1YJ9N

Crystal structure of the mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui containing a three residue deletion in l22
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yj9N00
2OTJN 4WF9L 2ZJQL 1QVGM 3CF5L 5JVGL 4U67L 4IOCL 1VQ8N 1S72N 2ZJRL 5DM7L 4WFNL 1YITN 4WFAL 1VQNN 1KQSM 4IOAL 3CCEN 5GADP 5MLCQ 4WCEL 1Q82O 2QEXN 1VQMN 2ZJPL 1YI2N 3CC7N 3CXCM 1JJ2M 1QVFM 1YJWN 1VQ5N 3I56N 5H1SQ 1YJNN 3OW2M 4UY8O 4IO9L 3PIOL 1N8RO 3CC4N 2QA4N 1NJIO 3CCJN 1VQ4N 5HL7L 1K9MO 3CMEN 1Q7YO 2OTLN 1Q81O 1VQ9N 3G4SN 3CC2N 1VQLN 1KC8O 3PIPL 5GAEP 3CD6N 1ILYA 5DM6L 5GAHP 1K73O 3CCRN 3CCLN 1VQKN 1KD1O 4WFBL 1OVYA 5JVHL 3I55N 3DLLL 1YIJN 1VQON 3CCUN 1K8AO 1W2BM 3G71N 1YJ9N 1YHQN 3CCMN 3G6EN 3CCVN 5GAGP 3CCSN 3CMAN 1M1KO 3J7ZO 1M90O 1VQ7N 1VQPN 1VQ6N 1Q86O 3CPWM 3CCQN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UA0A 2G8IA 1SV5A 3HI0A 3O80A 3WUHA 4X62K 3VESA 1SKWA 4AH9A 2A42A 3K9JA 1J5OA 1YXQA 3LZJA 1S22A 1U4BA 4L8RB 4HTLA 4B8AB 3SZ2A 5DMRA 2F9WA 4JK8A 4UQGA 2NRZA 1VRTA 5C2DA 4KH6A 3HSCA 4DR7K 2B4JA 5GADP 2F9TA 1TUYA 4M41A 1HNIA 3SAGA 4JKFA 1Y64A 2DFFA 3CXCM 3TWHA 3UE5A 1Z25A 4BRAA 3TABA 1DLOA 2ZQBA 3VQPA 4JI0K 1RT6A 2EX3A 4AHCA 3CYMA 4BC2A 4CJVA 1XHXA 4I9LA 2HF3A 5C0YA 4KTZA 5BR9A 2ZE2A 4MLHA 3PIOL 3H1QA 1RBVA 3EO3A 2O8BB 3MCAB 3A0IX 1U47A 2HHHK 3QBWA 2QKBA 3TI0A 4A5AA 3UIQA 4FWPA 3NVMA 2GUIA 3KLHA 2QXFA 2W41A 4LH5A 1VSIA 4BRQA 1ILYA 3QIPA 3PX6A 4DTJA 3U4LA 4AM6A 3DLEA 2P9KB 4M45A 4BG9A 4FLVA 3FZFA 2HHQA 4CJLA 2HBMA 1U04A 3DLLL 4CZMA 3OYFA 1TK8A 1LAVA 1RT4A 1HLUA 3ZSYA 3O9TA 2O8FA 1EP4A 1QZ6A 4A2BA 4M3YA 1S9GA 2FBXA 4H5WA 3O9RA 1VQ7N 3AVNA 1Q86O 4GV3A 4QCLA 3O3HA 4IEIA 4NLCA 1T6DA 1A5VA 1NKCA 4DFPA 4EZ6A 2YI1A 2FSNA 2ZJRL 1BU6O 3OYEA 3TU5A 4LF5K 1KAZA 2P5GA 2E1YA 3THWB 3DRPA 4G1QA 4IWVA 4FK4A 2FSJA 2OPRA 4O4GA 5TKWA 3SBTA 3R9PA 2FSKA 3CJCA 3JXUA 5M1NA 3SAFA 1U45A 3L6QA 2Q31A 4C8KA 1LAWA 4BRKA 1VSEA 2HHWA 3MX5A 4CF9A 1BO5O 4HUFA 3V4IA 4ILGB 4GMJB 4JRQA 4NXMK 1S1VA 5M1KA 3SQ0A 4CFCA 3LDPA 5JLFA 1SS6A 1KVAA 3H1VX 5KGWA 3M1FA 1JL1A 3P83D 5LL6Z 