The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Selection of tRNA by the Ribosome Requires a Transition from an Open to a Closed Form
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
24
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-10-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV1 K; 1XNR K; 1I94 K; 4B3R K; 1HNZ K; 1N32 K; 4YY3 K; 4JI2 K; 4CW7 B; 4DV7 K; 4LF4 K; 1FJG K; 2UUA K; 2UXC K; 4JI0 K; 4LF9 K; 2HHH K; 4B3T K; 4X65 K; 4JI1 K; 5IWA K; 4B3M K; 4X62 K; 4JV5 K; 4DR1 K; 1HNX K; 3T1H K; 4YHH K; 4JI4 K; 1J5E K; 3JAM O; 4DR7 K; 4X66 K; 4DUY K; 4DV6 K; 1IBM K; 4K0K K; 2UXD K; 5AJ3 K; 4DR3 K; 2F4V K; 1IBK K; 4JYA K; 1HR0 K; 4LF8 K; 4JI8 K; 1N33 K; 4JI3 K; 2ZM6 K; 5LMU K; 4DV5 K; 5BR8 K; 4DV3 K; 4V19 S; 5IT9 O; 1N34 K; 5A2Q O; 4LF5 K; 4DUZ K; 4OX9 K; 3J7Y P; 3OTO K; 5LL6 Z; 4KHP K; 4AQY K; 4DV0 K; 4CVN E; 4GKK K; 2UXB K; 5FLX O; 1XMQ K; 4LFB K; 4LFC K; 1XNQ K; 1N36 K; 1HNW K; 2VQF K; 2VQE K; 2UUB K; 4NXM K; 4DR2 K; 4LF7 K; 4GKJ K; 4JI6 K; 3J81 O; 4LF6 K; 1XMO K; 4JI7 K; 4JI5 K; 2UU9 K; 4DV2 K; 5LMN K; 4B3S K; 3J7A P; 3J80 O; 4X64 K; 3T1Y K; 4DV4 K; 2E5L K; 4LFA K; 4DR6 K; 4DR4 K; 4DR5 K; 2UUC K; 1IBL K; 4NXN K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5C0Y A; 4N5S A; 1NGJ A; 4A2A A; 2YKN A; 3JSM A; 4WQ5 C; 4JKF A; 4HUE A; 4PWD A; 3OHR A; 4HTU A; 1TGO A; 3F2K A; 4JI2 K; 4DV7 K; 1NK5 A; 2XHB A; 4JI0 K; 3CCE N; 4E7K A; 1RT2 A; 3LDO A; 4FLY A; 3CYM A; 3KWG A; 3CC4 N; 4X62 K; 5AZI B; 3CG7 A; 3FZM A; 1NKB A; 3KLH A; 3NVK A; 2QTD A; 1BI4 A; 3KLI A; 4KHU A; 3RR8 A; 1EO1 A; 3ZLJ A; 1KLN A; 3ZEU B; 1Y64 A; 1M90 O; 4BAC A; 3OS2 A; 1WSE A; 1VQN N; 3I56 N; 3THX A; 1HMV A; 3OBY A; 2R7Y A; 5C25 A; 3MDQ A; 1TYQ B; 3CET A; 3NF8 A; 2HST A; 3ZSR A; 4JYA K; 1SZ2 A; 4LF8 K; 2ZM6 K; 4AHS A; 2GUP A; 2O8D A; 1NK9 A; 1IV0 A; 2G8K A; 2D5R A; 3L4I A; 1DT9 A; 4BR4 A; 4CF2 A; 3AO3 A; 3O9Q A; 2E2N A; 4LY7 A; 3E9P A; 3VQ5 A; 2P9K B; 