4JK8A

Open and closed forms of r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 65
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jk8A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jk8A01
4JKAA 4ILJA 4JKHA 3SBGA 4JKBA 3E66A 4JKCA 4JK9A 3E9LA 4JKEA 3E9PA 4JKFA 4JKGA 3SBTA 4JKDA 4JK8A 4ILHA 3ENBA 4JK7A 4ILGB 4JKGB 3E9OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HBMA 1W0HA 3IFRA 3UIQA 2IGIA 1ASUA 2GV9A 3FZHA 4JI3K 1MWMA 2P9SA 1NBWA 3H08A 1Y19B 4ZRKA 4A62A 1GLJO 3QFUA 1RBRA 2X0SA 3HO1A 4DV4K 4CVNE 4CJFA 4HDOA 3NBPA 2Q1NA 3MWTA 1IKXA 3TI0A 4FPAA 1YAGA 1YJWN 2ATQA 1DTTA 3ZT1A 3T3FA 5D3GA 3ZETA 3KTQA 4IKFA 1DIKA 3ZSRA 1ACAA 2XY8A 1VRUA 3SAHA 4OKEA 2OZMA 1NGFA 3O80A 5AQHA 3O5BA 3K59A 3VQEA 2QM1A 1TK5A 4B1YB 3CQ8A 1BA0A 5GINA 4IG0A 2QWMA 1KAXA 2P9IB 3WEEA 4H0YB 1VQ5N 3RWUA 1U4BA 4OKKA 3QIPA 3WXJA 2CH5A 2FBYA 4FJXA 4XH4A 3L2WA 2RHKA 2O8FA 1VQ9N 1HQUA 3TANA 2KFZA 3FGUA 4FJNA 3FZMA 4CZKA 2QW9A 2NLXA 2OANA 4KO0A 1X3MA 1N5YA 1JJ2M 2CQUA 3U3YA 1S72N 5E26A 1RT3A 3G10A 4DFKA 1IG8A 1HBKA 3RSEA 2DFHA 3MN7A 4N5SA 1RT6A 1MK7B 1XMOK 1HNVA 3A5MC 1NJWA 2GTDA 3IS9A 1HYVA 2NRWA 1QHTA 1E4GT 5KRSA 1HJOA 4KV8A 4FZXC 4DQQA 5CE3A 1RT5A 1RNHA 2Z1HA 2V52B 4K43A 3OW2M 4EIAA 4BRPA 2E8AA 2XHBA 1QSSA 3HBTA 3CCMN 1D8YA 4H5NA 2OCEA 5CHIA 4EFHA 3EZWA 2Q31A 3K5LA 3QESA 2YJFA 4TKNA 4CK1A 1YJ9N 1RBSA 3RMAA 3HJFA 1BI4B 2P9PB 3DOKA 2IAJA 1RILA 2ZGYA 4GW6A 3MN9A 3CJAA 1VQMN 2Q0RA 3NGIA 3HP6A 4BRHA 3KK7A 3ULEA 3SBGA 3AVNA 1I94K 3O1WA 4QS9A 4GKJK 1RT2A 3LAMA 1FW6A 5LY3A 3TSUA 4WE1A 1QZ5A 3EE9A 5AQYA 3O9QA 4ISFA 2O4IA 3CFPA 4DV2K 3O08A 3UKUA 4C23A 4CHYA 4DR5K 4JK8A 3LM2A 4BR4A 3THVA 3MAQA 1U45A 3QMLA 3HM9A 4I6MA 2GELA 5AQFA 4B3MK 3HM8A 3WT0A 1C1CA 1KLNA 3AARA 2ZGZA 4OO1J 4JKBA 1YTAA 3VTHA 4K42A 1KAYA 2RKIA 4OLAA 4EZ9A 2HHQA 1BO5O 3OYKA 3A5OC 3BUZB 2E2QA 2KZZA 3VMFB 4OVLA 3C7NB 1NGEA 2G8KA 3KJVA 3D7EO 3P4IA 1HNZK 2NRZA 2X6SA 5LMNK 4LF6K 3EL2A 1T05A 2YHBA 3SK3A 4CHNA 3KLFA 4FLZA 3RMCA 4A61A 2VGNA 3EZ5A 4RWTA 1OVYA 3EYZA 3CC2N 3CHWA 1ZBSA 2YHXA 