4WF9L

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus in complex with telithromycin
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
ISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Structural insights into species-specific features of the ribosome from the pathogen Staphylococcus aureus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 18
structure length 109
sequence length 109
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wf9L01
3CD6N 3CMAN 3CC2N 5GADP 3I55N 4IOAL 1VQPN 1YHQN 1VQLN 3CPWM 4IO9L 2QEXN 5JVHL 1YITN 3CCLN 4WF9L 1JJ2M 2ZJQL 1Q86O 1W2BM 3CCEN 1VQ8N 3CCJN 3CMEN 3CC4N 3OW2M 1VQ5N 1VQ4N 4WCEL 5GAGP 3CXCM 1YJNN 1Q82O 3CCUN 1M1KO 3CCMN 1VQON 3G6EN 4IOCL 5H1SQ 5DM6L 3CC7N 1OVYA 2QA4N 2ZJPL 4UY8O 1NJIO 1KQSM 5HL7L 3PIPL 1VQ6N 1QVGM 2OTJN 3CCQN 3I56N 4WFNL 5MLCQ 1YI2N 3CF5L 3CCRN 1VQNN 3PIOL 1N8RO 3CCVN 3G4SN 1VQMN 1Q81O 5JVGL 1K9MO 1K73O 1KC8O 2ZJRL 1VQKN 3CCSN 1QVFM 1KD1O 1S72N 1K8AO 1VQ7N 5GAEP 1M90O 5DM7L 3J7ZO 4WFAL 4WFBL 5GAHP 4U67L 1YJWN 1YIJN 1Q7YO 3G71N 1VQ9N 1ILYA 1YJ9N 3DLLL 2OTLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXIA 5M1KA 4FJXA 3CD6N 3PLAA 3FZHA 4FJKA 4E7JA 3SUNA 3SQ0A 2Q0RA 1SV5A 1J5EK 4AHRA 2ZGYA 3QIPA 4M3YA 4FWPA 1GLDG 1U2VB 1XNRK 3QDKA 4LFAK 3O80A 3TTCA 3S9HA 3AARA 4B8CA 1GLLO 1YJNN 3B6PA 3P31A 4E7IA 2HBKA 4GNIA 4AHUA 1ASWA 1IO2A 4WQ5A 1IG8A 5J2QA 1BI4A 4CEDA 4H03B 2BUPA 1NGIA 3IUCA 3WXJA 4RG8A 2NNWA 4GVEA 2NRTA 4FJJA 4DR3K 2XRIA 4H0VB 4FOIA 1XHZA 2I7PA 1X1PA 3V1RA 2ZM6K 3AVJA 2G8KA 2FBYA 3AO2A 4W5OA 5AZIB 3PIOL 3ENBA 1VRUA 1Z6RA 4FW1A 2P9LA 5TKWA 5DMRA 3V9WA 3KK2A 2O8CA 1XMQK 2DFEA 4A2AA 3VPZA 3NGYA 2HHWA 1RDDA 1A5VA 3VEYA 2UXBK 3NF6A 4CGDA 4E7HA 3QBXA 4JV5K 2FF3B 3PUFA 4BR9A 4DSFA 3RWUA 3NF7A 2D0CA 1R0AA 1NGDA 1TKXA 3KWIA 2PBDA 3TTFA 4BR7A 1WSIA 3FLCO 3R8EA 5FPMA 1WN7A 1V4SA 4O44A 1ZBIA 3C65A 3VENA 4M7XA 3QEVA 2O8DA 4F9OA 3LP2A 5HBMA 2QXLA 3M8QA 4DTJA 1JLGA 3ID6A 4BRAA 3VF6A 3O3GA 5JLFA 4N76A 5HRNA 4C8NA 3QFUA 5TKYA 1TK0A 2A5XA 1NMDA 3PX0A 2YNHA 3MECA 2E20A 3EKUA 1OH5A 4CJVA 3M8RA 4JI3K 4CJFA 1YITN 1BHLA 3DMJA 5T7BA 4GVMA 3OYMA 3IAYA 