1VSDA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, high mg concentration form
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Endoribonuclease
total genus 52
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsdA00
4DS4A 3OYDA 4BDYA 1SL0A 1B9FA 4DFKA 2Y1IA 3UIQA 1HYZA 1Z26A 1IKVA 3QIPA 1VSKA 1XC9A 4KI6A 3AVKA 1RT2A 2IC3A 1D9DA 4CJPA 3WNEA 4FZYA 1NJWA 1S1XA 4RW9A 5HLFA 1TK8A 1NK8A 3AV9A 4O4GA 1SV5A 3DLEA 4IG3A 3V6DA 1X9WA 4CHYA 4PWDA 4C8OA 4EP5A 1UA1A 1ZBHA 4OVLA 3F73A 3QNNA 4QCLA 5I3UA 4HTUA 3HP6A 4FJGA 3DMJA 4AHRA 2HHVA 1NOYA 3QIOA 4CHOA 3QESA 2DFEA 4ZTJA 4W5NA 1WAFA 1NOZA 1A5XA 3RMAA 3LP0A 4DSJA 1Q8IA 2E6LA 4DU3A 1ASVA 3LPUA 4FJLA 3VA3A 1QSSA 3MECA 3QO9A 3L2QA 1KFSA 1HNVA 3KIOA 4ZTFA 2WONA 4ELVA 4DU1A 3C94A 2XY5A 2JGUA 3KTQA 1IO2A 3ULDA 3AVMA 5C42A 2HB5A 3SV3A 4I9LA 4B08A 3LPTA 3L3UA 2R7YA 4DF8A 1CXQA 1NK5A 2OPSA 4E0DA 3EZ5A 4CK3A 4DQRA 3TAQA 3NF6A 4E7KA 1RT3A 1WSFA 2HHQA 3CQ8A 4J2AA 1TGOA 1ZBIA 4M41A 4FZZA 1JL2A 2YNIA 4KTWA 4FM0A 3HVRA 1TK5A 1QSLA 4I7FA 1WSGA 2RKIA 3LP2A 1F21A 1X9MA 1LAWA 2YHBA 1TV6A 3DLRA 3KK1A 4CIGA 4MQ3A 4F3TA 1HYSA 2KZMA 1QHTA 2QKKA 1JLGA 2E6MA 3DLKA 1NK4A 4KI4A 5FDLA 2VWKA 3I0RA 4CJVA 4M45A 2WOMA 4PA1A 3SJJA 4XIUA 1TKXA 3NH0A 3ISNC 4DFJA 1HRHA 2KW4A 2X6NA 1CZBA 3K2PA 5KTQA 2GV9A 3AO1A 1D8YA 3NH1A 3S3OA 4F4KA 2LSNA 1WSJA 1YTAA 4NYFA 2O4GA 1JLEA 4CHPA 5KRTA 5CYMA 3SI6A 2Z1HA 2QK9A 2ETJA 3V1OA 1QTMA 4BWJA 4B9SA 2IOCA 4FM1A 4CK1A 4LY7A 4Q5VA 4BE2A 2FBXA 4AH9A 3NGZA 4CF0A 4G1QA 3V81A 3ZSRA 4FJ8A 4OLAA 3KD5E 1G15A 4OPKA 2VWJA 4NCAA 3VQ7A 1C6VA 4CIFA 5JS1A 3AVJA 2G8IA 1U4BA 2YNGA 1JKHA 4DQSA 3P83D 1SL1A 4B9NA 2EHGA 2Q3SA 3MXIA 3KKRA 3VQ6A 3RRGA 4AHUA 3LAMA 3SUPA 3NF9A 4B9MA 2ZQBA 4CJ4A 3OS0A 4IKFA 3LP3A 2P1JA 3VA0A 2P5GA 1BI4B 3B6PA 3VQDA 1L3UA 5I42A 2HHSA 3KKSA 3WNHA 4ID1A 3OYGA 3VQ8A 4KV8A 1KVBA 1HPZA 1FKOA 1RDDA 4CEDA 1BISA 4CIEA 4F2RA 4OLBA 4RW7A 