2P9KB 4KH4A 3TR8A 4CI6A 1ATRA 1C6VA 4H0VB 3D2FB 4FWNA 3SBTA 2FDQA 4OLBA 4RCHA 4DTRA 1WSHA 5JLHA 1HB8A 3CD6N 1VQNN 2ITGA 1NGHA 3W0LA 1T03A 1CZ9A 3QBWA 4CHZA 3T1AA 1NGAA 1Q86O 2V51B 4AHVA 4G1QA 1FK9A 2D4WA 3TAFA 4FO0A 1ESVA 4MLHA 4DU4A 1ATSA 4Y1DA 2PY5A 3ULDA 2GUIA 1Q9XA 2H3GX 3CM6A 4DKWA 3J7AP 4CECA 4M3WA 5BN9A 4IJNA 3QICA 5ELZA 1HYZA 1WSGA 4EHUA 1J6ZA 1XC9A 1MDUB 4WYBA 5KPZA 3TAMA 2DFEA 4F2RA 4CGFA 3FLCO 4HVJA 4EP4A 2W42A 3CCUN 4FJLA 4DV7K 3VA3A 4IXCA 2QWLA 2RN2A 1VSHA 3DM2A 3HSTB 3I55N 4FWMA 4DV5K 3J8AA 4JD2B 3NGYA 1T3VA 1SAZA 3AO5A 4H8KA 3MXJA 5AZJB 4A2AA 5HROA 4C8LA 5FPEA 3KLIA 4LF4K 2FSKA 1REVA 1RDWX 1U2VA 4AH9A 4CJPA 4B3RK 4YOUA 4M7XA 4JV5K 4BRNA 4DSFA 3KWGA 2DTUA 2Q36A 3HZ6A 2FXUA 2FF6A 4K0KK 1IO2A 1VQLN 1GC7A 2A3ZA 1JLGA 2E6MA 1JCGA 2GX9A 1YITN 1SL2A 1HUXA 1X1PA 4BC5A 3A8YA 4J2EA 2QEXN 3CIPA 3RVCA 4B9MA 1BUPA 2F8TA 1GLDG 4A57A 3QEVA 3PIPL 3CYMA 3IKMA 4YL8A 1NGJA 5AQIA 2ZWHA 5AQVA 1VSKA 2UUCK 4CHQA 3K5OA 2HOEA 1GOCA 3SMPA 4BRLA 2XRIA 1L5UA 5JVHL 2X74A 3SMSA 5C24A 2YNGA 2KW4A 4PY5A 3RMDA 4FWRA 5GAEP 4GVMA 3J7ZO 2IDOA 2HHVA 4JS5A 3DXMB 3HVTA 1VAZA 1DT9A 3HTVA 3NE6A 3CC4N 4O0JA 2D0BA 3MMVA 5KGWA 4K41A 1NK4A 4J2AA 4FYDA 1XC3A 3HI0A 4BDZA 1NOYA 4E7JA 1HB6A 1TV6A 3S3MA 1VQPN 1ZBIA 5F0XA 1OH7A 3K57A 2I7NA 3THXA 1BG3A 5GADP 4YFUA 3O6WA 3KK3A 3CC7N 4FWPA 1NJYA 2JWLA 4DQPA 3DLKA 4W5NA 3TSQA 3ALYA 5EX5A 5BPNA 4KH5A 1QHAA 2A40A 2WBNA 1VBGA 4DTPA 4BRQA 3CERA 3W3DA 2VG5A 3O9TA 4LSNA 4B1ZA 1GOAA 4CJLA 4H0XB 1GLBG 4CJTA 2NNWA 1KC8O 3UB5A 2B6AA 1KBLA 4PWDA 3LWMA 1U6ZA 1RDCA 1G15A 4ILJA 4B9UA 4K25A 3SUPA 1KQSM 4MFBA 3PIOL 1QVFM 3QIOA 3AU4A 3L2UA 5B8HA 1TK8A 4CFAA 4FW1A 2ABDA 4CEBA 5HP1A 4YORA 1WLJA 4FLUA 1JLEA 4JHDA 5LJVA 3WXMB 4BRFA 3OYJA 1KFSA 4JI6K 3HPHA 4B9QA 3AV9A 4FK0A 3HRGA 2IOCA 4JYAK 4LY7A 4CJ4A 2D0CA 4KHNA 5CYQA 4C8KA 3JSMA 1TGOA 3FZKA 5C25A 3ATVA 4CJWA 3NF8A 5E84A 4OX9K 4ZTJA 2UXCK 5BR9A 5AQKA 4FJJA 4XEIA 3K58A 1YIJN 3VQ7A 3TTFA 1A5XA 2IVPA 3HYFA 1J5EK 2QWNA 1CZBA 1QQNA 3CG7A 2W6LA 3H46O 5AQWA 2WOMA 1KCFA 4ISGA 1J53A 