4CHPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chpA00
1SKWA 3FFIA 3EY1A 1C0MA 1VSEA 3MEGA 3L2WA 2OA8A 4CJ3A 4IFVA 3PX0A 3RR8A 1CZBA 4B9VA 3HP9A 5KRTA 3SCXA 3JYTA 4OGEA 3VQDA 1L3VA 1VSMA 4TSXA 1T8EA 3EZ5A 1BCMA 2B4JA 3P5JA 2Z1IA 1LAWA 5CZ2A 3OS2A 4DSEA 5FRMA 1JXBA 2XO7A 3SI6A 4BE1A 1T7PA 4CJEA 1RNHA 3QNOA 4Z4CA 3LZIA 1A5WA 4OLBA 4KO0A 1Q8IA 3DMJA 2G8IA 3RR7A 3K59A 1KFDA 1Q9YA 3HK2A 1Q9XA 3OYFA 1FK9A 2VWKA 4DSLA 2HMIA 3C6TA 1HPZA 3AO3A 2HHWA 3NF7A 1YT3A 5HRRA 1NK6A 2OPPA 3ZSRA 2XY7A 2KFZA 1RBVA 1J5OA 3C95A 4NCBA 1NKEA 4M45A 3TANA 4WE1A 1TK0A 4AHCA 4KHYA 4DU4A 2HHUA 2QKBA 4CEDA 2P5GA 4DLGA 3RMDA 1TGOA 3CM6A 2XHBA 4FJHA 4KHUA 3V1RA 4KTWA 1KFSA 3ZT4A 1NK5A 4N41A 3HPOA 1RT4A 2GBZA 4DU3A 3VQ4A 4CGFA 3RWUA 1KLNA 4L8RB 1IO2A 4CFCA 2D0BA 1LV5A 3NF8A 2OZMA 4CFAA 3QEPA 2O4IA 2IS3A 1EP4A 4O0JA 3TAQA 1S9EA 2G8UA 4CEAA 1HQEA 3AVNA 4W5RA 3JSMA 3NGIA 1UAXA 3DLBA 1WNSA 4XIUA 3O3FA 1XC9A 3NF6A 4ELTA 2A1SA 4CEFA 5KGXA 4O0IA 3KLHA 4ZTFA 3VQ9A 4CJ5A 3L3VA 4DFMA 3AVLA 3OYGA 3OJUA 4DS4A 4DTNA 4J2EA 2HVIA 4DSFA 1ASWA 3CFPA 1VSDA 3QEIA 4DG1A 1QE1A 3AO1A 5HRNA 2G8WA 4FJ9A 4M3XA 3LPUA 1GOBA 4G1QA 4CFDA 1BQNA 3AO4A 4Z4IA 3RMAA 4HCCA 3I8DA 4CCHA 1SL2A 1KSPA 2WONA 4CFBA 3B6PA 1RDBA 3M8SA 4E7HA 4DTOA 3KLGA 3LWMA 1IKVA 1KVBA 3M8QA 2Z1JA 4CJQA 4KHWA 2DY4A 3NF9A 3V6DA 2X78A 4F3TA 1S9GA 4RW7A 4CHZA 4I9LA 4CGDA 4CECA 3HO1A 4W5OA 1B9DA 1L5UA 1W0HA 1S1TA 1S1XA 1J54A 4H8KA 2Z1HA 3K2PA 3A2FA 1U47A 3L8BA 3PUFA 3TAGA 1SKSA 3AVGA 4H4MA 1WSGA 3MEEA 4KB0A 3NGZA 1NKCA 4OJRA 3VQ6A 4J2AA 2JLEA 4CJLA 4DTPA 1IKYA 1BCOA 1JLAA 2E4LA 2P1JA 3LALA 4IG3A 5T7BA 4BDPA 3SQ0A 3ZSXA 1RT3A 1WAFA 4IFYA 3VQBA 4LH4A 1RTHA 2QK9A 1UOCA 4CF0A 2R7YA 1XI1A 2HB5A 2HNZA 4Z0UA 1SV5A 5E41A 3DI6A 4DU1A 3NDKA 5DK5A 4E7JA 2DFEA 1BISA 2ITGA 2F96A 4B8AB 3MXIA 2HHQA 4CE9A 3QEWA 4E1NA 3V4IA 3LP0A 3ZSWA 4FW2A 3E01A 3DLRA 3OS1A 3RTVA 3T1AA 1YTAA 4B08A 2YNIA 4RW4A 1L3SA 4DSKA 3I0RA 3HYFA 2VG7A 4EZ9A 1QSSA 1T03A 1RBSA 1JLGA 1QHTA 2ATQA 3KIOA 4C8NA 3DRPA 3CM5A 2E6LA 4KV8A 2HHTA 3QIPA 4F4KA 3ALYA 3OYIA 