1VQ5N

The structure of the transition state analogue "raa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq5N00
3PIPL 1OVYA 5GAHP 3DLLL 3CCJN 5DM6L 3G71N 1KD1O 3PIOL 1S72N 3CMEN 1VQMN 1VQPN 1Q86O 3I55N 1VQON 2OTJN 1QVGM 4UY8O 4WFAL 1VQ4N 1NJIO 3I56N 3CPWM 3CCQN 3CC2N 1QVFM 2ZJRL 3CCRN 5HL7L 5JVHL 3CCMN 1YITN 1VQLN 3CMAN 1VQ9N 5GAEP 1K8AO 4IOCL 3CC7N 4U67L 5GADP 1VQ6N 1N8RO 1KQSM 2QEXN 1Q7YO 1VQ5N 3J7ZO 1YHQN 4WCEL 1YJWN 5MLCQ 3OW2M 1K9MO 2OTLN 1YJ9N 4WF9L 3CCEN 3CCSN 1Q81O 5H1SQ 3CXCM 3G6EN 4IO9L 1YJNN 1M90O 3CCUN 1JJ2M 1VQ7N 2QA4N 1M1KO 5JVGL 3G4SN 1YI2N 4IOAL 1VQKN 3CC4N 3CD6N 3CCVN 1YIJN 2ZJPL 5GAGP 1KC8O 4WFNL 2ZJQL 3CF5L 1ILYA 1VQ8N 4WFBL 3CCLN 1Q82O 1W2BM 1VQNN 1K73O 5DM7L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K59A 3AA4A 5M1OA 3NH0A 3LP3A 3LDQA 1N5YA 2Q0UA 4I2PA 4BR9A 1WBBA 4RWTA 4E1JA 3LAMA 3HI0A 3PIOL 1IKVA 3OYNA 3DYAA 3CMEN 3MXJA 4PKGA 1BI4B 3NF6A 2HBMA 2VG5A 5EVZA 4IWVA 5KRTA 1JCFA 4OKEA 2QKKA 3P38A 5AQFA 3CC2N 4DQ8A 1EWQA 4FWRA 3HJFA 3IUCA 1K6YA 1I3AA 3MN6A 1U2VB 4DFPA 3KLEA 3P39A 1VSHA 3QESA 1NWKA 1C0UA 3IS9A 3OHRA 5EX5A 4DV6K 1DLOA 4FZYA 1VQ6N 2X6NA 3OJUA 3AVAA 1VQ5N 3A2FA 3CG7A 3LDLA 4EIAA 2Z1IA 3KK1A 4LF6K 4Z4IA 3CCEN 3H3NO 4FJKA 3AA5X 5AQVA 3LZIA 4BDZA 3GG4A 3QBWA 2G8FA 4IO9L 2XHBA 4BDPA 1X9JA 3CJ9A 3P5JA 3OYLA 3TTFA 3TWHA 1D8YA 1NGFA 4FK2A 4BQZA 4FJIA 4B9UA 1NGGA 3CFRA 4CERA 4FJ7A 1FK9A 4B9QA 4CFDA 3PX4A 1Z25A 4IOAL 5IT9O 4KFBA 1VQKN 3KLGA 3U3YA 4KBOA 2W40A 1GOAA 5GIOA 3KVGA 4CJ3A 1XNQK 4AQYK 3OYJA 3ZSWA 3MWPA 1LWEA 1A5XA 2XY6A 2BDPA 2P9UA 2P9PA 5HRPA 1BWFO 3O1WA 1NGIA 1Z26A 2RE2A 2VG7A 1Y64A 4W5OA 1BQNA 3JXUA 5ELZA 3DLEA 4JAXA 3UKUB 3CYMA 4X64K 2O8EA 4DR2K 1W0HA 2VYPA 1KD1O 4DTXA 2DFHA 3NF9A 5AQKA 4ILGB 4OVLA 3SAFA 3GDQA 3HVRA 4M3YA 2ASMA 1S1UA 3G10A 5FLXO 3M8QA 4F9OA 1WLJA 2AP1A 4C1NI 5KRSA 1N32K 3WQTA 5HOOA 1VQ4N 4H5RA 4IKFA 1ESVA 1JLQA 4QOZB 2ZGYA 4R5PA 3VGKA 4BE0A 3V9SA 3ZSRA 2ZJRL 4FJJA 4F3TA 3SJJA 4NB4A 1L3SA 3EN9A 3VGMA 4GV3A 4DV7K 1BUPA 3JSMA 3MXMA 3DWLA 3V9XA 2V51B 1V4SA 1RDWX 