2G8KA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with ca2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 42
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8kA00
2HNDA 3OYMA 2DFFA 3V9XA 3SJJA 3CYMA 1ZBUA 3ZSOA 2P51A 4FLVA 1KFSA 2X6NA 5I3UA 3LPUA 3MECA 3NF7A 1D8YA 1REVA 4E3SA 4B3OA 1EKEA 3C94A 3VQEA 2P1JA 2PYLA 1BCOA 4CEFA 3IAYA 1Z25A 4OPJA 3ASMA 3V4IA 5HBMA 3MXIA 1RTHA 3AVIA 3AV9A 2BDPA 2VWKA 1T05A 1TKZA 3C6UA 1LWFA 1NJXA 4DU3A 4HTUA 3NGIA 3M8QA 5T7BA 2YKMA 1JXEA 3DMJA 4QCLA 4CJFA 3DOKA 3T1AA 3RRGA 1LW0A 1RT3A 1ASUA 3ZCMA 4KHWA 4JLHA 3AA4A 3RTVA 1UWBA 4OJRA 4Q5VA 4DTRA 2G8IA 2AJQA 1KTQA 3K5NA 2O4GA 4CF0A 5K14A 4ZTFA 1NK4A 4O4GA 3L3VA 3NBPA 5HLFA 3L2QA 3VN5A 4G1QA 3D0PA 4DU4A 2BE2A 4HCBA 3MXJA 3K2PA 3VQAA 3DLBA 1LV5A 3AO4A 4DTSA 1LWCA 4KTQA 4B8CA 4FCYA 4DU1A 2G8FA 4Z4EA 3AVAA 3AVKA 3AVNA 1VSDA 3O4QA 4FVMA 4NCGA 3NDKA 3LWLA 3V6DA 1IH7A 4C8KA 3O3FA 3I8DA 3KK1A 3AO2A 3OYJA 3TABA 3DLHA 4J2DA 3NH2A 1BI4A 3H08A 3TAGA 4E19A 4KHNA 2KW4A 4CJQA 1S1VA 1KSPA 1WAJA 4EP5A 1QTMA 3L2RA 4JS5A 1SKWA 1IKWA 1U04A 4DQQA 2HHVA 2BANA 4CFAA 1NJZA 4IG3A 2HHSA 2HNYA 2OZSA 2RF2A 1XC9A 3SUNA 1N6QA 4FLWA 4MFBA 4OKKA 3K5OA 4FLXA 1NK7A 1TAUA 2A1SA 4W5QA 5HRNA 4DFMA 1NOZA 1LW2A 4I9LA 4DQRA 3NFAA 3MEDA 3P83D 3MAQA 4PA1A 1RTJA 4EP4A 2PYJA 3KK2A 3RMDA 3SUPA 1X1PA 3L3UA 4FZZA 4CHZA 4CJEA 4BWMA 4NYFA 4Z4HA 3ZT2A 2WOMA 4FJKA 1UOCA 3AA2A 3ALYA 5KTQA 4UQGA 4FJ7A 3TR8A 4DLGA 1ZBIA 3P1GA 1RCHA 4N5SA 1X9MA 4M3XA 1WSEA 2DFEA 3RMAA 4DQPA 1YT3A 4CJUA 1RBRA 4EZ6A 3AVMA 1G15A 1VSMA 4BE2A 4AILC 1RT4A 4CJVA 1JLGA 3PO4A 3VQCA 4B9TA 1QSYA 2X6SA 4KHUA 3G10A 2VG6A 3K59A 2YV0X 1RILA 3HK2A 4K8XA 5J1EA 1HQUA 2X74A 4KKOA 4DSFA 1TKDA 3HL8A 4CGJA 5J2NA 4J2AA 2HVIA 3ISNC 4ZTJA 4KHQA 3OYAA 2Z1JA 1GOAA 4W5RA 3VQ5A 4KPYA 2KTQA 4OVLA 4CJRA 4ZHRA 4F4KA 2F96A 2P5GA 2QXFA 2Z1IA 2VG7A 4M3TA 4CGDA 4E7IA 2G8VA 2X78A 3KKRA 3KLGA 1RDBA 4E7JA 2IC3A 4JRPA 2KFNA 5FROA 4Z4FA 5SWMA 3RR8A 3KLEA 1B9DA 1I3AA 1TK5A 1A5VA 3HT3A 1N5YA 2KZZA 2KZMA 4W5OA 4RW8A 3SUQA 4EZ9A 4DFPA 1S1UA 2EX3A 1BGXT 3T19A 1BQMA 4RW6A 1T03A 