1TKTA 1NKBA 3A2FA 1ITGA 4DFPA 4HUGA 4DTMA 3SUNA 1SUQA 3IRXA 3ASMA 1BCMA 2HNYA 4DF4A 2OYQA 3V9XA 3SQ2A 5HRPA 4KHQA 3TABA 3RR7A 3RR8A 4FJ5A 4E7IA 3HK2A 2G8HA 1TL3A 1YVUA 4CJ3A 3SZ2A 4Z4GA 3DI6A 4JRQA 2Z1IA 3VQEA 4FCYA 1W0HA 4DLGA 4FLWA 4M3UA 2JLEA 3SPZA 4CF8A 4CECA 1C0MA 4LH4A 3D45A 2ATQA 3HPGA 2P51A 4FJKA 3NH2A 1TKZA 3ZT0A 4CJRA 4CFDA 2XY6A 4Q0BA 4B9UA 1WSEA 1TKDA 1LWCA 1KVAA 2HNZA 1K6YA 1VRUA 3K5NA 5FROA 3TAMA 1U49A 1NJYA 1VSEA 3VQ5A 4KB1A 1SKWA 1WNSA 2F96A 1HQUA 4FYDA 4Z0UA 2AJQA 2PYJA 2KQ2A 1RDAA 4KTQA 3CYMA 4M3YA 3TI0A 3ZSZA 4B3OA 1VSDA 3V9SA 3LDSA 4PY5A 3LALA 2IS3A 3CM5A 4B8CA 4CHQA 2XHBA 5E41A 4B9LA 3G10A 3CG7A 4DSFA 4E3SA 1U04A 4DSKA 5EU7A 1BQMA 1YT3A 4K8ZA 3I0SA 4J2BA 4I9QA 3L8BA 4CJWA 2G8UA 4FW1A 1LAVA 1RBVA 3VQAA 5T7BA 3M8SA 1MU2A 2B5JA 1KRPA 4DQPA 2YNHA 3VQ9A 1ZBUA 4AHCA 2PY5A 1UWBA 3KLHA 5KRSA 3PUFA 3NGIA 4FJHA 3L2RA 1B9DA 3IS9A 4FJMA 1SL2A 4FJNA 3OJUA 3SUOA 5J2QA 1RBSA 4AHVA 2B6AA 1RBRA 3NCIA 5J2PA 4FJXA 3WNGA 3K5OA 1EXQA 4W5OA 3QEPA 3AVIA 5JS2A 4CJSA 1RTDA 3PX4A 3QINA 3HVTA 3VQQA 3O4NA 4GW6A 4O44A 4CEFA 4W5QA 4FLUA 4M42A 3PX6A 1RNHA 5FRMA 1QS4A 2RN2A 5HRRA 1HNIA 4H8KA 3ZCMA 3NHGA 3NAEA 3H08A 5DK5A 3OYCA 1IG9A 4N5SA 1D9FA 1CZ9A 4F8RA 1C0TA 2F8TA 4DTOA 4KHYA 4EZ6A 1KFDA 1TVRA 4CGFA 3LZJA 4FXDA 3DRRA 1UAXA 1NK0A 1ASWA 3C6TA 2X6SA 3V1RA 2RPIA 3OS1A 2G8WA 1T03A 3NF7A 1RBTA 2EX3A 4OGCA 4CGJA 1X1PA 4DTSA 4J2DA 1KSPA 2BGGA 1RT7A 5SZTA 3OS2A 4CESA 1KVCA 3CFOA 3O3FA 3SCXA 2DFHA 3SYZA 2IAJA 1HYVA 2YV0X 2VG7A 1EX4A 2ITGA 1EETA 3AVFA 4E19A 2P5OA 2GBZA 3ZT2A 1U47A 1BGXT 4DTXA 3OY9A 1WSHA 5J2NA 3TANA 3JYTA 3HO1A 4NCGA 3AVHA 3HYFA 4DSEA 4Y1DA 1W9HA 1UOCA 4CEBA 5DMRA 3OYBA 5FRNA 3OYAA 4FLZA 1C0UA 4KRFA 1L3TA 4FJ9A 3KD1E 3LAKA 2BDPA 1L5UA 1EKEA 4OKKA 4HHTA 4AILC 4NCBA 3ZT3A 3BGRA 3SUQA 4FJ7A 2ZD1A 2D0BA 1S6PA 2HVHA 4CK2A 3DOKA 3AA4A 4JRPA 4CEZA 4Z4HA 3PO4A 4I2PA 3L2UA 1TK0A 4F3OA 3NE6A 