3VQ4A

Fragments bound to hiv-1 integrase
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 48
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq4A00
3O4QA 3QEVA 3I0RA 1NOZA 3NF7A 3OS2A 2IGIA 3MXMA 4CFBA 3S9HA 3LPUA 1TGOA 3D0PA 4CF0A 1VSHA 1A5WA 3VQBA 3WNGA 4KTZA 4KHUA 3L3UA 4IG0A 2HHTA 4CEQA 3LDSA 4ZTJA 2FBVA 3NDKA 1X9MA 2QKKA 1RT3A 3ZSVA 4FW1A 1J53A 3SQ2A 5J2MA 3SV3A 2ETJA 1EX4A 1I39A 1TKZA 4AH9A 3L2QA 4B9TA 1D8YA 1S1WA 1U45A 2OZSA 1GOAA 1RBRA 2YKMA 1HYSA 1S5JA 1SKSA 3PX6A 1HQUA 2Z1JA 5JS2A 2LSNA 1DTTA 4RW4A 1YTAA 3OYKA 3K5MA 5J2NA 5SZTA 4LSLA 4B08A 2OYQA 4FXDA 1A5XA 3OYMA 1D9FA 1HQEA 5DK5A 1DTQA 2RF2A 3VQ6A 3VQ9A 5J2PA 1KRPA 4DSLA 5KTQA 1I3AA 3AA3A 2PZSA 4CHYA 2BDPA 5HROA 3WNHA 5KRSA 4Z0UA 2PY5A 3MEDA 2KFNA 3D45A 1S6PA 4CK3A 1G15A 1NJZA 1F21A 2Y1IA 3IG1A 4HUEA 4CHPA 3MECA 1REVA 4DTXA 4Z4IA 4CERA 2HHUA 4FJJA 1YT3A 3L2RA 3C95A 2FBTA 1RBUA 5HRNA 3EY1A 1UA1A 4L8RB 4WE1A 2W42A 3ZT0A 3HXMA 4PY5A 3LAKA 4CJPA 3HVTA 3UIQA 4RW7A 1QHTA 3O3HA 4CJKA 2KTQA 3IAYA 4FLTA 3TARA 2NUBA 3KLEA 1LAWA 3AVGA 2OPSA 4Q5VA 1JKHA 2X74A 4JLHA 4MFBA 3SZ2A 1IKVA 4CK1A 3ZT4A 3TAPA 1KFSA 4DG1A 3IS9A 4DTSA 3TAQA 1L5UA 1RDBA 4BE2A 1TV6A 4KTWA 2G8VA 4CK2A 3KD1E 4KPYA 4CFDA 2ZE2A 4BDYA 1TVRA 3SUQA 2D0BA 1C0MA 4CJFA 4DS5A 3NHGA 1B9FA 1WSEA 4EP4A 4W5TA 4DQQA 1U47A 1VSJA 3AVHA 4DU3A 4BWJA 2ZD1A 3JSMA 4CF2A 3AVCA 1Z26A 3OYFA 3FFIA 3SJJA 1S1TA 1TKTA 2XHBA 4BE1A 4KO0A 1XHZA 3AVIA 3DRRA 2EX3A 3CFPA 4Z4EA 1JLEA 1BIZA 1WLJA 2KQ2A 3LP2A 3OYHA 1LW2A 4DTPA 1LV5A 1JLBA 1VSFA 4JRPA 4DLEA 1IH7A 3F73A 3AVKA 3SPZA 3U3YA 4CIFA 2A1SA 5D3GA 4I9LA 2VWKA 3TWHA 2DFEA 2ATQA 3V4IA 2BGGA 3AVAA 4CEOA 3KK1A 3C6TA 1WNSA 3NAEA 3ZCMA 4M3RA 4B9LA 2KZMA 1BQMA 4E7HA 4N47A 1KVAA 4FM2A 3VQDA 1L3VA 1WSGA 2P51A 4HCBA 4CJEA 4DF4A 1EETA 4K8ZA 4HUFA 4CCHA 3L3VA 1KVCA 4B9VA 4OKEA 3CFOA 2G8WA 3NH2A 3M8PA 3DLGA 2OPQA 5I42A 1NKEA 4B9UA 3AV9A 4DQRA 4C8OA 4N76A 1LW0A 4CJSA 2FBYA 3BDPA 3SQ4A 1U4BA 4CEFA 2HMIA 1SL1A 4IG3A 1BI4B 3DYAA 3VN5A 1UOCA 4KKOA 1TL1A 3QERA 4J2EA 1KCFA 1VRUA 4CGDA 5CZ2A 4AHRA 2OPRA 4HUGA 4DFJA 4F2RA 