4WF9L

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus in complex with telithromycin
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
ISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structural insights into species-specific features of the ribosome from the pathogen Staphylococcus aureus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 18
structure length 109
sequence length 109
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wf9L01
5GAEP 1KC8O 2QA4N 3CCRN 1W2BM 5HL7L 4U67L 5GADP 5DM7L 1K8AO 5MLCQ 2ZJPL 1ILYA 1YIJN 3CCJN 1VQNN 3CC2N 3CCLN 3CCSN 3PIOL 2QEXN 2ZJQL 1VQON 5JVGL 1YITN 1YHQN 1VQKN 3G4SN 1NJIO 3CMEN 3CPWM 3DLLL 4WFNL 1YJWN 1Q86O 2OTJN 1M90O 4IOAL 1S72N 1YI2N 3J7ZO 1VQ4N 3CCEN 3I56N 3G6EN 3G71N 4IO9L 1YJNN 5H1SQ 3CC4N 1Q81O 3OW2M 3PIPL 3CCQN 5GAGP 1VQPN 1Q82O 4UY8O 1VQ6N 4IOCL 2OTLN 3CXCM 3CC7N 3CF5L 1VQ7N 1VQMN 1KD1O 1VQ5N 4WFAL 1VQ9N 1VQLN 1VQ8N 1N8RO 4WCEL 5GAHP 1QVGM 5JVHL 3CCMN 1K73O 1JJ2M 1YJ9N 1Q7YO 3CCUN 3CCVN 4WFBL 1OVYA 2ZJRL 1QVFM 3I55N 3CMAN 5DM6L 3CD6N 1K9MO 4WF9L 1M1KO 1KQSM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5GAEP 5AQSA 2F4VK 3AVAA 4BRMA 1TGOA 3QBXA 3SAGA 4Z4EA 1BI4A 4OVLA 4CERA 3ZSWA 3VTHA 1JLCA 3NF6A 5AQKA 1NMDA 3D2FA 3ULEB 4DSEA 1WSIA 2A40A 4FO0A 2ZJQL 1VQON 1JCGA 1T7PA 3THYB 3L2RA 4LF6K 1QSYA 1RDAA 4MDAA 3VQDA 4I2QA 1WB9A 1EO1A 4JS5A 4FWOA 2RF2A 4BG8A 3CIPA 5F2RA 4RW7A 2QWMA 3QICA 4JAXA 3K5NA 5ADXA 3M5RA 3VQAA 3WXLA 2VG7A 4JRPA 4FXDA 1RT2A 2W40A 2P9NB 2QWRA 3SJJA 5D3GA 3F9KA 2YHBA 2ZWHA 3SQ1A 1HPZA 4ICLA 4CEBA 4A2AA 1NK5A 4GVMA 2HF4A 5LY3A 5IWAK 5AQOA 3CJ7A 4JKCA 5KGWA 3MN9A 3DLEA 1D5AA 3CM5A 3TSUA 3HOTA 1HKCA 2LSNA 1TK5A 2B4JA 4LY7A 5AQZA 3QLHA 3DLHA 1LAWA 4MFBA 2R7YA 1VQ9N 2NRWA 3H08A 2QWNA 1O13A 4M3TA 2P9UB 4GNIA 3A5MC 4KKOA 3CCMN 4B1XB 3OYGA 2CGJA 2E5LK 3L4QA 4TSXA 4BE1A 4CZFA 5JICA 2AJQA 2E1ZA 4YDUC 4F8RA 5HBMA 2ZGZA 4EP5A 2ZJRL 2Z1HA 2F96A 2D5RA 4KHQA 4M42A 4FWMA 1MDUB 4JD2A 4ILJA 3C94A 3K59A 4CFBA 3F2KA 1S9GA 3FR0A 2QKKA 2QM1A 4JYAK 4RW8A 2VG6A 1RBSA 3JYTA 4B9TA 2HMIA 1WSJA 3FFIA 4IDKA 3AO4A 1X9MA 2YNFA 3T1AA 4NYFA 