4JK8A

Open and closed forms of r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Rna binding protein
total genus 65
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jk8A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jk8A01
4JK8A 4JKGB 4JKHA 4JKFA 3E9PA 4JKBA 4JK9A 3ENBA 3E9LA 4ILJA 4ILGB 4ILHA 4JKEA 4JKCA 4JK7A 4JKAA 3E66A 3E9OA 4JKDA 4JKGA 3SBTA 3SBGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BDGA 4H0YB 4DS5A 4JS4A 4CCHA 1TV6A 4CEBA 1NK5A 1QSLA 3HYFA 3PIPL 4A5BA 1HKBA 1NGIA 4Z4HA 3QBWA 4CJKA 5AJ3K 4RWTA 3WA0A 3ATVA 1VQLN 4KHWA 3ZSZA 4DQQA 1NK0A 4FVUA 3LPUA 4FWSA 3OYDA 4FJNA 2PY5A 4OX9K 2IVOA 4BRFA 1C0GA 1TYQA 3IUCA 3DRRA 4CJ4A 3F9MA 2IS3A 4A59A 3EKUA 1ATRA 1XC9A 2Q1NA 2P9SB 4K25A 5AQNA 5AFUA 1OVQA 1BUPA 3KVGA 3ZSRA 4DG1A 1RBTA 1BCMA 3EZ5A 4BDYA 4F2RA 2EMTA 4XIUA 3S3MA 2FDQA 2YHYA 4H5RA 1DIKA 2OTJN 2OTLN 2GELA 3SLCA 2HNYA 4B1UB 2B5JA 3SQ1A 1FW6A 3FZLA 2A3ZA 2XO7A 5EY4A 4FK2A 1KLNA 3LWMA 4OKEA 4FJ5A 1EKEA 4KFBA 3FFKB 4H5VA 2NRVA 1VSLA 5J2PA 2O8DB 3IG1A 1NG9A 5JS1A 3LDQA 2R82A 4CEQA 3T1HK 1HPZA 3EL2A 3KZBA 2XHBA 3SQ2A 1WBDA 3L0QA 3O9TA 1S1VA 4JD2A 2O8FA 4DFPA 3FP5A 4WF9L 1C0UA 3H1QA 3O4QA 5K14A 2G8WA 3TAGA 3CQ8A 5AQOA 1I39A 3AVAA 3SQ4A 2P9PA 2YJEA 3AA5X 4CJLA 4K8ZA 1B9FA 3LDSA 2RKIA 1SL1A 4B9VA 2CGJA 2ETJA 2P9NA 3OYKA 3C94A 2ASMA 3DAWA 3VF2A 3C7NB 4KTZA 4ZRJA 3KLIA 1YUWA 4DQRA 3MX2A 4FLXA 4DTJA 3QERA 3O9SA 3O3GA 1VQNN 1R0AA 3KLGA 4OJRA 4BWMA 3QIOA 4KB1A 4UY8O 3FFIA 3B6OA 5KQ8A 3I0RA 4JI0K 4FL9A 1NK8A 2E2NA 2OZMA 2RQ1A 3H3NO 2NNWA 3NF9A 4NLCA 3TTFA 4I9QA 3CFRA 2QTDA 3SV4A 3UB5A 3WXLA 1IKYA 3AVBA 3DRSA 4CK3A 2DFHA 2KW4A 2GX9A 1RT6A 1MIXA 5SWMA 1H1VA 2RE2A 3CFOA 4BGAA 4N56A 3SAFA 2QKBA 2F4VK 3OYLA 3HP6A 3EZWA 4CZKA 2HF4A 4NYNA 4NCAA 1FXXA 3FZKA 3L3UA 1RBSA 3K5MA 1CZBA 4GV3A 4CJWA 3PSIA 1C1BA 4A57A 3CMEN 1N8RO 3I8BA 3WT0A 4A2AA 1A5VA 1WN7A 1VQKN 1W7AA 3EE8A 3KJVA 3ALYA 4OPJA 2GUIA 1VQMN 4JRPA 2IIRA 4MLEA 2P1JA 4DSLA 1HJOA 4KI4A 1LAWA 1Z05A 4QOZB 3BF3A 4FVMA 2P9UB 4LSNA 1DLOA 3VEZA 2FXUA 3CM5A 3NGYA 1ZBSA 4CZGA 