2YHXA 4DTOA 1TK8A 3O6WA 5LMNK 2XRIA 2ETJA 4JKEA 3NH1A 4EAHD 4KHUA 1T3VA 4FLYA 4M3TA 2ITMA 5J2NA 1D9DA 2DFFA 2QW9A 3SI6A 2ZE2A 3NDKA 4ID5A 4DQSA 4CESA 2QWRA 3L2UA 2Q0RA 3LDSA 4W5NA 1HNXK 3HRGA 1JLFA 1FW6A 3LANA 1BCOA 3C94A 4JI4K 3QETA 1XNRK 2FSJA 1NJYA 2NRHA 1VQ7N 1UOCA 2F9WA 4CZEA 4DR3K 2UXCK 4B08A 4JRPA 5AQXA 4CJUA 2JWLA 1W7AA 2B6AA 3R3LA 5AQZA 4KO0A 3FR0A 2QTDA 2HBKA 1QSSA 4V19S 3OYBA 3KD1E 2E1ZA 2ZJQL 3F9KA 1OKJA 3RVCA 2ASOA 1JL1A 4WFBL 3CJ7A 3FFIA 4JKAA 4FK0A 3KKRA 4H5TA 4BRLA 2P1JA 2P9KA 4RW6A 4MDAA 1SQKA 2Q31A 4FWNA 3VERA 4JHDB 1WAFA 2GV9A 2G8HA 2UXBK 1LWCA 1NKCA 5FRMA 3G71N 4QS7A 3VQPA 3BP8A 3NCIA 3E9PA 2F96A 3MECA 4LF9K 2I5JA 1U04A 4BG8A 1RBVA 3TAMA 3AVHA 1UA1A 4Z4GA 4KTZA 3ENOA 4FJGA 3WXJA 1CXQA 1RDUA 4B9VA 1IKXA 1ATNA 2HHUA 1BA0A 3WT0A 4YOYA 4MO4A 5AQQA 5AZIB 4IJNA 3M8RA 1T7PA 1F21A 4EHTA 3O9RA 1KTQA 1VRUA 4AHSA 3EYZA 2EX3A 3L4QA 3NAEA 3AVJA 3DOKA 3CJBA 3PLAA 3SPZA 4KPYA 4JS4A 5M1NA 5CYMA 3ASMA 4X66K 2OTLN 1ITGA 1RBRA 1QTMA 1SL2A 5T7BA 3EE8A 1LW0A 2A40A 3IRXA 3V4IA 1BHLA 1Q81O 3CXCM 2G8KA 1IO2A 2UYTA 5AQRA 4CF9A 3BDPA 3ZX0A 2P51A 3CCUN 2ITGA 1BG3A 1JJ2M 2ZD1A 5CHIA 4FJ5A 4KTQA 4DV2K 4RTFD 2OZSA 3AVLA 4DV0K 4BRIA 3B6OA 1LV5A 4CJLA 4AHRA 3E01A 1DT9A 1RNHA 3I0SA 2Y1JA 1JCEA 3D2EA 2D4WA 3ZETB 2E2QA 1O1WA 4LSLA 3AO5A 3HZ6A 1N6QA 3WNFA 3HPGA 3K9JA 1QQNA 1HR0K 1LCUA 4IXCA 2HVHA 4KTWA 4JYAK 4DSLA 3SMPA 2OPQA 4KHNA 4B9TA 2OCEA 3ZLJA 1RT7A 4CJPA 4FL9A 1TGOA 1C6VA 2WOMA 1RBTA 3P31A 4DUZK 4E3SA 3LDNA 4IFVA 3THXB 3ITHA 4H4MA 4H4OA 1IG9A 1S1TA 4AHTA 5KI6A 1RT3A 2E2OA 4JI2K 2P5OA 1TL3A 1QVGM 4N5SA 3QIOA 1NNEA 4B9SA 5J2MA 2A1RA 1NK5A 4PA1A 1S1WA 3MN9A 3DLKA 3SUOA 1RT5A 5JVHL 3PUFA 4DFJA 4QCLA 4NLCA 3MN7A 3CCMN 4HCBA 4JD2B 3FZLA 4E1MA 4CHYA 3QNOA 2UXDK 3S9HA 3M8SA 1NGDA 3MCPA 3VEVA 5GADP 2XO7A 3VQQA 2GTDA 3HSCA 4DU1A 5AQIA 3VENA 5JMVA 3J7ZO 1YHQN 4ZTFA 5AQSA 3DI6A 4RW7A 3EEQA 4F2RA 4LF5K 1SKWA 4CGGA 2KTQA 1RILA 2E4LA 5HROA 1K8KA 3DXKA 1GLEG 4B9NA 4JKGB 4YY3K 1RDBA 3F5TA 3E66A 2IIRA 3L6QA 3ZCMA 1SV5A 2XY8A 2FBVA 2P9IA 2P9SA 4BC3A 