1VQ5N

The structure of the transition state analogue "raa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq5N00
1VQLN 3I56N 3CCRN 1NJIO 4IOAL 4WF9L 1QVFM 3CC2N 3CF5L 1VQ6N 5DM7L 1ILYA 3CC7N 1YIJN 2QA4N 1S72N 3CCJN 2OTJN 3G6EN 1VQ5N 2ZJRL 1N8RO 3G4SN 1YI2N 1VQMN 3PIOL 5DM6L 1QVGM 5JVGL 1VQNN 1KD1O 3CMAN 5HL7L 1W2BM 5MLCQ 4IOCL 1YJWN 5GAGP 1YJNN 3CPWM 3CCEN 1Q81O 1YHQN 1K9MO 3CCQN 1K73O 3CMEN 3OW2M 3CD6N 2QEXN 1Q82O 4WFBL 3J7ZO 5GADP 5JVHL 2ZJPL 5H1SQ 1KQSM 3G71N 1Q86O 2OTLN 4WFAL 3CC4N 1Q7YO 1VQ4N 1KC8O 3CCMN 5GAEP 4WCEL 1VQON 3CCLN 3DLLL 1JJ2M 5GAHP 1VQ7N 1YITN 4U67L 1YJ9N 3CXCM 2ZJQL 1VQ8N 4WFNL 1M1KO 3PIPL 1VQPN 1VQKN 1OVYA 3CCUN 3CCSN 1M90O 1VQ9N 3I55N 3CCVN 4UY8O 1K8AO 4IO9L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HR0K 3ZX3A 1JCEA 4KV8A 1RT3A 3DOKA 3ATUA 4IFVA 4B1YB 3DLBA 3LAKA 3OS1A 4U7BA 4CESA 4M7YA 4DV4K 3MWPA 1QSSA 4ELTA 1CZBA 2E6MA 4IG0A 1C0GA 2OANA 1FW6A 3J80O 1LWCA 3LWLA 3O08A 5I42A 1S22A 4CZGA 2XO7A 4B1WB 4MO4A 2QXFA 5MLCQ 1TUUA 3HZ6A 3NCIA 1L3SA 1I94K 4B9TA 2A42A 1HKBA 3VQ5A 2QM1A 2BGGA 1RTJA 3BZKA 1S3XA 4ZTJA 1KLNA 1DKGD 3I33A 5CYMA 4LSNA 2YHAA 1J9AA 3R3LA 1WN7A 3O6WA 3RR8A 2RE2A 3D2EB 1Q9YA 4NXNK 5M1QA 4CJVA 3QLHA 2ZWHA 1NMNA 4I7FA 4NYNA 2HVIA 3L0QA 3VA3A 4H5VA 3O1BA 4B8CA 5LMNK 3VTHA 1RBVA 4FJMA 3OBYA 3ENOA 1WSGA 1QS4A 1JJ2M 3OYCA 5EU7A 1KFDA 4OGEA 1KAZA 4BDZA 3SLCA 4CHQA 2HHHK 4AHSA 1N5YA 3D6RA 1QTMA 4B3RK 4BC5A 1ZBHA 4W5OA 3DWLA 1HPZA 4C8MA 2GELA 3ID6A 4JI3K 3O9SA 4YY3K 3V9XA 1M90O 4M41A 2HVHA 3LP2A 4YNQA 3S3MA 5EX5A 2HF4A 3U3GA 4DUYK 3QIPA 2KW4A 4XIUA 4PKIA 3IG1A 3K9KA 3ENHA 1WUAA 3N4PA 5K14A 2UUCK 4NO7A 4CZJA 2QWLA 1LWFA 4M63C 4A59A 4K8ZA 4PL8A 4YOUA 1ILYA 4FPAA 1IO2A 1HNZK 2YNIA 4E19A 2YX6A 3QETA 3DXKB 1XHXA 4ZTFA 2XY5A 2QWNA 3EO3A 1YI2N 3DMJA 1OKJA 1GLDG 3C6UA 1LCUA 3DRRA 3VGLA 3MX2A 3OYNA 2Q31A 2KTQA 3ZETA 