The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
187
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structure length |
187
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Chain Sequence |
AMNSVFSGLDMLILLPYERRGTRLVVEDYRPDHIYCIGADFGKNQDYSVFSVLDLDTGAIACLERMNGATWSDQVARLKALSEDYGHAYVVADTWGVGDAIAEELDAQGINYTPLPVKSSSVKEQLISNLALLMEKGQVAVPNDKTILDELRNFRYYRTASGNQVMRAYGRGHDDIVMSLALAYSQY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Terminase large subunit
|
| publication title |
Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Thermus phage g20c
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| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
64
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| structure length |
187
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| sequence length |
187
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5C2D A; 5C12 A; 4IFE A; 5M1F A; 3C6A A; 4IEE A; 5M1O A; 5M1N A; 3C6H A; 5C15 A; 4IEI A; 3CPE A; 5C2F A; 4IDH A; 5M1P A; 5M1Q A; 5C10 A; 5M1K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3H1Q A; 3MK6 A; 3ZX2 A; 4BDP A; 3R1X A; 4H0O A; 4CBX A; 1BQN A; 4M63 C; 4BRD A; 3VEN A; 3VMF B; 3OYL A; 4LD0 A; 5BR8 K; 1TV6 A; 4J2B A; 3BZC A; 1U47 A; 4KO0 A; 4FJ5 A; 3F9K A; 3JSM A; 1TYQ B; 4BC3 A; 4UY8 O; 5GAG P; 2VGM A; 1U45 A; 4NXN K; 4A2B A; 3SV3 A; 4FM1 A; 4OGE A; 1S5J A; 2YNG A; 4FLY A; 3A5L C; 2B6A A; 1MA9 B; 3PV8 A; 4ELU A; 2HHT A; 2OTJ N; 4MLH A; 4B8C A; 4PUO A; 2GUP A; 2EWS A; 1K6Y A; 4M42 A; 2OA8 A; 4A5A A; 1ATS A; 3HM9 A; 2ZJR L; 4DFK A; 1GLB G; 3HVR A; 4DF8 A; 3KVG A; 2BTF A; 3AO1 A; 4K43 A; 4PKH A; 5AQF A; 2HW3 A; 2VWJ A; 4GVM A; 3OYN A; 4RCH A; 2KW4 A; 4CEQ A; 2R7Y A; 3U3Y A; 5E26 A; 2O8C B; 4CHZ A; 2IVP A; 2P9P B; 1VQ7 N; 4CHQ A; 2WOM A; 3THX B; 4WCE L; 3SAH A; 3I8B A; 3CPE A; 3AA3 A; 3J7Z O; 4KB0 A; 3TTD A; 