1KCF A; 4ICL A; 4DU4 A; 1HJO A; 5TKW A; 4CEQ A; 2OYQ A; 5GAG P; 3NH0 A; 3TR8 A; 1QSS A; 5CR4 A; 4CZG A; 4IO8 A; 2I7P A; 3JYT A; 3NAE A; 4B9N A; 2QXF A; 1S1X A; 4IJN A; 1I39 A; 1S1U A; 3J8A A; 4M3W A; 1WSF A; 1GLL O; 3JXU A; 4YOT A; 4ZTF A; 4YFU A; 2KW4 A; 3MN6 A; 2YHW A; 3CIP A; 1T6C A; 2W41 A; 3CF5 L; 3CXC M; 4XIU A; 1U2V B; 3HVT A; 1RTH A; 3CC7 N; 4KI6 A; 3SQ0 A; 4DMN A; 3TAE A; 2QWQ A; 4CZF A; 4H0V B; 3AGK A; 4DV4 K; 2E2Q A; 1VSH A; 5CYQ A; 5HRO A; 3SJJ A; 3HI0 A; 4FOE A; 1KC8 O; 3AVI A; 1ASV A; 5AQL A; 5LJW A; 4JAX A; 3DOK A; 3DMJ A; 5F0X A; 5BPN A; 3AVG A; 4KFB A; 4PY5 A; 4KAZ A; 5T7B A; 4Y1C A; 4DLE A; 3AVH A; 2VG5 A; 1HLU A; 1VSI A; 4Z0U A; 2X6S A; 1T05 A; 1BG3 A; 3ISN C; 1GLJ O; 5AZJ A; 3SK3 A; 4RWT A; 4CHY A; 3VGL A; 3SAH A; 4U7B A; 2W42 A; 3RTV A; 3DXK B; 3NMU A; 2RE2 A; 4YOW A; 4YHH K; 5AR0 A; 5KTQ A; 4DUY K; 3BZC A; 5AQF A; 5M1O A; 5CYM A; 5EX5 A; 4BE1 A; 3PO4 A; 1NGE A; 4G1Q A; 5M1Q A; 4CJ4 A; 1JKH A; 3CCJ N; 3BZK A; 4I6M B; 3V9U A; 1FKO A; 4FW2 A; 1LW2 A; 4DQ8 A; 1RT3 A; 2A6A A; 4DTM A; 5AQU A; 2ITG A; 4KTQ A; 3OTO K; 4NCB A; 4BC2 A; 1YAG A; 3ID6 A; 3LP0 A; 4KHP K; 3MCP A; 4BDZ A; 3I8D A; 3A2F A; 3AY9 A; 3PSI A; 5J1E A; 5GIO A; 4GY2 B; 2Z1I A; 4FLZ A; 1KVB A; 3D2E B; 3HM8 A; 2ZGY A; 1N36 K; 4FZY A; 2E2P A; 3HPH A; 1KLM A; 4JKB A; 2FBT A; 4BRC A; 1QHT A; 3M3Z A; 2NRV A; 3N4P A; 1MDU B; 3TTF A; 4GVM A; 4ILH A; 4LF7 K; 5JS1 A; 4CI6 A; 2E20 A; 3EKU A; 1YJN N; 1U48 A; 3K9K A; 4XEI A; 3G10 A; 3LDP A; 1R0A A; 1FK9 A; 3UB5 A; 4DSF A; 5BRE A; 3WUH A; 5AFU H; 1ZYQ A; 2OTL N; 1X9M A; 4MFB A; 4E7I A; 3H1Q A; 5AQQ A; 3NGY A; 3OYM A; 4OGE A; 3J7Z O; 5AZI A; 3V1Q A; 2YHY A; 3O6W A; 1CZA N; 2G8F A; 4KO0 A; 4CEO A; 3HSC A; 4CZH A; 5CHI A; 4FJ8 A; 3ZEU A; 4CES A; 3VQD A; 2HHS A; 4LF4 K; 3AO1 A; 4LF9 K; 2Q1N A; 3SBG A; 4B9M A; 3S3O A; 4JI1 K; 3F73 A; 1X9S A; 1TYQ A; 3QBW A; 1VQL N; 3NH1 A; 3DOL A; 3OYI A; 4BGB A; 1QSL A; 2BAN A; 2RN2 A; 4H03 B; 