The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
26
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV2 K; 1N33 K; 1XNR K; 2UXB K; 1XNQ K; 4LF6 K; 5LL6 Z; 1XMQ K; 4DUY K; 4DR2 K; 1N36 K; 4DV5 K; 5FLX O; 4GKJ K; 4DR5 K; 1HR0 K; 4B3T K; 1IBM K; 2F4V K; 4DR4 K; 4DV0 K; 4JI2 K; 4JI4 K; 4CW7 B; 4NXM K; 1N32 K; 4JI5 K; 4X65 K; 3T1Y K; 5IT9 O; 4DUZ K; 4LFA K; 4OX9 K; 2VQE K; 4YY3 K; 4B3S K; 1HNX K; 4X62 K; 4B3R K; 4LF9 K; 3J7Y P; 2HHH K; 4JI6 K; 4LF5 K; 1XMO K; 4DV1 K; 5LMN K; 3J80 O; 2VQF K; 3J7A P; 4DV3 K; 2E5L K; 2UUC K; 1IBK K; 4LF7 K; 1HNW K; 4CVN E; 4KHP K; 4DR3 K; 2UUB K; 4K0K K; 4GKK K; 2ZM6 K; 4JI1 K; 4JV5 K; 4NXN K; 1FJG K; 4JI8 K; 4X64 K; 4JI7 K; 5LMU K; 3T1H K; 2UU9 K; 4DV6 K; 1J5E K; 4YHH K; 5BR8 K; 4DR7 K; 2UXD K; 4LFB K; 4AQY K; 5A2Q O; 4JYA K; 4JI0 K; 1HNZ K; 3J81 O; 4LF4 K; 3OTO K; 4V19 S; 1N34 K; 2UXC K; 4B3M K; 4DV4 K; 3JAM O; 4DV7 K; 4LFC K; 2UUA K; 4DR1 K; 4DR6 K; 1I94 K; 4LF8 K; 5IWA K; 4X66 K; 1IBL K; 4JI3 K; 5AJ3 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2F9W A; 2I7N A; 1NK4 A; 1DLO A; 5BPL A; 4CD3 A; 2XY5 A; 4F3O A; 3QEI A; 2VCP A; 1EX4 A; 5M1O A; 3VTH A; 2F9T A; 1J9A A; 3ENB A; 1JCG A; 3WXM B; 4GVM A; 3WQT A; 3CHW A; 4NXM K; 1W0H A; 3ZSY A; 4ILJ A; 2HBM A; 3CG7 A; 2G8H A; 3KJV A; 3NFA A; 1WOQ A; 4DLG A; 4CEQ A; 5HL7 L; 4KHN A; 4QS7 A; 5HRR A; 1VQM N; 4CD1 A; 1S22 A; 3WNF A; 4B3S K; 2P51 A; 3AO3 A; 3CIP A; 3KWI A; 1T3V A; 2OTJ N; 2ZGZ A; 3I8B A; 3DXM B; 2FBT A; 2DTU A; 1KFD A; 2ZWH A; 3A5O C; 4JEP A; 4H03 B; 5JMV A; 3QBX A; 4CF8 A; 4FJN A; 1KAY A; 4CF0 A; 3TTF A; 1Z6R A; 5BN8 A; 5J1E A; 3OYJ A; 2HF3 A; 1VQ8 N; 3SUP A; 2UUC K; 3O08 A; 1EKE A; 4BC3 A; 2OPR A; 4ID5 A; 4QCL A; 1TGO A; 4BQZ A; 4BAC A; 1YJ9 N; 4PKG A; 3CCR N; 1RT1 A; 2BTF A; 3VQ6 A; 2V52 B; 3ZT2 A; 4FJ7 A; 4FWP A; 4B8A B; 2G8V A; 4BG9 A; 4FWL A; 1GLL O; 4E1M A; 2A41 A; 4B9S A; 3UKU B; 1DGK N; 3K2P A; 