3VQ4A

Fragments bound to hiv-1 integrase
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
b'SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 48
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq4A00
4KPYA 1TKTA 3AVLA 2FC0A 4F2SA 3C95A 3NGZA 4FM2A 2Z1HA 4FK4A 4PQUA 5K14A 1BL3A 2YNGA 1N6QA 4Z4GA 1Q8IA 3ITHA 3KKRA 3KLIA 4MFBA 4E0DA 1BISA 4KHSA 4N76A 1ZBLA 1QSSA 2Z1IA 1VSDA 3K5MA 4FLYA 2OPRA 3T3FA 3ZSRA 1IG9A 2P1JA 4IBNA 3VQ5A 2QKBA 3AVAA 3NGIA 1XC9A 4HTUA 4FJJA 3ULDA 2GV9A 3DMJA 3HP9A 4M3WA 1S1VA 3AVGA 3DLGA 3AO4A 3OS2A 3O4QA 3RRGA 4K8XA 1GOCA 3S9HA 3ZSYA 4KAZA 4ID5A 5E41A 3CFOA 4GMJB 4ELVA 1J54A 4J2EA 1J5OA 1WAJA 1HYVA 2Z1JA 1ZYQA 2HHVA 3ZT1A 4JS5A 4PUOA 1NK6A 1VSIA 3MEEA 4CEQA 3DLRA 4CHQA 3LWLA 4M41A 4DFKA 3WNGA 3U6FA 4Z4IA 1EX4A 1JLGA 2E4LA 2P5OA 3ZT3A 3L2VA 3ZT4A 4DU4A 4OKKA 2YNIA 3JSMA 3NHGA 4CJFA 3SCXA 5HRNA 2G8FA 3HPOA 4ELUA 1RTIA 1D5AA 4DSKA 4AHTA 2F96A 1KVAA 4DF8A 4CERA 5HRSA 3OY9A 4C8MA 3SQ1A 4MQ3A 4BDPA 1U4BA 2E6LA 1TAQA 2YNFA 3CYMA 3M8QA 4L8RB 1TAUA 3MXMA 4W5NA 2RPIA 2LSNA 3FFIA 3SUOA 1RT1A 2BE2A 4ID1A 3VQQA 3SNNA 3AO1A 4DQSA 3L2QA 4DQIA 4HCBA 3C94A 1G15A 3PX0A 3AVKA 1T05A 2DTUA 4DTMA 4NCGA 4CK1A 3O3GA 4KRFA 4M3UA 3O4NA 1TL1A 1C1CA 1Z25A 4O0IA 1JLAA 5J2NA 3NH1A 3K5LA 3BDPA 5JS1A 4JS4A 2KW4A 3KK3A 3TR8A 1RBRA 4K8ZA 1RT7A 4CK3A 4KB0A 1F21A 3RMAA 2G8UA 3KKSA 4W5OA 3SPYA 2X6NA 3K2PA 1Q9YA 3VQBA 4IFVA 5FRMA 3OYEA 3NH0A 1GOAA 2D0CA 3O3FA 4OVLA 3VQDA 2R7YA 1VSKA 5FRNA 4HHTA 1QQCA 4E7JA 1B9FA 5I3UA 1VRUA 2Z1GA 1NK8A 1W9HA 3WNHA 4FVMA 2HNZA 2ZD1A 3DLKA 3THVA 1IKVA 2PZSA 4IG3A 3TWHA 2AJQA 3HL8A 3TAQA 1NK4A 3E01A 1W0HA 4EP5A 3NBPA 3QINA 4CJ3A 4AHUA 2ETJA 2E6MA 3WNEA 2KZZA 4J2DA 1BQMA 4DTNA 1WSIA 4KTWA 4M3TA 3MXIA 1B92A 3SUPA 2BGGA 2KZMA 4CJRA 3D0PA 1U04A 2A1RA 4FLWA 3VA3A 1ASWA 1J9AA 4W5TA 1EKEA 3G10A 3MAQA 1NJYA 2ZE2A 1KFSA 5DK5A 4CHPA 5CY4A 3TI0A 4FJ5A 3NGYA 1U45A 4N47A 2YKNA 4B9LA 4FJGA 4KHWA 1T03A 3ZSVA 3A2FA 2NUBA 2VG7A 3S3MA 3SV4A 3IG1A 1XWLA 3DLHA 5KRTA 4M3YA 3NF9A 3L3VA 4N56A 1WLJA 1BI4B 4OKEA 3ZSZA 1KLNA 4C8LA 2B4JA 4FJXA 4CK2A 3TAMA 3SYZA 