1KXPA 4CHPA 2XY7A 5E41A 2XO7A 4QCLA 2X6NA 3OYBA 3G4SN 4OPHA 3C6AA 1BDGA 2IC3A 2F8TA 4ID5A 1YJWN 2YX6A 3T7ZA 4LH4A 2A1SA 1HKBA 2GX9A 3LDSA 5FPDA 2DY4A 4EZ9A 3B6PA 4YDUA 1IBLK 4J2EA 3U4LA 1BHLA 4PHTX 3LPTA 4LF5K 2FBYA 4JKDA 3HYFA 4AHVA 2B5JA 5HOOA 1HJRA 1ATSA 4CHOA 1XUPO 1X9SA 3DXKB 2YHYA 3TTCA 1U04A 3VEVA 3IKMA 3OYKA 1XHZA 3O3HA 3L3UA 1KLMA 2P1JA 3QNOA 3ENHA 3VEYA 3K57A 3ZT2A 5HROA 1S6PA 4DTMA 3TU5A 3TAGA 3VQPA 3NGZA 1EETA 4CJRA 4Z4FA 1WLJA 4WQ5C 4B9VA 2E6LA 1XC9A 2KZZA 3D0PA 1RT7A 1Z26A 3RR8A 4CJKA 2O8FB 3LP2A 4DB3A 3ID6A 3RMAA 2G8IA 1QVGM 3R8EA 3RVCA 3T1YK 3D45A 4CFDA 4DSFA 1IG9A 3SMSA 4MDBA 3NF7A 3E1YA 4DU1A 2NZTA 3TANA 4B08A 4CGJA 3PLAA 3V9UA 4RWTA 1CXUA 1Y64A 4BRNA 3G10A 3CQXA 5EX5A 4PKGA 4FLZA 1Q9YA 4OKEA 4BR5A 1KC8O 5FROA 5A2QO 5GADP 4M3UA 3LDLA 1V4SA 1QZ6A 2GEMA 2OYQA 1IBMK 1EX4A 4EHUA 3HPHA 1HKGA 4IZ9A 3SZ2A 2Y1JA 4LH5A 3CFOA 3QEWA 1NK6A 1EQYA 2HBKA 4F3TA 3AVMA 4KHWA 1E3MA 3BEXA 4H4MA 4BDPA 2NRXA 3OYNA 2UXDK 3J8AA 3MXJA 3O6WA 3KTQA 3I8DA 4B1ZA 3NCIA 4CJTA 4CHNA 3CFPA 3KK7A 4RCHA 4BQLA 3V1OA 1RT6A 4JRQA 4L3QA 3V1QA 3MXMA 5HRPA 3THWA 2UUBK 2FF3B 3UE5A 4A2BA 4KAZA 4DV2K 4AHRA 2O8BA 3CQ8A 3MN5A 5SWMA 3SV4A 3FZKA 3JSMA 4W5OA 2ZF5O 4EP4A 3RSEB 4F4KA 1VQ6N 1NGJA 3VF4A 4UQGA 3QB0A 1BWFO 4B3MK 4DUYK 3GDQA 1GOBA 1MU2A 4RW6A 3B8AX 1WSEA 4DQPA 3H1QA 4BGBA 5ELZA 4CGIA 4WCEL 4FM2A 3O9QA 4ZHRA 4LSNA 4BRFA 2G8WA 4HWIA 4KH4A 1B92A 3QMLA 3LZIA 1TKDA 4LF7K 3AARA 2GWJA 4FOIA 3UB5A 5C25A 3WNEA 4AHUA 4W5QA 2G8KA 2HHQA 4KHYA 1NGCA 3OYEA 3KZBA 3WT0A 1QVFM 3I55N 4BRIA 4BVPA 3VQ5A 1X1PA 4DTPA 1L3UA 1HNZK 2RN2A 5TKYA 2KFNA 4HUGA 3QDKA 1DGKN 4KTZA 2IIRA 4CE9A 3O9SA 1C0UA 3OYFA 2KLAA 3M8RA 1YITN 2UUAK 3TR8A 4JHDA 3WXMB 5AZIA 3EE8A 5F1XA 2JGUA 1REVA 2E1YA 1WSGA 4KFBA 1NJIO 3QFUA 1KRPA 2X6SA 3L0QA 3AVHA 1VSKA 3VN5A 3SAFA 4WFNL 4DTOA 5LL6Z 2HHTA 3SUQA 5C2DA 1HYZA 3QEVA 2O8EB 3MN6A 4E1NA 4LFBK 1YI2N 5AZJA 4NLBA 2ATQA 4IO9L 1YUWA 4C8OA 4C8NA 2GTDA 1J6ZA 4DF4A 2P51A 2WUSA 4AHSA 2QK9A 2CGLA 1GLFO 2D0AA 1EXQA 3ZX2A 2UYTA 1Q82O 4IOCL 3K0SA 3OS1A 1HPMA 1EWQA 3AO5A 1DT9A 2JWKA 2HBMA 3ZETA 4BC4A 4CI6A 3SUPA 3AA3A 2W42A 3TPQA 