The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
26
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JYA K; 1N34 K; 5AJ3 K; 5LMU K; 1HNX K; 4DR4 K; 4NXM K; 3J7Y P; 4X64 K; 1HR0 K; 4LF4 K; 4X66 K; 1XMO K; 4LF6 K; 2VQE K; 2ZM6 K; 1HNZ K; 4KHP K; 4DV7 K; 4NXN K; 4AQY K; 1IBM K; 2UUC K; 4LF7 K; 3J80 O; 4LFA K; 4GKK K; 4LF9 K; 2UU9 K; 2UXB K; 5IT9 O; 4YHH K; 4DR5 K; 5BR8 K; 5IWA K; 2UXD K; 1J5E K; 4DR2 K; 1HNW K; 2E5L K; 4B3R K; 4DR3 K; 5A2Q O; 4JI1 K; 4JI6 K; 4LF5 K; 3T1Y K; 4B3S K; 3T1H K; 4DV4 K; 1FJG K; 4JI3 K; 5FLX O; 4GKJ K; 1IBK K; 4DV6 K; 2UUB K; 4JI2 K; 1XNQ K; 4LFB K; 1IBL K; 4DV5 K; 3JAM O; 4OX9 K; 4JV5 K; 4JI7 K; 1N36 K; 3J7A P; 4DUZ K; 2UUA K; 1N33 K; 4X65 K; 4V19 S; 4JI5 K; 5LL6 Z; 4DR6 K; 2UXC K; 4JI8 K; 4X62 K; 4LFC K; 4CW7 B; 4B3T K; 2F4V K; 5LMN K; 1I94 K; 3J81 O; 4DV1 K; 4DUY K; 4DV2 K; 4YY3 K; 4B3M K; 4DV0 K; 2HHH K; 4LF8 K; 4DR1 K; 4DR7 K; 3OTO K; 4K0K K; 1XMQ K; 2VQF K; 4JI0 K; 1XNR K; 1N32 K; 4DV3 K; 4JI4 K; 4CVN E; #chains in the Genus database with same CATH topology 4B9U A; 1N34 K; 3SUO A; 1W0H A; 3O5B A; 1GLB G; 3PSF A; 1VQK N; 4K43 A; 4FJH A; 4ELV A; 3K5L A; 4CJ5 A; 1YVU A; 2A1S A; 3D0P A; 1E4G T; 4XH5 A; 3TSU A; 2DPN A; 3OYG A; 4FLZ A; 3V81 A; 1C1C A; 2BE2 A; 3CM5 A; 4M63 C; 4IJA A; 3H1Q A; 3MX2 A; 4BRF A; 4IFV A; 4W5Q A; 1VQM N; 1U2V A; 4CK3 A; 3VQD A; 5JIC A; 4E7L A; 3N4P A; 3ZEU A; 1SKR A; 1RDB A; 1SL0 A; 4Y1D A; 2VYP A; 3S3N A; 4FLV A; 3VEV A; 3KLH A; 1J54 A; 1MWK A; 4CBU A; 3QIP A; 4JKA A; 3DXM B; 4KHY A; 4PL8 A; 4B1W B; 3WEE B; 2OCE A; 3ZSR A; 3QNO A; 4WYB A; 1GOA A; 3P38 A; 4M3X A; 3VGL A; 4BE1 A; 3BGR A; 4BRC A; 2PYJ A; 5AZI A; 4F3T A; 2CH5 A; 3TI0 A; 2YX6 A; 3U8X A; 3QML A; 2A5X A; 1ILY A; 2ZJP L; 4JHD B; 4I2Q A; 5FRN A; 1K8K A; 3DLG A; 4OO1 J; 1JLC A; 3CJ9 A; 2J4R A; 5BN8 A; 1NKB A; 4CJ4 A; 2V51 B; 3OBY A; 1TKD A; 4A59 A; 3V9W A; 4MFB A; 4MQ3 A; 4NCB A; 3O9Q