The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
207
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structure length |
197
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Chain Sequence |
DIGSEFEGQELIVRAAVSELDPSNTIWLDIEGPPTDPVELALYQPAKKQYIHCFRKPHDEKGFKNGSRHSHGILMKDIEDAVPGVLSYVIGLLPPNMVITTQGSDDIRKLLDIHGRKDLKLIDVKFTSDQARQFEHQVWDKFGHLCKQHNGVIISKPSPDEPHCALLDCIMFHSAMSGELPKEEPIPLLPKEFLFFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Tacaribe virus
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| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Nucleoprotein
|
| total genus |
57
|
| structure length |
197
|
| sequence length |
207
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3R3L A; 3Q7B A; 4GVE A; 3MX5 A; 3MWP A; 3MWT A; 4GV3 A; 4GV9 A; 3Q7C A; 4GV6 A; 3MX2 A; 4FVU A; 4G9Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MCA B; 3NGY A; 1ILY A; 3QEW A; 3HK2 A; 4W5O A; 3LAL A; 4HVJ A; 4M3X A; 4JI7 K; 4DS4 A; 3QER A; 4K0K K; 3AVB A; 2VG7 A; 4JI3 K; 4IWV A; 4C1N K; 4BRF A; 1RT7 A; 4JKF A; 5TKW A; 2QWN A; 1K8K B; 3AV9 A; 4NYF A; 1E3M A; 2B4J A; 4DFJ A; 3G25 A; 2F4V K; 4FJG A; 4I2Q A; 3LP1 A; 5EX5 A; 1UWB A; 4PKG A; 3VGK A; 3P4I A; 2E2N A; 5AQR A; 3DYA A; 3PSI A; 3U9D A; 4BRM A; 3WQT A; 4UQG A; 2IOC A; 4JHD B; 1TL1 A; 1HX1 A; 1BCO A; 1C0G A; 1DLO A; 4FZY A; 4AM6 A; 4RW8 A; 3RMA A; 4H5N A; 1FKO A; 5AQY A; 4RG8 A; 3DM2 A; 4JI2 K; 5F2R A; 3NVM A; 3WQU A; 3HPG A; 5M1F A; 4FJ8 A; 4DV7 K; 3OYJ A; 2RF2 A; 1DT9 A; 1ATN A; 4HCB A; 1W2B M; 3H45 C; 4DFP A; 1ATS A; 4CD3 A; 4CGI A; 2W41 A; 5KI6 A; 1NGG A; 3AVA A; 3C7N B; 2A5X A; 5HRN A; 1G15 A; 4DFK A; 1TGO A; 4B1X B; 4BRA A; 4CHP A; 4WF9 L; 3DJC A; 4G9Z A; 5HRO A; 2W6K A; 2VG5 A; 4FJL A; 4JN4 A; 2WFB A; 4C8M A; 1S5J A; 3CM5 A; 3F9M A; 4IOC L; 4CJF A; 5AQW A; 1GLF O; 1NGE A; 3K9K A; 3CJ7 A; 4CJT A; 4WFA L; 2P5G A; 2E6M A; 4JHD A; 3OYF A; 4FJI A; 1HYZ A; 2E6L A; 4DWI A; 3I0S A; 3DRP A; 2JLE A; 2FBX A; 4FPA A; 1U6Z A; 3CQY A; 1LWC A; 3NF8 A; 5AQK A; 3WXL