1VSDA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, high mg concentration form
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Endoribonuclease
molecule keywords INTEGRASE
total genus 52
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsdA00
3FFIA 1W9HA 2YNHA 2R7YA 4DQSA 4ZTJA 3KLFA 1EXQA 1RBTA 4QOZB 1RT3A 2P51A 4H4MA 4M41A 3V6DA 2KFZA 2XY5A 3U6FA 3TAGA 2HHQA 3MECA 3TABA 1HYZA 2DFEA 4BWJA 5D3GA 1KCFA 3AVNA 3L2UA 4DQQA 2D0BA 1A5XA 4LSLA 5HRRA 1L5UA 2YHBA 2JLEA 2G8VA 3AVMA 4OGCA 3ZCMA 3ZSXA 4DTOA 4CESA 4M3TA 4KHYA 1ZBFA 1BCMA 1UAXA 3I0RA 3V9WA 3ZT4A 2BANA 2G8WA 2DFFA 1L3UA 1WNSA 1J54A 3HVTA 1S1WA 3QINA 4IG3A 1EETA 3OYLA 4KB0A 3ISNC 3C6UA 4CHYA 3MXJA 4O55A 1KVBA 3HPGA 1SKSA 1RDCA 3S3MA 3RRHA 4EP4A 4DTNA 3OYIA 3C6TA 3OYMA 2QKBA 3LP1A 2HW3A 3AVCA 4I2QA 1G15A 2B5JA 3ZSOA 3OYGA 3D0PA 3OYDA 2IGIA 4RW6A 1UA1A 3HO1A 4LH4A 5DK5A 1RDBA 1KFSA 3SJJA 1C0UA 1SUQA 3DOKA 3PX6A 1NJXA 1KRPA 1JXEA 3L8BA 1IKYA 1I3AA 4AHSA 4AHTA 2QKKA 3M8SA 3KD1E 1TAUA 1VSKA 1BI4A 3VQ6A 3VQPA 3THVA 2KQ2A 1WSGA 4CJUA 4PA1A 4IFYA 3NCIA 4JRQA 4W5QA 1QTMA 4H8KA 3NFAA 1C0TA 3TWHA 3LALA 3MEEA 5JS1A 4CCHA 3KLHA 1GOBA 3QIPA 2W42A 3EY1A 4IFVA 1TKXA 4RW7A 1JKHA 3SUOA 3V9SA 3O3HA 1RTHA 1XWLA 4OKEA 2GBZA 4CJRA 5JS2A 1CZBA 1GOCA 1HNIA 3CFOA 3NGZA 4KHQA 3AVKA 3NBPA 4KB1A 2RN2A 1QS4A 2AJQA 4ZHRA 3V81A 5HROA 3QEVA 2YNFA 4GVMA 3OYCA 3KD5E 3LZIA 1UOCA 3DMJA 3DLGA 5CY4A 4BWMA 4FLZA 1WSEA 1RT6A 5SZTA 1ITGA 4HTUA 1TK0A 1NJWA 3PX4A 3SYZA 4DSEA 1S1VA 4Z4CA 2A1RA 3SQ4A 5J1EA 4NCAA 4LD0A 1BQNA 1Y97A 2XRIA 4OPJA 1S5JA 4CGJA 4B9UA 4O0JA 4FM0A 4FZYA 3F9KA 2G8KA 3VQBA 4DLGA 2ZD1A 4OVLA 3OYKA 1BL3A 3ZSWA 3WNEA 3O4QA 1JLBA 1JLAA 3VQEA 4FJ7A 1FXXA 4DF4A 4CGDA 3LWMA 2KW4A 4DF8A 1JLGA 2FC0A 4M3XA 3O3FA 3LAKA 4ID5A 3OY9A 4M45A 2RF2A 2ITGA 2Z1JA 3L2VA 1C1BA 3OJUA 1QSYA 2D5RA 5SWMA 3OYEA 4DTMA 1RT7A 3ZSYA 1IKXA 3C94A 1J5OA 4CF1A 1YTUA 3QIOA 2HNZA 1SKRA 3ZSRA 4YNQA 1EKEA 3CM6A 1HMVA 1Z25A 4DTSA 4DTJA 2IOCA 1DTQA 2HHTA 4FZZA 2OZMA 2YHAA 4FJXA 2P5OA 1NK6A 2OPQA 1HYSA 1CZ9A 1UWBA 3AA5X 4CEAA 3SI6A 1TKZA 4FM1A 3S9HA 1XHZA 2HNDA 4DFMA 