1VSKA

Asv integrase core domain d64n mutation in citrate buffer ph 6.0
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus - schmidt-ruppin b
total genus 53
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vskA00
4Z4CA 1VRTA 3HXMA 1G15A 3NGYA 4E3SA 4M41A 4E1NA 3OYEA 3KJVA 5J2NA 3QEVA 1RDAA 4NCBA 1HYSA 2ATQA 3LALA 4KV8A 3QO9A 1EETA 1S5JA 5KTQA 3KK1A 1S9GA 3DLGA 1S1WA 4HUGA 1WSGA 3VQ7A 1RILA 1U48A 4DFJA 4HHTA 1NJYA 3OY9A 3AVJA 3I0SA 1QS4A 4KREA 4JRPA 1ZBLA 3RR8A 4FM1A 1QSSA 4CGIA 1JLGA 1T8EA 3SUPA 1BQMA 1Q8IA 4KO0A 4KHYA 4DMNA 3P5JA 1S6QA 4AH9A 4Z4GA 5CZ1A 4R5PA 3HP9A 1X9MA 4ID1A 1KVCA 1LW2A 1WSJA 3LZJA 2G8FA 4E0DA 4F3OA 4B9TA 3TABA 1DTTA 4OKKA 2YHAA 2YKMA 4M3WA 5I42A 1ZBHA 1L3SA 1TKZA 1WAJA 3ZCMA 3HVRA 3ZT0A 3NH1A 3HPOA 4FZZA 2EX3A 2PY5A 1SUQA 1UAXA 4FJ8A 5FROA 3SPYA 2KQ2A 3NHGA 1F21A 1QQCA 4NCGA 3SV4A 2ZQBA 3QETA 2XO7A 1JLAA 3VQ9A 3OYBA 3TAEA 3LAMA 1IH7A 4I7FA 3OYNA 3V9XA 1RBRA 2G8IA 3KLGA 3G0ZA 4C8KA 1C0MA 3KK3A 1EX4A 1J53A 3AA5X 2P51A 2GV9A 3O3GA 4KB0A 4CHOA 4FYDA 4M3ZA 4M45A 4W5NA 3L8BA 4FLYA 1LWCA 4FZYA 3ULDA 3QEWA 3K2PA 1RBVA 5HRPA 3G10A 4QOZB 4EZ6A 4I9QA 1NK5A 3DYAA 1MU2A 4O0JA 4KHWA 1ZBIA 5SWMA 1L3VA 2F8SA 3LWLA 4DS4A 1RTJA 1WSIA 1RNHA 1TL1A 3ZSVA 4CHYA 4CIFA 1L5UA 2Z1IA 1C1CA 1JXEA 1A5VA 1S1TA 3NF6A 4CF1A 4Q5VA 3TAQA 2G8VA 1IKVA 3KKSA 4E7LA 1NKCA 1YTAA 4BDPA 2E4LA 2IGIA 4L8RB 1HYVA 2Z1HA 3AO2A 4CJPA 3D0PA 3PX6A 3PV8A 1VSKA 4CGDA 4RW4A 4F3TA 3VQAA 3T1AA 4CESA 4CFDA 4KHNA 2KFZA 3CM6A 2JGUA 1BIZA 4E1MA 1LV5A 1T7PA 4OVLA 2HHVA 4JLHA 4KTZA 3I0RA 3SCXA 4CK2A 2HVIA 2B4JA 4DU3A 4B9MA 3NH2A 3SQ2A 4DTXA 3QEPA 2P1JA 2Y1IA 3LDSA 3JSMA 3MAQA 1IG9A 3KK2A 2QKKA 4IG3A 1SKRA 