4DTRA 3LZIA 4CJKA 2HNDA 1KLMA 4JS5A 4EZ9A 4K8XA 1UA0A 4LSLA 4UQGA 3MEGA 3S3MA 1DTTA 5HP1A 1BQNA 3ZSWA 4FK2A 2F8SA 4M3RA 4CF2A 1IKWA 1NJXA 4J2EA 4FLXA 3DLHA 3O3GA 4RW6A 2DFFA 1TAUA 2E4LA 4HCCA 4O5BA 4BE0A 1RTJA 3HP9A 4KB0A 1BL3A 1VSFA 2YKMA 3MXJA 3DLBA 3I8DA 3V4IA 1JL1A 2OPRA 4BDPA 3QNOA 1I39A 3HXMA 3RWUA 2HHWA 3DLGA 4FLYA 1C1BA 1EP4A 3AO5A 3QLHA 1RBUA 4MFBA 4CERA 3IAYA 3RTVA 4H4OA 1S9GA 1D5AA 4CJTA 2D0CA 1FXXA 3OYJA 4E7HA 3LP1A 4DLEA 3SQ1A 1JXEA 2D5RA 2RF2A 4FZXC 4PQUA 5HBMA 4C8MA 1LW2A 3IG1A 4Z4IA 1Y97A 4HVJA 4FJJA 3QEIA 4B9TA 4KFBA 3ITHA 4KHNA 4DTPA 2ZE2A 1VK0A 1I3AA 4IFYA 1IKYA 1XWLA 2Z1JA 5CZ2A 4CEOA 4ZHRA 2HHTA 3QERA 3L3VA 3OYIA 2G8VA 3AVCA 3PX0A 1BIUA 1JLAA 3DM2A 5SWMA 2DY4A 1S1TA 4DMNA 3KLGA 1Q9XA 4DTNA 2VG6A 4CJLA 1QSYA 1CLQA 3C6UA 5KI6A 4Y1CA 4HUFA 4CJQA 2A1RA 4IG0A 3L2VA 3MEDA 2X78A 2XRIA 2BE2A 2IDOA 3OYHA 1NKEA 2O4IA 4CJUA 3WNFA 3TWHA 4RG8A 3DOLA 3ZT4A 4CJEA 3S3NA 3QEXA 2OPPA 3HPOA 1RTHA 1JLQA 2FBVA 4GVMA 3VQCA 4CEEA 3AO2A 1ZBFA 3TARA 3CM6A 3ZSYA 3EYZA 3OJSA 1S6QA 5CY4A 1A5VA 3V9WA 1S5JA 1RT4A 4FK0A 3DRSA 3TAFA 3T19A 3EY1A 3HL8A 3ZT1A 4HCBA 2XO7A 4M3TA 4O55A 1TL1A 4KREA 1RTIA 4IFVA 1U45A 4DTUA 3HPHA 4CEAA 4HUEA 2OPQA 3OYKA 4FVMA 5KGWA 1Q9YA 2QKBA 2KFNA 3AA5X 4FW2A 4LH5A 2FBTA 4OJRA 1HMVA 1S1VA 4Z4EA 4DG1A 5HROA 3T1AA 4ICLA 3K59A 4KHUA 5D3GA 1O1WA 2BANA 4FLVA 4W5TA 1NK6A 3SPYA 4JLHA 3OYNA 3M8RA 1JLBA 1VSIA 1IH7A 3LWMA 1VSHA 3QEVA 3OVNA 4DSLA 4KKOA 3DYAA 3NF8A 4OKJA 4KPYA 4N41A 3ZSXA 1XHZA 3JSMA 3E01A 4DQIA 1FKPA 1RDCA 4R5PA 1NJZA 1WN7A 5J2MA 2G8FA 2B4JA 3L2WA 1DLOA 4DTJA 4C8LA 3C95A 3LWLA 2IGIA 3K58A 4CJ5A 4F2SA 4BACA 4GMJB 2G8KA 4ELTA 1L3VA 4H4MA 1N6QA 1GOAA 4FM2A 3PV8A 1Z25A 1VSMA 1S1UA 1ASUA 3D0PA 4AHSA 4YFUA 3OYEA 5HRSA 4Z4CA 4BDZA 3QEWA 3S9HA 4C8KA 1WAJA 3HJFA 3ZSOA 5HRNA 3G0ZA 1SKRA 3CFRA 1JLCA 3HM9A 4CHZA 3NBPA 4JS4A 1BCOA 3RMDA 1RDBA 5CYQA 1RT5A 4BWMA 2FBYA 1GOBA 