4CHPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chpA00
3HO1A 3KD1E 4QOZB 1LWEA 3ZSWA 5KI6A 4J2BA 2D0BA 2VG5A 4Q0BA 3K5LA 2GUIA 3HYFA 4GW6A 4E3SA 2IC3A 3NF9A 3T19A 3O3FA 4I2PA 4FM1A 3AA5X 2X6NA 4E7HA 1NK8A 1SKSA 4CGHA 1C0UA 2B6AA 4CJFA 1L5UA 4B9UA 4GVMA 1ZBHA 3OYEA 1KFSA 3JSMA 3VQEA 1EX4A 1O1WA 2XY7A 4OLBA 3TAMA 1X1PA 5J2MA 4ZTJA 4F2RA 1VSIA 4LSNA 4DQQA 1JLGA 1JXEA 1JLEA 3ZSXA 3PX4A 4O55A 1L3VA 4CGDA 2G8FA 2KTQA 1T7PA 3L2RA 5SZTA 4FCYA 4CJKA 4FLTA 3SUOA 3EYZA 4KTZA 4OGEA 2G8WA 3CG7A 2F8TA 2HHTA 3ZSOA 1HPZA 4CJVA 4IDKA 1XHXA 2P51A 1HNVA 3AO2A 4CGIA 1D9FA 1LW0A 3IAYA 1G15A 2Z1IA 3CFOA 4CJEA 3OYGA 1RDCA 1WAFA 4CJLA 4DF8A 4KREA 2BDPA 1VSLA 3LP2A 4CEDA 2E6LA 3AV9A 2HHWA 1CXUA 1BQMA 1TK8A 1IKWA 4CGFA 4QCLA 1RTDA 3DLEA 3HT3A 3THVA 2DFFA 1B9DA 1RCHA 5T7BA 3QEVA 1NKCA 3QO9A 4J2AA 2RPIA 3L2WA 2WOMA 1HMVA 5SWMA 3NF6A 2F96A 2ZQBA 5HRNA 4B3OA 1GOCA 2OA8A 3DRSA 2XRIA 1CZBA 4CJ5A 3KTQA 1TK0A 4MQ3A 4CHPA 2YNFA 1RT2A 4Z4EA 4BACA 3OYJA 2Y1IA 1BIUA 4ELVA 3OYBA 1XI1A 4E7KA 3OY9A 1RBSA 1QTMA 3T3FA 5HP1A 1W0HA 5CYQA 3VQ7A 1BIZA 3K59A 4KTWA 5I42A 1SUQA 3V9WA 4DU1A 4CK2A 3C6TA 3U6FA 4KO0A 3S3OA 4CFDA 3OYMA 3RRHA 4IG0A 1B92A 2OZMA 4FJKA 2O4IA 4CHOA 3M8PA 1J53A 4HTUA 2HHUA 1WSIA 1A5WA 3OYIA 3PY8A 4IKFA 3NCIA 4CEZA 3OJSA 4FLYA 2B4JA 4H8KA 3NH2A 2WONA 1SL1A 1NK0A 5KRTA 4DSEA 2PYJA 4DU3A 1U4BA 5K14A 2D0AA 4JS5A 2A1SA 2B5JA 4CJQA 2YNGA 2HNZA 4DTMA 1JLFA 1C0TA 3QEXA 3UIQA 2GBZA 3MEDA 3VQPA 1S9GA 1EP4A 2IS3A 4RW4A 1X9WA 3OJUA 1BISA 4ELTA 4AILC 4M3ZA 4B9VA 1NOYA 1LAVA 1IKVA 3AVJA 1D8YA 1YTAA 1MU2A 4Y1DA 1UOCA 3LANA 3OVNA 4AHCA 4RW7A 3NGZA 1QS4A 4DQRA 3O3GA 1YTUA 2RKIA 2JGUA 4PQUA 1WSFA 5C24A 4FW2A 1HNIA 4Z4HA 3TAPA 3AO1A 2QKBA 1T05A 4FJGA 3AVHA 3HPGA 1ASWA 1LAWA 3AO5A 1Q8IA 4TSXA 4JS4A 3RWUA 3AVIA 3O4NA 3LP0A 4LH5A 5EU7A 3DLHA 4FK0A 1F21A 4KAZA 1XHZA 2VG7A 3AO4A 3CM6A 4CGGA 1EXQA 5KRSA 3L8BA 4BDYA 3MEGA 4DFKA 4M3RA 1ASVA 1JLQA 2OZSA 3L2UA 1RBTA 4DTSA 2HNYA 2O4GA 3S3MA 1U47A 4EZ9A 4AHRA 3QIPA 2BANA 3SNNA 1Z26A 2JLEA 2NUBA 1HQUA 3WNHA 2PZSA 3MAQA 2FBYA 