4JK8A

Open and closed forms of r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 65
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jk8A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jk8A01
3E9PA 4JKDA 4ILJA 4JK8A 4JKFA 4ILGB 4ILHA 3ENBA 4JK7A 3E9LA 4JKGA 4JKAA 4JKGB 4JKCA 4JKBA 3E9OA 4JK9A 3SBGA 3E66A 3SBTA 4JKHA 4JKEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ6N 4KHPK 4DSFA 1SKWA 3QO9A 1NK8A 5AQKA 3LDQA 2B5JA 4CZMA 4DV3K 2V7YA 1S6PA 4HTUA 3AA2A 1D8YA 4DR5K 2V51B 4G1QA 3G71N 1ISNA 4N47A 4BR5A 3ZSVA 1HPMA 4I2QA 1T44A 2JWLA 3GL1A 1CXUA 1KC7A 3ZT1A 4BROA 1BUPA 3O9QA 3LM2A 3QBWA 5J1EA 1EWQA 4CHOA 1TAQA 4KHNA 1Y64A 2QM1A 1YAGA 4F8RA 1NK5A 4JN4A 4GKKK 4J2EA 4IKFA 1RTJA 5F0XA 1X3NA 4A5AA 4B9QA 2VWKA 3JYTA 4E7KA 1LW0A 3P38A 3MDQA 2OPSA 2CGLA 3C95A 3TTDA 4EIAA 3TAEA 4BRMA 3JAMO 2DTUA 3C7NB 3CCUN 3ZT3A 1YT3A 2LSNA 3EKUA 3ZETA 3IUCA 3LAKA 4B1YB 3HOSA 3AA4A 3ISNC 2HBMA 4NCGA 3OBYA 2VQEK 3L4QA 3LAMA 3ZSWA 1ASUA 1W7AA 3NGZA 1YITN 1HYZA 3J8AA 1EP4A 1WSFA 4E1JA 4O44A 3DXKA 3G25A 4BWMA 5D3GA 3ZSYA 2WTUA 4DV4K 3NFAA 3AU4A 1QQMA 4IFYA 3TARA 1RDWX 3I55N 3DWLA 3IDHA 3NAEA 1UOCA 2UU9K 4FJ8A 1KLMA 2ITGA 3EKSA 2VGNA 5J2MA 3V1OA 1NGGA 1X3MA 3K9KA 2CGJA 4GMJB 3M8PA 4CJPA 3THYB 2P9KB 1MWKA 3PIOL 3O9SA 3D2EA 3FZLA 3V9ZA 4LY7A 1HKBA 4F7GA 3RMBA 4IDHA 4DF8A 5FPMA 4CGIA 2NRZA 1CZAN 1HQEA 5JS1A 3G0ZA 3TAPA 4NXNK 2OCEA 5KI6A 4FOIA 5EOYA 4DQSA 1M90O 4LF7K 2BUPA 4FJJA 4JS4A 2NZTA 1XUPO 1WNSA 2ASOA 3KKSA 1SQKA 2WC9A 4KHUA 2FSNA 4A2BA 3D2EB 3THWA 4NLBA 4F3OA 1IH7A 2P9LA 4U7BA 1NOZA 3FP5A 3VEZA 2AJQA 3KK2A 2GBZA 4X62K 4W5OA 3NBPA 4ELVA 4DUYK 3HO1A 1C1AA 3ZSQA 4KO0A 3VEWA 2O8BA 2NRTA 4CHPA 3HRGA 1RGIA 4FZXC 1A5XA 1IG8A 2VG5A 2FSKA 1S9GA 3V9WA 5AR0A 3O80A 4JI5K 1YXQA 5KTQA 4Z4CA 4YORA 1ZBIA 1XI1A 1RDDA 2Q0RA 3HVRA 5IJMA 2O8DA 4DHYA 3NVMA 1VQ5N 1VHXA 3VEOA 4EAHD 3V9UA 3WXJA 4CJKA 3VQQA 1QHAA 4M7XA 1NG9A 3JS6A 2XY6A 1ESVA 3SAHA 5AZJA 1XWLA 4BRKA 3V81A 2F8SA 3OS1A 1JLBA 3KK7A 3HXMA 3AARA 2ZJQL 1Q81O 5JVGL 5AZJB 5LY3A 1I94K 5C2FA 