3TR8A 4B8AB 1XI1A 3NGYA 4KHSA 3VQPA 4E1NA 1L3SA 1DTQA 1ZYQA 1CXUA 1T05A 3LANA 3RRHA 1VSJA 4FJIA 3AO4A 5J1EA 3HSTB 4QAGA 3VQBA 3ZSQA 4BE1A 3FFIA 1NK7A 3PY8A 3P5JA 3SNNA 3OYLA 4LD0A 2YNFA 3RMBA 2KTQA 3KK2A 3AA3A 4LSNA 4CFBA 1QE1A 1NK9A 3KLFA 1FK9A 4N56A 2OA8A 1XHXA 1NKCA 2DTUA 1LWFA 4NYNA 3ZSVA 4KAZA 1SKSA 3KJVA 3AVNA 4PUOA 4AHTA 2HVIA 5KGXA 4W5RA 1J5OA 3BDPA 2VG5A 2HMIA 4WE1A 4B9VA 1YTUA 4KHWA 5CZ1A 1S1WA 1LWEA 1T8EA 4ID5A 2YKNA 4CJFA 1RILA 2HHUA 4CEQA 2YHAA 4CHNA 1WLJA 4CF9A 2OZMA 4E7JA 4O0IA 1U48A 3P1GA 4CE9A 1QQCA 3KK3A 2NUBA 4DFMA 2PYLA 4M3ZA 3V9ZA 3RMCA 1C1AA 4EP4A 1C1CA 1JXBA 4M3XA 2OZSA 4DS5A 4OGEA 4N47A 3K5LA 1LV5A 3SV4A 1REVA 3O3HA 4CGDA 1LW0A 4DQQA 2FC0A 2KFZA 2XY8A 4YNQA 4Z4FA 3K5MA 4OKEA 1N5YA 4E7LA 3U6FA 3V1QA 3CFPA 4TSXA 1VSLA 1VRTA 2D0AA 2W42A 1KLNA 1B92A 3U3GA 3VQ4A 4ELUA 3DRPA 1R0AA 3AO3A 3MEEA 3OYFA 5K14A 4I2QA 4CGGA 3QETA 2Z1GA 4CF1A 4C8NA 3KLEA 4IDKA 2PZSA 4CCHA 5C24A 4L8RB 3M8PA 1J54A 2QXFA 4CGHA 1T7PA 1HQEA 3NFAA 4DSIA 4E89A 3AVGA 3U3YA 4IBNA 3PO5A 2X74A 1RT1A 3VN5A 4E1MA 1JLFA 3V9UA 3SQ0A 3MXMA 1KTQA 2HW3A 4O0JA 4CGIA 3HT3A 1GOCA 3F9KA 1S9EA 3MAQA 3TAEA 1KCFA 3TAGA 3AVAA 4DWIA 1HJRA 2KZZA 4FLTA 1J9AA 2Y1JA 3SQ4A 4CFCA 1A5WA 4KO0A 3ALYA 3AVLA 3OYMA 1RCHA 3TAPA 2I5JA 1J53A 3KLIA 4RW4A 1ZBLA 1IKXA 1WSIA 3O4QA 4M3WA 3NDKA 4QOZB 2A1SA 4OPJA 1TAQA 3AA2A 1BIZA 1BI4A 4DU4A 3T3FA 3K57A 5C25A 1BHLA 2XY7A 1RT6A 1X9SA 4CFAA 3AVBA 4N76A 4FK4A 2HHXA 2GUIA 3THVA 4RW8A 3B6OA 4KTZA 3M8QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DT9A 3GG4A 4BDYA 1SL0A 3UIQA 3KK7A 3WEEB 2ASOA 2IC3A 3UB5A 1NJWA 2IIRA 3U9DA 3AV9A 1X9WA 3EO3A 4PWDA 1UA1A 3TSQA 3F73A 2HHVA 4AHRA 4BRCA 4W5NA 2FF3B 3RMAA 4E1JA 2E6LA 1HLUA 2CGLA 4FJLA 1QSSA 1Z6RA 1KFSA 1HNVA 4ZTFA 3D2EB 2ZGYA 1GLJO 2P9NA 2NRVA 2WFBA 5JMVA 3AVMA 1ZXOA 4B08A 5AQQA 5FPMA 4DV6K 4DQRA 3WXMB 5AQZA 4E7KA 2HHQA 1TGOA 4FZZA 1KAZA 4KTWA 