3GG4A

The crystal structure of glycerol kinase from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
542
structure length
537
Chain Sequence
b'LASYFIGVDVGTGSARAGVFDLQGRMVGQASREITMFKPKADFVEQSSENIWQAVCNAVRDAVNQADINPIQVKGLGFDATCSLVVLDKEGNPLTVSPSGRNEQNVIVWMDHRAITQAERINATKHPVLEFVGGVISPEMQTPKLLWLKQHMPNTWSNVGHLFDLPDFLTWRATKDETRSLCSTVCKWTYLGHEDRWDPSYVGLADLLDNNAAKIGATVKPMGAPLGHGLSQRAASEMGLIPGTAVSVSIIDAHAGTIGILGASGVENANFDRRIALIGGTSTAHMAMSRSAHFISGIWGPYYSAILPEYWLNEGGQSATGALIDHIIQSHPCYPALLEQAKNKGETIYEALNYILRQMAGEPENIAFLTNDIHMLPYFHGNRSPRANPNLTGIITGLKLSTTPEDMALRYLATIQALALGTRHIIETMNQNGYNIDTMMASGGGTKNPIFVQEHANATGCAMLLPEESEAMLLGSAMMGTVAAGVFESLPEAMAAMSRIGKTVTPQTNKIKAYYDRKYRVFHQMYHDHMRYQALMQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords glycerol kinase
publication title The crystal structure of glycerol kinase from Yersinia pseudotuberculosis
rcsb
source organism Yersinia pseudotuberculosis
molecule tags Transferase
total genus 167
structure length 537
sequence length 542
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gg4A01
3.30.420.460 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gg4A02
3I8BA 3AAPA 4B1ZA 4IO8A 3UKRB 2GEMA 5AQXA 3VGLA 3HSCA 3G25A 3L6QA 3HI0A 4DHYA 2IVOA 3GOIA 1BA0A 2P9IB 2CGKA 3R6MA 5F1XA 1U2VA 3ATVA 3FZHA 3UB5A 4ISGA 1SZ2A 1R59O 5LJVA 4XH4A 4FO0A 3BUZB 4H5RA 5BN9A 3EKUA 2ZWHA 2QWMA 1TUUA 2P9LA 5AQNA 4PKIA 4BR5A 1YAGA 3H3OB 3D2FB 5KQ8A 2HMPA 3MN6A 4CD1A 3FE1A 3I33A 3KHYA 4BVOA 1JCGA 1ZXOA 2GWJA 5BRFA 3HZ6A 4H5VA 3H46O 2NLXA 3BF3A 3L4IA 5FPMA 4MLEA 3UKRA 3ULEB 4BRIA 3HBTA 3VEXA 2CGJA 4EHTA 3A8YA 2YHWA 3KVGA 3U9DA 4B1WB 4CJ7A 2P9IA 3J8AA 4PL8A 4B9QA 1RFQA 5E26A 4XH5A 3H45C 4NO7A 5KQDA 5AFUH 4FWNA 1LOTB 4H0VB 4A62A 4EIAA 2QM1A 3D2FA 2QWOA 2A6AA 4RWTA 5BPNA 3O1BA 3S41A 3A5OC 3M6GA 2ASOA 2I7NA 1ZC6A 4XEIA 5EVZA 3CJ1A 4BREA 3FR0A 4BRLA 3SJHA 4FWOA 5AFUA 4CBWA 3GDQA 4H0OA 3VERA 1YXQA 2NRHA 1TYQA 3DJCA 