3I33 A; 2QWP A; 2QI2 A; 2OAN A; 2A40 A; 4BY9 C; 3RMC A; 4FWQ A; 5C12 A; 1RT6 A; 5B8H A; 4OPA A; 2PYL A; 4IKF A; 5C24 A; 3C65 A; 4AIL C; 2E88 A; 1T6D A; 3RR7 A; 4XH4 A; 1S6Q A; 2P9K A; 4ELU A; 2ZD1 A; 1VSL A; 5AQG A; 3NF7 A; 2YI1 A; 3LP2 A; 3ZSW A; 4RW4 A; 4AM6 A; 4DQS A; 5FRM A; 1YT3 A; 4F4K A; 2E6M A; 3MWP A; 1L5U A; 1Q18 A; 2VWB A; 4FJL A; 2FBX A; 1VK0 A; 3KK2 A; 2G8H A; 1Q8I A; 3E9O A; 4DF8 A; 1LAV A; 3LAN A; 3CCQ N; 5HLF A; 1T03 A; 2P9P B; 3TAG A; 1Z6R A; 1NMN A; 4HUF A; 4FJ5 A; 4FYD A; 1JL2 A; 1C1C A; 4KHQ A; 4W5O A; 2FC0 A; 4KRF A; 2RKI A; 4Q0B A; 3CQ8 A; 1U2V A; 4JEP A; 3SV3 A; 4WQ4 A; 3V9W A; 4OKE A; 3PX6 A; 1QTM A; 4DTO A; 3SPZ A; 4CEZ A; 4HUG A; 5EVZ A; 4CGD A; 1GOB A; 2HND A; 5AQN A; 2ETJ A; 1C0M A; 3BEX A; 2YJF A; 4PL8 A; 4JI5 K; 1W7A A; 1VQ7 N; 3O8M A; 1NGD A; 2GV9 A; 3DYA A; 2E1Z A; 2FLO A; 4H5R A; 3RVC A; 4CFA A; 2JLE A; 2HBK A; 1BGX T; 4K8Z A; 3CJ7 A; 3AA5 X; 3ZSO A; 3SV4 A; 1I94 K; 3DXK A; 4IO9 L; 4WQ4 C; 3NH2 A; 4YOX A; 3MCA B; 2YHX A; 3I55 N; 4C8L A; 3CJ1 A; 3GBT A; 5AQK A; 5AQT A; 4L3Q A; 2WBN A; 3QBX A; 1NK0 A; 3LZJ A; 4I6M A; 3OYK A; 1NK8 A; 3O3H A; 5JMV A; 4LC9 B; 4CE9 A; 1J5E K; 2P9N B; 1YVU A; 1ZBU A; 1EXQ A; 4BRA A; 3SBT A; 1GLD G; 2ZJR L; 1KD1 O; 3ZCM A; 4I2P A; 1HR0 K; 3O4W A; 4M7X A; 3DLR A; 2QXL A; 1VHX A; 1DKG D; 1DTQ A; 4FPB A; 2W40 A; 3ZT4 A; 4HVJ A; 1B9D A; 4DKW A; 4WYB A; 1N34 K; 3D2E A; 4QS9 A; 2JWL A; 4FJ9 A; 1SKR A; 1CZB A; 4HCC A; 2YHA A; 2CH6 A; 4IXC A; 2D0A A; 3VF6 A; 3NF6 A; 1NG9 A; 2QWN A; 3OJS A; 1XMQ K; 3SUP A; 3QNN A; 3CJB A; 4JK8 A; 5EXW A; 3T7Z A; 4LFC K; 5FRO A; 5JS2 A; 2YCH A; 1U4B A; 1HNW K; 3KVG A; 4NYF A; 5E26 A; 3BUZ B; 3QES A; 4BRN A; 2J4R A; 1ATR A; 4BRI A; 4CHP A; 3CM6 A; 3O3G A; 4BE0 A; 3KHY A; 3AVK A; 4HTL A; 4JI6 K; 3EL2 A; 1XMO K; 2HMP A; 2D0B A; 3D45 A; 4DWI A; 4J2B A; 4JKG B; 1BCO A; 4I9L A; 4CD1 A; 4DSJ A; 1WSI A; 2QK9 A; 2GWK A; 4CBX A; 3L2Q A; 2BGG A; 2FF3 B; 3QEX A; 4MDA A; 