The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
26
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3T K; 1XMO K; 2ZM6 K; 1HNW K; 4DV2 K; 3J7Y P; 4DR3 K; 1N36 K; 1N34 K; 2F4V K; 1XNQ K; 5LMU K; 1I94 K; 2UU9 K; 2E5L K; 4CW7 B; 1HNZ K; 4DV7 K; 3T1H K; 4JI2 K; 4LFB K; 3T1Y K; 4OX9 K; 2UUA K; 1N33 K; 4X65 K; 3J81 O; 2HHH K; 3JAM O; 4V19 S; 1IBL K; 4DV3 K; 1IBM K; 4DR5 K; 4AQY K; 4X62 K; 4NXM K; 4LFC K; 4DV4 K; 1N32 K; 1XNR K; 4JI4 K; 4JI6 K; 4K0K K; 4LF7 K; 4LF8 K; 4LF5 K; 4JYA K; 1HR0 K; 4X66 K; 4YHH K; 4DR1 K; 4LF9 K; 4DR7 K; 4X64 K; 5LL6 Z; 4B3S K; 4YY3 K; 4DR2 K; 2UUB K; 4B3R K; 4DV5 K; 4CVN E; 5A2Q O; 1J5E K; 4LFA K; 4JI1 K; 5LMN K; 4DR4 K; 5FLX O; 4JI5 K; 2VQF K; 4GKJ K; 4NXN K; 4DV1 K; 2UXC K; 2UXB K; 4B3M K; 4DUZ K; 5IWA K; 4JI0 K; 1HNX K; 5BR8 K; 4JI3 K; 5IT9 O; 4JV5 K; 4DR6 K; 2VQE K; 2UUC K; 2UXD K; 4DV6 K; 3J80 O; 4DV0 K; 4KHP K; 1FJG K; 4LF4 K; 4JI7 K; 4JI8 K; 3OTO K; 4GKK K; 4LF6 K; 3J7A P; 5AJ3 K; 4DUY K; 1IBK K; 1XMQ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DSI A; 1HQU A; 1D8Y A; 4NCB A; 1RFQ A; 5HRO A; 1RDU A; 4FPB A; 5CYM A; 2GBZ A; 3IDH A; 3QBW A; 2QW9 A; 3EE8 A; 3JYT A; 3TU5 A; 1M90 O; 3GG4 A; 2RHK A; 3MEC A; 2E5L K; 3L3V A; 4DSJ A; 1HLU A; 4OKJ A; 4FZY A; 3OVN A; 3K57 A; 3U4L A; 1VSL A; 3RMD A; 3QEP A; 3LP0 A; 4DSE A; 2VGN A; 4M3W A; 3OBW A; 3NCI A; 2D0A A; 3ZX3 A; 2W6L A; 4BG8 A; 1NOZ A; 1FKP A; 4FJH A; 3H45 C; 3DRR A; 3E1Y A; 3KKR A; 3Q7C A; 4Y1D A; 3NH2 A; 4E7K A; 3I8D A; 4C8L A; 1SV5 A; 3ZEU B; 2HF4 A; 3FZH A; 4M7X A; 4YOV A; 3A5L C; 1KAY A; 1NGG A; 2CGJ A; 3C94 A; 4XEI A; 3IFR A; 4KHN A; 4DQS A; 4IO8 A; 4WQ5 A; 2E1Z A; 1U04 A; 4E19 A; 3F9M A; 3O3F A; 5H1S Q; 2KHO A; 1LWF A; 2XY8 A; 2BDP A; 4FLY A; 1EP4 A; 2HNZ A; 1X1P A; 3GL1 A; 3G10 A; 3HYF A; 5AZI A; 2XRI A; 3DYA A; 4KTZ A; 2QM1 A; 2ASO A; 3W3D A; 1BQM A; 1W0H A; 3QEW A; 1NWK A; 1TKX A; 3TAE A; 4JKF A; 