4CE9A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ce9A00
4DFMA 3HO1A 1J54A 1UWBA 1VRTA 1WSIA 4N56A 1CXQA 1SUQA 1TK0A 3AA3A 1IKYA 3SI6A 3TANA 1KFDA 2ITGA 4IFYA 3KLEA 4BE2A 3S3OA 1O1WA 3MEEA 5KGXA 3P1GA 4KHQA 2YNIA 3SNNA 1TAUA 2E6MA 3DLKA 3DRRA 3ISNC 2KFZA 4CJ4A 1NKEA 3VQ6A 4CJTA 3LALA 4FCYA 1HMVA 4KTQA 1X9WA 3OYMA 2ZD1A 1N6QA 4DSKA 4B8AB 4OGCA 4CJEA 4DU1A 1QSSA 5HRSA 3NH0A 4JLHA 3LAKA 3WNFA 3MEDA 1CLQA 3THVA 3D0PA 4Z4GA 2VWJA 4CJVA 5C24A 1WSJA 1HQEA 3DOLA 5C42A 4OKJA 1JLAA 1ZBFA 3U6FA 4GVMA 4EZ6A 1RBTA 3DRPA 1C0MA 2BE2A 2RPIA 1CZBA 1RNHA 4E1MA 3L2WA 4DTUA 4DTRA 2HHQA 3M8QA 2XO7A 3MEGA 5KGWA 1FKPA 1XHZA 4HUFA 3AVGA 5CYMA 1JLBA 2FC0A 4O44A 4CESA 5J1EA 1KLNA 3JYTA 4FW1A 1XHXA 4JRPA 3U3YA 4FJ8A 1QE1A 1WAJA 4FM2A 4Q0BA 2G8VA 3V9ZA 1NK4A 4LY7A 4CJKA 1T7PA 3KLHA 2EHGA 3JSMA 3IAYA 1KLMA 4EP4A 2F8SA 1LW0A 1VSMA 4DSEA 4G1QA 3L2QA 4CEAA 3AVJA 3V1OA 2RN2A 4XIUA 4CGIA 5CZ2A 1EETA 1RTJA 4DQQA 1NJYA 3M8PA 3RRHA 3HXMA 1VRUA 4OGEA 4CIFA 1XWLA 4CCHA 4FJ7A 1BCMA 3ZT1A 3VQBA 4B9VA 1HQUA 1I3AA 2X6SA 3OJSA 3CFRA 4KAZA 3B6OA 2G8UA 5SZTA 1C1CA 2EX3A 1S6PA 3NH2A 2X6NA 4FLTA 4E7HA 2XY5A 2OPSA 1C0TA 2JLEA 3MXMA 3SV3A 4B9TA 4CHPA 4CJUA 4DTNA 5HBMA 3EZ5A 1U49A 4CIEA 4CJRA 1IKXA 4LSLA 3HL8A 3HVRA 2G8HA 4KHYA 4NCAA 2YKMA 4CE9A 4CGJA 1RBUA 4N76A 3RR8A 3D45A 4ZHRA 3PO4A 4DTSA 2XHBA 1HYZA 3MECA 3OYJA 3PO5A 4B08A 1Q9XA 3K5NA 3TAMA 5SWMA 3TWHA 3LWMA 2YHBA 1K6YA 4KI6A 4FZXC 3V9SA 3DRSA 2P5OA 4FJJA 3KLFA 4OLBA 2QKBA 4J2BA 1RILA 1VSJA 3KK3A 5J2QA 3DLGA 3K57A 3C6UA 4KKOA 3OYKA 4DU3A 1JLCA 1EKEA 3H08A 5KTQA 1SKWA 1DTTA 4DF4A 4O0IA 2W42A 1TGOA 3WNEA 4KB1A 3LP3A 1RDAA 2Y1JA 2DY4A 3HVTA 4Y1DA 5HLFA 1Q9YA 4HUEA 4Z4FA 3AO2A 3AA4A 1J53A 3AVNA 4I7FA 4CEZA 1YT3A 4M3XA 3V1RA 3O3GA 4DLEA 3SUPA 4NCBA 4DQPA 3QESA 4M3RA 3LAMA 4Z4HA 4KI4A 1JXEA 1TL3A 3BGRA 3SZ2A 4DWIA 3VQ5A 4CJSA 4IG0A 4O55A 3LP1A 1L5UA 2VG7A 1UOCA 4DS5A 3OVNA 4RG8A 2XY7A 1NK9A 3TR8A 1D8YA 3PUFA 1VSDA 4DMNA 3TI0A 3AA5X 4YNQA 1I39A 3CQ8A 3AVIA 1L3VA 1BQNA 1J9AA 2VG5A 3AO1A 3LWLA 4BE1A 1RTDA 3OS1A 4F8RA 1NOZA 4CF0A 3QEPA 4CFCA 2RKIA 1S9EA 3K2PA 3TAPA 2HW3A 1JLGA 3AVLA 4NCGA 1U48A 2Y1IA 2G8WA 4FZZA 1TKZA 3SQ2A 5JS1A 1S6QA 1XC9A 4DSFA 4E3SA 3S3NA 1ASVA 3QIPA 1W0HA 4NYNA 3RTVA 1MU2A 3ZSOA 4DTOA 1TK5A 4QCLA 1Q8IA 4W5OA 4J2EA 3TABA 1WSHA 3AVAA 3EY1A 1TKTA 1X9SA 1TKDA 4W5TA 1C6VA 3U3GA 2OZSA 4FJNA 3HYFA 4DF8A 2AJQA 4CFBA 5T7BA 3DLBA 1NJXA 4RW4A 1RDDA 3RMDA 3MXJA 4E0DA 2HHUA 4FW2A 4DLGA 3SUOA 1S1TA 1IO2A 3O3HA 3RWUA 3KD1E 1EX4A 3L3VA 2BDPA 1REVA 3TAEA 3TAFA 1WSFA 2G8IA 3ZSQA 3ZSZA 3OYBA 4Z4EA 4CIGA 2O4IA 4GW6A 4AILC 3V4IA 4M3YA 1F21A 1ZBIA 1JLQA 4RW9A 4KHUA 3TAQA 2QKKA 4CJ5A 3FFIA 2FBXA 1U04A 4W5QA 4LH4A 4E7JA 4KTWA 1S9GA 2NUBA 2D0BA 1B9DA 4F2RA 1EXQA 4YFUA 4FJLA 1JL2A 1FKOA 3SQ1A 3KK2A 3OYIA 4ZTFA 2BGGA 4DS4A 1C1AA 4ELTA 4FK0A 1A5VA 3OYAA 4I2QA 4Y1CA 3T3FA 3ITHA 4AHCA 4CFDA 4DU4A 4B9LA 1YVUA 5EU7A 1X9MA 4RW7A 3ZT2A 1GOAA 3OJUA 4FK2A 2HHTA 4PA1A 3E01A 1U4BA 1KCFA 3KKRA 2PYLA 3HP9A 1FK9A 2ZE2A 4B9UA 2D0CA 4BDZA 2P51A 4LSNA 3IRXA 1QSLA 1VSEA 2IC3A 4PY5A 1SKRA 4M41A 1S1UA 3HT3A 4JS4A 1UA1A 1GOBA 2Z1JA 4FXDA 1TKXA 1BQMA 1W9HA 3P83D 1L3SA 4CF9A 3LPUA 3ZSVA 1TV6A 5E41A 4FLZA 3SPYA 2IAJA 2KW4A 1L3TA 3KIOA 1KVBA 2GUIA 3AVFA 2PY5A 4W5RA 2OPRA 4FJ9A 2E6LA 3I8DA 3AV9A 1BI4A 3VQCA 3SJJA 2A1RA 4C8OA 1LWFA 2HVHA 4DTMA 2FBTA 2HHWA 5K14A 1QHTA 2PYJA 3M8RA 4AHTA 1LAVA 3KLGA 1U47A 2JGUA 5FDLA 4CGDA 3QEIA 3KD5E 1A5XA 4CK1A 3L2RA 4OPJA 5I42A 2P5GA 4OKEA 4CEQA 3MXIA 1KSPA 2BANA 4PUOA 1T05A 1QS4A 3MAQA 1L3UA 4OVLA 3CFOA 1VSKA 1YTAA 2WOMA 3QEXA 1TVRA 1NJWA 4CEOA 4DSIA 4F4KA 4OLAA 3VQ8A 4FJIA 4RW6A 3ZSXA 5J2PA 1RBRA 1HJRA 3DLRA 3DMJA 3KTQA 5D3GA 1S1WA 3NAEA 3V9UA 4Q5VA 2ATQA 3P5JA 4E7KA 4CK3A 1TK8A 1D9FA 3K5MA 5I3UA 3WNHA 4H8KA 3V81A 1LV5A 3VQEA 4DTJA 1JLFA 4DTXA 2OA8A 4Z4IA 1QSYA 1KTQA 4CECA 2G8KA 4CJLA 3T1AA 4KHNA 3EYZA 1DTQA 4MFBA 4HTUA 4FM0A 4FYDA 2KZZA 3QETA 4DQIA 4KPYA 3L2UA 1JLEA 1C0UA 3ASMA 4FLUA 1GOCA 4M3WA 4WE1A 1TAQA 4ICLA 3AA2A 1NK7A 1BHLA 4HUGA 1RT1A 3NBPA 4AHRA 3VA3A 1S5JA 4M45A 1BGXT 1KVCA 2HHVA 3HPGA 4CF1A 4FLVA 4CHOA 4CJFA 1UA0A 1D9DA 2KZMA 