1VQPN 1NJYA 4JI2K 1QHTA 4FWPA 4CGGA 3AGKA 3MEGA 1L3SA 2Q3SA 1TAUA 3L0QA 4CD3A 4CHNA 4WQ5C 2D10A 1BO5O 3PSIA 4FJHA 1KVBA 1HJRA 4B3TK 3M8QA 4CBXA 2E20A 4DTMA 5A2QO 3HP9A 1Q86O 1YTAA 2IAJA 5AQZA 3TTFA 3K5NA 4IDKA 4DQRA 1ATNA 2UXDK 3HTVA 4CF2A 4BC2A 2XY5A 2FF3B 2JLEA 5IWAK 5MLCQ 1C0MA 3SCXA 1TVRA 4H0XB 1KVCA 3HJFA 2Q31A 3BEXA 3KLFA 3SV4A 5JICA 3T19A 1NJIO 5AQMA 1RTDA 5LL6Z 2R7YA 4DSJA 3M6GA 2PFUA 3B6PA 1RFQA 3CHWA 3AVLA 1KCFA 3M3ZA 3ZEUB 2G8IA 3CCVN 1B92A 4Z4EA 1C1CA 3L2WA 4DTXA 3NF7A 4JKCA 2JWKA 4M3ZA 3ZCMA 4BRFA 4BVPA 4M3YA 3R9PA 2E88A 3BZKA 3KD1E 2FBXA 3G6EN 3QBXA 3U9DA 4CGJA 4RWTA 2XHBA 4FK2A 2HHHK 2FBYA 4YNQA 3CETA 3IG1A 1D5AA 2YHXA 4JAXA 5AQQA 1F21A 3DLHA 3HI0A 3P1GA 4CBUA 4BC5A 2HHUA 2PY5A 3VQPA 1YF5L 1L5UA 4EZ6A 3WNFA 4CEDA 3BF3A 2BANA 1DGKN 5BRFA 4M3RA 1HR0K 1HB8A 3ULEB 2ZE2A 2QWOA 3KWGA 1B9DA 1T7PA 3RSEA 2O8CB 3MEDA 4KI4A 1TK8A 3TAMA 1GLEG 1N34K 4NLCA 3KLIA 4F9OA 4CJSA 3ZSRA 2OPQA 5AQSA 5ADXA 4YOVA 2ASMA 3LM9A 3VN5A 5EX5A 5HRNA 3O3FA 4HCCA 2E2OA 3TANA 1WAFA 5KPRA 2E5LK 1NBWA 1W97L 3DLKA 1HLUA 4JHDB 2P9LB 4B9LA 3NH2A 4WFNL 1OH8A 2F96A 2IVNA 4K42A 3IFRA 4NCBA 3DRRA 1Q82O 2I5JA 3C94A 1HNXK 1HYSA 3WXIA 4Z4FA 3O3GA 4M45A 1KTQA 1NK6A 2X0SA 4DCHA 3SBTA 1P90A 2A5XA 2QWRA 1NGFA 3CCQN 4PWDA 1S6QA 4FJXA 1RNHA 4OLAA 1I3AA 5K14A 1Q8IA 2PYJA 1TGOA 1KD1O 3MN7A 1BU6O 4RTFD 3M8RA 4NB4A 4FLVA 2FC0A 3WEEB 1RBSA 3H1VX 2DFHA 2I1JA 3CC4N 3J7AP 5AQIA 1GOCA 1QQOA 4BQLA 4M63C 2HE7A 4BG9A 4CJRA 2WH5A 3RR8A 1VSIA 3ZX0A 5HRPA 5AQPA 5AJ3K 4ELTA 5AQRA 4H0VB 1WSHA 4G9ZA 1S1UA 3T1YK 2G8UA 1VSMA 1HYVA 3QICA 2EMTA 1KAZA 1JLGA 3LP2A 2J0KA 4O8KA 3H6EA 4CZGA 4CZFA 4R5PA 4JI8K 1TL3A 2O8CA 3U7DA 1JLCA 3OYIA 2BE2A 1J54A 4CJEA 3NGIA 5AQXA 4FL9A 4H5WA 4B3SK 3VOVA 3KK3A 3CJCA 3U6FA 5GIPA 5C42A 1VSLA 4Z4HA 3R8EA 1R59O 1RT1A 4OPAA 4OPJA 1K73O 4F3TA 4K8ZA 4CI6A 3W0LA 1XMOK 1T05A 2FBTA 1ACAA 3QIJA 4J2AA 4N76A 4YOUA 3PX4A 4EHUA 3OA9A 4JK9A 1FKPA 3A2FA 4JD2A 4ISEA 2KLAA 2YNIA 1JDEA 2EMSA 4KRFA 1BCMA 3FFKB 1TUYA 1NJXA 1W9HA 3CQYA 1RBUA 3CYMA 3U9ZA 3NVKA 