4BRHA 1RDUA 2QXLA 5AFUH 4I6MB 1NM1A 1SQKA 5J2MA 1H1VA 2E6MA 3EL2A 4XEIA 1Q8IA 1BCOA 4DWIA 2FF6A 2KQ2A 4H0YB 3OYAA 3K5MA 2YV0X 1KTQA 5FRMA 4Z0UA 1RDDA 1BQNA 1SL2A 3AVNA 2JWLA 3T1HK 5HRSA 3HSCA 2WTUA 4B9NA 1TK0A 4PA1A 4LF4K 2VGMA 3KLIA 4M63C 3L2QA 4JK8A 3CMAN 1QQOA 1LWEA 4KRFA 1K9MO 3W0LA 3HPOA 3UKRA 3T19A 3BZCA 1L3SA 4CBUA 2VYPA 5BN8A 1OH6A 4CEQA 2P9IA 2Q36A 3CHWA 1J5OA 3M1FA 1SL1A 4FJNA 4A5BA 1N6QA 1TVRA 3A8YA 4BE2A 5K14A 4JI1K 3SJHA 4BR7A 1I3AA 2OPQA 4H5WA 3E01A 1DLOA 4YOWA 2P9KA 4B1YB 3LAKA 4DLGA 2HSTA 3DOKA 4JI2K 4H5TA 1XC3A 5LMUK 4KHNA 5EU7A 1NU0A 3SYZA 3QBWA 4IOAL 3HL8A 1S72N 3CJAA 4H0VB 3VPZA 3M3ZA 4JI5K 5CYQA 4RW9A 3OJSA 4JI8K 1W97L 3AVIA 3F73A 1TAQA 2BANA 1QQNA 3BF3A 2P9LB 4M3XA 1K8KA 4FJLA 4LC9B 2FBTA 1BI4B 1IJJA 3KKSA 1C6VA 2D0CA 1N36K 1V4TA 2DFFA 1ATNA 5CR4A 3RTVA 4WFAL 2ITGA 3K5OA 1VQ8N 3TSPA 1UA1A 2VGNA 3J81O 3M8PA 5GAHP 3OS0A 4HUEA 4H4OA 4CZEA 4PQUA 1BA1A 1BGXT 2J4RA 3NH0A 4LF9K 1Z6RA 1VSJA 1XHXA 3OYIA 4KBOA 4E89A 3GE1A 2HW3A 1YVNA 2WBNA 3KLFA 3D6RA 4IEEA 4B8CA 5IT9O 4FK0A 3HM9A 4FJMA 1J9AA 1S1WA 3ALYA 3DLRA 1S3XA 1JCFA 3QO9A 4FPAA 1DTTA 2H3GX 1LAVA 2HNYA 3EE9A 1TYQB 3G0ZA 1LV5A 3OYHA 3HM8A 2AP1A 4M7XA 3P31A 2UU9K 2NRVA 3SUOA 3LDNA 4JEPA 2ITMA 2F8SA 1HLUA 5KGXA 2Q1NA 2NLXA 3AAPA 4FYDA 1TAUA 4W5NA 1GLDG 3SV3A 1I94K 3VQBA 3C7NB 3O4QA 4QS7A 1A5VA 2PZSA 4DQRA 4YOVA 4FM0A 4A62A 5J2NA 4WE1A 2FBVA 4DV0K 3O3FA 4IFEA 4CZLA 3NBPA 3DM2A 4DTNA 3NF9A 3MDQA 4JI7K 3A0IX 4Z4HA 5BRFA 3K9JA 3HP9A 4B9UA 4FZXC 2A41A 2XY8A 3SLCA 1WAJA 3CCQN 1RBUA 4F2RA 4FJIA 5AQGA 4DV5K 4A5AA 4JKAA 3LP1A 1GLLO 3S3OA 4OX9K 1NK9A 1ITGA 3CQYA 1R59O 2PY5A 1FK9A 5BN9A 1A5XA 4OGEA 4DTRA 3D2EB 4DR4K 5JS1A 2HHWA 1U45A 1D8YA 3DWLA 3O5BA 3HP6A 2HB5A 3NGYA 4DTXA 4IG0A 3PSIA 3NAEA 5BPNA 1Q7YO 4JKHA 1U47A 4IG3A 3WXKA 4QS8A 5DMRA 3KVGA 1BO5O 2YCHA 4KTWA 5CHIA 4B1VA 1RBTA 1LWCA 3CJ9A 2D0BA 4HVJA 3FLCO 5AQYA 3VETA 5AQPA 3B6OA 3SI6A 1NJXA 5LMNK 2PBDA 2GELA 4A61A 1RDBA 1N5YA 2QEXN 1CZBA 3IG1A 1KFDA 4CVNE 2DTUA 3HSTB 4U67L 1IKWA 3BDPA 1S1UA 4JI6K 5BPMA 1EP4A 4CHYA 1HR0K 4DSLA 3CCSN 4M3WA 2IOCA 3ZEUB 4NB4A 4DF8A 4LF8K 4DMNA 3HZ6A 