4DWI A; 2RN2 A; 4DSL A; 4BGA A; 4Q5V A; 1KFD A; 4AHV A; 3ULD A; 4AQY K; 1K8A O; 4LFA K; 3P31 A; 3U4L A; 5KQD A; 4DQR A; 1YAG A; 4BRA A; 4BRN A; 2X6S A; 1TGO A; 4OPJ A; 3MMV A; 4BRP A; 3QET A; 3THV A; 4CED A; 5EU7 A; 4KHU A; 1E4F T; 4KBO A; 5AZI A; 1GLF O; 3H3O B; 3QES A; 4JK8 A; 3RMA A; 4FZY A; 1RDU A; 3VPZ A; 3AAP A; 1FXX A; 3CCL N; 1S3X A; 3VQD A; 2PYL A; 2IGI A; 3DM2 A; 1P8Z A; 1NGI A; 3A5O C; 3NF8 A; 3A2F A; 5HOO A; 2RF2 A; 3TAN A; 2YNF A; 1BIU A; 4AHT A; 4H4O A; 4JKF A; 4JHD B; 1BA0 A; 4DLG A; 4I9Q A; 1JLA A; 3T7Z A; 5JVG L; 3MXI A; 3PSI A; 5JVH L; 3KZB A; 4CBU A; 4LF7 K; 4FLV A; 3KLH A; 4V19 S; 5BN9 A; 5AR0 A; 2KHO A; 2V51 B; 3OHR A; 1GLJ O; 3OS2 A; 2PZS A; 4LSN A; 1T7P A; 3WEE A; 3DRS A; 3IUC A; 3VES A; 1LWE A; 4DB3 A; 1WB9 A; 2P9U A; 3I0R A; 2UXB K; 4IG3 A; 5LMU K; 4CJK A; 4MFB A; 3CM6 A; 1S1T A; 4FWK A; 5AQQ A; 3NAE A; 3VQP A; 1NGD A; 3OYD A; 5AQR A; 5B8H A; 4W5O A; 4DV1 K; 4BR4 A; 3AA2 A; 5KI6 A; 3L2U A; 2HVI A; 3O5B A; 1WBD A; 3CFR A; 1S9G A; 4DSE A; 2A1R A; 3WT0 A; 3WNF A; 4CFD A; 4CJ4 A; 4EIA A; 1HMV A; 3D2E A; 2NRV A; 2P9S A; 4KHY A; 4LF5 K; 2GEM A; 3G4S N; 4OGC A; 3J80 O; 3ZT0 A; 3B6O A; 3DLK A; 4B08 A; 5BPN A; 2Z1H A; 4KRF A; 2O8D B; 4DSK A; 3PO4 A; 4GNI A; 4YDU A; 4RWT A; 2QTD A; 4WF9 L; 3D6R A; 2O4G A; 4ISE A; 4DTX A; 2NLX A; 1T44 A; 2WFB A; 2DFE A; 3QIN A; 3AVH A; 4GV6 A; 3SMP A; 3CXC M; 3VF4 A; 2ZQB A; 1FW6 A; 3O9Q A; 1N34 K; 4KH5 A; 4BG9 A; 5FPM A; 4EAH D; 5C15 A; 3DWL A; 4I2Q A; 3O3H A; 1DKG D; 1T03 A; 1DGK N; 1JL1 A; 4OKE A; 4DSI A; 1MDU B; 1BGX T; 2W6K A; 1BCM A; 3LDN A; 1GOC A; 3HP6 A; 4F2R A; 1Q8I A; 4IKF A; 3AVG A; 3HOS A; 4J8F A; 4ZHR A; 1HX1 A; 4N47 A; 4H5V A; 4B1W B; 1BG3 A; 1IO2 A; 4KHS A; 4GY2 B; 5A2Q O; 3C7N A; 4FWO A; 3WQT A; 3HPO A; 4FLX A; 4Q0B A; 1NK4 A; 2QWL A; 4EHT A; 1TAU A; 4M41 A; 4DQQ A; 4JI8 K; 3L2Q A; 2E88 A; 2EX3 A; 4CIF A; 3LDO A; 1QVG