4B1VA

Structure of the phactr1 rpel-n domain bound to g-actin
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
370
structure length
352
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
total genus 133
structure length 352
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1vA03
3WUHA 3VEOA 4FOEA 5TKYA 4PL7A 3RSEA 2IVPA 4O8KA 3KHYA 4K41A 2NLXA 5AQRA 4JD2A 4EAHD 4B1XB 4F9OA 3U4LA 4CD1A 1TYQB 3VESA 2P9PB 5F1XA 4MLHA 3EKUA 4L3QA 5KPTA 1BUPA 1XUPO 4BC4A 4BQZA 2QWOA 5AQZA 5AR0A 3VEXA 2HMPA 4QS8A 2V52B 3FE1A 4RTFD 4GY2B 4CZEA 1DKGD 2E8AA 2PBDA 5AQTA 2HOEA 4LC9B 1KXPA 3VETA 3O1BA 1S22A 2J4RA 4YDUA 5BN8A 4BROA 2QWQA 3M3ZA 2FLOA 1HKBA 1IJJA 2PAVA 2E2PA 4NB4A 5AZJA 1TUYA 2P9SB 3S41A 5LY3A 4BREA 4A2BA 3DXMA 4M7XA 2D0PA 4BGBA 3EL2A 3MK6A 2ZGYA 3DAWA 4H0OA 1Y64A 2EWSA 3MDQA 4QS7A 4BC2A 4EIAA 1NGEA 1SQKA 4YDUC 1MA9B 1HPMA 3CQYA 3VEWA 4CBUA 3G25A 5E26A 4FSVA 3C7NA 4EHUA 4BVOA 2AP1A 3ZX0A 3W0LA 3HM8A 1P8ZA 4CZJA 4PKGA 4DHYA 3EN9A 3FZFA 3UKRA 3VOVA 3WXJA 2A40A 4H0YB 3GOIA 1JCFA 3UKUB 3CJ7A 3U8XA 3H45C 4IZ9A 1KAYA 1NGDA 3O6WA 3ENHA 2NZTA 4PL8A 4I6MB 3IDHA 3LDQA 4E1JA 3LDLA 4BRAA 1NMDA 5AQKA 1CZAN 2QWRA 2Q31A 3GBTA 2BTFA 4BQLA 1Q18A 2F9TA 1ZC6A 2W40A 1G99A 3LM9A 3WXIA 4BGAA 2P9UB 4FWKA 4CD3A 3HZ6A 4FWNA 3FZLA 1WOQA 1V4TA 5AQIA 3ULEB 5AQOA 3TU5A 4BG9A 4KBOA 1LCUA 1E4FT 1U2VA 3QB0A 4A62A 3ZETB 4RWTA 4BRFA 4C23A 1BO5O 2Q0UA 4BC5A 1ESVA 4FWMA 5BRFA 1GLJO 4H0TB 1HLUA 2CH5A 2Q2RA 1WUAA 3QFPA 1ATRA 3GE1A 2QXLA 4BR9A 2A42A 3D2FB 2D0OA 2FF6A 2CGJA 3DXKA 5BRHA 4H5RA 4CBXA 4JHDB 3U9ZA 4FO0A 4BRLA 4CZLA 3ZX2A 4BRHA 2IIRA 1XQSC 2YHXA 5AFUH 5FPDA 1HKGA 1NM1A 3HI0A 5AQVA 2D4WA 4FWRA 5AQLA 3IUCA 1QQNA 4K42A 1R59O 5I9EB 3F9MA 3WEEB 3VEYA 2VWBA 3HBTA 1RFQA 3UB5A 5KQ8A 5KQDA 1BOTO 4CZHA 3QICA 3A8YA 2GTDA 