4H8KA

Crystal structure of lc11-rnase h1 in complex with rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
138
structure length
138
Chain Sequence
KIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMNSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Crystal structure of metagenome-derived LC11-RNase H1 in complex with RNA/DNA hybrid
pubmed doi rcsb
source organism Uncultured organism
molecule tags Hydrolase/dna/rna
total genus 45
structure length 138
sequence length 138
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4h8kA00
5K14A 4KHQA 3OS2A 2DTUA 5HRPA 4C8LA 3DOKA 3THVA 4FJMA 2XY5A 4RW8A 4CGFA 3HL8A 3VQ8A 1LAWA 1WLJA 3SUOA 3LALA 3DLBA 1U47A 2OPRA 4W5OA 4CJEA 3OYKA 2FBYA 1ITGA 4RW6A 3PX0A 3AA2A 2X6NA 3O3FA 3T3FA 4FZYA 1NK6A 3C94A 4KRFA 1EETA 1LW0A 3P1GA 4DTUA 4CCHA 4DSLA 1Z26A 3DLRA 3VQEA 3ZSOA 3KLFA 3JYTA 1RDBA 3SZ2A 2XY6A 2ZE2A 1A5VA 1SKSA 2A1RA 3JSMA 1RDDA 4DQPA 4FJXA 3MECA 1GOCA 3VQ9A 4FYDA 3NGYA 2Z1GA 3NFAA 3AVAA 4CHYA 4BACA 4DTRA 4W5NA 4I2PA 1BHLA 3DRPA 3SV4A 3LP1A 3KK1A 3P83D 1RT6A 4ZTFA 1ZBIA 1I3AA 4KKOA 1IH7A 2OZSA 4KI4A 3KK2A 3TAQA 1VSLA 1QSYA 4CEQA 4TSXA 4DSEA 3KKSA 3LP3A 1FKPA 1X9MA 4K8ZA 1WSGA 3PX6A 1A5XA 3ZT3A 3IAYA 4CK3A 3PUFA 1HJRA 3QINA 4MQ3A 3AVFA 1UWBA 2YKMA 3VN5A 5FROA 4OVLA 4CEDA 4J2DA 1UA1A 4RW4A 3OJUA 1HQEA 4KFBA 4DU3A 4J2BA 1JKHA 2YKNA 4E1MA 4QAGA 1SUQA 1RBSA 4E89A 5FRMA 2ZD1A 1VSHA 2BDPA 2PZSA 4PUOA 1TAUA 4Z4IA 1K6YA 1L3UA 3WNHA 4PA1A 4FJ5A 1WSIA 2P51A 3AA4A 4O55A 4AHUA 4CFDA 1JL1A 1BGXT 1B9FA 3CQ8A 1A5WA 4CJWA 4AHSA 4FJJA 1S9GA 2QKBA 1NJWA 1NK7A 5KI6A 3G10A 3MEEA 4ZHRA 4B9SA 3LANA 1RCHA 1C1AA 4F2SA 4C8MA 2B4JA 4MFBA 2W42A 3NF9A 4Z4FA 4BE1A 3MXIA 1RTIA 1S1WA 3K57A 3TI0A 3KD5E 1LWEA 4N47A 4CGDA 