M; 4CI6 A; 1JLQ A; 4K8X A; 3D2F A; 3ZSV A; 4CGI A; 5J2P A; 2F8S A; 1L3V A; 3UE5 A; 1JL2 A; 2O8B A; 3DLR A; 2XY7 A; 4A61 A; 2PAV A; 3VQ8 A; 3ULE B; 4DU3 A; 1IBL K; 3B6P A; 1OVQ A; 1OH6 A; 4CEC A; 3QB0 A; 4JI7 K; 4ID1 A; 3VF6 A; 3QFP A; 1NGG A; 2NNW A; 4CGJ A; 4CZF A; 1KC8 O; 1NJI O; 3HJF A; 3H45 C; 5H1S Q; 2LSN A; 4GV9 A; 3NHG A; 3BDP A; 5JMV A; 3CG7 A; 3HM8 A; 3EEQ A; 2YNI A; 4JD2 A; 1UA0 A; 1JLG A; 1IH7 A; 1WSH A; 5HLF A; 4QS7 A; 4ID5 A; 3MAQ A; 1KLN A; 3CPW M; 2ASP A; 4MQ3 A; 2AJQ A; 2KZZ A; 4H5W A; 4DQ8 A; 2V52 B; 2O8F A; 3C6H A; 4FOE A; 3TAR A; 1RDC A; 4BDY A; 4FK2 A; 1D9F A; 1HNX K; 1SV5 A; 3M5R A; 2NRZ A; 1DT9 A; 1RDW X; 3AVK A; 4C23 A; 1BCO A; 2NRX A; 2X78 A; 2W42 A; 1L3T A; 4FXD A; 4IFY A; 4CFC A; 1RT7 A; 2A40 A; 4CGF A; 1C0M A; 1O13 A; 4DTJ A; 1B9F A; 4CIE A; 2A1S A; 1RBU A; 2ZD1 A; 3AAR A; 4J2E A; 2HHW A; 3DRP A; 2HOE A; 4YY3 K; 3K5M A; 5GIP A; 1W0H A; 3VA0 A; 4B9S A; 4CF0 A; 1NK0 A; 1J54 A; 4OLB A; 3KJV A; 1VQK N; 1BO5 O; 5CE3 A; 2CGK A; 5BPM A; 4UQG A; 3MEC A; 4IDK A; 4CEO A; 3ZCM A; 1D4X A; 2BGG A; 2B4J A; 3Q7B A; 4CJ3 A; 3TTC A; 1ILY A; 1ZC6 A; 4OPA A; 3ZX0 A; 2VWK A; 4FVU A; 3HZ6 A; 2FBV A; 3K9J A; 4E7I A; 1QSL A; 3PSF A; 5EVZ A; 4U7B A; 3SYZ A; 1I39 A; 1TUY A; 1XC3 A; 1TL1 A; 4A57 A; 1KAZ A; 5HRO A; 3AV9 A; 5AZI B; 3OS1 A; 4DSF A; 4DG1 A; 3OYA A; 3UKR A; 1KRP A; 2RKI A; 4MO4 A; 4L8R B; 4CW7 B; 1CZ9 A; 2FBX A; 4KRE A; 3HK2 A; 3J8A A; 4KV8 A; 4NXM K; 1OH5 A; 2G8I A; 3NH0 A; 1KVB A; 3SK3 A; 5AQP A; 2E1Y A; 3O3F A; 2FF3 B; 1HPZ A; 5M1Q A; 3OS0 A; 2YCH A; 4JKG A; 4AHS A; 2YKM A; 4KH6 A; 3TAB A; 3ALY A; 3CJB A; 2HB5 A; 3FFI A; 2YJE A; 2F9T A; 4IDH A; 4GKK K; 3EKU A; 1J6Z A; 4QS8 A; 3CET A; 2D5R A; 3A5N C; 3M8Q A; 4B1V A; 3LP1 A; 3RVC A; 3WEE B; 3E01 A; 2DFF A; 5LL6 Z; 5E84 A; 1L5U A; 3O1W A; 2P9U B; 3KWG A; 4FJM A; 3ENB A; 4X62 K; 1ASV A; 4ISG A; 3TPQ A; 3ZEU B; 1WN7 A; 3LAM