1C6VA 3ZT3A 1HNVA 4WE1A 2OA8A 4B9NA 4F8RA 3AVNA 4F2SA 3DRSA 3NFAA 2PZSA 2IDOA 1LW0A 3ZT1A 4ZHRA 4CJTA 3NGZA 1JL2A 4FK4A 5CZ2A 4CEEA 1KFSA 5J2MA 3U3GA 1VSLA 3VQCA 3L2VA 4BE1A 4FLXA 2FBTA 3U3YA 4AHCA 1BGXT 3JYTA 4J2AA 4H4OA 4FJGA 3NF9A 1J54A 3KKRA 1CZ9A 3IG1A 4BE0A 4J2DA 5J2PA 4CJRA 1VSEA 2X78A 2OZSA 2HMIA 1JLCA 3FFIA 3IRXA 1ZBFA 2R7YA 3RR7A 4H8KA 3OYHA 3SPZA 1W0HA 1BISA 4FK0A 2E6MA 1TVRA 2WONA 1ZBUA 4Z4HA 1TV6A 3CG7A 3DM2A 1KSPA 4DSEA 3PY8A 3EZ5A 2IC3A 1LWFA 3OYIA 3VQ5A 2DFHA 3V4IA 4DSLA 1NJXA 1CXQA 4OLAA 4AHRA 1B9DA 4Z4IA 4G1QA 1WNSA 4OKEA 4CEZA 3T3FA 2VG5A 2RF2A 4FJNA 2HVHA 2E6LA 1LAWA 2G8HA 4K8ZA 1VSHA 5HRRA 4MFBA 1KFDA 3ASMA 4IBNA 5C25A 3WNFA 1SL2A 4DWIA 4BDYA 4KHSA 4FW1A 1JLFA 4CJSA 3O3HA 2EHGA 3SZ2A 3MEEA 2Q3SA 4CECA 3HYFA 2HHXA 2OPSA 2HNDA 4LSNA 3SV3A 2PYJA 3KLEA 2YNIA 1B92A 5HRNA 1VRUA 4CJWA 4JS4A 3QEXA 4FJKA 1ASVA 4AHSA 4DQQA 2GBZA 1WSFA 3AVMA 3OJUA 2RN2A 3HPGA 3LP3A 3PX4A 1RT4A 4KRFA 1LWEA 2FC0A 4PWDA 4LH4A 1RDCA 3OYJA 3RWUA 5J2QA 4CIEA 2I5JA 3WNHA 3H08A 2HHQA 3OS0A 5CYMA 1VSIA 1ASUA 3CM5A 5KRTA 3OYLA 2LSNA 3THVA 2P5OA 4J2BA 3S3NA 3M8PA 3NGIA 4CEOA 2P5GA 4FLWA 4O55A 4BDZA 3SUOA 4EP4A 1FKOA 1NK0A 3S3MA 3OYAA 4E7IA 3HJFA 4KI6A 4CHZA 2HW3A 5JS2A 3IS9A 3CYMA 4N41A 1WN7A 3SYZA 3NF8A 3SUQA 3QESA 3MXMA 1X9SA 1IKXA 4CJEA 4CGJA 1BQNA 1A5WA 1RTIA 1XWLA 4H4MA 3OYCA 2OPPA 2YNGA 3LZIA 3L2UA 1ITGA 3DRRA 4O5BA 4RW8A 4PY5A 3DRPA 5KGWA 4CEDA 4N5SA 2VWKA 2FBYA 4DSFA 1SL1A 4CK3A 2XRIA 4E7JA 4YFUA 2VG6A 2QKBA 1DLOA 4I2PA 1SV5A 1EP4A 3KLHA 3NE6A 1A5XA 5KI6A 4I2QA 3RMCA 3T19A 4KAZA 3HSTB 4B3OA 3TAPA 4CF0A 4B9LA 4DS5A 5FRNA 3DI6A 2A1RA 3MEGA 1SL0A 3VN5A 2B6AA 3P83D 4Y1CA 2X6SA 1Y97A 