3K9JA

Transposase domain of metnase
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
224
structure length
201
Chain Sequence
PHELTENQKNRRFEVSSSLILRNHNEPFLDRIVTCDEKWILYDNPKKVMVTIWWSAAGLIHYSFLNPGETITSEKYAQEIDEMNQKLQRLQLALVRRKRPILLHDNARPHVAQPTLQKLNELGYEVLPHPPYSPDLLPTNYHVFKHLNNFLQGKRFHNQQDAENAFQEFVESQSTDFYWTGINQLISRWQKCVDCNGSYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Histone-lysine N-methyltransferase SETMAR
publication title Crystal structure of the human Hsmar1-derived transposase domain in the DNA repair enzyme Metnase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transferase
total genus 65
structure length 201
sequence length 224
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.43: Histone-lysine N-methyltransferase.
pdb deposition date 2009-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3k9jA00
3K9KA 4R79A 5CR4A 5HOOA 2F7TA 3F2KA 3HOSA 3K9JA 4U7BA 4MDAA 3HOTA 4MDBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1OA 3TANA 4DR3K 4EIAA 1CXQA 4YOWA 5GAEP 5C0YA 5J2QA 4KPYA 4CHZA 3LWMA 4KB1A 1BIUA 1IKVA 1EP4A 3VQEA 3DM2A 4ZHRA 3KLHA 4CJ5A 1ITGA 4KRFA 4J2EA 4E7JA 4ZTFA 1ZYQA 3UE5A 4ZTJA 1HYSA 3I33A 4BY9C 3SAGA 5GINA 3DWLA 4H5RA 5AQQA 1QQNA 5J2PA 2O8DB 4CECA 1CZAN 4NCAA 4BC3A 2OTJN 4OPKA 3NCIA 1HYVA 3RSEA 4H0VB 5TKYA 1IBMK 3Q7BA 3ID6A 4BE0A 3THYA 5BPNA 2BGGA 3FZKA 4DTMA 1NKBA 1T6DA 2X74A 3DRSA 4FWOA 3ZT0A 3RMBA 1Z6RA 4CF8A 1T05A 4YOVA 2ZM6K 3BGRA 1DGKN 1OH5A 1NGHA 4JK8A 3J7AP 3THVA 4DV2K 5KPRA 4Q5VA 5DM6L 3THXB 3VQCA 3D2EA 4DG1A 1JLEA 3PUFA 1NGDA 2NNWA 2P5OA 4FZXC 3MK6A 1KRPA 2E2NA 3K58A 2ZD1A 4J2DA 1JL2A 5I42A 3MXJA 1VQ4N 1QSLA 2O8EA 3OY9A 4JAXA 4O0JA 3QESA 3CI5A 2FBYA 2R7YA 3SPZA 4BR0A 2DFHA 4NB4A 4BRPA 2W6KA 5JICA 4O4GA 4AQYK 3P31A 4JI2K 4DQRA 5HOOA 1UAXA 2ZJPL 1BHLA 4NXNK 1V4SA 2UXBK 4H5NA 2G8IA 3R1XA 1JLGA 3VQ7A 4H5WA 4CEFA 4KH5A 4DFKA 2EWSA 5HRNA 4DR1K 3CJCA 2O8CA 3SYZA 1RGIA 3VERA 