3VQ4A

Fragments bound to hiv-1 integrase
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 48
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq4A00
1TKTA 5FROA 3DLBA 4FJ8A 1WAFA 2YNGA 1N5YA 2OPQA 1W0HA 2XY8A 3OYNA 3IG1A 4CGIA 1VSHA 3QIOA 3NAEA 3CQ8A 1U4BA 5J2MA 3LAKA 1RT6A 2A1RA 1NJZA 3RMCA 4OPKA 4F4KA 4PY5A 3G0ZA 3VQ6A 4DTJA 2RN2A 3NDKA 4JRPA 4KFBA 3VQDA 3OYMA 3NE6A 3ITHA 1RTDA 1YT3A 4B9NA 4KB1A 2QKBA 1RT2A 2KZMA 1ZBUA 3NH2A 2FBVA 3H08A 3M8QA 1T03A 5FRNA 1LWFA 3B6OA 4CFCA 4RG8A 1BCMA 3LZIA 1R0AA 4FM2A 2IAJA 3ZCMA 3RRHA 4DTPA 4W5RA 4OLBA 3VQ7A 2XO7A 5KGWA 4CF0A 3SJJA 1C6VA 3DLEA 2HW3A 4BE2A 3C6TA 3C95A 4RW9A 5CY4A 5DK5A 1HYSA 2Z1IA 3D0PA 3WNHA 1HQUA 4KHSA 1FXXA 1IH7A 1LWEA 3MEGA 3P83D 4HUFA 3IRXA 2PZSA 1JXBA 1REVA 1TK5A 1Q9XA 2G8FA 3HO1A 1B9FA 4CF1A 2VG7A 4LD0A 1ZYQA 1NK8A 4KHNA 2R7YA 4FLZA 4DG1A 4BACA 1ZBFA 3AVGA 4DQQA 1KCFA 4ID5A 4CGHA 4PUOA 4IFYA 4AHCA 5KRSA 1DLOA 3OYFA 3OYHA 4DFJA 1Z25A 1RCHA 3V1QA 2XY7A 1NK9A 1VRUA 2EHGA 3MECA 3ALYA 3O3HA 3EYZA 4DQRA 1A5VA 1KLMA 1XHXA 1SL0A 3HM9A 1A5XA 1NKEA 4KTWA 3AVNA 4Y1CA 3LWMA 2G8IA 1T05A 3WNGA 1RT1A 3VQPA 1YTAA 4KV8A 3AVFA 3CFRA 2B4JA 3V6DA 4K8XA 4AHSA 1VSEA 4B08A 1QS4A 4CJ4A 2BGGA 2P1JA 5CYQA 4XIUA 1GOCA 4DS4A 4NYFA 3A2FA 2X78A 3WNEA 4W5OA 1ASVA 1VSLA 4CIEA 4LSNA 5C24A 4DMNA 1Q8IA 3OYAA 4DTRA 4Z0UA 1YTUA 2HHUA 4E0DA 4CK3A 2HHWA 3SYZA 3G10A 2EX3A 2YKNA 3AO1A 4KO0A 4CECA 2VWJA 3O4QA 1FKOA 3MAQA 4B9UA 3LALA 4O55A 1NK7A 3TAQA 5DMRA 5C25A 1ASUA 3M8PA 4AHRA 1WSJA 4HUGA 1QSLA 2XRIA 1K6YA 3KK3A 3ZSVA 3TAMA 4C8NA 4CJRA 4CGFA 4CGGA 4F3TA 1TKDA 1S1TA 3NHGA 4M45A 1RTHA 3L2WA 3AV9A 4DU1A 3T1AA 2E4LA 4RW4A 3ZT3A 1EXQA 4NCBA 1WSHA 4DTNA 4KREA 1QSSA 4H8KA 3VQEA 3SPYA 2HHSA 3NFAA 1UOCA 2DFHA 4AHUA 4CIGA 5I42A 4DWIA 1DTTA 4KHYA 4KI6A 3TWHA 2IC3A 3LP2A 1RILA 3LP3A 5JS2A 1DTQA 4GW6A 3SV4A 3SQ0A 1XHZA 3AA4A 4O4GA 4CHPA 4G1QA 1TKXA 4ID1A 4MFBA 4IDKA 5CYMA 2D0CA 2X6NA 2GV9A 4CFAA 3SUQA 4FJ9A 1RNHA 3AVHA 3DYAA 2XHBA 4W5TA 4WE1A 3MXMA 2YKMA 2B6AA 3QINA 3QIPA 5T7BA 3EZ5A 3VA3A 1CZ9A 2OPRA 1JLBA 5SWMA 4KI4A 4LSLA 1S6PA 