The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
26
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X64 K; 2UUC K; 1N36 K; 2UXB K; 4B3M K; 4JYA K; 4LF8 K; 4DR3 K; 1XNQ K; 3J81 O; 1I94 K; 4DR6 K; 4DV6 K; 4OX9 K; 2HHH K; 3T1H K; 4JI4 K; 4JI7 K; 4DV1 K; 4DUZ K; 4JI8 K; 4V19 S; 4GKJ K; 1N34 K; 1XMQ K; 1N32 K; 4LF4 K; 4LF9 K; 5AJ3 K; 4DR7 K; 3T1Y K; 1XMO K; 4NXM K; 4K0K K; 3J7A P; 4X65 K; 4DR1 K; 4DV4 K; 1IBK K; 4CVN E; 4YHH K; 5FLX O; 4CW7 B; 4LF7 K; 2F4V K; 1HNZ K; 4JI2 K; 4JI6 K; 5LMN K; 4LF6 K; 4JV5 K; 2UU9 K; 4GKK K; 3JAM O; 2VQE K; 5LMU K; 4NXN K; 4B3S K; 4KHP K; 1FJG K; 4DV3 K; 4DR4 K; 5IWA K; 1HNW K; 4JI3 K; 4DR5 K; 2UUA K; 4JI0 K; 4YY3 K; 4JI5 K; 4DV5 K; 4DV2 K; 4LFC K; 2UXD K; 4DV7 K; 4LF5 K; 2VQF K; 4B3T K; 4LFB K; 1N33 K; 4B3R K; 5A2Q O; 3OTO K; 4AQY K; 5IT9 O; 2E5L K; 5BR8 K; 4DR2 K; 2UUB K; 5LL6 Z; 4X66 K; 4DV0 K; 3J7Y P; 4DUY K; 2ZM6 K; 3J80 O; 2UXC K; 4X62 K; 1HR0 K; 1XNR K; 1IBM K; 1IBL K; 4LFA K; 1J5E K; 4JI1 K; 1HNX K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1U2V A; 1RT2 A; 1TV6 A; 2Q1N A; 1XQS C; 2B5J A; 2E20 A; 2YI1 A; 5JVH L; 4LF8 K; 4BGA A; 2EWS A; 3LP3 A; 3T19 A; 3KLF A; 2W40 A; 3EO3 A; 5BRD A; 3WXM B; 3A2F A; 1HJO A; 3OJS A; 4PKI A; 1MDU B; 4I2Q A; 3GBT A; 3ATV A; 3TAM A; 1RBR A; 3F73 A; 1Q81 O; 2A42 A; 2BDP A; 4FJ9 A; 3MAQ A; 5HLF A; 4FJN A; 3V1R A; 3U3Y A; 3PIO L; 2EHG A; 4H5N A; 3L8B A; 3THX B; 4MQ3 A; 1GLC G; 3AVC A; 2FSK A; 1DKG D; 3ZT3 A; 1BGX T; 5AQF A; 3N4Q A; 4FOE A; 3DOL A; 5T7B A; 4J2D A; 3ZLJ A; 1RTH A; 3EN9 A; 5F2R A; 4L8R B; 1X9J A; 4JI2 K; 4YOT A; 3RR8 A; 4KAZ A; 4CEF A; 2JWK A; 1QSS A; 3RVC A; 3DLL L; 2O8B B; 3I33 A; 2G8H A; 3CJC A; 1WSF A; 3F2K A; 1NKE A; 2XY7 A; 2HHS A; 3K59 A; 5C42 A; 3DI6 A; 5E26 A; 4LSN A; 4CJW A; 2KHO A; 4I7F A; 3OJU A; 3BF3 A; 3D6R A; 4DTX A; 2I5J A; 4O8U A; 4JK8 A; 3Q7B A; 4IFY A; 3I8D A; 4HVJ A; 3AA2 A; 4N41 A; 2RE2 