3VQ4A

Fragments bound to hiv-1 integrase
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 48
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq4A00
4O44A 3RMBA 3CFPA 4B9MA 3EY1A 1RBTA 1CZBA 1FXXA 3HSTB 1BQMA 1L3VA 4CHPA 3V4IA 1RT1A 3LWLA 4M3UA 4IG3A 3QEIA 3UIQA 4FLZA 1HQEA 4DTJA 3OYJA 1LV5A 1HNVA 4CESA 1D9FA 3DLRA 1D9DA 2KZZA 2D5RA 1CZ9A 1LW0A 1VSEA 5CYMA 2HHXA 4CJFA 3WNEA 1BI4B 3MEEA 3KLEA 4EP4A 3HM9A 2YHBA 4CHOA 3V9UA 3K5LA 3PV8A 4K8ZA 2ZD1A 4E7HA 1KLNA 3PO5A 1T05A 4FK0A 2PYLA 4EZ9A 4DSFA 1C6VA 1RT2A 1FKPA 4Y1CA 1LAWA 3AVFA 5EU7A 3A2FA 3DYAA 1VSJA 4ZHRA 1NJYA 5FRMA 2XY5A 1ZBIA 3OYDA 2JGUA 1O1WA 4RW4A 3QEVA 4KTQA 4FXDA 1BCMA 3ULDA 4KHSA 1LWCA 1TGOA 1ZBFA 3CG7A 3IG1A 4WE1A 3SQ4A 1Z26A 3OYLA 5JS2A 1NKEA 3SQ1A 3ZT3A 3VA3A 4DSJA 3RMDA 4O0JA 4Z4FA 1B9FA 5FRNA 3NGIA 3LZIA 2QXFA 1JLFA 1VSDA 1J9AA 3RR7A 2HHUA 1N5YA 3K57A 4OKJA 4CHNA 1L3UA 4F2SA 1JLQA 3VQ9A 3SPZA 1JLCA 1J53A 1IG9A 1RT6A 4LH5A 2FC0A 3SV3A 4DFPA 4CEOA 5J2MA 2D0AA 3NBPA 2JLEA 3PUFA 3VQPA 4CJRA 4DS5A 3S9HA 1BL3A 3VQCA 1XHZA 1RDAA 4I2PA 4CJLA 4W5TA 4DTRA 1Q9XA 1BQNA 1MU2A 1TKXA 3KK2A 3QESA 2IDOA 5FDLA 3M8RA 4DFMA 2Y1JA 4IKFA 4KHQA 2HHVA 1RTJA 1WSEA 4IFVA 3NGZA 3WNHA 1JKHA 1RT7A 3U6FA 1L3SA 3NF9A 4HUEA 2DFHA 2PY5A 4DTXA 1SV5A 3KKSA 2A1RA 4KI4A 4CJWA 1NOZA 3VQDA 4DF4A 1YTUA 1X1PA 3PX0A 4NCGA 1EXQA 5K14A 4BWJA 3RMCA 5CZ2A 2KQ2A 5C25A 3SUQA 3HP9A 4W5QA 4FM2A 5DK5A 5HRNA 3HPHA 3ZSZA 3L8BA 4PWDA 4CEBA 1XI1A 3DRPA 1L3TA 1TK5A 1Y97A 3V9SA 4CEAA 4DQRA 5T7BA 3LP1A 1W0HA 4FCYA 3QEPA 4OKKA 1VK0A 4RW6A 3ZT4A 3KLGA 3AVCA 5J1EA 2RPIA 1HQUA 1NK8A 1NK0A 1LAVA 4KB0A 4PY5A 3CM6A 4G1QA 4C8OA 2DY4A 4ZTFA 3C6TA 1QSYA 3ZSQA 4YNQA 3KD1E 3LANA 4N41A 4QOZB 3P83D 4CGGA 3LALA 2HNZA 1CXUA 3LWMA 3MXIA 4BDPA 4DTMA 4J2EA 2P5GA 1LWFA 4OGCA 1S6QA 4JLHA 3I0SA 1ASWA 1C1BA 3ISNC 2HVHA 3LDSA 1L5UA 1C0MA 4FZYA 2BDPA 4Y1DA 4AHUA 4KHYA 4KTWA 3VQ6A 5SWMA 4CE9A 4DLGA 3VQEA 4I9LA 4KFBA 4E1MA 4DSEA 3RMAA 2G8IA 3AA3A 2ETJA 1KVCA 3E01A 4DFKA 1VSMA 5HBMA 1TKTA 2B4JA 1S1TA 4DG1A 4JS5A 1R0AA 1RT3A 5SZTA 4FW1A 3TAPA 4E0DA 5JS1A 1QHTA 