4K43A

Crystal structure of actin in complex with synthetic aplc tail analogue gc04 [n-{(1e,4r,5r,7e,9s,10s,11s)-4,10-dimethoxy-11-[(2s,4s,5s)-2-(4-methoxyphenyl)-5-methyl-1,3-dioxan-4-yl]-5,9-dimethyl-6-oxododeca-1,7-dien-1-yl}-n-methylformamide]
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
total genus 114
structure length 360
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k43A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k43A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k43A03
2E1YA 2ITMA 4IO8A 1SZ2A 1KXPA 3BUZB 3U4LA 1J6ZA 4CBUA 4H0PA 1BO5O 2V7ZA 3CI5A 2FSNA 3CJAA 3VEXA 4BR0A 5AFUA 4BVPA 3GDQA 3WUHA 3O08A 2ZF5O 2FSJA 3CJ9A 4F9OA 3UB5A 1KAYA 1TYQA 2E2NA 2V52B 3ENOA 3UKUB 1SAZA 3ZEUB 4B9QA 3EZWA 2F9TA 1JCGA 4H0YB 1OKJA 4FWQA 1NBWA 4CJ7A 2W40A 1BA0A 1U6ZA 1X9JA 2CGKA 2P9IB 3CETA 5AZJB 3O5BA 3A5MC 2ZGYA 2E8AA 3M6GA 2CH6A 3FZHA 3WXLA 5AQTA 3O4WA 3H3NO 1X3MA 4BGAA 3R8EA 5AQNA 2A41A 4WQ5A 2A42A 2FF6A 1NGGA 3VF2A 4BC5A 3GBTA 3IUCA 4IJAA 5AR0A 1BUPA 4O8KA 3VENA 3VEZA 2Q97A 2QXLA 4QS8A 1JCFA 4XH4A 3JXUA 3SLCA 3VEYA 2PBDA 1HKGA 2VYPA 5AZIB 3FZFA 1ZC6A 1NLVA 4A61A 2QM1A 4BRMA 4CZEA 5BPLA 2P9UA 3AAQA 5BPMA 1HUXA 1R59O 4K25A 3RSEB 2IIRA 3ZX0A 2DPNA 1NWKA 4WQ4A 1H1VA 2QWLA 1TUYA 2P9NB 3H1VX 4EHUA 4FPAA 4H5RA 5AQHA 2ASPA 3HBTA 4FWRA 2P9LB 4LC9B 5AQSA 5CE3A 5TKYA 5FPNA 4IJNA 2D0PA 4CD1A 4BRKA 4H0VB 2HMPA 3EO3A 4FSVA 3CQXA 5FPMA 4FWOA 4PKGA 4CBXA 3UKRA 4BC2A 3WEEB 3VOVA 3VGMA 1KAXA 2CGLA 3CJBA 5AQYA 1BA1A 3DXMA 3U9ZA 3FLCO 3CQYA 3VF4A 2UYTA 2E88A 4JD2A 4AM6A 4NB4A 3GG4A 5ELZA 1S22A 2PAVA 3D7EO 2EWSA 3UE5A 2V7YA 4EFHA 1MDUB 3VPZA 1NGAA 2ASOA 1JCEA 2ASMA 4FWKA 3QMLA 3MN9A 4EAHD 3O1BA 4ISGA 3G25A 3JS6A 3WXIA 1XC3A 3CJCA 2AA4A 1BOTO 2A6AA 1S3XA 1MWMA 1XUPO 3SJHA 4AM7A 3W3DA 2CH5A 2YI1A 3CJ7A 3IFRA 3W0LA 1BG3A 