The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
116
|
structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
27
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5AJ3 K; 4DV7 K; 2UUC K; 4LFC K; 4YHH K; 2VQE K; 4CVN E; 5IWA K; 3J80 O; 2VQF K; 1IBK K; 4LF5 K; 1N32 K; 2UXB K; 5A2Q O; 4NXM K; 4GKJ K; 1I94 K; 4DV6 K; 4DV2 K; 4LF7 K; 3J7A P; 3J7Y P; 5LL6 Z; 4JYA K; 2UUB K; 4DR1 K; 4JI3 K; 1N36 K; 1XMO K; 2E5L K; 4CW7 B; 4DV0 K; 1HR0 K; 1N33 K; 2ZM6 K; 4B3R K; 1HNZ K; 1IBM K; 4JI4 K; 4KHP K; 4YY3 K; 4X64 K; 4B3M K; 5FLX O; 4DV3 K; 2UU9 K; 1FJG K; 4DV1 K; 1XNR K; 4DR3 K; 4OX9 K; 4JI2 K; 3T1H K; 4JI1 K; 1IBL K; 4LFB K; 1HNW K; 4X62 K; 4DR6 K; 4LFA K; 4JI8 K; 4LF9 K; 4DUZ K; 4JV5 K; 4DR5 K; 1N34 K; 4B3S K; 1XMQ K; 1J5E K; 4DV4 K; 2HHH K; 2F4V K; 3J81 O; 5LMU K; 2UUA K; 4GKK K; 4JI7 K; 4DV5 K; 1XNQ K; 4JI6 K; 4DUY K; 4DR4 K; 4X65 K; 3JAM O; 4DR7 K; 4K0K K; 4JI0 K; 2UXC K; 2UXD K; 3OTO K; 4X66 K; 5IT9 O; 4JI5 K; 3T1Y K; 4AQY K; 4LF6 K; 5LMN K; 4DR2 K; 4B3T K; 4LF4 K; 4NXN K; 1HNX K; 4LF8 K; 4V19 S; 5BR8 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3D7E O; 2DPN A; 3ISN C; 4F2R A; 4M3R A; 3FZL A; 4BRF A; 2YJF A; 3SBG A; 2CH6 A; 4FWM A; 4C1N K; 4E7H A; 3V1O A; 4NLC A; 1T6D A; 1LV5 A; 4MDB A; 4IEE A; 3KK2 A; 1SL0 A; 5AQP A; 2OPQ A; 1OVQ A; 3MDQ A; 4I9Q A; 4YOT A; 5A2Q O; 4H4M A; 1IKY A; 2O8B A; 3WXJ A; 4CF2 A; 1I94 K; 4IXC A; 4DV6 K; 4CJK A; 3K9J A; 4EP5 A; 2JWK A; 1JLG A; 2OAN A; 1JJ2 M; 1DT9 A; 1XMO K; 1LW0 A; 3O9Q A; 3CJ1 A; 1S1W A; 4IFV A; 4O5F A; 2ZM6 K; 4TSX A; 4KO0 A; 2QWL A; 4K25 A; 4DTS A; 1WSH A; 3F2K A; 3TAE A; 1TKZ A; 3CCJ N; 4B8A B; 4DMN A; 2WUS A; 3S3N A; 1FW6 A; 3L4Q A; 1IH7 A; 3DMJ A; 3L0Q A; 4J2B A; 4KV8 A; 4BR0 A; 3C94 A; 3ID6 A; 4CEE A; 3NH2 A; 3IUC A; 4E7J A; 5KRT A; 3VQA A; 2ZGY A; 1Y97 A; 3OYC A; 1QQC A; 3ZSW A; 3QEV A; 1VSF A; 3VEO A; 3MWP A; 2IVN A; 3EY1 A; 2F7T A; 3VQB A; 3P5J A; 