K; 5BN8 A; 2HHH K; 2WON A; 1JXB A; 5LL6 Z; 3H1V X; 5M1Q A; 5EU7 A; 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4CZJ A; 4WCE L; 4BY9 C; 1BA0 A; 3G71 N; 2QK9 A; 4DU4 A; 3DI6 A; 4CZE A; 1Q8I A; 3CCV N; 4YHH K; 1UOC A; 1KXP A; 4JKB A; 1KLN A; 3CM5 A; 1RCH A; 2WTU A; 2OPS A; 4CGG A; 3K2P A; 3ZEU B; 1HLU A; 1QHA A; 4MQ3 A; 3NF7 A; 2WOM A; 1VSK A; 1Y64 A; 4KHU A; 4CJ7 A; 4CIG A; 4IO9 L; 4CZG A; 4BG9 A; 3ZT2 A; 3J8A A; 4DFK A; 1IKY A; 5AQV A; 4NO7 A; 3M5R A; 3O6W A; 4ICL A; 1QQC A; 2YI1 A; 3CFO A; 1WSH A; 5LMU K; 1RDB A; 3KLG A; 3HK2 A; 1G99 A; 3MX5 A; 2HF4 A; 4CHN A; 3MEE A; 3I8D A; 1XC3 A; 4IXC A; 2G8F A; 3KJV A; 4DTO A; 2VG6 A; 1SL0 A; 3O9U A; 3CCR N; 4DSI A; 2X6N A; 4DFM A; 2OYQ A; 4XH5 A; 4CJE A; 5CZ2 A; 2FSK A; 5C2F A; 3AVI A; 1ZBU A; 3H08 A; 4A5B A; 3ZX0 A; 3MCP A; 4CGH A; 4DTR A; 3PSI A; 2VGM A; 1P8Z A; 4B9S A; 4BC4 A; 1JLF A; 4JHD B; 4QAG A; 3OJU A; 4CI6 A; 4B9V A; 2NRW A; 4CIE A; 1XNR K; 1E4G T; 1HPM A; 4EZ6 A; 3SCX A; 1S5J A; 3OY9 A; 4CEZ A; 3CM6 A; 4DG1 A; 3K5L A; 3CCS N; 3V9Z A; 4DTX A; 2G8U A; 1NBW A; 3NH0 A; 3QEI A; 1U6Z A; 4JN4 A; 3T19 A; 4BDZ A; 1NG9 A; 2GBZ A; 1ATN A; 4LF6 K; 3MED A; 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