A; 1FKP A; 2O8B A; 4UY8 O; 4BQZ A; 3SNN A; 4HTU A; 5FDL A; 4ILJ A; 2HHV A; 4DU1 A; 2OTJ N; 1WLJ A; 3ZT0 A; 2KKZ A; 4H8K A; 4H0O A; 1KSP A; 4Z4E A; 3V1R A; 3HPH A; 3J81 O; 1NJY A; 3AO1 A; 1LV5 A; 2YJF A; 1SZ2 A; 5FRN A; 3EYZ A; 4JS5 A; 3LDO A; 4I9Q A; 2G8I A; 3SQ0 A; 3CCR N; 1RGI A; 2O8F A; 3JYT A; 3AVJ A; 1NMD A; 3V9Z A; 4BGB A; 4B3R K; 1DTT A; 2P9U A; 3HST B; 5C2F A; 3WXJ A; 1VQN N; 4R79 A; 3SBG A; 3JS6 A; 3A0I X; 1TUY A; 4N47 A; 3OHR A; 3D2E A; 3H3O B; 3NF7 A; 4FPB A; 1MWM A; 1NKE A; 1WB9 A; 2WOM A; 4BAC A; 1RBS A; 3BGR A; 3ZX0 A; 1NGH A; 3ISN C; 2VG6 A; 1JLF A; 1NK8 A; 1SL0 A; 4CIG A; 2YNF A; 3L2V A; 5CHI A; 2PFU A; 2PAV A; 3NH2 A; 2HST A; 1ESV A; 4CJP A; 3L3U A; 4QS9 A; 3SAH A; 3OS1 A; 3OTO K; 1NJI O; 3QO9 A; 3TAQ A; 3RMB A; 3K9J A; 3OY9 A; 3RTV A; 2NNW A; 1CZA N; 3IS9 A; 4YOX A; 4LF8 K; 2NRZ A; 3SUQ A; 3VEZ A; 4I6M A; 3LM9 A; 3D6R A; 3CCQ N; 3RVC A; 4CF2 A; 1EET A; 4DQQ A; 1QTM A; 3IKM A; 5EU7 A; 3WXI A; 4RW6 A; 3W3D A; 1Q7Y O; 4MO5 A; 2Q0R A; 3LP2 A; 5CZ2 A; 2GEM A; 3PV8 A; 2G8F A; 1J53 A; 4NYN A; 2G8K A; 5AQM A; 3AAR A; 4IG3 A; 4IKF A; 4BRI A; 2IGI A; 2GBZ A; 4ZTF A; 3O4W A; 4F3T A; 2P9P A; 5JVG L; 3MX5 A; 1C1A A; 4BRQ A; 3DLH A; 2E20 A; 3FGU A; 4FXD A; 2DFH A; 5BRH A; 1XHZ A; 3I0R A; 4XH4 A; 2X6N A; 3L4Q A; 4Z4H A; 4GW6 A; 5AQT A; 1C0T A; 2ITG A; 1T03 A; 3ZET A; 2W40 A; 4DLG A; 4H5R A; 1KAY A; 1ZBS A; 1X3N A; 3FZK A; 4K43 A; 2YX6 A; 4E1J A; 3G71 N; 5GAE P; 2G8W A; 5I42 A; 4KHN A; 1WOQ A; 5BRD A; 1QSY A; 5HL7 L; 1T8E A; 1KAZ A; 3SJH A; 4AHR A; 2F96 A; 2YKM A; 4CHY A; 3HI0 A; 3HJF A; 4NCA A; 4MDB A; 3RRG A; 5K14 A; 3EZW A; 5CZ1 A; 4JYA K; 4LC9 B; 4B9V A; 1QSS A; 3OYN A; 3VQQ A; 4CHN A; 5IWA K; 4ISG A; 1RTD A; 1RFQ A; 1RBV A; 4KPY A; 5C12 A; 3ZT2 A; 3M3Z A; 2B6A A; 4YHH K; 4A5B A; 3NGI A; 4DV0 K; 1R59 O; 1VSM A; 2VCP A; 4CZH A; 5H1S Q; 3OYM A; 4FZX C; 4O5B A; 4EHT A; 5C42 A; 3S3M A; 2YI1 A; 2QI2 A; 3HXM A; 3AGR A; 1TKD A; 1Q18 A; 4HHT A; 4CBX A; 3ULE A; 4B8C A; 2GWJ A; 2UUA K; 1L3U A; 3CMA N; 1RT2 A; 4CBW A; 1K8K