1VQ5N

The structure of the transition state analogue "raa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq5N00
1JJ2M 1VQ8N 3I55N 5JVGL 3CC7N 1VQLN 3CCSN 3CMEN 3CCEN 1YJ9N 3J7ZO 3CF5L 5DM7L 2ZJQL 1KC8O 1QVFM 2ZJRL 1VQ4N 3CXCM 1VQMN 3G4SN 3PIOL 1W2BM 1VQON 1Q82O 3G71N 2OTLN 3CPWM 3CCVN 1NJIO 2QEXN 3CMAN 4IOCL 1KD1O 4WF9L 4IO9L 1YHQN 1YJNN 5DM6L 3CCQN 5H1SQ 3CCMN 5HL7L 4U67L 3CC4N 3CCLN 1S72N 1VQKN 1K73O 1N8RO 1Q86O 1K9MO 4WCEL 4WFBL 1Q7YO 1VQ5N 1OVYA 1VQPN 3CD6N 1YJWN 5MLCQ 4UY8O 4WFAL 1M90O 3CCRN 2ZJPL 1VQ9N 2QA4N 3PIPL 5GAHP 3DLLL 1K8AO 3OW2M 5GAEP 3CC2N 1KQSM 1YIJN 5GADP 1M1KO 1YITN 5GAGP 1VQ6N 1Q81O 1QVGM 1ILYA 1VQNN 1YI2N 3CCUN 3CCJN 3G6EN 4WFNL 4IOAL 3I56N 5JVHL 2OTJN 1VQ7N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A61A 3ZYYX 4DR4K 5BPLA 1TVRA 3I55N 3TTDA 3KHYA 3IDHA 3A8YA 3KZBA 3O3GA 4KAZA 2QI2A 5IWAK 4F2SA 3J7ZO 3BY5A 4IO8A 2G8HA 5DM7L 4Z4GA 3GBTA 4OKJA 3VQPA 4FJ8A 3M3ZA 2HVHA 3M5RA 1YT3A 1KAXA 2A6AA 5HP1A 4CEDA 2YNFA 1H1VA 2W6KA 3V1RA 4IG3A 4F8RA 2Q97A 3LWLA 4FLTA 5A2QO 2QXLA 4CJLA 2OTLN 4GV3A 1NK6A 4LC9B 1WLJA 2OANA 4FK2A 3SUPA 4H5TA 2QM1A 2Q36A 1NK8A 4JK8A 3C7NA 5AFUH 4ZTJA 4JI8K 1KFDA 4BQZA 1RT2A 2KTQA 3TPQA 3IRXA 1RGIA 1XMQK 3SBGA 4JRPA 4H0VB 1XC3A 4B9LA 4OGEA 2F4VK 4E1JA 2PBDA 3SCXA 4HCBA 1NLVA 3EY1A 5TKWA 2G8VA 2YV0X 3E9OA 1YXQA 3O4NA 3OW2M 2KLAA 3C7NB 4B1XB 1J5EK 2LSNA 3OYEA 3WXLA 3DWLA 3ITHA 3D7EO 2VWJA 1IV0A 1O13A 3ENBA 2VG7A 3K5LA 2HHTA 2IVNA 2YI1A 4KI4A 1U6ZA 4HWIA 2NRRA 3FZLA 1ITGA 3HPHA 3TTFA 5J2QA 1LCUA 3HM9A 5BRFA 3CFRA 2IC3A 4JKFA 1VQ7N 1TV6A 4BRQA 3QLHA 1SL0A 3QBXA 4OPAA 3V9SA 4BRCA 1Q8IA 1BCMA 3HPOA 3HP9A 3M1FA 1VQLN 3OYLA 3ULEA 1K8KB 2G8FA 1DEJA 1BG3A 1TL1A 3NE6A 1LWFA 3LP0A 5C15A 2ZJQL 4CZKA 3R8EA 4ZTFA 3WXKA 2X6SA 3BZKA 3EE9A 5LJWA 2ITMA 3SNNA 2UU9K 3OY9A 5JS2A 3G4SN 4X62K 1EKEA 3WXJA 4FW2A 3ENHA 4PKIA 3QDKA 2QKBA 4KI6A 1JXEA 1WSJA 3VGMA 1SZ2A 3U8XA 1C0UA 1NOYA 4JI2K 4DWIA 3VA3A 3HM8A 4CZEA 5DM6L 2O8DA 4B9SA 4CHNA 4WQ4C 4BROA 2E1YA 3KLGA 4U67L 3I8BA 3CC4N 4FWKA 4M3YA 2A41A 3OYJA 