1VSDA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, high mg concentration form
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Endoribonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 52
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsdA00
2YNFA 1BL3A 3LP2A 3RTVA 4ID5A 3M8SA 4HHTA 4ZTFA 3AVKA 4E1MA 1HMVA 1IG9A 2XRIA 4O44A 4B9TA 4CJ5A 4E7KA 4DQIA 3OYEA 3DMJA 3AVBA 1RTJA 4KKOA 4RW9A 4DTUA 4JS5A 3TABA 2WOMA 1RDBA 2XO7A 1YVUA 4W5NA 4M42A 5C25A 1ZBLA 1BGXT 4CK1A 4CJ3A 3D0PA 1HRHA 1BQMA 5KGWA 1DTQA 2YKMA 1TK8A 2G8WA 3K5NA 3WNEA 4DQRA 4K8ZA 1NK7A 1EX4A 3ZT1A 4EP5A 2DFFA 3IS9A 3DLHA 3NH0A 1S9GA 4E19A 3SPYA 3B6OA 4KTWA 1S6PA 3RMCA 1C0UA 1WLJA 4CEOA 3H08A 2HVHA 4AHCA 1D9DA 3KD5E 1YT3A 1IH7A 4RW7A 4CF2A 3G0ZA 3L2VA 3K59A 4FJLA 2Z1IA 3AVFA 3CYMA 4CJ4A 2XY6A 1J53A 3LZIA 3MXMA 1VRUA 3MEDA 3ZT2A 4GVMA 1VSHA 2B5JA 2XHBA 2G8UA 3AV9A 4FJGA 4DMNA 4PQUA 3HPHA 2F8SA 4PWDA 4DSFA 3OJUA 4FLWA 1KFSA 1HNIA 3L3VA 2HHVA 4H4MA 4DTMA 3VN5A 4J2DA 1SUQA 2HHSA 4FXDA 4OPJA 1RDAA 4KREA 1L3UA 2I5JA 4M3ZA 3QNNA 1JLFA 4CGFA 3IG1A 2P1JA 1JXBA 4G1QA 3OVNA 3NE6A 2Z1GA 4FM0A 3AO5A 4NYNA 5JS2A 3U3GA 4FCYA 4Y1CA 1BISA 1KTQA 3OYBA 4DSLA 1UA1A 3T3FA 4E89A 3ZSWA 5HRNA 1NK5A 3ZSYA 1S9EA 1D8YA 1X9MA 4F4KA 4NCBA 3NFAA 4PY5A 1CLQA 3DRRA 2RF2A 1UOCA 4FZXC 5I42A 3OYGA 4CF9A 4M3YA 1RT3A 5C24A 3ZT3A 4RW4A 3HXMA 4DQQA 2Z1JA 3HL8A 3ZT4A 3DLEA 4FYDA 1UWBA 3K57A 3KLFA 3M8QA 4OJRA 4E7JA 3SQ2A 4KI6A 4CFBA 5SWMA 3TAPA 1QQCA 4CHPA 5D3GA 4HCCA 1WSJA 3QO9A 4DSEA 3NGZA 1U48A 3DLRA 5HP1A 2OPRA 1RBVA 4FLVA 1JL2A 4DFKA 3NF6A 5C42A 4DTXA 4GW6A 4FK2A 3DLKA 2Q3SA 2RN2A 2DFEA 4FLTA 2IAJA 1WSEA 3VQ9A 3VQ5A 4DLGA 3O4NA 3ZSQA 2KQ2A 2KFNA 2IDOA 4CJFA 4AH9A 4CEFA 4CFAA 1RILA 2RKIA 2E4LA 1HJRA 1WNSA 1LW0A 3SQ4A 1RT7A 2DFHA 1SL1A 4O5BA 3L2RA 1BI4A 1JLGA 3PUFA 1G15A 1C0MA 4I7FA 5DMRA 4ELTA 4OLAA 2NUBA 1NK8A 3F9KA 3OYDA 3QEVA 1S1UA 5K14A 3QLHA 