1QSLA 4W5OA 4CJVA 3AO4A 3AVBA 3VQ4A 2G8FA 3HJFA 3QO9A 4FJ9A 5HRPA 4FXDA 3SV3A 5HRSA 1VSEA 3DM2A 4DQRA 4E89A 4DU4A 1EP4A 5HBMA 2VG7A 4CJPA 4OPKA 3DI6A 4GW6A 3VQAA 4DQPA 1SV5A 1IH7A 4Q0BA 1ASVA 3WNFA 3UIQA 3AO2A 5CZ1A 3KLIA 3RRGA 5HRNA 4M3WA 1T8EA 4NYNA 3V1RA 4NCGA 1KLNA 3MXMA 2XY6A 1HJRA 4KHWA 2KZMA 4CGHA 4EZ6A 4HUGA 1JLEA 4KHSA 1TAQA 2WONA 5CYQA 1RT1A 3VQ5A 2PZSA 4YFUA 4FW1A 3OYJA 1RBVA 4TSXA 2D0AA 4OLBA 4KFBA 4DMNA 3LP0A 4CJWA 1JL2A 4CFCA 4AHCA 3PV8A 1QE1A 5E41A 3EYZA 1VSJA 1XI1A 1F21A 1BQMA 1VSHA 4FK0A 5EU7A 3KTQA 4JRPA 3IG1A 3ZT3A 2Z1HA 3ZT1A 4CJEA 4AHRA 4CJTA 3QLHA 3EZ5A 4ID1A 4DFJA 1X9SA 2PYJA 1RBSA 4FZXC 4CIEA 1BCOA 2ETJA 4EP5A 4CFBA 4Z4GA 1JLCA 4CERA 5J2NA 1BGXT 1Q8IA 2X6NA 1NKBA 4HUFA 3SUPA 3BGRA 4FJJA 1N5YA 3B6PA 1T03A 4LSNA 2HHWA 1FKPA 4B9LA 2D0CA 4KI6A 4OLAA 2HVHA 3ZT0A 2DFHA 1TK8A 3PO4A 1WSJA 1RT2A 4KTZA 2BE2A 1SL2A 4E0DA 1TL1A 5C24A 5T7BA 3RMBA 2FBXA 1Q9YA 3T3FA 3PX0A 1EX4A 1WAFA 4W5RA 1VSIA 4CEEA 3OVNA 1KFDA 1JLFA 4B9SA 4J2EA 4RW4A 2HHSA 3RMCA 2G8HA 3HPHA 2FBYA 3HYFA 5KTQA 1RTDA 3CG7A 3K59A 3SQ1A 3S3NA 3HK2A 4J2DA 1C6VA 2OYQA 1XC9A 3ASMA 4CJSA 3VQ9A 1U48A 3ZSVA 1QSSA 3AVAA 4CEFA 1VK0A 4RW8A 3AVGA 3OYBA 4DSFA 3TAQA 4ELUA 4Z4EA 1KTQA 4PUOA 4KO0A 4CJLA 1BHLA 3BDPA 4KREA 2G8UA 1IKWA 4FJHA 4M3ZA 1GOAA 4LH5A 4FLTA 4CJKA 1RT5A 4MQ3A 2ATQA 1JXBA 3PO5A 1TK5A 4CJ5A 4BDPA 4OJRA 4HCBA 1BI4B 3OYHA 4E19A 3D45A 3G0ZA 1BISA 1ZBHA 1X1PA 1KSPA 2B6AA 3ZT2A 1LAVA 3AVLA 3NDKA 1D9FA 3O3GA 1HRHA 4CHQA 4FJ5A 4Z4IA 3M8PA 3RR7A 4E7HA 3SQ2A 1IO2A 1TVRA 1U04A 4I2PA 5KI6A 4E7JA 2YKMA 1LV5A 4DQIA 4XIUA 2XO7A 1UA0A 3KJVA 4HCCA 2Q3SA 2YNGA 5DMRA 3A2FA 1ASWA 4KV8A 1NK4A 3RMDA 4FYDA 3K5OA 2IC3A 2P1JA 4B9TA 1TL3A 4F3OA 3AO1A 3TAFA 1D8YA 4C8LA 3F73A 1YTAA 4BE1A 4CJQA 2PY5A 3RWUA 1HYVA 3SZ2A 2XHBA 3HPOA 3VA3A 5J2QA 1VSFA 1CXUA 2B4JA 1ZBLA 2HHUA 4W5TA 4BE2A 1QQCA 3L2WA 2KFNA 4QCLA 2X78A 1RCHA 1RT4A 2Y1JA 5J2PA 1S9GA 4QAGA 3QNNA 4DTPA 1WN7A 3NF6A 4OKJA 2YKNA 1YVUA 3DYAA 2WOMA 1J53A 3VQ8A 4I9QA 3JSMA 4H4OA 1S1XA 5C25A 4M3UA 3DRSA 2F96A 4C8OA 3DLHA 3ITHA 4FJMA 2OPRA 4FW2A 3ZSZA 4CK1A 2YNIA 4CFDA 4F2SA 