2QK9 A; 1Q9X A; 3I56 N; 5BN9 A; 1HNV A; 1GOC A; 1RBR A; 2A3Z A; 1TK5 A; 3ENO A; 4IOC L; 3MXI A; 3HSC A; 3ATU A; 3VTH A; 3K0S A; 3VQQ A; 4NYN A; 4HCC A; 3SZ2 A; 3EN9 A; 2PYJ A; 1BQN A; 4F9O A; 4Z4G A; 2VWK A; 4BR2 A; 4JI0 K; 1W7A A; 3DLR A; 4YOW A; 3CCM N; 3CM6 A; 3E1Y A; 4W5O A; 3SUP A; 3K2P A; 4FYD A; 3LP0 A; 3WQT A; 3IRX A; 1IKX A; 4FJN A; 4FLU A; 4PKI A; 2NLX A; 1VQ7 N; 4CCH A; 4L3Q A; 3CI5 A; 4A62 A; 1ZYQ A; 3P38 A; 3AVK A; 2A42 A; 1SUQ A; 1S22 A; 3DWL A; 4MLH A; 4O44 A; 1WBB A; 4BC4 A; 3SJJ A; 3MEG A; 3MED A; 5HLF A; 1BI4 B; 3ATV A; 1JLF A; 1B9F A; 3WEE A; 4DTJ A; 5HP1 A; 1EP4 A; 3CFO A; 2D0P A; 3BGR A; 1S1T A; 1N32 K; 4BGA A; 2IS3 A; 2P9N A; 5KGW A; 4A5A A; 2D0A A; 1NGA A; 5BN8 A; 4H0X B; 3M6G A; 3SAH A; 3J7A P; 3UKU A; 3CCE N; 5LL6 Z; 4BR7 A; 3DJC A; 3ITH A; 2A40 A; 2V7Z A; 2O4I A; 4K41 A; 4AM7 A; 1GLA G; 1VSK A; 1U47 A; 3LWL A; 4YOV A; 2OZS A; 3QFU A; 3SV4 A; 3ZT3 A; 4JK7 A; 4CZE A; 1ATS A; 2ASM A; 3NFA A; 5FRO A; 4BQZ A; 3H3O B; 1RDB A; 1UA1 A; 1RDA A; 1NK0 A; 2HHX A; 3AAR A; 4DV1 K; 3M8P A; 1CZ9 A; 2NZT A; 2UYT A; 3AO3 A; 4BRD A; 3OYD A; 4H0P A; 1EWR A; 1YAG A; 5CYM A; 5B8H A; 2WBN A; 5AZI A; 3T1H K; 1IBL K; 4KB0 A; 2Q36 A; 1MWK A; 2A6A A; 4H0V B; 1NJW A; 4FCY A; 3VPZ A; 5J1E A; 2IOC A; 4CK1 A; 2ZJR L; 5BRH A; 3LP3 A; 5CY4 A; 1NM1 A; 4FZY A; 2BAN A; 2VGM A; 5BPN A; 4CER A; 1S5J A; 3THY B; 3KIO A; 2QXL A; 2FBT A; 2IAJ A; 3CJA A; 4M3T A; 4I2Q A; 4CFA A; 4J2A A; 3VQE A; 4FJ7 A; 1UWB A; 3CJB A; 4K8Z A; 4K0K K; 2UXD K; 1X9S A; 5KGX A; 4CZL A; 4CZJ A; 4X66 K; 5JIC A; 4M63 C; 3MXM A; 5BPL A; 2W42 A; 3HOT A; 4BWM A; 3TWH A; 4G9Z A; 1S3X A; 1VSH A; 4HUF A; 4DCH A; 3QIO A; 2Q0R A; 2KQ2 A; 2QKK A; 1OVY A; 3I8B A; 4LSL A; 4PL7 A; 3CCS N; 4CVN E; 5CHI A; 1S1X A; 1VSJ A; 3LWM A; 3G71 N; 3E9O A; 4M3Z A; 1NGE A; 2VQF K; 1RDW X; 5DMR A; 3EZ5 A; 3HPG A; 5AQS A; 4QS8 A; 3GBT A; 3EO3 A; 1U2V B; 4RW7 A; 2V51 B; 1VQ5 N; 2Z1H A; 