3WNGA

Cyclic hexapeptide pkidnp in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Viral protein/peptide
total genus 49
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wngA00
4KV8A 2FC0A 2XY6A 3PO4A 2G8IA 4LSNA 3V1QA 2QKBA 5CY4A 1S6QA 3ITHA 4CJ4A 2VWJA 4BE2A 1RTDA 1DLOA 1JL1A 2OPRA 1TV6A 4DFKA 4B9MA 1RBVA 1ASWA 1RT3A 3OYJA 3QLHA 3HVRA 2WOMA 1TK5A 1YT3A 4CEQA 3LPTA 3OJSA 1U47A 2G8FA 3SQ1A 1SKSA 1ZBLA 4I2PA 1XWLA 3QESA 1VSFA 3KTQA 4KHSA 4M3TA 1GOCA 3L2QA 3DRRA 1C0MA 3OYLA 1XHZA 1SUQA 3V81A 2X74A 4J2EA 3MEDA 2E6LA 4NCGA 3V4IA 3AO4A 4OPJA 4H4MA 4W5QA 3OJUA 4FLZA 3U3YA 4I9LA 4CK2A 2NUBA 3H08A 3QO9A 4ID5A 3VQDA 2HHWA 2XY5A 2YKMA 4Y1DA 4CERA 4NYNA 4DTPA 3MXMA 1TGOA 2QXFA 4CECA 4EP5A 4CEOA 2G8KA 3HP9A 4O55A 2P5GA 4G1QA 1TAUA 2XY8A 3OYEA 2G8UA 4DF8A 3VQEA 4OPKA 1QTMA 2QK9A 1RBUA 2FBTA 3RTVA 4FXDA 2XO7A 3RR7A 3TR8A 1NK8A 4J2DA 4AHVA 2ETJA 2IOCA 4DTMA 1GOBA 4CHQA 4E7IA 4CHOA 2JLEA 3V9XA 1RT7A 3AA2A 5T7BA 3HT3A 3OS1A 4RW4A 2KQ2A 4FK0A 3S3NA 4IFVA 3DOKA 2A1SA 2LSNA 3ZSZA 1LW0A 3P1GA 4BWJA 4BACA 4Q0BA 1FXXA 4LH4A 4DMNA 1C0UA 3QEIA 3SCXA 4HTUA 4E3SA 3QNOA 3KLHA 1HRHA 2Y1IA 1EKEA 1JLGA 1RCHA 1IO2A 1W9HA 1Z26A 2FBVA 4O44A 5C24A 4DTNA 3SNNA 1CZBA 1G15A 1QSYA 4HCBA 1KLMA 3V9ZA 3P5JA 3K57A 3KKRA 3M8PA 3NH1A 4KI6A 5J2PA 3NH0A 2YHAA 4MFBA 3BDPA 3NBPA 2OPSA 4EZ6A 3ZSQA 1RT6A 3VQCA 3LAKA 2XHBA 4K8ZA 4CEDA 4FJ8A 3EYZA 4AHTA 4ZTFA 1HYSA 3PX4A 4CF2A 3LP3A 4FCYA 3S3OA 4CJ3A 4DS4A 4KHWA 4DQPA 3SYZA 2G8HA 4CF1A 1J53A 3AO2A 3LWMA 2DFHA 1ZBFA 3RRHA 2B5JA 2RF2A 3OYGA 1RDAA 3ASMA 4DG1A 3JSMA 3SQ2A 1D5AA 1RT2A 3IG1A 4BE1A 1NJYA 3WNHA 4KAZA 1UWBA 3EY1A 1Z25A 4BWMA 1QQCA 4CESA 3DRPA 4KFBA 4CGJA 5J2MA 1J9AA 1IKWA 3K5LA 4F8RA 1EXQA 4FJ7A 4FLVA 3QETA 1KFSA 3VA3A 3ZT1A 1CZ9A 4N41A 4CJEA 3SUOA 2KZZA 3AV9A 2DTUA 3OYHA 4YNQA 4I9QA 4ZHRA 1B9DA 3NF8A 4DU3A 1F21A 3SUPA 1Q9XA 1RBSA 4B3OA 4ID1A 3ULDA 1ITGA 4QAGA 4RW8A 1HNIA 3SUNA 1ZBUA 4CGGA 5HRRA 2VG5A 2XRIA 1JXBA 2BGGA 2O4IA 2HHXA 4B8AB 4KHNA 3OVNA 1REVA 4RW9A 3KKSA 3HP6A 3AO3A 4CCHA 4FJKA 4M3ZA 3KLGA 1NK5A 1S5JA 1BHLA 5FDLA 2DFFA 3DRSA 3L2RA 