3I0SA 4DSJA 1T8EA 1TL1A 4BDYA 1KVAA 3SUNA 1LWCA 3HSTB 3AVHA 4L8RB 3LDSA 2OYQA 4LD0A 4KHSA 4CEFA 3L8BA 4FJ5A 3QERA 3K58A 3S9HA 2YKNA 3CM5A 4HVJA 4KHWA 2KTQA 1U45A 4IKFA 3NF8A 1RT3A 3K5LA 3V9XA 4JRQA 2DFEA 1VK0A 2IDOA 1RT7A 4I2PA 5FRMA 4CEEA 4DG1A 4J2AA 3VQDA 3VQQA 5FRNA 1RT5A 4BWJA 4FJMA 5CY4A 1KRPA 2HVIA 3C95A 4FLWA 4FLXA 3ZSYA 3SV4A 1RT6A 4E89A 4RW8A 1SL1A 1IG9A 2X78A 4E7IA 1B9FA 1RDBA 4H4MA 3LP0A 2ZQBA 3KKSA 1G15A 1RTHA 4AHSA 3OYDA 3NE6A 4M3UA 3WNGA 2Q3SA 3QO9A 1JXBA 3ZSRA 4HHTA 3AVBA 1RBVA 3S3MA 1IH7A 3L3UA 3PX0A 4PQUA 1D5AA 1VSLA 3AO4A 1WNSA 3KLIA 1RT4A 3NFAA 3DYAA 3VA0A 1QTMA 3VQ7A 1NOYA 2B4JA 3NF6A 4CHZA 2B5JA 4CEBA 4CF2A 3ULDA 4FJHA 2HHXA 4ELVA 5KI6A 3VQPA 4IFVA 3SUQA 1LW2A 3O4QA 2XY6A 4C8KA 1HRHA 1DLOA 3RMCA 2YNHA 4Z4CA 3PX4A 3HJFA 4IG3A 1S1VA 3CYMA 4CGHA 1KFSA 4EZ9A 4QOZB 1CZ9A 4CGGA 4ELUA 1BCOA 3NGYA 2IOCA 4CJ3A 4ZTJA 4KRFA 3NF9A 4B9MA 3G10A 3OYGA 3OS2A 3QIOA 5HRNA 3KJVA 3CFPA 2RF2A 1N5YA 4KO0A 2Z1IA 3C6TA 3RRGA 1WN7A 1Z26A 4I9QA 3QNOA 4O5BA 3DI6A 3AVMA 4F3OA 3UIQA 4B3OA 3LPTA 2OZMA 2DFFA 3I0RA 2HHSA 3OYCA 3SPZA 1SL2A 2VG6A 3LANA 3O4NA 1EP4A 2YHAA 3OYNA 3RR7A 1VSIA 1NK5A 3V6DA 1SKSA 4FVMA 4BDPA 1R0AA 2I5JA 4CF8A 4I9LA 3K5OA 4N47A 4AHVA 3DLHA 2PZSA 1Z25A 4DFJA 4IBNA 3QLHA 3VN5A 5C25A 2GV9A 4PWDA 1XI1A 3F73A 2YNGA 1JKHA 3OYEA 1CXUA 3PV8A 4KV8A 1RTIA 4CFAA 3HPHA 3OYLA 4BE0A 1QQCA 5J2NA 1WSGA 2YNFA 3C94A 3SQ4A 3A2FA 3ZT0A 2B6AA 2QK9A 4E19A 4AH9A 3OYFA 4AHUA 1WAFA 3SCXA 3VQ4A 3KK1A 2O4GA 1WSEA 3AO3A 1BIZA 1HYVA 1HNVA 3NF7A 3SYZA 5CZ1A 1SL0A 1S1XA 3HK2A 3NH1A 3LP2A 5JS2A 5HP1A 1LAWA 3AO5A 2OPQA 4M3ZA 2FBVA 1RT2A 1NKBA 2DFHA 3BDPA 4KREA 4CGFA 1BL3A 3M8SA 3VQAA 4CHQA 4DFPA 2D5RA 2KQ2A 3G0ZA 3LZIA 3ZT4A 2WONA 4DQRA 4FJKA 4B8CA 4QAGA 5J2MA 3ZT3A 4DSLA 3QNNA 1X1PA 3VQ9A 1RCHA 2X74A 4GMJB 1RDCA 1SV5A 4FM1A 1NK8A 1NK0A 1BI4B 4K8XA 3O3FA 4O4GA 4KTZA 5DK5A 4CERA 2GBZA 5KRTA 3OYHA 4N41A 4B9SA 1ZBUA 1NK6A 4M42A 3QEWA 3CM6A 3OY9A 4ID1A 4OKKA 4NYFA 5CYQA 1BISA 2D0AA 4N5SA 1ZBLA 2HNYA 3DOKA 2XY8A 2YV0X 4CHYA 3RMAA 2HMIA 4H4OA 1B92A 1HNIA 