4JK8A

Open and closed forms of r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 65
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jk8A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jk8A01
4JKAA 3E9PA 3ENBA 3E9OA 3E66A 4JK8A 4JKHA 4JK9A 3SBGA 3SBTA 4JKCA 4JK7A 4ILHA 3E9LA 4JKFA 4JKGA 4ILJA 4JKGB 4JKBA 4ILGB 4JKEA 4JKDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JL2A 1XNRK 3CM6A 3KK7A 1NK8A 2YVCA 1VSLA 3CIPA 2QA4N 1VQ9N 1E4FT 3AO2A 2P9PB 1NGAA 3OYLA 4CGFA 2NRZA 2OZSA 2IDOA 3OYGA 4HDQA 3OYMA 3LDQA 3FE1A 3P4IA 4CEAA 4RTFD 3VQ9A 4DXAB 3QEIA 3QFPA 2E6MA 1NGJA 4B08A 1NGIA 3ZEUA 3PVLA 1RT2A 1IKWA 1LOTB 1NLVA 5KRTA 4FYDA 2NRRA 2QWNA 2W6KA 2QWOA 4Z4CA 3LDOA 3B6OA 1EQYA 3UKUA 4ELTA 1RT3A 3SBGA 4I2QA 4LFCK 4AHSA 3SQ0A 4E7IA 1NVLA 3HPOA 3AO4A 1BDGA 3EPYA 2J0MA 3UE5A 3HPGA 3KK2A 3K58A 3O4QA 3VF6A 4CHYA 1YT3A 3CFPA 5DK5A 4E3SA 2PY5A 3VPZA 3CCEN 3U7DA 2QK9A 4LY7A 4XH1A 4IEIA 1CZBA 4H0XB 3LDNA 4CVNE 4DTPA 1T8EA 2O8EA 4ISFA 3RRGA 3AVJA 5KPTA 5AQXA 1YTAA 1ATRA 2QXFA 5HRSA 2KFNA 3LWLA 5AR0A 1LW2A 3U9ZA 4ISGA 1TKZA 2O8DA 1DTTA 3LPUA 1U6ZA 2X0SA 4I9QA 1VQMN 2BGGA 3UKRA 4BRQA 3NAEA 1KSPA 3PIPL 1SAZA 3DRSA 3G4SN 2ITGA 4H5WA 5KI6A 3S41A 3DMJA 1YIJN 2D0BA 5AQPA 2GEMA 2HHTA 5BR9A 3HSTB 3VQDA 1GGOA 1W9HA 4KHSA 3LAKA 3CD6N 2XY7A 2HHSA 4JKGB 4JKBA 3TSPA 1Y64A 3HK2A 5DM7L 4IXCA 3EYZA 3QLHA 1YF5L 4JI3K 3O9QA 4WCEL 3HYFA 3V9UA 3E66A 1KFSA 2D5RA 2GELA 4CK3A 1RCHA 3O4WA 3T7ZA 3H1QA 5CZ1A 3L2UA 3TI0A 3THXA 3L2VA 1U45A 2YHBA 4TKNA 2ETJA 5IJMA 3H1VX 1REVA 4DQIA 1KD1O 4KI4A 4KI6A 2BANA 2FSNA 5FRNA 1UAXA 4M3TA 1E4GT 3THYA 2QXLA 4MO4A 4Z94A 4BVPA 3OJSA 3BDPA 1HQEA 5HP1A 4RW4A 2UU9K 4JRQA 5JVLA 2HF3A 4PL7A 1D9FA 5AQNA 4DR7K 1RNHA 4LFBK 4EHTA 1SQKA 3C6UA 1GOAA 1X3NA 2VGNA 3L8BA 3ZSZA 1JLEA 4KB0A 4AM6A 2KW4A 1XMQK 2ZGZA 4B3MK 3U8ZA 3BUZB 3QEXA 1RTHA 3VMFB 4C8OA 3KK1A 3DRRA 3TANA 4BRPA 2QWRA 5C24A 3VGKA 3TR8A 1C6VA 4Z4HA 1JLQA 2LSNA 1CZ9A 4W5NA 5E84A 1BWFO 5BPMA 3O08A 1OH6A 4L8RB 1QQOA 4HCCA 4FJNA 2P9NA 3VA0A 3ZX3A 3HBTA 3W3DA 