4H4MA 4CERA 4FM0A 5E41A 1D8YA 1XWLA 4Q5VA 2F8TA 2FBTA 4F3TA 1VSFA 4HTUA 1ASVA 1QSLA 4B9VA 2XY8A 3PX4A 4FJGA 4FLUA 4DFPA 4DTXA 2KZZA 4ZTJA 3MEGA 4RW9A 1UAXA 4HCBA 3LAMA 4F8RA 1EP4A 4DSJA 1ZBUA 3BDPA 2DY4A 4ICLA 4AHRA 3QEXA 3ZT0A 4E7IA 3A2FA 1Y97A 1TAQA 4B8AB 5KGXA 4R5PA 3O3GA 3ZCMA 1YVUA 1BQNA 4CEEA 3NCIA 4B9TA 1BCMA 1JLGA 2G8IA 3HJFA 2FC0A 4OPKA 2HNDA 1JL2A 2IOCA 1LWFA 3D0PA 4KPYA 1BISA 4DQQA 5KTQA 2OYQA 2HHSA 5FDLA 3RMBA 1BCOA 4N76A 2ITGA 3SQ0A 4O5BA 4KHWA 1WN7A 4E7JA 1WAJA 1L5UA 2EHGA 4HUFA 1QS4A 4DQSA 1NKCA 1JXEA 1HMVA 1JLEA 3HVTA 4LH4A 2ZQBA 4FLYA 2YV0X 4OJRA 4DG1A 3QEWA 1W0HA 4CJ5A 3K59A 3SNNA 3VQ6A 4HCCA 3LP0A 4W5RA 4EP4A 1TK5A 1RILA 4OKJA 1KCFA 5HRNA 3HK2A 4Z4HA 3ALYA 3KLIA 1EX4A 1BIZA 4WE1A 2RKIA 3AO2A 3AVNA 2E4LA 4Y1DA 2DFEA 1ZYQA 4PQUA 3CFOA 3L3UA 3TANA 1SL2A 2OPPA 2XO7A 1D5AA 1IKWA 1FXXA 4W5TA 3F73A 1TKDA 1I39A 4FJ8A 3RWUA 1UOCA 2YNHA 4KI6A 2HHXA 3QERA 4GMJB 3OYJA 3HO1A 1B9DA 1HPZA 2HW3A 4FLTA 1RT5A 3C95A 4DF8A 2Y1IA 4B9MA 3QESA 4CJ4A 4DFKA 1KFSA 4CGJA 3V9XA 1NK4A 2EX3A 4KB1A 4CJKA 1KRPA 1EXQA 3AVJA 1JLCA 1KVBA 3C6UA 1NJYA 4FZXC 1VSMA 1BQMA 3RMCA 4KHYA 4M3UA 3NF8A 2D0BA 1ASWA 3ZSYA 3AA5X 3QEVA 1SL0A 3IS9A 1RT3A 2HHTA 4NCAA 1NOZA 5HLFA 4JRPA 4FK2A 1RT4A 1Q9YA 1HYVA 4CHQA 3U3GA 3AVGA 3OVNA 1RT2A 2GUIA 3SQ4A 3OYDA 1RNHA 2OPQA 3AO5A 1TL3A 1U04A 4IG0A 4E7HA 5JS1A 3KKRA 3NH1A 1F21A 3CG7A 5I3UA 2Z1JA 4FM2A 2PYLA 3O4QA 2OZMA 4L8RB 3VQCA 1WSHA 3SUQA 5KRSA 3HPHA 4LSNA 1L3VA 2B5JA 2PYJA 5J1EA 3CFRA 4AH9A 4BE0A 1C0TA 3TAGA 1VRTA 4NCBA 1YTAA 4QCLA 3KLEA 2E6MA 1SV5A 4Q0BA 1VK0A 2RN2A 1ZBHA 4JRQA 4F2RA 4CESA 5I42A 1SL1A 1HRHA 3LZJA 1KVAA 3NGIA 2OA8A 2KW4A 2FBVA 3V1RA 1XHZA 4G1QA 3TARA 4Z4GA 2KZMA 1C1CA 1R0AA 3OYNA 1RBVA 1C0MA 2ETJA 2IC3A 