1WAJA 4EZ6A 1UAXA 1LAWA 4QAGA 4NB4A 3OYKA 3CXCM 3VQDA 4E19A 4JK9A 5KGXA 5CZ1A 2E5LK 3RVCA 4BE2A 3KHYA 1N32K 2RF2A 3TABA 4F4KA 3NVKA 4YOYA 3TAFA 2HBMA 3IG1A 1LV5A 4UY8O 1ATSA 4KAZA 4CEOA 1NGEA 1JCEA 2WONA 5HL7L 3I8DA 1VQ6N 3SNNA 4DV5K 4JAXA 2OTJN 1HYZA 3ITHA 4I7FA 2YKMA 4ISGA 1W9HA 4B1WB 3CCRN 4E0DA 1NK5A 4F8RA 2A6AA 3THVA 4ZHRA 4JI2K 4KO0A 2D0BA 3FFKB 1Q81O 5JVGL 4KHQA 4JYAK 1TYQA 3VQPA 3O6WA 4CBXA 3MCAB 5C25A 3JSMA 2V7ZA 5C12A 4FL9A 4B1XB 1BI4B 1RT7A 4BRMA 3CYMA 4X65K 1NWKA 4GV3A 5I42A 3D2FA 3LAKA 4OX9K 3Q7CA 1HYSA 4WQ4A 1JL1A 1TL3A 3VETA 3FZMA 2RE2A 5LJVA 3J7ZO 5CY4A 1VHXA 1K8KA 1RT3A 2BGGA 1YVNA 3OHRA 2CGKA 2CGLA 2P9LB 2O8CB 3GG4A 3DLEA 2DTUA 3WXKA 4XIUA 4GV6A 5J1EA 3D7EO 4H8KA 4FLVA 1HPZA 4ID1A 3JXUA 2HOEA 4MLHA 3BF3A 4KTWA 1P8ZA 4EP5A 5JVHL 1WOQA 1IKXA 4IZ9A 1QZ5A 4F2RA 5C2FA 5I9EB 2QK9A 4IWVA 2O8DB 3CQYA 4CJLA 4OKEA 3VEZA 5KPTA 3RTVA 1ESVA 1RTIA 1SAZA 3VTIA 2CH5A 3MAQA 4PY5A 1CLQA 1XC9A 4G9ZA 4DR6K 4G1QA 5BN9A 3DJCA 1MWKA 3CERA 4DLGA 1EWQA 4A2BA 2OZSA 3WNHA 4ILHA 5EXWA 4HTUA 4BR2A 4OVLA 4R5PA 4KTQA 5J2NA 4LF7K 2P9UA 3S3NA 2UU9K 4FK4A 1JL2A 2IAJA 3OYCA 2Q97A 4BQZA 3KVGA 3K5LA 3SUQA 4FCYA 5AQTA 1T6DA 3F73A 4A62A 3AA5X 3RRHA 1LCUA 1GLAG 2BH1A 3LALA 3K57A 4CJ4A 4B3RK 2GEMA 1VSEA 1VSFA 1QSYA 5FRNA 4DQRA 1X9WA 1J6ZA 1VQKN 3CETA 2BDPA 1TKZA 2FXUA 5HROA 2J4RA 4K41A 3K9KA 2VG7A 5DM7L 1RFQA 2B5JA 3AVCA 1CXQA 3CHWA 2W6LA 3A5MC 4FWKA 4K43A 2E1ZA 1N34K 1GLCG 4OO1J 4BC5A 3ZSQA 3D2EA 3OYBA 2HHSA 4C23A 4CECA 4FM0A 5K14A 3HP6A 2P5OA 4DUYK 1TYQB 3ZCMA 4DFJA 4JD2A 4CFDA 5M1NA 4FVMA 2PYJA 1RDAA 3D0PA 1LWFA 3D2FB 4B9UA 1I94K 2OYQA 5EU7A 3VGKA 1KFDA 1NM1A 3R9PA 2HF4A 1K8KB 4DR2K 4QS7A 4OGEA 3CIPA 1ATNA 3OW2M 1P90A 3B8AX 1VQ4N 4RWTA 4LD0A 5AZJA 3EL2A 4H4MA 2VCPA 1WNSA 1S9EA 5C24A 1D5AA 3VA3A 4O5FA 3L2WA 5JS1A 1LW2A 3RRGA 1U49A 3R1XA 3CC7N 3FZKA 2VWBA 1BWFO 1TUUA 2ASMA 2A1RA 3TWHA 1NLVA 2RPIA 2GX9A 2IVPA 4C1NK 3MXIA 1HNIA 3TPQA 3SUPA 1NGJA 3K9JA 3DLKA 5AFUH 3VGLA 3CF5L 4Y0WA 1X9SA 2ETJA 4FWSA 2AA4A 3L3VA 3SBGA 5B8HA 4FLTA 5LJWA 3E01A 3NHGA 4KB0A 3IFRA 5A2QO 1KVCA 5KPRA 2HBLA 2UYTA 1BU6O 2F8SA 1VK0A 2FSKA 2EWSA 2B6AA 1W0HA 3QEXA 