3G10A 1RT7A 4OLAA 5TKYA 2ZGYA 1RFQA 3C7NA 3DI6A 1ZXOA 4RW4A 2O8EA 3VERA 3HPOA 4DQIA 4IFEA 2G8UA 1HUXA 1BISA 1Q81O 3NDKA 1ZBFA 4CJ3A 3K5MA 2PYJA 1BO5O 2P1JA 4FWPA 5AR0A 4HTLA 3NHGA 3NBPA 1E4FT 3VOVA 3KWGA 5AQYA 3ULEB 2QEXN 4CFBA 3CG7A 1A5XA 4OX9K 5BPMA 4A61A 1BDGA 1CZ9A 1UAXA 2W40A 4M7XA 1EETA 4KHYA 2P9SB 3CI5A 5M1OA 3TAGA 3SBGA 4CJLA 4CIFA 3G71N 1UOCA 3CJ1A 1LAWA 1KAYA 4DTOA 2Y1JA 1JL2A 3GBTA 4NCGA 4WQ5C 4DS5A 4CJTA 3VQQA 3VEWA 5GAEP 1VQON 4A5BA 4YOYA 5I3UA 3M6GA 1SL2A 4KHQA 2D0OA 4KI6A 4H5NA 2GEMA 4JKCA 4CI6A 4PKHA 3IRXA 1XMQK 3KK3A 3QMLA 3NH1A 3K0SA 4I2PA 3V4IA 3SQ1A 4DFPA 1DEJA 3IMXA 3A5OC 5KI6A 1ZBUA 4Q0BA 1OH7A 2G8HA 1LV5A 4W5RA 3NVKA 1K8AO 3SUNA 4KI4A 2HHSA 3SMSA 1RT4A 3MN7A 4Y0WA 2Q2RA 2P9KA 3AV9A 1U4BA 3CJ7A 3TR8A 3CC2N 3QBWA 4DS4A 2OTJN 2PZSA 1X3NA 4F8RA 4FLVA 4JD2A 1D5AA 2NRHA 4FPBA 3TARA 2HHUA 5HL7L 4B9NA 3ID8A 3TSUA 2QWMA 2P9PA 3AO4A 1HQEA 3RRGA 1WOQA 4IOCL 4DR4K 1QZ6A 5HRPA 5FPNA 3RMDA 2FSJA 4M3UA 2JWKA 3CCQN 3U8XA 1HKCA 3OVNA 4JHDB 3MWTA 4ILJA 1J5OA 3T1HK 2YHYA 2IOCA 3Q7CA 1IKYA 3THYB 4FO0A 1NOYA 2QWRA 4DV3K 1C0TA 5C10A 2KHOA 1KFSA 5KRSA 4MQ3A 5JS1A 3NH2A 3TABA 3PY8A 4JAXA 4RWTA 4EP5A 1GLEG 3O3FA 3ZSRA 1TGOA 3AVNA 4OVLA 4JEPA 3WQTA 5J2MA 2YNFA 4CJ4A 3FE1A 2ASMA 4DFKA 1RBTA 3CYMA 1T8EA 4IDHA 4JRPA 4BRQA 3L2VA 3IUCA 3FZFA 3ASMA 4KH6A 1X9WA 5AZJA 1GLCG 3C6TA 4LF7K 3OYMA 1VQKN 4GNIA 4GVEA 4FJ7A 3PLAA 4J8FA 3D2EA 1VRTA 3TTDA 4GW6A 4E1NA 1EWRA 2CH6A 2QI2A 1ATRA 1QHAA 4B3TK 2W42A 3CF5L 3UKRB 4DU1A 3QERA 1WSHA 3SJHA 4RTFD 3CJCA 2QA4N 1VSMA 1XQSC 1NWKA 3MEGA 3KD5E 4CHYA 4BY9C 4JI4K 4DLGA 5AQSA 1FXXA 4PHTX 2BANA 4CGHA 2X74A 3IS9A 4L3QA 1U45A 3RMCA 4DV7K 3TTFA 4CGDA 2R7YA 1QZ5A 4KH5A 4CJ7A 5C2FA 3VGKA 3EN9A 4DUZK 1ZBIA 1S1UA 3A0IX 4BE2A 3E66A 1YTUA 3MX5A 3ZSXA 2P9LB 2V7YA 4AH9A 1LW0A 3C95A 1RNHA 1BHLA 4Z4IA 1BI4B 1TKZA 3AVJA 4FM0A 4HUGA 5GIOA 