4FM0A 2P9PA 1WSGA 1MDUB 1F21A 3P38A 2YHBA 5GIPA 2GTDA 4GY2B 2V51B 4MQ3A 4BRFA 1SS6A 4H0XB 3CD6N 2E6MA 4BC4A 4KI4A 2CGJA 3N4PA 4PL8A 4IJAA 4PA1A 4XIUA 1HUXA 1TKXA 1M1KO 3ISNC 2KW4A 3EE9A 5C2FA 1CZBA 2GV9A 3NH1A 2FXUA 4F4KA 2LSNA 4NYFA 4CHPA 4ISFA 2Z1HA 4YDUC 2QK9A 3SLCA 2AP1A 2ETJA 1QTMA 1NGJA 4BWJA 1VQPN 4CK1A 5AFUA 4C1NI 3VEVA 4G1QA 3V81A 4JD2B 4FJ8A 3J80O 4YOXA 4OLAA 3FLCO 3LM9A 3ZYYX 2EWSA 3AVJA 2G8IA 5M1KA 3MX2A 3P83D 1EQYA 2EHGA 3OHRA 2P9KA 4BRQA 4DV0K 4B9NA 1NGHA 3RRGA 3LAMA 3NF9A 3Q7BA 3VA0A 3B6PA 4KH4A 2HHSA 4RW7A 4BRPA 4HUGA 4IO9L 2HBMA 3BF1A 2HNYA 1ATSA 3CIPA 2OYQA 3SMSA 3V9XA 3VESA 3RR7A 3A5LC 3O1BA 2UUAK 2BH1A 3J7YP 4E7IA 1E4GT 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DT9 A;  3GG4 A;  4BDY A;  1SL0 A;  3UIQ A;  3KK7 A;  3WEE B;  2ASO A;  2IC3 A;  3UB5 A;  1NJW A;  2IIR A;  3U9D A;  3AV9 A;  1X9W A;  3EO3 A;  4PWD A;  1UA1 A;  3TSQ A;  3F73 A;  2HHV A;  4AHR A;  4BRC A;  4W5N A;  2FF3 B;  3RMA A;  4E1J A;  2E6L A;  1HLU A;  2CGL A;  4FJL A;  1QSS A;  1Z6R A;  1KFS A;  1HNV A;  4ZTF A;  3D2E B;  2ZGY A;  1GLJ O;  2P9N A;  2NRV A;  2WFB A;  5JMV A;  3AVM A;  1ZXO A;  4B08 A;  5AQQ A;  5FPM A;  4DV6 K;  4DQR A;  3WXM B;  5AQZ A;  4E7K A;  2HHQ A;  1TGO A;  4FZZ A;  1KAZ A;  4KTW A;  4FM0 A;  2P9P A;  1WSG A;  1MDU B;  1F21 A;  3P38 A;  2YHB A;  5GIP A;  2GTD A;  4GY2 B;  2V51 B;  4MQ3 A;  4BRF A;  1SS6 A;  4H0X B;  3CD6 N;  2E6M A;  4BC4 A;  4KI4 A;  2CGJ A;  3N4P A;  4PL8 A;  4IJA A;  4PA1 A;  4XIU A;  1HUX A;  1TKX A;  1M1K O;  3ISN C;  2KW4 A;  3EE9 A;  5C2F A;  1CZB A;  2GV9 A;  3NH1 A;  2FXU A;  4F4K A;  2LSN A;  4NYF A;  4CHP A;  4ISF A;  2Z1H A;  4YDU C;  2QK9 A;  3SLC A;  2AP1 A;  2ETJ A;  1QTM A;  1NGJ A;  4BWJ A;  1VQP N;  4CK1 A;  5AFU A;  4C1N I; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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