3VQ4A

Fragments bound to hiv-1 integrase
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
total genus 48
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq4A00
3NH1A 2FBXA 3AVFA 3E01A 3P1GA 5DMRA 1UA1A 1NKEA 1NKCA 4B9SA 4FJGA 4K8XA 4J2DA 4EZ6A 4Q5VA 4LSNA 4FK0A 3VQ8A 1HQUA 1WSEA 3LWMA 3AO5A 4B9TA 2IDOA 2OPSA 1VSFA 5KGWA 3OYEA 1IKXA 3LP0A 4DTOA 3TI0A 2YV0X 1FKPA 1ZBLA 4E0DA 4FVMA 1CXUA 1KCFA 2O4IA 1T05A 3PX0A 4DQIA 3AO3A 1VSLA 3M8RA 2HVIA 4CK1A 4CJRA 2A1RA 4B08A 4ELVA 3ZSWA 3SUNA 3NF8A 4KPYA 4ID5A 3ZT1A 1VSDA 2JLEA 4DTSA 1WSGA 4FZXC 1CZ9A 4KO0A 1C0UA 4CIEA 4CEQA 1ZBHA 1DTQA 2Z1GA 4HUGA 2ETJA 2A1SA 3AVHA 3QIOA 3QO9A 4E7IA 1XHZA 4W5RA 2PZSA 4CJKA 4IKFA 4FM0A 4DQRA 2QXFA 1C1AA 1RBSA 2D0CA 2IOCA 3LP2A 3LP1A 1XWLA 5KI6A 3BDPA 3VQPA 4FJHA 1JXBA 1Y97A 4DFJA 1NK4A 3VQDA 4E89A 3HPGA 1X9MA 2G8VA 1I3AA 4QOZB 4OLBA 1IKYA 4BE1A 1RILA 3IAYA 3VQCA 4JRQA 3NHGA 3RMDA 1ASWA 5CZ1A 5CYMA 5HROA 1U4BA 4F3TA 4B8AB 3UIQA 4O55A 3SQ2A 1D9DA 4Z4GA 3SQ1A 5C24A 4RG8A 4E7LA 3CG7A 5HRRA 3RTVA 1CZBA 2GUIA 3V4IA 2Z1JA 3F73A 1GOBA 1RT3A 3ZT4A 4CK2A 4DTUA 3S3OA 3VA3A 4FW2A 1WSJA 4ID1A 4CEZA 5C42A 1J9AA 1NK5A 4DF8A 2HHQA 1TGOA 4E3SA 3AVBA 2HNZA 1VSMA 4OJRA 1BI4B 3ZSQA 2D0BA 3AA5X 3ZSOA 3CYMA 1GOAA 3IS9A 1NK9A 4B9UA 4E1MA 1RT5A 4CJSA 2HMIA 2KZZA 4BE0A 3ISNC 4CFAA 1TV6A 4LH5A 3CFRA 3V9UA 3O3FA 1L3VA 3PY8A 3HP9A 3HSTB 1JLAA 3AA3A 4CGGA 2O4GA 4PQUA 3L3UA 4FJIA 5KRSA 4RW4A 3NGYA 1K6YA 4Y1DA 2RN2A 3LPUA 3OYMA 4DS4A 4KHSA 1S1TA 1KVAA 3I0RA 1SL1A 4HCCA 4FZYA 4DSJA 3AVNA 1BI4A 1S5JA 3DRSA 3S3NA 2OPRA 1CXQA 5J2PA 3IG1A 3VQ9A 4K8ZA 5J2QA 4MFBA 4KI4A 1TAQA 3DYAA 3NF9A 4DQSA 4FLYA 2GBZA 4BDPA 3NBPA 4DWIA 4J2AA 3KKRA 3NE6A 4KRFA 4DQQA 3U6FA 1Z25A 4C8MA 2NUBA 1UOCA 4B9MA 3SNNA 3QEPA 4PY5A 3SYZA 4DFKA 4E7KA 1LWFA 1WAFA 4TSXA 2PY5A 2QK9A 3RMAA 4EP5A 1HYVA 4M3RA 3VQ6A 1O1WA 4CGDA 3QEXA 3OYDA 3L2RA 4Z4FA 2D5RA 3HXMA 2KZMA 3D45A 2IS3A 5SZTA 3MXMA 3LDSA 3TAQA 1CLQA 1REVA 1D8YA 4OGCA 2HHSA 1TKDA 3B6OA 3TARA 2D0AA 4FJ5A 4CJFA 1BIUA 1I39A 4CHNA 4CJUA 3SQ4A 1L3SA 1YT3A 3AA2A 3ITHA 4DS5A 3AA4A 4AHRA 1U48A 