3RVC A; 4DMN A; 4I7F A; 4H0X B; 3EN9 A; 1X9S A; 4JI0 K; 2NRH A; 3AAP A; 3HZ6 A; 1HYZ A; 3K5O A; 5C24 A; 2P1J A; 4J2B A; 3KIO A; 4FLZ A; 4DSF A; 4JKA A; 1X1P A; 2OPS A; 3G25 A; 1GLA G; 1QHT A; 2NRW A; 4FM1 A; 2UUA K; 3C7N A; 2HNY A; 3NMU A; 2A1S A; 5HRS A; 1TKT A; 2YX6 A; 3DYA A; 4CBW A; 2YJE A; 1NGC A; 4GVE A; 3AVH A; 5AJ3 K; 4FZX C; 4M3Y A; 2B4J A; 4FYD A; 1RBR A; 1Y97 A; 2FBX A; 2HHX A; 1VSI A; 1KSP A; 3C6U A; 1QVF M; 5I9E B; 3A8Y A; 1XQS C; 5FPN A; 3L2W A; 1X3M A; 4H5R A; 3ULE B; 3ZT3 A; 4CW7 B; 4CJV A; 5BPM A; 1IG9 A; 4JKH A; 3DLE A; 3WUH A; 3VOV A; 4PL7 A; 3QIO A; 4OLB A; 1UA1 A; 2RPI A; 5C42 A; 4CFB A; 3OYG A; 1K8K B; 4MDA A; 4DQP A; 1B9D A; 4H4M A; 4CCH A; 1NK9 A; 4JHD B; 3DJC A; 3FZF A; 1NJX A; 1HQU A; 4CF9 A; 1RT5 A; 1RT3 A; 3AA2 A; 2QWR A; 5M1F A; 3VER A; 2WBN A; 4FK4 A; 4BRP A; 3NGZ A; 2G8U A; 5KQ8 A; 4FWQ A; 1NGG A; 1XWL A; 4FJH A; 1IKY A; 5KGX A; 4JRQ A; 4JKG A; 3EKU A; 1BO5 O; 3QEW A; 1C0F A; 3NE6 A; 3NBP A; 1TKZ A; 2A40 A; 3L4I A; 4FWR A; 4JI7 K; 5BN9 A; 1YTU A; 1NLV A; 4XH4 A; 4HTL A; 2A6A A; 4BRA A; 1RDB A; 3CJ7 A; 3ULD A; 2UXD K; 4BGB A; 3LZI A; 2V7Z A; 4OPH A; 4ELT A; 3HJF A; 3O9T A; 4BG8 A; 2VWJ A; 4DCH A; 3KWG A; 2Q31 A; 4OGC A; 3BZC A; 1RIL A; 2RN2 A; 2QWN A; 2OTL N; 4C8N A; 4H4O A; 1S6Q A; 1BDG A; 3FZL A; 3V1Q A; 2P9L B; 3TAP A; 1IBL K; 3AO2 A; 2E8A A; 3QO9 A; 1HKC A; 5AQW A; 1ZBU A; 5E84 A; 3D7E O; 3L2R A; 3AVJ A; 2P9N B; 2IDO A; 1KC8 O; 3HBT A; 2ZJR L; 2D5R A; 1RGI A; 4I2P A; 4I9L A; 1YT3 A; 4CJR A; 2P5G A; 3ZLJ A; 1N32 K; 3JYT A; 4FWM A; 4K43 A; 4JNE A; 4IFV A; 4M63 C; 4QOZ B; 3FGU A; 1CZA N; 1BI4 B; 3DXK B; 5AQN A; 3G6E N; 4YY3 K; 4CJL A; 3OYH A; 3VGK A; 4C8K A; 3VQD A; 2QI2 A; 5H1S Q; 5GAG P; 1VQ4 N; 1O13 A; 4JI6 K; 5M1K A; 3HSC A; 1W2B M; 2Y1I A; 3O8M A; 4FM2 A; 1LWF A; 4B1Z A; 5HP1 A; 1KAZ A; 2DFE A; 3ZT1 A; 4M42 A; 3J7A P; 3CFR A; 3VF6 A; 2EWS A; 4OKJ A; 4R79 A; 4JD2 A; 