1NJWA 4QS7A 4BR2A 2X74A 4CECA 1EKEA 3NFAA 3F73A 3CIPA 4FL9A 4CGFA 3LALA 1DTQA 4H5TA 4KI6A 3DMJA 1VSFA 3IAYA 3LP1A 4WQ4A 4ZHRA 3T3FA 4DSIA 1OH7A 3O8MA 1NGFA 3ULEA 3I55N 4FJMA 3OYHA 3N4PA 5FLXO 4YOTA 4LSLA 5SWMA 2YNIA 4CCHA 3AGKA 3TAQA 3ZX2A 3CJ9A 1ESVA 4DUYK 1JL2A 2LSNA 4JI5K 3RSEA 1IKWA 1VSMA 3ALYA 3MXJA 5AQMA 3V81A 4DSLA 2GEMA 4K8ZA 3KZBA 4NCGA 2KFNA 4FJ9A 3VQBA 4N41A 4LFCK 3LP2A 4CESA 1C6VA 4CGDA 2P9PB 4I9QA 2EWSA 2F96A 2JWLA 3HZ6A 4JK9A 3L4IA 4KTQA 1P8ZA 1NK8A 1RTJA 2RN2A 3NDKA 3HP6A 4GKJK 2VWKA 1HNZK 3OYDA 4DU1A 1EWRA 3QERA 3AVFA 3AAPA 1WB9A 3WNHA 4DV4K 3EN9A 1TKXA 3CPEA 3OJSA 4DQIA 2A6AA 3T19A 5AQGA 2OPPA 1QHTA 2HF4A 2H3GX 1D4XA 3O6WA 3P39A 3NH1A 4ICLA 3EKSA 2KHOA 4JV5K 3DXMA 4CZIA 3MK6A 1WSJA 3VQDA 1A5XA 3TANA 3FFIA 2E8AA 3A8YA 3AO5A 4BRNA 1ATSA 3QEPA 1HR0K 1WLJA 4IO9L 4IG3A 1TK5A 2YCHA 3D45A 1KTQA 4RG8A 1RDWX 4FVUA 3KK1A 1TKTA 5CYMA 3SLCA 4J8FA 3AO4A 4BRDA 2HHXA 1JLQA 2CH6A 4CEOA 3SQ2A 3OYMA 1K9MO 2V7ZA 4JKGA 1QSLA 3CM6A 1Q7YO 3QESA 4FW1A 3TTDA 4YY3K 5BPNA 3SV4A 5AZIA 4IXCA 4CEBA 1EO1A 4BQZA 3IMXA 5FROA 3CM5A 4JYAK 1T44A 4HVJA 1XMOK 4DSJA 3ASMA 3ZSRA 1N36K 1K8KB 3I33A 3VQQA 3R6MA 2P9LB 2GWKA 4JI8K 3ZT4A 1JXBA 4M7YA 3IUCA 4QS9A 5AQOA 3BF1A 1HNVA 4CD3A 5LMUK 3J80O 4FLXA 1VQPN 3ENOA 1VHXA 1T7PA 4AF1A 3DRSA 3K2PA 3DLKA 4CJQA 3TSQA 3AVAA 3CJAA 1RT2A 1JXEA 4CJTA 1NWKA 5CZ1A 4DF8A 2QKKA 3QEWA 4I7FA 3A5LC 1NOZA 3HYFA 3DAWA 1NK9A 4LD0A 4WFAL 1TGOA 5LMNK 1XNQK 2XRIA 1R59O 3H3NO 3NHGA 5MLCQ 5F1XA 4CHYA 3K58A 4DQ8A 2O8EB 1S1WA 2ASMA 3Q7CA 4LH4A 4MFBA 3OYBA 2P9NB 4FJKA 1WSIA 4HUGA 3WT0A 1N33K 5BREA 4KB1A 3KJVA 2Q2RA 3NGZA 3O4WA 3KD1E 3SCXA 3A5OC 3UKRA 4OGEA 1OKJA 1TL1A 2YNGA 4XH1A 3SUNA 3IG1A 3CC4N 3ENBA 5HRPA 4M3ZA 4Y1CA 4HHTA 5JS1A 4GV9A 4CJFA 2VQEK 2BE2A 4PKHA 3ZSVA 2P9SA 3EYZA 3SQ4A 3E9OA 4E1NA 3CC2N 3KIOA 4YOYA 3PIPL 4FK0A 3KWGA 3ZT1A 3AVIA 3VTIA 3WNGA 3C6UA 1HJRA 3CETA 4I2PA 3PX4A 4DLGA 2GTDA 4AILC 4LF6K 1BQNA 2D1KA 1XWLA 4PA1A 1OH5A 2O4GA 4BR5A 1BI4B 3ZSXA 1DKGD 3ZSZA 4GV6A 4JKAA 3MX2A 3OYGA 3QEVA 4DTSA 3LZIA 5BPLA 2O4IA 2VQFK 5F0XA 3CJ7A 