4FLVA 1NK8A 1X9SA 5CYQA 4ID5A 2P1JA 4O4GA 4FJHA 1XHXA 4CGHA 3OYLA 2R7YA 3MEDA 1QE1A 3NHGA 3SJJA 4KAZA 3PO5A 4CEZA 5J2QA 3KLHA 3DOLA 3KD1E 3TAEA 3HT3A 3L2QA 2G8FA 1QHTA 5J2NA 5CZ2A 4OLAA 2HHQA 2VG7A 1FK9A 3OYGA 4EP5A 2PY5A 2D0CA 2WOMA 3I0SA 3OYEA 4CHPA 3AV9A 1HNIA 3L2RA 3U3YA 1ZBFA 5HBMA 4K8XA 2E6LA 1T7PA 4Y1CA 4QOZB 1ASUA 4DLEA 2P5OA 3QO9A 4LSLA 4CF2A 3AVLA 4CIGA 4DMNA 4CJSA 3VQQA 1VSIA 4IG3A 4GVMA 3K5MA 1TKTA 3ZSXA 5KRTA 3S3OA 4CJ3A 1J9AA 1L3TA 4CJVA 4C8NA 2O4IA 2I5JA 5CYMA 3V9WA 3C6TA 4HUGA 3HPGA 2KQ2A 4I2QA 4DQIA 4M3ZA 1HQUA 1SKWA 3T1AA 2IS3A 4E1NA 1DTTA 5HRSA 4C8KA 2IDOA 2HVHA 1JLBA 3AO4A 4BWMA 3ASMA 4CFCA 3OYBA 3V1OA 4Z4CA 2KTQA 4DU1A 2G8KA 1JLAA 4I7FA 1RDAA 1DTQA 4NYFA 3NH0A 2YNGA 3MXMA 4FLWA 1LWCA 3K5LA 4KTZA 1KLMA 1KFDA 3CYMA 1VSEA 4KTWA 4CF0A 3B6OA 2JLEA 2BANA 3RR8A 3ZSWA 3OYHA 3SUPA 2XRIA 5EU7A 3WNFA 1S5JA 1U45A 3OS0A 3OYAA 5JS2A 1N5YA 1Q9XA 1J5OA 1MU2A 3DRRA 3KLGA 3HXMA 3ISNC 4E7KA 1ZBLA 3HM9A 1TK8A 3KK3A 4F4KA 1JLFA 1IKXA 4FJLA 1D9DA 2AJQA 3S3NA 3V1QA 3K5NA 1DLOA 3S3MA 3AVBA 1WSFA 4ELUA 1XC9A 1BI4B 3FFIA 2X6SA 3QNOA 4B9LA 4CJTA 3NH2A 3EY1A 1D9FA 3VQ5A 4PWDA 3ZT4A 1RDCA 1TKXA 1NKBA 3G0ZA 3HPOA 3LWLA 1U49A 2HMIA 3PO4A 4M42A 3ZT1A 5J2PA 5CZ1A 1S1UA 4CEBA 4CFAA 1O1WA 3CFPA 2Y1JA 4I9LA 4B3OA 1HYSA 3H08A 1KVCA 1YT3A 4ID1A 1WSEA 4CHNA 3ITHA 4FJNA 1S1XA 1VSKA 2QXFA 1RBUA 2JGUA 5HRRA 3P5JA 4FW1A 1XI1A 3T19A 4HUEA 3V6DA 3QLHA 4ELVA 3SYZA 3CM6A 3IRXA 4M3YA 3K5OA 1NJXA 3NE6A 3LWMA 1T05A 3RR7A 4UQGA 4J2EA 4PY5A 3M8RA 4FLZA 3I0RA 3SI6A 1SKRA 4FW2A 4J2AA 2BGGA 3NF7A 4NCGA 4CE9A 4CFBA 4AHVA 4CGIA 3QETA 3MAQA 3TAFA 3DMJA 3ZSVA 1IO2A 1CZBA 1GOBA 1S6QA 3RTVA 4M3TA 2HHVA 3VQ7A 2DFFA 3MXJA 4N5SA 4DF4A 2BE2A 2YHBA 2VWJA 4DU4A 1T03A 4CHOA 5J2MA 4I9QA 