4BRGA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with mg gmppnp
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 122
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brgA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brgA02
4QS8A 2GEMA 4JHDB 4FL9A 4K42A 4IWVA 5EX5A 4CZJA 3DXKB 3UB5A 4Y0WA 1NLVA 1WUAA 3VEXA 2CGJA 4BRNA 5E26A 3SJHA 3HZ6A 4I6MB 2E88A 1HJOA 5AQIA 4PL7A 1NBWA 3A5MC 1HLUA 2D0PA 4QS9A 1D4XA 2PBDA 4FOIA 3UKRA 5AQKA 2CGKA 4DCHA 5BR9A 5AQOA 1MWKA 1TYQA 2KHOA 1NGCA 2IVNA 3QB0A 4JN4A 5AFUA 2VCPA 1KAXA 3CJCA 2P9NB 3L4IA 3H3OB 3FZLA 3HBTA 5ELZA 4KBOA 3RSEB 3ZX0A 5FPDA 4BC3A 4BC2A 3H45C 3LM9A 3O1BA 4HTLA 2FXUA 3VF2A 3W0LA 5KPZA 1BUPA 2A41A 4FO0A 2E2PA 1JCFA 2W41A 3BF3A 3MN5A 1NGJA 1IG8A 1T6DA 1IJJA 4CZFA 5BRHA 4FPAA 4MLHA 3OHRA 2Q36A 5AFUH 3VF4A 4EHUA 3TPQA 4BRMA 4BROA 1Z05A 3H3NO 5JLHA 2QW9A 3DXMA 3MK6A 2YHXA 3BF1A 3LDQA 3ZEUA 3H1QA 3WXIA 1RFQA 3H1VX 2NRHA 2YHWA 2Q2RA 4CI6A 2Q0UA 3JS6A 5KPTA 3VETA 3O6WA 3VGLA 5JICA 4PL8A 1GLFO 3A8YA 4DQ8A 5AQHA 1NGDA 2A3ZA 2IIRA 4JD2B 3AY9A 4XH1A 1HKGA 1U2VB 3CJ7A 4DB3A 2IVPA 3DJCA 3IDHA 1MWMA 1BU6O 4PKIA 2GTDA 1ATSA 2E2NA 4IZ9A 2Q0RA 1XC3A 2E8AA 4CZHA 1T44A 3EKUA 4BVPA 5EVZA 4K25A 3GDQA 3O80A 2HMPA 4BRCA 4BRHA 4H0PA 1ZC6A 1BOTO 4MO4A 2YJFA 2ZGZA 1Y64A 3R9PA 3GG4A 5AQNA 3WQTA 4RWTA 2P9PB 3IMXA 1QQNA 4BR4A 2EWSA 3M6GA 1JCGA 1V4SA 4CZGA 1DGKN 3M3ZA 3H6EA 1YXQA 4BRIA 2Q1NA 4IJNA 5ADXA 1C0GA 3FZKA 1S22A 2E2QA 4CJ7A 1HUXA 2W40A 5AQJA 2P9SA 4CZLA 4FWPA 3D7EO 3FZMA 3VOVA 1ZXOA 3MCPA 2E20A 2A42A 2P9KA 3L0QA 3ID8A 4BGAA 3GOIA 4ISFA 3HTVA 3UKRB 4H5RA 3F9MA 2QXLA 2AA4A 3FZHA 2V7YA 1NWKA 3IUCA 5AQXA 4PKGA 1U6ZA 1TYQB 4FWNA 4B9QA 3R8EA 2GELA 5ADXH 4M7XA 4A62A 1P8ZA 4O5FA 4H0OA 4CD1A 2DPNA 3UKUA 4BR2A 5KPRA 5AZJA 5AQGA 2IVOA 1HPMA 