1YJ9N

Crystal structure of the mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui containing a three residue deletion in l22
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yj9N00
4WFBL 3DLLL 3CC7N 1VQNN 1YHQN 1VQMN 3J7ZO 1QVGM 1M90O 5JVGL 3G71N 3OW2M 3CCSN 3CCVN 4WFAL 2QA4N 5H1SQ 3CCLN 1K9MO 1NJIO 4IOAL 2ZJQL 5GAHP 3I56N 1YJNN 3CCEN 1VQ7N 2ZJPL 1S72N 1M1KO 4UY8O 5DM6L 3PIPL 1YI2N 1K8AO 4WCEL 1VQ6N 4IO9L 2OTJN 1K73O 3CC2N 3I55N 5GAGP 3CXCM 1VQ5N 5HL7L 1VQKN 3CMAN 3CPWM 1VQ8N 5GAEP 2ZJRL 3CCQN 3CMEN 1JJ2M 5GADP 1VQ4N 1VQLN 3CCUN 3G4SN 1YITN 3G6EN 5DM7L 1KD1O 5MLCQ 1YIJN 1YJ9N 3CD6N 4U67L 1W2BM 3CF5L 1KC8O 3CCRN 1QVFM 1VQON 4IOCL 3PIOL 4WF9L 1Q82O 3CCMN 1YJWN 1VQPN 1KQSM 2QEXN 5JVHL 3CCJN 1N8RO 1VQ9N 2OTLN 4WFNL 3CC4N 1ILYA 1Q7YO 1Q86O 1Q81O 1OVYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV2K 1SL2A 4IEEA 3OYMA 3DI6A 3M8QA 3CFPA 4RW9A 1NKBA 4B3RK 4BR0A 1VQMN 1VSJA 4DS5A 3AVKA 3U8XA 4CF1A 3M5RA 2CH5A 2IC3A 3GG4A 4IJAA 1QSSA 2P9SA 4DUZK 3WNFA 4G1QA 4DCHA 4DWIA 1RTIA 4GW6A 3T3FA 4U7BA 2YX6A 4KHYA 3ZCMA 3ALYA 4KB0A 1X1PA 1OH8A 4H0OA 3P4IA 1HUXA 3M1FA 4E0DA 3PX0A 4CJRA 5KGXA 3DLBA 3ZX3A 5BRFA 4RWTA 3CG7A 3OVNA 4BR2A 3HYFA 4MLEA 1HJRA 3EKUA 3LZJA 4K41A 5KRTA 3O9TA 3VN5A 2GWJA 4FJ5A 1ZBSA 4QS8A 2O8BA 3EE9A 1TUYA 4DB3A 2HHWA 2ZQBA 1A5VA 3QFPA 5AQQA 2NRZA 3JS6A 3VEWA 3SUQA 3NVKA 4NCAA 2GBZA 2ZJRL 3CCQN 1HKCA 3HZ6A 2IOCA 3LANA 3O1WA 1JLAA 4RG8A 3ZT4A 1RBSA 3AV9A 4B9QA 4A2BA 3G6EN 3L8BA 4FJXA 3UKUA 5BRDA 3SLCA 3H3NO 1S9GA 2Z1HA 4NCGA 3OYBA 1EQYA 3RR8A 3IDHA 2HOEA 2Q36A 3VQPA 1TYQB 3U9ZA 4JKGB 1VQON 1BO5O 3CCMN 4O8UA 3QNOA 1YJWN 4PY5A 1H1VA 3S3OA 1IKWA 3O9QA 5IT9O 4PKGA 3TAGA 2HHUA 3OBWA 3CCJN 2E1YA 5HRSA 2XRIA 3A0IX 3O4WA 2HNDA 1Z25A 1NK0A 4DV4K 2QI2A 1X9MA 4CD3A 5SWMA 4FCYA 4OX9K 1U45A 1RGIA 5JVGL 5M1PA 4DMNA 4M7YA 3ZSZA 4IEIA 4LH5A 3RMBA 1L3UA 1Z26A 3H46O 2O8CA 3V4IA 3OS2A 2E8AA 3O1BA 3HPGA 4DR1K 2KFZA 3B8AX 3OYDA 4FZZA 1N34K 3WQTA 1C1CA 4LD0A 4CHYA 5B8HA 4JKAA 4CEOA 1S5JA 3HBTA 1KVBA 3MCAB 3VPZA 2G8KA 3AVLA 4IBNA 2HF3A 5AZIA 2FF3B 