3DRRA 4AHSA 4I2QA 3V1QA 1TGOA 3LWMA 4M42A 4W5QA 3BGRA 4FJHA 3HVRA 3EZ5A 1TVRA 3VQDA 1D5AA 3LWLA 3V9XA 4NCAA 1WSEA 3ZT1A 2HB5A 3SCXA 1TKZA 1N5YA 1RDDA 4EZ6A 1XC9A 2BE2A 3V4IA 4J2DA 4O44A 4CE9A 1KRPA 4BWMA 1IH7A 1S5JA 1J9AA 1WAJA 3QINA 3OYHA 4DTXA 1VSDA 3PV8A 4PA1A 1VSFA 1WSJA 5HRPA 1QSLA 2F8SA 2A1RA 1HYSA 4Y1CA 4CESA 5KGXA 2DFHA 2KZZA 4NYFA 3OYAA 1VSJA 2ATQA 2XY6A 1NJYA 5D3GA 4E1NA 4CIGA 1IO2A 4FJLA 3RMCA 1SV5A 1FKOA 1I3AA 4WE1A 1VSEA 4CIFA 2P5OA 3ZCMA 3DLGA 1VSHA 3OYKA 1YT3A 4DQIA 3O3HA 3OS2A 4FK4A 4FJIA 4IFYA 3RRGA 4KHQA 3RR7A 4DTPA 3OYFA 4FJJA 3KK1A 3CQ8A 3BDPA 4KRFA 3AVLA 2D0CA 3HL8A 3NH1A 4E7IA 4F8RA 4KI4A 3TABA 2OPQA 4FW1A 3K5OA 2OPPA 4C8NA 3QEIA 4DQPA 4CGJA 3OYDA 3HK2A 4DFMA 1RDAA 4B8CA 2HHQA 4FZYA 4BE0A 4B9LA 4E89A 1VSMA 4LSLA 2QXFA 3QETA 4B9SA 4FZZA 2YV0X 2R7YA 4W5OA 4ICLA 4AHUA 2W42A 4C8OA 3P5JA 2QKKA 4M3UA 1XWLA 3ALYA 1SKWA 4H4OA 3KLEA 3V9SA 1T03A 2HVHA 3LP1A 4HVJA 3QEWA 4EP5A 3M8SA 4KHYA 4GMJB 4FLUA 4M3XA 3AA2A 1VRTA 2RN2A 3C6UA 1YVUA 3DLRA 4FLWA 4CF9A 4Z4GA 1ZBIA 2HW3A 4OVLA 4CFCA 4E1MA 2OPSA 4DTUA 4PUOA 3QNOA 1RTIA 3ZSQA 4DF4A 3CFPA 3RMAA 1JLAA 3NBPA 3I8DA 4CJSA 1T8EA 5FROA 4ZTFA 4O0IA 3OS1A 4DU4A 3RMDA 3ISNC 3TAEA 3SUQA 1QE1A 1RILA 1NKEA 1HRHA 4JRQA 2G8HA 1S6QA 1FXXA 1KFDA 4OJRA 3V81A 3QLHA 4OPKA 1C1BA 4DTOA 4HCCA 4J2EA 3MECA 1REVA 4B9NA 4CJ3A 1X9SA 3ZSRA 3LPTA 3VQ9A 4LY7A 4DSJA 1RNHA 1IG9A 1RT4A 5DK5A 4N5SA 2FBTA 2BGGA 1UAXA 3A2FA 5HLFA 2HHVA 3KKRA 5KTQA 2FC0A 1ZBUA 3AVFA 3HSTB 1Y97A 1BCMA 2YNHA 4W5TA 4N47A 4OKEA 5J2PA 2G8UA 1LW2A 2I5JA 4YFUA 3MXJA 4B08A 4I9LA 4R5PA 1UWBA 1RT3A 3NF7A 3LDSA 1S1XA 4BE1A 3HP6A 4L8RB 1BGXT 3VQCA 3NGYA 5I3UA 1QSYA 2PYLA 4M3TA 3F9KA 1DLOA 1I39A 3WNEA 3NGIA 1EETA 3DYAA 3LPUA 4AH9A 4FZXC 4DLEA 4ELUA 3ASMA 4DS5A 2IOCA 4NCBA 3VA0A 4HHTA 1KSPA 3IS9A 3L3UA 3LP3A 4Z4IA 3L2VA 4C8MA 1J54A 3ZSYA 3SV4A 3ZT0A 3U3YA 5JS1A 2OYQA 4DG1A 5E41A 4C8KA 1JLBA 4RG8A 4CEEA 2KZMA 2Z1JA 4MFBA 4ID5A 4BDZA 4FJ5A 4PWDA 1GOAA 2YHAA 1U49A 1GOBA 4FLZA 4Z4CA 1NK6A 2P5GA 1LWCA 3ZT3A 4N56A 3PX0A 3OYNA 3QEPA 1QHTA 