4JK8A

Open and closed forms of r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
b'LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Rna binding protein
total genus 65
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jk8A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jk8A01
3E9OA 4JKGA 4JK8A 3SBGA 4JK7A 3E9PA 4JKBA 4JKFA 4JKAA 4ILJA 4JKDA 3E66A 4ILHA 4JKCA 4JK9A 4JKEA 4JKGB 3E9LA 4JKHA 3SBTA 4ILGB 3ENBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I2PA 3KK1A 1RBUA 1ZYQA 1HPZA 3O8MA 4K43A 4F9OA 1NK0A 1IJJA 4MLEA 1KQSM 2B4JA 5C24A 3CC2N 4YHHK 3OYDA 3QLHA 4A2BA 2HRJA 4C8KA 3SQ4A 3P31A 3VF6A 4XIUA 4JD2B 4DFKA 1QSSA 4B9TA 4KHSA 3ID8A 1K8KB 4B1UB 3CCUN 3AO5A 4AQYK 1X9WA 1VQNN 1TK5A 2B5JA 5A2QO 1RGIA 4BQZA 4DTMA 4LFBK 1HKBA 2YHYA 2P9LB 3NGIA 5CYMA 1NK4A 1G15A 2E6MA 1KVAA 3VA0A 2ZGZA 2WH5A 2FSKA 3ZSYA 4CIFA 1TV6A 3K9JA 3O4QA 2G8WA 2BE2A 4FK4A 1W97L 5LJVA 2QWLA 4WQ4A 4HUGA 2LBBA 4JKCA 4OGCA 1E4GT 3TU5A 3VPZA 1KD1O 2JLEA 1YVNA 4IFVA 2Q3SA 4W5QA 1WSFA 3LWMA 4FW1A 4B3MK 4FVMA 2G8KA 4KBOA 2WTUA 1YIJN 2CH6A 3GBTA 1NTIA 1S6QA 4IEIA 4FJJA 3I56N 4LF5K 1VBGA 4DR7K 5HOOA 2A1SA 3OA9A 3T3FA 3A5LC 5LMUK 4H5NA 2F4VK 4BR0A 3MEGA 3NVKA 3FFIA 4EKUA 1KTQA 1GC7A 3HPGA 1V4TA 3QERA 2PY5A 1IKXA 4JK7A 4CYEA 1GLEG 4AHSA 4WF9L 2O8FA 3ATVA 1NGIA 2E1ZA 1JLAA 2ZM6K 2Z1IA 3ENHA 3PX6A 4JKEA 4KH5A 5BR9A 1XNQK 1GOCA 2HNYA 3T69A 3L3UA 4C8OA 4MQ3A 4FM0A 2ETJA 2P9IA 4FJ9A 5F0XA 2HBMA 3RR7A 3FZHA 5KQDA 4AHUA 2DY4A 1O13A 3M8PA 3AVHA 4CGJA 1JXBA 3LAKA 2FSNA 1ZBFA 3IVFA 1DIKA 4O8UA 4DV1K 1FXXA 2FF6A 3V1OA 4DV5K 4KHWA 3EZ5A 3RRGA 4JK8A 1WLJA 2LSNA 3KLIA 4WE1A 3VEXA 4N56A 1NKCA 3U6FA 1XWLA 4M7XA 4CI6A 3SQ1A 2QXLA 2ZD1A 3AAPA 3CF5L 3D2FA 4OKKA 3O1BA 4IFEA 3LM2A 2AJQA 3L4QA 2XY5A 2F96A 3EKSA 4B8AB 3NH1A 5CHIA 3DYAA 4JHDA 4ICLA 4BE1A 3SV4A 5AZJA 4DR6K 3KLGA 1RDDA 1IBMK 1HJRA 4EP5A 3VF2A 3H1VX 3P39A 3NF8A 4B3SK 3M6GA 4FLZA 5AZIB 2ATQA 4DU4A 3DLLL 1XHZA 3QINA 3D2EB 1TL1A 4JS5A 4CZFA 1UA0A 3SLCA 3K58A 3K59A 3V6DA 1YJ9N 2WC9A 1U4BA 4FJ8A 4OGEA 3AVKA 1RFQA 3BGRA 3PIPL 