1JL2A

Crystal structure of tceo rnase h-a chimera combining the folding core from t. thermophilus rnase h and the remaining region of e. coli rnase h
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
150
structure length
150
Chain Sequence
KQVEIFTDGSALGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELKAAIEGLKALKEPAEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVKGHAGHPENERADELARAAAMNPTLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli (strain k12)
publication title Contributions of folding cores to the thermostabilities of two ribonucleases H.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chimera of Ribonuclease HI, Ribonuclease H
total genus 42
structure length 150
sequence length 150
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1jl2A00
1NOZA 2HNDA 5KRTA 4CK1A 1D8YA 3EYZA 4KHUA 5FRNA 3KTQA 3T1AA 4XIUA 3RMCA 1YT3A 3MXMA 3DI6A 2IAJA 3IG1A 3L2UA 4CEOA 1XHXA 3VQPA 1LW2A 4IDKA 4Q5VA 4W5NA 3LPUA 3U3YA 3G0ZA 4JRQA 3TR8A 4E3SA 2GUIA 4NCBA 3C94A 3MECA 3OYJA 3V6DA 4CF8A 2B5JA 3HVTA 3V1QA 3UIQA 4HCCA 2GV9A 3VQ7A 4Y1CA 3ITHA 3HVRA 4RG8A 3OYMA 4RW6A 4W5TA 3CFOA 1XHZA 4IFVA 1NK8A 3L3UA 1ZBLA 2HMIA 1ASVA 3L2RA 1LV5A 5HRSA 3NF9A 1SV5A 4CEQA 4CJWA 4F3OA 3RRGA 4N47A 1RILA 4OGCA 1D5AA 1KVCA 3TAQA 2XY7A 1T8EA 4M42A 1RT3A 3LP0A 4N76A 1NK7A 3A2FA 4K8ZA 3C6UA 3SJJA 2X78A 3QEIA 1NOYA 1VSJA 2OYQA 2F8TA 4DFMA 1BL3A 1T05A 5HROA 1QSLA 4FJMA 3DLGA 1U48A 4ELUA 1QSSA 1X9MA 3E01A 4JRPA 3DRRA 4R5PA 3MAQA 4DQRA 2BANA 3WNEA 5CZ1A 4JS5A 3AO4A 4NYFA 1GOAA 4HVJA 1WSHA 4FLWA 3I0SA 4LD0A 4FLXA 2HVIA 3AVJA 2XY6A 2A1SA 4FJGA 1KTQA 1TK5A 5DMRA 3HL8A 5CY4A 4BDZA 3PX0A 5FROA 3MEDA 5KRSA 4ZTJA 3LAMA 4F8RA 2VG5A 3EY1A 3K59A 4HUEA 5C42A 5J2PA 5J2MA 1SL1A 1VSLA 2G8UA 2EHGA 2OA8A 2YHBA 3NE6A 