1J54A 3MEEA 2Q3SA 1HNIA 4ELVA 3ZSXA 4NCAA 2XRIA 4CIEA 3K5NA 3LP3A 3SQ1A 4M3TA 1K6YA 3SPYA 3TAGA 3KD5E 4M42A 3SUNA 4RW9A 1L3TA 1VRTA 3C6UA 4N41A 4QOZB 3QNOA 4C8LA 4Z4HA 4OPKA 3THVA 2F96A 2GV9A 1XC9A 1RBVA 3VQCA 1ZBIA 4KRFA 2HHXA 4DSIA 4O5BA 1N6QA 4OPJA 4XIUA 2X6NA 4ZTFA 2D0CA 5HP1A 3QEIA 3NH1A 2XY5A 4ZHRA 2PYLA 3RWUA 4LH5A 4CF9A 1S6QA 1QQCA 3WNFA 4KV8A 3RRHA 2HNYA 4NCGA 1Q9YA 4PWDA 3V6DA 2QXFA 2O4IA 1Q8IA 5CY4A 4KI6A 4FZYA 1RTHA 3U3GA 3LZIA 4W5NA 4J2AA 4E7JA 3V9ZA 3RTVA 3HVRA 3OS0A 3OYAA 3JYTA 3DRSA 4CJ4A 3LP0A 1B92A 3SQ0A 4BWMA 5C25A 2VWJA 1NJWA 1RT6A 2G8UA 2VG7A 3KTQA 3KLIA 4OKJA 5J1EA 1RT5A 3SYZA 4BDZA 3M8QA 4M45A 1RILA 3AVJA 1ASVA 1GOBA 4LY7A 1QSYA 3V1QA 4DLGA 3AA5X 3VQ5A 4KHQA 1RT1A 4AHTA 4CJWA 3PY8A 1T03A 3DLBA 1C0UA 1HPZA 5HRSA 4FJIA 3HPHA 4CFCA 2AJQA 4NYNA 3RMAA 5SWMA 3K5LA 4GMJB 2E4LA 4QAGA 3EYZA 2KFZA 4AHSA 4CEZA 4F3TA 3NGIA 1EP4A 1FXXA 2R7YA 3HYFA 2HVHA 1NK6A 1UAXA 3OYNA 1WAFA 1NK7A 1RNHA 5DMRA 1RTIA 4CHNA 4J2BA 3KLFA 4QCLA 3L2WA 3L2VA 3NF9A 3P1GA 1QTMA 2YKNA 3KKSA 4C8MA 4E1MA 3HT3A 3C94A 2G8HA 1T05A 3ZSWA 4CJRA 1Z25A 4CFAA 2QK9A 1Y97A 3HJFA 1ITGA 3CM5A 3MEGA 3O3GA 3OYLA 1JLGA 1S1XA 5FRMA 3OS1A 3ZSRA 1BIUA 4AHCA 5KRTA 4KB0A 2XY8A 1HYVA 3AA4A 4CF1A 3TANA 2PYJA 4Y1DA 3TAMA 4DMNA 1TK8A 4Y1CA 5J2QA 3V9SA 1RDDA 4CIGA 3NGYA 1D5AA 4OGEA 4FLZA 1NK8A 4E89A 4DSKA 4ELUA 3OYGA 1CZ9A 3P5JA 4E7KA 1QSLA 1WSHA 3T19A 4CJUA 4KI4A 4K8XA 4FM1A 3QNNA 1SKWA 5CYQA 3I0SA 4EZ6A 1CXQA 1LWFA 5C24A 3VQ8A 3VQEA 1EXQA 4CEEA 1TAUA 4RW8A 1T8EA 3DI6A 4CGFA 1C6VA 3NF8A 2JLEA 3ALYA 3U6FA 3OYCA 4DS4A 1L3UA 3OVNA 3V1RA 4OLAA 1QSSA 1XWLA 2Z1HA 3ISNC 1RT7A 4B9NA 4W5RA 3HM9A 4DWIA 1SV5A 2WOMA 4CJ3A 1BGXT 2FBXA 5CZ1A 4DTJA 1J5OA 3DLHA 3PO4A 1C1CA 1WSJA 2I5JA 4DTNA 2X6SA 4DQIA 3HO1A 2P5OA 4FCYA 5HRPA 4ELTA 1WSFA 3PX0A 2P1JA 2YNGA 1FKPA 3DLKA 4M3ZA 1X1PA 3KLHA 3AO2A 4PA1A 3OY9A 3SNNA 1DLOA 3ZSYA 4HCCA 1VSMA 3QEWA 4O55A 1IKXA 1CXUA 1VSKA 3NCIA 3K57A 3PX4A 2F8SA 2XO7A 4CEAA 3LAMA 4H4OA 4E7LA 1RBSA 1KFDA 2FC0A 4RG8A 4CGJA 2DFFA 2G8FA 1FK9A 4FJKA 2G8IA 4FJHA 3B6OA 3RMBA 3QO9A 4Z4GA 2HW3A 