4Z4FA 2D5RA 3D2EA 5EU7A 4AM7A 3WQTA 3OYKA 2QW9A 4CJKA 4E0DA 1RDBA 1FK9A 3EYZA 3NMUA 5AQZA 1ASVA 2IDOA 2UUAK 5M1KA 3WXJA 4FM2A 3EEQA 3AA4A 5JS1A 2HNZA 1Y64A 4IG0A 4XH1A 5C2DA 1KFDA 4BC5A 3V9XA 3KLEA 2G8FA 3A8YA 3MCAB 4U67L 4Y1DA 3FFKB 2ITGA 3PY8A 3RMCA 2DFHA 1RT2A 2PYJA 4LD0A 1NOZA 5J2PA 2RHKA 4DLGA 3MAQA 3G71N 3K5MA 4IOXA 1BIUA 1X1PA 2KTQA 4FLYA 3FLCO 4RWTA 2G8IA 5AQIA 1WBBA 2ZJPL 2Q36A 4CEQA 4KHYA 2VG6A 4GNIA 2DTUA 2E2NA 2YNFA 3VA3A 5TKWA 1C1AA 4LFCK 3FZMA 5C25A 2F7TA 2A41A 1KAXA 3J7ZO 3PO4A 1VSKA 3K5NA 1SUQA 1WSIA 3VGKA 5HL7L 3MN9A 4EHUA 1Q9YA 3ULDA 1NMNA 1NKEA 4YOWA 4PKIA 2EMSA 2YI1A 3AVAA 3AU4A 2VYPA 3OW2M 4KAZA 3J7AP 3GE1A 4WFAL 4BRLA 3ZT2A 3ITHA 3NF6A 3KKRA 3VQEA 1NGDA 2XHBA 4WQ4C 4CFCA 4CEFA 3ZX3A 3J8AA 2GEMA 4FO0A 5ELZA 4FW2A 1HKGA 4JNEA 5C10A 3LL3A 3VENA 3OTOK 4BE2A 1L3SA 4FLTA 4FVUA 3V1RA 3MX2A 4YNQA 3ZEUA 4Y1CA 1NGJA 1MDUB 1RDWX 1OH8A 5BRHA 1OKJA 3CJBA 1N6QA 2EHGA 4BROA 1HPMA 1GOBA 1X9MA 3H6EA 2R7YA 4CJ3A 3TSQA 2JGUA 4HVJA 3SJJA 1I94K 2IAJA 1HB8A 4H0VB 4EAHD 2DFEA 3CJ7A 4O4GA 1X3NA 4MLHA 4DQRA 5AQMA 2FC0A 3DXKA 5C42A 4B9QA 2FXUA 1S9EA 3MWTA 1GC6A 4Z4EA 2UYTA 4DR3K 1BOTO 3K5LA 2P9NB 4JS4A 1BGXT 2BGGA 3OJUA 2W42A 2OANA 5KPRA 2P9NA 4F7GA 4CZKA 3TWHA 2QWMA 3MEDA 1Q86O 3NF9A 4FWRA 2PZSA 2NRWA 1CZ9A 2IGIA 3QEVA 1R59O 3O1WA 1HR0K 2P9PB 2D0OA 1QQCA 1ZXOA 4CJSA 3CMAN 3HSTB 4KO0A 4IKFA 1QZ6A 5AFUA 1U47A 2YHAA 3CHWA 2G8UA 5SWMA 4NCGA 4RCHA 2UXCK 2I7PA 2X0SA 3HVRA 4FPAA 3D45A 4BC3A 1NJWA 3SAHA 3HBTA 1NI2A 4BY9C 2HW3A 2NZTA 3E01A 1BDGA 3QEIA 1BWFO 1VSIA 1TK0A 1EX4A 1WUAA 3O9TA 2ITMA 4BRHA 2P51A 5DM7L 4ILJA 3CJCA 3U9DA 5GIPA 3BZCA 4OPAA 5AQJA 4DR5K 3MXJA 1DT9A 1S9GA 1GLJO 1I39A 3SYZA 4CJ5A 3QDKA 4X62K 2YVCA 1SKWA 3ZYYX 1T44A 2BUPA 4CF0A 3EE8A 5JS2A 4CGFA 4DFJA 3U3YA 3O3GA 4LF7K 5M1PA 1RDAA 4CBXA 1ASUA 4EIAA 5ADXA 1TK8A 5AQNA 3HP6A 5JVLA 2HHTA 3VMFB 1U45A 2EX3A 1HB6A 5FLXO 1SAZA 5KRTA 4M45A 3V9SA 4JI1K 3VOVA 3A5OC 1D5AA 5CR4A 4CERA 3CI5A 4CJPA 3OYNA 4FWKA 3NGYA 4CJ7A 2QI2A 4PWDA 2QWOA 4ID1A 4DTRA 4BWJA 1Z6RA 4OLAA 4LH4A 3MEEA 1M90O 3HI0A 