1J54A 2IGIA 1UA1A 1BL3A 2P1JA 1LWCA 2B6AA 1HNVA 1FK9A 1RNHA 2HNDA 4I7FA 3RMDA 1KRPA 4FVMA 4KHYA 1BCOA 3IS9A 1IG9A 4K8XA 4HHTA 1KLNA 4OVLA 4BDPA 3D0PA 3AVBA 1BQNA 4W5TA 1VSIA 5CYQA 1NOZA 1VRTA 3LALA 4BDZA 4E7JA 4CEEA 2YNGA 4FZZA 4CJ5A 2KZMA 1NK4A 4NYFA 3OYAA 3CG7A 3TAEA 3MXJA 2YV0X 4E7LA 3RMAA 4H8KA 4KTQA 4PQUA 1EP4A 3L8BA 3MAQA 4IKFA 1UAXA 4CGIA 2YNHA 4W5NA 4IG0A 3SUQA 1S1UA 3AVKA 4EZ9A 2OPPA 1SKWA 4LH5A 1N5YA 4F4KA 4Z4EA 1RTHA 1VSJA 4M3RA 1MU2A 3AVFA 3HYFA 4Z4GA 4TSXA 4PUOA 4DFPA 4KI4A 5HBMA 4CHPA 4FJIA 3LP0A 1QSSA 1IKVA 5JS1A 1LW2A 2W42A 3K59A 3THVA 3LP2A 1JLAA 4DLGA 2D0AA 4IG3A 3MEEA 2F96A 4AH9A 3NCIA 2Z1IA 4FJGA 4PA1A 2F8SA 2VWKA 3QINA 4F3OA 3OYDA 5J2QA 2FBYA 4CJUA 2PYLA 1T7PA 4DSEA 3DLHA 2RKIA 1KVBA 4Z4IA 2HB5A 1JKHA 1JLQA 1IH7A 4B9LA 2F8TA 4OLAA 4DTRA 4KHUA 3AA4A 4CJFA 3VQ7A 3G0ZA 3LAMA 4CEZA 3ZT2A 4R5PA 2HHTA 1SL0A 2IAJA 4DQSA 3QEPA 1W0HA 4FJHA 1L3SA 3S9HA 3F73A 1T8EA 3C95A 4ELUA 5DMRA 3HPOA 3KJVA 3AA5X 1VRUA 1C6VA 1TKTA 4LY7A 2OPQA 3S3MA 2ZD1A 3DYAA 1T03A 5I3UA 3PO5A 3ZSRA 4E0DA 3RRGA 4CGHA 1WN7A 4KRFA 3OYKA 4NCBA 3K5NA 3OYCA 3NDKA 3RWUA 2OZMA 3K2PA 3ZSXA 1N6QA 3O4QA 4CK3A 2IS3A 4E1MA 1NK6A 4B9UA 3DOLA 4FZYA 4C8NA 1NKEA 4FLXA 4E1NA 4J2BA 4EP4A 1QS4A 3V6DA 1T05A 3WNGA 5I42A 1X9WA 3VQQA 4AILC 3I0SA 3AO5A 3JYTA 4C8LA 2YHBA 1HQEA 3VQ9A 3TANA 3ZSWA 3V9WA 4KB1A 3LANA 4E7HA 3TAQA 1NJXA 4JS5A 3NAEA 4KKOA 1TAQA 1TKDA 5CYMA 3C94A 4FM0A 1RT1A 4FLUA 1NKCA 4FZXC 3OS0A 1SKRA 1S1XA 4DQRA 1JLFA 1UOCA 4BDYA 1KFDA 1U4BA 2KFZA 5EU7A 3D45A 3DLKA 1L3TA 2HVIA 4AHRA 1SL2A 4FYDA 4CGFA 1ZBHA 2HW3A 3U3GA 1TL3A 2RN2A 5C25A 3OYFA 2PYJA 3VA0A 3AVLA 3HSTB 4ELTA 1JLCA 1A5VA 4KO0A 2BE2A 4N47A 3SQ0A 1WSHA 2Z1GA 3O3GA 1D9FA 2PY5A 2D0CA 1RT4A 3AA3A 1HJRA 3SJJA 1QSLA 4DS5A 3I8DA 4FJ9A 3HJFA 2X6SA 1JLEA 4OKKA 4FK2A 3P83D 1U04A 5K14A 1U49A 5E41A 4Z0UA 4M3XA 4CFCA 1QHTA 3WNFA 2ATQA 2RPIA 3ZT3A 4PY5A 3QIPA 5CZ1A 3DLRA 3I0RA 3NH2A 4LD0A 4CE9A 3VQ6A 3V1OA 5C42A 4B9NA 3NGYA 3TAMA 4CK1A 2OZSA 1C1BA 1SV5A 3MEGA 4E19A 3KK1A 3PX0A 3DI6A 3KK2A 1LWEA 4F3TA 1BGXT 4GVMA 1S6PA 1VSEA 3HPHA 2Z1HA 