4NYN A; 3A2F A; 4FL9 A; 3AA4 A; 4MDA A; 1HKG A; 1WSF A; 4IZ9 A; 5AQT A; 2P9K A; 3O9T A; 4FJ7 A; 1Y64 A; 3QET A; 3MED A; 2BH1 A; 2QTD A; 4XH5 A; 3TWH A; 1IG9 A; 1KQS M; 3VQ5 A; 2E8A A; 1G15 A; 1RTD A; 3SCX A; 2F8T A; 1XUP O; 3V1O A; 5BRF A; 5KRT A; 3GDQ A; 4J2D A; 2O8B B; 4IDK A; 3MXJ A; 1TK0 A; 1SKW A; 5AQP A; 1DTQ A; 3DRP A; 3ZX2 A; 4AIL C; 1A5X A; 3KK7 A; 3CD6 N; 2GTD A; 3CME N; 4DQ8 A; 1IKV A; 1BI4 A; 4BGB A; 1YJ9 N; 3OJU A; 4DF4 A; 3DM2 A; 3THY A; 4B9M A; 3V9U A; 3RSE B; 2E2Q A; 3QEV A; 4DTM A; 3KIO A; 2W6K A; 5GIN A; 4CBX A; 3RRH A; 2HOE A; 3OA9 A; 1GOC A; 4CHP A; 1X9M A; 4DWI A; 1U48 A; 1YHQ N; 3CXC M; 4DV7 K; 3O9S A; 4ELU A; 3D7E O; 1NJW A; 4EFH A; 5GIO A; 1BUP A; 3E9O A; 4OGE A; 4Z4H A; 4GMJ B; 3TAM A; 5HL7 L; 1IBM K; 1BI4 B; 1J9A A; 2Q0U A; 2F8S A; 1SKS A; 2KZZ A; 1BO5 O; 3U6F A; 5FRN A; 1XNR K; 1I3A A; 1DLO A; 3ZSX A; 3TAQ A; 1C0F A; 5TKY A; 1NLV A; 1MWK A; 1SAZ A; 2YV0 X; 2Z1H A; 5E26 A; 3CYM A; 1C0T A; 4JYA K; 1NKE A; 2WUS A; 4G9Z A; 4RW7 A; 3VA3 A; 3EN9 A; 1ATR A; 4X66 K; 5C12 A; 4DFK A; 3DRS A; 4ICL A; 3CQY A; 3KJV A; 1N5Y A; 4CGI A; 3VET A; 1BGX T; 1GLE G; 1WBB A; 4QOZ B; 4FLZ A; 3CJA A; 3WXM B; 5BRH A; 2UUB K; 1N8R O; 2IAJ A; 1L3V A; 3RRG A; 3KWG A; 5AQQ A; 4DSK A; 4JRP A; 2P9P A; 2G8K A; 1VQK N; 3FZL A; 3R9P A; 4ID1 A; 4XH4 A; 2GWJ A; 3NE6 A; 4JS5 A; 4H0Y B; 1BG3 A; 1TVR A; 2E6M A; 3SAG A; 1EXQ A; 3OYD A; 4AM6 A; 4FJI A; 1ATN A; 1YJW N; 4ILJ A; 2ASP A; 2FSK A; 2ZD1 A; 3CPW M; 5F2R A; 3HO1 A; 4CJQ A; 4KB0 A; 2O8F A; 3IG1 A; 1U4B A; 1LWC A; 3P31 A; 1T6C A; 5JLF A; 1QQC A; 1RBR A; 2A5X A; 2FBV A; 3TTD A; 4X64 K; 1XMQ K; 4FJM A; 1LV5 A; 3M8Q A; 1P8Z A; 4FVM A; 3OYJ A; 1BCM A; 4M42 A; 1S1X A; 3VF6 A; 2KLA A; 1KSP A; 1XNQ K; 4CEF A; 5CZ1 A; 4CF0 A; 3VQD A; 4NCA A; 4BRC A; 4E1M A; 1RT3 A; 5C0Y A; 4U7B A; 4IOX A; 1BIS A; 1VHX A; 2VCP A; 2PAV A; 2WBN A; 2HHT A; 3AO5 A; 1JLG A; 1REV A; 4FWM A; 