4WF9L

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus in complex with telithromycin
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
ISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Structural insights into species-specific features of the ribosome from the pathogen Staphylococcus aureus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 18
structure length 109
sequence length 109
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wf9L01
1YJWN 3CCQN 2OTLN 3CCVN 5H1SQ 1OVYA 1VQPN 3CC7N 1VQ7N 2OTJN 3CMEN 3CC2N 1VQ8N 1VQ6N 3CCMN 1VQ5N 3DLLL 1YJ9N 3CCUN 1YHQN 5GAGP 3I56N 1Q81O 3G4SN 5GAHP 3CF5L 1KD1O 3CXCM 5HL7L 5JVGL 4WFNL 1K9MO 1W2BM 1VQ4N 4WF9L 4U67L 1KQSM 1VQ9N 4IO9L 1Q7YO 1K8AO 1YIJN 1S72N 2ZJPL 3CC4N 1YJNN 1VQNN 4IOCL 1QVFM 4UY8O 5DM7L 3CCEN 1Q86O 1VQON 1YI2N 3CMAN 4WFAL 1M90O 3CD6N 4WFBL 3I55N 1YITN 1QVGM 3CPWM 3CCSN 5GADP 1NJIO 1VQLN 1ILYA 2QA4N 5DM6L 1N8RO 1Q82O 1VQMN 3PIPL 2ZJQL 1M1KO 4IOAL 5GAEP 3J7ZO 3CCJN 1K73O 3G6EN 3CCLN 1KC8O 1VQKN 2ZJRL 3G71N 5MLCQ 3PIOL 3CCRN 1JJ2M 2QEXN 4WCEL 5JVHL 3OW2M
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QDKA 4BRNA 3T1AA 4BRIA 1CXQA 1OVYA 2HSTA 1VQPN 2R7YA 3THWB 3FLCO 3ULEA 5KRSA 1JLCA 4DTJA 4X62K 2JWLA 3MN9A 4FJXA 2OANA 3MCPA 3VTIA 1LAWA 2CH6A 3CG7A 3QICA 3T1YK 4CJ3A 5J2QA 1NGCA 2P9SA 2HHSA 4IZ9A 1RILA 2P9NA 4DSEA 1QQCA 2GWJA 5BR8K 3WT0A 1KCFA 4C8KA 4WFNL 3SAHA 4DWIA 4DTPA 2FBYA 3MEGA 4OGCA 4FLWA 1IG9A 4U67L 3N4PA 4GV9A 1XNRK 3LDPA 2FF3B 3ID8A 3CFOA 4DUZK 4KO0A 4CI6A 1OH5A 1K8AO 3MX2A 3PV8A 3ZSRA 2E6MA 4F3TA 4JI3K 4B3TK 3H45C 4C8MA 4LFBK 2E2OA 2RF2A 1C0TA 3C6TA 4FVUA 5AQKA 4PKGA 1TVRA 1NK8A 1U04A 4AHRA 3DXKB 3M8RA 3O80A 3HTVA 5AQHA 4CCHA 1BIUA 1VQON 4W5QA 3HOSA 3NHGA 1BL3A 1I39A 3CIPA 3V9UA 3BP8A 4A57A 4M3WA 3SMPA 2VQFK 3RVCA 3O9TA 5BN9A 4CJUA 1N36K 3KWIA 4DSFA 4IG3A 3AVMA 3SK3A 3E01A 4FM2A 1NLVA 2NRHA 1KVBA 4FWNA 3SJJA 1NMNA 4K42A 4FJJA 1J6ZA 4LH4A 1BDGA 4BG8A 3MEEA 5DK5A 4LD0A 3K9JA 2VG6A 2VQEK 2DTUA 1N33K 3QETA 1OH6A 3CCSN 3OYGA 3K0SA 3HZ6A 1W9HA 3THXB 4B9QA 3LP3A 3WXIA 4HTUA 2IAJA 4FLYA 2NRWA 3M6GA 3EL2A 2GEMA 4NCAA 