1N32 K; 2YNF A; 1XNR K; 1K8K B; 1WOQ A; 2HB5 A; 2ZF5 O; 1ILY A; 5HP1 A; 4BVO A; 1SKS A; 4JD2 B; 1RFQ A; 1VQO N; 4B1Y B; 4BVP A; 4CZM A; 2V7Y A; 1DLO A; 3CMA N; 1HUX A; 5IWA K; 4K8X A; 4B9L A; 3OS1 A; 1JXB A; 5HRR A; 3L2V A; 4B3O A; 1C0T A; 4HCB A; 2QKB A; 3O08 A; 4X66 K; 1D9F A; 3PUF A; 1IBM K; 3EZ5 A; 1XUP O; 3UKU B; 1S9E A; 1LAW A; 3CFO A; 1YUW A; 2NRX A; 3WXK A; 1KVA A; 1YXQ A; 2B6A A; 3VOV A; 1EX4 A; 4M41 A; 1BA1 A; 2QWO A; 4AF1 A; 4F3O A; 3LP3 A; 4BG9 A; 4N76 A; 3K59 A; 3S9H A; 4DSK A; 2G8W A; 2P9P A; 2VWJ A; 2NRH A; 2F7T A; 3KK3 A; 3QEI A; 1BL3 A; 1YI2 N; 3W0L A; 1NGB A; 5AQP A; 5C2D A; 3MEC A; 2Q2R A; 4FL9 A; 5FLX O; 4MQ3 A; 4G9Z A; 4LFB K; 4DHY A; 4QOZ B; 3O9R A; 3OYB A; 2E4L A; 4IJA A; 4BR5 A; 1XNQ K; 3HZ6 A; 4DSI A; 3TAF A; 3EZW A; 2FSJ A; 4KHY A; 5C15 A; 1NBW A; 2A1S A; 1GLF O; 2YV0 X; 4H5V A; 3HXM A; 1ATS A; 1GOC A; 3SPY A; 2VG7 A; 3VEX A; 4FWS A; 2XY8 A; 1V4T A; 3ATU A; 2WFB A; 2IAJ A; 3DRS A; 4CZE A; 5E41 A; 1J5O A; 4EP5 A; 4CJ5 A; 1LV5 A; 2LSN A; 1B9F A; 2W6L A; 4X64 K; 3OA9 A; 2X78 A; 1RDD A; 3OYG A; 4K43 A; 3HTV A; 3TTC A; 4DR5 K; 3E66 A; 3NVM A; 1W0H A; 2CGJ A; 3FFK B; 5MLC Q; 1H1V A; 3IMX A; 4KHS A; 1TKZ A; 4FK0 A; 4BWM A; 4CK3 A; 2Q0R A; 3SCX A; 1REV A; 3NGI A; 4U67 L; 2P9N A; 3SUQ A; 3F9K A; 1JLA A; 4BE2 A; 2AA4 A; 3WQT A; 3VA0 A; 3KZB A; 4H0O A; 2Y1I A; 4ELT A; 4CF0 A; 1M1K O; 2P51 A; 3L2R A; 4F3T A; 5JVG L; 3AA3 A; 3TAN A; 1WUA A; 3EN9 A; 4CJQ A; 3C94 A; 4Y1D A; 4MLE A; 1QS4 A; 3OBW A; 5DMR A; 4DF4 A; 1OH6 A; 5HBM A; 3BP8 A; 3MED A; 1OVY A; 1RTD A; 1VSJ A; 1ZBI A; 3QFP A; 4DQR A; 1S22 A; 1V4S A; 1CZ9 A; 5KI6 A; 2F4V K; 5M1N A; 3VPZ A; 1IBK K; 3KD5 E; 4CHZ A; 3DLE A; 1N33 K; 4PKI A; 5F2R A; 3V4I A; 3QEV A; 4FJI A; 5M1K A; 4OX9 K; 1DTT A; 3GL1 A; 3SZ2 A; 4NCA A; 3FZK A; 1RT1 A; 4BR0 A; 2FSN A; 2G8I A; 2UXB K; 4M3Y A; 3FE1 A; 4E7L A; 3K2P A; 5CZ2 A; 1KFD A; 3CHW A; 4KBO A; 5J2Q A; 4OGC A; 1D4X A; 2GX9 A; 4BRL A; 3L4Q A; 