2UUA K; 3H1V X; 1Q9X A; 3VF4 A; 3N4P A; 1N33 K; 3ENO A; 3MWP A; 4LH5 A; 1ESV A; 2DFE A; 1OKJ A; 3K5N A; 3O3G A; 3G25 A; 4JK8 A; 1WB9 A; 4EZ6 A; 2FBY A; 2IDO A; 2A41 A; 1KD1 O; 4ISF A; 1KRP A; 2HBM A; 4HUG A; 1FXX A; 2QK9 A; 4HVJ A; 2IGI A; 4CEB A; 4JI6 K; 1T03 A; 2DTU A; 2FC0 A; 1OVQ A; 4CES A; 1SL0 A; 1UAX A; 4FSV A; 3IAY A; 3DLL L; 2P9N A; 1SS6 A; 5AQU A; 4WE1 A; 3K2P A; 1LWE A; 3C7N B; 3ID8 A; 4CEE A; 1CXQ A; 4FW1 A; 3KD1 E; 3ATU A; 1TYQ A; 1C6V A; 1EQY A; 4OJR A; 1WAJ A; 4BE1 A; 1IKW A; 1JLE A; 2HMP A; 4CBW A; 4BRL A; 4YOX A; 4IO9 L; 3PSF A; 4CHY A; 3SUP A; 1BHL A; 4KHY A; 2ITM A; 4F2S A; 1N6Q A; 2X6N A; 3BGR A; 3ZEU A; 4E7J A; 2YNF A; 3K0S A; 4N76 A; 5KGX A; 1BOT O; 3LDQ A; 3HVT A; 3RSE A; 2UXD K; 4H5V A; 5AQN A; 2CGL A; 4QS8 A; 2VG7 A; 4DS5 A; 1ZBL A; 2QWR A; 2RPI A; 1QQN A; 3NH0 A; 3F9K A; 1FW6 A; 5AQM A; 1O13 A; 2ZM6 K; 1S3X A; 1JXE A; 4FWN A; 3B6P A; 4CED A; 3ZSV A; 3V9Z A; 1YJN N; 3MMV A; 3QEX A; 4JKG A; 4BRI A; 4RWT A; 5E41 A; 3L4I A; 4FJK A; 4EP4 A; 2RE2 A; 4NLB A; 3LDS A; 2QXF A; 1NK5 A; 2O8E B; 3QIN A; 1J5O A; 4FM1 A; 2EWS A; 1SKR A; 3HZ6 A; 4KHS A; 3UKU A; 4CJL A; 4MFB A; 2V7Z A; 4OPK A; 2P9I B; 1QS4 A; 1ZBU A; 2I7P A; 4RW6 A; 2NRV A; 3A5N C; 3VQE A; 1V4S A; 5AZJ A; 4AQY K; 2V7Y A; 3N4Q A; 3TAR A; 4YOW A; 2BAN A; 3O8M A; 4FYD A; 3PIO L; 4CJ7 A; 5DM7 L; 3OYB A; 3C65 A; 3H1Q A; 3ZSQ A; 1OH7 A; 4CJ5 A; 1BWF O; 4CJS A; 4Q5V A; 1NG9 A; 3L4Q A; 4HTU A; 4CIG A; 3O9R A; 5HBM A; 3VEN A; 3OYM A; 1VSF A; 3WEE A; 3L3U A; 3DXM A; 3R8E A; 3SMP A; 1GOB A; 1NGA A; 3KLI A; 1YT3 A; 4J2B A; 1QZ6 A; 1ZBH A; 1LOT B; 2JGU A; 5AQX A; 1U45 A; 1J6Z A; 4M3X A; 4MDB A; 5AQL A; 3L8B A; 1XWL A; 5FRM A; 1J5E K; 2NRT A; 2X78 A; 3AVM A; 3WNH A; 1KCF A; 2HHW A; 5AQH A; 2G8W A; 3HTV A; 1RTJ A; 2HHU A; 2VWK A; 1CLQ A; 1GLC G; 4M63 C; 1C0U A; 2GWK A; 2F9W A; 4GW6 A; 3VMF B; 3KK1 A; 4KB1 A; 4PKG A; 3KLG A; 1LW0 A; 1KTQ A; 