3VQEA 4W5TA 1QTMA 4W5QA 3I8DA 4B9UA 4EP5A 4IKFA 4CJQA 2QXFA 3HVTA 1TKXA 2ZD1A 2BDPA 4O4GA 4DSKA 3C95A 2XHBA 4CJ4A 4ZTFA 1S6PA 2DFEA 2O4IA 5I3UA 4LY7A 4B08A 4LSLA 3ZT2A 4HCBA 3BDPA 4M42A 4M3YA 4DTSA 4DFPA 2X6NA 1W9HA 4CEFA 5E41A 3KLFA 3K5LA 4DTRA 1U45A 3U6FA 1KRPA 1TKTA 2XY8A 1J5OA 3ZSRA 1S1UA 3V81A 3K59A 1WAFA 4CJVA 4UQGA 3DLRA 2XY7A 4M3UA 2X74A 4W5RA 3AV9A 3LPUA 1NK8A 1QHTA 2DFFA 2RPIA 4NCAA 4BWJA 4IG0A 3BGRA 1WLJA 3OJSA 1RTDA 1R0AA 1I3AA 2A1SA 4Z0UA 3DLBA 4AILC 3LP2A 1DTQA 4BWMA 4CGFA 1REVA 3AO3A 2IOCA 1TK8A 2YV0X 1JLEA 3OYFA 3MECA 4OJRA 4DFMA 3AO1A 1BCOA 1NOZA 2JLEA 4KKOA 4CF2A 5DMRA 3SQ1A 4FJ7A 1CZBA 4KTQA 1J9AA 3LANA 3L2QA 5HLFA 4KHQA 4KHUA 1TAQA 1NJWA 2D5RA 1K6YA 1IO2A 4CE9A 1XHXA 4FM2A 4ELVA 3UIQA 4TSXA 4DTUA 1RBSA 1L3UA 2OYQA 2F96A 5HP1A 3AA3A 3AO4A 4FLVA 4KFBA 1HRHA 3CFOA 3LAKA 3P1GA 1U4BA 3V6DA 4DFKA 2GUIA 3HP6A 4CFCA 1QSLA 3DLEA 4IFVA 4DTPA 2ZE2A 1KTQA 3OYDA 2XY6A 3O4NA 3VA3A 1SKSA 4HUFA 1VSJA 2FBVA 2G8KA 3K5NA 1NKEA 2F8TA 1L3TA 1EXQA 5CYQA 4CJUA 1FK9A 4E89A 1Q9YA 1FKPA 4C8MA 2G8WA 3PX0A 1HNIA 1Z25A 1NOYA 1S1VA 1TK0A 2Z1GA 4DU1A 3C6UA 1S9EA 3KD5E 3M8SA 4O44A 3AVIA 5C24A 4DF4A 4PQUA 2AJQA 3K5OA 3QERA 4CEBA 4OPKA 1XHZA 4OKJA 4GMJB 1TL3A 1RDBA 2O4GA 2HHSA 3L3UA 2OPQA 3LP1A 1XC9A 1GOAA 5SZTA 1Q9XA 1NK7A 3D45A 1YT3A 3RRGA 3B6PA 4DTNA 1C1BA 3K5MA 4ZTJA 2OPRA 1B9FA 3QINA 1TKDA 4IDKA 1EKEA 1C1AA 2YKNA 3TWHA 3MEDA 1RT1A 3WNEA 5D3GA 3QNOA 2PYLA 1TAUA 3NF7A 4CK1A 3K57A 1RT2A 4FLTA 1GOBA 1RT5A 3LPTA 4HTUA 3SUNA 3L2WA 5C42A 1I39A 1HPZA 2YNFA 3KLIA 4CERA 1WSEA 3TAGA 4N47A 4BACA 4E19A 3TR8A 4DF8A 2HB5A 4E7HA 4F4KA 3AVHA 2ETJA 3AO5A 4RW7A 2KTQA 4CJLA 4CGHA 3S3OA 3AVAA 4KB1A 4B9VA 