4B1VA

Structure of the phactr1 rpel-n domain bound to g-actin
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
370
structure length
352
Chain Sequence
b'TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
total genus 133
structure length 352
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1vA03
5ELZA 4QS9A 4IWVA 3ULEB 3EN9A 3ENOA 1MA9B 5BN9A 5EVZA 5F2RA 1SZ2A 4C23A 2QWOA 4CZHA 2I7PA 4H5WA 2Q1NA 3AARA 1RDWX 2IVPA 3QDKA 4H0PA 4BRAA 4CZGA 3MN6A 1K8KA 3L6QA 3O5BA 4K41A 1JCGA 3OHRA 5AQGA 5CE3A 3S41A 2YCHA 1R59O 3W3DA 1E4FT 1GLEG 4L3QA 3M3ZA 5EXWA 1KAYA 4BC2A 3BF1A 4B1WB 1GLCG 3WEEA 1H1VA 4FOEA 2P9KA 3DXKB 3VF2A 3JS6A 1IG8A 4BR2A 2AA4A 3MMVA 4FO0A 3FR0A 3HZ6A 4B1VA 3QICA 4KBOA 5AZIA 2NLXA 3O1WA 5AQMA 3AAQA 2QWLA 1SAZA 1BOTO 3D7EO 5BREA 3GDQA 5F0XA 2BUPA 3H3OB 4MLEA 4Z94A 1C0FA 3DJCA 4EHUA 2YJEA 5AQQA 2CH6A 4PL8A 3U9ZA 5E26A 3DXMA 4Y0WA 2ITMA 1TYQA 2ASPA 3HM8A 3UB5A 5LJWA 2QWMA 3HBTA 3BP8A 4H0TB 3KHYA 2E1ZA 2HMPA 3A5NC 5AQSA 2H3GX 4BRIA 5AFUA 2NZTA 4O5FA 4B9QA 2FSJA 2E2NA 3B8AX 4A61A 4BG8A 4BRPA 2E2QA 5FPNA 5I9EB 2HF3A 2Q0UA 3CETA 1T6CA 4CBXA 4E1JA 3U9DA 1U6ZA 4BRLA 3CJ9A 4FL9A 3VEZA 2P9PB 4J8FA 4MO4A 3VENA 3FZMA 5BRDA 4FWLA 4BRGA 3J8AA 3WUHA 1BO5O 4PKHA 4B1XB 4AM6A 5BR9A 3QFPA 3M1FA 2GELA 1Q18A 4IJNA 4CZEA 3UKRB 3H6EA 2I7NA 3D2EA 1QQNA 5B8HA 2VWBA 3H3NO 3IFRA 4A62A 3M6GA 3BUZB 2FSNA 4A2BA 2ZF5O 2P9IA 3G25A 1BA0A 3SMSA 2HOEA 3O1BA 4FSVA 4H0YB 3VGKA 4CBUA 1YXQA 1K8KB 1RFQA 3BF3A 3A8YA 4JNEA 1QZ6A 2QM1A 1ZBSA 4BRFA 1RGIA 1ESVA 2E8AA 5AQJA 2P9NB 4PL7A 1TUUA 3CIPA 1S22A 1ATNA 3AAPA 3ZETB 2ZGZA 2E2PA 4NO7A 4B1UB 5BPNA 5AQHA 1QZ5A 4FWKA 2P9UA 4CZLA 2CGLA 2P9LA 3WT0A 5AFUH 3FZFA 2A40A 1HLUA 3ZX2A 3TPQA 2QWQA 4BRCA 3WXLA 4JD2A 3GOIA 1DEJA 5JICA 1V4TA 3QB0A 1WUAA 4K43A 4XH5A 4BC3A 2GUPA 2YHXA 3P4IA 1HJOA 4CZFA 4BGAA 1U2VA 3VPZA 4IJAA 4BVPA 5BN8A 3C0BA 3UKUA 4BC5A 3SJHA 2PAVA 1BUPA 4JHDB 1HKCA 4FWMA 1JCEA 3TU5A 3QMLA 3ZEUB 5E84A 1J6ZA 3BEXA 3EZWA 2F9TA 