4KKOA 1SUQA 3M8QA 3OYAA 4ID1A 3VA0A 3SQ2A 4CJ4A 4OPKA 1NJXA 1SKWA 2FBXA 4CFCA 2DTUA 4CF2A 1UA1A 2B4JA 3KLHA 2DFFA 4E1NA 1L3UA 1KLNA 2ETJA 2KZZA 1QHTA 3WNGA 4E7LA 4DF8A 1WAFA 3MXJA 3QINA 5FDLA 4CERA 1SKSA 4M3XA 2Z1GA 3OY9A 3KKSA 1A5VA 4NYNA 3KIOA 5T7BA 3OYBA 3L2QA 4CJKA 4DTJA 3RMDA 3PY8A 2PYLA 4OLBA 3OYDA 4DFPA 4PA1A 4FW2A 4DU1A 1CLQA 3CM5A 2IGIA 3AVHA 1KFDA 4CJLA 4FJNA 2HHSA 3OYHA 4PY5A 3K5NA 4KB1A 1K6YA 1TK0A 1RT2A 1HNIA 2B6AA 2YNGA 5KI6A 2OZMA 4DQIA 3O3FA 3HK2A 3RMBA 5HLFA 4IFYA 3SQ4A 3IS9A 4HCBA 4FYDA 1A5XA 3VQQA 4CJ5A 4KHSA 4M3ZA 3ZCMA 4BE1A 3LP3A 1IG9A 4Y1DA 1KCFA 4E7JA 5FRMA 1VSMA 4AHVA 3PV8A 4CIEA 2YNHA 4DU3A 3AA4A 4E7HA 4KO0A 1X9WA 1S9EA 4J2EA 4CFDA 4GVMA 4FLVA 1BIZA 2FBTA 3ZT1A 4JLHA 1NK5A 2Z1HA 3O4NA 4Q0BA 4FJ7A 3QEWA 3ASMA 3TWHA 2ZE2A 1RDBA 3ZSWA 1KFSA 2Z1IA 4CHNA 4DTXA 1EETA 2KQ2A 4GMJB 1YTAA 4OGEA 2XRIA 3L2VA 4HUFA 1C6VA 3OYEA 1WSFA 4EZ9A 2HW3A 4CF1A 4DSKA 1EXQA 4FM2A 4MQ3A 4FJXA 3OYIA 4QAGA 4B9VA 1S1XA 1N6QA 4DTRA 4QOZB 4DSEA 3K58A 2E4LA 1VRTA 1MU2A 2XO7A 4AILC 1U49A 2OZSA 3CQ8A 4NCAA 4FK4A 2BDPA 3VQEA 3AV9A 4CHPA 3OYGA 4BDYA 4FLTA 3SYZA 4DFKA 4CCHA 4F3TA 4FK0A 4FCYA 3HYFA 4K8XA 4BACA 1LW0A 3FFIA 3AVAA 3U3GA 3PO4A 4M3WA 1S1TA 3LALA 5D3GA 2O4IA 5C25A 2LSNA 1C0MA 3ZSYA 1DLOA 1RT1A 3JYTA 4N56A 4KPYA 2F8SA 4ZTFA 4KV8A 3OS1A 2ITGA 3VQ8A 2P1JA 4O55A 4CHOA 4LH4A 4QCLA 4CEZA 3AA5X 4DQPA 1TVRA 3V9WA 5J2NA 4C8OA 1RTJA 3O4QA 3KLIA 3SUQA 1ZYQA 3OYLA 1NKEA 4C8KA 2KFZA 1J53A 5JS2A 1UOCA 2YKNA 3RWUA 1JLBA 1JXBA 4BWMA 4CJSA 4CJQA 3B6OA 4FLZA 4OVLA 1G15A 4GW6A 1BGXT 1RBRA 3HT3A 5CZ2A 1WSJA 3SV4A 3QO9A 1Q9XA 3AVLA 2JGUA 4ELTA 3K5OA 3SNNA 1GOBA 2F96A 4M45A 3KKRA 3AVIA 3VQ4A 4DS5A 4Z4FA 4UQGA 4KI4A 3AVMA 4Z4GA 1CXUA 3NFAA 3ISNC 3EZ5A 4IG0A 4DMNA 2RF2A 1A5WA 3LAKA 1J54A 4B8AB 4M41A 3AVFA 3NF8A 