A; 5DM7 L; 4CW7 B; 1S6Q A; 1G15 A; 3GBT A; 2RHK A; 5M1P A; 3D2E A; 2GV9 A; 3SCX A; 1ZYQ A; 1FW6 A; 4C8O A; 3RMD A; 2QK9 A; 2KZZ A; 3K59 A; 5AFU A; 3CFP A; 2Q1N A; 1I39 A; 5AQU A; 4Z4E A; 3VA3 A; 1Q18 A; 1H1V A; 1KAZ A; 4NCA A; 3LM9 A; 4IOX A; 4CHN A; 5AJ3 K; 5MLC Q; 1OH7 A; 3ZT2 A; 3LP1 A; 3M8R A; 2VWJ A; 4BRG A; 4FLU A; 3TAE A; 4HUF A; 1J5O A; 2XRI A; 1Y97 A; 3THW A; 1BO5 O; 4X66 K; 2AJQ A; 5C24 A; 4F8R A; 4ID5 A; 4HUE A; 4E89 A; 3L2W A; 3VEW A; 4FZZ A; 1RT3 A; 2I5J A; 1S9E A; 2IIR A; 4BRP A; 3J80 O; 3VTI A; 3I8B A; 4DR5 K; 4DMN A; 1T7P A; 3DI6 A; 3FZK A; 4A2A A; 1LW2 A; 2KLA A; 4BWJ A; 3DOK A; 4FSV A; 4C1N K; 1HQU A; 3TR8 A; 4FK0 A; 1S6P A; 1IV0 A; 1NJZ A; 1NBW A; 3KIO A; 4E1N A; 5HRO A; 1EWQ A; 1NK9 A; 1DKG D; 1Q9Y A; 2Z1I A; 1WSF A; 1N5Y A; 1ZC6 A; 5I9E B; 3CCE N; 4JKB A; 2IS3 A; 4DTO A; 4KBO A; 1DLO A; 2FSJ A; 3KK7 A; 4JKH A; 4FJK A; 2HBK A; 1E3M A; 4OJR A; 4DSF A; 2JGU A; 3W0L A; 1NWK A; 3HVR A; 3JS6 A; 3OYN A; 5BRH A; 4OGC A; 3IAY A; 5LL6 Z; 3QEP A; 4KTQ A; 3R8E A; 1C0G A; 2I7N A; 3M3Z A; 1S3X A; 3G0Z A; 5F2R A; 2P9I A; 3AO4 A; 3VF4 A; 1ASW A; 2O4G A; 3HK2 A; 5HBM A; 3NMU A; 1RFQ A; 1UOC A; 2F8T A; 4EHU A; 2ASO A; 4EAH D; 1GLC G; 3CCU N; 3CME N; 5KTQ A; 4I6M B; 1HUX A; 1X1P A; 1QSS A; 4YDU A; 3O4N A; 3HST B; 4LH5 A; 4A62 A; 2VCP A; 1VQ4 N; 3BP8 A; 2HF4 A; 4CGI A; 4F4K A; 3O1W A; 4NXM K; 3LAK A; 3SJJ A; 3P31 A; 3DRS A; 5KPR A; 1U48 A; 4H5W A; 3ZEU B; 2X78 A; 5KQD A; 1C0M A; 5C15 A; 2HBJ A; 4CFC A; 3MWT A; 3KD1 E; 3R6M A; 4E7J A; 3CM6 A; 5HP1 A; 2WUS A; 3QB0 A; 4ISG A; 4PHT X; 2W40 A; 2QKK A; 1X3M A; 1IBM K; 1IH7 A; 3TAP A; 4JKC A; 5AQY A; 2D0B A; 1RDC A; 5ADX A; 4A5B A; 5SZT A; 3G71 N; 4BE2 A; 3TAR A; 1TYQ A; 4RW8 A; 3CJ7 A; 4M42 A; 1D5A A; 1RTJ A; 1MDU B; 3AA2 A; 1JL2 A; 4FM1 A; 1EET A; 3H6E A; 1VQL N; 3O4Q A; 3CQY A; 4B9V A; 1TV6 A; 3TTC A; 1YAG A; 3CCV N; 4OKK A; 3DLR A; 4DQ8 A; 1C1B A; 3HOT