4B1VA

Structure of the phactr1 rpel-n domain bound to g-actin
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
370
structure length
352
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
total genus 133
structure length 352
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1vA03
3GL1A 2YHYA 5LJVA 2P9UA 4BC5A 4B1ZA 4CD1A 4BQLA 3SMPA 5AQQA 2ZGYA 2CGLA 2QWRA 2GELA 3FZFA 1T6CA 4PKIA 2V7YA 4RTFD 2F9TA 2FF6A 4JNEA 2P9LB 3H6EA 3WXLA 4BREA 3IFRA 4E1JA 4I6MA 3A5LC 4J8FA 4CZHA 3VGMA 5BRDA 4A62A 2P9SA 1K8KA 5F1XA 5AR0A 1GLLO 5CE3A 1JCEA 4MLHA 3O80A 1R59O 2E88A 2P9NB 3A5OC 3GDQA 3ULEA 1TUYA 2A41A 4C23A 2FF3B 4BROA 4BG8A 3QICA 5JLFA 2GEMA 5EXWA 4WQ5C 1TYQA 3CJ9A 3UKUB 1ZXOA 2ASMA 4CZMA 3A8YA 4WYBA 4Y0WA 4H0PA 3VERA 5B8HA 4XH4A 5KQDA 3ATUA 3ZX0A 4CZJA 1HUXA 3QFPA 3QBXA 3J8AA 3WEEA 2CH6A 2IVNA 4FWOA 4MO5A 5BR9A 4JAXA 3RSEB 3WXIA 4B1VA 1CZAN 4O5FA 1KAXA 1XQSC 3BP8A 3FGUA 3VEXA 3UE5A 3CHWA 4JD2A 3EN9A 3MMVA 1BDGA 3L0QA 1NBWA 3W3DA 3O5BA 2Q31A 1S3XA 4BRGA 2E20A 5AQYA 4XH1A 5AQRA 5F0XA 4BVPA 4RWTA 4IJAA 1GLBG 1C0FA 4YDUA 3EL2A 5EVZA 3CERA 1KXPA 4BG9A 1BOTO 4EHUA 5AQOA 1JCFA 2Q2RA 4K42A 2YJFA 3M6GA 5AQLA 3L6QA 3D2FA 3VESA 3MN6A 2I7NA 4FOIA 1RGIA 2A42A 5I9EB 4IWVA 1BA1A 5FPNA 2NLXA 2QWNA 4WQ4A 1C0GA 3VEYA 1YUWA 4FWSA 1HKCA 5AQNA 1KAYA 3HI0A 1RFQA 4BVOA 4PKGA 1QZ5A 4FWMA 3UKRB 3GG4A 3VOVA 3ENOA 4BR4A 2QWLA 1SQKA 3U8XA 3R8EA 1HPMA 4FWPA 4CZIA 3IMXA 1NM1A 2P9KA 5E26A 1NGGA 1V4TA 3CQYA 3HM8A 3FLCO 2Q1NA 1BU6O 2HF3A 2IVPA 1E4GT 2A6AA 3DJCA 4BC4A 3H3NO 1XC3A 3C7NB 1ZBSA 2H3GX 4BGAA 3ZETB 3U9ZA 5AZIA 1MWMA 2ASPA 2HF4A 1QZ6A 4H5NA 4MO4A 2ASOA 3JXUA 3CIPA 3U9DA 5JMVA 2UYTA 3DXKB 3L4IA 2E2NA 2V7ZA 2QWQA 3VEWA 3ZEUB 3C0BA 1Q18A 1RDWX 1DGKN 1HLUA 2A5XA 2Q0RA 3I8BA 1T44A 2YJEA 4BGBA 4BRHA 1TUUA 4BR7A 1NGJA 3A5MC 3VF4A 3QMLA 5EOYA 2FSKA 1YAGA 3FZKA 5AQHA 5AQZA 1NGDA 5E84A 2ITMA 3LDPA 4B9QA 3AARA 3MDQA 4JHDB 4CZGA 5AQVA 2VCPA 3HSCA 4QS8A 3SJHA 3ID8A 3W0LA 1ATRA 4BRMA 3DWLA 