The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
207
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structure length |
197
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Chain Sequence |
DIGSEFEGQELIVRAAVSELDPSNTIWLDIEGPPTDPVELALYQPAKKQYIHCFRKPHDEKGFKNGSRHSHGILMKDIEDAVPGVLSYVIGLLPPNMVITTQGSDDIRKLLDIHGRKDLKLIDVKFTSDQARQFEHQVWDKFGHLCKQHNGVIISKPSPDEPHCALLDCIMFHSAMSGELPKEEPIPLLPKEFLFFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Tacaribe virus
|
| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nucleoprotein
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| total genus |
57
|
| structure length |
197
|
| sequence length |
207
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GV9 A; 3MWT A; 3MX2 A; 3Q7C A; 4G9Z A; 4FVU A; 3MWP A; 4GVE A; 3Q7B A; 3R3L A; 4GV3 A; 4GV6 A; 3MX5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AO5 A; 4JKD A; 2A42 A; 1VQ7 N; 3QFU A; 1O13 A; 4ZHR A; 4E7H A; 5C15 A; 3PUF A; 3NF8 A; 4BC5 A; 5AQK A; 3NE6 A; 5ADX A; 1QTM A; 2O8F B; 5EVZ A; 1RT2 A; 4AHU A; 1CZB A; 3TAF A; 5M1P A; 2DFF A; 1FXX A; 3ID6 A; 4U7B A; 1R59 O; 4WQ5 A; 3RR8 A; 4O0I A; 4CGH A; 1QSY A; 4K41 A; 4CEQ A; 3NHG A; 3AA5 X; 5LJW A; 3LL3 A; 1VQP N; 3TWH A; 5H1S Q; 2F7T A; 3SCX A; 3OW2 M; 3LWL A; 3H6E A; 2NRT A; 1NK5 A; 2HOE A; 3DLK A; 4JS5 A; 5CZ2 A; 4FPA A; 3TTC A; 2ZD1 A; 1BL3 A; 2YI1 A; 3ZEU B; 4BR7 A; 4FLW A; 1KVA A; 4CHO A; 3LWM A; 3KIO A; 5AQV A; 1YTA A; 1KCF A; 3ATU A; 1LW2 A; 2HB5 A; 1K73 O; 4KI6 A; 2G8W A; 4GNI A; 4DV6 K; 5AFU A; 3ZSR A; 4RW9 A; 5HOO A; 2CGJ A; 5EX5 A; 2UUA K; 4FJ7 A; 1N32 K; 3TAN A; 1VSE A; 1KC8 O; 4DU1 A; 3RRG A; 1A5W A; 5CHI A; 3P1G A; 4O8K A; 2P5G A; 4F2R A; 1TK5 A; 3M8Q A; 1HX1 A; 4FWL A; 2QEX N; 4FK4 A; 4IG0 A; 1NKB A; 2ETJ A; 4QS7 A; 4E7K A; 3W0L A; 3MXM A; 2G8U A; 1Q82 O; 1T6C A; 2ASM A; 4LC9 B; 3VGK A; 4EAH D; 2Q1N A; 3VES A; 4FM2 A; 4FM0 A; 2IDO A; 5HP1 A; 1WAJ A; 3HOS A; 1EX4 A; 4HTL A; 4E19 A; 2XY5 A; 1N5Y A; 2OA8 A; 3O4Q A; 2VQF K; 2B4J A; 3HP9 A; 4EZ6 A; 4K42 