The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
27
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2F4V K; 5A2Q O; 4LFB K; 4AQY K; 5AJ3 K; 4LF6 K; 4DR3 K; 1XNR K; 3J7Y P; 4OX9 K; 4DV0 K; 4JI5 K; 3OTO K; 4JYA K; 1IBM K; 2UXD K; 5LL6 Z; 4JI0 K; 3JAM O; 2UXC K; 2VQE K; 3J7A P; 4DR4 K; 3J81 O; 4LF4 K; 4JI4 K; 4LF8 K; 1HNX K; 2E5L K; 4NXM K; 4NXN K; 2UUA K; 4LFA K; 4CVN E; 5LMU K; 4JI3 K; 5IT9 O; 1XMO K; 1N34 K; 4V19 S; 4DUY K; 4CW7 B; 4DV6 K; 4X62 K; 2ZM6 K; 4DR6 K; 4YHH K; 4LF9 K; 4JV5 K; 4DR2 K; 4JI1 K; 2HHH K; 4DR7 K; 4JI2 K; 1J5E K; 4GKK K; 1HR0 K; 4DV4 K; 4X66 K; 1N33 K; 4JI8 K; 4JI6 K; 2UUB K; 4DV2 K; 4DV1 K; 1HNW K; 2UXB K; 5BR8 K; 2UUC K; 3T1Y K; 4B3R K; 4DV5 K; 4DR5 K; 1I94 K; 1HNZ K; 5LMN K; 4DR1 K; 4KHP K; 3T1H K; 4DUZ K; 4DV7 K; 5IWA K; 4K0K K; 1XNQ K; 4X65 K; 1XMQ K; 1IBK K; 4LFC K; 4LF5 K; 4B3S K; 1N36 K; 4JI7 K; 3J80 O; 4X64 K; 4DV3 K; 2UU9 K; 1FJG K; 4YY3 K; 5FLX O; 4LF7 K; 2VQF K; 4B3M K; 1IBL K; 4GKJ K; 4B3T K; 1N32 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XRI A; 3VEY A; 4CJU A; 4GY2 B; 5M1F A; 4NYF A; 3E9P A; 3NFA A; 2O8E A; 3DXM A; 5AQH A; 4H4O A; 3L2R A; 1NK7 A; 1ATS A; 1V4S A; 3SUN A; 3EL2 A; 3SBG A; 2ASM A; 3DXK A; 2QWP A; 5DM6 L; 2WC9 A; 3OY9 A; 1K6Y A; 4CF8 A; 4JS5 A; 4KAZ A; 4J2D A; 1HX1 A; 3L2Q A; 1XHZ A; 2V51 B; 4MO4 A; 5AQG A; 1WSG A; 2O8F A; 2OPP A; 1BDG A; 3ZYY X; 1DEJ A; 2X74 A; 3UKR A; 3AAP A; 2UUA K; 2E88 A; 4IDH A; 5KTQ A; 2E2Q A; 4DSI A; 2RN2 A; 2GBZ A; 5HRP A; 3L3V A; 3D7E O; 1EQY A; 2P5O A; 4DSE A; 4KO0 A; 3HPH A; 4BRO A; 4A2A A; 3CI5 A; 3K2P A; 3IDH A; 1GLB G; 5FDL A; 4BY9 C; 1W97 L; 4KFB A; 1RBV A; 1S5J A; 4ZTJ A; 3O4N A; 3U9Z A; 4BE1 A; 1S3X A; 4FWP A; 2RPI A; 3DLK A; 3Q7B A; 1VQN N; 4BDZ A; 4KRE A; 3AVI A; 4CJV A; 2UXB K; 1S22 A; 3OA9 A; 4EHU A; 4HUE A; 2X6N A; 1BO5 O; 3IAY A; 2W6K A; 1TVR A; 5C42 A; 1HNI A; 3G25 A; 3VQ8 A; 4M63 C; 1CZ9 A; 