The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
26
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IWA K; 2ZM6 K; 5LMN K; 4GKJ K; 2UUA K; 1J5E K; 2UUC K; 4B3T K; 1HNX K; 2VQF K; 5AJ3 K; 4NXN K; 4DUZ K; 4B3S K; 4DV5 K; 2UXC K; 4YY3 K; 3J80 O; 5BR8 K; 4DV4 K; 1XNQ K; 2UXB K; 4DR1 K; 1XMQ K; 4JI2 K; 4JI6 K; 1IBL K; 1HNW K; 4DV3 K; 3T1H K; 5A2Q O; 1IBM K; 1N32 K; 4JI7 K; 1XMO K; 4DUY K; 1IBK K; 2VQE K; 4DR5 K; 3J81 O; 4OX9 K; 4CW7 B; 5FLX O; 4LFC K; 3OTO K; 1HR0 K; 4B3R K; 4DV1 K; 4JI1 K; 2F4V K; 2HHH K; 4DV0 K; 4JI0 K; 4JI3 K; 4LF7 K; 2E5L K; 1I94 K; 4NXM K; 4DR3 K; 3T1Y K; 4CVN E; 4KHP K; 1N36 K; 4B3M K; 4X62 K; 4LF9 K; 4DR6 K; 4DV7 K; 4LFA K; 4K0K K; 4DR4 K; 1N34 K; 4X66 K; 4DR2 K; 2UU9 K; 4JI4 K; 4GKK K; 2UXD K; 5IT9 O; 4LF8 K; 5LL6 Z; 4DR7 K; 1FJG K; 1HNZ K; 4V19 S; 5LMU K; 4LF5 K; 4X64 K; 3J7Y P; 4JI8 K; 4LF6 K; 4JV5 K; 3J7A P; 1XNR K; 4JI5 K; 4LF4 K; 3JAM O; 4YHH K; 4JYA K; 4DV6 K; 4AQY K; 1N33 K; 4DV2 K; 2UUB K; 4LFB K; 4X65 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KLH A; 1JLE A; 2PYL A; 4EFH A; 3MN9 A; 2P9I B; 1GOA A; 3EZ5 A; 1Z05 A; 3CCS N; 4DTS A; 1J5E K; 1VQ6 N; 2VWB A; 4B3T K; 2Q3S A; 4Y0W A; 3NGZ A; 1TK5 A; 1RIL A; 2HNZ A; 3I56 N; 1C1C A; 1KQS M; 1RDC A; 3E66 A; 3HBT A; 1XNQ K; 4KFB A; 3L2U A; 4EP5 A; 1HNW K; 4BQL A; 1TAU A; 4M3W A; 2Z1G A; 3H3O B; 2A42 A; 2NLX A; 3KK7 A; 5J2Q A; 3O9Q A; 3TAN A; 4ILG B; 4AHC A; 3SV4 A; 3NE6 A; 3T3F A; 4ZTJ A; 3CME N; 3TTC A; 4OX9 K; 4XH5 A; 3LAM A; 1HJO A; 4AHT A; 1VSH A; 3SPZ A; 4CEA A; 3O08 A; 4F9O A; 3L2W A; 4I2P A; 3E9O A; 2G8F A; 3Q7B A; 2HVI A; 1HJR A; 1T6C A; 1ATS A; 3QML A; 5H1S Q; 4JEP A; 3V81 A; 1VAZ A; 3TAG A; 3SI6 A; 5I3U A; 3ULD A; 3HK2 A; 3SK3 A; 4H5R A; 5DM7 L; 3CJ1 A; 3TAQ A; 4CZE A; 3WXK A; 4KHW A; 4KRE A; 1KVC A; 1EET A; 4CZH A; 2G8U A; 3MAQ A; 3CFR A; 3CPE A; 3AVH A; 2ZWH A; 3BUZ B; 3CCR N; 2Z1H A; 3OJS A; 3VF2 A; 