4BQL A; 2ATQ A; 2VQF K; 4YOV A; 3K9J A; 2NUB A; 3VQA A; 4JKG A; 4NXM K; 3AAP A; 2OCE A; 1WLJ A; 2F8T A; 4A61 A; 2NRR A; 4JHD B; 3AVJ A; 3TTD A; 2UU9 K; 1E3M A; 1K8K A; 3CER A; 1RTI A; 1BWF O; 4QAG A; 4C1N K; 1UA1 A; 4JD2 A; 1JCG A; 1JXE A; 3T1Y K; 1JLE A; 4Z4E A; 1NKC A; 1C6V A; 2O8E B; 1VSK A; 2QWL A; 3WXM B; 1VAZ A; 3VER A; 4CHQ A; 3KD1 E; 1NJY A; 4O55 A; 5ADX H; 4B9Q A; 4B1W B; 4CGG A; 3ID8 A; 4H5N A; 3SQ2 A; 1QVG M; 1NMD A; 1X3N A; 5DK5 A; 3M1F A; 4MO4 A; 1YF5 L; 3UKU A; 1NGG A; 4B3M K; 4CGI A; 4CHN A; 3O1W A; 2KKZ A; 4JK9 A; 3VQQ A; 2HHV A; 2BTF A; 4JI4 K; 3D7E O; 4OPK A; 2WTU A; 4DR7 K; 3AVC A; 4LSL A; 1RBR A; 4KHW A; 3H08 A; 3PV8 A; 5KRS A; 5E84 A; 4CGH A; 2P5O A; 1UOC A; 2Z1J A; 3THW B; 3KLE A; 2KFN A; 1F21 A; 1NLV A; 4QS8 A; 3BF3 A; 3R3L A; 4OPJ A; 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1EKE A; 3PO5 A; 4FCY A; 3ATV A; 3M8P A; 4DU1 A; 1RDU A; 5HOO A; 4IZ9 A; 3CPE A; 4IDK A; 2YNG A; 3H45 C; 1VQ8 N; 2PAV A; 3G71 N; 1KQS M; 1UA0 A; 3NHG A; 4JI8 K; 1IKW A; 3TU5 A; 3AVN A; 3ULD A; 4IOX A; 3MMV A; 4RCH A; 2ASP A; 4V19 S; 2XO7 A; 2DTU A; 4CFB A; 1VQK N; 4J2A A; 3ZSV A; 1SS6 A; 5SZT A; 4WCE L; 2IVP A; 4BRO A; 3AAR A; 4ILG B; 3VQE A; 5FPE A; 5KQD A; 5DM7 L; 1YJW N; 2WON A; 4CCH A; 3I0R A; 4JRQ A; 3WXI A; 1WN7 A; 3H46 O; 4EHT A; 2PBD A; 1TAQ A; 2XRI A; 4JHD A; 2HNZ A; 2JWK A; 4IDH A; 4DG1 A; 2B4J A; 2IVN A; 3DLL L; 3OYA A; 3ZSX A; 5KPR A; 1G15 A; 2UUB K; 3AVM A; 1Y97 A; 3A5N C; 1Q9Y A; 2HHQ A; 3LZI A; 4IFY A; 3TAB A; 3G0Z A; 3IG1 A; 2O8E A; 5M1P A; 4DFP A; 1SQK A; 4LD0 A; 4RW8 A; 4NCG A; 3OYD A; 4CZL A; 4O5B A; 4DR4 K; 2NRZ A; 1NJW A; 4AM7 A; 3HOS A; 2UUC K; 4FJ7 A; 3O9S A; 3VTH A; 4FXD A; 3ZYY X; 3VMF B; 3VQC A; 4DLG A; 1ZBS A; 2D0P A; 3V9Z A; 4OO1 J; 3VES A; 4CJS A; 2RHK A; 2KZM A; 5BN9 A; 3VEN A; 4FLT A; 3LDN A; 4PQU A; 1SUQ A; 4BRF A; 1CXQ A; 2WOM A; 3AO5 A; 1VQP N; 2QEX N; 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