4K43A

Crystal structure of actin in complex with synthetic aplc tail analogue gc04 [n-{(1e,4r,5r,7e,9s,10s,11s)-4,10-dimethoxy-11-[(2s,4s,5s)-2-(4-methoxyphenyl)-5-methyl-1,3-dioxan-4-yl]-5,9-dimethyl-6-oxododeca-1,7-dien-1-yl}-n-methylformamide]
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
total genus 114
structure length 360
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k43A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k43A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k43A03
3VOVA 1U6ZA 4BC3A 3ZX0A 1NGAA 5BPNA 2ZF5O 3H46O 4WYBA 4BREA 3AY9A 1TYQB 2V52B 3C7NB 2E2OA 2E2NA 3LDOA 4CBUA 3H3NO 4QS9A 4CZMA 1Y64A 3ENHA 5JMVA 4IJNA 1QQMA 1KAXA 4ISGA 4K41A 2E1ZA 2I7PA 4Z94A 1HPMA 3VF6A 4Y0WA 2CGKA 3GBTA 4H0TB 1YXQA 2YCHA 1JCFA 1JCEA 3BF3A 5AQMA 4PKGA 4FWNA 1RGIA 5CE3A 2E1YA 1TUYA 4CZKA 2A3ZA 3ID8A 2AA4A 4ISFA 4MLEA 3ZETB 4CZGA 3F9MA 2PAVA 4RTFD 4BROA 2YHXA 2P9IB 3BUZB 5AQWA 4BRHA 2QWRA 1HKGA 2FSKA 2P9PB 3W0LA 3DXMB 3TU5A 3ULEB 1NGGA 4JN4A 1NGCA 4B9QA 2BUPA 4FSVA 5FPDA 5E84A 3ZEUA 5KQ8A 4BR9A 4MLHA 3L0QA 4BQLA 1HKBA 5AQRA 3WQTA 3WXJA 4J8FA 1U2VA 2GEMA 1X9JA 4B1WB 4H0PA 4DQ8A 4EFHA 1V4TA 4BRCA 4BR7A 3DWLA 1Q18A 4RWTA 1T44A 1GLDG 3EN9A 3JXUA 3CQXA 4WQ5C 4IO8A 5AR0A 4EAHD 3SK3A 2PBDA 5LY3A 1GLJO 3GOIA 2WUSA 3JS6A 2I7NA 1YAGA 3UKUB 4BR4A 1X3MA 3LM9A 4WQ4A 3M6GA 4I6MA 3MN6A 2V51B 2H3GX 4H0OA 3M3ZA 3VF2A 3VF4A 3D2EB 4M7YA 3LDPA 2DPNA 4H5WA 3HZ6A 3EKSA 3CI5A 1GLEG 2P9UB 4FO0A 2IIRA 2ASMA 4GNIA 5F1XA 3CIPA 2HF3A 2Q97A 1S3XA 2GUPA 3CJBA 5BPMA 1ATSA 2EWSA 3WXKA 5KPRA 3QMLA 4JAXA 4PL8A 1C0FA 2D0OA 3A5MC 3VEYA 1GLFO 4PKIA 3A5LC 3RSEA 3IUCA 3VEOA 1XUPO 4BR5A 2CGJA 3WEEA 3R9PA 4YDUC 2IVPA 3LDNA 1KXPA 4FWOA 1QQOA 1SAZA 3HBTA 4FWRA 5E26A 2ASOA 3GDQA 5JLHA 4IZ9A 4BRFA 1NMDA 1Z05A 4M7XA 3VENA 1BU6O 4FWQA 3UE5A 2A42A 3VGKA 4BG9A 3DXKA 2QWPA 3U9ZA 5AZJA 3CJ1A 3CQYA 4BVOA 1EQYA 3CERA 2HF4A 2ZWHA 5AQXA 4BC5A 4L3QA 4BRKA 5BREA 4EHUA 5KPZA 2FXUA 4CZEA 1GLLO 5AQJA 3ZEUB 1GLCG 5AQNA 1BO5O 4A2AA 4QS8A 1BOTO 