3EL2A 1ZBFA 4CJ3A 2PYJA 1VQLN 4CK3A 1XUPO 1ATSA 4KHYA 1YVUA 2D4WA 3SQ2A 1CZBA 3CQ8A 3HXMA 4JKEA 1TUUA 4Y1DA 2BANA 3TTDA 3RSEB 2CH5A 2YHXA 1CLQA 1X3MA 4C8NA 4W5QA 3VA0A 4CBXA 3THYB 3H3NO 2VQFK 4W5OA 1S9GA 1LWFA 1KVBA 2PFUA 5DK5A 3T7ZA 4HTUA 2A1SA 5KRSA 1ZBUA 2Q0RA 3AA2A 1YI2N 1J5EK 1KLMA 4AH9A 1QVGM 4B9SA 4KHQA 4BE1A 4HUEA 2ITMA 3VF2A 5LMUK 4MO5A 4B9QA 1A5VA 3RRHA 4A2BA 3V1QA 3L3UA 3ZLJA 1VQ7N 5BN8A 1C0TA 3AVJA 5C10A 3QIOA 4FPBA 5AQTA 4FCYA 4Z0UA 4B3SK 3O3FA 2W41A 3ENOA 3VGKA 4Z4EA 4N47A 1U2VB 1JCGA 2UU9K 3K9JA 4LSLA 5AFUA 1KQSM 4I7FA 3TWHA 3HM9A 1VQON 4WFNL 1RNHA 2O4IA 2HNDA 3CCVN 2XHBA 3KVGA 4O5FA 3CHWA 2I5JA 3QETA 1LAVA 2ATQA 3OYDA 3G6EN 4UY8O 3E9OA 4FJMA 1KC8O 2O8CB 5M1KA 3AVFA 5GIPA 3DOLA 4OJRA 1XC9A 1Q9XA 4CEZA 4LF8K 5KI6A 3V9ZA 1C1BA 1EWRA 3CCRN 3WNEA 3O3GA 1N32K 1GLCG 2GX9A 3SV3A 5CYQA 1RT3A 5CR4A 5HLFA 4DS4A 1K8AO 4PKIA 1XWLA 2D0PA 3I55N 2D0BA 2VG5A 3HOTA 4N56A 4MDBA 4QCLA 5MLCQ 1BWFO 2ZE2A 4CGIA 3N4QA 1X9MA 2NZTA 1YJWN 5C25A 5M1PA 4CF1A 3MN5A 4IEIA 4RWTA 4W5NA 2B6AA 4Z4CA 2HNZA 4JYAK 3LZJA 1RBVA 1NGBA 1NJYA 3HSCA 2A5XA 4YDUA 3NFAA 2QM1A 5FROA 4CD1A 3SUNA 3DRPA 5HL7L 3VQQA 1Y64A 4BDYA 3KD5E 2IVNA 4DF4A 1IO2A 1BI4B 3C95A 2W42A 3QEIA 4BR7A 1XMOK 3FZMA 2YX6A 3CIPA 3OYGA 4PUOA 3SUQA 2X6SA 1FJGK 1BIZA 3DLBA 4I6MA 4QS7A 5AQJA 3V1OA 3QLHA 1XI1A 2FSJA 3MN9A 4BRFA 2QW9A 1HMVA 3WXIA 3T19A 3HPHA 4GKKK 5FLXO 3O4QA 3KKSA 2ASMA 4A2AA 3PX0A 5GAGP 1GLLO 3CMEN 2FXUA 5A2QO 3VGLA 3ZETB 1B9DA 3GG4A 4FJ8A 1QVFM 5KRTA 2FBXA 3AY9A 4BG8A 5KTQA 1Y97A 3K5MA 3K2PA 4K0KK 4XH4A 2HHUA 1N5YA 3KLIA 3AO1A 5J2MA 4B1VA 1KCFA 4ILHA 2BH1A 1GLBG 2HOEA 4BQLA 1RDCA 4CEOA 4O5BA 3HJFA 1IBKK 3MX5A 4AHSA 3FFIA 3OW2M 3L2QA 1R0AA 2VQEK 3DLGA 4BDPA 2E20A 3HYFA 1VSIA 3MWTA 3ATVA 3PSFA 3J81O 3VGMA 1Q7YO 1XHXA 3OA9A 3AO4A 1RTDA 1TL1A 2QEXN 3HSTB 4AM7A 1U47A 4YY3K 2QTDA 4G9ZA 1JJ2M 3IS9A 4WE1A 2Z1GA 4Z4GA 3C7NA 1C1CA 4LF4K 3G71N 2HBKA 4FOEA 3J7ZO 3ZSVA 4JD2A 