4B1VA

Structure of the phactr1 rpel-n domain bound to g-actin
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
370
structure length
352
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 133
structure length 352
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1vA03
1SQKA 3AARA 3AY9A 5FPNA 3IFRA 5AQVA 3MMVA 4Y0WA 4Z94A 3UKRB 4XEIA 3LDQA 4BRQA 5F1XA 2I7NA 4H0OA 5AZJA 4QS7A 5BRHA 1NGCA 1NWKA 3AAQA 3UB5A 3FZLA 1XQSC 3O1WA 1ZBSA 1GLBG 2PBDA 3ZX0A 1XUPO 3W0LA 5AFUA 3HI0A 4I6MA 1DKGD 3WQUA 5AR0A 1X3NA 2ITMA 4B1UB 4QS9A 2QWMA 5LJVA 5EX5A 2HMPA 1KAZA 3O08A 3R9PA 3DAWA 4EHTA 3H1VX 1T6CA 1RGIA 2Q2RA 3VETA 1BO5O 4BC5A 3VEZA 1IG8A 4XH4A 4BR0A 4EIAA 3S41A 5AFUH 3CJCA 2P9NA 3EO3A 3FZFA 2A6AA 1HLUA 5BN8A 3LM9A 2BUPA 2GELA 3HM8A 4BRLA 4PL7A 2VCPA 3A0IX 1BDGA 4HWIA 5AQZA 4B1ZA 5AQGA 2PAVA 3ATVA 4M7YA 2F9WA 5AQMA 3GG4A 3QB0A 5AQXA 3VGLA 1CZAN 5FPDA 4BRKA 1NGEA 2D4WA 3DXMA 1P8ZA 2P9IB 2ZF5O 3FLCO 4PKGA 4BRCA 1LOTB 3A5NC 5KQDA 3CETA 3HTVA 3SK3A 3CQYA 3BF1A 1K8KA 2A41A 3D2FB 3QICA 4JD2A 2P9KB 1YVNA 3WT0A 4BRFA 3L6QA 5CE3A 3GBTA 1KXPA 4GY2B 2NLXA 3DXKB 4RCHA 2ASMA 3ZX3A 1HKBA 5AQKA 3VEXA 4ISGA 3WXLA 4EFHA 3FZKA 4K42A 1GLFO 2QWQA 3VOVA 1NBWA 2QWNA 3VGMA 5JLHA 1NGDA 2F9TA 2UYTA 2IVNA 4B1WB 3H45C 5AZJB 2J4RA 4MO5A 4FWRA 3M3ZA 4FWKA 1DEJA 5AQTA 2QWOA 1GLDG 3QDKA 5LJWA 5KPZA 5AQPA 3J8AA 3MN5A 4B9QA 3EN9A 4BRAA 4B1XB 1G99A 2IVPA 2QWLA 4O5FA 4PKHA 4WQ5A 4BGAA 3BP8A 5AQJA 1OKJA 3TPQA 4M7XA 4H5VA 2Q31A 2P9PB 1IJJA 3LDOA 4E1JA 3EKUA 1ATSA 1Q18A 4WQ5C 1NGGA 3H3OB 3O8MA 3DWLA 2P9NB 5BR9A 5BN9A 4BVPA 3D2EB 3VEVA 1NGFA 4FOIA 4NO7A 2QM1A 2A3ZA 5KQ8A 2ZGYA 4C23A 4BR2A 1GLEG 3WEEA 3LM2A 5ADXA 3O80A 4BR4A 4RTFD 1GLAG 3SLCA 1BA0A 4CZMA 2NZTA 2YHYA 4F9OA 1KAXA 3DXMB 2IIRA 5BPNA 1NMDA 4MO4A 2BTFA 1NM1A 1QQMA 3WQTA 5BREA 4BRPA 1YAGA 1S22A 1WUAA 1XC3A 4BRGA 4JHDA 1K8KB 3M6GA 3CJBA 2CGJA 5KPTA 4JD2B 1V4SA 2E1ZA 4H0PA 2CH5A 5EVZA 5ADXH 3P4IA 1T44A 1ATNA 4H5NA 4FWLA 4QS8A 3WUHA 