2VCPA 2QM1A 3VEVA 1SAZA 2QWPA 3FLCO 4BR4A 1K8KB 3CIPA 2CGKA 5AQUA 1QHAA 2ASMA 3LDOA 4HWIA 3FFKB 5AZJB 3B8AX 2FSKA 2E2NA 4M7YA 2ITMA 4BG8A 1GLAG 3IMXA 4BRPA 4WYBA 1GLCG 5AQHA 1NGAA 3ZEUB 4B1ZA 3CJ1A 3CERA 4BC3A 5JLHA 3H3NO 3MCPA 1BU6O 3U9DA 3CHWA 3LM2A 3LDNA 5BRDA 5AQFA 4DCHA 4O5FA 3VGMA 4MO4A 4B1UB 2E2QA 2BUPA 1C0FA 5AQYA 1XC3A 5AQQA 2P9LA 3FR0A 1S3XA 4JN4A 1C0GA 3UKRB 2GEMA 2Q97A 1TYQA 3IFRA 3QDKA 2P9PA 1QZ6A 5BN9A 3WXLA 3L4IA 3UE5A 2P9IB 4CZMA 3TPQA 3AAPA 1QQMA 4A2AA 1NGBA 5AFUA 3MN5A 3VGLA 5B8HA 1KAZA 2GWKA 2P9NB 4H0PA 5AQWA 1BWFO 2YI1A 3AARA 1RDWX 3R8EA 2KHOA 4CJ7A 4BR0A 2IVOA 3VERA 1OKJA 3ENOA 4FWLA 5FPMA 3D2EB 3CJAA 3H46O 4BVPA 1MWKA 2D1KA 3A0IX 2P9SA 3QBWA 2E88A 2FF3B 5EXWA 4EFHA 1GLEG 3QFUA 3MN7A 1U2VB 4IJAA 2QWMA 5AQXA 1BA1A 2DPNA 4WQ4A 5CE3A 3R6MA 1NGJA 2I7NA 2NRHA 3CI5A 5KPZA 4BRCA 3H3OB 1YAGA 2P9KB 3ATVA 5AQNA 4BRQA 1GLBG 2Q1NA 1LOTB 4BR5A 3R9PA 3EO3A 4DQ8A 3JS6A 3C0BA 4RCHA 3ZX3A 2F9WA 3UKUA 2V7ZA 4B1VA 2HF3A 3RSEB 1GLFO 4WQ4C 3MN9A 1U6ZA 4WQ5A 4I6MA 1J6ZA 4H0XB 3LDPA 1HUXA 4FOIA 2W41A 1NGCA 4JD2B 5FPNA 2QW9A 3H6EA 2WUSA 1E4GT 1RGIA 5BPNA 4Z94A 2H3GX 1NWKA 3O80A 1YXQA 1GLDG 3VEZA 4XH4A 3EKSA 4FPBA 1IG8A 2FSNA 4BRDA 5LJWA 5EOYA 3VGKA 3WQTA 4CZGA 5AZIA 4BRNA 3BF3A 2QWLA 4H0VB 3W3DA 5JMVA 4CI6A 3CJ9A 4GNIA 4WQ5C 1DEJA 3DJCA 4H5NA 4K43A 5AQMA 4XH5A 4FWPA 5EVZA 1ZXOA 3SLCA 3DWLA 5BR9A 3D7EO 2IVNA 2E1ZA 2FSJA 2GUPA 3O8MA 1X9JA 3LL3A 3ZETA 4NO7A 3FZMA 5AQSA 3DXMB 5AQJA 4B1YB 2P9LB 5ADXH 5F0XA 4A61A 3D2FA 3SMSA 3A5NC 5FPEA 3HTVA 3M1FA 4FWSA 1H1VA 4JHDA 2UYTA 5EY4A 4J8FA 1QQOA 3GG4A 4M63C 5F2RA 1X3MA 3FZHA 2ASOA 3C7NB 2I7PA 1TUUA 3VENA 1BDGA 1NGIA 5KPRA 4CBWA 3WEEA 1V4SA 3BEXA 5AQPA 4FWOA 3GL1A 4QS9A 3FZKA 2A3ZA 4H5VA 2Q0RA 1K8KA 3A5OC 2GWJA 2A6AA 1HJOA 4IO8A 3O5BA 2QWNA 2ZF5O 