3LP2A 3DRRA 4OKKA 2PYLA 5C24A 4CJ7A 3ENBA 4ILHA 4M3UA 3FLCO 4FWKA 3ULEB 2O8CA 1R0AA 1LAWA 2W6LA 4CFBA 1YVUA 5I42A 4QS9A 1TKXA 5FPNA 3ZT1A 1KC8O 4WFNL 4FWLA 3KKSA 3VF4A 4NXNK 3AGKA 3AVFA 4J2AA 1WSGA 3KD5E 4Z4HA 1RTIA 4OPJA 3O1BA 1KXPA 1NJWA 3VQ4A 1JXBA 4LFAK 5C15A 3CFPA 1DKGD 1ASVA 1WSIA 4CZIA 4CJSA 1KSPA 4ILJA 3VF6A 2RHKA 5A2QO 4A5BA 3WXLA 3L2VA 1X1PA 1OH7A 4CF1A 3ZT3A 3DJCA 2YV0X 3UE5A 3H6EA 4CFCA 3B6PA 4FJXA 4BRKA 4BRQA 4CEQA 4E7LA 3UKRB 5I9EB 4OGCA 4RCHA 5HBMA 1QSLA 3DOLA 4Q5VA 5FPMA 3LWLA 3F9MA 1EQYA 3CQYA 4JI1K 2P9LB 3K5LA 1GOCA 2YNIA 1U47A 4OPKA 3LM2A 5K14A 4EZ9A 3OS1A 1RDCA 1S6QA 3MCAB 3NF7A 4FPAA 4BACA 4CZJA 4BR5A 3CM5A 1RFQA 3IDHA 3I33A 3AARA 5E41A 1GLJO 3R9PA 3QNNA 1NOYA 2A41A 2NZTA 3O08A 4YOTA 3KK2A 3MXIA 3TTCA 3IG1A 1BDGA 4KB0A 3KTQA 3VEOA 3WUHA 4Y0WA 1U6ZA 4FLVA 3W0LA 4DMNA 4B3TK 1ZBHA 1BISA 2A42A 2VWBA 4K8XA 5JS1A 3LP1A 4FPBA 3RTVA 4YOWA 1NJXA 5E84A 2HHHK 3HVTA 2IVNA 2HHTA 3BUZB 2DPNA 5BRDA 3S3MA 3ALYA 5C12A 2YNHA 2FBTA 1Q82O 4CZHA 2F7TA 1HNIA 3BF3A 4O0JA 3AGRA 3C0BA 4E7IA 3TI0A 2KFNA 5EOYA 2VQFK 4HCCA 3U6FA 2FBXA 3VEWA 4C23A 4RG8A 5BR8K 2Z1HA 1HKBA 4DTJA 2UUBK 4I7FA 1JCGA 2ZWHA 3HK2A 2P9LA 3TAGA 2D0PA 3NF8A 1GLDG 3AVKA 2EWSA 4N41A 5BN9A 3V1QA 2QWLA 3SAHA 4Z4EA 1NGJA 3CPEA 4WFAL 3V9UA 3H08A 4A5AA 4DTPA 3SUPA 2BUPA 3IMXA 4KKOA 1T6CA 3FGUA 4FOIA 4L3QA 5EY4A 3CCRN 3OJSA 2WC9A 2V7ZA 3VTIA 3E9LA 4CHQA 2P9UB 2P9PB 1GLCG 4BRPA 2BH1A 3CJ1A 1YAGA 2IDOA 1OH6A 4B1YB 3AVGA 1GLFO 4CZMA 4KAZA 3AAPA 1FJGK 3WNHA 5AQHA 2BANA 3VQ5A 3D0PA 1QSYA 1BGXT 2VGNA 4C8LA 4DKWA 4FW1A 1FKPA 1YJWN 3KK7A 2O8EB 3L4IA 4ID1A 1IBKK 3VQCA 3QEVA 2A1SA 4FXDA 1RBSA 1IJJA 4BWMA 1WN7A 3O9SA 1CZBA 4DG1A 2IS3A 1VHXA 4FOEA 4OLBA 2GEMA 3LDPA 4DR5K 1T03A 5EXWA 4LF4K 5FPEA 4AF1A 3AO3A 4B9MA 1ZBSA 4O5BA 3K5NA 1TV6A 3HM9A 3RSEB 4CIGA 2F8SA 2ZJPL 3GBTA 4H0OA 4O44A 4KI4A 3QICA 2OPRA 3A5NC 4BG9A 5DM7L 4O0IA 1RT2A 3TABA 3AV9A 3K58A 4DR6K 3IFRA 1OVYA 5KQDA 5GAHP 4CZFA 4L8RB 3KLHA 5GINA 4DV5K 4BR7A 2F4VK 3BY5A 3D2FA 3ZEUA 1YXQA 4I6MA 3EO3A 4CJQA 2WTUA 5CR4A 