4QS8A 2VG5A 4LH5A 3DRSA 4M41A 4BACA 3CF5L 1IH7A 5KGWA 4Z0UA 3ZSWA 4H0OA 4CEAA 3ISNC 3SI6A 4B08A 3QIPA 4PHTX 3F5TA 2DPNA 4DV4K 3A2FA 1T03A 1SKWA 4AHVA 3B6PA 1YIJN 3RWUA 3P1GA 1S6QA 4CVNE 3H1QA 1RDBA 2XRIA 2A40A 4CJPA 4HWIA 4N47A 3O9RA 4IWVA 2P9IA 3E66A 4MFBA 4ISEA 3FGUA 1J53A 2AA4A 4EP5A 2GTDA 3VEVA 3ITHA 5M1KA 3CETA 4CEOA 2ASOA 4CHYA 4DHYA 1IO2A 2Y1IA 3IKMA 3LDNA 1W0HA 4TSXA 5C25A 5AQRA 1RDWX 1TKTA 4FZYA 1ILYA 5DM6L 3OYLA 5J2NA 1HPZA 1TKZA 3ZETB 5F1XA 3CJAA 4A61A 4JKGB 4BGBA 4FLZA 4B1UB 4K41A 3CCJN 4CJKA 3FZFA 4CW7B 4K8ZA 3IRXA 3AVBA 3ZX2A 4DU1A 1BG3A 3DLRA 1KLMA 3ZSXA 1WSFA 3OYFA 4F3OA 4KH4A 4FWLA 2XY5A 1RGIA 1KLNA 4NB4A 3HPOA 1MDUB 1TL3A 2W41A 1HJRA 3RTVA 1Q8IA 4BR9A 4L8RB 5JS2A 3LM2A 4R5PA 3NFAA 2P9UB 5J2PA 1NGDA 5M1NA 3QNOA 4CZKA 2P9PB 3S41A 4BC4A 3UE5A 3KVGA 5HOOA 1L3UA 2A3ZA 3QLHA 1HYSA 3SQ1A 2JGUA 1MU2A 3KJVA 2PAVA 3GOIA 5KQ8A 2O8FB 4GNIA 4BQLA 2GBZA 1TAUA 4DTOA 5AZIA 2HHTA 2E8AA 3VTHA 4BWJA 3O9QA 2X6SA 3AA5X 1NK4A 1NGBA 4FK4A 1Z26A 4PY5A 4AM7A 4IBNA 2XY7A 4NXNK 4A5AA 1O1WA 4YOTA 3ZT0A 1ZBHA 3N4QA 4KKOA 3R6MA 5AQOA 1ZBUA 3OA9A 3VQ6A 3BY5A 4QOZB 3VQ8A 3NH1A 3ZYYX 2IC3A 4FVMA 3ULDA 4C1NK 5AZJA 2G8UA 4CBXA 2J4RA 4NYFA 3DXMA 3U3YA 3KKRA 4FWSA 1FKOA 4UQGA 3C0BA 1U2VB 4KHUA 3O1BA 4KI4A 5AFUA 1JCGA 3AVJA 2OPSA 4CIGA 2QWOA 3VQAA 4C23A 3KZBA 3I0RA 5LJWA 4J2AA 3WXJA 2VGMA 1VSHA 1Z6RA 3J80O 2O8BB 4YOYA 1J5EK 5AQVA 4F8RA 3VETA 3OYNA 4DTRA 4Z94A 1Q82O 4BR2A 4O0IA 3TAEA 1IKXA 2PBDA 4BVOA 3O08A 1H1VA 3QEVA 1EKEA 2G8FA 4YFUA 1QZ6A 3ZX0A 2OCEA 3WUHA 1LW2A 4BR4A 3HM8A 3PIOL 2O8CA 4OPJA 4DFJA 5AQSA 2F8TA 4FZZA 1T6CA 2V7YA 2OPPA 4E7KA 3S9HA 1SKSA 4JI1K 2FLOA 3ZX3A 3LWLA 2OTLN 4B1VA 4DSJA 4ZTJA 3CM5A 5EX5A 1VQ7N 2F7TA 4N5SA 3RMAA 1QSYA 2HOEA 3O3GA 4M42A 1T3VA 5I9EB 4A59A 1S22A 3FZHA 2HNDA 3CCUN 4B9TA 2D0BA 1CZAN 4DSKA 4MLEA 2D0AA 2RN2A 4N76A 1RT1A 4Y0WA 4RW4A 4JRPA 4CBWA 3RMDA 4B3RK 4EZ6A 5HL7L 5GINA 1NKCA 2FBVA 2WOMA 1S1VA 3NF6A 3PY8A 4KTQA 3TSUA 4CF2A 4FPBA 1KSPA 2Q2RA 1GLBG 1S72N 3K58A 3HVRA 1QHTA 2Q1NA 1U45A 5CYMA 5KTQA 5AR0A 3A8YA 5SZTA 1FXXA 5LL6Z 5KPZA 2ZE2A 2YX6A 2F8SA 2BUPA 3O3FA 2YHAA 1X1PA 4DTMA 