4B1VA

Structure of the phactr1 rpel-n domain bound to g-actin
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
370
structure length
352
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 133
structure length 352
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1vA03
3VPZA 4BRCA 4B1YB 1Z05A 4BC5A 1QQMA 4XH1A 4BRQA 1D4XA 1HPMA 4FOIA 3FZLA 4BVOA 5BN9A 5JICA 5BR9A 3U8XA 1NGEA 4O8KA 4GY2B 3VEYA 1HLUA 3VF2A 3DJCA 1T6CA 4BR5A 1NM1A 2ASPA 3CI5A 1KAYA 5AQRA 3G25A 3VF4A 3FGUA 3OHRA 1Q18A 3CJBA 3LM9A 4M7YA 2WUSA 1P8ZA 1C0GA 3WXIA 4CZHA 1IG8A 4M7XA 1Y64A 4BR7A 4FWMA 4BQLA 4PL7A 3LDOA 5FPMA 5LJVA 5AQFA 5AR0A 1NGCA 3F9MA 4FWKA 1NGBA 4IXCA 2FSJA 4BR2A 4NO7A 4BQZA 1QZ6A 1QQNA 3R8EA 4B1UB 4GNIA 1YXQA 3TU5A 4H5NA 2ASOA 1SZ2A 4XH5A 4H0XB 1NGIA 3O1WA 1CZAN 1DKGD 5AQHA 1JCEA 1TYQA 5JMVA 4M63C 2V7ZA 3CQYA 3MN5A 4YDUA 2Q36A 2Q97A 3O5BA 2FF6A 3MDQA 3HI0A 5FPEA 4CZGA 5BPMA 3CHWA 4XEIA 2W40A 3EO3A 1GLJO 4BR9A 3H45C 1C0FA 3CJ7A 4J8FA 4AM7A 3FZKA 5JLFA 5FPNA 2QWLA 2E1ZA 4BC2A 3WT0A 3MK6A 3O8MA 2P9KB 3A5NC 1R59O 2D4WA 4BRGA 5BRHA 2FXUA 1YAGA 4MO4A 4IJAA 1LOTB 2CGKA 3VERA 4F9OA 3DXKB 4CZLA 4FWSA 3WUHA 4BC3A 3RSEB 1K8KA 2YJFA 4RTFD 3KVGA 4O5FA 3QFPA 4JAXA 4DHYA 4EAHD 5AQMA 5AQKA 3MN6A 3SMPA 3M1FA 3R6MA 1KAZA 1BDGA 2ZGYA 1X9JA 5CE3A 3B8AX 5JLHA 4BRLA 5KPTA 4K41A 1NWKA 2BUPA 2A42A 2OANA 4FO0A 4K42A 5EOYA 4JNEA 4H03B 3EN9A 3WEEB 1K8KB 2PBDA 3UB5A 3D7EO 1NGJA 4RCHA 2FSNA 3A5OC 2Q1NA 4DQ8A 1NLVA 3ZEUB 3LDNA 2ASMA 2HF4A 1NBWA 2HF3A 3JXUA 3SMSA 1ZXOA 4BG8A 3P4IA 5AQPA 4KBOA 1NGHA 4H0TB 3D2EB 1BUPA 2YI1A 3ZX0A 1G99A 5AQVA 4WQ4C 4FWNA 4EHUA 3ZX3A 2A5XA 1TUYA 2P9SA 1U2VA 3U9DA 2P9KA 3DAWA 1EQYA 3SJHA 1IJJA 4CZFA 4BVPA 3MCPA 3O4WA 1GLDG 4CBUA 4B9QA 1RFQA 2D1KA 4WYBA 2IIRA 2E2OA 5TKYA 3A8YA 3CETA 3ZEUA 3CIPA 5LJWA 1HKCA 3LDPA 3VEVA 2Q2RA 5EY4A 3VEXA 4WQ4A 4BRKA 4BRIA 1WOQA 4CZIA 4BRFA 2AP1A 3D2FA 1ATNA 3VGMA 2F9WA 1MA9B 2A3ZA 1SQKA 3IUCA 5AQZA 3LDLA 4A62A 4FL9A 1HJOA 4C23A 