The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
26
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N36 K; 5LMU K; 2VQF K; 4YHH K; 4JI8 K; 4JI3 K; 4LFA K; 4DR2 K; 5IT9 O; 4DV7 K; 2UUA K; 1N34 K; 1XNR K; 3J7A P; 1HNZ K; 5IWA K; 4AQY K; 2UUC K; 2HHH K; 4LF9 K; 5FLX O; 4B3S K; 1HNX K; 4DR5 K; 4JI0 K; 4GKJ K; 4JI6 K; 3T1Y K; 4JI2 K; 4CW7 B; 3OTO K; 4DV6 K; 4LFB K; 4OX9 K; 4JI4 K; 2UU9 K; 2ZM6 K; 4JI1 K; 4CVN E; 4JYA K; 4NXM K; 4DR1 K; 4JV5 K; 4DR7 K; 4V19 S; 3T1H K; 1N33 K; 4DR4 K; 4DV2 K; 3J81 O; 4JI7 K; 5AJ3 K; 4DV1 K; 1I94 K; 1J5E K; 2UXC K; 4DUZ K; 4DR3 K; 3J80 O; 2VQE K; 2E5L K; 4LF4 K; 4X62 K; 5LMN K; 4DR6 K; 3J7Y P; 1IBM K; 4DV4 K; 4DV0 K; 4DV5 K; 2UUB K; 1XMQ K; 1HNW K; 5BR8 K; 4LF6 K; 4YY3 K; 4X64 K; 1FJG K; 4X65 K; 4LF7 K; 3JAM O; 4DUY K; 1XNQ K; 4DV3 K; 4NXN K; 4JI5 K; 5LL6 Z; 4B3M K; 4LF8 K; 4GKK K; 1N32 K; 1XMO K; 4B3R K; 4B3T K; 4X66 K; 2UXB K; 4LFC K; 5A2Q O; 4K0K K; 4LF5 K; 1HR0 K; 2F4V K; 1IBK K; 1IBL K; 2UXD K; 4KHP K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5BRH A; 3LWL A; 3WT0 A; 4FLV A; 1NGH A; 4WQ4 C; 2WC9 A; 4FW2 A; 4BR9 A; 2UUC K; 1HYV A; 2NNW A; 1DLO A; 4CEB A; 3SUN A; 4C8L A; 1A5W A; 1JL2 A; 1OVQ A; 2O8F A; 3J8A A; 1BIU A; 4FO0 A; 3SV4 A; 1K8K A; 3CJ1 A; 1VQ6 N; 4CHN A; 4GW6 A; 5C24 A; 3ZT1 A; 4DLG A; 4M45 A; 3ISN C; 2GX9 A; 3EE9 A; 2HMP A; 5FPD A; 3AY9 A; 1J6Z A; 4DQS A; 4DTS A; 2W41 A; 5FRN A; 3IKM A; 4B8C A; 4XEI A; 1X1P A; 1YJ9 N; 2HND A; 2QWP A; 5BRD A; 2HHQ A; 2ASO A; 1B9D A; 3C65 A; 1KQS M; 4OKJ A; 2ETJ A; 4EP5 A; 4I9L A; 2BE2 A; 4BVO A; 4DR3 K; 3P38 A; 3NH2 A; 1NMN A; 5AQT A; 4F2R A; 3HVR A; 2BAN A; 1RBR A; 1GLB G; 2X6S A; 3D2E B; 3J7Y P; 4J2E A; 1J53 A; 2Q1N A; 1SV5 A; 3NAE A; 1HMV A; 4HUF A; 1VQN N; 1C0T A; 2PFU A; 1VQ4 N; 2G8K A; 1QS4 A; 1K8A O; 4KKO A; 1K73 O; 3E9L A; 4X64 K; 3R3L A; 4CBX A; 2Q2R A; 1W97 L; 5ADX H; 4LF7 K; 3KHY A; 1CZA N; 2GV9 