4CE9A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ce9A00
1NJXA 3OYNA 1WSJA 3CQ8A 3HT3A 5CYMA 3ZT0A 1FKPA 2BANA 3L3VA 3KLFA 1NKBA 4FZXC 3V6DA 1TK8A 4ZTFA 3DRPA 4CGIA 2KW4A 1RT3A 3G0ZA 3VQBA 3NCIA 1Y97A 1TAUA 1Q9XA 2Z1IA 3C94A 4NYFA 4E7JA 4DSJA 2A1SA 3S9HA 1KVCA 3AO3A 3KLIA 1JL1A 4IFVA 4AHRA 2X6NA 1IO2A 3ZCMA 5KRSA 3ZSOA 3V9SA 4ICLA 1JLAA 2Z1JA 4CE9A 1L3UA 4J2AA 4M3ZA 4DTJA 4HCBA 3ALYA 4E3SA 4CGGA 3TANA 3EYZA 4CJ3A 1HNVA 4B9VA 4KHYA 5CYQA 5J2PA 1HQUA 3ZSVA 1VSFA 4IBNA 3NE6A 4CIEA 3OYFA 1SKRA 1J5OA 3S3MA 3KD1E 2HNDA 3QLHA 1GOCA 1C0MA 1VSKA 4CGHA 3HVRA 3QEVA 2HNZA 3VQ6A 4CECA 1X9WA 4M3TA 3K2PA 4DLGA 1ZBIA 3RWUA 2YHAA 4CF8A 1EP4A 4Q0BA 1JLGA 1KVAA 3V9WA 4FJ5A 3OYMA 3HK2A 3OYIA 1JLFA 2OPSA 3OYJA 4B3OA 3HVTA 2VWJA 3T3FA 1JLCA 4HHTA 2OA8A 4ELTA 2B4JA 3K57A 2XY7A 2JLEA 4FJXA 3K5LA 3TAPA 4N5SA 1C0UA 4CF2A 5DMRA 4R5PA 3PX6A 1BCMA 3KKSA 3QEIA 3OYCA 1TV6A 4FLXA 1RCHA 3O4QA 3HPOA 1D5AA 4BDYA 1D9FA 4M3XA 1EKEA 3K5NA 2HW3A 4HUEA 1NKEA 3G10A 4FJNA 4QCLA 1CZBA 4PUOA 4E7KA 3DRRA 4PWDA 4C8LA 3QNOA 2KFZA 3AVFA 4CEEA 4G1QA 4F3TA 3ITHA 3HPHA 1XC9A 4YNQA 2O4GA 3OYGA 3K58A 4H4OA 3AVCA 4IG3A 4CJSA 3OYLA 2XO7A 4HUFA 1LV5A 3I0RA 1TGOA 3TAQA 4HCCA 3D45A 1ASVA 3FFIA 1S5JA 4LSNA 4MQ3A 3U3YA 1LW2A 1WSIA 2KFNA 3DMJA 3DLRA 1ZBLA 3IS9A 4CEFA 1HYVA 5FROA 4AHVA 3RR8A 4FLZA 2EX3A 4DS4A 1IKXA 5C42A 4BE2A 4DWIA 1RBUA 1ZBFA 4CJQA 3NGYA 3AVNA 1BL3A 4J2EA 4C8MA 1KLNA 3ZSQA 1RTJA 1TAQA 5HRNA 1D8YA 4NCGA 2XY6A 1F21A 1TKTA 3CFPA 1DTTA 1BHLA 4RW9A 4W5QA 4IFYA 1NK0A 4B9TA 3LZIA 4LH4A 1QSLA 4CJFA 4OPJA 2FBTA 2Z1GA 3NBPA 3HO1A 3JYTA 4N56A 3NF9A 1U48A 1NJZA 3WNGA 2R7YA 2RKIA 4F3OA 4PQUA 1S1VA 5C24A 3O3HA 4FJ8A 4K8ZA 1CXUA 4E89A 3QEWA 2PYLA 4FJ9A 4E19A 3KK2A 2G8IA 2OZMA 3JSMA 3LAMA 4LH5A 2B5JA 5HP1A 1RBRA 1W0HA 1X1PA 3MEEA 4FJLA 3F73A 1J9AA 4WE1A 1N6QA 3LZJA 4CFAA 5DK5A 1BIUA 3AVKA 1UOCA 2FBYA 4AH9A 1HNIA 1VSIA 3ZSYA 4CHYA 4FW1A 3AVBA 2IS3A 1HQEA 2BDPA 1L5UA 4KTWA 4CHPA 3NFAA 3U3GA 3AO4A 4M3WA 4JS4A 1QSYA 1WN7A 3S3OA 1VK0A 1RDAA 1S9EA 2WOMA 4MFBA 3ZSZA 4O0IA 4W5OA 4GW6A 