3GE1A 3L4IA 3ULEB 1KXPA 3BEXA 3ATVA 4IWVA 5I9EB 5AQXA 2P9LB 5KPRA 4JD2B 3VGLA 3M3ZA 4YDUC 5E84A 1QHAA 3J8AA 3ZETA 1GLCG 3O1BA 4CD1A 2P9UB 2NRHA 3DXMB 4PKIA 2IVNA 3C7NB 3L6QA 5E26A 3UKUA 1Z6RA 4CD3A 2F9TA 2Q0RA 3GL1A 2KHOA 4CBXA 2CH6A 2CH5A 1T6DA 5EX5A 1U2VB 4BR4A 3A5LC 3ULEA 4CI6A 3HM8A 2V7YA 4K43A 2HMPA 5AQJA 4B1XB 2P9IB 4JD2A 4H0YB 5AQWA 1GLFO 5KQDA 4A2BA 1MWKA 1MWMA 3KHYA 5F2RA 3ZETB 2P9NB 4FPBA 1BU6O 2E1YA 3RSEA 3QBXA 1S3XA 3LL3A 3BF1A 1JCGA 3C7NA 2E88A 2UYTA 1S22A 2GUPA 1V4SA 3H1QA 3VEOA 1BO5O 2ZWHA 4ISGA 4BRPA 3I33A 5AQSA 3W0LA 4FWPA 1NGAA 3UKRA 2P9IA 3GOIA 3VEZA 1HUXA 1XQSC 3FZHA 4I6MA 3WEEA 2P9NA 3FE1A 1V4TA 3LDQA 5AZIA 2V51B 1NGGA 2D0PA 3JS6A 2QWQA 2E2NA 4BRNA 2H3GX 5F1XA 4L3QA 2FF3B 2NZTA 3CQXA 4H5TA 2YHXA 5BPLA 4BG9A 2HOEA 3HTVA 3D2EA 3MN7A 5AQQA 2CGJA 2V52B 4FWLA 5ADXA 2GWJA 5AFUA 5AQIA 1BA1A 3ID8A 4FOEA 3WXLA 4I6MB 4IZ9A 3QMLA 1TYQB 2PAVA 3A0IX 4H5VA 2ZF5O 4CZJA 5KPZA 1HKBA 1XC3A 3EZWA 4MLHA 3TPQA 3I8BA 3SK3A 4BRMA 1XUPO 5KQ8A 5F0XA 2QWRA 4CBWA 3O6WA 4K25A 4BGAA 1U6ZA 4EHTA 4FWRA 4BC4A 4HWIA 3GG4A 1SAZA 5AQNA 1KAXA 4CZEA 2GEMA 1E4GT 3ATUA 2E8AA 4NB4A 4MLEA 4H0PA 3WXJA 4EFHA 2YCHA 3H3NO 1ESVA 3LM2A 1ATSA 4Z94A 3AY9A 3H6EA 5AZJA 3DXKA 1ZBSA 5BPNA 2FSKA 3O08A 2P9LA 4AM6A 4BROA 3ENOA 1NGDA 5AZIB 1HKGA 1QQOA 4RWTA 1NGFA 2P9UA 2ZGZA 3IFRA 1H1VA 3BF3A 3QB0A 3DXMA 5LY3A 3UKUB 3CJ9A 3H3OB 1DEJA 3EKSA 4QS9A 3QBWA 5EXWA 4JN4A 1QZ5A 4IJNA 4QS8A 2YHYA 4H5WA 1X3MA 5AZJB 5ADXH 2GTDA 3M6GA 2GELA 5AFUH 4JHDA 4H5RA 4LC9B 4CJ7A 1HX1A 2GWKA 5AQTA 4FWQA 4BREA 3AAQA 4H0OA 4BRDA 3C0BA 1GLEG 1ZC6A 4FSVA 4WQ5C 3KZBA 4DCHA 3CJCA 3CJ1A 4XH4A 4B1WB 3VEWA 2A41A 2E2QA 2QWNA 1RDWX 2P9SB 2QM1A 5BRFA 4HTLA 5ELZA 4IO8A 1JCFA 2BTFA 4EIAA 1J6ZA 1E4FT 3CJAA 3MMVA 4PKGA 2A40A 4JHDB 1NMDA 3UE5A 2YHWA 4WQ5A 3WXKA 1BA0A 4BGBA 4ISFA 4PL8A 2D0OA 3O80A 4H0VB 3FZMA 3GBTA 3U4LA 3WQTA 1LCUA 2EWSA 2VWBA 4A2AA 4Y0WA 1DGKN 3ENHA 5AQLA 3R9PA 1YVNA 2Q31A 3VENA 3VGKA 2QXLA 3HSCA 3VESA 