1V4SA 3VEYA 1DKGD 3VGLA 1TUYA 4FWQA 3WXJA 2Q36A 4H0VB 1BWFO 4H5TA 4I6MA 4CZJA 3GE1A 4BRMA 5EOYA 4RTFD 3VERA 1CZAN 3C7NB 3WQUA 1C0GA 4FWOA 2FF6A 3O80A 2IIRA 3U4LA 2IVOA 3O6WA 3QBWA 4BROA 4GY2B 2E20A 2A3ZA 2EWSA 3A5LC 3ULEA 1G99A 4HTLA 1NGCA 4BR5A 4QS7A 3WXKA 3MN5A 2YI1A 3D2FB 1GLLO 4FOIA 3VF6A 2D0PA 4BR7A 3GL1A 3IMXA 3MCPA 1QHAA 4FWRA 2ASOA 3WQTA 3ZX0A 1HPMA 1X3MA 1NGIA 3CJBA 2KHOA 2QWNA 1GLFO 3UE5A 2NRHA 3LM2A 5AQVA 1MDUB 1DGKN 4H5VA 4MO5A 5AQTA 4BRNA 4CZIA 4M7YA 3ZX3A 3SLCA 4BGBA 4K42A 4ISGA 1BA1A 4XEIA 4BRDA 5AQZA 5AQRA 4B1ZA 2P9SB 4RWTA 4BRQA 4H5NA 5AQNA 5AR0A 5AZJB 4WQ5C 3R6MA 2V52B 4O8KA 2F9WA 2E88A 3LDOA 3KZBA 2W40A 1NGBA 2UYTA 2YJFA 5ADXH 3DAWA 3LDPA 1X9JA 2FSKA 3VEWA 2ZGYA 1ATSA 4NB4A 1HKGA 2QW9A 3EO3A 3GBTA 3SMPA 3W0LA 4EAHD 5BPMA 1WOQA 3CQYA 4M63C 3VEXA 2A41A 2CGKA 3DWLA 4EFHA 2Q31A 1NGAA 4WYBA 1MWKA 1NLVA 3JXUA 4BR9A 5LJVA 3WEEB 2GTDA 1GLBG 3H1QA 2P9KB 3VESA 3O8MA 2BTFA 3R9PA 1QQMA 4BRKA 1KAZA 2CGJA 3EKSA 4M7XA 4BRHA 1GLAG 3CJAA 4H5RA 5AZIB 3QFUA 2P9PA 2W41A 3I8BA 3CJ1A 3A0IX 5AQIA 3ID8A 1GLDG 4FPAA 3FFKB 1NGGA 5AQOA 1T44A 4LC9B 3FZHA 5AQKA 4H0XB 5F1XA 1LCUA 3ENHA 1XUPO 4FWPA 4MLHA 3R8EA 3DXMB 5KPRA 1TYQB 1QQOA 3H46O 3UKRA 1IJJA 4CZKA 4FPBA 5KQDA 3QBXA 3IDHA 3LM9A 1OKJA 4PKIA 5TKYA 1SQKA 2Q2RA 1BG3A 3MN9A 2A6AA 3L4IA 3HSCA 2Q0RA 3O08A 3U8XA 4ISEA 3FGUA 2FLOA 5ADXA 1Y64A 1LOTB 3VOVA 4BC4A 5AQFA 4CI6A 1NGJA 3RSEA 4CD1A 3LDQA 1YVNA 1Z6RA 2OANA 3WXIA 4QS8A 2P9NA 3CI5A 3CJ7A 5LY3A 4F9OA 3SK3A 3ZETA 2GWJA 3LDNA 3FZLA 4YDUC 4DCHA 5BRFA 3ATVA 3KVGA 4A2AA 4WQ4C 4CJ7A 4XH1A 1HKBA 4XH4A 2CH5A 2QWPA 3CQXA 2ASMA 2V7ZA 4CBWA 5FPMA 4B1YB 4CD3A 5EX5A 4IZ9A 1EQYA 3D2EB 1S3XA 5BRHA 1JCFA 3CHWA 2PBDA 1HX1A 3VF4A 4EHTA 2P9IB 1NBWA 5EY4A 4YDUA 5AQWA 2WUSA 2V51B 5BPLA 1GLJO 3A5OC 3L0QA 2VYPA 4WQ4A 4H03B 1ZXOA 1X3NA 3FLCO 4FWNA 5JMVA 2YHYA 2D4WA 3H1VX 4JHDA 3GG4A 3CERA 3F9MA 2D0OA 3DXKA 4BVOA 3HI0A 3ZEUA 4CZMA 4IXCA 2E2OA 4H0OA 2HF4A 4BQLA 1HUXA 3FZKA 1BDGA 1P8ZA 