3VTIA 2IVOA 4IJNA 1IO2A 4Z4CA 3C6TA 2FBXA 1BCMA 4B3RK 1E4FT 3ULEA 3C65A 3IMXA 4ISGA 2HHSA 3THYA 2OCEA 3KJVA 4OJRA 3U8XA 4IXCA 4IEIA 3V9XA 5FPEA 4GMJB 3GL1A 4BR2A 5AQHA 3M6GA 3HXMA 3WEEB 2BGGA 1ATRA 4X62K 4AM7A 4WQ4A 2GWKA 4YOUA 4FM1A 3K5LA 1ZXOA 3HRGA 5HP1A 3AVJA 2ZGYA 1ZBUA 2P9NA 1Q9XA 1QHTA 1W7AA 4Q5VA 4CJ4A 1RCHA 1DTQA 4CIGA 3VQQA 2WOMA 5BR9A 3F9MA 3L2WA 3OVNA 5KQ8A 3J80O 4H5NA 2PAVA 3I33A 2YJEA 4HCBA 4ILGB 2OPSA 1NGDA 5AQQA 3MXIA 3NMUA 3U3GA 3ZT0A 3O9RA 3SQ0A 4ISEA 2EX3A 4MO5A 5HRNA 4GV9A 2F9TA 3IAYA 2P9UA 3J7AP 1F21A 4BRGA 4NCAA 5FRNA 4J2DA 3AO3A 1C0MA 1W2BM 5DM7L 3QERA 4BQZA 4Z4GA 4FJGA 5MLCQ 1NJZA 1T3VA 1VQNN 1TL3A 4C23A 3DRSA 4CEZA 3G25A 3NH2A 3T69A 4MO4A 3U9ZA 4CK3A 1NGFA 5JVGL 2QXFA 3E9PA 5FPMA 1XNQK 2RKIA 3P1GA 4E3SA 1O1WA 2GV9A 1E4GT 1XI1A 4E19A 3S3NA 1L5UA 4CJSA 4B9MA 3SQ4A 5AQMA 1HQEA 1NKCA 4FZYA 1N32K 4OPKA 3CCEN 2Z1JA 4O0IA 1U2VA 2PFUA 1QZ5A 1XMQK 4C8KA 3CYMA 5GINA 3LM9A 4H8KA 3S9HA 5KPTA 3Q7BA 4FJ8A 3EN9A 2HVIA 4HCCA 3S3MA 3P39A 2YI1A 1VQPN 3N4PA 2HBLA 4FWPA 3FZMA 3CC7N 3O4WA 3UKUB 2V7YA 3QESA 1RT3A 2D1KA 4M41A 3F5TA 3DLBA 4CF9A 1JLFA 3DXKA 4NCGA 2A42A 4CZGA 3UIQA 4JHDB 5ADXH 2G8FA 2ZE2A 1UWBA 1CLQA 3P38A 2A5XA 2W6LA 4JV5K 4CIEA 1WOQA 1NK8A 5BRDA 2BE2A 3A5OC 3CCUN 3DYAA 4CFCA 1S5JA 1BG3A 3ZYYX 2PYLA 4CD3A 2HHHK 1JLEA 4ELUA 3CETA 1HJOA 4X66K 3ZSRA 2O8FA 4CJEA 3EKUA 3EY1A 1C1AA 4PKHA 1NGEA 1IKVA 3SUNA 4I2PA 3BP8A 3VMFB 3CPEA 4RW4A 4GKKK 4DU4A 4F2SA 1WN7A 4JNEA 3OS2A 3SAHA 1NNEA 3L4IA 3T3FA 1RTDA 5CE3A 1SS6A 4FPBA 3VEXA 3ZT3A 5KPZA 1RTIA 2ASOA 3CCLN 1VRUA 2ASMA 3E9OA 3HJFA 4QOZB 3ZETB 4CF8A 4CJQA 5KTQA 3NFAA 3J7YP 3MCAB 5CYMA 4C8MA 3PV8A 3MWTA 5M1FA 4J2BA 1ZBIA 4CZKA 3HPGA 4O8UA 3CPWM 1C0GA 3VGKA 1GOCA 2VG5A 4E7KA 3EYZA 5BREA 3TAFA 3KKRA 2V52B 1M90O 2E2QA 3KD1E 2G8UA 3TTFA 2V51B 3OYMA 4JKGB 2D4WA 2ETJA 2FLOA 3DAWA 4R79A 4BY9C 4A57A 3DXMA 1VQ4N 5FDLA 3CC4N 2YHWA 1WAFA 4NCBA 4JK7A 3U3YA 4BWMA 2P9SB 4M7YA 4I9QA 3VEOA 4N5SA 3M8QA 3SBGA 4UY8O 4A59A 4BR4A 2P9IB 4KPYA 1HYVA 2RHKA 3LAMA 5JLHA 1XQSC 3V1RA 4C1NI 3ISNC 1TV6A 4PL7A 3KK1A 3VQEA 4DSJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GAE