A; 3EKS A; 1KLM A; 1RDB A; 3RWU A; 3AV9 A; 4M42 A; 4L3Q A; 2PY5 A; 2NRX A; 3D0P A; 4DS5 A; 3C6A A; 3NFA A; 2G8V A; 4ID5 A; 4B3R K; 4AH9 A; 3DYA A; 5E41 A; 1NJX A; 3WQT A; 2I7P A; 4CER A; 2VCP A; 3V9S A; 5LL6 Z; 1NWK A; 3AAP A; 3CQY A; 5C15 A; 4FJI A; 1C1B A; 1VSH A; 4DUY K; 1RTI A; 1RTJ A; 3OS2 A; 2W42 A; 4F4K A; 3SQ0 A; 3LAM A; 1XHX A; 3WNH A; 3NH1 A; 3C7N B; 2O8D A; 3CCJ N; 3O4Q A; 3VEX A; 3MXM A; 3VF4 A; 1S22 A; 3KLE A; 1BUP A; 1VQ5 N; 1N36 K; 3F9M A; 2EX3 A; 2RPI A; 3DLR A; 4FOI A; 3SQ2 A; 1VQO N; 4DFK A; 3CCS N; 5I9E B; 4JKC A; 4E1M A; 1FKO A; 1X9M A; 1TVR A; 2JLE A; 2PBD A; 4DQI A; 4JKA A; 4JI8 K; 5LY3 A; 2E2N A; 5AQW A; 4DR7 K; 1S6P A; 2YHX A; 1ILY A; 3VA0 A; 4DTM A; 4FLT A; 3SPY A; 3CG7 A; 4K8Z A; 4JKF A; 1JXB A; 2NRR A; 1WSI A; 2FXU A; 3LM2 A; 5C2F A; 5FLX O; 3DRP A; 4FM0 A; 4JI6 K; 3A5N C; 5LMN K; 2F7T A; 2GUP A; 3CJB A; 3THW A; 1VAZ A; 1S1V A; 2P9L B; 3IKM A; 3L4Q A; 5M1N A; 3V1Q A; 5KRS A; 4BRA A; 4M7Y A; 3TTD A; 3CYM A; 4FWO A; 4K42 A; 4B3S K; 3DLK A; 3KTQ A; 4BVP A; 4E7J A; 4FM1 A; 4K8X A; 1NM1 A; 4LSL A; 4DFP A; 3ALY A; 4FJ5 A; 3SQ1 A; 1VQP N; 2OPQ A; 3HSC A; 4YOV A; 4JLH A; 1KSP A; 3CET A; 2Y1I A; 4M3Z A; 3HT3 A; 2YNH A; 3F9K A; 2YV0 X; 1UA1 A; 3CPW M; 2QWL A; 3CM5 A; 3HO1 A; 4A5A A; 4CGJ A; 3HOS A; 3JS6 A; 4FJ8 A; 1NU0 A; 3BEX A; 4H5R A; 1JL1 A; 2HBL A; 3DXK B; 1KAX A; 3ZEU B; 1N33 K; 1OH7 A; 1NLV A; 3SNN A; 4BR5 A; 2GV9 A; 1K73 O; 3T1A A; 2A6A A; 4N56 A; 4Z0U A; 4K25 A; 4DF4 A; 1TL3 A; 1RT7 A; 4LH4 A; 1WSH A; 1VSD A; 1L5U A; 4W5Q A; 4DB3 A; 3OHR A; 1B92 A; 2DPN A; 4CFA A; 4JK7 A; 4B3M K; 2F9T A; 3FZF A; 3OYN A; 1D8Y A; 1IO2 A; 3ZSQ A; 2GEL A; 2H3G X; 4IBN A; 1LWE A; 1VQ6 N; 4A62 A; 2W6K A; 1C0G A; 3U9D A; 3PIP L; 3O3H A; 3O8M A; 2QWP A; 4CEA A; 2GWK A; 1I3A A; 5KI6 A; 2XHB A; 1BU6 O; 2ZJR L; 3ID8 A; 3HST B; 4PL7 A; 4FK4 A; 4W5R A; 1OH5 A; 4OKK A; 3S41 A; 1D4X A; 3VQD A; 4YOU A; 3ASM A; 