4B9NA 4YNQA 4BE1A 3H3OB 5GAGP 3SUPA 4CJRA 1RTHA 4CIEA 4JI7K 4CI6A 4FOIA 1GLCG 2V7YA 2UUAK 4BDZA 2OPQA 3OY9A 1HKGA 1KAXA 1WNSA 1J6ZA 2BGGA 3ZEUA 5JVGL 5J2PA 2E2NA 4JI2K 4EFHA 2UUCK 1GLDG 3THXB 1EETA 4FWKA 2X78A 1SZ2A 1VSHA 1L3SA 4JI6K 3DM2A 4LC9B 4JHDA 4BQLA 4J2DA 2YHBA 3DRRA 1N5YA 3O08A 4H0PA 1NMNA 4JD2B 5BN9A 5ADXA 3MECA 4FOEA 1J5EK 2VGMA 1GLEG 3ZETA 2E20A 1RBUA 2V51B 1QQCA 2D0BA 2KFZA 4GKKK 3MEGA 4PKIA 4O44A 4E19A 1JCGA 5A2QO 4UY8O 1C0GA 3QICA 2QWLA 3H45C 1DT9A 5F2RA 4C1NI 1NGCA 3NH2A 1ZBLA 2CH5A 5CYQA 4NLBA 3ID8A 3FLCO 3SQ1A 3O9UA 3UB5A 3T69A 4AHRA 4O8UA 4BRCA 5HL7L 5AQKA 4DQRA 4Z4CA 3W0LA 1U2VB 4AM7A 2YHXA 4FLZA 1VQLN 1JCFA 4DLEA 3AVLA 3HM8A 4FLWA 4WQ4C 1W0HA 3DWLA 3CCRN 4E7HA 1E4FT 4WFBL 4K8XA 5EY4A 3VF6A 3F9MA 4DS5A 4B1WB 1YIJN 3TTFA 3WXIA 3TSUA 1N6QA 3K57A 3RVCA 4FCYA 4PY5A 3D2EA 2O8BA 5JLHA 1HNWK 3LDOA 1RBSA 4RWTA 3PY8A 3QBXA 3QETA 3VMFB 4KKOA 3CCSN 2GX9A 1X9WA 3DLRA 1M90O 3BF3A 2O8CA 2OA8A 1RTIA 1NK0A 4CF8A 3L2VA 3O3FA 3VQ8A 4CEFA 3P31A 1S5JA 1L3VA 4FK2A 4BRIA 4BREA 4M3XA 4CBWA 2P9KA 5DM7L 2OYQA 4QAGA 3VA3A 4CJPA 2XHBA 1RDBA 5I9EB 3L3UA 3AA2A 3HO1A 1YUWA 3VEOA 2Y1JA 5J2QA 4WCEL 3HVTA 2QEXN 5AQFA 1GLFO 3U8XA 3T1AA 4F3TA 4DQQA 3F2KA 5C25A 4QS8A 3AVBA 2OZSA 5AQQA 1ZBUA 2Z1HA 5FPDA 1JJ2M 1X9JA 2QWPA 2ZGZA 2UU9K 4A57A 4Z4EA 2D0OA 1HQUA 4M3WA 5AZJB 4JS4A 1FKPA 4BC4A 3OW2M 3OYNA 3NGIA 4BVPA 3NF9A 3VEYA 2UXBK 5FPEA 2G8FA 4AHTA 4OPHA 4H8KA 5K14A 3ZCMA 2QWRA 4F3OA 1IO2A 3NF8A 4IG0A 4DV6K 1BA1A 1NBWA 3U9DA 2E2QA 1IKYA 1HRHA 4IDKA 3C94A 5M1FA 3V1RA 1ZXOA 2D4WA 1BDGA 3P38A 4Y0WA 3ZLJA 4FLTA 4M3TA 3EEQA 2ITMA 2GUPA 1KD1O 4CHNA 4OO1J 1B9DA 3RMBA 5FPNA 3IS9A 3MXMA 2OCEA 1RBRA 3ZYYX 2YHAA 2A40A 3GL1A 3WEEB 3G71N 3EZWA 4IBNA 1ASVA 3LPUA 3D2FB 4B1XB 4KHQA 4KHSA 4IOXA 4RTFD 5C10A 4IJAA 3MN9A 4OVLA 4IJNA 1JCEA 2QM1A 3TAGA 4YFUA 3QLHA 4DHYA 1SUQA 2JGUA 3MN5A 3AV9A 2XY5A 3L0QA 1Q8IA 2Q0RA 4J2BA 3BUZB 3I0RA 3AO1A 5AQJA 3IDHA 4IOCL 4LF8K 4GW6A 5AQPA 5EVZA 2QWOA 1NGDA 3TPQA 4Y1DA 1D9FA 4NB4A 4FPBA 1HKCA 4JLHA 4A62A 5CHIA 1CXQA 4BC5A 3JSMA 1JLCA 4M3UA 2UXDK 