4DTRA 1BG3A 2ABDA 2FBVA 4K8XA 1S6QA 1M1KO 3M8PA 4K42A 4K8ZA 4QS8A 1ASVA 2QM1A 3I8BA 3C94A 4H0YB 4LF4K 4IG3A 2G8IA 4W5QA 5GIPA 4QAGA 1VQPN 2DPNA 3ZT3A 4QOZB 3C6HA 1VQON 3DAWA 2O4IA 5I3UA 4N56A 1HUXA 4B1YB 3MN7A 4I9LA 5KPRA 2CH5A 3M1FA 3Q7BA 3NCIA 3VGLA 2EX3A 2A42A 4IO8A 4B9QA 3VF2A 2Q97A 4M3UA 4E1NA 2Q2RA 4O0IA 3CCJN 1J19A 4L3QA 5C2DA 4DSIA 1UWBA 1C0TA 3U9DA 4FOEA 1IO2A 3IRXA 1RBRA 4GKKK 4JN4A 1HQUA 1T6DA 3J81O 1KFDA 4H0PA 2P9SA 1QQMA 3H45C 1TKDA 5M1PA 1HR0K 5JS1A 1HB6A 2GV9A 1NK4A 5GAEP 4WQ4A 3P38A 4DLEA 3VEOA 1I94K 3D2EA 4F2RA 3AGRA 3EE8A 1NK7A 3KWIA 5M1OA 3HVRA 1LAWA 5J2NA 4DR6K 4YORA 2FSJA 2YCHA 1JXEA 4DV3K 4WQ4C 3H3OB 3OY9A 3DXKB 4B9NA 3ZSRA 2XO7A 3TAPA 1BA0A 5H1SQ 1IKXA 3CQ8A 4BDZA 3CC7N 1S9EA 3WXMB 4IFVA 3JSMA 3IMXA 3QBXA 3SUNA 3ZT2A 3M8RA 1WAJA 3IUCA 1Q82O 2IGIA 5FROA 4JV5K 1HYZA 4AHVA 2O8DB 4DU4A 1B9DA 3FZMA 2HHUA 3LP0A 1TAQA 4CJ3A 5J1EA 2NRXA 4IDKA 5BRHA 1TL1A 3TARA 3LWMA 4FW1A 3LP1A 3H46O 3FLVA 3LDPA 3BZCA 4I2PA 2ZWHA 3WNEA 3OYCA 4YOVA 1IBKK 3MN9A 3SAGA 1ACAA 2ZM6K 4CZHA 5C10A 3NH1A 4FWKA 3CCMN 3PX6A 3PY8A 4Z4FA 1XC9A 3FZKA 4GVEA 4J2AA 4FW2A 2UUBK 1J5OA 4FWLA 5ADXA 2UYTA 2HE7A 5HOOA 1NOYA 4OGEA 4KH6A 3BINA 4R5PA 1RBTA 1LW0A 4BC5A 3QDKA 4CGJA 3OYKA 2A5XA 3O5BA 4NCGA 1HMVA 4KV8A 5BRDA 2RQ1A 1QHAA 2QKKA 4CJLA 4FLVA 4BRFA 2AA4A 2P9PA 2QW9A 4J2DA 3JXUA 1VBHA 2FC0A 1L3VA 4BDYA 3ZT1A 3EO3A 5BPNA 3AV9A 4CGIA 3UB5A 3BP8A 3TPQA 4ILJA 3SZ2A 1N5YA 2DY4A 4B9TA 4GVMA 3THXB 3CQXA 3G6EN 4KHQA 3ZSXA 1XMOK 4JKAA 2A40A 3QIJA 5ADXH 1I3AA 2FF6A 4I6MB 3JAMO 1D9DA 2V52B 4RW9A 3N4PA 1VQ6N 1NBWA 3CJBA 4JK8A 4E1JA 4BRLA 1NWKA 2HMPA 1E3MA 5FLXO 3R1XA 4KH5A 4CZGA 3AO3A 2PZSA 4Y1CA 4DTNA 4O4GA 4EHUA 1SV5A 3T19A 1HNWK 4CZJA 1HNXK 4CJFA 3O9TA 1V4SA 4DR4K 1RDBA 1HYVA 3J7YP 3RR7A 3HOTA 5AQJA 5FPEA 4F7GA 1Q9XA 3ZSYA 4B1WB 3K59A 3SQ1A 1Z26A 3MECA 1J5EK 4DR3K 1NOZA 3K9JA 1F21A 5I9EB 1KRPA 5BREA 1GLLO 5C25A 3L4IA 4N41A 3I0RA 3I56N 4IKFA 4FJXA 3NGIA 1YUWA 1S1WA 4QCLA 4NCAA 2EWSA 1WSGA 4PKIA 1L5UA 1NGCA 2HOEA 4CEQA 3ZCMA 3OYAA 3ZSWA 4CZLA 