5LMNK 3DOLA 2P51A 3I8DA 4CD1A 1ASWA 1JLAA 3AAPA 4CK3A 5CY4A 3MX2A 3OYKA 4BDPA 3QMLA 2X74A 2O8EA 1XC9A 4CJQA 3HP6A 1HKGA 4JKHA 4BRCA 3K5LA 3HZ6A 4H4MA 2EX3A 4WYBA 5C2DA 1TKTA 3B8AX 3CI5A 3F9MA 3NCIA 4EKUA 3MN6A 3ZEUA 4FZZA 3HT3A 3AVMA 3GG4A 1LCUA 5GINA 5AQGA 4CZLA 4RW7A 1DT9A 5EY4A 2HVIA 4Q0BA 4TKNA 2NUBA 3VERA 3IMXA 1KFSA 5KPZA 2IIRA 4BRDA 2P9SB 3QINA 4QAGA 5AQLA 1IBLK 4YHHK 5BPLA 3F73A 3BINA 4O5FA 2P1JA 4DQ8A 1RTHA 2WONA 3CMAN 1V4SA 4DR2K 1U04A 4NYNA 4DV1K 1GOBA 4MFBA 3KLHA 3H3NO 1K6YA 4XH1A 4H4OA 4UQGA 4H5RA 5FPEA 5BRHA 2HHQA 1SGHA 4RW8A 3EZWA 3OYAA 4IG0A 3PZDA 3FR0A 3V9SA 4X66K 3HM8A 1HPZA 1KSPA 4PY5A 4YY3K 5F1XA 4CJLA 1KFDA 2HOEA 4CF1A 3VPZA 3D0PA 3CD6N 5AQOA 1QSYA 3OHRA 5I9EB 3CJAA 4BGAA 3ATVA 3SAGA 4RG8A 2WOMA 4DFMA 4XEIA 4FLTA 5BRDA 4A5BA 2NRVA 1M1KO 4U67L 3AO4A 4CF9A 3EPYA 2VGMA 4PA1A 4P7IA 3VQCA 3QESA 3RSEB 4C1NK 1J5EK 1T6CA 3WA0A 3ASMA 1K8AO 3LDLA 4DTRA 2QXFA 4E89A 1ATSA 3ATUA 3V1RA 1TL1A 1X1PA 4DG1A 4A62A 1Q9YA 3AVAA 3WNGA 3RTVA 3H3OB 3WEEA 4BR7A 4FJ9A 3L2RA 4CZEA 3FZMA 1CXQA 2X6SA 1BQMA 1GLCG 1NNEA 4FWQA 4LFBK 5HROA 1RBRA 4CJ3A 1JLFA 1N8RO 4IZ9A 4R79A 3CPWM 1C1BA 1TYQB 1OH5A 4NO7A 5ADXH 4C23A 1C6VA 1XNRK 2E1ZA 1ZBHA 2ATQA 4YOXA 1RBTA 4KHQA 2QKBA 3DOKA 2OPPA 3ITHA 4WE1A 4OVLA 3OS2A 5FPNA 1JJ2M 2ZF5O 4KTQA 1FK9A 3W3DA 1U49A 1WOQA 3PO4A 3C65A 4KB0A 2KQ2A 3ZSOA 4WF9L 2BH1A 2BTFA 3U8ZA 4KH4A 1JL2A 4YOTA 2E2QA 3IRXA 2G8VA 1JLEA 3ALYA 1S5JA 4DTJA 1U47A 3F9KA 3BF1A 4CIFA 3VQAA 3QIOA 2UXBK 4O0IA 3QFPA 1N32K 2COPA 1ASVA 1XQSC 4IJNA 4FJ5A 4I2PA 3ZT4A 4GNIA 3SJJA 1I39A 3SLCA 3OYEA 5KPTA 4QCLA 3F2KA 4WQ4C 1GC7A 1SUQA 3CQ8A 2ZGZA 5BN8A 5GADP 3LWMA 4KHSA 3DXMB 1C0UA 4FLUA 3UKUB 3EYZA 3G9WA 3GOIA 1IG9A 1FW6A 4Y0WA 1KVAA 2HNYA 2P9UB 4FWRA 5HRRA 2QA4N 3LL3A 4OPKA 2HHSA 5EU7A 3M5RA 3O3HA 1VQ9N 3ZETB 3N4PA 4JKBA 1Q18A 4B3MK 3MCAB 4DFKA 4KREA 4K0KK 3CC2N 4LF9K 3MCPA 1NMDA 3SV3A 3M8SA 1RT2A 2ZJRL 2F7TA 3E9PA 3L4IA 3V6DA 4B3RK 3VQ6A 2X6NA 3AVBA 4ILHA 3T1AA 3IKMA 2KFNA 3DI6A 4AHSA 1NGBA 4FM2A 3QIPA 1VSKA 3QLHA 4DFJA 3K57A 