4BE2A 1RTDA 1YVUA 3QLHA 1RTHA 1BQMA 5HRPA 4ELTA 3F9KA 3M8QA 5CY4A 3SQ0A 4M42A 4CIFA 3OYHA 3MXIA 1S1UA 1KVBA 3SJJA 4FJMA 3ZCMA 2B6AA 1KVCA 4DSKA 4CE9A 4OGEA 2G8UA 4CHQA 3V81A 3OS2A 4O5BA 4H4OA 2XO7A 1WSIA 4CJEA 3DM2A 2KTQA 1B9DA 1JLQA 4CGFA 4KTQA 3PV8A 4DTNA 1L5UA 4Z4IA 1YTUA 3DLRA 3OS1A 1VSHA 3KD1E 1JLFA 2XY5A 4KKOA 2G8KA 1C6VA 2YNIA 4CJPA 3DLEA 1HNVA 4O0IA 1U47A 4NYNA 2YHBA 4CHOA 1ITGA 1D9FA 4EP4A 3OJUA 1RDCA 1TKXA 3PX6A 1HNIA 4PUOA 1NJYA 3HK2A 3DLGA 1RNHA 4CGHA 4NCGA 4KV8A 1LV5A 3SI6A 4RW8A 4JLHA 3RRHA 2OPPA 4AHUA 1IH7A 4E7HA 3HPOA 1BCOA 3LALA 1HYZA 3QNNA 3NF7A 3EYZA 3OYNA 1JLEA 1TAUA 1RT6A 3TABA 1RT1A 2F8SA 4JS5A 1N6QA 4FJXA 1N5YA 3VQQA 3MECA 4DTRA 4CEDA 4CCHA 3ALYA 3AVIA 4IBNA 3CQ8A 1BL3A 4Z0UA 2OZMA 1SKWA 3VQBA 3OYAA 3KLEA 1U45A 3AVAA 3NFAA 4LD0A 1NJWA 3WNFA 2YNGA 3O3HA 4W5OA 3QESA 3AO4A 4EZ9A 1RBUA 3K5OA 4AHSA 1TK0A 3MAQA 3V1QA 3HO1A 1NOYA 3TAMA 4M45A 2PYJA 4OKJA 5K14A 2VG5A 3L3VA 4CGJA 1WNSA 3O3GA 4CF2A 3K58A 4DLGA 1DLOA 4I9QA 3L2QA 1YTAA 1RDAA 1U49A 1SL2A 2G8WA 2PYLA 1S1VA 2IGIA 3KKSA 3LP3A 4R5PA 3EY1A 3THVA 1NK7A 1LW0A 2YKMA 4KHQA 4NCBA 3ZT0A 1QSSA 4C8OA 3NGIA 2HHUA 3VN5A 4FJ9A 2GV9A 2P5GA 5KTQA 2ATQA 4DSFA 4XIUA 4IDKA 1IO2A 1L3TA 3I8DA 3ZT3A 1D5AA 4CJWA 1MU2A 4DSLA 3OYGA 1QE1A 4CERA 4CESA 4CJQA 3T3FA 3CM6A 3DRRA 5I3UA 2HHWA 4I2PA 4FJ7A 1BIZA 2DFEA 4CECA 3KK1A 2XY8A 3DLHA 4OVLA 1KTQA 1RCHA 3TAEA 5I42A 4NCAA 4CHYA 2B4JA 1QHTA 3QEIA 4FJNA 2LSNA 1SKRA 4IFVA 2XRIA 1XHXA 3LPTA 3VQAA 2YNHA 3RMBA 4Q0BA 4GMJB 4M3YA 1X1PA 3M8PA 4G1QA 4ELUA 1SUQA 2HNDA 3JYTA 4CEAA 3KLHA 3SCXA 1S1WA 5HRNA 2HHTA 3C95A 1ASUA 4FLVA 4HHTA 5FDLA 3K5LA 1ZBIA 3L8BA 2DY4A 1ASVA 3O4NA 4IFYA 3K2PA 3LAKA 1R0AA 2E4LA 4OPKA 1C1BA 2YKNA 3PUFA 3FFIA 1C0TA 3AVJA 2F96A 3QERA 3RMCA 4CJTA 3QEWA 2DTUA 4FM2A 2XY7A 3TAPA 2HHVA 3HYFA 5J2MA 3OYJA 4FJ8A 2FBVA 3O4QA 3P83D 3RWUA 1RT7A 4BACA 3NDKA 5HLFA 3C94A 1RBTA 3AO1A 1RTJA 3DMJA 3BGRA 3K5MA 4BDZA 4DU4A 3C6UA 4CK3A 3NH0A 1VRTA 4PA1A 3AVGA 1FKOA 1KLNA 3K59A 3MXJA 1TK5A 1TK8A 1ZBFA 1LWCA 3L2VA 4N76A 4DG1A 1HPZA 1S6PA 1LAVA 4KTWA 4FLTA 3SUOA 1VSJA 