1VQKN 1XQSC 3NCIA 4FLZA 3ZSYA 1QSSA 3O1WA 3GE1A 2A42A 3VOVA 3LDQA 3KK1A 3NFAA 1A5WA 2UUBK 4BE2A 3C6TA 4BRFA 4WFAL 3ZETB 3DAWA 4A5AA 4DS5A 1NKEA 3TTCA 3PO5A 5CZ1A 1JLCA 3RSEA 4V19S 2Z1IA 4Z0UA 1J9AA 2ZGZA 4B3SK 2HHUA 2E2PA 2YHBA 1S6PA 1S1TA 5C25A 5AJ3K 5GADP 4JK9A 2D0PA 3HYFA 2OZSA 3TAEA 3TAGA 3J7AP 3MN7A 3HJFA 5BRDA 4RW7A 2P9UB 4DTMA 3LANA 1NGGA 2QTDA 3KKSA 5FRMA 4DHYA 4JI5K 4PUOA 1NGEA 2GUPA 5KQDA 1RT4A 2VQEK 2QKKA 3EYZA 4MQ3A 1T03A 2D0CA 4CD3A 3KD5E 4H5WA 1DGKN 3ZT1A 3I33A 1N6QA 2P9IB 3AA2A 3DOLA 4DS4A 3K2PA 1REVA 5SWMA 3ZT2A 1DLOA 4DB3A 4LH4A 3VQQA 3JAMO 3KK3A 2HHQA 3OTOK 1G15A 3R6MA 4M7YA 3PIOL 3G71N 5HRNA 3W3DA 3CPWM 4JKCA 4L3QA 5FPNA 1T7PA 4CGHA 1YHQN 1YJNN 4BY9C 3SJHA 5EVZA 3OYKA 1U45A 4BGBA 4PA1A 4E0DA 4FWSA 2Q31A 3WUHA 3UE5A 3OYDA 4BC2A 5AQLA 4NCGA 4DSLA 2P9NB 4MFBA 3IG1A 1KFSA 3V9WA 3IS9A 4DR5K 4LF9K 4CFDA 1NGBA 4BR2A 3MXIA 4CHOA 4WFBL 1VQPN 1TUYA 3AO1A 4NCAA 3T1HK 4QCLA 3HTVA 3T1AA 2B5JA 4BQLA 4Q0BA 2CGLA 3IUCA 2HBMA 5HBMA 4FM1A 2ITGA 5I42A 4B8CA 2ZJPL 3M8PA 2QWQA 4FZZA 3ZCMA 4CHYA 1KQSM 2P9PA 1A5XA 3QEWA 3TAPA 4JI3K 3MEEA 4FJMA 1BUPA 3CERA 1T3VA 5F2RA 3H46O 3EN9A 5GAGP 3NGYA 2VWBA 4KKOA 4C1NK 1N5YA 4IDKA 3ZSWA 3LL3A 1BCOA 2Q2RA 3CCUN 4A57A 1SKSA 1BHLA 3PX6A 1U4BA 5JLFA 4CVNE 3DOKA 4CK1A 3QMLA 5AZJA 3O9TA 3G25A 2XY5A 4M63C 5AQVA 1TK0A 3THXB 4BRLA 4OPJA 1BA1A 4FWNA 2IVOA 4YOVA 3AVNA 5SZTA 3L0QA 2O8FB 4E89A 3J80O 4JS4A 3CPEA 4K8ZA 2FF6A 4BR0A 1W97L 3H6EA 2P9LB 2O8CA 1BQMA 3VESA 2QWNA 2VGNA 1NJIO 2E2OA 2IOCA 2X78A 3MN9A 5AQSA 4FLYA 2Z1HA 3RTVA 4DSKA 5HRPA 5K14A 1BIZA 1CZ9A 4DV0K 1JCFA 3VENA 2Y1JA 3E1YA 4FJLA 3K9JA 1GOAA 1D8YA 1OKJA 2QW9A 5H1SQ 4BREA 1LAVA 1Q18A 4FYDA 1IJJA 3SQ2A 3V1QA 5C24A 4FLVA 3NVMA 1C6VA 1U04A 4EZ6A 1Y64A 3OYFA 1N8RO 1NG9A 5LY3A 4K41A 4E7IA 4CK3A 4DFJA 3HVRA 3IMXA 1GLLO 5LMNK 3OHRA 1IBLK 5EX5A 1O1WA 4G9ZA 5LJVA 3QNNA 3O6WA 4H0XB 3TU5A 2IAJA 2F8TA 3ATVA 2BH1A 1ATRA 3CG7A 3U3GA 5KRSA 4JKGA 3MEGA 4JI1K 3AAPA 3AA5X 1VSJA 3OBWA 3O3FA 1E4GT 1EETA 1WSHA 2FLOA 3S3NA 3ZETA 4WQ5C 3AVHA 2HHHK 2G8IA 5JS1A 2HNYA 