1LCUA 3D2EB 4CZFA 5EVZA 3A5NC 4B1UB 4C23A 2GTDA 4JN4A 2HOEA 4FL9A 3BF1A 2A40A 3ZETB 2Q0RA 3H45C 3BEXA 4BQZA 2GELA 4CZGA 4JHDB 2NZTA 3GL1A 2WUSA 4PKHA 4RWTA 1YAGA 2A3ZA 3UKUA 3ZEUA 4K43A 1ATNA 1GLLO 4BRLA 1HX1A 3S41A 3C7NB 1KAZA 5BRHA 1TUUA 2P9IA 3D2FB 1V4SA 4YDUA 2YHWA 3M3ZA 4XEIA 3ULEB 3L0QA 1QZ6A 5JLHA 4IZ9A 2FLOA 1WUAA 1RDWX 4K42A 1NGEA 2Q2RA 5AQVA 2YHYA 3MMVA 4H5WA 1NGCA 4CZLA 3LM9A 2BTFA 3ATUA 5KPTA 4WYBA 3DXKA 3QFPA 4DHYA 2H3GX 4HWIA 5AQXA 5BRDA 4BRPA 4PKIA 5EXWA 3VETA 3QICA 3R9PA 3IDHA 3O6WA 3FR0A 4BRNA 4Z94A 2OANA 5ADXH 2YCHA 1LOTB 5AZIA 4BG9A 4FWPA 1QQMA 3L6QA 5AQZA 1MA9B 3FZMA 3MN7A 3VEWA 1TYQB 2W41A 3DJCA 3RSEA 4I6MB 4Y0WA 3DAWA 4XH1A 4HTLA 1E4GT 2P9KB 4BG8A 2P9NA 3ID8A 3WQUA 1QQOA 2FXUA 3CERA 5AQGA 1K8KA 3DWLA 3SK3A 5B8HA 3TPQA 1E4FT 3I33A 4BRFA 4MLEA 4CBWA 3HSCA 4ISFA 5FPDA 1GLCG 1ZXOA 5AQPA 4A2BA 5F2RA 2GWKA 1RFQA 5E26A 1BU6O 2E20A 5JICA 2VWBA 4DB3A 1T6CA 2Q31A 1ZBSA 2GEMA 4B1WB 4BR4A 2QW9A 3B8AX 2A5XA 3ENHA 4CI6A 3HM8A 3LDLA 5AQQA 3FFKB 4QS7A 3EKUA 1EQYA 4CZJA 4H0OA 3R6MA 2IVNA 3QBXA 4MO4A 3O8MA 2P9UB 3CHWA 2P9PA 1GLJO 3O1WA 1U2VB 2D4WA 2Q1NA 4GY2B 3ATVA 5AQOA 4BRGA 2I7PA 1Z6RA 3D2EA 3WT0A 2J4RA 4IXCA 2VCPA 4QS9A 5EX5A 3WQTA 2FSKA 3MCPA 4B1YB 3LL3A 4JNEA 4BR2A 3MN5A 4DQ8A 1Y64A 4JHDA 3CJ1A 4H0TB 3EKSA 3WXKA 4H0XB 1GLEG 1BDGA 4EIAA 3LDPA 4RTFD 5AFUH 1WOQA 3C7NA 3GE1A 5AQLA 5AQWA 5I9EB 1NGBA 2HF3A 1IJJA 3A0IX 3D2FA 3AARA 1NGFA 2NRHA 1ATRA 2P9SB 5BREA 3ZX2A 1T44A 3FZLA 5JLFA 3LM2A 3IMXA 1NMDA 2Q36A 3QDKA 4B1XB 2GWJA 4H03B 5AZJA 2QWOA 5BR9A 4XH5A 3H1QA 2IVOA 2Q0UA 3H6EA 5BPNA 4BREA 1HPMA 3A5LC 3U8XA 4BRAA 4WQ5C 2ZGZA 2E2QA 2I7NA 2IVPA 2YJEA 2F9WA 5AQFA 2D1KA 2YHXA 1NGIA 1Z05A 4BC3A 3OHRA 2FF3B 1NGDA 1YVNA 1HKCA 3J8AA 1NGJA 3M1FA 3A8YA 1V4TA 3VGKA 4CZIA 4L3QA 1P8ZA 4H5NA 4MO5A 3H3OB 1GLFO 3AY9A 2HF4A 3MK6A 3O80A 