4C8KA 3NH1A 3IRXA 4C23A 5ADXA 2A3ZA 3HRGA 4NO7A 5AQRA 4DSKA 3EEQA 4CF2A 4F4KA 4H8KA 2WONA 2ZJRL 4BE2A 3O1WA 1WSIA 4I6MB 1HR0K 2HW3A 1RTJA 3M5RA 5TKWA 4KI4A 4FLWA 4JKGA 1RTHA 3SAFA 1K8KA 1YAGA 1Q8IA 4B9MA 2P9NA 3C6UA 2JWLA 3KJVA 3K59A 1BDGA 3LM9A 3VQ9A 1QSSA 1QSYA 2E5LK 2P1JA 3OS1A 3QFUA 4DV0K 1GLAG 3D7EO 1M90O 2E8AA 2V51B 4H5TA 4KV8A 2GV9A 4BREA 4X62K 4BR2A 4OKKA 4M3XA 4JHDA 2DFEA 2ZWHA 3AA3A 3F2KA 1NU0A 2HSTA 1I39A 2YNHA 4W5TA 4A61A 1BQNA 1NKCA 3VEYA 4M3UA 1SZ2A 5C42A 1RDBA 5AR0A 3VQDA 4FLXA 1CXUA 5LL6Z 5AJ3K 3KWGA 4C1NI 3O9QA 4E1NA 5AQMA 3HPGA 3O1BA 1VQNN 3LDQA 3LP2A 2QWQA 4DTXA 4OKEA 3J8AA 1QHAA 1A5XA 1KAXA 4IXCA 4KH6A 1TKZA 3VMFB 4NCGA 4DTSA 2QWNA 3V9XA 2NUBA 4V19S 3L2WA 4GNIA 3D6RA 3CC2N 3WQTA 5LY3A 4B1UB 3ZT4A 2OZMA 1BCMA 1U04A 1HPZA 3B6PA 3NH0A 2GWJA 2P9KB 3I8BA 5LJWA 1HKBA 2ZJQL 5FPMA 4C8MA 2VCPA 2WBNA 3ZEUA 3BY5A 4DS5A 4JKHA 3HVTA 2PYLA 4JD2B 3G0ZA 4IO9L 4GY2B 3U9ZA 2O8BA 4J8FA 4EHTA 3TARA 3WT0A 3V9WA 2GUIA 4CEBA 4JI6K 2ZQBA 4CE9A 5FRMA 4JKGB 5C24A 1K8KB 4IOAL 3QO9A 4E19A 1RBTA 4YOUA 3CCJN 2P9NB 3CD6N 1JXEA 1TK5A 1HNWK 4IBNA 5BPMA 3CC7N 3BZCA 2Q3SA 3CYMA 4EZ9A 1KFSA 1X1PA 2QWOA 2PAVA 3SPYA 4L8RB 4CEDA 3FLCO 1JKHA 3CJ9A 4KREA 3CC4N 3HPOA 1EQYA 2GUPA 1W2BM 1L3UA 1IKWA 3G10A 4JHDB 4EZ6A 5CE3A 3LDSA 3KTQA 1BL3A 4GV6A 2HHVA 1DEJA 4JI8K 5AQOA 2DTUA 3VF4A 3M8RA 4BGAA 4RW7A 1FXXA 4E7IA 1QQCA 4GV9A 4ID1A 4BGBA 1DKGD 1ZBSA 5CHIA 3WNHA 1NMNA 4CHQA 2HBLA 2RKIA 4M7XA 1RT1A 4FLUA 4BC5A 4WQ4A 4CGHA 5FPNA 3DXKA 4LY7A 2WUSA 5HP1A 3L8BA 1NK7A 3CCQN 1LAWA 4IOXA 2RPIA 1NM1A 3HT3A 4KI6A 3NDKA 5AQFA 4HHTA 1LWCA 1ASWA 1YT3A 2V7YA 1SKSA 4CGFA 3QINA 3I8DA 3ZCMA 1JLBA 3HOSA 1SV5A 2F9WA 1H1VA 2HHHK 3L6QA 4M3YA 2O8BB 4DSLA 3CCLN 3V1RA 3NHGA 5GAHP 2G8UA 4ICLA 3PSIA 4JS4A 2E6LA 1JLAA 3M6GA 5HROA 5AZJB 4CJWA 1VSMA 3AVMA 4FYDA 3G4SN 1HKCA 4IFVA 2HHXA 4EP5A 3CPWM 3V9UA 4JI1K 4LF9K 5JS2A 2W6LA 1TGOA 5BR9A 4TSXA 1E3MA 4ISFA 4CJ7A 1YHQN 1IBLK 3HK2A 