3DM2 A; 2OPR A; 3IMX A; 1T44 A; 3A5M C; 4NXM K; 2XY8 A; 4E89 A; 1RDW X; 5FPD A; 4HCB A; 1XC9 A; 3K2P A; 3QBW A; 4CGG A; 3CFR A; 1IBK K; 4CES A; 2ZQB A; 3MCA B; 4PQU A; 3CM6 A; 4DSE A; 5KGW A; 4FLW A; 1HKG A; 3THY B; 4JNE A; 1Q82 O; 4WFB L; 4W5O A; 1DEJ A; 3TWH A; 2IIR A; 1L3T A; 3FE1 A; 2P9N B; 2HHV A; 1CZ9 A; 4FJK A; 1T3V A; 2YHB A; 1TL1 A; 4CEQ A; 3C6H A; 3L3U A; 2D4W A; 3OYC A; 4FK2 A; 5K14 A; 1NOY A; 2PYL A; 4I6M A; 4KI6 A; 1DTT A; 4E3S A; 2YHY A; 4E7L A; 4KB0 A; 4E7I A; 1H1V A; 3DLG A; 1NKC A; 1LCU A; 4FWM A; 4ELV A; 4B1Z A; 5GIP A; 3LDP A; 3KK1 A; 1QQC A; 4E7K A; 4CD1 A; 1A5V A; 5AQZ A; 3KKS A; 3AVJ A; 1GOA A; 4B3T K; 3O4N A; 3PO5 A; 2F8T A; 3DXM B; 3TSP A; 3VQ5 A; 4B9N A; 1UOC A; 3HK2 A; 2UUB K; 3K5N A; 5ADX H; 4GV3 A; 3U4L A; 3NDK A; 3HM9 A; 1VRT A; 3LZJ A; 1U49 A; 2D1K A; 2D0O A; 4FLZ A; 3VN5 A; 4KTQ A; 4ISF A; 1J5E K; 3L2Q A; 3NE6 A; 2RHK A; 1EO1 A; 1JXE A; 2PZS A; 2Z1H A; 3I56 N; 4IOA L; 1GOC A; 3NH0 A; 3NAE A; 1T6D A; 2UXB K; 1QVF M; 3WEE B; 3J81 O; 4IWV A; 3K5L A; 4B9Q A; 2BTF A; 4OX9 K; 3NGI A; 2Q36 A; 4FWS A; 4H5W A; 1WB9 A; 4YFU A; 4CBX A; 1YXQ A; 5KRT A; 4ZHR A; 3OS0 A; 4OJR A; 5B8H A; 1X3N A; 5FPN A; 4OPK A; 3SPZ A; 2HBK A; 4W5N A; 4X65 K; 3UE5 A; 3SI6 A; 4FJJ A; 3KLH A; 3I55 N; 3K5M A; 2G8W A; 4CJ7 A; 1HKB A; 4CEC A; 4C1N I; 1T8E A; 1IG9 A; 3PO4 A; 4RWT A; 2HHT A; 1F21 A; 2OYQ A; 2UU9 K; 4DQP A; 1Y97 A; 3JAM O; 4BY9 C; 2QXL A; 1S5J A; 1KRP A; 5HRR A; 3QIP A; 3ULE B; 3EE8 A; 4CIF A; 4IEI A; 1HQE A; 3HP6 A; 1RDU A; 4CK1 A; 3SMS A; 2NZT A; 4N47 A; 1ITG A; 4WQ5 C; 1N5Y A; 4MDA A; 3TSQ A; 3C0B A; 5HBM A; 5C0Y A; 5ADX A; 4DLG A; 1R0A A; 4YY3 K; 4WQ5 A; 4CEO A; 5BRH A; 1ASU A; 3IRX A; 2E88 A; 5A2Q O; 2KFZ A; 4FWL A; 2HMP A; 3SJJ A; 2CH6 A; 3RSE B; 3TU5 A; 3PX6 A; 3J7Z O; 2CH5 A; 2OPP A; 2LSN A; 4Y0W A; 3ZSX A; 1QZ6 A; 2AJQ A; 4WFN L; 3THX A; 4KB1 A; 2KTQ A; 2Z1I A; 3LDN A; 1IH7 A; 1OVY A; 