4KFBA 4B9NA 2ITGA 3NCIA 4HVJA 4FLXA 1W9HA 1Z26A 4FLUA 3TAFA 3ZSVA 1JLGA 4M3WA 1NKBA 1UAXA 1NJZA 4UQGA 1TKZA 3PX4A 5D3GA 1JL2A 4YFUA 3L2UA 1S1XA 3EZ5A 1KSPA 4B9VA 1VSEA 4ZHRA 1FXXA 3OYBA 4Y1CA 4HUFA 3OS0A 3V9SA 2G8IA 1C0MA 4F3OA 1EKEA 3ZSRA 4KB0A 1HQEA 3DI6A 4M41A 1VRUA 4J2BA 4CF0A 3OY9A 3K5NA 1HJRA 2QKBA 4BWMA 1VSKA 3L2WA 2R7YA 1QSLA 3G0ZA 1RT2A 2KFNA 1A5XA 4O4GA 3LZIA 4CHZA 3V9ZA 2Y1IA 3SV3A 3C6TA 1WSFA 4NYFA 3OVNA 3P5JA 5DK5A 3VQEA 4AHTA 3QETA 2X78A 1VK0A 4LSLA 3V9XA 1WSHA 3T1AA 5HP1A 2RF2A 3HL8A 4OKKA 2BANA 1KLMA 2JGUA 2HB5A 5C25A 4PWDA 4AH9A 3B6PA 4CFDA 4DSEA 4FM1A 2BE2A 1SV5A 4WE1A 1RDDA 1TL3A 4N47A 2Q3SA 3HT3A 1X9SA 2G8HA 2VG6A 1NK0A 2DFFA 3KIOA 5HRSA 1UA0A 1KRPA 4KI6A 1JL1A 2IC3A 1SL0A 4FLZA 1IG9A 2FC0A 3HPHA 2X74A 5FROA 3OYKA 3KJVA 1IKWA 3OJSA 3KK2A 4N5SA 3NH2A 1RDBA 2P5OA 1IKVA 4LH4A 5SWMA 4DTPA 2G8FA 3ASMA 4DFPA 2XY6A 5CZ2A 1QSYA 4CEFA 4W5QA 5KGXA 4DSIA 2HW3A 1BCMA 3TWHA 4CFBA 3NAEA 3OYFA 1XC9A 4KB1A 3S9HA 2EHGA 1S9GA 2X6SA 3WNGA 3KK3A 2BDPA 3ZSYA 4FXDA 4H8KA 4JRPA 4DQPA 3HJFA 2OZSA 4RW6A 1HYSA 3QIPA 3IRXA 1JXEA 4KHWA 2Y1JA 3T19A 4E19A 3LAMA 3U3GA 3KLFA 4JS4A 1Q8IA 4GVMA 4HCBA 1QQCA 4AILC 2WOMA 3V1OA 1QTMA 2F8TA 3LANA 1GOCA 1JLCA 4E7JA 3AVLA 4N41A 4I9LA 4C8NA 1KFDA 2HVHA 4BDYA 4W5NA 2HNYA 2E6MA 4MQ3A 2KW4A 2KQ2A 2ZE2A 3SUPA 3CFPA 1JLBA 4KTZA 5KRTA 1XI1A 2FBYA 4Z4EA 1DTTA 2OYQA 1C1CA 4CEBA 5JS2A 4CJVA 5J1EA 1RT4A 2YHAA 4F2SA 3TAGA 1EXQA 2QKKA 3QEVA 3AVMA 4B8CA 5E41A 1JKHA 4I2QA 3DLBA 3DLKA 1T8EA 2IAJA 2XHBA 4IG3A 4FZZA 1TKTA 4CJ5A 4F8RA 4J2EA 3CM5A 1G15A 4RW7A 1WAJA 2X6NA 3SPYA 1EETA 3H08A 3RR8A 1S6QA 4AHVA 2EX3A 3SPZA 3TANA 3HVRA 2ZD1A 3VQ4A 1ZBUA 3KD5E 4FK2A 3MEDA 4AHCA 4B3OA 2AJQA 1SKSA 4C8KA 4LY7A 4DLEA 4ICLA 3PO5A 3I0SA 4FK4A 4L8RB 4FW1A 5EU7A 1HMVA 1EX4A 3KLGA 1WN7A 4DTXA 1NJXA 5FRNA 2P1JA 1TVRA 3AVKA 1NOZA 3K57A 1NK8A 3KTQA 4M3UA 4QAGA 2RPIA 4OPJA 3D0PA 3NGZA 2W42A 1TL1A 3VQ7A 3OYLA 2RKIA 2VWKA 4F4KA 2DFHA 2Z1HA 4BWJA 3KLIA 4KHYA 3V1RA 4O0JA 3ULDA 3RR7A 4B9LA 3AVCA 4KREA 1U04A 4FLWA 4CF9A 1S9EA 4DU3A 4CIGA 4F2RA 1Q9YA 3QINA 2VWJA 4HUEA 