1SQKA 2VCPA 5F2RA 4B1UB 3MK6A 1U2VB 3MCPA 1DGKN 3LDLA 4HTLA 2NRHA 4JD2A 4H03B 5AQSA 3MN5A 5AQGA 2QWMA 4JHDA 1E4FT 1OKJA 2FSJA 4CZLA 5LJVA 3SLCA 3HSCA 4F9OA 4FOEA 3FFKB 1J6ZA 3R8EA 4IWVA 4C23A 4BRAA 3O6WA 1GLBG 1RFQA 2YI1A 4RCHA 3EO3A 1ZXOA 4NO7A 2ITMA 4DHYA 3FGUA 2CH6A 5BPLA 2GWJA 1QZ6A 1QQNA 4I6MB 5AQOA 1SZ2A 3H1QA 4B1YB 4MO5A 1TUUA 1NGDA 2AP1A 3CJAA 2P9KA 3VEVA 5AZIA 4LC9B 5AQHA 3WXIA 4BVPA 1Z6RA 1BDGA 4KBOA 2E2PA 3O1WA 3MDQA 2HMPA 1GLAG 3ATVA 4FWSA 4A61A 1TYQA 3FZFA 3FZHA 1BA0A 5TKYA 2E8AA 4PKHA 1DEJA 3EZWA 3RSEB 4AM7A 4EHTA 2ZGYA 5AQZA 1S22A 3HM8A 3WEEB 1WOQA 1MDUB 2QM1A 3MN9A 4M63C 4FL9A 4H5RA 3C0BA 1HJOA 3IFRA 2IVNA 1K8KA 3WQUA 1T6DA 4BRQA 1V4SA 1BWFO 1ZC6A 2YHYA 2F9TA 3U4LA 5BR9A 1NWKA 3L6QA 4O5FA 3HTVA 1R59O 3ENOA 2QWQA 3AAQA 3DXKB 2CGLA 5AZJB 3O8MA 3R6MA 3ZX3A 1WUAA 3KHYA 3J8AA 2BTFA 4XH1A 5AQIA 1D4XA 2NLXA 4H0VB 4AM6A 3KZBA 2GWKA 4CZJA 3W3DA 1MA9B 1IJJA 3FZKA 4H5TA 1BA1A 5EX5A 4CZIA 1NM1A 4WQ4C 1YUWA 1ATNA 2E20A 3M1FA 2P9SA 3VEWA 3MMVA 3EKUA 4K25A 2UYTA 4JHDB 5EOYA 1NGJA 5I9EB 4BR2A 3VETA 1HX1A 3D2FA 4ISEA 5AQYA 4NB4A 3VGMA 2QXLA 4PL7A 3U8XA 4FWLA 2D0PA 2Q36A 4BQZA 3LL3A 4K43A 1BUPA 5F0XA 3OHRA 1KAZA 3QBWA 5ADXH 3GL1A 3CHWA 2ZGZA 1XQSC 2QW9A 3A8YA 5AQVA 4E1JA 5BRHA 4BRMA 4XH4A 4B1ZA 4CD1A 5AQFA 4FPBA 3DAWA 3VGLA 2P9KB 3O1BA 5AZIB 2QWOA 4BC2A 1XC3A 5AFUH 3FZMA 3QICA 3SMPA 4A2BA 2P9UA 3BEXA 5FPMA 3UKRA 2YJFA 2FF3B 2P9LA 3IDHA 1NGHA 1QHAA 3ZX2A 5KQDA 3U9DA 1NGFA 4BGAA 2NZTA 2OANA 3QBXA 3A5OC 2W41A 2A41A 1LCUA 3G25A 4QS7A 3WXLA 3CJCA 1HKCA 3H1VX 3SMSA 3DJCA 4XEIA 4MO4A 3VEXA 3VERA 1DKGD 2FLOA 2E88A 5LJWA 3EL2A 1K8KB 3A5NC 2P9NA 5AQQA 5BRFA 2VYPA 2A40A 1X3NA 3AAPA 4BG8A 4CBWA 3A0IX 4FWMA 2Q0UA 5AQKA 5BN8A 5ELZA 1LOTB 1KAYA 3AARA 4CD3A 1E4GT 5AQLA 2Q31A 4JNEA 4CBXA 3H6EA 1YVNA 2VWBA 2J4RA 1NLVA 4BRNA 4WQ5A 4GY2B 3I33A 2GTDA 3WT0A 2Q0RA 4K42A 3O5BA 2D4WA 5ADXA 1G99A 4XH5A 3O08A 1ZBSA 5EXWA 1BG3A 4CZHA 3H45C 2QWLA 4B1XB 3C7NA 3CJ7A 3WUHA 3LDQA 3S41A 1MWMA 3HI0A 3CJ9A 1RDWX 1IG8A 1HUXA 3FZLA 2P9SB 3BF1A 