1VQ4N 3PX4A 3OYLA 4FZXC 4DV6K 2D0AA 4CIGA 4HTLA 5C15A 1LWCA 1VQ8N 5EVZA 2B6AA 4KB1A 3CCRN 3A0IX 1R0AA 3ISNC 2D1KA 3NFAA 1HQEA 3BEXA 2P5GA 3L2QA 4I7FA 3JSMA 4M3UA 3HK2A 3AVBA 3QICA 1N34K 2PBDA 1S6PA 5M1FA 4CJQA 3M5RA 3TTDA 2GBZA 3V4IA 1KXPA 1VQMN 3R8EA 4A62A 2IOCA 4CK1A 1VQLN 1DTQA 2F8TA 1W7AA 3OYBA 1J9AA 2I1JA 3MN7A 4ISEA 1ESVA 3KJVA 3OYJA 3AVGA 5T7BA 4E89A 2BDPA 4DFMA 4IJNA 3J7YP 1VQPN 1RBSA 3VQDA 5GIOA 3AU5A 5IWAK 4BG9A 1A5WA 2ZJQL 2OYQA 4E19A 3WXKA 2YV0X 3T7ZA 4H5WA 1WSEA 4QS9A 3LDOA 4U7BA 3LDNA 5HRPA 3LM9A 5AJ3K 1QVFM 1C0TA 3B8AX 2D11A 3HOTA 3F2KA 3GDQA 3E9PA 1BHLA 3LALA 1WAJA 4F2RA 2OTLN 2YNGA 3THXB 3TANA 4FOIA 3S9HA 4KKOA 1LAVA 4M3YA 1L5UA 1Y19B 3GG4A 4YOUA 3OYMA 1OVQA 2P5OA 2P9UA 2E2QA 2O8EA 3THXA 3O5BA 4A61A 3E9LA 5KPTA 3CCJN 3WEEA 4CZLA 2VG7A 1GOAA 2FF3B 4CESA 3OYCA 2YX6A 1CXQA 4UQGA 3CCLN 3R3LA 2V7YA 4PHTX 4Y0WA 1WSJA 2OTJN 2NRTA 5LL6Z 3TSPA 4FWQA 2O8BA 3T1HK 4CF2A 1W0HA 1NOYA 2W6LA 4X65K 1F21A 4NO7A 4BGBA 5AQGA 4CEOA 3QNOA 4BE0A 1QQNA 3AO2A 4O5FA 4GXBA 1Q7YO 1J5EK 5E26A 2NRZA 4PY5A 4IZ9A 3CJ1A 5HRNA 4H0YB 4FWOA 4DF4A 4CK3A 4NCBA 1ATSA 2XY7A 2HHUA 2W40A 1J54A 5MLCQ 4CFAA 4BDZA 4B3RK 3RMDA 2GWKA 1QQMA 4KHNA 3THWB 1LV5A 3HL8A 3MCPA 3IAYA 5BPLA 3U7DA 2QK9A 3ZT0A 1MIZB 3D6RA 3PSIA 1ASWA 3CXCM 3LZIA 3KTQA 4CGHA 2ZGYA 5AQPA 4N41A 4BRPA 1GLCG 5LY3A 4JKFA 3ID6A 4AHTA 4JI0K 3ZSZA 4AF1A 3NF7A 2Y1IA 2NUBA 1Q18A 4YOVA 4XH4A 3I8DA 3H46O 1WSGA 1L3UA 4MDAA 1MK7B 3IDHA 4ELTA 5KGWA 5LMNK 3VN5A 4KHQA 4CJVA 4DB3A 3ENBA 3AA2A 4H0PA 1NWKA 1N5YA 3C94A 4WYBA 4J2AA 1QSYA 3K57A 4DTNA 2HE7A 3SUNA 4AHRA 4ILHA 1GLLO 3P83D 3BDPA 1GLAG 1UOCA 3MK6A 1RNHA 2GUIA 3RSEA 4DR2K 1C0GA 3NAEA 3T1YK 3QNNA 1Q9XA 2KHOA 2VWJA 2YHBA 4DTPA 1UAXA 3Q7CA 5KRSA 3PLAA 3QIOA 3PIOL 4JKBA 3VEZA 2CH5A 2VQFK 3QO9A 3BF1A 4RW6A 1ZBSA 3L0QA 3WQUA 4G9ZA 3CCVN 4R5PA 5FPDA 1ILYA 4A5BA 5KGXA 4KRFA 4BR9A 4DKWA 1BL3A 4YY3K 3AO3A 4KI6A 1S3XA 2O8FB 3ZSQA 3KK2A 1QTMA 3PO5A 1KCFA 5FRMA 3X23A 3IMXA 3KK7A 3KK3A 1XMOK 1VSDA 2W41A 4EHTA 1HUXA 4CF1A 3AA5X 3ZCMA 5C0YA 4DSLA 4M3WA 1HMVA 4EFHA 1RTJA 3O3HA 