3AO1A 1HLUA 3V1QA 3J8AA 3RMBA 1Y97A 4DB3A 3J81O 2NRXA 3L2UA 4FJHA 3WEEB 3F5TA 5CE3A 3Q7BA 3DJCA 3V1RA 3H1VX 1KQSM 3DXKA 3FFKB 4XH4A 4FK2A 2YHWA 4GV9A 3AO5A 3ZT4A 4CK1A 4DCHA 4E7KA 2E2NA 5AFUA 4H4OA 1NOZA 1QE1A 3KJVA 1JKHA 2D1KA 2HB5A 4ELVA 1K8KA 3DLLL 3VTIA 2YNHA 4IJAA 3LAMA 4FOIA 4CJFA 3WQUA 2A6AA 3DYAA 3LDOA 1QHTA 3CXCM 2IAJA 3OYAA 1KAXA 4DFJA 2WTUA 3PX0A 3BEXA 4GV6A 5F2RA 3KWIA 5E41A 3HSCA 3M8QA 3ULEA 3P4IA 2OCEA 5AQGA 2KKZA 3S3OA 3AVFA 3PSIA 1W7AA 3I56N 2P9SA 1NK7A 2HHVA 4BQZA 4JS5A 4CGFA 2D0BA 3NF9A 1RBUA 4IXCA 3GL1A 1U47A 2A40A 5FPDA 4FLWA 3SJJA 4RW9A 2HHQA 3MCAB 3TAPA 3KVGA 1GLFO 4FJ8A 3E9PA 3LP1A 4O0IA 1LAVA 1GOBA 4IEIA 2P9NB 3L3UA 5HRRA 3OYGA 4E1JA 4O4GA 3HVRA 4CBXA 4F3TA 4BRAA 1T6DA 3DLEA 4IG3A 1EKEA 3TSQA 4JKEA 4FSVA 3PX4A 2VWBA 4JI7K 3D2FA 1S9EA 3F2KA 3KLGA 4GY2B 1YAGA 3ZT1A 5LJVA 4AHTA 1XNQK 1BIUA 4BWJA 5SZTA 2HOEA 3CD6N 5EXWA 1B9FA 2VGNA 4QS9A 2QXLA 5E26A 2OA8A 3V9UA 3LPTA 2P5GA 2E6LA 3CQ8A 1BCOA 4FLUA 1W97L 1IKVA 3O9QA 4BG9A 4F4KA 2O8FB 4FJ5A 1IH7A 3HM8A 3F9MA 4H0TB 2KFNA 3CC4N 2ZM6K 4LFAK 2AJQA 3CIPA 2FBXA 3ZCMA 2BE2A 1VSFA 3HOTA 4PA1A 3ZSQA 4Z4EA 1B9DA 4CECA 4DTUA 4AHVA 5BPLA 4FL9A 5IWAK 1UWBA 3MEDA 1Y64A 1RTHA 1JXEA 1NK6A 4BACA 3CETA 4JHDA 3SUOA 3OYDA 4CJEA 1FJGK 3SMPA 1BOTO 4FW1A 4CJUA 1OVYA 4KBOA 3OJSA 5KQDA 2D0AA 3THYA 4BRMA 3R6MA 3VF2A 4CJPA 3KTQA 2NRWA 3C65A 1HNXK 4CW7B 3S9HA 1VQLN 2VWKA 5FPEA 5J1EA 3AAQA 3FZHA 4YOXA 1EX4A 5HOOA 3K59A 1XWLA 1H1VA 2O4IA 1NLVA 1RTIA 3P38A 4BG8A 3SAHA 1OH5A 1X1PA 3VEZA 1EQYA 3HI0A 1JLQA 4DTNA 4CBUA 3PO4A 1TK8A 3VENA 4EAHD 3AA3A 5JS2A 3O4QA 4FWNA 4BR2A 3PIOL 1L3UA 4BRDA 1HYVA 3AVMA 1OH8A 4LF8K 3SAGA 3CMAN 2F9WA 4B1VA 1RDCA 2A5XA 4CZKA 4DF4A 1QSYA 4W5TA 4CVNE 1ZBSA 2HBLA 4MLEA 1NKCA 1BUPA 3LDNA 2W41A 4M3YA 2IDOA 2Z1JA 3U4LA 5C15A 1IBMK 3CMEN 3WNFA 4NLCA 1HNIA 1VHXA 3QICA 2WONA 1JLBA 4CZIA 4CHNA 