1VSKA

Asv integrase core domain d64n mutation in citrate buffer ph 6.0
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus - schmidt-ruppin b
molecule keywords INTEGRASE
total genus 53
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vskA00
3OYCA 3E01A 5CYQA 2D0BA 3DRPA 4DMNA 3ISNC 5HRRA 4KHWA 2YNFA 3DLEA 3LP2A 3S3MA 3C6TA 4E89A 1BI4B 3K59A 3LPUA 4J2AA 3MEDA 3OYNA 4I2QA 4O0JA 1EXQA 4O44A 4CHPA 3OYLA 4CFCA 1EX4A 4J2BA 4C8OA 3SZ2A 2I5JA 4CHQA 2BGGA 2GV9A 1WSFA 1QS4A 2DTUA 1RILA 4XIUA 1W9HA 4Z4EA 4CHYA 1NKEA 1RTDA 1HNVA 4KKOA 3PX6A 1RCHA 3VQ5A 2HHTA 4N5SA 1Q9XA 4RW9A 4M3RA 3CQ8A 3PO4A 4CJ4A 4FXDA 3NDKA 4FJIA 4DF4A 5I3UA 3LP1A 4YNQA 1S1UA 5T7BA 3QINA 3HYFA 1ZBUA 1C0UA 2QKBA 1NK8A 4C8KA 1VSFA 3WNGA 4DTJA 1VSEA 4B9UA 4DU1A 1UA1A 3V6DA 4CJSA 4DSLA 1NK9A 3S3OA 3LP0A 4NYFA 3T19A 3KLFA 2G8UA 1S9EA 3NE6A 4NCAA 4CGHA 1UWBA 3AA5X 1NK7A 3QEIA 2G8HA 4KAZA 3AVFA 4CEOA 4DQSA 1KRPA 3SYZA 2KZZA 4IFVA 1KSPA 4ELTA 2KW4A 4RG8A 3KKSA 3NH2A 1R0AA 2D0AA 2HNDA 4NYNA 4OVLA 3TWHA 2IAJA 3AA2A 3M8QA 1TL1A 3ZSXA 3OJSA 3OYHA 3MEGA 4LSNA 5FDLA 3QERA 4C8LA 3K57A 4B9TA 4FJ9A 4DSJA 1JLQA 1GOAA 4CGFA 4CK1A 2OZSA 5KRTA 3ITHA 4J2EA 1RDCA 1WSHA 4CGDA 3HM9A 3TAGA 3L3UA 4K8ZA 3QIPA 4FK2A 1RDDA 4OLAA 4AHUA 4IFYA 4PY5A 3QO9A 1YVUA 3ZCMA 2PZSA 1QQCA 3CG7A 5CZ1A 3V9WA 5HROA 2Z1IA 3CM5A 4RW6A 4R5PA 3M8PA 1RT7A 3M8RA 4AILC 3OYDA 3SQ1A 3HK2A 1RTIA 2XO7A 3LAKA 1GOCA 5SZTA 1WLJA 1MU2A 1U45A 4M3YA 1RDBA 1S6PA 2DFHA 2OPRA 4M42A 2XY5A 1RBTA 5J2NA 4FJ5A 1JLBA 1N5YA 3QEXA 4KREA 3TAQA 3KK1A 2G8IA 4BDYA 1TV6A 5KRSA 1Z25A 4FM1A 4CIFA 4EZ6A 4CHOA 3IG1A 3RR7A 5C42A 1XHZA 3ZSZA 5FRNA 4DFPA 1LWCA 3SV3A 3SJJA 3PV8A 3RTVA 4FYDA 1BQNA 