A; 1KD1 O; 3O4N A; 4F3O A; 4CIG A; 1LAV A; 4DU1 A; 1CXQ A; 2P9S B; 1S1V A; 2NZT A; 3CI5 A; 2P9L A; 4BRE A; 1WOQ A; 2ETJ A; 2KQ2 A; 3P39 A; 3U8X A; 2Q2R A; 1KXP A; 1NJW A; 1MU2 A; 4O8K A; 5E41 A; 1GLL O; 4RW9 A; 3NDK A; 1IBK K; 3LDL A; 1WBB A; 3V1R A; 3CER A; 1VQ5 N; 3L8B A; 1NKE A; 4R79 A; 4CJS A; 1GLD G; 1SS6 A; 3L0Q A; 4H0V B; 3HPH A; 1Y97 A; 4WQ4 A; 5F2R A; 3CC4 N; 1XUP O; 4JNE A; 5I42 A; 1T05 A; 3O9S A; 2IVN A; 4BC2 A; 3LM2 A; 1NOY A; 3OYK A; 4DR1 K; 1VSJ A; 1VQ6 N; 1HKG A; 2ZJP L; 4YDU C; 1VSF A; 2E2Q A; 2D0P A; 1BWF O; 3CJA A; 4XH4 A; 3P38 A; 4DQP A; 3V9X A; 3O6W A; 1RFQ A; 3SLC A; 1NK5 A; 2O4I A; 4HUG A; 1WAJ A; 5AFU A; 3TU5 A; 2QXL A; 5FRM A; 5AQI A; 1BDG A; 2E8A A; 1XMO K; 4U67 L; 3ID8 A; 3WNE A; 1VAZ A; 4PKI A; 4EP5 A; 1BOT O; 1RDB A; 2XY5 A; 4LH4 A; 1IJJ A; 3CCU N; 1KAX A; 1JCE A; 3CCV N; 5CY4 A; 2E4L A; 1ITG A; 2AA4 A; 2F8T A; 3C7N B; 3QEV A; 5J2Q A; 4CZE A; 4C8L A; 4BR9 A; 2IDO A; 1FKP A; 2OPR A; 4DR2 K; 2FBY A; 4NCB A; 3G0Z A; 5KPR A; 3CM5 A; 1V4T A; 3JAM O; 4C8O A; 3D2F B; 3DLG A; 1XQS C; 4CF8 A; 3PX4 A; 4KTW A; 2O8B B; 1K8K B; 3VTH A; 1ASU A; 1W7A A; 3DXM B; 3P1G A; 3CHW A; 3RSE A; 4NO7 A; 3EN9 A; 4DR4 K; 5AQM A; 4BRI A; 1YT3 A; 3ZT2 A; 2F9W A; 3WXL A; 1EX4 A; 2P5G A; 3T69 A; 4DHY A; 1BI4 B; 4JK7 A; 1YXQ A; 3VN5 A; 4WFN L; 2GX9 A; 3IS9 A; 1RBT A; 1YVN A; 3LWM A; 2Y1J A; 2HF4 A; 1YJ9 N; 4E19 A; 2DY4 A; 2QWP A; 1D5A A; 4BY9 C; 1VQM N; 4BG8 A; 1VQP N; 3VQ5 A; 3J81 O; 2VQE K; 2HBL A; 5AQH A; 4KHN A; 4IEI A; 1VHX A; 5HBM A; 2Q3S A; 4CZH A; 5FPE A; 1XMQ K; 4FO0 A; 4IXC A; 2Z1J A; 3QBX A; 2HBK A; 2VG5 A; 3IMX A; 1S72 N; 3AO3 A; 2G8F A; 3NGY A; 4CK1 A; 4LY7 A; 3THW A; 1VSE A; 5M1O A; 2GUI A; 3ZSO A; 2D0B A; 2RHK A; 4CCH A; 2F96 A; 3O9R A; 4B3M K; 1REV A; 1HKB A; 2ZF5 O; 4RTF D; 3RR7 A; 4M3R A; 2J4R A; 1E4G T; 2QKB A; 1U49 A; 3SUO A; 3O4Q A; 2GV9 A; 3TTF A; 3RMB A; 1T6C A; 