A; 3R6M A; 2XY7 A; 1QE1 A; 3HM9 A; 4CK2 A; 1E4F T; 2D0O A; 4BRG A; 4JRP A; 4DF4 A; 5K14 A; 2B6A A; 3CM5 A; 4LFC K; 4FWN A; 4KRF A; 4WYB A; 1KLN A; 1RDA A; 3SAF A; 4A59 A; 5AQF A; 4DV7 K; 1WAJ A; 3HPH A; 1NJI O; 1U2V B; 2EHG A; 4E89 A; 2FBY A; 4H4M A; 1VQM N; 5CR4 A; 3M8S A; 1X3M A; 2VG5 A; 1BOT O; 3CCS N; 2P9N B; 5C10 A; 1Q8I A; 4FLT A; 1XQS C; 3O8M A; 1NNE A; 2Q36 A; 1WSG A; 4NYF A; 3P5J A; 5HRR A; 1TK5 A; 4Z4G A; 4F4K A; 3HM8 A; 4CF1 A; 3OS2 A; 2W42 A; 3VGK A; 4FJX A; 4CGG A; 3O4N A; 3HXM A; 3FFI A; 2P9I B; 3MX2 A; 1YVN A; 4IEI A; 4LH5 A; 3NDK A; 1S1V A; 3BEX A; 2X78 A; 4N5S A; 2O8B B; 4I9Q A; 4H0O A; 3MDQ A; 2KFN A; 4RG8 A; 1HNV A; 3IS9 A; 4E7J A; 3VEV A; 2GUI A; 4NCB A; 3CCU N; 1KTQ A; 2YHA A; 3GG4 A; 2A3Z A; 1ASW A; 4U7B A; 3ID8 A; 3VQ9 A; 4DTO A; 4ILG B; 5HOO A; 1RTH A; 3SQ4 A; 5F2R A; 4LF4 K; 3KJV A; 5D3G A; 2FBV A; 4B08 A; 3OYJ A; 1C1C A; 3C94 A; 4BR5 A; 2P9P B; 4ZTF A; 3TAE A; 1M1K O; 1LWC A; 1LCU A; 4CZM A; 2PZS A; 3C6T A; 1BU6 O; 4JLH A; 3CCJ N; 3BF3 A; 2HST A; 1LAV A; 1WLJ A; 1Z25 A; 3C7N A; 3EO3 A; 4MLE A; 4CJU A; 1NM1 A; 1SL0 A; 3E9O A; 3A5O C; 3SUO A; 1RT1 A; 2UXB K; 4O4G A; 4WQ5 A; 1WAF A; 1TUU A; 1YJW N; 5FRM A; 3QET A; 1ITG A; 4JAX A; 1N36 K; 4DFM A; 5LMU K; 2HBL A; 3RVC A; 3TTF A; 1K8K B; 4JI3 K; 2VWK A; 3QFP A; 4K43 A; 3WNH A; 4BRO A; 3HL8 A; 4K8Z A; 3G10 A; 1TYQ A; 3KD5 E; 1QHA A; 3WNG A; 3ZEU A; 1GOA A; 3LZJ A; 1RT4 A; 3U8X A; 2D5R A; 1QVF M; 5ADX A; 4DR5 K; 2YV0 X; 1VQO N; 1X9S A; 4JI0 K; 2P9L B; 1RCH A; 4DS5 A; 3C6H A; 3RRG A; 4ISE A; 4U67 L; 2Y1J A; 4DF8 A; 1QSY A; 1RT2 A; 1S3X A; 5AZI B; 2E2Q A; 2IOC A; 4JYA K; 3M1F A; 4AHR A; 3ZSW A; 2NZT A; 1TVR A; 4H5W A; 3M8P A; 1CZ9 A; 3AA3 A; 2YI1 A; 3VEO A; 4E0D A; 2HHX A; 1KXP A; 1LV5 A; 3ZSQ A; 4CJS A; 4W5N A; 1W9H A; 3AVM A; 3UKU B; 3DI6 A; 4BRQ A; 1TYQ B; 4Q0B A; 4MO5 A; 4NB4 A; 3IFR A; 4A62 A; 5C12 A; 3W0L A; 4CEO A; 3LWM A; 2QTD A; 