3O9Q A; 4CJE A; 1VQ7 N; 4JI8 K; 3CCM N; 3THX A; 4M7Y A; 3NBP A; 2GUI A; 2P9L A; 1BCO A; 2OCE A; 3VQ4 A; 4NYF A; 1TKZ A; 1K6Y A; 3CCJ N; 4B1Y B; 1VRT A; 4CZH A; 2YI1 A; 4IG3 A; 4JNE A; 2A40 A; 1JL2 A; 4YDU C; 4CIE A; 3HPO A; 3ULD A; 3OS0 A; 1JJ2 M; 2AP1 A; 4K41 A; 1BU6 O; 1RBT A; 4B8C A; 1S9G A; 4H03 B; 5KI6 A; 1HJO A; 4WQ4 A; 3ZYY X; 4K25 A; 4Z0U A; 1X9W A; 4X65 K; 4RTF D; 1BA1 A; 4IDH A; 3HK2 A; 4I6M A; 4DSF A; 1VSK A; 3GE1 A; 3HP9 A; 4I2P A; 5SWM A; 4DV3 K; 3KLF A; 1HKC A; 4JHD B; 2P9U B; 4CJ3 A; 3BDP A; 2GEM A; 3ZT1 A; 3CCR N; 4JI4 K; 2QWL A; 4H5N A; 1HUX A; 3DMJ A; 2YHW A; 3KWI A; 4Z94 A; 3DWL A; 3AO4 A; 1D9F A; 2DY4 A; 2W40 A; 2IVP A; 5BR9 A; 2W41 A; 2P9U A; 2VWB A; 3WXJ A; 4DR1 K; 4LF9 K; 4CK2 A; 1OVY A; 3F73 A; 3RR7 A; 4KH5 A; 1YVN A; 3QIC A; 3I33 A; 3DXK B; 1NJX A; 2O4I A; 4ZHR A; 4UY8 O; 4AF1 A; 3SNN A; 1MWM A; 3WXL A; 4CFB A; 3OS1 A; 4MLE A; 1X9J A; 4YNQ A; 3B8A X; 2RKI A; 1OH8 A; 1W97 L; 5HRS A; 1Q18 A; 4WFB L; 3IRX A; 2IVO A; 3E9L A; 3HM9 A; 4JI0 K; 1HNX K; 3RR8 A; 1TV6 A; 1NGJ A; 4BR9 A; 1VQ5 N; 2ZQB A; 4DQP A; 3D2F A; 3C7N A; 1HPM A; 4H0T B; 1QVG M; 4KHP K; 3NGZ A; 3HP6 A; 3OYK A; 4IKF A; 3ZET A; 5AQJ A; 3SYZ A; 3K5M A; 3KVG A; 5F1X A; 3EE9 A; 2KFZ A; 3IKM A; 4DF8 A; 3V9S A; 4CJR A; 4L3Q A; 3K9J A; 3QBX A; 4L8R B; 1K8K B; 1BQN A; 4JKG B; 3CF5 L; 3CMA N; 3D6R A; 4W5T A; 2CH5 A; 4KHU A; 3I56 N; 5LMU K; 1K73 O; 3SI6 A; 4F3T A; 4K43 A; 1MDU B; 3ASM A; 3MCP A; 5AR0 A; 2B5J A; 3VGM A; 2QI2 A; 4N56 A; 3LDP A; 4DS4 A; 4CFC A; 4KFB A; 4X62 K; 4FWP A; 3FLC O; 4LFC K; 1YF5 L; 3O4W A; 3SJJ A; 1I39 A; 1LW2 A; 3RMB A; 3B6O A; 4B9L A; 4NB4 A; 5C24 A; 1K8A O; 4DU3 A; 1NMD A; 4BE0 A; 1HYZ A; 3AGR A; 3ZT4 A; 4CGJ A; 4LF7 K; 2HVI A; 4BR0 A; 1Q8I A; 1QTM A; 4FOI A; 2QWN A; 1S72 N; 4N47 A; 3FGU A; 2YJF A; 4CCH A; 1C1C A; 2P5O A; 2Z1I A; 5D3G A; 2IOC A; 4KAZ A; 4YOR A; 1TL1 A; 3O6W A; 4BVP A; 3O80 A; 1NK9 A; 