A; 1IG8 A; 4GKJ K; 4Z4H A; 4CZF A; 4JKC A; 2YJF A; 1C0G A; 2OTL N; 3AVA A; 4CJP A; 3EO3 A; 3EKU A; 4I9L A; 3SJH A; 1H1V A; 3SV4 A; 2UXC K; 2GUI A; 2OPR A; 2O4G A; 4JI0 K; 4NXN K; 3S3N A; 3PV8 A; 3V1Q A; 4KRE A; 1SS6 A; 3AY9 A; 2KZM A; 1JLB A; 4FJK A; 3TAG A; 4L8R B; 3CPE A; 5AR0 A; 3MN5 A; 4MFB A; 2VGM A; 4IDK A; 2HNY A; 4LH5 A; 2X78 A; 3CI5 A; 1ATR A; 1JLG A; 1WOQ A; 3QB0 A; 3OYM A; 4DR7 K; 3ENO A; 3THY A; 5AJ3 K; 3J7Z O; 4ILG B; 4JK7 A; 3SUP A; 1T8E A; 3C6T A; 3B8A X; 3L8B A; 1YHQ N; 2QI2 A; 4EP5 A; 3OJS A; 1UA0 A; 4YOT A; 1BQM A; 4O5B A; 4E0D A; 1U4B A; 4CED A; 1Q86 O; 2JWK A; 2D1K A; 4OGC A; 4DTS A; 4BQZ A; 4BRL A; 4MLH A; 4FLT A; 3HYF A; 1NGE A; 1WSI A; 1RT5 A; 1VRU A; 2YCH A; 4IEE A; 3P31 A; 4FLU A; 4DSK A; 1YJN N; 1QVG M; 3NF7 A; 2A41 A; 4B9L A; 3ULE A; 5KGW A; 4A2A A; 2P9P A; 4AHR A; 2OZM A; 1BG3 A; 3VN5 A; 3F9K A; 4C8L A; 4LD0 A; 3IRX A; 2QA4 N; 2VYP A; 1DTT A; 2PYL A; 3SPY A; 4I7F A; 3Q7C A; 4CIF A; 4EP4 A; 1RFQ A; 4O5F A; 2E88 A; 3OBY A; 1RTI A; 1D9D A; 4Y1C A; 1C1C A; 2VG5 A; 3F5T A; 4LFC K; 1VSD A; 1HQE A; 3HVT A; 3CCJ N; 3KD1 E; 1MWK A; 4OLB A; 1C0M A; 2GBZ A; 4BRD A; 4DR6 K; 2UYT A; 2QWQ A; 4PKI A; 3L2V A; 2HBM A; 1WSH A; 3HBT A; 5FPM A; 4CJU A; 3CET A; 1UAX A; 2VWK A; 5C2D A; 1WNS A; 3V6D A; 2PFU A; 3M8S A; 2KFZ A; 2AP1 A; 4YOX A; 4ELT A; 4FO0 A; 1VSJ A; 1IG9 A; 3OJU A; 3QIC A; 3CHW A; 4BC2 A; 1I39 A; 2XY6 A; 5J2P A; 4AHS A; 1U48 A; 3LDQ A; 4LF5 K; 3RTV A; 4CJV A; 2HHX A; 2NLX A; 4JHD A; 4LF4 K; 1SKR A; 3FE1 A; 3KK7 A; 2P9S A; 5BPL A; 4Q0B A; 5AQZ A; 4WE1 A; 2JLE A; 4PQU A; 3NF6 A; 4O4G A; 4IO8 A; 3AVG A; 4DWI A; 3AA2 A; 1B9D A; 4OKJ A; 4BY9 C; 2KHO A; 4DS5 A; 4L3Q A; 4CK1 A; 3KKR A; 5CE3 A; 2IGI A; 3OYD A; 3EKS A; 4CEC A; 3LZJ A; 2KFN A; 4GVM A; 4JAX A; 2YHX A; 2F4V K; 3V81 A; 3AV9 A; 3O3G A; 5GIP A; 3V9U A; 1S1X A; 3VQC A; 4FJJ A; 5AZJ A; 4DUZ K; 1LOT B; 3TAE A; 3DRS A; 4WQ4 A; 4O0J A; 2QW9 A; 4I6M B; 4DTJ A; 2F9T A; 1NJZ A; 2QWR A; 1ZBL A; 3CJC A; 4GV6 A; 3FLC O; 4OVL A; 3DLE A; 3KLE A; 1A5V A; 1Q8I