A; 2BGG A; 1RNH A; 1ZBL A; 4LD0 A; 1CXU A; 3IFR A; 1QQN A; 3CQ8 A; 4W5Q A; 4MDA A; 3KWI A; 3EEQ A; 3SPY A; 4MQ3 A; 1D9F A; 2OAN A; 3J8A A; 3KJV A; 4FZZ A; 3VQ7 A; 3THV A; 4EZ6 A; 3AVI A; 3AVN A; 3CFO A; 3Q7C A; 1TL3 A; 4O0J A; 3R3L A; 5JS2 A; 3TTC A; 2QWQ A; 4OX9 K; 1NGI A; 3QML A; 2UYT A; 5DM6 L; 2R7Y A; 3V9X A; 3I33 A; 1QQM A; 3H1Q A; 4RW9 A; 4DV4 K; 2IC3 A; 1VSH A; 4IDH A; 4M3R A; 1SS6 A; 3K59 A; 3CCM N; 2VWB A; 4CZI A; 4X62 K; 3VTH A; 4O0I A; 1LOT B; 1KXP A; 3OS0 A; 1Q81 O; 2P9P B; 3E1Y A; 3OBY A; 4YOT A; 3KD1 E; 3HL8 A; 3HBT A; 4KTZ A; 4OLB A; 2HNY A; 4MLE A; 4FOI A; 4EAH D; 3DLL L; 2UXD K; 3O08 A; 1MA9 B; 3K0S A; 3SQ2 A; 5KGX A; 5C25 A; 2D4W A; 3QLH A; 3NE6 A; 4LFA K; 3VOV A; 4JKG A; 1ZC6 A; 3MED A; 2CGL A; 4F2R A; 4JI5 K; 4QS8 A; 5BRF A; 4CJU A; 3CJA A; 4I9L A; 3DMJ A; 4ILH A; 3CJC A; 3C65 A; 1QHT A; 5M1P A; 4B9M A; 3QEV A; 4N76 A; 3T1Y K; 5LL6 Z; 2HHS A; 2P9U B; 3AVH A; 4DS5 A; 3VQ5 A; 3THW A; 2J4R A; 4DUY K; 1FJG K; 2QWO A; 2W6L A; 2QEX N; 4AM7 A; 4C8L A; 1S1U A; 1WSE A; 1RCH A; 4DQS A; 3T1H K; 4H5T A; 1GOA A; 1VSD A; 2EHG A; 2FC0 A; 2JWL A; 1YVN A; 5LMN K; 1TK0 A; 4FLZ A; 3ZSW A; 1TVR A; 3SMS A; 3TI0 A; 2HHU A; 1VHX A; 3VQ9 A; 1U49 A; 4NLB A; 4WQ4 A; 3L2R A; 2GV9 A; 2P9N A; 3MAQ A; 2VYP A; 2LSN A; 3RMC A; 2KLA A; 5AZJ A; 3PX0 A; 3U6F A; 4CEC A; 1O13 A; 3O3H A; 2NRV A; 1LWE A; 4H0P A; 4CJE A; 2G8V A; 1VRT A; 5I3U A; 3TAG A; 1NOY A; 3VQD A; 4KI4 A; 3E9P A; 2O8C A; 2DTU A; 4BRN A; 3GE1 A; 3Q7B A; 3CD6 N; 2HF4 A; 4FCY A; 4B8A B; 3G10 A; 2YNH A; 3VQ4 A; 4FWS A; 1KQS M; 4PL8 A; 4E19 A; 3O1W A; 4Q0B A; 4FM1 A; 4FJ5 A; 4CEO A; 4IEE A; 4XH5 A; 3P5J A; 3D0P A; 1VQM N; 4OKE A; 1VQ7 N; 4KAZ A; 3HYF A; 5LJV A; 2Q31 A; 3OW2 M; 3CM6 A; 1WBD A; 1K6Y A; 1I39 A; 3ZT1 A; 4B08 A; 4JK7 A; 4FLX A; 4WCE L; 2XY6 A; 4MLH A; 2GUP A; 3L6Q A; 4DR3 K; 2HND A; 2QWL A; 3CCS N; 3THY A; 4Y0W A; 3WNF A; 1IBM K; 1JL1 A; 1DKG D; 2XHB A; 2HF3 A; 4FJ9 A; 3WNH A; 5HRR A; 1Q9X A; 1QHA A; 4KHQ A; 3QB0 A; 3ZSQ A; 3VGM A; 3MCP A; 1HJO A; 3ZLJ A; 3RRH A; 