1C0GA 1NGIA 3D7EO 2YHWA 3FE1A 1T6CA 2A6AA 5EVZA 5AFUA 1NGEA 2D1KA 4B1VA 4H0YB 3KVGA 5BN9A 1QZ5A 2F9WA 3VPZA 4DB3A 1HLUA 3D2FB 3FR0A 1NBWA 2V7ZA 4BRDA 1MWKA 2ASPA 3TPQA 4FWKA 2Q1NA 4H5NA 1H1VA 5AQPA 3SJHA 3FLCO 1NGBA 4FPAA 1JCGA 2QWNA 4A62A 4BRPA 4BC4A 3I8BA 3ZETA 3P4IA 4BR0A 2W40A 2CH5A 2P9IA 4FWPA 4CJ7A 4BGBA 5JICA 3QB0A 2GELA 2P9PA 3DXMA 4H5VA 3ULEA 2KHOA 3O80A 4YDUA 5KPTA 3ATUA 4BRIA 4O8KA 3UKRB 5JLFA 3BP8A 3MN7A 4JD2B 2YJEA 4BRLA 3L4IA 4BRGA 2FF6A 2P9LB 2V7YA 3QFUA 3IMXA 3QFPA 4CZFA 4IXCA 5B8HA 3LM2A 3H3OB 3CETA 1ATRA 2A5XA 5FPNA 3O4WA 3QDKA 3VEZA 3GE1A 1ESVA 1P8ZA 4CI6A 2IVOA 5FPEA 3B8AX 2P9NB 3GG4A 2FSNA 1CZAN 3UKUA 4H0XB 3UB5A 5AQTA 2E2QA 3VESA 4DCHA 4EIAA 5BRDA 2Q2RA 3D2EA 5EY4A 2HOEA 5AQUA 4HWIA 4IJAA 4FOIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1U6ZA 3TAQA 3N4QA 3KLHA 3BGRA 1NGAA 4KV8A 4E0DA 4R5PA 3AA4A 3H46O 4GMJB 4CHNA 1TYQB 1OH8A 4ID1A 3OJSA 1NJZA 4JI1K 1LWCA 1ZBLA 1HNWK 3KLIA 2HHIA 3S9HA 1EETA 3TAFA 3VQPA 5HBMA 1VQON 4M3XA 4Z94A 4CGJA 4KO0A 1TAUA 4Y1CA 3GBTA 2X78A 3AVNA 5C42A 2HBMA 3HVRA 3LDSA 3SAFA 1YXQA 1VQ7N 4DU1A 2YCHA 4W5OA 4KRFA 1ZBIA 1VQLN 4B3SK 1VQ4N 2AA4A 3M8RA 4LF9K 2P5OA 4RTFD 3BUZB 3ASMA 4NXMK 3T1AA 3SQ2A 1HKGA 2FSKA 4O44A 3DXMB 3ULEB 5C25A 2YKNA 3DMJA 1NGGA 3KWIA 1NGCA 3OYNA 3CCUN 4FSVA 3ZEUA 3K9JA 2IS3A 5SZTA 2E4LA 4O0IA 3O3FA 3HL8A 1KLNA 4OKEA 4OJRA 2VWJA 4IEIA 3K9KA 3CMEN 4BEBA 4H0PA 5C2FA 4KI6A 4BR7A 4YOTA 1Q18A 3SQ4A 1NKBA 3MWTA 1T44A 3CQXA 3B6OA 4OPAA 4DFMA 4R79A 5AR0A 3NVMA 3I8DA 4BR4A 4CE9A 3AA2A 1HNIA 4CHZA 4EZ9A 1KCFA 1R0AA 1J54A 4H0OA 3VF4A 3CC2N 4M7YA 4B9MA 2OZSA 2DPNA 1T7PA 3CI5A 4B9VA 2P9UB 2OPRA 2UXCK 3T19A 4ZTFA 2YHBA 3RWUA 1IBLK 4W5QA 4JI7K 5C24A 2ETJA 2NNWA 1HQEA 2HF3A 1WBBA 3CJBA 3WXKA 5IT9O 3O9TA 2HHQA 4JAXA 4PL8A 4NYFA 1QSYA 4O55A 3A5MC 5MLCQ 3VEYA 3K5MA 5EU7A 4KKOA 4BR5A 3SCXA 5M1KA 4UY8O 3M5RA 5FRNA 3LDNA 3QNNA 1KFDA 5TKWA 3ENBA 1QQOA 2UUAK 1D9DA 1JJ2M 1UAXA 4JK7A 5JLHA 3P1GA 4DF8A 3VQ7A 1NK6A 4CEBA 1Z05A 2QI2A 4M7XA 3VENA 2HVIA 1BU6O 4I7FA 