4DB3A 1ZC6A 4RCHA 2DPNA 2AP1A 4AM7A 2P9UB 5FPDA 2P9LB 1ATRA 3I33A 5JLHA 3MDQA 3IUCA 3ATUA 3O4WA 2FXUA 3C7NA 5FPEA 1NGFA 1NM1A 3AY9A 4JD2B 4JN4A 2QXLA 5KPTA 2V7YA 3EKUA 2A5XA 1NWKA 2GWKA 1NGDA 2ZWHA 4EIAA 3HTVA 4BR4A 3FE1A 1U2VB 3A5MC 4PKGA 4WQ5A 4GNIA 3UKUB 4K25A 1KXPA 3H45C 1YAGA 5AQPA 1NGEA 2J4RA 5AQLA 5AQUA 3D2FA 1NMDA 2QWRA 5AQYA 2E1YA 3VGMA 1MWMA 1KAXA 3VETA 4BREA 1XC3A 4FWSA 2FF3B 2VCPA 3CJCA 4DHYA 3LDLA 3MK6A 5AQXA 2YHWA 1XQSC 1YUWA 4BG9A 3RSEB 3LL3A 2Q97A 3VEVA 3MN7A 4I6MB 1Z05A 5KPZA 3EL2A 5JLFA 3VEOA 1E4GT 4ISFA 4HWIA 4IO8A 2P9SA 5KQ8A 4BQZA 2GEMA 1NGHA 2A42A 2D1KA 2IVNA 5AZJA 4DQ8A 1BU6O 1D4XA 1T6DA 4JAXA 4BR0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K59A 2DY4A 1MA9B 1UOCA 3QETA 1FKOA 4H5WA 2Q1NA 2IVPA 5T7BA 4GVEA 5HRPA 3MN6A 1K8KA 4E19A 3MEGA 3G0ZA 3L6QA 3F73A 2YCHA 4YHHK 4OLBA 1GLEG 3L4QA 3KLGA 3QERA 4NLBA 5A2QO 1UA1A 1GLCG 3SQ1A 4Y1DA 3BZKA 2P9KA 1BQMA 2YKNA 4JKBA 3VF2A 4B8AB 3AA4A 3THYA 1TKZA 4JKCA 3CCUN 3BDPA 3HZ6A 3HOTA 3QICA 4KBOA 4B9TA 5AZIA 3LPTA 4X65K 1HMVA 2ZM6K 4C8KA 5JS1A 3J7ZO 3D7EO 5BREA 3SV3A 3H3OB 4Z94A 1L3TA 4IOAL 5BR8K 1BIUA 3DXMA 3CG7A 4Y0WA 4CHPA 3BP8A 4FLYA 4U7BA 4E0DA 2O8FA 5FLXO 2E1ZA 2HMPA 3A5NC 1IG9A 5AQSA 1NK6A 1K6YA 2OTJN 4EZ6A 4B9QA 3CFPA 2E2NA 4BRPA 2E2QA 4N5SA 1ZBFA 5I9EB 3TARA 4JK9A 2OA8A 3U9DA 1U6ZA 3CJ9A 4FL9A 2PY5A 3VENA 1RBRA 3FZMA 3OYAA 1Q8IA 4GMJB 1I39A 3WUHA 4DTPA 4JS5A 4AM6A 5BR9A 3QFPA 2XY7A 4NXNK 1NK9A 3H6EA 1QQNA 1JLEA 3ZSXA 2VWBA 3IFRA 3T1YK 3M6GA 1WSGA 2KFNA 2P9IA 5HOOA 1YT3A 3O1BA 4FSVA 4TSXA 1VSMA 1DTTA 3N4PA 1RTHA 3SJJA 5HROA 4YOTA 1SUQA 4F8RA 4DV4K 2E6LA 1VQLN 2ZJQL 1K8KB 2UXCK 4B8CA 3J7AP 4BWJA 1A5XA 1VSHA 1QZ6A 4YOXA 4E1MA 3RWUA 1S22A 1EWQA 3E9OA 1S1XA 2ZGZA 1S9GA 3HVTA 4B1UB 1HPZA 2P9UA 3KKRA 1YI2N 2A40A 4LSLA 4WCEL 1JLQA 1N5YA 2OCEA 4BRCA 3WXLA 5IWAK 5JICA 4CF1A 4C1NK 4K43A 4L8RB 2GUPA 1NKBA 3BY5A 3C0BA 3QEXA 2WONA 1RDCA 3ZSZA 2PAVA 3HPGA 3OBYA 1BUPA 4XJXA 2YHAA 2HHVA 4FWMA 3KTQA 