3GG4A

The crystal structure of glycerol kinase from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
542
structure length
537
Chain Sequence
LASYFIGVDVGTGSARAGVFDLQGRMVGQASREITMFKPKADFVEQSSENIWQAVCNAVRDAVNQADINPIQVKGLGFDATCSLVVLDKEGNPLTVSPSGRNEQNVIVWMDHRAITQAERINATKHPVLEFVGGVISPEMQTPKLLWLKQHMPNTWSNVGHLFDLPDFLTWRATKDETRSLCSTVCKWTYLGHEDRWDPSYVGLADLLDNNAAKIGATVKPMGAPLGHGLSQRAASEMGLIPGTAVSVSIIDAHAGTIGILGASGVENANFDRRIALIGGTSTAHMAMSRSAHFISGIWGPYYSAILPEYWLNEGGQSATGALIDHIIQSHPCYPALLEQAKNKGETIYEALNYILRQMAGEPENIAFLTNDIHMLPYFHGNRSPRANPNLTGIITGLKLSTTPEDMALRYLATIQALALGTRHIIETMNQNGYNIDTMMASGGGTKNPIFVQEHANATGCAMLLPEESEAMLLGSAMMGTVAAGVFESLPEAMAAMSRIGKTVTPQTNKIKAYYDRKYRVFHQMYHDHMRYQALMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords glycerol kinase
publication title The crystal structure of glycerol kinase from Yersinia pseudotuberculosis
rcsb
source organism Yersinia pseudotuberculosis
total genus 167
structure length 537
sequence length 542
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gg4A01
3.30.420.460 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gg4A02
2IVNA 1P8ZA 1KAZA 2IVOA 4FO0A 4Z94A 4FWPA 2HMPA 4BC4A 1HKGA 2ASPA 1E4GT 5JMVA 3FZMA 5CE3A 2ASOA 2Q2RA 2A5XA 1JCFA 3M6GA 2YHWA 2HF3A 1ZC6A 3BEXA 1NGCA 3O1BA 4HTLA 4CZMA 4CZJA 3SJHA 1MDUB 5LY3A 1RDWX 3DJCA 4K41A 2P9NB 2UYTA 1QQOA 1D4XA 5AQOA 2P9PB 4B9QA 2KHOA 5AZIA 4H5RA 4BG9A 2FXUA 1NGEA 4I6MA 1V4TA 2AP1A 3SMPA 2Q0UA 3O8MA 3OHRA 2Q36A 2CH5A 1TUYA 1NGDA 4QS7A 1SAZA 1U6ZA 2BUPA 3ZETA 1ATNA 4FPBA 1X3NA 2A3ZA 4GNIA 4CZKA 3H3NO 1TYQB 3FZHA 1BWFO 2P9PA 4ISEA 2NZTA 3R6MA 4H5VA 4EFHA 3EZWA 1HKBA 1T44A 3BF1A 3VF6A 2QWNA 5KPRA 1NGFA 4FWQA 1IG8A 1BA0A 3ENOA 3LM9A 3O4WA 4RTFD 4QS8A 