A; 2X74 A; 2HBM A; 4DV6 K; 4QS7 A; 5HLF A; 1BWF O; 4KH5 A; 4H5V A; 3DWL A; 3K5N A; 2W42 A; 2YJF A; 3QBX A; 5E41 A; 3FFK B; 3PIO L; 1KXP A; 4MDB A; 4JAX A; 4JEP A; 2P9N B; 1VK0 A; 2HF3 A; 3LAL A; 1DT9 A; 3L3V A; 3WNH A; 4DCH A; 4NCG A; 4H0Y B; 3DLL L; 4RTF D; 3IG1 A; 1KVB A; 3LPU A; 2E6M A; 1WAJ A; 1NM1 A; 1NJW A; 2AA4 A; 4B8A B; 3HYF A; 1IG8 A; 3TAM A; 4WFA L; 3WXJ A; 4AHC A; 4FZX C; 4C23 A; 4FO0 A; 1UWB A; 3H08 A; 4O55 A; 4OKE A; 3WQU A; 1JCF A; 1ASU A; 3CQ8 A; 2D1K A; 3EZ5 A; 4OGE A; 3RR7 A; 3B6O A; 3VEZ A; 3AVC A; 4K42 A; 3D6R A; 1M1K O; 5C12 A; 5KPT A; 4DWI A; 4KV8 A; 4KAZ A; 3EE9 A; 3T1A A; 1O1W A; 5KRS A; 3OYC A; 1WLJ A; 1JLB A; 3EZW A; 4X64 K; 3V1O A; 3VEN A; 3I55 N; 1ZBL A; 1HYS A; 4ILJ A; 5AQQ A; 4YOT A; 4I7F A; 1G99 A; 3THX B; 3A5N C; 1YI2 N; 2HNZ A; 3BF3 A; 2Q3S A; 4B08 A; 4DS4 A; 4ICL A; 1VQ8 N; 3SMP A; 1IKW A; 3ENH A; 3P4I A; 1WN7 A; 4HCC A; 3HO1 A; 1TUU A; 4J8F A; 4PWD A; 1VRU A; 1OH8 A; 3O9U A; 5HRP A; 3NVM A; 4LY7 A; 2OYQ A; 1BHL A; 2ZF5 O; 4F2R A; 1HJR A; 1KAY A; 3VQ7 A; 3DMJ A; 3ZT0 A; 3IFR A; 1NK5 A; 1XI1 A; 4JS4 A; 1CLQ A; 2P1J A; 3F73 A; 3VES A; 4CZF A; 3D7E O; 4OPH A; 5AQN A; 3TSP A; 1Q86 O; 4BY9 C; 2UUB K; 1GLJ O; 3SV4 A; 1NU0 A; 1VQ5 N; 3ULE A; 3C6T A; 2YHY A; 1OVY A; 4CGD A; 1N6Q A; 2E2O A; 5JVH L; 2NRW A; 3ITH A; 1R0A A; 4OX9 K; 3CD6 N; 1SS6 A; 1MU2 A; 4WE1 A; 3ZSQ A; 1KRP A; 2Q97 A; 2ZJQ L; 4J2A A; 3L2U A; 2HHX A; 2X6S A; 5T7B A; 4O8K A; 1DEJ A; 3SPZ A; 1TGO A; 4JI5 K; 4CIE A; 3DLE A; 4JKD A; 1RDD A; 1S5J A; 4JK7 A; 3SAG A; 1U47 A; 3EKS A; 2NZT A; 1KCF A; 1QQO A; 3EYZ A; 1QSL A; 4MO5 A; 5AQT A; 1DTT A; 3HM9 A; 3CC4 N; 4IG3 A; 1S1X A; 4BRO A; 4JN4 A; 5AQO A; 4B3M K; 3LP3 A; 1TUY A; 2HST A; 1TK8 A; 3AO1 A; 5BRF A; 4W5N A; 3A5L C; 3OYF A; 3K9J A; 3VGM A; 1KQS M; 3EY1 A; 2KW4 A; 1NK4 A; 1YHQ N; 2ASM A; 4BRK A; 2ZD1 A; 3VEY A; 5BPN A; 4CZK A; 2YNG A; 1GLL O; 2P5O A; 2XO7 A; 3RMC A; 