4A57A 3TU5A 4RW9A 4FW2A 3K5NA 4RW8A 4ZTFA 3BEXA 3V9XA 3EZWA 4UQGA 4X62K 4DS5A 4ZHRA 3VEYA 4DKWA 3VGLA 4AH9A 4FLVA 4JI1K 3S9HA 2O8CB 4LH5A 1BGXT 4DFJA 4CZJA 3GE1A 4BRMA 3SAHA 2HMIA 4FJLA 3PO4A 2HNYA 4JKHA 3C7NB 1YF5L 4OPKA 4ZTJA 4RG8A 4BROA 3VQCA 5J2NA 4CFAA 1NK8A 3ULEA 5SWMA 1TGOA 4LD0A 3S5TA 2KZMA 2W42A 1EWRA 1ZYQA 3NCIA 3AO1A 1GLLO 4E89A 1S6QA 4FOIA 2D0PA 4LY7A 3GL1A 3RVCA 2P5OA 2F8TA 1HPMA 1UAXA 4N47A 3K57A 2RE2A 2D0AA 5AQVA 1DGKN 4H5VA 4JKEA 3T7ZA 4PA1A 3MEDA 1S1VA 1CLQA 2HHTA 1HR0K 1W97L 4RWTA 4C8NA 1R0AA 3F9KA 2PYJA 4FJXA 4IDHA 1WNSA 4KHPK 5AR0A 3AO2A 4AHUA 4DUZK 3L3UA 1WSFA 2E88A 5DMRA 3KZBA 2E6MA 3TSUA 2YJFA 5ADXH 1KQSM 3LDPA 3IRXA 4B3OA 2YNIA 3EE8A 3L2QA 1ATSA 4NB4A 1HKGA 5HRRA 3I56N 3HPHA 4EAHD 1WOQA 5TKWA 4E7LA 3DWLA 3ZYYX 3DLLL 1MWKA 5HL7L 3JXUA 2G8FA 3VMFB 2RKIA 4FJHA 1S5JA 2GTDA 4F2SA 4PQUA 1J5OA 1RT4A 1G15A 3R9PA 1FW6A 1KVCA 1WSIA 4M7XA 4CJ5A 1GLAG 4FLZA 2VGNA 2P9PA 2W41A 3THVA 3A0IX 4CJVA 5AQIA 3FFKB 2B4JA 4CJTA 1NNEA 1OVQA 3ENHA 1XUPO 2W6KA 3ZSRA 5KPRA 4JI6K 1TYQB 1QQOA 3CCLN 3VQQA 3THWB 4FPBA 5KQDA 3WNGA 3IDHA 2KFZA 3PY8A 3WNFA 3QESA 4LFAK 4G1QA 1SQKA 2ZJPL 4I2PA 1BG3A 2KKZA 3O08A 3U8XA 1U04A 3NE6A 5AQFA 4CI6A 4BY9C 4CD1A 1OH6A 1YVNA 1WB9A 1ASWA 2OANA 2QKBA 3ZT1A 3WXIA 4QS8A 3IS9A 3TTFA 3NAEA 5GADP 3FZLA 4DCHA 3VQAA 3ATVA 3KVGA 3KWGA 3CCMN 4WQ4C 4QAGA 4CJ7A 4Z4HA 1EKEA 4PUOA 3OYJA 2V7ZA 4CBWA 3L8BA 1IKXA 3WNHA 4IZ9A 2PYLA 4FK4A 1RTJA 3OYKA 3KLIA 3JAMO 3VQ4A 4C8LA 4EHTA 3LWLA 4CW7B 5GAGP 1GLJO 3L0QA 4JK8A 4WQ4A 4H03B 1ZXOA 3FLCO 4KH4A 4QOZB 4DR1K 3H1VX 4DSFA 4FZXC 1ITGA 2D0OA 3CPWM 4DMNA 1T3VA 3ZEUA 4CZMA 3KLFA 1FJGK 3TAPA 1J53A 4IFVA 1VK0A 5DM6L 4B9LA 4DB3A 3SUQA 4AM7A 2AP1A 2G8HA 2P9LB 3O4QA 5JLHA 1HYSA 3MDQA 5FPEA 3AY9A 3DLHA 1RDBA 3QINA 2QXLA 5KPTA 2WFBA 4FJKA 3EKUA 4ELUA 1NGDA 4E7JA 1OH5A 3ZSQA 4BR4A 4O4GA 4JS4A 3N4QA 4WQ5A 3QEPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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