P;  1KC8 O;  2QA4 N;  3CCR N;  1W2B M;  5HL7 L;  4U67 L;  5GAD P;  5DM7 L;  1K8A O;  5MLC Q;  2ZJP L;  1ILY A;  1YIJ N;  3CCJ N;  1VQN N;  3CC2 N;  3CCL N;  3CCS N;  3PIO L;  2QEX N;  2ZJQ L;  1VQO N;  5JVG L;  1YIT N;  1YHQ N;  1VQK N;  3G4S N;  1NJI O;  3CME N;  3CPW M;  3DLL L;  4WFN L;  1YJW N;  1Q86 O;  2OTJ N;  1M90 O;  4IOA L;  1S72 N;  1YI2 N;  3J7Z O;  1VQ4 N;  3CCE N;  3I56 N;  3G6E N;  3G71 N;  4IO9 L;  1YJN N;  5H1S Q;  3CC4 N;  1Q81 O;  3OW2 M;  3PIP L;  3CCQ N;  5GAG P;  1VQP N;  1Q82 O;  4UY8 O;  1VQ6 N;  4IOC L;  2OTL N;  3CXC M;  3CC7 N;  3CF5 L;  1VQ7 N;  1VQM N;  1KD1 O;  1VQ5 N;  4WFA L;  1VQ9 N;  1VQL N;  1VQ8 N;  1N8R O;  4WCE L;  5GAH P;  1QVG M;  5JVH L;  3CCM N;  1K73 O;  1JJ2 M;  1YJ9 N;  1Q7Y O;  3CCU N;  3CCV N;  4WFB L;  1OVY A;  2ZJR L;  1QVF M;  3I55 N;  3CMA N;  5DM6 L;  3CD6 N;  1K9M O;  4WF9 L;  1M1K O;  1KQS M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5GAE P;  5AQS A;  2F4V K;  3AVA A;  4BRM A;  1TGO A;  3QBX A;  3SAG A;  4Z4E A;  1BI4 A;  4OVL A;  4CER A;  3ZSW A;  3VTH A;  1JLC A;  3NF6 A;  5AQK A;  1NMD A;  3D2F A;  3ULE B;  4DSE A;  1WSI A;  2A40 A;  4FO0 A;  2ZJQ L;  1VQO N;  1JCG A;  1T7P A;  3THY B;  3L2R A;  4LF6 K;  1QSY A;  1RDA A;  4MDA A;  3VQD A;  4I2Q A;  1WB9 A;  1EO1 A;  4JS5 A;  4FWO A;  2RF2 A;  4BG8 A;  3CIP A;  5F2R A;  4RW7 A;  2QWM A;  3QIC A;  4JAX A;  3K5N A;  5ADX A;  3M5R A;  3VQA A;  3WXL A;  2VG7 A;  4JRP A;  4FXD A;  1RT2 A;  2W40 A;  2P9N B;  2QWR A;  3SJJ A;  5D3G A;  3F9K A;  2YHB A;  2ZWH A;  3SQ1 A;  1HPZ A;  4ICL A;  4CEB A;  4A2A A;  1NK5 A;  4GVM A;  2HF4 A;  5LY3 A;  5IWA K;  5AQO A;  3CJ7 A;  4JKC A;  5KGW A;  3MN9 A;  3DLE A;  1D5A A;  3CM5 A;  3TSU A;  3HOT A;  1HKC A;  2LSN A;  1TK5 A;  2B4J A;  4LY7 A;  5AQZ A;  3QLH A;  3DLH A;  1LAW A;  4MFB A;  2R7Y A;  1VQ9 N;  2NRW A;  3H08 A;  2QWN A;  1O13 A;  4M3T A;  2P9U B;  4GNI A;  3A5M C;  4KKO A;  3CCM N;  4B1X B;  3OYG A;  2CGJ A;  2E5L K;  3L4Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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