4CBW A; 1FK9 A; 3S3M A; 3BEX A; 1QVF M; 2BDP A; 1RDA A; 2BUP A; 3MX5 A; 3JYT A; 3OJS A; 4E0D A; 3VQA A; 2IC3 A; 4WYB A; 4H5T A; 4YNQ A; 3RTV A; 4WFB L; 2HHS A; 4JRP A; 3A0I X; 2WC9 A; 3VGL A; 4PHT X; 1NBW A; 4JI2 K; 1A5W A; 3HOT A; 2Z1I A; 1C1C A; 3AVA A; 1BIS A; 4KFB A; 4DTP A; 4BQZ A; 2FXU A; 3CCQ N; 5CYM A; 3L6Q A; 3MXM A; 1GOB A; 4KI4 A; 4FJN A; 3WXJ A; 4LSL A; 3V9S A; 1RT3 A; 1SKS A; 3QLH A; 3PO5 A; 2QXF A; 3OYC A; 2D0A A; 3ZT1 A; 3MN7 A; 2KZM A; 1WNS A; 4CHP A; 2WBN A; 1C0F A; 4Z0U A; 1U4B A; 1SKW A; 1NMN A; 5FDL A; 1Q82 O; 2HHU A; 3FR0 A; 4MDB A; 4KKO A; 4IFE A; 4C8M A; 2UUB K; 4M7Y A; 4K42 A; 4DR7 K; 5I3U A; 3O9U A; 4I7F A; 1CZA N; 3U6F A; 4K8Z A; 4DSJ A; 1T6D A; 2A6A A; 3SUN A; 3N4P A; 1TVR A; 3OYG A; 3CFP A; 3EO3 A; 1K9M O; 1T3V A; 3MN5 A; 5C24 A; 4Y1C A; 4E7K A; 1GLA G; 3OYF A; 1ZBH A; 3K9K A; 5BN8 A; 4XH5 A; 3ASM A; 3LP3 A; 3UKU A; 4G9Z A; 2JWL A; 1QZ5 A; 4FL9 A; 1LW2 A; 4IBN A; 3L3U A; 4FWM A; 3THY B; 5KGX A; 1ESV A; 1VQ9 N; 4DQI A; 5BRE A; 4HUE A; 2YV0 X; 4CEF A; 1ATR A; 3F5T A; 4JKD A; 3J7Y P; 4JI5 K; 4CE9 A; 3NBP A; 1U48 A; 1L3U A; 3AO4 A; 1QQM A; 3TAM A; 2BE2 A; 1KAY A; 1TK0 A; 1VRT A; 3LAK A; 4IOC L; 4H4M A; 3NVK A; 3VQQ A; 3TSP A; 2P9I B; 3FGU A; 4M45 A; 3S41 A; 3BF3 A; 4HTL A; 1NGC A; 4DV7 K; 2W6L A; 3EE9 A; 3W3D A; 3ISN C; 2OPS A; 4CJL A; 1HYV A; 4ILH A; 3ATU A; 4B1X B; 3NVM A; 4A2A A; 1EKE A; 2P9N A; 1D8Y A; 3N4Q A; 5AFU H; 1IBM K; 2G8W A; 1JCG A; 2V7Z A; 5HRR A; 3E9P A; 5T7B A; 2A41 A; 3UB5 A; 3DLH A; 4WQ4 C; 1ZBI A; 5HRS A; 3MN9 A; 4F3T A; 2OZS A; 4QOZ B; 5DM7 L; 2OPQ A; 1LWF A; 3BF1 A; 4HTU A; 1HNZ K; 3L4I A; 5SWM A; 2HHQ A; 2OPP A; 4F9O A; 4B9M A; 4HCC A; 1VK0 A; 5LJW A; 1R0A A; 1NK9 A; 3CIP A; 1B9D A; 3AGR A; 4BRC A; 2ZE2 A; 1KSP A; 4DTN A; 3VQ4 A; 4CZL A; 1NGB A; 4YOW A; 3LP2 A; 3RMD A; 1HNW K; 5CZ2 A; 2QEX N; 3B8A X; 5FPN A; 3LDP A; 3LAL A; 3PIO L; 1YIJ N; 