5HROA 3K58A 4Z4EA 1RTJA 2DFFA 3AV9A 3U6FA 3M8PA 4FXDA 2YHBA 3AO2A 4B9LA 1EX4A 2Y1JA 1RT6A 4MFBA 4YNQA 2EX3A 1ASUA 4CERA 1U45A 4BDYA 3WNHA 3RMBA 4DSJA 2YKMA 1TVRA 3D45A 3KD1E 2YNFA 1C0UA 2OPQA 3SUPA 3EYZA 3HXMA 3VQPA 2KTQA 1CZ9A 3TAPA 2X6NA 2O4GA 3CFRA 4BDZA 3KJVA 1U4BA 4IBNA 1WSJA 4CHYA 1KTQA 2G8FA 4GW6A 1VSJA 1IKXA 2PY5A 3AA5X 4B9SA 4N76A 3PX4A 1I39A 4DF4A 4CEQA 3H08A 4CHOA 1KLMA 1HQUA 1VSIA 1BL3A 2GV9A 2Q3SA 3DYAA 3AVFA 3LPTA 5DMRA 4B8CA 1C1CA 4CJVA 2E6MA 3DLGA 3ULDA 3QLHA 4OPKA 3T3FA 1GOAA 3VQCA 3NE6A 3QERA 4F8RA 1S1WA 3HPHA 3ZSOA 4W5TA 1QSYA 3QETA 3O4QA 3AVMA 3LDSA 4CF1A 2XY5A 3NH0A 5KGWA 4FW1A 4DTSA 3IS9A 4C8OA 2KQ2A 1RBTA 4FM0A 4E0DA 1LWCA 2HNDA 2PYLA 4N47A 3DLHA 3KD5E 3MEDA 4CGGA 2KZMA 3LP2A 2RPIA 3VQAA 4BWJA 3D0PA 3ZSVA 3SUNA 4PUOA 1WSIA 3CQ8A 4KAZA 4FK4A 1MU2A 4CK2A 4KI6A 3MXMA 3VQ5A 3P1GA 2BGGA 1EXQA 1DLOA 3M8RA 3LAMA 2DTUA 4FZYA 4E7LA 1RDCA 3HL8A 3TWHA 1U04A 1JLBA 4H4OA 4E3SA 1F21A 4AHUA 1NK9A 1BIZA 2GUIA 4FLTA 1ITGA 3TAMA 1NJZA 1LAVA 3OYBA 4BE2A 5J2MA 1S6PA 4KRFA 1Z25A 2F8SA 3HVRA 2KFNA 1BI4A 3PV8A 4FZXC 3NGYA 4KHNA 3DM2A 5I3UA 1GOCA 3BDPA 2HNYA 3CFOA 4KTZA 3NH2A 4FCYA 4CK1A 3KLIA 4Y1CA 4HCBA 3LWLA 1ZBIA 1G15A 3MAQA 4CESA 3C6UA 4CGHA 3KK2A 1X9WA 3HJFA 2AJQA 1RT5A 4JRPA 3G10A 4DQPA 1RT2A 4OLAA 3K5MA 1RBRA 2XRIA 2IGIA 3QO9A 2QKKA 3ZSZA 3RRGA 4LSNA 1LWFA 4HUGA 1BHLA 1I3AA 3P83D 1XWLA 3LAKA 4KHSA 1LW2A 3V1QA 1CLQA 3TI0A 3HSTB 3L3UA 3DLEA 4DFJA 1TL1A 3IG1A 1BI4B 1Y97A 3DRSA 3I0SA 2ZD1A 1J53A 1K6YA 3NHGA 2EHGA 2DFHA 4F2RA 1HYSA 2PZSA 5HLFA 4E1MA 4CJUA 4Q5VA 4DLEA 4FLYA 4EP4A 4DTRA 4AH9A 3OYCA 2RKIA 2BDPA 3SUOA 3AA2A 4MQ3A 4KB1A 1TKTA 4B3OA 1HMVA 4CJFA 2P5OA 4RW9A 3S3MA 1HYVA 5K14A 5C24A 3K5NA 1D8YA 1IG9A 1SUQA 4CF8A 4NYNA 2Z1GA 3B6OA 3T19A 3LZJA 1ZYQA 4B9MA 2YV0X 3ASMA 4FJMA 1ZBHA 2HHVA 4RW6A 1Z26A 1R0AA 1L3TA 5SZTA 4DTJA 5I42A 5JS2A 3IRXA 4JS5A 1XHZA 3OVNA 4AHTA 4CGJA 1NOYA 4DSIA 4YFUA 1QS4A 4CEOA 2RN2A 5J2PA 2HW3A 1QSLA 4LSLA 4DS5A 4C8KA 4FJNA 3QINA 2HHSA 1BGXT 4CIGA 1N6QA 4KKOA 2G8VA 4LH5A 3ZT1A 3OYLA 4Z4FA 1VSLA 2FBVA 