2A41A 4B1YB 4H0PA 3RSEA 4O8KA 4WQ4A 3VETA 4JD2B 3CQXA 4K25A 4NB4A 3FZKA 4A2AA 3QFPA 1MA9B 3MDQA 4CBWA 3CJBA 4DHYA 4JHDB 2D0PA 4DQ8A 3O08A 5ADXH 3DXKB 1BG3A 3CETA 3A5LC 3LDLA 4B1VA 4FWKA 4M63C 1CZAN 5BPMA 2ZGZA 3H46O 3WQUA 1ATSA 3VEOA 1GLBG 2YI1A 4H5WA 4CZEA 3WXIA 4CD1A 3DXMB 1K8KA 2PAVA 3ATVA 4IXCA 4BVPA 4FWOA 2GELA 1GLAG 3G25A 2P9UB 4H5NA 4CD3A 3DXKA 4XEIA 1HX1A 2QWOA 5E84A 3AY9A 4ISFA 5F0XA 2P9LB 3WXKA 2Q1NA 4KBOA 2VCPA 2V51B 1ZXOA 3IFRA 4ISGA 3WXJA 2P9SB 2ZF5O 4H03B 4H0OA 3UKUB 4BR9A 1NM1A 3EKSA 3F9MA 2P9IA 2YJEA 5BREA 2NLXA 1NMDA 2D0OA 4CBXA 3HBTA 3IMXA 4NO7A 4BGBA 2E2NA 1OKJA 3BUZB 1GLDG 4BRNA 3MN7A 4BREA 4C23A 3H1QA 3VEZA 3WQTA 4YDUC 5JLFA 3FZLA 1ZBSA 3J8AA 2V7YA 5LJVA 3FZFA 5JICA 1XUPO 4BC3A 1KXPA 4A62A 3ENHA 4CZGA 4IO8A 1U2VB 3O6WA 4PL8A 5BRFA 4QS9A 2E8AA 4HWIA 5AZIB 3D2EA 5AQLA 1SZ2A 3MMVA 2V7ZA 4H0VB 2PBDA 2DPNA 3CERA 3LDNA 4I6MB 3VERA 3O80A 1R59O 2WUSA 3KVGA 3HTVA 3GOIA 3HM8A 3ZEUA 4CBUA 3ID8A 5AQYA 1BDGA 3ZETB 2QWLA 2QW9A 1LOTB 3LDQA 3CHWA 2YHYA 1BU6O 4BRDA 5EOYA 4XH4A 3R9PA 4MLEA 1NGJA 1U2VA 1ATRA 3DAWA 3D2FA 5BR9A 2FSKA 3HZ6A 3M1FA 2P9KB 3CI5A 2CGKA 3A5MC 3CJ1A 3A5NC 4BR0A 1BA1A 3H3OB 4M7XA 4BR5A 3L0QA 5F2RA 1YXQA 3FGUA 3VESA 3RSEB 5FPNA 3U9ZA 3FFKB 3U4LA 3VEVA 1NGBA 3FR0A 5AQKA 3W0LA 5KPZA 3M3ZA 4A61A 3EKUA 5KQ8A 2GEMA 4CZFA 3B8AX 4H0XB 3VF2A 5AFUA 5AQRA 4FWSA 4WYBA 1GLEG 2P9KA 5AQFA 2E2QA 5AQHA 2GTDA 2YJFA 4BR2A 4PKIA 4FWLA 4BVOA 5AQSA 4BRKA 1HUXA 3CJAA 5KQDA 1HKCA 5AQJA 2NRHA 4JAXA 5EVZA 3A8YA 1WUAA 3BF3A 3H6EA 1K8KB 2Q0RA 1Y64A 4FL9A 3UKRA 4F9OA 4BR7A 4J8FA 1YUWA 4IJNA 3U9DA 4RWTA 1S22A 3KZBA 3O5BA 4MO5A 4CI6A 1GLFO 4H0TB 4BRLA 3L4IA 1NGAA 1NWKA 2CGLA 4BRFA 5AQVA 2J4RA 1RGIA 4A2BA 5AQNA 1T6CA 5AQTA 4WQ5A 1BOTO 3TU5A 