2Z1IA 3SV4A 1ZYQA 2BGGA 4CJLA 4OLAA 5HBMA 3HP6A 3ZT2A 1BISA 4I7FA 1BQNA 5FRMA 1RBRA 4KHNA 4CJ4A 4CGIA 1EP4A 4Z4HA 3CFOA 1A5WA 3SZ2A 2OPQA 4DFMA 2E6LA 5J2NA 4Z4CA 1HRHA 3WNHA 3ZSZA 4FCYA 1NK6A 1RTIA 4ZTJA 4O44A 3SUQA 1T03A 3PO4A 4DTJA 4DTMA 1A5VA 4YNQA 4DF4A 4M3XA 4CEEA 4KAZA 1RBVA 3A2FA 4H4MA 1X9WA 3AO2A 3G10A 1BGXT 3HM9A 5T7BA 2YNFA 1KFSA 4FJJA 3DRPA 3MEGA 4W5TA 3MEEA 3JSMA 4DMNA 4M3TA 3AV9A 1UWBA 5CYQA 2HHXA 3DOKA 3M8SA 2FBTA 1B92A 3U3YA 4N56A 3NF6A 4E1NA 4CF1A 4FJLA 3S3MA 1B9FA 5JS1A 3VA0A 4OKEA 4RW9A 2KFZA 1WLJA 4CF8A 4GW6A 3WNEA 4ZTFA 1L3UA 4IG0A 3VQ5A 3ZSXA 3DOLA 1W0HA 1BHLA 2ZQBA 3OYIA 1Q9XA 2OA8A 1F21A 1LWEA 2P51A 1FK9A 2VG7A 3HVTA 1VSIA 3OYCA 2I5JA 4CJ3A 3LWLA 4HTUA 4DU1A 2B5JA 4FYDA 1LW2A 4C8LA 3TR8A 1J54A 3LZJA 3QNOA 3RRGA 4QCLA 4FJKA 1J5OA 1LAWA 4CHPA 1QS4A 4KHUA 1J53A 1T7PA 3V6DA 4CFCA 2WONA 3V9WA 4CEOA 4M3ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWNA 2FBXA 1NKEA 4B9SA 4Q5VA 3VQ8A 3T7ZA 4CZGA 5HOOA 3O4WA 5KGWA 3RSEA 3D7EO 4IEEA 3LL3A 1T05A 3PX0A 1VSLA 3R3LA 3ATUA 5JICA 1K8AO 3ZSWA 4V19S 3ZT1A 1VSDA 3SAHA 1NWKA 4FZXC 3P38A 1C0UA 3EKSA 1ZBHA 1DTQA 4HUGA 2ETJA 2A1SA 4IOCL 4FOEA 4W5RA 4YOTA 4XEIA 1C1AA 1RBSA 1VQPN 3BZCA 1JXBA 1XQSC 3HPGA 1I3AA 4JKAA 1RILA 5LMUK 3VQCA 4DCHA 3W3DA 1J6ZA 3E9OA 4CZIA 4DV7K 5C24A 4RG8A 4E7LA 2YJFA 4JHDB 1CZBA 3V4IA 1GOBA 4DTUA 1WSJA 4CEZA 2HHQA 1J9AA 4DF8A 3AVBA 4X66K 3CYMA 1GOAA 4E1MA 2OTLN 4BE0A 3ISNC 5FLXO 4A2AA 4LH5A 3V9UA 1L3VA 2QWLA 3PY8A 5KRSA 4Y1DA 3F9MA 1X3NA 4Z94A 4GVEA 3S3NA 1CXQA 4MFBA 4DQSA 2GBZA 1NMDA 3U6FA 2NUBA 4B9MA 3FZLA 3SNNA 3QEPA 4PY5A 2UYTA 3C65A 3C7NB 3DJCA 4JKDA 1GLAG 3VQ6A 3J80O 3HXMA 2KZMA 3DLLL 3OBWA 1CLQA 3LDSA 5TKWA 4DKWA 2HHSA 3B6OA 2D0AA 3PIPL 3KWGA 4EHTA 4CJFA 3SQ4A 4DHYA 3AA2A 3WXIA 4AHRA 1U48A 1BU6O 1RTDA 4ELTA 1RTHA 4MLHA 3J7YP 3MWTA 2YX6A 3VPZA 4CIFA 3MXIA 4FJMA 3SJJA 2B6AA 3CCEN 3P4IA 3THWB 1WSIA 4CJEA 1S72N 4CGFA 3PV8A 1HNXK 3CJ9A 1QZ5A 1KXPA 4CJPA 4ILHA 3T1YK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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