4FZYA 1I3AA 1LV5A 2KZMA 4CEAA 3TAGA 4Z4CA 2AJQA 1GOAA 1QE1A 2E6LA 1Z26A 1RT4A 3OJSA 3MAQA 3VQ4A 1RT6A 4Z4IA 1S6QA 1KRPA 4QCLA 4CEEA 3ZSRA 4N56A 4BE0A 3OS1A 2HW3A 1KSPA 5HLFA 2B4JA 3OYMA 4FLUA 1NOYA 1C1AA 4FJNA 1VSEA 4TSXA 1T05A 4K8XA 1S1TA 2P51A 3HYFA 3HVRA 4BE1A 1VSKA 4CK2A 4CEBA 4CIFA 1KVCA 3KJVA 3F73A 3VQ8A 4DFJA 1TKDA 3LWLA 1NKEA 4DTPA 1U47A 1NK0A 1WN7A 4Z0UA 1DLOA 3C6TA 3VQAA 3LWMA 3CFPA 1U04A 4BE2A 4M3RA 4DTOA 2GV9A 2HVIA 2HHUA 2HHWA 3OYAA 4FZZA 5J2MA 3TAEA 1YTAA 4DSJA 3G10A 3RRHA 4ICLA 2D0AA 5HRPA 3QEIA 1SL0A 4FJ7A 1LAVA 3RMDA 1WSHA 1CZBA 4HTUA 1X9WA 4DS4A 3TAMA 4C8KA 4F3OA 3AO4A 5T7BA 3L2UA 3S3OA 2VG5A 1A5WA 2G8IA 4DQPA 3OS2A 4IKFA 3TAFA 4KAZA 1FXXA 2IOCA 4OVLA 1DTTA 3HK2A 4KHUA 4OGEA 3CG7A 4FM2A 1LAWA 1WAJA 1XWLA 1N5YA 4LH4A 3O3HA 4PA1A 5CY4A 4EP4A 1ZBHA 4UQGA 3NBPA 4CJVA 3QETA 1B9DA 3HP9A 1QSLA 4F3TA 1S1VA 5CYMA 4KTQA 3KK2A 3PX6A 4BDZA 3VQDA 2JLEA 1UAXA 2HHTA 2F96A 2BDPA 1ITGA 3V6DA 1IO2A 2FBYA 2ZE2A 3DOLA 3ZSOA 3KK3A 1Q9YA 3AVJA 1NK4A 2XY5A 4C8OA 1KVAA 4F2SA 4AHUA 3RMBA 1LWCA 1O1WA 1WSIA 4E1NA 2FBVA 4M41A 1UA0A 1SL2A 1YTUA 1QHTA 3AO3A 1WSFA 3NF8A 5HRRA 4DU4A 1L3SA 4RW8A 3V9XA 1J54A 2EHGA 3S9HA 1EXQA 3JSMA 4IBNA 3QNOA 3KKSA 3CM5A 3OYKA 4DFMA 3PO5A 1SV5A 3BGRA 4XIUA 3B6PA 3NDKA 3NHGA 4C8LA 3ALYA 1XHXA 2R7YA 2G8FA 3RWUA 3ISNC 3VQCA 4KHWA 1VSJA 4KTZA 4LY7A 1EP4A 3NCIA 3V81A 1TK5A 3K5OA 4FLYA 1VSDA 3RR8A 3QEWA 1NOZA 3EY1A 5JS1A 3THVA 1T03A 4FJ5A 5J2PA 3M8PA 3L3UA 2DTUA 5KTQA 3D45A 3A2FA 4Q5VA 2QKKA 3U3YA 2OPSA 4J2EA 3VA0A 3CFOA 4CJWA 4KHYA 5FROA 3CFRA 2DY4A 1I39A 1HYZA 1W0HA 1ZBUA 4CJEA 1NKCA 4PUOA 2VG7A 4BWMA 2YNGA 4CFDA 5DK5A 4Y1DA 3ZSVA 1VSMA 2G8KA 3L2WA 4IG3A 4NCAA 4N47A 5HRSA 3CQ8A 4B3OA 3WNFA 4CJRA 3I8DA 1WSGA 4CECA 1JKHA 4FVMA 2WONA 4DF4A 3LP1A 3MXIA 4FLZA 4DS5A 4YFUA 2X78A 3NGIA 1R0AA 4DSIA 4FK0A 4KHNA 3O3FA 2HHXA 3VQQA 4KV8A 3MXJA 3O4QA 1U49A 4CGHA 1NK9A 4CJTA 4IFYA 1ASWA 