1L5UA 3QLHA 2RKIA 4H4MA 4IG0A 4OGCA 4QAGA 4B08A 3NGZA 3OS2A 2R7YA 1EP4A 4DTNA 3QEIA 3TANA 2KFZA 2IAJA 4B9UA 1I39A 1T8EA 4CJWA 4FW1A 2E6MA 4FK4A 3ZSXA 2XO7A 4E7HA 3U3GA 4CK1A 3F73A 1VK0A 1KCFA 2BGGA 3TAFA 2HHTA 1JKHA 2Y1IA 4O0JA 4Z4IA 1S6QA 4N47A 4QOZB 1ASVA 2HNZA 1VSKA 1YTAA 3DYAA 2YNFA 3LP3A 2ETJA 3HP9A 3SPYA 3PUFA 3WNEA 4RW9A 1WN7A 3MEEA 3IS9A 5C24A 3C6TA 2D0BA 4KI4A 4H4OA 1Y97A 2RPIA 1RDCA 4IDKA 2YNIA 1JLCA 2KQ2A 1JL2A 4CCHA 2XY6A 3VQDA 3CFPA 3TAMA 1JLFA 4DSLA 1RTDA 1TVRA 2B4JA 3THVA 4E7KA 1NKEA 4DSEA 4FJIA 1KFDA 1JLAA 2ZQBA 3ITHA 4KFBA 3V1QA 3ZT3A 4CFBA 1UA1A 1JLQA 1U4BA 1NK8A 4CEEA 2G8KA 1VRTA 4HVJA 4M42A 5JS2A 4DQIA 1RT7A 4FLZA 3SQ2A 3LAKA 1VSLA 3CFOA 4DTMA 2PY5A 5KRSA 1WAFA 3O4NA 4CJTA 3AVGA 5HP1A 2QKKA 4ID5A 1UAXA 4KHYA 3QESA 2GBZA 4BE1A 1CXQA 3EY1A 3PO5A 1U45A 1GOBA 1HYVA 3V1RA 3U3YA 1J54A 4CEAA 3ULDA 4CEZA 2B6AA 1C6VA 3C95A 4FJ9A 3QEVA 4F3TA 1TK0A 5J2MA 3VQ9A 4FJNA 1IKXA 3VQ8A 4FK2A 3B6OA 1VSFA 1CZ9A 1BISA 1FKOA 2XRIA 4ID1A 1HQEA 3OJUA 3MEGA 3NF8A 3WNGA 1J53A 1SUQA 5CY4A 4CK3A 1U48A 2Q3SA 1NOYA 4B9LA 1QS4A 2Y1JA 4M45A 4I9QA 1BQNA 1FXXA 3KK3A 4M3ZA 1CZBA 4CERA 4AHCA 4PUOA 4FJHA 3DOLA 3AA3A 4B9MA 1DTQA 1EXQA 2IOCA 3NAEA 1SV5A 3QETA 2F8SA 3AVBA 3DI6A 3LPTA 3QERA 1HRHA 3ZSZA 4FM2A 2XY5A 1ZBLA 4FZXC 4M3WA 4DG1A 3B6PA 3V9SA 4CHQA 4CJ4A 4LSLA 4CEBA 2I5JA 3NF6A 1KVCA 4RW4A 4F2RA 2IS3A 3P5JA 4AHSA 4DSJA 1S5JA 4FJ5A 4DMNA 3DLRA 3VQ6A 1X9WA 3KD1E 1Z26A 1BL3A 4LSNA 2ZD1A 3SQ4A 5CYMA 3V9ZA 3OYEA 4KRFA 4CEOA 2GUIA 2D0AA 1Q9XA 4DFKA 4CIFA 4Z4GA 4E7LA 3SCXA 1B9FA 2IDOA 3V81A 4E0DA 4Z0UA 4FZYA 4CGGA 3ZT4A 4AHUA 3IRXA 3M8PA 1JXBA 3S3OA 2P5OA 4H8KA 1JLBA 4RW7A 2FBXA 3VQ7A 3BDPA 4KTWA 4WE1A 3E01A 4ELTA 2PZSA 3NF9A 4OGEA 3O3HA 3L2VA 3K5MA 4N76A 1QSLA 4FJ8A 4CJSA 4CHPA 1NK0A 3DRRA 4I7FA 1S1WA 4CJLA 1IKYA 4Q0BA 1TGOA 5C42A 1D9FA 1NK5A 5FRMA 4CHOA 1QHTA 3DLKA 1XI1A 3TWHA 5KGWA 2HW3A 3SZ2A 1D5AA 5DK5A 2HB5A 4RG8A 3LZJA 4FLYA 1HYSA 3AVCA 3D45A 3KTQA 2ATQA 3ZT0A 2IGIA 4CF8A 1ZBFA 3NH0A 1WSHA 4FJGA 4J2EA 3JSMA 1RDDA 3AO3A 4I2PA 4B8AB 3VQPA 3OJSA 1GOCA 3S3MA 3SYZA 1SL0A 