4IDHA 3KTQA 1OH7A 1EETA 3AVCA 5LL6Z 1NU0A 4YNQA 3CIPA 1CXQA 3H08A 4HUGA 1P90A 3PO4A 1WSFA 1DEJA 3LWLA 3NGIA 4FSVA 3AAQA 4AHCA 5E41A 4FK4A 4NYFA 4CHPA 5HRRA 3SV4A 4XIUA 2V52B 4CFBA 1TYQA 3M6GA 1NGEA 3DXKB 3L2QA 1ASVA 2E2QA 4F2RA 4Q5VA 3SNNA 2D0OA 2HMIA 4BRKA 4KREA 1BU6O 2FBTA 2KW4A 3VEVA 2VQFK 1Q9XA 4H5VA 3DOLA 4F8RA 3OYJA 1QVFM 3HK2A 4KFBA 2BUPA 1C0UA 4DU3A 4IWVA 3F5TA 2WTUA 4FJLA 4M41A 3H45C 2BH1A 4FZYA 5GIPA 2NRTA 3G0ZA 5C2DA 1W7AA 3PX6A 4L3QA 3CC4N 4CBXA 1X9JA 2PYLA 2O8DB 4CK2A 1SL1A 4DR4K 3DRSA 3L3UA 2FBVA 2Y1JA 4JYAK 3SJJA 2OYQA 4CGFA 1IJJA 4KHQA 2FSJA 4KRFA 3NVMA 4CGGA 1QVGM 3NF6A 1DKGD 4LFBK 4BVPA 1MWMA 3ULDA 3MECA 1GLBG 4I9LA 5M1FA 3M8SA 4N76A 1DTQA 1IBKK 4FM0A 1J5OA 4FVUA 2WBNA 4C8LA 4FLXA 3AVHA 4J2DA 4JKHA 5ELZA 1D8YA 2HVHA 4CJQA 4Y1DA 3RMDA 3AGRA 1QQNA 2WUSA 3VETA 2QTDA 3BP8A 4GVEA 1HMVA 1MU2A 5AQOA 1J5EK 3LP2A 1KRPA 5FRNA 1YAGA 5FPEA 3C6TA 4CJ5A 3NHGA 4I2QA 3CMAN 4PUOA 1RDWX 2FBYA 4YOUA 3K5MA 4EP5A 3DM2A 1GLJO 4CF8A 2E1ZA 1XUPO 4DFJA 2QWQA 2Q97A 4BWMA 4KAZA 4H5TA 2P9NB 4PL8A 2DTUA 2O8EB 4GNIA 4YOYA 3IS9A 4M3XA 3THVA 5MLCQ 3MCPA 4FWQA 2JWLA 4Q0BA 3D6RA 4AM7A 5LY3A 3AVGA 2ATQA 4FLYA 2OPSA 1KCFA 3LPUA 2E6LA 3TTDA 4BRLA 3THWA 1SKWA 2A1SA 4DTXA 4BGAA 1JLEA 2LSNA 1NLVA 3SUPA 1W97L 3LM9A 4BG8A 1U4BA 3DXMB 4E89A 3Q7CA 5CYQA 5KPZA 3OYLA 4KPYA 3HOSA 3TABA 3CJBA 4NLCA 4DF8A 3SJHA 2DY4A 2OZMA 2GX9A 2IDOA 4K0KK 3MK6A 3I8BA 4CEEA 3VEXA 3O08A 4JI0K 2P51A 4CHNA 3HP6A 3P1GA 4YDUC 2P9IB 4DR6K 3BY5A 4YDUA 1K8KB 2Q31A 1XHZA 2YJFA 3HJFA 4OGEA 2RHKA 4J2BA 5LMUK 1NJIO 5K14A 4FLVA 1HRHA 2H3GX 3SPYA 4CZEA 4KO0A 3FGUA 4PKIA 3JAMO 5FPDA 2QWOA 4RW6A 1IKXA 1Q9YA 4JRPA 4WCEL 4M3RA 3ID6A 2OTJN 1MDUB 2P1JA 3CJ1A 3ZEUA 5AQNA 4KHSA 1DGKN 3RVCA 4JKDA 4BDZA 4M45A 5AJ3K 3ENHA 2P9NA 4DUYK 3C7NB 2HBKA 4M3WA 4BR4A 3CPEA 4X62K 3CPWM 3K59A 2QKBA 5T7BA 4FW2A 3F73A 3V9XA 3ZSWA 1UWBA 1IG9A 3AVMA 4FWLA 3P83D 2CGLA 4DU4A 1BCOA 4JI4K 1U6ZA 1Y97A 1VSIA 3F9KA 2V7ZA 4DTUA 1SS6A 2YHWA 2I5JA 4JKEA 5DM7L 1NKCA 1RDBA 4N56A 2DFFA 1BGXT 1SUQA 2IIRA 2E20A 4A62A 5KPRA 3V9UA 1KC8O 3EKSA 