1H1VA 3HI0A 3D2FA 4F9OA 1BG3A 2NZTA 3WXLA 4IXCA 1SZ2A 5AR0A 5BRDA 3GE1A 5BPLA 2A6AA 1NGHA 3O4WA 4CBWA 3C0BA 4BGBA 3SLCA 1TUUA 4BREA 2FSJA 1GLAG 3O1WA 4FWKA 4BG8A 2FLOA 1MA9B 2H3GX 4BRDA 4QS7A 3FGUA 3U8XA 3FFKB 4XEIA 4LC9B 3DXMB 3EL2A 4XH4A 3ZEUB 3ENHA 3U9ZA 5KQDA 1ATRA 2V7ZA 3O8MA 3SK3A 4BRPA 3DAWA 3CJBA 3VF6A 2AP1A 5BN8A 3LDOA 5F2RA 3QBXA 1QHAA 1T6CA 4CZIA 1NM1A 3HM8A 3LDNA 3FZFA 2QWLA 5AQTA 5JLFA 2CGLA 3ZX2A 5BN9A 3HSCA 4M63C 3WXKA 3AAQA 3LDLA 1Q18A 2QWPA 3ULEA 3J8AA 4EIAA 2YJEA 3MN9A 1LCUA 5FPEA 2QWQA 3BP8A 3QFUA 2ASPA 2A5XA 2GUPA 2YHYA 5F1XA 1NGFA 3VEZA 3VEWA 5AQMA 4J8FA 5BPMA 3O5BA 3QBWA 3EKSA 2GWJA 5EY4A 3CHWA 3LL3A 1K8KA 3QMLA 3SMSA 4B1ZA 2P9LA 1C0FA 1KAYA 5B8HA 2VYPA 4K41A 5E84A 4IO8A 5F0XA 4FWOA 3ZETA 1QZ6A 3SMPA 5EXWA 4NO7A 1TUYA 2D0OA 1KAZA 2QWOA 3EO3A 4H5VA 4H5NA 4FOEA 5AZIB 2P9IA 3B8AX 5AQFA 3M1FA 4FWSA 5BREA 2P9SB 4BRLA 5AQLA 4B1WB 1JCEA 3H46O 3QDKA 3CJ1A 5AQVA 3VEVA 1GLLO 2P9KB 3EZWA 2F9WA 4MO5A 4FWRA 1E4GT 3W3DA 4O8KA 4GY2B 1DEJA 4BC5A 2D4WA 4BG9A 3A5NC 5AQQA 4WQ5A 1NGIA 4MLEA 2OANA 1MDUB 3BEXA 4ISEA 5AQWA 4BR7A 3GL1A 4CD3A 3VEOA 4IJAA 3GBTA 3VEYA 4A61A 2F9TA 5AQPA 2FSNA 4HWIA 1NGEA 5LJWA 4WYBA 3UKUB 2QWMA 1NGAA 1RGIA 4H0TB 5AZJB 4BRAA 3I33A 1GLEG 3WT0A 4BRFA 3ATVA 3WQUA 5BPNA 3TU5A 1NGGA 4H03B 4BR0A 4XH5A 3VENA 2YCHA 3G25A 3MDQA 4FSVA 1Z6RA 4FWQA 1GLDG 4RTFD 4BQZA 2P9UA 3CQXA 3FR0A 2J4RA 5AQZA 3AAPA 3WEEA 3C7NA 2V52B 4BVOA 4Z94A 1SAZA 2E1ZA 2I7NA 1HX1A 3D2EA 1SQKA 4BR5A 5AQSA 4YDUA 1GLJO 2FF3B 4B1UB 3BUZB 3LDPA 4NB4A 1HKBA 3VESA 2NLXA 4H0YB 5CE3A 3VERA 4WQ4A 4K43A 2D1KA 2E1YA 1X9JA 1EQYA 4FPBA 1ATNA 4AM6A 2QWNA 1QQMA 4B1YB 1KXPA 4JHDA 3UE5A 2CH5A 1X3NA 1QQOA 3JXUA 4ISGA 3DXKA 5AQUA 1CZAN 4EFHA 2ZF5O 4BC4A 3A5LC 3IFRA 3L6QA 4H0XB 1V4TA 1G99A 3P4IA 1ESVA 2A40A 