1SUQA 2FBXA 1U49A 1IKVA 3OYEA 4L8RB 3SCXA 3VQ9A 2HHUA 1K6YA 3BGRA 3NF8A 1TKDA 1ASWA 4CIFA 1TKXA 4CJTA 3NH0A 2VG7A 3VA3A 4CESA 3CFOA 1WSGA 3HSTB 3T1AA 3RTVA 4DTSA 4B8AB 1S1XA 3VQ5A 4LD0A 4DQQA 1JL2A 1RNHA 3IG1A 4AILC 1SKSA 3AVGA 4Z4CA 2XRIA 4FM1A 4DU1A 1U47A 1IG9A 1CLQA 4ELVA 3V81A 3QNNA 3VN5A 3V9XA 2YKMA 1S6PA 3TABA 2D5RA 1TK5A 4ELUA 2KQ2A 4H8KA 3KLHA 3NF7A 5HLFA 5HROA 2E6MA 1TL3A 3CYMA 1U45A 4FCYA 4LSLA 3ZT4A 1SL1A 3PO5A 1IKWA 3OY9A 1RTDA 4FW2A 2W42A 1BIZA 4Z4FA 2XHBA 4JRQA 1VSJA 2G8KA 1RDDA 2GUIA 3MAQA 4HUGA 4GMJB 4F4KA 5D3GA 4JS5A 3HM9A 4KV8A 4M41A 2KZMA 3TAGA 1Z26A 4CIGA 4CGDA 1VSDA 3U6FA 2F8SA 1BQMA 1HJRA 3AVMA 4FLVA 1ASUA 2G8FA 2HNYA 4RW6A 1KLMA 3EY1A 1XI1A 3PV8A 1NK4A 4ID1A 3V9ZA 4I2QA 3IRXA 4DFJA 1VSEA 4EZ9A 4PY5A 1S6QA 1R0AA 3IAYA 1YTAA 4BWJA 3ZSXA 3HPGA 1D9DA 2OZSA 4CEBA 4W5TA 4KI4A 4CHZA 2VG6A 4DFPA 1QS4A 5JS1A 4B9NA 2IDOA 3SV3A 2GBZA 2RF2A 3L2WA 3M8RA 1NJWA 3RMCA 4EP5A 3VA0A 4E1MA 3HJFA 4FZZA 4CERA 1HPZA 2G8UA 4DSEA 2HB5A 1VSHA 4TSXA 4CHQA 3V9UA 2ZD1A 3TR8A 2YV0X 3DI6A 4OLBA 3M8QA 2PZSA 3HL8A 3K5OA 1GOBA 2Q3SA 4FM2A 4O55A 2ITGA 4O44A 4RG8A 2Y1JA 2I5JA 1JLBA 1FXXA 1BISA 4DSIA 5J2QA 1X9SA 2P5OA 2P5GA 4M3YA 3CFRA 4J2DA 2G8HA 4AHUA 4YFUA 2HHXA 2E6LA 2P1JA 1NK6A 4NCBA 4M3UA 4DQRA 3O3FA 2QKKA 4QOZB 3QIOA 3K59A 3SQ0A 3AA4A 2Z1HA 3KTQA 2IC3A 3P5JA 3L2RA 4NCAA 1RT1A 3B6PA 1S9GA 3QEPA 3V4IA 3RRGA 1QSSA 4DTUA 1QTMA 4CFDA 1UAXA 2X6SA 3OJSA 4DSLA 2E4LA 3THVA 2HHVA 4OGCA 3NF6A 1WSEA 2VG5A 3AVLA 1L3VA 4CHOA 1YTUA 4CJ5A 1BGXT 2BE2A 2EHGA 3AVJA 4H4MA 5HBMA 2FC0A 4FLUA 1WSFA 4IKFA 3E01A 4NYNA 4KI6A 4KREA 4KPYA 1RTHA 1L3SA 4FZYA 1SL0A 3DLKA 1KSPA 2FBVA 5FRNA 5KTQA 4BACA 4DTNA 4CEOA 3L2QA 2DY4A 2D0CA 4DTOA 3SJJA 1NK7A 4Z4IA 4RW8A 3AO5A 3QERA 1SL2A 1KFDA 2HVIA 4GVMA 1GOAA 2HHQA 3V1OA 3EZ5A 1KVBA 1S1UA 3RMAA 4XIUA 3KJVA 1X9MA 3SZ2A 3OS0A 1W9HA 3TAEA 1VRUA 1WSHA 3VQQA 3ZSRA 1NOZA 3ASMA 3V1RA 3F9KA 1MU2A 4BE1A 1SKWA 1NOYA 4BDPA 2HMIA 4EZ6A 4Z4GA 4OGEA 3O3GA 1YVUA 3C6UA 3LWMA 3SI6A 4KHSA 2IOCA 1RBSA 3RR7A 3DLEA 4CJKA 4FJHA 5KGXA 4CJLA 