1HPZA 3B6OA 3L2RA 3QNOA 3CFPA 4KHUA 3AVJA 4CFAA 4FK4A 4PQUA 2X74A 4F4KA 1SL1A 1CXQA 1T7PA 3OS2A 4HHTA 1J9AA 4N5SA 2BGGA 3H08A 4G1QA 3KKSA 4CF9A 2XY7A 3WNGA 3HL8A 4CE9A 4FJ8A 4HVJA 4Z4HA 4DSJA 4N41A 1L3SA 4M42A 1NK8A 2BDPA 1Z26A 2RKIA 3AA4A 3DLEA 3K5MA 4E7IA 3U3YA 5FROA 4UQGA 4CIFA 3TAEA 3SCXA 1WSFA 2FBTA 4ELVA 1DTTA 4CEOA 3TAMA 1ZBUA 4B8CA 1WSIA 4DS5A 3ALYA 3DLBA 3V4IA 4DTXA 4DU1A 3QEXA 2A1SA 2OPPA 1REVA 4BDZA 2VG6A 2O4IA 3HXMA 3TI0A 3WNHA 5KRSA 4CF0A 1NOYA 1YT3A 2VWJA 1C1CA 2ZE2A 4CEDA 4E1MA 3KLGA 3KK3A 3QERA 4KAZA 1KVAA 2G8IA 2KZZA 3OJSA 1JLQA 1VRTA 4I7FA 2HNYA 3DRPA 4C8NA 3AA3A 4DS4A 3VA0A 4K8ZA 2QXFA 3K2PA 2YV0X 3AA2A 4KI4A 3LPTA 3RTVA 2IDOA 3IRXA 2F8TA 4N76A 3VQ7A 4O4GA 4AHVA 1VSDA 4CEBA 4R5PA 4KRFA 3E01A 4B08A 4BDYA 2DTUA 4CECA 4RG8A 4DLEA 4CJ3A 4PWDA 1HQUA 1TGOA 3L3VA 4CHNA 3OS1A 1VRUA 5CZ2A 3I8DA 1RDAA 3NHGA 1TKTA 1KLMA 3NF9A 4FVMA 3K57A 4B9VA 3T1AA 4F8RA 4C8MA 4AH9A 4CK3A 4DFPA 4JLHA 4FLUA 3KIOA 4DTUA 2GUIA 1MU2A 3AVIA 3O4NA 1SKWA 3NGIA 3TAPA 5FDLA 2FBVA 1NKCA 4PY5A 4J2BA 1NJYA 2PYLA 3DLKA 3QEPA 1X9WA 4KHNA 1B9DA 3NAEA 3V9XA 3NH0A 3I0SA 1RTIA 4FLWA 4E3SA 4F3TA 4W5NA 1A5VA 2E4LA 2IAJA 1CLQA 4KKOA 3V1QA 1NKEA 2ZQBA 2E6LA 4DFKA 4B9NA 3CQ8A 1R0AA 3OYNA 1SL0A 1D9DA 3SNNA 1W0HA 3VQDA 3MAQA 3AVHA 3RR8A 3LP2A 4DU3A 2HMIA 4WE1A 4ZTFA 3M8QA 2VG5A 3OYAA 4BE0A 4CJFA 1NK9A 2OPSA 3L3UA 3LWLA 4GMJB 4E7KA 4O5BA 5I42A 2Z1IA 4E1NA 3LDSA 4ICLA 3V9ZA 1S6QA 4CGGA 1U47A 1LWEA 4IBNA 3G10A 3CFRA 3SV4A 1L3TA 4Z4FA 2X6SA 1ZBIA 1T05A 4F2RA 1NJZA 4NYFA 5KGWA 3SPYA 2DY4A 1FKOA 4DTRA 5J2MA 4O0IA 1LWFA 1S1UA 1N6QA 2QK9A 1X9MA 3P5JA 1HNVA 1LWCA 5K14A 1FK9A 4AILC 1BIUA 3QEIA 3MXIA 2IS3A 2P5GA 3AO5A 4CGIA 1Q9XA 2VWKA 1NOZA 1U49A 3HT3A 1RILA 3QETA 1D5AA 4FJLA 3IS9A 1RBRA 3K5LA 4FJIA 3DRRA 3M8RA 4E7LA 3K5NA 2E6MA 2NUBA 4FM2A 3VN5A 3LPUA 3ULDA 4Y1DA 5CYMA 3KK2A 3LANA 1TV6A 3SUNA 1U45A 4AHUA 3HSTB 1XHXA 1NK7A 1L3VA 2XY8A 3JYTA 3OS0A 3HP6A 4B3OA 3V9UA 3LZJA 2KTQA 1S1TA 4DSKA 4KTQA 4I9LA 4CF2A 2HVIA 5HP1A 1QHTA 3SUQA 4J2AA 4CEQA 3VQQA 3PY8A 3AO3A 3KLEA 4FLXA 2HHVA 3HVRA 1TKDA 5FRNA 3QEWA 4FCYA 4DSIA 5I3UA 