4FWLA 4I6MA 5AQJA 3FGUA 3TU5A 3MDQA 3LDOA 2P9KA 2QWRA 3QBWA 2BUPA 3LDQA 3HTVA 5E84A 1ESVA 5AQMA 2ZWHA 3FZKA 4WQ4C 4BRCA 1XQSC 2QWPA 5AQRA 3C0BA 2D0OA 4BRQA 1DKGD 1HKBA 4FWNA 4BR9A 4JAXA 1GLBG 1QZ5A 4M63C 3SMSA 2V51B 3ZX3A 4B1VA 5KPRA 1RGIA 5LY3A 5AQUA 4DCHA 1NGHA 3VEOA 1X3NA 3DXKB 2P9LA 4BGBA 1C0GA 4KBOA 3WXJA 1D4XA 2E2OA 1YUWA 2QWQA 3KHYA 5LJVA 4FPBA 3LDNA 1CZAN 5ADXA 3WEEA 4BRIA 1DGKN 2QWNA 1Q18A 3BF3A 3SMPA 5F0XA 2CGJA 1IG8A 5LJWA 3FE1A 3VEVA 1C0FA 1U2VA 4CD3A 5KPZA 1T6DA 1HJOA 3CIPA 4FOIA 3VESA 2GUPA 5FPEA 2AP1A 5BN8A 2E2PA 2QWMA 4FWSA 4NO7A 1DEJA 1K8KB 4FOEA 4MLHA 3EN9A 4B1ZA 4BRDA 1QQNA 1MWKA 5F1XA 1NM1A 4BR7A 4FO0A 3F9MA 4H5VA 3BP8A 5AQIA 4ISEA 1GLAG 1HLUA 1GLDG 4EHTA 3AAPA 4J8FA 4CZMA 3ZETA 4BC4A 4BQLA 4A62A 3L4IA 3QB0A 4BRHA 3U9DA 5BN9A 4CZKA 4PL8A 2P9SA 2NLXA 4RCHA 4A2AA 5KQ8A 4BVOA 3HI0A 3UKRB 4YDUC 5JMVA 4O5FA 1G99A 3KZBA 3A5OC 3EL2A 2KHOA 5EOYA 2YJFA 3DXMB 3MN6A 3ULEA 1BWFO 1QHAA 3QFUA 1YXQA 2P9PB 4FWMA 4K41A 4JD2B 4PL7A 1ATSA 1SQKA 3H46O 4M7XA 4IWVA 3KVGA 5EY4A 5AQKA 4E1JA 4GNIA 3VERA 5BRFA 3VF6A 3P4IA 3I8BA 4H5TA 4BR5A 4BROA 3HZ6A 2E1ZA 4M7YA 5KQDA 3GOIA 4CZHA 3VGLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KKSA 1SZ2A 4OGEA 3RRHA 3TARA 3BUZB 3CCMN 4KB0A 1WSGA 3KWIA 1NKCA 1R0AA 4CBUA 4H0PA 2KKZA 4NXMK 3CI5A 4YY3K 1XMOK 4Z4GA 2OTLN 5MLCQ 2FSJA 3ENBA 2E6MA 1KAYA 1TKDA 5J2NA 1TK0A 2V52B 3HP9A 4KHPK 4DV4K 3G6EN 4FCYA 3ZLJA 4FJ5A 1S1XA 2OPPA 4TSXA 1NBWA 1X9JA 2CGKA 5AZJB 4NCAA 4CIEA 4N56A 3OTOK 3MWPA 4DLEA 4CGJA 3FZHA 4JKFA 3WXLA 1IV0A 4ZHRA 5AQTA 4DG1A 2G8HA 3H3NO 4M3XA 3R8EA 4LFCK 2E6LA 4WQ5A 1HNXK 2HHSA 2EX3A 2Z1JA 3IKMA 3CFRA 1VQPN 3VF2A 1RT7A 3GBTA 1YT3A 4M3RA 1VSHA 5AR0A 1I94K 2Q97A 3MXMA 1RTDA 1JCFA 3VEYA 2G8FA 1KC8O 4DR6K 3THXB 3V9UA 3NVMA 5GAGP 4E3SA 4BRMA 1U4BA 1KCFA 3KLGA 5BPMA 4E1MA 4FLWA 1R59O 