2P1JA 1WNSA 1EKEA 4AHTA 3T1AA 3HVTA 3TANA 1N6QA 4F4KA 4M3WA 4E7JA 2ZE2A 4FK2A 3KLFA 1Z25A 1TV6A 3SUPA 3I0SA 4CFAA 3M8RA 3D45A 1S6PA 4CEBA 1BCOA 4FJXA 4N41A 3P83D 4O0JA 3AVNA 4YNQA 3RTVA 3SI6A 3EY1A 3QERA 1JXBA 3SQ0A 2AJQA 1UA1A 1DTQA 3LAKA 4Z0UA 5HRRA 3C94A 1NK5A 4CERA 3AVMA 3KLIA 1L3TA 4CF0A 1TL1A 1HQEA 3DOKA 5C25A 3H08A 4W5RA 5JS2A 1C6VA 3NDKA 1KTQA 3VQ5A 1NOZA 4OPJA 3RR8A 2IDOA 1KCFA 3B6PA 4F3TA 4OKJA 1NJWA 3NAEA 3TAFA 5KGWA 3LAMA 3SZ2A 3ZSZA 1RT5A 2G8VA 4CF8A 2VWKA 2XY8A 3TAQA 1JKHA 4IG3A 4CEFA 3TI0A 4PY5A 1JL1A 4CJRA 2YNIA 4O4GA 4DWIA 4CK1A 4DSLA 3VQQA 3HP9A 1C0MA 4CJUA 4KKOA 4CJWA 3PO5A 1NJZA 4KI6A 4FM2A 4W5NA 1S1UA 4ZHRA 3HPHA 3G0ZA 4IBNA 3AVGA 4Q5VA 4M41A 2DTUA 2QK9A 4FXDA 4CJ4A 3K5NA 1WSHA 4CF2A 3SPZA 2IGIA 3KLHA 4OLAA 3SV3A 4KV8A 4HUGA 3KLGA 1A5VA 4DQSA 4FJNA 5HROA 3VQ4A 4DFPA 3DOLA 4F2SA 4I7FA 3VQ6A 4DTNA 4CIEA 4CJTA 1X9MA 4DFJA 3M8QA 2KQ2A 3E01A 3G10A 4FLVA 2HVIA 5CYMA 4Z4FA 1CLQA 3WNGA 3TARA 4CEOA 4DTRA 3SUNA 2EX3A 4FM0A 3AA3A 1ZBFA 4ID1A 4E0DA 3I0RA 1BHLA 3V9UA 3V1RA 2ITGA 5FRNA 4AHVA 1NK9A 3KK2A 4KFBA 2LSNA 4CJPA 1QSSA 1U04A 3U3GA 4CHNA 5HRSA 3V9ZA 4G1QA 2XY5A 3L2QA 4BWJA 4CFBA 4FJ7A 1A5XA 3DI6A 3LZIA 2RF2A 1B9FA 5C42A 3D0PA 4KHUA 4KHWA 1RT7A 1S1TA 1K6YA 3AVBA 4QAGA 3SQ1A 2E4LA 2X78A 4NYNA 3KKSA 1DTTA 3TWHA 3TAGA 1NK7A 4I9QA 4FJ9A 2X6SA 3VQ8A 1BL3A 2IAJA 2X74A 3KD5E 4CEAA 1WSGA 3CM5A 3AO3A 2VWJA 2Y1JA 2HMIA 4FLXA 1SL2A 4K8ZA 4KHNA 2KW4A 3C95A 4O5BA 1TKDA 4DSKA 5CZ2A 3K57A 3ULDA 4CCHA 1NKBA 4JRPA 4JLHA 4LD0A 4B8AB 1KVCA 3V6DA 2Z1GA 3SQ4A 3VN5A 1TK5A 1R0AA 3VQAA 1TL3A 3QIOA 1WLJA 5CY4A 3S9HA 1KLMA 2XO7A 3OYLA 3NHGA 5HBMA 1C1AA 3SQ2A 3OS0A 1RT6A 3PX6A 2FBXA 3DLKA 5DMRA 3MXIA 4E19A 1TKTA 1BQNA 3KK3A 1ZYQA 1KVBA 3AVAA 3WNFA 2G8IA 3K5MA 3K58A 3NH0A 5J2QA 1TAQA 1Q9XA 1HYZA 4UQGA 4OKKA 3KJVA 4HUEA 4KHSA 1RTJA 1S1WA 4DTJA 4EP4A 4RW8A 1D9DA 4HCBA 3NE6A 2FBVA 3SPYA 1RBVA 2D5RA 3VA3A 1WN7A 1VRUA 3PUFA 1KVAA 3IRXA 3OYCA 4F3OA 1TAUA 4BDPA 3KIOA 5FRMA 4KB0A 3NFAA 2Z1HA 1U45A 3K2PA 4CHZA 2GV9A 2YHBA 3P1GA 4FYDA 1LWFA 3MEEA 3LALA 