2P9IB 3C7NA 4FWMA 3CQYA 1QZ5A 1ESVA 4BRAA 4B1WB 1DGKN 2A42A 3I33A 3W3DA 1V4SA 2GWJA 2QWMA 3VGKA 3LDOA 5FPMA 1QQNA 3CJ7A 1KAYA 2A40A 4BR4A 2FF6A 1DEJA 4L3QA 4LC9B 1E4FT 4MLHA 3U8XA 4EIAA 5AQPA 5EY4A 2ASMA 2F9TA 1NGIA 3SLCA 4H5TA 2F9WA 1MWMA 1T6DA 3SK3A 5AQMA 3R8EA 4WQ4C 2D1KA 3EN9A 4O5FA 3QBWA 3AAPA 1GLJO 5AFUH 2IIRA 3AARA 2A6AA 3D2EB 3DWLA 4B1UB 3ZX2A 4AM6A 2FSJA 1BO5O 3QMLA 3UE5A 2CH6A 4H0YB 4BRHA 1G99A 1RFQA 3A5OC 4BRPA 5I9EB 1TUUA 3ZEUB 3MN6A 2CGJA 4PKHA 1EQYA 3ULEB 4MO4A 4DCHA 3WEEB 2HF4A 3S41A 2VYPA 5JLHA 1HJOA 1MWKA 3H45C 4BRMA 1QZ6A 2Q31A 1J6ZA 1JCEA 4BRQA 3D2FB 2FLOA 4DB3A 1WOQA 1YVNA 1NGGA 5AQXA 4FSVA 5AQUA 2V52B 4CJ7A 2GUPA 3JS6A 4CZLA 3VEXA 2QWQA 1KAXA 3ULEA 1YAGA 3LL3A 2E2PA 3WEEA 3VGLA 3VEWA 4B1ZA 2QWPA 3C0BA 5ADXA 3QFUA 5BN8A 2FF3B 4BC2A 2OANA 1C0GA 3TPQA 3LDPA 1Z05A 3GDQA 3MN9A 5AQZA 3FLCO 4FWRA 3WXLA 4BQZA 3UKRB 3QBXA 5E26A 2I7PA 5BPNA 2E88A 3HSCA 4FOIA 5BRHA 3H1VX 3I8BA 3SMSA 5FPEA 3JXUA 3VF4A 2I7NA 5AR0A 5F1XA 1X9JA 1DKGD 2P9NA 3C7NB 2E20A 2QXLA 4IZ9A 4BG8A 5B8HA 4CZHA 3GBTA 3ATUA 5FPDA 5LJWA 1XC3A 1LCUA 5ELZA 2ZGYA 1NGHA 1Z6RA 4FOEA 3A0IX 3QB0A 1XQSC 3MN5A 2W40A 3ZX3A 4BRGA 3EO3A 3GL1A 1TYQA 2W41A 5EXWA 1C0FA 4FPAA 1HPMA 4K42A 2IVPA 4GY2B 2FSNA 3WUHA 3MK6A 4M7YA 1JCGA 1NBWA 4BQLA 1Q18A 1GLCG 2D4WA 4BC5A 4IWVA 2QM1A 3LM2A 4YDUA 4AM7A 4BGAA 3CIPA 3CJCA 4B1XB 2BTFA 1S3XA 4FWNA 3IUCA 5AZJB 5AQIA 4JD2A 3BP8A 2YCHA 5TKYA 2Q97A 3VPZA 3VOVA 3QDKA 3EL2A 4JHDA 1SQKA 4BRCA 4XH5A 5AQGA 3L6QA 3VENA 3KHYA 4PKGA 5AQQA 2H3GX 5BPLA 4CZIA 2EWSA 5AQWA 4EHUA 1GLLO 5AZJA 4EHTA 2AA4A 3CJ9A 1H1VA 3DXMA 1BUPA 3AAQA 2QWRA 4K43A 4RCHA 2YHXA 4WQ5C 4BROA 4E1JA 1QHAA 3IDHA 2P9UA 3HI0A 5EX5A 3VGMA 3UB5A 2HOEA 2GWKA 4Y0WA 3D7EO 3GE1A 2E2OA 4PL7A 