1CZAN 3ULEA 2H3GX 5AQJA 3QMLA 1MDUB 5AQVA 4C23A 4Z94A 4BVPA 5BPMA 3ZX3A 1ZBSA 4A2AA 4IWVA 4FPAA 5EX5A 3ENHA 1GLCG 3BP8A 1XQSC 2V7ZA 1NGCA 5AQIA 3WEEB 2YHYA 4CZFA 1BA1A 1WUAA 3O80A 2QWRA 3FZFA 3QBXA 2YI1A 3O08A 3CI5A 3H1VX 1KAZA 5B8HA 2A5XA 4DCHA 3O1WA 1X3NA 3MDQA 3W3DA 3ZEUB 2Q36A 2CH5A 2FXUA 2ITMA 1IG8A 2E2QA 2Q31A 3CIPA 2A41A 2I7PA 3LDOA 4BR2A 3CERA 3LM9A 3RSEB 4FWKA 2P9NB 1BDGA 3QDKA 1BWFO 4YDUC 3ZETB 4O5FA 3CJ7A 3M1FA 4MO5A 1DKGD 4CZGA 3AY9A 4EFHA 5AQKA 4BR4A 3EL2A 3FLCO 4BC3A 2FF3B 3WEEA 4DQ8A 1DEJA 1S22A 4BG9A 4CBXA 5AQUA 5ELZA 4RCHA 2CGLA 3C7NB 4L3QA 5AQOA 5KPTA 2NZTA 5BRDA 4KBOA 3HM8A 4NB4A 1BO5O 3P4IA 5FPEA 4QS8A 3FZMA 1T44A 4BRHA 5JLHA 2D1KA 4IZ9A 4JN4A 1D4XA 3BF1A 3ZEUA 5EOYA 1GLEG 1LCUA 5EXWA 4BQLA 1GLBG 3VF2A 3WXLA 1S3XA 3QFPA 3DXKB 3RSEA 2GWKA 2FLOA 2P9NA 1V4TA 4BGBA 4RTFD 3ZETA 1NGDA 5AQMA 1NGIA 4JD2B 4WQ5A 4B1YB 1NGBA 4BR0A 4BG8A 1K8KB 5KPRA 2VCPA 3KZBA 4CZMA 2FSNA 4HTLA 3VF4A 1X3MA 5JMVA 1X9JA 1NBWA 3TU5A 2BUPA 3CJBA 3C7NA 2YCHA 3ID8A 4WYBA 1MA9B 4IJNA 4WQ4C 4BC2A 3MMVA 4QS7A 2E1YA 3LL3A 1P8ZA 1GLLO 2YJEA 1BG3A 3LDPA 4FWRA 2Q2RA 1HPMA 3VEYA 5BN8A 3DWLA 2ASMA 2KHOA 2QWNA 3UE5A 5AQLA 3O4WA 2E88A 1ESVA 1XUPO 3VENA 3JS6A 2EWSA 5F2RA 3DXKA 1NGJA 2FSJA 3L0QA 1NWKA 4B1XB 5LJWA 4H5NA 4ISEA 3A5MC 2V51B 5ADXA 1RDWX 3UKUB 4JD2A 2E2OA 1QQOA 4FOIA 3WQTA 1K8KA 4CI6A 3ZX0A 3WUHA 4PKGA 2YHXA 5AQHA 4PKHA 2J4RA 2D4WA 4BR9A 5FPDA 2P9UB 2Q1NA 1U6ZA 3OHRA 3VF6A 3CHWA 1BU6O 4BRKA 1NGGA 2IVPA 4H0YB 1MWKA 5E84A 4CZIA 5BR9A 4CZJA 5JLFA 1C0FA 2HOEA 4J8FA 2WUSA 3EO3A 5F0XA 4A61A 1BOTO 4BC4A 3IFRA 1E4GT 1HUXA 4IJAA 3MK6A 2F9TA 1NLVA 2P9PB 3CJAA 3UKUA 5BPLA 2FF6A 4CZHA 5I9EB 4HWIA 3VESA 2VWBA 5CE3A 2GUPA 4A2BA 4CBUA 1GLDG 3LDQA 4XH1A 2P9UA 3WQUA 1JCFA 1HX1A 4M63C 5BREA 3DXMB 4PL7A 4GY2B 3GL1A 3QBWA 4BGAA 1JCEA 4F9OA 1GLAG 1BUPA 1NGAA 4E1JA 3D2EB 3JXUA 1TUYA 5AQYA 4CZKA 1GLFO 1NGFA 5AQSA 2AA4A 1NM1A 4Y0WA 3LDLA 1XC3A 2FSKA 3SMPA 