3HSTB 1FKOA 3OYMA 1S6PA 2WONA 3DI6A 3PY8A 1RBRA 4CJQA 4CJUA 4KHNA 4CEFA 2DFHA 5FRNA 3VA0A 2YNFA 1KTQA 3AA3A 4FZZA 4AHTA 1B92A 3RRHA 1QTMA 3K58A 1NOYA 1CZ9A 4OGCA 4HHTA 1TGOA 1NJZA 1S1VA 4XIUA 3I8DA 4ELTA 3SQ1A 3DRSA 4RG8A 4BWJA 4CEAA 4CK2A 4FJIA 4FJKA 3DYAA 2HHWA 3RMAA 2FBXA 3OY9A 3L2WA 4CHZA 5DK5A 3DLHA 3NBPA 4GW6A 4H4OA 1J54A 3LP2A 3TWHA 3AVCA 1QSSA 4IFVA 4LY7A 4BDPA 1TV6A 3S9HA 1C0UA 3M8SA 3O3HA 3L2VA 4DFJA 2HNZA 3ZSZA 4N41A 1JLQA 3EYZA 3SV3A 4DTSA 1Z25A 1BL3A 4E3SA 5HROA 3SUNA 4EZ9A 1VSJA 3VQPA 4IKFA 3TAPA 4DTOA 2X78A 1U48A 4DSIA 2HNYA 4JS4A 4B9NA 4BDZA 2G8HA 4IFYA 3OYIA 4DLGA 2KFZA 3V9ZA 1IKYA 3SCXA 1TK0A 3UIQA 3AVHA 4LD0A 4KHUA 3QEPA 3QEIA 1RTDA 1C1BA 4O0JA 4CJFA 4DQRA 3AVIA 2F96A 3RMDA 3AVKA 4FJ9A 1NK9A 4KREA 3V4IA 3LDSA 1G15A 4DFMA 1L3SA 3HYFA 5C24A 4KHSA 4OPJA 4E0DA 1VSDA 3VQAA 4FM1A 2VG5A 3DM2A 4DSFA 1IG9A 2G8UA 4CJLA 1NK5A 4CF9A 1CXQA 4FVMA 3QNNA 4OKEA 1KSPA 1RTHA 2OPSA 3DLEA 4CECA 3LZIA 1EKEA 4DTJA 3LPUA 2RPIA 3K2PA 3KIOA 2G8WA 4CJRA 2VG6A 4E7LA 4O44A 1IKVA 3ZSRA 4CGGA 2X74A 4CJPA 3B6PA 3VQDA 2B6AA 1BI4A 1C6VA 1WNSA 1WAFA 4DS5A 4NYNA 2QKKA 4IBNA 3ZSQA 2Z1IA 4M3WA 4RW7A 4YNQA 1CXUA 3TABA 1LV5A 2P5GA 4DS4A 3ULDA 3NDKA 2F8SA 5T7BA 1QQCA 4LH5A 3NF6A 3OYFA 1TVRA 2IAJA 3OS1A 3KJVA 2ATQA 4M45A 3NAEA 3LPTA 2D0AA 2HVIA 5D3GA 4E19A 2YHAA 3SPZA 2QK9A 1WSJA 3AVMA 4OGEA 3NGZA 1NK0A 1CLQA 1HNVA 1TL1A 4KO0A 2GBZA 3BGRA 4IDKA 4YFUA 3VA3A 4KB0A 3AO3A 1T8EA 4FK0A 4JS5A 2Q3SA 3V9UA 3V81A 4M41A 4BDYA 3KTQA 1S1TA 3TR8A 3HP9A 3IG1A 1U4BA 1RBTA 4M3XA 4CK1A 4HVJA 4FK4A 3DLKA 4O0IA 1GOAA 2IGIA 3HVRA 4KTQA 4B8CA 3DLGA 4CIFA 4FCYA 3L3VA 1W9HA 3WNGA 4C8OA 3QIPA 3AO1A 3VQBA 5HP1A 4FJ7A 4OLBA 4Z0UA 2HHUA 2NUBA 2YNIA 4OKKA 1LW2A 3M8QA 4BE2A 4CIEA 3SQ2A 