3CHWA 5JLHA 1OVYA 1VSKA 2P5GA 3PV8A 1KAYA 5HBMA 3ZLJA 2ZD1A 1GLEG 3O3FA 1RT1A 2BTFA 2F96A 4KO0A 3LL3A 4K25A 1NGEA 1BUPA 4YDUC 1NM1A 4Q5VA 1SL0A 3CETA 3MCAB 5KPZA 2YNGA 4F8RA 3PO4A 3MAQA 4PY5A 1L3TA 1I39A 4JKGA 4F4KA 4CF2A 1N36K 5EVZA 4FZXC 2Z1HA 4G9ZA 3HM8A 2FXUA 2RHKA 2RF2A 5JICA 4WQ5C 4MFBA 2P9SB 1BL3A 4BR4A 4KH4A 4WFAL 4NCBA 2Q0RA 2HBMA 1TK0A 4B3TK 5AQQA 1C0UA 1BCOA 4RW8A 1L3SA 1EP4A 4LF7K 2WOMA 2BDPA 2OCEA 1GC6A 3NMUA 3V9WA 3FFIA 5HRPA 1KCFA 1K8KB 3QEPA 1VHXA 4FLXA 4KB1A 4JKFA 3K0SA 1DEJA 3NF8A 1TK8A 1ILYA 4CZMA 3NE6A 3KIOA 2J4RA 2VG6A 3CI5A 4YOYA 4B9LA 1U04A 3ITHA 5KQ8A 5AQMA 4CECA 2Q3SA 5KRSA 3AVMA 3MN5A 3RTVA 2AL6A 2IAJA 3IDHA 1KVCA 4FPAA 1TK5A 4FJKA 1RT6A 2HHXA 2OPSA 4CEOA 1EF1A 5CR4A 3SNNA 4CF8A 3T1YK 1VK0A 1KVAA 2Q36A 3CERA 5AQUA 3OTOK 2PAVA 3DLLL 4DLGA 1NKBA 4B8AB 3KK3A 4HUEA 3KTQA 4BRNA 3H08A 3NFAA 4DB3A 2P9KB 4FM2A 2V51B 4CJWA 3LDSA 3CYMA 4IBNA 3G10A 3RSEB 4CZIA 3SMPA 1U48A 4FJ7A 4DS4A 4U67L 2RKIA 5LJWA 4FJ9A 3LP2A 4CHOA 1VSDA 1IG9A 2H3GX 5AQKA 4A5AA 3CPWM 1D8YA 1RBVA 3DYAA 3ENBA 1NGBA 2B5JA 3ENHA 4BY9C 4XH5A 1TKTA 1BGXT 4HHTA 2YNFA 3KLHA 1JCFA 3ISNC 1WUAA 2UXBK 1L3UA 2VG5A 3SV3A 1RBUA 1IKYA 1BO5O 2CQUA 4BQZA 4BRKA 3FP5A 4JKDA 4KHWA 3V9XA 1GLCG 2Y1IA 1NKEA 3M3ZA 3IFRA 3WQUA 3LPTA 1UA1A 3ZX0A 5J2QA 4HTLA 1RDDA 3TAQA 3HP9A 4CD3A 3TU5A 4IEEA 1EWRA 3AVIA 3VERA 1XHZA 2QWLA 2P9IB 3DXMB 2KZMA 3MDQA 4BRGA 2F8TA 2HF4A 2YJEA 4YOWA 3SUOA 5E26A 1S3XA 4B1UB 2HW3A 3AA5X 3CJCA 1TL3A 2ZF5O 4B1ZA 4IZ9A 4B9VA 4CF9A 1YTUA 1K6YA 3ID6A 3V81A 3OHRA 1JLAA 4CBUA 2PBDA 3P1GA 5LMNK 3GDQA 1IH7A 1NU0A 4JEPA 4PHTX 4FZZA 1NKCA 1B9FA 1XHXA 1BCMA 1JLBA 4Z4GA 2NZTA 4BR7A 2XY6A 3MXJA 3DXKA 2D0PA 2HHHK 4NYNA 3PX4A 3HOSA 1KQSM 1LWCA 3PO5A 4NO7A 3O3HA 3V9SA 3KLGA 1JL1A 1UOCA 2HBLA 3HP6A 2KFZA 1ST7A 5C15A 2D4WA 3O4NA 2XY8A 4JKHA 3DOKA 5T7BA 1VAZA 4M42A 3TWHA 3AVNA 3HTVA 2HNDA 1MK9B 4HVJA 1T3VA 3AO1A 5M1KA 1UA0A 4A62A 4KPYA 5FRMA 3AVLA 1B92A 3I0SA 2GWJA 1YHQN 4O0JA 4BC2A 4RW7A 4YNQA 3C95A 1GOCA 2ZJPL 1S5JA 1BIZA 1XC3A 4KREA 4WFBL 