1ZC6 A; 3RRG A; 2YV0 X; 1MU2 A; 1BUP A; 4AHT A; 3KK3 A; 5AQV A; 4Y1C A; 4E1M A; 4BQL A; 3ID8 A; 3OS0 A; 4FJJ A; 3EYZ A; 1DLO A; 5LJW A; 5JS2 A; 5HRS A; 5AQO A; 4OPJ A; 3ZET A; 2O8B B; 3K57 A; 3K5M A; 1V4T A; 1TAQ A; 4CJQ A; 3SI6 A; 4KTW A; 4BRA A; 3O9R A; 2ASP A; 2KFZ A; 5HRP A; 4N41 A; 4ZTF A; 3HM9 A; 4AHR A; 3TI0 A; 1FK9 A; 4ILH A; 3QEW A; 1N6Q A; 2G8V A; 3AVF A; 4FJG A; 4PKH A; 3RWU A; 4I7F A; 4CFD A; 1WB9 A; 4GV9 A; 4BRL A; 4H5V A; 4JKC A; 4FM0 A; 5LMU K; 4MO4 A; 4DKW A; 2PFU A; 4BRE A; 4FK2 A; 3AO5 A; 4JAX A; 5LJV A; 1D9D A; 3CME N; 1BIU A; 4ISE A; 3JYT A; 4LH5 A; 5KQD A; 1BO5 O; 4BE2 A; 5SWM A; 4KH4 A; 2FBY A; 3H46 O; 4DSL A; 4FL9 A; 4JS4 A; 4CEO A; 2NRW A; 3GL1 A; 4DR2 K; 4LF8 K; 3AO1 A; 3QBW A; 4FWO A; 3CCL N; 1XHX A; 1TUU A; 3VQ7 A; 4XEI A; 5D3G A; 1JLA A; 4DF4 A; 2UUC K; 5AQR A; 2FSJ A; 4LFC K; 3SNN A; 4YHH K; 4B1U B; 3I0R A; 3OYI A; 3O5B A; 2QI2 A; 4BRN A; 3QES A; 3G4S N; 1IO2 A; 4CK2 A; 1HKB A; 2UXB K; 3OJS A; 1VQ4 N; 1SQK A; 4DU1 A; 3TAF A; 3ZX2 A; 4J2E A; 2EWS A; 3VQ8 A; 2KZM A; 4CES A; 4CEQ A; 4JI3 K; 4O8K A; 3WXL A; 1KCF A; 3ALY A; 3PSI A; 3IDH A; 1M90 O; 5J2Q A; 2AA4 A; 4Y0W A; 3SMP A; 4B08 A; 1E3M A; 4OGC A; 1Y64 A; 3OBW A; 3SQ2 A; 4IOX A; 4YDU A; 2E6M A; 4O8U A; 1EXQ A; 4OKE A; 2P9N B; 3OYN A; 1Q86 O; 3DAW A; 4OX9 K; 3UKU B; 4CJS A; 4PQU A; 1NKC A; 1Q81 O; 2QWM A; 1QTM A; 2HBL A; 4FLW A; 1L3S A; 3ENB A; 4YDU C; 4FK0 A; 5KRS A; 4BR4 A; 3MEE A; 3CER A; 3SQ4 A; 3S3M A; 3FZH A; 4BWJ A; 3KK1 A; 1HNI A; 3MMV A; 4DR6 K; 1F21 A; 1GLB G; 1B9D A; 4FLZ A; 2O8F A; 2F9W A; 3DXM B; 1P8Z A; 3ZYY X; 4FLV A; 1YI2 N; 3CC2 N; 3IAY A; 4CJT A; 4DTU A; 1TUY A; 5LY3 A; 2O8D B; 5AZI B; 1XNQ K; 1BCM A; 4CZM A; 3LL3 A; 4O55 A; 1BOT O; 5H1S Q; 4PHT X; 1WBD A; 3EE8 A; 4DFJ A; 4KBO A; 1C1C A; 3P83 D; 4NCA A; 1LOT B; 1DTQ A; 4GMJ B; 4KTZ A; 3T1A A; 1HLU A; 1GLD G; 4PL8 A; 1S6Q A; 3V9S A; 1NGF A; 4B9N A; 2ATQ A; 5C10 A; 3AA2 