2QXFA 2OPRA 5HP1A 3QEPA 1B9DA 3OJUA 4O5BA 3TAPA 3DMJA 4CJPA 2HHUA 4DG1A 2OPSA 4KTZA 1J5OA 3B6PA 2RN2A 3ZT2A 3LZIA 1HRHA 1RTHA 3RRHA 4EZ6A 3OJSA 4M3YA 4B9LA 1ZBIA 3CM6A 4F2RA 2D5RA 4OKKA 2R7YA 3V81A 1VK0A 1HQUA 1XC9A 3O3HA 5K14A 3LZJA 4LSNA 1QS4A 3AA2A 4DTOA 4W5RA 5I3UA 3RR7A 2EX3A 3MXIA 3IAYA 3VQ5A 3SI6A 3C6TA 1QTMA 3DRPA 3NGYA 1EX4A 3OS0A 3ZT0A 4KHWA 4KREA 4C8NA 1R0AA 3DYAA 3MEGA 4RW4A 5J2QA 4FZXC 2KFNA 1X9SA 1Q9YA 1IKVA 1LAVA 3NH2A 1NJZA 4FM1A 4FLUA 4RW8A 3HO1A 2IDOA 4DTNA 3SQ0A 3F9KA 1S6QA 3NGZA 3VQDA 4O44A 5HRRA 1VSDA 4L8RB 3U6FA 4N41A 4WE1A 3SPZA 1J9AA 1QSYA 1S1UA 2BGGA 3K2PA 1T7PA 2YNFA 2RKIA 3AO1A 4CECA 3CG7A 4HTUA 1S1VA 3QNNA 3NCIA 3TAGA 4KAZA 4KHNA 3V1OA 4HHTA 1TAQA 2FBVA 1C1AA 3TAMA 4KI6A 4PQUA 3G10A 4YFUA 1X1PA 3ZSQA 1O1WA 3ZSRA 4DF4A 1RDDA 4B8CA 2HB5A 3OS2A 3QNOA 1REVA 4RW7A 1I39A 1NK4A 2A1RA 4CJEA 2YKMA 4FZYA 2FC0A 3DOKA 1C0TA 1U47A 4CIFA 1NKCA 2YHAA 1HPZA 3D45A 1BHLA 4FM0A 2X6SA 1GOCA 2JLEA 3LP1A 3QLHA 1RBUA 4CHQA 3KLGA 4E7IA 3HSTB 4Z4IA 5C24A 5JS1A 4I9LA 3KD5E 1TK8A 1ZBHA 1JL1A 3QERA 3WNFA 3QETA 4PUOA 4CEDA 1TL1A 1N5YA 2QK9A 2VWJA 4M3TA 1C1CA 4CJFA 3THVA 1JLFA 2G8HA 1UAXA 4KHQA 1NKBA 3V4IA 4KB0A 4BE2A 2DFEA 3NF7A 1BCOA 4B9TA 2Y1JA 1YTUA 1RBSA 3KJVA 4AHRA 3AO5A 1BI4A 4CGDA 3P1GA 3DLEA 3AVGA 3CFPA 1NJWA 3V1RA 1VSEA 3I8DA 4FW1A 3KK3A 1IH7A 4DLGA 5SWMA 1TAUA 3VQCA 3TI0A 1WSGA 4H4OA 4FK2A 4DTUA 2O4GA 3BDPA 4AHSA 3PO5A 1HMVA 1WLJA 1KSPA 1L3VA 1RDAA 1Z25A 4IG3A 3BGRA 4FJHA 4IBNA 5HRNA 4LY7A 2WOMA 3V9ZA 3NDKA 4C8MA 4CEFA 3S3OA 3CFRA 1QE1A 3L8BA 4DSLA 5CYMA 2YV0X 4W5OA 2NUBA 3LDSA 1D9DA 1KVAA 2VG7A 1FXXA 3TARA 2ZD1A 1U45A 3P5JA 3AA3A 4JS4A 4FJJA 4G1QA 1CXQA 4AH9A 2XY5A 4B9SA 2KW4A 4KHYA 3RMAA 3OYNA 1Z26A 4DTMA 4ELVA 3AVBA 3IRXA 4CJ3A 4AHCA 2GBZA 1TL3A 3K5MA 2IOCA 4OKEA 4Z0UA 