3QNOA 5AQIA 2PZSA 4JI6K 1IKYA 4QAGA 3PO4A 1TL3A 5JLHA 3DRSA 3NDKA 2CH5A 4JNEA 4K42A 1DTQA 4W5RA 3SZ2A 1RT5A 4IXCA 4LF8K 1RDUA 4E7HA 3RSEB 2WOMA 3PX4A 4BDYA 2OTJN 3DLGA 4I6MB 3FE1A 1VRUA 3SAHA 4CZIA 4H4OA 3JYTA 1E3MA 3W0LA 4X65K 1EWRA 3LAMA 4JN4A 1JLFA 2VG5A 3ZSZA 1C1BA 1IKXA 1QZ5A 3CF5L 4CZFA 3QETA 1XMOK 2WC9A 1KSPA 4EP4A 3NH1A 3V9ZA 1RT1A 1ZBSA 4JKAA 2UXBK 5HROA 4CFBA 3FZMA 3EEQA 4B3MK 1HQEA 4FZXC 2DFEA 2NUBA 3C6HA 2JWKA 3QEVA 4H0YB 5F0XA 3U9ZA 1ZXOA 1B92A 3AGKA 1BA0A 5F1XA 1P8ZA 4FL9A 3ULEB 2VG6A 3RRHA 2PYLA 5HL7L 4GV6A 3IAYA 1C0FA 4PKGA 3O9QA 1BOTO 3CIPA 1DTTA 2KKZA 4BC3A 1Q86O 2IGIA 5C10A 5BPMA 2NRZA 1TAUA 2HVIA 4CBUA 3CJCA 4CESA 2YKNA 3MWPA 2E4LA 4EZ9A 1NGHA 3LDLA 2Q0UA 4BRIA 3SUNA 4ELUA 4C23A 4XH4A 3CCRN 3J8AA 4XEIA 3HXMA 1BIUA 4CERA 2O4IA 1TAQA 1YIJN 3C6AA 3MMVA 1V4SA 1RT6A 4ILGB 4AM7A 4NXNK 3SQ1A 1NWKA 4KHYA 3H08A 3KJVA 4M42A 4IEIA 4AHSA 4B9UA 3V4IA 3CM6A 3P83D 4O8UA 4JD2A 4BE0A 1YI2N 4KO0A 4DU4A 3VN5A 5C2DA 3THYA 2E6LA 3VEOA 3ZT3A 3T1YK 4DQSA 2D1KA 5KI6A 3N4PA 3I56N 3O1BA 3VQAA 4CIFA 5CHIA 4JKDA 5JVHL 3ALYA 4JKBA 4CCHA 4KHUA 3QBWA 5JMVA 1IBMK 3CCEN 3AVBA 4ILJA 5ELZA 1JCGA 3F5TA 3WXMB 3RRGA 3O5BA 3ZT0A 3Q7CA 1RILA 4ICLA 2UXDK 1S22A 3EZ5A 4JHDB 3QFUA 4RWTA 5M1NA 4O55A 2YHYA 5GIOA 4N47A 4DQ8A 4B9MA 3TSQA 3TAMA 4FJXA 1QQOA 4CJTA 2NLXA 4NYFA 3HO1A 2O8FA 3C6UA 4CJRA 1VSIA 4DF8A 3OYIA 4DQRA 2XRIA 1EO1A 1HKBA 3ZX0A 4B08A 2FC0A 1YVUA 1EX4A 4BRAA 1WBDA 4BRDA 1QQNA 3MXJA 2YNIA 1V4TA 3BF1A 5EU7A 3EZWA 3WNFA 4NB4A 1FJGK 1BWFO 2YNHA 3ZSRA 2FSNA 3AY9A 3LALA 1L3UA 3SV4A 2AP1A 3VEYA 4BRNA 2XY7A 4CF2A 4K25A 2JWLA 1OH5A 3IKMA 3CM5A 3WNHA 4FPAA 2D0AA 1RNHA 1SKWA 3CYMA 4C8MA 5FLXO 4IOXA 1S9EA 5CYQA 3TI0A 5T7BA 4DV3K 1M1KO 1NGJA 4C8OA 1RBTA 3SLCA 4Y0WA 4DV4K 1ZBFA 1BI4B 4BWJA 3RR8A 4DQIA 4FPBA 3LPUA 3RMCA 1N33K 4F4KA 3O08A 3VEZA 4LFBK 5FPEA 3TAFA 3OS2A 2RE2A 4N76A 1RFQA 1NGCA 1XWLA 3HK2A 4DV5K 1JKHA 4AHUA 5HOOA 3ZEUB 3TAQA 1B9FA 1RDBA 1ASVA 3AV9A 4MLEA 3A0IX 3VF4A 1S1WA 2F8SA 2HF3A 4ISEA 4FJ7A 1IBKK 2GX9A 2BGGA 1TUUA 1QSLA 3MN5A 3O4QA 