3DXMB 1ZC6A 5AQUA 4H0XB 2P9IB 1BWFO 3B8AX 5FPEA 2PAVA 3D2EA 2HOEA 1X3MA 2PBDA 1QHAA 1G99A 2VWBA 2KHOA 3O08A 4MLEA 1QQOA 3WUHA 1U2VA 3FR0A 4JN4A 3P4IA 1BUPA 4FWNA 3VEZA 1GLDG 1YVNA 3SLCA 1MDUB 3SMSA 2CGKA 2D0PA 3BF1A 5AZJB 1XUPO 4YDUC 1X3NA 3OHRA 1V4SA 5TKYA 4CZEA 3H1QA 4RCHA 2FLOA 4CBXA 4L3QA 4QS7A 3VPZA 3FZLA 2YHWA 4KBOA 4DQ8A 4XH5A 4CZFA 4AM6A 2P9UB 4FL9A 3QFUA 3VGLA 2A3ZA 4ISGA 4M63C 3H1VX 2Q97A 3ATVA 1DEJA 4BR5A 2QM1A 5EX5A 2NRHA 4BRLA 5FPDA 3KVGA 3HBTA 1GLAG 1GLEG 4K25A 5ELZA 4IZ9A 3GBTA 3HTVA 4HWIA 4A61A 1GLCG 4I6MB 2QWMA 1NGFA 4CBWA 3LDLA 1EQYA 4BRQA 2P9SB 1K8KB 4HTLA 1NGAA 2QW9A 2E1YA 5AQMA 3EZWA 1HJOA 3ULEB 4CI6A 2E2OA 1ATNA 3H3OB 5KPRA 3VETA 1DKGD 4A2AA 1LCUA 2ZWHA 2HMPA 3D7EO 2DPNA 5AQFA 5AQSA 5AFUH 5AQGA 5AQXA 1TYQB 2P9PA 1Y64A 3MK6A 4CD3A 3QB0A 4BR9A 2Q36A 3MCPA 4IO8A 3SK3A 1IJJA 3I33A 4H5VA 3WEEB 5AQKA 5BREA 4B1YB 4FWRA 4FPAA 1SZ2A 3AAPA 1SAZA 2W40A 3FZMA 2P9LA 5FPMA 4B1UB 1D4XA 4JD2B 4PL7A 2ZF5O 3ZX3A 2CH5A 2J4RA 4M7XA 3M3ZA 3DXMA 4LC9B 3LDQA 2V52B 2BTFA 2P9NA 5BPMA 4B1WB 4ISEA 4H0TB 4CBUA 5EY4A 4IJNA 3BF3A 4H0YB 3DAWA 3R9PA 1KAZA 4BRDA 4EFHA 1J6ZA 5AFUA 3TU5A 3UKUA 3BUZB 4O8KA 1NGHA 1GLFO 1YXQA 4K41A 4BRPA 3MN5A 4BRKA 4DB3A 3O1WA 3FFKB 4XEIA 5AQPA 2CGJA 3WQTA 3R6MA 4K43A 3TPQA 3VENA 4BQZA 3RSEA 2WUSA 4BC2A 1NLVA 4M7YA 3CJ1A 3VGKA 2QXLA 1NWKA 1OKJA 1X9JA 2E8AA 4F9OA 1WUAA 3LDOA 5AQJA 1S22A 4BRCA 5BRHA 3WXJA 2P9KB 3BEXA 3CI5A 4GY2B 1P8ZA 3GE1A 4H5WA 4NB4A 1MA9B 2E1ZA 4Z94A 5BRFA 2IVOA 3O1BA 2GUPA 3LM9A 4DCHA 2GWJA 2AP1A 3VEOA 5KQ8A 2YCHA 5AZIB 3U4LA 2Q0UA 4FO0A 1HKBA 3M1FA 1H1VA 2FSJA 4B1XB 4BRFA 1LOTB 3AY9A 4FSVA 4EHTA 4FOEA 2FSNA 1MWKA 3VEVA 5BPLA 4FWLA 4FWKA 4CZLA 4EAHD 3JS6A 5KPTA 3UB5A 3A0IX 4ISFA 1NGCA 3GOIA 1T6DA 3EKSA 2E2PA 3EKUA 4IXCA 5JLHA 3KHYA 3AAQA 4WQ4C 3UKRA 2D4WA 2D0OA 4QS9A 3KZBA 3EO3A 2YI1A 4H03B 4H5RA 2QWPA 4BRNA 2AA4A 1U6ZA 4EIAA 1E4FT 2OANA 2IIRA 2E2QA 4BRAA 3O8MA 4BRIA 3C7NA 5AQTA 3D2EB 3WXKA 3ZETA 4WQ5A 4BR2A 