1WB9 A; 2O8B A; 1KCF A; 3AO4 A; 4DR2 K; 3A5O C; 4KTQ A; 3J7Z O; 2B4J A; 4NLB A; 4O5F A; 3GL1 A; 1GLD G; 1FJG K; 4O8K A; 5AQP A; 5M1N A; 2VYP A; 4JK9 A; 1TK0 A; 3KJV A; 3C6A A; 2A6A A; 4CK3 A; 2DTU A; 3EE8 A; 1ZBS A; 4JI8 K; 1NBW A; 2P1J A; 3P83 D; 4C23 A; 3QEP A; 1BUP A; 4OKJ A; 3K5L A; 5GAH P; 4CJ4 A; 1K8K A; 4OLA A; 5HOO A; 4JYA K; 1T8E A; 1WSH A; 3EY1 A; 4BRE A; 3ZSO A; 1JLA A; 3VEN A; 1KFD A; 1NLV A; 4AIL C; 4PA1 A; 2FC0 A; 4JAX A; 3D0P A; 2HF3 A; 4ELT A; 2X6S A; 2FBV A; 3MEC A; 3PSF A; 3VMF B; 4A59 A; 3MDQ A; 1BA0 A; 4QOZ B; 4E1M A; 2VG6 A; 2WOM A; 1HPZ A; 3THY B; 4EZ9 A; 2O8B B; 4PUO A; 1XMQ K; 3A8Y A; 1U47 A; 2X6N A; 5A2Q O; 2GX9 A; 1L3U A; 2V52 B; 3CHW A; 2F8T A; 4B1U B; 1BI4 A; 1XC3 A; 1BIU A; 4AM6 A; 4OJR A; 4MDB A; 1NWK A; 4N56 A; 1GLJ O; 4M3U A; 3O6W A; 2Y1I A; 2RPI A; 1NMN A; 4YOT A; 1CZ9 A; 3K9J A; 2F4V K; 1RT4 A; 3MWT A; 4XH1 A; 1K8K B; 3VES A; 4DV0 K; 3E9L A; 4F4K A; 1FW6 A; 3WNG A; 2Q2R A; 5DMR A; 3AV9 A; 2E5L K; 3NH1 A; 2HHS A; 5GAE P; 4WQ4 C; 4JS4 A; 4DR3 K; 4FZX C; 4JHD A; 1WAJ A; 3VQ7 A; 1NK5 A; 3N4P A; 2ZQB A; 1X1P A; 2P9K A; 3VQ8 A; 5C2F A; 1REV A; 3AY9 A; 3G71 N; 3ZSR A; 1VQL N; 2P5G A; 1LWF A; 1IG9 A; 1X9S A; 3VOV A; 2QKB A; 2OTJ N; 1B92 A; 1Q86 O; 5AQM A; 4O5B A; 1KFS A; 2E2P A; 3BEX A; 3A5N C; 3G10 A; 4DFK A; 1EO1 A; 1T7P A; 4CIF A; 1BI4 B; 3VQA A; 2KLA A; 5EXW A; 3K5M A; 5C24 A; 5AQU A; 5CZ1 A; 4BR9 A; 4EZ6 A; 1G15 A; 2AP1 A; 3IAY A; 3BZC A; 5C15 A; 1NGB A; 1QE1 A; 1EKE A; 3L2V A; 3A5M C; 5EX5 A; 4PQU A; 4DSF A; 3AAQ A; 4GMJ B; 3AVC A; 2QWP A; 1Q81 O; 3U9D A; 1A5W A; 3CJ9 A; 4N5S A; 4JHD B; 4LFB K; 1SAZ A; 5AQY A; 4E3S A; 3NF8 A; 1M90 O; 2ETJ A; 5BR9 A; 3MXM A; 3LDS A; 3AO3 A; 2FF6 A; 2HBK A; 4FWK A; 4M45 A; 4GY2 B; 3SQ1 A; 1VQM N; 2A5X A; 1BHL A; 5HRS A; 3WXL A; 3CC4 N; 3QEI A; 1O1W A; 2O8D A; 2XY6 A; 4HUE A; 4EAH D; 3MEG A; 2ZGZ A; 1T6D A; 3HOS A; 1T44 A; 4H5W A; 4ID5 A; 