1XC9A 3AVNA 3JYTA 4H8KA 2X74A 3LP0A 4LSLA 2P5OA 4BACA 3KLIA 3ZCMA 4DLEA 3WNHA 4FM1A 3KD1E 5KRTA 1S1XA 3AO1A 1HNVA 3UIQA 1QTMA 1C0TA 4E7LA 1RNHA 4HUGA 4AHTA 1RT2A 2ETJA 2P5GA 4BDPA 4C8MA 3EZ5A 1J5OA 1RBRA 4HCBA 2X6SA 1KVBA 2KTQA 3VA3A 1QSYA 2YNIA 1HQUA 1C1CA 4E7IA 3RMAA 4CHQA 3IRXA 4MFBA 3SUQA 3OYJA 4CESA 3SI6A 3I0RA 4O0JA 3ZSXA 2OYQA 4EZ9A 4KB1A 4Z4FA 4B8CA 1D5AA 1GOBA 2KZZA 2IGIA 1GOCA 3AO2A 5HBMA 4CIGA 1T7PA 3PY8A 3LAMA 1NKBA 4M3TA 3LALA 5CZ2A 4CHOA 3V9UA 2G8HA 4HUFA 2ZD1A 1BCOA 3V9SA 2A1SA 2FC0A 1EKEA 4CJUA 2W42A 3MEEA 1JLEA 4NCGA 2D0CA 4W5OA 4OPKA 5FDLA 2HNDA 1JLCA 4H4OA 4CGIA 3VQ6A 4F8RA 1RTHA 3WNGA 4B9VA 3ITHA 1B9FA 3V4IA 2HNYA 5J1EA 3TWHA 1ZYQA 5CYQA 3HVTA 1IKWA 1TL1A 3DLBA 4CHNA 3KTQA 4W5QA 1U4BA 1NJWA 1JLBA 3HP6A 4FJMA 1A5XA 1RBSA 1L3TA 4CF0A 3TI0A 4CEZA 1LW2A 1RTDA 1HQEA 1Y97A 1BIZA 2O4GA 4CERA 1Q8IA 4CJLA 4JRQA 4ID1A 3K5MA 3QEXA 5HROA 4B9SA 1RBUA 1U45A 4ZHRA 3VQPA 3M8RA 2EX3A 3AVHA 3VQ7A 4AHRA 2XY8A 2A1RA 3TANA 1F21A 3HPOA 4CJSA 4CHYA 4DU1A 3PV8A 2PYJA 3HT3A 4Z4EA 5CZ1A 5EU7A 3DI6A 4LSNA 3K5LA 4E3SA 4DTSA 2QK9A 3AVGA 3I0SA 4B9UA 2QKBA 3KLHA 4DTJA 1HYSA 1W9HA 1RDDA 4HVJA 2PYLA 3QESA 4MQ3A 4DTNA 3OY9A 4M3UA 4CF1A 4FJ8A 1N6QA 5FRMA 2OZSA 1RBTA 1QSSA 4CCHA 3V9WA 1LWEA 1FKOA 3QINA 1JLAA 1KCFA 3C94A 3C95A 3KIOA 4OKJA 3T19A 4W5TA 2XY7A 1Q9XA 4ZTJA 4ELVA 4KI4A 3DLGA 3O3GA 4M3XA 3TAQA 1TAQA 4DSKA 4CGGA 4QOZB 1BI4B 1JXEA 1JL1A 4FJ9A 1Z25A 1REVA 4M45A 4EZ6A 4M3WA 3EYZA 4KO0A 2Z1HA 4Z4HA 1TAUA 3OYFA 3C6UA 3S3MA 1NK6A 2G8VA 3KLEA 3U6FA 3NAEA 4HUEA 1X9SA 2PZSA 4FLXA 3LDSA 1S5JA 3SV3A 4C8NA 4B08A 3L2QA 4AHSA 4O4GA 1IKYA 1MU2A 2D0BA 4CJPA 3P1GA 4DF8A 4CEDA 1C1BA 1VSIA 2YNHA 2HMIA 2YKNA 4JS4A 1CXQA 3SQ1A 1TV6A 4DU3A 3SYZA 4FW2A 3E01A 1IKVA 1KLMA 4E0DA 5SZTA 1KLNA 3HO1A 2F8TA 4GMJB 1WAFA 4IFVA 1TKZA 1RT5A 4CK3A 2BANA 2Y1JA 4KHSA 4CEQA 2VG6A 4OLBA 4CIEA 3ULDA 3SNNA 3V1OA 3SQ0A 3SV4A 1L5UA 3HSTB 