3ENHA 3QBWA 3IDHA 3WT0A 1JCGA 3FE1A 4PL8A 2YHXA 3CJBA 1U2VB 3DXKA 3ZEUA 5JICA 1BG3A 3FZHA 2QWOA 3MN7A 3CJ7A 3S41A 2D1KA 1BO5O 3H46O 3G25A 2FXUA 2GWKA 5F2RA 2ZGZA 4GNIA 4NO7A 5ADXH 5LY3A 1Z6RA 3LM2A 5LJWA 3QDKA 2BUPA 4JHDA 5AQIA 3O6WA 2GTDA 5KPZA 5AQWA 1NGEA 1QQNA 3LL3A 4FWQA 3A5NC 1NGBA 2P9IA 3MN9A 3CJAA 4CZKA 3F9MA 3O4WA 1NMDA 3CQXA 4PKHA 2VYPA 4A2BA 2I7PA 4H0OA 2V51B 1QQMA 3VF6A 3ZX2A 3VF2A 5BN8A 2NZTA 1HKGA 1NGIA 1IG8A 2EWSA 4AM7A 5BPNA 4DHYA 3WQUA 1BA0A 4BR0A 3CJCA 4H0VB 5BN9A 2W41A 3D2FB 3IUCA 2F9WA 2A40A 4FPBA 3HZ6A 5AZJA 1HX1A 1ESVA 1Z05A 3CETA 3LDNA 1GLJO 4BC3A 1ATSA 1WOQA 4H5TA 2P9PB 4CJ7A 3H45C 5ADXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FK2A 4R79A 3ZSQA 2YHYA 5LJVA 3L2WA 4DV6K 4BC5A 1S1WA 3LP1A 3WNEA 1RDCA 4BQLA 1QS4A 2IDOA 1WAJA 2ZGYA 3I8DA 3E9OA 3NDKA 2O8FA 3FZFA 3CD6N 4RTFD 3JSMA 2FF6A 1YJWN 3OYJA 4BREA 4E1JA 1TL3A 4I6MA 4B9MA 3A5LC 4KI4A 1TKTA 3VGMA 3T3FA 2X6NA 5BRDA 4DFKA 5F1XA 3SQ0A 4FZZA 2F96A 1X9WA 5GINA 3ULEA 1QSSA 3V1QA 2FF3B 1C0UA 4O4GA 3K9JA 4W5OA 4LY7A 4DV5K 1UA1A 2O8CA 4GW6A 4YHHK 3T1YK 1VK0A 1M90O 3SPZA 4OVLA 3SV4A 4QAGA 5CYQA 2E5LK 1SKSA 4AF1A 2P5OA 1VSFA 1BIUA 3QBXA 4FWOA 4LF8K 4BDZA 1NKBA 1CZAN 1LV5A 3AO4A 1KAXA 1XQSC 3CHWA 5KRTA 4FJ8A 4CJSA 2VG5A 3W3DA 5HOOA 2Q31A 3RVCA 1IBMK 2HBLA 4XH1A 3SI6A 5F0XA 4M3YA 2OZMA 4NCBA 3PSFA 1GLBG 1VQON 3AVKA 4YDUA 5TKWA 4FLYA 4FXDA 4JK9A 3L2VA 3OYDA 4AQYK 4EHUA 5AQOA 4B9SA 1N36K 3MN6A 1Z26A 4DR5K 5IT9O 4U7BA 1BA1A 2HBJA 5FPNA 1IG9A 1U04A 2YKMA 4BECA 3SJJA 1HKCA 3HI0A 3RMBA 1HNIA 2PFUA 1K6YA 2VQFK 4FWMA 2WC9A 2Y1IA 4FJHA 3QESA 2QWLA 4JI7K 4DR3K 1SQKA 1HPMA 1QTMA 3LZJA 1QVGM 4CVNE 3QETA 3VQ4A 4GV9A 1YTAA 4CF2A 4Z4GA 3HPHA 1NGGA 1V4TA 3FLCO 1JXBA 2IVPA 4BC4A 4JS4A 2NRZA 3ZSWA 1YITN 5CYMA 1RTIA 1QZ6A 3HSTB 1FKOA 3DOLA 3L4IA 2V7ZA 1JKHA 3ZYYX 2QTDA 3E01A 3DLHA 1DGKN 4M45A 2Q0RA 4CEDA 3PX4A 2YJEA 3SAFA 3EZ5A 2DFFA 4E7IA 3QMLA 3U3GA 2FBVA 1YAGA 5AQZA 3LDPA 3MDQA 3LALA 3IS9A 2OPSA 