2QEXN 3LDNA 4RW9A 2HHXA 5J2NA 4HUGA 2P9SA 2ZGYA 3CCUN 4FPBA 3ZT4A 3KWIA 2P9LB 3SUOA 4BY9C 3QIJA 4FJ8A 4J2DA 3MEEA 2E6LA 3QEIA 2O8BB 5JVGL 3VA3A 3O4WA 4CHZA 2Z1JA 2IGIA 3T19A 3DXKB 5AR0A 5HRNA 3AGKA 2VWKA 4C8NA 2FLOA 3HRGA 2D5RA 4H4MA 3G6EN 3IKMA 1XWLA 4ZRKA 4FPAA 2ZE2A 3EO3A 1JCFA 2DFEA 4E3SA 2VG5A 1I3AA 4BC5A 3LM9A 3PLAA 2I1JA 3I0SA 5KQDA 1D9DA 3AA2A 4IDHA 3SI6A 2NLXA 4KHSA 3DLLL 3HT3A 1XI1A 4BQLA 4B9LA 3LZJA 1E3MA 4H5NA 4FZYA 4LF8K 3MEGA 2KKZA 2Q36A 2YNGA 5B8HA 5C10A 1N6QA 3UE5A 4KPYA 5JLFA 1GLLO 1U4BA 1RGIA 4CEFA 1BI4B 4JK7A 3KLFA 2A6AA 3C7NA 3I33A 3KK7A 1Q9YA 2E1YA 1RBVA 2HOEA 4GVMA 2D2QA 3NGZA 1GG3A 3B8AX 3QEWA 1GLFO 2E2PA 4O55A 5BRDA 3I55N 3JAMO 4YHHK 1BA0A 2FJ9A 1S6PA 3HOTA 3CCMN 4B9TA 3C6HA 4CW7B 3X23A 1EWQA 4M41A 4JI2K 3SMSA 3TANA 4DXAB 4YOTA 3ULEB 3VQ4A 5ADXA 3HP9A 3K9JA 3K0SA 1YXQA 5CYQA 4DCHA 1T03A 4ID5A 1NTIA 2A42A 4HDQA 2HBKA 4DF4A 4FXDA 3LALA 4NCBA 3SBTA 1KC8O 5HRPA 1QQNA 4I2QA 3KWGA 2NRRA 1EP4A 3V81A 3MCPA 1TKXA 4IG0A 5FPDA 4BC4A 1L3VA 3QESA 1X9MA 4FZXC 4BR0A 3ASMA 2OPQA 1VSEA 1QVFM 1BWFO 5HRSA 4O0JA 3LP2A 3LL3A 1KAXA 3HL8A 5M1NA 3K58A 1JLEA 1XUPO 3A5NC 4OPHA 2HVHA 1HQUA 4GKJK 5DK5A 4JKGB 3VETA 1NJZA 1KVAA 3OYEA 4JKHA 4CHPA 1WSJA 5LJVA 4CGIA 4A61A 1NGEA 5HL7L 1KVBA 1QS4A 5KTQA 3PIOL 1OH6A 4CERA 4KREA 1EXQA 1GLCG 4DTMA 2P9UA 2NUBA 4CEAA 5CHIA 4DR3K 3FZHA 4ZRIA 1RT1A 4H5TA 2CB8A 1C0TA 2VQEK 4W5QA 3WUHA 4XH1A 2VWJA 3HTVA 5JICA 1MWKA 2Q2RA 3ENOA 2P9LA 4GMJB 4AHUA 4QCLA 2E8AA 4WCEL 4C8MA 4FYDA 5AQKA 3WXIA 4B9NA 3ZT0A 3TI0A 2O8BA 1UOCA 1JLCA 1DT9A 1WLJA 3ZX0A 3DXKA 1KQSM 4CD1A 3KKRA 3O4NA 4J2EA 4H8KA 2D0AA 3L4QA 4Z94A 4NCGA 3RMAA 3HZ6A 4CEEA 3VQCA 1VSJA 3OA9A 4JK9A 3V6DA 1IO2A 1VQPN 5E41A 4UQGA 3QO9A 2RHKA 4CJ7A 4E7IA 1EX4A 2HBLA 4O8KA 2AJQA 4BQZA 3U4LA 3O3HA 3QFUA 3V9ZA 4KHNA 1IG8A 1WSIA 2HSTA 1TKTA 2VCPA 3M1FA 1BOTO 3AU4A 4GNIA 2IVPA 3NF8A 2RN2A 4B3MK 1J5EK 3E9PA 2A1SA 4C1NI 3RTVA 2F8SA 2B4JA 1DGKN 4CFBA 4IOAL 4DFKA 1BI4A 1T7PA 3O1WA 3TSUA 4BDZA 1L3SA 2CH6A 2E20A 5KGXA 4ZHRA 1FJGK 3K2PA 4AHRA 4H03B 5AQGA 1VBGA 