2DPNA 3VF6A 2QWPA 2P9PB 4BRAA 3FLCO 5BREA 1T44A 3U9ZA 1BWFO 4E1JA 5BRDA 3S41A 2YJEA 3FFKB 2FLOA 1BG3A 2E2PA 3VETA 3ZX2A 3QDKA 2I7NA 1TUUA 4BR0A 1OKJA 1X3NA 3H46O 3HZ6A 2IVPA 5EVZA 2A6AA 2VCPA 3DWLA 5BN8A 2I7PA 1BOTO 4QS7A 3IDHA 3WQUA 3CERA 5AQUA 5AQOA 3BUZB 3SLCA 4CZMA 2ITMA 1GLLO 4PKHA 4B1VA 2QWOA 3BP8A 4CZKA 1RGIA 5FPDA 3QFUA 2AA4A 3D2FB 1MDUB 3MN9A 3L0QA 1WUAA 3W3DA 4BRHA 1GLAG 2J4RA 3EL2A 2NLXA 4DB3A 4ISEA 4B1ZA 3UKRB 5B8HA 3FR0A 3IMXA 3EKUA 2CGLA 1GLBG 4A61A 1YUWA 2QWMA 3AAPA 3QICA 4MO5A 5AQYA 3HBTA 3GDQA 5AQGA 1ATRA 2P9PA 2E20A 3AARA 2Q0UA 4FWOA 4FPAA 2QW9A 3VOVA 2VYPA 3FZFA 2IVOA 3A5MC 2W41A 3H1VX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N36K 3K5OA 2YKMA 4BC5A 3KKSA 1HPMA 3C95A 1N5YA 3FZLA 4LFBK 2WC9A 3PIOL 4DSLA 2JGUA 4N5SA 5BR9A 1NMNA 5CYQA 4AHTA 4GY2B 4JI8K 1HRHA 1OVQA 3OBYA 2OCEA 4E1MA 4DR1K 2D0CA 1EKEA 2JWLA 3TWHA 1Q7YO 4FJMA 3OHRA 3NGIA 1Q18A 4FCYA 3TAEA 1YF5L 4F2SA 4KHQA 2QEXN 4J2EA 2Z1HA 1JLFA 1KFSA 1N8RO 1C0GA 3NH1A 4DV6K 2LSNA 1FK9A 4CZHA 4CJEA 1Y64A 1Q9YA 5LJVA 3G6EN 4YOVA 1NGCA 5GIOA 1VQMN 4CEDA 3CCLN 1EP4A 3MXJA 4Y1CA 4CJ3A 1HMVA 4YHHK 2OPPA 1QQNA 2YNGA 1NK6A 4B1UB 1XMOK 4OPJA 3ZSVA 1NGIA 3LPTA 5JMVA 2NRXA 3CQYA 2Q36A 3AA3A 3O5BA 2PZSA 4H4MA 5BPMA 2W40A 1HQEA 3AVGA 4CF2A 4HVJA 4FJGA 3FZKA 4IOAL 4JV5K 4DFMA 1S6QA 1O1WA 4BC2A 3WT0A 1VQ4N 3A5NC 1B92A 3O3FA 1VQNN 1S1WA 2D4WA 1BI4A 5BRHA 1HPZA 3ZSYA 4E7IA 5KI6A 4CGJA 3NDKA 3LPUA 4CHOA 1LOTB 2CGKA 4F9OA 3DXKB 3R3LA 4CZLA 1UWBA 2NNWA 3AO4A 3DRRA 1A5VA 4YORA 3VQ9A 1RT6A 3CC7N 4DHYA 4CK3A 3LWLA 4EAHD 1M90O 3M8SA 4IOCL 1BDGA 1M1KO 4KREA 4G9ZA 3THWB 4M3TA 1NWKA 4M3RA 3WEEB 4H03B 4PQUA 3V6DA 3UB5A 3SUQA 3D7EO 4DU1A 2Q1NA 4DQ8A 3ZEUB 3LDNA 5KRSA 3JXUA 3SMSA 1Y97A 1ZXOA 1CXQA 1EWRA 5AQPA 4H0TB 4KH5A 3QNOA 4E7LA 3D2EB 1LAVA 3K58A 3QESA 3L8BA 3H08A 4EHUA 2A5XA 1TUYA 4FJLA 3U9DA 2P9KA 3DAWA 1EQYA 1SV5A 3IG1A 4A5AA 4CF9A 4CZFA 5C25A 1T3VA 3B6PA 4CBUA 1GLDG 3ZSZA 1VRTA 4KB1A 2D1KA 2VG5A 