1UA0A 3SI6A 3V9UA 3ZSYA 3NGIA 5J2NA 1L3UA 3IRXA 1RBRA 1NJWA 1O1WA 4WE1A 4DSIA 1S1TA 3CM5A 2IDOA 4F2SA 4CIEA 1R0AA 2D5RA 5KI6A 1NK9A 1Y97A 5KTQA 4FLWA 1WSIA 4FJXA 4L8RB 3M8RA 3TABA 3NFAA 2XY7A 3V1RA 2ZQBA 4CJQA 4CHYA 3NE6A 2WONA 1LWFA 3MECA 4OKEA 4DQQA 2YNIA 4B9SA 4ELVA 3E01A 3AVAA 1B92A 5D3GA 3PV8A 1BQMA 2HNYA 3B6OA 3F9KA 4QOZB 1XI1A 1SL1A 4YFUA 4W5OA 1BIZA 4JRPA 1GOAA 3NHGA 3ZSOA 4O0JA 4CJKA 5FRMA 4AHSA 4FJNA 1DTTA 3T19A 4UQGA 1K6YA 3SPYA 1WSGA 1WSJA 1RDDA 1NK7A 1NOYA 4DTUA 4KTWA 4Z4FA 3CFRA 1KVAA 4DSKA 1VSDA 4M3YA 1IKXA 2VG7A 2KTQA 4E7KA 3SV4A 4OGCA 4CJPA 1BI4A 1HPZA 1X1PA 3VQAA 4O0IA 4OJRA 4CFDA 3O3FA 3L3VA 4HUGA 1RT5A 3QIOA 1EETA 4MQ3A 3EZ5A 4KB0A 2VG6A 1VSHA 1HQUA 3LPUA 4CEAA 1L3VA 4KREA 3AO1A 1FKPA 2HHUA 4DFMA 3SV3A 1A5XA 2ZE2A 3A2FA 4GMJB 5HLFA 4NCAA 1JXEA 4Q5VA 1XC9A 2Q3SA 3VQBA 1RILA 3T1AA 4CFAA 2B4JA 1RBTA 2HHVA 1BI4B 3DM2A 3QEWA 2E4LA 1JLBA 1U45A 3SPZA 4Z4HA 3HO1A 4N5SA 2Y1JA 4BE0A 1LV5A 1LAWA 3G10A 4AHCA 4FM1A 2HHQA 4CJWA 1DTQA 3HPGA 2HVHA 5HRPA 5KGXA 4W5RA 4OKJA 1J5OA 3M8QA 5J1EA 1WSEA 4JS4A 3T3FA 5SZTA 4KHQA 3OYBA 2AJQA 1YVUA 3SZ2A 5HROA 3K58A 1L5UA 4FK4A 4F2RA 3NF6A 5KRTA 1CXUA 4B08A 1VSLA 3NF7A 4M3UA 2KW4A 3L2WA 3VN5A 3VQ8A 3TAGA 4B9TA 4O5BA 3CM6A 3FFIA 3NF9A 2FBXA 3NGZA 2HMIA 3V9SA 1X9MA 1A5WA 1KTQA 3CFOA 4FLYA 1Q9YA 5JS2A 4C8MA 4DTJA 4JLHA 1WNSA 4CJLA 4CF9A 4RW7A 3VQ5A 3VQPA 4HVJA 2G8WA 4DFJA 4J2AA 1RDBA 3QNNA 1CLQA 3ALYA 3KK3A 3AVGA 3DLEA 4CF8A 4O4GA 5HRSA 4FW1A 2BANA 4IFYA 5SWMA 3TAPA 2OYQA 5HRNA 2HHSA 1Q8IA 3OY9A 2IC3A 5CZ2A 4DU1A 4CF0A 4B8CA 4CIFA 3CQ8A 4HCCA 3IAYA 2Z1JA 4DF4A 4ZTJA 3KLIA 4DSLA 4CEBA 1I39A 2X6NA 3DLGA 4FLTA 1C1CA 4ICLA 1I3AA 4FJLA 4CFBA 3UIQA 4N76A 4CHNA 4FJMA 1C0TA 4IDKA 3KLFA 1BCMA 3AVHA 4Y1CA 5KGWA 4CJRA 1NKBA 1HYVA 3TI0A 4DSJA 1WLJA 1CXQA 5DK5A 3OYMA 4DWIA 1RDCA 1JL2A 3HL8A 4H4OA 3L2VA 3LDSA 2P5OA 3LZIA 3ZT4A 3B6PA 3LZJA 4FJ5A 1KSPA 1VSKA 3SQ4A 3BGRA 2O4GA 3L3UA 1BIUA 2QKKA 4M3WA 1NJZA 1X9SA 1TK0A 1C1AA 1WAFA 4C8KA 4OLBA 4IBNA 3RMBA 3WNEA 2YKNA 4RW6A 1D8YA 3AVIA 4HUEA 4DTOA 1ASVA 1RTJA 3DMJA 4RG8A 4AHUA 4FW2A 1KVCA 