4CK1A 1JLBA 1IKWA 3L2RA 1SKRA 3QEWA 3QETA 4FZZA 4PA1A 1N6QA 4CJVA 2FBVA 1C0TA 3CYMA 3EYZA 4FJIA 3MXJA 3OYMA 1EETA 4C8KA 1BISA 3TAEA 3MECA 4CJEA 3TI0A 1S1XA 3SPYA 4B8CA 3NDKA 3THVA 1RCHA 3AVNA 1HMVA 4DFJA 2HMIA 4CHYA 2OPRA 4FVMA 3DI6A 1SKWA 3P1GA 2PYJA 1BCOA 1CXQA 3NF7A 1S1VA 1BHLA 3NF8A 4CJ5A 3MAQA 1ITGA 1X9SA 2OA8A 2WOMA 3OYNA 1NJZA 3NH2A 1W9HA 3HPOA 3KKRA 1DTQA 1ZBUA 3AVHA 3NF6A 1HPZA 4IDKA 3HT3A 4DTNA 3KTQA 3CM5A 3V9WA 3DLHA 2DTUA 1C1AA 2VG7A 4CIEA 1XHXA 3C94A 4CGIA 5HP1A 1ZYQA 3SQ0A 1BI4A 2KFZA 2FBYA 3HVTA 1U47A 4J2DA 1S5JA 3ITHA 4E7LA 1JXBA 2P51A 2VWJA 4BE1A 1Q8IA 3DMJA 2EX3A 4Z4EA 2BGGA 5KRSA 1HJRA 1RBVA 1UAXA 3L2WA 2B5JA 4LSLA 1KSPA 3KD5E 3K2PA 4CEDA 3AVIA 3OS2A 1QE1A 3QIPA 2X78A 5KTQA 2G8KA 3I0RA 1WLJA 3LPTA 4AHTA 4BDYA 4FLVA 4BE0A 4CF2A 3T1AA 4F8RA 1D5AA 4KHUA 1VSLA 4H4OA 4FJGA 3ZSRA 4OPKA 3OY9A 4CFAA 2G8UA 2ZQBA 4Z0UA 4MFBA 4C8MA 3L2UA 4CJTA 4CGFA 4K8XA 1WAFA 1DLOA 4W5NA 4H8KA 3OYEA 1S6PA 3VN5A 4DSKA 4FJ5A 2GV9A 4M45A 4FM0A 2VG6A 3VA0A 3OS0A 3OJSA 4CIGA 1SKSA 3M8SA 1D8YA 1KVAA 2Y1IA 4HVJA 3AVBA 5HROA 1FKOA 3H08A 3SCXA 3QLHA 3DLKA 1YVUA 3B6PA 2E4LA 3AVGA 1KFSA 4GVMA 4W5OA 4ICLA 2PZSA 1HYZA 1KRPA 5HLFA 1T7PA 4FW2A 1VRTA 3BGRA 3VQ5A 1C1CA 3ZSXA 4TSXA 1GOAA 3OYGA 3NGYA 3KLHA 4DS4A 2YKMA 4CJ3A 2XHBA 2IS3A 3NFAA 1HYVA 1NOYA 3NAEA 1S1WA 4NYFA 4DQIA 5DMRA 1QS4A 4KKOA 1Z25A 1REVA 1A5XA 4LD0A 1IKVA 1WAJA 5HRPA 2YKNA 1ASUA 3SUOA 4KB1A 3O4NA 2O4GA 3VQAA 3K5OA 3M8PA 2W42A 4Z4GA 1FK9A 4B9TA 3ZT0A 1RNHA 2FBXA 1B92A 1EKEA 4KO0A 2AJQA 3KJVA 3TARA 2YNFA 4HHTA 3RRHA 2OZMA 2EHGA 4MQ3A 3OVNA 2QKKA 4N5SA 2OYQA 4M42A 3LAKA 1S1UA 3QNOA 1VRUA 1X9WA 4PQUA 2HW3A 1Q9YA 4CIFA 4E19A 3IAYA 4QCLA 3DOKA 2KTQA 5J2NA 3LZJA 4FK2A 4DTSA 1U45A 1F21A 4W5RA 3V1QA 4CGHA 4ELTA 3AV9A 4RW9A 3WNGA 2WONA 2Z1HA 4M3TA 5FROA 2GUIA 3AA2A 4CHZA 1T8EA 3TANA 1WSHA 1A5VA 4AHSA 4N76A 4OLBA 4CK2A 2P5OA 3U3GA 3VQ7A 3V9XA 4BE2A 5J2QA 4DQSA 3L3VA 3O3HA 4XIUA 4B08A 3LP2A 4IFYA 4CEZA 3NE6A 3V9ZA 3HXMA 1NK9A 4I2QA 4KI6A 1TK8A 3S3OA 4KRFA 2XRIA 2Z1JA 4AH9A 3T3FA 3RR8A 3AVLA 3ZSVA 4CGDA 4NYNA 2NUBA 3V6DA 