4IWV A; 3CQY A; 5BPL A; 4IEE A; 1VSM A; 1IBK K; 4KH6 A; 3TTF A; 3AA2 A; 3NBP A; 3A5L C; 1S1V A; 3I8B A; 1ESV A; 4CHO A; 5DK5 A; 1TUY A; 1W9H A; 1WSJ A; 4DFM A; 1RBS A; 2GUP A; 3NAE A; 2A40 A; 4BGB A; 4HHT A; 2V51 B; 1RDD A; 4FLY A; 3V6D A; 1WSG A; 4ISF A; 1NK8 A; 3SLC A; 3L8B A; 1C6V A; 3QLH A; 3VQC A; 1NGF A; 3SAG A; 4FYD A; 4BRA A; 3DYA A; 1RT2 A; 3ZT0 A; 4X62 K; 4DTX A; 5KPZ A; 1IJJ A; 4DV7 K; 4E7K A; 4LFA K; 4NCA A; 4CZJ A; 2O8D B; 4CJU A; 2Q31 A; 2IIR A; 3KLI A; 3SPY A; 4CGI A; 3LDN A; 1NOY A; 1IKY A; 2Y1J A; 1MWM A; 4KTZ A; 4YOY A; 3I8D A; 3CJA A; 4A2B A; 3RMB A; 3PY8 A; 1HNZ K; 1U48 A; 1KTQ A; 1NGH A; 2WON A; 1SL2 A; 2HBL A; 4Z4F A; 4CJ5 A; 5KQD A; 2IVO A; 2IOC A; 2OZM A; 1YF5 L; 3VGK A; 4I7F A; 4W5N A; 2FSK A; 5C25 A; 4RW4 A; 4FJ8 A; 3E1Y A; 4DG1 A; 4DTU A; 1VQK N; 1X3N A; 4DV6 K; 4N47 A; 3NH2 A; 2YNH A; 3LP2 A; 3CM5 A; 1CZA N; 4ID1 A; 4E7I A; 2I5J A; 3F2K A; 4Z4E A; 4TSX A; 2ITG A; 2VQF K; 4A62 A; 4FJ5 A; 3I0S A; 3LZI A; 3A0I X; 2OPQ A; 4FW2 A; 3O9R A; 4RTF D; 4JI2 K; 3DI6 A; 2KQ2 A; 1LOT B; 4I6M A; 3HO1 A; 1ATN A; 1RT3 A; 1TUU A; 4CEQ A; 4B8C A; 3CCU N; 2W40 A; 1OH6 A; 1Q9X A; 1SL1 A; 4JK7 A; 2OPP A; 5FPE A; 1Y97 A; 1NJI O; 5FLX O; 5FDL A; 3HP6 A; 4JNE A; 2QWR A; 3OYA A; 3WNE A; 4F2R A; 1K8A O; 3CCQ N; 3THX B; 4BRL A; 4NXM K; 1W0H A; 1C0F A; 3VQQ A; 4KB0 A; 2JLE A; 2F96 A; 1IG8 A; 4KHP K; 4C8N A; 4C8K A; 1YHQ N; 2F9W A; 2D1K A; 4DQP A; 2HF4 A; 1SKS A; 3JYT A; 3TAE A; 4QS8 A; 3O3F A; 2FBT A; 4JKG A; 3ZSQ A; 3ATV A; 4GW6 A; 4IG3 A; 3FZF A; 4CGF A; 3RWU A; 3U3G A; 3RVC A; 4KI6 A; 3NFA A; 3CJC A; 4CFB A; 3AA4 A; 4I6M B; 3VTH A; 2HHX A; 4DR7 K; 2QWM A; 3MX2 A; 1SZ2 A; 2CH6 A; 3L6Q A; 4NCB A; 4BRN A; 5M1P A; 3LWM A; 3HP9 A; 3H08 A; 3U3Y A; 5CZ2 A; 3HI0 A; 4BC4 A; 1BL3 A; 4CFC A; 4E7J A; 3D45 A; 3TSU A; 3V1R A; 3OYB A; 1KRP A; 2VGN A; 1LCU A; 3OYE A; 4A57 A; 3ID8 A; 5EY4 A; 2KHO A; 5BN9 A; 4MQ3 A; 