3VQDA 1C1CA 4JV5K 4BDZA 3ATVA 3WXLA 4WFBL 2Q31A 4CFAA 2P9KB 4W5RA 1VQLN 2P5GA 3ZSVA 1S3XA 4CEDA 4CIEA 1RTDA 3HXMA 3QINA 3SPYA 2CGJA 2D5RA 2KFZA 4DU4A 3PIPL 3BUZB 3V81A 2FBXA 1ZBSA 2ETJA 1SUQA 4KHSA 2HNZA 4JS4A 2UXDK 4FWMA 1JLFA 3U9DA 4LFAK 1G15A 4PL7A 1Q9YA 3MN5A 4DFKA 4BRKA 3SUNA 2DFFA 1NOYA 2E88A 3OYIA 2IS3A 1RTIA 1EX4A 2Q36A 3P4IA 2OTJN 3CJ1A 5C42A 4O0JA 5AQWA 1NGEA 5AQQA 4CF0A 4JK9A 3ULEB 4KV8A 4M7YA 5FRMA 2A41A 2ZWHA 3IMXA 4CJ5A 4CZJA 5GIOA 4B3OA 1S1TA 3BZKA 1L3VA 1NK9A 1IKVA 3R9PA 3VEZA 5M1FA 1RBUA 1ZBIA 1JLGA 1K9MO 2AJQA 4W5OA 2P9NB 2LSNA 5KPRA 4O4GA 1VQ9N 2ITGA 4JHDA 4HHTA 4IEEA 3LZIA 3EE8A 3QBXA 4ISFA 3THYA 2YCHA 4QS7A 3AA3A 4MO5A 4FZXC 4IOCL 1IBKK 2HNYA 1RT5A 4V19S 1TUYA 4MDAA 1EQYA 2YJFA 3D7EO 4FCYA 3A5MC 4QAGA 4CK3A 3CI5A 3HP6A 4MO4A 2CGKA 1CXUA 3TI0A 4DF8A 2HMPA 2QKBA 2A1RA 4HTLA 5AQGA 4GW6A 3TAFA 3NMUA 2QWQA 3A5OC 5GAEP 4KAZA 1HNIA 2E1YA 4OPAA 3P39A 3AVAA 4G1QA 1VQKN 4CD1A 3SQ4A 2WTUA 4FSVA 4CZEA 3SBGA 4L3QA 5C15A 3L3UA 3RRHA 4EZ9A 1K6YA 1X9MA 5C10A 3NGZA 4O5BA 4BRLA 1T6DA 3VQQA 3VF4A 4CJVA 5AJ3K 3S3OA 4M3RA 4IJNA 1ZBLA 1ZXOA 3QIOA 3DI6A 2YKMA 3RSEA 2ZGZA 4DLGA 5FRNA 3O4QA 3DJCA 3L2QA 3U3GA 3HSTB 3NCIA 4CZFA 1HR0K 4AM6A 1YJ9N 3RRGA 3AVFA 4JKEA 1YHQN 4WYBA 3SNNA 2H3GX 5HBMA 4LY7A 4OO1J 4DQRA 1KD1O 1A5WA 1N34K 4DV7K 2BTFA 1J5OA 4B9SA 3O1WA 4E19A 5AFUH 1TUUA 1LWFA 5E84A 3VGMA 1LW0A 1ATSA 4XEIA 2HVHA 4DB3A 1Q7YO 3KHYA 3CJ9A 4CF1A 4H0TB 4DTNA 3H46O 1VSKA 5AQNA 3CC4N 1S1XA 3A5LC 5SWMA 3WXMB 4LC9B 1HMVA 4A2BA 1P90A 5HRPA 3FFIA 4BE0A 1C0UA 3HYFA 4FJHA 2B5JA 3MEDA 1N5YA 1HYVA 4CGIA 3OTOK 2P9IB 4ZHRA 4HUFA 4Z4CA 4B3SK 2F4VK 3E9LA 1X9SA 3AAQA 3CMAN 2ATQA 4JYAK 2GWKA 4B1XB 4GVMA 5C0YA 1CLQA 2HBLA 4BR5A 3GE1A 3CPWM 2YNHA 2UU9K 1WAJA 1GOAA 3BF3A 4JN4A 3OBYA 3HM9A 3LAMA 3QERA 4BREA 5ELZA 5HP1A 2A6AA 4CEZA 4JEPA 2UXCK 1BHLA 1ZC6A 1WB9A 4CHNA 4FW1A 4BRFA 4CD3A 4LF6K 4NCGA 1SQKA 3T7ZA 4E0DA 3DAWA 3UKUA 3AVNA 3P31A 4ILGB 4HUEA 4G9ZA 2UXBK 5MLCQ 2E6LA 2E1ZA 2QEXN 5EOYA 1B9DA 4DMNA 5ADXH 4JI4K 2BDPA 1BU6O 3B6OA 4JI6K 3M5RA 1U49A 1CZ9A 1HKGA 5FPNA 1ESVA 1GLJO 4IOXA 3ID6A 5I42A 4CJSA 4FJ9A 1JXEA 