3CIPA 4I6MA 2Q97A 3ULEB 1YAGA 4BRGA 2UYTA 3MN6A 2HF3A 2QM1A 4L3QA 4BRKA 4CZKA 3ATUA 3I8BA 4E1JA 2I7PA 1YUWA 3O08A 4PKHA 3U9DA 3FLCO 4CBXA 2ZGYA 4EAHD 4CBUA 2ZWHA 1K8KB 2V51B 2P9NA 4CZMA 5I9EB 2P9LB 3KZBA 2Q31A 3RSEA 2E2OA 4AM7A 2YI1A 3ZETB 4B1XB 4BRQA 5AQYA 3EN9A 1XQSC 1BWFO 1BDGA 2BUPA 4CZEA 3CJAA 5FPNA 5LY3A 2BTFA 3A5OC 3LM2A 2P9IB 4A2AA 1E4FT 4JAXA 3KVGA 5TKYA 3CETA 1XUPO 4EHTA 1DKGD 4C23A 4WQ5C 5AQRA 1OKJA 1R59O 2CH6A 3MMVA 3VPZA 2FSKA 4DHYA 1QZ5A 2PAVA 2GWKA 1GLBG 3MN7A 1NGBA 3U4LA 3QICA 4FWMA 5BRFA 1X3MA 4A2BA 3QFPA 3CQYA 3R6MA 2FF6A 5EOYA 2HF4A 3VGKA 1BA1A 3KHYA 4B1VA 2ITMA 2WUSA 4JD2A 1BO5O 3DWLA 1BA0A 1J6ZA 1NMDA 1U2VA 3AARA 4H0VB 3WXJA 4JNEA 2P9UB 1WOQA 2QWRA 1RDWX 4BR9A 2ASOA 3ENOA 3WEEB 5JMVA 4RCHA 1YVNA 3C7NB 4BQLA 1ZBSA 3ZX3A 3CJ9A 4YDUC 1GLCG 5LJVA 3D2EB 3FE1A 3D2FB 1S3XA 3CI5A 4WQ4C 5AZIA 3WUHA 5KQ8A 2HOEA 4M7YA 4H5WA 3S41A 1LOTB 1HKCA 3CERA 3A0IX 2VWBA 4H5TA 2P9PA 5FPMA 2ASMA 4FWLA 3VGMA 4GNIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSKA 4JHDB 5EX5A 4TSXA 3PY8A 4E7LA 3DXKB 4C8MA 3OTOK 1QSLA 5HLFA 5CZ1A 2XY7A 2CGJA 4JLHA 5E26A 3OYDA 3HZ6A 1LWFA 2E88A 3MAQA 1QQCA 4N76A 4QS9A 4IOCL 2G8UA 2CGKA 3QEPA 2HBMA 3AVHA 5AQOA 2QEXN 1MWKA 2KHOA 1NMNA 1GOAA 5GIOA 5AFUA 4WE1A 4FJJA 3DM2A 3CJCA 1T8EA 2P9NB 4E1NA 3H3OB 4KRFA 4CK1A 3L2UA 3RSEB 5FPDA 4E19A 3VQPA 4OGEA 3LM9A 3O1BA 4DR7K 2FXUA 3W0LA 1B92A 2A41A 1JCFA 4RW6A 1W2BM 3M8RA 2F4VK 4F2SA 3MWTA 3OBYA 5AFUH 1HYZA 1NK6A 4BROA 5IWAK 2QW9A 1WBDA 3DXMA 3MK6A 2WTUA 2YHXA 3BF1A 3ZSXA 5HP1A 3QETA 4B8CA 3HPHA 1JXBA 2O8FA 2YHWA 4O44A 2Q0UA 4KHYA 3VETA 3VGLA 5JICA 4PL8A 3NHGA 3A8YA 4DQ8A 2UXCK 2KZMA 2YHAA 3TAMA 4AHVA 4B8AB 3VQAA 3KLHA 1K8AO 2OZMA 4HVJA 1U2VB 2IAJA 3AGRA 3DJCA 1RDUA 2R7YA 3TANA 2WBNA 3DOKA 4JKDA 5TKWA 4C1NK 