3UKRA 1WSEA 4BGBA 5BPNA 3D7EO 2HF3A 3R1XA 4B1ZA 1J6ZA 3NMUA 1UA1A 1XC9A 2NZTA 3WUHA 3RTVA 1J54A 1NM1A 2RKIA 4LF9K 4H5TA 2O4GA 4ICLA 3HXMA 2ZD1A 4QCLA 4FJJA 1Q7YO 3QO9A 1TL3A 4DV1K 1G99A 4WCEL 1T03A 4QS7A 3IKMA 4NB4A 1NGJA 4F9OA 2P9LA 2UXBK 3HPHA 2PYLA 4NYFA 3THWB 1NG9A 1VQ8N 1BI4A 2I5JA 1Q18A 3TAQA 4X66K 4JKGB 2YHXA 4BDYA 5DMRA 2P51A 1K6YA 2XHBA 4BRKA 1TKTA 4FJNA 4OKJA 5AQIA 3CCUN 4GKKK 5KGXA 3ITHA 4E89A 1JL1A 3WEEA 1DT9A 1ESVA 3PV8A 1QSLA 4M3TA 2D4WA 1WNSA 2VG6A 4PY5A 1JXBA 1KXPA 2UUAK 4BR7A 2IS3A 3VN5A 4DG1A 1HYZA 5LL6Z 4ID1A 4A2AA 4FVUA 3ZSZA 3ENBA 2F4VK 1SAZA 4E7JA 2RHKA 3H1QA 3SPZA 4JKFA 4FWMA 1RT1A 5C25A 4BC3A 4BVPA 4CZMA 4JI5K 3LM9A 2IVNA 1N6QA 1ASUA 3V81A 2FXUA 1VQNN 4I6MB 4JI2K 5IT9O 3O4WA 3P39A 1YJNN 2KLAA 4CEFA 3CPWM 3SUPA 3JSMA 3MXJA 3SBTA 4DF8A 1CLQA 3A5LC 3AO2A 2Q1NA 1JLCA 1D8YA 4BRHA 3HP6A 1ASVA 1WSFA 4M3ZA 3E9LA 4R5PA 4DQRA 1SV5A 2J4RA 4FLTA 3ALYA 4AHRA 3UB5A 3LWMA 4HCBA 4DR6K 2E20A 2FSNA 2F96A 4B1UB 3MMVA 1ZC6A 3MK6A 1BIZA 3CQYA 1VQ4N 1RDUA 4LFBK 3AO3A 3LZJA 2XRIA 2V7ZA 5GAHP 4O5FA 2GWJA 3AGRA 3KHYA 1UA0A 5ADXA 4Z4CA 4CD1A 1WBDA 5JMVA 1NGEA 1O13A 5E84A 4K25A 4OPKA 3QEIA 1CXQA 4BREA 1M1KO 4DTMA 2E8AA 4LD0A 1NJXA 3FZKA 1FK9A 3L2RA 4YDUA 2PY5A 5AQQA 3AVLA 1C1BA 3CCSN 3DLHA 1D9DA 3DOLA 3I55N 3RR7A 2P5OA 3OTOK 1VSJA 3L2WA 2DFHA 5EY4A 1DTTA 1IBLK 4DTPA 2O8FA 1GLJO 1RT2A 3VQEA 2O8BB 4F2RA 1N36K 3LANA 4DSLA 3CFPA 4CJQA 1TKXA 2ITMA 5HRNA 4E1MA 1MA9B 2E2QA 2OPRA 2BH1A 3KIOA 1U48A 1QVGM 3RVCA 4TSXA 2E4LA 1RT5A 1JCFA 4LC9B 1TAQA 3DRSA 1QQMA 4O44A 4DKWA 4B08A 3OBWA 2A3ZA 3KK2A 3VEXA 1C0MA 4QS8A 2FBVA 2IGIA 2FLOA 3JXUA 2I7NA 3QNOA 3ATVA 2Q0RA 4NCBA 1SZ2A 3DAWA 2NUBA 3HPGA 3AA5X 4Z0UA 2VCPA 4F3OA 4PUOA 4ZHRA 3V9ZA 3FZLA 4NCAA 3KLEA 3MAQA 4Z94A 1GLAG 1T44A 4CF8A 5I9EB 4B3OA 1N33K 4IO8A 1V4TA 2XY8A 2W6KA 2YNGA 4CHOA 1TUYA 4AHUA 4KTQA 1BU6O 1TL1A 