4KHSA 3O3GA 3NE6A 4CIEA 4DF4A 1KLNA 3ZSQA 4YFUA 2YKNA 1WLJA 4F2SA 4NCBA 3WNHA 4HUEA 2QK9A 1JLEA 2G8HA 3VQBA 4E89A 2OZMA 4F3OA 3AVLA 4NYNA 1S6PA 2DFHA 1X9SA 4ELVA 1LAWA 5J2PA 4KB1A 4CFCA 3L8BA 1BHLA 1VSJA 3HSTB 2HHQA 3KLIA 2QKBA 3BGRA 3SV3A 4N56A 3L2UA 2YHBA 4E1MA 4CGIA 1L3VA 1C0MA 1S1XA 2OA8A 1TKXA 1TL1A 2Z1HA 3EZ5A 4ELUA 3QNOA 1QQCA 3NHGA 4DTPA 5CZ1A 4KREA 3RR7A 1LWEA 5FRNA 1FK9A 3LDSA 2D0CA 2W42A 4FM0A 2O4IA 5DMRA 3ZSRA 1BIUA 4KO0A 4W5TA 1F21A 4JRQA 4FXDA 3I0RA 1YVUA 2E4LA 3AA5X 5HRRA 3HVRA 3QEWA 3NH1A 3CQ8A 5KGXA 4M3YA 3CM6A 3QIPA 2B5JA 2YNGA 3KLFA 3NCIA 4DS5A 1DLOA 1Q8IA 2D5RA 2ZE2A 3TI0A 1XWLA 4DWIA 3HYFA 4N41A 4KB0A 4L8RB 3HJFA 3UIQA 4MQ3A 3G0ZA 2HHWA 1S9EA 3CM5A 4KAZA 1VRUA 2FBYA 4B9VA 1TAQA 3I0SA 3ZSYA 1ZBHA 3SQ1A 4CIGA 1S1TA 3S9HA 3SQ0A 3MXMA 1ITGA 1R0AA 3HP6A 4GVMA 4GMJB 3KLHA 2YHAA 5FDLA 3HPHA 4HHTA 4CHYA 1WNSA 1NJYA 1WSGA 4GW6A 1U49A 1SKSA 3KIOA 4CE9A 1XHZA 4KV8A 4O55A 4DFJA 2HVHA 3AVHA 3WNFA 2DTUA 4W5NA 3LAMA 1QE1A 4CJPA 4PY5A 4DTXA 3DRPA 4BDPA 4F8RA 3LANA 3CFRA 2OPSA 4TSXA 3RMCA 4E1NA 4DSKA 3SUOA 1TV6A 3T3FA 1O1WA 2OPPA 3KJVA 3QEXA 4J2BA 2NUBA 3DM2A 5HRSA 4JS4A 5EU7A 3SPZA 4NCAA 1KVBA 3LP1A 3PY8A 4AH9A 3SI6A 4C8OA 4DSIA 4DQSA 4LH5A 1RBTA 3ZSVA 4FM1A 3LZIA 1KVAA 5I42A 1HNIA 4CGHA 1RT6A 4K8ZA 4OLBA 1CLQA 3RRHA 3V1OA 2WONA 4CF9A 3OYIA 3V9WA 3SNNA 1HYZA 2HMIA 1HNVA 4LD0A 1EX4A 4CF1A 3QNNA 1KLMA 1RDAA 2ITGA 1RNHA 4ICLA 1L3UA 3TARA 4BE0A 4DF8A 1BIZA 3VQ4A 5D3GA 1MU2A 4FJXA 4O5BA 2OYQA 4PQUA 1C1CA 2OPRA 4FJMA 2F8TA 5SZTA 1C0UA 3A2FA 3OS0A 3K58A 4BWJA 2DY4A 1IO2A 1RT1A 4CFDA 4HCCA 2EHGA 3DLGA 4CECA 1YTUA 1BI4B 4CHNA 1T7PA 2HHUA 5KRTA 1QSSA 3NGYA 3LWMA 4BACA 4DTJA 4KI6A 4XIUA 3OYFA 3IG1A 4Y1DA 3K5LA 3QEPA 4O44A 3OYLA 3S3NA 1HMVA 4CJ3A 2RN2A 4OPKA 5HRPA 3TAQA 3SV4A 4FJJA 1RBVA 4I2QA 4IFYA 1CXUA 4KTZA 3M8SA 2JLEA 4DTUA 2LSNA 3FFIA 1NKBA 4CGFA 4AHVA 2JGUA 2GV9A 3ZT1A 3AO5A 2OPQA 1JL1A 1W9HA 1HJRA 2E6LA 3HXMA 5J2QA 5HROA 4Y1CA 1SKRA 4B9NA 1EETA 4CF2A 4BDZA 4C8LA 1J9AA 4IFVA 1NK6A 1RT5A 3HPOA 5E41A 4FJLA 1VSEA 3CG7A 4OLAA 4IKFA 3OYGA 4AHRA 1TL3A 2FBTA 