4ID5A 5FROA 4EP5A 3K59A 4HCBA 3AVCA 4CK2A 3HP6A 2Z1HA 4CJQA 2Z1GA 2IGIA 5DMRA 4F2SA 2HNZA 2HNDA 1IKWA 1NKCA 2VWKA 4Z0UA 3OS0A 1ASWA 2XRIA 1T03A 5KRSA 3PY8A 4F3TA 2P1JA 1WLJA 4CEDA 4FLYA 3SQ0A 3AVKA 4TSXA 4CHNA 3LZJA 3QEVA 1IKVA 3ZSWA 3T19A 3TAGA 3RMBA 2LSNA 4C8LA 4BACA 4J2DA 2A1SA 1JL1A 3NGZA 4W5NA 2HB5A 2R7YA 1ZBHA 4BWMA 4CJWA 2FBYA 4E1NA 3CG7A 4C8NA 5HRPA 3NGIA 4OJRA 3NHGA 4M3TA 2E4LA 4K8ZA 2F96A 1ASUA 2DTUA 1FXXA 1HPZA 2OPPA 3IS9A 3V1QA 4CJPA 4DTPA 3HPOA 1J5OA 1UAXA 2F8TA 4R5PA 1A5WA 1ITGA 3NCIA 4KB0A 3DM2A 4FK4A 4FJXA 1ZYQA 1RBSA 4O0JA 4B9NA 1YTUA 3TARA 2KFNA 2QXFA 4E7LA 3HM9A 3B6PA 1Y97A 3F9KA 1VSFA 3PX6A 4LH5A 1BIUA 3ALYA 1VSHA 4OPKA 1HYSA 1LWEA 3IG1A 4IDKA 4FJGA 4JS5A 2ETJA 4UQGA 3NDKA 4DFKA 5HROA 4DQSA 1NJZA 3L2VA 3DLEA 4KFBA 3QINA 4FZYA 2IS3A 3V9WA 4C8MA 1C1BA 4MQ3A 3ZCMA 2G8FA 4HCCA 5HRRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C10A 1VRTA 2P9LA 1SUQA 3ENHA 4X66K 2E1ZA 4LFCK 2H3GX 5AJ3K 4I6MB 3S3OA 1O13A 3BF3A 4KHQA 2E6MA 3DRRA 2KFZA 1EWQA 4CJ4A 1N6QA 4WQ5A 3BF1A 4B8AB 4DR2K 5CR4A 3SBTA 1YJNN 1MDUB 4JLHA 3LAKA 4JAXA 3WNFA 4Z4GA 3D0PA 2VWJA 3O9SA 1SS6A 2O8BB 3SLCA 3VENA 3DRPA 2RPIA 4DTUA 3IDHA 3QMLA 3MEGA 3FE1A 5CYMA 1XQSC 3UE5A 4Q0BA 2O8EA 4LY7A 4CJKA 3JSMA 1LW0A 1VSMA 3WXJA 4DSEA 3AVJA 5CZ2A 3E66A 3H6EA 3M8PA 3O8MA 3HXMA 3O08A 4CIFA 4OX9K 3ZT1A 5AQJA 1HQUA 1I3AA 4FSVA 5AQXA 2QTDA 1C1CA 3NH2A 4OO1J 3B8AX 3F5TA 3SV3A 4CJUA 3MXMA 4B9TA 3P4IA 4BRHA 4LSLA 2YKMA 3MX5A 3THYA 1RBUA 4BVOA 3RR8A 1HJOA 1VHXA 4DTSA 3CCLN 1OVQA 3PSFA 1S3XA 3FZKA 3T7ZA 4J2BA 1Q86O 1U2VA 4JKGA 5J2QA 1KQSM 3DLGA 4ILJA 3K57A 1JLCA 1EKEA 1SKWA 3CD6N 2DPNA 3O9RA 4YOVA 4KB1A 3LP3A 1QZ6A 3HVTA 1Q9YA 3CCQN 3T1YK 3O3GA 2BUPA 4DQPA 3CMAN 3DAWA 1BA0A 2VG7A 1UOCA 3QFPA 1KXPA 2E8AA 1VSDA 3TI0A 4CZLA 3AA5X 4B9SA 1I39A 1RTDA 4DWIA 1RDWX 4BE1A 2VGNA 3SBGA 3OS1A 1FJGK 1S9EA 2HW3A 4NCGA 1U48A 4FZZA 3OA9A 1HLUA 1XC9A 4DSFA 4E1JA 4JKEA 4C23A 3ZSOA 1Q8IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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