5KI6A 1D9DA 1FXXA 3KKSA 1DTTA 4N56A 3OYAA 1B9FA 4FJLA 3AVCA 4FJJA 4CJKA 4M3UA 3OYJA 1C1AA 1IKWA 1S1VA 1EKEA 3G0ZA 3AVAA 4FVMA 4FJIA 3OJSA 3AVHA 2I5JA 3HP6A 3V1OA 3K57A 3TARA 3VA3A 2IDOA 3KLEA 4ICLA 3AA4A 1RTIA 3SYZA 1S6QA 4O5BA 4FLZA 1VRTA 2PYJA 4QCLA 4ZHRA 3QEXA 3V81A 4JS4A 4QAGA 5FDLA 2X6SA 1YVUA 4QOZB 1TKZA 5HBMA 1ZBFA 4DTXA 4FJGA 1T05A 3IAYA 3V9ZA 4M41A 4M3RA 4W5QA 3V9SA 5HRPA 1UA1A 4I2QA 4LD0A 4E89A 3L2RA 1VSKA 4E19A 2B6AA 3SV4A 2XY6A 1J9AA 1WSHA 4RG8A 3S3NA 1NK0A 3ZSQA 4KHQA 4FJ5A 2G8HA 1SKRA 4OKJA 3WNEA 1NK4A 1VRUA 4HUFA 2Y1IA 3DOKA 3PO5A 4FJ8A 1WN7A 2YKNA 1YTUA 3O3GA 1UWBA 4CF2A 4C8LA 1A5VA 4ZTJA 4GMJB 4Z4GA 4PY5A 4BE0A 4Q0BA 1TL3A 3V9WA 4Z4HA 4CEEA 2OPRA 4FLUA 3PX6A 3AVKA 2XY8A 4JLHA 4CK3A 3TAFA 4F3OA 1RBUA 4CHNA 5HP1A 2KW4A 2P51A 4I7FA 1HNVA 5KRSA 3BGRA 1TAQA 3VQ7A 1RTDA 4O44A 1O1WA 1ZBUA 4I9QA 1ASVA 1HRHA 4FJKA 4KFBA 4BWMA 1X9SA 1JLFA 4AHVA 2IOCA 4CJRA 3NBPA 4PA1A 2WOMA 2VG6A 4IDKA 4KPYA 3HVTA 4BACA 3SZ2A 4FK0A 3OYHA 1SL0A 3DLKA 1TK5A 1W9HA 1QTMA 3KKRA 2YHAA 3CYMA 4AHRA 4CJTA 4OPJA 4N5SA 3OYMA 3V9UA 3ZSYA 1D5AA 4M3TA 2FBYA 3OYNA 4DQQA 3SQ2A 2ZE2A 4CJSA 4CGIA 3VN5A 4FLXA 1JL2A 3AVBA 1C1BA 2A1RA 4OKEA 1RDAA 1C0TA 3VQEA 5CY4A 3K5LA 1EETA 2W42A 3QESA 4CJ4A 3NH1A 3QNNA 1X1PA 1NKBA 4J2DA 4M3YA 1NK7A 4CEBA 3TABA 2F8TA 2HVHA 1NOZA 3C94A 3U3YA 4FM1A 4ID1A 3RRHA 4DWIA 4PWDA 3ZT0A 4DMNA 4I2PA 4FLWA 5SWMA 4W5NA 1WSEA 3MECA 4DQSA 1LW0A 3F9KA 3QIOA 2BE2A 4DTMA 1RILA 3HT3A 3NAEA 1FKOA 3PO4A 2KZZA 1ZBLA 3TR8A 1RT1A 3S3OA 4O4GA 1A5XA 4IKFA 2X74A 1CXQA 3OS0A 1VSHA 3K5OA 3KK1A 4LY7A 1NK8A 4Y1DA 3ZT3A 2OPSA 4RW8A 4CHQA 1WLJA 5HRSA 4CF9A 4CJWA 2BANA 4NYFA 4OVLA 3SNNA 4B9UA 1JLQA 2IAJA 1JKHA 5EU7A 1WAJA 3PY8A 1WSFA 3WNFA 1TAUA 2B5JA 3ZT2A 1HNIA 4HHTA 4ELUA 3AO5A 5J2QA 5C42A 1BIUA 1XHXA 1KVCA 4KTQA 3KTQA 4DF8A 4AILC 4DQRA 4FZZA 4DFPA 4B9NA 4FK2A 4ID5A 1L3UA 1B92A 4JRQA 3F73A 3THVA 1TKXA 3LANA 3KK3A 4E7KA 5KTQA 2FBTA 3SJJA 3OYEA 4J2BA 5FROA 4DQIA 3RMCA 1C6VA 4AHSA 3ITHA 3MXJA 3QEVA 1RT7A 1TKDA 2G8KA 2OYQA 3KLFA 4EZ6A 1BQMA 4O55A 3NCIA 