4FJHA 3KIOA 4QAGA 2FBXA 1VSMA 4N56A 4DTJA 5CY4A 3ZSXA 4AHVA 1XI1A 4M3RA 3VQQA 4F2RA 4DQRA 1RBUA 3HO1A 1VK0A 3C6TA 3HM9A 3V9UA 3RMAA 2DY4A 3ZT4A 5KGXA 4FVMA 3SJJA 4FJXA 4LH5A 2Y1JA 3L3VA 2IS3A 4FLZA 5EU7A 1TK5A 1BI4B 1HQUA 4YNQA 2ITGA 2HNZA 3VQ8A 4B8AB 4AHUA 1T05A 2D0AA 4DSIA 3HK2A 3C94A 1X9WA 4B8CA 4CIGA 1KLMA 3ZSWA 3QLHA 4CF8A 4JRQA 2BANA 2BE2A 4ICLA 4I9LA 4JS5A 3V9ZA 4KTWA 3OYGA 2XY5A 1U04A 3AA2A 3PUFA 5HRSA 3L2RA 4E7KA 1T03A 3LP0A 4CJKA 3VQPA 1D5AA 4CEAA 1JLBA 1WSHA 4FJIA 1U49A 3F9KA 3TANA 2HHWA 4DQSA 2DTUA 3DOLA 1LAVA 1YTUA 1QE1A 3OVNA 4IFYA 4CJ5A 1ZYQA 3ZSOA 1N6QA 3QEIA 3VQ4A 5J1EA 4LD0A 1KLNA 2BGGA 4ELUA 4HCCA 4ID5A 2HHTA 3VA0A 2HHUA 1D8YA 1KVAA 1JKHA 4N76A 4PA1A 4CFAA 3TARA 3TAFA 3LWMA 1QSYA 3QIPA 4Z4FA 1UA0A 2QK9A 4CF9A 4NYFA 1HYZA 4DU4A 3V1RA 4CJFA 4FJJA 3AVBA 2W42A 4CFBA 3OS1A 3DLKA 4BE2A 3AVGA 5KRSA 3M8QA 3V9WA 3MXJA 4PUOA 4Q0BA 5FDLA 3VQBA 4CHQA 5HBMA 3PO5A 1RT7A 4OLBA 4AHTA 2HNYA 2IAJA 1C0UA 1JLQA 4QCLA 3OS2A 1HQEA 3NBPA 3SI6A 3ITHA 4CEQA 3OYMA 3DLHA 4ELTA 5FRMA 2KZZA 1RT6A 1RBTA 3HL8A 3HPHA 3CFRA 4KI4A 3O3FA 4DLEA 1RDDA 4C8OA 5T7BA 4RG8A 3RMBA 3EYZA 4FXDA 2KZMA 1BCMA 4FZXC 4RW9A 1CXUA 1NK4A 1NK6A 3V1QA 1RCHA 3NH0A 2YHBA 1RTHA 1NJZA 3AVKA 4C8LA 4B9SA 3ISNC 3S9HA 1VSDA 3IAYA 4KPYA 1N5YA 3NDKA 3TI0A 3SNNA 3RMDA 2KFNA 3V1OA 3OYKA 4OPJA 3CFPA 4FM0A 3ZSZA 1NK9A 2RKIA 3M8RA 2Z1JA 4CHPA 1HJRA 3QNNA 1VSFA 4HVJA 3NAEA 4HUEA 4GVMA 1Z26A 3K58A 3KD1E 4DLGA 4GW6A 2KW4A 3VQDA 3A2FA 4CGGA 1X1PA 1U47A 2WOMA 3NCIA 5HROA 4DQPA 1IKYA 3E01A 1UWBA 3AVLA 4FJ9A 1YVUA 1GOCA 1KCFA 2D0BA 2B5JA 4FW2A 4O0IA 3AA4A 1BIUA 1BL3A 3O4QA 3ZSQA 3V9SA 3WNGA 3RRHA 4M3TA 1IKWA 5DK5A 1FXXA 1NKBA 