3ZSV A; 1Q86 O; 1KD1 O; 4JD2 B; 2E5L K; 4F3O A; 4R79 A; 3H3N O; 2A1R A; 1XHZ A; 3RR7 A; 4Z4E A; 3AVN A; 4OKE A; 3SYZ A; 4CF9 A; 4H03 B; 3UB5 A; 3ULD A; 2E1Z A; 3OYE A; 2IAJ A; 5AQO A; 3R9P A; 2HOE A; 4NLB A; 4DMN A; 3VQA A; 2A41 A; 4C8M A; 3DLK A; 1W2B M; 5J2P A; 4PKI A; 5CY4 A; 1Y64 A; 4O44 A; 5KPT A; 3VQD A; 4ZHR A; 4MLH A; 1CXQ A; 4B9M A; 4CED A; 4QS8 A; 4W5O A; 1BA1 A; 3QIC A; 4RW8 A; 3PX6 A; 5HRO A; 4A5A A; 1WSE A; 4B9S A; 3OY9 A; 4QAG A; 2W6K A; 4KHP K; 3ZSX A; 3A8Y A; 4OGE A; 1RBV A; 2FSN A; 1ZBI A; 4CJE A; 4LFA K; 5B8H A; 3SZ2 A; 1RDW X; 2ZF5 O; 2HF3 A; 3K57 A; 3PV8 A; 2NRR A; 5EVZ A; 4M3W A; 5JVG L; 3T1A A; 4B3S K; 2Z1I A; 5TKY A; 3E1Y A; 2VCP A; 3CC4 N; 4H8K A; 3T3F A; 3CYM A; 4B1W B; 1UOC A; 4JKH A; 3UE5 A; 2D0P A; 1TK8 A; 3PIO L; 1L3U A; 1VK0 A; 3HYF A; 4DKW A; 3AVL A; 4JKG B; 1X9W A; 1BCM A; 4C8O A; 2IVN A; 1YVU A; 2I7P A; 5HRP A; 2ZM6 K; 3R1X A; 4DFJ A; 5GAE P; 5DK5 A; 2PY5 A; 1NKC A; 4O55 A; 1ZBS A; 1HUX A; 3O4W A; 1TKX A; 4CZL A; 5C0Y A; 3O9S A; 4PWD A; 4GVM A; 4FJ7 A; 2CH6 A; 4CJ3 A; 5DM7 L; 4BC4 A; 4B3O A; 1NKB A; 1KC8 O; 5HL7 L; 3N4P A; 2VQE K; 4YFU A; 3ZSR A; 4E7K A; 4O0J A; 5LMN K; 3O1B A; 4FJK A; 5BR9 A; 4A2A A; 4DV4 K; 1MA9 B; 4JKB A; 4CBU A; 4CES A; 1JLA A; 2KLA A; 2UUB K; 3P83 D; 3K5N A; 3QER A; 3VMF B; 4DTX A; 4CE9 A; 3SUP A; 3ZYY X; 4J8F A; 4AF1 A; 3EE8 A; 2D0A A; 4CZF A; 3L2V A; 4DU4 A; 5BN8 A; 4NXN K; 4DU1 A; 5LY3 A; 4JKC A; 1QQM A; 5LL6 Z; 3NH0 A; 3C6A A; 1JLQ A; 4FJM A; 4JKG A; 1XMO K; 4EZ6 A; 1Q81 O; 4E1J A; 3I8B A; 3MWT A; 5AQX A; 4FWM A; 2OPR A; 3ASM A; 1U45 A; 4K0K K; 1RTI A; 4DHY A; 5JLF A; 3S3O A; 4CGI A; 5JS2 A; 3G6E N; 4IKF A; 4CEF A; 4YNQ A; 4BR4 A; 4IJN A; 2YHX A; 2VQF K; 4YHH K; 4BDP A; 3LL3 A; 1C0F A; 4BRK A; 4W5Q A; 3CFP A; 2O8F B; 4RTF D; 3MN5 A; 2Q3S A; 1NK5 A; 4CJL A; 3KTQ A; 1IO2 A; 3CQ8 A; 4OVL A; 2XO7 A; 1VSM A; 1NK4 A; 3KLG A; 1LW0 A; 3L0Q A; 4CEZ A; 