1QSLA 1WLJA 5C0YA 2QWQA 2RKIA 3OYDA 2E88A 1TAQA 4ID5A 4DUZK 3D45A 2I5JA 1YTAA 3AGRA 4FJ5A 3VQ6A 1J53A 4JI0K 2P9UB 2IS3A 4JI1K 1NJXA 2Q0UA 3QEPA 5BR9A 3A0IX 3AVMA 2HSTA 4FWNA 3O8MA 3AVIA 5LMNK 4EFHA 4KKOA 5SWMA 3L3UA 3OY9A 1SQKA 5FRMA 3ZT0A 4C8MA 2F7TA 4FJ7A 4LFCK 1QHAA 3SQ2A 4CIFA 1YAGA 2V7YA 1KSPA 2GWKA 4YOUA 3HRGA 1GLFO 4CJPA 5F0XA 3OYJA 4HCCA 3U9ZA 4X64K 3SBTA 3BEXA 4CVNE 4XH1A 3HVTA 1EO1A 1NU0A 3RR7A 1FKOA 1L3TA 2YKNA 5J2PA 3UB5A 3OJSA 4DTXA 4CHYA 4B3SK 4BRIA 1VQON 2IDOA 2O4GA 4JD2B 4JI5K 1TAUA 4CK1A 4KH6A 4FK2A 3ENOA 3VQ7A 2CGJA 3C6TA 4LC9B 4CGIA 3QFPA 1DGKN 4BRDA 2WC9A 3L2VA 1NK4A 4WQ5C 4LFBK 4H0OA 4FM1A 3ZSRA 1SS6A 4EZ9A 2D4WA 4FLYA 1T7PA 4DWIA 1OH7A 1NK9A 5AZJB 3HOSA 4B9LA 3KLHA 4MO5A 3JAMO 2EHGA 3AVAA 2ZJRL 4CJUA 1A5WA 3E9PA 3VERA 4YOXA 3HJFA 2ITGA 2KKZA 4BR4A 3D6RA 3SYZA 5J2MA 1NJZA 4B9MA 3CJ9A 5DK5A 4R79A 1VQ7N 3SCXA 2G8WA 2V52B 2KFNA 1QQCA 2QWMA 4A5BA 1Q9XA 2NRRA 4DS4A 4HUGA 2WOMA 3T19A 3EYZA 2HVIA 1ILYA 4E89A 4DFKA 4BROA 4K25A 3FGUA 4W5NA 4B9QA 1YVUA 2GELA 2OTLN 2P9PA 1C1AA 1WSHA 4M3ZA 4BR5A 4A5AA 4K0KK 4LSNA 3KZBA 4E1NA 1T3VA 1B9FA 5D3GA 3PO4A 4LH4A 5FPDA 4GW6A 1NKCA 1RTDA 4BRGA 4H0TB 5IT9O 3L2QA 1QZ6A 3E9OA 3M8SA 4CJTA 4M42A 2UXDK 1JLAA 1W2BM 4H0XB 4PHTX 3F9MA 3QNOA 3VEWA 1Q82O 4CW7B 1IKVA 3CCUN 2QM1A 4J8FA 4RW9A 4OGCA 2W40A 1F21A 4M3TA 3TAGA 1GLJO 1TV6A 4NYNA 5AQLA 3HPGA 1IJJA 4J2EA 4B1VA 2JWKA 2W6KA 1WSJA 3HVRA 4KHUA 3OBYA 4CHPA 5ADXH 2ASPA 4FPBA 4IFEA 2OA8A 1N36K 5BRDA 3LWLA 2A40A 2HNZA 1WUAA 1OH8A 3DM2A 1NGAA 3ZETA 3FFIA 3G4SN 3VQEA 4CF1A 4B9VA 4CF9A 1VQMN 5SZTA 3MXJA 3T7ZA 4PL8A 2XO7A 1K9MO 4OLBA 4FWQA 4KRFA 1BDGA 3TU5A 1DTQA 1NMNA 3V9ZA 1D4XA 1KLMA 1KD1O 4Z4IA 5AQYA 3KD1E 1S72N 5HRRA 2OZMA 4M7YA 1NKBA 2VQEK 2YHXA 5AQXA 1KAZA 3J81O 1KTQA 1U04A 4ZTFA 3N4QA 3B6OA 2E6MA 3O08A 1B9DA 3JYTA 1RT6A 3ZSZA 3NF9A 4BR0A 5IWAK 1YXQA 2Q3SA 4WQ4C 4BRFA 4OPHA 3DLLL 4JRPA 1X9MA 2FSJA 1RBUA 3TANA 2PY5A 2GTDA 3SV4A 4IFYA 3UKRA 1UA0A 5C42A 3J7YP 3L4IA 4K42A 3I55N 3KKRA 4ILJA 1DLOA 3TAEA 4QS9A 1YUWA 3KWGA 3ZX2A 1IKYA 1L5UA 1T44A 3OJUA 2F8TA 1RBVA 2F9TA 3L6QA 3ISNC 3T69A 3U6FA 3UKUA 5KI6A 2E2OA 1NJWA 3OTOK 