4B1YB 5EXWA 2A40A 3LDNA 3EZWA 4WQ4A 5JLFA 2P9PA 5AQRA 1C0GA 3KZBA 3RSEA 4BR9A 1TUUA 1GLCG 1JCEA 4IZ9A 3VEOA 4IWVA 4WQ4C 1HX1A 3FZMA 1YUWA 3CERA 3D2EA 1GLLO 2P9UA 5BPLA 1C0FA 4BC4A 4K25A 2Q0RA 2GUPA 4CZKA 2Q97A 2A5XA 4A62A 4EHUA 4MLEA 2CH6A 3GE1A 3LL3A 1QZ5A 1NGJA 4FPBA 5AQFA 3FE1A 3R8EA 2E1YA 3VGKA 5AQSA 5E26A 3O1BA 3TU5A 3ID8A 4CZHA 4FWPA 1HUXA 4FWMA 4AM6A 3QFPA 4NB4A 1NGIA 3KHYA 4ISEA 1T6DA 4BRDA 2FSNA 3L0QA 3WXKA 1J6ZA 3WEEB 3BEXA 4FOEA 3B8AX 5EOYA 4K43A 4CZFA 3KVGA 3FZHA 3JXUA 1MDUB 4PL8A 5BRFA 2HF3A 1LCUA 2V7ZA 3L4IA 1BWFO 5FPMA 1S3XA 1RDWX 1WOQA 2D1KA 3OHRA 3U9ZA 4H0YB 3MN9A 4JHDB 2QXLA 3A5LC 2FXUA 4L3QA 2ZWHA 4FWQA 5AQOA 5E84A 2YJFA 4H0XB 3UKUB 3MDQA 1ESVA 3H1QA 3CJ9A 3MN7A 5LY3A 3A5OC 4IJAA 3ENHA 2QWRA 4JAXA 3ZEUA 4BGBA 3VPZA 3IUCA 1U2VB 4H03B 5AQIA 3O6WA 5F2RA 1JCGA 5EY4A 1TUYA 4FWSA 3VEYA 3RSEB 4FWOA 4FSVA 3EKSA 3UE5A 4DCHA 1QHAA 3ULEA 3CHWA 4XH5A 2YJEA 4CBXA 3SMPA 2P9UB 3VERA 1BA1A 2ZGZA 3AAPA 5AQHA 2HF4A 2Q36A 3ZX2A 5KPRA 3GL1A 1ZXOA 1RFQA 1TYQB 4M63C 1HKCA 4DQ8A 3BF3A 3ZETB 4H5RA 4H5TA 2FF6A 5JICA 3A5MC 2Q1NA 1MA9B 2KHOA 3U8XA 1HJOA 4CI6A 3M1FA 3GOIA 3EL2A 4CZLA 3VF2A 4BQZA 4GNIA 5AQYA 4CBWA 5BRDA 3JS6A 2E2OA 4J8FA 2I7PA 4K41A 3UKUA 4KBOA 3MK6A 3U9DA 3HZ6A 4BR5A 1NLVA 5BPMA 4YDUC 4BRMA 1U2VA 4BC3A 3O5BA 2FF3B 4BROA 2IVOA 3W3DA 4JN4A 2H3GX 4BVOA 1V4TA 2FLOA 4A2BA 2WUSA 2VWBA 4IO8A 3A8YA 2GWKA 2GTDA 3IMXA 4FL9A 2GWJA 3VENA 3C0BA 3H46O 3O4WA 4H5WA 1R59O 2GEMA 2P9SB 4WYBA 4CZJA 4BQLA 2D0PA 2W40A 4BG9A 2P9LA 4LC9B 1TYQA 2Q0UA 2V7YA 4FO0A 4PKIA 2YHWA 5FPEA 1MWKA 2E2QA 3QFUA 3ZETA 3ZEUB 2E8AA 4DB3A 2QW9A 5AQWA 1HPMA 2QWPA 2V51B 5AZIB 2ASPA 3QBXA 4MLHA 1Z6RA 2YI1A 4BREA 4RWTA 5AQQA 2VYPA 3ULEB 1QQNA 3I33A 4IXCA 4A2AA 4H0TB 3GDQA 5ELZA 2W41A 1D4XA 2D0OA 3H6EA 3LDLA 1BG3A 4AM7A 3LDPA 5I9EB 2OANA 3ATUA 3C7NB 2EWSA 3CJ1A 5JMVA 4CBUA 3VF4A 3FR0A 1BUPA 3CQXA 4CJ7A 1U6ZA 3UKRA 3VF6A 5AQNA 4BG8A 3I8BA 4EAHD 3CJAA 3CIPA 1ZC6A 1EQYA 4B1VA 2YHXA 1QZ6A 