4LH4A 1JL2A 3JYTA 2G8KA 4CEQA 1RDBA 3AVCA 1Q9YA 2XHBA 3DM2A 4FVMA 3ZT2A 4DSFA 4NCGA 3HXMA 2ETJA 3F73A 4KB1A 1SKRA 2VG6A 3MXMA 3S3NA 3QNNA 1NK4A 3AVKA 1KLNA 3SYZA 4B9MA 4K8XA 1L3SA 4KTQA 1W9HA 3L3VA 1VK0A 4CK3A 3CYMA 1LV5A 2DY4A 4XIUA 3V1OA 3NF8A 4CF1A 1IKYA 5J1EA 2PY5A 4E7LA 4RW9A 2YKMA 1NJXA 2ZD1A 4RW6A 4HUFA 1BI4B 1RBUA 2DFEA 1L3UA 1ASUA 1QQCA 1UA0A 3RMBA 2KFNA 1JLCA 1S1VA 3B6OA 1RBRA 1S9EA 1BI4A 3O4QA 4OGCA 3TR8A 5CZ1A 2Q3SA 3VQBA 4CHQA 5J2NA 4M3YA 3ITHA 1ZBLA 4BE2A 1HYVA 3FFIA 3ZT4A 3HPOA 4CECA 2E6MA 3AA4A 4M45A 3QESA 3DRPA 4IFVA 3LZJA 4H4MA 3HM9A 1U48A 2HHSA 1HJRA 2YKNA 3IG1A 4FJMA 1TKXA 1SL0A 4KPYA 2KFZA 3ZSVA 4CHYA 3SJJA 1CXQA 1IKXA 1RT1A 1VSKA 2EHGA 4C8LA 3PO4A 3HJFA 1J5OA 1RTHA 1CZ9A 2HNDA 3DLBA 4DSIA 1C1CA 1FK9A 4DLGA 4FJ8A 2OPRA 3DMJA 4DMNA 4B9TA 1FKPA 1ITGA 2HHXA 4N76A 5FDLA 3CFRA 4DS4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AR0A 4QOZB 2CH5A 4BRKA 3ZSWA 5C12A 2IC3A 4FM1A 4I2PA 4DR2K 4E7HA 1W2BM 1L5UA 4B9UA 1JCEA 1ZBHA 3OYEA 1VHXA 4OLBA 3TAMA 4DV4K 4F2RA 4LSNA 4DQQA 1NJIO 2E8AA 4EHTA 4FCYA 1NGFA 3P4IA 4BVPA 4JHDA 2ZGYA 4KTZA 3OA9A 2F8TA 2HHTA 3AO2A 4DF8A 1C0FA 2HHWA 4JNEA 2F4VK 5TKWA 4U7BA 4PKHA 4QCLA 1RTDA 5GIPA 5JVGL 1Y64A 3BF3A 3QO9A 3O1WA 2XRIA 1CZBA 4YOXA 3J80O 2YNFA 4NLBA 3LDPA 3OYJA 1XMQK 2Y1IA 3J8AA 4IO8A 4KTWA 4GY2B 4OPAA 1GLBG 4HTLA 1B92A 1P90A 3M8PA 1Q7YO 3EE9A 4B1UB 4CZEA 1VQ8N 4PL7A 3OJSA 4H8KA 2WONA 5FPDA 1SL1A 1U6ZA 1U4BA 2A1SA 4IFEA 2YNGA 3G25A 4QS8A 1JLFA 4R79A 2O8BA 4AQYK 2GBZA 1YUWA 4JKFA 3VQPA 3SK3A 1BISA 3QBWA 2I7NA 5GINA 1K8KB 2BH1A 4OX9K 1HNIA 3TAPA 3AO1A 4KH4A 3AVHA 4TSXA 1Q8IA 5FPMA 4XH5A 3AVIA 3LP0A 3DLHA 4FWMA 1XHZA 3LM2A 3AO4A 1EXQA 4BDYA 3WXKA 4BRMA 1TYQA 1BU6O 3HOTA 4DFKA 1JLQA 4DB3A 4BR0A 1U47A 3QIPA 5C2FA 2BANA 1WOQA 3VEOA 1HQUA 4AHSA 3V1QA 1TGOA 2UUBK 4H5RA 4FJHA 4FPAA 3HVRA 3LWLA 3SCXA 2HB5A 1XC9A 2BE2A 4J2DA 4O44A 4IXCA 1IH7A 4CZMA 3PV8A 1VSDA 1WSJA 2A1RA 4CESA 4BRLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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