2YNFA 3NF8A 1TL3A 4DFMA 4ZTFA 1L5UA 4M3RA 3M8RA 1L3UA 3HPHA 1VSDA 4OKKA 2RF2A 3TR8A 3L2UA 2ZD1A 4FLYA 5HBMA 1CZBA 3SUOA 1NOYA 2F8SA 4N56A 3K5NA 1X9SA 1D5AA 3LAMA 3HSTB 3KK1A 2AJQA 4O5BA 4FJXA 2F8TA 1NK5A 4KB0A 4OVLA 1HNIA 3OYIA 4CF2A 4B8AB 4KPYA 4PWDA 2D0AA 3C6UA 4EP4A 4CEAA 1U48A 1NJYA 2HNDA 1S5JA 4W5QA 4J2BA 1BQNA 1RBSA 3TAEA 5KI6A 1L3SA 4YFUA 2HMIA 1XC9A 4O0IA 4FJJA 1S1UA 2OPSA 4B9SA 4CJVA 4N5SA 3U6FA 1S1WA 3AA2A 4M3ZA 3OYJA 5C42A 4CJUA 2DFEA 5HROA 3PV8A 3DLKA 5HRSA 4CJWA 2KFNA 3VA0A 2D5RA 4GMJB 1SKWA 1QTMA 1JL2A 4Z4FA 3NF6A 3S3NA 2HHVA 2DFFA 4CHQA 3OY9A 1ZBHA 1NK4A 2Q3SA 3PX4A 4Z4IA 3HVRA 1JLQA 3VQAA 3MEEA 3THVA 1SKRA 4EZ9A 4CJTA 3DLGA 3NGYA 2FBYA 4LH5A 3OYDA 3MXIA 3E01A 3SNNA 3SPZA 1WN7A 4CJKA 1IKYA 1BISA 3ULDA 3TANA 3ZSZA 4B9VA 4JS5A 4CEEA 4Q0BA 3NF9A 3LANA 4CEBA 4HHTA 3B6PA 1XI1A 4DQPA 4DQIA 4F2RA 4I9QA 1S6QA 1VSJA 3AVKA 3TAFA 3MXJA 1F21A 2RKIA 1HMVA 4CFBA 4FJNA 3ZSQA 1TKZA 3SCXA 3ZSYA 1HRHA 5HRPA 2YHAA 1NK6A 4NCAA 4Y1DA 2HVHA 2FC0A 4CJLA 3ZSWA 4DS5A 1KSPA 4HTUA 4FW2A 2QKKA 1A5WA 1TAQA 4FXDA 1RDBA 2VWKA 4CHNA 4EZ6A 5I3UA 4DFKA 4ZHRA 3V9WA 3TI0A 1TAUA 1TVRA 3KLFA 3K5OA 2GUIA 3NH0A 1J53A 3AVJA 3KLGA 3QEIA 3QEPA 4ZTJA 3QNOA 4CJFA 1B9DA 1NOZA 4FLWA 3KKSA 1RT7A 4DLGA 4E3SA 4DLEA 3AO3A 2FBXA 3P1GA 4CFDA 4IG0A 4H4MA 3NGZA 3DRSA 4KKOA 4N41A 3LWLA 4E19A 3S9HA 1U47A 1S9GA 1S1VA 3AVLA 3MEDA 3V9UA 4KHQA 1BL3A 3K58A 1MU2A 3PX6A 2JGUA 1IKXA 2KQ2A 1C1CA 1RBVA 2YV0X 5K14A 1CLQA 3TAPA 1WSIA 2KW4A 3QESA 3K5MA 2GBZA 1HYZA 3RWUA 5HRNA 1O1WA 1CXUA 4FLXA 1U49A 1UWBA 4CEOA 4FJIA 3RR7A 1WSGA 3P5JA 2DY4A 4FK0A 3KD5E 1Y97A 5KTQA 3M8SA 2BDPA 4DU4A 1N6QA 1RT3A 3L3UA 2FBTA 1D9DA 3NGIA 3AA3A 3OS2A 2ITGA 3V9ZA 4CK1A 4J2EA 3DOLA 4L8RB 2OYQA 4FJLA 1BHLA 1X9MA 3KTQA 4CJ3A 1GOBA 4Z4HA 3HXMA 3U3YA 3ZT1A 1U45A 3CFOA 1NJWA 1RBTA 1CXQA 4J2AA 4O44A 2IGIA 2KTQA 4DSJA 4FJKA 2OZSA 3CYMA 4E7KA 1BCOA 1Z26A 3L2RA 1BIUA 2YNHA 3F73A 4E7LA 5CZ2A 3UIQA 1LW2A 2BE2A 2Y1JA 3SUNA 3HYFA 1RT4A 1TK0A 2Z1JA 4DFPA 1NKCA 4CCHA 4CERA 2PYJA 4DSLA 3KD1E 3OYEA 5HLFA 3PY8A 4KRFA 3IS9A 4QCLA 2DTUA 3LPUA 3KK2A 