2A40 A; 5JVH L; 4CFB A; 2EWS A; 3QER A; 2HHV A; 1Q81 O; 2YHY A; 4IBN A; 4EZ9 A; 3H3N O; 4IFE A; 3W3D A; 4PWD A; 2OZS A; 1NGD A; 4CEB A; 3V6D A; 3QIC A; 1LW2 A; 3WEE B; 1TKD A; 3L2V A; 3FLC O; 4Z4C A; 3ZSV A; 3RSE A; 1WOQ A; 4O0I A; 1ATR A; 3LL3 A; 5GAE P; 5EU7 A; 3V1Q A; 4BRF A; 4FJ7 A; 5AQW A; 3TPQ A; 4DV3 K; 3NAE A; 3D2F B; 3WQU A; 3UB5 A; 3QES A; 4HCC A; 5LJW A; 1QQN A; 3MWP A; 2HNZ A; 1YAG A; 3OJS A; 5KQ8 A; 2OCE A; 4B1Y B; 5JMV A; 1RIL A; 1XC3 A; 5F0X A; 3ZX0 A; 4E1N A; 1SV5 A; 3P38 A; 1NNE A; 4JI5 K; 4IG3 A; 3KD5 E; 3VQ7 A; 4FWR A; 4OGE A; 1BHL A; 1HNV A; 1QQC A; 3A5M C; 3U3Y A; 3VQ6 A; 3SJH A; 2HBL A; 3AGR A; 3HVR A; 4NCA A; 3ENH A; 5GAG P; 4DTM A; 3M3Z A; 4FJ5 A; 4XH5 A; 1IKV A; 4UQG A; 3MWT A; 3DWL A; 5T7B A; 4O0J A; 4W5O A; 2IVP A; 2FBY A; 3LP2 A; 1XC9 A; 3F2K A; 3VF6 A; 4H5R A; 4Q5V A; 3WXJ A; 3DLR A; 4Z4H A; 3SQ4 A; 2HHH K; 1VSF A; 5HRR A; 1VSD A; 4BR5 A; 3LDL A; 3NHG A; 5JVG L; 2VWB A; 3AVG A; 4HTL A; 1Q86 O; 3GL1 A; 2QTD A; 4GKK K; 2E6M A; 4F3T A; 4B9Q A; 1N8R O; 5AQL A; 2VGM A; 3QEX A; 2KTQ A; 3V1R A; 1E4G T; 4FJK A; 4WYB A; 3SAF A; 3E1Y A; 5AFU H; 1K8K A; 3PO5 A; 1HJO A; 4WCE L; 1NKE A; 4DQQ A; 1VRT A; 3ZCM A; 1VQ4 N; 2NRT A; 4FLW A; 1GLL O; 1I39 A; 4NCG A; 2YNG A; 3MEG A; 1Z26 A; 3VQ5 A; 3MN6 A; 1KLM A; 1FKP A; 3LP0 A; 3THY A; 2IGI A; 2DFE A; 3BEX A; 2A3Z A; 2YI1 A; 4YY3 K; 1L5U A; 2I7N A; 3P4I A; 3BF1 A; 2LSN A; 2O8C A; 1GOA A; 3CG7 A; 4CBU A; 1T44 A; 4IEE A; 3L4I A; 4FJ8 A; 1VSE A; 1NU0 A; 3KLH A; 3G6E N; 1CZA N; 1L3T A; 3ID8 A; 2OTJ N; 1KVC A; 2JGU A; 4IFY A; 4E7J A; 2CH6 A; 3TI0 A; 3R6M A; 3U8X A; 3J7A P; 5HRS A; 1MWK A; 2W42 A; 3HXM A; 3EY1 A; 1NGC A; 4CK1 A; 4PL7 A; 5CZ2 A; 3KLE A; 4NXN K; 4FL9 A; 1HKG A; 1BIS A; 3VEO A; 4LFA K; 4RWT A; 4CHN A; 4WE1 A; 1NKC A; 3RMB A; 2R7Y A; 5IT9 O; 2YHX A; 3O5B A; 5GIO A; 2VGN A; 4XH1 A; 2ZM6 K; 1TL3 A; 3OS2 A; 4OPJ A; 1BCM A; 1DGK N; 3OS1 A; 