1WN7A 3AA3A 3OVNA 4CJUA 1BHLA 2G8KA 2IGIA 4CEBA 3K5OA 3SQ0A 3EZ5A 3OYGA 3V9XA 4CJ5A 4LY7A 1KFDA 1TVRA 2HHWA 4DSEA 1MU2A 4B08A 4OGCA 4CJLA 2FBTA 1BCMA 1VSFA 1WSFA 3VQ7A 4DTPA 2KTQA 4HVJA 3NF8A 2EX3A 2OPQA 3HSTB 3L2WA 4E7HA 4M3RA 4RG8A 1RTJA 4Z4EA 3I0RA 1KSPA 1ZBUA 2O4IA 4RW4A 4O44A 4CHZA 2HHXA 2X74A 1NK0A 1KVBA 4CJKA 1FKOA 3CQ8A 2ATQA 4LSNA 4CJTA 1UA0A 1REVA 3G0ZA 2OZSA 1FK9A 1L3VA 4FLZA 4EZ6A 4DQPA 4EP4A 3LAMA 1QS4A 4AHCA 3OYNA 2B5JA 3SV3A 2WONA 1TK8A 4FJ7A 3SJJA 4JLHA 3QEWA 4CGHA 4E19A 1NKCA 4KHUA 2QK9A 1HPZA 4DSJA 1D8YA 3RTVA 1QHTA 1A5VA 1C6VA 3K58A 4CGDA 2DY4A 1NKEA 1VSMA 3DRRA 4CGGA 3KJVA 5KRSA 3OJSA 4GW6A 3C6TA 4DQQA 4AILC 4C8OA 4FJKA 1I39A 3MECA 3VN5A 1HJRA 1ASVA 1FXXA 3HPGA 2FBYA 4LH5A 4CGFA 3B6OA 4CFDA 1Q9XA 3PV8A 4QCLA 1X9SA 2W42A 4Z4HA 3RWUA 4BACA 1CZ9A 1QE1A 3ISNC 2BDPA 4FJ9A 5CYMA 4CJSA 3V9WA 3OYKA 4F3TA 3AVIA 2HMIA 3L2RA 3U3GA 4FZZA 4FXDA 4CJPA 4DS4A 3RMDA 4DF4A 4CHNA 5KGXA 4DTSA 3AA5X 1C1BA 1BI4A 1JL1A 4CF0A 4B9TA 4DTRA 4W5RA 3NF7A 4HUGA 3AA2A 1SKRA 1A5XA 4GVMA 3B6PA 3HP6A 2I5JA 1X9MA 5HRPA 4W5QA 2XY6A 1RDDA 1VRTA 3CG7A 4CEZA 4B9SA 3AVJA 3BGRA 3OYBA 4CHYA 1RNHA 1S1TA 5SZTA 4KI6A 4KHQA 2XY5A 1YVUA 2VWKA 3OYMA 3V9ZA 3V4IA 4IG0A 1NK5A 1JLEA 4RW6A 4WE1A 5CYQA 1NKBA 3PO4A 4CJ4A 3SQ4A 3ALYA 4CE9A 4NYFA 4DLEA 3TAEA 4FW2A 2X6SA 4KTZA 5J2QA 1TK0A 3DLBA 1XI1A 3LZJA 1RT2A 1QTMA 4RW9A 4PA1A 2VG6A 3M8SA 3KTQA 1KVCA 1HNIA 1RBUA 3LPTA 3DRPA 1NJWA 4KREA 4KKOA 3NE6A 1U48A 1VSJA 4C8NA 3I0SA 1L3UA 4JRPA 1S5JA 5I42A 3ZSOA 1SL0A 3HK2A 4FCYA 3AVFA 2JGUA 2YHAA 2YHBA 4FZXC 3O3HA 2PYJA 1RDCA 3D45A 3PUFA 3CFRA 3QEVA 1HNVA 4CFCA 4FYDA 4B9NA 2OPSA 1QSYA 4E7LA 3KLHA 3OJUA 3OYAA 3JYTA 4KO0A 4B3OA 3EY1A 1TL3A 2DFHA 3AVNA 1FKPA 2IDOA 1B9DA 2YKMA 3LP1A 3M8PA 1Z26A 3ASMA 3EYZA 2XY8A 3NCIA 3QEIA 2RN2A 3HM9A 5CZ2A 1WSHA 2HW3A 1SUQA 1EETA 1DLOA 4M45A 1TKZA 2X78A 3QEXA 1LAWA 4B8AB 1ZBFA 3LP0A 1BIZA 1S9EA 4ZTJA 2YNHA 4DSFA 1JL2A 3QETA 5D3GA 3NH2A 1S6QA 2D0BA 1VK0A 5JS2A 4CF1A 2D5RA 4FW1A 4CJWA 4ZHRA 5C24A 5HLFA 1T8EA 4ELTA 1RILA 4FK2A 4Q0BA 1S1WA 1WAFA 3DOKA 4DQRA 1KLMA 4AHRA 2BANA 1VSLA 