1TAQA 3NGYA 4CEEA 4OKEA 4LY7A 5HLFA 1NKBA 3PY8A 4ZHRA 4H4OA 4AHCA 4ID5A 1HPZA 1XWLA 2QK9A 4KRFA 4IBNA 4DS4A 1SV5A 3L2WA 4BDZA 3RMBA 4F3TA 4JLHA 5I42A 3NGIA 4AHSA 3KD1E 3ZSVA 3WNEA 3AO2A 1X9WA 2PY5A 1YTUA 4DTRA 1RDAA 2ATQA 3HPHA 3TI0A 1JKHA 1T03A 1RT2A 2HHSA 4E7IA 4DTSA 3TABA 4KHQA 3OS1A 3IS9A 5DK5A 1KLNA 3MXIA 3MEEA 4DG1A 4JRQA 2D5RA 3AVIA 4CFAA 3SUNA 4HCBA 3NGZA 4FJMA 4FJJA 2G8FA 1BIUA 1DLOA 3AVJA 4MFBA 4EP5A 4FLZA 2LSNA 3PUFA 4CEQA 3AO4A 4DFMA 3KLIA 3QEPA 3S3NA 2HHXA 2F96A 3EZ5A 4JRPA 2HHUA 4O55A 4OKJA 5FRMA 5HRNA 4FK0A 4RW4A 3HPGA 3KKRA 1T8EA 2YV0X 4LH4A 4W5NA 1F21A 2Q3SA 3AV9A 1IKVA 1G15A 1FKPA 1W0HA 3NBPA 4LSLA 1X9MA 2G8VA 1BHLA 3LPTA 2Y1IA 4W5RA 3HP6A 1LV5A 3ASMA 4WE1A 4CGGA 4KI6A 4KI4A 4M3UA 1TVRA 4F4KA 1BL3A 2JLEA 2OPPA 1TKTA 1QE1A 3DLKA 4CIGA 3IAYA 3AVKA 3LWMA 3AVMA 4HTUA 2FC0A 4CEAA 3B6PA 3OYBA 1QSLA 1S9GA 4Z4GA 2KTQA 3V1RA 3ZT4A 3KTQA 4O5BA 4RW8A 2W42A 4FCYA 5C25A 4MQ3A 2HHQA 3ZSWA 1I39A 5E41A 2ZD1A 1ZBLA 1C1BA 4CJKA 5CZ2A 1VSLA 1LW2A 2DY4A 4B8CA 2F8SA 4B08A 4CK2A 4E7JA 1RT6A 4M41A 4CEBA 3HL8A 1BISA 1LWFA 2VG6A 1VRUA 4B9MA 3DRSA 4FZZA 2OA8A 3OYGA 3NH0A 2IGIA 4GMJB 3V9XA 1FXXA 3A2FA 1ASVA 2EX3A 4FLVA 3T1AA 1NJXA 2D0CA 4DU3A 1B9DA 3NF8A 4OPKA 1ZYQA 1JLEA 4CJLA 3L2VA 4KO0A 4CEFA 4PA1A 3DYAA 1A5WA 4FW2A 4E1NA 2ZE2A 4CEDA 3NF9A 2YHAA 4CF8A 4KB0A 1J9AA 2X74A 4CHZA 3H08A 3WNHA 4W5QA 4BE2A 2HVIA 4PWDA 4Z4HA 1U04A 4FJNA 1JXEA 1BGXT 4E19A 3P5JA 1HQEA 2O4GA 1HYZA 3HPOA 3MXMA 1C0TA 4AH9A 2E6MA 3V9ZA 2HW3A 4B8AB 4ICLA 1UA0A 1QHTA 4KTZA 2PYJA 4KPYA 4L8RB 3OY9A 4BDPA 1WN7A 3VA0A 3MAQA 4M3XA 1BQMA 4CJFA 4FLUA 4H4MA 3VQ4A 3KLGA 5K14A 3VQDA 4HUEA 3L2RA 4DLEA 2WOMA 4CFDA 4CGJA 4W5OA 