5KPR A; 3BGR A; 3QEV A; 1U45 A; 3CM6 A; 4K0K K; 2E2P A; 2FBV A; 4CZI A; 1LCU A; 2PZS A; 4BR4 A; 1UWB A; 3AA4 A; 4JV5 K; 2HBK A; 2P9P A; 4DF8 A; 3QBW A; 3EE9 A; 2CGJ A; 3ZX0 A; 1OH8 A; 5TKY A; 1ESV A; 2LSN A; 4IZ9 A; 3SJH A; 4E7I A; 4KV8 A; 4AHS A; 2KLA A; 3THY B; 4DV6 K; 1ZBI A; 1GOB A; 3O9R A; 3SAF A; 5DM7 L; 1OKJ A; 3NH1 A; 1C0T A; 5J2Q A; 3U6F A; 1HNZ K; 1DKG D; 1R59 O; 3VEZ A; 3PY8 A; 4GV3 A; 1HLU A; 3SBT A; 2O8E A; 3GBT A; 3O4Q A; 4PHT X; 4BC2 A; 3ZET B; 5CZ1 A; 2O8B A; 4M7X A; 1NGF A; 4IFY A; 3L2V A; 4DSL A; 1NGE A; 4M3W A; 1S9G A; 4XH5 A; 1YVU A; 3FZH A; 4KH4 A; 3IAY A; 2Q36 A; 3AVK A; 1NJZ A; 1NMN A; 2W40 A; 2BAN A; 3KK1 A; 4B9V A; 4NCB A; 1JLG A; 1FXX A; 5HOO A; 4F4K A; 1L5U A; 3NAE A; 3KZB A; 4DUY K; 4DR2 K; 4JKB A; 3A2F A; 4Z4E A; 5GAD P; 3KK2 A; 4IKF A; 1VQK N; 3AVC A; 1UA0 A; 1BCO A; 4O8K A; 1Q18 A; 4E0D A; 5BR9 A; 1TYQ A; 3T1Y K; 3THX B; 2IVN A; 2QKK A; 1BOT O; 1NWK A; 4LFA K; 3HT3 A; 3WXJ A; 3C94 A; 2BGG A; 3S41 A; 1P8Z A; 3OHR A; 4FOI A; 4B3R K; 4BR5 A; 3HK2 A; 2QWL A; 5CZ2 A; 4DTO A; 4A5B A; 2OAN A; 2YNG A; 2KTQ A; 3F2K A; 3VN5 A; 2X74 A; 4BRC A; 4CEB A; 1S5J A; 1WSH A; 2NUB A; 4NCA A; 1BWF O; 4JLH A; 2HHU A; 1RBT A; 4CZG A; 4H0T B; 4LC9 B; 3CXC M; 4IDH A; 3LZJ A; 2GV9 A; 2QWQ A; 1RDW X; 2ASM A; 4DQS A; 3D0P A; 1EWQ A; 4BRK A; 4CK1 A; 5F2R A; 3DM2 A; 2NNW A; 1ZBL A; 2V51 B; 4YOV A; 3ZCM A; 2FSJ A; 3IMX A; 3CPW M; 4A5A A; 1S1U A; 3SAH A; 1NGH A; 5KI6 A; 1FKO A; 4CJF A; 1IG8 A; 2FF6 A; 3CME N; 3VQA A; 3I0S A; 4K8Z A; 3FE1 A; 4PKI A; 3EY1 A; 1VQ6 N; 3K9J A; 3BEX A; 1RDC A; 2HHV A; 1IKW A; 4KHU A; 2CH5 A; 3E9O A; 1S6P A; 4K42 A; 3OTO K; 2XY6 A; 4FJL A; 1U2V A; 4E3S A; 4O44 A; 4CJ5 A; 3TAQ A; 3CCE N; 1S1W A; 1VK0 A; 4KO0 A; 2ZF5 O; 3AGK A; 3MEE A; 3H08 A; 3T19 A; 3CCJ N; 4E7K A; 5ADX A; 2XO7 A; 4DS4 A; 5CE3 A; 2I5J A; 2XRI A; 3C0B A; 5BRD A; 4JI3 K; 2XHB A; 3ALY A; 3SUN A; 1NJI O; 1V4T A; 