3QERA 5FDLA 4DLGA 3VA3A 1RT7A 1XQSC 3C65A 4KTQA 4B9NA 3MEGA 1UA0A 5C2DA 3QEWA 4QAGA 3S41A 1W0HA 1W97L 3L3VA 4CZLA 4O8UA 4AHVA 2CH6A 3VTIA 4KTWA 4HUGA 3UKUB 2P9UA 2A40A 3LM2A 1WB9A 3OYHA 1GOBA 3LL3A 3EN9A 3F9KA 2A41A 3QDKA 5KPZA 1KAZA 4L3QA 3ATUA 3VEZA 1BOTO 1L3TA 4A59A 3AVNA 4DSFA 1I94K 3CJBA 2E2QA 3LDNA 4R79A 3SI6A 3SQ1A 4CEAA 3PY8A 2Q1NA 3H3OB 3AVLA 5AQWA 1N34K 4CI6A 1P90A 4I2PA 4YOYA 3L2VA 1YJ9N 2JLEA 3OYBA 1NMDA 2D0OA 1NK4A 3H08A 3D2FA 3OHRA 3NGYA 2F4VK 4QS9A 2YNIA 4LH4A 2YKNA 3CFOA 4CZIA 4YDUC 4FK4A 3EKUA 3O4WA 4BRQA 4PHTX 3D45A 2Q2RA 3CJ7A 2QI2A 2UYTA 3R3LA 3LALA 4KHPK 2VG6A 4A5AA 5H1SQ 1NGIA 4GV3A 1NLVA 3OBWA 2RF2A 2RN2A 4DR2K 4DTJA 3VEOA 1BO5O 3ZSXA 3P39A 3AVGA 4CD3A 3VESA 5AQVA 4DQ8A 2YCHA 1WOQA 4CGGA 3V9SA 3AVHA 5BR8K 4ELUA 1RCHA 3QB0A 4BRHA 2X78A 4CFDA 1ZC6A 2G8HA 5K14A 4GKJK 4CHYA 4E3SA 3D2EB 4B9TA 1LOTB 1S6PA 3FR0A 3RR8A 3ZT2A 3RWUA 4WCEL 5SZTA 1HX1A 1J6ZA 2KQ2A 1SUQA 2O8EB 1FKOA 1Z05A 4ILJA 4BVOA 4OLBA 1V4TA 2P9UB 5KGWA 4CIGA 1S1VA 4MFBA 4CESA 4DR5K 4CF9A 5JLHA 3ZX2A 3EE9A 1LV5A 2XY8A 4KFBA 3T1AA 4FLYA 2O4GA 4ISEA 4DLEA 3WUHA 5T7BA 3E01A 2F9TA 2NRTA 2AP1A 1RDAA 3AVIA 4CCHA 3C6TA 3P1GA 3L4QA 4JK9A 3MECA 2GEMA 3IAYA 5AQPA 3AVBA 1SS6A 1HKGA 1GLJO 4AHRA 3F73A 4PL8A 3CCMN 4Y0WA 1YIJN 4FJGA 4IG0A 1E4FT 4YOXA 1VRTA 5I9EB 4DQIA 3O5BA 2Q97A 3D2FB 3E9PA 4CJTA 1YXQA 2IIRA 5BN9A 4CJKA 3NMUA 1A5WA 3PX4A 2I7PA 3QNOA 3RVCA 3V6DA 4NYNA 3JSMA 2Q31A 4N5SA 4KB0A 1KTQA 1VK0A 2FLOA 3BF1A 4LF7K 4M7YA 4BR4A 1VHXA 3T69A 3H6EA 4BR9A 3DI6A 1Z25A 2OCEA 4CHPA 4CJRA 4JRPA 4CBUA 4WYBA 3KLEA 3LPTA 4FJXA 3F9MA 3SLCA 1SL2A 4Z94A 4ILGB 2HVHA 3F5TA 4AM6A 5BREA 3VENA 2QKKA 3TI0A 1I3AA 2NRWA 4KTZA 4CGDA 3TAMA 3I0SA 4WQ5A 1YUWA 3MDQA 4X64K 3G25A 3M1FA 4DV7K 3GDQA 3VPZA 2F96A 2KHOA 1XNQK 4MLEA 4H4OA 3ZSOA 2VWKA 3MN6A 1QZ6A 4BC4A 4CEQA 2NRZA 1BA0A 3RRGA 1NK5A 3EKSA 3ZSQA 2HBMA 2QWRA 4UQGA 4O44A 4GVEA 2YHWA 4DF8A 1K73O 2EX3A 2Z1JA 3U4LA 4WFAL 