4K25A 3RSEB 2IIRA 2HHQA 2DPNA 1NWKA 4WQ4A 4DF8A 3KK2A 4LF9K 2NRTA 3BZKA 1ASWA 4EHUA 1HNZK 4KI6A 3CXCM 4DQQA 3MCAB 3SCXA 4FWRA 3NHGA 1NK0A 4IDHA 5AQSA 4M45A 5C12A 3MEDA 1K9MO 1JLGA 4IJNA 4FJKA 4BY9C 2RKIA 3EO3A 3AVJA 4CBXA 1IG9A 4CJPA 3VOVA 3CG7A 4CHZA 3VGMA 4KH4A 1C1CA 1SKSA 3FLCO 4JI2K 4E0DA 2E88A 4JD2A 5ELZA 1L3UA 5JS2A 3D7EO 2EWSA 3UE5A 1KSPA 3JYTA 3DOLA 1NGAA 1JCEA 4DFJA 3DLHA 1ASUA 2HNDA 3MN9A 4EAHD 3CJCA 4RG8A 1YVUA 4KHNA 1BOTO 1S3XA 3H08A 3VQEA 2PY5A 2P1JA 4IFEA 2GX9A 3CJ7A 4Z4FA 1X9SA 2E4LA 4U7BA 4B1UB 4QOZB 1O13A 3AVKA 1ASVA 3F73A 4LF7K 1EXQA 2A40A 5HP1A 4IDKA 2Q0RA 1FKOA 3H45C 3THVA 1Q8IA 3QEIA 2WUSA 4F4KA 3DI6A 5CY4A 2A3ZA 4HCBA 4CVNE 1GLLO 1KQSM 1SS6A 3C7NB 4JI5K 1ZBLA 3PIOL 1TUUA 2P9IA 4HCCA 3VQAA 2YHWA 3L0QA 5J2MA 3PLAA 1QZ6A 5GAEP 5JLHA 1VHXA 5H1SQ 1KVAA 4X64K 2FLOA 3J80O 1J5EK 1NGEA 4NYFA 4DUYK 3F9KA 3TTCA 3WNGA 4CZLA 3C6AA 4WYBA 3QFPA 1F21A 4B9NA 2H3GX 3OJUA 5EXWA 4A57A 4YHHK 4E7JA 3NMUA 3QICA 3R9PA 4WFNL 3EEQA 2OANA 4LH5A 4JKDA 5I3UA 1YITN 3NAEA 1QQMA 4OKKA 4IOCL 1GOAA 1MA9B 2VG5A 3HPHA 3E9PA 3KLFA 3FZMA 3I0RA 4CJRA 1KD1O 1NK5A 3DJCA 4BE7B 3E9OA 4DR3K 3SQ0A 1WN7A 1E4GT 1YF5L 1WSIA 2P9KB 4BG8A 1N33K 3I56N 3P83D 4BDYA 3DRSA 3HM9A 4B3TK 1E4FT 4NYNA 4BRFA 4ELTA 3QINA 2HHUA 3DLRA 3S3OA 3WXMB 3ZSZA 3HJFA 1TGOA 4FJ9A 1TAUA 4MDBA 4N47A 4A2BA 3ZSOA 1SKWA 4FM0A 4BEBA 1S1TA 2O8DA 2KFZA 4YOWA 5J2QA 4HUGA 1BIZA 4B1WB 2QW9A 4CI6A 1YJWN 3HM8A 3LAMA 1RBRA 4QS7A 4AHRA 1P90A 4CZJA 3R6MA 1VQON 4FLXA 2IVNA 4FLVA 3OJSA 2P9UB 1A5VA 1VSIA 5C0YA 3UIQA 3O1WA 1U2VB 3HOTA 1VRUA 3E66A 3J7YP 2Q1NA 2I7PA 3VQ8A 2PZSA 2NRWA 4IXCA 4QS9A 4JNEA 2Z1IA 3PX6A 3KD1E 1RBSA 3CJ1A 2XY6A 5LMNK 1NG9A 4H0XB 4DV5K 3PIPL 3T3FA 4CJUA 4RTFD 4DU4A 3OBYA 5AQLA 3LWLA 3VN5A 2HF3A 3A0IX 5KGXA 3AARA 5KRSA 1HNVA 3TI0A 2NRZA 4NCBA 4C8MA 1JXBA 3CCEN 4FJXA 4M42A 