1NKB A; 4PA1 A; 1JLB A; 4JI1 K; 4W5Q A; 3DXM B; 2O8E B; 3HPO A; 2Q36 A; 3ZET A; 4M45 A; 3ATV A; 4KHY A; 1QZ5 A; 1VQ7 N; 4MLE A; 4A57 A; 4FPB A; 3DXK B; 3ZSR A; 2QM1 A; 5FPE A; 1MWM A; 4H0V B; 1ITG A; 4CZG A; 3RRH A; 4B8A B; 1S1V A; 2E1Z A; 5KI6 A; 1YJN N; 4IG0 A; 2HF3 A; 3UKR B; 5F2R A; 5AQF A; 2ZWH A; 2V52 B; 4C23 A; 4CBW A; 3L3U A; 2P9K A; 1RDB A; 2NRX A; 4DKW A; 3ZSW A; 1KC8 O; 3MK6 A; 4YOR A; 5HRN A; 3MXI A; 1YF5 L; 4NCB A; 4DS5 A; 1J6Z A; 1L3U A; 1BOT O; 1ZBU A; 1U47 A; 1WSF A; 4BC5 A; 3I56 N; 1TUY A; 1XMQ K; 1U4B A; 1VQ6 N; 1S1W A; 1VK0 A; 2BGG A; 1ZC6 A; 4E7I A; 2HHX A; 5BN8 A; 4XEI A; 4B1W B; 1RDA A; 4K41 A; 4CJE A; 3KTQ A; 1HPM A; 2CGL A; 3LAN A; 4BRC A; 5HBM A; 5ADX H; 3MCP A; 3WQT A; 1P8Z A; 5AZI B; 1UA1 A; 3PX4 A; 4FLX A; 4FW2 A; 4B1U B; 4LSL A; 4RW7 A; 1D8Y A; 3P1G A; 3TSP A; 4B1Z A; 5C24 A; 1JLE A; 4BRP A; 1HQU A; 1U04 A; 1XNR K; 2QKB A; 1C6V A; 1QZ6 A; 3NGY A; 5FRM A; 4YNQ A; 3HVT A; 3KWG A; 4OKE A; 1NGB A; 1UAX A; 3AVB A; 4IO9 L; 1UOC A; 3V9X A; 1VQP N; 5BRD A; 3CME N; 4NYN A; 4AHR A; 4DR4 K; 5JS1 A; 3K59 A; 5E84 A; 5KRS A; 2XY5 A; 2D0P A; 4FJM A; 2YNI A; 4JI3 K; 2OPR A; 4KH4 A; 3O6W A; 1SL2 A; 4KB0 A; 4YOW A; 4BE2 A; 3SAG A; 1TKX A; 4FO0 A; 4DTX A; 2OAN A; 3CC7 N; 4KHW A; 2ZJP L; 4CBX A; 3DLG A; 2ETJ A; 3HL8 A; 2O8D A; 3ISN C; 4H5T A; 3D45 A; 1QHT A; 4E0D A; 4ELU A; 1WN7 A; 4KTQ A; 1JLG A; 4HUG A; 4YOY A; 5FRO A; 3O9T A; 4PL8 A; 3C6H A; 1HNW K; 4CHP A; 4H4M A; 3PX0 A; 4FWL A; 4CF9 A; 4WQ5 C; 4B9S A; 4AHS A; 2DFF A; 3L0Q A; 4CEO A; 1VAZ A; 3FFI A; 4BAC A; 4EIA A; 3AVN A; 3D0P A; 1HJR A; 2FBT A; 4KV8 A; 5AFU A; 2HNY A; 4M42 A; 4DFP A; 2V7Z A; 4K25 A; 5BN9 A; 4CIF A; 2OPQ A; 2NUB A; 4DV7 K; 3QIP A; 4KTW A; 2PYJ A; 4FSV A; 4DG1 A; 3DRS A; 4C8K A; 3OBW A; 2I5J A; 4C8M A; 4BDP A; 1ASU A; 4A62 A; 2IOC A; 1WB9 A; 3ZT0 A; 4CFC A; 3S9H A; 2IAJ A; 3ID6 A; 2G8U A; 1WSE A; 2DY4 A; 1KFD A; 4CEC A; 