3VEYA 2G8UA 2HNZA 4BRCA 4DSEA 4FM2A 4RW8A 4M42A 2X6SA 3OYHA 2QK9A 4CD3A 4BRHA 3OYMA 3K57A 3A0IX 1NJIO 3Q7BA 4IFEA 2OPSA 4CE9A 4CJVA 3SZ2A 3OS0A 4YNQA 1NK8A 3ISNC 4JI5K 4FJLA 3S41A 1IKYA 3VQ6A 4C8KA 2EHGA 3OTOK 1L3UA 4IG0A 4WQ5A 1VSIA 2P9KB 4IOCL 4YHHK 3R6MA 4B1VA 1N8RO 2IOCA 3HSTB 5AQTA 1BIUA 4YOUA 1X9SA 4AHVA 1KVBA 1HJRA 1YTAA 1LWFA 3SQ1A 4GVEA 5BR9A 2P5GA 4W5RA 4IG3A 2YHAA 3EL2A 4B8AB 3HTVA 3MK6A 3CCSN 3RSEA 3H1QA 2JGUA 3G6EN 5CE3A 4JS5A 2HB5A 3V1RA 1C0TA 1XHZA 3U4LA 1HRHA 4HUGA 4Y1DA 4YDUA 2QM1A 3PY8A 4M41A 2YKNA 4Z4FA 3LM9A 4B8CA 2HNDA 1V4TA 2YJEA 2A5XA 5FDLA 2OZMA 4NXMK 2PYJA 5GAGP 3RMAA 3CERA 3AY9A 5C0YA 3ZX3A 4B1XB 1VQ8N 1I39A 3CCLN 3S3NA 4DTSA 4RW9A 2BGGA 2HNYA 5KGXA 2Q1NA 1NKBA 4FJ8A 1JLEA 4BE1A 4BVPA 3SNNA 3KZBA 3CCJN 4DTUA 3RR7A 3K9KA 1S1VA 1RDDA 3L3UA 1E4GT 3VOVA 3ENHA 1WNSA 4PUOA 3H45C 3SBGA 3KLFA 4LH5A 3UB5A 1NM1A 3T7ZA 4ELUA 2QI2A 3KWIA 2O8FA 1NGCA 3VQ8A 3N4QA 1HQEA 1HKCA 1RGIA 1NGBA 4AILC 3OYEA 1NG9A 4BY9C 5J2PA 4BRNA 5JLFA 4J2BA 5AQOA 3THYA 3C65A 1NK6A 4CF0A 4OPAA 4BWJA 5HL7L 1YITN 4AH9A 3D2EB 3OYGA 1YT3A 3PSFA 4HUEA 4DU4A 2FBYA 4DS4A 4JRQA 1VQ9N 5D3GA 3SUNA 3SBTA 3DXMA 2HSTA 3DLBA 3AVNA 4FVUA 4HTUA 1Q9XA 4G9ZA 4KHSA 4JN4A 4X62K 4NYFA 3OVNA 3OYIA 4WCEL 1WSHA 1GLBG 3OBWA 3S3OA 3TPQA 1DGKN 4DV3K 1O13A 3CHWA 4A59A 4CZLA 1R59O 3LAKA 4M3ZA 2XY5A 3NVKA 4NCGA 3G0ZA 1GOBA 4PQUA 2CGKA 4YFUA 1QZ5A 2QA4N 4E7HA 1M1KO 3RMCA 4F2SA 3NVMA 2D0BA 3O8MA 1ZBUA 3G4SN 4I2QA 3EZ5A 4Q0BA 3VQ7A 3CD6N 4I9QA 4E1NA 1S5JA 3KWGA 1NKEA 1X9WA 4LY7A 3VA0A 1RTJA 2E88A 4BR0A 1NGAA 4DR1K 2KQ2A 4DS5A 4O4GA 5M1PA 4CEEA 3EKUA 4LH4A 2VWJA 3NMUA 5AR0A 5IWAK 3VPZA 4K41A 3NBPA 2GWKA 1XUPO 3WEEA 1ASWA 3DLLL 2KKZA 4B1UB 1K8KB 3DXKB 1KAYA 3ID8A 4GKKK 4EP4A 4CW7B 4IBNA 1QZ6A 2P9IB 2P9SB 2OA8A 1VQMN 3Q7CA 1KLNA 4H5NA 2VGMA 3TAFA 5F1XA 3O3HA 4BC2A 2O8CB 4BRDA 3NGYA 5F2RA 3DAWA 4FM0A 3CCQN 4DLGA 1C0GA 3DRPA 2NRZA 4CEZA 5KQ8A 3ZSYA 1WOQA 3VN5A 1XMQK 1NJZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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