4DTOA 3W3DA 4CK2A 3DXKB 3CQ8A 4DB3A 2D0PA 5AQYA 2GV9A 2ZGYA 5AQNA 4DR4K 3SNNA 4DR3K 5EU7A 2FF3B 3PX0A 3DLBA 2I7PA 2P1JA 2XY8A 3SI6A 3TAFA 5J2MA 2HBKA 4YOWA 1YI2N 4FW2A 1HYVA 3M8QA 3I8DA 3MN7A 2NRRA 1YJWN 4CJSA 4Z4IA 2HVIA 2IVNA 5FDLA 2O8DB 3SJHA 4F8RA 4K41A 4KO0A 3V9SA 1NKBA 1SKRA 1TL3A 5C2FA 1HPZA 2NRWA 1N8RO 2DY4A 3L2WA 5SZTA 4ZTJA 4O5FA 4A61A 3FE1A 3LDQA 4JI4K 5BRHA 3GE1A 2W6LA 4FZYA 5AQZA 4E7LA 3V9WA 3MXIA 2HNZA 4FWLA 2PFUA 3L3VA 5EOYA 3EKUA 3MAQA 1Z05A 2P9IB 3LDSA 2HHUA 2KKZA 3C6TA 5D3GA 1ZBIA 1G99A 4A5BA 1MWKA 3MEEA 4B3OA 4RW4A 3O5BA 3JAMO 2ZF5O 4L3QA 5KTQA 3HOSA 1RDCA 2QW9A 3P4IA 2E2OA 4CGGA 3S41A 4B08A 1XUPO 4LY7A 4B9VA 3ATUA 5AQVA 4CHOA 3NMUA 4DTUA 3J7ZO 3R3LA 3K5OA 2R7YA 1RNHA 3OA9A 4V19S 3A2FA 4DSFA 4W5RA 3CF5L 4ELVA 4JKHA 4N5SA 4PUOA 4CZGA 4I6MB 1GLAG 4CEAA 4BGAA 4M7XA 1NKEA 3GOIA 4BR7A 3QNNA 3HXMA 1JLAA 3MWTA 3PV8A 2UYTA 4CGIA 3F5TA 2ASOA 1E4GT 2YKNA 2AJQA 5KI6A 1RTDA 5M1PA 3KLGA 4FWOA 2O8FB 5ADXH 4OLAA 2E1ZA 3KTQA 4F2SA 1KAYA 1ATRA 1IJJA 1CZBA 2HHSA 1MDUB 3ID6A 1X9SA 5HOOA 2P51A 2DFHA 1NOYA 2A41A 4FWQA 4Z0UA 3OS2A 4OLBA 5IT9O 3AA5X 4IFVA 3WXKA 5C24A 2KW4A 4H0YB 3CFOA 5AFUA 1NGEA 3SMSA 1BIZA 5AQXA 2YHWA 3F9KA 1BCMA 3B6PA 4TSXA 3AGRA 3H6EA 4XH5A 4RW7A 3ENHA 4BG8A 4XH4A 2W42A 5EXWA 3QNOA 3GG4A 1ASUA 3O1WA 1RDDA 2CGLA 3QEIA 1U49A 4NYNA 2OZMA 3CMEN 4DTPA 1BOTO 4IEEA 3A5MC 1B92A 2O8EA 1W97L 3E1YA 1OVQA 4ISGA 1KC8O 4ILHA 4IDHA 4RW9A 1F21A 5DM6L 1QQNA 2A3ZA 4BDPA 3VEXA 4CZEA 1YF5L 4DQPA 3VOVA 3RR8A 1IBKK 4N47A 2Q97A 4CJWA 1C0MA 1UA1A 4R79A 3HOTA 2W6KA 2KLAA 4PQUA 4K42A 3LAKA 4DTXA 5LJVA 2Q0UA 3AY9A 4IFYA 3QB0A 1S9EA 2RKIA 3KHYA 2KZZA 2QK9A 2E88A 3H46O 5FRNA 4FVMA 4BROA 1UWBA 4FYDA 4LSNA 3NGYA 3M8PA 5TKYA 4DFMA 4B3MK 3S9HA 3M5RA 1LWCA 1UAXA 1BG3A 4OKJA 3VEWA 2V52B 1D5AA 3AARA 3QFPA 3OS0A 3NE6A 3ULEB 5M1QA 1J54A 4E1MA 1VQNN 1KQSM 3VPZA 4CJKA 3HT3A 3FFKB 5HP1A 3TAEA 4CZFA 4GVMA 2Z1GA 4ELTA 4CD1A 3HP9A 4BACA 3LP0A 4BR9A 1CZ9A 1LV5A 3RSEB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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