2P9LA 5BN9A 3VEYA 3QICA 2E1YA 3WT0A 1NLVA 4XH1A 2P9SA 3GG4A 5BRDA 3UKUA 3FE1A 4IJAA 1HLUA 4EAHD 4JN4A 1QQMA 3MCPA 4JNEA 2E1ZA 5KPTA 4BRIA 1IJJA 2VWBA 3P4IA 1X3MA 2ITMA 3ZX0A 3O1WA 2ZWHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QNOA 4BE2A 4O8UA 1KAZA 1SKSA 2DTUA 4CJRA 1BCOA 4JK9A 1BI4A 2Q2RA 4JS4A 2B6AA 3BEXA 3O4NA 4CZMA 3BZCA 2DFEA 1K6YA 4YHHK 3VQ6A 1T8EA 1D4XA 5IWAK 1VQ7N 3V1RA 4B9QA 2NRZA 3I8DA 5AZIA 4PWDA 3AVLA 4BG9A 1XI1A 3DLGA 3G10A 1VSIA 4I6MA 3KK1A 4JI8K 3CFOA 2AP1A 4DTPA 3PSFA 1NGDA 1RT2A 1SAZA 1U6ZA 2BUPA 3KKSA 2HNDA 1ATNA 3QEVA 1X9WA 4GNIA 1TYQB 3S3NA 4Z4GA 1BWFO 1DLOA 2NRVA 3T1HK 4ISEA 4EFHA 3R6MA 4DU1A 2W6LA 3EZWA 1UAXA 1HKBA 1T44A 3LP1A 2WC9A 3RVCA 4CE9A 3ID6A 3SQ2A 4FWQA 3CXCM 3F73A 1DT9A 4LY7A 3ZT4A 3AO3A 3QINA 1VSDA 1TK8A 4B1YB 1VSHA 2XO7A 2VGMA 4OVLA 5HRPA 1T05A 4CJEA 2UUCK 3NMUA 4NB4A 3FZKA 4A2AA 5M1OA 4CBWA 4HTUA 3DLKA 1RTJA 1FJGK 1Q8IA 4B1VA 1FKPA 1DTQA 1CZAN 2IAJA 3CCQN 1BHLA 3AVAA 3SAFA 3H46O 4RW6A 1Y97A 1ATSA 3VEOA 1ASWA 1GLBG 3KWGA 1G15A 4CEAA 4CD1A 4DQQA 3DI6A 3O3FA 3ATVA 2HW3A 1RT7A 4XEIA 3VQPA 5F0XA 1OH5A 1SL2A 3ZCMA 1JXBA 1TKDA 3VQ7A 4AHCA 1ZXOA 3WXJA 3T19A 2P9SB 4H0OA 2ZD1A 3OYJA 4CVNE 2YHBA 4DR4K 1ZBHA 1C0MA 4IEEA 3NGIA 3NH1A 4FXDA 4CECA 3NGZA 2WOMA 4CBXA 4IFVA 3CC7N 2JWKA 5DK5A 3SQ0A 3HBTA 4BGBA 4ZHRA 2E2NA 4CF9A 4JKCA 4FJGA 3NH2A 5CYQA 3V1OA 3MN7A 1N36K 1X9MA 3WQTA 3VEZA 3J8AA 5E41A 2XY7A 5LJVA 3ALYA 3QNNA 1OH6A 2GUIA 4IO8A 4E7IA 2XY5A 2GBZA 5AQLA 4H0VB 2YNFA 1TK5A 4F2SA 3KLFA 4OKJA 3KLGA 3KVGA 2UXDK 4JI5K 3CCSN 1BDGA 1CXQA 3CHWA 2A1SA 4F3OA 5I42A 2G8KA 3L2RA 1CXUA 3DRRA 1U2VA 1WSHA 4ILJA 2QK9A 4GV6A 2AJQA 3HYFA 3D2FA 3TTFA 3A5MC 3CJ1A 2FC0A 1BA1A 4FJHA 5SZTA 4BR5A 4BDYA 4DSFA 1NGBA 3FR0A 5AQKA 