1NMD A; 4N56 A; 4CF8 A; 1KVC A; 1IKW A; 2CGJ A; 3DLE A; 3AVF A; 3LP0 A; 3CFR A; 4IDH A; 4BY9 C; 3KLI A; 4CW7 B; 2ZGY A; 3OTO K; 2AA4 A; 3TTD A; 1C6V A; 4BE1 A; 3T19 A; 3KK3 A; 5AQU A; 4DLE A; 3CQY A; 4C8N A; 1QSL A; 3B6O A; 1JXB A; 1S22 A; 4IFY A; 2CGL A; 4DWI A; 3HBT A; 1JCE A; 1VQ5 N; 3QDK A; 4B1Y B; 3VQ5 A; 1U4B A; 3BDP A; 2GEM A; 4FM2 A; 3A2F A; 3NHG A; 3QFU A; 1Q82 O; 3DRP A; 4HUE A; 3O9U A; 3TAM A; 3CM6 A; 2D0B A; 3AO1 A; 2HBK A; 2FBT A; 2NRZ A; 4F9O A; 4O0I A; 2NRX A; 4CJF A; 3MED A; 3QEV A; 1P8Z A; 3AAP A; 4FVM A; 2HVH A; 4MDB A; 4KH4 A; 4JS4 A; 1VHX A; 3VQP A; 1NGF A; 1BO5 O; 4HCB A; 1HNW K; 3TAR A; 3IAY A; 3SAG A; 5EU7 A; 3SI6 A; 1H1V A; 5EXW A; 3AVC A; 3V9U A; 3L6Q A; 2P9U B; 4Z0U A; 2P5O A; 5AQS A; 4F8R A; 2FSJ A; 3THX A; 3H08 A; 5JLH A; 4PQU A; 4OPJ A; 5HBM A; 4Z4C A; 5AQG A; 3BZC A; 2WUS A; 4BE0 A; 2YHB A; 3THW B; 1YXQ A; 4N41 A; 1KFS A; 1GLJ O; 1ZBF A; 3MX5 A; 4BWJ A; 2KFZ A; 3VEX A; 4CJQ A; 1VSL A; 4DSE A; 3CFO A; 2P9S B; 3OBW A; 3SK3 A; 3PY8 A; 3QBX A; 3R8E A; 4HUG A; 1X9J A; 3RWU A; 5AQK A; 4FZY A; 4AIL C; 3ZSY A; 3LDN A; 4H0X B; 4H5N A; 3VES A; 3D2F B; 2PYJ A; 2GBZ A; 3DXM A; 3ITH A; 3HI0 A; 5E84 A; 3PX4 A; 1SL2 A; 1SKR A; 1KVA A; 5AQY A; 3D2E A; 3OS1 A; 3OYC A; 4B1X B; 3VET A; 3K5L A; 3NF8 A; 3N4Q A; 3VQE A; 4BC3 A; 3F9M A; 3QNN A; 4JI6 K; 1JCF A; 3PX0 A; 5GAG P; 3MCP A; 3DLG A; 1JLB A; 2DY4 A; 4E7H A; 3NVK A; 2QXL A; 3QML A; 3U6F A; 1S9E A; 4OX9 K; 2P9K A; 3CCL N; 4IDK A; 2EX3 A; 1J9A A; 3SBT A; 4CZG A; 5KQ8 A; 4N76 A; 1YT3 A; 4QS7 A; 3L2R A; 1Q18 A; 4DQI A; 4V19 S; 4DR4 K; 4IG0 A; 1NJX A; 3AVJ A; 2D0C A; 3J81 O; 2E6M A; 4DV1 K; 4IOX A; 1GLA G; 3DOK A; 3DLL L; 3HP6 A; 5AQR A; 4DSI A; 1OVY A; 4CZK A; 1XUP O; 4JD2 A; 1U6Z A; 2NUB A; 4DSK A; 5EOY A; 3HOS A; 3RTV A; 4E7L A; 4NCG A; 4KFB A; 1WB9 A; 3RMA A; 4Y1C A; 2O8C B; 1RNH A; 1I3A A; 1B9F A; 1NOZ A; 3V81 A; 2GUP A; 2CH5 A; 4BRF A; 