2P9PA 4GNIA 2BTFA 2P9KB 2VYPA 3LDNA 5AR0A 3WXKA 4BRAA 1H1VA 2GELA 4K41A 2QW9A 4BC5A 3IMXA 5AQFA 4LC9B 2ZGZA 4FPBA 2D0OA 4H03B 5AQPA 4JNEA 3DXMA 3VEZA 3ZX2A 4H0TB 3FZKA 4IXCA 4CD3A 3QB0A 3O8MA 4O8KA 4BRPA 3U9ZA 5FPNA 4BRFA 3AARA 2QWLA 4FWQA 4H0XB 3D2EA 1QQMA 3U8XA 3A5NC 3MN5A 3H3NO 3VEOA 3B8AX 1ATRA 3A5LC 2IVNA 3VEVA 1IJJA 4BRDA 3VETA 1GLJO 1QZ6A 3WT0A 3U4LA 4DB3A 2ZGYA 4BROA 3SMSA 1QZ5A 4BRMA 1QQNA 2P9KA 2P9SB 5ADXH 4FSVA 1C0GA 1KAXA 2QXLA 3GG4A 4M7YA 1YVNA 2V7YA 1DGKN 4MO4A 3W0LA 1Z05A 3SLCA 3EKSA 1NMDA 3IDHA 1TYQB 4K42A 1HKGA 2A40A 2E1ZA 4K25A 3DAWA 3IUCA 3R8EA 4EHUA 4FWSA 4B1VA 4BRGA 1NGHA 2PBDA 5AQQA 1E4FT 3O5BA 3H6EA 3QICA 1ATSA 3H1QA 1T6CA 4YDUA 5AQWA 5AZIB 3F9MA 3ATUA 1NGEA 3O6WA 2ZF5O 2Q0UA 4AM7A 5EY4A 5AQTA 4JHDB 4FWMA 1V4SA 2D0PA 1KAYA 2W41A 3CETA 5AQZA 3TPQA 1G99A 3AAQA 4H5WA 5AZJB 5TKYA 4FWPA 3CJ9A 2CH6A 2E2PA 1KXPA 5BRHA 1WOQA 3ENOA 3M3ZA 2E8AA 2P9SA 3BEXA 2OANA 4FL9A 2HF4A 2Q97A 3VGMA 2A42A 1MWMA 2Q0RA 2UYTA 2W40A 3VPZA 5JICA 3LM2A 2A3ZA 4QS9A 5AQGA 5KPZA 3GE1A 2QWPA 3FZLA 3CQXA 3HTVA 4ISFA 4WQ5C 3SK3A 4JAXA 2ASPA 1EQYA 4K43A 3CJCA 5AZIA 5LY3A 3R9PA 1J6ZA 4I6MB 4AM6A 1QHAA 1HJOA 1HKCA 2F9WA 4JHDA 4FOEA 4EAHD 3MCPA 3EZWA 5AZJA 4BRQA 3FFKB 2QWQA 1Y64A 1ATNA 3MN7A 3VGKA 2GTDA 3EN9A 2E20A 1YUWA 1U2VB 4WQ4A 4B1UB 4M7XA 2AP1A 3C0BA 3WXJA 2HF3A 3QFUA 3VOVA 1Z6RA 4BRCA 1SQKA 2YJFA 3CQYA 2E2NA 2P9LB 3D7EO 4BQZA 2IIRA 2V52B 4BR7A 4CZEA 3WXIA 1HKBA 4CZLA 2PAVA 3A0IX 1T6DA 1HLUA 4BRNA 3GBTA 1SAZA 2DPNA 3VEWA 1RGIA 3MN9A 4I6MA 3FGUA 4MLHA 1OKJA 5AQRA 4H0PA 1Q18A 4H5TA 4FWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ENBA 1E3MA 3HSCA 1NK8A 3G25A 3L2QA 3WNGA 1J54A 1BA0A 2FC0A 3B6OA 1U2VA 3FZHA 5CZ2A 4C8MA 3UB5A 4ISGA 1BIZA 1BQMA 5KRSA 4H5RA 3BUZB 4DWIA 1RBRA 5BN9A 4KRFA 3HT3A 2RN2A 3MXMA 1N32K 3OJSA 4JKCA 1YAGA 3H3OB 4DU4A 4QOZB 3K5LA 4NLBA 5KQ8A 1C1AA 3MN6A 4CD1A 3ZCMA 3TSQA 1SL0A 2F7TA 4ILGB 5SWMA 1K73O 1JCGA 