4CFCA 3TAGA 4JV5K 3C0BA 2WTUA 4WF9L 4PKGA 3QEVA 1NJIO 4IFYA 1GLEG 4CJ4A 3AV9A 1HQUA 4RW6A 1G99A 5BRFA 4KHWA 3QIPA 3O80A 5JMVA 3MXIA 4BRIA 1T6CA 4HWIA 3NVKA 3DLLL 1WN7A 5AQGA 3S3NA 3AVKA 1L3VA 3C6AA 2PZSA 3CM5A 2A42A 3CXCM 4H0XB 3A8YA 4NLCA 3U9DA 1HNVA 4DWIA 4OGEA 3NE6A 1RDWX 1VQ9N 5C12A 2OPPA 4N41A 1TYQA 4N76A 1EWQA 2BDPA 1HPMA 2Q36A 5KGXA 4O55A 3PLAA 4Y1CA 5BRHA 5AQSA 4EP4A 1IKYA 4FWLA 1RDUA 4RCHA 1HNZK 1MU2A 5BRDA 3JYTA 2QWLA 3CFRA 3CF5L 2P9PA 1OH8A 1KD1O 3SQ0A 3AO5A 2O8FA 4CZFA 4OLAA 1REVA 4J2BA 3P5JA 5LJVA 4JK7A 1YVNA 4AHCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3K9K A;  4R79 A;  5CR4 A;  5HOO A;  2F7T A;  3F2K A;  3HOS A;  3K9J A;  4U7B A;  4MDA A;  3HOT A;  4MDB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5M1O A;  3TAN A;  4DR3 K;  4EIA A;  1CXQ A;  4YOW A;  5GAE P;  5C0Y A;  5J2Q A;  4KPY A;  4CHZ A;  3LWM A;  4KB1 A;  1BIU A;  1IKV A;  1EP4 A;  3VQE A;  3DM2 A;  4ZHR A;  3KLH A;  4CJ5 A;  1ITG A;  4KRF A;  4J2E A;  4E7J A;  4ZTF A;  1ZYQ A;  3UE5 A;  4ZTJ A;  1HYS A;  3I33 A;  4BY9 C;  3SAG A;  5GIN A;  3DWL A;  4H5R A;  5AQQ A;  1QQN A;  5J2P A;  2O8D B;  4CEC A;  1CZA N;  4NCA A;  4BC3 A;  2OTJ N;  4OPK A;  3NCI A;  1HYV A;  3RSE A;  4H0V B;  5TKY A;  1IBM K;  3Q7B A;  3ID6 A;  4BE0 A;  3THY A;  5BPN A;  2BGG A;  3FZK A;  4DTM A;  1NKB A;  1T6D A;  2X74 A;  3DRS A;  4FWO A;  3ZT0 A;  3RMB A;  1Z6R A;  4CF8 A;  1T05 A;  4YOV A;  2ZM6 K;  3BGR A;  1DGK N;  1OH5 A;  1NGH A;  4JK8 A;  3J7A P;  3THV A;  4DV2 K;  5KPR A;  4Q5V A;  5DM6 L;  3THX B;  3VQC A;  3D2E A;  4DG1 A;  1JLE A;  3PUF A;  1NGD A;  2NNW A;  2P5O A;  4FZX C;  3MK6 A;  1KRP A;  2E2N A;  3K58 A;  2ZD1 A;  4J2D A;  1JL2 A;  5I42 A;  3MXJ A;  1VQ4 N;  1QSL A;  2O8E A;  3OY9 A;  4JAX A;  4O0J A;  3QES A;  3CI5 A;  2FBY A;  2R7Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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