1ZBSA 3H1VX 4CZKA 2CH6A 4IXCA 3ZEUA 5AQGA 3VF2A 5E84A 1MWMA 1SZ2A 4PKHA 3GDQA 3QMLA 4ISFA 5BPMA 3WXKA 3BUZB 1HKCA 4BRMA 3SK3A 3I8BA 4MO5A 1JCGA 1NGHA 3J8AA 4AM6A 2ZWHA 1T6CA 1T6DA 4BR2A 2YHYA 3AAQA 5ELZA 1NGGA 3M6GA 2YCHA 1BA0A 2Q36A 4H5WA 1DGKN 5JICA 3SJHA 5ADXA 2CGLA 2AA4A 2YJEA 2A41A 2P9IA 1BG3A 4ISEA 4HTLA 1KAXA 5JLFA 2A5XA 5LJVA 3A5MC 1YVNA 2P9NA 3CJCA 2YJFA 3DXKB 3WT0A 4H03B 4Y0WA 4FPAA 3ID8A 2YHWA 3I33A 3O08A 3P4IA 4AM7A 5BPLA 3BP8A 2ASPA 4FWQA 3O1WA 1NBWA 3HSCA 2V7YA 4BRKA 3ATUA 3CJBA 2E2OA 1NLVA 1GLLO 3D2EA 1T44A 1MDUB 3L0QA 5AZIB 4B9QA 2ZGZA 4JNEA 4MLEA 1QZ5A 1ATNA 3BF1A 1Z05A 2GELA 2E1YA 3MN6A 1ATSA 3H1QA 1EQYA 3KZBA 4BRIA 1Z6RA 3O4WA 4BR7A 3JXUA 4ISGA 4K25A 5EX5A 1YUWA 1HX1A 3VF6A 4B1WB 4IJNA 3AY9A 2OANA 1D4XA 4H5TA 4IWVA 4CZIA 4XEIA 4EHTA 2P9UA 1JCEA 3QBXA 3FGUA 2HF4A 3L6QA 2VYPA 2E20A 3EZWA 4DB3A 4CZFA 3VPZA 5BREA 4BRGA 3ULEA 3CQXA 3SMPA 2P9KA 3VF4A 3CETA 4JAXA 4PKIA 3WQUA 1X3NA 3A5LC 3MMVA 3OHRA 1NGFA 3KVGA 4FL9A 2FXUA 2V51B 4XH1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI4K 5DK5A 3T1AA 2HW3A 4E7IA 5TKYA 3OYGA 5C0YA 4LFAK 3K5LA 4R5PA 1O13A 1C1BA 4DU3A 3UIQA 3QNNA 4IG3A 4U67L 4CD1A 1TYQB 4MLHA 3EKUA 3OYJA 4O55A 3K58A 2QWOA 1RTIA 5AQZA 4GY2B 1WSFA 4CZEA 1DKGD 2PBDA 4LC9B 3C94A 4JV5K 2YNIA 3M5RA 3HP9A 4OPHA 4DSFA 3SAGA 3I0RA 4CIEA 3IG1A 2IOCA 2PAVA 2E2PA 5AZJA 3TABA 4ILHA 3WNFA 2F8SA 2D0PA 3AV9A 2ZGYA 3OS1A 3DAWA 2NRVA 3ZLJA 4H0OA 1Y64A 4X64K 2P5OA 4OJRA 1HNIA 4QS7A 2O8CA 4EIAA 2RN2A 3ZX0A 3HM8A 1QHTA 4CJFA 4FLUA 4NXNK 1KVCA 1JXEA 1VSDA 4DHYA 4N76A 4DTRA 1FJGK 3KK2A 3GOIA 3HXMA 2E6MA 3UKUB 4DV3K 1KAYA 4PL8A 2JLEA 3PIOL 1RCHA 4BDPA 3LDLA 2VG5A 3NH2A 2Q31A 4CFDA 3VQ7A 4A57A 3LDSA 1Q18A 1YTAA 3PX6A 4Q0BA 5C2DA 4LFCK 3TSPA 2W40A 1G99A 3LM9A 4FJHA 4BGAA 3CM5A 