2BH1A 1N8RO 3C6UA 4OVLA 1TL1A 3U3YA 1EO1A 5J2NA 3AVBA 1Z25A 2NLXA 3UKRA 4FZYA 3J80O 2ZE2A 4BRIA 2G8WA 2CGJA 4H8KA 2YHWA 3QERA 4CERA 4KH6A 3PO4A 2XRIA 3CM6A 1RFQA 3BZKA 5KQDA 4NO7A 3MEEA 4Z4FA 1LOTB 4DR2K 1IKYA 2Y1IA 3CMAN 2WONA 1FXXA 3O1BA 3TAEA 4GKJK 2NRRA 4K0KK 2ASOA 4JI1K 3DLGA 3ZT2A 3OYJA 5CZ1A 4FLVA 3SJHA 1C1CA 1S5JA 3NVKA 2KW4A 1TYQA 3DJCA 1W2BM 4Z4IA 3V9XA 2H3GX 4GVEA 4CESA 3BDPA 5AQVA 3SUPA 3D6RA 4AQYK 3Q7CA 3ZSQA 3TSUA 1I94K 4BDZA 1XHXA 4BVPA 5FROA 4B3TK 3ZX3A 1TKXA 1ZBSA 4A2AA 4FPAA 1SKSA 4LF5K 4M45A 1XI1A 1L3TA 4JI0K 1YJNN 2Z1JA 4DQRA 2YHYA 2HSTA 4HVJA 1WUAA 3LZIA 1U49A 4DR6K 4DCHA 3W3DA 3K9KA 3MDQA 2Q36A 1TK5A 2UU9K 4DV0K 1WAJA 4KHNA 2Q31A 4B9LA 1QS4A 4PHTX 2A41A 1JLAA 3OS1A 1VAZA 3LM9A 3RSEB 3VTIA 4YDUC 2P9NB 3TABA 1BWFO 3ITHA 4IDKA 5CHIA 2FBTA 5FDLA 1NK5A 4OKJA 4CJEA 3LP3A 3VQ9A 1DKGD 5AQKA 4BR4A 1K9MO 3EL2A 3FLCO 4DQ8A 5LMUK 3PIOL 4FW1A 3CQ8A 2CGLA 5KPTA 3SQ4A 1N36K 4UQGA 4DQIA 3HM8A 4HHTA 1BO5O 4B9VA 5FPEA 3I0RA 4QS8A 4JKDA 1OVYA 3BF1A 1RT5A 2HNDA 3BGRA 1HQUA 1LCUA 5EXWA 1RDCA 3VF2A 3S3MA 4GV6A 2GWKA 3T19A 5C25A 4RTFD 4O0JA 5DMRA 3J7YP 3SUNA 2XY5A 1X1PA 4CGJA 1CXUA 2FSNA 4HTLA 4GV3A 3TTDA 2YHBA 3TU5A 2BUPA 1OH5A 1U47A 3C7NA 4WYBA 1MA9B 4LF8K 4BC2A 1P8ZA 2YJEA 3LZJA 1NJWA 1LV5A 3OTOK 2Q2RA 4CHOA 5BN8A 4FJMA 5GADP 1WLJA 3NBPA 3PSFA 3UE5A 4A5BA 4M3WA 2E88A 1XUPO 2EWSA 1SL1A 5F2RA 3DXKA 2FSJA 4IEIA 1RT2A 4B1XB 4H5NA 1YTUA 2HVIA 4F2SA 1RDWX 5CYQA 2E2OA 4DSKA 2PYLA 1LWFA 1K8KA 3CCMN 1X9WA 3WUHA 4PKGA 4Z4GA 5AQHA 1R0AA 1NJYA 1KLMA 3EY1A 4O44A 5FPDA 2P9UB 1OVQA 5C2FA 3RR8A 4WCEL 2VQFK 4BRKA 4H0YB 2NUBA 1MWKA 1KQSM 3DM2A 4J8FA 1ITGA 3SJJA 2E6LA 2B6AA 2WUSA 3EO3A 1HYSA 4AHVA 5DM6L 3IFRA 1E4GT 4IO9L 1QVFM 1U4BA 3VQCA 4NCAA 1BIUA 4M3YA 5MLCQ 5I9EB 3CC4N 1B9FA 3RMAA 2GUPA 3IG1A 3AA3A 3LDQA 4DTUA 4E89A 5FRNA 2KFNA 4CF1A 1JCFA 2VWKA 3E66A 4PL7A 3HJFA 4GY2B 3OYLA 1C0UA 4ELVA 1RDAA 3GL1A 4BGAA 2ZM6K 2OZMA 4F9OA 1LWCA 1GLAG 