4DFJA 1D9FA 4KHNA 1L3UA 3NCIA 2HVHA 3O3GA 1JL1A 3SI6A 4CJWA 1SL1A 3AO5A 1CXQA 1VRTA 1SL0A 2BDPA 3AA4A 2VWKA 4KV8A 3OS2A 1NK0A 4HCCA 3OS0A 4FJHA 3D45A 3V81A 1RBSA 3QETA 4LD0A 3VQ9A 1T7PA 1CZBA 4DSIA 3NH1A 4E0DA 3DRRA 3HSTB 3BGRA 4KB1A 2E4LA 4TSXA 3RMCA 4F2SA 3ZT1A 2VG7A 4LH5A 3HO1A 5D3GA 1CZ9A 1SKRA 1FKOA 4HHTA 4B9VA 4JS4A 4OGCA 1TGOA 4FM2A 3LAMA 4IG0A 3RRGA 3VQ7A 4OGEA 4FLXA 3TAEA 1EP4A 4B9NA 2VWJA 3IRXA 4H8KA 2KZMA 1VSJA 2E6LA 2Z1GA 3FFIA 5DMRA 1LW0A 4KFBA 3D0PA 4DTXA 4ID1A 4J2DA 1C1CA 3VQAA 1N6QA 2BE2A 1B9FA 3QEWA 4ELVA 3HP9A 4FJKA 1L3TA 4O0IA 4BE1A 4F2RA 2FBXA 1NJYA 1IG9A 4KHSA 4CESA 1WSGA 1KCFA 3LALA 2PYLA 4Z0UA 3BDPA 3TR8A 3LZIA 1JL2A 4CJ5A 4JS5A 5FROA 4N56A 3SQ4A 3LP3A 4CIEA 4Z4IA 3HJFA 3AO3A 4E3SA 2YNIA 3EYZA 3F9KA 1C6VA 3MECA 1L3SA 3OYMA 4FZYA 3SQ0A 4DQIA 4FK4A 3ZSQA 1D9DA 3NF7A 4M45A 4UQGA 3PX0A 1EKEA 1VSMA 3VQ6A 1L5UA 4CFBA 3P83D 1REVA 1RBRA 1Y97A 3V1QA 3VQEA 3TARA 1KTQA 4FLYA 1ASUA 1RT5A 1BCMA 4BE0A 3L2UA 3ZT2A 3ZSYA 3QIOA 5HRSA 2JGUA 3QLHA 2HNZA 4AHTA 4CECA 1JLCA 2DFEA 4Q5VA 2ETJA 4FM0A 4DFKA 1J5OA 4FVMA 3KLEA 4DWIA 4QCLA 3S9HA 4E1MA 1NJWA 2P51A 3L3VA 1QSYA 2OZMA 4OLBA 3HT3A 4I7FA 3VN5A 1QSSA 3K2PA 4DQPA 2IS3A 3OYJA 4EZ9A 4AHRA 4B3OA 3HVRA 4CGIA 4FW1A 3AVBA 4HVJA 1QTMA 3P1GA 2AJQA 3AVCA 1IH7A 3MXJA 3O3HA 1T05A 1DTQA 4F3OA 3SCXA 1IKYA 2YNGA 4CERA 1S1WA 3SQ2A 4OJRA 3QNOA 4K8XA 3L8BA 3LDSA 2G8KA 2A1SA 4M3WA 1LAVA 1UAXA 4I9QA 1VSHA 1YT3A 1C0MA 5J2PA 1HMVA 4Z4FA 3VA3A 2RKIA 4FZXC 4CEZA 4Q0BA 2Y1JA 3DOKA 1TKDA 4DSEA 1B92A 1YTAA 4Y1CA 4C8MA 1RT3A 1VK0A 4CK3A 3K5OA 1JLFA 4CF1A 4FJ7A 3U3GA 3OYEA 3KLHA 3TANA 3TAPA 4CHNA 3HXMA 4FJLA 1S5JA 2OPQA 1GOBA 4DSFA 1L3VA 1IKWA 4BWJA 3B6OA 