4H8KA

Crystal structure of lc11-rnase h1 in complex with rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
138
structure length
138
Chain Sequence
b'KIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMNSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of metagenome-derived LC11-RNase H1 in complex with RNA/DNA hybrid
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
source organism Uncultured organism
molecule tags Hydrolase/dna/rna
total genus 45
structure length 138
sequence length 138
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4h8kA00
5SWMA 2F96A 4KKOA 1C0MA 3SZ2A 4W5OA 1ZBLA 3LP2A 4NCAA 3VN5A 3ZSVA 4DU4A 4KHYA 3LDSA 4Z4GA 4PY5A 4MFBA 3OYCA 5CZ1A 2RKIA 3K5LA 1S9EA 1S1UA 4PWDA 4B3OA 4B8AB 3EY1A 4M3WA 5JS2A 4HCCA 3CM5A 4J2DA 3SUNA 4CJ3A 4I7FA 4F2SA 4ID5A 3ASMA 3S3OA 2OZSA 4CFDA 2YNHA 1VSEA 3OS2A 3KLIA 4CEEA 3PX0A 1NK7A 1L3UA 1ITGA 1WAJA 1VSIA 1KVAA 3CFPA 4M3XA 3EYZA 4KO0A 4I2PA 4DQIA 1NJZA 4LSLA 1LV5A 1KVCA 4IBNA 3ZT4A 3SCXA 1LW2A 4E7JA 3MEDA 4B9VA 3AVGA 1EKEA 4NCGA 2G8IA 4M45A 3QNOA 2EHGA 3QEXA 4N47A 4CEAA 2KQ2A 3NFAA 2B4JA 1RT7A 4CJEA 3ZSZA 4DQQA 1G15A 1B92A 1J9AA 1W0HA 4JRQA 1C0TA 4ZTFA 4FJNA 4W5RA 2GBZA 1Y97A 2XY6A 1S1WA 3WNFA 4FJMA 4I9QA 4M3ZA 1LWFA 1RILA 4KHSA 3TR8A 3AA5X 2DFFA 4CECA 3AA4A 3DLKA 3NH1A 3K5NA 4DLEA 5HP1A 4FK4A 2P51A 5KTQA 1KLNA 4L8RB 4DQPA 1BIUA 1U49A 3G10A 3FFIA 1DTQA 5DMRA 3L2QA 1NKEA 4CK1A 3AO4A 3TANA 1U4BA 4Z4HA 1RT6A 3QESA 1VSMA 2OPSA 2B5JA 4DTXA 3VQ9A 3TI0A 3OVNA 1WAFA 1ZBFA 1RT4A 1VRUA 1RBTA 1JKHA 3OJSA 2NUBA 3AV9A 3TAFA 4E7HA 4OJRA 4E1MA 3L2WA 1FXXA 3V9XA 3P1GA 4FJ5A 3KJVA 4QOZB 4CJUA 2YNFA 3TAEA 1D9FA 4I2QA 3L2RA 4Z4FA 1WSGA 3V6DA 3K57A 3KKSA 4W5NA 4DU3A 4FW2A 4FLZA 3HPHA 3NGIA 4FJJA 