4IJNA 5FDLA 3OYCA 3KLFA 1WN7A 3CJ7A 1WOQA 4YHHK 4Z4FA 4LSNA 3KLIA 3LM2A 1U49A 3RRHA 1WSGA 1FXXA 4FLZA 1N5YA 3F9MA 5GINA 1ZBUA 1VQPN 1FJGK 2RE2A 4H5WA 1VQ9N 4WFNL 1HX1A 3GL1A 3LP0A 2X78A 4GVMA 3F2KA 1JCFA 5AQMA 2O4IA 1K8KA 2YHBA 3D7EO 1IBLK 2AP1A 1JCEA 4KHWA 4A57A 3VA3A 5AQSA 4X66K 3G71N 2P9KB 1RTJA 5HRNA 1Z05A 4BRHA 1JXBA 3AVBA 3WEEA 3V9SA 2XY7A 4IO8A 3EL2A 1QSYA 1HPZA 5H1SQ 3RTVA 4BRMA 3BZKA 4LF7K 1B92A 2G8IA 4CZJA 1XNRK 1HKGA 4C8KA 1NKEA 3LALA 5SZTA 4GMJB 2GUPA 4BC2A 4CF0A 1D5AA 1U48A 3K0SA 5AQJA 3O9SA 1HLUA 4FWNA 3QEIA 4CZHA 4DS4A 3R8EA 1IKYA 4B1ZA 3C6AA 4BR5A 4QS7A 1ATNA 2B4JA 2VYPA 4M63C 3TR8A 3CETA 3UKRB 4DSIA 3CI5A 3IAYA 4DQQA 3E01A 4OVLA 1RT6A 2VWJA 1S6QA 2YNIA 4ILGB 4H03B 5E26A 1BI4A 2YHXA 1HJOA 2E88A 1OH5A 3O8MA 2PYJA 3OHRA 1QHTA 4YOTA 4KTQA 3ZT2A 3SPZA 4KH4A 3CQ8A 4WQ5C 3RSEB 3FZHA 3VQAA 1YIJN 3E1YA 4WQ5A 3SZ2A 3V6DA 3WXJA 4BRQA 1T7PA 1Q8IA 4BRPA 3VEOA 1NOZA 1NJYA 4E7LA 3PIOL 1YF5L 4FW1A 4CZKA 2XHBA 3THYB 2QWRA 4IKFA 1C0FA 5BR8K 3NAEA 4MO4A 4CJSA 4FVMA 1T8EA 4JS4A 2ITGA 3TAFA 3HPHA 1Q81O 3AA2A 2P9KA 2RKIA 3NGYA 4GV3A 4DTJA 2OPQA 1C1AA 3DYAA 3U3GA 5C24A 2E2NA 2F9WA 1CLQA 3UIQA 4CEQA 4O4GA 4R5PA 1VRUA 2HNZA 1I3AA 4E3SA 5AQYA 3T1AA 3G25A 1XC9A 4KI6A 3BZCA 1HYSA 4WFAL 4CI6A 4FJHA 4NO7A 3ZT3A 5KRSA 3SI6A 2HHXA 1CXUA 3G10A 4CVNE 4M3YA 4CFCA 2ZJPL 3Q7BA 1M1KO 3L3VA 1NK7A 4JK8A 2A3ZA 2XO7A 3SCXA 5I3UA 3D2FB 1SAZA 5AQXA 4IO9L 1HR0K 3QIPA 1TL1A 2ZF5O 4OO1J 3QEXA 2P9LA 3EO3A 2FSNA 1V4TA 3R1XA 3VGMA 4M7XA 1VQ5N 1J53A 1HPMA 5AQGA 4ELUA 3VA0A 2ASOA 2HBLA 1BDGA 3TTFA 4JI3K 2VWKA 3DMJA 3VEZA 3ZLJA 2ZGYA 5J2QA 3AGKA 3AVFA 4JHDB 4CEBA 2YJEA 3HVRA 3SUNA 4O55A 1F21A 4Z4EA 3SMPA 3FZFA 1BWFO 2NRHA 2NRVA 4YOVA 2QM1A 3KK3A 4Z4HA 3THXB 2ZD1A 3T19A 3EYZA 1YJ9N 3PSIA 1L3TA 3C0BA 1QZ5A 4OJRA 2D0AA 3LP1A 3JSMA 4FJJA 2HB5A 2P9UA 3HI0A 3VMFB 1S22A 1ZBIA 2F8SA 2OPPA 4IOXA 2FF6A 3OJUA 4B1VA 4J2AA 1TKXA 4C8MA 1OVQA 2CGJA 4F9OA 4B9MA 1U2VA 5J1EA 1ZBHA 3C94A 2P9PB 4B9NA 1Q18A 2UXBK 2HF4A 3SV3A 3QEPA 2YNGA 1BQNA 3NBPA 5ADXH 5HRPA 3T1HK 4AHRA 2W40A 4JKBA 4A5BA 