2KKZA 4C8NA 4A2AA 4KHNA 2IVNA 3I8DA 4W5RA 1VSHA 4M63C 3AVHA 1HJOA 4YOUA 4BRHA 4B1XB 3GOIA 2KHOA 3EKSA 1S1VA 3NF7A 5HRRA 4YHHK 2G8UA 2GWKA 3OS0A 4JI8K 3SK3A 4OVLA 1BOTO 5GIOA 3CCRN 3U3YA 3CJAA 4ELUA 3E9PA 4X62K 1EX4A 4FWSA 3CJ1A 4DQ8A 4E7LA 1VSFA 1JCGA 3BGRA 4CJ5A 3CJ7A 2OTLN 2OTJN 2OPQA 5JVHL 5AZJA 4BC3A 1BI4A 1JJ2M 3ATUA 2W6LA 3PIOL 4IWVA 5TKWA 3SUQA 3SPZA 1EKEA 4NYFA 1TAUA 4PKHA 4K43A 2E2QA 2HBJA 2ZPYA 3HXMA 1NJZA 2AEHA 4B3RK 4I6MA 4DCHA 4AHCA 4BG9A 2OYQA 4DS5A 4ID1A 1DLOA 3FZFA 4JAXA 5KGXA 4DU3A 3QBWA 1GLJO 4C8KA 1BIUA 3SAFA 2F4VK 3AU4A 4J8FA 4DV1K 4OO1J 4W5TA 4DSJA 3EKUA 1ZXOA 2I1JA 4CJQA 3T69A 3NVMA 3N4QA 1NG9A 4B9MA 5SWMA 1MIXA 3VEXA 3PUFA 1KAXA 3AVGA 3B8AX 4CFCA 4FK4A 3KZBA 4BROA 1DGKN 5GADP 1T03A 3WNFA 3K57A 4E7JA 2D0AA 5ELZA 4AF1A 1HRHA 3KHYA 4FWRA 3L2QA 3NHGA 4DTJA 4A59A 1KVBA 3J80O 3F2KA 1GOBA 2CGJA 5DM6L 1FXXA 3AGKA 3EE9A 4IOCL 4DG1A 3QESA 3R9PA 4F3OA 4OPKA 4IO9L 2QWQA 1OH8A 3AU5A 4DTUA 3S3NA 2VWJA 4CJRA 2CH6A 3LM2A 1VQ7N 2COPA 3PSIA 1JLCA 4A2BA 3S3MA 2WBNA 4H5RA 1C1BA 3X23A 1HLUA 3WXLA 4XH4A 1J53A 3BY5A 3QINA 4B9SA 5AQGA 4EP4A 5CYQA 2J0KA 1O1WA 1GLAG 3TTCA 3QETA 3IS9A 3L6QA 4FVMA 2EMSA 4RCHA 4FLYA 3WQTA 1A5XA 3WXIA 1GC7A 4IJAA 4LH4A 4GXBA 1JLGA 1X9SA 3KWGA 3NBPA 5FPMA 1KLNA 1U2VA 3O8MA 1NJYA 1YJWN 4M3ZA 2FBXA 1P8ZA 1FK9A 2E8AA 5M1NA 1RBSA 2E4LA 4DKWA 5AZIA 4FK2A 1WLJA 5HROA 4PL8A 1U49A 2JLEA 4RW6A 3K5MA 4AHRA 1XI1A 4BREA 4CZEA 4C23A 1DKGD 2I7PA 3MEEA 4MQ3A 3VQPA 5HL7L 1K8KA 2WUSA 3DM2A 3KLIA 1SKSA 1BQMA 3PLAA 1QHTA 2G8HA 1ITGA 2WFBA 4JI4K 4BGAA 3P39A 2D0OA 4GNIA 4NLCA 4FL9A 4CIEA 2BE2A 2OA8A 4OPAA 5A2QO 2V7ZA 2E2OA 3PX0A 1SL1A 3CCQN 4DWIA 1TKXA 3D6RA 4AILC 3CCUN 3E1YA 4DTOA 2VG7A 4IJNA 2O8BB 4CGDA 4BRCA 3WNHA 1WAFA 3CMEN 3KLFA 2YHYA 2ATQA 1RDAA 1RGIA 5AQIA 4JS4A 2FF3B 4DQQA 5I42A 1WBDA 4LFAK 2I7NA 4OKKA 4RG8A 1TUYA 4BQLA 2P9KA 4C8LA 3ASMA 3VEVA 2E20A 3RSEA 3BF3A 2D10A 3QNOA 2E1ZA 5MLCQ 1IKVA 4ISEA 3SQ2A 4OGCA 3QMLA 1SKRA 5EOYA 3OBYA 2ZJRL 5F1XA 1EWQA 1YJ9N 3KVGA 1TV6A 4GY2B 4IFEA 3VTHA 4UY8O 4DR1K 