1HQU A; 4CHP A; 4DS4 A; 4IKF A; 4FM1 A; 3CQX A; 3EO3 A; 1NK0 A; 3WNH A; 4JKG B; 3CIP A; 2WC9 A; 2E2Q A; 5GAG P; 2A3Z A; 2QTD A; 3NCI A; 4FWM A; 5JLH A; 1XQS C; 3KZB A; 2XO7 A; 2HST A; 5AQI A; 5KPR A; 5AQN A; 3FZM A; 2EWS A; 3S41 A; 3AGR A; 1U45 A; 3H46 O; 3ZX0 A; 3KHY A; 3NGY A; 2E1Y A; 3VQ9 A; 2E4L A; 4WCE L; 3SQ0 A; 2YHW A; 3MEE A; 1QVG M; 2O8E A; 2EHG A; 4WFA L; 4IO9 L; 3OYJ A; 1YAG A; 4BRF A; 3QIO A; 3OJU A; 4E1N A; 4BRD A; 4BR0 A; 2HHH K; 4IO8 A; 1MWK A; 4NCG A; 4A5A A; 2ZF5 O; 1RGI A; 3SQ4 A; 4PWD A; 1I3A A; 1VRU A; 2CGJ A; 4CJK A; 1JL2 A; 4K25 A; 1BGX T; 4FLV A; 3VA0 A; 4CJR A; 2RKI A; 3UIQ A; 1QQC A; 1Q8I A; 1F21 A; 2ASO A; 2HB5 A; 4YDU C; 4MLH A; 2O8F A; 4JLH A; 2IGI A; 3HVT A; 3M8R A; 1QQM A; 4X66 K; 1S72 N; 3MCA B; 2KFZ A; 4GVE A; 4Z4I A; 4AH9 A; 1L5U A; 2PZS A; 5LL6 Z; 4C8M A; 2NUB A; 3WQT A; 4CZF A; 2BGG A; 4BC2 A; 1QHA A; 3LZJ A; 4MFB A; 2HMP A; 2HHU A; 3VEZ A; 3L2R A; 2BTF A; 2VG7 A; 3SUP A; 2O8E B; 1Q18 A; 5AR0 A; 3BY5 A; 3RR8 A; 2KW4 A; 2HBM A; 1BA1 A; 3PX6 A; 3QBW A; 2ATQ A; 3UB5 A; 1WLJ A; 4DCH A; 3G0Z A; 3L3U A; 4AM7 A; 1QSS A; 1O13 A; 3PSI A; 1NGE A; 4MO5 A; 1NGI A; 5LMN K; 5KQ8 A; 3V9W A; 1UOC A; 3VN5 A; 4CJS A; 4RW8 A; 1BCM A; 3QIP A; 2VWJ A; 2O8F B; 3U8X A; 2F7T A; 4E89 A; 1BOT O; 4DR1 K; 1KD1 O; 3NMU A; 1K73 O; 3P38 A; 4FVM A; 5F0X A; 3CJ7 A; 4Y1D A; 2GWJ A; 2XY8 A; 3KKR A; 3FZK A; 3J81 O; 5LY3 A; 3NF9 A; 1S1X A; 2JWK A; 3JS6 A; 5HLF A; 3LAL A; 3T69 A; 2I7N A; 4KKO A; 1I39 A; 4RWT A; 1A5X A; 3M8S A; 3HXM A; 2E20 A; 3SNN A; 2VG5 A; 1JCG A; 4DLG A; 4B3M K; 4WQ5 A; 4XIU A; 4JKD A; 3UKU B; 4KHQ A; 1J9A A; 4CJ3 A; 4DTM A; 4LF9 K; 2Q0R A; 4BC3 A; 1NMD A; 2FBY A; 2HVH A; 4DR4 K; 3VER A; 3CET A; 1VSK A; 3F9M A; 4FSV A; 4B9V A; 1XC9 A; 4IOA L; 4CF0 A; 4KHS A; 4WYB A; 4LF8 K; 4IDH A; 4IEI A; 1U2V A; 5AQJ A; 3M3Z A; 3FE1 A; 4KPY A; 4ISG A; 4H0P A; 3ALY A; 3V1O A; 3GDQ A; 1TVR A; 1GLA G; 