4FM0A 4Z4FA 4OJRA 3VQAA 3VQ8A 3P5JA 3ZCMA 5C25A 4G1QA 4QOZB 4KHYA 3IAYA 3HVTA 3V1RA 2HB5A 1SKWA 1TKDA 2D0AA 3TABA 1TKXA 4FLVA 4F8RA 4J2BA 5DMRA 2XHBA 1JLBA 2YV0X 1R0AA 2PYLA 4FJNA 2OZMA 3KD5E 1TK5A 1XHZA 1ASUA 4E1NA 3KK2A 1RDBA 1NOYA 4FJHA 1RCHA 4J2AA 1U49A 1RT6A 3AVBA 3KK1A 1BCOA 1Y97A 3V9SA 3SUNA 2XY7A 5SWMA 4I9LA 1NJZA 1L3SA 4B9UA 1S6PA 2FBVA 1RBTA 3PX4A 3CM6A 1NK7A 1IO2A 1RDAA 3OYIA 3L8BA 3TARA 4IKFA 5CZ1A 5HBMA 2VG5A 1A5WA 2F8SA 1D9DA 5EU7A 3AA4A 2OPPA 1BGXT 4DG1A 4I9QA 4KV8A 4QAGA 4KFBA 4RW8A 1D9FA 3PO5A 4KTQA 3VQ4A 1UWBA 1LWFA 1RT5A 4AHVA 2IAJA 4KB1A 1CXQA 2XRIA 4OPJA 3OYCA 2HHUA 1IKYA 1C1AA 4I7FA 3RRHA 1JLQA 3QO9A 4I2QA 1L3TA 4CGIA 1RBSA 2B6AA 4IDKA 4CF8A 3NDKA 1SL1A 1JXEA 2WOMA 3KLGA 1DTQA 2IC3A 4FJMA 3VQ6A 3HXMA 3I8DA 4FJLA 1S1XA 3KLEA 1YTUA 4CEDA 3K59A 1ZBHA 1BIUA 4CFBA 4B9VA 1TV6A 4O5BA 4DS5A 4H4MA 4Q5VA 1LW0A 3TANA 1L5UA 4O4GA 3ZSXA 4BE2A 4FJIA 4FK0A 4UQGA 4CEFA 1IKWA 3V81A 3LAKA 3QIPA 3SZ2A 4DFJA 1HQEA 1IKXA 3OS1A 4AH9A 4HCCA 3QNOA 1ITGA 3NFAA 1NJXA 1JXBA 4YNQA 2IOCA 4O0JA 3KIOA 5J2PA 3DM2A 1YTAA 1K6YA 3S3OA 3AVMA 2QXFA 4CEAA 4R5PA 4FZYA 4NCAA 3VQ9A 3AO2A 4E3SA 4E7IA 3IRXA 4CFAA 4H8KA 4DTJA 4CECA 2O4GA 3VQEA 4DWIA 4E89A 3T1AA 3VA0A 4RW7A 1VSHA 1RTHA 4CEEA 2KQ2A 3LPUA 1LAVA 3RMBA 4Y1CA 4B8CA 1C0MA 4CHOA 2Y1IA 4C8KA 2G8WA 4OLAA 3HPHA 3T19A 3QLHA 4HUEA 4E7KA 3TAFA 3V1QA 3OS0A 4DFMA 4E1MA 1UOCA 1IH7A 5KGWA 4DMNA 3LWMA 4DU3A 4N41A 3PY8A 1C0TA 4IFYA 1KRPA 2DFEA 4OLBA 3RMCA 3NAEA 2P51A 4FLUA 2ZQBA 3LALA 4M3XA 3MXJA 4F3OA 3HO1A 1YT3A 1BQNA 1HYSA 1C0UA 1WSJA 3SI6A 4Y1DA 1LV5A 5HRRA 4DTOA 3QNNA 1QSLA 4B9MA 3DOLA 1J53A 3NF6A 4OGEA 3ZT2A 2Q3SA 4LSLA 1HRHA 1RT3A 4LD0A 3L3UA 3VQCA 4DSIA 4Z4CA 3OYJA 4N5SA 1SL2A 4NCBA 5KI6A 4DTXA 5FROA 1WNSA 4DFPA 1DTTA 1KCFA 4F4KA 4DLGA 2RF2A 3K57A 4BE1A 3HT3A 3LP3A 5J2MA 3OYDA 2HNYA 4I2PA 5KTQA 3LZIA 1I3AA 3P83D 4CGJA 1HQUA 4CJQA 2A1SA 3MEDA 1S1UA 3DYAA 1LW2A 1KTQA 4TSXA 3CM5A 1RT4A 4CIGA 3QESA 5T7BA 3VQPA 4CJVA 4YFUA 1CLQA 1T7PA 1JLCA 3AO5A 2RKIA 4AHSA 4CF2A 4M42A 3ZT0A 3P1GA 3UIQA 3S3NA 4O55A 4H4OA 3TAGA 1UA1A 3C6UA 1X9WA 4BWJA 