2O8E B; 3AO1 A; 1B9F A; 3EL2 A; 3ZSV A; 2QKK A; 1C6V A; 3V1O A; 1VSF A; 3MN5 A; 5DM6 L; 1LAV A; 4BR9 A; 5M1F A; 4Z4I A; 5KPT A; 2D0B A; 4DR3 K; 2ZGY A; 1YJN N; 4GVE A; 1NKB A; 1U48 A; 4DU1 A; 4IXC A; 4KFB A; 5M1P A; 3LDQ A; 1VK0 A; 4FWR A; 4CHO A; 3C6U A; 4CFC A; 4Z4H A; 4O0J A; 1BQM A; 2ZJQ L; 2O8B A; 1BA0 A; 4IOC L; 4I6M B; 3QEX A; 3ZSO A; 3CJ7 A; 3VEV A; 3EE9 A; 3P83 D; 4CF2 A; 1X9W A; 2OAN A; 4RW8 A; 4K0K K; 1RBT A; 4NYN A; 3SMP A; 4IDH A; 2P5G A; 3R6M A; 4ID1 A; 5FRM A; 1GLD G; 1C1A A; 2Q0U A; 4C8M A; 4M3X A; 4B08 A; 3AVI A; 3ZSR A; 2KZM A; 5F0X A; 3O08 A; 4N5S A; 1HNZ K; 4B9U A; 2IOC A; 3NF8 A; 2V51 B; 4ISG A; 4KKO A; 1DGK N; 4A57 A; 1NGD A; 3O3F A; 1JKH A; 4FLU A; 2VQE K; 3CCL N; 3THV A; 4CZK A; 1BL3 A; 4CZG A; 4UQG A; 3PX4 A; 4CGI A; 5IWA K; 4FM2 A; 2P5O A; 5CYM A; 1U04 A; 1WSG A; 4O55 A; 3AVL A; 5MLC Q; 2QXF A; 1U6Z A; 3C7N A; 4ELU A; 3LM9 A; 4RCH A; 4CF8 A; 4H03 B; 4B1Y B; 4ELT A; 3AGR A; 4DV2 K; 4FWN A; 3NHG A; 3VEY A; 5DK5 A; 3OYA A; 3M8P A; 3U9Z A; 4CHZ A; 4FYD A; 2GWJ A; 4DCH A; 4F3O A; 3ATU A; 5AQI A; 4AQY K; 3TTC A; 2VWB A; 2YJE A; 3PUF A; 5J2Q A; 4JHD B; 3DLB A; 3ZSW A; 4DR2 K; 1VQ7 N; 3MN9 A; 2OA8 A; 1XHZ A; 3H45 C; 4MO5 A; 1S72 N; 4QCL A; 2VG6 A; 5DMR A; 4WCE L; 3CCE N; 4JI1 K; 1CZA N; 1E4G T; 3VQ4 A; 3G4S N; 5KQ8 A; 3HM8 A; 3TSU A; 4OGE A; 5BN9 A; 1NNE A; 4H0Y B; 4OLA A; 3ZX0 A; 2KKZ A; 2XO7 A; 3K58 A; 3WUH A; 4JKE A; 4CZL A; 4LY7 A; 4NLB A; 1WSE A; 1X9S A; 2P9L A; 1KXP A; 1EP4 A; 4BE2 A; 5LJV A; 4RW6 A; 2O4G A; 3G10 A; 4MO4 A; 4OGC A; 3JSM A; 3V9U A; 3HJF A; 4XIU A; 4LF4 K; 2ZGZ A; 3OA9 A; 3P5J A; 4NCB A; 4QS8 A; 4JKD A; 1NK0 A; 1NGG A; 1YF5 L; 4DMN A; 3M3Z A; 4CHQ A; 4HTU A; 1BIU A; 1QE1 A; 4IZ9 A; 4DKW A; 4HUG A; 2WON A; 1IKX A; 4LF6 K; 1ZBI A; 1JLB A; 4ILG B; 3DXK A; 3ENO A; 4FXD A; 3ZEU A; 5AQU A; 3VET A; 4BRG A; 3AVF A; 3CMA N; 4GY2 B; 4JK9 A; 1M1K O; 1FJG K; 1EWR A; 1QTM A; 