4B1UB 4CGJA 1YT3A 1BUPA 2I7PA 1DTTA 5CY4A 3ZSXA 5BPLA 3VQQA 4ELVA 5GAHP 3I56N 4CESA 2BE2A 4CBWA 1IH7A 2Z1IA 1X3NA 1RT2A 2VQEK 3OA9A 3T1YK 4KHNA 3RRGA 4JI7K 3CJ9A 4LFAK 1HNVA 1HYVA 4FJNA 3NGZA 2E2OA 1FKPA 1LWFA 3AA5X 3V9WA 4NB4A 3FR0A 1D4XA 1Y64A 4E7IA 4BQLA 4BR7A 2HHSA 1P8ZA 3D0PA 1KSPA 4F4KA 4F2SA 5M1KA 3CM5A 3J7YP 4A61A 4FXDA 3FFIA 4DTOA 3NF8A 5CHIA 2W6LA 3EZWA 4B3TK 4RW7A 3OS1A 1VQ4N 3HVTA 1YITN 5CE3A 1EP4A 4AF1A 3MX5A 2JGUA 3B6OA 5C25A 3QEWA 5AQPA 2KHOA 4IFEA 4NLBA 2YCHA 1N33K 3CJAA 3K5OA 3E9LA 2OANA 3NH2A 4CZIA 3TTCA 4HWIA 4FYDA 2QWPA 2ASMA 4JKGA 1EWQA 1ILYA 2FXUA 3ZX0A 1KLMA 3WT0A 3QFUA 5A2QO 2B6AA 4HCBA 3J7ZO 2Q2RA 4H0PA 2VGMA 3O6WA 5FLXO 2HW3A 4FLWA 1TAUA 1K6YA 4DSLA 3UB5A 3TSUA 4K43A 4CE9A 3CCSN 3HM9A 1L5UA 3FZMA 2VG5A 4EAHD 2UU9K 3BGRA 1JLGA 3AO3A 4CHQA 5CR4A 4ID5A 4BG9A 3L4IA 4N5SA 3L2RA 1GOCA 2VWBA 1IKVA 1ESVA 2WFBA 4FWRA 2VGNA 3LL3A 1YJNN 3CCEN 4M42A 1SL0A 5AQIA 4F3TA 4UY8O 4BRIA 5DM6L 3P38A 3NH1A 1T03A 1NGIA 1IG8A 1NGGA 3D2EB 4BREA 5ADXA 3ZSVA 4IZ9A 1YVUA 2D5RA 4W5QA 3CC2N 3VF4A 3FZLA 5C2FA 1RILA 4XH5A 1I94K 5EOYA 1NGJA 4K25A 3J81O 3L2VA 4DQRA 1HNXK 3MEGA 1JJ2M 1N6QA 3VQ8A 3NDKA 1KAYA 1NJWA 1NNEA 1VQLN 2X6SA 3L6QA 2XY5A 4I7FA 2DFHA 2BDPA 3IG1A 3OYFA 1EX4A 4BE1A 1VHXA 3DRRA 5BN9A 3V1RA 2E6MA 4UQGA 4Z94A 4HTUA 3DXKA 4LH4A 4OKEA 4W5OA 3KJVA 1EO1A 3DLHA 4B3OA 2YHYA 4LFCK 4WQ4C 3WNGA 4WQ4A 3OYKA 4FJIA 3I33A 4DQPA 1WB9A 5EU7A 5LJWA 4FJKA 4ISGA 3ASMA 3EZ5A 4C1NI 4DSFA 2QWLA 1HYZA 2D0BA 4CJWA 3RMAA 3DOKA 3OYAA 2I7NA 4F3OA 4JK9A 3KLEA 1WBDA 4N47A 2Q1NA 2RF2A 5AZJB 3OYNA 4EIAA 4DTPA 3O3GA 4E19A 4OPJA 2O8DA 3DLGA 3I8DA 1XWLA 4CGHA 3SK3A 3OYIA 3TARA 1SKSA 3TWHA 1WBBA 4OPAA 4ISFA 3BEXA 2QA4N 1LV5A 3K5LA 1DLOA 4K8ZA 4IOAL 3SQ0A 1NBWA 4K8XA 2QKKA 4H8KA 4DR3K 1RDUA 4B9LA 3K9KA 3AA3A 1ZBFA 1CZ9A 4DF4A 2IVNA 4DG1A 3CERA 3ZX2A 1VSDA 3TAQA 1VSMA 3LDLA 4JLHA 4A5AA 3MXJA 4JRQA 2G8FA 4KTWA 4N41A 5BR9A 5BN8A 1A5WA 4OLBA 1V4SA 4FJ7A 5GAGP 2Q0RA 5JS2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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