3L2UA 1L3TA 5FRMA 1C1BA 3ZCMA 2KZMA 3MEEA 2YHAA 3LPUA 3LAKA 4QAGA 4KRFA 3D45A 3ITHA 3L3VA 3VQ5A 1QTMA 1FKPA 1ASUA 1VK0A 1Z26A 3IG1A 4JRPA 4AILC 4J2EA 3DOKA 4Y1CA 1SL2A 3KD1E 1TL1A 4CJSA 5HROA 2HHXA 2YV0X 1Z25A 4Z0UA 1RDBA 1N5YA 3OYNA 3SQ1A 1KCFA 1JXEA 1EETA 1GOCA 2GV9A 3MAQA 1RTJA 3RR8A 4FK2A 4OLAA 1B9FA 3LPTA 3WNHA 3ZT2A 3HYFA 4O0IA 3KTQA 3RRGA 3DI6A 4CHNA 1XWLA 3NGZA 3C6UA 2DY4A 5JS1A 3AO3A 4FM1A 4RW7A 2DTUA 3AO2A 2IS3A 3C6TA 4KHQA 1WSHA 1UA1A 5J2NA 5E41A 1EXQA 3ISNC 3M8PA 3HL8A 5C24A 3CFRA 3AO5A 4UQGA 1BIZA 3T1AA 3ZSWA 4AHTA 4CHQA 3KLEA 3DLHA 3B6OA 5DK5A 3IAYA 1QQCA 1RBUA 1YTAA 2VG5A 4CESA 3JSMA 2HHWA 4KREA 4FJXA 4KHUA 3JYTA 4JS5A 1GOAA 1SV5A 4DTPA 1TKXA 2RPIA 1N6QA 2KFZA 3SQ2A 5K14A 3MXMA 2ITGA 2HVIA 4B9SA 1X1PA 1HMVA 4IFYA 3OJUA 4DSLA 4KAZA 4M3TA 4ID1A 3DLEA 4DG1A 2OA8A 3UIQA 3QIPA 3K59A 4CEDA 4BE1A 4EZ9A 3TAPA 4LY7A 3U3YA 4Q0BA 1K6YA 3QINA 4CEBA 2HW3A 1QHTA 3L8BA 4HVJA 4CIFA 1C1CA 2D5RA 4CFAA 4DFPA 3ZSOA 4EZ6A 4KI4A 2JGUA 3OYGA 3L2VA 3OYLA 3TAQA 2FBVA 4OGCA 5CYMA 1LWEA 3LAMA 4FZZA 1NJXA 4NYFA 5T7BA 4KTQA 3V1OA 2OPPA 4DQRA 2Y1JA 1ZYQA 1KSPA 1B9DA 3KK3A 4CE9A 4FZXC 3F73A 1RT5A 5HRPA 4E0DA 1C1AA 1NJWA 3RMAA 2YHBA 4O4GA 2HNZA 2PY5A 4EP5A 4DFMA 1TAQA 4IDKA 1JLBA 2R7YA 4H8KA 3ZT1A 1CXQA 2F8TA 1ASWA 4CGGA 1IKYA 3OYKA 3LP1A 3S3NA 3AVHA 3E01A 3SV4A 3T3FA 3DOLA 3SQ4A 4M3RA 3V9ZA 3PY8A 4N76A 3SV3A 1HQEA 3WNGA 5I3UA 3ZT0A 4C8MA 5I42A 1HPZA 1L3SA 3H08A 4C8OA 4FW1A 2PYJA 2XY8A 1JLFA 1J5OA 2IAJA 3V9SA 2IC3A 3NCIA 4CIGA 3BDPA 1WSIA 3V9WA 1UAXA 1UA0A 2OPRA 4OGEA 3RMCA 2ZD1A 4BE2A 3SQ0A 1HRHA 3NBPA 2IOCA 2G8KA 3LANA 4CJKA 2XRIA 3HVTA 3L3UA 4KV8A 1RTHA 2OYQA 2D0BA 2WONA 4LH5A 4CGDA 1FK9A 3V1QA 5HLFA 3QNNA 3V4IA 4R5PA 1U04A 4JLHA 1JLQA 4GVMA 3PO4A 4HUGA 