3NF7A 1NK9A 5AQVA 1EO1A 3C6AA 4QS8A 3ID8A 3QEPA 1ATRA 4CF0A 3J7YP 1SKRA 3L2QA 1GOBA 1ZC6A 5AQUA 4AHTA 4BACA 4EZ6A 5FPEA 2NRXA 4ICLA 1HNXK 3BY5A 4KHUA 1Q7YO 4JN4A 5HL7L 3P4IA 1BUPA 4PHTX 1J5EK 3CG7A 2ZJPL 1NK7A 2PZSA 1WSGA 3AGRA 3OYFA 4DF8A 1XUPO 5CR4A 4YDUC 4A5BA 4JV5K 3OHRA 5TKYA 1B9FA 4J2EA 1NKEA 4FJ7A 5AJ3K 4QS7A 3T69A 1BI4B 4IEIA 4DQ8A 3DLKA 1TKZA 4CZFA 1CZ9A 3TI0A 4AM6A 4FL9A 3QFUA 4V19S 1TGOA 3H1VX 3L2UA 1WN7A 2Q97A 4LF5K 2QM1A 1DTTA 5FPDA 1KCFA 3KVGA 3MEDA 3U6FA 2HVHA 1NGFA 4WFBL 5HP1A 2HBMA 4CBWA 1C1CA 1QSLA 4E72A 4BRQA 2P9SB 1SS6A 3HPGA 4CF8A 5AQMA 3KLFA 3OYEA 5HRPA 1HJOA 4CI6A 3H3OB 1OH7A 2KFNA 3L2RA 4YNQA 4UQGA 1OH5A 5AQSA 5AFUH 5I3UA 3UIQA 1VSLA 3MK6A 2NNWA 2XY6A 1T03A 4KTQA 1VAZA 4XJXA 2HSTA 2KLAA 3HJFA 1WB9A 4M3RA 3VQ8A 3WEEB 4CK2A 3TABA 1W7AA 1SZ2A 4OGCA 3V9XA 3AAPA 2HMIA 1S6QA 2W40A 4CJ4A 4LH4A 3NVKA 1D4XA 1ZBIA 4JD2B 2ZF5O 2J4RA 1KVCA 2BTFA 1WBDA 3RWUA 2IGIA 5BPMA 3VTIA 4FVUA 4H0TB 4CBUA 4DQSA 4JRPA 3BF3A 5CY4A 3KK3A 3DAWA 1NU0A 4IFEA 3R9PA 1KAZA 4EFHA 3N4QA 3BUZB 4CGDA 4PQUA 4NCAA 3AO2A 3G4SN 4KAZA 1VQ6N 1GLFO 4K41A 3MN5A 4DB3A 3FFKB 4XEIA 4Z0UA 3SZ2A 1K8AO 4K43A 2A1RA 1YIJN 3VQ5A 1RBRA 5DM7L 5HRSA 3TSQA 2E6LA 1T3VA 1X9SA 1C0TA 3HVTA 1RTDA 2QXLA 1XMQK 1X9JA 2W6LA 4F9OA 4JS5A 1RDBA 3WXJA 1UAXA 2P9KB 1E3MA 3I0SA 3GE1A 4CESA 3THWB 4DTRA 1CXUA 4Z94A 1W2BM 2GUPA 4DCHA 3MX5A 4DLEA 2GWJA 3VEOA 1VQ4N 2YCHA 5AZIB 2Q0UA 3OVNA 3M1FA 1H1VA 2FSJA 4JKAA 4C1NK 3HT3A 1VHXA 2FSNA 5LMUK 4KPYA 3UB5A 3A0IX 4ISFA 3F5TA 3EKUA 5JLHA 2RN2A 2D4WA 2O8FB 1TAQA 3NF8A 1NOZA 3VQEA 3EO3A 3NBPA 3PX6A 4BRNA 2AA4A 2BH1A 4EIAA 2IIRA 3OYHA 2ITGA 2C1GA 1ZYQA 3M8QA 3NFAA 1U45A 1RT1A 5AQTA 1QVFM 1KRPA 4WQ5A 1A5WA 3WT0A 3K5MA 3CJBA 3O9QA 3VQCA 2JWKA 2UXCK 3CC4N 5FRMA 3OW2M 2QWOA 4E19A 2ATQA 2O8BB 4FW1A 2ZGZA 4GNIA 2JGUA 5ADXH 2B4JA 1Z6RA 3LM2A 3LP2A 3CPWM 4AILC 5JENA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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