A; 1WSF A; 4M3X A; 5ADX H; 3OYN A; 3QBX A; 4NLB A; 3TAQ A; 3T69 A; 4B3O A; 1KAX A; 1VSI A; 4BG9 A; 2WFB A; 4CHQ A; 3FZF A; 1U04 A; 4BR9 A; 4UQG A; 1XMO K; 4KHP K; 4FW2 A; 1OH5 A; 2JGU A; 3Q7B A; 4BRI A; 5KPZ A; 1I3A A; 1KLM A; 1ZBS A; 5C12 A; 1B9F A; 4CZJ A; 4YDU A; 5M1O A; 2XY8 A; 3L4Q A; 4FOI A; 4H8K A; 2ATQ A; 4H0P A; 5E84 A; 1NBW A; 2GX9 A; 3A2F A; 4DTR A; 1NMD A; 4B9S A; 3PO5 A; 5CR4 A; 1GLA G; 1RDB A; 2XY7 A; 3DOL A; 4JK8 A; 3NCI A; 4LY7 A; 4H5W A; 1TV6 A; 4JKE A; 4CFB A; 5AFU H; 1ZBF A; 5F2R A; 4CJT A; 3LDP A; 5GAD P; 3NH2 A; 4GMJ B; 4QOZ B; 4DV2 K; 1CZA N; 4ELV A; 2A40 A; 2FLO A; 2HMI A; 4B1Z A; 5EY4 A; 3NH0 A; 3KTQ A; 1J53 A; 3DXM B; 1P8Z A; 3D2E B; 4CIG A; 3IKM A; 1TYQ B; 4ZTJ A; 3C7N B; 4A62 A; 2A3Z A; 4CJ5 A; 5AQM A; 1VSH A; 4B1V A; 3D7E O; 5EOY A; 1NOZ A; 3J7A P; 2HW3 A; 3RR7 A; 1MU2 A; 3CIP A; 4DQR A; 3TTD A; 4XH5 A; 5HRO A; 5C10 A; 1OH8 A; 3PIO L; 1YIT N; 2O8D B; 2HHU A; 4BC3 A; 3EZ5 A; 3CQX A; 1HQU A; 3WXJ A; 4KKO A; 3N4Q A; 4GV9 A; 4CBU A; 4CI6 A; 4DR3 K; 3ZSZ A; 3ZT1 A; 1M1K O; 5JS1 A; 1XHZ A; 2CGL A; 4CER A; 1J5E K; 3C0B A; 3ZX3 A; 2Z1G A; 3D2F B; 3SYZ A; 1S1U A; 4G1Q A; 3DRR A; 3SAH A; 3CER A; 1B92 A; 1VQM N; 3SNN A; 4PKH A; 3AAR A; 3TSQ A; 1TUY A; 1QZ5 A; 2YNH A; 1RDD A; 1VRT A; 3SV3 A; 4JN4 A; 3RRH A; 3V4I A; 2YNG A; 5EXW A; 1NK6 A; 4M3Z A; 4H5N A; 1V4S A; 1BI4 B; 3VET A; 4IOC L; 3ENB A; 5C42 A; 3VF2 A; 3LAM A; 1QSS A; 1BOT O; 3WNE A; 3HPG A; 3AGK A; 4IZ9 A; 5BN9 A; 3WXL A; 1VSL A; 2G8H A; 4X64 K; 1TKX A; 5SWM A; 1JLC A; 1TL3 A; 2HBL A; 2LSN A; 3OYF A; 2H3G X; 1EWR A; 5IWA K; 3CC2 N; 2VWB A; 1SL1 A; 1ESV A; 4JI7 K; 1NGF A; 1YXQ A; 4QCL A; 4CBW A; 3MXI A; 3AA4 A; 3OYJ A; 2FSN A; 1G99 A; 4ISG A; 4IJA A; 4HUE A; 4UY8 O; 3DLG A; 3G25 A; 4IDH A; 3IAY A; 3JXU A; 4ZTF A; 3T1A A; 5DMR A; 4NCA A; 4CEB A; 4CEZ A; 2P9I A; 4H0O A; 4C1N I; 5M1K A; 3VEO A; 3L0Q A; 3AVI A; 4DV5 K; 1RDC A; 3V1O A; 1S22 A; 4FW1 A; 4LSL A; 4CJ4 A; 5FLX O; 4E89 A; 1NK4 A; 3FZM A; 4RWT A; 1IO2 A; 3NH1 A; 3EE8 A; 3KWG A; 4YNQ A; 2EX3 A; 