1BUPA 3PX6A 4Z0UA 2Z1HA 4DR7K 3D2EB 1SKWA 4DSLA 1NK0A 1VRTA 2YV0X 3K9JA 1RTIA 3L8BA 1GLFO 2E6MA 1RT1A 1NGFA 2AA4A 1KD1O 2BANA 4Y0WA 3OYMA 2D0CA 2FSKA 3SMPA 4IOCL 4GNIA 2HB5A 3LDNA 2KKZA 3WXKA 4BRAA 1XNQK 3SZ2A 1Q82O 2NRXA 4ELUA 1DLOA 3IMXA 2FBYA 3CFOA 1VQ7N 3Q7BA 1C1BA 3DXMA 4H0TB 4FJHA 4IXCA 2QKBA 4KB1A 4H4MA 1D5AA 1W9HA 1M1KO 3WNHA 2QWLA 3SV4A 4FWQA 4HCCA 3TAQA 1QQMA 4FJIA 4AHTA 3H3NO 4QCLA 2IVNA 2A1SA 4DV1K 1BGXT 3DYAA 1GLJO 4FW2A 4O8UA 1L5UA 1QZ5A 4KB0A 2HBMA 4E7JA 3CC2N 5IT9O 4M7YA 3UIQA 5C42A 3ZSZA 1RTHA 5C24A 3VQPA 3VQ4A 3W0LA 1Z05A 3SLCA 3EKSA 4O55A 4M3TA 1HKGA 2HBJA 3DAWA 3R8EA 3V9SA 4BE2A 4BRGA 1NGHA 3K5NA 2PFUA 3NH0A 3AVKA 5AQWA 3QICA 4DFMA 3AVGA 4CW7B 3LP0A 2ZF5O 5HROA 2WOMA 4JKGA 3SQ2A 5DM7L 5AQZA 3CETA 4DV3K 1G99A 5AZJB 2P5GA 3CJ9A 3OS0A 3EYZA 1WOQA 3OYEA 2OPSA 3O9RA 1XNRK 1VSDA 4JKFA 4YOXA 4KHSA 2G8KA 3WNEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CPE A;  5BRH A;  3OA9 A;  2NRT A;  4FL9 A;  3ZSV A;  3SNN A;  1ZBI A;  3MCA B;  4FJ7 A;  1RT3 A;  2Q97 A;  2A42 A;  3DLH A;  4DUY K;  4NYN A;  2Q0R A;  2W40 A;  5JIC A;  2A3Z A;  4QS9 A;  4E3S A;  1OH8 A;  4KTQ A;  2F8S A;  2ASP A;  1NJI O;  4A59 A;  1EQY A;  4K43 A;  1I39 A;  3R9P A;  4W5T A;  1TGO A;  4LFC K;  1HJO A;  4FM1 A;  2O8E B;  4RW8 A;  4DS5 A;  4YOT A;  2JLE A;  3EZW A;  4OLA A;  5AZJ A;  3TTF A;  4L8R B;  1NKC A;  1T3V A;  1Y64 A;  3QIO A;  1ATN A;  3MN7 A;  1JLC A;  3S9H A;  3EN9 A;  2UXC K;  2E20 A;  4O0I A;  1YUW A;  4WQ4 A;  4HCB A;  4R5P A;  4DFP A;  1BQN A;  4M7X A;  3QFU A;  3QNN A;  4BRC A;  2RF2 A;  3CQY A;  3TAG A;  4M3X A;  1K6Y A;  4M42 A;  1JXE A;  2BDP A;  1S1V A;  3WXI A;  3DOL A;  4N76 A;  3L3U A;  2HHX A;  1JL2 A;  4BRN A;  4DTM A;  2DPN A;  4JKA A;  1NMN A;  1RGI A;  3MN9 A;  3MAQ A;  4I6M A;  3ZSO A;  4H0P A;  4H5T A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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