1BCMA 2YNGA 3NGYA 3LZJA 3VA0A 3WNEA 4PUOA 4BWMA 3DLRA 3LP3A 3ZSRA 3P83D 4FLWA 4FLYA 3TARA 3AVMA 4LSNA 4OVLA 4WE1A 3O3GA 1IKWA 4LD0A 1BHLA 3AVIA 3HP9A 3HSTB 4GMJB 4CJLA 3KLHA 3LWLA 2WOMA 3QEIA 3QEWA 3ULDA 2PZSA 3LZIA 3RR7A 4CJFA 1JLCA 3DMJA 4AH9A 3DRRA 3SPZA 1X9MA 1TKZA 2P5OA 1BQNA 1WSEA 3AVAA 4M41A 2YKNA 1ZBUA 4N41A 5FROA 4DQSA 1U48A 4JS4A 4HHTA 1F21A 1TL3A 3QERA 1NK5A 4CHOA 1BQMA 4BDPA 1W9HA 3PUFA 4O0JA 4OLBA 2A1SA 1RT3A 3VQPA 2D0AA 1SKRA 3KK1A 3KIOA 4YNQA 3ZSQA 1WN7A 5KGWA 4AHUA 4O44A 3CQ8A 1JLGA 3AVKA 3MEGA 3MECA 3NF7A 3P5JA 3VQ4A 4CGHA 5HBMA 1TKTA 3B6PA 4CFCA 1VSKA 4AHVA 4E19A 2IGIA 1NK9A 3SUPA 1MU2A 2KW4A 1QSLA 1L3VA 3IS9A 4CF2A 4W5TA 4HTUA 4CJWA 4NYNA 4OPJA 2F8SA 5CZ2A 4CEFA 1A5VA 3HJFA 1WLJA 2HHSA 3ZSXA 1T03A 3THVA 1U47A 3VQQA 3K5OA 1NK4A 1EP4A 4IG3A 4CHPA 4C8LA 4FJKA 2JLEA 1SL0A 1CZBA 4CGJA 3HT3A 4IFVA 1HNIA 3TAGA 2P5GA 3HK2A 1X9SA 3OY9A 3O4NA 4KI6A 4M42A 3DLGA 5CYQA 4FZYA 3CFOA 3SI6A 1RDAA 4J2AA 1HYSA 4J2BA 3QEVA 1BL3A 1VRTA 4KB0A 4M3YA 4DTJA 3VQAA 3OYDA 4BDYA 4KPYA 4RW8A 1VSHA 3I0SA 4DTMA 2Y1IA 4CERA 3HXMA 4Z4EA 1C6VA 3AVBA 4MQ3A 4DS4A 2HHTA 3RMDA 2X6SA 5C25A 4AHCA 1RT1A 3K58A 4N5SA 1QE1A 1D5AA 3RMBA 3F9KA 4DTRA 4CJRA 4CF8A 3NF8A 1RT2A 3NF6A 1UWBA 3QO9A 1IG9A 2FBTA 1YTUA 1IKXA 1GOBA 1NK0A 2E6MA 3QETA 1EX4A 4LH4A 1HNVA 3C94A 4Q5VA 1QSSA 2G8FA 1REVA 2DFHA 4HUFA 4DF8A 2BANA 3BGRA 3AVLA 4CF0A 4E1NA 3OYMA 4OKEA 5KGXA 3OYHA 4DU1A 1YT3A 3NH0A 1RNHA 4B8CA 2HB5A 1KFDA 1ZBIA 1BGXT 2VG7A 1L5UA 3PO5A 4O5BA 3PV8A 3M8SA 3OS1A 4AHRA 1S1XA 3NHGA 2HMIA 4F3TA 1KLMA 3AVNA 4CJTA 1HJRA 2QKBA 1S5JA 3OYBA 5SZTA 5J2QA 4DMNA 4F8RA 4GW6A 2QXFA 5KRSA 2GUIA 4DFJA 3A2FA 2ETJA 4FK0A 1LAWA 3OYEA 3SJJA 3DM2A 4PQUA 3RWUA 4K8ZA 1IKVA 2W42A 2HVHA 3T19A 4KTZA 4DSFA 