4HCC A; 3CFP A; 3DXM A; 3SPZ A; 5JLF A; 4BRE A; 2GUP A; 4AQY K; 1TKD A; 1ATN A; 4FPB A; 3C7N A; 2W41 A; 4BDZ A; 4YOU A; 4KTW A; 1SQK A; 1EO1 A; 3DYA A; 4FLZ A; 3M8R A; 1REV A; 2D0O A; 2OZS A; 2Q97 A; 3VQA A; 3CQY A; 3ZSX A; 2PYJ A; 4E1N A; 1HPM A; 4O44 A; 3SQ1 A; 3LAL A; 3R3L A; 1CXQ A; 5AQQ A; 4MLE A; 4X65 K; 3LM9 A; 3O3F A; 4QAG A; 1YIJ N; 3QLH A; 4CJ7 A; 1XMQ K; 4WQ4 C; 2G8V A; 3QIO A; 4CBX A; 3ZSQ A; 3SAF A; 1YVN A; 5KQ8 A; 5DM7 L; 1FJG K; 1ATS A; 3LPT A; 3KJV A; 2DFH A; 2E2O A; 3F73 A; 4NYN A; 4OPK A; 2IAJ A; 1NNE A; 3D2F A; 2Y1J A; 4JS4 A; 4JYA K; 4EIA A; 4FLY A; 3TR8 A; 5C2F A; 2ZJR L; 5FPN A; 1D9F A; 4AHC A; 2NRH A; 3J7Y P; 4JI1 K; 2Z1J A; 1RT7 A; 3HK2 A; 2BH1 A; 3K58 A; 4MDA A; 3K59 A; 5I9E B; 4DTX A; 3HT3 A; 5AQF A; 3AAP A; 3I33 A; 1BI4 A; 2A6A A; 2HBK A; 4DV1 K; 4RCH A; 3ENH A; 1IBL K; 3MX2 A; 4IFY A; 1KFS A; 4YDU C; 3DAW A; 4KFB A; 3VQD A; 4N41 A; 3V9Z A; 4IOA L; 3DLR A; 4BC4 A; 3THY B; 4FJN A; 4Y0W A; 5T7B A; 2PZS A; 4WFA L; 2FSJ A; 3MN9 A; 4DSE A; 2E20 A; 1ZC6 A; 4CCH A; 2WUS A; 3V1R A; 2I5J A; 3SZ2 A; 1IKV A; 4PHT X; 3I8B A; 3O80 A; 4KB0 A; 4CD1 A; 1JL1 A; 1QQO A; 4BRG A; 4IBN A; 4E1M A; 4CIE A; 1CXU A; 2ZWH A; 4CZM A; 3BUZ B; 3E9O A; 2Q0U A; 3QER A; 3K57 A; 3QEX A; 3WEE A; 3CJ7 A; 4N5S A; 3C6A A; 3O4N A; 5M1F A; 3AVL A; 5HRR A; 3WQT A; 4IO9 L; 3MN6 A; 2P5O A; 2WC9 A; 4IFE A; 3ULE B; 3V9S A; 3THW A; 2P9P B; 4F3O A; 3TAB A; 3VMF B; 3CMA N; 3OYC A; 5HRN A; 1FW6 A; 4KH5 A; 4DKW A; 1S1V A; 3QNN A; 4MO4 A; 3VQE A; 2CH5 A; 1YVU A; 3MMV A; 3G0Z A; 3JS6 A; 4MQ3 A; 5CYM A; 3QBW A; 2V52 B; 5TKY A; 1JKH A; 4LF6 K; 1K8A O; 3MEC A; 3CJB A; 1HYS A; 1FK9 A; 4LF9 K; 3ZET B; 4DHY A; 4IJN A; 3VQ8 A; 4KTQ A; 4FWK A; 1K9M O; 3BDP A; 5AQH A; 1XI1 A; 3ASM A; 2HHQ A; 4BRO A; 2X6N A; 4H5R A; 5KRS A; 3J80 O; 2FBV A; 3VPZ A; 4B9U A; 4M63 C; 5AQJ A; 3P83 D; 4DUY K; 4ISF A; 5EU7 A; 4J2E A; 3C94 A; 5B8H A; 4M7Y A; 5KTQ A; 1BQN A; 3K5M A; 1OVQ A; 3TTF A; 4A61 A; 1WAF A; 1VQ6 N; 4JKF A; 3ZCM A; 2PY5 A; 4DQS A; 1VQN N; 3QIN A; 4PUO A; 