4H5V A; 3LDS A; 3OYK A; 5AQH A; 2BDP A; 3L4I A; 3FR0 A; 4FYD A; 3WXK A; 4A61 A; 3SPZ A; 4WQ5 C; 4J2E A; 4JI4 K; 3CPW M; 4CEB A; 1V4T A; 2YKN A; 3AA3 A; 3C7N A; 1RTH A; 2NRH A; 5AQI A; 4K25 A; 3PIO L; 3OYG A; 4FW2 A; 3TAN A; 4KHY A; 3CYM A; 2E1Z A; 5F0X A; 4KBO A; 3KLE A; 5KTQ A; 1N8R O; 2D0A A; 4OGE A; 4KFB A; 4JK9 A; 3NFA A; 5FPE A; 3S3O A; 4I6M B; 4KRE A; 3O9T A; 1KLN A; 3HRG A; 3P83 D; 1JLG A; 1U2V A; 1OKJ A; 2ITM A; 4BDP A; 4FVU A; 4DMN A; 4CJK A; 3L2W A; 1ZBH A; 4HCC A; 1X1P A; 3SI6 A; 2PBD A; 4KI6 A; 3E9L A; 4BC2 A; 2IAJ A; 3KK2 A; 3KZB A; 2BE2 A; 2V51 B; 3CQX A; 3NDK A; 4LSN A; 1L3S A; 3G0Z A; 3U9Z A; 4E0D A; 2F8T A; 3NMU A; 3VEN A; 3M8Q A; 3CFR A; 4CJL A; 2QKK A; 1EWR A; 3VER A; 3HM9 A; 4K8X A; 1XI1 A; 2EX3 A; 2HMP A; 4CD1 A; 1HLU A; 3PY8 A; 3CI5 A; 1YJ9 N; 1S1T A; 3MN9 A; 3PUF A; 4OPJ A; 1VQK N; 3DXK B; 1YTU A; 4CZK A; 5J2M A; 4JRP A; 1WSI A; 4LF7 K; 1HPZ A; 4E1M A; 1UA1 A; 3H08 A; 5E26 A; 3KKS A; 2E88 A; 4CJR A; 5JIC A; 3U8X A; 4DR1 K; 3CCL N; 3AVF A; 5ELZ A; 1BQM A; 1NMN A; 4CJ7 A; 3VEV A; 5EVZ A; 1WSG A; 5DM7 L; 1WSH A; 4KTW A; 3LDQ A; 1K73 O; 3J7A P; 3DI6 A; 5AQS A; 1QQC A; 4Z4F A; 5AQQ A; 4LSL A; 3KIO A; 4CFC A; 4H03 B; 3J7Z O; 1VQ5 N; 2KHO A; 4IFE A; 2HBM A; 3L2Q A; 1RT1 A; 5BR8 K; 5C15 A; 4JV5 K; 2OA8 A; 1HNI A; 4XIU A; 3LZI A; 4BR9 A; 3DWL A; 1OH5 A; 1BG3 A; 2ATQ A; 1RDD A; 1JLE A; 4BQL A; 1HKB A; 1RBR A; 1QZ5 A; 1NNE A; 3N4P A; 2IDO A; 2FSN A; 5C10 A; 2CH5 A; 5M1O A; 4XH1 A; 1C1C A; 1YIT N; 1NGB A; 1GLB G; 4FWO A; 5TKY A; 1SUQ A; 3SLC A; 3BDP A; 4FLV A; 1N32 K; 4FLT A; 3P39 A; 5JS1 A; 2O8E B; 1TYQ A; 1VSJ A; 2HVI A; 4NLC A; 4AF1 A; 3UKU B; 1NJZ A; 4BG8 A; 4AHU A; 4IXC A; 2D0C A; 5EY4 A; 1QQO A; 4E7H A; 3AA4 A; 4DTM A; 1VK0 A; 4W5N A; 1BDG A; 5AQU A; 3I8B A; 3UB5 A; 3K5M A; 1K9M O; 2A3Z A; 3CJ9 A; 1NKC A; 4RWT A; 2YHW A; 4BRL A; 3QNN A; 1U04 A; 2JGU A; 2NRT A; 5C0Y A; 3NCI A; 1A5V A; 4E7J A; 4CGD A; 5BRE A; 2GX9 A; 3VMF B; 4DB3 A; 4EIA A; 4JD2 A; 5BN9 A; 1ZYQ A; 3HZ6 A; 1JCG A; 1BOT O; 5BPL A; 4B3S K; 