3VF4A 2I1KA 4E7KA 1RFQA 4DR5K 3A2FA 3A8YA 5LMUK 1VBGA 2HHVA 2D1KA 5CZ2A 4FJGA 1XWLA 4FWMA 3V1QA 3I33A 1Z6RA 3F9KA 1FKPA 3V9ZA 3HO1A 1Y97A 2IVOA 2A41A 3TAMA 1VQ8N 5AZJB 2X6NA 4JNEA 4NY0A 1BI4B 2VGMA 5C12A 4CHQA 5J2PA 4DFJA 1NGHA 5AQOA 3ZX2A 3V4IA 2OZMA 1NK5A 4M3XA 2YHXA 4A61A 2W40A 4DFPA 1ZYQA 3LALA 3CM5A 2Q1NA 4FWNA 4CGHA 4PQUA 3IG1A 5AQVA 2XRIA 4CHZA 2YNHA 4CHNA 2P9IA 3DXMA 3C6AA 4JRPA 1QZ6A 3OS1A 3QFUA 3E9LA 3VEYA 4ZTFA 1HPZA 3V1RA 1LWEA 4JI0K 4BRDA 1DTQA 3P31A 3VEZA 4IG0A 5F2RA 3NVKA 4AQYK 4FWPA 3F73A 3DRPA 4KFBA 3D0PA 1KBLA 4IFYA 1VQ4N 3RR8A 3O9UA 2YI1A 1RDCA 2XY5A 3QO9A 2EMTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKA A;  3E9P A;  3ENB A;  3E9O A;  3E66 A;  4JK8 A;  4JKH A;  4JK9 A;  3SBG A;  3SBT A;  4JKC A;  4JK7 A;  4ILH A;  3E9L A;  4JKF A;  4JKG A;  4ILJ A;  4JKG B;  4JKB A;  4ILG B;  4JKE A;  4JKD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JL2 A;  1XNR K;  3CM6 A;  3KK7 A;  1NK8 A;  2YVC A;  1VSL A;  3CIP A;  2QA4 N;  1VQ9 N;  1E4F T;  3AO2 A;  2P9P B;  1NGA A;  3OYL A;  4CGF A;  2NRZ A;  2OZS A;  2IDO A;  3OYG A;  4HDQ A;  3OYM A;  3LDQ A;  3FE1 A;  3P4I A;  4CEA A;  4RTF D;  3VQ9 A;  4DXA B;  3QEI A;  3QFP A;  2E6M A;  1NGJ A;  4B08 A;  1NGI A;  3ZEU A;  3PVL A;  1RT2 A;  1IKW A;  1LOT B;  1NLV A;  5KRT A;  4FYD A;  2NRR A;  2QWN A;  2W6K A;  2QWO A;  4Z4C A;  3LDO A;  3B6O A;  1EQY A;  3UKU A;  4ELT A;  1RT3 A;  3SBG A;  4I2Q A;  4LFC K;  4AHS A;  3SQ0 A;  4E7I A;  1NVL A;  3HPO A;  3AO4 A;  1BDG A;  3EPY A;  2J0M A;  3UE5 A;  3HPG A;  3KK2 A;  3K58 A;  3O4Q A;  3VF6 A;  4CHY A;  1YT3 A;  3CFP A;  5DK5 A;  4E3S A;  2PY5 A;  3VPZ A;  3CCE N;  3U7D A;  2QK9 A;  4LY7 A;  4XH1 A;  4IEI A;  1CZB A;  4H0X B;  3LDN A;  4CVN E;  4DTP A;  1T8E A;  2O8E A;  4ISF A;  3RRG A;  3AVJ A;  5KPT A;  5AQX A;  1YTA A;  1ATR A;  2QXF A;  5HRS A;  2KFN A;  3LWL A;  5AR0 A;  1LW2 A;  3U9Z A;  4ISG A;  1TKZ A;  2O8D A;  1DTT A;  3LPU A;  1U6Z A; 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