4CE9A 2DY4A 1BQNA 1IO2A 1CZBA 1RDCA 1CZ9A 4B08A 4EP5A 5E41A 3HPHA 4CJTA 3OYCA 3KK1A 3M8SA 1RT6A 1S9GA 2RPIA 2KZMA 1LWFA 1VSHA 4AHUA 1FK9A 1JLEA 2WONA 1S5JA 1LWCA 1B9FA 1JLCA 3M8RA 4B9NA 2P5GA 4M3UA 1RT7A 4OLAA 4FXDA 1SL2A 1XWLA 4DQSA 1C0UA 1TKTA 3AO3A 3D0PA 2G8WA 2P5OA 3SZ2A 1U4BA 1TKXA 4Z4CA 1HQEA 2BE2A 1FKOA 4BWJA 1NJYA 1L3SA 3I0RA 4CFAA 4FLYA 4E1MA 1ASWA 3S3MA 3QEVA 2I5JA 1RCHA 3HP6A 3AVNA 4FJKA 2VG6A 3OVNA 4CF9A 1VRUA 1NK0A 4E7KA 4DS4A 3NH0A 2PYJA 3HP9A 1WSIA 1ZBUA 4Z4EA 5I42A 1ZBFA 4CK3A 4DTSA 1YVUA 1IKWA 4KTWA 3NH1A 4BDPA 2D0CA 4ICLA 1WAJA 4IKFA 4FJ5A 1VSIA 3QESA 3SUOA 2XY8A 4DU4A 4DSJA 3ZSXA 3L2WA 1FKPA 4CEBA 2Q3SA 1B92A 1EKEA 4DSFA 4KRFA 2AJQA 1RTIA 3PUFA 4E0DA 3DLBA 3F73A 2P51A 2PY5A 4AHTA 4J2DA 1RT5A 3VQAA 1JLAA 4NCGA 2OPPA 3LANA 1SKRA 3HJFA 4CHYA 4LSLA 4DSIA 1JL2A 3ZSOA 2VWKA 3ZT3A 1JLQA 5HBMA 3ZSZA 1WN7A 2W42A 3RTVA 3QEXA 2ATQA 3O3GA 3DOLA 2Y1IA 1JKHA 2QKBA 3KD1E 1VSFA 2E6MA 1BISA 2YNIA 2XHBA 4CGJA 4N5SA 3SCXA 1RBTA 1KLMA 4CFBA 5CYQA 1BI4B 4I7FA 1KRPA 3HXMA 1RBVA 2HNYA 1Y97A 3ZT4A 4CJUA 4O0IA 3KLFA 1T03A 2Z1JA 2E6LA 1TKDA 3RR8A 4KFBA 4CEEA 1NK6A 3DRSA 3DLKA 1QQCA 4E19A 3QIPA 3SQ1A 1HYSA 3OYFA 3VQ9A 3SV3A 1U04A 1BCMA 4FJLA 3VQBA 3S3NA 4CGGA 3MEEA 4CEAA 4YNQA 4B3OA 2HVHA 1F21A 1ASUA 3VN5A 3L3VA 1RNHA 3DLRA 4I2QA 3TABA 2DFHA 4HUGA 3NAEA 5J1EA 4F4KA 1S6PA 3LPTA 3P83D 3PX4A 1UWBA 1DTQA 2HHQA 2OPQA 2PZSA 3ULDA 3NHGA 1TKZA 1IKXA 5KGWA 1I3AA 3C95A 4BE0A 5DK5A 4I2PA 3NGIA 4KTQA 3LP2A 4OPJA 3SUNA 1UA0A 3HPOA 4DFJA 4B9MA 4PWDA 3VQ6A 4CGHA 4OKJA 3K57A 2G8IA 3ALYA 4TSXA 1JLGA 3SUPA 3OYKA 3DLHA 4W5QA 4DWIA 2IS3A 4FZZA 2HHTA 5KGXA 4H8KA 4O0JA 4EP4A 4CESA 3HM9A 4CJRA 4F2SA 1RTDA 2HNZA 4DLEA 1ITGA 1NK9A 3QIOA 2HHWA 3TAEA 1W0HA 1JXEA 1Q8IA 1IKYA 1HNVA 3NF6A 3S9HA 4FVMA 2X74A 3AVCA 3V9SA 