3DOLA 3NGYA 4JS4A 3CYMA 2Y1IA 5HLFA 3OYFA 1RNHA 4OGEA 5KGXA 5KRTA 1LW2A 2HHXA 4IG0A 1S6PA 1ZYQA 2HB5A 3SPZA 1KVCA 2JGUA 3NF7A 4IDKA 3AV9A 3L2QA 3HP9A 3MEDA 4FK2A 4CGFA 1WLJA 4B8AB 3K58A 1U4BA 3AVFA 1JL1A 4EZ9A 4MFBA 4O44A 4M3YA 1BIZA 1NK5A 3IAYA 4FJGA 1HQEA 1VSLA 3ZSQA 3T19A 3S3OA 4CHOA 4HUEA 1O1WA 1B9FA 4KTWA 4KPYA 1A5WA 3NH2A 2EX3A 3TR8A 3LAMA 3KKRA 1VSMA 3DLRA 4CHZA 1NK0A 4Y1CA 2O4GA 3V1OA 3VQCA 1WAJA 3P83D 4N47A 3U3GA 4DSLA 4FJKA 1IKVA 1WSHA 4FJNA 4Z0UA 3LP3A 3TANA 1K6YA 4Q5VA 1B92A 2F8SA 3P1GA 4M3RA 1ASUA 4CF8A 3TARA 1DLOA 4RW9A 2OZSA 1S9EA 3NE6A 1IG9A 5FRMA 3SQ0A 3KK1A 4FLVA 4C8KA 2I5JA 4NCBA 2LSNA 1LW0A 4LY7A 4OKKA 3QESA 2Z1GA 3NH1A 3MEGA 4L8RB 2RPIA 4BACA 5C42A 4CK2A 1RTJA 1I39A 4CJ4A 3PUFA 4FLYA 4DWIA 4K8XA 2OA8A 1C0MA 3C95A 4B9MA 2EHGA 4N56A 3HM9A 4ELTA 2GV9A 4CHPA 1RBUA 4CIGA 3RMAA 1LAWA 4CEZA 1C1AA 3CM5A 4DG1A 4IKFA 1RDDA 4JS5A 3NF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GV9A 2YNHA 1EXQA 1RBTA 1RT3A 3J8AA 2P51A 3WXJA 4CBXA 4B1ZA 4JI0K 1HYZA 4BWJA 3AVNA 3L2UA 5E26A 4DQQA 1NJIO 2D0BA 3QB0A 5FPNA 2YHBA 2JLEA 4OGCA 3ZCMA 4DTOA 4KHYA 4M3TA 2O8FB 4DR6K 3C65A 1L3UA 4WFAL 2HHQA 1BU6O 1S1WA 3UKRB 3PIOL 3HPGA 1SKSA 4EP4A 4DTNA 3C6TA 2QKBA 2HW3A 4I2QA 1G15A 3ZSOA 2JWKA 3D0PA 4DV1K 4RW6A 5DK5A 3FR0A 5DM7L 1KFSA 3HM8A 1KRPA 2EWSA 4AHSA 4AHTA 2QKKA 3D2FA 3WXLA 4AM6A 3O08A 1BI4A 3VQPA 1WSGA 4IFYA 3NCIA 3CMEN 4JRQA 1C0TA 4JD2B 3LALA 5JS1A 4CCHA 4FWMA 1GOBA 3JXUA 2A6AA 1TKXA 3SMPA 1VHXA 1NWKA 4X65K 1GOCA 4KHQA 5HL7L 1BOTO 4EIAA 4KB1A 2RN2A 2AJQA 3CJ9A 1W97L 3VTHA 3QEVA 2YNFA 2CGLA 4DR1K 2GX9A 1WSEA 4DUYK 4HTUA 4WYBA 1NG9A 3FZHA 2P9PA 3PSFA 5J1EA 2A42A 4NCAA 3EL2A 3OYKA 3CJAA 3O4QA 3ID8A 1JLAA 2GWKA 4BR2A 1HX1A 2KW4A 1JLGA 3OY9A 2RF2A 2Z1JA 3L2VA 5EVZA 3M1FA 2Q0RA 3OYEA 4BC5A 1M1KO 1EWQA 3T1HK 1RT7A 5GAGP 1NGCA 2YHYA 1SKRA 3ZSRA 4JKGA 3EKUA 4DTSA 1Y64A 2VWBA 3CPEA 2YHXA 2OPQA 4GKJK 1CZ9A 3IAYA 4CEAA 2PFUA 4W5OA 4IZ9A 4CJVA 2YCHA 4FJ9A 5HRSA 3DM2A 5KPZA 5M1KA 1KAYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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