4YNQA 2YHXA 4BRHA 3FGUA 2A5XA 3RMBA 4LF4K 4DQPA 1KLNA 3KLHA 3NGIA 1KRPA 4FWMA 3THWB 5DK5A 3LM2A 4KREA 1G99A 4CFCA 5KGWA 3U3YA 4F3OA 4YOYA 1CZAN 4HTLA 1I94K 3S3OA 1SV5A 4A5BA 5HRRA 2QWMA 3LDSA 4JD2B 1JLBA 3CCQN 4WYBA 4FOEA 1GLBG 1WB9A 3LP1A 1L3VA 2RHKA 4M3UA 1UOCA 4DV6K 4IZ9A 2PYJA 4FLXA 1NK4A 4RW9A 2JGUA 3SV3A 1Z6RA 1KAZA 1KLMA 4WCEL 1HR0K 4M3TA 3I8DA 4IFVA 1RTDA 2NRXA 4OX9K 4QS7A 4KHSA 3VQCA 5KQ8A 2QXFA 4DV7K 4AHRA 4FJNA 3RR7A 1BQNA 4HUFA 1QTMA 4PWDA 5GAHP 1ZYQA 1LWEA 3DLLL 4DKWA 1T44A 5KPZA 4F9OA 3CFOA 4XH5A 2HHWA 5GIPA 3T3FA 4FW1A 3SQ0A 3E9LA 2P5OA 4O0JA 3LM9A 4YDUC 4CIEA 3DRRA 1VQ6N 3AO4A 2QK9A 1F21A 4ID1A 2OYQA 3OYMA 2ASMA 3QERA 2KHOA 4CFAA 5AZIB 3G6EN 1JL2A 1BL3A 2WFBA 4ZHRA 3ZSXA 2UYTA 2FSJA 3B6PA 1IG9A 2ASPA 3HVTA 3QIOA 1MA9B 4KRFA 3BGRA 3BZCA 3L2RA 1X1PA 4B3OA 4B3TK 1J54A 4OLAA 3QO9A 1XNRK 2EWSA 5M1QA 3U9DA 1OH8A 3AA4A 4DSEA 3BDPA 1QVFM 1HJOA 1QSYA 5FPDA 2VGMA 4CJWA 4TSXA 4AILC 3F73A 1ASWA 4IJNA 3S9HA 2HMIA 1HX1A 1C1AA 1KVCA 3AVMA 2P9LA 3QICA 4CD1A 3D45A 1SUQA 2OZMA 2XO7A 3SK3A 2FBXA 4M3RA 4IJAA 1HKCA 3BEXA 4K43A 2NRVA 4CJUA 3KD1E 4FLUA 4FSVA 3HRGA 4BR4A 4BRPA 1NU0A 5BR8K 2BTFA 1NGAA 1NJXA 4W5NA 3GOIA 1X9JA 1WUAA 3TANA 3PUFA 1N32K 5AQJA 4J2AA 1A5VA 3TARA 2HMPA 3VTHA 3KK2A 1ZBIA 1OVYA 4DU3A 3A2FA 4AHCA 1KAYA 3MXMA 4N41A 5MLCQ 2WBNA 3DM2A 2OCEA 4CJ4A 5BR9A 1TKDA 3A5OC 4K8XA 3MX5A 4NYNA 1ATSA 2A40A 5J2MA 1C0MA 2KFNA 1S5JA 4N56A 3VQ9A 4BVPA 5CY4A 3NHGA 4BR9A 1NKCA 4BRMA 4AHVA 4I9QA 3TSPA 1Q81O 5AQOA 1UA1A 2V7ZA 4KBOA 5C2FA 2O8DB 4DU1A 2P9KB 3M6GA 5J2PA 1XC9A 1OVQA 2PY5A 3GL1A 1VQ8N 3L2VA 1X9WA 4YOXA 5KPRA 3CCSN 1RDCA 3CMEN 4DR7K 3NF9A 1TK8A 3DXMB 1S6QA 3QINA 4FWPA 2BE2A 4YY3K 4FJKA 4W5QA 2ZJRL 3U4LA 4CHZA 3DMJA 4DF4A 5E41A 3OYGA 5AQGA 4QS9A 3R1XA 1KVAA 4FVMA 3CJ9A 3LDNA 4YORA 3UKUB 4BVOA 5BPNA 4CF1A 4LFAK 1Z25A 4GY2B 3ZLJA 5E84A 4KH5A 4Y1CA 4KHQA 1GLFO 4IWVA 2D4WA 1S1XA 2P5GA 2KW4A 3F9KA 2FBYA 5C42A 4A59A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JJ2 M;  1VQ8 N;  3I55 N;  5JVG L;  3CC7 N;  1VQL N;  3CCS N;  