2FSNA 4ELTA 4FJGA 4YOVA 5KTQA 1NWKA 3ZEUB 3O8MA 5E41A 3I0SA 4M3UA 3V9XA 1LOTB 2GBZA 3C6AA 1QTMA 1W97L 4J2BA 4C1NK 4CF8A 4E7KA 1O13A 4YOWA 2JWKA 3M8SA 2OPRA 4JI7K 4DU3A 1M90O 2P9LA 5EY4A 1GOBA 4DCHA 4M7YA 4CZIA 1U47A 3OYLA 4Z4FA 3PV8A 1D9DA 2VYPA 1VQ6N 4ZHRA 3QBXA 2D10A 3AVIA 3MK6A 4DSIA 4B3OA 1X3NA 4G9ZA 1MIXA 1TUUA 5ADXH 3ENOA 3VESA 1U04A 3KHYA 5FDLA 2FJ9A 4H4OA 2QKKA 1WSEA 5LJWA 1HKCA 1Y97A 1NGGA 3MX5A 4GV6A 1TL1A 2R82A 1EWQA 1NGBA 5AZIA 4DV0K 2P5GA 1YI2N 1UOCA 5H1SQ 3KKSA 4FWLA 4HWIA 4B1UB 5ADXA 3C0BA 2ZPYA 2XY6A 4BR9A 1C0FA 2WFBA 2F9TA 2JGUA 2J4RA 4FZZA 5AQNA 4BVPA 5AQPA 4JKEA 4KHQA 1SQKA 4ID5A 4JAXA 4Z4IA 4BVOA 4J8FA 3ID8A 3CJCA 3HP9A 1RBTA 3G25A 1K73O 4AILC 3ZSQA 3SYZA 2HB5A 4FLXA 4E3SA 4FM1A 5FRNA 4F8RA 1Z05A 2Q97A 1QSLA 1S6PA 2E1ZA 4BQZA 3G4SN 3MCPA 4QCLA 2ASOA 1L3VA 3PUFA 3U3GA 4DR6K 1NM1A 3D2EB 5HRPA 4J2DA 5EU7A 5TKWA 4B8AB 4FLYA 3J80O 4QOZB 1J9AA 2GEMA 1LWEA 3DOLA 3U8XA 5J2MA 4B3SK 3LALA 4CK2A 3U9ZA 4BRIA 2KFNA 3FZLA 4JKGB 2UU9K 3VENA 2DPNA 2A5XA 4M3TA 2YHAA 4HHTA 3VGMA 4KI4A 5I9EB 2QKBA 1OVQA 1QE1A 1RT1A 1WSFA 1W9HA 3WNHA 4B8CA 4IEIA 3Q7CA 4RW4A 4JNEA 3AVAA 4DQ8A 2HNDA 4KKOA 3SAGA 3T1HK 5J1EA 1RFQA 2IC3A 2HHXA 4I9QA 1VBHA 3UKRB 4MLEA 4O44A 4BWJA 4X65K 4W5TA 1JLBA 3BP8A 1WBBA 4LF9K 1FXXA 1DTQA 4NLCA 5JVGL 1EQYA 2YKNA 3L4QA 3K5NA 2O8EB 3H3OB 3DLLL 1JCFA 1K6YA 1N36K 2F96A 4UQGA 4BY9C 4YOYA 3N4QA 5BPLA 1S1TA 2ASPA 3P31A 3C6HA 2P9NA 4CJKA 3U7DA 1TYQA 2PZSA 4NCBA 5IT9O 4AQYK 4CJ5A 2P9SB 3E01A 2R7YA 2HVIA 2KTQA 1IBLK 5A2QO 4B9LA 2A1RA 4MDAA 1LAWA 1WNSA 3FFKB 3AVCA 4CZGA 4UY8O 2AJQA 1WAJA 5AQQA 5BPMA 1Q81O 1CLQA 3O4NA 2O8DB 1U49A 3ZETB 4ELUA 2NRHA 4IG3A 2A1SA 4ILHA 1D5AA 4DQRA 4B9TA 1R59O 4BDPA 3QDKA 3CMAN 4DHYA 4DG1A 2IS3A 4LFCK 1K8KA 3FFIA 5J2PA 2KQ2A 4DU1A 4CJQA 3WNFA 3WEEB 1JKHA 4GV9A 2WH5A 1B92A 2EHGA 3QINA 4CF2A 1LW2A 1UA0A 2YVCA 1NJIO 4CCHA 4DWIA 3AY9A 3VEZA 1NK5A 2O4GA 1KVAA 3NF7A 3NCIA 4FJ5A 3CXCM 2O8FB 4IO8A 1XHXA 2CGLA 4PKGA 3KLHA 3KK1A 3T7ZA 4H03B 3GBTA 3SPYA 4JRPA 4I2QA 3U6FA 3F9KA 1DGKN 4Z4CA 1SV5A 3KD5E 