3TR8A 5KI6A 4AILC 1VRTA 1L3VA 3AA4A 3QERA 4JLHA 4BDYA 4AHVA 2YHAA 3AVCA 3OS0A 3K2PA 4FJIA 1TKTA 2IS3A 4CE9A 3OYNA 2ZQBA 3LPUA 1NJZA 2OZMA 4N5SA 3OYCA 3KKRA 5KGXA 2GUIA 1S1WA 1HYVA 2QXFA 3PX0A 4KRFA 4Z4GA 4B9NA 3LAKA 3AVAA 1X1PA 3ASMA 3NH2A 2Y1IA 3SUPA 4ELUA 2PY5A 1T8EA 4KB0A 3RRGA 2HHQA 2FBTA 5I3UA 3SPZA 4QAGA 1JLQA 3NF7A 4CHZA 3AA5X 3L8BA 2VWJA 4DFPA 3MECA 4OGCA 4CF8A 4DQSA 3KLGA 4FJXA 3DYAA 1TL3A 3DM2A 2RPIA 4I2QA 1BIUA 3IAYA 4OKKA 4LH5A 3AVLA 1BCMA 3LP3A 4CFCA 1IKXA 3OYLA 3SUNA 1RDCA 4B9LA 1FKPA 2LSNA 2O4IA 4OKEA 1LWFA 3V1RA 1NJYA 4CJKA 3FFIA 3ZSZA 2ITGA 3AA2A 3MEGA 1D9FA 3SJJA 1RCHA 2D5RA 1NJXA 3KK1A 4Q0BA 2OPPA 1HPZA 2YHBA 4YNQA 3OYIA 1TVRA 2IC3A 1B92A 4CGDA 1XHZA 4FW1A 3P5JA 4I9LA 4KHQA 1BHLA 2HB5A 1SKWA 1ZBIA 3SZ2A 3HPGA 3P83D 4J2BA 3SCXA 3TARA 3AVIA 4CJQA 2X6NA 3DRPA 4FK4A 4O55A 1TK0A 3VQEA 1A5VA 4BWJA 5J2QA 3SUOA 4FJJA 2KW4A 3LPTA 1ZBFA 4W5RA 3V1QA 1C6VA 1SKSA 1SKRA 4I2PA 4L8RB 5FRNA 4FJHA 1BQNA 2YV0X 4B8AB 1RT1A 3V9ZA 4B9MA 1VSLA 3AVMA 4FJKA 3PO4A 4DG1A 2FBXA 4CGJA 3DOKA 4RG8A 2BE2A 1ASUA 3VQBA 2B6AA 4O0IA 3K58A 1QS4A 5KRSA 4DTRA 3HJFA 4WE1A 3NGYA 4I9QA 4LD0A 3NH1A 2KFZA 1FK9A 1TKXA 4NYFA 4F2RA 3ZT0A 4JRPA 3NF9A 2OA8A 3DRSA 3BDPA 1KFDA 1XI1A 3RR7A 1RTIA 4R5PA 1K6YA 3QEPA 4KPYA 4N76A 3CM6A 1ASVA 3LZJA 2ATQA 2HNZA 2OPQA 3QIOA 2GBZA 3QIPA 4IDKA 2BGGA 3S3NA 4E7HA 4N41A 2E6MA 1TGOA 3LANA 4KFBA 1J9AA 1CZ9A 2JGUA 4IG0A 5E41A 4DWIA 4J2AA 1EETA 4RW6A 3PX4A 3OYHA 1CXUA 3T1AA 3AA3A 1VSFA 3HM9A 1VK0A 5J2NA 2VWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YNFA 1BL3A 4RTFD 5AQGA 3PIPL 1HMVA 1IG9A 2XRIA 4MLEA 4B9TA 1IV0A 1NGHA 3WXJA 3IUCA 4DQIA 3DMJA 4KKOA 4RW9A 1S22A 2WOMA 5C25A 2GTDA 3PSFA 5LJWA 4PL7A 1DTQA 1TK8A 3K5NA 3WNEA 4DQRA 5EXWA 2DFFA 1S9GA 3SPYA 3B6OA 4KTWA 4NXMK 3RMCA 1C0UA 4K25A 2HVHA 1HUXA 4ISGA 1IH7A 4CF2A 3G0ZA 3SAFA 3K59A 4FJLA 3CYMA 1J53A 2Q2RA 2XHBA 4PWDA 5JVGL 1QQMA 