A; 4K8X A; 4K43 A; 4I2P A; 3KLG A; 2OZM A; 2P5G A; 5GAG P; 1KAZ A; 1S72 N; 5GAH P; 2IGI A; 4E1N A; 1J9A A; 1RTJ A; 2E1Y A; 4NCB A; 4CGD A; 2BDP A; 1XHZ A; 1Q82 O; 2P9S A; 1BDG A; 1NGJ A; 5GIP A; 3OYH A; 3DOK A; 3A8Y A; 4BRC A; 5EX5 A; 2GEL A; 2GX9 A; 1QS4 A; 3KKR A; 2XY7 A; 1G15 A; 1VRT A; 1LWE A; 3CHW A; 3CPW M; 4CZK A; 3ZX3 A; 2ZJP L; 5DK5 A; 4FXD A; 2D0O A; 2E2Q A; 4H03 B; 1T03 A; 4CD3 A; 4RTF D; 5FLX O; 1X1P A; 2IVP A; 3CM5 A; 4OKK A; 2XY6 A; 4B9Q A; 4DSI A; 1IG8 A; 4JRQ A; 4CHO A; 2XO7 A; 4CGJ A; 2HW3 A; 1WSF A; 4DHY A; 1NNE A; 3ENH A; 4FJ5 A; 1SKR A; 1HJR A; 3HK2 A; 3I8D A; 3QLH A; 4JV5 K; 4B3S K; 1KAX A; 1I3A A; 1VSI A; 1RBT A; 5KTQ A; 3MK6 A; 3WNE A; 4FZZ A; 4DV4 K; 2Q31 A; 5CE3 A; 1NK8 A; 3FE1 A; 3ZET B; 4FVM A; 4MQ3 A; 3PV8 A; 4XH4 A; 4OGE A; 4JKB A; 3B6O A; 3IFR A; 4FOI A; 1O13 A; 1BIZ A; 3MX5 A; 3AGR A; 2R7Y A; 5AQK A; 3DM2 A; 4DUY K; 4X65 K; 5CZ1 A; 3HZ6 A; 4HUE A; 1LAV A; 3N4Q A; 1VQ6 N; 1K73 O; 3BF3 A; 3U9Z A; 4M3U A; 2E2N A; 2IIR A; 2QTD A; 4HTL A; 3CYM A; 1D5A A; 3MCA B; 1EET A; 2X6N A; 4IKF A; 5FDL A; 3ULD A; 1W2B M; 3HP9 A; 3WNG A; 1NK7 A; 3G10 A; 2OTL N; 4IDH A; 3ULE A; 3OJU A; 4EP4 A; 1TKD A; 2NRT A; 3VA0 A; 4CJR A; 4N47 A; 5AZJ A; 3DOL A; 3CFR A; 2EX3 A; 1DEJ A; 3ZSR A; 3KWG A; 4KI4 A; 3VMF B; 4FM1 A; 4DV2 K; 3H1Q A; 4WFA L; 2PYL A; 4FVU A; 1FKO A; 2G8K A; 1ASU A; 3P31 A; 1X9W A; 3LPU A; 4QAG A; 4UQG A; 4DV0 K; 3MWT A; 3OYJ A; 1N33 K; 3BF1 A; 4IEI A; 3KLH A; 1NG9 A; 1ATN A; 4KHQ A; 1TGO A; 2ITG A; 3G6E N; 5FPE A; 3LZJ A; 4HCB A; 1X3M A; 1VQ9 N; 2UU9 K; 5BRE A; 1NJZ A; 5SZT A; 1WOQ A; 3NGZ A; 4Y1D A; 1KXP A; 3DYA A; 1WAJ A; 4JKF A; 4JHD B; 3OY9 A; 3L6Q A; 3CC4 N; 4DQQ A; 5AQX A; 1A5W A; 3THW A; 3THV A; 3BY5 A; 4CFC A; 3CMA N; 4DUZ K; 3R9P A; 4CJW A; 3NF9 A; 3SAF A; 3VEN A; 1ZBH A; 1GLL O; 1WAF A; 1HQE A; 3QFP A; 1MWM A; 4FWP A; 4JI7 K; 3ZEU B; 4AHC A; 3K58 A; 4KHN A; 4H5R A; 4QOZ B; 3V1Q A; 3T19 