2UYTA 4IEEA 3UKRB 1BISA 1WAJA 4FM1A 4I6MB 1ZC6A 4MDAA 2BGGA 1NGEA 5EVZA 3OYBA 3SUOA 4DR6K 4DWIA 1MK9B 4PUOA 1DKGD 4CEAA 4DV6K 3TPQA 3OY9A 3BP8A 2UUBK 4A2AA 3HM9A 2X78A 4M3WA 3QB0A 1VAZA 1XHZA 5KRSA 2G8FA 5M1OA 1EXQA 4DLEA 3AY9A 2CQUA 4DLGA 3O9RA 3TTCA 4FJ7A 3CM5A 1J6ZA 4B1XB 1NKCA 4B1UB 4ID5A 1MA9B 3J7ZO 1VSFA 3OYNA 1GLBG 3TAQA 1RT7A 3IAYA 5SWMA 4BE2A 4AM6A 4NXMK 2YNHA 4JRQA 2NNWA 5AQFA 3WNEA 4KTZA 4ID1A 3I8BA 4BDYA 5KGWA 5AFUH 4M42A 3VQEA 1L3VA 3UKUA 1ITGA 4W5RA 2VQFK 2KHOA 5JS2A 5J2QA 3X23A 3EE8A 1KBLA 4BRNA 2G8KA 2P9KA 4Q5VA 1L3UA 1NGDA 4MO4A 3C6AA 1HKCA 2HHWA 4CFDA 4WQ4A 1TV6A 1LV5A 3L6QA 1CZBA 4B9TA 3EZ5A 1LWFA 1EQYA 5HL7L 4HVJA 1J53A 4FWLA 3QEWA 4B1ZA 1ZBLA 5J2PA 1EF1A 3SZ2A 4CK2A 4KBOA 4I7FA 2WUSA 4M7YA 3VTIA 1R0AA 2GTDA 1W0HA 3WXMB 3EY1A 1ILYA 2QI2A 2DFEA 1X9SA 1EO1A 1KAXA 5M1QA 1GLFO 1UWBA 4ZTFA 4CJ7A 4JK7A 4FVMA 5GAEP 2XRIA 1QTMA 4CYEA 2XY8A 2A6AA 4QS9A 2YHBA 2KZZA 4DR4K 1KLNA 4C8LA 3AGRA 1ST7A 4CZIA 4JD2B 4DS5A 3IVFA 3C6TA 3ZX3A 2J0MA 1IBMK 1EX4A 4M3XA 5DMRA 1RDBA 1SV5A 3DYAA 2E4LA 1DTTA 3QERA 5FRMA 5GAGP 2Q97A 3IS9A 2HHTA 4H8KA 4FSVA 2WFBA 3NE6A 1RCHA 2E2NA 3VTHA 1BHLA 3VA0A 4DSEA 2CGKA 2F4VK 1JCGA 1FKOA 1SZ2A 5CE3A 2D2QA 3THYA 1VSHA 4JI7K 3H08A 5M1NA 2E2PA 4RW4A 1WSIA 5KQ8A 3Q7BA 4E7HA 4PL8A 4YDUA 2XY7A 2RPIA 3EL2A 3HSTB 1Z26A 4PKIA 5SZTA 4JRPA 5CHIA 4DKWA 3OS0A 3ID6A 1HBKA 5HBMA 4LFAK 5TKYA 4DS4A 3E9OA 4JI6K 1QQNA 2YJEA 2HNDA 4IOAL 2Q36A 1VQKN 5C12A 4CZHA 2Z1GA 1WLJA 3SQ1A 4HHTA 5E41A 3C7NA 3VQDA 4BQZA 4JS5A 4FWNA 2P9NB 4JI3K 1DTQA 1D9DA 5FRNA 4CBWA 4B9UA 2GEMA 1CLQA 3LZIA 1XHXA 3NDKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 3E9P A;  4JKD A;  4ILJ A;  4JK8 A;  4JKF A;  4ILG B;  4ILH A;  3ENB A;  4JK7 A;  3E9L A;  4JKG A;  4JKA A;  4JKG B;  4JKC A;  4JKB A;  3E9O A;  4JK9 A;  3SBG A;  3E66 A;  3SBT A;  4JKH A;  4JKE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQ6 N;  4KHP K;  4DSF A;  1SKW A;  3QO9 A;  1NK8 A;  5AQK A;  3LDQ A;  2B5J A;  4CZM A;  4DV3 K;  2V7Y A;  1S6P A;  4HTU