2P9SB 5BREA 3ZX2A 1T44A 3VA0A 3IAYA 4H03B 3V9SA 5AZJA 2HW3A 4FJMA 3O4NA 3H1QA 3LPTA 3K9KA 3CCLN 4BREA 1VSLA 3L2RA 1T05A 3U8XA 4BRAA 4WQ5C 1J9AA 5GIPA 2I7NA 3AA2A 3V81A 4A59A 4E7IA 5AQFA 3T69A 3RR7A 2YHXA 4HUFA 1NGIA 4BC3A 4YFUA 2BDPA 3OHRA 3TTFA 4IOAL 3ZSYA 3NH1A 3EE9A 3TSPA 1YVNA 3MWTA 3KK1A 3VGKA 4KKOA 1EWRA 4CZIA 5HLFA 4KHSA 3H3OB 1GLFO 3SAHA 2HF4A 2KTQA 1B92A 4KREA 2DTUA 4FJHA 2HBMA 5LL6Z 1HPZA 2QXFA 1W2BM 1HYSA 4DTMA 2BUPA 3G10A 3THXA 3HTVA 1OVQA 4GKKK 1SL0A 4WQ4C 4BRCA 5AQRA 2QWPA 5HRNA 2D0OA 1DKGD 3VQ6A 4JAXA 2UU9K 1IBKK 1WSEA 2O8EA 4DSEA 3ZX3A 4B1VA 3AA4A 4CF8A 3KIOA 1JLQA 1X9WA 3DRPA 3OYHA 4KBOA 3QEXA 2JLEA 1FKPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SUP A;  3WXJ A;  1YUW A;  3LAN A;  3S5T A;  3RVC A;  1EO1 A;  1CZA N;  4E89 A;  4CW7 B;  5SZT A;  3EYZ A;  2BAN A;  2QTD A;  3K2P A;  4C1N I;  3FE1 A;  2O8C B;  2UXC K;  1RNH A;  1U2V A;  5KPZ A;  3CIP A;  4WCE L;  2HNZ A;  3VQ4 A;  4FWS A;  1DEJ A;  4LF6 K;  3EN9 A;  4RW9 A;  2D0B A;  2Y1J A;  4BRD A;  3DLB A;  3VMF B;  4FJJ A;  1MWK A;  1Q9X A;  1O1W A;  1WLJ A;  4B3S K;  1C1B A;  4H5V A;  3SZ2 A;  1L3S A;  2VG6 A;  1J54 A;  3D0P A;  3LP2 A;  3NH2 A;  1GLD G;  4QAG A;  3ZSQ A;  4OJR A;  4KH6 A;  2G8W A;  3ZET A;  4BC4 A;  1VQN N;  1RT5 A;  1FXX A;  1VQ4 N;  1FJG K;  5BN9 A;  4F2R A;  4CZK A;  2P9S A;  4DTJ A;  2NLX A;  4RCH A;  4FZY A;  4BVO A;  4IFV A;  3HI0 A;  5JMV A;  1G99 A;  4ICL A;  2G8I A;  2KHO A;  3LWM A;  1HQE A;  2YJF A;  3NE6 A;  3DXM B;  3ULE A;  4OPJ A;  1WSF A;  4CEC A;  1QS4 A;  3AVG A;  5T7B A;  4M7X A;  3VQ5 A;  1TKZ A;  4XIU A;  4JI3 K;  5BRF A;  3IG1 A;  4JLH A;  1HNI A;  4H5T A;  4BR5 A;  4BRO A;  2E1Z A;  4B3O A;  3GOI A;  4CZH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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