1GLJO 5TKYA 2ASOA 3FFKB 1QQOA 3VEWA 3MN6A 2AA4A 3CI5A 2V52B 2DPNA 1DGKN 1MWMA 2P9SA 3MCPA 3R6MA 4FPAA 2CGKA 4BR7A 1E4GT 4BRNA 1BU6O 3DJCA 1X9JA 1KAYA 4HTLA 1X3MA 4ISFA 2E20A 3BUZB 4CZGA 2E2PA 5AZIA 3WXJA 3VESA 4BRHA 1SZ2A 3QBWA 2E2NA 1JCFA 3ENOA 4CZEA 2HOEA 3CJ7A 3U4LA 1ATRA 4I6MB 5AQLA 3QMLA 4O8KA 1YXQA 4CD1A 4H0VB 1NGBA 1H1VA 2NRHA 4CZIA 4DHYA 3F9MA 1NGAA 3HSCA 1BOTO 3D7EO 3IDHA 3C7NA 5B8HA 2P9IA 2P9LB 3H3NO 4FWNA 1E4FT 1NGHA 2AP1A 1SAZA 3WXIA 3G25A 2FSJA 3D2FA 2FSKA 5AQUA 1Z05A 2P9KA 2E88A 4BRIA 4XH1A 3SJHA 4BC2A 4A61A 2CGLA 1Y64A 2A42A 3SMSA 4YDUA 3DXKA 3FGUA 3HBTA 4CD3A 1HKGA 2YCHA 5F0XA 4JNEA 4IJNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DFJA 3SAGA 1SQKA 2G8FA 5FPNA 4CF1A 2NRVA 1JLQA 3OBYA 4Z94A 3OYBA 4NXNK 3TAMA 1IBMK 4DSFA 1Y97A 1NWKA 5MLCQ 1RT1A 4DG1A 1ZBHA 2PBDA 5B8HA 2ETJA 1NG9A 4I6MA 1DKGD 1W7AA 2VGNA 4RW9A 1X3NA 3CYGA 2YNGA 4CHOA 2ITMA 3D45A 4B1UB 3DLHA 3DM2A 3O08A 3NF7A 3CPEA 1TKTA 3AA3A 3VA0A 2OCEA 4KH5A 3T3FA 3WNFA 1E3MA 4EHTA 4XJXA 3H1VX 1Q86O 1BO5O 3VEZA 4XH4A 1RDBA 4GV9A 3LZJA 3S41A 4FLXA 2OZSA 3QERA 1RTIA 4LY7A 4DQQA 2VCPA 2X78A 1C0TA 3A0IX 4CEBA 4DSJA 4IKFA 1LWEA 3ZSRA 3RRGA 5AQGA 4M3TA 4CGDA 2X6SA 5AQMA 2O8DB 5DM7L 1VQ5N 4NCGA 5AQXA 3SZ2A 4N5SA 4BRKA 2YNFA 3M5RA 3MWPA 1P8ZA 3QEIA 4IG3A 2ZF5O 2RE2A 4BRCA 3A5NC 3K5LA 4YOWA 2Y1JA 2X6NA 3HTVA 3SK3A 1C0UA 3BF1A 2A41A 3D2FB 3QICA 2RHKA 2D5RA 3BY5A 3TTFA 1WAJA 1U04A 5GIPA 1IKWA 5CE3A 5J2MA 3SCXA 3WNGA 3IKMA 4RCHA 4M3WA 2JWKA 4CJUA 3VOVA 1NBWA 3CC2N 3VQEA 2QWNA 2GBZA 1NGDA 2UYTA 1UA0A 4DR3K 1YF5L 4MDAA 2IVNA 4B1WB 4JK9A 3BZKA 5FROA 3M3ZA 3NH2A 2QWOA 3LZIA 1Z26A 1TAQA 3QDKA 2E6LA 5KPZA 1OH7A 3ZSQA 4BRAA 3MXJA 2QWLA 4PKHA 5KRSA 4DTOA 4DKWA 4LH5A 3TPQA 4M7XA 2NRTA 3HM9A 3G4SN 3O8MA 3CMAN 5BN9A 2BH1A 3T69A 4AILC 1T8EA 4ILHA 4NO7A 2QM1A 4J2EA 1JKHA 1TKXA 4Z4FA 3MWTA 2EHGA 4CVNE 4GW6A 1EP4A 5KTQA 3G71N 4CZMA 1BA0A 3DRRA 2NRXA 3KIOA 3MECA 3WNHA 1IV0A 2HBJA 4MO4A 5C2FA 4FYDA 