1LAVA 3WNEA 5SZTA 1NKEA 3L2UA 1REVA 3LAKA 4FXDA 4CF8A 1Q8IA 5C42A 1RT7A 3VQ4A 5KGWA 4H8KA 1BIUA 4CF1A 3L8BA 3TAMA 3HP6A 4DTNA 1N6QA 3M8PA 2HB5A 3QIOA 4KV8A 4Z4EA 1YTUA 4AILC 3E01A 4JLHA 3OJSA 1X9WA 3U6FA 1J53A 1UA0A 4F3OA 1S9EA 2XY7A 1VRUA 3F9KA 1RTJA 5CY4A 2A1SA 2GV9A 3OYCA 1HYZA 1RT1A 4M3RA 4DTPA 4DTMA 4W5QA 2VWKA 4CEOA 4EZ6A 2G8VA 4B9UA 2XHBA 3D45A 4AHCA 3RRGA 5DMRA 1X1PA 4N56A 2Z1HA 2D5RA 3O4NA 3ZT2A 2LSNA 5C25A 3EZ5A 3V9SA 2RF2A 1KLNA 2KFNA 3CM5A 3SPYA 4DSKA 5SWMA 3PV8A 2O4GA 4B08A 1TKZA 4FLXA 4DWIA 1JXBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YDUC 4BRAA 3LDQA 3FZMA 1K8KB 3SUOA 1W7AA 2VGMA 4EIAA 3OYKA 2FBYA 4FZYA 3T3FA 2X6NA 3ULEA 3O3FA 3VETA 1LCUA 4CCHA 5AQVA 3UKRB 3JYTA 1A5VA 2O8BB 1RDDA 3MECA 4RTFD 4IJAA 2W41A 4FYDA 2Z1GA 3AVAA 4DTRA 2JWLA 3LP1A 2DPNA 3P83D 4R79A 4H0VB 3O1BA 3T69A 4ZTFA 1IH7A 2Q0RA 3MN5A 1QSYA 4CEQA 4BR0A 2QWOA 5AQHA 4K8ZA 2E1ZA 3IAYA 4CK3A 1YUWA 3AVFA 1NGBA 3A5MC 4OVLA 4CEDA 1WBDA 1HQEA 4KFBA 4DU3A 4C1NI 4J2BA 4E1MA 2HSTA 1RBSA 2ZD1A 2PZSA 4PUOA 5AQRA 4Z4IA 1K6YA 4FJ5A 4O55A 3CCJN 1TYQB 4NXMK 3VEZA 2KLAA 2QKBA 1NK7A 3G10A 4B9SA 3THXB 3LANA 1I94K 5DM6L 4F2SA 4C8MA 4MFBA 1MDUB 1RTIA 1ZBSA 4F3TA 2FBTA 1QSLA 3EO3A 1X9JA 3MEGA 1UAXA 3LAMA 1EP4A 3C7NA 3BDPA 3ZETA 4FWOA 1Y97A 2CGLA 4OO1J 4JHDA 4B8AB 3BZCA 1YVUA 4B9TA 5EOYA 2FC0A 4MDAA 4BGBA 1RFQA 2HNDA 1JL2A 5JMVA 3DXMB 4KPYA 2HHSA 5FDLA 1J5EK 3SAFA 2ITGA 4FOEA 2HBKA 1WAJA 1KXPA 1GLLO 3HVTA 4LH4A 1W0HA 4CJ5A 3K59A 3SNNA 4HCCA 3LP0A 1TK5A 1K8KA 2YJEA 3C65A 4OKJA 5GAGP 3ALYA 3KLIA 4DR3K 4X64K 3AVNA 4Y1DA 3TANA 1SL2A 5ADXH 2V7YA 2XO7A 3F73A 4FJ8A 5TKYA 3QERA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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