3CME N;  3CCE N;  1YJ9 N;  3J7Z O;  3CF5 L;  5DM7 L;  2ZJQ L;  1KC8 O;  1QVF M;  2ZJR L;  1VQ4 N;  3CXC M;  1VQM N;  3G4S N;  3PIO L;  1W2B M;  1VQO N;  1Q82 O;  3G71 N;  2OTL N;  3CPW M;  3CCV N;  1NJI O;  2QEX N;  3CMA N;  4IOC L;  1KD1 O;  4WF9 L;  4IO9 L;  1YHQ N;  1YJN N;  5DM6 L;  3CCQ N;  5H1S Q;  3CCM N;  5HL7 L;  4U67 L;  3CC4 N;  3CCL N;  1S72 N;  1VQK N;  1K73 O;  1N8R O;  1Q86 O;  1K9M O;  4WCE L;  4WFB L;  1Q7Y O;  1VQ5 N;  1OVY A;  1VQP N;  3CD6 N;  1YJW N;  5MLC Q;  4UY8 O;  4WFA L;  1M90 O;  3CCR N;  2ZJP L;  1VQ9 N;  2QA4 N;  3PIP L;  5GAH P;  3DLL L;  1K8A O;  3OW2 M;  5GAE P;  3CC2 N;  1KQS M;  1YIJ N;  5GAD P;  1M1K O;  1YIT N;  5GAG P;  1VQ6 N;  1Q81 O;  1QVG M;  1ILY A;  1VQN N;  1YI2 N;  3CCU N;  3CCJ N;  3G6E N;  4WFN L;  4IOA L;  3I56 N;  5JVH L;  2OTJ N;  1VQ7 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4A61 A;  3ZYY X;  4DR4 K;  5BPL A;  1TVR A;  3I55 N;  3TTD A;  3KHY A;  3IDH A;  3A8Y A;  3KZB A;  3O3G A;  4KAZ A;  2QI2 A;  5IWA K;  4F2S A;  3J7Z O;  3BY5 A;  4IO8 A;  2G8H A;  5DM7 L;  4Z4G A;  3GBT A;  4OKJ A;  3VQP A;  4FJ8 A;  3M3Z A;  2HVH A;  3M5R A;  1YT3 A;  1KAX A;  2A6A A;  5HP1 A;  4CED A;  2YNF A;  1H1V A;  2W6K A;  3V1R A;  4IG3 A;  4F8R A;  2Q97 A;  3LWL A;  4FLT A;  5A2Q O;  2QXL A;  4CJL A;  2OTL N;  4GV3 A;  1NK6 A;  4LC9 B;  1WLJ A;  2OAN A;  4FK2 A;  3SUP A;  4H5T A;  2QM1 A;  2Q36 A;  1NK8 A;  4JK8 A;  3C7N A;  5AFU H;  4ZTJ A;  4JI8 K;  1KFD A;  4BQZ A;  1RT2 A;  2KTQ A;  3TPQ A;  3IRX A;  1RGI A;  1XMQ K;  3SBG A;  4JRP A;  4H0V B;  1XC3 A;  4B9L A;  4OGE A;  2F4V K;  4E1J A;  2PBD A;  3SCX A;  4HCB A;  1NLV A;  3EY1 A;  5TKW A;  2G8V A;  2YV0 X;  3E9O A;  1YXQ A;  3O4N A;  3OW2 M;  2KLA A;  3C7N B;  4B1X B;  1J5E K;  2LSN A;  3OYE A;  3WXL A;  3DWL A;  3ITH A;  3D7E O;  2VWJ A;  1IV0 A;  1O13 A;  3ENB A;  2VG7 A;  3K5L A;  2HHT A;  2IVN A;  2YI1 A;  4KI4 A;  1U6Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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