1BU6O 5GIPA 3CCEN 3OBYA 3PY8A 5CZ2A 4DV1K 4IOXA 3VOVA 4CJEA 2XO7A 1M1KO 3RSEB 1HPMA 2OTJN 1NKBA 2VCPA 3SI6A 4CJSA 3VEXA 3K9JA 4JI1K 4WFNL 2GUPA 3RR8A 4M41A 3BEXA 4C8MA 4JKAA 3CJBA 4MO4A 5AQTA 1EF1A 1UA1A 2D5RA 3DI6A 1QQCA 3DRPA 2X78A 4ISEA 4CJVA 1VRTA 3KWIA 1LWFA 2OTLN 4OKJA 2FC0A 1TKXA 2KKZA 3PX4A 1EP4A 1RT7A 1Z6RA 3AVBA 1ZYQA 3NF9A 3R3LA 4DR2K 4DTUA 5HRSA 3OYNA 1F21A 4I9LA 3QO9A 1E3MA 3KLGA 4B9SA 3C7NA 1Z26A 1FKOA 4KTWA 3IVFA 5BRHA 4JKFA 4FLWA 2P9UA 2A41A 1NGIA 1S1VA 1ASVA 4Q0BA 2VG6A 5F2RA 4YNQA 3S3NA 5EXWA 4B08A 4F4KA 3A5NC 1ILYA 1MA9B 1GLLO 1NK6A 2F4VK 1ZBUA 3UKUB 5KPTA 3WXLA 2G8UA 1EKEA 1XHZA 1SL0A 4LF5K 2ASMA 1GLEG 4AHTA 4XH5A 4AHCA 1BQMA 5AQUA 4CERA 3THWA 3RTVA 2E4LA 2HVHA 4CZEA 5LMUK 2VWKA 3S9HA 4BC2A 2ZJPL 5SWMA 1IKVA 3O1BA 1G99A 1GLFO 5JICA 2YCHA 4AF1A 3MEDA 1LCUA 3FP5A 3NH0A 1TK0A 3NH2A 3E1YA 2E2OA 3C95A 2NZTA 1RDBA 3TTCA 3DWLA 4RW6A 4DTNA 4E1MA 4B9VA 4CK3A 1TKZA 1EWRA 2F8SA 1YTUA 3MECA 3M6GA 3V4IA 5LL6Z 4FJ8A 3X23A 1RTHA 3VF6A 3ATUA 4KTQA 1V4TA 4HDQA 4CFCA 1VQ8N 3LDNA 1RTJA 3VGLA 1X9SA 5AZJA 3VGKA 2G8HA 1NGCA 1NLVA 5AQGA 5BN8A 1FKPA 5JMVA 5C15A 4H0TB 3TAQA 1Q18A 3IRXA 2ZF5O 3IMXA 1KSPA 4HCBA 3MEGA 3VEYA 4N56A 4M3RA 5JLFA 3QNNA 1BWFO 3CJ7A 2KLAA 1SS6A 2J0KA 1VSMA 4WQ5A 1DEJA 2VQEK 4Y1CA 3T19A 1YVNA 5M1PA 4BRMA 1ASWA 1N32K 3PX0A 1QSYA 3JS6A 5BR8K 4BR2A 3M8PA 1I39A 3SV4A 3FZFA 4C8NA 1RDAA 3RR7A 4PQUA 2FF3B 4HUFA 2E2PA 3JYTA 1P90A 4A5BA 1TKTA 4B1XB 2FBVA 4Z0UA 3VEWA 1CXUA 3L2QA 5IWAK 3AVFA 3NF6A 1VQ7N 1BDGA 3QEPA 1S1XA 3R9PA 2VWBA 2DFFA 2EMTA 3CFOA 5CZ1A 4AHSA 1YVUA 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1ITGA 4AM7A 3BINA 3CQYA 1BCMA 4DQSA 3OYEA 3LDPA 5C0YA 4GVEA 4M3XA 2E2NA 2I7PA 3S3OA 2FLOA 1SKWA 3C6UA 4FL9A 4KTZA 4CJRA 3OHRA 1NKEA 2XY7A 5JS1A 3VF4A 3THYA 4DMNA 3SQ2A 1L3TA 3L6QA 1SKSA 3L4IA 2WONA 3LAKA 4RW9A 4BRGA 2FBTA 3RRGA 3TAEA 3NHGA 4OJRA 2W40A 3AO2A 5SZTA 1IBKK 1C0MA 2OYQA 3MCAB 3ENHA 1HRHA 4E7LA 2P9LB 3SAFA 4JRQA 4YOTA 4JKCA 3V9WA 3G71N 1XNRK 3JXUA 3GG4A 4A5AA 4BDYA 4O55A 1D4XA 4NCGA 2YHWA 