1VQKN 4CD3A 4JKGB 3L4QA 3WNEA 2O8EB 2VG6A 4BG9A 4KBOA 1U2VA 3ZSYA 2OCEA 4DTSA 1TL3A 4BRFA 3A2FA 3RR7A 4FZXC 1ESVA 4FWMA 3MWPA 4DSKA 3ZSOA 3K5NA 3QEVA 3P31A 4OPJA 3U6FA 3VN5A 4OO1J 2F7TA 2HBMA 1VQMN 2QXLA 4BR9A 3DXKA 3D2FB 4DR7K 1C1AA 3ZT0A 3SJJA 4JHDB 3U9ZA 3QETA 3ZX2A 1Z25A 5GIOA 1XQSC 2W6KA 5FPDA 2HHUA 3HI0A 1EETA 2OA8A 3IUCA 4K42A 4FYDA 1R59O 1IG9A 1NOYA 4YOXA 3F9MA 3WEEB 3HBTA 4GW6A 2GTDA 2QWPA 4BR4A 3VA3A 4LH5A 3IS9A 1QVFM 3J7YP 3LDOA 4HWIA 4IO9L 2QKKA 2FSKA 4CJSA 4CEAA 4IFVA 3S3NA 4BG8A 2IGIA 5KGWA 4KB0A 4FM2A 4FLYA 4BRPA 4LH4A 4YOYA 3RRHA 4FLTA 3CJ1A 3V1RA 3P5JA 1S1VA 1YF5L 4M41A 3L8BA 3LDNA 4BY9C 3G71N 4L8RB 4DFJA 4B9UA 4FK0A 4MO4A 4IG0A 2E6LA 4IFYA 2O8DB 4OLAA 5AQQA 1VQ5N 3N4QA 2QTDA 3UKRB 1VSFA 3E9OA 3WXLA 4DFPA 2GV9A 4KB1A 2WOMA 2P9IB 4CGDA 4YOWA 1WB9A 3THWA 3CCVN 5B8HA 1KAZA 4FVUA 4E1NA 2VGMA 2P1JA 4H0PA 2DTUA 3OYBA 2YI1A 4W5TA 3AARA 3CM6A 2C1IA 3R8EA 4WFAL 2KHOA 4I9LA 4CJ7A 4XIUA 3HPGA 4FLZA 4LF4K 3VERA 1TK8A 5KRSA 3THYB 4FWLA 5I42A 4DTMA 4A5BA 3A0IX 3QBWA 2FF3B 5EXWA 4R79A 1L3SA 1GLEG 4DF8A 3RR8A 3G4SN 4JK9A 5M1OA 2ZJQL 5CE3A 4WQ4A 1HRHA 2FBYA 4M3UA 4M45A 1WSHA 1NGJA 1L3TA 1BISA 2NRHA 3HVTA 4WCEL 5KPZA 3OBWA 4BRCA 4DV0K 4JI5K 4KFBA 5DM7L 4PWDA 4IFEA 2P9KB 3ATVA 1GLBG 5HOOA 1JL1A 1WBDA 4KTZA 3AO3A 3SUNA 3SCXA 1RDBA 1U04A 2OPRA 3LAMA 4A59A 2F9WA 1P90A 2V7ZA 2HF3A 4AHRA 4IKFA 2HHQA 3MN9A 4WQ5A 1QSYA 4I6MA 1J6ZA 2WONA 3EEQA 4FOIA 5FPNA 2W41A 2O4GA 4H0XB 1VQ4N 4N47A 3TAQA 1RDAA 3VEZA 3K5MA 3K0SA 2Y1JA 4XH4A 4E89A 4FPBA 1VSKA 5EOYA 3WQTA 1J5OA 2WC9A 5AZIA 4DV2K 1ASVA 5E41A 2QWLA 2VWJA 1BCMA 4B9SA 1DEJA 4BDYA 4C8OA 1OH7A 1SUQA 1N33K 5AQMA 1SL0A 2VQFK 2IAJA 5BR9A 2IVNA 1VQON 2GUIA 2E1ZA 3O8MA 3LL3A 3FZMA 3TSQA 5AJ3K 2UXCK 3CG7A 4NLCA 2XRIA 1SL1A 2UXBK 4DS5A 4A61A 3VQCA 4IDKA 