4CJKA 3ULDA 2QTDA 3A5NC 3QESA 2Q1NA 4BY9C 1BA0A 3LPUA 1EQYA 3GE1A 2A1SA 4E1MA 5BRFA 4H5TA 2P9PB 1J54A 2NZTA 4M3XA 4FWOA 2YJEA 1I3AA 4OPJA 3K5MA 1FXXA 4BGAA 3AVKA 4DKWA 2DFFA 1VAZA 3RMDA 3OYGA 1HPMA 2O8FA 3SV3A 4CIEA 4GKKK 1HJOA 5AQUA 3NH0A 1O13A 5BN8A 4JKCA 4DQPA 3VESA 3BY5A 1NGFA 3AA2A 2GBZA 3G10A 1ASUA 4CJ5A 4L8RB 2YJFA 1BCOA 4CD1A 2G8FA 3EEQA 5BREA 4JHDA 4CGGA 4CEZA 3VA0A 4I2PA 1S6PA 5EX5A 5BRHA 4Z4HA 3DLRA 1ATRA 1BISA 4DB3A 2D0PA 2QI2A 4DR4K 4JNEA 3U4LA 1Z05A 4E7LA 1CZBA 4AHSA 3F5TA 3UE5A 5AQOA 4N5SA 1NGGA 4GKJK 4W5RA 3R6MA 1RDCA 4CHOA 3O9SA 5HLFA 3V4IA 4CZLA 3V1QA 4OPKA 3ZETB 3EO3A 3GBTA 3EZ5A 3BP8A 3CM5A 4DSEA 2VWJA 4JS4A 3DRRA 1S5JA 3DI6A 3ZT2A 1LW0A 1G99A 1IG9A 5GADP 2KLAA 3MDQA 4B08A 4IBNA 1YHQN 5AQJA 5GIPA 3S3OA 4LF4K 1XNQK 3CCLN 1S1UA 4IJAA 3HPOA 1FKPA 1VQ8N 3P38A 1U47A 3HI0A 3TTDA 1ZBFA 3ID8A 5CR4A 4CE9A 2QWOA 1RTHA 4BE0A 1VSLA 2P9IA 1HNXK 1RT5A 4Z4GA 3HP9A 4BRLA 4CIGA 3NCIA 3UKRB 1HNZK 4FJNA 3BDPA 1HYVA 3H08A 3QEWA 3OYHA 2OANA 4CGHA 3V81A 3TR8A 3DOLA 2QKBA 2E6LA 3LZIA 3O1WA 3H46O 2JWLA 3HM8A 1T6CA 1W97L 4PUOA 4E3SA 4H0YB 1NKEA 2VG6A 3UKUB 3LANA 4IEIA 1H1VA 4CBUA 3VQBA 1BQMA 3TSPA 3CCVN 2HHTA 3C7NA 3KIOA 5KQ8A 1JCGA 3A5LC 1ZXOA 1BO5O 4JKHA 4O8KA 4BRNA 1J5OA 4DU1A 1KRPA 1IBKK 3ZSVA 4CZKA 4MO4A 1SKRA 2B4JA 2VQFK 5AQGA 2JGUA 1BGXT 1N6QA 3DLBA 4NXMK 4A59A 5JS2A 2O8FB 3MX2A 4WFAL 3AY9A 3MEEA 5E26A 3O9UA 2ZGZA 3KLEA 2YCHA 5FPNA 3BF1A 3G71N 3ATUA 2HHXA 4V19S 4OPAA 4B9SA 4JHDB 1HX1A 3C0BA 4BRCA 1QSSA 1GOCA 4U7BA 2QWRA 1ZBHA 1MWMA 1HMVA 3CQXA 2VYPA 3PV8A 4Y1CA 3EKSA 4IO8A 3CFRA 2P1JA 2O4IA 1TVRA 1HNWK 1XHXA 4CJEA 3RR8A 3FZFA 3HZ6A 4BDYA 4E7KA 4LH5A 3KJVA 4IO9L 4FLUA 2GUPA 3OYEA 3ZSOA 1WSEA 3SAGA 4B3MK 1Q86O 4OLAA 4BWJA 4O5BA 4AM6A 4AILC 1S1WA 1TK5A 3M8PA 1VSIA 4DQSA 4CEEA 4M45A 2A3ZA 2YNFA 5AQVA 4CZGA 4EIAA 4LY7A 1C1BA 4CHZA 4DTRA 3NFAA 5C10A 3EN9A 3HBTA 1VSKA 3QMLA 1S1VA 4L3QA 4CJ3A 3VQQA 1EKEA 4MDAA 3OYLA 1T8EA 1OVYA 4NYFA 1ZBLA 1N33K 4FJMA 4KREA 3HTVA 4BRQA 1KQSM 2W42A 3P1GA 3NE6A 1OH6A 1RDBA 3MMVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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