4CJVA 3I8DA 2YNIA 4KTWA 4XIUA 1NOYA 4HCBA 1NOZA 3QIOA 4CEZA 2E6LA 2ZQBA 3OYIA 5D3GA 4QCLA 3VQ6A 4W5QA 4C8KA 4DSIA 2XY7A 1S6QA 1TKDA 1A5WA 4CEOA 4ELTA 3KLFA 2KTQA 1HYZA 1LWCA 2PYLA 4FLTA 1DTTA 2D0CA 4FM2A 4E3SA 2FC0A 1SUQA 4FXDA 3SPYA 3RTVA 1JLAA 2Q3SA 1Q8IA 1A5XA 1ZBHA 4H4OA 2HHUA 1FKOA 2I5JA 1J54A 4DF4A 4DSKA 5FRNA 5EU7A 2VWJA 2G8WA 2X78A 1VSJA 3D0PA 1BCOA 1TAUA 1RDCA 1TVRA 2XO7A 4FYDA 2X6NA 3V1RA 3NDKA 4CJ5A 3KLGA 3O4QA 1QS4A 1DLOA 4DTUA 1X9WA 4B08A 4K8XA 2EX3A 3K5MA 1HYVA 1SKSA 2G8VA 4F4KA 3LALA 1JLEA 1RDDA 4F3OA 4PA1A 4FJ8A 3CYMA 4IKFA 4FJLA 3ZT3A 4FLUA 3KK2A 1SL1A 3NH2A 4KFBA 1Q9XA 1LW0A 3LP0A 2BDPA 1NK6A 3S3MA 4M3UA 1O1WA 3TABA 2HNDA 4BDZA 2XY5A 4NCBA 4DWIA 1SKWA 4CCHA 3DRSA 4ZHRA 4CK2A 4AHSA 2AJQA 2QKKA 3V9UA 3HPGA 4O55A 3VQBA 2E4LA 2QK9A 1KRPA 1TK5A 1S1TA 4CGIA 4FCYA 1T05A 3HO1A 3VQCA 3AO1A 3SUOA 4FM0A 2OPQA 1J53A 1YVUA 3O3FA 4DFKA 1TV6A 4N56A 4DTOA 4Z4IA 2IDOA 3PX6A 1LAVA 3KKRA 4ZTJA 4RW9A 2G8UA 1BI4A 1KTQA 4KHNA 2B6AA 1HQUA 1CLQA 1IH7A 3U6FA 4CJPA 4CHZA 2FBXA 4DS5A 3PX4A 1ASVA 1RBRA 3C95A 3G0ZA 2HNYA 4H4MA 5KI6A 3AA3A 1S6PA 3ALYA 2HHVA 2X74A 1XHXA 5CY4A 1NJYA 4OPKA 3VQDA 2ZE2A 2OZMA 3OYFA 1T8EA 1VSDA 3VQ7A 4DTNA 4I9LA 4CJ4A 2RN2A 4CJQA 1BI4B 4EP4A 4OKKA 5J1EA 1R0AA 3QEPA 1JL1A 3NF9A 3O3HA 4FVMA 2KZZA 4HUEA 1NKCA 4CFBA 1I3AA 1NKBA 4DLGA 4KB1A 4F2RA 1Q9YA 3M8RA 3S9HA 1T7PA 4FJ9A 3DLBA 2O4IA 4B9LA 4FJHA 4BE0A 4OKJA 5C42A 3RRHA 1D9DA 4FLXA 4CIEA 1XI1A 4E7IA 3K2PA 1JXBA 5KRTA 3AVJA 3VQEA 1RCHA 3IRXA 3MXJA 4CF9A 1U45A 2KFNA 2YKMA 4DTSA 2O4GA 4CEQA 5HRSA 2BE2A 1WNSA 1KFSA 3V81A 1QSYA 3NAEA 1RTIA 1IO2A 4ELVA 2G8HA 3HP6A 3SUQA 1D8YA 4B9NA 4DSJA 1TK8A 5J2PA 2HHQA 4B9UA 3TWHA 3AA2A 5HRNA 3HM9A 2Z1HA 1WSJA 4G1QA 1KVBA 2VWKA 1C0UA 4E89A 3QLHA 