1Q8IA 3DLGA 3DM2A 3QNNA 4ZTFA 3C94A 1EETA 4DQRA 4M3TA 1KVBA 4GVMA 3CFRA 1VSDA 3U6FA 4ZTJA 3V1OA 3OYKA 1LWEA 1SUQA 1BIZA 3I0RA 2XY6A 1U4BA 3DMJA 4N47A 4OKKA 2X6NA 4NCGA 2B5JA 3VQCA 3LANA 3K58A 1NJZA 1NOYA 5HP1A 1FK9A 4M3ZA 3KIOA 4GW6A 3SV4A 1NK6A 2HMIA 1D5AA 1RTJA 4DS5A 3AVNA 3L2QA 1HYVA 3DLBA 3F73A 1NKCA 1IO2A 4FJ8A 2QXFA 2FBYA 1X1PA 1VSIA 3CYMA 1TAUA 3AVAA 5CYMA 4QAGA 1SKWA 3JYTA 1RNHA 1JXBA 3KK3A 5CY4A 3M8SA 2G8WA 1XC9A 4N41A 2KFNA 1TL3A 3AA3A 5C24A 4DTUA 3ZT3A 4FJGA 3I0SA 1J53A 5SWMA 4B9LA 4DLGA 2P5GA 2Z1JA 4DTMA 4CJUA 3KJVA 3I8DA 3LZJA 4CJPA 1X9SA 1RBUA 1KFSA 2X78A 3RMAA 3TAFA 3VQQA 3K5LA 2HHWA 4CJEA 2Z1HA 1J54A 1DTTA 3DLRA 2B4JA 4YFUA 4CJTA 1LAWA 1RT1A 2X6SA 2ZQBA 3C6UA 5KGWA 2ITGA 4W5TA 3OYFA 3K5NA 1S1VA 1WAFA 1XHXA 1SKSA 4IKFA 1S1TA 3SUPA 2EHGA 3PO5A 1K6YA 1NOZA 3JSMA 1D8YA 4ELUA 2P1JA 2VG5A 2RF2A 2WONA 2FBVA 2F8TA 2QKKA 3THVA 3T3FA 1U47A 4NCBA 3G0ZA 3DLHA 3TAMA 3VQPA 3V9SA 3V4IA 1Q9YA 2IDOA 2RPIA 2XY7A 3NAEA 4FLTA 1RBVA 3RWUA 3O4NA 5HBMA 2OYQA 3AVGA 4AHVA 3SPYA 1CXUA 3VQ8A 2KFZA 4CF2A 2HNYA 1KVCA 4Y1DA 1UOCA 2IOCA 3V9UA 1U49A 3ULDA 3UIQA 1C1AA 4CCHA 3G10A 1ZBIA 3VQBA 1ZBFA 5JS1A 3SUQA 1S6QA 5KTQA 3QEVA 4CF9A 1KFDA 3WNFA 4CJQA 4DTOA 2FBTA 4CJRA 1TK5A 3LWLA 3OYAA 4QOZB 1IKXA 3KK2A 5J2MA 1HRHA 3RR8A 1A5VA 2P5OA 4E7HA 4DF8A 1U48A 4F8RA 5J2QA 1HQUA 2YNHA 4E7LA 4N76A 1Z26A 2XRIA 4C8NA 3ZSRA 1SL2A 1S1XA 2GBZA 2HB5A 1HYSA 4DU4A 4HUFA 1TK0A 3SUOA 5JS2A 1KLMA 1NK5A 3NFAA 1ASWA 2YKMA 4KTWA 2GUIA 1CLQA 2YKNA 1RT4A 1WSIA 3HVTA 4E7KA 1RTHA 5KGXA 3RMDA 1JLAA 2HHVA 2B6AA 4B9SA 3C95A 1JLGA 1HJRA 4RW7A 4I2PA 3ZT0A 1TK8A 2RN2A 4DTNA 1O1WA 3ZSOA 4DQQA 5HRPA 2BANA 4FLWA 3CFPA 4IDKA 4DSKA 