2Z1IA 4PUOA 4BACA 4KREA 1O1WA 1BHLA 2HHSA 4JS5A 5T7BA 4FJXA 4AHVA 3NBPA 2B5JA 1NJXA 4E1NA 3CG7A 4FJGA 1RDAA 3M8SA 3RMCA 4EP5A 1WN7A 3VQQA 2F8TA 2B6AA 3ULDA 4HTUA 1BL3A 4CF8A 1QE1A 1EKEA 1XI1A 2HB5A 3AVLA 1JXEA 4DTMA 3V81A 1JL1A 1SL0A 2WONA 2YNFA 4OJRA 4KHSA 4FJMA 4CJVA 4DFKA 1KVBA 3OYIA 3RMDA 4CGGA 1TL3A 3LANA 4HVJA 4RW6A 3KKRA 3T1AA 3CFRA 1RCHA 1XHXA 4W5OA 1C1BA 5KGXA 3L2UA 2OPPA 3DLRA 4FLYA 5C42A 4DTOA 4H4MA 3SV4A 2IOCA 4FJNA 1X9WA 2IAJA 4KHWA 4E19A 2HHVA 5JS1A 1NK5A 1A5VA 4CE9A 1ZBUA 1BCOA 3VA0A 4E7IA 5I3UA 1ASWA 3G0ZA 4I2QA 4UQGA 4I7FA 4MQ3A 1ASUA 4N5SA 4KHYA 1U49A 3PUFA 2VG5A 3AO5A 4I2PA 3TABA 4FK0A 2JGUA 2RPIA 2IS3A 3CQ8A 4DFMA 4O4GA 1L3SA 1VSLA 4FK4A 4O0IA 3SI6A 4B9SA 2HNZA 2YHAA 4O44A 4IBNA 4FVMA 3HP9A 3ZT1A 4W5QA 4BE0A 3G10A 1YTUA 3CYMA 2RN2A 3LPTA 3E01A 1U04A 4H8KA 1NK0A 1HMVA 3ZSQA 4B8AB 3VQAA 4DSJA 5E41A 5KI6A 3O3FA 3HL8A 1JXBA 1RBTA 1NKCA 1RT2A 1BQNA 5K14A 3DRPA 3QIPA 3ZT2A 3K59A 4F3OA 3VQ4A 1BI4A 2EHGA 3S3NA 1VSDA 2D0AA 4N56A 1IKYA 2X78A 3HPOA 3V9WA 4EZ9A 2DTUA 3KIOA 3P83D 4CGIA 2OA8A 1SKRA 1BCMA 3QIOA 4LD0A 2DFHA 4YNQA 1S1UA 1UA0A 3K2PA 1FKOA 4CJTA 3OYJA 4GVMA 3MAQA 4JRQA 3S3MA 2RKIA 3HPGA 3ZT3A 2DY4A 1TKDA 1S1VA 1HNVA 1U48A 4KAZA 3CM6A 4FJ5A 4DSFA 4DTRA 1WAJA 3MXIA 3NF6A 1SUQA 4LH4A 4O0JA 1CZBA 3LZJA 1NKBA 2ZQBA 1NK9A 4FK2A 3HK2A 1JLFA 4PQUA 4CHQA 3O4NA 4DQPA 4YFUA 3OJSA 4CHOA 4B8CA 3DOLA 1YVUA 2VG6A 1TKXA 3AO3A 3NGZA 3QETA 4ID1A 3PV8A 2KW4A 4DTUA 1IKWA 3SCXA 3AO1A 3A2FA 2A1RA 3AVNA 3HP6A 1NOYA 1S9GA 1KSPA 4IFVA 4FM0A 1IG9A 3F9KA 1N5YA 3QESA 3RR8A 1TK0A 5HLFA 3AO4A 3S3OA 1RDCA 4JS4A 4C8KA 1LAVA 2BANA 1LWCA 1SL2A 4TSXA 3H08A 4FJ9A 4M3XA 4FYDA 3PO5A 4OLBA 4M3YA 4DFPA 1D9DA 1W9HA 2O4GA 3AVMA 2D5RA 3NFAA 3OYDA 3V1OA 1CLQA 1W0HA 1TAQA 4CEBA 1ZYQA 3AVBA 1ZBHA 3VQ7A 4CJLA 3QEXA 1J9AA 2IDOA 4DU1A 1Q9XA 1RTJA 4R5PA 1JLQA 1RT4A 4FLWA 3MXJA 4CJQA 4FW2A 4IKFA 1UWBA 1MU2A 2HVIA 3V9XA 1ZBFA 1HYZA 3ZSZA 4CJ5A 4CEDA 3NH0A 3M8RA 2ITGA 1X9SA 1KLNA 4B3OA 2YV0X 1BISA 1RTDA 3KJVA 3TAFA 3EZ5A 1R0AA 4NCBA 1HRHA 4KFBA 3LALA 4E3SA 3TI0A 2P5GA 3SUOA 1LWEA 