3RMDA 4YY3K 4M3WA 3HK2A 3SQ1A 3ZEUA 4O4GA 3WNEA 5LJWA 3LDPA 2D0AA 1J53A 2G8WA 3L2WA 4W5OA 4KTWA 4B3TK 4BRKA 5HRPA 2KZZA 3QEXA 5GAGP 3ZT0A 5DM7L 1QS4A 2AP1A 3HPHA 4JRPA 1SUQA 3AO5A 1KRPA 3VGMA 2F9WA 4CECA 2NUBA 1SQKA 4CJWA 1YJ9N 4JKEA 2HNZA 3GE1A 3PUFA 3K5MA 3ATVA 2YHBA 2P9LB 4C8MA 3HVRA 2OPRA 4EZ9A 3HJFA 3O1BA 1W7AA 3SPZA 4JI6K 4PKIA 3C7NB 1UOCA 3L6QA 3CG7A 2QXFA 1VQ6N 4B9MA 4ILHA 5EX5A 2KLAA 2FBTA 3HM8A 3OA9A 3NE6A 4DR3K 2HMPA 4JD2A 4H0YB 3AVMA 3Q7CA 5KQDA 1ZBIA 2P9NB 5KGWA 3TTFA 1S3XA 3LL3A 4NLBA 3KIOA 5M1KA 1S22A 4OX9K 4LFAK 4DV2K 4BRPA 5AQSA 1NGAA 3UKRA 3NH2A 1R0AA 4MDBA 1TV6A 3VEZA 3CMAN 4M42A 1U45A 3FZHA 3VA0A 3FE1A 5AZIA 3JS6A 1RBSA 2DFFA 3L2RA 2H3GX 5C2FA 2R7YA 4RW7A 4L3QA 3HM9A 2YNFA 2D5RA 3TARA 2UU9K 3KLEA 3MN7A 4LH4A 2W6KA 5ADXA 1ITGA 2OTLN 3AVLA 4OLAA 4FW1A 4FOEA 4F2RA 2HNYA 4RW4A 3QERA 4IZ9A 4G1QA 3AA2A 4Z4FA 3NMUA 2HVIA 4DR6K 2ZF5O 4CZJA 1XC3A 2E4LA 4MLHA 5D3GA 2HBMA 4BRMA 4DTPA 1JJ2M 1RDUA 2QWRA 3O6WA 3U3YA 1T03A 3SCXA 2RF2A 1DTTA 3ISNC 1SAZA 2E6MA 3EEQA 3NH0A 4HTUA 3CC2N 2E8AA 3SV3A 4MLEA 5EU7A 3CFPA 2O4GA 4K8ZA 5H1SQ 1TKXA 3NGYA 1RBRA 3CCQN 3AY9A 4ELVA 5AZJA 1LAWA 1NJYA 1ZBSA 4IG3A 3MEGA 4BROA 3ENOA 1HKGA 4NLCA 4KH4A 2P9UA 3IFRA 3QB0A 2A1RA 2OTJN 3VQ6A 3CJ9A 3EKSA 5J2MA 2W42A 2O8EA 5EXWA 3OYFA 2HMIA 4IJNA 3KWGA 5AZJB 3ZCMA 2GELA 4H4OA 3SUPA 5HROA 1YI2N 4O55A 4K0KK 2IOCA 5AQTA 4H0OA 4ZTJA 1YJWN 3C0BA 4DSJA 4AF1A 4DQSA 1FKPA 3O3HA 2A41A 2E2QA 3VQ8A 1TKZA 2E5LK 1S1VA 4DQPA 3SJJA 2P5GA 4Z4CA 2HHTA 4FM0A 1IH7A 4HTLA 4IO8A 1JCFA 4CFBA 1E4FT 1HNXK 2ETJA 5JENA 4EZ6A 2JLEA 4FM1A 1NMDA 4ISFA 3WNFA 1QQCA 3RR8A 3O80A 4H0VB 3FZMA 1WNSA 3U4LA 2ZJPL 4Y0WA 4GW6A 4DSFA 2F8SA 2RKIA 1LW0A 1XNRK 1YIJN 3V1QA 4B08A 1W9HA 3VGKA 2DPNA 1NJIO 1KD1O 3T69A 2P9PB 1WB9A 5GIPA 1TK0A 2OZMA 3BZKA 3HSTB 3S41A 3FFKB 4O0JA 1BG3A 2E2PA 3CCMN 1D9DA 4WCEL 1X3NA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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