1XC3A 2A5XA 1X1PA 1ZYQA 3AO2A 1IBMK 4H0VB 4CGDA 4EP5A 4JI3K 2Z1IA 1NOZA 3ZSYA 1FK9A 2IOCA 3H46O 2GBZA 4KKOA 4Q5VA 2OZSA 3CQYA 1YTUA 1TAQA 3F2KA 4JKCA 3A8YA 3RWUA 3PX6A 4E19A 2E1ZA 4MLHA 2FSKA 1GLBG 3KLEA 4DTOA 1S1XA 5I42A 4K41A 5BN8A 2XY5A 3CFPA 1IBLK 1KAZA 3Q7BA 4N5SA 2E4LA 2WUSA 4CZIA 3G25A 1TL3A 4ISGA 4JI4K 2V7ZA 3K59A 4DSFA 4IEEA 3ZSQA 1IJJA 3V9SA 2FBVA 2CGLA 5FDLA 4CECA 4CZHA 4I7FA 5F2RA 3ZLJA 3JS6A 3PX0A 3OBYA 3VEVA 4GW6A 1N34K 3THWB 3AV9A 3VTIA 3ZSWA 1VBHA 5H1SQ 1H4RA 3SPYA 3TARA 2JWLA 3O9UA 3VF4A 2QXFA 2QWMA 1NK4A 4LSLA 2ASPA 2O8FB 1FKPA 4BRCA 5AQYA 3MMVA 5A2QO 4C8KA 4LF4K 2ZWHA 4WE1A 1DEJA 1U04A 5FPMA 5KPRA 3DOKA 4ILHA 1K8KB 3S41A 4FO0A 1GLAG 1NVLA 5HBMA 4E7JA 1QVGM 1ZBUA 3CJCA 4EP4A 1U2VA 2P9IB 1WUAA 4DB3A 4O44A 4WFNL 1ZBLA 2GV9A 4KAZA 4M3ZA 3K5NA 4AQYK 4RTFD 2OPSA 1QQMA 2NRWA 4BR9A 1HMVA 3HI0A 1TK5A 3KIOA 2WC9A 3CJ7A 4OGEA 1TGOA 4DTNA 1ILYA 1KRPA 4M63C 1YJ9N 1XNRK 3BZKA 1XHZA 3WQUA 4J8FA 2FBTA 2XRIA 4OPKA 1ST7A 1K9MO 4PKGA 1ITGA 1VSKA 2IDOA 1UA0A 2WBNA 2X0SA 1KAYA 4JI5K 1S9GA 4EHUA 1NGCA 1RDBA 3V1RA 4JKAA 2ASOA 1QQCA 4N47A 4JRQA 4EKUA 1R59O 5KRSA 4FK0A 1HNIA 2ZM6K 3B6PA 4CJ3A 1VSFA 2BH1A 5AQHA 3SPZA 3CCLN 2D0OA 4BG8A 1GOAA 3CMAN 3HM8A 2NRXA 3E1YA 4M3YA 1VQ6N 3I8DA 5C2DA 2LBBA 3AO4A 2VQFK 4FLZA 1YHQN 3E9OA 4BDPA 4CVNE 1B92A 3GG4A 1RDCA 3VENA 1U49A 3CJAA 2I7PA 4FWOA 4B1ZA 1C6VA 3TSQA 1KLMA 5AQSA 5AQXA 4OO1J 4JKFA 4CZEA 3LDPA 3PX4A 2YHBA 4NXMK 4BREA 1KFDA 2HRJA 4FZZA 2O8CB 3KK3A 3U9DA 2YV0X 5IT9O 4EHTA 4GKKK 3M8QA 1EETA 3T1AA 4IFYA 2QA4N 3S3NA 1WOQA 1KTQA 1XNQK 2BTFA 4B3TK 3W0LA 3DLGA 4K8XA 4PHTX 1TUYA 2YHXA 1HQEA 3DRPA 5HLFA 1YITN 3K5LA 1GLJO 2KLAA 2XY6A 1HNXK 3THWA 3M8PA 1VAZA 4CJUA 4JS5A 4ZTFA 4BRIA 3D0PA 4Z0UA 4JI6K 4IJNA 3RMDA 3ZT2A 3AVHA 1U47A 4XH4A 4H0XB 3QLHA 4FWLA 4KBOA 3TWHA 4JYAK 1LW0A 3TR8A 4DTUA 3TAEA 4AHSA 1K8KA 5D3GA 1ZBHA 1DKGD 1NK7A 3HJFA 5AQQA 1W0HA 3MCAB 4R79A 2P9IA 5JMVA 4W5NA 4HTUA 3SBGA 1REVA 2P5OA 1C1CA 4DSEA 2A1RA 3A2FA 1XMOK 3KTQA 4WQ5C 3MEDA 1YT3A 3WQTA 3CPWM 4Y0WA 2P5GA 3NH2A 3DI6A 4DR1K 4AM6A 