3TR8A 3GBTA 4YHHK 4O8UA 5GAGP 2HMIA 4KTZA 3J7AP 4DTUA 1WSIA 2O8EA 1QSLA 3U9ZA 1QSSA 3OYKA 1NOZA 4CJ4A 1CZBA 1P8ZA 1RTHA 4GY2B 3DM2A 4DR7K 1IV0A 4C1NI 1A5XA 3OJUA 3C6HA 5AZIB 2QM1A 2IGIA 1OH8A 1MWKA 1XUPO 4E7JA 4ELUA 1KVAA 1X9JA 2YV0X 2ZJPL 3QBWA 1S9EA 3DOLA 1R0AA 1NGJA 3AO1A 2Z1IA 4JNEA 4B9NA 1GLDG 4YNQA 4CGJA 4BQZA 3F73A 3L2WA 3O9SA 4NLCA 1I94K 2I7PA 1Q86O 3DXMB 1XHXA 4RW8A 4FOEA 3MAQA 2E2PA 1DTTA 4O44A 4I6MA 1QVGM 1HRHA 1NMDA 3KKSA 3TAQA 3LL3A 4H8KA 3O8MA 2X6NA 1IBMK 4JK7A 1HQUA 4E1JA 2Q0RA 3LDLA 1YTAA 2ZJQL 3TAPA 3S3MA 4IOAL 2UYTA 4BR0A 4N56A 3DRRA 3G6EN 5BRDA 2GX9A 2QXLA 4FLUA 2KTQA 3MN7A 1BA1A 2KFNA 3TTFA 3L4IA 1X3NA 3MWTA 3KLIA 3NF7A 4FK0A 1JJ2M 1D9FA 3CJBA 4DCHA 2GUIA 2IIRA 2RE2A 3EKUA 3G25A 2NZTA 4FWOA 2O8CB 3LAKA 1DGKN 3ZT3A 3AO5A 3HK2A 3CPEA 4YOVA 4X65K 2XO7A 2Q3SA 4XH1A 1VSIA 1T05A 4XIUA 3L3VA 4I9QA 3FR0A 3HBTA 1SAZA 2ASPA 3DXKA 5KGXA 1NK6A 4U7BA 2NNWA 4K25A 3U6FA 4OX9K 4JKFA 2NRZA 4F2SA 2YI1A 3EY1A 4JKAA 3SZ2A 1HUXA 3MXJA 5CE3A 2G8WA 4YORA 1TK5A 2HBMA 4A2AA 1W2BM 2IVOA 1C1AA 3I33A 4E1MA 1KQSM 3R8EA 3KK2A 3L6QA 3VF2A 1I3AA 4E3SA 4CK2A 3CQ8A 3K57A 1ASUA 3AVGA 2JWKA 1XMOK 1YJNN 4WQ5A 4BWMA 2YHWA 4HUGA 1VSEA 4CK1A 4DFPA 4KHWA 2IOCA 3OVNA 1S9GA 2G8KA 4Y1CA 4KHPK 1WNSA 4JS5A 3O9UA 1TKDA 3M8SA 4EHUA 4DQPA 2Q97A 1C0MA 3K5OA 3T1HK 1B9FA 1NJIO 2XHBA 1L5UA 1BQNA 4BGAA 2AP1A 1SS6A 4J8FA 1N6QA 5BRFA 1WSEA 3DRPA 3HJFA 3VGLA 5C2DA 1XQSC 3W0LA 5FPEA 4CHZA 3P38A 3OY9A 3ATUA 2DFHA 2D1KA 3IG1A 2HHUA 3SUQA 1S5JA 4IFEA 4IEIA 3C94A 3AVKA 2WBNA 3NDKA 3A0IX 1A5VA 3BEXA 1L3TA 4FJ7A 1R59O 4FL9A 4B9VA 1NGIA 4GKKK 3K9KA 3AGRA 4WCEL 4CEBA 3V6DA 3DWLA 5H1SQ 5BN8A 3PLAA 5CYQA 4H5VA 1YAGA 1RT3A 4FWQA 3L2UA 1W97L 4PWDA 3CJCA 4MDBA 3BZCA 3IUCA 1XC9A 1VSJA 2CGLA 4FOIA 5IWAK 2WONA 3DLLL 3HL8A 3TANA 4FJKA 5A2QO 4LF9K 3DLBA 4DV5K 4EIAA 3OYEA 4FM1A 3KLHA 3LDQA 3OS1A 5JVGL 1KRPA 5GIPA 3KLEA 2X78A 1RT2A 3EZWA 2UUAK 4DS4A 4BY9C 4H5WA 2P5OA 1NGAA 4CHQA 4LFCK 1KAZA 4BC3A 3V9SA 3ZETA 2ITMA 3CYMA 3IFRA 2ZM6K 4B3MK 3VPZA 3AAPA 4H0XB 1JXBA 1NWKA 4JAXA 1YF5L 3UKRB 3SV4A 4Z4GA 3V1RA 4YDUC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJW N;  3CCQ N;  2OTL N;  3CCV N;  5H1S Q;  1OVY A;  1VQP N;  3CC7 N;  1VQ7 N;  2OTJ N;  3CME N;  3CC2 N;  1VQ8 N;  1VQ6 N;  3CCM N;  1VQ5 N;  3DLL L;  1YJ9 N;  3CCU N;  1YHQ N;  5GAG P;  3I56 N;  1Q81 O;  3G4S N;  5GAH P;  3CF5 L;  1KD1 O;  3CXC M;  5HL7 L;  5JVG L;  4WFN L;  1K9M O;  1W2B M;  1VQ4 N;  4WF9 L;  4U67 L;  1KQS M;  1VQ9 N;  4IO9 L;  1Q7Y O;  1K8A O;  1YIJ N;  1S72 N;  2ZJP L;  3CC4 N;  1YJN N;  1VQN N;  4IOC L;  1QVF M;  4UY8 O;  5DM7 L;  3CCE N;  1Q86 O;  1VQO N;  1YI2 N;  3CMA N;  4WFA L;  1M90 O;  3CD6 N;  4WFB L;  3I55 N;  1YIT N;  1QVG M;  3CPW M;  3CCS N;  5GAD P;  1NJI O;  1VQL N;  1ILY A;  2QA4 N;  5DM6 L;  1N8R O;  1Q82 O;  1VQM N;  3PIP L;  2ZJQ L;  1M1K O;  4IOA L;  5GAE P;  3J7Z O;  3CCJ N;  1K73 O;  3G6E N;  3CCL N;  1KC8 O;  1VQK N;  2ZJR L;  3G71 N;  5MLC Q;  3PIO L;  3CCR N;  1JJ2 M;  2QEX N;  4WCE L;  5JVH L;  3OW2 M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QDK A;  4BRN A;  3T1A A;  4BRI A;  1CXQ A;  1OVY A;  2HST A;  1VQP N;  2R7Y A;  3THW B;  3FLC O;  3ULE A;  5KRS A;  1JLC A;  4DTJ A;  4X62 K;  2JWL A;  3MN9 A;  4FJX A;  2OAN A;  3MCP A;  3VTI A;  1LAW A;  2CH6 A;  3CG7 A;  3QIC A;  3T1Y K;  4CJ3 A;  5J2Q A;  1NGC A;  2P9S A;  2HHS A;  4IZ9 A;  1RIL A;  2P9N A;  4DSE A;  1QQC A;  2GWJ A;  5BR8 K;  3WT0 A;  1KCF A;  4C8K A;  4WFN L;  3SAH A;  4DWI A;  4DTP A;  2FBY A;  3MEG A;  4OGC A;  4FLW A;  1IG9 A;  4U67 L;  3N4P A;  4GV9 A;  1XNR K;  3LDP A;  2FF3 B;  3ID8 A;  3CFO A;  4DUZ K;  4KO0 A;  4CI6 A;  1OH5 A;  1K8A O;  3MX2 A;  3PV8 A;  3ZSR A;  2E6M A;  4F3T A;  4JI3 K;  4B3T K;  3H45 C;  4C8M A;  4LFB K;  2E2O A;  2RF2 A;  1C0T A;  3C6T A;  4FVU A;  5AQK A;  4PKG A;  1TVR A;  1NK8 A;  1U04 A;  4AHR A;  3DXK B;  3M8R A;  3O80 A;  3HTV A;  5AQH A;  4CCH A;  1BIU A;  1VQO N;  4W5Q A;  3HOS A;  3NHG A;  1BL3 A;  1I39 A;  3CIP A;  3V9U A;  3BP8 A;  4A57 A;  4M3W A;  3SMP A;  2VQF K;  3RVC A;  3O9T A;  5BN9 A;  4CJU A;  1N36 K;  3KWI A;  4DSF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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