5I3UA 1XC3A 3DI6A 4CZHA 3C94A 1Y97A 1T44A 2Z1HA 3EKUA 4BVPA 1QSSA 1QVFM 3O80A 4H0PA 4DR4K 5M1FA 4YOWA 4RWTA 4Q5VA 3P31A 2EWSA 4JI2K 1TV6A 4OPJA 1V4SA 4CZGA 1BIZA 3LALA 1NKEA 4FLTA 1YJ9N 1HUXA 2W40A 4FWPA 1ZXOA 3HVRA 3CCLN 4MDBA 1QE1A 4CF9A 2P9KA 3L0QA 4BGAA 4HTUA 4M42A 3UIQA 4H8KA 4LFBK 1YT3A 3UKRB 4H5RA 4DKWA 2Z1IA 3FZHA 2HNZA 2V7YA 4DQPA 4LF8K 1HMVA 3AO2A 4PKGA 4B9QA 4DV3K 3DLKA 4CK2A 1TKDA 4IG3A 4M7XA 4A62A 3H08A 3RWUA 4W5TA 2DPNA 3UKUA 4BR2A 5AZJA 5AQGA 5CYMA 1HPMA 1JLBA 3D2FA 3DOLA 4C8NA 1KVAA 4JRQA 3OYGA 3WXLA 4O4GA 3O9RA 4BGBA 2WFBA 2JGUA 4CJKA 3LP1A 5AJ3K 3T19A 4JYAK 4BG8A 4CEAA 3FFKB 3VQQA 3IAYA 4XEIA 4LC9B 4KPYA 3ZEUB 3ENHA 4FVUA 4JI3K 3LP0A 3SK3A 2E4LA 3I8DA 4E7HA 1T3VA 3TAGA 3M8QA 1QHAA 1T6CA 4ZTJA 3THXB 1NNEA 3EYZA 1Q9YA 4ILJA 4CECA 5AQTA 4JK7A 5JLFA 4F2RA 3ZX2A 3VN5A 4BACA 4CHZA 1TK5A 1RTHA 3J8AA 4EIAA 3MN9A 4DFJA 2ASPA 2A5XA 1KVCA 2YHYA 2PY5A 3QEIA 3OS2A 4DF4A 3VEZA 3CYMA 5AQMA 3K0SA 4J8FA 5BPMA 3ULDA 4Z4CA 1NK4A 5EY4A 3CHWA 3LL3A 4CGFA 3SMSA 1IV0A 3SZ2A 3VQBA 3KWGA 4B1ZA 2NRWA 5B8HA 2VYPA 1TL3A 3KTQA 3KK2A 1NJWA 3TR8A 1KAZA 1J53A 4FJ7A 2G8KA 4H5NA 2P9IA 4FLXA 4FWSA 1L3VA 2P9SB 3AA2A 3QDKA 5AQVA 2QKKA 2KFNA 2F9WA 4CEBA 1E4GT 4O8KA 2D4WA 4QCLA 1HJRA 1VSMA 5AQQA 2HMIA 4WQ5A 4MLEA 3G0ZA 3OY9A 1UA1A 3ZT0A 5IT9O 4ISEA 3T1YK 1K9MO 4E89A 4A61A 1TKTA 5AQPA 2FSNA 1J5EK 4WYBA 3I0SA 3TAQA 4JEPA 2QWMA 1NGAA 4BRAA 5C15A 4E7IA 1GLEG 4I9LA 3WQUA 4BR0A 4XH5A 3VENA 4CJ4A 3HM9A 3CQ8A 4M45A 1Z6RA 4JI8K 4RTFD 3CQXA 2VWJA 4BVOA 1TAUA 1W7AA 4LF7K 1NKCA 3D2EA 1UAXA 1SQKA 3DLGA 4GVMA 5AQSA 4PHTX 2FF3B 4NB4A 2NLXA 4H0YB 1JL2A 4DU3A 3VERA 1SL1A 4WQ4A 3T69A 4K43A 3G6EN 3AVKA 1S6QA 2D1KA 3NGYA 3CM6A 3K5NA 3QEXA 3DRPA 1JKHA 5AQUA 4FZXC 3PX0A 4BE1A 1OH6A 4M3TA 2GV9A 5FDLA 4PA1A 2W6LA 2A40A 3ULEB 