3PIO L; 2P51 A; 1NJI O; 4O44 A; 1RCH A; 3N4Q A; 3ZSX A; 3O4W A; 1K8K B; 3T69 A; 5I9E B; 3CQY A; 4A61 A; 1JL1 A; 1YVN A; 1NJZ A; 2HHU A; 4CJ5 A; 4GV3 A; 4GVM A; 3S3O A; 5BR9 A; 2IC3 A; 3O3H A; 4CIG A; 4XIU A; 3F9M A; 5AQN A; 2QI2 A; 4B9L A; 1S6P A; 4PKH A; 4LF8 K; 4F2S A; 1BCO A; 1HYV A; 1X9J A; 2G8V A; 3KK1 A; 4EAH D; 3KKR A; 3CJ7 A; 2VG6 A; 3RMC A; 2JWL A; 4DR6 K; 1RDC A; 3QEP A; 2P9U A; 2O8C B; 1BA1 A; 4H0O A; 3QEV A; 3A5N C; 3SUQ A; 2D0O A; 1DKG D; 2OA8 A; 3CIP A; 2HVI A; 3ZEU A; 1IKY A; 1TL1 A; 4HUF A; 2HHS A; 1LWF A; 4FJ9 A; 1MA9 B; 3IMX A; 4IO8 A; 3THX A; 4QS8 A; 3OVN A; 4Z4E A; 2AP1 A; 1IG9 A; 3B6O A; 2HHW A; 4JEP A; 4B9V A; 1YIJ N; 4DLG A; 4KHP K; 3HST B; 2QWR A; 4ILH A; 2WON A; 3OYC A; 3CHW A; 3AVL A; 1BQM A; 1RTH A; 4BR7 A; 2Y1J A; 2P9L A; 1EO1 A; 3PIP L; 2Z1J A; 5FRN A; 4DSJ A; 1X3N A; 4BDY A; 4Y1D A; 4W5N A; 3M8P A; 3MEE A; 1WSJ A; 2P9I B; 2Q97 A; 5J1E A; 1T8E A; 2EHG A; 5BRF A; 4LF7 K; 5ADX A; 1OH6 A; 4K8X A; 2D0A A; 4GV9 A; 3AA4 A; 3O9S A; 4CES A; 4DQI A; 4IDK A; 4CZK A; 1T3V A; 5AJ3 K; 4ISG A; 2P9K B; 2E20 A; 4CE9 A; 2AA4 A; 1KXP A; 4CGD A; 2D4W A; 3TTD A; 1M90 O; 4JYA K; 3TAB A; 1T6C A; 3AAQ A; 2FSN A; 4YOX A; 2P1J A; 2OYQ A; 5JIC A; 2UXC K; 1RBS A; 4BRH A; 3HOS A; 3QBX A; 3VES A; 1T05 A; 2ZD1 A; 3CJB A; 4EP5 A; 4JLH A; 1RDW X; 4O4G A; 1NK8 A; 1EET A; 3NH0 A; 3PSF A; 3K0S A; 2VG5 A; 1KVB A; 4KTZ A; 4X62 K; 1Q9Y A; 3S3N A; 3MDQ A; 3ZX2 A; 4G1Q A; 2FBV A; 4CJS A; 3B6P A; 2FXU A; 4C1N K; 3SQ1 A; 3VEZ A; 1LWC A; 4WQ5 A; 1SKW A; 2AJQ A; 1LAW A; 4K42 A; 3G71 N; 2F8S A; 5LY3 A; 1NGG A; 4NB4 A; 3OYD A; 1S9E A; 3ENO A; 1FW6 A; 3HSC A; 4JI8 K; 4CHY A; 1DTT A; 1J5O A; 2NZT A; 4FW1 A; 2V7Y A; 3HPG A; 4PKG A; 3HK2 A; 1LOT B; 3BUZ B; 4CEQ A; 4R79 A; 4BWJ A; 1W2B M; 4CJW A; 4DV5 K; 2GTD A; 3SPZ A; 1HUX A; 2E2O A; 3NF6 A; 1NJX A; 5C25 A; 2HF4 A; 5EXW A; 3PX6 A; 2P9P A; 5CYM A; 3THW A; 4ZTF A; 4BRA A; 