2QKKA 1LWEA 3OYHA 2F8TA 3IS9A 1RTDA 4OPKA 4EZ9A 1TGOA 2ITGA 4LH4A 5HP1A 4BDYA 1SV5A 2P5GA 2HVIA 4F2RA 3PX6A 4BWMA 3TAPA 4KI4A 2HNDA 2DFFA 3AVCA 3L2UA 2G8HA 3HYFA 2G8VA 1WSGA 1EP4A 1CZBA 3HVRA 1HMVA 1VSEA 4BE0A 4CIEA 4DTUA 4KHNA 3V6DA 2IS3A 1SKSA 4CJEA 3ZSQA 1JLFA 4CESA 3SPZA 4M3ZA 3K5NA 3LANA 2G8IA 2XO7A 2EHGA 2GUIA 4CEOA 1ZBIA 3DLEA 4JRQA 4FLTA 5FDLA 5HROA 2OA8A 1NK9A 2HHTA 3SQ2A 2HHQA 3LP2A 3MEGA 4CIFA 1X1PA 1S9GA 3KD1E 3V9UA 4ZTFA 4ICLA 2FBXA 3AVHA 3CFPA 1JKHA 1O1WA 4DSLA 3V1OA 1HYZA 1RBVA 3M8RA 3LDSA 4OKJA 1UAXA 4FM1A 4FJ8A 3OYLA 3DI6A 3F9KA 4NYNA 2PY5A 2GBZA 1EXQA 3AO3A 2Y1JA 1N5YA 3F73A 1WSEA 2JLEA 4HUFA 4PWDA 5C42A 4Z0UA 4XIUA 3H08A 3WNFA 1XHXA 2VWJA 1GOBA 4DU1A 1CXUA 3QERA 3OYFA 5J1EA 3RR7A 2OYQA 4PY5A 3ZSWA 4BDZA 4FLXA 4CF9A 3U3YA 4CCHA 3SUQA 3QIOA 3DRSA 3QEPA 2HVHA 2KFNA 2HHSA 1LWCA 3KLFA 1NOZA 3AV9A 1U47A 3RR8A 3HJFA 2KFZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVLA 3C95A 1VHXA 5C2DA 4EAHD 2ZJQL 2IVNA 1Q8IA 3KKRA 5AQIA 1X9JA 3BP8A 1QSSA 4OPHA 1QQOA 4FLYA 2P9SB 2OPRA 3VEXA 3ZSRA 3AVAA 1D4XA 2GV9A 3R8EA 1KXPA 3WT0A 1S1VA 3AVGA 2E8AA 5EOYA 3OS2A 3VF4A 1GOCA 3S9HA 3H46O 4KAZA 5E41A 5M1QA 1J5OA 1WAJA 1HYVA 3AARA 4H0OA 4PUOA 1NK6A 4JKAA 3U6FA 1T3VA 1MDUB 2E4LA 2P5OA 3EN9A 3QBXA 4DU4A 3NHGA 3P38A 2VGNA 2YCHA 3HPOA 3O80A 5BPLA 3EEQA 4M7XA 4FSVA 4DHYA 2E6LA 4JK8A 1TAUA 5TKWA 3OBWA 3FFIA 4BVPA 4CI6A 1RT1A 5GIOA 1KC8O 4JKBA 4CZEA 4NCGA 3O3GA 1N8RO 2P9PA 3FZLA 5IT9O 3SLCA 1C1CA 1BUPA 5GADP 4JS4A 4KB0A 3I8BA 3KKSA 2UXDK 3VQBA 5FRMA 3CF5L 3OYEA 3RVCA 3NH0A 3A5NC 1VSKA 5AQKA 1HPMA 2VWBA 4K25A 1DEJA 1NK8A 1W9HA 4RTFD 2IVOA 3FZHA 2AJQA 1C0GA 3HL8A 3E01A 2O8FA 2AA4A 3O08A 5AQZA 3QINA 2ZGZA 2KZZA 4J2DA 1YAGA 4DTNA 1WSIA 4KTWA 4M3TA 3MXIA 1W2BM 3SUPA 2UXBK 4CJRA 2A1RA 4FWOA 3VA3A 1DGKN 1O13A 4DCHA 3ZEUA 3CXCM 3S3MA 4C8LA 1S22A 1SAZA 2B4JA 3EE9A 3SYZA 3AA3A 3BEXA 1BHLA 3SQ0A 3EZ5A 3V9XA 2WC9A 4BC5A 5C2FA 4K0KK 1WBBA 4WYBA 4DSEA 2P9IA 3VTHA 4WCEL 1KD1O 4CJLA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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