A; 3B6P A; 5AQL A; 4GV6 A; 4GNI A; 4W5T A; 4IWV A; 3L3U A; 2O8F B; 4HVJ A; 5IT9 O; 1B92 A; 4KH5 A; 4B9L A; 3QML A; 3ZT4 A; 2PBD A; 4PUO A; 4HWI A; 2QA4 N; 1QHA A; 3O1B A; 4ISF A; 4KHU A; 3SPZ A; 1NMN A; 4FWK A; 4WCE L; 2W6K A; 4Z4F A; 1CXU A; 4EZ6 A; 4CJE A; 4JKH A; 3D2F B; 5KPR A; 2OTJ N; 4A57 A; 1ASV A; 2YNH A; 3DLB A; 1BHL A; 4PY5 A; 4O4G A; 4BDY A; 4JEP A; 4ZTJ A; 5AQW A; 4C1N I; 4LC9 B; 3O9T A; 4F8R A; 1W0H A; 4EHU A; 1D4X A; 1UA0 A; 2X74 A; 1KFS A; 3HPH A; 1WSG A; 3R8E A; 2QKB A; 3QNN A; 3HT3 A; 2JWL A; 4AH9 A; 3BEX A; 4DFM A; 4WFB L; 4GW6 A; 3HVT A; 4IO9 L; 1RIL A; 1HYS A; 1JLQ A; 4BRK A; 4B3R K; 3J8A A; 3ZT0 A; 4DG1 A; 2E6L A; 2YJE A; 3LAN A; 5BPM A; 3TAP A; 5C42 A; 4BC2 A; 2HBK A; 2YI1 A; 4WYB A; 1VQP N; 4Z94 A; 4OPA A; 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1CZB A; 1YVU A; 2KKZ A; 4YY3 K; 3C95 A; 4DV3 K; 3VEY A; 3ZSO A; 4H5W A; 1WNS A; 1BA0 A; 4JK8 A; 1T05 A; 3VQ5 A; 4ID5 A; 3TAB A; 2HHT A; 3T69 A; 1QHT A; 3CCU N; 2QWP A; 1HPM A; 3QET A; 3RTV A; 3DXK A; 4JLH A; 1R0A A; 3W3D A; 1KLN A; 1C0T A; 2F96 A; 4CF8 A; 1D8Y A; 2A41 A; 1OH5 A; 4DTR A; 3AA5 X; 4B9T A; 4RW9 A; 4FPA A; 1S6P A; 1Q18 A; 2HHH K; 1QSL A; 1SS6 A; 4FWL A; 3BP8 A; 4CZH A; 2E4L A; 3CG7 A; 1QSS A; 1A5V A; 3L4I A; 3NVM A; 2NRV A; 1HMV A; 2KTQ A; 3THW B; 3LAL A; 2P5O A; 5JVH L; 1RT1 A; 1KC8 O; 4DR7 K; 3FFI A; 3V1R A; 3A5O C; 1CZA N; 4IG0 A; 3PIP L; 3FZK A; 2G8U A; 4AHU A; 4LF6 K; 4JD2 A; 1M1K O; 1U4B A; 4HUG A; 3KD5 E; 2W6L A; 4W5N A; 1NMD A; 2P9U A; 3NH1 A; 4DU3 A; 5F2R A; 1LWC A; 4UY8 O; 2F9T A; 3C6A A; 4DV7 K; 4CF9 A; 2Q3S A; 1RT5 A; 4FLT A; 1TL1 A; 2QWN A; 4BR5 A; 4NB4 A; 4EAH D; 3VQ9 A; 3V9W A; 4DSK A; 2XY8 A; 4CBU A; 3L2W A; 3LDL A; 2P51 A; 1IJJ A; 4DSF A; 4GKJ K; 4C8N A; 1IG9 A; 3H6E A; 1K8K A; 4O0I A; 3KLF A; 3OW2 M; 1YJN N; 3VEX A; 4FLX A; 1NGB A; 1X9J A; 1KVA A; 3O4W A; 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