4HHTA 1ZBFA 2RF2A 3M1FA 4C1NI 5GADP 4FLWA 2UYTA 2O8CB 1QQOA 1RT7A 3NGIA 2ZJRL 1YT3A 3SQ2A 3MXJA 3JAMO 5F2RA 1G15A 2ASOA 1BCOA 4OGCA 5FLXO 1JLGA 3VENA 2ITGA 3TARA 4FJ5A 1WN7A 3NF8A 4JKHA 2WTUA 4CFBA 5AQPA 1LWFA 4QS9A 1WSGA 3FZKA 4H5VA 1K8KA 2GWJA 2A6AA 3OTOK 2QWNA 3SUPA 1I3AA 3DLEA 3TAEA 2WBNA 3TTCA 4IOCL 1KC8O 2HHVA 4AHTA 1O1WA 1XHXA 3GDQA 4B3RK 5BPMA 3WXKA 4H4OA 3SK3A 1OH5A 1JCGA 1NGHA 1S5JA 1N5YA 2YHYA 3AAQA 1ZBLA 3NF9A 2HBLA 3M6GA 1RT5A 1W97L 1LWEA 1LW2A 2CGLA 2G8IA 1JLBA 4DU1A 3QESA 4HTLA 1GOAA 2YHAA 5MLCQ 5LJVA 3DI6A 4JRQA 3CC2N 3DXKB 3WT0A 2YHWA 4DV7K 3P4IA 4AM7A 5BPLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1REV A;  4H5W A;  2KW4 A;  3C6U A;  3PV8 A;  2A41 A;  2P9I A;  3NGY A;  1RBR A;  1KAX A;  2FBT A;  2IC3 A;  1YJN N;  4FK4 A;  4HUE A;  3IRX A;  2XHB A;  1JXB A;  3BY5 A;  3V4I A;  4Y0W A;  2PYL A;  3ZYY X;  3BP8 A;  3AVB A;  4FWQ A;  1FKO A;  4C8M A;  3THY A;  4B9M A;  3QIO A;  2V7Y A;  2XY8 A;  1W2B M;  4O8U A;  1TK5 A;  1NLV A;  1WSI A;  5CY4 A;  4E19 A;  1MDU B;  1UA0 A;  1UA1 A;  5AZI B;  4NLB A;  2ZGZ A;  2B4J A;  1JLF A;  4MLE A;  3TI0 A;  4E3S A;  1Z05 A;  2GEL A;  1L5U A;  2RPI A;  4DR5 K;  4FJ7 A;  3LWL A;  2BH1 A;  1NG9 A;  4BR7 A;  4CGG A;  4ISG A;  4CFC A;  4Q5V A;  2HHW A;  3AA2 A;  3TAP A;  1HX1 A;  3AY9 A;  3VQB A;  2Q3S A;  4IWV A;  4XEI A;  4M3Z A;  1LW0 A;  4JYA K;  3QBX A;  2LSN A;  3SV4 A;  1Q7Y O;  2IS3 A;  3L6Q A;  3EZW A;  4FJG A;  3VQ9 A;  3DRP A;  3ULE A;  4EP5 A;  2P9K A;  4B9L A;  3V9Z A;  4NCA A;  1VRU A;  5K14 A;  4Z4I A;  3I8D A;  5J1E A;  4ZHR A;  3A5L C;  3MMV A;  4FLV A;  3KVG A;  4DV4 K;  2V51 B;  3HK2 A;  1YIT N;  1JJ2 M; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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