1J54A 1C0TA 5HRRA 4B9TA 4CESA 2OPPA 5KRTA 3CM5A 1SV5A 3RTVA 1X1PA 4EP5A 4HUEA 1TV6A 2ZE2A 3PX0A 1L3TA 2O4IA 1ZBLA 3AVMA 3U3GA 1RDCA 4FZYA 4CHOA 3KLHA 3K57A 1I3AA 4FM0A 3AVAA 3QERA 5J1EA 2O4GA 1S1XA 4CJPA 1QSYA 1BI4B 1BIZA 3O3GA 3OS1A 1KFDA 3VN5A 3V9XA 3AO2A 1QE1A 2W42A 1EETA 4BE0A 2ATQA 2HHXA 1FK9A 1HYVA 1RT5A 1ZBIA 3NH1A 2PY5A 3PUFA 4BWMA 1B92A 4QOZB 2IDOA 4DF4A 4NCGA 3ZT0A 3O3FA 4FZZA 2P51A 2BANA 3OYKA 2XY6A 3V1RA 4R5PA 3AO4A 1SKSA 5J2NA 1JXEA 1LAWA 2X74A 3BDPA 4FK2A 3DLRA 3D45A 1IG9A 3CFPA 4FJ7A 2ETJA 2KZZA 2KFZA 4C8KA 4HCCA 1S9EA 4OPJA 3LPTA 5SZTA 3OVNA 2E6MA 3O4NA 4DSFA 1BGXT 4DTSA 2QXFA 4KTZA 1IKVA 1JLEA 2OZMA 4FJ5A 4B9MA 3HP9A 3QEXA 3LP1A 3K2PA 4FJHA 1LAVA 1RTIA 1WSEA 4ELTA 1UAXA 4CHZA 3WNFA 4OKEA 1WSFA 2JLEA 3RMAA 1JLFA 1LV5A 2YNIA 1VSKA 1HPZA 4W5NA 3HVTA 1KVAA 4K8ZA 3KIOA 2G8UA 4JS4A 4FJMA 1TL1A 1HJRA 3SV3A 1SUQA 4DTUA 1D8YA 3T19A 4CEDA 3HK2A 3ZT4A 1NK0A 3HPOA 4M3TA 1LWCA 3V1OA 4DTMA 1YVUA 3K59A 3RRGA 5E41A 2HNYA 1RDDA 1X9WA 4DF8A 4RW7A 3ZSXA 4CIFA 3L2QA 3RMBA 2HB5A 1QQCA 4Z4GA 2B5JA 3AVCA 1ASWA 4CEZA 2PYLA 4MQ3A 2VG6A 4DTXA 3HT3A 3NBPA 3SI6A 4J2DA 2HHTA 4F2SA 1JLCA 4E1NA 4DU3A 3QEWA 1T7PA 4IKFA 2G8WA 3VQ8A 4OGEA 3QNNA 1RBUA 1JLGA 2D0BA 4TSXA 3OYBA 4ELUA 4AH9A 2A1SA 1RBRA 1L3VA 4E89A 4H4OA 3RR8A 4CJQA 3NCIA 1I39A 2X6SA 3ASMA 4C8LA 4NYNA 1BI4A 3S3MA 4I2PA 4N47A 4FLTA 4M3XA 2YHBA 4PQUA 1KVBA 1WAJA 3IAYA 1WLJA 1KFSA 2NUBA 3OS0A 4FW1A 3DRRA 4IFVA 1QHTA 4AHVA 1JLAA 2XY5A 3OYCA 3L8BA 4BDYA 3V9SA 3SQ2A 4HVJA 3EY1A 1SL2A 3I8DA 4DSIA 5D3GA 4IBNA 5FRMA 4OLAA 1TK8A 2Z1HA 4M3UA 4B3OA 1IO2A 3KLEA 3RMDA 3CM6A 3SQ1A 3OYLA 4I7FA 3LZJA 4M41A 4CE9A 4BDZA 4FYDA 3VQCA 3QEVA 1XWLA 3HP6A 3V81A 4CHYA 3QETA 2P5OA 3DMJA 3VQ4A 4LH4A 2HNZA 2WOMA 3BGRA 2HHQA 2I5JA 1NKBA 1J9AA 1KVCA 1VSMA 3SUPA 4CJ5A 4FM1A 3KLIA 3I0SA 4N76A 4B9LA 2G8VA 4GVMA 3TAGA 1KRPA 2P5GA 4OJRA 1SL1A 2LSNA 4RW8A 3I0RA 3HJFA 4JRQA 2WONA 4FZXC 4JLHA 4E7IA 3S3OA 4QAGA 3DI6A 3TARA 3AVBA 3K5LA 3HL8A 4KHWA 1EP4A 4CGJA 5KGXA 4CGDA 3L3VA 1VSFA 3VQ5A 4FLUA 4F3OA 1C0UA 3C94A 1W9HA 5JS1A 1VRTA 4M42A 4IG3A 