3PX0A 3DLHA 4E0DA 3LANA 3LALA 3QESA 1RTIA 3A2FA 3OYKA 4J2BA 1RDCA 3C95A 2F96A 3VQCA 5I42A 4N47A 1HYSA 5KRTA 3QEXA 2PYJA 4AHTA 4CF1A 3HP6A 3K5MA 1LW0A 3ZT2A 3M8SA 3SQ2A 4C8KA 3KLGA 3AVAA 1TL1A 4FVMA 1FK9A 4RW7A 1S1WA 4CEDA 4B9SA 4Z4HA 4M45A 5SWMA 2YNFA 3CG7A 1JXEA 3C6TA 4O0JA 2YKNA 3LP3A 1TVRA 3OYHA 2A1RA 1T7PA 4KTZA 3OS1A 4OPKA 2G8VA 1VSLA 2RN2A 3AV9A 4C8NA 1S1TA 3O4NA 2WONA 3DM2A 4CHNA 3NGIA 4FM0A 4E1NA 2DFEA 1LWEA 4I9LA 2ATQA 1Q8IA 4CEAA 2O4IA 1G15A 4C8OA 3NHGA 4OLAA 2DTUA 3NH1A 2DFFA 1HYZA 4PA1A 1RT4A 5JS2A 4E7LA 2HHSA 3RMBA 1WNSA 2XY8A 2PY5A 1WAJA 2D0AA 1C1BA 2YNHA 3AO1A 3P1GA 5CY4A 1KCFA 1CXQA 1RILA 4Q5VA 5J2NA 3QIPA 2AJQA 3PO4A 3UIQA 4FLWA 4LY7A 3WNHA 3OYDA 5K14A 4I7FA 1JKHA 3SV4A 4B9MA 4KAZA 2ZE2A 1A5VA 1LWCA 1U04A 2IGIA 1B9FA 4IG0A 4CK3A 3DLBA 4KTQA 4KHQA 1BQNA 1UA1A 1VRTA 3AA2A 1RDBA 5KGWA 1DLOA 1NK9A 1CZ9A 3V1QA 4CJVA 2IAJA 3LP2A 4KFBA 4CJUA 3AVHA 4CF9A 3LDSA 4DTRA 4DTMA 3NGZA 1B9DA 4O4GA 4CFBA 5T7BA 3ULDA 1NK5A 2Y1IA 4B8CA 1C6VA 1NJYA 1HRHA 2HVHA 1BI4A 3H08A 3MXMA 3LAKA 3I0SA 4Z0UA 1L3TA 4KHUA 3TWHA 4F8RA 4KO0A 3RRHA 3SYZA 3KKRA 3WNEA 4FLYA 2P51A 3AA5X 3OYBA 2BGGA 1I39A 1RT7A 3AVIA 4JLHA 4E7IA 3SUPA 3QO9A 3B6OA 1I3AA 1C1CA 1HMVA 3DLGA 3HP9A 4O5BA 5CZ2A 3VQDA 4CJ4A 2YNGA 1EX4A 1WLJA 5I3UA 1VSMA 3KK1A 1N5YA 1C0TA 4CEQA 2NUBA 3KLEA 4DQIA 4FK4A 1IKYA 3LWLA 3CM6A 1RT5A 4CGJA 2F8TA 4FXDA 4HTUA 4DF8A 1UA0A 4I9QA 1RT6A 2YHBA 3SPYA 4KHWA 3DOKA 3NAEA 1TK0A 2OPQA 3DYAA 3SUQA 2X78A 3L2UA 4B9LA 1J54A 3DOLA 1BCOA 4DF4A 4QAGA 3VQ4A 5HRSA 2LSNA 3AO2A 3MEGA 1J53A 4DQSA 3SPZA 4FJIA 3NH2A 4BWMA 1O1WA 4FJGA 4FLTA 4F2SA 1U4BA 1XHXA 1NKCA 3KK3A 3BDPA 3T19A 3VQAA 2KZZA 4CJWA 1B92A 3SQ1A 4DSKA 1C1AA 2VWKA 5FDLA 1TKZA 2D0BA 4FJ7A 3RMDA 2HHWA 4DLEA 2QXFA 4OKJA 3WNFA 2QK9A 3NDKA 3HXMA 3ISNC 4FJKA 3TI0A 1ZBHA 2KTQA 2JGUA 2RPIA 2X74A 1REVA 4BDZA 4DTXA 4K8XA 4DG1A 4CGFA 4CCHA 1SV5A 5E41A 1QQCA 1LAWA 3OYAA 1RBVA 3LP0A 4OVLA 1QE1A 1LWFA 3SQ4A 3MXIA 5C25A 1T8EA 4ID5A 4BE0A 4FYDA 4OKKA 1KTQA 3ZT3A 4DS5A 1Z25A 3LP1A 1T03A 4N76A 4M42A 3VQ8A 4IDKA 3ZSWA 