1NGJ A; 1JLA A; 4DTN A; 4CHY A; 1RT5 A; 3VER A; 3RMB A; 1EKE A; 4CK2 A; 1J54 A; 3HPH A; 1HKC A; 3QER A; 2P9I B; 3OYL A; 1S9G A; 4EHU A; 2F9W A; 4O0I A; 4DV5 K; 4BG8 A; 3LWL A; 1N6Q A; 3ZT1 A; 5EY4 A; 5JLF A; 3P1G A; 1YTA A; 5FDL A; 3OY9 A; 1W7A A; 2A1S A; 4LFB K; 2YHA A; 1J53 A; 4DSL A; 4CJP A; 3QLH A; 4KPY A; 1HMV A; 4H5T A; 4AHS A; 2ZJP L; 3AGK A; 4YOX A; 3TAF A; 3CI5 A; 4KRF A; 1GLE G; 3J80 O; 2P9S B; 2UXC K; 4BDZ A; 1T7P A; 1GLA G; 5FPM A; 2YNG A; 1FKP A; 4B9M A; 2ITG A; 4CJQ A; 4GMJ B; 4B9L A; 4EHT A; 4DLE A; 4CJS A; 4EP5 A; 3JYT A; 2KLA A; 4KTZ A; 4AM7 A; 3RMC A; 1BIS A; 4JRP A; 3K0S A; 1XNQ K; 4JAX A; 3G71 N; 3THY A; 1SKW A; 3L4I A; 2HND A; 4O4G A; 1TUY A; 1YIT N; 3CPE A; 4PY5 A; 1CLQ A; 2P9N A; 2E6L A; 2V52 B; 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3LZI A; 3AY9 A; 4B9S A; 3IFR A; 5AZJ B; 1SKR A; 4M45 A; 4MDB A; 2FBV A; 5AQO A; 3L0Q A; 3ULE A; 4JN4 A; 3L2R A; 1N32 K; 3D7E O; 4JKH A; 1P90 A; 1VQM N; 5JVG L; 3DAW A; 1XMO K; 1U4B A; 3ENH A; 4DU4 A; 3WNG A; 1NGC A; 3AO2 A; 1NK5 A; 3QIO A; 4EAH D; 2VWK A; 1ZXO A; 4KV8 A; 3J8A A; 4NLC A; 4KRE A; 2G8I A; 4A5B A; 4U67 L; 2PYJ A; 5SWM A; 2HF3 A; 3VTH A; 3LP2 A; 1T03 A; 2QW9 A; 3I0S A; 4IOX A; 2E2P A; 1ZBH A; 1WOQ A; 2ASM A; 3H46 O; 5JS1 A; 4OKE A; 1UA0 A; 2WOM A; 4KH4 A; 3RSE A; 1YJ9 N; 4XEI A; 4YDU A; 2YNI A; 2X6N A; 4H4M A; 1TK5 A; 3PX0 A; 1L3U A; 3IS9 A; 3O9Q A; 1MWM A; 1QHT A; 2FBY A; 4CJV A; 1NK4 A; 2O8E A; 4EFH A; 1SQK A; 4B9V A; 4DR5 K; 2P9K B; 3P4I A; 3CCV N; 4E19 A; 4JI0 K; 2IVO A; 3CJ9 A; 4FZY A; 2DTU A; 5KTQ A; 2P9P B; 3O9S A; 2GEM A; 3CD6 N; 1CXU A; 3MEE A; 4O8K A; 3MXI A; 2RKI A; 3H08 A; 4FJM A; 3EKU A; 3IAY A; 1Z05 A; 4O5B A; 4BRE A; 1BQN A; 1O13 A; 3AVN A; 3VEZ A; 3VQQ A; 3SUN A; 4FVU A; 4WQ4 C; 1IV0 A; 4AIL C; 3NBP A; 1WBB A; 5FRN A; 4WQ4 A; 3HPO A; 1ZYQ A; 4E1J A; 4AHC A; 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