2OZMA 4DQIA 4FJLA 3PO4A 4MQ3A 1D9FA 4FJ5A 3TAMA 3QIOA 4FK2A 5JS1A 1BI4A 1S1XA 3HT3A 2VWJA 4W5OA 3SQ0A 4Y1DA 4C8NA 3MXIA 4EZ9A 4Z4EA 2NUBA 3DOKA 4XIUA 3RTVA 4DG1A 4RW6A 4OGCA 4CHNA 3EY1A 2D0CA 1RT3A 3VQ6A 4DTMA 1D9DA 4M3XA 1JL1A 1TGOA 3AVFA 3CQ8A 4FJMA 1KVBA 4OGEA 1BHLA 1UOCA 2YNHA 4CJ3A 3SQ4A 1O1WA 5K14A 3KTQA 4DSJA 4FLUA 4DTOA 3DMJA 3F73A 1HMVA 2VG7A 4NYNA 1ASWA 1CLQA 1C0TA 1SKWA 4K8XA 1UA1A 1JXBA 4J2EA 3AVCA 2G8UA 3ZSYA 3ALYA 4CCHA 4FCYA 3B6OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J8FA 4Z4CA 2H3GX 4E1NA 3KJVA 3HM8A 3OA9A 3FR0A 4CW7B 1S5JA 1U48A 1OVQA 4HUGA 3VQ7A 1NJYA 2GTDA 1QSSA 4CGIA 3P5JA 4AH9A 4LF4K 2EWSA 5CZ1A 4K41A 1KVCA 2NRXA 1WSJA 1N36K 4DCHA 1DTTA 4BQZA 1TKZA 3P4IA 1WAJA 2EX3A 2KLAA 1UAXA 1QQCA 3CMEN 3LAMA 4I7FA 3OYNA 2P9LA 3G0ZA 2P51A 2GV9A 2I7NA 4M45A 4FLYA 1VQLN 2RHKA 5HRPA 4QOZB 4WYBA 4EZ6A 2E20A 4DUZK 1NK5A 3C65A 4DS4A 1QSYA 1WSIA 4R79A 1L5UA 5EXWA 3KKSA 4E7LA 4BDPA 3MN6A 4DV6K 4CJPA 3PX6A 2F7TA 4PHTX 1VSKA 4BRMA 4F3TA 3VQAA 4CFDA 3G4SN 1ATSA 2KFZA 2JGUA 2QW9A 1T7PA 3TSPA 4JLHA 4FPAA 3SCXA 4CK2A 3SQ2A 3J7AP 2P1JA 2Y1IA 2W6KA 4WF9L 4IEIA 2OA8A 2QWQA 3AVNA 5AQSA 4WFBL 4ZHRA 1LW0A 3ZT1A 3O9RA 1JL2A 1GLAG 3O80A 3U3GA 5BN9A 1TUUA 1BGXT 1BO5O 4FJGA 3QFPA 1CZ9A 3ZX0A 4J2DA 5J2PA 3FLCO 2UUCK 2X78A 4KH6A 1VHXA 5KPTA 4XH4A 4GV3A 3VMFB 3SPZA 1W0HA 4H5NA 3RVCA 2E6MA 4JAXA 2WONA 4FWQA 1KSPA 2IC3A 3OW2M 2DFHA 3VGLA 3CJCA 3KVGA 1NJXA 4DSLA 2O8BA 5KPRA 1WNSA 4CEZA 3T3FA 2VG5A 2RF2A 4FJNA 1V4SA 2HVHA 1LAWA 4O8KA 2A40A 1SL2A 3ASMA 2D4WA 4KHSA 2NRTA 3P38A 1ATNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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