2O4IA 2OPSA 2YHBA 3AVHA 1HNIA 4O4GA 4KTQA 1WNSA 3ALYA 2R7YA 1TKZA 2XHBA 4I9LA 1XI1A 1ZBHA 1BCOA 3SNNA 4CE9A 3KD5E 3RRHA 3EY1A 4KHUA 3AO1A 3U3YA 3OYIA 3NHGA 5EU7A 2NUBA 4CF0A 3PX4A 4OPJA 3DI6A 3K5MA 4PQUA 1WAJA 2DFFA 1ITGA 2A1RA 1NK4A 2XY8A 4HUGA 4BACA 5KI6A 2IC3A 1WSJA 1I3AA 4CJVA 5J1EA 3OVNA 3DOLA 4CJ3A 3O3FA 3O4QA 4PUOA 1BI4A 4IG3A 3CM6A 1VSKA 3AVLA 4Z4CA 4FJXA 1WSEA 3NF6A 4BWMA 3OJUA 4KHYA 4EP4A 3SPZA 4G1QA 1TKXA 4DTPA 1A5XA 2KQ2A 3CFOA 1KVAA 3QESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXMB 3EN9A 3DRPA 3ISNC 4DHYA 2WUSA 3DLEA 2WTUA 5LMNK 3LPUA 4J2AA 4BC2A 1XNQK 3DJCA 4H0PA 3OYNA 4I2QA 5GAGP 1TUYA 3OYLA 2QWPA 4CZGA 3OBYA 4WQ4C 1ZC6A 1WSFA 1QS4A 2P9SB 3LDLA 4XIUA 1W9HA 3VGLA 1YITN 3WEEB 3VQ5A 2W41A 3CQ8A 4DR1K 4A59A 4A5AA 4CW7B 3NDKA 5I3UA 3LP1A 4BRLA 2QKBA 4AM6A 4FWOA 4B9UA 1BO5O 2A40A 4FWKA 4B3SK 3LP0A 4NYFA 4CBUA 3H6EA 3H1VX 4IJNA 4CGHA 3AA5X 3QEIA 4O5FA 3AVFA 4CEOA 4DQSA 2ZJQL 3SYZA 1KRPA 1MA9B 4ELTA 4OPAA 2VWBA 3VF6A 5AQFA 1BOTO 3M8QA 3UKRB 3QERA 3OJSA 4M63C 3OYHA 2ZJRL 5JMVA 3D2EB 1EWRA 4FJ9A 5AQWA 1MWMA 5AZJA 5KRTA 2ZJPL 3L3UA 5BR8K 2YHYA 4X65K 4BRQA 2VQFK 4EIAA 3M8PA 3O9TA 3M8RA 4AILC 3OYDA 2XO7A 3LAKA 2UYTA 1WLJA 2QWQA 1U45A 4M3YA 1S6PA 4M42A 2PFUA 1YI2N 3CPEA 5M1NA 5J2NA 1JLBA 3QEXA 3G6EN 4BDYA 4B1ZA 1HPMA 4ISEA 1XNRK 3IG1A 3R3LA 5C42A 3ZSZA 1LWCA 1BQNA 4CEEA 3NGYA 1NKBA 4ZHRA 3VMFB 1S22A 1Y64A 3RMBA 3NGIA 2PY5A 1YTUA 1JKHA 5JICA 2P9IA 4E7IA 4WFAL 4IXCA 3OS1A 4DG1A 4B1VA 3O8MA 3F9MA 2UXDK 3NGZA 2W6KA 5AQHA 3D2FA 2G8FA 1BIUA 1DLOA 4DFMA 4MFBA 3QEPA 4CEQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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