1TL3A 3CJAA 1IBLK 1NM1A 5JVHL 2QM1A 2P9IB 4CJRA 1KVBA 3TARA 1MU2A 3OS1A 3IUCA 4MO5A 2WBNA 2I7NA 2A6AA 1HNWK 4JRPA 1WOQA 3IS9A 3LDQA 3QEXA 3CJ9A 4OLBA 3MN5A 3O08A 3DLHA 2Y1JA 2F8SA 1IKWA 3AARA 4AHVA 3DJCA 3WXLA 2HVIA 3CCQN 5I9EB 2D10A 3VQQA 2ASOA 4B9MA 4B9NA 1D4XA 2GWJA 3D2FB 4WQ5A 4K42A 1HJOA 1NGHA 2RN2A 1ITGA 2OA8A 5AQHA 3FLVA 2Z1HA 4JI2K 4JHDB 4MFBA 4BWMA 3O6WA 5EY4A 5AZJB 3AY9A 3CCMN 4DTXA 1S72N 3WA0A 4CD1A 4IWVA 4Z4CA 1WSHA 1P8ZA 5AQYA 1TKXA 4DSEA 2PAVA 5KI6A 4CBWA 4FZYA 2Q97A 4IFYA 1KLMA 1WN7A 2COPA 3WNEA 3LZJA 3VQ5A 1KBLA 1JJ2M 3A5NC 5DK5A 4B1VA 2E4LA 3MN6A 3OBWA 1J53A 3SI6A 1HNZK 3C6UA 1HYZA 4DFPA 3HM8A 5AQOA 4BRQA 1SV5A 1TVRA 2EMTA 1IKYA 1NMDA 1WBDA 4CJLA 3KVGA 3VEWA 4CHZA 4H5RA 2HHHK 3W3DA 5JVGL 1EO1A 2HBJA 1U2VA 4FLWA 5E84A 4FJHA 1G99A 1NKBA 5AQWA 4DV2K 2CB8A 1KLNA 3KWGA 4O0IA 3CPWM 4QOZB 3THYA 3C6HA 1E3MA 4ZHRA 3SCXA 4JI4K 4C8LA 3NCIA 2KKZA 4DV4K 3EL2A 4K8ZA 4DLEA 3NBPA 3G10A 4Z4GA 1HBKA 4B1ZA 2ASPA 4ELUA 3ZT4A 1GG3A 2XRIA 4CGIA 4FWSA 1D9DA 4RW9A 1BI4B 4HWIA 3V81A 3BY5A 4B1WB 4A57A 2ABDA 3CCSN 1NVLA 1BI4A 5EX5A 3C7NB 4CBUA 4CHPA 2CGJA 4FXDA 3ZSOA 2HNDA 3ATUA 3SNNA 3DLRA 5JICA 1D8YA 4H4MA 1X9SA 2D2QA 3V9WA 2YKMA 2AP1A 4QCLA 3K9KA 3C7NA 1VSLA 5AQTA 4DUYK 2A1RA 4BREA 4XH5A 3LPUA 4N47A 4A59A 2O8CA 1VSJA 4HCCA 3ZEUB 2HF4A 3JAMO 2Q1NA 4FOEA 1ZBLA 1NJIO 5J2QA 4CF9A 3L2RA 2HSTA 2HMIA 3R1XA 2ASMA 4DHYA 4FWMA 3O4NA 4GKJK 3UKRB 1QQOA 2KQ2A 3U9ZA 1TKTA 4O44A 3EN9A 4CHQA 3AVMA 4AILC 2IS3A 3UKRA 4DF8A 3NVMA 4OPHA 1OH7A 1RTIA 1J19A 2FBVA 3DXKB 4I9LA 3MMVA 1HYSA 3THVA 4BRGA 1JLBA 2VWKA 4BC2A 2OPPA 1KC8O 3U4LA 3R6MA 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1DLOA 2A40A 4PKGA 4CHNA 1CZAN 2D0BA 1EQYA 3M1FA 4BRFA 1QS4A 2OZSA 4LF6K 1M1KO 4B08A 1XHXA 1C0UA 3CG7A 3DWLA 1SL2A 3CMEN 2OZMA 4NYFA 3JS6A 4CVNE 2NRHA 5KTQA 2WONA 1BG3A 4LH5A 3MWPA 3ZSWA 1FJGK 4CK2A 5DM6L 1Y97A 3HOSA 4B3TK 2QWQA 5HRRA 2J0KA 2A42A 1RDCA 4GY2B 4DQPA 3P38A 1E4FT 3T1AA 2D0CA 4M63C 3RRHA 1IG8A 2D0PA 3WNGA 3OYHA 5M1QA 3CD6N 5HLFA 4GV9A 4JYAK 4O8KA 4JKGB 1HQUA 5AQSA 3KLHA 