3W0LA 4A61A 3HJFA 2GEMA 4FK4A 4M41A 2O8CB 5AQHA 2YJFA 1QS4A 3FFIA 4E89A 2OPPA 4OPKA 4FL9A 3OY9A 1YUWA 3BGRA 4IJNA 3U9DA 3ZT1A 4M42A 1CZBA 1S5JA 4OGCA 3ZSWA 2KQ2A 2BH1A 1SL0A 4CESA 3KZBA 3O5BA 4CI6A 2G8FA 5IT9O 1S6PA 1EETA 2CGLA 4YOUA 2UXCK 4CF2A 1BOTO 1BQNA 4I9LA 1EXQA 3C7NA 3SBTA 3CQYA 3AVJA 3ASMA 1QZ5A 3THVA 3I33A 1VQ8N 1V4SA 3VA0A 3V1QA 5GINA 1QQNA 1EX4A 3CJ7A 4JKEA 4Q0BA 2FF6A 3KIOA 1N5YA 1E4FT 2B5JA 1NNEA 3MWPA 1W97L 4JYAK 3PO4A 1NGIA 4H5TA 1VSMA 4JV5K 3R8EA 3CG7A 4O5FA 5DM6L 3AAPA 3U6FA 3OBYA 1GLJO 5JVGL 2IIRA 4CHPA 3D2EB 4HUFA 1YHQN 3RR7A 4BRHA 2CH6A 4N41A 3SUNA 1G99A 2O8EA 4BRPA 3DOKA 1WBBA 4OX9K 3MN6A 5CHIA 4E19A 2A1RA 5FROA 4M3YA 4H8KA 1F21A 4CF8A 4FJMA 1MWKA 3H45C 3V4IA 4LSNA 3SQ1A 1WSEA 2Q31A 4FK0A 2ITGA 4B9LA 3PUFA 4CGFA 4DB3A 1YVNA 4IFEA 3TAQA 4FSVA 1QQCA 1S72N 1RNHA 3IAYA 1NK9A 3B6PA 3JS6A 4FLZA 4CZLA 4KB0A 1J9AA 5KRTA 4C8MA 4AH9A 1IO2A 4H4MA 4BY9C 4CIFA 5K14A 4DR3K 1N34K 3C0BA 1RBUA 3NCIA 4IOAL 4BC2A 3JSMA 4NLCA 4DV6K 4BDZA 1D9DA 3VQQA 1X1PA 1WAJA 1N32K 3CFPA 4JKAA 5AQZA 3FLCO 1EWQA 3G0ZA 3WXLA 2NRWA 4MDAA 3BY5A 3NFAA 1Q7YO 4FVUA 3MXIA 2OA8A 4JKGB 5T7BA 1NK6A 1REVA 3E9PA 3HSCA 3HRGA 2G8UA 1RT3A 4CGGA 3I8BA 5J2PA 3P5JA 3SMSA 2XY6A 3VF4A 3G71N 3E1YA 2GV9A 3AA4A 1HYSA 4CZHA 4R79A 5FLXO 4JKHA 1TL1A 3AO1A 1LCUA 2ZGYA 1NGHA 1E3MA 1Z6RA 5GAEP 4FOEA 3A0IX 2O8BA 3QB0A 4KH5A 1X9SA 4X65K 3EO3A 5M1KA 2W41A 3AVCA 5M1NA 3KLHA 2UXBK 2E6LA 3ULDA 3MCAB 2FSNA 2O4GA 4B8AB 4CGIA 1QSSA 1JCGA 3G6EN 2RHKA 1NKBA 4J2DA 1KVCA 3LP0A 2D0CA 4C8LA 4FJIA 3ZSQA 4CGJA 5HOOA 5AZJB 2FBTA 4JD2A 3OA9A 3VPZA 3TR8A 4FJJA 1C1CA 1XC9A 3EL2A 4JHDA 3KTQA 3MXMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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