4DG1 A; 4BRE A; 2JWK A; 2P5G A; 3SBG A; 3JAM O; 1GLL O; 3WXL A; 2FF3 B; 4I2P A; 1REV A; 3G0Z A; 3L2U A; 5KI6 A; 4KHS A; 3B6P A; 4RW7 A; 1U48 A; 1HYZ A; 1T6D A; 5KRT A; 5GIO A; 1A5V A; 1J54 A; 5AR0 A; 1ZBU A; 2E2N A; 2A42 A; 1XNR K; 1VQ7 N; 2KQ2 A; 4CEC A; 3KLH A; 4H0V B; 3GE1 A; 3VEW A; 3VER A; 3CCM N; 1KLM A; 1HQE A; 4OJR A; 3M6G A; 2IIR A; 3J7A P; 3FGU A; 1MWM A; 3JXU A; 3VQ8 A; 3NGI A; 5AQI A; 2F9W A; 4BDY A; 4O8U A; 3OYD A; 3U4L A; 1EXQ A; 1NJY A; 2WON A; 1O1W A; 3RMB A; 5AZJ B; 1E3M A; 4B9V A; 4KTW A; 3EEQ A; 2A40 A; 4GKJ K; 2G8I A; 3VQC A; 5AQQ A; 1BDG A; 2WTU A; 3K0S A; 1L3V A; 4FLW A; 3OBY A; 4KRE A; 3AVG A; 2ZGZ A; 3C7N B; 4CHO A; 4QS9 A; 4YOW A; 4AHC A; 3WNF A; 1QSS A; 4CVN E; 2QW9 A; 3WEE A; 4RW6 A; 5CZ1 A; 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1WBD A; 2KZM A; 4DB3 A; 3OYG A; 4DSJ A; 1ZXO A; 3VQ6 A; 1NWK A; 5T7B A; 3OJU A; 2HHT A; 1NK7 A; 3O80 A; 4G1Q A; 3F9K A; 2V52 B; 2A5X A; 4GMJ B; 1Y97 A; 2I7N A; 5J2N A; 1EET A; 3VGM A; 2B5J A; 3AVK A; 3UKR B; 4E3S A; 4M3T A; 2Z1J A; 3M5R A; 3TAB A; 5AQM A; 1TV6 A; 3J80 O; 2Q0U A; 4O8K A; 4HHT A; 2G8W A; 1NGE A; 4DSL A; 4PY5 A; 1SS6 A; 4OPA A; 4BQL A; 4ICL A; 5TKW A; 5M1F A; 3LAL A; 4WF9 L; 4GV3 A; 2YNF A; 3P4I A; 2E2P A; 4JHD B; 4FCY A; 1LOT B; 3SV3 A; 1RT5 A; 4B8A B; 4E19 A; 2ZQB A; 4CFB A; 1YHQ N; 1VSF A; 3ATU A; 4GNI A; 4OPK A; 3MXI A; 2IVP A; 4BC2 A; 4KH6 A; 1MU2 A; 1S6Q A; 3HT3 A; 1D9D A; 1NK9 A; 3SMS A; 4FYD A; 2Q97 A; 3DYA A; 5A2Q O; 3RMD A; 4WE1 A; 1S6P A; 4FLX A; 3AV9 A; 1JLC A; 3M8R A; 3ZT2 A; 3GBT A; 3OJS A; 3SUQ A; 3LDQ A; 2F8T A; 2OTL N; 3I33 A; 4A57 A; 2F9T A; 1T05 A; 4A5B A; 1FK9 A; 3ZX3 A; 3BP8 A; 2X74 A; 4IXC A; 4CZH A; 3U3Y A; 2BTF A; 4LF9 K; 4M3X A; 2P9S A; 4BRL A; 4FWR A; 3TAN A; 4CHP A; 4IZ9 A; 2QK9 A; 3H6E A; 1S5J A; 5FPN A; 1T03 A; 4KHY A; 2E8A A; 3CET A; 3LAM A; 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