4LD0 A; 1HYZ A; 3NF7 A; 3PO4 A; 2NRV A; 3CCJ N; 2F9T A; 4CK2 A; 2ASP A; 5AFU H; 4DLE A; 4QCL A; 4HUF A; 4BDY A; 4BG8 A; 5T7B A; 4AHU A; 3THY A; 1EWR A; 1UAX A; 2QWL A; 4BC5 A; 3EL2 A; 3OYL A; 1YJW N; 2F8S A; 3VQD A; 3K57 A; 2YHA A; 3O4W A; 4CBX A; 3HRG A; 4K43 A; 3LP3 A; 5GAD P; 2O8C A; 4OKK A; 4CBW A; 3AVF A; 3DM2 A; 2WFB A; 4DWI A; 3QIC A; 1N5Y A; 3IMX A; 3ITH A; 4DKW A; 4DV4 K; 3CG7 A; 5E41 A; 3DRR A; 4KHY A; 4YOV A; 2NRZ A; 4BRQ A; 3ZT3 A; 4B9L A; 2WUS A; 1U2V B; 1KSP A; 3MWP A; 1JL1 A; 3DLH A; 4E0D A; 3LL3 A; 1B9D A; 3I55 N; 3MX5 A; 3BGR A; 3RMC A; 4BWJ A; 1UA1 A; 2QW9 A; 4JKB A; 3SMP A; 4RG8 A; 1SL0 A; 3VGL A; 1WAF A; 2HNY A; 4K41 A; 1FXX A; 3OTO K; 1HR0 K; 2WBN A; 3O5B A; 3TU5 A; 4IDK A; 4H0X B; 3FZL A; 3ZX2 A; 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4DUY K; 1RT6 A; 4M3Z A; 5F1X A; 4M3R A; 1VQ5 N; 5ADX H; 2HHV A; 4LY7 A; 4DTP A; 2OTL N; 1Q82 O; 4DV1 K; 4LSL A; 1W2B M; 1TK8 A; 2RE2 A; 3E9P A; 3PX4 A; 1J53 A; 1CXQ A; 3EE9 A; 2PBD A; 4FWR A; 3RRH A; 4B9U A; 4B9Q A; 1S22 A; 4CZL A; 1QQN A; 4CEC A; 2BH1 A; 3TWH A; 4FK2 A; 1JCE A; 3G6E N; 2P9P B; 5HRN A; 4KH5 A; 5C12 A; 2RHK A; 3L4I A; 1RFQ A; 4RW9 A; 3O9U A; 3MXI A; 3ULE B; 3V9Z A; 3T7Z A; 2DY4 A; 1NJW A; 1R59 O; 3KVG A; 1XUP O; 4YOX A; 3IRX A; 3SBT A; 4FM2 A; 2QWN A; 2H3G X; 3OA9 A; 4CJV A; 1QSY A; 2Q1N A; 1K6Y A; 2D0A A; 4NLC A; 2Q36 A; 1K9M O; 3HZ6 A; 3WT0 A; 1NJZ A; 2XY5 A; 4N41 A; 4X64 K; 3GOI A; 4ICL A; 1JLQ A; 4DQI A; 1VSJ A; 4FJG A; 2X74 A; 1U04 A; 3J7A P; 4M41 A; 2BE2 A; 4EHU A; 4JI5 K; 1BO5 O; 1KLN A; 4YHH K; 3V9U A; 4DSJ A; 3DOK A; 2QK9 A; 3C0B A; 4GV9 A; 3Q7C A; 3KLF A; 5IWA K; 1ZBL A; 1NGC A; 4B9T A; 3S3M A; 4KHU A; 2GTD A; 3PO5 A; 2NZT A; 3PLA A; 2FSJ A; 4IFV A; 4FPB A; 1NK9 A; 3K5N A; 5AQX A; 4IBN A; 2VCP A; 1XI1 A; 5JS1 A; 4FJN A; 4HCB A; 1RBT A; 3QNN A; 1EQY A; 1BWF O; 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