3FLVA 4OLAA 1A5XA 3OVNA 3CHWA 4IEIA 4HCCA 4QAGA 4PKIA 1BG3A 3NAEA 4E7HA 4BC2A 4DSKA 3V1OA 3J8AA 1RNHA 4LF5K 4OGCA 2NRTA 2ZJRL 3L2VA 4Z4FA 3U8ZA 4CFDA 3OY9A 4KH4A 2EX3A 2ABDA 4CJRA 3LANA 3ZYYX 3WNHA 4JLHA 4BACA 3NHGA 3A5MC 3H3OB 3S3OA 5AQZA 1D8YA 4L8RB 3TABA 4DR4K 5BRFA 3CJ1A 1VSMA 2FSNA 5EVZA 3CYMA 1NLVA 2HNDA 3CERA 5JVLA 1JKHA 2RPIA 1JLAA 4IFVA 3AO3A 3BZCA 2QKKA 5C42A 4JV5K 3VPZA 4YY3K 3J7ZO 3SNNA 3G4SN 4CBWA 3FLCO 4B3SK 2PAVA 4CZJA 1MU2A 4F9OA 3SK3A 4M3TA 3OJUA 3QEXA 3DYAA 4IO8A 1KCFA 4RW6A 4X66K 4MQ3A 4CGHA 4YDUC 1OKJA 1BISA 3E01A 2DIKA 1DTTA 2HHHK 4E1NA 1JLBA 3LPTA 1NK9A 5AQPA 3U3YA 1G15A 4IBNA 3WNFA 3FE1A 4M45A 4MO5A 2O4IA 3MX5A 3T7ZA 3P4IA 4LFBK 4BG9A 4MDAA 5AQLA 2YKMA 3C6AA 2O8CA 1G99A 3J7AP 3HK2A 4OPAA 5BREA 3AAPA 4DV0K 5C25A 5F0XA 3KK2A 4FM2A 4DHYA 5MLCQ 1TK0A 4J2AA 2ZJQL 3KKSA 3G0ZA 3R1XA 3VF6A 1JL2A 4FJGA 3DOLA 4FLTA 3HPHA 4BRKA 3EN9A 2WONA 2X78A 4DV6K 4WQ5A 1NGHA 2YNIA 4Z4IA 3GDQA 1YAGA 4CZLA 3S9HA 3SUQA 4CK1A 2QWNA 4DLEA 2J0JA 4DS4A 3H45C 3PV8A 2VGNA 1J5OA 5AQIA 3F73A 3IFRA 3QICA 3O9QA 1J19A 5AFUH 4M3XA 4F4KA 4DQIA 5E26A 2QK9A 5E84A 4PA1A 4QS8A 2PBDA 2PFUA 3DJCA 4CHNA 4DSJA 1GLDG 3ISNC 2D10A 1W2BM 1NNEA 5FPEA 2BE2A 3SZ2A 3TU5A 3VN5A 3HO1A 4DV2K 1C0MA 1JLQA 4LY7A 3HSTB 1EF1A 5KPZA 3FZFA 4ISFA 4EIAA 4JKBA 3BGRA 3LAMA 3HM9A 4B9MA 4KHPK 3P83D 1SKWA 1ZBIA 4C1NK 1X9JA 1S22A 2WTUA 4OLBA 4CBXA 4YL8A 2QW9A 4DTSA 2E6MA 3HXMA 4KTQA 1Z6RA 4CYEA 1EWRA 3U8XA 5M1KA 4LF7K 4YDUA 2J4RA 3D7EO 1Q81O 3MN5A 1RT7A 4C8OA 4HVJA 3ENHA 4CK2A 2HMIA 1HYVA 3SUNA 2HB5A 5KPTA 2V52B 1WSEA 4KHQA 4DV5K 1XQSC 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3TTDA 2ITMA 5AQFA 3ITHA 4WFAL 3VEWA 1WNSA 2OCEA 1RT4A 5HOOA 4IWVA 3DXMA 2BDPA 3NF6A 4LFAK 5LL6Z 1T6DA 4CGFA 4JEPA 1E5WA 3E9LA 3CM6A 4F8RA 1VQ5N 1TKDA 1X3MA 2QM1A 3MN9A 1C0FA 3C65A 4DQPA 3K57A 1L3UA 1LWFA 4KH5A 3BINA 2VGMA 4GXBA 4CJTA 4Z4GA 4JKDA 3P31A 4FM1A 1S5JA 1NGFA 3C6UA 3MK6A 2KZZA 1ZXOA 1SL0A 3N4PA 4WQ4A 1VSIA 4BR2A 1IG9A 3HBTA 2HHUA 5ADXH 4FWQA 3OW2M 1O1WA 3OYFA 2UXBK 4BE0A 3NBPA 