2FBYA 3SPYA 4CHZA 2HHVA 2D0BA 3KK2A 3CYMA 4J2AA 1C1BA 1WSEA 1HYZA 5EU7A 1KVBA 4CGIA 3K5LA 2X6NA 3T3FA 4MFBA 3VA3A 2KTQA 4LH5A 1VSKA 3ZSVA 4ZHRA 5SZTA 3LWMA 3NBPA 1HJRA 1BQMA 2ZQBA 1XI1A 1L3TA 4RW9A 4J2BA 4OJRA 3V9XA 4DQQA 1LWEA 1HYVA 1BIUA 4DTPA 1L5UA 4FJIA 5KTQA 3JSMA 1WNSA 1TV6A 1EP4A 1LAWA 1TGOA 3AVKA 2QKKA 2G8VA 3M8PA 4C8LA 3AO2A 4O4GA 3V9UA 2HHXA 1DTTA 3T19A 4CJVA 2G8KA 3DM2A 4FJ8A 4CGFA 3LWLA 4I9QA 5HRPA 4M3RA 1D9FA 4Z4HA 4ID5A 4CK2A 3PX6A 4CIGA 4H4MA 3WNHA 4E89A 4CF0A 3H08A 4FJ9A 2D0AA 3TAFA 1S1WA 1RT4A 2IC3A 2G8FA 4B9UA 1W9HA 3HPGA 1SL0A 3KLEA 3TANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NOZA 1N36K 1D8YA 4KHUA 4XIUA 3IG1A 2FF6A 2WUSA 4JHDB 1LW2A 2ZJRL 3LPUA 3V1QA 3LDNA 1OH8A 2GV9A 1HNWK 4Y1CA 4O5FA 2OANA 4BRQA 5FPDA 1ZBLA 3SAHA 2UXDK 3THYA 5HRSA 1SV5A 4F3OA 3CCQN 5AJ3K 1KVCA 4B1UB 4M42A 1RT3A 1H1VA 1NK7A 4A2AA 2X78A 3QEIA 3T1HK 1NOYA 3GOIA 4DFMA 3DLLL 1QSLA 2E8AA 3E01A 3MX2A 1GLBG 4FWKA 2BANA 3CPEA 2F7TA 3AO4A 4NYFA 3UB5A 3I0SA 4IO9L 3F5TA 1KTQA 5DMRA 3HL8A 3PX0A 3GE1A 4ZTJA 5IWAK 2ZM6K 3K59A 5J2PA 5EX5A 5J2MA 1SL1A 3CC7N 2OA8A 2YHBA 4B1VA 4KKOA 3WXLA 3BZCA 2F9WA 2ETJA 3WNGA 4DF8A 3MXJA 3QINA 5FDLA 4CERA 4DTJA 4CZMA 3KIOA 3RMDA 2PYLA 4DFPA 4DU1A 3TTDA 4FPAA 2HHSA 1K6YA 2HBKA 2UXCK 5JVGL 1NGHA 4HCBA 1YHQN 5BN9A 4CJ7A 2E88A 3ZCMA 2P9LB 4E1JA 1KCFA 2YX6A 2FLOA 2P9KA 2YNHA 4KO0A 1X9WA 1S9EA 3BUZB 4GVMA 1BIZA 3ZT1A 1NK5A 3O4NA 3TWHA 2ZE2A 2O8EB 2FSJA 4DTXA 1EETA 4OGEA 1EXQA 1RGIA 1E4FT 2UYTA 4AILC 2XO7A 1U2VB 3WEEA 1U49A 1RDWX 3CQ8A 2BTFA 3BP8A 3CI5A 3AV9A 4BDYA 2KKZA 4FLTA 4F3TA 4DV6K 3PSFA 1Q18A 3THWA 3FFIA 3U3GA 3AVAA 1HUXA 3PO4A 2O4IA 5D3GA 3ATVA 4GV6A 3HTVA 3ZSYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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