4CEZA 1S5JA 3VQ8A 4EP5A 4M3ZA 4HUEA 2FC0A 1RDDA 4CIFA 1UA0A 1D9FA 4FLVA 4R5PA 3DOLA 1KCFA 4DFKA 3O4NA 1CXUA 4F2SA 5J2NA 1NJYA 1HJRA 2RF2A 3L2VA 4C8MA 3UIQA 1IH7A 3TAEA 1SL1A 1S1UA 2OZSA 1HYZA 2ZQBA 1DTQA 3VQQA 2YNGA 5CYMA 4FM2A 1RCHA 5FRNA 1JLCA 4UQGA 1NJWA 3U3GA 1QQCA 5D3GA 3HM9A 3O3HA 3CG7A 4E7IA 1VSFA 2FBXA 4NCAA 3SQ4A 1JLEA 2IC3A 1KRPA 3OYDA 3SV3A 4FJ7A 1REVA 4K8XA 4CIEA 4IG0A 3OYKA 3SUQA 4ELVA 4K8ZA 4CJPA 4PQUA 3WNGA 4B9TA 2NUBA 3LP3A 1LWEA 3SQ1A 1U49A 4M42A 3AA3A 4KI4A 4M3WA 2D0CA 2LSNA 2VG5A 2D0AA 4HVJA 2ETJA 3NFAA 5C25A 4FYDA 1NJXA 1VK0A 5J1EA 1U48A 1X9MA 3DRRA 3AVJA 4NCGA 3ZCMA 3LP1A 2JGUA 3S9HA 4OKKA 3V9XA 4FJXA 4HTUA 1JXEA 1N5YA 3L2UA 3AVIA 5CZ1A 4GVMA 5CYQA 3HPGA 4CHPA 3VA0A 3SPZA 4KREA 3OY9A 4DTUA 2VWJA 1FKPA 4OGCA 3SPYA 1TV6A 1JL1A 2D5RA 2YNHA 3L2QA 2QXFA 1TK8A 2HHXA 5JS1A 3ISNC 1KVAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CH6A 4IFVA 3RR8A 1CZBA 5KRTA 3JYTA 4BRMA 4FWNA 3EZ5A 2Z1IA 2GWJA 1T7PA 1DT9A 2W6KA 1QVFM 3DMJA 4K43A 2BUPA 3HK2A 1Q9XA 3OYFA 1FK9A 2HMIA 1YT3A 1NK6A 1J5OA 1GLLO 4NCBA 4YORA 4M45A 3TANA 1TK0A 5EX5A 4AHCA 4JI5K 4BG8A 4BRPA 1GLBG 4DLGA 3P39A 3RMDA 3CM6A 4KHUA 1KFSA 2GBZA 4CFCA 4I6MA 3NF8A 4CFAA 3QEPA 4O0JA 2UUAK 1DKGD 2WTUA 3NGIA 3K9KA 3JSMA 4IFEA 4XIUA 1XC9A 4ELTA 4CEFA 5KGXA 3RSEA 1BA1A 4ZTFA 3VQ9A 5C12A 2HVIA 3FFKB 3VETA 2G8WA 1QE1A 4PHTX 4BRQA 1HKCA 4JK9A 4CFDA 3AO4A 1RDUA 4Z4IA 1QQNA 3VEXA 4F9OA 3I8DA 4CCHA 4BGBA 1SL2A 3HOSA 1RDBA 4DCHA 3LWMA 1IKVA 1RGIA 1NJIO 4KHPK 3R6MA 1V4TA 1KVBA 1X3MA 3M8QA 4BQZA 2NNWA 4LF9K 3ATUA 4RW7A 2GTDA 4LF7K 3HO1A 1L5UA 1ATRA 1S1TA 1J54A 1ZC6A 1T6CA 2HBJA 2YCHA 3W3DA 4M7XA 3HI0A 1SKSA 2H3GX 4KBOA 4BRFA 1XQSC 3MEEA 2JLEA 4BRDA 1IKYA 2E4LA 2P1JA 3A5NC 4IG3A 2YHWA 3CCRN 1WAFA 2A40A 4LH4A 2VWBA 4CZLA 1XI1A 1OH8A 4DU1A 4DR3K 1VQ6N 4DR6K 2WUSA 4KH4A 2ITGA 4MO5A 3MXIA 1MWMA 1QQMA 3A0IX 1NU0A 3QFPA 3R9PA 3QEWA 3V4IA 1YVNA 3LP0A 1QHAA 3DLRA 3RTVA 2YNIA 1W97L 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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