3DOL A; 1KLN A; 5AQW A; 2ZM6 K; 3NF6 A; 3OJU A; 1TYQ B; 2P9P A; 3NE6 A; 5FPN A; 4F3O A; 4CJS A; 1HLU A; 3VQ9 A; 2O8D B; 2FSK A; 4EP4 A; 4CJF A; 3V9U A; 2DFE A; 4CJR A; 4LFA K; 2VWK A; 4IJN A; 2UXB K; 1YF5 L; 4CE9 A; 3J7Z O; 4CFD A; 1P90 A; 3KKS A; 1KSP A; 2YKN A; 3CYM A; 4XH4 A; 1D4X A; 1M90 O; 5FPM A; 4WF9 L; 4DF8 A; 4AM7 A; 1HNI A; 2E5L K; 4B3R K; 3UIQ A; 4CES A; 4IFE A; 4FCY A; 3MXM A; 3SLC A; 5BPM A; 3GOI A; 3WXK A; 4B9M A; 3E1Y A; 2YNH A; 3ATU A; 4DS5 A; 1X9S A; 4QS8 A; 4AH9 A; 1T05 A; 1JXB A; 3KD5 E; 4FLX A; 1S1T A; 3SQ1 A; 4CF8 A; 3H46 O; 4FJJ A; 2NRR A; 5JVG L; 2VGM A; 3RR8 A; 1RNH A; 4OLB A; 2E1Y A; 2O8E B; 4H03 B; 2QM1 A; 1SL2 A; 1XQS C; 2IVN A; 3I0R A; 2FF6 A; 4DFJ A; 2F7T A; 4GW6 A; 4CJE A; 3SUQ A; 2KTQ A; 4DSK A; 2DTU A; 4OVL A; 3PO5 A; 3V1R A; 4DTS A; 2O8C A; 3HI0 A; 4MLH A; 3R9P A; 1ATR A; 3AVL A; 3CMA N; 1I94 K; 1ITG A; 2WBN A; 1X9J A; 3PX6 A; 3ZYY X; 1NG9 A; 1P8Z A; 1YT3 A; 5J2P A; 1A5V A; 4KH6 A; 3ASM A; 1VSH A; 4DR7 K; 1MWM A; 2P51 A; 2W6L A; 3CET A; 2DFF A; 1WSH A; 2ITM A; 1XC9 A; 3ULD A; 4BR5 A; 5BRD A; 4L3Q A; 3V1Q A; 4CEA A; 4DSL A; 3CFO A; 4DF4 A; 1BCO A; 1ATN A; 2F8S A; 4A5A A; 3AA5 X; 4IKF A; 4JK9 A; 1NK8 A; 2E20 A; 2PFU A; 1NK0 A; 1T44 A; 2VQE K; 4UY8 O; 3HXM A; 3ZSV A; 5CZ2 A; 4U67 L; 4RG8 A; 4Z4G A; 1NGB A; 2V52 B; 2GBZ A; 3LP0 A; 4K41 A; 4OPA A; 4YOX A; 4E1M A; 4GKK K; 3SBG A; 4W5R A; 1BI4 A; 2PYL A; 1S1W A; 2KZM A; 1GLA G; 1CZ9 A; 4BRN A; 4FWO A; 1BQN A; 1HKG A; 3TAQ A; 1WB9 A; 2QWL A; 4TSX A; 2KKZ A; 3FZH A; 1NGE A; 3SAF A; 3NGI A; 2O8B A; 3T1Y K; 4QCL A; 1IJJ A; 4B3S K; 2IVO A; 5EVZ A; 2HHW A; 3ZSX A; 4M45 A; 4O5B A; 4Z4H A; 2A3Z A; 3NF7 A; 3CI5 A; 1VSM A; 1RGI A; 3K2P A; 2Q31 A; 3ZX0 A; 2QKB A; 1C0U A; 1BIS A; 4RW6 A; 3JAM O; 4FWM A; 4CHP A; 4CGJ A; 3VGK A; 2RPI A; 3DAW A; 4CF9 A; 4JLH A; 4KTW A; 5HOO A; 3OS2 A; 4B9L A; 4BGA A; 3UKU A; 4N47 A; 3LWL A; 1TVR A; 4LH4 A; 