1S6QA 3DXKA 4BGBA 1N34K 1MU2A 2DY4A 3ITHA 4WQ4C 4PHTX 4C1NI 3QLHA 4DFMA 1MK9B 3VPZA 3AA2A 4AHUA 3ZLJA 2ZD1A 3MN6A 2YNHA 2ZJRL 1VSIA 4KPYA 3VETA 1HJRA 1VSEA 4BG8A 3CCQN 2ETJA 1NK0A 2F7TA 3IDHA 3ASMA 4EAHD 3AGKA 5DM6L 1EO1A 4MQ3A 2YI1A 1QQMA 2GWKA 4JLHA 4CZFA 1N33K 5AZIB 3I8DA 5J2QA 5KI6A 4FJMA 3DLRA 4A59A 3LP3A 2HBJA 3QEXA 4Z4GA 1J54A 3VQPA 5GAHP 4KB1A 4IDKA 5C42A 3R1XA 3NAEA 3BF3A 3LP1A 1SL1A 4YDUA 1TAQA 5MLCQ 2EX3A 3CMEN 4EZ6A 2W6KA 4Z4EA 4JI5K 4DSJA 1UWBA 4N76A 3ZSYA 2DIKA 4B1WB 3HPOA 2NRXA 2WTUA 3TAGA 1S3XA 4CD1A 2HHTA 2BDPA 4KB0A 3LDOA 4H0OA 2NRRA 2P1JA 3SQ1A 4FM0A 1B9FA 3NFAA 4DR4K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKA A;  4ILJ A;  4JKH A;  3SBG A;  4JKB A;  3E66 A;  4JKC A;  4JK9 A;  3E9L A;  4JKE A;  3E9P A;  4JKF A;  4JKG A;  3SBT A;  4JKD A;  4JK8 A;  4ILH A;  3ENB A;  4JK7 A;  4ILG B;  4JKG B;  3E9O A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HBM A;  1W0H A;  3IFR A;  3UIQ A;  2IGI A;  1ASU A;  2GV9 A;  3FZH A;  4JI3 K;  1MWM A;  2P9S A;  1NBW A;  3H08 A;  1Y19 B;  4ZRK A;  4A62 A;  1GLJ O;  3QFU A;  1RBR A;  2X0S A;  3HO1 A;  4DV4 K;  4CVN E;  4CJF A;  4HDO A;  3NBP A;  2Q1N A;  3MWT A;  1IKX A;  3TI0 A;  4FPA A;  1YAG A;  1YJW N;  2ATQ A;  1DTT A;  3ZT1 A;  3T3F A;  5D3G A;  3ZET A;  3KTQ A;  4IKF A;  1DIK A;  3ZSR A;  1ACA A;  2XY8 A;  1VRU A;  3SAH A;  4OKE A;  2OZM A;  1NGF A;  3O80 A;  5AQH A;  3O5B A;  3K59 A;  3VQE A;  2QM1 A;  1TK5 A;  4B1Y B;  3CQ8 A;  1BA0 A;  5GIN A;  4IG0 A;  2QWM A;  1KAX A;  2P9I B;  3WEE A;  4H0Y B;  1VQ5 N;  3RWU A;  1U4B A;  4OKK A;  3QIP A;  3WXJ A;  2CH5 A;  2FBY A;  4FJX A;  4XH4 A;  3L2W A;  2RHK A;  2O8F A;  1VQ9 N;  1HQU A;  3TAN A;  2KFZ A;  3FGU A;  4FJN A;  3FZM A;  4CZK A;  2QW9 A;  2NLX A;  2OAN A;  4KO0 A;  1X3M A;  1N5Y A;  1JJ2 M;  2CQU A;  3U3Y A;  1S72 N;  5E26 A;  1RT3 A;  3G10 A;  4DFK A;  1IG8 A;  1HBK A;  3RSE A;  2DFH A;  3MN7 A;  4N5S A;  1RT6 A;  1MK7 B;  1XMO K;  1HNV A; 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