4Y1DA 4RW4A 3ZEUA 1Y64A 2OA8A 1JL1A 4LH5A 3VQAA 1N33K 1T6CA 1S6QA 3RR7A 2CGKA 4P7IA 3QFPA 2HHWA 1Q7YO 3UIQA 4PL7A 5M1OA 1ISNA 3AY9A 2DTUA 3A5LC 1SQKA 3AU5A 5TKYA 4FJMA 1EO1A 1D5AA 2HHQA 2PYLA 5AQRA 4HUEA 1OH5A 1Q82O 5HROA 3ATUA 1NMDA 5FRNA 2VG6A 4M3RA 2O8EA 3AVIA 4CFCA 4FWMA 4CI6A 2W6LA 3O8MA 1BCOA 4FWKA 1L3TA 2E2OA 5GINA 4FOIA 4JHDA 3CG7A 4B9SA 3CQXA 1MDUB 4FCYA 3OYGA 3KD1E 3L2RA 3NVMA 5DM6L 2CH5A 1VQ4N 5EX5A 2X6NA 5BN9A 4HWIA 1HUXA 3D2EB 3AA4A 1J54A 3OYJA 5M1PA 3QEVA 3PY8A 3H1VX 3SV3A 5BRHA 5AQMA 4XEIA 4IKFA 1ASWA 2GTDA 4CEZA 4CZMA 4FM0A 5AQJA 4TSXA 1F21A 2NRZA 1W9HA 3MECA 2LSNA 1Z25A 4N41A 3Q7CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JK8 A;  4JKG B;  4JKH A;  4JKF A;  3E9P A;  4JKB A;  4JK9 A;  3ENB A;  3E9L A;  4ILJ A;  4ILG B;  4ILH A;  4JKE A;  4JKC A;  4JK7 A;  4JKA A;  3E66 A;  3E9O A;  4JKD A;  4JKG A;  3SBT A;  3SBG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BDG A;  4H0Y B;  4DS5 A;  4JS4 A;  4CCH A;  1TV6 A;  4CEB A;  1NK5 A;  1QSL A;  3HYF A;  3PIP L;  4A5B A;  1HKB A;  1NGI A;  4Z4H A;  3QBW A;  4CJK A;  5AJ3 K;  4RWT A;  3WA0 A;  3ATV A;  1VQL N;  4KHW A;  3ZSZ A;  4DQQ A;  1NK0 A;  4FVU A;  3LPU A;  4FWS A;  3OYD A;  4FJN A;  2PY5 A;  4OX9 K;  2IVO A;  4BRF A;  1C0G A;  1TYQ A;  3IUC A;  3DRR A;  4CJ4 A;  3F9M A;  2IS3 A;  4A59 A;  3EKU A;  1ATR A;  1XC9 A;  2Q1N A;  2P9S B;  4K25 A;  5AQN A;  5AFU A;  1OVQ A;  1BUP A;  3KVG A;  3ZSR A;  4DG1 A;  1RBT A;  1BCM A;  3EZ5 A;  4BDY A;  4F2R A;  2EMT A;  4XIU A;  3S3M A;  2FDQ A;  2YHY A;  4H5R A;  1DIK A;  2OTJ N;  2OTL N;  2GEL A;  3SLC A;  2HNY A;  4B1U B;  2B5J A;  3SQ1 A;  1FW6 A;  3FZL A;  2A3Z A;  2XO7 A;  5EY4 A;  4FK2 A;  1KLN A;  3LWM A;  4OKE A;  4FJ5 A;  1EKE A;  4KFB A;  3FFK B;  4H5V A;  2NRV A;  1VSL A;  5J2P A;  2O8D B;  3IG1 A;  1NG9 A;  5JS1 A;  3LDQ A;  2R82 A;  4CEQ A;  3T1H K;  1HPZ A;  3EL2 A;  3KZB A;  2XHB A;  3SQ2 A;  1WBD A;  3L0Q A;  3O9T A;  1S1V A;  4JD2 A;  2O8F A; 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