3AA3A 4KKOA 2ETJA 4FJMA 4EP4A 1Q9YA 3MEDA 4N41A 3I8DA 1ZBUA 4Y1CA 1WAFA 4CK2A 1UWBA 4KRFA 1A5WA 2G8WA 3DRSA 2DFHA 5KI6A 4CFCA 5J2MA 3KIOA 4RW4A 3L8BA 3TARA 4DMNA 4W5NA 4ZHRA 4OJRA 4B08A 1RBTA 4M3RA 5HRRA 5CZ1A 1YT3A 4JRPA 3MECA 1IH7A 1EETA 1JLEA 1KFSA 4FJJA 2OPPA 3PX4A 4DFMA 4DFKA 2ZQBA 1ITGA 4F2RA 5SZTA 4CJPA 2B6AA 4B9UA 4AHCA 3ZT1A 3QETA 4Y1DA 4HVJA 3S3NA 2YNIA 3SNNA 4DTPA 5FRMA 4UQGA 4Z4EA 3LPUA 4CEZA 3OJUA 4CJEA 1XWLA 5J1EA 4DU4A 3SUOA 3MXJA 2QKBA 4I2PA 3KD5E 1EXQA 1BI4B 4DSFA 4W5RA 1T05A 2OYQA 1A5XA 3TAFA 4DQPA 3LPTA 4AHSA 3TAMA 3VQPA 2XY5A 4KB0A 3VQ7A 4CF0A 4CJRA 1DTQA 3SUNA 3M8PA 1JXBA 3OS2A 2GV9A 2HHTA 4OKEA 1RT2A 3OVNA 1FKOA 1LAVA 1QHTA 3PUFA 3CM5A 3L3UA 5EU7A 4CK1A 3PY8A 3L2VA 4FK2A 1NK8A 3D0PA 1KRPA 4FK0A 2OPRA 4KHNA 1ZYQA 3QINA 4KB1A 3P83D 4ZTJA 3VQEA 4DU3A 4E7HA 3HYFA 1JLQA 1XHZA 5HRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WSJA 3CQ8A 3K9JA 3HT3A 3ZT0A 1FKPA 3I8BA 4BRKA 3KLFA 4MLHA 3OW2M 3CCEN 1Q82O 3VQBA 3GL1A 1TAUA 5AQJA 1Q9XA 3C94A 3ZX3A 4NYFA 2CGKA 5EVZA 4DSJA 3ZETA 1XUPO 1JL1A 2QA4N 3EN9A 3ZSOA 3VGKA 1R59O 4M3ZA 2QWRA 4DCHA 4B9VA 2WC9A 1HQUA 3ZSVA 2O8BB 1SKRA 1J5OA 3A0IX 5BPMA 3NVMA 3VQ6A 4CZKA 3FE1A 3DLLL 3QEVA 2HBLA 3K2PA 4DLGA 1ZBIA 1N8RO 1SZ2A 1JLGA 1KVAA 3V9WA 3HK2A 3OYMA 3T69A 3EKSA 3OYJA 3T3FA 3J80O 1QVFM 4N5SA 4ILHA 1BCMA 3QEIA 4FOIA 4IEIA 5E84A 2HW3A 4HUEA 4FJNA 4PUOA 5KQDA 3THXA 4E7KA 4ILGB 4CEEA 3HPHA 4YNQA 2O4GA 3UKUB 2P9NA 3K58A 5LMUK 3HI0A 4MLEA 5KQ8A 4YDUC 1WSIA 1NU0A 4WYBA 2W6KA 4FLZA 1RBUA 3CJ9A 1QHAA 4J2EA 2D0PA 1D8YA 3FZFA 3CMAN 3CFPA 1JCFA 4IFYA 1NK0A 3CJ7A 3LZIA 4H5TA 4CJFA 1M90O 3HO1A 4BR0A 3BY5A 3JYTA 1W97L 4PQUA 2RKIA 4FJ8A 2E20A 2PYLA 2G8IA 4FO0A 4LH5A 5HP1A 1RBRA 1W0HA 1YJNN 1XNRK 1VQ9N 4JKGB 1J9AA 3LZJA 1BIUA 3AVKA 1UOCA 3GG4A 4CHYA 4K42A 3SMPA 2O8EA 4CHPA 3CCSN 4OPHA 3AO4A 4JS4A 1RDAA 3ZSZA 4MFBA 3HOTA 4O0IA 3L0QA 4W5OA 1SUQA 1U49A 1CZAN 1LCUA 3VQ9A 1Q7YO 4CZMA 1GLDG 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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