1UAX A; 3VET A; 3OYL A; 1DTQ A; 1NWK A; 2QW9 A; 5SZT A; 3WT0 A; 4JI8 K; 1HNV A; 3W0L A; 2ZJR L; 1ZXO A; 3OYH A; 4CEF A; 4H0X B; 2P9L B; 3MEG A; 4C8N A; 4DQ8 A; 4B1W B; 4CF1 A; 2NZT A; 3K57 A; 1BIU A; 4GNI A; 2IVP A; 2QTD A; 4B9U A; 4JKA A; 1JLC A; 1WSJ A; 4DSE A; 4CJW A; 4H0V B; 5J2P A; 1NOZ A; 4HWI A; 3O9U A; 2G8H A; 2PYL A; 3BF3 A; 3M5R A; 4BRP A; 4FJM A; 4O44 A; 4DSF A; 3TAR A; 2RKI A; 5FPM A; 3T7Z A; 1RTI A; 1X9J A; 5MLC Q; 1BHL A; 4F3O A; 2IS3 A; 1Y97 A; 1TAQ A; 5E41 A; 4WFB L; 3K5O A; 3MK6 A; 4PY5 A; 1XHX A; 4L3Q A; 5KRS A; 4CF8 A; 3PSF A; 3PLA A; 2AP1 A; 1ASU A; 4JI0 K; 2HBJ A; 3E66 A; 3D45 A; 3M8S A; 3WNE A; 3K2P A; 4CZJ A; 2F9W A; 3LAN A; 4KH4 A; 2VWJ A; 3RR7 A; 2RE2 A; 2O8D A; 4X66 K; 4WE1 A; 2OCE A; 3WEE A; 3DRR A; 4A5A A; 3DLK A; 4DKW A; 2E2P A; 3E01 A; 3VQB A; 3MXJ A; 2O8E A; 1RDU A; 3ZSV A; 1Q86 O; 5BPM A; 2O8D B; 2OZS A; 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3FFK B; 1XWL A; 3ZYY X; 3ULD A; 3HM8 A; 1EWQ A; 3KLF A; 3SYZ A; 2BAN A; 3VF2 A; 1B9F A; 3V81 A; 1U47 A; 3KWG A; 4OKK A; 1Q8I A; 1ZBF A; 4FM2 A; 1P90 A; 1NGD A; 2DFE A; 3KD5 E; 1YXQ A; 4FL9 A; 4BR0 A; 3BEX A; 1JLB A; 1C6V A; 3AA2 A; 4YOW A; 2UUB K; 1GLJ O; 3TSQ A; 2Q1N A; 4CE9 A; 3PIP L; 3BP8 A; 1GLD G; 1XC3 A; 4CFD A; 3K5L A; 3D2F B; 3QEP A; 4JI6 K; 3VEY A; 3DOK A; 1JJ2 M; 2O8C B; 1HRH A; 3LZJ A; 3S3N A; 4J2D A; 4A2B A; 3ZEU A; 4CJQ A; 4CZF A; 4GKJ K; 1HNZ K; 3VEW A; 1S1W A; 1KCF A; 3HOS A; 1RDW X; 4ZHR A; 5A2Q O; 1Z6R A; 4JEP A; 2E8A A; 2UU9 K; 1ASW A; 2Z1J A; 4BE1 A; 1KVB A; 1IJJ A; 1GLL O; 4IBN A; 3A8Y A; 1J6Z A; 1RDB A; 4M7Y A; 4CJ4 A; 4FJ7 A; 2FBY A; 1VSF A; 2XO7 A; 2GTD A; 3SQ4 A; 3ZEU B; 4JKC A; 4BRG A; 4DQP A; 2D1K A; 2P9I A; 3EKU A; 4M3T A; 2QA4 N; 4O8U A; 4DV6 K; 3O8M A; 2Q0U A; 4E7K A; 3MX2 A; 3A5M C; 3SAF A; 4ISF A; 3FE1 A; 3VN5 A; 4DR4 K; 1D9D A; 2YV0 X; 2HMI A; 4B9T A; 3ULE B; 1N6Q A; 3VEX A; 4X64 K; 1ZBI A; 2KZM A; 2YNI A; 3OYC A; 4X65 K; 1NK5 A; 4U67 L; 2F9T A; 2GEL A; 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