3RSE B; 1XHX A; 4JKH A; 4FVM A; 4EHU A; 1X9M A; 2UUC K; 4B3S K; 3SQ0 A; 3GG4 A; 4BRC A; 2FXU A; 4JHD B; 1QQN A; 2P9S B; 1C1B A; 3SMS A; 2HHV A; 5AQX A; 4H4M A; 3U9Z A; 3G6E N; 3IMX A; 3G4S N; 2HF4 A; 4FM1 A; 5LJV A; 1TKT A; 2FF6 A; 5C25 A; 3HPH A; 4M41 A; 3UB5 A; 4F3T A; 3LP1 A; 4IEI A; 1HKC A; 4X66 K; 4DSI A; 2O8E B; 1HPZ A; 3SUQ A; 3AVM A; 1IBM K; 3W3D A; 2WBN A; 3K2P A; 1GOA A; 5M1N A; 3LDL A; 3M6G A; 1UOC A; 3VOV A; 1R0A A; 2OCE A; 2QXL A; 4M3T A; 3K9K A; 4B9T A; 4F4K A; 4FZX C; 4RW7 A; 1SUQ A; 5AZJ B; 4OGE A; 1HNZ K; 5AQN A; 3KD5 E; 1WSE A; 1T44 A; 2A1S A; 3ZSW A; 4CHP A; 4AIL C; 5KRT A; 1BCO A; 1YF5 L; 3UE5 A; 3CYM A; 1NOY A; 1E4G T; 4BRP A; 3ALY A; 4JI3 K; 4DQP A; 4CGD A; 1T6D A; 3ZSV A; 4CGJ A; 4QS8 A; 1C6V A; 2BDP A; 3THV A; 1M90 O; 4V19 S; 2P51 A; 3IFR A; 5E41 A; 2IVN A; 5C24 A; 4B08 A; 3OA9 A; 5JS2 A; 3CM6 A; 3O4W A; 3S3O A; 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3KLG A; 1GLC G; 5BPM A; 3DLB A; 1GLB G; 4C8M A; 3ISN C; 5AQI A; 4X62 K; 1QSL A; 1UWB A; 1JLF A; 2AA4 A; 3OYB A; 1U6Z A; 2V51 B; 4H4O A; 4B1W B; 4AM7 A; 3HTV A; 3CCQ N; 1KSP A; 1E3M A; 2QKB A; 2UXD K; 4A57 A; 3LDN A; 3SUN A; 3QET A; 4KHU A; 2B6A A; 3KKS A; 4OKE A; 3CG7 A; 1IV0 A; 4ICL A; 3QFP A; 1QHA A; 1Z05 A; 1TAU A; 1KAZ A; 4CZL A; 1Q18 A; 4RTF D; 4BR2 A; 3AA3 A; 3N4P A; 3O08 A; 3A5N C; 3L2U A; 4BAC A; 1U2V A; 1KAY A; 3O6W A; 4AH9 A; 2VQE K; 4A2B A; 1TL1 A; 2EWS A; 2Q3S A; 1G15 A; 1A5X A; 4B9M A; 5BR9 A; 3KWI A; 1XWL A; 4PA1 A; 1YJ9 N; 4FWN A; 1DKG D; 4YOR A; 5TKW A; 2QXF A; 3P39 A; 2D4W A; 1HYZ A; 4PKG A; 3NGZ A; 2P9I B; 3VQ9 A; 1JLQ A; 1N6Q A; 1Z25 A; 4IOX A; 3M1F A; 2R7Y A; 2RKI A; 2VWJ A; 1Y64 A; 2KTQ A; 3MED A; 4JKG A; 1KFD A; 4FWP A; 4OPA A; 4KB1 A; 4CK3 A; 1MDU B; 5JLH A; 4BDY A; 3WNH A; 1ZBI A; 3AVH A; 3PX0 A; 3H1Q A; 4M42 A; 3D6R A; 1LV5 A; 4JKB A; 3QEW A; 1RT1 A; 1D5A A; 2GEM A; 3VEY A; 4BQL A; 3EY1 A; 4DTP A; 3JSM A; 2VG6 A; 3VQP A; 4CD3 A; 3AVB A; 2NRZ A; 4DQQ A; 1NGB A; 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