4BRPA 1YAGA 4BRGA 2HHUA 1K8KB 1QHTA 2CGJA 5KPTA 2E1ZA 4H0PA 5EVZA 3WXMB 1VHXA 1ATNA 4CGFA 2YNHA 4Y1CA 2WC9A 4YOXA 2A40A 3TAEA 5GAHP 4KHYA 4M41A 4ID1A 4CEEA 3EZWA 3FFIA 4FLWA 5AQRA 1GOBA 4PA1A 3KZBA 3L4QA 1GLCG 2KW4A 1I3AA 4MDBA 1RDAA 4WQ4C 3CF5L 2IAJA 3FZMA 1IBKK 3CERA 3ENBA 3U3GA 3NF8A 4KHQA 3ALYA 4JS5A 4K25A 4C8NA 5CYQA 3VQBA 2A5XA 4C1NI 3GE1A 4M3UA 3LL3A 1QZ5A 1HNZK 3VGKA 2W00A 3HPHA 3VQAA 5AQSA 3TU5A 3ID8A 1S1TA 4JI2K 3THYB 1M1KO 2NRRA 3KHYA 4ISEA 1XWLA 4Z4IA 4B3OA 1I39A 3N4PA 4Z4CA 2FSNA 3HVTA 2G8VA 1TVRA 1BIUA 1NK5A 3PX0A 3B8AX 1EWQA 3RMDA 4CEAA 1NKBA 3FZHA 4WF9L 1NKEA 2HF3A 3DLKA 3LAKA 4ELUA 4DR2K 3OHRA 3L8BA 1IKYA 4HHTA 3TABA 2JLEA 2QXLA 3A5LC 4KHPK 1NK9A 2QXFA 2VG5A 5E84A 4CJLA 4H0XB 1ZBUA 1XMQK 4OPJA 4OPKA 1KLNA 1WSHA 3ZSXA 3CJ9A 4NXMK 3O3GA 3A5OC 4BGBA 3TAGA 1XC9A 4JK7A 3VTIA 4JKGB 4K8XA 3PSFA 4FJGA 4AHSA 4M42A 1X9WA 3RMBA 3ULEA 3CHWA 4U7BA 4XH5A 1TK0A 2P9UB 4CHNA 2HNZA 5KGXA 2HF4A 2W6LA 4NYFA 1D8YA 4CJ5A 4PQUA 4U67L 1RFQA 4ILGB 3O3HA 3DOLA 1BI4A 3F9KA 4JKBA 1FW6A 1NMNA 5I3UA 3A5MC 2PZSA 3PO4A 3QINA 1HJOA 2PYLA 3Q7BA 3OW2M 3E9LA 1OVQA 5M1OA 4DTNA 4CZLA 4BQZA 2A1SA 4B9LA 4GNIA 4FJMA 5AQYA 4V19S 4EZ6A 3EYZA 2IS3A 5GAGP 1RTHA 4BECA 4LF5K 4LFAK 3HZ6A 3RVCA 1VQ9N 2OZMA 3HP9A 1HRHA 1U2VA 4ZTJA 3ZCMA 3O5BA 3CC7N 3F2KA 3NBPA 4LH4A 4JN4A 2IC3A 3CG7A 1IO2A 4BVOA 4IOCL 1D9DA 2O8BA 4QCLA 4CJTA 3VQ9A 1Q7YO 4DU4A 1NJIO 3V9UA 2GWKA 2GTDA 4GKKK 3O4WA 3B6OA 4H5WA 3EE9A 2GEMA 4KREA 3DMJA 1J5OA 3ZSWA 4BG9A 1TYQA 2V7YA 2YHWA 3KD1E 4JI5K 3QFUA 3ZETA 3S3OA 1ASVA 4W5NA 2QW9A 4FLZA 1HQUA 3QBXA 3E9PA 3J7AP 5AQQA 3K5OA 4A2AA 2KKZA 4DSEA 5ELZA 2W41A 1D4XA 3VTHA 1BG3A 3LDPA 2OANA 1M90O 2EWSA 1KVCA 5LMUK 3FR0A 3CXCM 2O8CA 2F96A 4DUYK 1DTQA 3HK2A 5JS2A 5AQNA 3EZ5A 1NK7A 5TKWA 3CJAA 2W42A 2P5OA 3CIPA 4FJ5A 1ASWA 2YHXA 4DTJA 4LF9K 3NCIA 3AVHA 3FFKB 1QQOA 5T7BA 3HP6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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