2HHV A; 3G4S N; 2E1Y A; 3LDL A; 1WN7 A; 3NF7 A; 1B9F A; 4FJ8 A; 3SJH A; 5AQO A; 1BIZ A; 4M3R A; 1CZB A; 4BRD A; 4FOE A; 4FWK A; 1RBV A; 2UXC K; 4F2R A; 4CHZ A; 5FPD A; 4FWO A; 2UXB K; 3DLK A; 1JLF A; 3CM6 A; 1HYV A; 2Q1N A; 1XC3 A; 3S3O A; 5FPE A; 4OLB A; 3M3Z A; 3EEQ A; 3MN9 A; 3CPE A; 3CCU N; 5AZI B; 5E84 A; 3I8B A; 4O0I A; 1Q81 O; 4PY5 A; 2HNY A; 4OPJ A; 3O3H A; 3OTO K; 4YOT A; 3LAK A; 2HHS A; 1RT1 A; 1ASW A; 2A6A A; 1RBS A; 3WUH A; 1QQM A; 1X3N A; 4BRM A; 4CJW A; 5M1F A; 4FM0 A; 4DFJ A; 2XY5 A; 4B3O A; 2VG6 A; 2PBD A; 4B8A B; 4CIF A; 2KFN A; 1Z26 A; 3I55 N; 4FJN A; 1S9E A; 5MLC Q; 1KLN A; 5HRR A; 1VQP N; 2D1K A; 1NKC A; 4DTS A; 4FWR A; 1NU0 A; 4Z4F A; 3SBG A; 1RNH A; 2O8B A; 1HX1 A; 3OYL A; 3PSI A; 3KLH A; 3CCE N; 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3NF6 A; 4FM2 A; 3V1R A; 3J7Y P; 5CYQ A; 3SUQ A; 5C2F A; 1ASU A; 1T8E A; 2E4L A; 3CFR A; 1L3T A; 1BL3 A; 4IJA A; 3KD5 E; 5C10 A; 1HNZ K; 4KBO A; 4CZE A; 1A5W A; 3HPG A; 4OGC A; 1NK0 A; 1JL1 A; 3CQ8 A; 2HHH K; 3JAM O; 1ZC6 A; 4DTO A; 1L5U A; 1WSE A; 2XY7 A; 4W5Q A; 3O08 A; 4PL8 A; 3SBT A; 5HLF A; 3P83 D; 4Y0W A; 4FLU A; 3ZET B; 1SUQ A; 2HND A; 4CEC A; 2NRR A; 4MO5 A; 5DMR A; 4IG0 A; 4Z4I A; 5FRO A; 4I2Q A; 1HR0 K; 3TR8 A; 3AY9 A; 3THY B; 5TKW A; 1YIT N; 1DTT A; 4F9O A; 1Q7Y O; 4C8N A; 2Q97 A; 2NRZ A; 4ISE A; 4RW8 A; 5BN9 A; 1WLJ A; 1GLL O; 3QNO A; 3FZK A; 2GX9 A; 4B3R K; 1IV0 A; 3QB0 A; 3SAH A; 4JHD A; 4BR5 A; 4G1Q A; 3SAF A; 4BG9 A; 1VQL N; 4RCH A; 1P90 A; 1VSM A; 3SV4 A; 3NAE A; 3H6E A; 1OH5 A; 1R59 O; 1S5J A; 4A57 A; 4BWM A; 1WSG A; 1NGI A; 4C23 A; 3UE5 A; 1W9H A; 3O5B A; 3M6G A; 4QAG A; 4CK3 A; 4PWD A; 2HST A; 3GOI A; 4KTQ A; 1YTU A; 4W5N A; 3LP3 A; 4XIU A; 3ID6 A; 1FJG K; 3QES A; 1Q82 O; 3BUZ B; 4CD3 A; 4BQZ A; 1U2V A; 1U47 A; 4DUY K; 4H0V B; 1KLM A; 2HF3 A; 3CM5 A; 3UKU B; 3HM8 A; 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