4DS5 A; 4E7H A; 1LW0 A; 3OYB A; 1KVB A; 2X6S A; 1D4X A; 3OYL A; 3M5R A; 3VES A; 4A61 A; 5DM6 L; 2HHQ A; 2D0P A; 3IKM A; 3LDQ A; 3SK3 A; 5FPD A; 3OS1 A; 1Q82 O; 4MO4 A; 2NRT A; 3HXM A; 1SKS A; 5IT9 O; 1M90 O; 1CLQ A; 3RMA A; 5AQS A; 2IS3 A; 4CJK A; 1NJY A; 1NOZ A; 4ISE A; 1TV6 A; 4BRE A; 3U4L A; 2QWO A; 3LDN A; 4JKF A; 1WAJ A; 1T6C A; 4HUF A; 1EP4 A; 4JK7 A; 3SUQ A; 4EP4 A; 5ADX H; 2O8D B; 3MDQ A; 3DXM A; 4H0Y B; 4H5W A; 4IG3 A; 1NGJ A; 3KD1 E; 4HCB A; 4OJR A; 3C95 A; 5LMN K; 1ITG A; 4BRD A; 3MN9 A; 4R5P A; 3FFK B; 4JAX A; 3SCX A; 1CXQ A; 1ASV A; 4K25 A; 1RT2 A; 2HBL A; 4WE1 A; 1WSG A; 4KTW A; 2F8T A; 1IBK K; 1U49 A; 3RTV A; 3EKS A; 1JKH A; 4CVN E; 4WQ4 C; 3OYI A; 2AA4 A; 1UAX A; 4W5R A; 1QSY A; 1KFS A; 2OZS A; 3SI6 A; 1J6Z A; 3ZYY X; 4RWT A; 3MX2 A; 3GDQ A; 1WBD A; 4FVU A; 4RTF D; 5E41 A; 4N76 A; 4QS8 A; 5LJV A; 2HST A; 3H3N O; 4FLX A; 1VSL A; 4YHH K; 3UKU A; 2E2O A; 4FL9 A; 2ETJ A; 3U3Y A; 3I33 A; 2NRR A; 3SLC A; 2HF4 A; 4ELU A; 5JLH A; 3O9U A; 3WXI A; 4FM0 A; 1B92 A; 4U7B A; 3AY9 A; 3CJC A; 4HUE A; 1SL1 A; 3CCS N; 2O8F B; 1KRP A; 5M1Q A; 1VSF A; 4KRE A; 4KRF A; 1HRH A; 4XH1 A; 2Q97 A; 4Z4G A; 3O3G A; 2G8F A; 3O4W A; 2E1Z A; 4J8F A; 2GWK A; 4DU4 A; 4BRH A; 3AVL A; 3KLH A; 3PUF A; 3IG1 A; 2IGI A; 3MED A; 4UQG A; 5C15 A; 4FWK A; 1JL1 A; 4C8O A; 2YI1 A; 2ITG A; 3QFU A; 3E9L A; 2VG5 A; 2ZQB A; 5LL6 Z; 1L3U A; 1BU6 O; 3HM8 A; 2H3G X; 3OYN A; 4DQI A; 1N36 K; 1XC3 A; 5KTQ A; 3FFI A; 1RTJ A; 5AQV A; 5JLF A; 4DR5 K; 2CGK A; 4B3T K; 2D0B A; 2Z1J A; 1WN7 A; 4JI4 K; 3VPZ A; 3QES A; 1ILY A; 3LWM A; 2RE2 A; 1X9J A; 3P38 A; 3ULE A; 3ZT0 A; 1ASW A; 3U3G A; 1KLM A; 2F96 A; 3QFP A; 4FJG A; 3T1A A; 4RCH A; 2PBD A; 2Q0R A; 1K8K A; 4RW4 A; 4DLE A; 1XC9 A; 4Y0W A; 3F9K A; 4JHD A; 4IOX A; 3TAM A; 3O1B A; 3TAE A; 1A5W A; 5FRM A; 3AVG A; 2P9U B; 5BRH A; 2B6A A; 5EY4 A; 4YOY A; 3KHY A; 3A5M C; 4U67 L; 4KHW A; 2CGL A; 2B5J A; 