A;  3AA2 A;  1D8Y A;  4DR5 K;  2V51 B;  4G1Q A;  3G71 N;  1ISN A;  4N47 A;  4BR5 A;  3ZSV A;  1HPM A;  4I2Q A;  1T44 A;  2JWL A;  3GL1 A;  1CXU A;  1KC7 A;  3ZT1 A;  4BRO A;  1BUP A;  3O9Q A;  3LM2 A;  3QBW A;  5J1E A;  1EWQ A;  4CHO A;  1TAQ A;  4KHN A;  1Y64 A;  2QM1 A;  1YAG A;  4F8R A;  1NK5 A;  4JN4 A;  4GKK K;  4J2E A;  4IKF A;  1RTJ A;  5F0X A;  1X3N A;  4A5A A;  4B9Q A;  2VWK A;  3JYT A;  4E7K A;  1LW0 A;  3P38 A;  3MDQ A;  2OPS A;  2CGL A;  3C95 A;  3TTD A;  4EIA A;  3TAE A;  4BRM A;  3JAM O;  2DTU A;  3C7N B;  3CCU N;  3ZT3 A;  1YT3 A;  2LSN A;  3EKU A;  3ZET A;  3IUC A;  3LAK A;  4B1Y B;  3HOS A;  3AA4 A;  3ISN C;  2HBM A;  4NCG A;  3OBY A;  2VQE K;  3L4Q A;  3LAM A;  3ZSW A;  1ASU A;  1W7A A;  3NGZ A;  1YIT N;  1HYZ A;  3J8A A;  1EP4 A;  1WSF A;  4E1J A;  4O44 A;  3DXK A;  3G25 A;  4BWM A;  5D3G A;  3ZSY A;  2WTU A;  4DV4 K;  3NFA A;  3AU4 A;  1QQM A;  4IFY A;  3TAR A;  1RDW X;  3I55 N;  3DWL A;  3IDH A;  3NAE A;  1UOC A;  2UU9 K;  4FJ8 A;  1KLM A;  2ITG A;  3EKS A;  2VGN A;  5J2M A;  3V1O A;  1NGG A;  1X3M A;  3K9K A;  2CGJ A;  4GMJ B;  3M8P A;  4CJP A;  3THY B;  2P9K B;  1MWK A;  3PIO L;  3O9S A;  3D2E A;  3FZL A;  3V9Z A;  4LY7 A;  1HKB A;  4F7G A;  3RMB A;  4IDH A;  4DF8 A;  5FPM A;  4CGI A;  2NRZ A;  1CZA N;  1HQE A;  5JS1 A;  3G0Z A;  3TAP A;  4NXN K;  2OCE A;  5KI6 A;  4FOI A;  5EOY A;  4DQS A;  1M90 O;  4LF7 K;  2BUP A;  4FJJ A;  4JS4 A;  2NZT A;  1XUP O;  1WNS A;  2ASO A;  3KKS A;  1SQK A;  2WC9 A;  4KHU A;  2FSN A;  4A2B A;  3D2E B;  3THW A;  4NLB A;  4F3O A;  1IH7 A;  2P9L A;  4U7B A;  1NOZ A;  3FP5 A;  3VEZ A;  2AJQ A;  3KK2 A;  2GBZ A;  4X62 K;  4W5O A;  3NBP A;  4ELV A;  4DUY K;  3HO1 A;  1C1A A;  3ZSQ A;  4KO0 A;  3VEW A;  2O8B A;  2NRT A;  4CHP A;  3HRG A;  1RGI A;  4FZX C;  1A5X A;  1IG8 A;  2VG5 A;  2FSK A;  1S9G A;  3V9W A;  5AR0 A;  3O80 A;  4JI5 K;  1YXQ A;  5KTQ A;  4Z4C A;  4YOR A;  1ZBI A;  1XI1 A;  1RDD A;  2Q0R A;  3HVR A; 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