3FZL A; 3W3D A; 3FZM A; 1ZBH A; 3VF6 A; 4WQ5 A; 4DFP A; 2GWK A; 3QBW A; 2E2N A; 3ZSY A; 4HVJ A; 2HBL A; 3ZSW A; 4B3T K; 4CJ7 A; 3ID6 A; 1ASV A; 4FWR A; 4XIU A; 1NGA A; 3KWG A; 4CJT A; 4M7Y A; 5KPZ A; 3O80 A; 5C42 A; 4JRQ A; 3CF5 L; 1SKW A; 3A2F A; 4E1J A; 4LC9 B; 3MEG A; 5JLF A; 4JI0 K; 2VQF K; 3JXU A; 1QQM A; 4JI4 K; 2E2P A; 2IOC A; 2Z1G A; 1BU6 O; 4PY5 A; 2OPP A; 4AHR A; 5AZJ B; 3E9P A; 4ILH A; 3QET A; 3CCQ N; 3AAR A; 5AQP A; 4Y0W A; 4KRE A; 3G25 A; 4DHY A; 2Q0U A; 4K8Z A; 2QWN A; 3WUH A; 1XUP O; 4C1N I; 1L3T A; 1RDA A; 1VHX A; 3SQ4 A; 2B6A A; 2PAV A; 1Q7Y O; 1IKX A; 4C8M A; 2UUC K; 4JS5 A; 2FBV A; 1X3N A; 4E7H A; 5AQX A; 5EY4 A; 1C0F A; 3LL3 A; 4WQ4 C; 4XEI A; 2OA8 A; 4QOZ B; 3HSC A; 2P9S A; 2ATQ A; 3J8A A; 4DLE A; 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5D3G A; 5GAD P; 1U49 A; 5AQF A; 1OH5 A; 5AQL A; 1L3U A; 3HPG A; 1WSG A; 3VOV A; 1BL3 A; 1KLM A; 3AVM A; 2YHW A; 2UU9 K; 4EIA A; 4PQU A; 5M1O A; 1U2V B; 3SBT A; 3O6W A; 2UXD K; 3EO3 A; 1RDW X; 4DSE A; 5AQS A; 4KO0 A; 4HCB A; 1HNW K; 4BVP A; 4JI6 K; 4DU4 A; 2QWP A; 1QZ6 A; 4YOY A; 3FFI A; 4JKE A; 4GKJ K; 4YOV A; 5EOY A; 1ZBI A; 3IRX A; 3C7N A; 4UQG A; 4YDU C; 2IC3 A; 5LJW A; 4FLY A; 2IGI A; 4R79 A; 4AHU A; 3CJ1 A; 2KQ2 A; 4AF1 A; 5AZI B; 4CFB A; 2YI1 A; 2A6A A; 3PLA A; 3L2R A; 1TL3 A; 4E3S A; 3B8A X; 3OS0 A; 2VG5 A; 1VSF A; 1SV5 A; 4Z94 A; 1TAU A; 3OYA A; 1K8K B; 1YUW A; 1Z6R A; 4FVU A; 3L4Q A; 1XHX A; 1LWC A; 2RKI A; 2VWB A; 1NJX A; 1U45 A; 1WBB A; 3L8B A; 3OYH A; 3LZJ A; 3QIC A; 2Q36 A; 3Q7C A; 2ZQB A; 4ZTJ A; 1LV5 A; 3WNE A; 4CEF A; 5J2N A; 4H8K A; 4KTZ A; 3VQ4 A; 4CGF A; 3KK3 A; 2IVP A; 4K8X A; 3LM2 A; 3TAB A; 3C6U A; 2QA4 N; 4B1X B; 3D2E B; 5CZ1 A; 4EFH A; 3QEI A; 4DG1 A; 4DQI A; 1WAF A; 2P9K A; 1T03 A; 4AIL C; 5LMU K; 4GMJ B; 4CED A; 5FPE A; 4GVE A; 1BA0 A; 1YJ9 N; 3OW2 M; 1U04 A; 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