3ZSWA 3L2WA 2VG5A 4IBNA 1L3SA 1C0TA 5JS1A 3PX4A 1C1BA 1S9GA 4AHTA 1TKTA 3HVTA 1RT2A 5CYQA 3OYDA 5C25A 1VSIA 4CEDA 4CEQA 1WSFA 3DRSA 1J5OA 5CZ2A 3TAPA 1U47A 1XHXA 4FLUA 3RMBA 1TK8A 1VSHA 3LP0A 1SL1A 1Q9YA 2G8UA 4CK2A 2HHXA 1K6YA 3F9KA 1B92A 4O0IA 3U6FA 4YNQA 1IG9A 1NKCA 1C1AA 3OYBA 1ZYQA 3LP2A 4PWDA 3EYZA 1RBUA 4M3UA 1NJWA 4M41A 1UA0A 2YNHA 2A1RA 1BCMA 3M8RA 3JYTA 1W0HA 3KKSA 3OYNA 3VA3A 4HUFA 4BDYA 3QINA 2VWJA 4DLEA 3AVFA 1A5XA 1RBSA 3PX0A 3OYKA 3AO1A 1RTIA 1WSJA 2XHBA 3V9UA 4DTOA 1IKVA 4LY7A 3VQQA 2XY7A 1D9DA 3HO1A 3OY9A 1A5WA 3PV8A 3OYHA 3AVJA 4R5PA 1SL2A 1L3TA 3KD5E 3QIOA 1KRPA 4OKJA 3VA0A 3HM9A 1WSIA 5KI6A 3OS1A 4CESA 4C8NA 4B9SA 4Z4CA 4M3RA 2FC0A 4FLTA 1LAVA 1DTTA 3K57A 2G8WA 2FBVA 3LALA 3OVNA 4C8MA 1ASWA 3PX6A 3QO9A 2Z1GA 1FKPA 4CJKA 4DS4A 4FK0A 1HPZA 4LH4A 4FW2A 3HPGA 3TAEA 3RWUA 3OYCA 4FYDA 3DLEA 2XY8A 4HUGA 4CJ5A 4OKEA 1NK9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BUPA 3OYMA 2DFFA 3V9XA 3SJJA 3CCJN 3CYMA 2A41A 3ZSOA 4YDUA 5I3UA 5BPMA 3ATVA 4B3OA 2P1JA 5ELZA 3ZX0A 2ASPA 5AQFA 4OPJA 3MXIA 2QEXN 2VWKA 4CJ7A 1KAZA 1LWFA 3DXMB 1NJIO 3DLLL 4L3QA 3U9DA 3RRGA 1EWRA 1RT3A 5CHIA 4YOTA 3CCLN 4IO8A 4Q5VA 1KXPA 4DTRA 2G8IA 3W3DA 3L6QA 3C7NB 4DV4K 5HLFA 3D0PA 4HCBA 2BE2A 3AO4A 2P9PB 4DTSA 4KTQA 2VCPA 2G8FA 3AVAA 4BG8A 4NCGA 1VSDA 4FVMA 1M1KO 4C8KA 3G6EN 3O3FA 5E26A 3DLHA 4LFBK 4WQ4A 4J2DA 1BI4A 3H08A 4WQ5A 1S1VA 1N8RO 3F9MA 3M6GA 3L2RA 4DQQA 3CCSN 4CFAA 3BP8A 2OZSA 2RF2A 1XC9A 4JV5K 1HX1A 4BR9A 2YJEA 3SUNA 1N6QA 4FLWA 4QS8A 4FLXA 2D0OA 4FPAA 5HRNA 3U4LA 4I9LA 1LW2A 3P83D 2W6LA 3FGUA 2D1KA 3KWIA 3RMDA 3SUPA 2PFUA 2P9LB 2WOMA 3H3NO 3ALYA 2Q1NA 4DLGA 3A5NC 3P1GA 4BGAA 2DFEA 3RMAA 3THWB 1YT3A 4DQPA 1RBRA 1KAXA 1G15A 1VSMA 4BQZA 5C2FA 4B9TA 4PL8A 1QSYA 4C1NK 4KHUA 3G10A 1BWFO 4JNEA 2Q0RA 3D2FB 2YV0X 1RILA 3K59A 1VQ4N 3OW2M 4K8XA 2X74A 4DSFA 3EZWA 4CGJA 3TU5A 2FF3B 3OYAA 4KPYA 2F96A 4FL9A 1QHAA 2A6AA 4UY8O 4E7IA 4X66K 3FZLA 3R8EA 1M90O 3WXIA 4E7JA 1QVGM 2KFNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BUP A;  3OYM A;  2DFF A;  3V9X A;  3SJJ A;  3CCJ N;  3CYM A;  2A41 A;  3ZSO A;  4YDU A;  5I3U A;  5BPM A;  3ATV A;  4B3O A;  2P1J A;  5ELZ A;  3ZX0 A;  2ASP A;  5AQF A;  4OPJ A;  3MXI A;  2QEX N;  2VWK A;  4CJ7 A;  1KAZ A;  1LWF A;  3DXM B;  1NJI O;  3DLL L;  4L3Q A;  3U9D A;  3RRG A;  1EWR A;  1RT3 A;  5CHI A;  4YOT A;  3CCL N;  4IO8 A;  4Q5V A;  1KXP A;  4DTR A;  2G8I A;  3W3D A;  3L6Q A;  3C7N B;  4DV4 K;  5HLF A;  3D0P A;  4HCB A;  2BE2 A;  3AO4 A;  2P9P B;  4DTS A;  4KTQ A;  2VCP A;  2G8F A;  3AVA A;  4BG8 A;  4NCG A;  1VSD A;  4FVM A;  1M1K O;  4C8K A;  3G6E N;  3O3F A;  5E26 A;  3DLH A;  4LFB K;  4WQ4 A;  4J2D A;  1BI4 A;  3H08 A;  4WQ5 A;  1S1V A;  1N8R O;  3F9M A;  3M6G A;  3L2R A;  4DQQ A;  3CCS N;  4CFA A;  3BP8 A;  2OZS A;  2RF2 A;  1XC9 A;  4JV5 K;  1HX1 A;  4BR9 A;  2YJE A;  3SUN A;  1N6Q A;  4FLW A;  4QS8 A;  4FLX A;  2D0O A;  4FPA A;  5HRN A;  3U4L A;  4I9L A;  1LW2 A;  3P83 D;  2W6L A;  3FGU A;  2D1K A;  3KWI A;  3RMD A;  3SUP A;  2PFU A;  2P9L B;  2WOM A;  3H3N O;  3ALY A; 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 4FJJ A;  3T7Z A;  1YUW A;  3F5T A;  1BU6 O;  4A61 A;  5FLX O;  5GAH P;  4YOX A;  1P90 A;  1Y64 A;  4AHV A;  2JGU A;  2RHK A;  3ZT1 A;  1U45 A;  2E6L A;  3HXM A;  3CJ1 A;  5E41 A;  1YHQ N;  4FJL A;  3G71 N;  4OLA A;  5BR8 K;  2PBD A;  2VG5 A;  4K25 A;  1S9G A;  4JHD A;  3OBY A;  1RT2 A;  5CYQ A;  3O5B A;  5C25 A;  2WC9 A;  3HOS A;  3SAF A;  1U47 A;  4ISF A;  1VSH A;  1Q9Y A;  1B92 A;  3SMS A;  1NGJ A;  4HTL A;  4KBO A;  2ZJQ L;  1MA9 B;  3MCA B;  3LP2 A;  4PWD A;  3EYZ A;  1RBU A;  1SAZ A;  3T1Y K;  2F9W A;  2A1R A;  1W0H A;  5BRE A;  3OYN A;  3QIN A;  3SBT A;  1BA1 A;  3OYK A;  3HBT A;  2XY7 A;  1IKV A;  3IKM A;  3PV8 A;  3OYH A;  3AVJ A;  3SK3 A;  4OKJ A;  3VA0 A;  3OS1 A;  3CET A;  4B9S A;  4Z4C A;  1V4S A;  4DB3 A;  2G8W A;  1LAV A;  2FBV A;  4IOX A;  3OVN A;  4O8U A;  1ASW A;  1NGC A;  4GKJ K;  2Z1G A;  3D6R A;  4BRD A;  3OYC A;  4FYD A;  4H5W A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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