1NK4A 2G8KA 3T3FA 4FZZA 1C0TA 4OGCA 2E6MA 4F4KA 2IC3A 1ZBLA 4M3UA 3HSTB 3OJUA 5HRRA 3DMJA 4I9QA 2XY7A 3LWLA 3LWMA 2OZMA 3WNEA 4F2SA 2KZZA 3K5OA 4BDPA 4IDKA 1C1AA 1B9DA 4FJ7A 4ICLA 3OYEA 3VA3A 2YHBA 3QLHA 4Q0BA 4DU4A 3KK2A 1IO2A 4OKKA 3VQPA 3NE6A 2GUIA 4AHUA 4KB1A 3RR7A 3TAEA 2QKBA 3I8DA 4DSEA 5CYMA 4B9MA 1WSIA 4C8NA 4FLUA 1KLMA 4FZXC 2E6LA 1TK5A 2HHQA 3SUPA 3LP1A 4AILC 4CGHA 4KTQA 4M3WA 3K58A 3BGRA 4Z4FA 3KLGA 4LSNA 1VSEA 1S9EA 4IFYA 4M41A 3DOKA 5HBMA 2HHWA 4DF8A 4Z4CA 3AA2A 3DLEA 1VSIA 4G1QA 1QS4A 4E0DA 3RRGA 4FLXA 1HJRA 1JLCA 5KGWA 3L8BA 1KTQA 2Y1JA 2YNIA 4NYFA 4F8RA 4GW6A 3IRXA 3ZSOA 4HHTA 3TR8A 3B6PA 1T7PA 4CHZA 3KK3A 4CESA 4FJ8A 1GOCA 1VK0A 2YNHA 3AVFA 5EU7A 3OYBA 4J2DA 5FRNA 2B4JA 4ID5A 4KHNA 4CECA 3QEPA 5FROA 3DM2A 2Z1GA 1JLAA 2XY6A 4FJLA 4OVLA 5FDLA 3ASMA 1JL2A 2HNDA 3ITHA 4DQSA 2BE2A 1NJYA 4FLVA 3V9UA 3QINA 2GBZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O4QA 3BF1A 3QEVA 3R9PA 4ILJA 3NF7A 3D2FA 2BH1A 4CF0A 3WEEB 4L3QA 4JI1K 3VQBA 3WNGA 3VGMA 3BF3A 3L3UA 2HHTA 4YOTA 1ZC6A 4CEQA 2QKKA 3OBWA 2O8EA 1J53A 1V4TA 1D8YA 2OZSA 1S5JA 3PX6A 1XNQK 1HQUA 2Q1NA 3AGRA 1DTTA 1YTAA 3K5MA 2OYQA 4C1NI 1DTQA 5GAEP 4WQ5A 5J2PA 4FPBA 2P9UB 4BR2A 2GWJA 1OH6A 2PZSA 5HROA 4IZ9A 2PY5A 3MEDA 4XEIA 1OVQA 2KFNA 4CI6A 4LF7K 2WUSA 4GKKK 3FZMA 1F21A 5IT9O 3ID6A 1D4XA 4JKFA 4CHPA 4Z4IA 2YJFA 1X9JA 1YT3A 2FBTA 4JV5K 1RBUA 1UA1A 1R59O 3ZT0A 2O8FA 3C6AA 1QHTA 5CE3A 1ESVA 1LAWA 3AVGA 3J8AA 4J8FA 2X74A 3ENBA 1RDBA 1TV6A 3KD1E 3SUQA 4CJFA 4DS5A 3NVMA 2Q36A 4YDUC 3JSMA 3AVCA 1Z26A 1GLDG 3TU5A 3OYFA 1S1TA 4BE1A 1ZXOA 1NGIA 2VCPA 3FZLA 1TYQB 1JLEA 2KQ2A 3QFPA 5CHIA 1LW2A 3E66A 3PSIA 3AVKA 4DR7K 2A1SA 1NJIO 2VWKA 3SLCA 2ATQA 4CEOA 3ATUA 1WBBA 2QWLA 4B9LA 1N34K 3SMPA 2P51A 2FXUA 4HUFA 2VGMA 4B1WB 3L3VA 4B9VA 4OKEA 3CFOA 4B9UA 5LMNK 2OPQA 5F2RA 1LW0A 1U4BA 1SL1A 4IG3A 3DYAA 1TL1A 1MWMA 4LC9B 3LDLA 3EE8A 4CGDA 4F2RA 2OPRA 1J54A 3MEEA 3R3LA 3ZSXA 4NCAA 3ZX3A 3GG4A 3LP3A 2FSJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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