4ILGB 1T05A 1YAGA 2UUBK 3KJVA 3MN6A 5DMRA 4IFEA 3O3FA 3ZSWA 4Z4FA 2NRVA 4OPHA 1YUWA 4PKHA 1NK9A 2O4GA 4CBXA 3OYIA 4BDPA 1BI4B 2ZGYA 3THWB 4DV0K 4FK4A 2ZWHA 1K8KB 1LWEA 4GKKK 1QVGM 4W5NA 4IFYA 3KZBA 4AM7A 3ZETB 1FXXA 4B9MA 4BRQA 4EP4A 3PIPL 1KVBA 1O1WA 5FPNA 5LY3A 1HYSA 2B6AA 3LM2A 2LSNA 4JAXA 5JS1A 4HUEA 4FXDA 2I5JA 4JKGB 1VRUA 4BWMA 5AQRA 5T7BA 2CH6A 1XI1A 4FLVA 3NMUA 3VPZA 1Q9XA 1SKWA 1DTTA 1GLBG 5A2QO 5BRFA 2ZJQL 3CQYA 3DLEA 3T1HK 3KD5E 2OPRA 3L8BA 4J2DA 3PSFA 3OYFA 3VGKA 3KHYA 4JD2A 4X62K 4IO9L 1WB9A 1J6ZA 3L2WA 2NRZA 2D5RA 2G8WA 4CFBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QS8 A;  2GEM A;  4JHD B;  4FL9 A;  4K42 A;  4IWV A;  5EX5 A;  4CZJ A;  3DXK B;  3UB5 A;  4Y0W A;  1NLV A;  1WUA A;  3VEX A;  2CGJ A;  4BRN A;  5E26 A;  3SJH A;  3HZ6 A;  4I6M B;  2E88 A;  1HJO A;  5AQI A;  4PL7 A;  1NBW A;  3A5M C;  1HLU A;  2D0P A;  4QS9 A;  1D4X A;  2PBD A;  4FOI A;  3UKR A;  5AQK A;  2CGK A;  4DCH A;  5BR9 A;  5AQO A;  1MWK A;  1TYQ A;  2KHO A;  1NGC A;  2IVN A;  3QB0 A;  4JN4 A;  5AFU A;  2VCP A;  1KAX A;  3CJC A;  2P9N B;  3L4I A;  3H3O B;  3FZL A;  3HBT A;  5ELZ A;  4KBO A;  3RSE B;  3ZX0 A;  5FPD A;  4BC3 A;  4BC2 A;  3H45 C;  3LM9 A;  3O1B A;  4HTL A;  2FXU A;  3VF2 A;  3W0L A;  5KPZ A;  1BUP A;  2A41 A;  4FO0 A;  2E2P A;  1JCF A;  2W41 A;  3BF3 A;  3MN5 A;  1NGJ A;  1IG8 A;  1T6D A;  1IJJ A;  4CZF A;  5BRH A;  4FPA A;  4MLH A;  3OHR A;  2Q36 A;  5AFU H;  3VF4 A;  4EHU A;  3TPQ A;  4BRM A;  4BRO A;  1Z05 A;  3H3N O;  5JLH A;  2QW9 A;  3DXM A;  3MK6 A;  2YHX A;  3BF1 A;  3LDQ A;  3ZEU A;  3H1Q A;  3WXI A;  1RFQ A;  3H1V X;  2NRH A;  2YHW A;  2Q2R A;  4CI6 A;  2Q0U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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