1RNH A; 4BRD A; 2O8D B; 1EXQ A; 1C0F A; 4FM0 A; 1RFQ A; 3CCU N; 5AZI A; 2XY7 A; 3KKS A; 4LSN A; 1M1K O; 3LZI A; 3NE6 A; 2UU9 K; 1YXQ A; 4A5B A; 4CHQ A; 3TWH A; 3TAR A; 3NBP A; 5JS2 A; 3QLH A; 2ITG A; 5J2M A; 1L3V A; 1HRH A; 1NOY A; 2QWM A; 3TR8 A; 4B9N A; 1W0H A; 2P9S A; 4WFN L; 5GAH P; 3V9U A; 2O4G A; 4CZE A; 4CGJ A; 3HTV A; 1NGH A; 1G15 A; 1X1P A; 3KK2 A; 5KPT A; 3JS6 A; 2DPN A; 5AQU A; 1X9W A; 4QS7 A; 5KQD A; 3KK7 A; 4JI4 K; 4DMN A; 2XHB A; 3ZSZ A; 3WXI A; 3JXU A; 4MLH A; 3AA3 A; 4DTJ A; 2B6A A; 4G9Z A; 2Q0R A; 3LDQ A; 3QNN A; 4V19 S; 3CF5 L; 2HMP A; 4PY5 A; 1NK9 A; 4YHH K; 5SWM A; 3FZM A; 1OVQ A; 2QXF A; 4E3S A; 4A59 A; 3AVM A; 1NGE A; 3QO9 A; 3ENB A; 4CJ4 A; 1X9S A; 3EKU A; 1NK4 A; 1TK0 A; 4AHV A; 3O08 A; 3FFK B; 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4WFB L; 4C8O A; 1BWF O; 2VWK A; 3DLH A; 5C15 A; 2UYT A; 3VPZ A; 4CED A; 1LW0 A; 3KIO A; 2PZS A; 2FLO A; 3ULE A; 4LH4 A; 3GBT A; 3KHY A; 3LM2 A; 4JHD A; 5CYQ A; 3HI0 A; 3H3O B; 3I0S A; 3VQA A; 1WAF A; 4Q0B A; 2QWO A; 2D1K A; 1ZBI A; 3WXK A; 1NGJ A; 4H8K A; 4DQR A; 5C2D A; 4IKF A; 3FE1 A; 3OS0 A; 2Q2R A; 4CFA A; 4YFU A; 4F2R A; 3LDO A; 1HNZ K; 2Q31 A; 3VQQ A; 3CER A; 4FJI A; 3KK3 A; 4DUZ K; 4M3T A; 4DTR A; 3SBT A; 4L8R B; 4DSF A; 2P9I A; 1IBK K; 5I42 A; 1ZBH A; 2G8K A; 5EY4 A; 4FLU A; 4RW6 A; 5B8H A; 4Y1C A; 1RT1 A; 1NMD A; 4AM6 A; 3QBW A; 3A5L C; 4WQ4 A; 1UA0 A; 3LAM A; 4B3T K; 1TAQ A; 4AHU A; 3R8E A; 2FC0 A; 2NRH A; 4F8R A; 1JCF A; 4FK0 A; 3J7Y P; 1TGO A; 2GWK A; 1N5Y A; 2CGK A; 3VN5 A; 2GV9 A; 3MX2 A; 2P9P B; 3OW2 M; 1ATN A; 3NDK A; 3THW B; 3I8B A; 4JI0 K; 3CXC M; 3CCJ N; 4RCH A; 4DU4 A; 5AQJ A; 4FCY A; 1NG9 A; 2QA4 N; 4GNI A; 3ULD A; 4M3Z A; 1BQN A; 2HB5 A; 3RTV A; 3UKU A; 3C6T A; 1XMO K; 1T03 A; 4DUY K; 4JN4 A; 3TTC A; 3KLF A; 1D9F A; 5FPN A; 2RKI A; 3AA2 A; 1VRU A; 3C6A A; 1O1W A; 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