1RBSA 4O55A 4PUOA 2KW4A 4Q5VA 4E7IA 4CJ4A 3KK1A 3QINA 2IGIA 3OYAA 1WSJA 2BANA 2G8VA 2X6NA 4ID5A 4FJJA 4B9LA 4KHWA 2OPPA 3KLIA 5HRRA 4B9NA 1WSFA 3OS1A 3HO1A 4IG0A 3RRGA 2VWKA 1J5OA 1IO2A 5C42A 4OPJA 3AVJA 2ZE2A 1G15A 1K6YA 3NH0A 1TK0A 3RTVA 3OYIA 4B9UA 3DLGA 4DMNA 2HHWA 3AVKA 4FJNA 3VQ8A 3OYBA 2P1JA 4DF8A 4CFBA 3ZSOA 1TAUA 2FBTA 4O4GA 4FYDA 3OYKA 4B9VA 3HL8A 4CEQA 1ASVA 1KCFA 3AVAA 3SV4A 1QSSA 4FJXA 2HHSA 1TKDA 3L2QA 3SNNA 4FJKA 1RTDA 3VQBA 5C24A 2I5JA 3RWUA 2IOCA 1NK6A 4ZTJA 2GBZA 4CJPA 4C8LA 4Z4CA 4I7FA 3DLBA 2VG5A 4LH4A 5KI6A 1I39A 4DU1A 3DRRA 4IBNA 3T19A 1ZBHA 4Z4HA 4RW8A 3F9KA 1RDBA 4FZXC 4CGJA 4OKEA 4AILC 4CEFA 4DU3A 4NCAA 2BE2A 1JLEA 2RF2A 1SUQA 1RILA 1IKXA 3TR8A 3AVMA 4R5PA 4DWIA 4O5BA 1YTAA 3LAMA 2RKIA 3K58A 4FLYA 3ASMA 4E3SA 2G8FA 3HVRA 2DFFA 2OPQA 3TWHA 2HB5A 3L3UA 3NHGA 1RBRA 4AHCA 4FJLA 1S9EA 4QAGA 4ELUA 1KTQA 3U3YA 4FLUA 3PX4A 2XY8A 1RTHA 1UOCA 4CJKA 4KV8A 3OJUA 4DLEA 1NK7A 1XWLA 1SL1A 3O3FA 3OYFA 1IH7A 1HNIA 4H4MA 1X9MA 1RDDA 4DU4A 2OPSA 4BWMA 2DFEA 4DTPA 1VSIA 3TAMA 1A5WA 3SUNA 3LPUA 1I3AA 3P5JA 2YNIA 3IS9A 4HTUA 3L2VA 3HJFA 5I3UA 4B3OA 2HHQA 1KLMA 1XC9A 3VQQA 4KAZA 2ITGA 2XY7A 3AO1A 3JSMA 3B6OA 4OGEA 4F3OA 4GW6A 3MXMA 4DSIA 4KREA 1EX4A 4RW7A 4CECA 4E89A 4CF1A 2A1SA 5D3GA 4AHRA 1HYSA 3QEXA 3AO4A 4HCBA 1U49A 1B9DA 1WSGA 3AO5A 4BACA 1NKBA 2KZMA 3QNNA 4FJMA 1U04A 2OZSA 1S9GA 4CFDA 1NJXA 3WNFA 4CJQA 3ZSYA 3KK3A 4NCBA 2YV0X 3TABA 1T03A 4FJHA 3VQ4A 4BDZA 1NJWA 2YNGA 3C6UA 3PX6A 2YHAA 3QIOA 4F4KA 4DTOA 1BIZA 1JLAA 2LSNA 1RDCA 1RBUA 3CQ8A 4CJUA 4OJRA 4JS4A 4E7KA 4F2RA 4L8RB 2HVIA 1GOCA 3CFOA 4UQGA 4KPYA 1NK4A 2F8SA 4JRQA 1TAQA 3DRSA 4CK3A 4J2AA 4F3TA 3LP0A 2E6MA 3MEDA 4M3WA 1SL0A 2HHTA 2G8WA 2RN2A 3AA5X 3SZ2A 1KFDA 1JLGA 1VSHA 4M3RA 4YFUA 3KLFA 4Q0BA 1BIUA 3OYCA 3HPGA 4OVLA 5KGWA 1VSKA 2Z1GA 4O0IA 4CJSA 3G0ZA 3SYZA 4CF8A 5CYQA 1BGXT 1J54A 4HUFA 3C95A 1HRHA 4KTZA 1UWBA 3NH1A 4DTUA 5CZ1A 3D45A 3AO3A 4M3XA 2ATQA 4B8AB 3ZCMA 3HYFA 3SI6A 1U4BA 2QKBA 3BDPA 2XO7A 1RT4A 3O4QA 3F73A 1NKCA 3LP3A 1SL2A 3TAQA 3DLEA 4OLAA 3SJJA 3D0PA 1UA0A 3HK2A 3M8QA 