3MDQA 3CJBA 1U2VB 1RDWX 1WBBA 4BWMA 3VQCA 1NMDA 3CJ9A 4CZFA 2P9IB 3KLIA 4EIAA 1N32K 4HHTA 4DR1K 1VQ9N 1RGIA 2YKMA 3AY9A 5AQFA 2HSTA 3QB0A 3EEQA 4IOAL 4EZ9A 2NNWA 1Z6RA 1SS6A 4OPHA 3OY9A 3H46O 3WXIA 5AJ3K 4RCHA 1Z25A 2Q36A 5JLHA 1QVFM 4WYBA 1REVA 5A2QO 5KRTA 1RDDA 3CC7N 4CJKA 4DTRA 3VQ8A 2CGLA 1TV6A 4A57A 3G6EN 3VEOA 2IVOA 2OZSA 3CM5A 3THWA 3K9JA 4B9SA 1N34K 4FZZA 1IKXA 5KGWA 4BE0A 4OGCA 2HBJA 3AVGA 4JKGA 2OZMA 1CXUA 1HMVA 3AA4A 3MN5A 4C1NI 3RRHA 4H5WA 1RDAA 2CGKA 1GOCA 4DR5K 1KSPA 4ISEA 3LP0A 2WOMA 4K43A 3M1FA 3GE1A 5BRHA 4BRFA 5CYQA 5AQHA 3VF6A 3THXB 4V19S 4LH4A 5AQLA 3KLHA 4CGIA 3QEPA 2RF2A 4IFYA 1Q9XA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HR0 K;  3ZX3 A;  1JCE A;  4KV8 A;  1RT3 A;  3DOK A;  3ATU A;  4IFV A;  4B1Y B;  3DLB A;  3LAK A;  3OS1 A;  4U7B A;  4CES A;  4M7Y A;  4DV4 K;  3MWP A;  1QSS A;  4ELT A;  1CZB A;  2E6M A;  4IG0 A;  1C0G A;  2OAN A;  1FW6 A;  3J80 O;  1LWC A;  3LWL A;  3O08 A;  5I42 A;  1S22 A;  4CZG A;  2XO7 A;  4B1W B;  4MO4 A;  2QXF A;  5MLC Q;  1TUU A;  3HZ6 A;  3NCI A;  1L3S A;  1I94 K;  4B9T A;  2A42 A;  1HKB A;  3VQ5 A;  2QM1 A;  2BGG A;  1RTJ A;  3BZK A;  1S3X A;  4ZTJ A;  1KLN A;  1DKG D;  3I33 A;  5CYM A;  4LSN A;  2YHA A;  1J9A A;  3R3L A;  1WN7 A;  3O6W A;  3RR8 A;  2RE2 A;  3D2E B;  1Q9Y A;  4NXN K;  5M1Q A;  4CJV A;  3QLH A;  2ZWH A;  1NMN A;  4I7F A;  4NYN A;  2HVI A;  3L0Q A;  3VA3 A;  4H5V A;  3O1B A;  4B8C A;  5LMN K;  3VTH A;  1RBV A;  4FJM A;  3OBY A;  3ENO A;  1WSG A;  1QS4 A;  1JJ2 M;  3OYC A;  5EU7 A;  1KFD A;  4OGE A;  1KAZ A;  4BDZ A;  3SLC A;  4CHQ A;  2HHH K;  4AHS A;  1N5Y A;  3D6R A;  1QTM A;  4B3R K;  4BC5 A;  1ZBH A;  4W5O A;  3DWL A;  1HPZ A;  4C8M A;  2GEL A;  3ID6 A;  4JI3 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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