1WSEA 4CECA 5KPZA 5FLXO 3JYTA 3VQBA 1YJWN 1BO5O 4DQIA 4AHUA 2C1GA 3NCIA 2A1RA 3KD1E 1SQKA 4B1UB 4C1NK 1U2VB 3MCPA 5JENA 1DGKN 1QHTA 1C0MA 3QESA 4KHWA 3MN5A 4G9ZA 4DV3K 1E4FT 3O4NA 4MDBA 1OKJA 4HUEA 2OYQA 3LAKA 4F3OA 3CPEA 3NF6A 4DLGA 4JV5K 3NF9A 4IWVA 4BRAA 3O6WA 1RFQA 1TK5A 1HNXK 1BHLA 3AA3A 2BDPA 2WOMA 4I6MB 3MECA 2O8DB 3C6TA 1YF5L 4E89A 3CCRN 1RT6A 1NGDA 2AP1A 3CJAA 4BVPA 1VSMA 1Z6RA 1K9MO 4KBOA 2NRZA 3O1WA 4DTMA 2P1JA 3IAYA 3I56N 4LH4A 4IOCL 2G8KA 3FZFA 3SUNA 1Q9YA 3FZHA 3VQQA 5KRTA 2C1IA 3QEIA 1DEJA 1ZBHA 1J9AA 2I5JA 3NGIA 2ZGYA 5AQZA 3HM8A 2D0CA 1WOQA 3AO2A 4F4KA 2QM1A 1IKXA 1YTUA 4BE2A 3AO3A 4FL9A 3IFRA 5K14A 1V4SA 3ZT2A 1IV0A 1ZC6A 3E1YA 3U4LA 1GOCA 1NK9A 4ZTJA 1HMVA 4O5FA 2O8CA 3HTVA 1R59O 3HM9A 3ENOA 2XHBA 2HHHK 5AZJB 4IOXA 2W42A 2OA8A 3P39A 4IOAL 1D4XA 4JEPA 2FBYA 1XWLA 4DTSA 3THWA 1VQ8N 4CZJA 2W6LA 3U3YA 5CY4A 1IJJA 3FZKA 2AJQA 4WQ4C 3NH2A 3NHGA 3ZT4A 2ZE2A 4YOVA 1RBVA 2NRRA 4CHOA 5D3GA 4E72A 4FVUA 1BCMA 5JVHL 2X6SA 4DS5A 1HX1A 4CJ5A 4PUOA 5GAEP 4OPJA 2QXLA 3TTCA 1NOYA 3U8XA 4KHYA 4E7LA 4WFBL 4BQZA 1WSHA 3C6AA 4K43A 3KJVA 1BUPA 1IBMK 3OHRA 4NCGA 3RVCA 3D0PA 2HHWA 1UWBA 3P83D 4I2QA 1XQSC 1U4BA 5AQVA 3DLBA 4QOZB 1K8AO 4CJQA 1RDCA 2P9KB 3SYZA 3AVAA 3FZMA 3QICA 1CXUA 3BDPA 2G8IA 4GV6A 2RKIA 4KH5A 1Q9XA 4PQUA 1VSIA 2P9LA 4JKCA 3IDHA 4LFBK 1GOAA 4KTZA 1NGFA 3LANA 1YITN 2NZTA 1HYSA 2W41A 2A41A 4FM0A 3MXJA 3G25A 3HVTA 1JL2A 1CXQA 1DTQA 3CJCA 3H1VX 2G8WA 4XEIA 3VERA 3VA3A 3G10A 3L2RA 1T05A 1K8KB 5CZ1A 3L2WA 4OLBA 1YJNN 2A40A 3OYIA 4CF9A 1LOTB 4MDAA 3VQCA 2Q31A 3E9PA 4C8OA 2VWBA 4YY3K 4BRNA 5IWAK 4GY2B 2GTDA 3WT0A 3ZLJA 4XH5A 1BG3A 1S9EA 3K5OA 4XIUA 5M1FA 3LDQA 3PIOL 4CEAA 3VTIA 1XNRK 5HRPA 3QIPA 2RN2A 1J5EK 4FJIA 3FZLA 1NK4A 3E9LA 3D7EO 2YHWA 2IOCA 3FE1A 3RMAA 4M3YA 1T6CA 1YJ9N 3QINA 4M42A 3LP2A 5BN9A 3MAQA 1ZYQA 1N36K 2HNYA 1NU0A 3KLGA 3I55N 4PHTX 5HLFA 4E7IA 3MXMA 3F5TA 3G6EN 2QWNA 5HROA 4E19A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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