3S3MA 2E6LA 3O3GA 2KFNA 2D0BA 3G10A 3PY8A 4M3YA 4N47A 1LWEA 1JL2A 1NK5A 1KVBA 4JRPA 5HRSA 3AO2A 2HNDA 1JL1A 4CEEA 4FLTA 3V1OA 4CFCA 3SUPA 4FJ7A 4FJ9A 5I42A 1U48A 2Q3SA 1TL1A 3ZT2A 4LY7A 1QSLA 4FK4A 4CF0A 4FLWA 3HP6A 1ZBLA 2B6AA 3EZ5A 4E1NA 2O4IA 4CERA 1QTMA 1UA1A 1CLQA 3ALYA 3OYHA 2D0CA 4M3ZA 3V81A 1JXEA 4ID1A 4C8NA 3DOLA 3QO9A 1GOBA 1EP4A 2IC3A 4FJ8A 3MEGA 3TAGA 4LSNA 5KGXA 3SQ2A 3K5MA 2HNYA 3FFIA 2IAJA 3PO4A 4FLXA 4CCHA 4Z4IA 4CF9A 4KHNA 1QQCA 2X6SA 4B9SA 3CFRA 4EZ6A 1WN7A 5J2PA 3V1RA 4CHQA 5E41A 3QERA 2YNHA 4J2BA 1C0UA 4RG8A 1TL3A 3NCIA 1WNSA 1IKYA 1DTTA 4AHVA 3KIOA 4E7JA 4GMJB 3I8DA 4N56A 5KRTA 4DQPA 4FM1A 1TV6A 2Z1IA 4M41A 4HCCA 2X74A 1LW2A 4ELVA 1RT5A 5CY4A 3K5NA 3DM2A 2F96A 1YT3A 3ZSWA 2F8TA 3K59A 4DQQA 3TAFA 1TKZA 4EP5A 3IRXA 1RTIA 2XY6A 4DSLA 2QK9A 3S3NA 2G8HA 1VSFA 3ZT1A 3AA4A 4I9QA 1WSIA 1TVRA 2R7YA 3JYTA 4HUGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LMUK 4O44A 4B9MA 1BQMA 1BUPA 1L3VA 1NBWA 2VQFK 3QEIA 1HQEA 1D9DA 1LW0A 3VERA 3WNEA 3BUZB 1BI4B 3V9UA 2QWLA 2ZD1A 4E7HA 4FK0A 1LAWA 3AVFA 2P9NA 1NJYA 4ZHRA 5FRMA 4RW4A 5LL6Z 3ULDA 4Q0BA 3IG1A 3CG7A 3RRGA 4JKEA 1NGJA 4PL8A 3ZT3A 4BY9C 4BC3A 1B9FA 3FGUA 3LZIA 4JI7K 3RR7A 2GTDA 1NNEA 1YVNA 3ULEB 4ISEA 3VQ9A 3SPZA 1JLCA 1HJOA 5I9EB 4IOCL 3S9HA 2JLEA 4CJRA 3AY9A 4CJLA 4DTRA 1BQNA 2P9LA 3MN7A 3M8RA 4CBWA 1WSEA 4IFVA 1T6DA 3MCAB 3TU5A 2PY5A 3FE1A 1N8RO 5AQXA 3O1WA 1TYQB 1DKGD 3R3LA 5CZ2A 5C2DA 3SUQA 4DV3K 3L8BA 3ZSZA 4CEBA 2O8EB 3AAPA 4CEAA 3WEEB 3LP1A 3QEPA 1SS6A 1VQLN 1VK0A 4M7YA 4RW6A 3KLGA 1NK8A 4PY5A 1HUXA 2CH6A 2DY4A 4GV3A 3KD1E 2A40A 5GIOA 4JI6K 4QOZB 1GLLO 1CXUA 3MXIA 4BDPA 1S6QA 4JLHA 3I0SA 2O8BB 2NRXA 2DPNA 2HVHA 4KHYA 4KTWA 1ATSA 3VQEA 4E1MA 5E26A 5M1FA 3E01A 5HBMA 2HSTA 3TSPA 3LDQA 1Q82O 4FW1A 1P90A 3TAPA 2F4VK 1XMQK 1JLBA 1IKWA 3WXJA 4FZZA 2P9KA 1C0TA 5JVHL 3AARA 3SAFA 3OYMA 4B1UB 1VHXA 3D2EB 4H0OA 4K25A 4CJEA 2ASPA 2D4WA 3SPYA 4DFJA 4PHTX 3CMEN 2J4RA 1MDUB 4KRFA 1BCOA 1CXQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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