3A8Y A; 3ID6 A; 5M1P A; 2E20 A; 2DTU A; 2ITM A; 1S1U A; 3EKS A; 3RSE B; 4A5B A; 1IG9 A; 3LZI A; 4JYA K; 1NKB A; 2WON A; 1SL2 A; 3O3G A; 1JKH A; 2YNH A; 3LL3 A; 5AZJ B; 4PY5 A; 3OYJ A; 1Q81 O; 3LZJ A; 4IOX A; 5JIC A; 3R9P A; 1YTU A; 3DXK A; 3CCM N; 2O8E A; 3H6E A; 3OBY A; 3PX6 A; 2HND A; 5JLF A; 4NLB A; 4F4K A; 3ZSR A; 1EWQ A; 3CFO A; 5DMR A; 1N33 K; 3NF6 A; 4B9U A; 1VQO N; 4IO8 A; 3O4W A; 3SJJ A; 1MWK A; 4QS9 A; 4FK0 A; 4I6M B; 4DMN A; 1Q9Y A; 1Q18 A; 4CF9 A; 5EX5 A; 1TK5 A; 1HPM A; 4OO1 J; 3THW B; 2JGU A; 2GWK A; 3HT3 A; 3KIO A; 1QTM A; 3T1A A; 4AIL C; 4O0J A; 4DLE A; 4ZTF A; 5SZT A; 3VOV A; 5HP1 A; 4DR6 K; 3M6G A; 4JKH A; 4RW6 A; 3PX0 A; 3BGR A; 3D45 A; 2ZGY A; 4CJU A; 4B9Q A; 3FZL A; 5AQG A; 4JI3 K; 4JI0 K; 4AF1 A; 2G8H A; 4YOR A; 2IAJ A; 4CEA A; 4CHN A; 5BR9 A; 3H1V X; 1FKO A; 1GOA A; 4XH1 A; 1JCF A; 4C8N A; 4CJT A; 4MDA A; 3EE8 A; 5J1E A; 1TKZ A; 4M3U A; 4CJP A; 3UIQ A; 4BE1 A; 1NGJ A; 1Q9X A; 3AVN A; 3HI0 A; 4LFC K; 4DTR A; 3KLE A; 1RCH A; 2WUS A; 3VQ6 A; 4CEZ A; 3QO9 A; 3SAF A; 4BC5 A; 3KLG A; 3DRR A; 1HNV A; 2HST A; 4B9V A; 4FJJ A; 1D9D A; 3QDK A; 4H0T B; 3OYB A; 4Z4E A; 1YHQ N; 2FLO A; 1KCF A; 4FJL A; 3PIP L; 2QWN A; 1QQC A; 3PUF A; 3L4Q A; 1VSL A; 3D7E O; 1HNI A; 4N5S A; 1C6V A; 4M7X A; 3V9U A; 1NMD A; 4DV3 K; 3NH2 A; 3QFU A; 3TWH A; 3OY9 A; 5FPD A; 4FLT A; 2GWJ A; 1NKC A; 1BQM A; 3VEW A; 3Q7C A; 4KHQ A; 3SQ2 A; 3ITH A; 3TAE A; 1YJN N; 4F8R A; 4M3T A; 4DV6 K; 4FZX C; 3U9D A; 2VG6 A; 2AP1 A; 4CF1 A; 4CJF A; 5LY3 A; 3F9M A; 3OYH A; 1J9A A; 1C1A A; 3AVB A; 5FRO A; 4YOU A; 4JI4 K; 3OYE A; 4JS5 A; 3K2P A; 2VCP A; 2QKK A; 1NJZ A; 1W97 L; 3GE1 A; 1RGI A; 3KK2 A; 3TAP A; 2JWK A; 3FZH A; 3UKU B; 1TYQ A; 4Z4H A; 4XEI A; 3KK7 A; 3C95 A; 4A62 A; 4B9L A; 4JV5 K; 1S1W A; 4L3Q A; 2ITG A; 2YHW A; 3ZSW A; 4TSX A; 4O4G A; 1N36 K; 5GAH P; 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