3AVMA 4B9VA 4CEFA 2GUIA 2R7YA 2OA8A 4N56A 2KFNA 2EHGA 3HM9A 4DLEA 1ZBIA 2E6MA 3OYIA 4JRQA 3PUFA 1ZYQA 2X78A 3O3HA 1S9GA 3QERA 2DY4A 2DFEA 1B9FA 1XHXA 2G8VA 4DSFA 4PWDA 2I5JA 1VSMA 3LWLA 4E89A 3U6FA 3OYNA 3M8SA 3ZT0A 3L2UA 2YNFA 4M41A 2JGUA 4GW6A 4M45A 4CJVA 4DQIA 3K5MA 4Z4CA 3RR8A 3PY8A 3ISNC 4CHZA 4QCLA 3AVNA 4OGEA 3DLBA 3TARA 3KD5E 1WSFA 1TKZA 1ASUA 1VK0A 3TAFA 1BISA 1NK0A 1S1WA 4DTSA 1QE1A 5HP1A 1TL1A 3HK2A 4CIGA 4CJSA 3KD1E 5FROA 1U48A 3CFPA 3PX6A 3AVJA 1KCFA 1LAVA 2GV9A 3ZCMA 4XIUA 3QEXA 3K5OA 1TK8A 2P51A 4LSLA 3MXIA 3ZSVA 4I2QA 1TVRA 2ITGA 4CJTA 4FM2A 2BDPA 2PZSA 1WAJA 1YTUA 3C6UA 1FKOA 4CGDA 3OS2A 4HUFA 3RMCA 2HNZA 1YTAA 3C6TA 3LP1A 5FRNA 1EX4A 3AVCA 4C8OA 1S9EA 2EX3A 1D9DA 3TWHA 3HXMA 2D0BA 2GBZA 3VQ4A 3QEVA 4M42A 4DTXA 3CYMA 1IKYA 3O4NA 1RTIA 4KPYA 1S1VA 1TKXA 3KIOA 3HVTA 5KRSA 1HYZA 2A1RA 1HMVA 3KLEA 4KTZA 4FJJA 4DU4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KV8A 3PO4A 3MN9A 4IFEA 4CD3A 3ITHA 3CCLN 3A8YA 4IO9L 1DLOA 1JL1A 2OPRA 1RT3A 5C12A 5KQ8A 2WOMA 3B8AX 3T1YK 1YT3A 5KQDA 1TK5A 1VQKN 3SQ1A 1VSFA 3KTQA 4KHSA 2E1ZA 4FL9A 3VESA 3ENHA 3V81A 2X74A 5H1SQ 4OPJA 4W5QA 3OJUA 3U3YA 3VQDA 4KH6A 4K25A 4NYNA 1GLCG 1TGOA 2QXFA 2YCHA 3TPQA 3HP9A 2XY8A 4DKWA 3BF3A 4BRIA 3VQEA 4OPKA 2FBTA 3RR7A 3TR8A 2IOCA 4BRHA 4PHTX 3HT3A 2W41A 4IFVA 1V4SA 1LW0A 1BOTO 1FXXA 4DMNA 3SCXA 1C0UA 1YI2N 5AQRA 3QNOA 3KLHA 1VQPN 2GUPA 2Y1IA 1JLGA 3D2FA 3P31A 1Q86O 5EXWA 1CZBA 2CGLA 2JWLA 1KLMA 3V9ZA 4LF7K 2PBDA 3M8PA 4KI6A 5J2PA 5AR0A 3BDPA 4EZ6A 3ID6A 4IO8A 3ZSQA 1RT6A 1WBDA 2XHBA 3EYZA 4AHTA 4ZTFA 3O9UA 4CF2A 5E26A 3LP3A 2ZGYA 1NWKA 5BPMA 3D2FB 2B5JA 2RF2A 4HWIA 1RDAA 5IT9O 2NNWA 3LL3A 5LMNK 1D5AA 4BE1A 2VYPA 4KFBA 4F8RA 1NGBA 4V19S 1EXQA 3VA3A 4JI1K 5LJWA 2KZZA 4JV5K 4DV1K 3OW2M 5AQXA 2BUPA 1RBSA 3MX2A 3O8MA 3C0BA 4ID1A 4DR1K 1HR0K 4BR4A 4CGGA 3QB0A 1ZBSA 4B8AB 1J6ZA 4RW9A 3KKSA 3AO3A 4CCHA 4DV7K 3U9DA 4E1JA 2DFFA 3TTFA 2P9NA 1BL3A 5GAHP 3RVCA 1RNHA 1KRPA 1FW6A 4FVMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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