5EOYA 4DTMA 4YOXA 1W2BM 1SUQA 2Q0UA 2V7ZA 3QNNA 3Q7BA 1V4SA 4U67L 4JI6K 4FCYA 4Y1CA 1BISA 1KTQA 4DSLA 3T3FA 3ZSYA 1D8YA 4F4KA 4NCBA 1WB9A 4PY5A 1CLQA 3TTFA 3OYGA 3HXMA 1ZXOA 4RW4A 4BG8A 4DR1K 1T3VA 2Z1JA 4CVNE 3M8QA 3RSEA 4R79A 3AAPA 1NJIO 1QQCA 2P9LA 4AQYK 5FPMA 3QO9A 3DLRA 2VGMA 4BRHA 4FLTA 3VQ5A 2KFNA 3ZSQA 1ATSA 3H1VX 4AH9A 4CEFA 1RILA 1WNSA 1HJOA 4O5BA 1BI4A 1X3MA 4M7YA 1C0MA 2F7TA 3UKRA 1YF5L 4X66K 4FPBA 2VGNA 4MDBA 1GOAA 2CGJA 4Z4IA 1BWFO 1QZ5A 2OTLN 2HW3A 5BRDA 5HLFA 3UKUB 3OYMA 1C1AA 2P9SA 4FJNA 3C0BA 1KC8O 1T05A 1S1TA 4BE1A 1VSKA 4CK2A 4CIFA 3KJVA 4DFJA 1WN7A 4GV9A 4DTOA 2HVIA 1T6CA 2HHWA 1XMQK 4FZZA 3TAEA 3G10A 3RRHA 4ICLA 3A5LC 2A6AA 1ATNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2YNF A;  1BL3 A;  4RTF D;  5AQG A;  3PIP L;  1HMV A;  1IG9 A;  2XRI A;  4MLE A;  4B9T A;  1IV0 A;  1NGH A;  3WXJ A;  3IUC A;  4DQI A;  3DMJ A;  4KKO A;  4RW9 A;  1S22 A;  2WOM A;  5C25 A;  2GTD A;  3PSF A;  5LJW A;  4PL7 A;  1DTQ A;  1TK8 A;  3K5N A;  3WNE A;  4DQR A;  5EXW A;  2DFF A;  1S9G A;  3SPY A;  3B6O A;  4KTW A;  4NXM K;  3RMC A;  1C0U A;  4K25 A;  2HVH A;  1HUX A;  4ISG A;  1IH7 A;  4CF2 A;  3G0Z A;  3SAF A;  3K59 A;  4FJL A;  3CYM A;  1J53 A;  2Q2R A;  2XHB A;  4PWD A;  5JVG L;  1QQM A;  5EOY A;  4DTM A;  4YOX A;  1W2B M;  1SUQ A;  2Q0U A;  2V7Z A;  3QNN A;  3Q7B A;  1V4S A;  4U67 L;  4JI6 K;  4FCY A;  4Y1C A;  1BIS A;  1KTQ A;  4DSL A;  3T3F A;  3ZSY A;  1D8Y A;  4F4K A;  4NCB A;  1WB9 A;  4PY5 A;  1CLQ A;  3TTF A;  3OYG A;  3HXM A;  1ZXO A;  4RW4 A;  4BG8 A;  4DR1 K;  1T3V A;  2Z1J A;  4CVN E;  3M8Q A;  3RSE A;  4R79 A;  3AAP A;  1NJI O;  1QQC A;  2P9L A;  4AQY K;  5FPM A;  3QO9 A;  3DLR A;  2VGM A;  4BRH A;  4FLT A;  3VQ5 A;  2KFN A;  3ZSQ A;  1ATS A;  3H1V X;  4AH9 A;  4CEF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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