1C0MA 1Q9YA 1KLNA 3L2VA 1IKWA 4CF8A 3OJUA 3JSMA 1J5OA 1TGOA 4KTQA 4BDPA 3DRPA 1C1BA 2Z1GA 3HPGA 4AHTA 1KTQA 4KAZA 5J2QA 3V4IA 4B8CA 1LW0A 2IS3A 4CK2A 2E6LA 3ZSOA 2F96A 1EX4A 3JYTA 3DM2A 4F8RA 4KHUA 1JL1A 4Z4CA 1RDAA 3AO5A 4LY7A 4O0JA 4Q5VA 4DSEA 1G15A 1T8EA 4OKJA 4OGCA 1NJXA 1U04A 4RW6A 2ZQBA 4E7JA 1EKEA 4CJSA 3T3FA 4C8OA 4Z4EA 1ITGA 4M3YA 4FK4A 1C1AA 3LP0A 1D9FA 1HQEA 3ZT2A 4FCYA 2QK9A 3SZ2A 2OA8A 1FKPA 1UA1A 4FVMA 3DLHA 1HNVA 3ISNC 3QLHA 3PO5A 1GOAA 2VG5A 4I9LA 4BE1A 3VQBA 3FFIA 5EU7A 1RTJA 4FLVA 3PO4A 3F9KA 1BQMA 5CZ1A 3VQ9A 4AILC 5FDLA 5HP1A 3ZSRA 1VK0A 3VQQA 3DOKA 4C8MA 3AVIA 4DTOA 4HCBA 4CJEA 4PA1A 4DQSA 4E7HA 4ELVA 3OYGA 1VSIA 2IOCA 2G8HA 4CF9A 5J2PA 3KKRA 4I2QA 4CEQA 4M3WA 4E1MA 3NF7A 3QO9A 3AA5X 4BWJA 3KJVA 3LDSA 1UA0A 4DSKA 4ICLA 4CEFA 3CG7A 4YNQA 1WNSA 4FJGA 3SQ4A 4UQGA 3TABA 3OJSA 2RPIA 2HVIA 2G8KA 1JKHA 2Y1IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DLBA 1N5YA 1JJ2M 4B1VA 1BDGA 4FWOA 5AQFA 4EHTA 1VSHA 3QIOA 3CQ8A 5J2MA 2O8DB 1NJZA 4PY5A 3G0ZA 3VQ6A 4JRPA 3TSPA 3B8AX 3ITHA 2YJFA 5B8HA 1M90O 4KB1A 2KZMA 3NH2A 1K8KB 4IO9L 3B6OA 4CFCA 1BCMA 5E26A 2IAJA 4PL8A 4DTPA 4BR7A 5IT9O 1E4GT 3C6TA 3O5BA 1BU6O 1HYSA 1HQUA 4KHSA 1IH7A 4BRNA 1DKGD 3MMVA 1TK5A 3HO1A 3CXCM 1Q9XA 4RTFD 4LD0A 4KHNA 4FLZA 4DG1A 4BACA 3AVGA 4BR5A 3CETA 4IFYA 5AQSA 5KRSA 5GINA 3P4IA 3MECA 3MN7A 1W7AA 3BF3A 3AVNA 4Y1CA 4MLHA 1T05A 4CZFA 3VQPA 4BR4A 1FJGK 4B08A 3LL3A 3D2FB 4K42A 5LJWA 4DS4A 3WNEA 4B1ZA 1VSLA 5AQIA 4LSNA 5C24A 4DMNA 1Q8IA 5CE3A 4Z0UA 3QBXA 4YDUA 4DR1K 2HHWA 3SYZA 2EX3A 5KQ8A 4CECA 3O4QA 3MAQA 3LALA 1HR0K 4O55A 3SJHA 3TAQA 1ASUA 5C12A 1WSJA 2XRIA 4YHHK 4IEIA 4F3TA 3ZLJA 3L2WA 4BREA 4DU1A 4XEIA 3C0BA 4LFBK 3ZT3A 4NCBA 1WSHA 4WFAL 4DTNA 4KREA 4H8KA 3SPYA 4MDAA 2DFHA 1DTTA 4KHYA 1GLBG 3GDQA 3LP3A 2QWMA 3THYA 4G1QA 1TKXA 4ID1A 4MFBA 1QQOA 4FJ9A 1RNHA 1NGBA 4DB3A 2XHBA 3MXMA 2YKMA 3QINA 3EZ5A 3BY5A 3M1FA 4BRAA 3NF8A 1P8ZA 3WXJA 4M3RA 1L5UA 4CZLA 5C15A 4LFCK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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