4ZRIA 1RTDA 2ZPYA 3KD5E 2Q0UA 1N8RO 4JKGA 2X6NA 4FLVA 3M3ZA 2E1YA 1Q82O 1LOTB 4YFUA 1NK6A 1NGCA 1JCFA 1EP4A 3EPYA 4WCEL 4FJNA 4IXCA 4K0KK 2P9UB 1O1WA 2O8EB 2IIRA 1DEJA 3QBWA 3E1YA 3WEEB 1SL1A 3ZX0A 4JK9A 1RT3A 3C95A 4JV5K 2OCEA 1JL1A 2ZWHA 4OVLA 1S5JA 4NXMK 4OPJA 2QA4N 4DQSA 2DFFA 1TYQA 3VQPA 3P5JA 3HZ6A 3EZWA 2O8BB 1JLEA 1TGOA 1RDUA 2X74A 1EETA 3VQBA 1NBWA 1HNVA 1A5XA 4CCHA 1IBKK 5GADP 3SQ0A 2J0JA 5AFUH 4J8FA 3DOKA 2FBYA 4O55A 4FJXA 1NG9A 3CYMA 3P1GA 3M8RA 4CGDA 3HPHA 1D9FA 2HHSA 3SUOA 5CZ2A 1LW2A 4CJ4A 2QWPA 3CQYA 3QFUA 5M1NA 1NGBA 3K5OA 4DV7K 1SGHA 4C1NI 4HUFA 3FP5A 4FJ5A 3UIQA 4Z4IA 1XC9A 4YOXA 3UE5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3E9O A;  4JKG A;  4JK8 A;  3SBG A;  4JK7 A;  3E9P A;  4JKB A;  4JKF A;  4JKA A;  4ILJ A;  4JKD A;  3E66 A;  4ILH A;  4JKC A;  4JK9 A;  4JKE A;  4JKG B;  3E9L A;  4JKH A;  3SBT A;  4ILG B;  3ENB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I2P A;  3KK1 A;  1RBU A;  1ZYQ A;  1HPZ A;  3O8M A;  4K43 A;  4F9O A;  1NK0 A;  1IJJ A;  4MLE A;  1KQS M;  2B4J A;  5C24 A;  3CC2 N;  4YHH K;  3OYD A;  3QLH A;  4A2B A;  2HRJ A;  4C8K A;  3SQ4 A;  3P31 A;  3VF6 A;  4XIU A;  4JD2 B;  4DFK A;  1QSS A;  4B9T A;  4KHS A;  3ID8 A;  1K8K B;  4B1U B;  3CCU N;  3AO5 A;  4AQY K;  1X9W A;  1VQN N;  1TK5 A;  2B5J A;  5A2Q O;  1RGI A;  4BQZ A;  4DTM A;  4LFB K;  1HKB A;  2YHY A;  2P9L B;  3NGI A;  5CYM A;  1NK4 A;  1G15 A;  2E6M A;  1KVA A;  3VA0 A;  2ZGZ A;  2WH5 A;  2FSK A;  3ZSY A;  4CIF A;  1TV6 A;  3K9J A;  3O4Q A;  2G8W A;  2BE2 A;  4FK4 A;  1W97 L;  5LJV A;  2QWL A;  4WQ4 A;  4HUG A;  2LBB A;  4JKC A;  4OGC A;  1E4G T;  3TU5 A;  3VPZ A;  1KD1 O;  2JLE A;  1YVN A;  4IFV A;  2Q3S A;  4W5Q A;  1WSF A;  3LWM A;  4FW1 A;  4B3M K;  4FVM A;  2G8K A;  4KBO A;  2WTU A;  1YIJ N;  2CH6 A;  3GBT A;  1NTI A;  1S6Q A;  4IEI A;  4FJJ A;  3I56 N;  4LF5 K;  1VBG A;  4DR7 K;  5HOO A;  2A1S A;  3OA9 A;  3T3F A;  3A5L C;  5LMU K;  4H5N A;  2F4V K;  4BR0 A;  3MEG A; 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