1RTDA 3AVFA 1RBVA 5HRRA 4C8NA 4CHYA 4ICLA 3HPOA 2XHBA 1XC9A 2Z1GA 4E7KA 4FJ7A 2BGGA 2LSNA 3SYZA 1I39A 4FJIA 2A1RA 4IG0A 3NE6A 4CK3A 4FLVA 4BWJA 1TK0A 4RW6A 2Z1JA 3OYJA 4ELUA 4E7LA 1UOCA 2VG6A 4CF1A 1WSFA 3LWMA 2P1JA 1NK8A 3MXIA 1VSFA 3TAMA 3CM6A 3DYAA 5J2MA 1BISA 1RBSA 4RG8A 5FDLA 4BACA 1TGOA 3I0RA 3U3GA 1S9GA 3SNNA 4B9TA 1CZ9A 2RF2A 3OS0A 3ZSYA 1XHZA 3OYAA 3EZ5A 1JL2A 1CXUA 3AVCA 3DRPA 4CGFA 4FJGA 4B9MA 3VQ8A 3HVRA 3KD5E 4KHWA 2DFEA 3M8QA 4RW4A 4Y1DA 1VSLA 1S1VA 2ATQA 2Z1IA 3CG7A 4YFUA 3VA3A 4DSEA 2FBYA 4Z4CA 4TSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KKOA 4R79A 1C0MA 3SZ2A 4W5OA 4DU4A 3T7ZA 3S41A 4YOUA 4MFBA 4M7XA 2GTDA 3K5LA 1S9EA 1E3MA 4PWDA 5JS2A 4HCCA 3SUNA 5CR4A 3SAFA 2V7YA 3ASMA 1XQSC 2OZSA 4CFDA 3OS2A 4CEEA 2HMPA 3HOSA 3DWLA 4DV5K 3EYZA 3F9MA 1LV5A 3GG4A 2CGJA 1N34K 4MO4A 3MEDA 2P9UB 1EKEA 2IIRA 3CJAA 4NCGA 2G8IA 2EHGA 3NFAA 3D7EO 1VQPN 1G15A 2O8CA 4JRQA 3PIOL 3D2FB 1WB9A 1XUPO 4I9QA 2VQEK 3AA4A 5HP1A 3H45C 4DQPA 3MN7A 1EO1A 1U4BA 2B5JA 4YOTA 1WAFA 1ZBFA 1VRUA 1RBTA 1NGFA 1IBMK 3OJSA 4E7HA 4OJRA 3WXJA 3L2WA 3ZETB 5AR0A 4QOZB 1D9FA 3TSUA 4W5NA 1NGCA 4DU3A 2YHYA 4JKBA 2HHHK 1WOQA 3E66A 3LM9A 3ZCMA 1N8RO 4CD3A 3LAKA 4QAGA 3O4WA 1BWFO 4YY3K 1QTMA 1ASUA 1VK0A 4AILC 4J2EA 4Y1CA 4L3QA 1X3MA 1Z25A 3ULEA 1KCFA 1JXEA 3MAQA 1RTJA 3CQYA 2P9PA 3C6UA 2DY4A 4RW7A 4WF9L 3M6GA 4AM6A 5E41A 1EXQA 1T44A 3T1AA 4AHTA 3DLHA 3WXKA 2FLOA 3IAYA 3VEOA 2IVPA 2HF4A 1YTAA 4DR7K 3JYTA 4JS5A 4H03B 2RPIA 5FPMA 4BR9A 3TSPA 2OANA 3PLAA 4RWTA 4WQ5A 4DB3A 4B9SA 2HVIA 1HMVA 1NBWA 4DSLA 2P9IA 5GINA 4B3TK 3UIQA 1IBKK 4EZ9A 4DR1K 4CEBA 1K73O 1ZXOA 1QHTA 3CMAN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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