2VWB A; 4DR3 K; 3K5M A; 1EO1 A; 4GKK K; 4FXD A; 1HKB A; 3MN7 A; 2NZT A; 4DQ8 A; 2RKI A; 4JKD A; 1GOC A; 1REV A; 1B9F A; 3K5L A; 3H1Q A; 3AO5 A; 3CQ8 A; 3PX4 A; 3QB0 A; 3LL3 A; 4E1J A; 4BDZ A; 3GE1 A; 3O5B A; 4CEF A; 3LAK A; 5AQG A; 1RT4 A; 1SZ2 A; 3OYF A; 3J81 O; 2E20 A; 3AAR A; 1NK8 A; 4BRI A; 4FPA A; 3NHG A; 4FJX A; 4EHT A; 3PIP L; 1LW2 A; 5AQT A; 4LFC K; 1HYS A; 1TK0 A; 4CJ7 A; 3DOL A; 4MO5 A; 3WNH A; 4KI6 A; 1I39 A; 4AHU A; 3L0Q A; 4PUO A; 4GMJ B; 3LDO A; 4WQ4 A; 5AQX A; 4CEE A; 5DMR A; 2YV0 X; 4Z4C A; 2PFU A; 4IOC L; 1SKR A; 1W97 L; 3AAQ A; 2VG7 A; 3MEC A; 2P9L A; 1VQ9 N; 4KH5 A; 4E7L A; 3QEP A; 3VQ4 A; 4GKJ K; 5C25 A; 3HI0 A; 1SS6 A; 2E88 A; 4DQQ A; 2VWK A; 1GOA A; 4J2A A; 4BRN A; 2IC3 A; 2P9N A; 1BQN A; 4FWS A; 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3HP9 A; 3D2E B; 3HYF A; 5FLX O; 3SV3 A; 3DRR A; 1HR0 K; 5AZJ B; 4ZHR A; 1RT6 A; 4DTX A; 4CK2 A; 4JK8 A; 3VGM A; 3DLG A; 1OVQ A; 1ASU A; 1K6Y A; 3SZ2 A; 3E1Y A; 4O8U A; 4OPK A; 4F2R A; 4DSJ A; 4KHS A; 2NRZ A; 5KPZ A; 3ZSW A; 4DFM A; 3THX A; 5AQM A; 3CFP A; 1U04 A; 3O1W A; 1HNX K; 3G10 A; 3MCA B; 1Q8I A; 4Z4I A; 1NGI A; 1FKP A; 2A3Z A; 2W42 A; 1VSH A; 1HQE A; 3QIC A; 3J80 O; 1JXE A; 4FW2 A; 5GIO A; 3RMC A; 2E5L K; 1WAF A; 1VSJ A; 1DTQ A; 5CYQ A; 3LPU A; 3FLC O; 4Y1C A; 1KVC A; 1Y64 A; 5AQH A; 4DSI A; 3BF3 A; 3DLL L; 2D1K A; 4ILG B; 4JI1 K; 1WSF A; 3RWU A; 4NXN K; 2GUI A; 2FLO A; 3J7Z O; 3CJ1 A; 1IKX A; 4CIF A; 2E2Q A; 4IDK A; 5BRE A; 1N6Q A; 4YNQ A; 4FVM A; 4C1N I; 3OYE A; 3E9P A; 3VF4 A; 3ZEU B; 3OYC A; 3LPT A; 2GEL A; 3RSE B; 4LF4 K; 3QIN A; 1N34 K; 4DWI A; 2KW4 A; 5M1N A; 4DB3 A; 4CJP A; 3JAM O; 4A62 A; 3SPZ A; 1U47 A; 4K41 A; 2GBZ A; 1TUY A; 3CMA N; 4GY2 B; 3SAG A; 2PAV A; 4EAH D; 2R7Y A; 3VQQ A; 1XUP O; 1I94 K; 1QSS A; 3DLR A; 1BL3 A; 4LF8 K; 3HOS A; 3VQ5 A; 5B8H A; 4CJE A; 5T7B A; 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